Rodrigo Rodrigues Domingues

Pós-doutorado

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Participação em eventos

Participação em bancas

Comissão julgadora das bancas

Orientou

Foi orientado por

Produções bibliográficas

• BUNHOLI, INGRID VASCONCELLOS ; DA SILVA FERRETTE, BRUNO LOPES ; Domingues, Rodrigo Rodrigues ; ROTUNDO, MATHEUS MARCOS ; CUEVAS, JUAN MARTÍN ; GARCÍA, MIRTA ; GÓMEZ, SEBASTIÁN ; DE FREITAS, RENATO HAJENIUS ACHÉ ; OLIVEIRA, CLAUDIO ; FORESTI, FAUSTO ; MENDONÇA, FERNANDO FERNANDES . Multilocus phylogeography of the endemic and endangered angular angelshark (Squatina guggenheim) in the Southwest Atlantic Ocean. HYDROBIOLOGIA , v. ., p. ., 2022.

• DOMINGUES, RODRIGO R. ; MASTROCHIRICO-FILHO, VITO ANTONIO ; MENDES, NATALIA J. ; HASHIMOTO, DIOGO T. ; COELHO, RUI ; ANTUNES, AGOSTINHO ; FORESTI, FAUSTO ; MENDONÇA, FERNANDO F. . Gene-associated markers as a genomic and transcriptomic resource for a highly migratory and apex predator shark (Isurus oxyrinchus). MARINE BIOLOGY , v. 169, p. ., 2022.

• Khalil, S. K. ; Rodrigo R. Domingues ; Alexandre W. S. Hilsdorf . Assessing illegal fishing and trade of Atlantic billfish and swordfish by DNA-based identification. Conservation Genetics Resources , v. ., p. ., 2021.

• Rodrigo R. Domingues ; Bunholi, I. V. ; Danillo Pinhal ; ANTUNES, A. ; Fernando F. Mendonça . From molecule to conservation: DNA-based methods to overcome frontiers in the shark and ray fin trade. Conservation Genetics Resources , v. ., p. ., 2021.

• Jussara Vaini ; Rodrigo R. Domingues ; Bruno L. S. Ferrette ; Erick M. Hallerman ; Keneth Mota ; João Barreiros ; Alexandre W. S. Hilsdorf . Global population genetic structure of the sequential hermaphrodite, dusky grouper (Epinephelus marginatus). AQUATIC CONSERVATION-MARINE AND FRESHWATER ECOSYSTEMS , v. ., p. .-., 2021.

• Bruno L. S. Ferrette ; Bruno L. Mourato ; Hazin, F. V. H. ; Arocha, F. ; Williams, S. M. ; Rodrigues JR, C. E. ; Porto-Foresti, F. ; AMORIM, ALBERTO F. ; Rotundo, M. ; Coelho, R. ; HOOLIHAN, JOHN P. ; Sow, F. N. ; Diaha, N. C. ; Romanov, E. V. ; Rodrigo R. Domingues ; Oliveira, C. ; Foresti, F. ; Fernando F. Mendonça . Global phylogeography of sailfish: deep evolutionary lineages with implications for fisheries management. HYDROBIOLOGIA , v. ., p. .-., 2021.

• GONZALEZ, CINDY ; POSTAIRE, BAUTISSE ; DOMINGUES, RODRIGO R. ; FELDHEIM, KEVIN A. ; CABALLERO, SUSANA ; CHAPMAN, DEMIAN . Phylogeography and population genetics of the cryptic bonnethead shark aff. in Brazil and the Caribbean inferred from mitochondrial markers. JOURNAL OF FISH BIOLOGY , v. 99, p. jfb.14896-., 2021.

• Danillo Pinhal ; Rodrigo R. Domingues ; Bruels, C. ; Bruno L. S. Ferrette ; Otto B. F. Gadig ; Mahmood S. Shivji ; Martins, C. . Restricted connectivity and population genetic fragility in a globally endangered Hammerhead Shark. REVIEWS IN FISH BIOLOGY AND FISHERIES , v. 30, p. 09607, 2020.

• Rodrigo R. Domingues ; Mastrochirico-Filho, V. A. ; Mendes, N. ; Hashimoto, D. ; Coelho, R. ; Cruz, V. P. ; ANTUNES, A. ; Foresti, F. ; Fernando F. Mendonça . Comparative eye and liver differentially expressed genes reveal monochromatic vision and cancer resistance in the shortfin mako shark (Isurus oxyrinchus). GENOMICS , v. ., p. ., 2020.

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• Ferrete, B. ; Domingues, Rodrigo Rodrigues ; Rotundo, M. ; MIRANDA, M. ; Bunholi, I. ; BIASI, J. ; Oliveira, C. ; Foresti, F. ; MENDONCA, F. F. . DNA Barcode Reveals the Bycatch of Endangered Batoids Species in the Southwest Atlantic: Implications for Sustainable Fisheries Management and Conservation Efforts. Genes , v. 10, p. 304, 2019.

• Ferrete, B. ; Rodrigo R. Domingues ; Ussami, L. H. F. ; Letícia Moraes ; MAGALHAES, C. ; Alberto Amorim ; Alexandre W. S. Hilsdorf ; Oliveira, C. ; Foresti, F. ; Fernando F. Mendonça . DNA-based species identification of shark finning seizures in Southwest Atlantic: implications for wildlife trade surveillance and law enforcement. BIODIVERSITY AND CONSERVATION , v. online, p. online, 2019.

• H. Bornatowski ; Loose, R. ; C.L.S. Sampaio ; O.F.B Gadig ; A. Carvalho-Filho ; R. R. DOMINGUES . Human introduction or natural dispersion? Atlantic Ocean occurrence of the Indo-Pacific whitetip reef shark Triaenodon obesus. JOURNAL OF FISH BIOLOGY , v. 92, p. 537-542, 2018.

• DOMINGUES, RODRIGO R. ; BRUELS, CHRISTINE C. ; GADIG, OTTO B.F. ; CHAPMAN, DEMIAN D. ; HILSDORF, ALEXANDRE W.S. ; SHIVJI, MAHMOOD S. . Genetic connectivity and phylogeography of the night shark ( Carcharhinus signatus ) in the western Atlantic Ocean: Implications for conservation management. AQUATIC CONSERVATION-MARINE AND FRESHWATER ECOSYSTEMS , v. xx, p. xx-xx, 2018.

• Fonseca, F. S. ; Domingues, Rodrigo Rodrigues ; Erick M. Hallerman ; Alexandre W. S. Hilsdorf . Genetic Diversity of an Imperiled Neotropical Catfish and Recommendations for Its Restoration. Frontiers in Genetics , v. 8, p. 196, 2017.

• DOMINGUES, RODRIGO R. ; HILSDORF, ALEXANDRE W. S. ; SHIVJI, MAHMOOD M. ; HAZIN, FABIO V. H. ; GADIG, OTTO B. F. . Effects of the Pleistocene on the mitochondrial population genetic structure and demographic history of the silky shark (Carcharhinus falciformis) in the western Atlantic Ocean. REVIEWS IN FISH BIOLOGY AND FISHERIES , v. 28, p. 213-227, 2017.

• Domingues, Rodrigo Rodrigues ; HILSDORF, ALEXANDRE WAGNER SILVA ; GADIG, OTTO BISMARCK FAZZANO . The importance of considering genetic diversity in shark and ray conservation policies. CONSERVATION GENETICS (DORDRECHT. ONLINE) , v. 19, p. 501-525, 2017.

• DOMINGUES, RODRIGO R. ; CALTABELLOTTA, FABIO P. ; AMORIM, ALBERTO F. . Length-length and length-weight relationships of Carcharhinus falciformis and C. signatus (Carcharhinidae: Carcharhinus) caught by commercial fisheries in the Southwest Atlantic Ocean. REGIONAL STUDIES IN MARINE SCIENCE , v. 6, p. 83-86, 2016.

• DOMINGUES, R. R. ; Montealegre-Quijano, S. ; SOTO, J. M. R. ; AMORIM, A. F. . Five new records of Luvarus imperialis (Acanthuroidei: Luvaridae) in the south-west Atlantic Ocean. Journal of Fish Biology , v. 86, p. 1203-1208, 2015.

• DOMINGUES, RODRIGO R. ; OKUDA, GABRIEL ; BERNARD, ANDREA M. ; AMORIM, ALBERTO F. ; DE BIASI, JULIANA ; HILSDORF, ALEXANDRE W. S. . A DNA tool for the identification of heavily exploited Atlantic billfishes. CONSERVATION GENETICS RESOURCES (ONLINE) , v. 7, p. 807-809, 2015.

• BERNARD, A. M. ; HILSDORF, A. W. S. ; AMORIM, A. F. ; DOMINGUES, R. R. ; SHIVJI, M. S. . Development and characterization of thirteen microsatellite markers for the longbill spearfish (Tetrapturus pfluegeri). CONSERVATION GENETICS RESOURCES (ONLINE) , v. 6, p. 169-171, 2014.

• BERNARD, ANDREA M. ; SHIVJI, MAHMOOD S. ; Domingues, Rodrigo Rodrigues ; HAZIN, FABIO HISSA VIEIRA ; DE AMORIM, ALBERTO FERREIRA ; DOMINGO, ANDRES ; AROCHA, FREDDY ; PRINCE, ERIC D. ; HOOLIHAN, JOHN P. ; HILSDORF, ALEXANDRE WAGNER SILVA . Broad geographic distribution of roundscale spearfish (Tetrapturus georgii) (Teleostei, Istiophoridae) in the Atlantic revealed by DNA analysis: Implications for white marlin and roundscale spearfish management. FISHERIES RESEARCH , v. 139, p. 93-97, 2013.

• DOMINGUES, R. R. ; DE AMORIM, A. F. ; HILSDORF, A. W. S. . Genetic identification of Carcharhinus sharks from the southwest Atlantic Ocean (Chondrichthyes: Carcharhiniformes). JOURNAL OF APPLIED ICHTHYOLOGY , v. 29, p. 738-742, 2013.

• AMORIM, A. F. ; ARFELLI, C. A. ; DOMINGUES, R. R. ; SILVA, N. P. ; MINTE-VERA, C. V. . Coryphaena hippurus and Acanthocybium solandri incidental catch off south and southeast Brazil (1971-2009) by Sao Paulo tuna longliners. Collective Volume of Scientific Papers - International Commission for the Conservation of Atlantic Tunas , v. 66, p. 2140-2512, 2011.

• DOMINGUES, R. R. ; GONZALEZ, M. M. B. ; AMORIM, A. F. . First reported occurrence of pregnant and neonate, Rhinoptera brasiliensis (Chondrichthyes, Rhinopteridae) caught off Guaruja city, São Paulo state, Brazil. PAN-AMERICAN JOURNAL OF AQUATIC SCIENCES , v. 04, p. 605-608, 2009.

• Rodrigo R. Domingues . O "slime" e a conservação de raias no Brasil. In: Hugo Bornatowski. (Org.). Encontro e Desencontros com Tubarões e Raias. 1ed.: , 2021, v. 1, p. 1-275.

• Rodrigo R. Domingues ; Alexandre W. S. Hilsdorf . Tubarão pede socorro. Scientific American Brasil, 15 jan. 2021.

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• DOMINGUES, R. R. . Night shark fever. Save Our Seas Foundation, 23 nov. 2018.

• DOMINGUES, R. R. ; HILSDORF, A. W. S. ; AMORIM, A. F. . Pesquisa analisa DNA de tubarões e agulhões de São Paulo. Agência FAPESP, 07 mar. 2014.

• DOMINGUES, R. R. ; HILSDORF, A. W. S. ; AMORIM, A. F. . Pesquisa analisa DNA de tubarões e agulhões de São Paulo (release). Revista Exame, 07 mar. 2014.

• DOMINGUES, R. R. . Cuidado! Cação em perigo de extinção. Boq News.

• DOMINGUES, RODRIGO R. . Night sharks and silky sharks in the Western Atlantic. Save our Seas.

• DOMINGUES, RODRIGO R. . Pesquisa analisa DNA de tubarões e agulhões de São Paulo (release). Notícias CEBIMAR-USP.

• DOMINGUES, R. R. ; AMORIM, A. F. ; REZENDE, P. C. ; Hilsdorf, A.W.S. . Desenvolvimento de uma metodologia para a identificação molecular de tubarões do gênero Carcharhinus (Condrichthyes - Carcharhiniformes) capturados no sudeste e sul do Brasil. In: 13 Simpósio de Biologia Marinha, 2010, Santos-SP. ..., 2010.

• Alvarenga, M. ; BUNHOLI, INGRID VASCONCELLOS ; Brito, G. R. ; Charvet, P. ; Domingues, Rodrigo Rodrigues ; Siqueira, M. V. B. M. ; Cruz, V. P. . Anos de consumo amplo e inadvertido de tubarões e raias ameaçadas de extinção no Brasil desvendado através da análise de DNA: podemos fazer melhor?. In: ElasmoMulheres, 2022, online. ElasmoMulheres, 2022.

• Rodrigo R. Domingues ; Mastrochirico-Filho, V. A. ; Mendes, N. ; Hashimoto, D. ; Coelho, R. ; Cruz, V. P. ; ANTUNES, A. ; Foresti, F. ; Fernando F. Mendonça . De novo transcriptome assembly, annotation and SNP discovery of the shortfin mako (Isurus oxyrinchus). In: XVI European Congress of Ichthyology, 2019, Lausanne, Suiça. -, 2019.

• Rodrigo R. Domingues ; Mastrochirico-Filho, V. A. ; Mendes, N. ; Hashimoto, D. ; Coelho, R. ; Cruz, V. P. ; ANTUNES, A. ; Foresti, F. ; Fernando F. Mendonça . Combining RNA-seq and ddRAD-seq to SNP discovery of a highly migratory and apex predator. In: XX Iberian Symposium on Marine Biology Studies, 2019, Braga - Portugal. -, 2019.

• Bunholi, I. ; Rodrigo R. Domingues ; Ferrete, B. ; Rotundo, M. ; Cuevas, J. ; Garcia, M. ; Gómez S. ; Freitas, R. H. A. ; Oliveira, C. ; Foresti, F. ; Fernando F. Mendonça . Genetic population structure of the angular angelshark, Squatina guggenheim, an endangered endemic species from Southwest of the Atlantic Ocean. In: 65th Brazilian Congress of Genetics, 2019, Águas de Lindóia. xx, 2019.

• Rodrigo R. Domingues ; Mastrochirico-Filho, V. A. ; Mendes, N. ; Hashimoto, D. ; Coelho, R. ; Cruz, V. P. ; Foresti, F. ; Mendonça, F.F . Characterization of the eye and liver transcriptome of the shortfin mako (Isurus oxyrinchus). In: III Shark International Conference, 2018, João Pessoa - PB. III Shark International Conference, 2018.

• Rodrigo Domingues ; Garrone Neto, D. ; HILSDORF, A. W. S. ; GADIG, OTTO B. F. . Evaluation of non-lethal sampling for DNA barcode of endangered rays and skates. In: III Shark International Conference, 2018, João Pessoa-PB. II Shark International Conference, 2018.

• Bunholi, I. ; Ferrete, B. ; Rodrigo R. Domingues ; Rotundo, M. ; DE BIASI, JULIANA ; MIRANDA, M. ; Oliveira, C. ; Foresti, F. ; Fernando F. Mendonça . DNA Barcode de raias ameaçadas de extinção advindas de capturas acessórias no sudoeste do Atlântico: implicações para a gestão sustentável da pesca e conservação'. In: XVIII Simpósio de Citogenética e Genética de Peixes, 2018, Cascavel-PR. XVIII Simpósio de Citogenética e Genética de Peixes, 2018.

• DOMINGUES, R. R. ; AMORIM, A. F. ; CALTABELLOTTA, F. P. . Participation of sharks of the genus Carcharhinus (Chondrichthyes: Carcharhiniformes) in longline fishery in the Southwest Atlantic Ocean (1971 ? 2009): A contribution for fishery management. In: Shark Internation Symposium, 2014, Durban. Shark International Symposium, 2014.

• DOMINGUES, R. R. ; GADIG, O. B. F. ; Hazin, F. V. H. ; LANA, F. ; Hilsdorf, A.W.S. . Genetic diversity and population structure of the silky shark, Carcharhinus falciformis in Southwest Atlantic Ocean. In: Shark International Symposium, 2014, Durban. Shark International Symposium, 2014.

• Terlecki, G. ; Furtado, P. ; DOMINGUES, R. R. ; Hilsdorf, A.W.S. ; Oliveira, M. A. ; Gadig, O. B. F. . Method of molecular identification between the cownose rays Rhinoptera brasiliensis and R. bonuses (Chondrichthyes, Rhinopteridae) as an implement to the conservation of endangered elasmobranch species. In: 60 Congresso Brasileiro de Genética, 2014. 60 Congresso Brasileiro de Genética.

• Furtado, P. ; Terlecki, G. ; DOMINGUES, R. R. ; Hilsdorf, A.W.S. ; Oliveira, M. A. ; Gadig, O. B. F. . Development of a methodology for molecular identification of endemic coastal stingrays (Condrichthyes, Rajidae) of Southeastern and Southern Brazil. In: 60 Congresso Brasileiro de Genética, 2014, Guarujá, SP. Genética, Evolução e melhoramento animal, 2014.

• DOMINGUES, R. R. ; OKUDA, G. ; BIASI, J. ; AMORIM, A. F. ; HILSDORF, ALEXANDRE WAGNER SILVA . A streamlined DNA tool for identification of billfish and swordfish off Atlantic Ocean: A contribution for fisheries management. In: 59° Congresso Brasileiro de Genética, 2013, Águas de Lindóia. 59° Congresso Brasileiro de Genética, 2013.

• DOMINGUES, R. R. ; Shivji, M ; Hilsdorf, A.W.S. ; AMORIM, A. F. . Morphological and molecular identification of Carcharhinus sharks (Chondrichthyes - Carcharhiniformes) caught in the southearn Atlantic. In: VII Encontro da Sociedade Brasileira para o Estudo de Elasmobrânquios, 2011, Rio Grande-RS. Os tubarões e raias como patrimônio vivo do Brasil, 2011.

• DOMINGUES, R. R. ; Shivji, M ; Hilsdorf, A.W.S. ; AMORIM, A. F. . Genética forense de tubarões do gênero Carcharhinus (Chondrichtyes - Carcharhiniformes) capturados pela pesca oceânica no sudeste e sul do Brasil. In: III Encontro de Pós Graduação do Instituto de Pesca, 2011, São Paulo. XX, 2011.

• DOMINGUES, R. R. ; Bernard, A. ; Shivji, M ; Hazin, F. V. H. ; AMORIM, A. F. ; Arocha, F. ; Domingo, A. ; Hilsdorf, A.W.S. . Ocorrência e distribuição de Tetrapturus georgii (Perciformes - Tetrapturus) ao longo do Oceano Atlântico revelado por análise genética. In: XVI Simpósio de Citogenética e Genética de Peixes, 2011, São Pedro-SP. XVI Simpósio de Citogenética e Genética de Peixes, 2011.

• DOMINGUES, R. R. ; Hilsdorf, A.W.S. ; AMORIM, A. F. . Aspectos Biológico-Pesqueiros de Carcharhinus falciformis e C.signatus (Chondrichthyes - Carcharhiniformes) Capturados pela Pesca Atuneira no Sudeste e Sul do Brasil. In: II Encontro de Pós-graduação do Instituto de Pesca-SP, 2010, Santos. II Encontro de Pós-Graduação do Instituto de Pesca, 2010.

• DOMINGUES, R. R. ; AMORIM, A. F. ; REZENDE, P. C. ; Hilsdorf, A.W.S. . Identificação molecular de tubarões do Gênero Carcharhinus (Chondrichtyes - Carcharhiniformes) Capturados pela Pesca Atuneira no Sudeste e Sul do Brasil. In: 56 Congresso Nacional de Genética, 2010, Guarujá-SP. Revisitando os genes, 2010.

• DOMINGUES, R. R. ; AMORIM, A. F. ; SILVA, N. P. . Participação do gênero Carcharhinus (Chondrichtyes - Carcharhiniformes) na pesca atuneira atuneira no sudeste e sul do Brasil.. In: Simpósio de Pós-Graduação do Instituto de Pesca, 2009, São Paulo. Recursos Pesqueiros e aquícolas: Interface ambiental, social e econômica, 2009.

• Bodas, M. ; Fraga, V.C. ; DOMINGUES, R. R. ; AMORIM, A. F. . Aspectos da Reprodução do Tubarão-azul (Prionace glauca, L.1758) capturado pelos atuneiros no sudeste e sul do Brasil. In: Recip - 40 anos, 2009, São Paulo. Recursos Pesqueiros e Aquicolas: Interface ambiental, social e economica, 2009.

• DOMINGUES, R. R. ; AMORIM, A. F. ; SANTOS, J. L. ; GONZALEZ, M. M. B. . Aspectos Biológico-Pesqueiro de Raias Desembarcadas na Praia do Guaiúba, Guarujá-SP. In: Simpósio de Biologia Marinha - Universidade Santa Cecília, 2008, Santos. Simpósio de Biologia Marinha, 2008.

• DOMINGUES, R. R. ; AMORIM, A. F. ; GONZALEZ, M. M. B. . Diversidade e Conservação de Raias Desembarcadas na Praia do Guaiúba e Perequê, Guarujá-SP. In: Simpósio de Iniciação Cientifica Instituto de Pesca, 2008, Santos. SICIP - CNPq, 2008.

• Rodrigo R. Domingues . Profissão biólogo - exemplos de carreiras bem sucedidas. 2021. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Rodrigo R. Domingues . Biologia e Ecologia de Tubarões e raias. 2021. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• Rodrigo R. Domingues . Oceano além da Costa. 2021. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• Rodrigo R. Domingues . Exploration and conservation of marine fish in the genomic era. 2021. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• Rodrigo R. Domingues . Diversidade genética e genética de populações de tubarões. 2020. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• Rodrigo R. Domingues . De novo transcriptome assembly, annotation and SNP discovery of the shortfin mako (Isurus oxyrinchus). 2019. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• DOMINGUES, RODRIGO R. ; Testerman, C.. ; Fitzpatrick, C ; HILSDORF, A. W. S. ; GADIG, O. B. F. ; Shivji, M . Dispersão sexual e filopatria em Carcharhinus signatus (Chondrichtyes: Carcharhiniformes) no Atlântico Ocidental. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• DOMINGUES, R. R. ; Testerman, C.. ; Bernard, A. ; Fitzpatrick, C ; GADIG, O. B. F. ; HILSDORF, A. W. S. ; SHIVJI, M. S. . Phylogeography of the night shark (Carcharhinus signatus) along the western Atlantic Ocean. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• DOMINGUES, R. R. ; Testerman, C.. ; Hilsdorf, A.W.S. ; Gadig, O. B. F. ; SHIVJI, M. S. . Population genetic structure and demographic history of the night shark (Carcharhinus signatus) in the western Atlantic Ocean. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• DOMINGUES, R. R. ; AMORIM, A. F. ; Shivji, M ; Domingo, A. ; Arocha, F. ; Prince, E. ; Hazin, F. V. H. ; Hilsdorf, A.W.S. ; Bernard, A. . Ocorrência e Larga Distribuição de Tetrapturus georgii (Perciformes - Tetrapturus) ao longo do Oceano Atlântico revelado por análises genéticas. 2011. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• DOMINGUES, R. R. . Análises moleculares de elasmobrânquios do Brasil: Estudo de caso e novas fronteiras. 2011. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2022 - Atual

  Jovem Pesquisador / Biota-FAPESP: Marine Biodiversity: An exploration of São Paulo coastal islands using environmental DNA metabarcoding, Descrição: Biological diversity is an ecosystem property that has received increasing attention in recent years, mainly because biodiversity loss is one of the most critical current environmental problems. Specifically, marine biodiversity may be subject to rapid changes due to anthropogenic influences such as fishing, oil and gas exploration, nonindigenous species introduction, environmental destruction, and climate change. To gather data to support future monitoring plans, mainly in depauperate populations and remote ecosystems, the development of non-invasive techniques that minimize the risks of injury or death of animals is imperative. Biodiversity surveys using DNA derived from environmental samples, known as ?environmental DNA? (eDNA), allow the detection of traces of genetic material of cellular or extracellular form released into the environment through mucus, excrements, gametes, skin cells, and decomposing carcasses of different organisms. Environmental DNA can be retrieved from the environment, amplified, sequenced, and taxonomically assigned using high-throughput sequencing (HTS) metabarcoding. Despite being a widely used, rapid and efficient biodiversity monitoring tool in temperate regions, eDNA metabarcoding has not been used yet to assess the Brazilian marine biodiversity. Therefore, this pioneering project proposal will work towards filling the knowledge gap concerning marine biodiversity of protected and unprotected ecosystems via eDNA metabarcoding. Specifically, we will use massive sequence data to provide a better understanding of the current marine eukaryotic biodiversity at community (high taxonomic levels - phylum) and assemblages of fish, porifera and anthozoa at species-specific level, testing hypotheses about the possible causes of biodiversity changes. Biomonitoring data that will be performed over two years within four geographic regions in the So Paulo state, including Laje de Santos Marine State Park, Alcatrazes Archipelago Wildlife Refuge, Queimada Grande Island, and Bzios Island. Hypotheses will be tested to examine wheter eukaryotic community and some metazoan taxa (porifera, anthozoan, and fish) identified through eDNA metabarcoding differ among the various regions and the two collection years. We will compare oceanographic conditions within the two sampling years to correlate different environmental conditions with biodiversity patterns. Therefore, this project will provide crucial lacking information about marine biodiversity, which will be disseminated to both scientists and policy managers, contributing to better conservation management actions of the marine realm. By the end of this project, we expect to have contributed to a better knowledge of So Paulo marine biodiversity, implemented a new research line at the Oceanographic Institute, University of So Paulo (USP), and trained researchers and students in different disciplines such as genomics, oceanography, marine molecular ecology, evolution, bioinformatics, and statistical analysis.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rodrigo Rodrigues Domingues - Coordenador / Agostinho Antunes - Integrante / Paulo Sumida - Integrante / Tito Lotufo - Integrante / Marcelo V. Kitahara - Integrante / Naiara Sales - Integrante / Allan McDevitt - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2019 - 2020

  Uso das ômicas e ferramentas de bioinformática para detectar adaptação local do tubarão mako (Isurus oxyrinchus) nos Oceanos Atlântico e Índico, Descrição: Projeto de Pós-Doutorado no exterior (BEPE-FAPESP: No projeto inicial de Pós-Doutorado submetido à FAPESP, foram traçados como objetivo caracterizar o transcriptoma e realizar um estudo genômico populacional de um dos maiores predadores do ambiente marinho, com ampla distribuição geográfica e interesse comercial ecológico, o tubarão mako (Isurus oxyrinchus). Além disso, a proposta inicial objetivou a formação de recursos humanos na área da bioinformática e genômica. A etapa laboratorial realizada, com o emprego de técnicas de sequenciamento de nova geração - NGS (RNA-seq e ddRADseq), rendeu quantidades massivas de sequenciamento com mais de 42 784 019 milhões de sequências de RNA-seq para a etapa de caracterização do transcriptoma e 119 121 972 milhões de sequências de ddRADseq para etapa genômica populacional. Assim, a segunda etapa deste projeto, envolve o tratamento destes dados por meio de técnicas de bioinformática para as subsequentes análises que possam trazer significado biológico e ecológico para o tubarão mako. Portanto, este projeto objetiva (i) treinamento em bioinformática para o tratamento do sequenciamento de RNA-seq e ddRADseq, (ii) identificar genes e suas associações com funções biológicas, fisiológicas e moleculares, (iii) selecionar genes que permitam inferências sobre adaptação local frente a diferentes características oceanográficas da área de estudo, além de um amplo estudo genômico populacional em duas grandes bacias oceânicas, os Oceanos Atlântico e Índico. Ao final deste período no exterior, espera-se obter resultados inéditos para esta espécie, a qual resultará em publicações em periódicos de alto impacto, além de uma sólida formação do candidato em genômica e bioinformática e colaborações com conceituados pesquisadores do exterior que tem atuado na fronteira do conhecimento nesta área de pesquisa.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rodrigo Rodrigues Domingues - Coordenador / Fernando Fernandes Mendonça - Integrante / Agostinho Antunes - Integrante.

• 2019 - Atual

  Conectividade e caracterização genética do robalo-peva (Centropomus parallelus) em estuários das regiões sul e sudeste do Brasil: uma abordagem combinada para subsidiar a avaliação de impactos sobre um recurso-alvo de pescarias, Descrição: O OBJETIVO GERAL do estudo é desenvolver e utilizar marcadores moleculares para avaliação genética de populações do robalo-peva, Centropomus parallelus, amostradas ao longo de um gradiente latitudinal de estuários localizados nas regiões Sudeste e Sul do litoral brasileiro. Como OBJETIVOS ESPECÍFICOS, pretendemos: i) gerar um painel de marcadores microssatélites e SNPs (Single Nucleotide Polimorphism) da espécie C. parallelus para os estudos genéticos contemporâneos e de DNA mitocondrial para estimar fluxos genéticos pretéritos para entender a possível história biogeográfica da espécie; ii) testar a hipótese da existência de populações distintas de robalo-peva entre as regiões estuarinas alvo das amostragens; iii) desenvolver um painel de marcadores SNPs para verificar possíveis adaptações de populações locais; iv) propor um modelo populacional e traçar a história evolutiva do robalo-peva com base nos registros arqueológicos e contemporâneos de sua presença na área de estudo. Os resultados de caracterização genética para o robalo-peva deverão ser os primeiros a usar um conjunto de marcadores genéticos para responder diversas questões científicas e também auxiliar no manejo e proteção de populações que porventura sejam identificadas pelo projeto. Esses resultados são de grande potencial de publicações em revistas da área, bem como divulgá-los para comunidade de pescadores por meio de artigos e material de divulgação científica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Rodrigo Rodrigues Domingues - Integrante / Alexandre W. S. Hilsdorf - Coordenador / Domingos Garrone Neto - Integrante / Luiz Lehamann - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2018 - 2022

  Combining oceanography, transcriptome and genomics to assess population genetic connectivity and local adaptation of the highly migratory mako shark (Isurus oxyrinchus) in the Atlantic Ocean., Descrição: Pelagic sharks representing only about 6% of the world's total Chondrichthyes and are among the largest and most wide-ranging predators in the ocean. These species play a critical role in keeping the oceans healthy and in balance. However, pelagic sharks have been caught severely by the longline fisheries worldwide. In particular, this project will focus one of the most important species in terms of catches and economic value, the shortfin mako (Isurus oxyrinchus), which is the second highest proportion of shark species in the international fin trade and are also highly prized game fish. Thus, improving the conservation of shark populations is a focal issue in international fisheries as a result of strong concerns regarding the major decline of these caused by directed fishing and bycatch. In this project will be addressed gaps in life history information for highly migratory and overfished shortfin mako. Specifically, will be used high tech genetic research such as transcriptome characterization and Single Nucleotide Polymorphism (SNPs) to provide a better understanding of the molecular-level functions, as for example physiological process related to local adaptation and test for stock assignment analysis, and advance knowledge of connectivity among populations taking into the account oceanographic features. This Project will therefore provide imperative missing information for the Atlantic populations of this important shark species, which will be disseminated to both scientists and fishery managers. By the end of this Project, will be expected to have significantly contributed to a more responsible and sustainable exploitation of this vulnerable and important marine resource in the pelagic ecosystem.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rodrigo Rodrigues Domingues - Coordenador / Fernando Fernandes Mendonça - Integrante / Diogo Teruo Hashimoto - Integrante / Rui Coelho - Integrante / Fausto Foresti - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

• 2017 - 2018

  Caracterização do transcriptoma do olho e fígado do altamente migratório, tubarão mako (Isurus oxyrinchus) no Oceano Atlântico, Descrição: Os tubarões pelágicos, incluindo espécies oceânicas e semi-oceânicas, representam aproximadamente 6% da fauna total de Chondrichthyes. Estas espécies estão entre os maiores predadores e com maior distribuição geográfica nos oceanos, possuindo um importante papel no equilíbrio do ambiente marinho. No entanto, os tubarões pelágicos tem sido capturado severamente pela pesca de espinhel em todo o mundo. Em particular, este projeto focará sobre uma das mais importantes espécies de tubarões em termos de captura e valor econômico, o tubarão mako (Isurus oxyrinchus). Esta espécie também é altamente valorizada na pesca esportiva e no comércio internacional de nadadeiras. Considerando o impacto que vem sendo causado nas populações do tubarão mako em todo o mundo, aprimorar o conhecimento e as estratégias de conservação desta espécie é um ponto fundamental nas questões do manejo pesqueiro internacional, visando a sustentabilidade do recurso, mas principalmente a manutenção saudável de suas populações. Este projeto lançara esforços para obter informações sobre a história de vida de uma espécie atualmente sobreexplotada, e que necessita de um manejo compartilhado devido sua característica migratória. Especificamente, será usado pesquisas genéticas de ponta, tal como caracterização do Transcriptoma do tubarão mako e Poliformismos de Nucleotídeo Único (SNPs) para proporcionar um melhor entendimento das funções em nível molecular, como por exemplo processos fisiológicos, molecular e celular. Este projeto, portanto trará novas informações a respeito do perfil genético do tubarão mako, que poderá consequentemente ser usada para elucidar os aspects biológicos e ecológicos desta espécies, além de auxiliar na sua conservação.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Rodrigo Rodrigues Domingues - Coordenador / Fernando Fernandes Mendonça - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

• 2013 - 2016

  Conectividade genética, Filogeografia e Conservação de Tubarões Pelágicos no Oceano Atlântico Ocidental (projeto de Doutorado), Descrição: Os tubarões Carcharhinus signatus e Carcharhinus falciformis são caracterizados por habitarem o ambiente epipelágico, águas quentes e temperadas de todo o mundo e serem altamente migratórios. Além disso, são demasiadamente capturados pela pesca industrial de vários países como by catch, principalmente pela pescaria de espinhel pelágico que visa à captura de atuns e espadarte. Desta forma, as ações de conservação exigem esforços conjuntos de vários países, tarefa que no que no Oceano Atlântico compete a International Commission for the Conservation of Atlantic Tunas ? ICCAT. Devido a esta pesca excessiva, atualmente, estima-se que mais de 90% dos grandes peixes predadores estão sobreexplotados em todo o mundo, sobretudo os tubarões. Nesse contexto, o sudoeste do Oceano Atlântico, constitui uma área estratégica de conservação dessas espécies, por ser considerado um hotspot de riqueza e diversidade de espécies de tubarões. O presente projeto objetiva inferir sobre a estrutura genética populacional das espécies C. signatus e C. falciformis no Oceano Atlântico Ocidental, incluindo análises da variabilidade genética, conectividade genética e filogeografia. Os resultados poderão ser utilizados na gestão pesqueira dessas espécies que são classificadas na lista vermelha das espécies ameaçadas de extinção da IUCN com o status de quase ameaçada (C. falciformis) e vulnerável (C. signatus).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Rodrigo Rodrigues Domingues - Coordenador / HILSDORF, A. W. S. - Integrante / SHIVJI, M. S. - Integrante / Otto Bismarck Fazzano Gadig - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

• 2010 - 2012

  Análises de sequências do DNA mitocondrial de espécies de importância economica desembarcadas em São Paulo, Descrição: Peixes pelágicos de importância econômica representados por tubarões e agulhões têm sido capturados e desembarcados nos terminais pesqueiros do litoral de São Paulo principalmente pela frota atuneira. No entanto, com a pratica da pesca que retira partes do organismo, dificulta a identificaçao correta das espécies. Desta forma, o presente estudo visa o desenvolvimento de técnicas de identificação molecular das espécies desses grupos, bem como estudos genéticos populacionais de duas espécies de tubarões: C. falciformis e C. longimanus e duas espécies de agulhões: Tetrapturus georgii e T. pfluegeris. Objetivando a conservação dessas espécies.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado profissional: (2) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Rodrigo Rodrigues Domingues - Integrante / Alberto Ferreira de Amorim - Integrante / Alexandre Wagner Silva Hilsdorf - Coordenador / Mahmood Shivji - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2009 - 2011

  Identificação Molecular, Biologia e Pesca de Tubarões do gênero Carcharhinus (CHONDRICHTHYES - CARCHARHINIFORMES): Uma contribuição para a Gestão da Pesca do Estado de São Paulo., Descrição: O gênero Carcharhinus está representado por 15 espécies no Brasil sendo um grupo de difícil identificação, são tubarões importantes do ponto de vista trófico, com muitas espécies sendo as principais predadoras nos ecossistemas marinhos tropicais e subtropicais, a dificuldade de uma identificação correta dessas espécies, nos desembarques pesqueiros tem causado problemas para uma correta avaliação de sua captura e estatística pesqueira. O objetivo deste trabalho é realizar um estudo da biologia e pesca destas espécies, bem como utilizar as ferramentas práticas da genética para identificação dessas espécies ao menor nível taxonômico. Como resultados, pretendem-se identificar e quantificar as espécies capturadas, bem como conhecer os aspectos biológicos das espécies, a fim de compreender o impacto da pesca na população desta área.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado profissional: (1) . , Integrantes: Rodrigo Rodrigues Domingues - Coordenador / Alberto Ferreira de Amorim - Integrante / Manoel Matheus Bueno Gonzalez - Integrante / Alexandre Wagner Silva Hilsdorf - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

• 2009 - 2011

  Monitoring the Pelagic Sharks Decline in Southern Brazil, Descrição: The longliner fleet based on São Paulo State, Santos and Guaruja Cities, catch a large amount of pelagic sharks. In spite of aiming swordfish and tunas they catch about five sharks species group as follows: blue shark, bigeye thresher, mako shark, hammerhead sharks and other sharks. Since the 70s CPUE data of the four mentioned species has been analyzed. Nevertheless the other sharks groups of about ten Carcharhinus species are landed as carcass and cannot be identified. This proposal aims to implement a molecular approach to monitoring the shark landing in Southern Brazil (17o -35o S and 27o ? 52o W). This identification will be carried out through the amplification of the cytochrome b (cyt b) region of the mtDNA followed by restriction enzymes digestion, technique named by PCR-RFLP. After the identification, the study of their fishery biology (size composition by season, sex ratio, and male gonadal stage), area and CPUE is going to be carried out. Some of those species are included in the IUCN red list and could be considered as data deficient. The information obtained in this study will give an important contribution to future management and conservation plans for elasmobranchs in this region.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado profissional: (2) . , Integrantes: Rodrigo Rodrigues Domingues - Coordenador / Alberto Ferreira de Amorim - Integrante / Manoel Matheus Bueno Gonzalez - Integrante / Alexandre Angrimani Largacha - Integrante / Alexandre Wagner Silva Hilsdorf - Integrante / Natalia Piva Silva - Integrante., Financiador(es): Project Aware Foundation - Auxílio financeiro.

Prêmios