Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva

Pós-doutorado

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Organização de eventos

Participação em eventos

Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

• GARCIA, LUÍS P. F. ; MENA-CHALCO, JESÚS P. ; GRANDO, RAFAELA L. ; da Silva, Waldeyr M. C. ; GUIMARÃES, FELIPE P. ; JORGE, VANESSA DE A. . Hierarchical Article Classification: A multi-level framework for organizing scholarly literature. IEEE Access , v. 13, p. 102589-102601, 2025.

• ANDRADE, AURÉLIO MATOS ; GIRARDI, JULIANA DA MOTTA ; MELO, MAYRA DO NASCIMENTO ; PEREIRA, DANIELLA CRISTINA RODRIGUES ; LIMA, MARIA DA GLÓRIA ; AMORIM, RIVADAVIO FERNANDES BATISTA DE ; SILVA, WALDEYR MENDES CORDEIRO DA . EDUCATIONAL RESOURCES USED FOR STUDENTS WITH AUTISM SPECTRUM DISORDER (ASD): SYNTHESIS OF QUALITATIVE EVIDENCE. REVISTA PSICOLOGIA ESCOLAR E EDCUACIONAL , v. 28, p. 1-12, 2024.

• ROSA MARTINS, PAULO HENRIQUE ; RABINOVITCH, LEON ; DE OREM, JULIANA CAPELA ; SILVA, Waldeyr Mendes C. ; DE ARAUJO MESQUITA, FELIPE ; DE MAGALHÃES, MARIA INES ANDRE ; DE ANDRADE CAVALCANTE, DANILO ; VIVONI, ADRIANA MARCOS ; DE OLIVEIRA, EDMAR JUSTO ; DE LIMA, VERA CRISTINA PESSOA ; BRITO, JOSIANE TEIXEIRA ; DE-SOUZA, MARLENE TEIXEIRA . -Biochemical, physiological, and molecular characterisation of a large collection of aerobic endospore-forming bacteria isolated from Brazilian soils. NEOTROPICAL BIOLOGYAND CONSERVATION , v. 18, p. 53-72, 2023.

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• PRAÇA, YANNA REIS ; SANTIAGO, PAULA BEATRIZ ; CHARNEAU, SÉBASTIEN ; MANDACARU, SAMUEL COELHO ; BASTOS, IZABELA MARQUES DOURADO ; BENTES, KAIO LUÍS DA SILVA ; SILVA, SOFIA MARCELINO MARTINS ; DA SILVA, WALDEYR MENDES CORDEIRO ; DA SILVA, IONIZETE GARCIA ; DE SOUSA, MARCELO VALLE ; SOARES, CÉLIA MARIA DE ALMEIDA ; RIBEIRO, JOSÉ MARCOS CHAVES ; SANTANA, JAIME MARTINS ; DE ARAÚJO, CARLA NUNES . An Integrative Sialomic Analysis Reveals Molecules From Triatoma sordida (Hemiptera: Reduviidae). Frontiers in Cellular and Infection Microbiology , v. 11, p. 1-18, 2022.

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• LUCCA, F. L. ; SILVA, G. G. S. ; SOUSA, T. A. E. ; Silva, Waldeyr M. C. . Análise da Expressão e função do miRNA MIR-1 em músculo de ratos diabéticos. In: 13º Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica, 2021, Goiânia. https://sugep.ifg.edu.br/eventos/#/publico/indicadores/eventos/detalhar/11609, 2021.

• SILVA, W. M. C. ; WALTER, M. E. M. T. ; HOLANDA, M. T. ; SOUSA, D. ; VILLAR, D. ; BRIGIDO, M. . A graph database approach to reconstruct and visualize metabolic networks. 2015. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• VALADARES, A. R. A. G. ; SILVA, W. M. C. ; RAIOL, T. ; WALTER, M. E. M. T. . A system for gene annotation of the Copaíba (Copaifera multijuga). 2015. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• VIEIRA, J. A. ; SILVA, W. M. C. . In silico characterization and mapping of alpha- pheromone of P. lutzii. 2015. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• SILVA, W. M. C. . Montagem e anotação de transcritos com genoma de referência. 2015. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• SILVA, W. M. C. ; CASTRO, E. A. S. ; WALTER, M. E. M. T. . Filogenia da peroxidase em fungos. 2014. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• MENDES, W. . Biologia computacional. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• SILVA, W. M. C. ; WALTER, M. E. M. T. ; FELIPE, M. S. S. . In silico reconstruction of metabolic network of Paracoccidioides lutzii. 2013. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• MESQUITA, F. A. ; DA SILVA, WALDEYR MENDES CORDEIRO ; Raiol, Tainá ; BRIGIDO, M. M. ; ALMEIDA JUNIOR, N. ; FUGA, Bruna ; DE ANDRADE CAVALCANTE, DANILO ; DE-SOUZA, MARLENE TEIXEIRA . Genome Mining Reveals Pathways for Terpene Production in Aerobic Endospore-Forming Bacteria Isolated from Brazilian Soils 2025 (pre print).

• SILVA, W. ; ANDERSEN, J. ; Holanda, Maristela ; WALTER, MARIA EMÍLIA MACHADO TELLES ; BRIGIDO, M. ; STADLER, P. F. ; FLAMM, C. . Exploring Plant Sesquiterpene Diversity by Generating Chemical Networks. preprints, 2019 (pre print).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2021 - Atual

  Bioinformática aplicada a análise de dados ômicos, Descrição: A Bioinformática é uma área interdisciplinar que emprega métodos e técnicas da Ciência da Computação, Matemática e Estatística na solução de questões relacionadas à Biologia Molecular. Conhecidos como dados ômicos, os dados genômicos, transcritômicos, proteômicos, e metabolômicos, entre outros, são analisados através de experimentos científicos in silico, os quais são frequentemente executados como workflows ou pipelines. Cada uma das atividades em um pipeline tem propósitos específicos e é executada por programa ou software especializado. Impulsionados por crescentes inovações nas tecnologia de sequenciamento, os dados ômicos disponíveis crescem em volume e complexidade, demandando constantes novas soluções de análises. A essas soluções, impõe-se considerar e abranger requisitos como o gerenciamento dos recursos computacionais, formato, armazenamento e acesso aos dados, tratamento de grandes volumes de dados, algoritmos, interoperabilidade, padrões de projeto e apresentação da informação. A partir de uma equipe multidisciplinar, este projeto propõe-se desenvolver soluções de Bioinformática para problemas selecionados em três linhas principais: i) desenvolvimento de programas de computador de propósito específico para análises de dados ômicos; ii) desenvolvimento de programas de computador para a conversão de formatos de dados (parsers) e integração de programas em workflows; iii) desenho e execução de workflows bem documentados utilizando software livre para garantir a reprodutibilidade dos experimentos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva - Coordenador / Thais Amaral e Sousa - Integrante / Marcos Augusto Schliewe - Integrante / Gustavo Antonio Teixeira Chaves - Integrante.

• 2021 - Atual

  Bactérias multiresistentes e transferência horizontal de genes, Descrição: O aumento indiscriminado de antibióticos na clínica humana e animal tem causado a seleção e disseminação de bactérias resistentes aos antibióticos disponíveis, mesmo aqueles de última geração. Entre os mecanismos de transferência genética, a Transferência Horizontal de Genes (Horizontal Gene Transfer - HGT) corresponde à transmissão de partes do DNA genômico entre organismos através de um processo dissociado da herança vertical. A HGT dissemina genes, inclusive genes de resistência a antibióticos entre bactérias, permitindo sua proliferação pela seleção natural. Eventos de HGT passam, portanto, a ser de relevância para a saúde humana, uma vez que podem levar ao surgimento de novas linhagens patogênicas ou conferir ainda mais resistência a linhagens patógenas. Os métodos para a identificação de HGT podem ser classificados em dois grupos. No primeiro, estão aqueles que investigam a variação composicional das sequências biológicas para identificar regiões com diferentes padrões composicionais nas regiões do genoma, quando comparadas à média do próprio genoma. No segundo grupo estão aqueles que investigam a incongruência filogenética entre a árvore das espécies comparadas e a árvore dos genes correspondentes, ou seja, genes cuja história evolutiva difere significativamente da história evolutiva das espécies onde eles se encontram. Este projeto consiste no estudo e desenvolvimento e aplicação de ferramentas de bioinformática para a identificação e caracterização de genes oriundos de transferência horizontal em bactérias, e que estejam relacionados à resistência a antibióticos, a partir da anotação dos genomas e dos resultados de comparação envolvendo análise de conteúdo genômico, famílias de proteínas e filogenia.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva - Integrante / Nalvo Almeida Júnior - Coordenador.

• 2020 - 2021

  Uma análise exploratória de genes relacionados à alelopatia para agricultura, Descrição: Iniciação Científica para Ensino Médio As relações ecológicas apresentam numerosas variações quanto ao tipo de interação. Nas interações de competição em comunidades vegetais, um organismo pode provocar a redução de fatores de crescimento como água, luz e nutrientes. Já na interação por alelopatia, um organismo produz compostos químicos chamados de aleloquímicos. A alelopatia é, portanto, a forma de interação entre organismos, que pode ser positiva ou negativa, causada pela ação dos compostos aleloquímicos por eles produzidos. Tais compostos enquadram-se em cinco categorias: ácido cinâmico, flavonóides, esteróides, alcalóides e terpenóides, sendo os terpenóides o maior e mais diverso grupo de metabólitos produzidos por plantas. Um dos fatores que afeta negativamente o rendimento e a produtividade agrícola, é a ocorrência de plantas daninhas, muitas vezes devido à sua ação alelopática. Este trabalho pretende, a partir da literatura especializada e de dados de acesso público, explorar terpenóides aleloquímicos e os genes relacionados à sua produção em plantas daninhas e em cultivares brasileiros. Os resultados serão disponibilizados de forma aderente aos princípios para divulgação de dados científicos conhecidos como FAIR - Findability, Accessibility, Interoperability, and Reuse. A importância dos resultados esperados reside na possível identificação de terpenos alelopáticos e os genes relacionados à sua produção em cultivares e plantas daninhas. Esta coleção estruturada de dados pode servir como fonte de informação para o planejamento do manejo e rotação de culturas, de forma a reduzir a ocorrência de espécies indesejadas e ainda beneficiar uma eventual colheita mecanizada. Adicionalmente, organizar uma coleção de dados genômicos relacionados à alelopatia pode abrir novos caminhos para pesquisas futuras em Biotecnologia.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva - Coordenador / Talyta Vitória Souza Oliveira - Integrante / Marcos Augusto Schliewe - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

• 2019 - 2020

  Levantamento da diversidade de terpenos de plantas do Cerrado, Descrição: Os terpenos são um grupo grande e variado de produtos naturais produzidos por uma variedade de organismos como plantas, fungos e bactérias, através de reações metabólicas catalisadas por Terpene synthases (TPSs). Terpenos desempenham importantes papéis ecológicos, como defesa e comunicação, além de várias aplicações na indústria e na medicina. Essas aplicações demandam estudos em biotecnologia e podem gerar produtos alinhados à bioeconomia. O uso de simulações computacionais de redes metabólicas ajudam a identificar potenciais produtos e até estimar seu rendimento. Evidências experimentais podem ser agregadas às simulações computacionais para corroborar ou mesmo influenciar as predições. Tais evidências experimentais sobre terpenos em plantas do Cerrado estão esparsamente distribuídas na literatura. Neste projeto, o foco é prover através de um levantamento bibliográfico dirigido à plantas do Cerrado, um catálogo de evidências que serão armazenadas em um banco de dados, que é o resultado esperado do projeto. A importância do banco de dados reside no suporte experimental à simulações computacionais na prospecção de potencial bioeconômico ligado à produção de terpenos a partir de plantas do Cerrado.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva - Coordenador / Gabriel Alves de Jesus - Integrante.

• 2018 - 2020

  Modelo computacional e banco de dados para o metabolismo de terpenos, Descrição: Os terpenos são moléculas produzidas por uma grande diversidade de organismos, especialmente em plantas. As interações ecológicas mediadas por terpenos estão relacionadas com a comunicação inter e intra espécies. Os tepenos têm ainda uma significativa importância na medicina e indústria. O conhecimento gerado pela modelagem computacional da biossíntese de terpenos pode contribuir, entre outros, com o desenvolvimento sustentável através de estratégias alinhadas com a bioeconomia.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva - Coordenador / Maria Emília Machado Telles Walter - Integrante / Maristela Terto de Holanda - Integrante., Número de produções C, T & A: 1

• 2015 - 2018

  Transcritoma Copaifera multijuga (Hayne), Descrição: Montagem, anotação e reconstrução de rede metabólica da Copaíba. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (4) . , Integrantes: Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva - Integrante / Maria Emília Machado Telles Walter - Coordenador / Tainá Raiol - Integrante / Marcelo Brígido - Integrante.

• 2014 - 2016

  Estudos sob qualidade de artefatos de software e suas implicações na qualidade do software, Descrição: O controle de qualidade interna no processo de desenvolvimento de softwares têm papel fundamental na qualidade final do produto. Um dos pontos mais negligenciados é o controle de qualidade da documentação, foco deste projeto.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva - Coordenador / Maristela Terto de Holanda - Integrante / Aletéia P. F. Araújo - Integrante.

• 2011 - 2018

  Workflow para reconstrução in silico de redes metabólicas, Descrição: Redes metabólicas representam a rede de reações bioquímicas que ocorrem num organismo. Essas reações são catalisadas por enzimas provenientes do genoma, e frequentemente contam com co-fatores, transformando substratos em novos produtos. Este projeto visa tornar a reconstrução dessas redes um processo semi-automático, além de buscar uma melhor estrutura de dados e visualização para, respectivamente, armazenar e acessar visualmente a rede.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva - Integrante / Maria Emília Machado Telles Walter - Coordenador.

Projetos de desenvolvimento

• 2019 - Atual

  Modelo computacional para identificar movimentos migratórios de populações de baixa renda, Descrição: Analisar dados é parte da rotina de negócios em diversas áreas. Identificar e entender a dinâmica intrínseca nos dados e suas correlações pode tornar produtos e serviços eficientes ou lucrativos. A disponibilidade de dados tem crescido vertiginosamente em quantidade e variedade impulsionando sua análise empregando ferramentas e técnicas de computação, matemática e estatística. Nesse contexto, este projeto utiliza dados públicos oriundos do Programa Bolsa Família do Governo Federal para traçar um perfil de migração de comunidades de baixa renda. Um banco de dados em grafos e algoritmos em grafos de detecção de comunidades serão utilizados respectivamente para armazenar e analisar os dados. O resultado esperado é um modelo para inferência de informações de migração de populações de baixa renda, que pode subsidiar tanto políticas públicas quanto iniciativas de mercado relacionadas à renda e geografia. Os resultados poderão orientar tomadas de decisões para implantação, expansão ou mesmo prescindir de um negócio em uma determinada região a partir de dados públicos, ou ainda, orientar o poder público em todos os níveis na oferta de serviços públicos e ações sociais.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva - Coordenador / Marcos Wesley Soares Alves - Integrante.

• 2019 - Atual

  Modelo computacional para identificar movimentos migratórios de populações de baixa renda, Descrição: Analisar dados é parte da rotina de negócios em diversas áreas. Identificar e entender a dinâmica intrínseca nos dados e suas correlações pode tornar produtos e serviços eficientes ou lucrativos. A disponibilidade de dados tem crescido vertiginosamente em quantidade e variedade impulsionando sua análise empregando ferramentas e técnicas de computação, matemática e estatística. Nesse contexto, este projeto utiliza dados públicos oriundos do Programa Bolsa Família do Governo Federal para traçar um perfil de migração de comunidades de baixa renda. Um banco de dados em grafos e algoritmos em grafos de detecção de comunidades serão utilizados respectivamente para armazenar e analisar os dados. O resultado esperado é um modelo para inferência de informações de migração de populações de baixa renda, que pode subsidiar tanto políticas públicas quanto iniciativas de mercado relacionadas à renda e geografia. Os resultados poderão orientar tomadas de decisões para implantação, expansão ou mesmo prescindir de um negócio em uma determinada região a partir de dados públicos, ou ainda, orientar o poder público em todos os níveis na oferta de serviços públicos e ações sociais.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva - Coordenador / Marcos Wesley Soares Alves - Integrante.

• 2019 - 2020

  Modelo computacional para identificar movimentos migratórios de populações de baixa renda, Descrição: Analisar dados é parte da rotina de negócios em diversas áreas. Identificar e entender a dinâmica intrínseca nos dados e suas correlações pode tornar produtos e serviços eficientes ou lucrativos. A disponibilidade de dados tem crescido vertiginosamente em quantidade e variedade impulsionando sua análise empregando ferramentas e técnicas de computação, matemática e estatística. Nesse contexto, este projeto utiliza dados públicos oriundos do Programa Bolsa Família do Governo Federal para traçar um perfil de migração de comunidades de baixa renda. Um banco de dados em grafos e algoritmos em grafos de detecção de comunidades serão utilizados respectivamente para armazenar e analisar os dados. O resultado esperado é um modelo para inferência de informações de migração de populações de baixa renda, que pode subsidiar tanto políticas públicas quanto iniciativas de mercado relacionadas à renda e geografia. Os resultados poderão orientar tomadas de decisões para implantação, expansão ou mesmo prescindir de um negócio em uma determinada região a partir de dados públicos, ou ainda, orientar o poder público em todos os níveis na oferta de serviços públicos e ações sociais.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva - Coordenador / Marcos Wesley Soares Alves - Integrante.

• 2019 - 2020

  Modelo computacional para identificar movimentos migratórios de populações de baixa renda, Descrição: Analisar dados é parte da rotina de negócios em diversas áreas. Identificar e entender a dinâmica intrínseca nos dados e suas correlações pode tornar produtos e serviços eficientes ou lucrativos. A disponibilidade de dados tem crescido vertiginosamente em quantidade e variedade impulsionando sua análise empregando ferramentas e técnicas de computação, matemática e estatística. Nesse contexto, este projeto utiliza dados públicos oriundos do Programa Bolsa Família do Governo Federal para traçar um perfil de migração de comunidades de baixa renda. Um banco de dados em grafos e algoritmos em grafos de detecção de comunidades serão utilizados respectivamente para armazenar e analisar os dados. O resultado esperado é um modelo para inferência de informações de migração de populações de baixa renda, que pode subsidiar tanto políticas públicas quanto iniciativas de mercado relacionadas à renda e geografia. Os resultados poderão orientar tomadas de decisões para implantação, expansão ou mesmo prescindir de um negócio em uma determinada região a partir de dados públicos, ou ainda, orientar o poder público em todos os níveis na oferta de serviços públicos e ações sociais.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva - Coordenador / Marcos Wesley Soares Alves - Integrante.

• 2019 - 2020

  Modelo computacional para identificar movimentos migratórios de populações de baixa renda, Descrição: Analisar dados é parte da rotina de negócios em diversas áreas. Identificar e entender a dinâmica intrínseca nos dados e suas correlações pode tornar produtos e serviços eficientes ou lucrativos. A disponibilidade de dados tem crescido vertiginosamente em quantidade e variedade impulsionando sua análise empregando ferramentas e técnicas de computação, matemática e estatística. Nesse contexto, este projeto utiliza dados públicos oriundos do Programa Bolsa Família do Governo Federal para traçar um perfil de migração de comunidades de baixa renda. Um banco de dados em grafos e algoritmos em grafos de detecção de comunidades serão utilizados respectivamente para armazenar e analisar os dados. O resultado esperado é um modelo para inferência de informações de migração de populações de baixa renda, que pode subsidiar tanto políticas públicas quanto iniciativas de mercado relacionadas à renda e geografia. Os resultados poderão orientar tomadas de decisões para implantação, expansão ou mesmo prescindir de um negócio em uma determinada região a partir de dados públicos, ou ainda, orientar o poder público em todos os níveis na oferta de serviços públicos e ações sociais.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Waldeyr Mendes Cordeiro da Silva - Coordenador / Marcos Wesley Soares Alves - Integrante.

• 2019 - 2020

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• 2019 - 2020

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