Apuã César de Miranda Paquola

Possui Doutorado em Bioinformática pela Universidade de São Paulo.

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Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em Bioinformática

2004 - 2010

Universidade de São Paulo
Título: Identificação de transferência gênica horizontal em procariotos, estudo do regulon SOS de Caulobacter crescentus e análise estatística de colocalização de posições genômicas.
Carlos Frederico Martins Menck. Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: caulobacter crescentus; transferência gênica horizontal.Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica Comparativa. Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.

Graduação em Engenharia de Computação

1992 - 1996

Universidade Estadual de Campinas

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Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Espanhol

Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

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Áreas de atuação

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Evolução.

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Participação em eventos

Intelligent Systems in Molecular Biology/European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB). Detection of horizontal gene transfer in prokaryotes using BLAST and 16S rRNA distances. 2009. (Congresso).

Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting). Computational detection of horizontal gene transfer islands in prokaryotes. 2007. (Congresso).

Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting). Computational detection of horizontal gene transfer islands in prokaryotes. 2007. (Congresso).

Intelligent Systems in Molecular Biology (ISMB). An in silico and in vivo study on the Caulobacter crescentus SOS regulon. 2006. (Congresso).

Global Dialogues on Emerging Science and Technology. A statistical test for the colocalization of genomic elements. 2006. (Congresso).

International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICOBICOBI). Exploring the Caulobacter crescentus SOS regulon. 2004. (Congresso).

International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICOBICOBI). Zerg: a flexible and fast BLAST parser library. 2003. (Congresso).

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Comissão julgadora das bancas

Claudia Barros Monteiro Vitorello

Monteiro-Vitorello, Claudia Barros; Pereira, C.A.B.; Ferreira, M.U.; Neves, E.J.;Menck, C. F. M.. Identificação de transferência gênica horizontal em procariotos, estudo do regulon SOS de Caulobacter crescentus e análise estatística de colocalização de posições genômicas. 2010. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Marcelo Urbano Ferreira

FERREIRA, M. U.. Doutorado de Apuã Cesar de Miranda Paquola. 2010. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

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Foi orientado por

Carlos Frederico Martins Menck

Identificação de transferência gênica horizontal em procariotos, estudo do regulon SOS de Caulobacter crescentus e análise estatística de colocalização de posições genômicas; ; 2010; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Carlos Frederico Martins Menck;

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Produções bibliográficas

  • MARCHETTO, MARIA C. N. ; NARVAIZA, IÑIGO ; DENLI, AHMET M. ; BENNER, CHRISTOPHER ; LAZZARINI, THOMAS A. ; NATHANSON, JASON L. ; PAQUOLA, APUÃ C. M. ; DESAI, KEVAL N. ; HERAI, ROBERTO H. ; WEITZMAN, MATTHEW D. ; YEO, GENE W. ; MUOTRI, ALYSSON R. ; GAGE, FRED H. . Differential L1 regulation in pluripotent stem cells of humans and apes. Nature (London) , v. 503, p. 525-529, 2013.

  • THOMAS, CHARLES A. ; PAQUOLA, APUÃ C.M. ; MUOTRI, ALYSSON R. . LINE-1 Retrotransposition in the Nervous System. Annual Review of Cell and Developmental Biology , v. 28, p. 555-573, 2012.

  • da ROCHA, R. P. ; PAQUOLA, A. C. ; MARQUES, M. V. ; MENCK, C. F. M. ; GALHARDO, R. S. . Characterization of the SOS regulon of Caulobacter crescentus.. Journal of Bacteriology , v. 190, p. 1209-1218, 2008.

  • LIMA, W. C. ; PAQUOLA, A. C. ; VARANI, A. M. ; VAN-SLUYS, M. A. ; MENCK, C. F. M. . Laterally transferred genomic islands in Xanthomonadales related to pathogenicity and primary metabolism. FEMS Microbiology Letters , v. 281, p. 87-89, 2008.

  • OJOPI, E. P. ; et al. ; PAQUOLA, A. C. ; et al. ; DIAS-NETO, E. . A quantitative view of the transcriptome of Schistosoma mansoni adult-worms using SAGE.. BMC Genomics , v. 8, p. 186, 2007.

  • da COSTA, R. M. A. ; RIOU, L. ; PAQUOLA, A. C. ; MENCK, C. F. M. ; SARASIN, A. . Transcriptional profiles of unirradiated or UV-irradiated human cells expressing either the cancer-prone XPB/CS allele or the noncancer-prone XPB/TTD allele.. Oncogene (Basingstoke) , v. 24, p. 1359-1374, 2005.

  • REIS, E. M. R. ; et al. ; PAQUOLA, A. C. ; et al. ; Head and Neck Annotation Consortium . Large-scale transcriptome analyses reveal new genetic marker candidates of head, neck, and thyroid cancer.. Cancer Research , v. 65, p. 1693-1699, 2005.

  • REIS, E. M. R. ; et al. ; PAQUOLA, A. C. ; et al. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. . Antisense intronic non-coding RNA levels correlate to the degree of tumor differentiation in prostate cancer.. Oncogene (Basingstoke) , v. 23, p. 6684-6692, 2004.

  • LOURO, R. ; NAKAYA, H. I. ; PAQUOLA, A. C. ; MARTINS, E. A. L. ; SILVA, A. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. ; REIS, E. M. R. . RASL11A, member of a novel small monomeric GTPase gene family, is down-regulated in prostate tumors.. Biochemical and Biophysical Research Communications , v. 316, p. 618-627, 2004.

  • PAQUOLA, A. C. ; MACHADO, A. A. ; REIS, E. M. R. ; SILVA, A. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. . Zerg: a very fast BLAST parser library.. Bioinformatics (Oxford) , Inglaterra, v. 19, n.8, p. 1035-1036, 2003.

  • PAQUOLA, A. C. ; NISHIYAMA JR., M. Y. ; REIS, E. M. R. ; SILVA, A. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. . ESTWeb: bioinformatics services for EST sequencing projects.. Bioinformatics (Oxford) , v. 19, p. 1587-1588, 2003.

  • VERJOVSKI-ALMEIDA, S. ; et al. ; PAQUOLA, A. C. ; et al. ; DIAS-NETO, E. . Transcriptome analysis of the acoelomate human parasite Schistosoma mansoni.. Nature Genetics , v. 35, p. 148-157, 2003.

  • BRENTANI, H. ; et al. ; PAQUOLA, A. C. ; et al. ; The Human Cancer Genome Project Sequencing Consortium . The generation and utilization of a cancer-oriented representation of the human transcriptome by using expressed sequence tags.. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , v. 100, p. 13418-13423, 2003.

Histórico profissional

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Endereço profissional

  • Laboratório de Reparo de DNA, Universidade de São Paulo / Instituto de Ciências Biomédicas. , Av. Prof. Lineu Prestes, 1374 sala 116 cevat, Butantã, 05508-000 - Sao Paulo, SP - Brasil, Telefone: (11) 30917499

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Experiência profissional

  • 2000 - 2003

    Instituto de Química da Universidade de São Paulo

    Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Desenvolvedor de Software para Bioinformática, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

    Outras informações:
    Supervidor: Dr. Sergio Verjovski-Almeida, Depto. de Bioquímica - IQ-USP

  • 2004 - 2010

    Programa Interunidades em Bioinformática / Universidade de São Paulo

    Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Estudante de Doutorado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

    Outras informações:
    Orientador: Prof. Dr. Carlos Frederico Martins Menck

  • 1999 - 2000

    Communiplex Ltda.

    Vínculo: Autônomo, Enquadramento Funcional: Desenvolvedor de Software, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.