José Augusto Salim

Possui graduação em Engenharia de Computação pela Universidade Estadual de Campinas (2009) e mestrado em Engenharia de Computação pela Universidade Estadual de Campinas (2015). Tem experiência na área de Bioquímica, com ênfase em Biologia Molecular, atuando principalmente nos seguintes temas: bioinformatica, reconhecimento de padrões, biologia molecular, banco de dados biológicos e predição de interfaces proteína-proteína.

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Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em andamento em Engenharia de Computação

2016 - Atual

Universidade de São Paulo
Título: Digitalização e compartilhamento de dados de interações biológicas: definição de um padrão de dados e desenvolvimento de ferramentas de análise,
Antonio Mauro Saraiva. Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.

Mestrado em Engenharia de Computação

2011 - 2015

Universidade Estadual de Campinas
Título: Aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões usando os descritores estruturais de proteínas da base de dados do software STING para discriminação do sítio catalítico de enzimas,Ano de Obtenção: 2015
Fernando José Von Zuben.Coorientador: Goran Nesic. Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: biologia molecular; bioinformatica; reconhecimento de padrões.Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação.

Graduação em andamento em Ciências Biológicas

2015 - Atual

Universidade Federal de São Carlos

Graduação em Engenharia de Computação

2004 - 2009

Universidade Estadual de Campinas
Título: Um repositório espacialmente habilitado para dados ecológicos genéricos
Orientador: Ricardo da Silva Torres

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Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

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Áreas de atuação

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Sistemas de Informação.

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Organização de eventos

SALIM, JOSÉ ; SARAIVA, A. M. ; AGOSTINI, KAYNA ; WOLOSKI, M. . 3o Workshop da Base de dados da REBIPP. 2018. (Outro).

SARAIVA, A. M. ; AGOSTINI, K. ; WOLOSKI, M. ; SALIM, J. A. ; SARAGIOTTO, J. ; TAKIGAMI, L. K. N. . 1º Workshop da Base de Dados de Interações Planta-Polinizador. 2017. (Congresso).

SARAIVA, A. M. ; AGOSTINI, K. ; WOLOSKI, M. ; SALIM, J. A. ; SARAGIOTTO, J. ; TAKIGAMI, L. K. N. . 2º Workshop da Base de Dados de Interações Planta-Polinizador. 2017. (Congresso).

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Participação em eventos

2o Workshop de Capacitação em Manejo para Aumento da Produtividade Apícola e Polinização. 2018. (Simpósio).

II Workshop da Rede Brasileira de Interações Plant-Polinizador.Criação de uma padrão de dados para interações planta-polinizador. 2017. (Encontro).

Introduction to Citizen Science: focus on biodiveristy. 2017. (Seminário).

I Workshop da Rebe Brasileira de Interações Planta-Polinizador.Um padrão de dados para interações planta-polinizador. 2017. (Encontro).

TDWG 2017 Annual Conference.Brazilian Plant-Pollinator Interactions Network: definition of a data standard for digitization, sharing, and aggregation of plant-pollinator interaction data. 2017. (Simpósio).

Conservação do Cerrado. 2015. (Simpósio).

3DSIG. Characterization of Catalytic Site Residues using STING_DB Structural Descriptors. 2012. (Congresso).

ISMB 2012. Characterization of Catalytic Site Residues using STING_DB Structural Descriptors. 2012. (Congresso).

Sao Paulo School of Advanced Science - Agrochemical and Drug Design. 2012. (Congresso).

Sao Paulo School of Advanced Science - Advanced Topics in Human Molecular Genetics.. 2011. (Congresso).

Oficina de postagem de fotografias e videos para indíos Kaingang - Projeto Webindigena.Webindígena (Fase III): consolidação da "Rede Kaingang" (Kanhgág Jogo). 2010. (Oficina).

Programa de Seminarios em Biologia Computacional. 2010. (Outra).

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Comissão julgadora das bancas

Pedro Luiz Pizzigatti Corrêa

SARAIVA, A. M.PEDRO CORRÊA; ALBERTINI, B.. Um modelo conceitual genérico para descoberta e agregação de dados de interações entre espécies e análise de redes de interação planta-polinizador. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Engenharia Elétrica) - Escola Politécnica da Usp.

Guilherme Palermo Coelho

VON ZUBEN, F. J.NESHICH, G.ATTUX, R. R. F.COELHO, G. P.. Aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões usando descritores estruturais de proteínas da base de dados STING para discriminação do sítio catalítico de enzimas. 2012. Exame de qualificação (Mestrando em Engenharia Elétrica) - Universidade Estadual de Campinas.

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Foi orientado por

Goran Nesic

Predição dos resíduos de amino ácidos que formam o sitio catalitico e a classificação das enzimas de acordo com descrição do nano ambiente do sitio catalitico; 2013; Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Faculdade de Engenharia Eletrica e Computação, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Goran Nesic;

Fernando José Von Zuben

Aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões usando os descritores estruturais de proteínas da base de dados do software STING para discriminação do sítio catalítico de enzimas; 2015; Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Fernando José Von Zuben;

Antonio Mauro Saraiva

Digitalização e compartilhamento de dados de interações biológicas: definição de um padrão de dados e desenvolvimento de ferramentas de análise; Início: 2016; Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo; (Orientador);

Jefersson Alex dos Santos

Um Repositório Espacialmente Habilitado para Dados Ecológicos Genéricos; 2009; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Estadual de Campinas; Orientador: Jefersson Alex dos Santos;

Ricardo da Silva Torres

Um Repositório Espacialmente Habilitado para Dados Ecológicos Genéricos; 2009; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Estadual de Campinas; Orientador: Ricardo da Silva Torres;

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Produções bibliográficas

  • MAZONI, IVAN ; BORRO, LUIZ CÉSAR ; JARDINE, JOSÉ GILBERTO ; YANO, INÁCIO HENRIQUE ; SALIM, JOSÉ AUGUSTO ; NESHICH, GORAN . Study of specific nanoenvironments containing α-helices in all-α and (α+β)+(α/β) proteins. PLoS One , v. 13, p. e0200018, 2018.

  • SALIM, JOSÉ AUGUSTO ; SARAIVA, ANTONIO ; AGOSTINI, KAYNA ; WOLOWSKI, MARINA ; VEIGA, ALLAN ; SILVA, JULIANA ; CARVALHEIRO, LUISA . Brazilian Network on Plant-Pollinator Interactions: an update on the initiative of a standard for plant-pollinator interactions data. Biodiversity Information Science and Standards , v. 2, p. e25343, 2018.

  • SARAIVA, ANTONIO ; SALIM, JOSÉ ; AGOSTINI, KAYNA ; WOLOWSKI, MARINA ; SILVA, JULIANA ; VEIGA, ALLAN ; ALBERTINI, BRUNO . Brazilian Plant-Pollinator Interactions Network: definition of a data standard for digitization, sharing, and aggregation of plant-pollinator interaction data. Proceedings of TDWG , v. 1, p. e20298, 2017.

  • SALIM, JOSÉ AUGUSTO ; Borro, Luiz ; MAZONI, IVAN ; YANO, INÁCIO ; JARDINE, JOSÉ G. ; NESHICH, GORAN . Multiple Structures Single Parameter (MSSP): analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. Bioinformatics , v. 1, p. btw082, 2016.

  • PENA NESHICH, IZABELLA ; NISHIMURA, LETICIA ; DE MORAES, FABIO ; SALIM, JOSE ; VILLALTA-ROMERO, FABIAN ; Borro, Luiz ; YANO, INACIO ; MAZONI, IVAN ; TASIC, LJUBICA ; JARDINE, JOSE ; NESHICH, GORAN . Computational Biology Tools for Identifying Specific Ligand Binding Residues for Novel Agrochemical and Drug Design. Current Protein and Peptide Science , v. 16, p. 701-717, 2015.

  • 2014 DE MORAES, FÁBIO R. ; NESHICH, IZABELLA A. P. ; MAZONI, IVAN ; YANO, INÁCIO H. ; PEREIRA, JOSÉ G. C. ; SALIM, JOSÉ A. ; JARDINE, JOSÉ G. ; NESHICH, GORAN . Improving Predictions of Protein-Protein Interfaces by Combining Amino Acid-Specific Classifiers Based on Structural and Physicochemical Descriptors with Their Weighted Neighbor Averages. Plos One , v. 9, p. e87107, 2014.

  • NESHICH, GORAN ; Pena Neshich, Izabella Agostinho ; Moraes, Fabio ; Salim, Jose Augusto ; Borro, Luiz ; Yano, Inacio Henrique ; MAZONI, IVAN ; Jardine, Jose Gilberto ; Rocchia, Walter . Using Structural and Physical-Chemical Parameters to Identify, Classify, and Predict Functional Districts in Proteins The Role of Electrostatic Potential. Computational Electrostatics for Biological Applications. XIIed.: Springer International Publishing, 2015, v. , p. 227-254.

  • JARDINE, JOSÉ G. ; NESHICH, IZABELLA A. P. ; MAZONI, IVAN ; YANO, INÁCIO H. ; DE MORAES, FÁBIO R. ; SALIM, J. A. ; NISHIMURA, L. ; NESHICH, GORAN . Biologia computacional molecular e suas aplicações na agricultura. Tecnologias da informação e comunicação e suas relações com a agricultura. 1ed.Brasilia: EMBRAPA, 2014, v. , p. 101-107.

  • DRUCKER, D. P. ; JOLY, C. A. ; SALIM, J. A. ; de BY, R. A. . Advances in Biodiversity Information Management: an Initiative from the BIOTA/FAPESP Functional Gradient Project. In: VII Simpósio e VII Reunião de Avaliação do Programa BIOTA, 2011, São Carlos. VII Simpósio e VII Reunião de Avaliação do Programa BIOTA, 2011.

  • DRUCKER, D. P. ; ESTRADA, T. E.M.D ; COLOMBO, A. F. ; SALIM, J. A. ; JOLY, C. A. ; MARTINELLI, L. A. . BIOTA/FAPESP Project Functional Gradient Advances On Biodiversity Information Management And Modeling. In: VII Simpósio/VII Reunião de Avaliação do Biota, 2011, São Carlos. VII Simpósio/VII Reunião de Avaliação do Biota, 2011.

  • SALIM, J. A. ; FR Moraes ; I. Mazoni ; YANO, I. ; JG. Jardine ; IAP. Neshich ; VON ZUBEN, F. J. ; NESHICH, G. . Characterization of Catalytic Site Residues using STING_DB Structural Descriptors. In: 3DSIG, 2012, Long Beach, CA. 3DSIG, 2012.

  • FR Moraes ; VILLANUEAVA, W. J. P. ; IAP. Neshich ; I. Mazoni ; NISHIMURA, L. ; SALIM, J. A. ; JG. Jardine ; VON ZUBEN, F. J. ; NESHICH, G. . SIPEPPI, a Systematic Neuron Network-based Methodology for Predicting Protein-Protein Interfaces using STING Database descriptors. In: XL Annual Meeting of The Brazilian of Biochemistry and Molecular Biology Society (SBBq), 2011, Foz do Iguaçu. XL Annual Meeting of The Brazilian of Biochemistry and Molecular Biology Society (SBBq), 2011.

  • I. Mazoni ; SALIM, J. A. ; IAP. Neshich ; NISHIMURA, L. ; JG. Jardine ; NESHICH, G. . Structure function relationship de convoluted to a level of physical chemical descriptors: case study lysozyme / lactalbumine differences. In: XL Annual Meeting of The Brazilian of Biochemistry and Molecular Biology Society (SBBq), 2011, Foz do Iguaçu. XL Annual Meeting of The Brazilian of Biochemistry and Molecular Biology Society (SBBq), 2011.

  • DRUCKER, D. P. ; PEZINNI, F. F. ; ESTRADA, T. E.M.D ; SALIM, J. A. ; OLIVEIRA, D. M. S. ; AMORIM, R. X. ; COSTA, F. V. ; JOLY, C. A. ; COSTA, F. R. C. ; MAGNUSSON, W. E. ; MANZI, A. O. . Brazilian Initiatives on Ecological Data Integration and Management. In: The Federation of Earth Science Information Partners (ESIP) Summer Meeting 2011, 2011, Santa Fe, NM. ESIP Federation Guide to Summer Conference 2011, 2011.

  • DRUCKER, D. P. ; ESTRADA, T. E.M.D ; JOLY, C. A. ; SALIM, J. A. . The BIOTA/FAPESP Program: The Virtual Institute of Biodiversity. In: Environmental Information Management Conference 2011 (EIM 2011), 2011, Santa Barbara. Proceedings of the Environmental Information Management Conference 2011 (EIM 2011), 2011. v. unico. p. 167-167.

  • NESHICH, G. ; IAP. Neshich ; SALIM, J. A. ; FR Moraes ; I. Mazoni ; A. Mancini ; JG. Jardine . Comparing Physical Chemical Characteristics of T SOD1 and A4V mutant, The structures of which were previously aligned by using. In: TACBAC, 2010, Cambrigde. TACBAC, 2010.

  • SALIM, J. A. ; I. Mazoni ; A. Mancini ; IAP. Neshich ; FR Moraes ; JG. Jardine ; NESHICH, G. . Multiple Structures - Selected Parameter (MSSP) 2D Plot. In: Vizbi, 2010, Heidelberg. Vizbi, 2010.

  • IAP. Neshich ; FR Moraes ; SALIM, J. A. ; I. Mazoni ; A. Mancini ; JG. Jardine ; NESHICH, G. . Surface Hydrophobicity Index (SHO); Insights into the relationship between hydrophobic effect and Oligomerization. In: Vizbi, 2010, Heidelberg. Vizbi, 2010.

  • IAP. Neshich ; FR Moraes ; SALIM, J. A. ; I. Mazoni ; A. Mancini ; JG. Jardine ; NESHICH, G. . SURFACE HYDROPHOBICITY INDEX (SHI): INSIGHT INTO THE MECHANISMS OF PROTEIN-PROTEIN ASSOCIATIONS. In: 5TH CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2009, Angra dos Reis - RJ. 5TH CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2009.

  • IAP. Neshich ; FR Moraes ; MARANGONI, S. ; Martins, D. ; SALIM, J. A. ; I. Mazoni ; A. Mancini ; NESHICH, G. ; JG. Jardine . XYLELLA FASTIDIOSA HEXAMERIC PILUS RETRACTION MOTOR PILT INTERFACES ARE MAINTAINED BY NON-HYDROPHOBIC CONTACTS. In: 5TH CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2009, Angra dos Reis - RJ. 5TH CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2009.

  • I. Mazoni ; LC Borro ; SALIM, J. A. ; FR Moraes ; JG. Jardine ; IAP. Neshich ; NESHICH, G. . COMPUTATIONAL ANALYSIS OF THE SECONDARY STRUCTURE ELEMENTS BASED ON THE PHYSICAL CHEMICAL AND GEOMETRICAL DESCRIPTORS AND STATISTICS DATA. In: TH CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2009, Angra dos Reis - RJ. TH CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2009.

  • SALIM, J. A. ; I. Mazoni ; A. Mancini ; FR Moraes ; JG. Jardine ; IAP. Neshich ; NESHICH, G. . MSSP: A WEB-BASED APPLICATION FOR ANALYSIS OF SELECTED STRUCTURE DESCRIPTOR FROM DIFFERENT PROTEINS IN A GRAPHICAL MANNER. In: 5TH CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2009, Angra dos Reis - RJ. 5TH CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2009.

  • I. Mazoni ; LC Borro ; A. Mancini ; SALIM, J. A. ; FR Moraes ; JG. Jardine ; IAP. Neshich ; NESHICH, G. . COMPARISON BETWEEN PHYSICAL CHEMICAL AND GEOMETRICAL CHARACTERISTICS OF THE AMINO ACIDS PRESENT IN ALPHA-HELICES AND BETA-SHEETS. In: 5TH CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2009, Angra dos Reis - RJ. 5TH CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2009.

  • JG. Jardine ; IAP. Neshich ; A. Mancini ; I. Mazoni ; NESHICH, G. ; SALIM, J. A. ; FR Moraes . GENERATION OF LIPASE B MUTANTS WITH INCREASED SURFACE HYDROPHOBICITY IN ORDER TO IMPROVE BIODIESEL CATALYSIS. In: 5TH INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY (AB3C), 2009, Angra dos Reis. 5TH INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY (AB3C), 2009.

  • SALIM, J. A. . STING Platform Revival. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SALIM, J. A. . Criação de um padrão de dados para interações planta-polinizador. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SALIM, J. A. . Connecting biological information from different data repositories in order to gather the largest possible data set for protein structures. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SALIM, J. A. . Computational Biology: Computational tools and cases of studies. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DRUCKER, D. P. ; ESTRADA, T. E.M.D ; COLOMBO, A. F. ; SALIM, J. A. ; JOLY, C. A. . BIOTA/FAPESP Project Functional Gradient Advances On Biodiversity Information Management And Modeling. 2011. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

  • DRUCKER, D. P. ; JOLY, C. A. ; SALIM, J. A. ; de BY, R. A. . Advances in Biodiversity Information Management: an Initiative From the BIOTA/FAPESP Functional Gradient Project (apresentação oral). 2011. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

  • DRUCKER, D. P. ; PEZINNI, F. F. ; ESTRADA, T. E.M.D ; SALIM, J. A. ; OLIVEIRA, D. M. S. ; AMORIM, R. X. ; COSTA, F. V. ; JOLY, C. A. ; COSTA, F. R. C. ; MAGNUSSON, W. E. ; MANZI, A. O. . Brazilian Initiatives on Ecological Data Integration and Management. 2011. (Apresentação de Trabalho/Outra).

  • DRUCKER, D. P. ; SALIM, J. A. ; JOLY, C. A. . Advances In Biodiversity Information Management: An Initiative From The Biota/Fapesp Project Functional Gradient. 2010. (Apresentação de Trabalho/Outra).

  • DRUCKER, D. P. ; JOLY, C. A. ; SALIM, J. A. . The BIOTA/FAPESP Program: The Virtual Institute of Biodiversity.. 2010. (Apresentação de Trabalho/Outra).

  • SALIM, J. A. ; NESHICH, G. ; I. Mazoni ; A. Mancini ; IAP. Neshich ; JG. Jardine . Multiple structure alignment evaluated on the bases on multiple profile alignment of pre-determined sequence/structure/function/binding descriptor from the STING_DB. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • NESHICH, G. ; SALIM, J. A. . Aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões usando os descritores estruturais de proteínas da base de dados do software STING para discriminação do sítio catalítico de enzimas 2012 (Relatório de Pesquisa).

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Outras produções

NESHICH, G. ; SALIM, JOSÉ A. . STING_MSSP: Multiple structure single parameter. 2016.

NESHICH, G. ; FR Moraes ; SALIM, J. A. ; I. Mazoni ; YANO, I. ; JG. Jardine . Linear Model for Protein - Protein Interface Prediction. 2012.

NESHICH, G. ; FR Moraes ; SALIM, J. A. ; I. Mazoni ; YANO, I. ; JG. Jardine . USI-PePPI a Systematic Neural Network. 2012.

NESHICH, GORAN ; NESHICH, IZABELLA A. P. ; MAZONI, IVAN ; JARDINE, JOSÉ G. ; SALIM, J. A. ; MORAES, F. R. . MÉTODO PARA PREVISÃO DE MUTANTES QUE AUMENTEM O ÍNDICE DE HIDROFOBICIDADE DA SUPERFÍCIE DE PROTEÍNAS. 2011.

IAP. Neshich ; NISHIMURA, L. ; SALIM, J. A. ; I. Mazoni ; JG. Jardine ; NESHICH, G. . IDENTIFICAÇÃO DE ALVOS TERAPÊUTICOS PARA DESENHO COMPUTACIONAL DE DROGAS CONTRA BACTÉRIAS DOTADAS DA PROTEÍNA PILT. 2010.

SALIM, J. A. . STING Platform Revival. 2018. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

SALIM, J. A. ; NESHICH, GORAN . Aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões usando os descritores estruturais de proteínas da base de dados do software STING para discriminação do sítio catalítico de enzimas. 2012. (Relatório de pesquisa).

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Projetos de pesquisa

  • 2014 - Atual

    Otimização de ranqueamento em triagem virtual de alto desempenho para acoplamento de pequenos compostos químicos em alvos nas proteínas, Descrição: Nas últimas décadas, a triagem virtual baseada na estrutura do receptor (SBVS, do inglês structure-based virtual screening) se tornou uma ferramenta útil no processo de planejamento racional de fármacos. No entanto, apesar de diversos casos de sucesso, a SBVS ainda apresenta limitações, especialmente em relação ao ranqueamento de potenciais ligantes com base na afinidade de ligação. Neste projeto, a partir da análise do nanoambiente de interação proteína-ligante de complexos com estrutura experimentalmente determinada, pretende-se estabelecer características importantes e essenciais associadas ao processo de reconhecimento molecular, e que, possivelmente, podem ser utilizadas para aprimorar o ranqueamento de ligantes em campanhas de SBVS. A análise do nanoambiente de interação proteína-ligante irá considerar principalmente os descritores físico-químicos e estruturais fornecidos pela base de dados STING_DB, associada ao software BlueStar Sting, e mantida pelo Grupo de Pesquisa em Biologia Computacional da Embrapa Informática Agropecuária. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: José Augusto Salim - Integrante / José Gilberto Jardine - Integrante / Luis Borro - Integrante / MAZONI, IVAN - Integrante / YANO, INÁCIO H. - Integrante / NESHICH, GORAN - Coordenador., Financiador(es): Embrapa Informática Agropecuária - Auxílio financeiro.

  • 2010 - 2012

    Aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões usando os descritores estruturais de proteínas da base de dados do software STING para discriminação do sítio catalítico de enzimas, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . , Integrantes: José Augusto Salim - Integrante / Goran Neshich - Coordenador / Ivan Mazoni - Integrante / Izabella Agostinho Pena Neshich - Integrante / José Gilberto Jardine - Integrante / FR. Moraes - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

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Projetos de desenvolvimento

  • 2009 - 2009

    Multiple structure alignment evaluated on the bases on multiple profile alignment of pre-determined sequence/structure/function/binding descriptor from the STING_DB, Descrição: Only a textual information about characteristics of a structure could not be sufficient for protein analysis, beside this a graphical interface was design to allow analysis of single parameter in multiples structures. Multiples Structures Single Parameter module allows to compare, in a graphical manner, a total of 150 parameters in a different protein structures or multiples protein's alignments in a simple intuitive plot. MSSP can show any number of protein structures in a graphic, first proteins are aligned and plot in 2D graphic for the selected parameter, in addition users can use a large set o tools to do different analysis on protein structures.It is also possible visualize the parameters for different chains of the same protein structure.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: José Augusto Salim - Integrante / Goran Neshich - Coordenador / Ivan Mazoni - Integrante / Adauto Mancini - Integrante / Izabella Agostinho Pena Neshich - Integrante / José Gilberto Jardine - Integrante.

  • 2009 - 2009

    Multiple structure alignment evaluated on the bases on multiple profile alignment of pre-determined sequence/structure/function/binding descriptor from the STING_DB, Descrição: Only a textual information about characteristics of a structure could not be sufficient for protein analysis, beside this a graphical interface was design to allow analysis of single parameter in multiples structures. Multiples Structures Single Parameter module allows to compare, in a graphical manner, a total of 150 parameters in a different protein structures or multiples protein's alignments in a simple intuitive plot. MSSP can show any number of protein structures in a graphic, first proteins are aligned and plot in 2D graphic for the selected parameter, in addition users can use a large set o tools to do different analysis on protein structures.It is also possible visualize the parameters for different chains of the same protein structure.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: José Augusto Salim - Integrante / Goran Neshich - Coordenador / Ivan Mazoni - Integrante / Adauto Mancini - Integrante / Izabella Agostinho Pena Neshich - Integrante / José Gilberto Jardine - Integrante.

  • 2009 - 2009

    Multiple structure alignment evaluated on the bases on multiple profile alignment of pre-determined sequence/structure/function/binding descriptor from the STING_DB, Descrição: Only a textual information about characteristics of a structure could not be sufficient for protein analysis,  beside this a graphical interface was design to allow analysis of single parameter in multiples structures.  Multiples   Structures   ?   Single   Parameter   module allows to compare, in a graphical manner, a total of  150   parameters   in   a   different   protein   structures   or multiples   protein's   alignments   in   a   simple intuitive plot. MSSP can show any number of protein structures in a graphic, first proteins are aligned and plot in 2D  graphic for the selected parameter, in addition users can use a large set o tools to do different analysis on  protein structures.It is also possible visualize the parameters for different chains of the same protein structure.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: José Augusto Salim - Integrante / Goran Neshich - Coordenador / Ivan Mazoni - Integrante / Adauto Mancini - Integrante / Izabella Agostinho Pena Neshich - Integrante / José Gilberto Jardine - Integrante.

  • 2009 - 2009

    Multiple structure alignment evaluated on the bases on multiple profile alignment of pre-determined sequence/structure/function/binding descriptor from the STING_DB, Descrição: Only a textual information about characteristics of a structure could not be sufficient for protein analysis,  beside this a graphical interface was design to allow analysis of single parameter in multiples structures.  Multiples   Structures   ?   Single   Parameter   module allows to compare, in a graphical manner, a total of  150   parameters   in   a   different   protein   structures   or multiples   protein's   alignments   in   a   simple intuitive plot. MSSP can show any number of protein structures in a graphic, first proteins are aligned and plot in 2D  graphic for the selected parameter, in addition users can use a large set o tools to do different analysis on  protein structures.It is also possible visualize the parameters for different chains of the same protein structure.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: José Augusto Salim - Integrante / Goran Neshich - Coordenador / Ivan Mazoni - Integrante / Adauto Mancini - Integrante / Izabella Agostinho Pena Neshich - Integrante / José Gilberto Jardine - Integrante.

  • 2009 - 2009

    Multiple structure alignment evaluated on the bases on multiple profile alignment of pre-determined sequence/structure/function/binding descriptor from the STING_DB, Descrição: Only a textual information about characteristics of a structure could not be sufficient for protein analysis,  beside this a graphical interface was design to allow analysis of single parameter in multiples structures.  Multiples   Structures   ?   Single   Parameter   module allows to compare, in a graphical manner, a total of  150   parameters   in   a   different   protein   structures   or multiples   protein's   alignments   in   a   simple intuitive plot. MSSP can show any number of protein structures in a graphic, first proteins are aligned and plot in 2D  graphic for the selected parameter, in addition users can use a large set o tools to do different analysis on  protein structures.It is also possible visualize the parameters for different chains of the same protein structure.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: José Augusto Salim - Integrante / Goran Neshich - Coordenador / Ivan Mazoni - Integrante / Adauto Mancini - Integrante / Izabella Agostinho Pena Neshich - Integrante / José Gilberto Jardine - Integrante.

  • 2009 - 2009

    Multiple structure alignment evaluated on the bases on multiple profile alignment of pre-determined sequence/structure/function/binding descriptor from the STING_DB, Descrição: Only a textual information about characteristics of a structure could not be sufficient for protein analysis,  beside this a graphical interface was design to allow analysis of single parameter in multiples structures.  Multiples   Structures   ?   Single   Parameter   module allows to compare, in a graphical manner, a total of  150   parameters   in   a   different   protein   structures   or multiples   protein's   alignments   in   a   simple intuitive plot. MSSP can show any number of protein structures in a graphic, first proteins are aligned and plot in 2D  graphic for the selected parameter, in addition users can use a large set o tools to do different analysis on  protein structures.It is also possible visualize the parameters for different chains of the same protein structure.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: José Augusto Salim - Integrante / Goran Neshich - Coordenador / Ivan Mazoni - Integrante / Adauto Mancini - Integrante / Izabella Agostinho Pena Neshich - Integrante / José Gilberto Jardine - Integrante.

  • 2009 - 2009

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