Hugo Rody Vianna Silva

Graduado em Farmácia pela Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Alegre (2006). Possui Especialização em Farmacologia Básica e Clínica pela Universidade Federal do Espírito Santo (2008), Mestrado em Bioquímica Agrícola pela Universidade Federal de Viçosa (2012), e Doutorado em Bioquímica Aplicada pela Universidade Federal de Viçosa (2016), tendo realizado parte da pesquisa de doutorado na University of British Columbia (Canada). Tem experiência em bioinformática, genômica, e evolução. Atualmente é pesquisador de Pós-doutorado na Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz", Universidade de São Paulo.

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Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em Bioquímica Aplicada

2012 - 2016

Universidade Federal de Viçosa
Título: Destino evolutivo de genes duplicados em plantas
Orientador: em University of British Columbia ( Loren H. Rieseberg)
com Luiz Orlando de Oliveira. Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.

Mestrado em Bioquimica Agricola

2010 - 2012

Universidade Federal de Viçosa
Título: Prospecção Fitoquímica e Avaliação das Ações Mutagênica, Genotóxica e Antioxidante de Figueiras Brasileiras - Ficus Subg. Pharmacosycea (Miq.) Miq.,Ano de Obtenção: 2012
João Paulo Viana Leite.Coorientador: Luciano Gomes Fietto. Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Grande área: Ciências da SaúdeGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Farmacologia / Subárea: Etnofarmacologia. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.

Especialização em Farmacologia Básica e Clínica

2008 - 2009

Universidade Federal do Espírito Santo
Título: Estudo comparativo entre resposta terapêutica e limitações de uso dos agentes antifúngicos fluconazol e micafugina em infecções por cândida albicans
Orientador: Leticia Batista Azevedo Rangel

Graduação em Farmácia - Generalista

2003 - 2006

Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Alegre
Título: Erros de Medicação
Orientador: Carlos Eduardo Faria Ferreira

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Pós-doutorado

2018

Pós-Doutorado. , Universidade de São Paulo, USP, Brasil. , Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biotecnologia / Subárea: Biotecnologia Vegetal / Especialidade: Melhoramento de Plantas. , Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Interação Planta-Patógeno.

2016 - 2018

Pós-Doutorado. , Universidade Federal de São Paulo, UNIFESP, Brasil. , Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral / Subárea: Evolução Molecular. , Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biotecnologia / Subárea: Biotecnologia Vegetal / Especialidade: Melhoramento de Plantas.

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Formação complementar

2018 - 2018

Network analysis and visualization with Cytoscape and STRING. (Carga horária: 2h). , Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.

2016 - 2016

Differential time-dependent pathway expression using ticone. (Carga horária: 1h). , Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.

2016 - 2016

Identification of differentially methylated regions using dimmer. (Carga horária: 1h). , Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.

2015 - 2015

Análise de dados de RNA-Seq usando o Galaxy. (Carga horária: 15h). , Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Informática, EMBRAPA, Brasil.

2015 - 2015

Current methodologies in transcriptome analysis. (Carga horária: 3h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2015 - 2015

Python for Genomic Data Science. , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.

2014 - 2014

Bioinformatic Methods I. , University of Toronto, UTORONTO, Canadá.

2013 - 2013

Modelagem Molecular de Proteínas. (Carga horária: 20h). , Universidade Federal de Viçosa, UFV, Brasil.

2013 - 2013

Workshop Intensivo Publicase: escrevendo artigo. (Carga horária: 40h). , Universidade Federal de Viçosa, UFV, Brasil.

2013 - 2013

Como Elaborar Artigo Científico Médico-Biológico. (Carga horária: 16h). , Universidade Federal de Viçosa, UFV, Brasil.

2012 - 2012

Introdução ao Perl com Aplicações em Bioinformátic. (Carga horária: 8h). , Universidade Federal de Viçosa, UFV, Brasil.

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Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Espanhol

Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.

Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

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Áreas de atuação

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral / Subárea: BIOINFORMÁTICA.

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral / Subárea: Evolução Molecular.

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica.

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral / Subárea: Mutagenese.

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Organização de eventos

COSTA, E. A. ; AONO, A. H. ; NAGAI, J. S. ; KUROSHU, R. M. ; RODY, H. V. S. . II Curso de Inverno em Bioinformática. 2018. (Outro).

COSTA, E. A. ; RODY, H. V. S. ; KUROSHU, R. M. ; AONO, A. H. ; NAGAI, J. S. ; SIMOES, F. F. R. ; SOUZA, K. K. W. ; SATO, T. A. ; OKIMOTO, L. C. ; FERNANDES, P. C. . Curso de Inverno em Bioinformática: Workshop. 2017. (Outro).

BRAUNA, R. C. A. ; COELHO, E. M. S. ; CASTRO, M. G. ; SILVA, H. R. V. ; AFONSO, J. V. ; DUTRA, T. H. ; MUGGLER, C. C. ; BIFANO, A. C. S. ; SILVA, F. A. P. . Comissão Coordenadora do Simpósio de Integração Acadêmica - SIA/UFV. 2012. (Outro).

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Participação em eventos

X-Meeting 2017 - 13th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C). 2017. (Congresso).

X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C). 2016. (Congresso).

X-Meeting 2015 - 11th International Conference of AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics. 2015. (Congresso).

Diversidade e Acessibilidade no Ensino Superior. 2012. (Seminário).

O currículo: a prescrição e a prática docente. 2012. (Seminário).

VI Reunião Brasileira Sobre Indução de Resistência em Plantas a Patógenos. 2012. (Outra).

I Simpósio em Bioquímica Agrícola. 2011. (Simpósio).

VI Semana de Estudos Farmacêuticos. 2006. (Encontro).

IV Semana de Estudos Farmacêuticos. 2004. (Encontro).

III Semana de Estudos Farmacêuticos. 2003. (Encontro).

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Participação em bancas

Aluno: Lilian Cardoso de Paiva

RODY, HUGO V. S.; MENDES, T. A. O.; SANTANA, M. F.; SILVEIRA, W. B.. Genomic and Expression Analysis of the Lactose Transporter from Kluyveromyces marxianus CCT 7735. 2017. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agrícola) - Universidade Federal de Viçosa.

Aluno: Rafaela Zandonade Ventorim

GUIMARAES, V. M.; MENDES, T. A. O.; BRESSAN, G. C.;RODY, H. V. S.; ALMEIDA, M. N.. Aumento da estabilidade térmica da xilanase (XynA) de Orpinomyces sp. PC-2 por desenho racional. 2017. Tese (Doutorado em Bioquímica Aplicada) - Universidade Federal de Viçosa.

Aluno: Guilherme Kenichi Hosaka

RODY, H. V. S.; LABATE, C. A.; VICENTINI, R.. Evaluation of differential gene expression related to sugar accumulation in genotypes of the genus Saccharum. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em BIOENERGIA USP, UNICAMP E UNESP) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Alisson Andrade Almeida

LEITE, J. P. V.; QUEIROZ, J. H.;SILVA, H. R. V.. Estudo fitoquímico de extrato lipofílico de castanhas de sapucaia (Lecythis pisonis Camb.). 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bioquímica) - Universidade Federal de Viçosa.

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Comissão julgadora das bancas

Maximiller Dal-Bianco Lamas Costa

COSTA, Maximiller Dal-Bianco Lamas ou COSTA, MDL ou Dal-Bianco, MFietto, Luciano Gomes; Fietto, J.L.R.; Oliveira, LL; ORTEGA, J. M.. X. 2016. Tese (Doutorado em Ciências Agrárias (Fisiologia Vegetal)) - Universidade Federal de Viçosa.

Leandro Licursi de Oliveira

LEITE, J. P. V.;FIETTO, L. G.OLIVEIRA, L. L.. Prospecção Fitoquímica e Avaliação das Ações Mutagênica, Genotóxica e Antioxidante de Figueiras Brasileiras- Ficus subg. Pharmacosycea (Miq.) Miq.. 2012. Dissertação (Mestrado em Bioquimica Agricola) - Universidade Federal de Viçosa.

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Foi orientado por

Luiz Orlando de Oliveira

Destino evolutivo de genes duplicados em plantas; 2016; Tese (Doutorado em Bioquimica Agricola) - Universidade Federal de Viçosa, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Luiz Orlando de Oliveira;

Virginia Ramos Pizziolo

Avaliação mutagência, genotóxica,antioxidante e prospecção fitoquímica de figueiras brasileiras(Ficus subg; Phamacosycea(Miq; ) Miq; ; 2012; Dissertação (Mestrado em Bioquimica Agricola) - Universidade Federal de Viçosa, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Virgínia Ramos Pizziolo;

Reginaldo Massanobu Kuroshu

2016; Universidade Federal de São Paulo,; Reginaldo Massanobu Kuroshu;

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Produções bibliográficas

  • SILVEIRA, THAMYRES CARDOSO DA ; MARTINS, MÁRCIO LACERDA LOPES ; RODY, HUGO VIANNA SILVA ; OLIVEIRA, LUIZ ORLANDO DE . Evolutionary history of Manihot carthagenensis (Euphorbiaceae) and allied species in eastern South America. MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION , v. 132, p. 207-218, 2019.

  • RODY, HUGO VIANNA SILVA ; GONTIJO, DOUGLAS DA COSTA ; COELHO, VICTOR PEÇANHA DE MIRANDA ; VENTRELLA, MARÍLIA CONTIN ; PÁDUA, RODRIGO MAIA DE ; FIETTO, LUCIANO GOMES ; LEITE, JOÃO PAULO VIANA . Mutagenic activity and chemical composition of phenolic-rich extracts of leaves from two species of medicinal plants. JOURNAL OF TOXICOLOGY AND ENVIRONMENTAL HEALTH-PART A-CURRENT ISSUES , v. 00, p. 1-12, 2018.

  • RODY, HUGO V. S. ; BAUTE, GREGORY J. ; RIESEBERG, LOREN H. ; OLIVEIRA, LUIZ O. . Both mechanism and age of duplications contribute to biased gene retention patterns in plants. BMC Genomics , v. 18, p. 46, 2017.

  • VIANNA SILVA RODY, HUGO ; ORLANDO DE OLIVEIRA, LUIZ . Evolutionary history of the cobalamin-independent methionine synthase gene family across the land plants. MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION , v. 120, p. 33-42, 2017.

  • MANGARAVITE, E. ; VINSON, C. C. ; RODY, H. V. S. ; GARCIA, M. G. ; CARNIELLO, M. A. ; SILVA, R. S. ; OLIVEIRA, L. O. . Contemporary patterns of genetic diversity of cedrela fissilis offer insight into the shaping of seasonal forests in eastern South America. American Journal of Botany , v. 103, p. 1-10, 2016.

  • AONO, A. H. ; RODY, HUGO V. S. ; MUSA, D. L. ; PEREIRA, V. A. ; ALMEIDA, J. . A Utilização do Scratch como Ferramenta no Ensino de Pensamento Computacional para Crianças. In: XXXVII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, 2017, São Paulo (SP). Anais do XXXVII congresso da sociedade brasileira de computação : #ComputaçãoParaTudoeParaTod*s. São Paulo (SP): Sociedade Brasileira de Computação, 2017. v. 37. p. 2169-2178.

  • AONO, A. H. ; NAGAI, J. S. ; RODY, H. V. S. ; COSTA, E. A. ; CESPEDES, J. G. . Ferramenta Web para Análise Estatı́stica de Genética de Populações. In: Anais da 62a Reunião Anual da Região Brasileira da Sociedade Internacional de Biometria (RBras) e 170 Simpósio de Estatística Aplicada à Experimentação Agronômica, 2017, Lavras. Desafios Recorrentes da Estatística Aplicada: a Informação em Tempos de Big Data, 2017.

  • RODY, HUGO V. S. ; TEIXEIRA-SILVA, N. S. ; SCHAKER, P. D. C. ; BINI, A. P. ; CARVALHO, G. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. . Integration of Metabolic Networks and Transcriptomic Data to Unravel Mechanisms of Sugarcane Smut Disease. 2019. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • FERREIRA, M. ; CRESTANA, G. S. ; RODY, H. V. S. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. . Aplicação de técnicas de sequenciamento e análise de sequências de DNA e proteínas à interação planta-patógeno. 2019. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

  • SANTOS, C. P. ; BENEVENUTO, J. ; RODY, H. V. S. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. . Mobilome of Ustilago hordei: Insights into transposable elements and their association with effector candidate genes. 2019. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • SILVEIRA, T. C. ; MARTINS, M. L. L. ; RODY, H. V. S. ; OLIVEIRA, L. O. . Molecular phylogeny and systematic of the Manihot carthagenensis complex (Euphorbiaceae). 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • RODY, H. V. S. ; TEIXEIRA-SILVA, N. S. ; SCHAKER, P. D. C. ; BINI, A. P. ; SEHGAL, D. ; CARVALHO, G. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. . RNAseq Transcriptional Profiling and Metabolic Networks to Unravel Mechanisms of Sugarcane Smut Disease. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • SEHGAL, D. ; RODY, H. V. S. ; TEIXEIRA-SILVA, N. S. ; SCHAKER, P. D. C. ; BINI, A. P. ; CARVALHO, G. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. . Unraveling the accomplices in development of sugarcane smut whip. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • AONO, A. H. ; COSTA, E. A. ; RODY, H. V. S. ; NAGAI, J. S. ; SOUZA, A. P. ; KUROSHU, R. M. . Identificação e Caracterização Funcional de SNPs em uma População de Mapemamento de Cana-de-açúcar. 2018. (Apresentação de Trabalho/Outra).

  • RODY, H. V. S. ; SILVEIRA, THAMYRES CARDOSO DA ; ORLANDO DE OLIVEIRA, LUIZ . Desenvolvimento de primers para o gene nuclear da tubulina em Manihot Mill. (Euphorbiaceae). 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • AONO, A. H. ; RODY, H. V. S. ; MUSA, D. L. ; PEREIRA, V. A. ; ALMEIDA, J. . A Utilização do Scratch como Ferramenta no Ensino de Pensamento Computacional para Crianças. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • RODY, HUGO V. S. ; COSTA, E. A. . Genômica da cana-de-açúcar: Desafios e Resultados. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • RODY, HUGO V. S. ; BAUTE, GREGORY J. ; RIESEBERG, LOREN H. ; OLIVEIRA, L. O. . Both mechanism and age of duplications contribute to biased gene retention patterns in plants. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • NAGAI, J. S. ; RODY, HUGO V. S. ; COSTA, E. A. ; AONO, A. H. ; KUROSHU, R. M. . CINDEX: a software for protein ranking through network modeling based on graph theory. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • COSTA, E. A. ; AONO, A. H. ; RODY, H. V. S. ; NAGAI, J. S. ; SOUZA, A. P. ; KUROSHU, R. M. . Ploidy level analysis of functional SNPs from GBS data in a sugarcane map population. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • AONO, A. H. ; NAGAI, J. S. ; COSTA, E. A. ; RODY, H. V. S. ; SANTOS, F. R. C. ; SOUZA, A. P. ; KUROSHU, R. M. . Preliminary association of putative GBS-based SNPs with brown rust resistance phenotypes in a sugarcane map population using GWAS and machine learning methods. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • SILVEIRA, T. C. ; MARTINS, M. L. L. ; RODY, H. V. S. ; OLIVEIRA, L. O. . Elucidating the Manihot carthagenensis species complex. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • NAGAI, J. S. ; RODY, H. V. S. ; COSTA, E. A. ; AONO, A. H. ; SOUZA, A. P. ; KUROSHU, R. M. . GBS data from a population of modern sugarcane variety reveals duplicate genes retained by breeding process. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • TAVARES, M. P. ; MENDES, T. A. O. ; MORGAN, T. ; DUTRA, T. R. ; RODY, H. V. S. ; GUIMARAES, V. M. . In silico prediction of auxiliary activity enzymes secreted by the fungus Chrysoporthe cubensis. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • AONO, A. H. ; COSTA, E. A. ; NAGAI, J. S. ; RODY, H. V. S. ; SOUZA, A. P. ; KUROSHU, R. M. . Preliminary analysis of functional SNPs mining from GBS data using GATK in a sugarcane map population. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • RODY, H. V. S. ; COSTA, E. A. ; AONO, A. H. . Por que sequenciar um genoma? Os desafios biocomputacionais.. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SILVA, H. R. V. ; OLIVEIRA, L. O. . The Fate of Duplicated Genes of Cobalamin-Independent Methionine Synthase in Wild and Domesticated Soybeans (Glycine max L.). 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • SILVA, H. R. V. ; SIMAO, M. V. R. C. ; ALMEIDA, A. A. ; FERNANDES, I. G. ; ESCUDEIRO, M. C. ; SILVA, A. F. ; LEITE, J. P. V. . MAPA Platform: Computational management system for pharmaceutical bioprospecting research in forest environment. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • ROSADO, G. L. ; RODY, HUGO V. S. ; RIBEIRO, C. A. A. S. ; SIMAO, M. V. R. C. ; LEITE, J. P. V. . Computerized system of georeferencing and access to biodiversity with application in the search for bioactive natural products for medicine and agriculture. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • COELHO, V. P. M. ; VENTRELLA, M. C. ; GARBIN, Carolina Z. ; RODY, H. V. S. ; LEITE, J. P. V. . Anatomia, Histoquímica e Prospecção Fitoquímica das Folhas de Ficus obtusiuscula Miq. (Miq.) (Moraceae). 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • GONTIJO, D. C. ; SILVA, H. R. V. ; INOUE, Flavia Andrade ; DIAZ, M. A. N. ; LEITE, J. P. V. . Phenolic compounds and antioxidant activity in vitro of Miconia latecrenata (DC.) NAUDIN. leaves. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • SILVA, H. R. V. ; GONTIJO, D. C. ; LEITE, J. P. V. ; COELHO, V. P. M. ; VENTRELLA, M. C. ; LIMA, S. . Antioxidant activity and total phenolic compounds of Ficus nevesiae leaves. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

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Outras produções

NAGAI, J. S. ; RODY, HUGO V. S. ; KUROSHU, R. M. . CINDEX: a software for protein ranking through network modeling based on graph theory. 2017.

LEITE, J. P. V. ; RODY, H. V. S. . MAPA Platform: Computational management system for pharmaceutical bioprospecting research in forest environment. 2011.

RODY, H. V. S. . GitHub. 2017. (Site).

SILVA, H. R. V. . Rody Bioinformatics. 2014. (Blog).

RODY, HUGO V. S. . Genética, Genômica e Bioinformática. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

AONO, A. H. ; NAGAI, J. S. ; RODY, HUGO V. S. ; SATO, T. A. ; KUROSHU, R. M. . Introdução à Utilização da Linha de Comando em Linux e Ferramentas para Análise de Dados de Sequenciamento Genômico. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

RODY, H. V. S. ; ALMEIDA JUNIOR, J. G. ; AONO, A. H. . Curso de Introdução ao Pensamento Computacional com o Uso de Jogos Educativos. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

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Projetos de pesquisa

  • 2017 - Atual

    Aplicação de medidas de centralidade em grafos para o ranqueamento de proteínas, Descrição: Objetiva a aplicação de métricas de centralidade e análise de redes metabólicas para o ranqueamento de proteínas.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Hugo Rody Vianna Silva - Integrante / James Shiniti Nagai - Integrante / Reginaldo Massanobu Kuroshu - Coordenador.

  • 2016 - Atual

    Retenção tendenciosa de genes duplicados e o vigor híbrido da cana-de-açúcar, Descrição: Normalmente, locos parálogos são filtrados dos dados de GBS e assim, analisar variação alélica em plantas poliplóides ou que apresentam grande número de parálogos originados por eventos de duplicação em menor escala ? ex. tandem e transposição ?, pode gerar falsa genotipagem heterozigota. Esses problemas são causados porque devido à alta porcentagem de identidade entre sequências de parálogos, reads de GBS podem ser mapeados diversas vezes em regiões diferentes (multi-mapped reads), confundindo diferença alélica com genes duplicados. Neste projeto, objetivamos superar o problema dos multi-mapped reads e, ao invés de filtrá-los, utilizá-los para estudar o efeito aditivo e não aditivo dos genes duplicados em cana-de-açúcar.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Hugo Rody Vianna Silva - Integrante / James Shiniti Nagai - Integrante / Estela Araujo Costa - Integrante / Alexandre Hild Aono - Integrante / Reginaldo Massanobu Kuroshu - Coordenador.

  • 2016 - Atual

    Padrão de expressão de genes candidatos a RGAs em cana-de-açúcar durante a infecção com vários patógenos, Descrição: Durante o curso da investigação do patosistema carvão-cana-de-açúcar usando uma abordagem transcriptômica, os análogos de genes de resistência foram identificados como diferencialmente expressos (Schaker et al., 2016). Uma análise detalhada revelou que alguns desses genes são candidatos fortes para serem associados ao estabelecimento da doença na cana-de-açúcar. Este trabalho anterior forneceu um conjunto de seqüências PacBio de transcritos completos de cana-de-açúcar e um segundo conjunto de transcritos de comprimento curto obtidos pelo seqüenciamento de Illumina. O presente projeto é desenvolver um banco de dados contendo uma combinação desses dados de seqüenciamento combinando Illumina e PacBio seqüenciados para definir melhor um conjunto de transcritos de cana-de-açúcar usando a variedade 'RB925345' como modelo. Os dados serão então usados para pesquisar potenciais cópias e / ou alelos de RGAs. Os resultados serão validados usando técnicas de qPCR para identificar o número de cópias de genes e também fornecer um perfil de expressão de cada RGAs quando a planta é desafiada com diferentes agentes patogênicos (Sporisorium scitaminuem, Leifsonia xyli, Xanthomonas albilineans) e endófitos (Gluconacetobacer). Perguntas que serão respondidas: 1) Existe uma combinação específica de expressão de RGAs para cada detecção de patógenos? 2) Existe um caminho comum em relação à expressão RGA? 3) Existem diferenças entre a expressão de RGAs em variedades de cana-de-açúcar conhecidas como suscetíveis ou resistentes à queda ou apresentando resistência intermediária.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Hugo Rody Vianna Silva - Coordenador / Claudia Barros Monteiro Vitorello - Integrante / Marie-Anne Van Sluys - Integrante.

  • 2012 - 2016

    Efeito de domesticação sobre o destino evolutivo de genes duplicados em soja (Glycine max L.), Descrição: Avaliar o efeito de domesticação (seleção artificial) sobre o destino evolutivo dos genes duplicados, utilizando dados de sequenciamento de nova geração de 18 variedades de sojas selvagens e de 14 cultivares. O projeto objetiva responder às seguintes perguntas: 1) Quais as diferenças nos padrões de polimorfismos dos genes duplicados de sojas selvagens e cultivadas? Quais parálogos estão sob forte seleção purficadora ou seleção positiva? O intenso processo de domesticação foi capaz de influenciar o destino evolutivo dos genes duplicados de soja?. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Hugo Rody Vianna Silva - Integrante / Luiz Orlando de Oliveira - Coordenador.

  • 2012 - Atual

    Mapa Platform: sistema computacional para bioprospecção farmacêutica em florestas, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . , Integrantes: Hugo Rody Vianna Silva - Integrante / João Paulo Vianna Leite - Coordenador / Gustavo Leão Rosado - Integrante / Maria Goreti de Almeida Oliveira - Integrante / Carlos Antônio Álvares Soares Ribeiro - Integrante / Andreza Viana Neri - Integrante.

  • 2010 - 2012

    Estudos etnobotânicos, taxonômicos, anatômicos, fitoquímicos, farmacológicos e agronômicos de figueiras brasileiras (Ficus subg. Pharmacosycea (Miq.) Miq.), Descrição: Propõe-se estudar espécies do gênero Ficus subg. Pharmacosycea (Miq.) Miq. (Moraceae) com o objetivo de responder as seguintes questões: Quais espécies de Pharmacosycea são usadas na medicina popular? Para qual finalidade e como são utilizadas? Quais os táxons atualmente válidos de Pharmacosycea? E qual sua distribuição geográfica? O estudo anatômico de folhas e cascas poderá corroborar com a taxonomia do grupo? A caracterização estrutural, histoquímica e ultra-estrutural de laticíferos nas espécies com maior potencial medicinal pode auxiliar no entendimento do processo de secreção? Quais são as principais classes de produtos naturais existentes nessas plantas? Existem perfis cromatográficos dessas espécies que permitam identificá-las? Como essas substâncias estão distribuídas qualitativamente e quantitativamente nos diferentes órgãos de uso comum? Quais espécies de Pharmacosycea possuem atividade biológica relacionada com o uso pela população? Essas substâncias podem trazer algum dano à saúde (toxicidade)? Os metabólitos secundários extraídos de espécies de Pharmacosycea podem atuar no controle de nematóides? Quais técnicas de propagação convencional ou in vitro seriam mais adequadas para as espécies selecionadas?. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (8) / Doutorado: (4) . , Integrantes: Hugo Rody Vianna Silva - Integrante / João Paulo Vianna Leite - Integrante / Victor Peçanha de Miranda Coelho - Integrante / Marília Contin Ventrella - Coordenador., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.

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Prêmios

2017

Menção honrosa ao artigo "A Utilização do Scratch como Ferramenta no Ensino de Pensamento Computacional para Crianças", XXXVII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação.

Histórico profissional

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Endereço profissional

  • Universidade de São Paulo, Campus Luiz de Queiroz. , ESALQ - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Centro, 13418900 - Piracicaba, SP - Brasil, Telefone: (19) 34294100, URL da Homepage:

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Experiência profissional

  • 2016 - 2018

    Universidade Federal de São Paulo

    Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pesquisador de Pós-doutorado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

  • 2016 - Atual

    Universidade de São Paulo

    Vínculo: , Enquadramento Funcional:

  • 2012 - 2016

    Universidade Federal de Viçosa

    Vínculo: Estudante de Doutorado, Enquadramento Funcional: Estudante, Regime: Dedicação exclusiva.

  • 2010 - 2012

    Universidade Federal de Viçosa

    Vínculo: Estudante de Mestrado, Enquadramento Funcional: Estudante, Regime: Dedicação exclusiva.

    Atividades

    • 02/2012 - 02/2016

      Pesquisa e desenvolvimento , Departamento de Biquímica e Biologia Molecular, .,Linhas de pesquisa

    • 01/2012 - 01/2013

      Conselhos, Comissões e Consultoria, Associação de Pós-Graduandos, .,Cargo ou função, Coordenador Acadêmico.

    • 03/2010 - 02/2012

      Pesquisa e desenvolvimento , Departamento de Biquímica e Biologia Molecular, .,Linhas de pesquisa

  • 2006 - 2006

    Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Alegre

    Vínculo: Monitor, Enquadramento Funcional: Monitor de Informática, Carga horária: 25

  • 2007 - 2009

    BARBOSA E MENDONÇA LTDA

    Vínculo: Responsável Técnico, Enquadramento Funcional: Farmacêutico, Carga horária: 45

    Outras informações:
    Atividades desenvolvidas: atenção farmacêutica, aplicação de injetáveis, aferição de pressão arterial, dispensação e controle de medicamentos de controle especial, acompanhamento da terapêutica de pacientes hipertensos e diabéticos, acompanhamento da área administrativa, econômica e de estoque da drogaria.

  • 2008 - 2008

    Escola Estadual de Ensino Fundamental e Médio ?Aristeu Aguiar?

    Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor por Designação Temporária, Carga horária: 17

    Outras informações:
    Disciplinas: Química Geral Turmas: II, III e IV Módulos do EJA (Ensino de Jovens e Adultos) 1º, 2º e 3º anos do Ensino Médio

  • 2015 - Atual

    Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional

    Vínculo: Membro associado, Enquadramento Funcional: Membro associado

  • 2016 - 2016

    Faculdade Anhanguera de São José dos Campos

    Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor do curso de Farmácia, Carga horária: 4

  • 2016 - 2016

    Faculdade Anhanguera de São José dos Campos

    Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Coordendor do Curso de Farmácia, Carga horária: 5

  • 2017 - 2018

    Instituto de Pesquisas e Educação Continuada Economia e Gestão de Empresas

    Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Orientador de Cursos MBA USP/ESALQ, Carga horária: 4