Jimmy Esneider Rodriguez Murillo

Pós-doutorado

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Organização de eventos

Participação em eventos

Comissão julgadora das bancas

Foi orientado por

Produções bibliográficas

• MARTINS, MICHELE ; RAMOS, LUIS FELIPE COSTA ; Rodriguez J ; TORRES, ANDRÉ ; DE CARVALHO, STEPHANIE SERAFIM ; DOMONT, Gilberto Barbosa ; DE OLIVEIRA, DANIELLE MARIA PERPÉTUA ; MESQUITA, RAFAEL DIAS ; NOGUEIRA, FÁBIO CÉSAR SOUSA ; MACIEL-DE-FREITAS, RAFAEL ; JUNQUEIRA, M. . Comprehensive Quantitative Proteome Analysis of Aedes aegypti Identifies Proteins and Pathways Involved in Wolbachia pipientis and Zika Virus Interference Phenomenon. Frontiers in Physiology , v. 12, p. 199, 2021.

• SACCON, ELISA ; CHEN, XI ; MIKAELOFF, FLORA ; RODRIGUEZ, JIMMY ESNEIDER ; SZEKELY, LASZLO ; VINHAS, BEATRIZ SÁ ; KRISHNAN, SHUBA ; BYRAREDDY, SIDDAPPA N. ; FRISAN, TERESA ; VÉGVÁRI, ÁKOS ; MIRAZIMI, ALI ; NEOGI, UJJWAL ; GUPTA, SOHAM . Cell type resolved quantitative proteomics map of interferon response against SARS-CoV-2. iScience , v. 24, p. 102420, 2021.

• Goto-Silva, Livia ; MARTINS, MICHELE ; Rodriguez J ; SOUZA, LETICIA R.Q. ; VITÓRIA, GABRIELA ; OLIVEIRA, JÚLIA T. ; NASCIMENTO, JULIANA M. ; LOIOLA, ERICK CORREIA ; NOGUEIRA, FABIO C.S. ; DOMONT, GILBERTO B. ; GUIMARÃES, MARÍLIA ZALUAR P. ; TOVAR-MOLL, FERNANDA ; REHEN, STEVENS KASTRUP ; JUNQUEIRA, M. . Quantitative profiling of axonal guidance proteins during the differentiation of human neurospheres. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS , v. 1869, p. 140656, 2021.

• BETANCOURT, LAZARO HIRAM GIL, JEOVANIS KIM, YONGHYO DOMA, VIKTÓRIA ÇAK'R, U'UR SANCHEZ, ANIEL Murillo, Jimmy Rodriguez KURAS, MAGDALENA PARADA, INDIRA PLA SUGIHARA, YUTAKA APPELQVIST, ROGER WIESLANDER, ELISABET WELINDER, CHARLOTTE VELASQUEZ, ERIKA ALMEIDA, NATÁLIA PINTO WOLDMAR, NICOLE MARKO'VARGA, MATILDA PAW'OWSKI, KRZYSZTOF ERIKSSON, JONATAN SZEITZ, BEÁTA BALDETORP, BO INGVAR, CHRISTIAN OLSSON, HKAN LUNDGREN, LOTTA LINDBERG, HENRIK , et al. OSKOLAS, HENRIETT LEE, BORAM BERGE, ETHAN SJÖGREN, MARIE ERIKSSON, CARINA KIM, DASOL KWON, HO JEONG KNUDSEN, BEATRICE REZELI, MELINDA HONG, RUNYU HORVATOVICH, PETER MILIOTIS, TASSO NISHIMURA, TOSHIHIDE KATO, HARUBUMI STEINFELDER, ERIK OPPERMANN, MADALINA MILLER, KEN FLORINDI, FRANCESCO ZHOU, QIMIN DOMONT, GILBERTO B. PIZZATTI, LUICIANA NOGUEIRA, FÁBIO C. S. HORVATH, PETER SZADAI, LETICIA TÍMÁR, JÓZSEF KÁRPÁTI, SAROLTA SZÁSZ, A. MARCELL MALM, JOHAN FENYÖ, DAVID EKEDAHL, HENRIK NÉMETH, ISTVÁN BALÁZS MARKO'VARGA, GYÖRGY ; The human melanoma proteome atlas-Defining the molecular pathology. CLINICAL AND TRANSLATIONAL MEDICINE , v. 11, p. 1-20, 2021.

• KRISHNAN, SHUBA ; NORDQVIST, HAMPUS ; AMBIKAN, ANOOP T. ; GUPTA, SOHAM ; SPERK, MAIKE ; SVENSSON-AKUSJÄRVI, SARA ; MIKAELOFF, FLORA ; BENFEITAS, RUI ; SACCON, ELISA ; PONNAN, SIVASANKARAN MUNUSAMY ; RODRIGUEZ, JIMMY ESNEIDER ; NIKOUYAN, NEGIN ; ODEH, AMANI ; AHLÉN, GUSTAF ; ASGHAR, MUHAMMAD ; SÄLLBERG, MATTI ; VESTERBACKA, JAN ; NOWAK, PIOTR ; VÉGVÁRI, ÁKOS ; SÖNNERBORG, ANDERS ; TREUTIGER, CARL JOHAN ; NEOGI, UJJWAL . Metabolic perturbation associated with COVID-19 disease severity and SARS-CoV-2 replication. MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS , v. 21, p. 100159, 2021.

• VELÁSQUEZ, ERIKA ; SZEITZ, BEÁTA ; GIL, JEOVANIS ; RODRIGUEZ, JIMMY ; PALKOVITS, MIKLÓS ; RENNER, ÉVA ; HORTOBÁGYI, TIBOR ; DÖME, PÉTER ; NOGUEIRA, FÁBIO CS. ; MARKO-VARGA, GYÖRGY ; DOMONT, GILBERTO B. ; REZELI, MELINDA . Topological Dissection of Proteomic Changes Linked to the Limbic Stage of Alzheimer?s Disease. Frontiers in Immunology , v. 12, p. 1-17, 2021.

• CHEN, XI ; SACCON, ELISA ; APPELBERG, K. SOFIA ; MIKAELOFF, FLORA ; RODRIGUEZ, JIMMY ESNEIDER ; VINHAS, BEATRIZ SÁ ; FRISAN, TERESA ; VÉGVÁRI, ÁKOS ; MIRAZIMI, ALI ; NEOGI, UJJWAL ; GUPTA, SOHAM . Type-I interferon signatures in SARS-CoV-2 infected Huh7 cells. CELL DEATH DISCOVERY (ON LINE) , v. 7, p. 114, 2021.

• SPERK, MAIKE ; VAN DOMSELAAR, ROBERT ; RODRIGUEZ, JIMMY ESNEIDER ; MIKAELOFF, FLORA ; SÁ VINHAS, BEATRIZ ; SACCON, ELISA ; SÖNNERBORG, ANDERS ; SINGH, KAMAL ; GUPTA, SOHAM ; VÉGVÁRI, ÁKOS ; NEOGI, UJJWAL . Utility of Proteomics in Emerging and Re-Emerging Infectious Diseases Caused by RNA Viruses. JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH , v. 19, p. acs.jproteome.0c00380, 2020.

• GIL, JEOVANIS BETANCOURT, LAZARO HIRAM PLA, INDIRA SANCHEZ, ANIEL APPELQVIST, ROGER MILIOTIS, TASSO KURAS, MAGDALENA OSKOLAS, HENRIETTE KIM, YONGHYO HORVATH, ZSOLT ERIKSSON, JONATAN BERGE, ETHAN BURESTEDT, ELISABETH JÖNSSON, GÖRAN BALDETORP, BO INGVAR, CHRISTIAN OLSSON, HKAN LUNDGREN, LOTTA HORVATOVICH, PETER Murillo, Jimmy Rodriguez SUGIHARA, YUTAKA WELINDER, CHARLOTTE WIESLANDER, ELISABET LEE, BORAM LINDBERG, HENRIK , et al. PAW'OWSKI, KRZYSZTOF KWON, HO JEONG DOMA, VIKTORIA TIMAR, JOZSEF KARPATI, SAROLTA SZASZ, A. MARCELL NÉMETH, ISTVÁN BALÁZS NISHIMURA, TOSHIHIDE CORTHALS, GARRY REZELI, MELINDA KNUDSEN, BEATRICE MALM, JOHAN MARKO-VARGA, GYÖRGY ; Clinical protein science in translational medicine targeting malignant melanoma. Cell Biology and Toxicology , v. 36, p. 1-40, 2019.

• SANCHEZ, ANIEL KURAS, MAGDALENA Murillo, Jimmy Rodriguez PLA, INDIRA PAWLOWSKI, KRZYSZTOF SZASZ, A. MARCELL GIL, JEOVANIS NOGUEIRA, FÁBIO C. S. PEREZ-RIVEROL, YASSET ERIKSSON, JONATAN APPELQVIST, ROGER MILIOTIS, TASSO KIM, YONGHYO BALDETORP, BO INGVAR, CHRISTIAN OLSSON, HKAN LUNDGREN, LOTTA EKEDAHL, HENRIK HORVATOVICH, PETER SUGIHARA, YUTAKA WELINDER, CHARLOTTE WIESLANDER, ELISABET KWON, HO JEONG DOMONT, GILBERTO B. MALM, JOHAN , et al. REZELI, MELINDA BETANCOURT, LAZARO HIRAM MARKO-VARGA, GYÖRGY ; Novel functional proteins coded by the human genome discovered in metastases of melanoma patients. Cell Biology and Toxicology , v. 35, p. 1-12, 2019.

• BETANCOURT, LAZARO HIRAM SZASZ, A. MARCELL KURAS, MAGDALENA RODRIGUEZ MURILLO, JIMMY SUGIHARA, YUTAKA PLA, INDIRA HORVATH, ZSOLT PAW'OWSKI, KRZYSZTOF REZELI, MELINDA MIHARADA, KENICHI GIL, JEOVANIS ERIKSSON, JONATAN APPELQVIST, ROGER MILIOTIS, TASSO BALDETORP, BO INGVAR, CHRISTIAN OLSSON, HKAN LUNDGREN, LOTTA HORVATOVICH, PETER WELINDER, CHARLOTTE WIESLANDER, ELISABET KWON, HO JEONG MALM, JOHAN NEMETH, ISTVAN BALAZS JÖNSSON, GÖRAN , et al. FENYÖ, DAVID SANCHEZ, ANIEL MARKO-VARGA, GYÖRGY ; The Hidden Story of Heterogeneous B-raf V600E Mutation Quantitative Protein Expression in Metastatic Melanoma-Association with Clinical Outcome and Tumor Phenotypes. Cancers , v. 11, p. 1981, 2019.

• Murillo, Jimmy Rodriguez ; PLA, INDIRA ; Goto-Silva, Livia ; NOGUEIRA, FÁBIO C.S. ; DOMONT, GILBERTO B. ; PEREZ-RIVEROL, YASSET ; SÁNCHEZ, ANIEL ; Junqueira, Magno . Mass spectrometry evaluation of a neuroblastoma SH-SY5Y cell culture protocol. ANALYTICAL BIOCHEMISTRY , v. 559, p. 51-54, 2018.

• KURAS, MAGDALENA ; BETANCOURT, LAZARO HIRAM ; REZELI, MELINDA ; RODRIGUEZ, JIMMY ; SZASZ, MARCELL ; ZHOU, QIMIN ; MILIOTIS, TASSO ; ANDERSSON, ROLAND ; MARKO-VARGA, GYÖRGY . ASSESSING AUTOMATED SAMPLE PREPARATION TECHNOLOGIES FOR HIGH-THROUGHPUT PROTEOMICS OF FROZEN WELL CHARACTERIZED TISSUES FROM SWEDISH BIOBANKS. JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH , v. 17, p. acs.jproteome.8b00792, 2018.

• Murillo, Jimmy Rodriguez ; KURAS, MAGDALENA ; REZELI, MELINDA ; MILLIOTIS, TASSO ; BETANCOURT, LAZARO ; MARKO-VARGA, GYORGY . Automated phosphopeptide enrichment from minute quantities of frozen malignant melanoma tissue. PLoS One , v. 13, p. e0208562, 2018.

• SILVA, A. ; LIMA, D. B. ; PENA, A. ; DURAN, R. ; BATTHYANY, C. ; AQUINO, P. F. ; LEAL, J. ; RODRIGUEZ, JIMMY E. ; DOMONT, GILBERTO B. ; SANTOS, M. D. M. ; CHAMOT-ROOKE, J. ; BARBOSA, V. ; CARVALHO, P. . DiagnoProt: a tool for discovery of new molecules by mass spectrometry. Bioinformatics , v. 33, p. 1883-1885, 2017.

• Murillo, Jimmy Rodriguez ; Goto-Silva, Livia ; S?NCHEZ, ANIEL ; NOGUEIRA, F?BIO C.S. ; DOMONT, GILBERTO B. ; Junqueira, Magno . Quantitative proteomic analysis identifies proteins and pathways related to neuronal development in differentiated SH-SY5Y neuroblastoma cells. EUPA OPEN PROTEOMICS , v. 16, p. 1-11, 2017.

• PINHEIRO, GUILHERME L. ; RODRIGUEZ, JIMMY ESNEIDER ; DOMONT, GILBERTO B. ; DE SOUZA, WANDERLEY ; Junqueira, Magno ; FRASES, SUSANA . Biochemical Characterization of Streptomyces sp. I1.2 Secretome Reveals the Presence of Multienzymatic Complexes Containing Cellulases and Accessory Enzymes. BioEnergy Research , v. 9, p. 1-22, 2016.

• RODRÍGUEZ, JIMMY E. ; RAMÍREZ, ANA S. ; SALAS, LAURA P. ; HELGUERA-REPETTO, CECILIA ; GONZALEZ-Y-MERCHAND, JORGE ; SOTO, CARLOS Y. ; HERNÁNDEZ-PANDO, ROGELIO . Transcription of Genes Involved in Sulfolipid and Polyacyltrehalose Biosynthesis of Mycobacterium tuberculosis in Experimental Latent Tuberculosis Infection. PLoS One , v. 8, p. e58378, 2013.

• RODRÍGUEZ, JIMMY ; SUÁREZ, MARCO-FIDEL ; SOTO, CARLOS-YESID . Electrochemical monitoring of the metabolic activity of mycobacteria in culture. ANTONIE VAN LEEUWENHOEK (DORDRECHT. ONLINE) , v. 102, p. 193-201, 2012.

• VÉGVÁRI, ÁKOS ; Rodriguez J ; R. Zubarev . Single Cell Proteomics Using Multiplexed Isobaric Labeling for Mass Spectrometric Analysis. Single-Cell Protein Analysis. 1ed.New York, NY: Humana, 2021, v. , p. 113-127.

• Goto-Silva, Livia ; Maliga, Zoltan ; Slabicki, Mikolaj ; Murillo, Jimmy Rodriguez ; Junqueira, Magno . Application of Shotgun Proteomics for Discovery-Driven Protein-Protein Interaction. Methods in Molecular Biology. 1ed.: Springer New York, 2014, v. 1156, p. 265-278.

• RODRÍGUEZ, JIMMY ; KURAS, M. ; REZELI, M. ; BETANCOURT, L. ; MARKO-VARGA, G. . Assessing an Automated Phosphopeptide Enrichment for high-throughput Malignant Melanoma phosphoproteomics from patient tissues. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• LEAL, J. C. ; ARAUJO, C. P. M. ; CASTRO, C. P. ; RODRIGUES, J. C. ; RODRIGUEZ, JIMMY E. ; NOGUEIRA, P. P. O. ; CARVALHO, P. C. ; FERNANDES, O. C. C. ; AQUINO, P. F. . PROTEOMIC ANALYSIS OF ASPERGILLUS SPP. ISOLATED FROM AMAZON SOILS. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• RODRIGUEZ, JIMMY E. ; SANCHEZ, A. ; Goto-Silva, Livia ; NOGUEIRA, F. C. S. ; DOMONT, G. ; Junqueira, Magno . EXPLORING SH-SY5Y NEUROBLASTOMA CELLS DIFFERENTIATION INDUCED BY RETINOIC ACID AND BRAIN-DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR USING ITRAQ-BASED QUANTITATIVE PROTEOMICS. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• RODRÍGUEZ, JIMMY ; SANCHEZ, A. ; Goto-Silva, Livia ; NOGUEIRA, F. C. S. ; DOMONT, G. ; Junqueira, Magno . Quantitative proteomic analysis identifies proteins and pathways related to neuronal development in differentiated SH-SY5Y neuroblastoma cells. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• RODRÍGUEZ, JIMMY E. . QUANTITATIVE PROTEOMIC ANALYSIS IDENTIFIES PROTEINS AND SIGNALING PATHWAYS REGULATED IN NEURONAL DEVELOPMENT USING HUMAN CELL MODELS. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Goto-Silva, Livia ; Murillo, Jimmy Rodriguez ; SOUZA, A. R. ; GUEIROS-FILHO, F. ; DOMONT, G. ; FONSECA, M. P. ; Junqueira, Magno . Interactome of Bacillus subtilis cell division machinery. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• Goto-Silva, Livia ; RODRIGUEZ, JIMMY E. ; JUNQUEIRA, M. ; DOMONT, G. . Botton-up and middle-down approaches for comprehensive analysis of chromatin-binding proteins after treatment with sodium butyrate. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• RODRÍGUEZ, JIMMY E. ; Goto-Silva, L ; DOMONT, G. ; Junqueira, Magno . Characterization of selected proteins encoded by 15q11-q13 region of human chromosome 15. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• Rodriguez J ; Goto-Silva, L ; JUNQUEIRA, M. ; DOMONT, G. . Characterization of golgins encoded by 15q11-q13 region of chromosome 15. 2014. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• Rodríguez Jimmy ; SOTO, CARLOS-YESID ; Helguera-Repetto C ; Gonzalez-y-Merchand J ; Hernandez-Pando R . Hypoxia generates differential transcription of genes involved in sulfolipid and polyacyltrehaloses biosynthesis in Mycobacterium tuberculosis. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• Rodríguez Jimmy ; SOTO, CARLOS-YESID ; Hernandez-Pando R ; Gonzalez-y-Merchand J ; Helguera-Repetto C . Transcription level of genes involved in biosynthesis of sulfolipid and polyacyltrehaloses in Mycobacterium tuberculosis grown in hypoxic conditions. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• MAYA, M. ; TARQUINO, N. ; RODRIGUEZ, JIMMY E. ; SOTO, CARLOS-YESID . MOTILIDAD Y FORMACIÓN DE BIOPELÍCULAS EN MYCOBACTERIUM COLOMBIENSE Y SU RELACIÓN CON LA COMPOSICIÓN DE GLICOPEPTIDOLÍPIDOS. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• Rodríguez Jimmy ; SOTO, CARLOS-YESID ; Helguera-Repetto C ; Hernandez-Pando R ; Gonzalez-y-Merchand J . Transcripción de genes relacionados con la biosíntesis de sulfolípido y poliaciltrehalosas de M. tuberculosis bajo condiciones de hipoxia in vitro. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• Rodríguez Jimmy ; SOTO, CARLOS-YESID . Detección del estado metabólico y actividad ATPasa en membrana plasmática de Mycobacterium cultivado en condiciones de estrés. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• SOTO, CARLOS-YESID ; NOVOA L. ; RODRÍGUEZ, JIMMY E. ; PULIDO, P. ; VILLAMIL, N. ; BASSAURE, L. R. O. . Influencia del estrés generado por hipoxia e inanición en la actividad ATPasa y la homeóstasis iónica de Mycobacterium tuberculosis. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• RAMÍREZ, ANA S. ; RODRÍGUEZ, JIMMY ; PULIDO, P. ; NOVOA L. ; SOTO, CARLOS-YESID . Metabolic and cell wall variations of Mycobacterium tuberculosis grown under hypoxic conditions. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

Projetos de pesquisa

• 2014 - 2017

  ANÁLISE DE MODIFICAÇÕES PÓS-TRADUCIONAIS POR TÉCNICAS PROTEÔMICAS ? MODIFICOMA DE DIFERENCIAÇÃO CELULAR, Descrição: Os processos de diferenciação celular estão majoritariamente regulados por modificações pós-traducionais (fosforilação, glicosilação, acetilação, entre outras) de proteínas específicas, o objetivo do nosso projeto é a detecção e quantificação dessas modificações utilizando estrategias de fracionamento e enriquecimento junto com iTRAQ ? etiqueta isobárica para quantificação relativa e absoluta para analise por espectrometria de massas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Jimmy Esneider Rodriguez Murillo - Integrante / Livia Goto Silva - Integrante / magno rodrigues junqueira - Integrante / gilberto barbosa domont - Coordenador / Fábio césar sousa nogueira - Integrante / Aniel Sanchez - Integrante.

• 2013 - 2017

  Aplicação de espectrometria de massas na caracterização das proteínas codificadas pela região 15q11-13 do cromossomo 15, Descrição: O cromossomo 15 possui alta taxa de duplicação de segmentos, notável, principalmente, na região 15q11-13, podendo acarretar na deleção desta região por recombinação levando ao desenvolvimento das síndromes de Prader-Willi e Angelman. O mecanismo molecular envolvido na patogênese ainda não foi elucidado e poucas informações existem sobre os genes presentes na região cromossômica 15q11-13, que se encontra deletada nessas síndromes. Sendo assim nossa proposta é sistematicamente caracterizar os genes presentes nessa região como contribuição ao projeto centrado em cromossomo de estudo do proteôma humano (Chromosome centric human proteome Project - C-HPP) lançado pela Human Proteome Organization (HUPO) em 2012 do qual o Brasil, representado pelo Laboratório de Química de Proteínas e Proteômica do Instituto de Química da UFRJ, faz parte, sendo responsável pela caracterização proteômica do cromossomo 15. Considerando-se que a grande maioria das proteínas em eucariotos faz parte de complexos proteicos ou encontra-se regulada por interações proteicas, que participam de virtualmente de todos processos biológicos dentro da célula, pretendemos caracterizar funcionalmente genes desconhecidos ou pouco caracterizados aplicando o conceito de "guilt by indirect functional association", no qual a função de um gene pode ser inferida a partir da interação física deste com proteínas previamente caracterizadas funcionalmente. A concomitante localização das proteínas em células e tecidos será realizada para obter informação adicional sobre a função das mesmas. Como perspectivas esperamos poder caracterizar as proteínas que se encontram potencialmente modificadas na deleção 15q11-13, revelando aspectos moleculares proeminentes nas síndromes de Angelman e Prader-Willi.. , Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Jimmy Esneider Rodriguez Murillo - Integrante / Livia Goto Silva - Integrante / magno rodrigues junqueira - Coordenador / gilberto barbosa domont - Integrante.

Prêmios