Gabriela Felix Persinoti

Graduação em Informática Biomédica pela Universidade de São Paulo (2007), Mestre em Genética pela Universidade de São Paulo (2009) e Doutora em Genética pela Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (2012). Pós-doutorado na Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto com estágio no exterior no Broad Institute - MIT/Harvard (2014). Tenho experiência nas áreas de Bioinformática e Genética com ênfase em Genética e Biologia Molecular de Micro-organismos, atuando principalmente em Genômica e Trasncriptômica de micro-organismos e análises Metagenômicas. Desde 2014, sou Especialista de Processos na área de Bioinformática no Laboratório Nacional de Biorrenováveis (LNBR/CNPEM).

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Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)

2009 - 2012

Universidade de São Paulo
Título: Análise do perfil transcricional do dermatófico Trichophyton rubrum durante a interação com o agente inibidor Acriflavina
Nilce Maria Martinez-Rossi. Coorientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio. Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Palavras-chave: Trichopyton rubrum; expressão gênica; Acriflavina.Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.

Mestrado em Genética USP-RP

2007 - 2009

Universidade de São Paulo
Título: Auxílio ao Diagnóstico de Artrite Reumatóide Através de Técnicas de Inteligencia Artificial,Ano de Obtenção: 2009
Silvana Giuliatti.Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Palavras-chave: Artrite Reumatóide; Bioinformática; Inteligencia Artificial.Grande área: Ciências Biológicas

Graduação em Informática Biomédica

2003 - 2007

Universidade de São Paulo
Título: Classificação das Relações de Inibição entre Plantas Medicinais e Venenos de Animais via Redes Neurais Artificiais
Orientador: Renato Tinós
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.

Curso técnico/profissionalizante em Informática

1999 - 2001

Universidade Estadual de Campinas

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Pós-doutorado

2014 - 2014

Pós-Doutorado. , Broad Institute, BROAD, Estados Unidos. , Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.

2013 - 2014

Pós-Doutorado. , Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, FMRP, Brasil. , Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.

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Formação complementar

2015 - 2015

Microbial Genomics and Metagenomics Workshop. (Carga horária: 40h). , Joint Genome Institute, JGI, Estados Unidos.

2012 - 2012

Introduction to Analyzing High Throughput Data. (Carga horária: 40h). , Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, FMRP, Brasil.

2012 - 2012

EMBO Analysis of High Throughput Sequencing Data. (Carga horária: 40h). , European Bioinformatics Institute, EBI, Inglaterra.

2011 - 2011

CBAB - Ferramentas de Bioinformática. (Carga horária: 80h). , Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.

2010 - 2010

6º Curso de Verão de Bioinformatica. (Carga horária: 75h). , Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, FMRP, Brasil.

2008 - 2008

PHP com PostgreSQL. (Carga horária: 20h). , Centro de Informática de Ribeirão Preto, CIRP, Brasil.

2002 - 2002

First STING Millennium Suite (SMS). (Carga horária: 16h). , Embrapa - Informática, CNPTIA, Brasil.

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Idiomas

Bandeira representando o idioma Inglês

Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Bem.

Bandeira representando o idioma Espanhol

Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.

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Áreas de atuação

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: INFORMÁTICA APLICADA A BIOLOGIA E MEDICINA/Especialidade: Bioinformática.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: INFORMÁTICA APLICADA A BIOLOGIA E MEDICINA.

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Organização de eventos

SQUINA, F. M. ; PERSINOTI, GABRIELA F ; ALVAREZ, T. M. ; RIANO-PACHON, D. M. . I Workshop on Application of Next Generation Sequencing. 2015. (Outro).

GIULIATTI, Silvana ; PERSINOTI, G.F. ; Breve, A. L. S. ; Amui, S. F. ; Jorge, D. M. M. ; Bernardes, L. A. S. ; Chiromatzo, A. O. . II Curso de Inverno de Bioinformática. 2008. (Outro).

Soares, A E E ; GIULIATTI, Silvana ; Breve, A. L. S. ; SANTOS, G. F. ; Jorge, D. M. M. ; Puga, R. D. ; Silva, C J ; Maranhão F C A ; Feres JM ; Mayorano MB ; RODRIGUEZ, V. R. . IV Semana Nacional de Ciência e Tecnologia. 2007. (Outro).

GIULIATTI, Silvana ; SANTOS, G. F. ; Chiromatzo, A. O. ; Vinci, A. L. T. ; Breve, A. L. S. ; Jorge, D. M. M. ; Caminiti, G. B. ; Puga, R. D. ; Sanches, P. R. ; Amui, S. F. ; Bernardes, L. A. S. . I Curso de Inverno de Bioinformática. 2007. (Outro).

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Participação em eventos

XII Seminário Brasileiro de Tecnologia Enzimática.Minicurso: Bioinformática para análise de enzimas. 2016. (Seminário).

Azure4Research Workshop.Omics based analysis for the prospection of enzymes for second-generation biofuels production. 2015. (Simpósio).

60 CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA. RNA-sequencing analysis of Trichophyton rubrum transcriptome in response to sublethal doses of acriflavine. 2014. (Congresso).

Workshop on Second Generation Bioethanol. 2014. (Simpósio).

60 Anos do DNA retrospectiva da pesquisa em Genômica no Brasil. 2013. (Outra).

11th European Conference on Fungal Genetics. Transcriptional Profile of the Dermatophyte Trichophyton rubrum in Response to Acriflavin. 2012. (Congresso).

58o. Congresso Brasileiro de Genética. Acriflavine down regulates the expression of virulence factors in the dermatophyte Trichophyton rubrum. 2012. (Congresso).

III Workshop do Programa de Pós-graduação em Genética.Análise do perfil transcricional do dermatófico Trichophyton rubrum durante a interação com o agente inibidor Acriflavina. 2012. (Encontro).

26 th Fungal Genetics Conference. Trichophyton rubrum transcriptome in response the cytotoxic drug Acriflavin measured by quantitative RNA sequencing. 2011. (Congresso).

7th X-meeting. Large scale gene expression analysis of the dermatophyte Trichophyton rubrum in response to Acriflavin. 2011. (Congresso).

Congresso da Pós-graduação da UFLA. Introdução ao RNAseq - Análise e Aplicações. 2011. (Congresso).

II Workshop e Reunião dos 40 anos da Pós-graduação em Genética.Trichophyton rubrum transcriptome in response the cytotoxic drug Acriflavin measured by quantitative RNA sequencing. 2011. (Encontro).

VII Curso de Verão em Bioinformática.Introdução ao RNAseq. 2011. (Outra).

18th Intelligent Systems for Molecular Biology. Comparative Analysis of next-generation Sequence Alignment Algorithms. 2010. (Congresso).

56o. Congresso Brasileiro de Genética. In silico analysis of short ESTs from the dermatophyte Trichophyton rubrum reveals two putative microRNAs. 2010. (Congresso).

Curso: MicroRNAs e Câncer: atualizações. 2010. (Congresso).

XV Curso de Verão em Genética.Análise do perfil transcricional do dermatófito Trichophyton rubrum em resposta ao agente inibidor Acriflavina. 2010. (Outra).

5th X-meeting. Transcriptional profile of Trichophyton rubrum in response to the inhibitor agent Acriflavin. 2009. (Congresso).

XIV Curso de Verão em Genética.Auxílio ao Diagnóstico de Artrite Reumatóide Através de Técnicas de Inteligencia Artificial. 2009. (Outra).

16 SIICUSP - Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo.Debatedora. 2008. (Simpósio).

54 Congresso Brasileiro de Genética. Sistema ARIA: Artrite Reumatóide e Inteligência Artificial na Análise de Dados Clínicos e de Expressão Gênica. 2008. (Congresso).

Curso: PHP com PostgreSQL. 2008. (Outra).

I Escola Brasileira de Bioinformática.Alinhamento de Sequencias Biológicas. 2008. (Outra).

II Curso de Inverno de Bioinformática.Alinhamento de Sequencias Biológicas - Teoria e Prática. 2008. (Outra).

XIII Curso de Verão em Genética.Auxílio ao Diagnóstico de Artrite Reumatóide Através de Técnicas de Inteligencia Artificial. 2008. (Outra).

15th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB). Computer-Aided Diagnosis to Rheumatoid Arthritis via Artificial Intelligence. 2007. (Congresso).

15 SIICUSP - Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP.Debatedora. 2007. (Simpósio).

Curso: Immunological Bioinformatics, Epitope Discovery and Vacine Design. 2007. (Congresso).

I Curso de Inverno de Bioinformática.Alinhamento de Sequencias Biológicas - Teoria e Prática. 2007. (Outra).

X-meeting 2007 3rd International Conference of the AB3C. Gene Expression Analysis Using Artificial Intelligent Techiniques. 2007. (Congresso).

14 th International Conference on Intelligent System for Molecular Biology (ISMB). Classification of snake venon-neutralizing effects of medicinal plants via artificial neural networks. 2006. (Congresso).

II Seminário sobre rotas tecnológicas da Biotecnologia. 2006. (Seminário).

International Joint Conference 2006 IBERAMIA, SBIA, SBRN. 2006. (Congresso).

IV Semana da Informática Biomédica.Classificação das Relações de Inibição entre Plantas Medicinais e Venenos de Animais via Redes Neurais Artificiais. 2006. (Outra).

I Workshop de Trabalhos de Conclusão de Curso.Classificação das Relações de Inibição entre Plantas Medicinais e Venenos de Animais via Redes Neurais Artificiais. 2006. (Outra).

III Semana da Informática Biomédica. 2005. (Outra).

II Semana da Informática Biomédica. 2004. (Outra).

I Semana da Informática Biomédica. 2003. (Outra).

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Participação em bancas

Aluno: Eveline Soares Menezes

SILVEIRA, L. R.; SAMPAIO, H. B.;Persinoti, Gabriela F.. BUSCA POR ALVO MOLECULAR ASSOCIADO AO PROCESSO DE BIOGÊNESE MITOCONDRIAL EM CÉLULAS PANCREÁTICAS SECRETORAS DE INSULINA. 2018. Dissertação (Mestrado em Biologia Funcional e Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Renato Augusto Corrêa dos Santos

GOLDMAN, GUSTAVO H; ROCHA, RAFAEL SILVA;Persinoti, Gabriela F.. "ANÁLISE GENÔMICA DA LEVEDURA XILANOLÍTICA Pseudozyma brasiliensis GHG001. 2018. Dissertação (Mestrado em Genetica) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Mariane Zubieta

Persinoti, Gabriela F.. ASPERGILLUS NIDULANS COMO MODELO PARA MANIPULAÇÃO DE GENES ENVOLVIDOS NO PROCESSO DE UNFOLDED PROTEIN RESPONSE. 2018.

Aluno: Mariane Paludetti Zubieta

Persinoti, Gabriela F.. ASPERGILLUS NIDULANS COMO MODELO PARA MANIPULAÇÃO DE GENES ENVOLVIDOS NO PROCESSO DE UNFOLDED PROTEIN RESPONSE. 2018. Tese (Doutorado em Biologia Funcional e Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Fernanda Mandelli

MERCADANTE, A. Z.; DAMASIO, A. R. L.; CALDANA, C.;Persinoti, Gabriela F.; ZEPKA, L. Q.. Estudo dos mecanismos de adaptação ao estresse oxidativo da bactéria termófila Thermus filiformis. 2014. Tese (Doutorado em Ciência de Alimentos) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Lucas Miguel de Carvalho

SANTOS, R. V.; BRANDAO, M. M.;Persinoti, Gabriela F.. Desenvolvimento de métodos de análise e integração de dados de ômicas aplicados à construção de leveduras industriais para produção de bioetanol de segunda geração. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Lucas Souza Lopes

WINCK, F. V.; CATALDI, T. R.;Persinoti, Gabriela F.. Análises multi-ômicas de contaminações bacterianas em fermentações etanólicas de primeira geração. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em BIOENERGIA USP, UNICAMP E UNESP) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Mariane Paludetti Zubieta

OLIVEIRA, J. V. C.;Persinoti, Gabriela F.; SOUZA, A. P.. ASPERGILLUS NIDULANS COMO MODELO PARA MANIPULAÇÃO DE GENES ENVOLVIDOS NO PROCESSO DE UNFOLDED PROTEIN RESPONSE. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Funcional e Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Pablo Rodrigues Sanches

GIULIATTI, Silvana; LANG, E. S.;Persinoti, Gabriela F.. Análise Comparativa de Genomas de Dermatófitos e Identificação de Genes Considerados Essenciais ou Envolvidos em Patogenicidade. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências Biológicas (Genética)) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto.

Aluno: Setella Ferraz

OLIVEIRA, J. V. C.;Persinoti, Gabriela F.; TERRASAN, C. R. F.. Prospecção e Caracterização de enzimas do complexo Lignocelulolivo com potencial aplicação na indústria de etanol de segunda geração. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Renato Augusto Corrêa dos Santos

PERSINOTI, G.F.; SANTOS, R. V.; CARAZZOLLE, M. F.. Análise genômica da levedura xilanolica Kalmanozyma brasiliensis. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Gabriela Guardia

PERSINOTI, G.F.; BARANAUSKAS, J. A.; FARIAS, C.. Criação de um Perfil UML para a Ontologia de Relacionamentos da Open Biological and Biomedical Ontologies (OBO) Foundry. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: André Luiz Teixeira Vinci

PERSINOTI, G.F.; Vencio, R.N.Z.. Análise Estatística e Computacional do Transcritoma de Cepas Geneticamente Idênticas Pré e Pós Tratamento de um Paciente Chagásico com Benzonidazol. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo.

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Comissão julgadora das bancas

Cláudia Macedo

MACEDO C.; Santos JRC; Silveira HCS. Computer-Aided Diagnosis to Rheumatoid Arthritis via Artificial Intelligence. 2008. Dissertação (Mestrado em Ciências) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto.

Geraldo Aleixo da Silva Passos Júnior

Passos, G. A;GIULIATTI, S.. Auxílio ao Diagnóstico de Artrite Reumatóide Através de Técnicas de Inteligência Artificial. 2009. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo.

Wilson Araújo da Silva Junior

Silva Jr, WA; OLIVEIRA, C. C.; ROSSI, N. M. M.; GOMES, S. L.; SIMOES, Z. L. P.. Análise do perfil transcricional do dermatófico Trichophyton rubrum durante a interação com o agente inibidor Acriflavina. 2012. Tese (Doutorado em Programa de Pós-Graduação em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP.

Paulo Louzada Junior

LOUZADA JUNIOR, P.. Uso de inteligencia artificial para diagnostico e prognostico da artrite reumatoide. 2009. Dissertação (Mestrado em Genética USP-RP) - Universidade de São Paulo.

Carla Columbano de Oliveira

Oliveira, Carla Columbano; MARTINEZ-ROSSI, N. M.; Gomes SL; SIMOES, Z. L. P.; SILVA JUNIOR, W. A.. Análise do perfil transcricional do dermatófito Trichophyton rubrum durante a interação com o agente inibidor acriflavina. 2012. Tese (Doutorado em Genética USP-RP) - Universidade de São Paulo.

Nilce Maria Martinez-Rossi

MARTINEZ-ROSSI, N. M.. Análise do perfil transcricional do dermatófito Trichophyton rubrum durante a interação com o agente inibidor acriflavina. 2012. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto-USP.

Tiago Campos Pereira

PASSOS JR, G. A. S.; ANTUNES, L. M. G.;PEREIRA, T. C.. Análise do perfil transcricional do dermatófito Truchophyton rubrum durante a interação com o agente inibidor Acriflavina. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Genética USP-RP) - Universidade de São Paulo.

Silvana Giuliatti

GIULIATTI, S.BARANAUSKAS, J. A.; PASSOS JUNIOR, G. A. S.. Auxílio ao Diagnóstico de Artrite Reumatoide Através de Técnicas de Inteligência Artificial. 2009. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto.

Suely Lopes Gomes

LOPES-GOMES, S.; ROSSI, N. M. M.; SIMOES, Z. L. P.; OLIVEIRA, C. C.; SILVA JUNIOR, W. A.. ANALISE DO PERFIL TRANSCRICIONAL DO DERMATÓFITO TRICHOPHYTON RUBRUM DURANTE A INTERAÇÃO COM O AGENTE INIBIDOR ACRIFLAVINA. 2012. Tese (Doutorado em GENETICA) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo.

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Orientou

Ana Carolina Teixeira

Abordagens in silico para análises multi-ômicas de comunidades microbianas visando explorar novas estratégias de desconstrução de biomassa lignocelulósica; Início: 2019; Iniciação científica (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Paulista, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; (Orientador);

Paulo Jose Correa Freire

Explorando genomas bacterianos para busca vias metabólicas de interesse biotecnológico; Início: 2020; Orientação de outra natureza; Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais; (Orientador);

Felipe Calzado

Análise Comparativa do mecanismo de secreção de proteínas heterólogas em Aspergillus nidulans; 2015; Dissertação (Mestrado em BIOCIÊNCIAS E TECNOLOGIA DE PRODUTOS BIOATIVOS) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Coorientador: Gabriela Felix Persinoti;

Lílian dos Santos Castro

ANÁLISE GLOBAL DA EXPRESSÃO GÊNICA DURANTE A FORMAÇÃO DE CELULASES PELO FUNGO Trichoderma reesei (Hypocrea jecorina); 2009; Tese (Doutorado em Doutorado em Bioquímica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Gabriela Felix Persinoti;

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Foi orientado por

Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio

Análise do Perfil Transcricional do Dermatófito Trichophyton rubrum durante a Interação com o Agente Inibidor Acriflavina; 2012; Tese (Doutorado em Genética USP-RP) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Coorientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio;

Nilce Maria Martinez-Rossi

Análise do perfil transcricional do dermatófito Trichophyton rubrum durante a interação com o agente inibidor acriflavina; 2012; Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto-USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Nilce Maria Martinez-Rossi;

Nilce Maria Martinez-Rossi

2014; Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto-USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Nilce Maria Martinez-Rossi;

Silvana Giuliatti

Auxílio ao Diagnóstico de Artrite Reumatoide Através de Técnicas de Inteligência Artificial; 2009; Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Silvana Giuliatti;

ANTONIO ROSSI FILHO

Análise do perfil transcricional do dermatófito Trichophyton rubrum durante a interação com o agente inibidor acriflavina; 2012; Tese (Doutorado em Programa de Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Coorientador: Antonio Rossi Filho;

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Outras produções

PERSINOTI, G.F. . Bioinformática para análise de enzimas. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

PERSINOTI, G.F. . Introdução ao RNAseq - Análise e Aplicações. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

GIULIATTI, Silvana ; PERSINOTI, G.F. ; Breve, A. L. S. ; Bernardes, L. A. S. ; Amui, S. F. ; Chiromatzo, A. O. ; Jorge, D. M. M. . II Curso de Inverno de Bioinformática. 2008. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

GIULIATTI, Silvana ; PERSINOTI, G.F. ; Amui, S. F. ; Jorge, D. M. M. ; Chiromatzo, A. O. . Introdução à Bioinformática e suas ferramentas. 2008. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

GIULIATTI, Silvana ; PERSINOTI, G.F. ; Amui, S. F. ; Breve, A. L. S. ; Jorge, D. M. M. ; Chiromatzo, A. O. ; Santos, JRC . Apostila II Curso de Inverno de Bioinformática. 2008. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Apostila).

GIULIATTI, Silvana ; Puga, R. D. ; SANTOS, G. F. ; Chiromatzo, A. O. ; Vinci, A. L. T. ; Breve, A. L. S. ; Jorge, D. M. M. ; Caminiti, G. B. ; Bernardes, L. A. S. ; Amui, S. F. ; Sanches, P. R. . I Curso de Inverno de Bioinformática. 2007. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

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Projetos de pesquisa

  • 2019 - Atual

    Abordagens in silico para análises multi-ômicas de comunidades microbianas visando explorar novas estratégias de desconstrução de biomassa lignocelulósica, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Gabriela Felix Persinoti - Coordenador / Ana Carolina Teixeira - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

  • 2014 - 2016

    Omics based analysis for the prospection of enzymes for second-generation biofuels production, Descrição: The global energy demand relies mostly on fossil nonrenewable fuels although, recently, new sustainable energy sources are becoming a requirement. The second-generation bioethanol produced by plant biomass conversion is an alternative to fossil fuel and has become a major goal. This project proposes the use Microsoft Azure cloud computing resources and high throughput sequencing technology to characterize the genome and the transcriptome of filamentous fungi species and the metagenomes of microbial communities associated with plant biomass degradation in order to prospect new enzymes with potential biotechnological application to the production of second-generation bioethanol.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gabriela Felix Persinoti - Coordenador / Fabio M Squina - Integrante., Financiador(es): Microsoft Research - Outra.

  • 2013 - 2014

    Identificação de RNAs não codificadores e avaliação de seu envolvimento na patogenicidade do dermatófito Trichophyton rubrum, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Nilce Maria Martinez-Rossi em 08/03/2013., Descrição: O dermatófito Trichophyton rubrum é o isolado clínico mais frequente em casos de infecções de pele e unha em humanos. Apesar da importância clínica de T. rurbum principalmente por sua alta incidência, pouco se sabe sobre a patogênese destas infecções. O sequenciamento do genoma deste e de outros dermatófitos revelou uma alta similaridade entre esses organismos com um pequeno número de genes específicos de cada uma das espécies, porém cada uma destas é adaptada a um hospedeiro específico. Esta especificidade de nichos pode estar relacionada com a diferente regulação da expressão gênica de fatores de virulência entre as diferentes espécies, a qual pode ser desempenhada por RNAs não codificadores (ncRNAs). Estes RNAs não codificam proteínas, porém cada vez mais se evidencia que estas moléculas participam na regulação de processos importantes na célula. A proposta do presente trabalho é identificar e anotar ncRNAs no genoma de T. rubrum e dos demais dermatófitos, buscando verificar se os mecanismos moleculares envolvidos na patogenicidade e especificidade de nicho da espécie antropofílica T. rubrum, seriam regulados por ncRNAs. Além da análise dos ncRNAs, o trabalho propõe mapear os sítios de início de transcrição dos genes de T. rubrum.Os resultados a serem obtidos irão contribuir com o entendimento da regulação da expressão gênica neste organismo, podendo revelar mecanismos ainda não conhecidos de regulação gênica de fatores de virulência, novos elementos gênicos, bem como aumentar a precisão da anotação atualmente disponível. Estas informações contribuem com o entendimento da fisio-patologia das dermatofitoses e podem, indiretamente, contribuir para o desenvolvimento de novas estratégias terapêuticas, ou revelar novos alvos moleculares para o desenvolvimento de novas drogas antifúngicas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gabriela Felix Persinoti - Integrante / Nilce Maria Martinez-Rossi - Coordenador.

  • 2009 - 2014

    Genômica funcional e comparativa em fungos (Projeto Temático), Descrição: Nossa proposta é analisar transcricionalmente T. rubrum durante sua interação com células da epiderme humana e outras moléculas presentes no ambiente hospedeiro; aprofundar o conhecimento dos mecanismos moleculares envolvidos no sensoriamento pelo pH ambiente e o seu papel na patogenicidade fúngica; identificar novos mecanismos moleculares envolvidos na resistência e na adaptação a inibidores fúngicos e consequentemente contribuir para o controle da infecção fúngica.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (5) / Doutorado: (7) . , Integrantes: Gabriela Felix Persinoti - Integrante / Nilce Maria Martinez-Rossi - Coordenador / Antonio Rossi - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2009 - 2012

    Análise do perfil transcricional do dermatófito Trichophyton rubrum em resposta a Acriflavina, Descrição: O dermatófito Trichophyton rubrum é um fungo filamentoso, antropofílico que se tornou o agente etiológico mais frequentemente isolado em casos de dermatofitoses humanas. Recentemente esse fungo tem causado infecções profundas e generalizadas em pacientes imunocomprometidos. Existem diversas drogas disponíveis para o controle de infecções fúngicas, porém esses tratamentos apresentam várias limitações, como o pequeno número de alvos nos quais os antifúngicos atuam e o surgimento de linhagens fúngicas resistentes a essas drogas. Com isso é necessário buscar estratégias terapêuticas alternativas para o controle dessas infecções, visando novos alvos moleculares e novas drogas. A proposta deste projeto é avaliar o perfil transcricional do dermatófito T. rubrum em resposta ao agente inibidor acriflavina, um agente intercalante que apresenta atividade antifúngica e que aparentemente não atua nos mesmos alvos da maioria das drogas comercialmente utilizadas. Para obter uma visão global dos genes expressos em resposta a essa droga será empregada uma nova metodologia de sequenciamento em larga escala, o pirossequenciamento. A identificação dos mecanismos moleculares envolvidos na adaptação de T. rubrum ao estresse provocado pela exposição à acriflavina poderá revelar novos mecanismos de ação dessa droga, bem como vir a ser uma estratégia terapêutica a ser considerada.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Gabriela Felix Persinoti - Integrante / Nilce Maria Martinez-Rossi - Coordenador / Ricardo N. Z. Vêncio - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

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Prêmios

2014

Menção honrosa 14o Prêmio Jovem Geneticista, Sociedade Brasileira de Genética.

2013

Menção honrosa pela participação no prêmio Milton Krieger (co-autoria), Sociedade Brasileira de Genética.

2012

Menção honrosa pelo trabalho apresentado no Prêmio de Pós-Graduação no Congresso Brasileiro de Genética, Sociedade Brasileira de Genética.

2012

FEMS Young Scientist Meeting Grant to attend the 11th ECFG, Federation of European Microbiological Societies (FEMS).

2012

3o lugar Melhor tese do ano do Programa de Pós-graduação em Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto.

2010

Menção honrosa pelo trabalho apresentado no Prêmio Pós Graduação no Congresso Brasileiro de Genética (co-autoria), Sociedade Brasileira de Genética.

2007

Travel fellowship award to attend the ISMB/ECCB 2007, International Society for Computational Biology.

2006

Travel fellowship award to attend the ISMB 2006, AB3C - Associação Brasileira de Bioinformatica e Biologia Computacional.

Histórico profissional

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Endereço profissional

  • Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, Laboratório Nacional de Ciência e Tecnologia do Bioetanol. , Rua Giuseppe Máximo Scolfaro, 10.000 - Polo II de Alta Tecnologia (CTBE Sala 235A), Cidade Universitária, 13083970 - Campinas, SP - Brasil - Caixa-postal: 6192, Telefone: (19) 35175165, URL da Homepage:

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Experiência profissional

2014 - Atual

Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais

Vínculo: , Enquadramento Funcional: Especialista, Carga horária: 40

2013 - 2014

Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pós-doutoranda, Regime: Dedicação exclusiva.

2009 - 2012

Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto

Vínculo: Aluna de Doutorado, Enquadramento Funcional: Bolsista Fapesp, Regime: Dedicação exclusiva.

2009 - 2009

Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto

Vínculo: Aluna de Doutorado, Enquadramento Funcional: Bolsista Programa PAE, Carga horária: 6

Outras informações:
Estagiária PAE na disciplina RFM 0009 - Genética Humana

2007 - 2009

Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto

Vínculo: Aluna de Mestrado, Enquadramento Funcional: Bolsista FAPESP, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

  • 02/2007

    Pesquisa e desenvolvimento , Departamento de Genética, .,Linhas de pesquisa

  • 09/2011 - 12/2012

    Ensino, Ciências Biológicas (Genética), Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Análise de Transcriptomas (Aula ministrada), Genética Molecular (Aula ministrada), Genômica Funcional aplicada a Micologia (Aula ministrada)

2005 - 2006

Faculdade de Filosofía, Ciências e Letras de Ribeirão Preto

Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Bolsista PIBIC - CNPq, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

  • 08/2005 - 01/2006

    Pesquisa e desenvolvimento , Departamento de Física e Matemática, .,Linhas de pesquisa

2002 - 2003

Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária

Vínculo: Estágiária, Enquadramento Funcional: Estagiária, Carga horária: 40

Atividades

  • 01/2002 - 01/2003

    Estágios , Centro Nacional de Pesquisa Tecnológica em Informática para a Agricultura, .,Estágio realizado, Desenvolvimento de Software para Bioinfomática Estrutural utilizando linguagem de programação Java..