Daniela Mayumi Ushizima

Cientista-pesquisadora no Laboratório Nacional Lawrence Berkeley (LBNL), na cidade de Berkeley, Califórnia, Estados Unidos, onde também realizou pós-doutorado (2007-2010). A partir de 2013, é vice-líder do grupo de Visualização da Divisão em Pesquisa Computacional do LBNL. Possui graduação em Ciência da Computação pela Universidade Federal de São Carlos (1998), mestrado em Física pela Universidade de São Paulo (2000) e doutorado em Física pela Universidade de São Paulo (2004). Atuou como professora da Universidade Católica de Santos (2005-2007), foi membro do Grupo de Sistema Inteligentes e pesquisadora-colaboradora dos grupos brasileiros: Grupo de Processamento de Imagens e do Laboratório de Visão, Imagens e Sinais (GPI/LABVIS), UFC (2005-presente), e Grupo de Informática e Multimedia, UFSM (2005-2008). Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Visão Computacional, atuando principalmente nos seguintes temas: processamento e análise de sinais e imagens digitais, reconhecimento de padrões, imagens médicas, microscopia quantitativa, segmentação, medidas a partir de tomografia computadorizada, SAR, e computação de alto desempenho.

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Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em Física

2001 - 2004

Universidade de São Paulo
Título: DIAGNOSTICO DE LEUCEMIA LINFOIDE AUXILIADO POR COMPUTADOR
Luciano da fontoura Costa. Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Palavras-chave: leucemia linfocítica; software médico; processamento de imagem médica; análise de esfregaços de sangue; reconhecimento de células; segmentação por cor. Grande área: Ciências Exatas e da TerraGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Imunologia / Subárea: Imunologia Aplicada / Especialidade: Leucócitos e Leucemia Linfocítica Crônica. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Morfologia / Subárea: Citologia e Biologia Celular / Especialidade: Diagnóstico de Malignidade de Célula. Setores de atividade: Desenvolvimento de Produtos Tecnológicos Voltados Para A Saúde Humana; Formação Permanente e Outras Atividades de Ensino, Inclusive Educação À Distância e Educação Especial; Desenvolvimento de Programas (Software).

Mestrado em Física

1999 - 2000

Universidade de São Paulo
Título: Investigacao do comportamento visual de algumas aranhas saltadoras ( Salticidae ) em termos de micromovimentos,Ano de Obtenção: 2000
Luciano da Fontoura Costa.Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Palavras-chave: sinais biológicos; processamento de sinais; batimento cardíaco; aranhas Salticidae; modelagem; micromovimentos. Grande área: Ciências Exatas e da TerraGrande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Probabilidade e Estatística Aplicadas / Especialidade: Modelagem. Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos Vinculados À Saúde Humana Ou dos Animais.

Graduação em Ciência da Computacao

1994 - 1998

Universidade Federal de São Carlos
Título: Estágio em empresa Dixtal no projeto de software médico para controle de dados vitais de pacientes em UTI
Orientador: Marina Teresa Pires Vieira

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Pós-doutorado

2007 - 2010

Pós-Doutorado. , Lawrence Berkeley National Laboratory, LBL, Estados Unidos. , Grande área: Ciências Exatas e da Terra

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Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

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Áreas de atuação

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Visão Computacional.

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Informação.

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Modelagem.

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Ciência da Computação.

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Processamento Gráfico (Graphics).

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Organização de eventos

SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . VI Simpósio Brasileiro em Segurança da Informação e de Sistemas Computacionais (SBSeg). 2006. (Congresso).

SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. ; Castro, L. N. . I Jornada do Mestrado em Informática. 2006. (Outro).

SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . III Workshop on Cybernetic Vision. 1999. (Congresso).

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Participação em eventos

III Workshop da Cientistas Associados.Ampliando o hemograma com microscopia quantitativa. 2006. (Oficina).

Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing, SIBGRAPI.Lymphocitic Leukemia under Machine Vision. 2005. (Simpósio).

IEEE International Symposium on Biomedical Imaging.IEEE International Symposium on Biomedica Imaging. 2004. (Simpósio).

SIBGRAPI.Fast image segmentation: quantitative evaluation and image applications. 2004. (Simpósio).

Escola de Computação de Alto Desempenho para Sistema Complexo.Escola de Computação de Alto Desempenho para Sistema Complexo. 2003. (Outra).

I International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. A texture approach to leukocyte recognition. 2003. (Congresso).

International Symposium on Computer Graphics, Image Processing and Vision.Feature selection methods applied to multiscale curvature. 2003. (Simpósio).

VII Workshop de Pós-Graduação.VII Workshop de Pós-Graduação. 2003. (Outra).

14th International Conference on Digital Signal Processing. Chromatin texture characterization using multiscale fractal dimension. 2002. (Congresso).

I Workshop Regional de Engenharia Biomédica.I Workshop Regional de Engenharia Biomédica. 2002. (Outra).

CSBMM 2001. Automatic leukemia diagnostic. 2001. (Congresso).

Curso de extensão. 2001. (Outra).

Hemato 2001. Diferenciação de leucócitos por computador. 2001. (Congresso).

V Workshop de Pós-Graduação.V Workshop de Pós-Graduação. 2001. (Outra).

XVIII Congresso Nacional do Colégio Brasileiro de Hematologia.XVIII Congresso Nacional do Colégio Brasileiro de Hematologia. 2001. (Outra).

II Encontro de Aracnólogos do Cone Sul.Jumping spider (Salticidae) ethology with computer aid. 1999. (Encontro).

III Workshop de Pós-Graduação.III Workshop de Pós-Graduação. 1999. (Outra).

I International Seminar on Bioeletronic Interfaces and III Workshop on Cybernetic Vision. 1999. (Seminário).

1998 International Symposium on Computer Graphics, Image Processing and Vision. 1998. (Simpósio).

Fórum de Debates do Programa Especial de Treinamento.Os Novos Paradigmas da Ciência. 1997. (Outra).

Ciclo de Palestras de Realidade Virtual.Ciclo de Palestras de Realidade Virtual. 1996. (Outra).

Curso de multimídia para macintosh.Fazendo multimídia. 1996. (Oficina).

IV Congresso de Iniciação Científica.IV Congresso de Iniciação Científica. 1996. (Outra).

Softex 2000.I Seminário sobre o Uso Comercial da Internet. 1996. (Seminário).

Congresso anual da Sociedade Brasileira de Computação. XV Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, XXI Conferência Latino-Americana de Informática e II Simpósio Brasileiro de Computação e Música. 1995. (Congresso).

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Participação em bancas

Aluno: José Augusto Theodosio Pazetti

SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; Hruschka, E. R.; Castro, L. N.. Tratamento de valores ausentes usando método do vizinho mais próximo. 2007. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Católica de Santos.

Aluno: Ialis Cavalcanti

SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.MEDEIROS, F. N. S.. Abordagem Wavelet para Detecção de Cantos em Formas. 2007. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Teleinformática) - Universidade Federal do Ceará.

Aluno: Fábio Pessôa de Sá

SA, F. P.;SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Avaliação da Recuperação no Raciocínio Baseado em Casos Estrutural e Textual em um Sistema de Help-Desk. 2006. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Católica de Santos.

Aluno: Rita de Cássia Ferraz

Ferraz R C;SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Uma proposta de Modelo de Estudante e de Grupo em um Ambiente de Suporte ao Ensino baseado em Casos. 2006. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Católica de Santos.

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Comissão julgadora das bancas

André Carlos Ponce de Leon Ferreira de Carvalho

de Carvalho, A. C. P. L. F.; MOREIRA, J.; MENDES, T. C. R.. Diagnóstico de Leucemia Linfóide Auxiliada por Computador. 2004 - Universidade de São Paulo.

Alberto Tannús

TANNÚS, Alberto; COSTA, L F; CARVALHO, A C P L F; FALCÃO, A X; CÉSAR JÚNIOR, R M. Diagnóstico de leucemia linfóide auxiliado por computador. 2004. Tese (Doutorado em Física) - Instituto de Física de São Carlos.

Valentin Obac Roda

FONTOURA COSTA, L.;RODA, V. O.; FUKUSIMA, Sergio Sheiji. Investigação do comportamento visual da aranha saltadora (Salticidae) em termos de micromovimentos. 2000. Dissertação (Mestrado em Fisica de São Carlos) - Universidade de São Paulo.

SÉRGIO SHEIJI FUKUSIMA

COSTA, Luciano da Fontoura; RODA, Valentin Obac;FUKUSIMA, S. S.. Investigação do comportamento visual da aranha saltadora (Salticiedae) em termos de micromovimentos. 2000. Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade de São Paulo.

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Orientou

Romuere Rodrigues Veloso e Silva

Descrição e Análise Multiescala de Imagens de Células Cervicais; Início: 2015; Tese (Doutorado em Engenharia de Teleinformática) - Universidade Federal do Ceará; (Coorientador);

Flávio Henrique Duarte de Araújo

Redes Neurais Convolucionais para a Extração de Características de Imagens Científicas e Segmentação de Células; Início: 2015; Tese (Doutorado em Engenharia de Teleinformática) - Universidade Federal do Ceará; (Coorientador);

Clarice Maimone; Vânia Silva

Técnicas de contagem em imagens digitais; Início: 2007; Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Católica de Santos; (Orientador);

Aline Giunge

Sistema de cadastro de imagens médicas e tratamento digital; Início: 2007; Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Católica de Santos; (Orientador);

Rodrigo Rodrigues Carvalho

Detecção automática de leucócitos em lâminas de esfregaços de sangue; Início: 2005; Iniciação científica (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Católica de Santos; (Orientador);

Gladeston da Costa Leite

Analise de CAmpos de ventos oceanicos em imagens SAR; 2011; Tese (Doutorado em Engenharia de Teleinformática) - Universidade Federal do Ceará,; Coorientador: Daniela Mayumi Ushizima;

Andrea Bianchi

2012; Lawrence Berkeley National Laboratory, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Daniela Mayumi Ushizima;

Dmitriy Morozov

2011; Lawrence Berkeley National Laboratory, Department of Energy; Daniela Mayumi Ushizima;

Daniella de Cristi Pedro

Processamento de imagens digitais com aplicação em medicina; 2006; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Católica de Santos; Orientador: Daniela Mayumi Ushizima;

Nadia Castro

Quant-CT Evaluation; Using Image Statistics to Improve Segmentation of Micro-CT scans; 2013; Iniciação Científica; (Graduando em Computer Vision) - Lawrence Berkeley National Laboratory, Lawrence Berkeley National Laboratory; Orientador: Daniela Mayumi Ushizima;

Christina deBianchi

Software quality assurance to Quant-CT; 2012; Orientação de outra natureza - Lawrence Berkeley National Laboratory, Department of Energy; Orientador: Daniela Mayumi Ushizima;

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Foi orientado por

Luciano da Fontoura Costa

Investigação do comportamento visual de algumas aranhas saltadoras em termos de micromovimentos; 2000; 0 f; Dissertação (Mestrado em Física (Computacional)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Luciano da Fontoura Costa;

Luciano da Fontoura Costa

Diagnóstico de Leucemia Linfóide Auxiliado por Computador; 2004; 0 f; Tese (Doutorado em Física Computacional) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Luciano da Fontoura Costa;

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Produções bibliográficas

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  • SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Ampliando o hemograma com microscopia quantitativa. In: III Workshop Tecnológico da Cientistas Associados (WTCA), 2006, São Carlos. Anais do III Workshop Tecnológico da Cientistas Associados, 2006.

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  • SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. ; COSTA, Luciano da Fontoura . Leucemia em visão cibernética. In: VII Workshop de Pós Graduação em Física, 2003, São Carlos - SP, 2003.

  • SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. ; COSTA, Luciano da Fontoura . Diagnóstico de leucemia por computador. In: I Workshop Regional de Engenharia Biomédica, 2002, São Carlos. Proc. I Workshop Regional de Engenharia Biomédica, 2002.

  • SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. ; COSTA, Luciano da Fontoura . Diagnostico de leucemia auxiliado por computador. In: VI Workshop de Pós Graduação em Física, 2002, São Carlos. VI Workshop de Pós Graduação em Física. São Carlos - SP: IFSC, 2002.

  • SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. ; COSTA, Luciano da Fontoura ; ZAGO, Marco Antonio ; MARTINS, S. L. R. . Diferenciação de leucócitos por computador. In: Hemato 2001, 2001, Fortaleza - CE. Hemato 2001, 2001.

  • SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. ; COSTA, Luciano da Fontoura . Diagnóstico automático de leucemia. In: V Workshop de Pós Graduação em Física, 2001, Sao Carlos. V Workshop de Pós Graduação em Física, 2001.

  • SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. ; COSTA, Luciano da Fontoura . Jumping spider (Salticidae) ethology with computer aid. In: II Encontro de Aracnólogos do Cone Sul, 1999, Porto Alegre. II Encontro de Aracnólogos do Cone Sul. Porto Alegre - RS, 1999.

  • USHIZIMA, D.M. ; ARAUJO, F. H. D. ; SILVA, R. R. V. . Searchable datasets in Python: images across domains, experiments, algorithms and learning. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Carbon dioxide, traps and x-ray vision. 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Image Analysis projects at Computational Research Division. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Diverse Imaging modalities and challenges on denoising: segmentation and feature selection. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Quant-CT: segmenting and quantifying computed tomography. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Computed tomography analysis in multiscale control of geologic CO2. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . From breast cancer to carbon sequestration: image analysis on science applications. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Computer Vision in Decision Support Systems: Leukemia Diagnosis. 2007. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Computer vision for leukemia diagnosis. 2004. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Computer-aided lymphoproliferative leukemia diagnosis. 2004. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Visão computacional e leucemia. 2004. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

  • SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Diagnóstico de leucemia usando computadores. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Auxílio no diagnóstico de leucemia. 2002. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

  • SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Computer Aided Leukemia Diagnosis. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Computer Aided Leukemia Diagnosis. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Computer Aided Leukemia Diagnosis. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Computer Aided Leukemia Diagnosis. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Visão cibernética. 1999. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Neurociência e Processamento Visual. 1999. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

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Outras produções

SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Quant-CT. 2011.

ESTROZI, Leandro Farias ; SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Hotreference.com. 2003.

SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. ; CALADO, R. T. ; RIZZATTI, Edgar Gil ; COSTA, Luciano da Fontoura ; ZAGO, Marco Antonio . Leuko. 2001.

JAPYASSU, Hilton ; ALBERTS, C. ; SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. ; ESTROZI, Leandro Farias ; RIOS FILHO, Luiz . EthoSeq. 2001.

SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Eurasip Applied Signal Processing. 2002.

SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Using R-statistical environment at NERSC. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Processamento de Imagens Digitais e Visão Computacional. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Software para auxilio no diagnóstico de leucemia. 2004. Coreográfica.

SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Apresentação de música popular brasileira e blues. 1999. Interpretação.

SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Software para auxilio no diagnóstico de leucemia: entrevista jornal regional primeira edição - EPTV. 2004.

SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Homenagem de honra ao mérito como pesquisadora pela Câmara de Vereadores de Dracena, com entrega de certificado de cidadã dracenense. 2002.

SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Radio USP. 2001.

SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. ; COSTA, Luciano da Fontoura . Jornal Nacional - TV Globo. 2000.

SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. ; MARIANA ; ELIANA ; ORTEGA, Fernando ; BELTRAM . ONG Brincadeira de Criança. 2000 (Educacional).

SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. ; SABINO, J. R. ; OUTROS . Cursinho Palmares. 2000 (Educacional).

SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Programa Reportagem. 2000.

SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Varal de Poesias Semanal. 1999.

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Projetos de pesquisa

  • 2015 - Atual

    Jovem pesquisador (governo americado) IDEAL: image across domains, experiments, algorithms and learning, Descrição: The DOE Early Career Research Project (Jovem pesquisador do governo americado) entitled Image across Domains, Experiments, Algorithms and Learning (IDEAL 2016-2020) aims to aggregate value to scientific data obtained at high cost at national labs by constructing models, algorithms and software that leverage unlabeled massive datasets curated by scientists, including their prior knowledge of the science area. Knowledge has been prospected in two ways: (a) collaboration with domain experts; (b) mining of massive datasets, including image and text.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (4) . , Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Coordenador.

  • 2014 - Atual

    Berkeley Institute for Data Sciences, University of California, Berkeley, Descrição: BIDS http://bids.berkeley.edu/about. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

  • 2014 - Atual

    Modelagem Estatística e Processamento de Imagens SAR em Aplicações de Monitoramento Ambiental, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Fátima Nelsizeuma Sombra de Medeiros em 12/12/2014., Descrição: Este projeto propõe o desenvolvimento de novos algoritmos de processamento digital de imagens (PDI) que têm por base os modelos estatísticos de dados de radar de abertura sintética (SAR) [Frery et al., 1997; Gao, 2010] e PolSAR (SAR polarimétrico) [Torres et al., 2012; Torres et al., 2014; Li et al. 2014]. Estes algoritmos serão empregados em monitoramento de desastres ambientais em áreas de reservas biológicas (REBIOs) e de proteção ambiental (APAs), regiões oceânicas e zonas costeiras brasileiras que estão submetidas ao avanço da ocupação urbana e zonas estão sob a ação da indústria de petróleo. Ademais, abordaremos o problema do derramamento de óleo em áreas costeiras e oceânicas, utilizando modelagem estatística, processamento e análise de imagens SAR e PolSAR sintéticas e reais. Regiões que estão sob a influência da indústria petrolífera como áreas do entorno de refinarias de petróleo, rotas marítimas nacionais e internacionais de transporte de petróleo, regiões de extração de petróleo onshore e offshore, etc., estão sob risco potencial de derrames acidentais (ex. vazamentos) e criminosos (ex. lavagem de tanques de petroleiros). Imagens periódicas destas regiões constituem fontes relevantes no monitoramento de desastres ambientais (ex. derrames de óleo, etc.) e da exploração predatória de recursos naturais (ex. desmatamento em APAs, etc). A partir das imagens disponíveis, pretende-se nesta proposta incorporar modelos estatísticos que permitam extrair de forma eficiente informações relevantes das regiões de interesse, sejam estas oriundas de dados SAR ou PolSAR (polarimétricos). Estas informações poderão ser utilizadas na detecção de manchas de óleo, mudanças, localização, análise e dimensionamento das mesmas como também para localização e dimensionamento de áreas de degradação ambiental de regiões sob risco ambiental (ex. APAs e REBIOs). No desenvolvimento destes novos algoritmos de PDI, serão ainda consideradas a extensão e validação de técnicas já existentes de realce e segmentação de imagens.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

  • 2014 - Atual

    Visualização Científica e Visão Computacional para Aplicações não Tradicionais em Análise de Formas, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Fátima Nelsizeuma Sombra de Medeiros em 12/12/2014., Descrição: A aquisição de imagens digitais como parte do registro experimental em laboratórios de pesquisa é uma das tarefas mais difundidas na atualidade. Essa realidade requer o desenvolvimento de software para viabilizar a aquisição, gerenciamento, análise e visualização de dados imageados. Este projeto de pesquisa e desenvolvimento tem por finalidade propor modelos matemático-computacionais, algoritmos de visualização científica e visão computacional para processamento e análise quantitativa de formas em dados 2D e 3D oriundos de sistemas de imageamento dentro do espectro visível e não visível, com vistas a aplicações em reconhecimento de padrões. Com isso pretende-se habilitar os laboratórios integrados aos grupos de pesquisa da instituição proponente (UFC) e instituições parceiras (IFCe, UECE, UFOP) a lidarem com dados não estruturados provenientes de destes sistemas de imageamento. Particularmente, os grupos integrantes da proposta trabalham com aquisição de imagens dentro e fora do espectro de luz visível, como a microscopia eletrônica de força atômica, tomografia de alta energia. e o imageamento por radar de abertura sintética (SAR). A utilização destes dados oriundos de sistemas que operam na faixa de microondas, em particular dos dados SAR, requer uma modelagem estatística prévia dos mesmos para posterior processamento como filtragem, segmentação, classificação, visualização e interpretação. Quanto à avaliação quantitativa dos resultados e do desempenho das técnicas utilizadas para processamento e classificação utilizaremos distâncias estocásticas, medidas de Precision e Recall, Silhouette, SNR dentre outras. Com relação aos dados ópticos, os mesmos serão analisados quanto à morfometria das formas presentes, isto é, análise e descrição de formas e a correlação de descritores utilizados. Estes descritores podem ainda ser utilizados com indicadores de complexidade de formas ou em associações com patologias em aplicações na Medicina e Biologia. O objetivo com isso é implementar e validar algoritmos que integrem o processo de automatização de tarefas que envolvam grandes quantidades de imagens, como é o caso de imagens de monitoramento ambiental obtidas de sistemas de sensoriamento remoto, imagens de esfregaços de células provenientes do Sistema Único de Saúde - SUS, obtidos via microscopia óptica, dentre outras. Atualmente existem diversas ferramentas genéricas para análise de imagens, contudo a utilidade dos métodos veiculados fica geralmente restrita a uma das etapas de processamento dos dados e/ou aos desenvolvedores da ferramenta. A meta desta proposta é viabilizar o desenvolvimento e customização de ferramentas computacionais adaptadas às aplicações de interesse, abordando as necessidades de ponta-a-ponta, ou seja, da aquisição dos dados, ao armazenamento, realce, minimização de ruídos, segmentação de regiões de interesse, extração e seleção de características à classificação de objetos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Doutorado: (4) . , Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / Fatima Nelsizeuma Sombra de Medeiros - Coordenador / Leite, Gladeston C. - Integrante / Andrea Bianchi - Integrante / BEZERRA, FRANCISCO N. - Integrante / SETHIAN, JAMES A. - Integrante / CLÁUDIA MARTINS CARNEIRO - Integrante / GERALDO LUÍS BEZERRA RAMALHO - Integrante / IÁLIS CAVALCANTE DE PAULA JÚNIOR - Integrante / REGIS CRISTIANO PINHEIRO MARQUES - Integrante / RODRIGO F. BIANCHI - Integrante / PRISCILA BRAGA CALÍOPE - Integrante / Fernando Gabriel Silva Araújo - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa., Número de produções C, T & A: 4 / Número de orientações: 2

  • 2013 - Atual

    CAMERA, Descrição: Center for Applied Mathematics for Energy Research Applications. Ha' cooperacao com empresas, nenhuma deles com CNPJ.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

  • 2013 - Atual

    Graph-based analysis and visualization of multimodal multi-resolution large-scale neuroimaging data, Descrição: Analise de imagens de CT e MRI para avaliacao neurologica. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

  • 2013 - Atual

    CRIC - Cell Recognition for Inspection of Cervix, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Fátima Nelsizeuma Sombra de Medeiros em 03/08/2018., Descrição: Our team aims to develop organized image catalogues and software dedicated to cell morphology and recognition, and we are currently targeting cervical cells. We have built analytical and data-driven models using information from datasets provided by the Federal University of Ouro Preto. The cell database contains digital pictures from conventional Pap smears, which are part of the visual search paper we submitted and is under review.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

  • 2011 - 2012

    Visualization and Analysis for Nanoscale Control of Geologic CO2, Descrição: This project is a collaboration with the Energy Frontier Research Center (EFRC) for Nanoscale Control of Geologic CO2 (NCGC), whose goal is to improve the understanding of the processes in fluid-rock systems related to geologic sequestration of CO2. Research is required to develop the technology needed for the safe storage of CO2 in deep subsurface rock formations. Geologic sequestration of CO2 is being pursued as a means to reduce the amount of CO2, one of the principal greenhouse gases, being released into the atmosphere by processes that burn fossil fuels. The NCGC investigates processes in fluid-rock systems from the molecular scale to the pore scale. Large amounts of experimental data are generated concerning such phenomena as brine mixtures at high temperatures and pressures in porous media, immiscible fluid structures, dissolution, and precipitation. Numerical computer models are used to compute such fluid-rock mechanics at pore scales, infiltration stability and instabilities, and emergent structures. Understanding these processes is key to developing models that describe flow and reactive transport of CO2-rich fluids in geologic reservoirs and to develop approaches for controlling the flow of CO2 in reservoirs that effectively and efficiently fill pore space with injected CO2. Our proposed work acts as a bridge in both directions between experimental data and numerical simulations in some key target areas. We plan to: (1) build image processing capabilities that can extract fluid and material quantities from experimental data to measure key phenomena, as well as initialize, calibrate, and check numerical simulations and (2) build geometric analysis techniques to extract large-scale patterns and emergent patterns from numerical simulation results to predict macro-effects in experimental setups.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Coordenador / Janet Jacobsen - Integrante / Edward Wes Bethel - Integrante / Gunther Weber - Integrante / Dmitriy Morozov - Integrante.

  • 2011 - Atual

    Towards Exascale: High Performance Visualization and Analytics, Descrição: Analise e visualizacao de alto desempenho para o Departamento de Energia. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

  • 2011 - Atual

    Quantitative Image Analysis for Computational Modeling, Descrição: Processamento de imagem, análise e tomada de decisão baseada em imagens experimentais de alta resolução obtidas no Laboratório Nacional Lawrence Berkeley. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) . , Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Coordenador / Harinarayan Krishnan - Integrante.Financiador(es): Lawrence Berkeley National Laboratory - Auxílio financeiro.

  • 2009 - Atual

    Frontiers in computation: new methods for complex mechanics, advanced materials, interfaces and stochastics, Descrição: Modelagem de células epiteliais relacionadas a pesquisa em câncer de mama. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / James Sethian - Coordenador / Alexander Chorin - Integrante.Financiador(es): Department of Energy - Outra.

  • 2008 - Atual

    NERSC Program - Science-Driven Analytics, Descrição: Analise de dados cientificos usando super computadores no NERSC, particularmente atraves de ferramentas estatisticas, aprendizado de maquina e imagens. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

  • 2005 - 2009

    Visão computacional no diagnóstico de leucemia, Descrição: Desenvolvimento de software para processamento, análise e reconhecimento de leucócitos normais e anormais para auxílio no diagnóstico de leucemia. Projeto Jovem Pesquisador aprovado, aguardando liberação de recursos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) . , Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Coordenador.Financiador(es): Universidade Católica de Santos - Remuneração / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 26 / Número de orientações: 2

  • 2005 - 2006

    Quantiscope, Descrição: Ferramentas de Processamento e Análise de Imagens para Microscopia Quantitativa Aplicada à Anatomopatologia e Caracterização Microestrutural de Materiais. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

  • 2001 - 2004

    Diagnóstico de leucemia linfóide auxiliado por computador, Descrição: Projeto de pesquisa e desenvolvimento de um software amigável para usuários como biomédicos, bioquímicos e médicos para análise de imagens de esfregaços de sangue periférico para auxílio no diagnóstico de leucemias linfóides. Modelagem e programação de sistemas de: reconhecimento de padrões para classificação de leucócitos, incluindo casos de leucemia linfóide e software para seleção de características usando técnicas filter e wrapper e estratégias de busca heurísticas (mineração de dados).. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Coordenador / Luciano da Fontoura Costa - Integrante / Marco Antonio Zago - Integrante / Sergio Luiz R Martins - Integrante / Rodrigo Tocantins Calado - Integrante / Edgar Gil Rizzatti - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa., Número de produções C, T & A: 27

  • 2000 - 2000

    Software para construção e análise de árvores filogenéticas, Descrição: Responsável por modelagem e gerenciamento de projeto de software para árvore filogenética no intuito de traçar e correlacionar o comportamento de aranhas com seu papel no controle de pragas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Coordenador / Leandro Farias Estrozi - Integrante / Luiz Rios Filho - Integrante / Hilton Japyassú - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 1997 - 2000

    Investigação do comportamento visual de aranhas saltadoras (Salticidae) em termos de micromovimentos, Descrição: Desenvolvimento de software para aquisição e processamento de sinais a partir de dados biológicos provenientes de experimentos psicofísicos. Utilização de aranhas saltadoras (Salticidae) como cobaias para estudo de sua visão em termos de micromovimentos capturados com hardware feito no próprio laboratório, o qual usa efeito Hall para detecção de micromovimentos gerados a partir de magneto colado no abdômen da cobaia. A aranha saltadora é um dos invertebrado com visão mais precisa e resolução que mais se assemelha a dos primatas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Coordenador / Luciano da Fontoura Costa - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa., Número de produções C, T & A: 4

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Projetos de desenvolvimento

  • 2010 - 2014

    Visualization and Analysis for Nanoscale Control of Geologic Carbon Dioxide, Descrição: The objective of the Energy Frontier Research Center (EFRC) for Nanoscale Control of Geologic CO$_2$ (NCGC) is to develop an understanding of the processes in fluid-rock systems related to geologic sequestration of CO$_2$. This understanding is required to develop the technology needed for the safe storage of CO$_2$ in deep subsurface rock formations. Geologic sequestration of CO$_2$ is being pursued as a means to reduce the amount of CO$_2$, one of the principal greenhouse gases, being released into the atmosphere by processes that burn fossil fuels. The NCGC investigates processes in fluid-rock systems from the molecular scale to the pore scale. Large amounts of experimental data are generated concerning such phenomena as brine mixtures at high temperatures and pressures in porous media, immiscible fluid structures, dissolution, and precipitation. Numerical computer models are used to compute such fluid-rock mechanics at pore scales, infiltration stability and instabilities, and emergent structures. Understanding these processes is key to developing models that describe flow and reactive transport of CO$_2$-rich fluids in geologic reservoirs and to develop approaches for controlling the flow of CO$_2$ in reservoirs that effectively and efficiently fill pore space with injected CO$_2$. The proposed work will act as a bridge in both directions between experimental data and numerical simulations in some key target areas. We plan to: (1) build image processing capabilities that can extract fluid and material quantities from experimental data to measure key phenomena, as well as initialize, calibrate, and check numerical simulations and (2) build geometric analysis techniques to extract large-scale patterns and emergent patterns from numerical simulation results to predict macro-effects in experimental setups.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / Gunther Weber - Integrante / Wes Bethel - Coordenador., Financiador(es): Department of Energy - Remuneração.

  • 2002 - 2004

    Hotreference.com, Descrição: Em colaboração, sem fins lucrativos, com o pesquisador Dr. Leandro Farias Estrozi, atualmente no Laboratório de Virologia Molecular e Estrutural, Gif-sur-Yvette, França, idealizamos, disponibilizamos e mantemos na internet o primeiro gerenciador bibliográfico gratuito desde janeiro de 2003: HotReference.com em http://www.hotreference.com. Nele se pode armazenar remotamente diversas referências bibliográficas, que se tornam automaticamente públicas e pode incluir arquivos .pdf, os quais são opcionalmente privados. O HotReference.com é tanto um gerenciador bibliográfico pessoal com acesso a um banco de dados público de referências quanto um fórum voltado a comunidade acadêmica com o intuito de criticar trabalhos científicos publicados. Diversasinstituições adotaram e recomendam esse site, como o Instituto de Física de São Carlos, USP, UNESP, UNICAMP,Universidade Federal da Bahia, Universidade do Texas dentre inúmeras outras instituições nos Estados Unidos, Universidade de Würzburg na Alemanhadentre outras instituições na Alemanha,França, etc., rendendo inclusive reportagens na Uol Inovação de 12/08/2003 e no jornal da Unicamp, seção Sala de Imprensa. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / Leandro Farias Estrozi - Coordenador., Número de produções C, T & A: 2

  • 1997 - 1997

    Auxílio na programação de software médico para controle de dados vitais de pacientes em UTI, Descrição: Trabalho em equipe junto ao departamento de engenharia de software da empresa Dixtal Biomédica. Durante estágio, houve oportunidade de trabalhar no levantamento de requisitos e auxílio a usuários de software junto aos médicos do Hospital das Clínicas, além de programação do software, acompanhamento do projeto de banco de dados, acesso multi-usuário e documentação.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / Wilson Lee - Coordenador / Marcia Kawakami - Integrante.

  • 2010 - 2014

    Visualization and Analysis for Nanoscale Control of Geologic Carbon Dioxide, Descrição: The objective of the Energy Frontier Research Center (EFRC) for Nanoscale Control of Geologic CO$_2$ (NCGC) is to develop an understanding of the processes in fluid-rock systems related to geologic sequestration of CO$_2$. This understanding is required to develop the technology needed for the safe storage of CO$_2$ in deep subsurface rock formations. Geologic sequestration of CO$_2$ is being pursued as a means to reduce the amount of CO$_2$, one of the principal greenhouse gases, being released into the atmosphere by processes that burn fossil fuels. The NCGC investigates processes in fluid-rock systems from the molecular scale to the pore scale. Large amounts of experimental data are generated concerning such phenomena as brine mixtures at high temperatures and pressures in porous media, immiscible fluid structures, dissolution, and precipitation. Numerical computer models are used to compute such fluid-rock mechanics at pore scales, infiltration stability and instabilities, and emergent structures. Understanding these processes is key to developing models that describe flow and reactive transport of CO$_2$-rich fluids in geologic reservoirs and to develop approaches for controlling the flow of CO$_2$ in reservoirs that effectively and efficiently fill pore space with injected CO$_2$. The proposed work will act as a bridge in both directions between experimental data and numerical simulations in some key target areas. We plan to: (1) build image processing capabilities that can extract fluid and material quantities from experimental data to measure key phenomena, as well as initialize, calibrate, and check numerical simulations and (2) build geometric analysis techniques to extract large-scale patterns and emergent patterns from numerical simulation results to predict macro-effects in experimental setups.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / Gunther Weber - Integrante / Wes Bethel - Coordenador., Financiador(es): Department of Energy - Remuneração.

  • 2002 - 2004

    Hotreference.com, Descrição: Em colaboração, sem fins lucrativos, com o pesquisador Dr. Leandro Farias Estrozi, atualmente no Laboratório de Virologia Molecular e Estrutural, Gif-sur-Yvette, França, idealizamos, disponibilizamos e mantemos na internet o primeiro gerenciador bibliográfico gratuito desde janeiro de 2003: HotReference.com em http://www.hotreference.com. Nele se pode armazenar remotamente diversas referências bibliográficas, que se tornam automaticamente públicas e pode incluir arquivos .pdf, os quais são opcionalmente privados. O HotReference.com é tanto um gerenciador bibliográfico pessoal com acesso a um banco de dados público de referências quanto um fórum voltado a comunidade acadêmica com o intuito de criticar trabalhos científicos publicados. Diversasinstituições adotaram e recomendam esse site, como o Instituto de Física de São Carlos, USP, UNESP, UNICAMP,Universidade Federal da Bahia, Universidade do Texas dentre inúmeras outras instituições nos Estados Unidos, Universidade de Würzburg na Alemanhadentre outras instituições na Alemanha,França, etc., rendendo inclusive reportagens na Uol Inovação de 12/08/2003 e no jornal da Unicamp, seção Sala de Imprensa. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / Leandro Farias Estrozi - Coordenador., Número de produções C, T & A: 2

  • 1997 - 1997

    Auxílio na programação de software médico para controle de dados vitais de pacientes em UTI, Descrição: Trabalho em equipe junto ao departamento de engenharia de software da empresa Dixtal Biomédica. Durante estágio, houve oportunidade de trabalhar no levantamento de requisitos e auxílio a usuários de software junto aos médicos do Hospital das Clínicas, além de programação do software, acompanhamento do projeto de banco de dados, acesso multi-usuário e documentação.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / Wilson Lee - Coordenador / Marcia Kawakami - Integrante.

  • 2010 - 2014

    Visualization and Analysis for Nanoscale Control of Geologic Carbon Dioxide, Descrição: The objective of the Energy Frontier Research Center (EFRC) for Nanoscale Control of Geologic CO$_2$ (NCGC) is to develop an understanding of the processes in fluid-rock systems related to geologic sequestration of CO$_2$. This understanding is required to develop the technology needed for the safe storage of CO$_2$ in deep subsurface rock formations. Geologic sequestration of CO$_2$ is being pursued as a means to reduce the amount of CO$_2$, one of the principal greenhouse gases, being released into the atmosphere by processes that burn fossil fuels. The NCGC investigates processes in fluid-rock systems from the molecular scale to the pore scale. Large amounts of experimental data are generated concerning such phenomena as brine mixtures at high temperatures and pressures in porous media, immiscible fluid structures, dissolution, and precipitation. Numerical computer models are used to compute such fluid-rock mechanics at pore scales, infiltration stability and instabilities, and emergent structures. Understanding these processes is key to developing models that describe flow and reactive transport of CO$_2$-rich fluids in geologic reservoirs and to develop approaches for controlling the flow of CO$_2$ in reservoirs that effectively and efficiently fill pore space with injected CO$_2$. The proposed work will act as a bridge in both directions between experimental data and numerical simulations in some key target areas. We plan to: (1) build image processing capabilities that can extract fluid and material quantities from experimental data to measure key phenomena, as well as initialize, calibrate, and check numerical simulations and (2) build geometric analysis techniques to extract large-scale patterns and emergent patterns from numerical simulation results to predict macro-effects in experimental setups.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / Gunther Weber - Integrante / Wes Bethel - Coordenador., Financiador(es): Department of Energy - Remuneração.

  • 2002 - 2004

    Hotreference.com, Descrição: Em colaboração, sem fins lucrativos, com o pesquisador Dr. Leandro Farias Estrozi, atualmente no Laboratório de Virologia Molecular e Estrutural, Gif-sur-Yvette, França, idealizamos, disponibilizamos e mantemos na internet o primeiro gerenciador bibliográfico gratuito desde janeiro de 2003: HotReference.com em http://www.hotreference.com. Nele se pode armazenar remotamente diversas referências bibliográficas, que se tornam automaticamente públicas e pode incluir arquivos .pdf, os quais são opcionalmente privados. O HotReference.com é tanto um gerenciador bibliográfico pessoal com acesso a um banco de dados público de referências quanto um fórum voltado a comunidade acadêmica com o intuito de criticar trabalhos científicos publicados. Diversasinstituições adotaram e recomendam esse site, como o Instituto de Física de São Carlos, USP, UNESP, UNICAMP,Universidade Federal da Bahia, Universidade do Texas dentre inúmeras outras instituições nos Estados Unidos, Universidade de Würzburg na Alemanhadentre outras instituições na Alemanha,França, etc., rendendo inclusive reportagens na Uol Inovação de 12/08/2003 e no jornal da Unicamp, seção Sala de Imprensa. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / Leandro Farias Estrozi - Coordenador., Número de produções C, T & A: 2

  • 1997 - 1997

    Auxílio na programação de software médico para controle de dados vitais de pacientes em UTI, Descrição: Trabalho em equipe junto ao departamento de engenharia de software da empresa Dixtal Biomédica. Durante estágio, houve oportunidade de trabalhar no levantamento de requisitos e auxílio a usuários de software junto aos médicos do Hospital das Clínicas, além de programação do software, acompanhamento do projeto de banco de dados, acesso multi-usuário e documentação.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / Wilson Lee - Coordenador / Marcia Kawakami - Integrante.

  • 2010 - 2014

    Visualization and Analysis for Nanoscale Control of Geologic Carbon Dioxide, Descrição: The objective of the Energy Frontier Research Center (EFRC) for Nanoscale Control of Geologic CO$_2$ (NCGC) is to develop an understanding of the processes in fluid-rock systems related to geologic sequestration of CO$_2$. This understanding is required to develop the technology needed for the safe storage of CO$_2$ in deep subsurface rock formations. Geologic sequestration of CO$_2$ is being pursued as a means to reduce the amount of CO$_2$, one of the principal greenhouse gases, being released into the atmosphere by processes that burn fossil fuels. The NCGC investigates processes in fluid-rock systems from the molecular scale to the pore scale. Large amounts of experimental data are generated concerning such phenomena as brine mixtures at high temperatures and pressures in porous media, immiscible fluid structures, dissolution, and precipitation. Numerical computer models are used to compute such fluid-rock mechanics at pore scales, infiltration stability and instabilities, and emergent structures. Understanding these processes is key to developing models that describe flow and reactive transport of CO$_2$-rich fluids in geologic reservoirs and to develop approaches for controlling the flow of CO$_2$ in reservoirs that effectively and efficiently fill pore space with injected CO$_2$. The proposed work will act as a bridge in both directions between experimental data and numerical simulations in some key target areas. We plan to: (1) build image processing capabilities that can extract fluid and material quantities from experimental data to measure key phenomena, as well as initialize, calibrate, and check numerical simulations and (2) build geometric analysis techniques to extract large-scale patterns and emergent patterns from numerical simulation results to predict macro-effects in experimental setups.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / Gunther Weber - Integrante / Wes Bethel - Coordenador., Financiador(es): Department of Energy - Remuneração.

  • 2002 - 2004

    Hotreference.com, Descrição: Em colaboração, sem fins lucrativos, com o pesquisador Dr. Leandro Farias Estrozi, atualmente no Laboratório de Virologia Molecular e Estrutural, Gif-sur-Yvette, França, idealizamos, disponibilizamos e mantemos na internet o primeiro gerenciador bibliográfico gratuito desde janeiro de 2003: HotReference.com em http://www.hotreference.com. Nele se pode armazenar remotamente diversas referências bibliográficas, que se tornam automaticamente públicas e pode incluir arquivos .pdf, os quais são opcionalmente privados. O HotReference.com é tanto um gerenciador bibliográfico pessoal com acesso a um banco de dados público de referências quanto um fórum voltado a comunidade acadêmica com o intuito de criticar trabalhos científicos publicados. Diversasinstituições adotaram e recomendam esse site, como o Instituto de Física de São Carlos, USP, UNESP, UNICAMP,Universidade Federal da Bahia, Universidade do Texas dentre inúmeras outras instituições nos Estados Unidos, Universidade de Würzburg na Alemanhadentre outras instituições na Alemanha,França, etc., rendendo inclusive reportagens na Uol Inovação de 12/08/2003 e no jornal da Unicamp, seção Sala de Imprensa. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / Leandro Farias Estrozi - Coordenador., Número de produções C, T & A: 2

  • 1997 - 1997

    Auxílio na programação de software médico para controle de dados vitais de pacientes em UTI, Descrição: Trabalho em equipe junto ao departamento de engenharia de software da empresa Dixtal Biomédica. Durante estágio, houve oportunidade de trabalhar no levantamento de requisitos e auxílio a usuários de software junto aos médicos do Hospital das Clínicas, além de programação do software, acompanhamento do projeto de banco de dados, acesso multi-usuário e documentação.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / Wilson Lee - Coordenador / Marcia Kawakami - Integrante.

  • 2016 - Atual

    pyCBIR - busca de imagens por conteudo em python, Descrição: pyCBIR is a new python tool for content-based image retrieval (CBIR) capable of searching for relevant items in large databases given unseen samples. While much work in CBIR has targeted ads and recommendation systems, our pyCBIR allows general purpose investigation across image domains and experiments. Also, pyCBIR contains different distance metrics and several feature extraction techniques, including a convolutional neural network (CNN).. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento.

  • 2013 - 2015

    F3D, Descrição: Non linear filters for 3D image processing using multi-GPU; Open-source for the community; full source code at: https://github.com/CameraIA/F3D. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . , Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Coordenador.

  • 2010 - 2014

    Visualization and Analysis for Nanoscale Control of Geologic Carbon Dioxide, Descrição: The objective of the Energy Frontier Research Center (EFRC) for Nanoscale Control of Geologic CO$_2$ (NCGC) is to develop an understanding of the processes in fluid-rock systems related to geologic sequestration of CO$_2$. This understanding is required to develop the technology needed for the safe storage of CO$_2$ in deep subsurface rock formations. Geologic sequestration of CO$_2$ is being pursued as a means to reduce the amount of CO$_2$, one of the principal greenhouse gases, being released into the atmosphere by processes that burn fossil fuels. The NCGC investigates processes in fluid-rock systems from the molecular scale to the pore scale. Large amounts of experimental data are generated concerning such phenomena as brine mixtures at high temperatures and pressures in porous media, immiscible fluid structures, dissolution, and precipitation. Numerical computer models are used to compute such fluid-rock mechanics at pore scales, infiltration stability and instabilities, and emergent structures. Understanding these processes is key to developing models that describe flow and reactive transport of CO$_2$-rich fluids in geologic reservoirs and to develop approaches for controlling the flow of CO$_2$ in reservoirs that effectively and efficiently fill pore space with injected CO$_2$. The proposed work will act as a bridge in both directions between experimental data and numerical simulations in some key target areas. We plan to: (1) build image processing capabilities that can extract fluid and material quantities from experimental data to measure key phenomena, as well as initialize, calibrate, and check numerical simulations and (2) build geometric analysis techniques to extract large-scale patterns and emergent patterns from numerical simulation results to predict macro-effects in experimental setups.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento.

  • 2002 - 2004

    Hotreference.com, Descrição: Em colaboração, sem fins lucrativos, com o pesquisador Dr. Leandro Farias Estrozi, atualmente no Laboratório de Virologia Molecular e Estrutural, Gif-sur-Yvette, França, idealizamos, disponibilizamos e mantemos na internet o primeiro gerenciador bibliográfico gratuito desde janeiro de 2003: HotReference.com em http://www.hotreference.com. Nele se pode armazenar remotamente diversas referências bibliográficas, que se tornam automaticamente públicas e pode incluir arquivos .pdf, os quais são opcionalmente privados. O HotReference.com é tanto um gerenciador bibliográfico pessoal com acesso a um banco de dados público de referências quanto um fórum voltado a comunidade acadêmica com o intuito de criticar trabalhos científicos publicados. Diversasinstituições adotaram e recomendam esse site, como o Instituto de Física de São Carlos, USP, UNESP, UNICAMP,Universidade Federal da Bahia, Universidade do Texas dentre inúmeras outras instituições nos Estados Unidos, Universidade de Würzburg na Alemanhadentre outras instituições na Alemanha,França, etc., rendendo inclusive reportagens na Uol Inovação de 12/08/2003 e no jornal da Unicamp, seção Sala de Imprensa. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / Leandro Farias Estrozi - Coordenador., Número de produções C, T & A: 2

  • 1997 - 1997

    Auxílio na programação de software médico para controle de dados vitais de pacientes em UTI, Descrição: Trabalho em equipe junto ao departamento de engenharia de software da empresa Dixtal Biomédica. Durante estágio, houve oportunidade de trabalhar no levantamento de requisitos e auxílio a usuários de software junto aos médicos do Hospital das Clínicas, além de programação do software, acompanhamento do projeto de banco de dados, acesso multi-usuário e documentação.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / Wilson Lee - Coordenador / Marcia Kawakami - Integrante.

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Prêmios

2014

1st Place at Overlapping Cervical Cytology Image Segmentation, IEEE International Symposium on Biomedical Imaging.

2005

Auxílio de custos por análise curricular - MSRI Workshop for women in Mathematics, Mathematical Sciences Research Institute.

2004

Prêmio através de competição de artigo completo e análise curricular, IEEE International Symposium on Biomedical Imaging 2004, Washington DC, EUA.

2002

Diploma de Honra ao Mérito, Câmara de Vereadores de Dracena - SP.

1992

Prêmio Revelação: competição em conhecimentos gerais, artes e liderança, Colégio Anglo CID.

Histórico profissional

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Endereço profissional

  • Lawrence Berkeley National Laboratory, Visualization Group. , 1 Cyclotron Road, LNBL, 94720 - Berkeley, - Estados Unidos, Telefone: (510) 4864061, URL da Homepage:

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Experiência profissional

  • 2017 - 2017

    Universidade Federal do Piauí

    Vínculo: , Enquadramento Funcional:

  • 2014 - Atual

    Universidade Federal do Ceará

    Vínculo: , Enquadramento Funcional:

  • 2014 - Atual

    University of California, Berkeley

    Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: data scientist, Carga horária: 15

    Outras informações:
    Image analysis expert

    Atividades

    • 07/2014

      Pesquisa e desenvolvimento , Berkeley Institute for Data Sciences, .,Linhas de pesquisa

  • 2013 - Atual

    Lawrence Berkeley National Laboratory

    Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Deputy Head of Analytics/Visualization group, Carga horária: 40

  • 2014 - Atual

    Lawrence Berkeley National Laboratory

    Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Cientista Pesquisadora de Carreira, Carga horária: 25

  • 2013 - Atual

    Lawrence Berkeley National Laboratory

    Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Vice-líder do grupo de Visualização, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

  • 2011 - 2014

    Lawrence Berkeley National Laboratory

    Vínculo: , Enquadramento Funcional: Cientista Pesquisadora, Regime: Dedicação exclusiva.

  • 2007 - 2010

    Lawrence Berkeley National Laboratory

    Vínculo: Pós doutora, Enquadramento Funcional: cientista pesquisadora, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

    Atividades

    • 03/2013

      Direção e administração, Visualization Group, .,Cargo ou função, Vice líder do grupo de Visualização no LBNL.

    • 08/2011

      Pesquisa e desenvolvimento , Visualization Group, .,Linhas de pesquisa

    • 07/2008

      Outras atividades técnico-científicas , National Energy Research Scientific Computing center, National Energy Research Scientific Computing center.,Atividade realizada, Consultora em análise de imagens e manutenção de software em super computador para mesmos fins.

    • 06/2011 - 12/2012

      Pesquisa e desenvolvimento , Visualization Group, .,Linhas de pesquisa

  • 2014 - Atual

    Black Girls Code

    Vínculo: Voluntário, Enquadramento Funcional: Voluntário / filantropia, Carga horária: 2

    Outras informações:
    Instrutora em computação e robótica

    Atividades

    • 10/2014

      Treinamentos ministrados , Bay Area Team, .,Treinamentos ministrados, Programação de Software e Engenharia Robótica

  • 2007 - 2011

    Lawrence Berkeley National Laboratory

    Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Pos-doutorado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

    Atividades

    • 06/2008

      Pesquisa e desenvolvimento , Computational Research Division, .,Linhas de pesquisa

    • 06/2008

      Outras atividades técnico-científicas , National Energy Research Scientific Computing center, National Energy Research Scientific Computing center.,Atividade realizada, Consultora em análise de imagens e manutenção de software em super computador para mesmos fins.

    • 07/2007 - 12/2010

      Pesquisa e desenvolvimento , Computational Research Division, .,Linhas de pesquisa

  • 2005 - 2007

    Universidade Católica de Santos

    Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: professor assistente, Carga horária: 40

    Outras informações:
    Professora do programa de Mestrado, integrante do grupo de sistemas inteligentes. Docência em fundamentos teóricos da ciência da computação e visão computacional. Atividade de pesquisa em sistemas computacionais para diagnóstico de leucemia em imagens microscópicas.

    Atividades

    • 01/2007

      Ensino, Sistemas de Informação, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Inteligência Artificial

    • 08/2005

      Ensino, Informática, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Visão computacional, Fundamentos teóricos da computação

    • 03/2005

      Pesquisa e desenvolvimento , Mestrado em Informática - Grupo de Sistemas Inteligentes, .,Linhas de pesquisa

    • 03/2005

      Conselhos, Comissões e Consultoria, Mestrado em Informática - Grupo de Sistemas Inteligentes, .,Cargo ou função, membro do Colegiado.

  • 2006 - 2007

    Instituto Fleury

    Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: pesquisadora, Carga horária: 5

    Atividades

    • 05/2006 - 12/2007

      Pesquisa e desenvolvimento , Hematologia, .,Linhas de pesquisa

  • 2004 - 2004

    Ablevision Sistemas Computacionais Ltda

    Vínculo: autônoma, Enquadramento Funcional: analista de sistema / pesquisadora, Carga horária: 40

    Outras informações:
    Desenvolvimento de projetos em sistemas de visão computacional para inspeção visual de cerâmicos visando controle de qualidade de produção industrial. Auxílio na manutenção do programa e-Sprinkle, software para agricultura. Pesquisa em visão colorida aplicada a imagens em ambiente industrial.

    Atividades

    • 11/2004 - 12/2004

      Outras atividades técnico-científicas , Ablevision Sistemas Computacionais Ltda, Ablevision Sistemas Computacionais Ltda.,Atividade realizada, Engenharia de software e pesquisa em inspeção visual pra controle de qualidade.

    • 10/2004 - 12/2004

      Pesquisa e desenvolvimento .,Linhas de pesquisa

  • 1997 - 1997

    Dixtal Tecnologia Indústria e Comércio Ltda

    Vínculo: estagiário, Enquadramento Funcional: programador/analista de sistema/treinamento, Carga horária: 30

    Outras informações:
    Estágio pra conclusão de curso realizado junto a médicos do Hospital das Clinicas e Instituto Albert Einstein

    Atividades

    • 01/1997 - 07/1997

      Estágios , Dixtal Biomédica, Projeto de Software Médico.,Estágio realizado, Projeto de software médico para controle de dados vitais de pacientes em UTI.

  • 2000 - 2000

    Instituto Butantan

    Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: engenharia de software, Carga horária: 8

    Outras informações:
    Projeto com Prof. Dr. Hilton Japyassu, onde fui responsável por modelagem e gerenciamento de projeto de software para árvore filogenética no intuito de traçar e correlacionar o comportamento de aranhas com seu papel no controle de pragas.

    Atividades

    • 01/2000 - 10/2000

      Pesquisa e desenvolvimento , Divisão de Biologia, Serviço de Animais Peconhentos.,Linhas de pesquisa

  • 1996 - 1997

    Parque Tecnológico de São Carlos

    Vínculo: trabalho voluntário, Enquadramento Funcional: Acompanhamento em engenharia de software, Carga horária: 8

    Outras informações:
    Acompanhamento em engenharia de software para crianças especiais (Mestre). Trabalho em conjunto com o Departamento de Psicologia da UFSCar.

    Atividades

    • 10/1996 - 01/1997

      Outras atividades técnico-científicas , Parque Tecnológico de São Carlos, Parque Tecnológico de São Carlos.,Atividade realizada, Acompanhamento/auxílio engenharia software.

  • 1999 - 2000

    Cursinho Palmares

    Vínculo: Professor voluntário, Enquadramento Funcional: Professor titular, Carga horária: 8

    Outras informações:
    Além de uma das idealizadoras e fundadoras do Cursinho Popular Palmares, curso pré-vestibular voltado a pessoas carentes da cidade de São Carlos, fui professora voluntária de inglês durante um ano. Para consolidação desse projeto foi necessária muito empenho, inclusive no sentido de orientação social aos alunos, apoio financeiro através patrocínios, dentre outros.

    Atividades

    • 03/2000 - 12/2000

      Ensino,,Disciplinas ministradas, inglês

  • 1997 - 2004

    Universidade de São Paulo

    Vínculo: pesquisador, Enquadramento Funcional: mestranda e, posteriormente, doutoranda, Carga horária: 50, Regime: Dedicação exclusiva.

    Outras informações:
    A partir de dezembro de 1997, iniciei estudos junto ao prof. Luciano da F. Costa no grupo de visão cibernética do IFSC - USP para análise de sinais biológicos. Com a idéia de investigar a visão de aranhas Salticidae, iniciei-me ao estudo de processos estocásticos, transformada de Fourier e visão computacional. No doutorado, trabalhei com imagens médicas, precisamente micrografias do sangue periférico para auxílio no diagnóstico de leucemia a baixo custo.

    Atividades

    • 10/2001 - 10/2004

      Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Física de São Carlos, Departamento de Física e Ciência Interdisciplinar.,Linhas de pesquisa

    • 12/1997 - 06/2000

      Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Física de São Carlos, Departamento de Física e Ciência Interdisciplinar.,Linhas de pesquisa