Paulo Vinicius da Mata Madeira

Possui graduação em Ciências Biológicas pela Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho (2011), mestrado em Genética e Biologia Molecular pela Universidade Estadual de Campinas (2014) e Doutorado pela mesma instituição (2019) tendo atuado no grupo de Patogenia Bacteriana no Laboratório Nacional de Biociências (LNBio) - Centro Nacional de Pesquisa em Energias e Materiais (CNPEM) sob orientação da Dra. Andrea Dessen com enfoque em descobrimento de novas moéculas através de High Throughput Screening e Cristalografia de Proteínas. Tem experiência na área de Genética, com ênfase em Genética Molecular e de Microorganismos, atuando principalmente nos seguintes temas: HTS, cristalografia de proteínas, fatores de virulência e sistema de secreção bacteriano.

Informações coletadas do Lattes em 01/06/2022

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Programa de Pós Graduação em Genética e Biologia Molecular

2014 - 2019

Universidade Estadual de Campinas
Título: Identificação e caracterização estrutural de novos compostos inibidores de PBPs
Orientador: Andrea Dessen de Souza e Silva
Coorientador: Artur Torres Cordeiro. Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Palavras-chave: inibidores; Cristalografia de Proteínas; high throughput screening; PBPs; domínio de ligação à Penicilina.Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular.

Mestrado em Genética e Biologia Molecular

2012 - 2014

Universidade Estadual de Campinas
Título: Determinação da estrutura tridimensional do domínio catalítico do fator de,Ano de Obtenção: 2014
Andrea Dessen de Souza e Silva.Coorientador: David Neves. Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. Grande área: Ciências Biológicas

Graduação em Ciências Biológicas

2008 - 2011

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho
Título: Verificação de possíveis alterações na atividade de telomerase de formas promastigotas de Leishmania (L.) amazonensis frente ao tratamento com peróxido de hidrogênio
Orientador: Maria Isabel Nogueira Cano
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.

Formação complementar

2016 - 2016

Computational Biology: Molecular Docking and Drug Design. (Carga horária: 60h). , Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária, EMBRAPA, Brasil.

2015 - 2015

From Genes to Drugs: an introduction to target­based drug discovery. (Carga horária: 72h). , Structural Genomics Consortium, SGC, Inglaterra.

2012 - 2012

Drug Design and Neglacted Tropical Diseases. , Universidade Federal de São Carlos, UFSCAR, Brasil.

2010 - 2010

MicroRNAs e Câncer: Atualizações. (Carga horária: 3h). , Sociedade Brasileira de Genética, SBG, Brasil.

2009 - 2009

I Curso de Toxicologia Forense. (Carga horária: 8h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

2009 - 2009

I Ciclo de Palestras sobre Ética na Experimentação. (Carga horária: 4h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

2008 - 2009

Extensão universitária em Treinamento de Técnicas Laboratoriais - Imunologia. (Carga horária: 600h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

2008 - 2008

Q-PCR:Aplicações e Soluções da Extração à Detecção. (Carga horária: 12h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

2008 - 2008

III Curso: Introdução à Biologia Molecular. (Carga horária: 40h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

2008 - 2008

I Curso de Formação Política da Biologia. (Carga horária: 50h). , Universidade Estadual de Londrina, UEL, Brasil.

Idiomas

Bandeira representando o idioma Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

Bandeira representando o idioma Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioquímica.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica.

Participação em eventos

RAPIDATA. 2016. (Outra).

Latin American Summit meeting on Biological Crystallography and Complementary Methods a.Three-dimensional structure determination of the catalytic domain of PlpD, a virulence factor in Pseudomonas aeruginosa. 2014. (Simpósio).

Congresso Brasileiro de Microbiologia. Cristalização e estudos preliminares da estrutura tridimensional do domínio catalítico do fator de virulência PlpD de Pseudomonas aeruginosa. 2013. (Congresso).

Workshop on Drug Design and Neglected Tropical Diseasess. 2013. (Simpósio).

10th International congress on Cell Biology. Leishmania amazonensis Rbp38 is probably involved in DNA damage response in the nucleus and in the kinetoplast. 2012. (Congresso).

10th International congress on Cell Biology. STUDYING THE INTERACTIONS BETWEEN Leishmania amazonensis TTAGGG REPEAT BINDING FACTOR (LaTRF) AND ITS POSSIBLE PARTNERS. 2012. (Congresso).

XI Workshop de Genética. 2011. (Simpósio).

XXVII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology. Testing of Leishmania Amazonensis Telomerase Activity Using a Nonisotopic PCR-Based Assay. 2011. (Congresso).

56° Congresso Brasileiro de Genética. Building up the Leishmania spp. telomeric complex: A preliminary view. 2010. (Congresso).

QIAday. 2010. (Seminário).

IX Workshop de Genética. 2009. (Simpósio).

XII Semana da Bio. 2008. (Encontro).

Comissão julgadora das bancas

Daniel Maragno Trindade

Dessen, A.Zeri, ACMTrindade, Daniel M.. Determinação da estrutura tridimensional do fator de virulência PlpD de Pseudomonas aeruginosa. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Marcio Vinicius Bertacine Dias

Dessen A; Zeri, A C M;DIAS, M. V. B.. Determinação da estrutura tridimensional do domínio catalítico do fator de virulência plpD de Pseudomonas aeruginosa. 2014. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Marcio Vinicius Bertacine Dias

BROCCHI, M.; ARRUDA, P.;DIAS, M. V. B.. Identificação e caracterização estrutural de novos compostos inibidores de PBPs. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Marcio Vinicius Bertacine Dias

LEME, A. F. P.;DIAS, M. V. B.; BROCCHI, M.. Determinação da estrutura tridimensional do domínio catalítico do fator de virulência plpD de Pseudomonas aeruginosa. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

JULIANA FERREIRA DE OLIVEIRA

GODOI, P. H. C.;Zeri, Ana Carolina; MERCALDI, G. F.;DE OLIVEIRA, J. F.. Identificação e caracterização estrutural de novos compostos inibidores de PBPs. 2019. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Gustavo Fernando Mercaldi

DESSEN, A; GODOI, P. H. C.;ZERI, A. C.MERCALDI, G. F.; OLIVEIRA, J. F.. Identificação e caracterização estrutural de novos compostos inibidores de PBPs. 2019. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Foi orientado por

David Neves

Determinação da estrutura tridimensional do domínio catalítico do fator de virulência PlpD de Pseudomonas aeruginosa; 2014; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Coorientador: David Neves;

Silvio Luis de Oliveira

Iniciação científica (treinamento extracurricular) nas áreas de Imunologia e de Biotério; 2008; Iniciação Científica; (Graduando em Ciencias Biológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho; Orientador: Silvio Luis de Oliveira;

Maria Isabel Nogueira Cano

Verificação da atividade de telomerase de formas promastigotas de L; amazonensis frente ao peróxido de hidrogênio; ; 2010; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Maria Isabel Nogueira Cano;

Andrea Dessen de Souza e Silva

Determinacao da estrutura tridimensional do dominio catalitico do fator de virulencia PlpD de Pseudomonas aeruginosa; 2014; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Andrea Dessen de Souza e Silva;

Produções bibliográficas

  • DA MATA MADEIRA, PAULO VINICIUS ; ZOUHIR, SAMIRA ; BASSO, PAULINE ; NEVES, DAVID ; LAUBIER, AURÉLIE ; SALACHA, RICHARD ; BLEVES, SOPHIE ; FAUDRY, ERIC ; CONTRERAS-MARTEL, CARLOS ; DESSEN, ANDRÉA . Structural Basis of Lipid Targeting and Destruction by the Type V Secretion System of Pseudomonas aeruginosa. Journal of Molecular Biology , v. 428, p. 1790-1803, 2016.

  • MADEIRA, P. V. M. ; NEVES, D. ; Contreras-Martel., C. ; DESSEN, A. . Three-dimensional structure determination of the catalytic domain of PlpD, a virulence factor in Pseudomonas aeruginosa. 2014. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

  • MADEIRA, P. V. M. ; NEVES, D. ; MIYACHIRO, M. M. ; DESSEN, A. . CRISTALIZAÇÃO E ESTUDOS PRELIMINARES DA ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL DO DOMÍNIO CATALÍTICO DO FATOR DE VIRULÊNCIA PLPD DE PSEUDOMONAS AERUGINOSA. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • RIBEIRO, J. A. ; GONCALVES, D. D. ; PEREZ, A. M. ; MADEIRA, P. V. M. ; da Silva, M.S ; Cano, M.I.N . STUDYING THE INTERACTIONS BETWEEN Leishmania amazonensis TTAGGG REPEAT BINDING FACTOR (LaTRF) AND ITS POSSIBLE PARTNERS. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • PEREZ, A. M. ; da Silva, M.S ; MADEIRA, P. V. M. ; SOUZA, B. M. ; da Cunha, J.P.C ; Cano, M.I.N . Leishmania amazonensis Rbp38 is probably involved in DNA damage response in the nucleus and in the kinetoplast.. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • MADEIRA, P. V. M. ; PEREZ, A. M. ; Cano, M.I.N . Testing of Leishmania Amazonensia Telomerase Activity Using a Nonisotopic PCR-Based Assay. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

Projetos de pesquisa

  • 2014 - Atual

    Identificação e caracterização estrutural de novos compostos inibidores de PBPs, Descrição: Segundo a Organização Mundial de Saúde doenças infecciosas são a segunda principal causa de morte no mundo. Essas doenças são causadas por micro-organismos patogênicos que apresentam mecanismos específicos de modo a aumentar o sucesso do processo infectivo e sobrevivência no ambiente hospedeiro. Historicamente patógenos bacterianos têm sido combatidos através do uso de antibióticos que inibem vias metabólicas ou processos bacterianos vitais à sua sobrevivência e replicação. O peptidoglicano, uma importante estrutura, presente na parede celular de praticamente todas as Eubacterias confere rigidez e forma a essas bactérias além de ser importante em processos como divisão, crescimento e proteção contra osmólise. Desse modo o peptidoglicano apresenta-se como um importante alvo antibacteriano e o mecanismo de inibição de sua síntese é o alvo de uma grande classe de antibióticos utilizados à décadas com grande sucesso. O principal grupo desta classe são os compostos beta-lactâmicos como a penicilina que, devido a semelhança estrutural com o substrato natural das proteínas PBPs (Penicillin Binding Proteins), são capazes de se ligar ao sítio ativo dessas proteínas. O mecanismo de inibição ocorre através da ligação covalente do anel beta-lactâmico ao domínio conservado PB (Penicillin Binding) das proteínas PBPs, inibindo a atividade dessas proteínas essencial na última etapa da síntese do peptidoglicano. Devido ao sucesso bactericida compostos beta-lactâmicos, como a penicilina, têm sido utilizados hà mais de 60 anos. As bactérias podem superar a ação de antibióticos através de diferentes formas, atualmente sabe-se que 25% de todas as linhagens invasivas de S. pneumoniae são resistentes à penicilina, principalmente devido à alterações estruturais no domínio PB das proteínas PBPs que impede a ligação dos compostos antibacterianos atualmente utilizados.Sendo assim, buscas por novos compostos que possam utilizar esse mesmo importante mecanismo de inibição têm sido incentivadas em todo o mundo. Os Compostos naturais trazem uma grande diversidade química, incluindo substâncias inéditas, servindo como ótimos protótipos para o desenvolvimento de novos fármacos. Diante disso, este trabalho tem por objetivo utilizar algumas bibliotecas comerciais bem como bibliotecas recém montadas com compostos naturais inéditos para testes na platafora de High Throughput Screening do Laboratorio Nacional de Biociências (LNBio) de modo à encontrar novos compostos ligantes ao domínio PB que poderão ser utilizados como ponto de partida para o desenho racional de novos fármacos, uma vez que também será realizada a determinação estrutural da proteína PBP na presença do ligante através de cristalografia de raios X.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Paulo Vinicius da Mata Madeira - Coordenador / Andrea Dessen de Souza e Silva Weissenhorn - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

  • 2012 - 2014

    Determinação da estrutura tridimensional do domínio catalítico do fator de Virulência PlpD de Pseudomonas Aeruginosa, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Paulo Vinicius da Mata Madeira - Coordenador / Andrea Dessen - Integrante / David Neves - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

  • 2011 - 2012

    Verificação de possíveis alterações na atividade de telomerase de formas promastigotas de Leishmania (L.) amazonensis frente ao tratamento com peróxido de hidrogênio, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Paulo Vinicius da Mata Madeira - Integrante / Maria Isabel Nogueira Cano - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa., Número de produções C, T & A: 1

Histórico profissional

Endereço profissional

  • Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, Laboratório Nacional de Biociências. , Rua Giuseppe Máximo Scolfaro, 10.000, Polo II de Alta Tecnologia, 13083970 - Campinas, SP - Brasil - Caixa-postal: 6192, Telefone: (19) 35121004

Experiência profissional

2012 - 2014

Universidade Estadual de Campinas

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Mestrando, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

2012 - 2014

Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Aluno de Mestrado, Regime: Dedicação exclusiva.

2010 - 2011

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho

Vínculo: Estagiário I.C, Enquadramento Funcional: Estagiário I.C, Carga horária: 24, Regime: Dedicação exclusiva.