Alan Wilter Sousa da Silva

possui graduação em Bacharelado em Física pela Universidade Federal do Pará (1995), mestrado em Física pela Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro (1999) e doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica) pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (2003). Possui pós-doutoramento pelo Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (2004), pelo Laboratório Nacional de Computação Científica (2005) e desde 2006 está como pesquisador junto à Universidade de Cambridge, Grã-Bretanha em conjunto com o European Bioinformatics Institute - EMBL (GB). Tem experiência na área de Biofísica, com ênfase em Dinâmica Molecular Computacional, atuando principalmente nos seguintes temas: dinâmica molecular, modelagem molecular, clusters e grids de computadores e programas para processamento de dados de RMN.

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Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)

1999 - 2003

Universidade Federal do Rio de Janeiro
Título: Estudo por Modelagem e Dinâmica Molecular da Proteases de Variantes do Vírus da Imunodeficiência Humana Tipo 1 Resistentes a Drogas Antivirais
Orientador: Pedro Geraldo Pascutti
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. Palavras-chave: Dinâmica Molecular; HIV Protease; Linear Interactive Energy; Esfera Estocástica.Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Atômica e Molecular / Especialidade: Energia de Interação Entre Biomoléculas. Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos Vinculados À Saúde Humana Ou dos Animais.

Mestrado em Física

1997 - 1999

Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro, PUC-Rio
Título: Estudo da Nitrosilação Hemoglobina e de Porfirinas de Ferro Solúveis por Absorção Eletrônica e Ressonância Paramagnética Eletrônica,Ano de Obtenção: 1999
Orientador: Sônia Renaux Wanderley Louro
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. Palavras-chave: EPR; Hemoglobina; Porfirina; Óxido Nítrico.Grande área: Ciências Exatas e da TerraGrande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Atômica e Molecular / Especialidade: Espectros Moleculares e Interações de Fótons com Moléculas. Setores de atividade: Fabricação de Produtos Químicos Orgânicos.

Graduação em Bacharelado em Física

1991 - 1995

Universidade Federal do Pará
Título: Soluções Numéricas para Equações Diferenciais (Com Aplicações)
Orientador: José Luiz Magalhães Lopes
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.

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Pós-doutorado

2007

Pós-Doutorado. , European Bioinformatics Institute, EBI, Grã-Bretanha. , Grande área: Ciências Exatas e da Terra, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular / Especialidade: Estrura e Função de Proteínas.

2006 - 2007

Pós-Doutorado. , University Of Cambridge, UC, Grã-Bretanha. , Bolsista do(a): Biotechnology And Biological Sciences Research Council, BBSRC, Grã-Bretanha. , Grande área: Ciências Exatas e da Terra, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular / Especialidade: Estrura e Função de Proteínas.

2004 - 2005

Pós-Doutorado. , Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil. , Bolsista do(a): Hewlett Packard Pesquisa e Desenvolvimento, HP P&D, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Arquitetura de Sistemas de Computação.

2003 - 2004

Pós-Doutorado. , Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais, INPE, Brasil. , Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. , Grande área: Ciências Exatas e da Terra

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Formação complementar

2001 - 2001

II Escola de Verão - Mét. Comp. em Biologia. (Carga horária: 40h). , Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.

2000 - 2000

Escola de Verão - Mét. Comp. em Biologia. (Carga horária: 40h). , Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.

1999 - 1999

Minicurso Biologia Molecular Estrutural. (Carga horária: 16h). , Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, CNPEM, Brasil.

1998 - 1998

Introdução ao Processamento de Imagens. (Carga horária: 30h). , Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro, PUC-Rio, Brasil.

1998 - 1998

Escola de Verão - Curso de Biofísica. (Carga horária: 40h). , Centro Brasileiro de Pesquisas Físicas, CBPF, Brasil.

1996 - 1996

Curso de Manutenção de Microcomputadores. (Carga horária: 20h). , Universidade Federal do Pará, UFPA, Brasil.

1995 - 1995

Fundamentos de Redes Neurais. (Carga horária: 20h). , Universidade Federal do Pará, UFPA, Brasil.

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Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Espanhol

Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.

Francês

Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

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Áreas de atuação

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular/Especialidade: Dinâmica Molecular Computacional.

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Geral/Especialidade: Métodos Matemáticos da Física.

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Atômica e Molecular/Especialidade: Espectros Moleculares e Interações de Fótons com Moléculas.

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Atômica e Molecular/Especialidade: Inf. sobre Átomos e Moléculas Obtidos Experimentalmente; Instrumentação e Técnicas.

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Participação em eventos

5th International Conference on Bilogical Physics (ICBP). 5th International Conference on Bilogical Physics (ICBP). 2004. (Congresso).

VII Latin-American Conference on Space Geophysics. VII Latin-American Conference on Space Geophysics. 2004. (Congresso).

1st Latin American Protein Society Meeting.1st Latin American Protein Society Meeting. 2004. (Encontro).

XXVI Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional. XXVI Congresso nacional de Matemática Aplicada e Computacional. 2003. (Congresso).

V Congresso Ibero-Americano de Biofísica. V Congresso Ibero-Americano de Biofísica. 2003. (Congresso).

XXII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. XXXII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. 2003. (Congresso).

XIV International Biophysics Congress. XIV International Biophysics Congress - IUPAB/SAB. 2002. (Congresso).

Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos.Simulação por Dinâmica Molecular. 2002. (Oficina).

XXX Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. XXX Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq. 2001. (Congresso).

XXIX Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. XXIX Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq. 2000. (Congresso).

XXIII Encontro Nacional da Física da Matéria Condensada. XXIII Encontro Nacional da Física da Matéria Condensada. 2000. (Congresso).

IV Congresso de Biofísica do Cone-Sul. IV Congresso de Biofísica do Cone-Sul. 2000. (Congresso).

Linux Expo Brazil.Linux Expo Brazil. 2000. (Simpósio).

XXI Encontro Nacional da Física da Matéria Condensada. XXI Encontro Nacional da Física da Matéria Condensada. 1998. (Congresso).

48a Reunião Anual da SBPC Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência. XLVIII Reunião Anual da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência. 1996. (Congresso).

XIII Encontro de Físicos do Norte/Nordeste.XIII Encontro de Físicos do Norte/Nordeste. 1995. (Encontro).

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Participação em bancas

Aluno: Márcia Rodrigues Campos

WILTER, Alan; RAMOS, Fernando Manuel; ROSA, Reinaldo Roberto; BECCENERI, José Carlos;PASCUTTI, Pedro Geraldo. Caracterização de Processos Moleculares Simulados Utilizando a Análise de Padrões Gradientes. 2005. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) - Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais.

Aluno: Arlan da Silva Conçalves

VILLAR, Jose Daniel FigueroaWILTER, Alan; BORGES, Luiz Eduardo Pizarro; SANTANNA, Carlos Maurício Rabello de; CAFFARENA, Ernesto Raúl. Estudo por Dinâmica Molecular das Interações da Pralidoxima e da Deazapralidoxima com a Acetilcolinesterase Humana inibida pelo Agente Neurotóxico Tabun. 2005. Dissertação (Mestrado em Química) - Instituto Militar de Engenharia.

Aluno: Tanos Celmar Costa França

VILLAR, Jose Daniel Figueroa; ALENCASTRO, Ricardo Bicca de; BISCH, Paulo Mascarello; FRAGA, Carlos Alberto Manssour; BORGES JÚNIOR, Itamar;WILTER, Alan. Modelagem Molecular da Serina Hidroximetiltransferase de Plasmodium Falciparum: Modelos Tridimensionais e Proposta de Potenciais Inibidores Seletivos. 2004. Tese (Doutorado em Química) - Instituto Militar de Engenharia.

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Comissão julgadora das bancas

Octavio Augusto Ceva Antunes

ANTUNES, O. A. C.. Tese de Doutorado. 2003. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Gilberto Weissmuller

WEISSMULLER, G.. Estudo por Modelagem e Dinâmica Molecular de Proteases de Vírus da Imunodeficiência Humana Tipo 1 Resistentes a Drogas Antivirais. 2003. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Fernando de Magalhães Coutinho Vieira

VIEIRA, F. M. C.. Estudo por modelagem e dinâmica molecular da protease de variantes do vírus da imunodeficiência humana do tipo 1 a drogas antivirais. 2003. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

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Orientou

Arlan da Silva Gonçalves

Estudo por Dinâmica Molecular das Interações da Pralidoxima e da Deazapralidoxima com a Acetilcolinesterase Humana inibida pelo Agente Neurotóxico Tabun; 2005; 125 f; Dissertação (Mestrado em Química) - Instituto Militar de Engenharia, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Alan Wilter Sousa da Silva;

Márcia Rodrigues Campos

Caracterização de Processos Moleculares Simulados Utilizando a Análise de Padrões Gradientes; 2005; 90 f; Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) - Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais,; Coorientador: Alan Wilter Sousa da Silva;

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Foi orientado por

PEDRO GERALDO PASCUTTI

Estudo por Modelagem e Dinâmica Molecular de Proteases de Vírus da Imunodeficiência Humana Tipo 1 Resistentes a Drogas Antivirais; 2003; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Pedro Geraldo Pascutti;

PEDRO GERALDO PASCUTTI

2005; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Hewllet Packart - Brasil; Pedro Geraldo Pascutti;

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Produções bibliográficas

  • ALPI, EMANUELE ; GRISS, JOHANNES ; DA SILVA, ALAN WILTER SOUSA ; BELY, BENOIT ; ANTUNES, RICARDO ; ZELLNER, HERMANN ; RÍOS, DANIEL ; O'DONOVAN, CLAIRE ; VIZCAÍNO, JUAN ANTONIO ; MARTIN, MARIA J. . Analysis of the tryptic search space in UniProt databases. Proteomics (Weinheim. Print) , v. 15, p. 48-57, 2015.

  • SONNHAMMER, E. L. L. ; GABALDON, T. ; SOUSA DA SILVA, A. W. ; MARTIN, M. ; ROBINSON-RECHAVI, M. ; BOECKMANN, B. ; THOMAS, P. D. ; DESSIMOZ, C. . Big data and other challenges in the quest for orthologs. Bioinformatics (Oxford. Print) , v. 30, p. 2993-2998, 2014.

  • Matos, Karina S. ; da Cunha, Elaine F.F. ; GONÇALVES, Arlan da Silva ; WILTER, Alan ; KU'A, KAMIL ; França, Tanos C.C. ; Ramalho, Teodorico C. . First principles calculations of thermodynamics and kinetic parameters and molecular dynamics simulations of acetylcholinesterase reactivators: can mouse data provide new insights into humans?. Journal of Biomolecular Structure & Dynamics , v. 30, p. 546-558, 2012.

  • DORELEIJERS, JURGEN F. ; SOUSA DA SILVA, ALAN W. ; KRIEGER, ELMAR ; NABUURS, SANDER B. ; SPRONK, CHRISTIAN A. E. M. ; STEVENS, TIM J. ; VRANKEN, WIM F. ; VRIEND, GERT ; VUISTER, GEERTEN W. . CING: an integrated residue-based structure validation program suite. Journal of Biomolecular NMR , v. 54, p. 267-283, 2012.

  • SOUSA DA SILVA, ALAN W ; VRANKEN, WIM F . ACPYPE - AnteChamber PYthon Parser interfacE. BMC Research Notes , v. 5, p. 367, 2012.

  • RAMALHO, T. C. ; França TCC ; Cortopassi, W.A. ; GONCALVES, A. S. ; WILTER, Alan ; CUNHA, EFF . Topology and dynamics of the interaction between 5-nitroimidazole radiosensitizers and duplex DNA studied by a combination of docking, molecular dynamic simulations and NMR spectroscopy. Journal of Molecular Structure (Print) , v. 992, p. 65-71, 2011.

  • MORRIS, CHRIS ; PAJON, ANNE ; GRIFFITHS, SUSANNE L. ; DANIEL, ED ; SAVITSKY, MARC ; LIN, BILL ; DIPROSE, JONATHAN M. ; WILTER DA SILVA, ALAN ; PILICHEVA, KATYA ; TROSHIN, PETER ; VAN NIEKERK, JOHANNES ; ISAACS, NEIL ; NAISMITH, JAMES ; NAVE, COLIN ; BLAKE, RICHARD ; WILSON, KEITH S. ; STUART, DAVID I. ; HENRICK, KIM ; ESNOUF, ROBERT M. . The Protein Information Management System (PiMS): a generic tool for any structural biology research laboratory. Acta Crystallographica. Section D, Biological Crystallography , v. 67, p. 249-260, 2011.

  • VELANKAR, S. ; BEST, C. ; BEUTH, B. ; BOUTSELAKIS, C. H. ; COBLEY, N. ; SOUSA DA SILVA, A. W. ; DIMITROPOULOS, D. ; GOLOVIN, A. ; HIRSHBERG, M. ; JOHN, M. ; KRISSINEL, E. B. ; NEWMAN, R. ; OLDFIELD, T. ; PAJON, A. ; PENKETT, C. J. ; PINEDA-CASTILLO, J. ; SAHNI, G. ; SEN, S. ; SLOWLEY, R. ; SUAREZ-URUENA, A. ; SWAMINATHAN, J. ; VAN GINKEL, G. ; VRANKEN, W. F. ; HENRICK, K. ; KLEYWEGT, G. J. . PDBe: Protein Data Bank in Europe. Nucleic Acids Research , v. 38, p. D308-D317, 2009.

  • BATISTA, Paulo Ricardo ; WILTER, Alan ; DURHAM, Elza Helena Andrade Barbosa ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . Molecular Dynamics Simulations Applied to the Study of Subtypes of HIV-1 Protease Common to Brazil, Africa, and Asia. Cell Biochemistry and Biophysics , New Jersey, USA, v. 44, n.3, p. 395-404, 2006.

  • FRANÇA, Tanos Celmar Costa ; WILTER, Alan ; RAMALHO, Teodorico de Castro ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; VILLAR, Jose Daniel Figueroa . Molecular dynamics of the interaction of Plasmodium falciparum and human serine hydroxymethyltransferase with 5-formyl-6-hydrofolic acid analogues: design of new potential antimalarials. Journal of the Brazilian Chemical Society (Impresso) , Campinas, Brasil, v. 17, n.7, p. 1383-1392, 2006.

  • VILHENA, Fernando S D S ; WILTER, Alan ; LOURO, Sônia R W . Reductive nitrosylation of water-soluble iron porphyrins by S-nitroso-N-acetylpenicillamine: Rate constants and EPR characterization. Journal of Inorganic Biochemistry , Amsterdam, The Netherlands, v. 100, n.11, p. 1722-1729, 2006.

  • GONÇALVES, Arlan da Silva ; FRANÇA, Tanos Celmar Costa ; WILTER, Alan ; VILLAR, Jose Daniel Figueroa . Molecular dynamics of the interaction of pralidoxime and deazapralidoxime with acetylcholinesterase inhibited by the neurotoxic agent tabun. Journal of the Brazilian Chemical Society (Impresso) , Campinas, Brasil, v. 17, n.5, p. 968-975, 2006.

  • WILTER, Alan ; OSTHOFF, Carla ; OLIVEIRA, Cristiane ; GOMES, Diego Barreto ; HILL, Eduardo ; DARDENNE, Laurent Emmanuel ; BARROS, Patrícia Machado de ; LOUREIRO, Pedro ; NOVAES, Reynaldo ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . The BioPAUÁ Project: A Portal for Molecular Dynamics Using Grid Environment. Lecture Notes in Computer Science , Heidelberg, Germany, v. 3594, p. 214-217, 2005.

  • WILTER, Alan ; OSTHOFF, Carla ; OLIVEIRA, Cristiane ; Gomes, Diego E. B. ; HILL, Eduardo ; Dardenne, Laurent E. ; Barros, Patrícia M. ; Loureiro, Pedro A. A. G. L. ; NOVAES, Reynaldo ; Pascutti, Pedro G. . Lecture Notes in Computer Science. 1. ed. Springer Berlin Heidelberg, 2005. v. 3594. 4p .

  • WILTER, Alan ; VRANKEN, Wim ; HAYES, Mark ; PARKER, Michael A ; LAUE, Ernest D . CCPNGrid ? A Portal for Biomolecular Structure Calculation from NMR Spectroscopy Data. In: UK e-Science All Hands Meeting 2007, 2007, Nottingham. Proceedings of the UK e-Science All Hands Meeting 2007. Edingburgh: University of Edinburgh / University of Glasgow, 2007. v. Sept.

  • WILTER, Alan ; VRANKEN, Wim ; HAYES, Mark ; PARKER, Michael A ; LAUE, Ernest D . CCPNGrid: A Framework for High Throughput Computing in NMR Spectroscopy. In: UK e-Science All Hands Meeting, 2006, Nottingham. UK e-Science Programme All Hands Meeting 2006, 2006.

  • WILTER, Alan ; FREITAS, Ubiratan Santos ; MENDES JÚNIOR, Odim ; ROSA, Reinaldo Roberto . Generalized Non-Linear Coupling for Geomagnetic Storms using Symbolic Dynamics. In: VII Latin-American Conference on Space Geophysics, 2004, Atibaia, São Paulo. VII Latin-American Conference on Space Geophysics, Space Sciences for the XXI Century. Atibaia, São Paulo: ALAGE, 2004. p. 174.

  • MENDES JÚNIOR, Odim ; FERNANDES, Francisco Carlos ; WILTER, Alan ; CECATTO, José Roberto ; ROSA, Reinaldo Roberto ; KARLICKÝ, Marian ; MESZAROSOVA, Hana . High Frequency Broad Band Radio Pulsations. In: VII Latin-American Conference on Sapace Geophysics, 2004, Atibaia, São Paulo. VII Latin-American Conference on Space Geophysics, Space Sciences for the XXI Century. Atibaia, São Paulo: ALAGE, 2004. p. 28.

  • WILTER, Alan ; CAMPOS, Márcia Rodrigues ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; ROSA, Reinaldo Roberto . Gradient Pattern Analysis: Applications to Molecular Dynamics Simulations. In: 5th International Conference on Bilogical Physics (ICBP), 2004, Göteborg. Proceedings from 5th ICBP. Göteborg, Sweden, 2004.

  • WILTER, Alan ; BARBOSA, E. H. A. ; BISCH, Paulo Mascarello ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . Molecular Dynamics of HIV-1 Proteases Subtype F Complexed with Several Inhibitors. In: XXXII Reunião Anual da SBBq, 2003, Caxambu. Programas e Resumos da XXXII Reunião Anual da SBBq, 2003. p. 169.

  • WILTER, Alan ; BISCH, Paulo Mascarello ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . Searching for Evidences of Drug Resistance in Brazilian Variant HIV-1 Proteases by Computational Simulations. In: XIV International Biophysics Congress - IUPAB/SAB, 2002, Buenos Aires. Anais do XIV International Biophysics Congress, 2002.

  • WILTER, Alan ; BISCH, Paulo Mascarello ; CAFFARENA, Ernesto Raúl ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . Stochastic Molecular Dynamics of HIV Type 1 Protease Complexed with DMP323. In: XXX Reunião Anual da SBBq, 2001, Caxambu. Programas e Resumos da XXX Reunião Anual da SBBq, 2001.

  • WILTER, Alan ; BISCH, Paulo Mascarello ; CAFFARENA, Ernesto Raúl ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . Simulation of HIV Type 1 Protease Complexed with DMP323 Using Stochastic Molecular Dynamics. In: 4th International Conference on Biological Physics, 2001, Kyoto. Anais do 4th International Conference on Biological Physics, 2001.

  • DARDENNE, Laurent Emmanuel ; MUNDIM, K. C. ; WILTER, Alan ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . A Grid-Based Docking Methodology Using the Generalized Simulated Annealing Optimization Method to Predict Ligand-Protein Conformations. In: XI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2001, Caxambu (MG). Resumos da XI SBQT, 2001.

  • WILTER, Alan ; BISCH, Paulo Mascarello ; BARBOSA, E. H. A. ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . Electrostatic Potential on the Surface and Molecular Dynamics of HIV-1 Protease Brazilian Mutants. In: 9th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2001, Copenhagen. Anais do 9th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2001.

  • WILTER, Alan ; BISCH, Paulo Mascarello ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . Analysis of HIV-1 Protease/Inhibitor Complexes by Molecular Modelling and Dynamics Simulations. In: XXIII Encontro Nacional da Física da Materia Condensada, 2000, São Lourenço. Anais do XXIII ENFMC, 2000.

  • WILTER, Alan ; BISCH, Paulo Mascarello ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . Molecular Modelling and Dynamics of Drug Resistant Proteases from Mutants HIV-1. In: XXIX Reunião Anual da SBBq, 2000, Caxambu. Programas e Resumos da XXXII Reunião Anual da SBBq, 2000.

  • WILTER, Alan ; BISCH, Paulo Mascarello ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . Conformational Changes Induced by Mutations in HIV-1 Proteases Observed by Molecular Dynamics. In: IV Congresso de Biofísica do Cone-Sul, 2000, Campinas. Anais do IV Congresso de Biofísica do Cone-Sul, 2000.

  • WILTER, Alan ; Wajnberg, E. ; LOURO, Sônia R W . Nitric Oxide Ligation with Water-Soluble Meso-Tetrasubstituted Iron-Porphyrins: Influence of Albumin and Detergents.. In: Biophysical Society 43rd Annual Meeting, 1999, Baltimore. Biophysical Journal, 1999. v. 76. p. A423.

  • WILTER, Alan ; Wajnberg, E. ; LOURO, Sônia R W . Nitric Oxide Transfer from S-Nitrosothiols to the Haems of Oxy and Deoxyhaemoglobin. In: XXI Encontro Nacional da Física da Matéria Condensada, 1998, Caxambú. Anais do XXI ENFMC, 1998.

  • WILTER, Alan . Um Curso de Física Computacional - Exemplos e Aplicações. In: XII Encontro de Física do Norte/Nordeste, 1995, Salvador. Anais do XII ENFNNE, 1995.

  • WILTER, Alan . CCPNGrid: A Portal for Biomolecular Structure Calculation from NMR Spectroscopy Data. 2007. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

  • WILTER, Alan . BioPAUÁ Project. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

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Outras produções

WILTER, Alan . Construção de Cluster de Computadores para Computação de Alto Desempenho. 2003.

WILTER, Alan . Construção de Cluster de Computadores para Computação de Alto Desempenho. 2001.

MUNDIM, K. C. ; WILTER, Alan ; CAFFARENA, Ernesto Raúl ; DARDENNE, Laurent Emmanuel ; BISCH, Paulo Mascarello ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . Implementações para Programa de Dinâmica e Modelagem Molecular THOR. 1999.

WILTER, Alan ; DARDENNE, Laurent Emmanuel ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; OSTHOFF, Carla ; GOMES, Diego Barreto ; LOUREIRO, Pedro ; HILL, Eduardo ; BARROS, Patrícia Machado de ; OLIVEIRA, Cristiane . Portal Web BioPAUÁ para Dinâmica Molecular num Ambiente de Grade Computacional. 2005.

WILTER, Alan ; SOUZA, Elias Ramos de ; BISCH, Paulo Mascarello ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; DARDENNE, Laurent ; CAFFARENA, Ernesto Raúl ; RÖSSLE, Shaila Sykora . Curso de Modelagem Computacional de Sistemas Biológicos. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

WILTER, Alan ; DARDENNE, Laurent Emmanuel ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; CAFFARENA, Ernesto Raúl . II Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

WILTER, Alan ; BISCH, Paulo Mascarello ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; DARDENNE, Laurent ; CAFFARENA, Ernesto Raúl . Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. 2002. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

WILTER, Alan . Animações didáticas sobre Dinâmica Molecular e utilização do programa Maple. 2001. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Animações).

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Projetos de desenvolvimento

  • 2007 - Atual

    RECOORD, Descrição: Extensão do projeto RECOORD para o re-cálculo de estruturas depositadas no PDB obtidas por RMN para sistemas moleculares envolvendo compostos químicos não usuais. Programas utilizados: CNS e midleware CONDOR.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Alan Wilter Sousa da Silva - Integrante / Wim Vranken - Coordenador., Financiador(es): European Bioinformatics Institute - Remuneração.

  • 2006 - Atual

    CCPNGrid, Descrição: Portal para submissão e cálculo de estrutura de proteínas obtidas por RMN numa grade de computadores. São utilizados os programas ARIA e CNS para cálculo de estrutura e o midleware CONDOR para gerenciamento da grade de computadores CamGrid.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Alan Wilter Sousa da Silva - Integrante / Ernest Laue - Coordenador / Wim Vranken - Integrante., Financiador(es): Biotechnology And Biological Sciences Research Council - Remuneração.

  • 2004 - 2005

    Projeto BioPAUÁ, Descrição: Projeto de pesquisa em Dinâmica Molecular para automatização de processos e criação dum Portal Web para submissão de jobs em DM. Testes de protocolos de DM e estudos de metodologias. Integração e utilização de cluster de computadores e grade de computadores para ser acessada via MyGrid.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (3) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Alan Wilter Sousa da Silva - Integrante / Carla Osthoff - Integrante / Laurent Dardenne - Coordenador / Cristiane Oliveira - Integrante / Patrícia Machado de Barros - Integrante / Eduardo Hill - Integrante / Pedro Loureiro - Integrante / Diego Barreto Gomes - Integrante / Pedro Geraldo Pascutti - Integrante., Financiador(es): Hewlett Packard do Brasil - Bolsa., Número de produções C, T & A: 4

  • 2003 - 2004

    Projeto PVA-BDA, Descrição: Desenvolvimento de Algoritmos para Reconstrução Tomográfica Metodologias: Método de Smith adaptado para as curvas de densidade obtidas a partir do modelo de Kuznetsov-Hood (KH) Interpolação Estatística por Estimação Bayesiana Implementação dos Operadores Computacionais AAF e CEF Aplicação dos Algoritmos TOMOGP e GPA3D Estudo da Automação do Sistema Ajuda na implementação dos programas de reconstrução de imagens tomográficas 3D da atmosfera solar Suporte aos usuários do Laboratório no INPE . , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Alan Wilter Sousa da Silva - Integrante / Célio Moron - Integrante / Reinaldo Roberto Rosa - Integrante / Nélson Rufino Mascarenhas - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa., Número de produções C, T & A: 2

  • 2007 - Atual

    RECOORD, Descrição: Extensão do projeto RECOORD para o re-cálculo de estruturas depositadas no PDB obtidas por RMN para sistemas moleculares envolvendo compostos químicos não usuais. Programas utilizados: CNS e midleware CONDOR.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Alan Wilter Sousa da Silva - Integrante / Wim Vranken - Coordenador., Financiador(es): European Bioinformatics Institute - Remuneração.

  • 2006 - Atual

    CCPNGrid, Descrição: Portal para submissão e cálculo de estrutura de proteínas obtidas por RMN numa grade de computadores. São utilizados os programas ARIA e CNS para cálculo de estrutura e o midleware CONDOR para gerenciamento da grade de computadores CamGrid.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Alan Wilter Sousa da Silva - Integrante / Ernest Laue - Coordenador / Wim Vranken - Integrante., Financiador(es): Biotechnology And Biological Sciences Research Council - Remuneração.

  • 2004 - 2005

    Projeto BioPAUÁ, Descrição: Projeto de pesquisa em Dinâmica Molecular para automatização de processos e criação dum Portal Web para submissão de jobs em DM. Testes de protocolos de DM e estudos de metodologias. Integração e utilização de cluster de computadores e grade de computadores para ser acessada via MyGrid.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (3) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Alan Wilter Sousa da Silva - Integrante / Carla Osthoff - Integrante / Laurent Dardenne - Coordenador / Cristiane Oliveira - Integrante / Patrícia Machado de Barros - Integrante / Eduardo Hill - Integrante / Pedro Loureiro - Integrante / Diego Barreto Gomes - Integrante / Pedro Geraldo Pascutti - Integrante., Financiador(es): Hewlett Packard do Brasil - Bolsa., Número de produções C, T & A: 4

  • 2003 - 2004

    Projeto PVA-BDA, Descrição: Desenvolvimento de Algoritmos para Reconstrução Tomográfica Metodologias: Método de Smith adaptado para as curvas de densidade obtidas a partir do modelo de Kuznetsov-Hood (KH) Interpolação Estatística por Estimação Bayesiana Implementação dos Operadores Computacionais AAF e CEF Aplicação dos Algoritmos TOMOGP e GPA3D Estudo da Automação do Sistema Ajuda na implementação dos programas de reconstrução de imagens tomográficas 3D da atmosfera solar Suporte aos usuários do Laboratório no INPE. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Alan Wilter Sousa da Silva - Integrante / Célio Moron - Integrante / Reinaldo Roberto Rosa - Integrante / Nélson Rufino Mascarenhas - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa., Número de produções C, T & A: 2

Histórico profissional

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Endereço profissional

  • University Of Cambridge, Department Of Biochemistry, Ccpn. , 80 Tennis Court Road, Department of Biochemistry, CB2 1GA - Cambridge, - Grã-Bretanha, Telefone: (44) 1223766018, URL da Homepage:

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Experiência profissional

  • 2007 - 2007

    European Molecular Biology Laboratory

    Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40

    Atividades

    • 02/2007 - 04/2007

      Serviços técnicos especializados , Ebi, Msd.,Serviço realizado, Extensão do projeto RECOORD.

  • 2006 - Atual

    University Of Cambridge

    Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40

    Atividades

    • 02/2006

      Serviços técnicos especializados , Department Of Biochemistry, Ccpn.,Serviço realizado, Desenvolvido do CCPNGrid e do projecto CING.

  • 2004 - 2005

    Laboratório Nacional de Computação Científica

    Vínculo: Bolsista de Pós-doutorado, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

    Atividades

    • 06/2004 - 03/2005

      Pesquisa e desenvolvimento , Convênio Hp do Brasil e Lncc, Incubadora de Empresas.,Linhas de pesquisa

  • 2005 - 2005

    Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais

    Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Analista em Ciência e Tecnologia, Carga horária: 40

  • 2003 - 2004

    Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais

    Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

    Atividades

    • 04/2005 - 08/2005

      Serviços técnicos especializados , Diretor, Serviço de Informação e Documentação.,Serviço realizado, Administração da rede e da base de dados da Biblioteca Central e desenvolvimento de software.

    • 07/2003 - 05/2004

      Pesquisa e desenvolvimento , Centro de Tecnologias Especiais, Laboratório Associado de Computação e Matemática Aplicada.,Linhas de pesquisa