Paulo de Paiva Rosa Amaral

Possui graduação em Ciências Biológicas pela Universidade de Brasília (2003), mestrado em Bioquímica pela Universidade de São Paulo (2006) e doutorado em Genética Molecular pela University of Queensland, Australia (2011). Atualmente atua como pesquisador associado no Gurdon Institute, University of Cambridge, UK. Tem experiência na área de Bioquímica, com ênfase em Biologia Molecular, atuando principalmente no estudo da regulação da estrutura da cromatina e expressão gênica em eucariotos por RNAs não-codificadores de proteínas (ncRNAs).

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Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em Molecular Genetics

2007 - 2011

The University of Queensland
Título: Expression and chromatin association of noncoding RNAs
Orientador: John S Mattick
Bolsista do(a): Australian Government, International Postgraduate Research Scholarship, IPRS, Austrália.

Mestrado em Bioquímica

2004 - 2006

Universidade de São Paulo
Título: Estudo da Biossíntese e Regulação de RNAs Não-Codificadores Intrônicos em Células Humanas (http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-03012007-000256/),Ano de Obtenção: 2006
Aline Maria da Silva.Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. Palavras-chave: RNA Polimerase II; RNA não-codificador; transcrição; Receptor de Andrógeno; Íntron.

Graduação em Ciências Biológicas

2000 - 2003

Universidade de Brasília, UnB

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Pós-doutorado

2011

Pós-Doutorado. , Gurdon Institute, University of Cambridge, UCAM, Inglaterra. , Bolsista do(a): Royal Society and Corpus Christi College Fellowships, RS, Grã-Bretanha.

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Formação complementar

2006 - 2006

Accessing the Human Genome Sequence. (Carga horária: 20h). , The Wellcome Trust Sanger Institute / Cold Spring Harbor joint course, CSH, Brasil.

2006 - 2006

Applications in Next Generation Sequencing. , Cold Spring Harbor Laboratory, CSHL, Estados Unidos.

2005 - 2005

Extensão universitária em Proteção Radiológica. (Carga horária: 45h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2004 - 2004

I Curso de Verão de Biologia Celular e Molecular. , Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, FMRP-USP, Brasil.

2004 - 2004

Avanços em Oncologia. , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2004 - 2004

Curso de Verão de Genética. , Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, FMRP-USP, Brasil.

2003 - 2003

Biotecnologia de Líquens. (Carga horária: 6h). , Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência - São Paulo, SBPC, Brasil.

2002 - 2002

Molecular and Cell Biology of RNA Virus Infections. , Sociedade Brasileira de Virologia, SBV, Brasil.

2002 - 2002

Genoma e Bioinformática. (Carga horária: 3h). , Universidade de Brasília, UnB, Brasil.

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Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

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Áreas de atuação

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.

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Organização de eventos

STEMPOR, P. ; Amaral, P. P. . First Gurdon Institute Postdoc Association (GIPA) ?Building an Organism Symposium". 2014. (Congresso).

Amaral, P. P. ; CASTELO-BRANCO, GONÇALO ; HINAS, A. . Regulatory RNAs in Development, Disease and Evolution. 2013. (Congresso).

Amaral, P. P. ; CUBS, .. ; ABEP, .. . 5th Conference of the Association of Brazilian Postgraduate Students in the United Kingdom. 2012. (Outro).

AMARAL, P. P. R. . 1º Curso de Bioquímica e Biologia Molecular do Departamento de Biquímica, IQ-USP. 2006. (Outro).

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Participação em eventos

Global Young Scientists Summit.Advancing Science, Creating Technologies for a Better World. 2013. (Outra).

Chromatin: Structure & Function. 2011. (Congresso).

Thirteenth Annual Meeting of the RNA Society. 2008. (Encontro).

71st Cold Spring Harbor Laboratory Symposium: Regulatory RNAs.Androgen-responsive transcription of intronic non-coding RNAs in a human prostate cancer cell line. 2006. (Simpósio).

. 50º Congresso Brasileiro de Genética. 2004. (Congresso).

.V Simpósio Brasileiro sobre Bananicultura e I Workshop do Genoma Musa. 2003. (Simpósio).

55ª Reunião Anual da SBPC.55ª Reunião Anual da SBPC. 2003. (Outra).

XXXVI Congresso Brasileiro de Fitopatologia - Manejo Integrado de Doenças de Plantas. XXXVI Congresso Brasileiro de Fitopatologia. 2003. (Congresso).

. XIII National Meeting of Virology. 2002. (Congresso).

5° Seminário Brasileiro de Tecnologia Enzimática.5° Seminário Brasileiro de Tecnologia Enzimática. 2002. (Seminário).

VIII Encontro Internacional Sobre Paracoccidioidomicose. VIII Encontro Internacional Sobre Paracoccidioidomicose. 2002. (Congresso).

. XII National Meeting of Virology/ 4th Mercosul Meeting of Virology. 2001. (Congresso).

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Comissão julgadora das bancas

Aline Maria da Silva

da Silva, Aline M; ARMELIN, Hugo Aguirre; NOBREGA, Francisco G.. Estudo da biossíntese e regulação de RNAs não-codificadores intrônicos em células humanas. 2006. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.

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Foi orientado por

Aline Maria da Silva

Estudo da biossíntese e regulação de RNA não-codificadores intrônicos em células humanas; 2006; Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Aline Maria da Silva;

Manoel Teixeira Souza Júnior

SEQÜENCIAMENTO E ORGANIZAÇÃO GENÔMICA DO Papaya lethal yellowing virus (PLYV) E AVALIAÇÃO DE MAMOEIROS TRANSGÊNICOS EXPRESSANDO O GENE cp DE Papaya ringspot virus (PRSV) QUANTO À RESISTÊNCIA AO PRSV, PLYV e ao ?Papaya meleira virus? (PmeV); ; 2003; Iniciação Científica; (Graduando em Biologia) - Universidade de Brasília, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Manoel Teixeira Souza Junior;

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Produções bibliográficas

  • LI, MENG AMY ; Amaral, Paulo P ; CHEUNG, PRISCILLA ; BERGMANN, JAN H ; KINOSHITA, MASAKI ; KALKAN, TÜZER ; RALSER, MERYEM ; ROBSON, SAM ; MEYENN, FERDINAND VON ; PARAMOR, MAIKE ; YANG, FENGTANG ; CHEN, CAIFU ; NICHOLS, JENNIFER ; SPECTOR, DAVID L ; KOUZARIDES, TONY ; HE, LIN ; SMITH, AUSTIN . A lncRNA fine tunes the dynamics of a cell state transition involving , and DNA methylation. eLife , v. 6, p. e23468, 2017.

  • BELL, CHARLES C. ; Amaral, Paulo P. ; KALSBEEK, ANTON ; MAGOR, GRAHAM W. ; GILLINDER, KEVIN R. ; TANGERMANN, PIERRE ; DI LISIO, LORENA ; CHEETHAM, SETH W. ; GRUHL, FRANZISKA ; FRITH, JESSICA ; TALLACK, MICHAEL R. ; RU, KE-LIN ; CRAWFORD, JOANNA ; Mattick, John S. ; Dinger, Marcel E. ; PERKINS, ANDREW C. . The Evx1/Evx1as gene locus regulates anterior-posterior patterning during gastrulation. Scientific Reports , v. 6, p. 26657, 2016.

  • AMARAL, PAULO P. ; BANNISTER, ANDREW J. . Re-Place Your BETs: The Dynamics of Super Enhancers. Molecular Cell , v. 56, p. 187-189, 2014.

  • Amaral, P. P. ; Dinger, M. E. ; Mattick, J. S. . Non-coding RNAs in homeostasis, disease and stress responses: an evolutionary perspective. BRIEF FUNCT GENOMICS , v. 12, p. 254-278, 2013.

  • CASTELO-BRANCO, GONÇALO ; Amaral, Paulo P ; ENGSTRÖM, PÄR G ; ROBSON, SAMUEL C ; MARQUES, SUELI C ; BERTONE, PAUL ; KOUZARIDES, TONY . The non-coding snRNA 7SK controls transcriptional termination, poising and bidirectionality in embryonic stem cells. GenomeBiology.com (London. Print) , v. 14, p. r98, 2013.

  • Gascoigne, D. K. ; CHEETHAM, S. W. ; CATTENOZ, P. B. ; Clark, M. B. ; Amaral, P. P. ; TAFT, R. J. ; WILHELM, D. ; Dinger, M. E. ; Mattick, J. S. . Pinstripe: a suite of programs for integrating transcriptomic and proteomic datasets identifies novel proteins and improves differentiation of protein-coding and non-coding genes. Bioinformatics (Oxford. Print) , v. 28, p. 3042-3050, 2012.

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  • Dinger, M. E. ; Amaral, P. P. ; Mercer, T. R. ; Pang, K. C. ; Bruce, S. J. ; Gardiner, B. B. ; Askarian-Amiri, M. E. ; Ru, K. ; Solda, G. ; Simons, C. ; Sunkin, S. M. ; Crowe, M. L. ; Grimmond, S. M. ; Perkins, A. C. ; Mattick, J. S. . Long noncoding RNAs in mouse embryonic stem cell pluripotency and differentiation. Genome Research , v. 18, p. 1433-1445, 2008.

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  • LOURO, R. ; NAKAYA, H. I. ; AMARAL, P. P. R. ; FESTA, F. ; SOGAYAR, M. C. ; SILVA, A. M. ; REIS, E. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. . CHARACTERIZATION OF INTRONIC NON-CODING TRANSCRIPTS REGULATED BY ANDROGEN IN A PROSTATE CANCER CELL LINE BY STRAND-SPECIFIC REAL-TIME PCR. In: 34a. Reunião Anual da SBBq, 2005, Águas de Lindóia, SP. 34a. Reunião Anual da SBBq, 2005.

  • SILVA, J. C. ; MARACAJA-COUTINHO, V. ; NAKAYA, H. I. ; LOURO, R. ; AMARAL, P. P. R. ; REIS, E. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. . Molecular Characterization of Intronic Transcripts Regulated by Androgen in Prostate Cancer Cell Line. In: 34a. Reunião Anual da SBBq, 2005, Águas de Lindóia, SP. 34a. Reunião Anual da SBBq, 2005.

  • AMARAL, P. P. R. ; NAKAYA, H. I. ; LOURO, R. ; FESTA, F. ; SOGAYAR, M. C. ; REIS, E. M. ; SILVA, A. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. . Binding of Androgen Receptor to Potential Promoter Sequences that Drive Antisense Intronic RNA Transcription. In: 51º Congresso da Sociedade Brasileira de Genética, 2005, Águas de Lindóia. 51º Congresso da Sociedade Brasileira de Genética, 2005.

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  • AMARAL, P. P. R. ; ALVES, P. C. M. ; Souza Jr., M.T. . Response of a cp transgenic papaya and a Carica cauliflora population to the challenge by three virus infecting papaya in Brazil. 2003. XXXVI Congresso Brasileiro de Fitopatologia. In: XXXVI Congresso Brasileiro de Fitopatologia, 2003, Uberlândia. Fitopatologia Brasileira, 2003. v. 28. p. S228-S228.

  • AMARAL, P. P. R. . Seqüenciamento e organização genômica do vírus do amarelo letal do mamoeiro (PLYV). 2002. 8° Congresso de Iniciação Científica da Universidade de Brasília. In: 8° Congresso de Iniciação científica da Universidade de Brasília, 2002, Brasília. 8° Congresso de Iniciação científica da Universidade de Brasília, 2002.

  • Silva, A.M.R ; AMARAL, P. P. R. ; Kitajima, E.W. ; Resende, R.O. . Papaya Lethal Yellowing Virus, a possible sobemovius infecting papaya in Brazil. 2002. XII International Congress of Virology. Paris, França.. In: XII International Congress of Virology, 2002, Paris. The World of Microbes - XII International Congress of Virology, 2002. p. 196-196.

  • AMARAL, P. P. R. ; Silva, A.M.R ; Kitajima, E.W. ; Resende, R.O. . Papaya Lethal Yellowing Virus, a possible sobemovirus infecting Papaya in Brazil. 2002. XIII National Meting of Virology. Águas de Lindóia, SP, Brasil.. In: XIII National Meeting of Virology, 2002, Águas de Lindóia. Virus: Reviews & Research, 2002. v. 07. p. 154.

  • AMARAL, P. P. R. ; Resende, R.O. ; NAGATA, T. . Biological and genomic characteristics of a potyvirus isolated from Tropaeolum majus in Brazil. 2001. XII Encontro Nacional de Virologia/ 4º Encontro de Virologia do Mercosul. Caldas Novas, Brasil.. In: XII Encontro Nacional de Virologia/ 4º Encontro de Virologia do Mercosul, 2001, Caldas Novas. XII Encontro Nacional de Virologia/ 4º Encontro de Virologia do Mercosul, 2001.

  • Amaral, P. P. . Long noncoding RNAs as regulators of developmental genes in differentiating and cancer cells. 2014. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

  • Amaral, P. P. . Explorando a ?matéria escura? do genoma: RNAs não-codificadores de proteínas no desenvolvimento de vertebrados. 2010. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • Amaral, P. P. ; Dinger, M. E. ; Mercer, T.R. ; TAFT, R. J. ; Mattick, J.S. . The RNA Hypothesis For Regulatory Evolution In Complex Organisms. 2009. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

  • Amaral, P. P. . Noncoding RNAs and associated developmental genes: functional relationships and evolutionary implications. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Amaral, P. P. . Regulação por RNA. 2006. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • Amaral, P. P. . DNA lixo?. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Amaral, P. P. . DNA Não-codificante: Fonte de Complexidade. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

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Outras produções

Amaral, P. P. ; CASTELO-BRANCO, GONÇALO ; HINAS, A. . Second Doctoral Course on 'Regulatory RNAs in Development, Disease and Evolution'. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

Amaral, P. P. ; CASTELO-BRANCO, GONÇALO ; HINAS, A. . First Doctoral Course and International Symposium on 'Regulatory RNAs in Development, Disease and Evolution'. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

AMARAL, P. P. R. ; ZAINI, P. . Técnicas de Estudo da Expressão Gênica, 1º Curso de Bioquímica e Biologia Molecular do Departamento de Biquímica, IQ-USP. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Histórico profissional

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Endereço profissional

  • University of Cambridge. , The Gurdon Institute, Tennis Court Road, CB2 1QN - Cambridge, - Grã-Bretanha, Telefone: (44) 0122333408, Fax: (44) 122333408, URL da Homepage:

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Experiência profissional

  • 2011 - Atual

    University Of Cambridge

    Vínculo: Research Associate, Enquadramento Funcional: Post-doctoral researcher, Regime: Dedicação exclusiva.

  • 2010 - 2010

    University Of Cambridge

    Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Estudante de doutorado visitante, Regime: Dedicação exclusiva.

    Outras informações:
    Laboratório do Prof. Tony Kouzarides no Gurdon Institute

  • 2007 - 2011

    The University of Queensland

    Vínculo: Estudante, Enquadramento Funcional: Doutorando, Regime: Dedicação exclusiva.

    Outras informações:
    Institute for Molecular Bioscience, Genomics & Computational Biology

  • 2004 - 2006

    Universidade de São Paulo

    Vínculo: Estudante, Enquadramento Funcional: Estudante de mestrado, Regime: Dedicação exclusiva.

    Outras informações:
    Departamento de Bioquímica, Instituto de Química

  • 2003 - 2004

    Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária

    Vínculo: Bolsista ITI, Enquadramento Funcional: Bolsista, Carga horária: 36

    Outras informações:
    Bolsa de Iniciação Tecnológica Industrial (ITI) concedida pelo CNPq junto ao projeto "Análise da Estrutura Primária do Genoma A de Musa acuminata?

  • 2002 - 2003

    Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária

    Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsista, Carga horária: 16

    Outras informações:
    Bolsa concedida pelo CNPq, programa PIBIC-UnB, sob orientação do Dr. Manoel Teixeira Souza Jr.

    Atividades

    • 08/2003 - 01/2004

      Pesquisa e desenvolvimento , Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, .

    • 07/2002 - 01/2004

      Estágios , Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, .,Estágio realizado, Virologia.

    • 07/2002 - 08/2003

      Pesquisa e desenvolvimento , Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, .

  • 2000 - 2003

    Universidade de Brasília, UnB

    Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 12

    Outras informações:
    Estágio em Virologia Vegetal sob a orientação do prof. Renato de Oliveira Resende.

  • 2001 - 2002

    Universidade de Brasília, UnB

    Vínculo: Bolsista de IC (PIBIC-CNPq), Enquadramento Funcional: Bolsista, Carga horária: 12

    Outras informações:
    Bolsa de iniciação científica. Agência financiadora: CNPq, programa: Pibic-UnB, duração: 12 meses.

    Atividades

    • 07/2000 - 07/2003

      Estágios , Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular.,Estágio realizado, Estágio na área de Virologia Vegetal, sob a orientação do Dr. Renato O. Resende e co-orientação do Dr. Tatsuya Nagata no Laboratório de Microscopia Eletrônica..