Ana Carolina Ayupe de Oliveira Beckedorff

Pós-doutorado

Formação complementar

Idiomas

Participação em eventos

Participação em bancas

Produções bibliográficas

• Ayupe, Ana C. ; BECKEDORFF, FELIPE ; LEVAY, KONSTANTIN ; YON, BENITO ; SALGUEIRO, YADIRA ; SHIEKHATTAR, RAMIN ; PARK, KEVIN K. . Identification of long noncoding RNAs in injury-resilient and injury-susceptible mouse retinal ganglion cells. BMC GENOMICS , v. 22, p. 741, 2021.

• RIBEIRO, MÁRCIO ; LEVAY, KONSTANTIN ; YON, BENITO ; Ayupe, Ana C. ; SALGUEIRO, YADIRA ; PARK, KEVIN K. . Neural Cadherin Plays Distinct Roles for Neuronal Survival and Axon Growth under Different Regenerative Conditions. ENEURO (ONLINE) , v. 7, p. ENEURO.0325-20.2020, 2020.

• BRAY, ERIC R. ; YUNGHER, BENJAMIN J. ; LEVAY, KONSTANTIN ; RIBEIRO, MARCIO ; DVORYANCHIKOV, GENNADY ; Ayupe, Ana C. ; THAKOR, KINJAL ; MARKS, VICTORIA ; RANDOLPH, MICHAEL ; DANZI, MATT C. ; SCHMIDT, TIFFANY M. ; CHAUDHARI, NIRUPA ; LEMMON, VANCE P. ; HATTAR, SAMER ; PARK, KEVIN K. . Thrombospondin-1 Mediates Axon Regeneration in Retinal Ganglion Cells. NEURON , v. 103, p. 642-657.e7, 2019.

• DASILVA, LUCAS F. ; BECKEDORFF, FELIPE C. ; Ayupe, Ana C. ; AMARAL, MURILO S. ; MESEL, VINÍCIUS ; VIDEIRA, ALEXANDRE ; REIS, EDUARDO M. ; SETUBAL, JOÃO C. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, SERGIO . Chromatin Landscape Distinguishes the Genomic Loci of Hundreds of Androgen-Receptor-Associated LincRNAs From the Loci of Non-associated LincRNAs. Frontiers in Genetics , v. 9, p. 25 April 2018, 2018.

• Ayupe, Ana C. ; TAHIRA, ANA C. ; CAMARGO, LAUREN ; BECKEDORFF, FELIPE C. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, SERGIO ; REIS, EDUARDO M. . Global analysis of biogenesis, stability and sub-cellular localization of lncRNAs mapping to intragenic regions of the human genome. RNA Biology , v. 00, p. 00-00, 2015.

• DEOCESANO-PEREIRA, C. ; AMARAL, M. S. ; PARREIRA, K. S. ; AYUPE, A. C. ; JACYSYN, J. F. ; AMARANTE-MENDES, G. P. ; REIS, E. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. . Long non-coding RNA INXS is a critical mediator of BCL-XS induced apoptosis. NUCLEIC ACIDS RESEARCH (ONLINE) , v. 42, p. 8343-8355, 2014.

• BECKEDORFF, FELIPE C. ; Ayupe, Ana C. ; CROCCI-SOUZA, RENAN ; AMARAL, MURILO S. ; NAKAYA, HELDER I. ; SOLTYS, DANIELA T. ; MENCK, CARLOS F. M. ; REIS, EDUARDO M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, SERGIO . The Intronic Long Noncoding RNA ANRASSF1 Recruits PRC2 to the RASSF1A Promoter, Reducing the Expression of RASSF1A and Increasing Cell Proliferation. PLOS Genetics (Online) , v. 9, p. e1003705, 2013.

• OLIVEIRA, A. C. A. ; ASSIS, Vanessa Costa ; MATOS, M. A. C. ; MATOS, Renato Camargo . Flow-injection system with glucose oxidase immobilized on a tubular reactor for determination of glucose in blood samples. ANALYTICA CHIMICA ACTA , v. 535, p. 213-217, 2005.

• Ayupe, A C ; ZANIBONI, G. ; PILLAT, M. M. ; ULRICH, H. ; REIS, E. M. . Long noncoding RNAs regulated in neural differentiation of mouse P19 cells. In: Long Noncoding RNAs: From Evolution to Function, 2015, Keystone. Abstract Book Long Noncoding RNAs: From Evolution to Function - Keystone Symposia, 2015.

• Ayupe, A C ; TAHIRA, A. C. ; Verjovski-Almeida, S ; REIS, E. M. . Biogenesis, stability and sub-cellular localization of long non-coding RNAs expressed in intronic regions of the human genome. In: 58 Congresso Brasileiro de Genética, 2012, Guarujá. Anais do 58° Congresso Brasileiro de Genética, 2012.

• Ayupe, A C ; TAHIRA, A. C. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. ; REIS, E. M. . Biogenesis, stability and sub-cellular localization of long non-coding RNAs expressed in intronic regions of the human genome. In: II Congresso Institucional dos Departamentos de Bioquímica, 2012, Guarujá. II Congresso Institucional dos Departamentos de Bioquímica, 2012.

• BECKEDORFF, F.C ; CROCCI-SOUZA, R ; NAKAYA, H. ; SOLTYS, D. ; OLIVEIRA, A. C. A. ; MENCK, C. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. . RASSF1-AS, a long antisense RNAthat affects RASSF1A isoform expression and cell proliferation.. In: Functional Genomics & Systems Biology, 2011, Guarujá. Abstract book Functional Genomics & Systems Biology, 2011.

• De Ocesano C. ; CAMARGO, L. ; OLIVEIRA, A. C. A. ; PARREIRA, K. ; FACHEL, A. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. . A new ncRNA tumor suppressor candidate regulator of Bcl-X gene.. In: XLI Reunião Anual da SBBq, 2011, Foz do Iguaçu. Anais da XLI Reunião Anual da SBBq, 2011.

• OLIVEIRA, A. C. A. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. ; REIS, E. M. . Estudo da biogênese e distribuição sub-celular de RNAs não-codificadores intrônicos em células HeLa e MCF-10A.. In: 56 Congresso Brasileiro de Genética, 2010, Guarujá. Anais do 56 Congresso Brasileiro de Genética, 2010.

• CROCCI-SOUZA, R ; BECKEDORFF, F.C ; OLIVEIRA, A. C. A. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. . Novo RNA antissenso intrônico candidato a regulador da expressão do gene RASSF1.. In: 56 Congresso Brasileiro de Genética, 2010, Guarujá. Anais do 56 Congresso Brasileiro de Genética, 2010.

• BECKEDORFF, F.C ; MOREIRA, Y. ; OLIVEIRA, A. C. A. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. . Efeito do hormônio andrógeno sobre a transcrição de RNAs não codificadores intrônicos em linhagem tumoral de próstata.. In: 56 Congresso Brasileiro de Genética, 2010, Guarujá. Anais do 56 Congresso Brasileiro de Genética, 2010.

• OLIVEIRA, A. C. A. ; CAMARGO, L. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. ; REIS, E. M. . Identification of intronic noncoding RNAs enriched in nuclear fractions of humans cells.. In: Meeting on Dynamic Organization of Nuclear Function, 2008, Cold Spring Harbor. Abstract book Dynamic Organization of Nuclear Function, 2008.

• OLIVEIRA, A. C. A. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. ; REIS, E. M. . Nuclear localization of intronic RASSF1 transcripts in human tissues using in situ hybridization. In: XXXVI Reunião Anual da SBBq, 2007, Salvador. Anais do XXXVI Reunião Anual da SBBq, 2007.

• OLIVEIRA, A. C. A. ; ASSIS, Vanessa Costa ; MATOS, M. A. C. ; MATOS, R. C. . Uso da Glucose Oxidase Imobilizada em Reator Tubular para a Determinação Espectrofotométrica de Glicose em Amostras de Sangue. In: 28 Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2005, Poços de Caldas. 28 Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2005.

• SILVA, M. V. G. B. ; MARTINEZ, M. L. ; MACHADO, M. A. ; NASCIMENTO, C. S. ; GUIMARAES, M. F. M. ; CAMPOS, A. L. ; AZEVEDO, A. L. S. ; OLIVEIRA, A. C. A. ; VERNEQUE, R. S. ; TEODORO, R. L. . ASSOCIAÇÕES ENTRE O GENE KAPPA-CASEÍNA E CONSTITUINTES DO LEITE EM REBANHOS DA RAÇA GIR. In: XIX REUNIÓN DE LA ASSOCIACIÓN LATINO AMERICANA DE PRODUCCIÓN ANIMAL, 2005, Tampico - México. BIOTAM Nueva Serie - Edición Especial, 2005, 2005. p. 238-240.

• SILVA, M. V. G. B. ; MARTINEZ, M. L. ; MACHADO, M. A. ; NASCIMENTO, C. S. ; GUIMARAES, M. F. M. ; CAMPOS, A. L. ; AZEVEDO, A. L. S. ; OLIVEIRA, A. C. A. ; VERNEQUE, R. S. ; TEODORO, R. L. . ASSOCIAÇÃO ENTRE O GENE DO HORMÔNIO DO CRESCIMENTO BOVINO (bGH) E CONSTITUINTES DO LEITE EM REBANHOS DA RAÇA GIR. In: XIX REUNIÓN DE LA ASSOCIACIÓN LATINO AMERICANA DE PRODUCCÍON ANIMAL, 2005, Tampico - México. BIOTAM Nueva Serie - Edición Especial, 2005, 2005. p. 235-237.

• JABOUR, Haley Amorim ; OLIVEIRA, A. C. A. ; ASSIS, Vanessa Costa ; MATOS, R. C. . Análise espectrofotométrica de ácido úrico em urina com o uso das enzimas uricase e peroxidase. In: XXVI Congresso Latino-americano de Química e 27ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2004, Salvador. XXVI Congresso Latino-americano de Química e 27ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2004.

• ASSIS, Vanessa Costa ; OLIVEIRA, A. C. A. ; MATOS, R. C. . Uso das enzimas peroxidase e glucose oxidase na determinação espectrofotométrica de glicose em amostras de sangue. In: XI Congresso Mineiro de Análises Clínicas/ XI Congresso de Análise Clínicas de Juiz de Fora/ III Congresso de Farmácia de Juiz de Fora, 2004, Juiz de Fora. Anais do XI Congresso Mineiro de Análises Clínicas/ XI Congresso de Análise Clínicas de Juiz de Fora/ III Congresso de Farmácia de Juiz de Fora, 2004.

• MARINHO, M. I. C. ; JABOUR, Halley Amorim ; ASSIS, Vanessa Costa ; OLIVEIRA, A. C. A. ; MATOS, M. A. C. ; MATOS, R. C. . Imobilização Enzimática para Aplicações Analíticas. In: XI Seminário de Iniciação Científica da UFJF, 2004, Juiz de Fora. XI Seminário de Iniciação Científica da UFJF, 2004.

• ASSIS, Vanessa Costa ; OLIVEIRA, A. C. A. ; JABOUR, Haley Amorim ; MATOS, R. C. . Metodologia Analítica para a determinação espectrofotométrica de glicose em amostras farmacêuticas. In: XII Encontro Regional da Sociedade Brasileira de Quimíca, 2003, Juiz de Fora. Anais do XII Encontro Regional da Sociedade Brasileira de Quimíca, 2003.

• Ayupe, A C ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. ; REIS, E. M. . Identification of intronic noncoding RNAs enriched in nuclear fractions of human cells. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

Projetos de pesquisa

• 2017 - 2021

  Identification of Long Noncoding RNAs in Distinct Subtypes of Mouse Retinal Ganglion Cells, Descrição: Emerging evidence indicates that long noncoding RNAs (lncRNAs) are important regulators of various biological processes, and their expression can be altered following certain pathological conditions, including central nervous system injury. Retinal ganglion cells (RGCs), whose axons form the optic nerve, are a heterogeneous population of neurons with more than molecularly distinct subtypes. While most RGCs, including the ON-OFF direction-selective RGCs (ooDSGCs), are vulnerable to axonal injury, a small population of RGCs, including the intrinsically photosensitive RGCs (ipRGCs), are more resilient. By performing systematic analyses on RNA-sequencing data, here we identify lncRNAs that are expressed in ooDSGCs and ipRGCs with and without axonal injury. Our results reveal a repertoire of different classes of lncRNAs, including long intergenic noncoding RNAs and antisense ncRNAs that are differentially expressed between these RGC types. Strikingly, we also found dozens of lncRNAs whose expressions are altered markedly in response to axonal injury, some of which are expressed exclusively in either one of the subtypes. Moreover, analyses into these lncRNAs unraveled their neighboring coding genes, many of which encode transcription factors and signaling molecules, suggesting that these lncRNAs may act in cis to regulate important biological processes in these neurons. Lastly, guilt-by-association analysis showed that lncRNAs are correlated with apoptosis associated genes, suggesting potential roles for these lncRNAs in RGC survival. Overall, the results of this study reveal RGC type-specific expression of lncRNAs and provide a foundation for future investigation of the function of lncRNAs in regulating neuronal type specification and survival.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ana Carolina Ayupe de Oliveira Beckedorff - Coordenador / Felipe Cesar Ferrarezi Beckedorff - Integrante / Konstantin Levay - Integrante / Kevin K. Park - Integrante / Ramin Shiekhattar - Integrante.

• 2017 - 2021

  Single-Nucleus Transcriptomic Survey of Developing Superior Colliculus to Identify Cell Diversity and Mechanisms of Circuit Assembly, Descrição: The project is focuses on understanding the contribution of cell type-specific gene expression programs, especially neuronal types, during superior colliculus (SC) development and in the identification of molecular markers that define specific SC neurons.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ana Carolina Ayupe de Oliveira Beckedorff - Integrante / Felipe Cesar Ferrarezi Beckedorff - Integrante / Konstantin Levay - Integrante / James Choi - Integrante / Jae K. Lee - Integrante / Kevin K. Park - Coordenador.

• 2012 - 2015

  Caracterização Molecular e Funcional de RNAs Enriquecidos no Núcleo de Células de Mamíferos, Descrição: Evidências da literatura indicam que uma fração significativa dos RNAs poliadenilados produzidos em células eucarióticas se acumulam no núcleo. A funcionalidade de RNAs codificadores ou não-codificadores que se acumulam de forma estável no núcleo, e a contribuição deste pool de transcritos para o controle da expressão gênica ainda não são conhecidos. Neste projeto, pretende-se investigar a estrutura, biogênese, processamento e a associação em ribonucleoproteínas (RNPs) de RNAs celulares que se encontram enriquecidos em frações nucleares de linhagens humanas. Serão caracterizados inicialmente três mRNAs associados com a proteína PSP1 e que se encontram enriquecidos na fração nuclear de células humanas em cultura (SLC38A1, SLC38A2 e PTP4A1), identificados em trabalho prévio realizado em nosso grupo. Iremos investigar a contribuição de mecanismos de processamento pós-transcricional, como a edição adenosina-inosina e/ou o splicing alternativo no mecanismo de retenção nuclear dos candidatos selecionados. Para identificar proteínas associadas aos RNAs candidatos que possam estar envolvidas no mecanismo de retenção nuclear, vamos realizar ensaios de pull-down dos RNAs candidatos. Proteínas co-purificadas que se associem com os RNAs em complexos ribonucleoprotéicos serão identificadas através de espectrometria de massa em tandem. Também avaliaremos a dinâmica da retenção nuclear de RNAs durante a diferenciação neuronal de uma linhagem de carcinoma embrionário de camundongo (P19) pela análise do transcriptoma nuclear e citoplasmático de células P19 indiferenciadas ou diferenciadas em neurônio ou glia. A partir desta análise será possível levantar hipóteses sobre a relevância do processo de retenção nuclear para a manutenção do estado de pluripotência e diferenciação celular. O conjunto de experimentos propostos irá fornecer novas informações acerca dos mecanismos moleculares envolvidos na retenção nuclear de RNAs assim como da relevância funcional deste mecanismo para o aj. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ana Carolina Ayupe de Oliveira Beckedorff - Integrante / Eduardo Moraes Rego Reis - Coordenador / Alexander Henning Ulrich - Integrante / Micheli Mainardi Pillat - Integrante / Gabriel Zaniboni - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

• 2007 - 2012

  Estudo da expressão e localização sub-celular de RNAs intrônicos não-codificantes em linhagens celulares e tecidos tumorais humanos utilizando hibridização in situ, Descrição: Estudos recentes têm demonstrado que a maior parte do genoma de eucariotos é transcrito na forma de RNAs não-codificadores (ncRNAs). Embora seja evidente que diferentes classes de ncRNAs desempenham papéis fundamentais no controle da expressão gênica, apenas uma pequena fração da porção não-codificadora do transcriptoma tem sua função conhecida. Esta proposta de trabalho pretende utilizar abordagens de biologia molecular e celular para identificar novos RNAs não-codificadores envolvidos na regulação da expressão gênica, a partir da observação de transcritos com padrão de expressão restrito ao núcleo da célula, localizados em foci nucleares que interajam com estruturas sub-nucleares participantes no processamento de RNA e/ou remodelagem da cromatina. Em especial, pretende-se estudar uma classe de ncRNAs longos, sem splicing, expressos em regiões intrônicas do genoma humano, identificada recentemente em nosso grupo.Serão utilizados experimentos de fracionamento celular e hibridização com oligoarrays customizados de alta-densidade para a seleção de ncRNAs intrônicos enriquecidos no núcleo. O rastreamento de ncRNAs intrônicos nucleares localizados em foci discretos será feito utilizando RNA-FISH. A co-localização de ncRNAs nucleares com sub-estruturas nucleares envolvidas no processamento de RNA será feita combinando experimentos de RNA-FISH e imunofluorescência. O conjunto de experimentos propostos permitirá avançar o conhecimento acerca dos mecanismos de biogênese e processamento dos ncRNAs intrônicos, assim como em relação ao seus possíveis papéis na modulação da expressão gênica em tecidos humanos em situações normais e patológicas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ana Carolina Ayupe de Oliveira Beckedorff - Coordenador / Eduardo Moraes Rego Reis - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

• 2004 - 2006

  Identificação de Marcadores Genéticos Associados à Resistência a Carrapatos (Boophilus microplus) e Nematóides Gastro-Intestinais (Haemonchus spp) em Bovinos, Descrição: Descrição: Nas regiões tropicais a infestação dos animais por endo e ectoparasitas causa uma redução na produtividade dos animais susceptíveis, levando em alguns casos a morte dos mesmos. Produtos químicos têm sido normalmente utilizados para combater estes parasitas, sem todavia conseguir eliminá-los totalmente. O uso destes produtos, além de representar um custo considerável aos produtores, causa efeitos colaterais, pois estes produtos podem deixar resíduos químicos que contaminam a carne, o leite e o meio ambiente. A variação genética existente entre as raças de Bos taurus e Bos indicus para as características associadas a resistência a estes parasitas e ao calor, e as atuais ferramentas da biologia molecular, sugerem a utilização de marcadores genéticos associados a resistência como um auxílio nos programas de melhoramento visando a obtenção de animais economicamente mais produtivos. Desta forma, este projeto propõe identificar marcadores moleculares para a resistência a carrapatos e parasitas gastrointestinais e estudar a associação de genes candidatos do complexo maior de histocompatibilidade (MHC) com a resistência à infestação por carrapatos e nematóides. Para alcançar este objetivo cerca de 400 animais F2, provenientes do cruzamento de Bos indicus com Bos taurus, serão infestados artificialmente e medida a resposta a estes desafios. Ao mesmo tempo, será realizada a análise do genótipo de todos os indivíduos para cerca de 300 marcadores microssatélites e alelos dos genes do MHC bovino. Espera-se com este trabalho identificar marcadores genéticos que possam vir a ser utilizados no auxílio à seleção de animais mais adaptados às condições tropicais... , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ana Carolina Ayupe de Oliveira Beckedorff - Integrante / Mário Luiz Martinez - Coordenador.

• 2003 - 2004

  Imobilização Enzimática para Aplicações Analíticas em Fluxo - Metodologia Analítica para a Determinação Espectrofotométrica de Glicose em Amostras Farmacêuticas, Descrição: A principal proposta deste projeto foi determinar a concentração de glicose em amostras farmacêuticas,em soro sanguíneo humano e em outros produtos, a partir da enzima glicose oxidase imobilizada em reatores tubulares. Além de implementar no Departamento de Química da Universidade Federal de Juiz de Fora uma linha de pesquisa na área de Química Enzimática, para isso visa-se combinar às experiências do orientador-pesquisador na área de desenvolvimento de metodologias analíticas e imobilização enzimática para o desenvolvimento de estratégias para pré-concentração analítica, bem como pesquisas na área de sensores analíticos para a determinação de analitos de relevância ambiental, farmacêutica e clínica. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ana Carolina Ayupe de Oliveira Beckedorff - Coordenador / Maria Auxiliadora Costa Matos - Integrante / Renato Camargo Matos - Integrante / Vanessa Costa Assis - Integrante.

Prêmios