Juliana Velasco de Castro Oliveira

Possui graduação e licenciatura em Ciências Biológicas pela Universidade de São Paulo (2004). Em 2010 concluiu seu Doutorado em Biotecnologia, no Instituto de Ciências Biomédicas (USP). Desde 2011 trabalha como pesquisadora no Laboratório Nacional de BIorrenováveis (LNBR), que integra o Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais (CNPEM, Campinas). Tem ampla experiência na área de biologia molecular e microbiologia (virus, bacteria, fungo), com ênfase em sequenciamento, anotação de genomas, transcriptômica, clonagem, cultura celular, entre outros. Suas atuais linhas de pesquisas envolvem (i) o entendimento em nível molecular da degradação de material lignocelulósico por fungos filamentosos, através de abordagens de Biologia de Sistemas, como por exemplo, transcriptômica e proteômica e (ii) estudo de bactérias promotoras de crescimento e saúde vegetal. Atualmente é coordenadora de dois Auxílios FAPESP, tendo já coordenado e participado de vários projetos financiados pela FAPESP e CNPq, envolvendo diversas colaborações com grupos nacionais e internacionais.

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Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em Biotecnologia

2005 - 2010

Universidade de São Paulo
Título: Estudo da rede gênica do nucleopoliedrovírus Anticarsia gemmatalis (AgMNPV-2D) em linhagens de células de inseto distintas, e sua influência na expressão dos genes do hospedeiro durante a infecção
Paolo Marinho de Andrade Zanotto. Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Palavras-chave: baculovirus; biological control agent; genome phylogeny; nucleopolyhedrovirus; viral genome sequence.Grande área: Ciências Biológicas

Graduação em Licenciatura em Ciências Biológicas

2004 - 2005

Universidade de São Paulo

Graduação em Ciência Biológicas

1999 - 2003

Universidade de São Paulo
Título: Análise mutacional dos genes do operon pst de Escherichia coli
Orientador: Beny Spira
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.

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Formação complementar

2019 - 2019

From gene to trait. (Carga horária: 32h). , Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.

2018 - 2018

Identificação de bactérias fitopatogênicas. (Carga horária: 32h). , Instituto Biológico, IB, Brasil.

2018 - 2018

Lei de acesso e repartição de benefícios(lei da Biodiversidade 13.123/2015). (Carga horária: 6h). , Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, CNPEM, Brasil.

2015 - 2015

Mini-course for Genome and Transcriptomic Analysis Using Galaxy Platafform. (Carga horária: 6h). , Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, CNPEM, Brasil.

2015 - 2015

I Workshop on Application of Next Generation Sequencing. , Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, CNPEM, Brasil.

2014 - 2014

Biossegurança: Atividades com OGM em contenção. (Carga horária: 16h). , Conselho de Informações sobre Biotecnologia, CIB, Brasil.

2012 - 2012

Análise de RNA-Seq utilizando o Galaxy. (Carga horária: 18h). , Embrapa Informática Agropecuária, CNPTIA, Brasil.

2012 - 2012

Bioinformática para transcriptômica e metagenômica. (Carga horária: 80h). , Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.

2012 - 2012

Eletroforese Capilar na plataforma 3500xL. (Carga horária: 16h). , Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, CNPEM, Brasil.

2012 - 2012

PCR em tempo real e análise de HRM em ViiA7. (Carga horária: 20h). , Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, CNPEM, Brasil.

2010 - 2010

Eletroforese 2D para estudos de proteômica. (Carga horária: 35h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2009 - 2009

Protein Day. (Carga horária: 7h). , GE Life Sciences, GE, Brasil.

2009 - 2009

Proteomics e Akta User Club Meeting. (Carga horária: 7h). , GE Life Sciences, GE, Brasil.

2005 - 2005

PCR em tempo real. , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2005 - 2005

CAS 1200 ? automatização em preparo de amostras. , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2005 - 2005

BioRobot 9604-automatização em preparo de amostras. (Carga horária: 30h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2004 - 2004

PCR em tempo real. , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2003 - 2003

Sequenciador 3100 Genetic Analyser. (Carga horária: 35h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2001 - 2001

Radioproteção: Curso Básico. , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

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Idiomas

Bandeira representando o idioma Inglês

Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

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Áreas de atuação

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia / Subárea: Biologia e Fisiologia dos Microorganismos.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.

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Organização de eventos

OLIVEIRA, J. V. C. . Ciência Aberta. 2019. (Outro).

OLIVEIRA, J. V. C. ; DRIEMEIER, C. . Workshop on Second Generation Bioethanol and Biorefining. 2017. (Outro).

OLIVEIRA, J. V. C. ; SQUINA, FABIO M. ; ALVAREZ, T. ; DRIEMEIER, C. E. . Workshop on Second Generation Bioethanol 2016. 2016. (Outro).

OLIVEIRA, J. V. C. ; Goldman, GH ; SQUINA, F. . Workshop on Second Generation Bioethanol 2013: Enzymatic Hydrolysis. 2013. (Outro).

OLIVEIRA, J. V. C. . Ciência Aberta. 2019. (Outro).

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Participação em eventos

12 Congresso Nacional da Bioenergia. 2019. (Congresso).

FAPESP-AGILENT WORKSHOP: BIOPHARMA AND METABOLOMICS.HS-GC/MS platform for the analysis of plant growth promoter volatiles. 2019. (Outra).

Sustainable Chemicals and Fuels Through Synthetic Biology. 2019. (Simpósio).

First workshop on linking sustainability to soil microbiome. 2018. (Simpósio).

SMX-MX at Sirius and Emerging Tools for Drug Discovery. 2018. (Encontro).

XII CAEB. Biotecnologia na produção de etanol. 2015. (Congresso).

Sexta Confrência de Novas tecnologias em Biomassa.Bioprospecção de novos microrganismos paraacelerar a produção do etanol 2G. 2014. (Encontro).

VIII Reunião de Avaliação do Progarama Biota/FAPESP.Dinâmica de crescimento e sucessão de comunidades bacterianas e fúngicas durante a compostagem da torta de filtro de cana-de-açúcar. 2014. (Encontro).

1st Brazilian BioEnergy Science and Technology Conference. 2011. (Congresso).

XXI Encontro Nacional de Virologia/ V Encontro de Virologia do Mercosul.Estudo da rede gênica do nucleopoliedrovírus Anticarsia gemmatalis (AgMNPV-2D) em linhagens de células de inseto distintos, e sua influência na expressão dos genes do hospedeiro durante a infecção. 2010. (Encontro).

XVII Encontro Nacional de Virologia.Genome of the most widely used viral biopesticide: Anticarsia gemmatalis multiple nucleopolyhedrovirus. 2006. (Encontro).

XVI Encontro Nacional de Virologia.Arboviruses detection in pools of collected mosquitoes in Monte Negro, Rondonia state, Brazil. 2005. (Encontro).

10o. Simposio Internacional de Iniciação Científica da USP.Análise mutacional dos genes do operon pst de Escherichia coli. 2002. (Simpósio).

9o. Simposio Internacional de Iniciação Científica da USP.Análise mutacional dos genes do operon pst de Escherichia coli. 2001. (Simpósio).

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Participação em bancas

Aluno: Rafaela Rossi Rosolen

SOUZA, A. P.; AZZONI, A. R.;OLIVEIRA, J. V. C.. Redes de co-expressão gênica para identificar módulos funcionais de xyr1 e cre1 em Trichoderma spp.. 2020. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Natália de Brito Damasceno

ANDREOTE, F. D.; ARRUDA, P.;OLIVEIRA, J. V. C.. Mapeamento da colonização de plantas de milho e de soja por uma comunidade microbiana sintética oriunda do microbioma da cana-de-açúcar. 2018. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Mirta Natalia Coutouné

OLIVEIRA, J. V. C.; BRANDAO, M. M.; GROSS, J.. Genômica comparativa de cepas de Saccharomyces cerevisiae produtoras de etanol. 2018. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Carlaile Nogueira

OLIVEIRA, J. V. C.; DAMASIO, A. R. L.; FERRAZ, A.. Análise e caracterização do secretoma do fungo termofílico Malbranchea pulchella linhagem 6278. 2017. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia Industrial) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Roberta Maria Menegaldo Tavares Soares Dal'Mas

OLIVEIRA, J. V. C.; SEGATO, F.; SQUINA, F. M.. Caracterização de novos fatores de transcrição de Trichoderma reesei envolvidos na degradação da biomassa lignocelulósica. 2017. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Guilherme Keppe Zanini

OLIVEIRA, J. V. C.; LIBERATO, M. V.; GOLDBACK, R.. Caracterização de transportadores de xilose mutagenizados para engenheiramento de cepas de Saccharomyces cerevisiae. 2017. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Gabriel Vieira Santello

CUNHA, A. F.; PEREIRA, G. A. G.;OLIVEIRA, J. V. C.. Caracterização de terminadores e promotores para otimização do fluxo metabólico de xilose em Saccharomyces cerevisiae linhagem industrial PE-2. 2016. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Robson Tramontina

Squina, F.M.OLIVEIRA, J. V. C.; ARANTES, V.. Caracterização de Enzimas Auxiliares (Redox) do Cupim Coptotermes Gestroi que Atuam em Conjunto com Hidrolases Glicolíticas. 2016. Dissertação (Mestrado em BIOCIÊNCIAS E TECNOLOGIA DE PRODUTOS BIOATIVOS) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Antonio Kaupert Net

OLIVEIRA, J. V. C.; DAMASIO, A. R. L.; LIBERATO, M. V.. Análise do secretoma de Pseudozyma brasiliensis e clonagem, expressão e caracterização de B-xilosidases. 2016. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Geomárcia Feitosa da Cruz Ramos

VASCONCELLOS, S. P.;OLIVEIRA, J. V. C.; NAKAYAMA, C. R.; MARTINS, T. S.. Atividade celulolítica e proteolítica de bactérias isoladas do trato gastrointestinal e do processo de compostagem dos restos orgânicos de hipopótamo. 2013. Dissertação (Mestrado em CIÊNCIA E TECNOLOGIA DA SUSTENTABILIDADE) - Universidade Federal de São Paulo.

Aluno: Rafaela Milan Bonotto

FREITAS JUNIOR, L. H. G.; MODENA, J. L. P.;OLIVEIRA, J. V. C.; DURIGON, E.L.; GIL, L. H. V. G.. Identificação e caracterização de compostos com propriedades antivirais contra o vírus Chikungunya a partir de um ensaio fenotípico. 2019. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Gustavo Pagotto Borin

OLIVEIRA, J. V. C.; SOUZA, A. P.; ROCHA, R. S.; WARD, R. J.; BRANDAO, M. M.. Análise da co-regulação transcricional e identificação de genes de interesse biotecnológico em Trichoderma reesei. 2019. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Lucas Souza Lopes

LABATE, C. A.; BASSO, L. C.; VERDI, M. C. Q.;OLIVEIRA, J. V. C.. Avaliação dos efeitos causados por contaminações bacterianas em fermentações etanólicas de primeira geração utilizando metodologias ômicas. 2019. Tese (Doutorado em BIOENERGIA USP, UNICAMP E UNESP) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Bruno Nicolau Paulino

GUSMAO, A. E. F. B.; LEONARDI, G. R.;OLIVEIRA, J. V. C.; CASTRO, R. J. S.; PASTORE, G. M.. Potencial biotecnológico de leveduras da família Ustilaginaceae para a produção de biossurfactantes glicolipídicos. 2018. Tese (Doutorado em Ciência de Alimentos) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Thiago Augusto Gonçalves

SQUINA, FABIO M.;OLIVEIRA, J. V. C.; LABATE, C. A.; TERRASAN, C. R. F.; DINAMARCO, T. M.. Caracterização da expressão gênica de fungos filamentosos na desconstrução do bagaço de cana-de-açúcar. 2017. Tese (Doutorado em Biologia Funcional e Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Mariane Paludetti Zubieta

OLIVEIRA, J. V. C.; PERSINOTI, G. F.; SOUZA, A. P.. Aspergillus nidulans como modelo para manipulação de genes envolvidos no processo de unfolded protein response. 2017. Tese (Doutorado em Biologia Funcional e Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Vanessa Costa Iurif

OLIVEIRA, J. V. C.; PRADELLA, J. G.; VERDI, M. C. Q.. Busca de biomarcadores de floculação durante a fermentação industrial de etanol. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em BIOENERGIA USP, UNICAMP E UNESP) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Eduardo Cruz Moares

LEITE, D. S.; TERRASAN, C. R. F.;OLIVEIRA, J. V. C.. Prospecção de enzimas e otimização de vias metabólicas para produção de vanilina a partir de lignina do bagaço de cana-de-açúcar. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Funcional e Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Sheila Tiemi Nagamatsu

OLIVEIRA, J. V. C.; GARCIA, A. A. F.; CARVALHO, B. S.. Variações gênicas e transcricionais associadas a vantagens evolutivas e robustez em leveduras industriais de produção de etanol 1G e 2G. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Lucas Parreira

DE CASTRO OLIVEIRA, JULIANA VELASCO; KOBARG, J.; GOMBERT, A. K.. Identification of genes in Saccharomyces cerevisiae related to xylose consumption and resistance to fermentation inhibitors present in lignocellulosic hydrolysates. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Bioenergia) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: João Paulo Lourenço Franco Cairo

OLIVEIRA, J. V. C.; BENEDETTI, C.; ZERI, A. C. M.. Investigação de vias de degradação de biomassa lignocelulósica no cupim Coptotermes gestroi complementares a hidrolases glicosídicas visando aplicação na produção de bioprodutos. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Pos graduação em Biologia Funcional e Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Marcelo Ventura Rubio

OLIVEIRA, J. V. C.; KOBARG, J.; DAMASIO, A. R. L.. Compreensão da N-glicosilação nos processos de enovelamento, secreção e parâmetros funcionais/estruturais de proteínas alvo em Aspergillus nidulans. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em BIOCIÊNCIAS E TECNOLOGIA DE PRODUTOS BIOATIVOS) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Everton Paschoal Antoniel

OLIVEIRA, J. V. C.; SANTOS, R. V.; GALEMBECK, E.. Influência de fatores de transcrição na secreção de enzimas em Aspergillus nidulans. 2019. Exame de qualificação (Mestrando em Biologia Funcional e Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: João Gabriel Ribeiro Bueno

OLIVEIRA, J. V. C.; CORREA, T. L. R.; BILSLAND, E.. Engenharia genética de Saccharomyces cerevisiae para co-fermentação de xilose e glicose e produção de etanol de segunda geração. 2019. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Thaís Gabrielle Silva

OLIVEIRA, J. V. C.; SANTOS, L. V.; GONCALVES, T. A.. Construção de linhagens de Penicillium oxalicum com potencial de sacarificação de biomassas incrementado visando a produção do etanol de segunda geração. 2019. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Stella Maris Fick de Ferraz

PERSINOTI, G. F.; TERRASAN, C. R. F.;OLIVEIRA, J. V. C.. Prospecção e caracterização de enzimas do complexo lignocelulolítico com potencial aplicação na indústria de etanol de segunda geração. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Agnes Cristina Pimentel

AMBROSIO, A. L. B.; CONTESINI, F. J.;OLIVEIRA, J. V. C.. Influência de um domínio acessório nas características bioquímicas e estruturais da celulase CelE2. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Biologia Funcional e Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Jaqueline A

OLIVEIRA, J. V. C.; CORREA, T. L. R.; SANTANA, A. S.. Gerhardt. Expressão heteróloga de enzimas hiper-termofílicas em fungos filamentosos. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em BIOCIÊNCIAS E TECNOLOGIA DE PRODUTOS BIOATIVOS) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Gabriel Vieira Santello

DE CASTRO OLIVEIRA, JULIANA VELASCO; SQUINA, F. M.; RABELO, S. C.. Caracterização de terminadores e promotores para otimização no fluxo metabólico de xilose em Saccharomyces cerevisiae linhagem industrial PE-2. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Carlaile Nogueira

SEGATO, F.; FERRAZ, A.;OLIVEIRA, J. V. C.. Análise do secretoma e transcriptoma do fungo filamentoso Malbranchea pulchella linhagem 6278 cultivado em polpa celulósica e eucalipto. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Biotecnologia Industrial) - Universidade de São Paulo.

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Comissão julgadora das bancas

Ronaldo Zucatelli Mendonça

MENDONCA, R. Z.; Mehnert, D.U;PEREIRA, C. A.; RIBEIRO, B. M.; Zanotto, PMA. Expressao temporal dos genes do nucleopoliedrovirus Anticarsia gemmatalis e sua influencia sobre celulas. 2010. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Ciencias Biomedicas -USP.

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Orientou

NATÁLIA OLIVEIRA DE ARAUJO

Identificação e caracterização de voláteis como indutores de crescimento em culturas agrícolas; Início: 2019; Dissertação (Mestrado profissional em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; (Orientador);

Bruno Henrique Silva Dias

Análise de compostos orgânicos voláteis bacterianos promotores de crescimento vegetal; Início: 2018; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; (Orientador);

Octávio Augusto Costa Almeida

Estudo de mecanismos de promoção de crescimento da planta modelo C4 Setaria viridis mediada por compostos orgânicos voláteis bacterianos; Início: 2019; Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; (Orientador);

Luciane Fender Coerini

Uso de bactérias promotoras de crescimento vegetal no cultivo de cana-de-açúcar para aumento de produtividade e inibição de fitopatógenos; Início: 2018; Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas; (Orientador);

Carla de Sant´Anna Freitas

Identificação e uso de voláteis bacterianos na inibição de patógenos de cana-de-açúcar; Início: 2017; Tese (Doutorado em Bioenergia) - Universidade Estadual de Campinas; (Orientador);

Maria Vitória Leite de Campos Rodrigues

O uso da biotecnologia no biocontrole de fitopatógenos da cana-de-açúcar; Início: 2019 - Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; (Orientador);

Guilherme Masiero Fontanetti

Triagem de bactérias que promovem o crescimento de Setaria viridis através de compostos orgânicos voláteis; Início: 2019; Iniciação científica (Graduando em Ciências Biológicas) - Pontifícia Universidade Católica de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; (Orientador);

Mirta Natalia Coutouné

Genômica comparativa de leveduras industriais para produção de etanol; 2018; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Juliana Velasco de Castro Oliveira;

Guilherme Keppe Zanini

Construção de cepas geneticamente modificadas de Saccharomyces cerevisiae PE-2 para fermentação de pentoses; 2017; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas,; Orientador: Juliana Velasco de Castro Oliveira;

ROBERTA MARIA MENEGALDO TAVARES SOARES DALMAS

Caracterização de novos fatores de transcrição de Trichoderma reesei envolvidos na degradação da biomassa lignocelulósica; 2017; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas,; Orientador: Juliana Velasco de Castro Oliveira;

Antonio Adalberto Kaupert Neto

Análise do secretoma de Pseudozyma brasiliensis e identificação, clonagem, expressão e caracterização de Beta-xilosidases; 2016; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas,; Orientador: Juliana Velasco de Castro Oliveira;

Gustavo Pagotto Borin

Estudos genômicos da expressão gênica global do fungo filamentoso Trichoderma reesei crescido em bagaço e colmo de cana-de-açúcar; 2015; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas,; Coorientador: Juliana Velasco de Castro Oliveira;

Camila Cristina Sanchez

Estudos genômicos da expressão gênica global de Aspergillus niger crescido em bagaço e colmo de cana-de-açúcar; 2013; Dissertação (Mestrado em BIOCIÊNCIAS E TECNOLOGIA DE PRODUTOS BIOATIVOS) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Coorientador: Juliana Velasco de Castro Oliveira;

Thuanny Andrade Borges

Análises de expressão de genes importantes no metabolismo de xilose das leveduras Rhodothorula dairenensis e Pseudozyma hubeienses e de outros fungos isolados a partir do trato intestinal de insetos que parasitam a cana-de-açúcar; 2012; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Coorientador: Juliana Velasco de Castro Oliveira;

Camila Utsunomia

Caracterização a nível molecular das leveduras Rhodothorula mucilaginosa e Cryptococcus podzoliccus e de outros fungos isolados a partir do trato intestinal de insetos parasitas da cana-de-açúcar; 2012; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Coorientador: Juliana Velasco de Castro Oliveira;

Gustavo Pagotto Borin

Análise da co-regulação transcricional e identificação de genes de interesse biotecnológico em Trichoderma reesei; 2019; Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Juliana Velasco de Castro Oliveira;

Camila Pinto da Cunha

2018; Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Juliana Velasco de Castro Oliveira;

Sabrina Homma de Freitas

Identificação e uso de voláteis bacterianos para inibir o crescimento de patógeno da cana-de-açúcar; 2019; Iniciação Científica - Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Juliana Velasco de Castro Oliveira;

Ana Carolina Teixeira

Prospecção de bactérias promotoras de crescimento vegetal através da produção de compostos orgânicos voláteis; 2017; Iniciação Científica - Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Juliana Velasco de Castro Oliveira;

Eliane Silva de Santana

Caracterização de transportadores de Pseudozyma brasiliensis; 2014; Iniciação Científica - Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais; Orientador: Juliana Velasco de Castro Oliveira;

Guilherme Keppe Zanini

Estudo da expressão de fatores de transcrição de Aspergillus niger possivelmente relacionados à degradação de biomassa vegetal; 2014; Iniciação Científica - Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Juliana Velasco de Castro Oliveira;

Eliane Silva de Santana

Estudo da expressão de genes de Aspergillus niger relacionados à degradação de biomassa vegetal; ; 2013; Iniciação Científica - Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Juliana Velasco de Castro Oliveira;

Naiane Rios

Dinâmica de crescimento e sucessão de comunidades bacterianas e fúngicas durante a compostagem da torta de filtro de cana-de-açúcar; 2012; Iniciação Científica - Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais; Orientador: Juliana Velasco de Castro Oliveira;

Bruna de Oliveira Ferreira

Screening de microrganismos promotores de crescimento e da fitossanidade da cana-de-açúcar; 2019; Orientação de outra natureza - Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais; Orientador: Juliana Velasco de Castro Oliveira;

Kathiana Aznarán Luk

Avalição de bactérias promotoras de crescimento e saúde vegetal; 2018; Orientação de outra natureza; (27 Programa Bolsas de Verão) - Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais; Orientador: Juliana Velasco de Castro Oliveira;

Bruno Henrique Silva Dias

Prospecção de bactérias promotoras de crescimento vegetal associadas à cana-energia; 2017; Orientação de outra natureza; (PROGRAMA UNIFICADO DE ESTÁGIO) - Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais; Orientador: Juliana Velasco de Castro Oliveira;

ROBERTA MARIA MENEGALDO TAVARES SOARES DALMAS

Desenvolvimento de uma plataforma para medir quantitativamente a expressão gênica dos fatores de transcrição de Trichoderma reesei; 2014; Orientação de outra natureza - Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais; Orientador: Juliana Velasco de Castro Oliveira;

Luciana Fender Coerini

Produção de fertilizante organomineral fosfatado bioativo de eficiência aumentada; 2014; Orientação de outra natureza - Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Juliana Velasco de Castro Oliveira;

Giovanna Lopes

Bolsista de Extensão no País (EXP-B); 2014; Orientação de outra natureza - Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Juliana Velasco de Castro Oliveira;

Gustavo Borin

Análise do transcriptoma e secretoma do fungo Trichoderma reesei crescido em bagaço e colmo de cana-de-açúcar; 2012; Orientação de outra natureza; (PROGRAMA UNIFICADO DE ESTÁGIO) - Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais; Orientador: Juliana Velasco de Castro Oliveira;

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Foi orientado por

Beny Spira

Análise mutacional dos genes do operon pst de Escherichia coli; 2002; Iniciação Científica - Instituto de Ciências Biomédicas da Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Beny Spira;

Paolo Marinho de Andrade Zanotto

Expressão temporal dos genes do nucleopoliedrovírus Anticarsia gemmatalis e sua influência sobre a célula; 2010; Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Paolo Marinho de Andrade Zanotto;

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Produções bibliográficas

  • BORGES, CLOVIS D. ; CARVALHO, JOÃO LUÍS N. ; KÖLLN, ORIEL T. ; SANCHES, GUILHERME M. ; SILVA, MARCELO J. ; CASTRO, SERGIO G.Q. ; CASTRO, SAULO A.Q. ; SOUSA, LUARA L. ; OLIVEIRA, JULIANA V.C. ; CANTARELLA, HEITOR ; VARGAS, VITOR P. ; TSAI, SIU M. ; FRANCO, HENRIQUE C.J. . Can alternative N-fertilization methods influence GHG emissions and biomass production in sugarcane fields?. BIOMASS & BIOENERGY , v. 120, p. 21-27, 2019.

  • FERNANDES, B. S. ; DIAS, O. ; COSTA, G. ; KAUPERT NETO, ANTÔNIO A. ; RESENDE, T. F. ; OLIVEIRA, J. V. C. ; RIANO-PACHON, D. M. ; ZAIAT, M. ; PRADELLA, J. G. ; ROCHA, I. . Genome-wide sequencing and metabolic annotation of Pythium irregulare CBS 494.86: understanding Eicosapentaenoic acid production. BMC BIOTECHNOLOGY , v. 19, p. 1, 2019.

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  • Colabardini, Ana Cristina ; Humanes, Ana Carolina ; Gouvea, Paula Fagundes ; Savoldi, Marcela ; Goldman, Maria Helena S. ; Kress, Marcia Regina von Zeska ; Bayram, Özgür ; OLIVEIRA, JULIANA VELASCO DE CASTRO ; Gomes, Marcelo Damário ; Braus, Gerhard H. ; Goldman, Gustavo Henrique . Molecular characterization of the Aspergillus nidulans fbxA encoding an F-box protein involved in xylanase induction. Fungal Genetics and Biology (Print) , v. 49, p. 130-140, 2012.

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Projetos de pesquisa

  • 2018 - Atual

    Plataforma HS-GC/MS para a análise de voláteis promotores de crescimento vegetal (FAPESP/ AGILENT - PITE), Descrição: Apesar dos avanços nas práticas agrícolas, para alimentar a população mundial que vem crescendo, é necessário aumentar ainda mais a produção de alimentos, e é desejável que isso seja realizado adotando práticas sustentáveis. Diversas bactérias promotoras de crescimento vegetal podem aumentar a produtividade de culturas agrícolas através de uma série de mecanismos. Recentemente nosso grupo isolou mais de 7.000 bactérias de raízes e solos de cana-de-açúcar de diferentes regiões, e cerca de 100 possuem capacidade de produzir altas quantidades de auxina e/ou solubilizar fosfato, mecanismos bem estabelecidos como promotores de crescimento vegetal. Adicionalmente, em estudos preliminares, nós identificamos espécies de bactérias produtoras de compostos orgânicos voláteis (COVs), os quais também são capazes de promover o crescimento vegetal. O uso destes COVs é promissor pois não depende da interação direta do organismo com a planta, tornando-os ideais para mediar interações de curta e longa distância. COVs bacterianos já foram mostrados como importantes para o crescimento e saúde de plantas modelo, como a Arabidospsis thaliana. Entretanto, até agora, são raros os estudos que mostram o impacto dos COVs bacterianos em culturas agrícolas importantes, o que abre perspectiva para novas descobertas. Uma das abordagens mais precisas e utilizadas que permitem identificar o perfil de COVs é baseado em metabolômica, mas o estabelecimento de uma plataforma robusta para identificação destes compostos não é trivial; demanda tempo e boas práticas laboratoriais. Pelo exposto, os principais objetivos deste projeto são: (i) estabelecer uma metodologia robusta baseada em HS-GC/MS (headspace gas chromatography-tandem mass spectrometry) para identificar e quantificar COVs bacterianos; (ii) avaliar o potencial de diferentes gêneros de bactérias em promover o crescimento vegetal através de COVs; (iii) testar a eficiência destas bactérias em culturas agrícolas brasileiras importantes; e (iv) identificar COVs específicos capazes de promover o crescimento das plantas. Como um objetivo a longo prazo, nós esperamos desenvolver bioinoculantes com as melhores bactérias. Isto representará uma maneira sustentável de substituir, pelo menos em parte, os produtos químicos usualmente utilizados, aumentar a produtividade agrícola, e reduzir os custos de produção de alimento.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Juliana Velasco de Castro Oliveira - Coordenador / Camila Caldana - Integrante / Bruno Henrique Silva Dias - Integrante / Juliana Aparecida Aricetti - Integrante / Maria Juliana Calderan Rodrigues - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2018 - Atual

    Identificação e uso de voláteis bacterianos contra patógenos da cana-de-açúcar, Descrição: Um dos aspectos cruciais da agricultura moderna é reduzir o uso de fertilizantes químicos e pesticidas, que além do alto custo, têm um impacto negativo na saúde humana e no meio ambiente, causando, por exemplo, degradação do solo e contaminação dos recursos hídricos. Diante disso, são necessários investimentos na área de biotecnologia agrícola, onde as bactérias promotoras de crescimento vegetal (BPCVs) certamente desempenharão um papel importante na revolução da agricultura nas próximas décadas, devido a necessidade de uma agricultura mais sustentável. As BPCVs podem aumentar a produtividade agrícola através de uma gama de mecanismos, mas, recentemente, foi descrito que as bactérias podem produzir compostos voláteis orgânicos (CVOs), que além de promoverem o crescimento vegetal, podem atuar como antagonista de patógenos. O uso de biocontrole baseado em CVOs microbianos para doenças de cana-de-açúcar é promissor, já que estas moléculas são ideais para mediar interações de curta e longa distância, não sendo necessário o contato direto com a planta ou sua colonização. Assim, este projeto visa estudar a ação de COVs bacterianos contra diversos patógenos de cana-de-açúcar.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Juliana Velasco de Castro Oliveira - Coordenador / luciane Fender Coerini - Integrante / Aline Tieppo Nogueira Mulato - Integrante / Carla de Santanna Freitas - Integrante / Juliana Aparecida Aricetti - Integrante / Sabrina Homma de Freitas - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de SP - Auxílio financeiro.

  • 2017 - Atual

    Estudos de bactérias promotoras de crescimento e saúde vegetal, Descrição: Do ponto de vista da biotecnologia aplicada à agricultura, existem diversas estratégias que podem ser utilizadas para maximizar o rendimento de culturas agrícolas e, atualmente, é esperado que a produção seja aumentada adotando práticas sustentáveis. Diversas bactérias promotoras de crescimento vegetal podem aumentar a produtividade agrícola através de uma gama de mecanismos como, por exemplo, através da produção de fitohormônios e/ou solubilização de fosfato. Além disso, como já descrito na literatura e também validado pelo nosso grupo, bactérias são capazes de produzir compostos voláteis orgânicos (CVO), que também promovem o crescimento vegetal e podem atuar como antagonista de patógenos. Assim, os principais objetivos desta linha de pesquisa são: (i) estudar o potencial de diferentes gêneros de bactérias em promover o crescimento vegetal através de COVs, produção de hormônios e solubilização de P; (ii) testar a eficiência destas bactérias em culturas agrícolas brasileiras; (iii) prospectar bactérias capazes de inibir ou impedir o crescimento de patógenos através de COVs, e (iv) compreender os mecanismos moleculares envolvidos nestes processos. Como resultado, além do conhecimento científico, espera-se gerar bioprodutos (bioinoculantes/biocontroles) para substituir, pelo menos em parte, os produtos químicos usualmente utilizados. Através do emprego de modernas práticas agronômicas, visa-se aumentar a produtividade e a saúde de culturas agrícolas (com ênfase em cana-de-açúcar), reduzir os custos de produção e proteger o meio ambiente.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Juliana Velasco de Castro Oliveira - Coordenador / Henrique Coutinho Junqueira Franco - Integrante / Camila Caldana - Integrante / luciane Fender Coerini - Integrante / Aline Tieppo Nogueira Mulato - Integrante / Bruno Henrique Silva Dias - Integrante / Carla de Santanna Freitas - Integrante / Ana Carolina Teixeira - Integrante / Juliana Aparecida Aricetti - Integrante.

  • 2016 - Atual

    Sequenciamento e engenheiramento genético da cepa industrial brasileira Barra Grande para fermentação de xilose, Descrição: O aumento pela demanda de utilização de energia e o consenso sobre a necessidade de se reduzir significativamente as emissões de gases do efeito estufa e a dependência de combustíveis fósseis vem impulsionando o desenvolvimento e melhoramento da produção de biocombustíveis. O etanol é o biocombustível atualmente mais utilizado, mas para atender a demanda mundial pelo mesmo, esforços vêm sendo feitos para aumentar sua produção, e uma das opções seria a produção do etanol de segunda geração (E2G). O E2G é produzido através da fermentação de açúcares liberados de polissacarídeos complexos encontrados na biomassa vegetal e, no caso do brasil, utiliza-se o bagaço da cana-de-açúcar. Mas, para produção do E2G, é necessário que diversos desafios biotecnológicos sejam superados, principalmente no que se refere ao aproveitamento de todos os açúcares fermentescíveis provenientes da degradação da biomassa. Isto porque Saccharomyces cerevisiae não é capaz de converter pentoses a etanol, e o E2G não será economicamente viável a menos que estes açúcares (principalmente xilose) sejam fermentados em adição a glicose. Frente a isso, o presente projeto tem como objetivo o sequenciamento da linhagem industrial S. cerevisiae Barra Grande (BG-1) e a construção de uma cepa fermentadora de xilose derivada da mesma, que seja resistente a compostos inibitórios presentes no licor C5. O projeto proposto é pioneiro, já que pela primeira vez a BG-1 será geneticamente modificada com genes para metabolizar xilose, utilizando o sistema CRISPR-Cas que permitirá uma modificação rápida e precisa de seu genoma. Serão avaliadas cepas com a via da isomerização e oxi-redução do metabolismo de xilose (nesta última também propõe-se a inserção da via para consumo de ácido acético), e evolução adaptativa da cepa em meio com xilose como única fonte de carbono e licor C5 derivado do bagaço. O rendimento e produtividade de etanol pelas cepas obtidas serão avaliadas em biorreatores semi-industriais. Além disso, estudos genômicos e transcriptômicos são propostos, para melhor entender o metabolismo das cepas durante as fermentações. Embora vários grupos de pesquisa no Brasil, e principalmente no exterior, vêm trabalhando com isso, ainda não foi obtido um microrganismo adaptado às condições de fermentação brasileira que consiga utilizar xilose/licor para a produção de E2G, com rendimento e produtividade similares ao obtido com glicose/sacarose. Sendo assim, este projeto é extremamente promissor e tem possibilidade de criar uma nova tecnologia de interesse sócio-econômico e ambiental, sendo fundamental para o setor sucro-energético do país.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Juliana Velasco de Castro Oliveira - Coordenador / Aline Tieppo Souza - Integrante / Diego M. Riano-Pachon - Integrante / Jaciane L. Ienczak - Integrante / Sarita Cândido Rabelo - Integrante / Mirta Natalia Coutoune - Integrante / Bruno Henrique Silva Dias - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2014 - Atual

    Caracterização de novos fatores de transcrição de Trichoderma reesei envolvidos na degradação da biomassa lignocelulósica, Descrição: O gênero Trichoderma é formado por fungos filamentosos de vida livre, encontrados nos mais diversos ambientes e nas mais diversas condições climáticas. Entre centenas de outros gêneros de fungos, Trichoderma se destaca como sendo um dos de maior relevância para a humanidade. Algumas espécies são amplamente utilizadas na indústria, e dentre elas se destaca T. reesei, um dos maiores produtores de enzimas hidrolíticas. Estas enzimas são capazes de digerir polissacarídeos encontrados na parede celular de materiais lignocelulósicos e de convertê-los em monossacarídeos. Desta forma, estes açúcares simples podem ser utilizados para produzir o que chamamos de etanol de segunda geração. O uso deste tipo de combustível é uma ótima alternativa ao uso dos combustíveis derivados do petróleo, uma vez que são produzidos a partir de uma fonte inesgotável de energia, com baixo impacto ambiental. Entretanto, para que a produção deste bioetanol seja economicamente viável, é necessário diminuir os custos de sua produção, principalmente o associado às enzimas hidrolíticas. Apesar de anos de pesquisa e desenvolvimento com T. reesei e outros fungos utilizados industrialmente para produção de hidrolases, os mecanismos moleculares envolvidos na produção das mesmas não são bem conhecidos. Neste sentido, é de grande relevância avaliar quais os fatores de transcrição envolvidos no processo de degradação de biomassa, uma vez que eles são os maiores reguladores da expressão da rede gênica de um organismo/célula, tendo papel fundamental em quase todos os processos biológicos. Assim, a presente proposta objetiva o desenvolvimento de uma plataforma para medir a expressão de todos os fatores de transcrição de T. reesei. Além de contribuir com o entendimento básico do processo de degradação da biomassa da cana-de-açúcar, este trabalho refletirá em novas perspectivas para o desenvolvimento de coquetéis enzimáticos, identificando novos genes com aplicações biotecnológicas. Utilizando esta plataforma, espera-se identificar novos fatores de transcrição relacionados à desconstrução da biomassa lignocelulósica, o que possibilitará manipular geneticamente a cepa T. reesei RUT-C30 a fim de gerar uma linhagem de maior potencial celulo e hemocelulolítico. Vale lembrar que esta cepa é uma das maiores produtores destas enzimas e isso se deve, entre outros motivos, a um truncamento em um fator de transcrição que reprime a síntese das mesmas, o que comprova o potencial deste trabalho. Adicionalmente, disponibilizar para a comunidade científica uma plataforma biotecnológica como esta terá um impacto relevante nas diversas áreas de pesquisa relacionadas a este fungo, como por exemplo, em seu uso como agente no controle biológico de diversas pragas de culturas agrícolas.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Juliana Velasco de Castro Oliveira - Coordenador / Aline Tieppo Souza - Integrante / BORIN, GUSTAVO PAGOTTO - Integrante / ROBERTA MARIA MENEGALDO TAVARES SOARES DAL'MAS - Integrante.

  • 2013 - 2018

    Kalmonozyma brasiliensis e genes de interesse biotecnológico, Descrição: A produção do etanol de segunda geração (2G), realizada a partir de material lignocelulósico, ainda apresenta gargalos biotecnológicos, como o custo da etapa de sacarificação (conversão de polissacarídeos em monômeros fermentescíveis) e a incapacidade de S. cerevisiae fermentar xilose, principal açúcar derivado da hemicelulose da cana-de-açúcar. Em estudos anteriores realizados pelo nosso grupo de pesquisa foi identificada uma nova espécie de levedura, Kalmonozyma brasiliensis, que é capaz de crescer e atingir alta densidade celular utilizando xilano e/ou xilose como fonte de carbono. Assim, genes de potencial biotecnológico desta espécie vêm sendo estudados pelo grupo, como por exemplo enzimas hidrolíticas (xilanases, beta-xilosidases, entre outras) e transportadores de açúcar (principalmente de xilose), de modo a auxiliar na produção economicamente viável do etanol 2G.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Juliana Velasco de Castro Oliveira - Coordenador / Gustavo Henrique Goldman - Integrante / Aline Tieppo Souza - Integrante / Eliane Silva de Santana - Integrante / Antonio Adalberto Kaupert Neto - Integrante / Bruno Henrique Silva Dias - Integrante / Guilherme Keppe Zanini - Integrante.

  • 2013 - 2017

    Produção de fertilizante organomineral fosfatado bioativo de eficiência aumentada, Descrição: Descrição: Em solos tropicais altamente intemperizados, há o predomínio da ocorrência de argilas 1:1 e óxi-hidróxidos de ferro (Fe) e de alumínio (Al). Estes minerais possuem elevada capacidade de adsorção de fósforo (P), inviabilizando grande parte deste elemento quando proveniente da adubação fosfatada. Assim, estima-se que apenas 30% do P-fertilizante sejam aproveitados pelas plantas. Visando aumentar a eficiência dos fertilizantes fosfatados utilizados na agricultura brasileira, esse projeto tem como objetivo desenvolver um fertilizante organomineral fosfatado bioativo de eficiência aumentada. Para tal, será desenvolvido um fertilizante organomineral a base de torta de filtro (subproduto da indústria sucroenergética) compostada, adicionado de fosfato natural reativo, microrganismos promotores do crescimento de plantas e solubilizadores de P. Essa associação agregará ao fertilizante propriedade de bioatividade, estimulando o desenvolvimento da planta, tanto do sistema radicular (que promoverá maior exploração do solo para absorção de água e nutrientes), quanto da parte aérea, aumentando assim a produtividade agrícola das culturas de interesse. O objetivo do trabalho é baseado em resultados da literatura que evidenciam a interação entre matéria orgânica de elevada qualidade e funcionalidade com microrganismos produtores de fito-hormônios e outras substâncias benéficas às plantas, além do maior aproveitamento de P por meio da interação benéfica entre plantas e fungos micorrízicos. Para isso, é proposto no presente projeto, a prospecção e seleção de microrganismos com propriedades bioativadoras, nativos do sistema solo-planta, e a adição destes a fertilizantes organominerais fosfatados, os quais terão suas características físicas e químicas melhoradas. Vale ressaltar que, na produção do fertilizante, serão utilizados subprodutos orgânicos provenientes da indústria sucroenergética, destinando a agricultura parte de seus resíduos antes tidos como passivo ambiental. Assim, a equipe envolvida neste processo de inovação científica trabalhará no desenvolvimento de nova tecnologia a fim de garantir maior eficiência produtiva, resultando em preservação de recursos minerais, maior lucratividade para a agricultura, redução da dependência da importação de fertilizantes fosfatados e redução do potencial de poluição de subprodutos e o uso de doses elevadas de fertilizantes. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Juliana Velasco de Castro Oliveira - Integrante / Henrique Coutinho Junqueira Franco - Coordenador / Danilo Alves Ferrreira - Integrante / Carlos Farroni - Integrante / Gean Carlos Silva Matias - Integrante / Oriel Tiago Kolln - Integrante / Eiko Kuramae - Integrante / luciane Fender Coerini - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

  • 2013 - 2015

    New approaches improved functionality of saccharolytic enzymes from fungi (Bilateral BBSRC-FAPESP), Descrição: The broad aim of the project is to compare and contrast the responses of fungi from three different genera to growth on two of the most important potential bioenergy substrates. We will build on our published approach with Aspergillus niger and aim to identify differences in the degradative potential of three fungal species, with the ultimate aim of combining the key elements into one improved strain. Rather than simply incorporating more and more classical hydrolases into a single strain, which is the major approach taken to date, we aim to capitalise on the different strategies taken by different species to degrade lignocellulose. Particular attention will be paid to non-hydrolytic proteins that enhance the activity of fungal cellulases and hemicellulases, collectively called glycosyl hydrolases (GHs). The advantage of such a methodology, as compared to a metagenomic approach for gene and enzyme discovery, is that it allows the observation of the full genome-wide range of co-ordinated transcriptional changes that occur in a single organism in response to lignocellulose, and possibly insights into how they work together, rather than simply generating a list of potential new enzymes.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Juliana Velasco de Castro Oliveira - Integrante / Gustavo Goldman - Coordenador / Paul Daly - Integrante / ARCHER, DAVID B. - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2013 - 2015

    Synthetic Biology for Bioethanol Production by Saccharomyces cerevisiae from sugarcane (2nd generation of biofuel production), Descrição: The major goal of the proposed project is to improve ethanol production from sugarcane plants. The four major objectives of the proposed project are: (i) to increase the sugarcane-to-ethanol efficiency; (ii) to develop a 2nd generation of biofuel producing yeast strains; (iii) to develop new and more efficient technologies for hydrolysis of sugarcane bagasse; (iv) to improve lignocellulose utilization and especially the conversion of lignocellulose pentose sugars as xylose or arabinose to ethanol. Achievement of these objectives will be addressed by: (i) Improvement of the cultivation conditions of sugarcane fermenting industrial strains PET2 and CAT1 by systems biology characterization; (ii) Improvement of the sugarcane fermenting industrial strains PET2 and CAT1 by generating non-flocculating strains with novel genetic markers; (iii) Construction of yeast S. cerevisiae strains expressing cellulose or hemicellulose degrading pathways with an emphasis on pentose surgars like xylose or arabinose deriving from different filamentous fungi (method: reiterative recombination: Wingler and Cornish, 2011); (iv) Transfer of successful pentose utilizing clusters introduced by reiterative recombination into S. cerevisiae model strains to industrial strain PET2 and/or CAT1. Indicators of success: both PI have several decades of experience which is documented by their past grants and publications in fungal metabolism, physiology, molecular genetics, genomics, proteomics, fungal cell and systems biology. The combined experience of both PIs includes several filamentous fungi of white biotechnology and also yeast technology.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Juliana Velasco de Castro Oliveira - Integrante / Gustavo Henrique Goldman - Coordenador / Gerhard H. Braus - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

  • 2012 - 2014

    Dinâmica de crescimento e sucessão de comunidades bacterianas e fúngicas durante a compostagem da torta de filtro de cana-de-açúcar, Descrição: Auxílio à Pesquisa (Programa Biota - FAPESP) - A dependência de fontes de combustíveis fósseis bem como a preocupação com o meio ambiente tem gerado mundialmente um grande interesse no desenvolvimento de outras fontes de combustível/energia. Neste sentido, o uso de etanol como combustível é vantajoso por se tratar de uma fonte inesgotável de energia, além de ser considerada de baixo impacto ambiental. Atualmente, através da fermentação do caldo da cana-de-açúcar, o Brasil é o segundo maior produtor de bioetanol. Entretanto, estudos sugerem que se forem utilizados o bagaço e a palha da cana, o Brasil pode dobrar sua produção, sem a necessidade do aumento de áreas cultiváveis. No entanto, o uso dessa biomassa apresenta como desafio a degradação da estrutura da parede celular vegetal formada por açúcares complexos, em açúcares mais simples, fermentáveis. Para isso, são necessários diversos tipos de enzimas hidrolíticas, que naturalmente são produzidas por uma variedade de microorganismos; dentre eles destacam-se os fungos Aspergillus niger e Trichoderma reesei, capazes de produzi-las e secretá-las em grandes quantidades. Embora diversos estudos sejam realizados com estes microorganismos, ainda não são conhecidos em detalhes os mecanismos de degradação destes substratos; assim, este projeto tem como objetivo analisar a expressão global dos genes de A. niger e T. reesei pela tecnologia de RNA-seq, em meio com bagaço e colmo de cana-de-açúcar. Além de contribuir com o entendimento básico do processo de degradação destas biomassas, todo conhecimento em âmbito molecular resultante deste trabalho refletirá em novas perspectivas para o desenvolvimento de coquetéis enzimáticos, que poderá possibilitar a produção de etanol de segunda geração em escala industrial.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Juliana Velasco de Castro Oliveira - Integrante / Gustavo Henrique Goldman - Coordenador / Aline Tieppo Souza - Integrante / Renato A. C. Santos - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2011 - 2014

    Identificação de leveduras fermentadoras de xilose isoladas a partir do trato intestinal de insetos que parasitam a cana-de-açúcar, Descrição: O Brasil é atualmente responsável por cerca de 33% da produção mundial de etanol e pode ter um papel importante na demanda mundial futura de etanol. A completa utilização do substrato é um dos pré-requisitos para tornar os processos do etanol lignocelulósico economicamente competitivos. A conversão da biomassa para a energia utilizável não é economicamente favorável a não ser que a hemicelulose seja usada em adição à celulose. Entretanto, S. cerevisiae é incapaz de fermentar pentoses tais como xilose e arabinose convertendo-os em etanol porque embora possua genes para a utilização de xilose, estes são expressos em níveis tão baixos que estes não apóiam o crescimento em xilose. Desta forma, é fundamental a descoberta de genes da via metabólica da xilose mais eficientes que possam ser identificados e isolados de leveduras selvagens fermentadoras de xilose. A identificação destes genes pode criar a oportunidade de melhoramento genético da assimilação de xilose em S. cerevisiae através da sua introdução em S. cerevisiae sob o controle de sinais regulatórios apropriados. Estas leveduras selvagens podem ser isoladas de nichos ecológicos enriquecidos para o seu crescimento, tais como o trato intestinal de insetos. Este projeto visa a identificação de leveduras capazes de fermentar mais eficientemente a xilose a partir do trato intestinal de insetos que interagem com a cana-de-açúcar. Assim, os principais objetivos deste projeto são: 1) Isolamento, caracterização e identificação genética de leveduras xilolíticas que colonizam o trato intestinal de insetos que parasitam a cana-de-açúcar; 2) Identificação genética de fungos presentes no trato intestinal destes insetos a partir da confecção e sequenciamento do DNA de uma biblioteca de ITSs ("internal transcribed spacers?) amplificados por PCR; 3) Clonagem e caracterização molecular dos genes envolvidos no metabolismo de xilose a partir das leveduras isoladas; e 4) Introdução destes genes em S. cerevisiae e verificação da eficiência de fermentação da xilose nestas cepas recombinantes.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Juliana Velasco de Castro Oliveira - Integrante / Gustavo Henrique Goldman - Coordenador / Thuanny A Borges - Integrante / Camila Utsunomia - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2011 - 2013

    Estudos genômicos comparativos da expressão gênica global de fungos filamentosos crescidos em bagaço e colmo de cana-de-açúcar, Descrição: Auxílio a Projeto de Pesquisa Regular - A dependência de fontes de combustíveis fósseis bem como a preocupação com o meio ambiente tem gerado mundialmente um grande interesse no desenvolvimento de outras fontes de combustível e energia. Neste sentido, o uso de etanol como combustível é vantajoso por se tratar de uma fonte inesgotável de energia, sendo considerada de baixo impacto ambiental. Atualmente, através da fermentação do caldo da cana-de-açúcar, o Brasil é o segundo maior produtor de bioetanol. Entretanto, estudos sugerem que se forem utilizados o bagaço e a palha da cana, o Brasil pode dobrar sua produção, sem a necessidade do aumento de áreas cultiváveis. No entanto, o uso dessa biomassa apresenta como desafio a degradação da estrutura da parede celular vegetal formada por açúcares complexos, como celulose e hemicelulose, em açúcares mais simples, fermentáveis. Para isso, são necessários diversos tipos de enzimas hidrolíticas, que sabidamente são produzidas por uma variedade de microorganismos; dentre eles destacam-se os fungos filamentosos Aspergillus niger e Trichoderna reesei, capazes de produzi-las e secretá-las em grandes quantidades. Embora diversos estudos sejam realizados com estes microorganismos, ainda não são conhecidos exatamente os mecanismos de degradação destes substratos; assim, este projeto tem como objetivo analisar a expressão global por RNA-seq dos genes de A. niger e T. reesei, em meio com bagaço e colmo de cana-de-açúcar. Além de contrib(mais)uir com o entendimento básico do processo de degradação destas biomassas, todo o conhecimento em âmbito molecular resultante deste trabalho refletirá em novas perspectivas para o desenvolvimento de coquetéis enzimáticos, possibilitando a produção de etanol de segunda geração em escala industrial.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Juliana Velasco de Castro Oliveira - Coordenador / Gustavo Henrique Goldman - Integrante / Gustavo Pagotto Borin - Integrante / Camila Cristina Sanchez - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2007 - 2010

    Estudo da rede gênica do Nucleopoliedrovírus Anticarsia gemmatalis (AgMNPV-2D) em linhagens de células de inseto distintas, Descrição: Desde a década de 80, o nucleopoliedrovírus Anticarsia gemmatalis (AgMNPV) tem sido utilizado em diversos países da América Latina e Estados Unidos como agente de controle biológico no combate à lagarta-da-soja. No Brasil, ele é aplicado em mais de dois milhões de hectares de plantação, com significativos benefícios econômicos e ecológicos ao país, sem contar seu benefício na saúde pública da população. Outra característica importante do AgMNPV é o seu uso como vetor de clonagem e expressão de genes eucarióticos. Este vírus envelopado, pertencente à família Baculoviridae, possui DNA circular de fita dupla contido em um capsídeo protéico, que pode estar ocluído em uma matriz para-cristalina. A expressão gênica ocorre em cascata e é temporalmente regulada, onde genes de cada classe temporal regulam a expressão de genes da fase seguinte. São duas as fases principais: (i) fase precoce, onde ocorre inibição da replicação do DNA e da síntese protéica da célula hospedeira e a expressão de alguns genes do vírus, e (ii) a fase tardia com a expressão de genes relacionados com a montagem e oclusão das partículas virais. Dada a sua grande importância comercial e biotecnológica, tem sido feitos vários estudos sobre este virus. Neste sentido, o genoma do AgMNPV-2D foi recentemente seqüenciado em nosso laboratório, indicando a presença de potencialmente 152 genes. Este projeto, uma conseqüência natural de seu sequenciamento, tem c(mais)omo objetivos: (i) o estudo temporal da expressão gênica do AgMNPV, (ii) a determinação de genes com padrões de expressão similares que possivelmente são co-regulados visando (iii) o delineamento de um diagrama da malha gênica do AgMNPV. Este estudo possibilitará o desenvolvimento de estratégias para monitorar sua virulência e o conhecimento e uso de demais genes e promotores fortes para expressão de proteínas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Juliana Velasco de Castro Oliveira - Integrante / Paolo Marinho de Andrade Zanotto - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2002 - 2005

    Sequenciamento do genoma do baculovírus AgMNPV, Descrição: Este projeto visa o sequenciamento completo do genoma do AgMNPV que é o baculovírus usado no programa de controle biológico da lagarta da soja (Anticarsia gemmatalis Lepidópetero Noctuideo) da EMBRAPA. O genoma de 133 mil pares de base será seqüenciado a partir de clones e subclones do DNA genomico e de pontos de iniciação de sequenciamento criados por meio da inserção de transposons. O genoma completo será comparado com os de vários outros baculovírus relacionados possibilitando o melhor entendimento do AgMNPV que é o principal agente de controle biológico viral em uso no mundo hoje em dia. Esta informação será também necessária para continuar os trabalhos visando à construção de vetores de expressão derivados do AgMNPV. Ademais, isto irá melhorar o monitoramento do AgMNPV no campo e induzir diversas outras linhas de pesquisa básicas e aplicadas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Juliana Velasco de Castro Oliveira - Integrante / Paolo Marinho de Andrade Zanotto - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2000 - 2007

    Projeto Virgen - Viral Genetic Diversity Network (VGDN), Descrição: Importance of a network for the study of viral genetic diversity. The appropriate quantitative and qualitative assessment of genetic diversity from viral populations based on sequence data, can help understand the structure of an epidemics as it unfolds, allowing for better intervention strategies. This argument stands as the reason for enabling the VGDN to operate in coordinated tasks (see below), which will also allow the gauging of both performance and competence of its member groups. The study of viral genetic diversity is also of fundamental importance for establishing competence in virology and in providing conditions for obtaining fast, direct and relevant information for issues in public health. In Brazil, with rare exceptions, in emergency situations, samples are sent abroad for characterization and analysis. On several instances, publications based on viral isolates from Brazil do not even acknowledge the effort of the crucial initial steps of isolation, which were mainly done by local scientists and technical personnel. Moreover, other than the unnecessary dependence, national interests may also come into play, since genetic information can be relevant for the production of vaccines, implementation of vaccination programs, development of antiviral drugs and estimation of financial risk for different economical activities (urban planning and management, public health budgeting, health-associated industrial cost, insurance company cost benefit evaluations, etc.) and for setting priorities for control and surveillance programs. We have acted as the bioinformatics and molecular biology central laboratory of the Viral Genetic Diversity Network (VGDN) program since 2001, coordinating 22 laboratories sequencing HIV-1, HCV, HRSV and Hantaviruses.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Juliana Velasco de Castro Oliveira - Integrante / Paolo Marinho de Andrade Zanotto - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

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Prêmios

2019

Primeiro lugar na apresentação do trabalho "Bacterial volatiles organic compounds as growth inducers of C3 Arabidopsis thaliana and C4 Setaria viridis model plants", IV Simpósio em Microbiologia Agrícola da ESALQ.

2017

Segundo lugar na apresentação de Pôster categoria Doutorado - Aluno Gustavo Borin, Brazilian BioEnergy Science and Technology Conference (BBEST).

2013

Segundo lugar na apresentação de Painéis - aluno Gustavo Borin, XI CAEB - Décimo Primeiro Congresso Aberto aos Estudantes de Biologia, UNICAMP..

Histórico profissional

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Endereço profissional

  • Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, Laboratório Nacional de Ciência e Tecnologia do Bioetanol. , Rua Giuseppe Máximo Scolfaro, 10000, Guará, 13083970 - Campinas, SP - Brasil, URL da Homepage:

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Experiência profissional

2011 - Atual

Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais

Vínculo: , Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40

Atividades

  • 08/2018

    Conselhos, Comissões e Consultoria, Laboratório Nacional de Ciência e Tecnologia do Bioetanol, .,Cargo ou função, Integrante do Comitê Gestor do Programa Bolsas de Verão do CNPEM.

  • 01/2018

    Conselhos, Comissões e Consultoria, Laboratório Nacional de Ciência e Tecnologia do Bioetanol, .,Cargo ou função, Membro Comissão Interna de Biossegurança (CIBio).

  • 01/2018

    Conselhos, Comissões e Consultoria, Laboratório Nacional de Ciência e Tecnologia do Bioetanol, .,Cargo ou função, Membro do Comitê Executivo do Programa PIBIC do CNPEM.

  • 01/2015

    Direção e administração, Laboratório Nacional de Ciência e Tecnologia do Bioetanol, .,Cargo ou função, Responsável pelo laboratório de Biossegurança nível 2 (NB-2).

  • 03/2011

    Pesquisa e desenvolvimento , Laboratório Nacional de Ciência e Tecnologia do Bioetanol, .,Linhas de pesquisa

2005 - 2010

Universidade de São Paulo

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Doutoranda, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

2002 - 2005

Universidade de São Paulo

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Técnico Especializado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

2000 - 2002

Universidade de São Paulo

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Iniciação Científica