Luiz Augusto Bovolenta

Pós-doutorado

Formação complementar

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Áreas de atuação

Organização de eventos

Participação em eventos

Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

• NACHTIGALL, PEDRO G. ; BOVOLENTA, LUIZ A. ; PATTON, JAMES G. ; FROMM, BASTIAN ; LEMKE, NEY ; PINHAL, DANILLO . A comparative analysis of heart microRNAs in vertebrates brings novel insights into the evolution of genetic regulatory networks. BMC GENOMICS , v. 22, p. 153, 2021.

• BOVOLENTA, LUIZ AUGUSTO ; PINHAL, DANILLO ; ACENCIO, MARCIO LUIS ; OLIVEIRA, ARTHUR CASULLI DE ; MOXON, SIMON ; MARTINS, CESAR ; LEMKE, NEY . miRTil: An Extensive Repository for Nile Tilapia microRNA Next Generation Sequencing Data. Cells , v. 9, p. 1752, 2020.

• SILVA, EDVALDO APARECIDO AMARAL DA ; ACENCIO, MARCIO LUIS ; BOVOLENTA, LUIZ AUGUSTO ; LEMKE, NEY ; VARANI, ALESSANDRO DE MELLO ; BRAVO, JULIANA PEREIRA ; HOSHINO-BEZERRA, ANDREA AKEMI ; LEMOS, ELIANA GERTRUDES MACEDO . Gene expression during the germination of coffee seed. Journal of Seed Sciences (antiga Revista Brasileira de Sementes) , v. 41, p. 168-179, 2019.

• OLIVEIRA, A. C. ; BOVOLENTA, L. A. ; ALVES, L. ; FIGUEIREDO, L. ; RIBEIRO, A. ; CAMPOS, V. ; LEMKE, NEY ; PINHAL, D. . Understanding the modus operandi of microRNAregulatory clusters. Cells , v. 8, p. Issue 9, 2019.

• PINHAL, DANILLO ; BOVOLENTA, LUIZ A. ; MOXON, SIMON ; OLIVEIRA, ARTHUR C. ; NACHTIGALL, PEDRO G. ; ACENCIO, MARCIO L. ; PATTON, JAMES G. ; HILSDORF, ALEXANDRE W. S. ; LEMKE, NEY ; MARTINS, CESAR . Genome-wide microRNA screening in Nile tilapia reveals pervasive isomiRs? transcription, sex-biased arm switching and increasing complexity of expression throughout development. Scientific Reports , v. 8, p. 8248, 2018.

• OLIVEIRA, ARTHUR C. ; BOVOLENTA, LUIZ A. ; NACHTIGALL, PEDRO G. ; HERKENHOFF, MARCOS E. ; LEMKE, NEY ; PINHAL, DANILLO . Combining Results from Distinct MicroRNA Target Prediction Tools Enhances the Performance of Analyses. Frontiers in Genetics , v. 8, p. Article 59, 2017.

• ACENCIO, MARCIO LUIS ; BOVOLENTA, LUIZ AUGUSTO ; CAMILO, ESTHER ; LEMKE, NEY . Prediction of Oncogenic Interactions and Cancer-Related Signaling Networks Based on Network Topology. Plos One , v. 8, p. e77521, 2013.

• CAMILO, E. ; BOVOLENTA, L. A. ; ACENCIO, M. L. ; RYBARCZYK-FILHO, J. L. ; CASTRO, M. A. A. ; MOREIRA, J. C. F. ; LEMKE, N. . GALANT: a Cytoscape plugin for visualizing data as functional landscapes projected onto biological networks. Bioinformatics (Oxford. Print) , v. 29, p. 2505-2506, 2013.

• BOVOLENTA, L. A. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . HTRIdb: an open-access database for experimentally verified human transcriptional regulation interactions. BMC Genomics , v. 13, p. 405, 2012.

• DE ALMEIDA, O. C. P. ; BOVOLENTA, L. A. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . DESENVOLVIMENTO DE UM BANCO DE DADOS DE FATOR DE TRANSCRIÇÃO HUMANO. TEKHNE E LOGOS , v. 1, p. 120-138, 2009.

• NACHTIGALL, PEDRO G. ; BOVOLENTA, L. A. . Computational Detection of MicroRNA Targets. In: Allmer J.; Yousef M.. (Org.). miRNomics. 2ed.New York, NY: Humana, 2021, v. 2257, p. 187-209.

• PINHAL, D. ; NACHTIGALL, P. G. ; OLIVEIRA, A. C. ; BOVOLENTA, L. A. ; HERKENHOFF, M. E. . Origem e Evolução dos microRNAs. In: Tiago Campos Pereira. (Org.). Introdução ao mundo dos microRNAs. 1ed.Ribeirão Preto -SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2015, v. , p. 33-63.

• PINTO, L. P. N. F. ; OLIVEIRA, A. C. ; NACHTIGALL, P. G. ; BOVOLENTA, LUIZ AUGUSTO ; PINHAL, DANILLO . In silico and functional analyses of the regulatory activity of miR-21 over the TBX2B gene in zebrafish. In: 65th Brazilian Congress of Genetics, 2019, Águas de Lindóia - SP. 65th Brazilian Congress of Genetics, 2019.

• CARDOSO, A. L. ; BOVOLENTA, LUIZ AUGUSTO ; NAKAJIMA, R. T. ; OLIVEIRA, J. I. N. ; MARTINS, C. . B chromosome effects on the generation of tRNA-derived fragments in the cichlid Astatotilapia latifasciata. In: 65th Brazilian Congress of Genetics, 2019, Águas de Lindóia. 65th Brazilian Congress of Genetics, 2019.

• HERKENHOFF, M. E. ; OLIVEIRA, A. C. ; BOVOLENTA, L. A. ; SANTOS, L. D. ; CHUFFA, L. G. A. ; RIBEIRO, A. O. ; HILSDORF, A. W. S. ; PINHAL, D. . Perfis de expressão de microRNAs e proteínas em hibridos de tilapia do Nilo (Oreochromis niloticus). In: XVIII Simpósio de Citogenética e Genética de Peixes - SCGP 2018 - XVIII SCGP, 2018, Cascavel-PR. XVIII Simpósio de Citogenética e Genética de Peixes - SCGP 2018 - XVIII SCGP, 2018.

• PINTO, L. P. N. F. ; BOVOLENTA, LUIZ A. ; NACHTIGALL, P. G. ; OLIVEIRA, ARTHUR C. ; PINHAL, DANILLO . Validation of the TBX2B/microRNA-21 interaction during the atrio-ventricular delay in Zebrafish heart. In: IV Simpósio Zebrafish Como Modelo Animal de Pesquisa, 2017, Botucatu-SP. IV Simpósio Zebrafish Como Modelo Animal de Pesquisa, 2017.

• OLIVEIRA, ARTHUR C. ; BOVOLENTA, LUIZ A. ; HERKENHOFF, MARCOS E. ; NACHTIGALL, PEDRO G. ; LEMKE, NEY ; PINHAL, DANILLO . Variable microRNA regulatory intensity over target genes provides distinctive biological functional patterning. In: XVII Workshop de Genética, 2017, Botucatu-SP. XVII Workshop de Genética, 2017.

• PINHAL, DANILLO ; NACHTIGALL, P. G. ; BOVOLENTA, LUIZ A. ; OLIVEIRA, A. C. ; JURISICA, I. . Comparative analysis of cardiac microRNAs: insights into the molecular evolution of the vertebrate heart. In: Plant and Animal Genome XXV Conference, 2017, San Diego. Plant and Animal Genome XXV, 2017.

• PINHAL, DANILLO ; NACHTIGALL, P. G. ; BOVOLENTA, LUIZ A. ; JURISICA, I. ; OLIVEIRA, ARTHUR C. . Comparative analysis of cardiac microRNAs: insights into the molecular evolution of the vertebrate heart. In: IV Simpósio Zebrafish Como Modelo Animal de Pesquisa, 2017, Botucatu-SP. IV Simpósio Zebrafish Como Modelo Animal de Pesquisa, 2017.

• NACHTIGALL, P. G. ; BOVOLENTA, L. A. ; OLIVEIRA, ARTHUR C. ; HERKENHOFF, M. E. ; PINHAL, D. . Comparative analysis of cardiac miRNAs: Insights into evolution of the vertebrate heart. In: 62 Congresso Brasileiro de Genética, 2016, Caxambu-MG. Anais do 62 Congresso Brasileiro de Genética. Ribeirão Preto-SP: Socidedade Brasileira de Genética -SBG, 2016. v. 62.

• OLIVEIRA, A. C. ; MOXON, S. ; NACHTIGALL, P. G. ; HERKENHOFF, M. E. ; BOVOLENTA, LUIZ A. ; PINHAL, D. . Comparing Performances Among microRNA Target Prediction tools. In: 62 Congresso Brasileiro de Genética, 2016, Caxambu-MG. Anais do 62 Congresso Brasileiro de Genética. Ribeirão Preto-SP: Socidedade Brasileira de Genética -SBG, 2016. v. 62.

• BOVOLENTA, L. A. ; PINHAL, DANILLO ; MOXON, SIMON ; OLIVEIRA, ARTHUR C. ; NACHTIGALL, PEDRO G. ; ACENCIO, MARCIO L. ; MARTINS, CESAR ; LEMKE, NEY . Integrative bioinformatics data analysis of Nile Tilapia microRNAs. In: X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the AB3C., 2016, Belo Horizonte-MG. X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the AB3C., 2016.

• PINTO, L. P. N. F. ; OLIVEIRA, A. C. ; NACHTIGALL, P. G. ; BOVOLENTA, LUIZ A. ; PINHAL, D. . Bioinformatics and qPCR Techniques as Tools for the Discovery of novel miRNAs in Fish. In: XVI Workshop de Genética, 2016, Botucatu-SP. XVI Workshop de Genética, 2016.

• BOVOLENTA, L. A. ; PINHAL, D. ; MOXON, S. ; OLIVEIRA, A. C. ; NACHTIGALL, P. G. ; ACENCIO, M. L. ; MARTINS, C. ; LEMKE, N. . Análise transcriptômica integrativa de microRNAs e RNAs mensageiros alvos para determinação de redes de regulação gênica na tilápia do Nilo.. In: XIV Worshop da Pós-Graduação-WSPG, 2015, Botucatu. XIV Worshop da Pós-Graduação-WSPG, 2015.

• OLIVEIRA, ARTHUR C. ; BOVOLENTA, L. A. ; NACHTIGALL, PEDRO G. ; LEMKE, NEY ; PINHAL, DANILLO . IsomiRs expression profile in Nile tilapia. In: 61 Congresso Brasileiro de Genética, 2015, Águas de Lindoia. 61 Congresso Brasileiro de Genética, 2015.

• HERKENHOFF, M. E. ; BOVOLENTA, L. A. ; DIAS, M. C. ; HILSDORF, ALEXANDRE W. S. ; PINHAL, DANILLO . Comparative Analysis of microRNAs Transcriptome expression in Chitralada, Red Stirling and in Crossbreed Nile tilapia (Oreochromis niloticus) using high throughput sequencing. In: XII International Symposium on Genetics in Aquaculture, 2015, Santiago de Compostela. XII International Symposium on Genetics in Aquaculture, 2015.

• BOVOLENTA, L. A. ; PINHAL, D. ; MOXON, S. ; OLIVEIRA, A. C. ; NACHTIGALL, P. G. ; ACENCIO, M. L. ; MARTINS, C. ; LEMKE, N. . Nile tilapia miRNAs: characterization and target prediction. In: European Conference on Computational Biology- ECCB 2014, 2014, Estrasburgo, França. ECCB 2014 Accepted Posters with Abstracts, 2014. v. B. p. 28-29.

• OLIVEIRA, A. C. ; NACHTIGALL, PEDRO G. ; BOVOLENTA, L. A. ; PINHAL, D. . Characterization of cardiac microRNAs in Nile tilapia. In: 60 Congresso Brasileiro de Genética, 2014, Guarujá-SP. 60 Congresso Brasileiro de Genética, 2014. p. 97.

• DIAS, M. C. ; NACHTIGALL, P. G. ; BOVOLENTA, L. A. ; LEMKE, N. ; MARTINS, C. ; PINHAL, D. . Computational analysis of highly conserved human microRNAs in fish genomes. In: 59 Congresso Brasileiro de Genética, 2013, Águas de Lindóia. Anais do 59 Congresso Brasileiro de Genética, 2013.

• PINHAL, D. ; NACHTIGALL, P. G. ; DIAS, M. C. ; BOVOLENTA, L. A. ; OLIVEIRA, A. C. ; CARVALHO, R. F. ; HILSDORF, A. W. S. ; LEMKE, N. ; MARTINS, C. . Investigation of the composition, function and evolutionary dynamics of microRNAs in Nile tilapia genome using RNA-seq. In: EMBO|EMBL Symposium:The Non-Coding Genome, 2013, Heidelberg. EMBO|EMBL Symposium:The Non-Coding Genome, 2013.

• BOVOLENTA, L. A. ; ACENCIO, M. L. ; PINHAL, D. ; MARTINS, C. ; LEMKE, NEY . MIRTIL: towards the construction of a database for miRNAs expressed in Nile tilapia (Oreochromis niloticus). In: ISMB/ECCB 2013, 2013, Berlim-Alemanha. ISMB/ECCB 2013, 2013.

• PINHAL, D. ; NACHTIGALL, P. G. ; DIAS, M. C. ; BOVOLENTA, L. A. ; OLIVEIRA, A. C. ; CARVALHO, R. F. ; HILSDORF, A. W. S. ; LEMKE, N. ; MARTINS, C. . Discovering microRNAs in the Nile Tilapia genome using RNA-seq.. In: 59 Congresso Brasileiro de Genética, 2013, Águas de Lindóia. Anais do 59 Congresso Brasileiro de Genética, 2013.

• BOVOLENTA, L. A. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Human Transcriptional Regulation Interaction database (HTRIdb): Atualização 2010. In: XXXI Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, 2011, Natal-RN. COMPUTAÇÃO PARA TODOS: NO CAMINHO DA EVOLUÇÃO SOCIAL, 2011.

• BOVOLENTA, L. A. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . The development of an open-access database for human transcriptional regulation interactions. In: Student Council Symposium 2011, 2011, Viena. Highlights from the Seventh International Society for Computational Biology (ISCB) Student Council Symposium 2011.

• BOVOLENTA, L. A. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Human Transcriptional Regulation Interaction Databse (HTRIdb): 2010 update.. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting, 2010, Ouro Preto - MG. Abstracts Book, 2010. p. 81-81.

• BOVOLENTA, L. A. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Construção de um banco de dados de fatores de transcrição humanos. In: XXI Congresso de Iniciação Científica da Unesp, 2009, São José do Rio Preto. -, 2009.

• BOVOLENTA, L. A. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Construção de Banco de Dados de Fatores de Transcrição Humanos. In: IV Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2008, Botucatu. -, 2008.

• ACENCIO, M. L. ; BOVOLENTA, L. A. ; LEMKE, N. . HTRIdb: an open-access database for experimentally verified human transcriptional regulation interactions. In: 4th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2008, Salvador. Proceedings of the 4th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2008.

• BOVOLENTA, LUIZ AUGUSTO ; CARDOSO, A. L. ; NAKAJIMA, R. T. ; OLIVEIRA, J. I. N. ; FANTINATTI, B. E. A. ; COAN, R. L. B. ; MARTINS, C. . A wide tRNA-derived small RNA annotation in Astatotilapia latifasciata with B chromosome presence or absence. 2020. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• BOVOLENTA, L. A. . Computer support for data analysis. 2019. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• BOVOLENTA, L. A. . Genômica I - Análise de expressão gênica diferencial, processamento e interpretação de dados de RNA-seq. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• BOVOLENTA, L. A. . Gênomica I- Ánalise de expressão gênica diferencial, processamento e interpretação de dados de RNA-seq. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• BOVOLENTA, L. A. . Banco de dados: estrutura e funcionalidades. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• BOVOLENTA, L. A. ; PINHAL, D. ; MOXON, S. ; OLIVEIRA, A. C. ; NACHTIGALL, P. G. ; ACENCIO, M. L. ; MARTINS, C. ; LEMKE, NEY . Integrative bioinformatics data analysis of Nile Tilapia microRNAs. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• BOVOLENTA, L. A. ; PINHAL, D. ; MOXON, S. ; OLIVEIRA, A. C. ; NACHTIGALL, P. G. ; ACENCIO, M. L. ; MARTINS, C. ; LEMKE, N. . Análise transcriptômica integrativa de microRNAs e RNAs mensageiros alvos para determinação de redes de regulação gênica na tilápia do Nilo.. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• BOVOLENTA, L. A. ; PINHAL, D. ; MOXON, S. ; OLIVEIRA, A. C. ; NACHTIGALL, P. G. ; ACENCIO, M. L. ; MARTINS, C. ; LEMKE, N. . Nile tilapia miRNAs: characterization and target prediction. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• BOVOLENTA, L. A. ; ACENCIO, M. L. ; PINHAL, D. ; MARTINS, C. ; LEMKE, N. . MIRTIL: towards the construction of a database for miRNAs expressed in Nile tilapia (Oreochromis niloticus). 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• BOVOLENTA, L. A. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . The development of an open-access database for Human Transcriptional Regulation Interactions. 2011. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• BOVOLENTA, L. A. . Introdução a Banco de Dados. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• BOVOLENTA, L. A. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Construção de um Banco de Dados de Fatores de Transcrição Humanos. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• BOVOLENTA, L. A. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Construção de um Banco de Dados de Fatores de Transcrição Humanos. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2018 - Atual

  Análise funcional de microRNAs na desdiferenciação celular durante o processo de regeneração tecidual no modelo zebrafish, Descrição: A regeneração de partes do corpo perdidas ou danificadas é um dos fenômenos biológicos mais intrigantes. Durante a regeneração, populações celulares em regiões adjacentes à lesão se desdiferenciam, se reorganizam e então se diferenciam, culminando na formação de uma estrutura morfológica e funcionalmente idêntica àquela perdida. O estudo da regeneração da nadadeira caudal dos teleósteos, especialmente no zebrafish (Danio rerio), tem subsidiado o entendimento dos mecanismos biológicos subjacentes à regeneração tecidual nos vertebrados. Nesse processo, osteoblastos maduros se desdiferenciam em células osteoprogenitoras, repovoando as partes ósseas perdidas após a injúria ou amputação da nadadeira. No nível molecular, este evento induz a expressão de uma rede de sinalização gênica na qual atuam pequenos RNAs não codificadores endógenos, os microRNAs, e fatores de transcrição. Neste contexto, o gene sp7, um marcador de osteoblastos maduros, apresenta altos níveis de expressão na região adjacente à lesão, os quais diminuem progressivamente no sentido distal ao sítio de amputação, sugerindo que este fator de transcrição exerce importante função na desdiferenciação de osteoblastos em zebrafish. Do mesmo modo, diversos microRNAs foram associados à regeneração em zebrafish, embora seu exato papel funcional na desdiferenciação celular necessite ser elucidado. Ante ao exposto, torna-se relevante identificar o conjunto de microRNAs e alvos diferencialmente expressos, bem como microRNAs que regulam o gene sp7 na desdiferenciação celular de osteoblastos durante a regeneração. Para isso, propomos a associação de técnicas experimentais diversas, incluindo o isolamento de células em desdiferenciação por meio de cell sorting, a análise do perfil de expressão do transcriptoma de microRNAs e RNAs mensageiros (mRNA) por sequenciamento de última geração (RNA-seq), seguido pela validação de interações microRNA/alvo e quantificação dos produtos gerados via experimentos de superexpressão e inibição de microRNAs em embriões de zebrafish in vivo. Ainda, propomos a investigação do nível de conservação evolutiva das interações regulatórias encontradas via experimentos de superexpressão e inibição em células de camundongo, in vitro. A atividade de microRNAs na modulação da expressão dos alvos será avaliada pela quantificação dos transcritos (PCR quantitativo) e proteínas (Western blotting) produzidas. Este conjunto de experimentos contribuirá para um melhor entendimento do processo de desdiferenciação celular, bem como ampliará a lista de interações microRNA-gene alvo validadas por métodos experimentais. O conhecimento gerado quanto à regulação deste mecanismo celular essencial do processo de regeneração pode ser futuramente aplicado em tecnologias de medicina regenerativa, possibilitando a manipulação de vias regulatórias que permitam alterações controladas sobre o estado de diferenciação das células na região de uma lesão.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Augusto Bovolenta - Integrante / Ney Lemke - Integrante / Cesar Martins - Integrante / Arthur Casulli Oliveira - Integrante / PINHAL, DANILLO - Coordenador / Amanda de Oliveira Ribeiro - Integrante / Flávia Karina Delella - Integrante / Felipe dos Santos Pereira - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de SP - Auxílio financeiro.

• 2017 - 2018

  Efeitos de cromossomos B na expressão de pequenos RNAs (sRNAs) derivados de RNAs não codificadores (ncRNAs) em Astatotilapia latifasciata, Descrição: Cromossomos B são elementos adicionais ao complemento cromossômico A, porém, dispensáveis. Apesar de serem considerados estruturas inertes, estudos mais recentes indicam efeitos em seus portadores levando à variações significativas nos níveis de transcritos nas células, incluindo RNAs não codificantes (ncRNA). ncRNAs são formados a partir da transcrição do DNA, porém não são traduzidos em proteínas e são classificados em ncRNAs longos (lncRNA) e ncRNAs curtos (sRNA). Estas moléculas estão envolvidas com vários processos biológicos incluindo a organização da cromatina, inativação do cromossomo X de mamíferos euterianos, desenvolvimento, imprinting genético, regulação gênica pré- e pós- transcricional e síntese de proteínas. O processo de degradação direcionado de várias classes de ncRNAs como os RNAs transportadores (tRNA), os RNAs ribossomais (rRNA) e os pequenos RNAs nucleolares (ncoRNA) é uma das vias de formação de sRNAs. Estudos prévios indicam que cromossomos B afetam a expressão de um possível ncRNA longo (denominado BncRNA), além de sRNAs da classe dos miRNAs, no ciclídeo Astatotilapia latifasciata.Dessa forma, é possível que cromossomos B também promovam efeitos na formação de sRNAs derivados de tRNA, rRNA e snoRNA. Assim, o objetivo da presente proposta é explorar estes processos e seus efeitos celulares, uma vez que eles podem trazer importantes contribuições ao entendimento dos aspectos funcionais de cromossomos B nas células e organismos hospedeiros.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . , Integrantes: Luiz Augusto Bovolenta - Integrante / Cesar Martins - Coordenador / Adauto Lima Cardoso - Integrante / Jordana Inácio Nascimento Oliveira - Integrante / Rafael Takahiro Nakajima - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa., Número de produções C, T & A: 2

• 2015 - 2016

  Investigando variações e funções de pequenos RNAs não-codificantes em Oreochromis niloticus., Descrição: A tilápia do Nilo é uma importante espécie de ciclídeo africano que apresenta rápida irradiação adaptativa e importância econômica, principalmente na aquicultura brasileira. Diferentes características morfológicas e fisiológicas da tilápia do Nilo podem influenciar a sua produção, como o sexo, a tolerância à água de má qualidade e o comportamento alimentar. Pequenos RNAs não codificantes podem ser fatores importantes subjacentes a estas características que influenciam a produção da tilápia do Nilo. Enquanto alguns tipos de pequenos RNAs não codificantes podem regular a expressão génica (microRNAs [miRNAs]), outros podem evitar a ocorrência de mutações no genoma nocivas à celulas germinativas causadas por elementos transponíveis (PIWI-interacting RNAs [piRNAs]). Portanto, o entendimento do impacto dos miRNAs e piRNAs nos aspectos morfológicos e fisiológicos de peixes adultos e nos estágios de desenvolvimento de embriões é fundamental para produção de Tilápia. Por estas razões, é proposto neste projeto a construção de um catálogo em larga escala de miRNAs e piRNAs juntamente com seus tecidos e estágios embrionários, assinaturas de expressão gênica e funções biológicas. No que diz respeito especificamente a miRNAs, serão analisadas isoformas e ocorrência de eventos de arm switching. E para piRNAs será determinado como identificar, classificar e quantificar estas moléculas antes da construção do catálogo. Para atingir os objetivos mencionados acima, serão utilizadas abordagens de bioinformática, como análise de agrupamentos, análises de redes biológicas e enriquecimento funcional. Além disso, para a identificação de piRNAs serão utilizados métodos de aprendizagem de máquina previamente desenvolvidos. Finalmente, um catálogo de miRNAs e piRNAs será contruido e poderá ser usado para compreender como os pequenos RNAs influenciam os aspectos morfológicos e fisiológicos da tilápia e possíveis processos biotecnológicos de melhoramento genético.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Augusto Bovolenta - Integrante / Ney Lemke - Integrante / Simon Moxo - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa., Número de produções C, T & A: 1

• 2013 - 2015

  Aprendizado de Máquina em Biologia Molecular de Sistemas (AMBiS) aplicação em letalidade sintética, genes condicionalmente essenciais e transcrição gênica cooperativa, Descrição: O desenvolvimento de técnicas de alta produção de dados está transformando a biologia em uma disciplina rica em dados. Neste projeto nós consideramos redes biológicas integradas que incluem interações gênicas envolvendo metabolismo regulação e interação proteína-proteína. Nós iremos desenvolver ferramentas de aprendizado de máquina que utilizarão informações topológicas integradas com dados de expressão, localização celular e organização dos genomas para extrair informações biológicas relevantes. Nesse projeto iremos utilizar ferramentas de inteligência artificial para determinar a influência de propriedades topológicas na letalidade sintética de pares de genes e a influência do meio na essencialidade de genes.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (4) . , Integrantes: Luiz Augusto Bovolenta - Integrante / Marcio Luis Acencio - Integrante / RYBARCZYK-FILHO, J. L. - Integrante / CAMILO, ESTHER - Integrante / LEMKE, NEY - Coordenador / Pedro Rafael Costa - Integrante / Angelo José Magro - Integrante / Marcos Tadeu Geraldo - Integrante / Rafael Toledo Fernandes de Souza - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de SP - Auxílio financeiro.

• 2013 - 2015

  Análise funcional de cromossomos B, utilizando o peixe ciclídeo Astatotilapia latifasciata como modelo, Descrição: Os cromossomos supernumerários (também chamados de cromossomos B) são elementos extras, não homólogos ao complemento A e encontram-se presentes em aproximadamente 15% das espécies de eucariotos. O papel funcional deste cromossomo encontra-se ainda em pleno debate, sendo sua presença e manutenção nos organismos justificada principalmente devido ao seu potencial parasítico. Os estudos em cromossomos B tem sido essencialmente conduzidos em nível citogenético, sendo que abordagens genômicas em larga escala tem sido pouco exploradas. Análises genéticas prévias envolvendo sequenciamento genômico em larga escala, PCR em tempo real, mapeamento citogenético, entre outras, foram realizadas no sentido do entendimento do conteúdo genômico e história evolutiva do cromossomo B do ciclídeo africano Astatotilapia latifasciata. Estas análises evidenciaram que o elemento extra desta espécie foi originado a partir de um pequeno segmento cromossômico do genoma A, seguido de invasão e amplificação de sequências oriundas de diversos cromossomos do complemento A, e também do genoma mitocondrial. Considerando os aspectos citados, atrelados à possibilidade do uso de novas ferramentas de análises em larga escala como transcriptomas, microRNomas e ChIP-Seq, o presente projeto visa o melhor entendimento do papel funcional da presença de cromossomos B, usando o ciclídeo A. latifasciata como modelo.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (3) . , Integrantes: Luiz Augusto Bovolenta - Integrante / Cesar Martins - Coordenador / Guilherme Targino Valente - Integrante / Adauto Lima Cardoso - Integrante / Bianca de Oliveira Carmello - Integrante / Bruno Evaristo de Almeida Fantinatti - Integrante / Matthew Augustin Conte - Integrante / Érica Ramos - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de SP - Auxílio financeiro.

• 2012 - 2016

  Análise exploratória em larga escala de miRNAs expressos em tilápia do Nilo utilizando ferramentas de bioinformática., Descrição: Micro-RNAs (miRNAs) são pequenas moléculas de RNA (~22 nucleotídeos) que regulam pós-transcricionalmente a expressão de genes endógenos, modelando o transcriptoma e a produção de proteínas. Em geral, os miRNAs são altamente conservados no genoma de eucariotos sendo considerados elementos vitais em diversos processos biológicos durante o desenvolvimento, tais como crescimento, diferenciação e morte celular. A grande diversidade de miRNAs identificados está restrita a poucas espécies e apenas uma parte do total de alvos de miRNAs preditos foi caracterizada funcionalmente. Nesse sentido, o uso da tecnologia de sequenciamento de nova geração atrelada a análise de expressão gênica por RT-qPCR possibilitam a identificação do microRNoma e a validação experimental de genes alvo de miRNAs numa espécie. A tilápia do Nilo, Oreochromis niloticus, pode ser considerada um excelente modelo biológico para o estudo de miRNAs em vertebrados devido a sua importância econômica e genoma completo sequenciado. A presente proposta objetiva (I) organizar os dados do sequenciamento do miRNAs da tilapia do Nilo; (II) disponibilizá-los em forma de uma base de dados para a comunidade científica; (III) integrar as informações dos miRNAs com outros bancos de dados de miRNAs; (IV) analisar os dados através de estratégias bioinformáticas para determinação de clusters definidos pelo nível de expressão de cada miRNA nos diferentes tipos de tecido (músculo branco, músculo vermelho, gonadas, cérebro etc.) e nas diferentes fases do desenvolvimento, com a finalidade de criar hipóteses funcionais sobre os miRNAs; (V) predizer os RNAs mensageiros alvos desses miRNAs identificados; e por fim, (VI) determinar a disposição dos miRNAs conhecidos nos 22 cromossomos da tilápia com propósito de desenvolver mapas de localização.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Augusto Bovolenta - Integrante / Marcio Luis Acencio - Integrante / Ney Lemke - Coordenador / PINHAL, DANILLO - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa., Número de produções C, T & A: 31

• 2012 - 2015

  Investigação da composição, funcionalidade e dinâmica evolutiva de microRNAs no genoma de peixes utilizando RNA-seq e genética reversa, Descrição: MicroRNAs (miRNAs) são pequenos RNAs endógenos ~22 nucleotídeos que regulam o transcriptoma da célula por pareamento parcial ou completo com sequências complementares de seus RNAs mensageiros (RNAm) alvo, controlando, assim, a produção de proteínas. Nos vertebrados, a associação observada entre abundância e diversidade de miRNAs e aumento de complexidade do grupo taxonômico tornaram os miRNAs elementos relevantes tanto no entendimento da evolução de genes e mecanismos regulatórios, através de análises genômicas intraespecíficas, quanto como marcadores filogenéticos em investigações genômicas comparativas. Nos peixes, maior grupo de vertebrados viventes, dentre as ~30.000 espécies conhecidas apenas um pequeno número foi investigado quanto à composição global e perfis de expressão de miRNAs. Além disso, a absoluta maioria dos miRNAs encontrados no genoma de vertebrados necessita ser caracterizada funcionalmente. No presente projeto propõe-se uma estratégia composta por duas abordagens relacionadas para o estudo de miRNAs, utilizando como modelo biológico as espécies de peixes zebrafish (Danio rerio) e tilápia do Nilo (Oreochromis niloticus), que possuem genoma completo sequenciado. A primeira etapa envolve o sequenciamento de alta performance ("deep sequencing" ou RNA-seq) combinado à análise genômica comparativa para determinação da composição global e investigação da organização genômica, diversidade e dinâmica evolutiva das famílias de miRNAs. Na segunda etapa, propõe-se a realização experimentos de genética reversa, direcionados a partir dos dados gerados previamente por RNA-seq, para a análise funcional de miRNAs. Nesses experimentos moléculas sintéticas que mimetizem ou bloqueiem a ação de miRNAs serão microinjetadas em embriões, permitindo a associação entre o gene alterado e fenótipo produzido. A partir desses experimentos, que preveem a integração dos dados genômicos estruturais e funcionais, será possível identificar combinações de miRNAs e RNAs mensageiros alvos e associá-los à evolução de clados e à regulação de processos biológicos específicos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (3) . , Integrantes: Luiz Augusto Bovolenta - Integrante / Ney Lemke - Integrante / Marcos Correa Dias - Integrante / Pedro Gabriel Nachtigall - Integrante / PINHAL, DANILLO - Coordenador / MARTINS, CESAR - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2010 - 2012

  Aprendizado de Máquina em Biologia Molecular de Sistemas, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ney Lemke em 18/09/2019., Descrição: O desenvolvimento de técnicas de alta produção de dados está transformando a biologia em uma disciplina rica em dados. Neste projeto nós consideramos redes biológicas integradas que incluem interações gênicas envolvendo metabolismo regulação e interação proteína-proteína. Nós iremos desenvolver ferramentas de aprendizado de máquina que utilizarão informações topológicas integradas com dados de expressão, localização celular e organização dos genomas para extrair informações biológicas relevantes tais como alvos para drogas e genes morbidos em humanos ou ainda genes essenciais para bacterias. Nós também iremos investigar a estrutura de comunidades e procurar por motivos topológicos visando compreender a organização topológica de larga escala das células biológicas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Augusto Bovolenta - Integrante / Marcio Luis Acencio - Integrante / Ney Lemke - Coordenador / Pedro Rafael Costa - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2010 - 2012

  Desenvolvimento de uma base de dados para fatores de transcrição de seres humanos e suas redes de interação: Human Transcriptional Regulation Interaction database (HTRIdb 2.0), Descrição: Fatores de transcrição são proteínas que se ligam a sequências nucleotídicas específicas situadas à montantes das regiões promotoras de genes e, através dessa interação, regulam positivamente ou negativamente a transcrição dos genes. Devido a essa função reguladora, a identificação e a caracterização dos fatores de transcrição são importantes para a compreensão de processos biológicos, como proliferação e diferenciação celulares. As informações sobre os fatores de transcrição em humanos, particularmente quais genes que tais fatores regulam, são encontrados de forma dispersa na literatura ou com disponibilidade limitada em bancos de dados pagos. Com o objetivo de centralizar esses informações, desenvolvemos anteriormente um banco de dados relacional para armazenar dados sobre as interações regulatórias entre os fatores de transcrição e seus genes alvos (HTRIdb). Propomos nesse projeto o aperfeiçoamento desse banco de dados, incluindo novas funcionalidades, como interface de manutenção do banco, ferramenta de vizualização, mecanismos de exportação do dados em outros formatos, análise do grau de confiabilidade dos dados, a ampliação da estrutura do banco de dados para a inserção de novos dados e um questionário online para a avaliação do banco de dados pelos usuários. Todas essas funcionalidades serão desenvolvidas utilizando a tecnologia Java e PostgreSQL. Disponibilizaremos à comunidade científica uma ferramenta web de acesso gratuito e com uma interface amigável para possibilitar a manipulação dessas informações.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Augusto Bovolenta - Integrante / Marcio Luis Acencio - Integrante / Ney Lemke - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa., Número de produções C, T & A: 9

Projetos de desenvolvimento

• 2008 - 2008

  Construção de Banco de Dados de Fatores de Transcrição Humanos, Descrição: Desenvolvimento de uma base de dados para armazenamento de informações sobre fatores de transcrição humanos. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Augusto Bovolenta - Integrante / Marcio Luis Acencio - Integrante / Ney Lemke - Coordenador / Osvaldo César Pinheiro de Almeida - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

• 2008 - 2008

  Construção de Banco de Dados de Fatores de Transcrição Humanos, Descrição: Desenvolvimento de uma base de dados para armazenamento de informações sobre fatores de transcrição humanos. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Augusto Bovolenta - Integrante / Marcio Luis Acencio - Integrante / Ney Lemke - Coordenador / Osvaldo César Pinheiro de Almeida - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

• 2008 - 2008

  Construção de Banco de Dados de Fatores de Transcrição Humanos, Descrição: Desenvolvimento de uma base de dados para armazenamento de informações sobre fatores de transcrição humanos. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Augusto Bovolenta - Integrante / Marcio Luis Acencio - Integrante / Ney Lemke - Coordenador / Osvaldo César Pinheiro de Almeida - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

• 2008 - 2008

  Construção de Banco de Dados de Fatores de Transcrição Humanos, Descrição: Desenvolvimento de uma base de dados para armazenamento de informações sobre fatores de transcrição humanos. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Augusto Bovolenta - Integrante / Marcio Luis Acencio - Integrante / Ney Lemke - Coordenador / Osvaldo César Pinheiro de Almeida - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

• 2008 - 2008

  Construção de Banco de Dados de Fatores de Transcrição Humanos, Descrição: Desenvolvimento de uma base de dados para armazenamento de informações sobre fatores de transcrição humanos. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Augusto Bovolenta - Integrante / Marcio Luis Acencio - Integrante / Ney Lemke - Coordenador / Osvaldo César Pinheiro de Almeida - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

• 2008 - 2008

  Construção de Banco de Dados de Fatores de Transcrição Humanos, Descrição: Fatores de transcrição são proteínas que se ligam a seqüências nucleotídicas específicas situadas à montante das regiões promotoras de genes e, através dessa ligação, regulam positivamente ou negativamente a transcrição dos genes. Devido a essa função reguladora, a identificação e a caracterização dos fatores de transcrição são importantes para a compreensão de processos biológicos determinantes, como diferenciação celular e apoptose. As informações sobre os fatores de transcrição em humanos, particularmente quais os genes que tais fatores regulam, são encontrados de forma esparsa na literatura ou com disponibilidade limitada em banco de dados pagos. Portanto, é necessária a construção de um banco de dados que centralize as informações sobre os fatores de transcrição e cujos acesso e aquisição dos dados sejam gratuitos. No presente projeto, propomos a construção de um banco de dados de fatores de transcrição humanos gratuito contendo as seguintes informações para cada fator de transcrição: seqüências nucleotídicas de ligação do fator de transcrição, seus genes regulados e as referências nas quais encontra-se a prova experimental de tal regulação. Tal banco de dados será disponibilizado gratuitamente através de uma interface web.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Augusto Bovolenta - Integrante / Marcio Luis Acencio - Integrante / Ney Lemke - Coordenador / Osvaldo César Pinheiro de Almeida - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa., Número de produções C, T & A: 8

• 2008 - 2008

  Construção de Banco de Dados de Fatores de Transcrição Humanos, Descrição: Fatores de transcrição são proteínas que se ligam a seqüências nucleotídicas específicas situadas à montante das regiões promotoras de genes e, através dessa ligação, regulam positivamente ou negativamente a transcrição dos genes. Devido a essa função reguladora, a identificação e a caracterização dos fatores de transcrição são importantes para a compreensão de processos biológicos determinantes, como diferenciação celular e apoptose. As informações sobre os fatores de transcrição em humanos, particularmente quais os genes que tais fatores regulam, são encontrados de forma esparsa na literatura ou com disponibilidade limitada em banco de dados pagos. Portanto, é necessária a construção de um banco de dados que centralize as informações sobre os fatores de transcrição e cujos acesso e aquisição dos dados sejam gratuitos. No presente projeto, propomos a construção de um banco de dados de fatores de transcrição humanos gratuito contendo as seguintes informações para cada fator de transcrição: seqüências nucleotídicas de ligação do fator de transcrição, seus genes regulados e as referências nas quais encontra-se a prova experimental de tal regulação. Tal banco de dados será disponibilizado gratuitamente através de uma interface web.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Augusto Bovolenta - Integrante / Marcio Luis Acencio - Integrante / Ney Lemke - Coordenador / Osvaldo César Pinheiro de Almeida - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa., Número de produções C, T & A: 8

• 2008 - 2008

  Construção de Banco de Dados de Fatores de Transcrição Humanos, Descrição: Fatores de transcrição são proteínas que se ligam a seqüências nucleotídicas específicas situadas à montante das regiões promotoras de genes e, através dessa ligação, regulam positivamente ou negativamente a transcrição dos genes. Devido a essa função reguladora, a identificação e a caracterização dos fatores de transcrição são importantes para a compreensão de processos biológicos determinantes, como diferenciação celular e apoptose. As informações sobre os fatores de transcrição em humanos, particularmente quais os genes que tais fatores regulam, são encontrados de forma esparsa na literatura ou com disponibilidade limitada em banco de dados pagos. Portanto, é necessária a construção de um banco de dados que centralize as informações sobre os fatores de transcrição e cujos acesso e aquisição dos dados sejam gratuitos. No presente projeto, propomos a construção de um banco de dados de fatores de transcrição humanos gratuito contendo as seguintes informações para cada fator de transcrição: seqüências nucleotídicas de ligação do fator de transcrição, seus genes regulados e as referências nas quais encontra-se a prova experimental de tal regulação. Tal banco de dados será disponibilizado gratuitamente através de uma interface web.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Luiz Augusto Bovolenta - Integrante / Marcio Luis Acencio - Integrante / Ney Lemke - Coordenador / Osvaldo César Pinheiro de Almeida - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa., Número de produções C, T & A: 8

Prêmios