Marcelo Marques Zerillo

Licenciado em 2000 em Ciências Biológicas pela Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho (UNESP), em Rio Claro, e doutor pelo Programa de Pós-Graduação Interunidades em Biotecnologia da Universidade de São Paulo (2008). Trabalhou como pesquisador (pós-doutorado) na Colorado State University (Bioagricultural Sciences and Pest Management Department), de 2008 a 2013, e trabalhou como pesquisador (pós-doutorado) na Nederlands Instituut voor Ecologie (NIOO-KNAW) (Microbial Ecology Department), de 2015 a 2016. Tem experiência na área de Genética e Biologia de Microrganismos, com ênfase em: Genética Molecular de Microrganismos; Análise Comparativa de Genomas Microbianos; e Anotação de Genomas Microbianos. Especializado na anotação de: genes associados ao metabolismo de carboidratos; genes envolvidos na interação microrganismo-hospedeiro, elementos genéticos móveis (transposons e retrotransposons). Estudou biologia e genética de: bactérias, Leifsonia xyli; Xylella spp.; Xanthomonas spp., Lonsdalea spp., Granulicella spp. (Acidobacteria); oomycetos, Pythium spp., Phytophthoras spp.; e fungo, Geosmithia morbida.

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Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em Biotecnologia

2003 - 2008

Universidade de São Paulo
Título: Análise genômica macro comparativa entre Leifsonia xyli subsp. cynodontis e Leifsonia xyli subsp. xyli.
Claudia Barros Monteiro Vitorello. Coorientador: Marie-Anne Van Sluys. Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Palavras-chave: Seqüenciamento; Leifsonia xyli; transposon; biblioteca em BAC; raquitismo; genômica comparativa. Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioquímica dos Microorganismos. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia / Subárea: Biologia e Fisiologia dos Microorganismos / Especialidade: Bacteriologia. Setores de atividade: Produção Vegetal; Produtos e Serviços Voltados Para A Defesa e Proteção do Meio Ambiente, Incluindo O Desenvolvimento Sustentado.

Aperfeiçoamento em em Genômica

2001 - 2003

Universidade de São Paulo
Título: Sequenciamento de genomas AEG. Ano de finalização: 2003
Orientador: Luiz Lehmann Coutinho
Bolsista do(a): Instituto Uniemp, UNIEMP, Brasil.

Graduação em Licenciatura em Ciências Biológicas

1997 - 2000

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho
Título: Cultivo de Alicyclobacillus sp em diferentes condições, visando estudo de sua biologia.
Orientador: Prof Dra. Dejanira de Franceschi de Angelis

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Pós-doutorado

2015 - 2016

Pós-Doutorado. , Netherlands Institute of Ecology, NIOO-KNAW, Holanda. , Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biotecnologia / Subárea: Expressão gênica.

2008 - 2013

Pós-Doutorado. , Colorado State University System, CSU, Estados Unidos. , Bolsista do(a): U. S. Department of Agriculture Cooperative State Research, Education and E, USDA, Estados Unidos. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos. , Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia / Subárea: Biologia de Patógenos de Plantas.

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Formação complementar

2016 -

Using Databases with Python. (Carga horária: 15h). , Coursera, COURSERA, Estados Unidos.

2016 -

Python for Genomic Data Science. (Carga horária: 16h). , Coursera, COURSERA, Estados Unidos.

2016 - 2016

Introduction to Genomic Technologies. (Carga horária: 16h). , Coursera, COURSERA, Estados Unidos.

2016 - 2016

Python Data Structures. (Carga horária: 28h). , Coursera, COURSERA, Estados Unidos.

2016 - 2016

Using Python to Access Web Data. (Carga horária: 24h). , Coursera, COURSERA, Estados Unidos.

2016 - 2016

Programming for Everybody (Getting Started with Python). (Carga horária: 28h). , Coursera, COURSERA, Estados Unidos.

2015 - 2015

Microbial Proteomics. (Carga horária: 16h). , Netherlands Institute of Ecology, NIOO-KNAW, Holanda.

2013 - 2013

LatAm eScience workshop Turning Data into Insight. (Carga horária: 20h). , Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.

2006 - 2006

Theoretical And Practical Course On Bioinformatics. (Carga horária: 80h). , Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.

2006 - 2006

The First Joint Pasteur Institute Wellcome Trust C. (Carga horária: 80h). , Institut Pasteur de Montevideo, INSTITUT PASTEUR, Uruguai.

2005 - 2005

Principles Of Gene Regulation In Bacteria. (Carga horária: 20h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2004 - 2004

Aspectos Moleculares dos Processos Adaptativos em Microrganismos. (Carga horária: 3h). , Sociedade Brasileira de Genética, SBG, Brasil.

2003 - 2003

Análise Computacional da Expressão Diferencial de Genes em Fungos. (Carga horária: 3h). , Sociedade Brasileira de Genética, SBG, Brasil.

2001 - 2001

Treinamento de Sequenciamento Básico DNA na plataforma ABI Prism 3100. (Carga horária: 35h). , Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz", ESALQ, Brasil.

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Idiomas

Bandeira representando o idioma Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Bandeira representando o idioma Espanhol

Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Bem, Escreve Pouco.

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Áreas de atuação

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biotecnologia / Subárea: Genômica comparatica.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biotecnologia.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioquímica dos Microorganismos.

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Participação em eventos

First Workshop on Linking Sustainability to Soil Microbiome. 2017. (Simpósio).

ProkaGENOMICS 2007 -3rd European Conference on Prokaryotic Genomics. IS elements of two Leifsonia xyli subspecies, their impact within the genomes and distribution of related elements among Actinobacteria.. 2007. (Congresso).

Workshop /photosynthetic Organisms: Biotechnology, Environment and Bio Energy. 2007. (Oficina).

.In-silico Analysis of Proteins: Celebrating the 20th Anniversary of Swiss-Prot. 2006. (Encontro).

.The First Joint Pasteur Institute / Wellcome Trust Course on Genomic in South America. 2006. (Outra).

. X-Meeting - 1st International Conference of the AB3C. 2005. (Congresso).

. 17ª. Reunião Anual do Instituto Biológico. 2004. (Congresso).

. 50o. Congresso Brasileiro de Genética. 2004. (Congresso).

. 49 Congresso Nacional de Genética. 2003. (Congresso).

.20 Encontro Sobre Temas de Genética e Melhoramento. 2003. (Encontro).

Curso de Atualização em Biotecnologia..Curso de Atualização em Biotecnologia.. 2001. (Seminário).

. 11 Encontro de Biólogos do CRB. 2000. (Congresso).

Simpósio de Iniciação Científica do Campus de Rio Claro.Simpósio de Iniciação Científica do Campus de Rio Claro. 2000. (Simpósio).

XII Congresso de Iniciação Científica da Unesp. XII Congresso de Iniciação Científica da Unesp. 2000. (Congresso).

. 10 Encontro de Biólogos do CRB. 1999. (Congresso).

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Participação em bancas

Aluno: Nathália de Moraes

Monteiro-Vitorello, Claudia B; Camargo, Luis Eduardo A; Carvalho, G; QUECINE-VERDI, MC;ZERILLO, Marcelo Marques. Anotação e Análise Comparativa dos Genes de Patogenicidade em Leifsonia xyli subsp. xyli e Leifsonia xyli subsp.cynodontis. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo.

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Comissão julgadora das bancas

Aline Aparecida Pizzirani-Kleiner

PIZZIRANI-KLEINER, A. A.; SLUYS, Orient Marie Anne Van. Exame de Qualificação de MS para DR (11/02/05). 2005. Exame de qualificação (Doutorando em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo.

Ana Paula de Arruda Geraldes Kataoka

KATAOKA, A. P. A. G.. Cultivo de Aliclyclobacillus sp em diferentes condições visando o estudo de sua biologia. 2000. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Marilis do Valle Marques

MARQUES, MV.; OUTROS,. Análise genômica macro comparativa entre Leifsonia xyli subsp. Cynodontis e Leifsonia xyli subsp. xyli. 2008. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo.

Claudia Barros Monteiro Vitorello

Monteiro-Vitorello, Claudia Barros; CAMARGO, Luis Eduardo Aranha; HO, Paulo Lee; MARQUES, M V; OLIVEIRA, J C F. Análise genômica macro comparativa entre Leifsonia xyli subsp. cynodontis e Leifsonia xyli subsp. xyli. 2008. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo.

Luis Eduardo Aranha Camargo

LEE HO, P.; OLIVEIRA, J. C.;MONTEIRO-VITORELLO, C. B.CAMARGO, L. E. A.MARQUES, M. V.. Análise genômica macro comparativa entre Leifsonia xyli subsp. cynodontis e Leifsonia xyli subsp. xyli. 2008. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo.

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Orientou

Matthew Nelson

Studies of Geosmithia morbida Population Structure and Maintenance of a Culture Collection of the Representative Isolates; 2013; Iniciação Científica; (Graduando em Bachelor of Science in Forestry) - Colorado State University System, Cooperative State Research, Education and Extension Service, do U; S; Depar; Orientador: Marcelo Marques Zerillo;

Nicole Jade Choi Thiry

Studies of Geosmithia morbida Population Structure; 2012; Iniciação Científica; (Graduando em Bachelor of Science in Zoology) - Colorado State University System, U; S; Department of Agriculture Cooperative State Research, Education and E; Orientador: Marcelo Marques Zerillo;

Rachel Billings

Genome Sequencing of Pythium species; 2010; Iniciação Científica; (Graduando em Bachelor of Science in Forestry) - Colorado State University System, U; S; Department of Agriculture Cooperative State Research, Education and E; Orientador: Marcelo Marques Zerillo;

Claudia Colzi

Establishment of culture media for enhanced growth and biopolymers production of Acidobacteria; 2016; Orientação de outra natureza; (Specialization training (Erasmus Programme)) - Netherlands Institute of Ecology, Erasmus Programme; Orientador: Marcelo Marques Zerillo;

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Foi orientado por

Marie-Anne Van Sluys

Plataforma GEMAC de alvos, anotação e integração de resultados; ; Início: 2018; Orientação de outra natureza; Instituto de Biociências; Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; (Orientador);

Dejanira de Franceschi de Angelis

Cultivo de Alicyclobacillus sp em diferentes condições, visando estudo de sua Biologia; 2000; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciencias Biológicas) - Unesp/Campus de Rio Claro-Instituto de Biociências; Orientador: Dejanira de Franceschi de Angelis;

Claudia Barros Monteiro Vitorello

Seqüenciamento parcial de fragmentos cromossômicos de Leifsonia xyli subsp; cynodontis: uma análise genômica macro comparativa com Leifsonia xyli subsp; xyli; 2003; 0 f; Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Claudia Barros Monteiro Vitorello;

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Projetos de pesquisa

  • 2015 - Atual

    Deciphering the gene machinery involved in the synthesis of Acidobacterial biopolymers and their biochemical characterization, Descrição: Acidobacteria is an abundant and ubiquitous bacterial phyla in soil, that shows no or mild growth in laboratory conditions. Based on genome sequences we estimated that Acidobacteria contains more genes related to carbohydrate metabolism than most (95%) of other bacterial genomes, and therefore Acidobacteria may play an active role in carbon cycling. Under certain stimulus Acidobacteria produces high amount of extracellular polymeric substances (EPS) and polyhydroxyalkanoates (PHA) with potential biotechnological and bioremediation applications. We are currently analyzing the genome/transcriptome/proteome of three Acidobacterial isolates and characterizing their byproducts by chemical and physical analyses.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Especialização: (1) Doutorado: (1) . , Integrantes: Marcelo Marques Zerillo - Integrante / Eiko Eurya Kuramae - Coordenador / Anna Kielak - Integrante / Ohana Y. A. Costa - Integrante / Claudia Colzi - Integrante., Financiador(es): De Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek - Outra.

  • 2012 - Atual

    Greenhouse gas emissions (N2O, CO2 and CH4) from soil with sugarcane production and impact on microbial community structure and function., Descrição: Sugarcane crops in Brazil grow with less nitrogen fertilizers than other biofuel crops, resulting into lower levels of nitrous oxide, a potent greenhouse gas. However, there is lack of real measurements of GHG emissions associated with the production ethanol. In addition, there is a lack of knowledge of the main players of fundamental biogeochemical processes, the soil biota, which can control fluxes of GHG.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . , Integrantes: Marcelo Marques Zerillo - Integrante / Eiko Eurya Kuramae - Coordenador / Janaina Braga do Carmo - Integrante / Johnny R. Soares - Integrante / Leonardo M. Pitombo - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.

  • 2011 - 2012

    Genomic and transcriptomic sequence analyses of Geosmithia morbida, Descrição: The ascomycete Geosmithia morbida together with the walnut twig beetle Pityophthorus juglandis cause the Thousand Cankers Disease in walnut trees. The disease was recently (2009) described and rapidly spread out in several states of the USA. We sequenced the genome and the transcriptome of G. morbida when causing canker and not (control condition) in walnut trees. We are currently investigating the genes associated to canker production in trees and comparing the genome of the fungus to evolutionary related organisms.. , Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Marcelo Marques Zerillo - Integrante / Ned Tisserat - Coordenador.

  • 2010 - 2014

    Population Structure of Geosmithia morbida, the Causal Agent of Thousand Cankers Disease of Walnut Trees in the United States., Descrição: The ascomycete Geosmithia morbida together with the walnut twig beetle Pityophthorus juglandis cause the Thousand Cankers Disease in walnut trees. The disease was recently described (2009) and rapidly spread out in several states of the USA. Through the use of molecular markers we aim to determine the diversity and spatial distribution of G. morbida-haplotypes collected widely and intensively from both native and introduced walnut trees in various locations in the USA. Our goal is to investigate the potential source of the disease outbreak and whether multiple introductions of the pathogen have occurred.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) . , Integrantes: Marcelo Marques Zerillo - Integrante / Jorge R. Ibarra Caballero - Integrante / Ned Tisserat - Coordenador / Keith Woeste - Integrante / Steven J. Seybold - Integrante / GRAVES, ANDREW D. - Integrante / HARTEL, COLLEEN - Integrante / PSCHEIDT, JAY W. - Integrante / TONOS, JADELYS - Integrante / BRODERS, KIRK - Integrante / CRANSHAW, WHITNEY - Integrante / Nicole Jade Choi Thiry - Integrante / Emily Freeland - Integrante / Matthew Nelson - Integrante., Financiador(es): U. S. Department of Agriculture Cooperative State Research, Education and E - Auxílio financeiro.

  • 2010 - 2013

    Comparative Genomics of Plant Pathogenic Oomycetes, Descrição: The polyphyletic genus Pythium contains hundreds of species distributed in 11 clades. The genomes of representative species from six clades were sequenced in order to unveil their phylogenetic relatedness and their pathogenicity gene apparatus. A comparison with other previously published genomes of other plant-pathogenic oomycetes (Phytophthora spp. e Hyaloperonospora arabidopsidis) was also performed for a macro investigation.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Marcelo Marques Zerillo - Integrante / Lévesque, C André - Integrante / ADHIKARI, BISHWO N. - Integrante / HAMILTON, JOHN P. - Integrante / Ned Tisserat - Integrante / C. Robin Buell - Coordenador., Financiador(es): U. S. Department of Agriculture Cooperative State Research, Education and E - Auxílio financeiro.

  • 2010 - 2013

    Carbohydrate-Active Enzymes in Pythium and Their Role in Plant Cell Wall and Storage Polysaccharide Degradation, Descrição: In plant pathogens the enzymes involved in carbohydrate metabolism are crucial for pathogen-host interaction, once they are also deployed in the degradation of the plant cell wall and in the consumption of plant storage polysaccharides. The number and the class of related enzymes vary in different species and may be strictly associated to the aggressiveness and in the pathogen lifestyle. We performed an in silico and in vitro analyses of the carbohydrate-active enzymes from different plant-pathogen oomycete species, including Pythium: P. aphanidermatum, P. arrhenomanes, P. irregulare, P. iwayamai, P. ultimum var. ultimum, P. ultimum var. sporangiiferum and P. vexans, and Phytophthora: P. ramorum, P. sojae, and P. infestans.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) . , Integrantes: Marcelo Marques Zerillo - Integrante / Lévesque, C André - Integrante / ADHIKARI, BISHWO N. - Integrante / HAMILTON, JOHN P. - Integrante / Ned Tisserat - Coordenador / C. Robin Buell - Integrante / Nicole Jade Choi Thiry - Integrante / Rachel Billings - Integrante., Financiador(es): U. S. Department of Agriculture Cooperative State Research, Education and E - Auxílio financeiro.

  • 2008 - 2010

    Genome sequence of the necrotrophic plant pathogen Pythium ultimum., Descrição: Genome sequencing project of the plant pathogenic oomycete Pythium ultimum, a generalist pathogen that attacks predominantly seeds and seedlings of economically important crops. This was the first Pythium species ever sequenced and revealed the intrinsic mechanisms of pathogenicity of the Pythium group.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Marcelo Marques Zerillo - Integrante / HAMILTON, JOHN P. - Integrante / TISSERAT, NED - Integrante / BUELL, C. ROBIN - Coordenador / LÉVESQUE, C. ANDRÉ - Integrante., Financiador(es): U. S. Department of Agriculture Cooperative State Research, Education and E - Auxílio financeiro.

  • 2003 - 2013

    Análise Genômica Macro Comparativa entre Leifsonia xyli subsp. cynodontis e Leifsonia xyli subsp. xyli, Descrição: Em 2004 o genoma da bacteria Leifsonia xyli subsp. xyli foi sequenciada. A bactéria causa a doença responsável pelas maiores perdas econômicas para o setor sucro-alcoleiro. Interessantemente o genoma não possui alguns dos genes clássicos relacionados a interação patógeno-hospedeiro, como o sistema secretor do tipo III e etc. Alguns genes envolvidos com a degradação de parede celular e com a produção de ácido abscísico foram anotados. Uma outra variedade da mesma espécie da bactéria não causa sintomas de raquitismo quando inoculada em cana, mas foi descrita como fitopatógena de outras gramíneas sem importância comercial. A análise comparativa busca esclarecer como as duas bactérias evoluíram e quais genes e regiões genômicas estariam associadas ao comportamento diferencial que estas estabelecem com o hospedeiro cana-de-açúcar.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Marcelo Marques Zerillo - Integrante / Claudia Barros MonteiroVitorello - Coordenador / Marie Anne VanSluys - Integrante / Luis Eduardo Aranha Camargo - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

  • 2002 - 2004

    Sequenciamento do Genoma de Leifsonia xyli subsp. xyli, Descrição: Sequenciamento do genoma completo da bactéria L. xyli subsp. xyli.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Marcelo Marques Zerillo - Integrante / Claudia Barros Monteiro-Vitorello - Coordenador.

  • 2000 - 2004

    Sequenciamento do Transcriptoma: Coffea arabica, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Marcelo Marques Zerillo - Coordenador / Luiz Lehmann Coutinho - Integrante.

  • 2000 - 2004

    Sequenciamento do Transcriptoma: Eucaliptus grandis, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Marcelo Marques Zerillo - Integrante / Luiz Lehmann Coutinho - Coordenador.

  • 2000 - 2003

    Sequenciamento do Genoma: Xylella fastidiosa PD, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Marcelo Marques Zerillo - Integrante / Luiz Lehmann Coutinho - Coordenador.

  • 2000 - 2002

    Sequenciamento do Genoma: Xanthomonas axonopodis pv. citri, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Marcelo Marques Zerillo - Integrante / Luiz Lehmann Coutinho - Coordenador.

  • 2000 - 2002

    Sequenciamento do Genoma: Xanthomonas campestris pv. campestris, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Marcelo Marques Zerillo - Integrante / Luiz Lehmann Coutinho - Coordenador.

Histórico profissional

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Experiência profissional

2015 - 2016

Netherlands Institute of Ecology

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: pós-doutorado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Projeto: Greenhouse gas emissions (N2O, CO2 and CH4) from soil with sugarcane production and impact on microbial community structure and function. Financiamento: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior

Atividades

  • 02/2016

    Pesquisa e desenvolvimento , Microbial Ecology Department, .,Linhas de pesquisa

2008 - 2013

Colorado State University System

Vínculo: Pesquisador, Enquadramento Funcional: Research scholar, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

  • 07/2008 - 07/2013

    Pesquisa e desenvolvimento , Colorado State University - Fort Collins, .,Linhas de pesquisa

  • 06/2008 - 07/2013

    Pesquisa e desenvolvimento , Colorado State University - Fort Collins, .,Linhas de pesquisa

  • 06/2008 - 07/2013

    Pesquisa e desenvolvimento , Colorado State University - Fort Collins, .,Linhas de pesquisa

2003 - 2008

Universidade de São Paulo

Vínculo: Bolsista Fapesp, Enquadramento Funcional: bolsista FAPESP

2001 - 2003

Universidade de São Paulo

Vínculo: bolsita, Enquadramento Funcional: bolsista UNIEMP, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

  • 03/2003 - 06/2008

    Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Biociências, .,Linhas de pesquisa