Robson Francisco de Souza

Doutor em Bioquímica pela Universidade de São Paulo (2007) com Pós-Doutorado no National Center for Biotechnology Information (NCBI/NIH/USA). Bacharel em Ciências Moleculares pela Universidade de São Paulo (1996) e Mestre em Ciências (especialidade Biotecnologia) pela Universidade de São Paulo (2000). Tem experiência em áreas multidisciplinares, com ênfase em Evolução Molecular, atuando principalmente nos seguintes temas: análise de sequências, genômica comparativa, evolução de proteínas e filogenia.

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Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)

2002 - 2007

Universidade de São Paulo
Título: Estudos evolutivos do divisomo, um complexo multiprotéico responsável pela divisão bacteriana
Frederico José Gueiros Filho. Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. Palavras-chave: bioinformática; genômica comparativa; evolução; análise filogenética; duplicação gênica.Grande área: Outros

Mestrado em Biotecnologia

1997 - 2000

Universidade de São Paulo
Título: HETEROGENEIDADE EM FLAVIVIRIDAE: SEGMENTAÇÃO E PROCESSOS EVOLUTIVOS,Ano de Obtenção: 2000
Paolo Marinho de Andrade Zanotto.Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: bioinformática; evolução molecular; heterogeneidade; evolução viral; recombinação; informação. Grande área: OutrosSetores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos Vinculados À Saúde Humana Ou dos Animais.

Graduação em Ciências Moleculares

1993 - 1996

Universidade de São Paulo
Título: Processos de contato
Orientador: Tânia Tomé Martins de Castro
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.

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Pós-doutorado

2009 - 2012

Pós-Doutorado. , National Center for Biotechnology Information, NCBI, Estados Unidos. , Bolsista do(a): National Institutes of Health, NIH, Estados Unidos. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Análise de sequências. , Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioquímica dos Microorganismos.

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Formação complementar

1999 - 1999

Modelos Matem. Aplic. ao Estudo da Dinâmica Viral. (Carga horária: 40h). , Instituto Adolfo Lutz, IAL, Brasil.

1994 - 1994

Extensão universitária em Cladística e suas Aplicações em Evolução. , Instituto de Biologia (USP/SP), IBUSP, Brasil.

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Idiomas

Bandeira representando o idioma Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Bandeira representando o idioma Espanhol

Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Pouco, Escreve Pouco.

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Áreas de atuação

Grande área: Outros / Área: Multidisciplinar / Subárea: Bioinformática/Especialidade: Evolução Molecular.

Grande área: Outros / Área: Multidisciplinar / Subárea: Bioinformática/Especialidade: Genômica.

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Participação em eventos

I Workshop in Microbial Molecular Biology. 2017. (Simpósio).

XanthoMeeting 2015. Sequence analysis: function and evolution of proteins. 2015. (Encontro).

ISCB-Latin America x-Meeting on Bioinformatics with BSB and SoiBio. 2014. (Congresso).

3rd Workshop Comparative Microbial Genomics and Taxonomy. 2008. (Simpósio).

Gordon Research Conference on Structural, Functional and Evolutionary Genomics. In-silico characterization of a novel domain of the cell division protein AmiC. 2007. (Congresso).

XXXVI Annual Meeting of the Brazillian Society for Biochemistry and Molecular Biology and 10th IUBMB Conference. A novel domain of the cell division protein AmiC. 2007. (Congresso).

14th Annual International conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2006). Maximum likelihood inference of ancestral gene content for the bacterial septosome. 2006. (Congresso).

X-Meeting - 1st International Conference of the Brazillian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C). Evolution of bacterial cell division. 2005. (Congresso).

2nd International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICOBICOBI). 2004. (Congresso).

Conferências André Dreyfus Sobre Evolução. 1997. (Seminário).

X Encontro Brasileiro de Ictiologia. 1993. (Congresso).

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Participação em bancas

Aluno: Rodolfo Alvarenga Ribeiro

de Souza, R. F.. Caracterização da DEAD-box RNA helicase cc1478 em Caulobacter crescentus e sua regulação. 2018. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós- graduação em Microbiologia) - Instituto de Ciencias Biomedicas - USP.

Aluno: Anderson Fernandes de Brito

SETUBAL, J. C.;ZANOTTO, Paolo Marinho de Andradede Souza, R. F.. ANALISE DA DIVERSIDADE GENOMICA DE ISOLADOS GEOGRAFICOS DO NUCLEOPOLIEDROVIRUS DE Anticarsia gemmatalis (AgMNPV). 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Rajesh Kumar Gazara

de Souza, R. F.. ANALYSIS OF THE GID1 FAMILY OF GIBBERELLIN RECEPTORS IN LAND PLANTS AND ELUCIDATION OF GIBBERELLIN-DRIVEN TRANSCRIPTIONAL PROGRAMS DURING SOYBEAN (GLYCINE MAX) GERMINATION. 2019. Tese (Doutorado em Biociências e Biotecnologia) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro.

Aluno: Andrei Rozanski

de Souza, R. F.; VIBRANOVSKI, M. D.; GALANTE, P. F.; MEYER, D.. Estudo das Caracteristicas Evolutiva e Polimorficas dos Retrovirus Endogenos. 2016. Tese (Doutorado em Ciências da Saúde) - Hospital Sírio-Libanês.

Aluno: Cecília Fonseca Carvalho

de Souza, Robson F.; Dias, Marcio V.B.; GARRAT, R. C.; GOMEZ, J. G. C.; MERZEL, V. M.. Caracterização funcional e estrutural de uma enzima lipolítica encontrada na biblioteca metagenômica de solo de Terra Preta de Índio.. 2015. Tese (Doutorado em Microbiologia) - Instituto de Ciencias Biomedicas - USP.

Aluno: Guilherme Marcello Queiroga Cruz

SLUYS, M. V.;de Souza, R. F.; BUCKERIDGE, M. S.; CARARETO, C. M. A.; VINCENTZ, M. G. A.. DESVENDANDO AS INTERAÇÕES ENTRE RETROTRANSPOSONS E GENOMAS VEGETAIS, COM ÊNFASE EM CANA-DE-AÇÚCAR. 2014. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Caio César de Melo Freire

de Souza, Robson F.; ZANOTTO, P. M. A.; BRANDAO, P. E.; MATIOLI, S. R.; NAKANO, F.. Caracterização de processos evolutivos de vírus de RNA a partir de padrões deixados nas filogenias virais. 2014. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Hemanoel Passarelli Araujo

de Souza, R. F.. CARACTERIZAÇÃO DA ESTRUTURA POPULACIONAL, DIVERSIDADE GENÔMICA E PERFIL DE RESISTÊNCIA E VIRULÊNCIA EM KLEBSIELLA AEROGENES, UM IMPORTANTE PATÓGENO NOSOCOMIAL. 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro.

FOGACA, A. C.; SETUBAL, J. C.; CESAR JUNIOR, R. M.; BARRERA, J.;de Souza, Robson F.. Concurso para Prof. Doutor do Depto. de Parasitologia - Programa: Bioinformática e Biologia de Sistemas Aplicada a Estudo de Parasitas e Vetores. 2013. Instituto de Ciências Biomédicas - USP.

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Comissão julgadora das bancas

Sandro José de Souza

ZANOTTO, Paolo Marinho de Andrade; VENTURA, Armando Morais;de Souza SJ. Heterogeneidade em Flaviviridae: segmentação e processos evolutivos. 2000. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo.

Suely Lopes Gomes

GUEIROS FILHO, F.GOMES, S. L.; FARAH, C. S.; SILVA, F. R.; KITAJIMA, J. P. F. W.. Estudos evolutivos do divisomo, um complexo multiprotéico responsável pela divisão bacteriana. 2007. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química da Universidade de São Paulo.

Suely Lopes Gomes

REIS, E. M. R.; CUCCOVIA, I. M.;GOMES, S. L.. Identificação de novas proeínas componentes do complexo de divisão celular usando genômica comparativa. 2005. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.

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Orientou

Guilherme Bastos Gomes

Genômica comparativa de famílias de peptidases que atuam em sistemas toxina-antitoxina e sistemas de secreção bacterianos; ; Início: 2018; Dissertação (Mestrado em Microbiologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Aureliano Coelho Proença Guedes

Origem e evolução de genes bacterianos envolvidos em transdução de sinal; Início: 2016; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Rodolfo Alvarenga Ribeiro

Genômica comparativa de Leptospira interrogais e outras espiroquetas; Início: 2019; Tese (Doutorado em Microbiologia) - Instituto de Ciencias Biomedicas - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Gianlucca Gonçalves Nicastro

Início: 2019; Instituto de Ciencias Biomedicas - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior;

Gabriel Sánchez Hueck

Genômica comparativa dos determinantes de R-bodies; Início: 2018; Iniciação científica (Graduando em Bacharelado em Biomedicina) - Instituto de Ciencias Biomedicas - USP; (Orientador);

Gilberto Hideo Kaihami

2019; Universidade Cidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Robson Francisco de Souza;

Gianlucca Golçalves Nicastro

2017; Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Robson Francisco de Souza;

Dayanne Chagas Sampaio

Caracterização do domínio DUF4130; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Biomedicina) - Universidade Paulista, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Robson Francisco de Souza;

Rodrigo Araujo Sequeira Barreiro

Caracterização do domínio DUF4130; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Bacharelado em Biomedicina) - Instituto de Ciencias Biomedicas - USP; Orientador: Robson Francisco de Souza;

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Foi orientado por

Frederico José Gueiros Filho

Estudos evolutivos do divisoma, um complexo multiprotéico responsável pela divisão bacteriana; ; 2007; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Frederico Jose Gueiros Filho;

Marie-Anne Van Sluys

2008; Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Marie-Anne Van Sluys;

TANIA TOME MARTINS DE CASTRO

Modelos de contato; 1996; Iniciação Científica - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Tania Tome Martins de Castro;

Sandro José de Souza

Identificação de novas proteínas componentes do septo de divisão celular usando genômica comparativa; ; 2007; 0 f; Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Coorientador: Sandro José de Souza;

Paolo Marinho de Andrade Zanotto

Heterogeneidade em Flaviviridae: Segmentação e Processos Evolutivos; 2000; Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Paolo Marinho de Andrade Zanotto;

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Produções bibliográficas

  • PALMEIRO, JUSSARA KASUKO ; de SOUZA, Robson Francisco ; SCHÖRNER, MARCOS ANDRÉ ; PASSARELLI-ARAUJO, HEMANOEL ; GRAZZIOTIN, ANA LAURA ; VIDAL, NEWTON MEDEIROS ; VENANCIO, THIAGO MOTTA ; DALLA-COSTA, LIBERA MARIA . Molecular Epidemiology of Multidrug-Resistant Klebsiella pneumoniae Isolates in a Brazilian Tertiary Hospital. Frontiers in Microbiology , v. 10, p. 1669, 2019.

  • KOSTYNIUK, DANIEL JOSEPH ; MARANDEL, LUCIE ; JUBOURI, MAIS ; DIAS, KARINE ; de Souza, Robson F. ; ZHANG, DAPENG ; MARTYNIUK, CHRISTOPHER J ; PANSERAT, STEPHANE ; MENNIGEN, JAN ALEXANDER . Profiling the rainbow trout hepatic miRNAome under diet-induced hyperglycemia. PHYSIOLOGICAL GENOMICS , v. 51, p. physiolgenomics.00032.2019, 2019.

  • SOUZA, GLAUCIA MENDES VANSLUYS, MARIE-ANNE LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI LEE, HAYAN MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES HOTTA, CARLOS TAKESHI GAIARSA, JONAS WEISSMANN DINIZ, AUGUSTO LIMA OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS FERREIRA, SÁVIO DE SIQUEIRA NISHIYAMA, MILTON YUTAKA TEN-CATEN, FELIPE RAGAGNIN, GEOVANI TOLFO ANDRADE, PABLO DE MORAIS DESOUZA, ROBSON FRANCISCO NICASTRO, GIANLUCCA GONÇALVES PANDYA, RAVI KIM, CHANGSOO GUO, HUI DURHAM, ALAN MITCHELL CARNEIRO, MONALISA SAMPAIO ZHANG, JISEN ZHANG, XINGTAN ZHANG, QING MING, RAY , et al. SCHATZ, MICHAEL C DAVIDSON, BOB PATERSON, ANDREW H HECKERMAN, DAVID ; Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GigaScience , v. 8, p. 1-18, 2019.

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  • MEIRELES, D.A. ; DOMINGOS, R.M. ; GAIARSA, J.W. ; RAGNONI, E.G. ; BANNITZ-FERNANDES, R. ; DA SILVA NETO, J.F. ; DE SOUZA, R.F. ; NETTO, L.E.S. . Functional and evolutionary characterization of Ohr proteins in eukaryotes reveals many active homologs among pathogenic fungi. Redox Biology , v. 12, p. 600-609, 2017.

  • ZIMPEL, CRISTINA KRAEMER ; BRANDÃO, PAULO E. ; DE SOUZA FILHO, ANTÔNIO F. ; de Souza, Robson F. ; IKUTA, CÁSSIA Y. ; FERREIRA NETO, JOSÉ SOARES ; CAMARGO, NAILA C. SOLER ; HEINEMANN, MARCOS BRYAN ; GUIMARÃES, ANA M. S. . Complete Genome Sequencing of Mycobacterium bovis SP38 and Comparative Genomics of Mycobacterium bovis and M. tuberculosis Strains. Frontiers in Microbiology , v. 8, p. 2389, 2017.

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  • Moreira, Leandro M Almeida, Nalvo F Potnis, Neha Digiampietri, Luciano A Adi, Said S Bortolossi, Julio C da Silva, Ana C da Silva, Aline M de Moraes, Fabricio E de Oliveira, Julio C De Souza, Robson F Fancincani, Agda P Ferraz, Andre L Ferro, Maria I Furlan, Luiz R Gimenez, Daniele F Jones, Jeffrey B Kitajima, Elliot W Laia, Marcelo L Leite, Rui P Nishiyama, Milton Y Rodrigues Neto, Julio Nociti, Leticia A Norman, David J Ostroski, Eric H , et al. Pereira, Haroldo A Staskawicz, Brian J Tezza, Renata I Ferro, Jesus A Vinatzer, Boris A Setubal, Joao C ; Novel insights into the genomic basis of citrus canker based on the genome sequences of two strains of Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii. BMC Genomics , v. 11, p. 238, 2010.

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  • da Silva, A. C. R. Ferro, J. A. Reinach, F. C. Farah, C. S. Furlan, L. R. Quaggio, R. B. Monteiro-Vitorello, C. B. Sluys, M. A. Van Almeida, N. F. Alves, L. M. C. do Amaral, A. M. Bertolini, M. C. Camargo, L. E. A. Camarotte, G. Cannavan, F. Cardozo, J. Chambergo, F. Ciapina, L. P. Cicarelli, R. M. B. Coutinho, L. L. Cursino-Santos, J. R. El-Dorry, H. Faria, J. B. Ferreira, A. J. S. Ferreira, R. C. C. , et al. Ferro, M. I. T. Formighieri, E. F. Franco, M. C. Greggio, C. C. Gruber, A. Katsuyama, A. M. Kishi, L. T. Leite, R. P. Lemos, E. G. M. Lemos, M. V. F. Locali, E. C. Machado, M. A. Madeira, A. M. B. N. Martinez-Rossi, N. M. Martins, E. C. de Souza, R. F. ; Comparison of the genomes of two Xanthomonas pathogens with differing host specificities. Nature (London) , Reino Unido, v. 417, n.6887, p. 459-463, 2002.

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Outras produções

de SOUZA, Robson Francisco . Bio::Assembly. 2002.

de Souza, Robson F. . Bioinformática / USP - Curso de verão 2016. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

PASCHOAL, A. R. ; LOPES, F. M. ; CORONADO, M. A. ; VALVERDE, C. ; de Souza, Robson F. ; VENANCIO, T. M. ; KASHIWABARA, A. Y. ; FERNANDEZ, J. H. . Curso CBAB/CABBIO 2015: Tópicos em Biologia Computacional. 2015. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

CLEMENTS, D. P. ; de Souza, R. F. ; BELIZARIO, J. E. . DNA Sequence Bioinformatics Analysis with the Galaxy Platform. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

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Projetos de pesquisa

  • 2018 - Atual

    Estrutura e Função de Sistemas de Secreção Bacterianas, Descrição: Bactérias possuem complexos multiproteícos grandes (multi-megaDalton) que transportam proteínas efectoras através de membranas bacterianas para o meio extracelular ou diretamente dentro de outras células. Esses sistemas também medeiam a transferência horizontal de material genético (conjugação) entre células bacterianas e formas homólogas especializadas desses sistemas evoluíram para pili e flagelos bacterianos. Portanto, os sistemas de secreção macromolecular são determinantes importantes para a adaptação bacteriana, competição e sobrevivência em diversos nichos ambientais. No decurso do projeto temático anterior, demonstramos a importância do pili tipo IV (T4P) na motilidade twitching e na formação de biofilmes em Xanthomonas citri e caracterizamos os principais reguladores da biogênese do T4P. Também mostramos que o sistema de secreção de Xanthomonas citri tipo IV (T4SS) fornece a essas células a capacidade de matar outras espécies bacterianas Gram-negativas de maneira dependente do contato. Esta foi a primeira demonstração do envolvimento de um T4SS em matança bacteriana e aponta para esta classe especial de T4SS como um determinante importante para a sobrevivência de Xanthomonas durante encontros competitivos com outras espécies bacterianas no meio ambiente. Neste projeto, propomos seguir várias linhas de pesquisa sobre a estrutura molecular, função molecular e relevância fisiológica dessas nano-máquinas complexas em Xanthomonas citri, bem como em outros membros da família Xanthomonadaceae. Especificamente, seguiremos duas linhas gerais de investigação. Projeto 1: Estudos sobre os sistemas de secreção do tipo IV de Xanthomonadaceae. Nós planejamos i) determinar a estrutura dos componentes individuais do T4SS de X. citri, bem como os sub-complexos principais e o complexo inteiro, ii) realizar estudos estruturais e enzimológicos sobre as toxinas segregadas por este sistema, bem como seus inibidores cognatos, iii) estudar a base molecular do reconhecimento de toxinas pelo aparelho do T4SS, iv) estudar a localização celular e a regulação da expressão do T4SS, e v) ampliam nossos estudos do sistema X. citri aos T4SS homólogos encontrados em outras espécies bacterianas, incluindo Stenotrophomonas, Lysobacter e em algumas espécies das ordens de Betaproteobactérias Burkholderiales e Neisseriales. Projeto 2: Estudos sobre o pilus tipo IV (T4P) em Xanthomonas citri. Planejamos investigar i) como a atividade ATPase de PilB é regulada pelos componentes PilZ, FimX e c-diGMP e outros componentes da membrana interna (plataforma), ii) as estruturas dos complexos PilB-PilZ e PilB-PilZ-FimX, iii) os papéis das pilinas menores conservadas nas espécies Xanthomonadaceae, iv) o papel da PilU, a terceira e mal compreendida ATPase, v) como os sinais ambientais específicos controlam as funções dependentes de T4P nas espécies Xanthomonas, vi) como o T4P contribui para a competitividade de Xanthomonas em interações antagônicas com outras espécies bacterianas, e vii) a estrutura do pilus extracelular (polímero das subunidades PilA). Nestes estudos empregaremos métodos de Biologia Estrutural (cristalografia, ressonância magnética nuclear, criomicroscopia eletrônica, SAXS, simulações moleculares) a produção e caracterização de nocautes gênicos, microscopia de fluorescência, enzimologia, estudos de expressão gênica e bioinformática. O projeto inclui o treinamento de estudantes de graduação, pós-graduação, pós-doutores e colaborações com pesquisadores de outras instituições brasileiros e estrangeiros.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Robson Francisco de Souza - Integrante / Cristiane Rodrigues Guzzo Carvalho - Integrante / SALINAS, ROBERTO KOPKE - Integrante / FARAH, CHUCK SHAKER - Coordenador / Rodrigo Villares Portugal - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2017 - Atual

    Genômica comparativa de toxinas bacterianas associadas ao sistema secretório do tipo IV, Descrição: Como outras linhagens de organismos, as bactérias estão sujeitas a vários tipos de conflitos biológicos, como a competição entre linhagens da mesma espécie, competição entre espécies diferentes ou a interação entre bactérias patogênicas e seus hospedeiros. Ao se engajarem nesses conflitos, uma das ferramentas mais usadas pelas bactérias é a produção e secreção de toxinas de natureza proteica, que possuem domínios especializados em gerar o efeito tóxico. Domínios tóxicos distintos correspondem a mecanismos moleculares diferentes e a um repertório igualmente amplo de antitoxinas. Antitoxinas, também conhecidas como proteínas de imunidade, são proteínas especializadas em neutralizar as toxinas correspondentes, evitando a morte da célula produtora. Como observado em outros sistemas envolvidos em conflitos biológicos, as toxinas bacterianas são caracterizadas pela rápida evolução de novos genes, que precisam compensar a contínua evolução de estratégias de defesa dos organismos adversários. O efeito mais visível dessa corrida armamentista é o contínuo surgimento de novos domínios tóxicos e novas combinações dos domínios tóxicos com as regiões que mediam a secreção e o processamento da proteína ou a seleção da célula alvo. Esses fenômenos fazem das toxinas alvos interessantes para o estudo de novos mecanismos de ação tóxica e dos mecanismos evolutivos que atuam na sua origem e diversificação. Neste projeto, propomos estudar, pela aplicação de métodos de genômica comparativa, toxinas que atuam como Tfes (do inglês "Type four secretion system associated effectors"). Nossos objetivos são: (i) identificar e classificar novos domínios efetores de toxinas e antitoxinas associados ao sistema secretório do tipo IV, (ii) entender os processos envolvidos na evolução desses domínios, (iii) empregar métodos de análise de contexto genômico para gerar hipóteses sobre os mecanismos de atividade das toxinas e antitoxinas identificadas e (iv) validar experimentalmente as funções e interações moleculares para algumas das toxinas e antitoxinas identificadas. Nossas análises irão, portanto, revelar novas toxinas e antitoxinas, com potencial para a descoberta de novos mecanismos de ação e de lançar luz sobre a competição entre diferentes espécies de bactérias.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Robson Francisco de Souza - Coordenador / Aravind, L. - Integrante / Farah, C. S. - Integrante / Iyer, Lakshminarayan M. - Integrante / GUZZO, CRISTIANE RODRIGUES - Integrante / Gianlucca Gonçalves Nicastro - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 3

  • 2013 - 2018

    Rede de Cooperação Acadêmica para o Estudo e Desenvolvimento de Ferramentas para a Genômica Estrutural e Funcional, Descrição: Objetivo principal: Fortalecer e ampliar o intercâmbio acadêmico entre os programas inter-unidades de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG (CAPES 6) e da USP (5), o de Biotecnologia da UFPA (CAPES 5) e o de Bioinformática da UFPR (CAPES 3) com a criação de uma rede voltada a aumentar a formação de recursos humanos em Biologia Computacional, em resposta à presente chamada. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Robson Francisco de Souza - Integrante / Gruber, A. - Integrante / André Fujita - Integrante / Alan Mitchell Durham - Integrante / Vasco Ariston de Carvalho Azevedo - Coordenador / Artur Luiz da Costa da Silva - Integrante / Maria Berenice Reynaud Steffens - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 3 / Número de orientações: 3

  • 2013 - 2016

    Compreensão das bases moleculares e estruturais de proteínas envolvidas na sinalização do c-di-GMP e do sistema de secreção tipo II em Leptospira interrogans sorovar Copenhageni, Descrição: Este projeto tem como objetivo central o estudo estrutural e funcional de várias proteínas envolvidas na síntese, degradação, ligação ao segundo mensageiro bacteriano, c-di-GMP do patógeno Leptospira interrogans Copenhageni L1-130. Além do estudo de proteínas envolvidas na sinalização c-di-GMP, temos como objetivo o estudo funcional e estrutural das proteínas presentes no cluster gênico do único sistema de secreção encontrado no genoma de Leptospira interrogans Copenhageni, o sistema de secreção tipo II.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Robson Francisco de Souza - Coordenador / Cristiane Rodrigues Guzzo Carvalho - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2012 - 2017

    Genômica comparativa de toxinas polimórficas e evolução de genomas virais, Descrição: Propomos a implementação de uma plataforma genérica para anotação de genes e sua aplicação em dois projetos de genômica comparativa: (1) a expansão da análise de toxinas e sistemas secretórios relacionados (ToxImmDB) e (2) a análise evolutiva de vírus de DNA dupla fita (VirusDB). A análise de toxinas a ser realizada utilizando o ToxImmDB buscará expandir nosso conhecimento sobre as toxinas polimórficas encontradas em várias linhagens de bactérias, buscando novos domínios efetores e proteínas de imunidade, bem como um melhor entendimento do papel desses sistemas na evolução de comunidade bacterianas como biofilmes e a flora bacteriana humana. A análise da evolução de genomas virais que motiva a implementação do VirusDB buscará avaliar hipóteses sobre as relações evolutivas entre os vírus de DNA núcleo- citoplasmáticos (NCLDV) e os fagos de DNA de bactérias (Caudovirales). Ambos os projetos contribuirão para um melhor entendimento da função e evolução de proteínas nesses sistemas e gerarão dados a serem incorporados na classificação de domínios proteicos que estamos desenvolvendo.. , Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Robson Francisco de Souza - Coordenador / Aravind, L - Integrante / Iyer, Lakshminarayan M. - Integrante / Rodrigo A. S. Barreiro - Integrante., Número de produções C, T & A: 2

  • 2001 - 2002

    Cooperation for Analysis of Gene Expression (Xanthomonas citri), Descrição: Project Summary Entire genomes and whole sets of ESTs of scientific and economically important micro-organisms, relevant model organisms and humans are rapidly becoming available. To take advantage of these enormous sets of genomic and EST sequences, several academic and industrial laboratories are developing technologies to analyze gene expression at RNA level on a genome wide basis using DNA microarrays, also called DNA chips. These techniques have potential to generate hundreds of data points for expression of tens of thousands of genes, whose impact in biological research might be revolutionary. Analyses of such huge amounts of data pose complex and unsolved problems of data storage, data mining and design of non linear gene-state predictors. Altogether, these tasks require the coordinated collaboration of, by one side, computer scientists and mathematicians and, by the other, molecular biologists and biochemists. To this end, interdisciplinary teams of scientists are been organized in the countries that are presently leading the international genome research. In the State of São Paulo, FAPESP has timely launched a genome program that was initiated by sequencing the genome of Xylella fastidiosa and is now been extended to genomes of other micro-organisms and ESTs of human cancer cells and plant cells of sugar cane. This FAPESP initiative has established sufficient conditions to start a competitive local project of functional genomics by the technology of DNA microarrays. This proposal to FAPESP aims to organize the Cooperation for Analysis of Gene Expression, CAGE, an informal organization that will coordinate the collaborative efforts of molecular biologists of the Instituto de Química (IQ-USP) and computer scientists and mathematicians of the Instituto de Matemática e Estatística (IME-USP), to study gene expression by the DNA microarray technology.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Robson Francisco de Souza - Integrante / Ana Cláudia Rasera da Silva - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2000 - 2002

    Xanthomonas citri Genome Project, Descrição: General Organization of Sequencing Effort The sequencing of the X. axonopodis pv citri genome will be carried out in 12 laboratories: two central biology/sequencing laboratories and 10 sequencing laboratories. One of the central laboratories will be located in Biochemistry Department of the Institute of Chemistry-USP (coordinated by Fernando C. Reinach, Ana C. R. da Silva, Ronaldo B. Quaggio and Shaker Chuck Farah) and the other will be located in the Technology Department of UNESP in Jaboticabal (coordinated by Jesus A. Ferro). These laboratories will be responsible for generating the libraries, mapping the clones and assembly of the genome. Associated with each central laboratory will be five sequencing laboratories. Bioinformatics for this project will be administered via a two-tiered approach. At the upper tier will be the Laboratory for Bioinformatics (LBI) of Unicamp, coordinated by João C. Setubal and João Meidanis. At the lower tier, there will be two small bioinformatics labs in each of the central sequencing labs in São Paulo and Jaboticabal. These small bioinformatics labs will divide the tasks of storing, processing, assembly, and annotation of DNA sequences using the software developed by the LBI for the Xylella fastidiosa sequencing project. In addition to overall bioinformatics supervision, the LBI will provide personnel training, coordinate annotation of the genome and produce a self-contained and portable database with project results. Furthermore the LBI will be responsible for generating the software for scaffold assembly of the physical map (see below) and for comparison of the final sequence with sequences from related genomes (Xylella fastidiosa and other Xanthomonas species).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Robson Francisco de Souza - Integrante / Ana Cláudia Rasera da Silva - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

Histórico profissional

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Endereço profissional

  • Universidade de São Paulo, Instituto de Ciências Biomédicas, Departamento de Microbiologia. , Av.Prof. Lineu Prestes, 1374, Edifício Biomédicas II, Sala 250, Cidade Universitária, 05508090 - São Paulo, SP - Brasil, Telefone: (011) 30910891

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Experiência profissional

2014 - Atual

Instituto de Ciências Biomedicas - USP

Vínculo: , Enquadramento Funcional:

2013 - Atual

Instituto de Ciências Biomedicas - USP

Vínculo: , Enquadramento Funcional:

2007 - 2008

Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: bioinformata, Carga horária: 40

Outras informações:
Durante o período em que atuei como bioinformata no Instituto Ludwig participei da análise de dados produzidos por sequenciadores de larga escala (Solexa, 454) e microarranjos. Essas análises foram incluídas no paper sobre proteínas de membrana publicados no PNAS em 2010, no qual fui um dos autores.

2012 - Atual

Universidade de São Paulo

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

2001 - 2002

Universidade de São Paulo

Vínculo: Bolsista técnico, Enquadramento Funcional: técnico em bioinformática, Carga horária: 40

2000 - 2001

Universidade de São Paulo

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: técnico em bioinformática, Carga horária: 36

Outras informações:
Contratado pelo Fundecitrus (Fundo de desenvolvimento da Citricultura), para desenvolvimento de sistemas para análise e montagem do genoma da bactéria Xanthomonas axonopodis pv. citri. As atividades foram desenvolvidas no laboratorio da Profa. Ana Cláudia Rasera da Silva.

Atividades

  • 11/2001 - 11/2002

    Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.,Linhas de pesquisa