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Helder Nakaya é biólogo da Universidade de São Paulo e doutor em Bioquímica pelo Departamento de Bioquímica do IQ USP. O doutorado foi voltado para a área de Biologia Molecular e Bioinformática. De 2008 a 2011, como pós-doutor na Emory University, Atlanta (USA) pesquisou o mecanismo de atuação de vacinas em células do sistema imune utilizando técnicas em larga escala. Se tornou professor assistente do Departamento de Patologia da Emory University em 2011, onde utiliza a biologia de sistemas para prever e entender a resposta imune a diferentes vacinas. Atualmente é docente do Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas da Faculdade de Ciências Farmacêuticas da USP e professor adjunto da Emory University. É membro afiliado da Academia Brasileira de Ciências, consultor da CEPI (Coalition for Epidemic Preparedness Innovations) e membro do Scientific Advisory Board do consórcio europeu da vacina do Ebola. Website do laboratório de Biologia de Sistemas Computacional: www.csbiology.com
Informações coletadas do Lattes em 24/06/2020
Acadêmico
Formação acadêmica
Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)
2002 - 2007
Universidade de São Paulo
Título: Identificação e Análise de Expressão de RNAs Intrônicos Não Codificadores Humanos
Orientador: em University of Texas at San Antonio ( Luiz Penalva)
com Sergio Verjovski-Almeida. Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Palavras-chave: Microarray de DNA; Tumor de Próstata; Marcadores Moleculares de Tumor; Genes Parálogos; RNAs não-codificantes.Grande área: Ciências BiológicasSetores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos Vinculados À Saúde Humana Ou dos Animais.
Graduação em Ciências Biológicas
1997 - 2001
Universidade de São Paulo
Título: Análise do Padrão de Expressão Gênica em Xylella fastidiosa Usando Microarrays de cDNA
Orientador: Aline Maria da Silva
Pós-doutorado
2008 - 2011
Pós-Doutorado. , Emory University, EMORY, Estados Unidos. , Bolsista do(a): NIH, NIH, Estados Unidos.
2007 - 2008
Pós-Doutorado. , Universidade de São Paulo, USP, Brasil. , Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas
Idiomas
Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Francês
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Pouco, Escreve Pouco.
Áreas de atuação
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular/Especialidade: Biologia Molecular.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular/Especialidade: Bioquímica.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Imunologia / Subárea: Biologia de Sistemas.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Imunologia / Subárea: Imunogenética.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Imunologia / Subárea: bioinformatica.
Organização de eventos
Nakaya, H. . Workshop on Clinical Trials and Immunology. 2020. (Outro).
MINOPRIO, P. ; NAKAYA, H. I. ; ZANOTTO, P. ; FERREIRA, L. C. S. ; BRAGA, P. C. B. B. ; PERON, J. P. S. ; DURIGON, E. . REGIONAL MEETING Regional Director Institut Pasteur International Network (RIIP) Americas. 2019. (Outro).
Nakaya, Helder Imoto ; VIOLA, J. ; OLIVEIRA, C. I. ; BONORINO, C. ; ALVES FILHO, J. C. ; ANTONELLI, L. ; BONAMINO, M. . XLIV Congress of the Brazilian Society of Immunology. 2019. (Congresso).
NAKAYA, HELDER TAKASHI IMOTO ; ALVES-FILHO, J. C. ; CUNHA, T. M. ; CUNHA, F. ; TOSTES, R. ; ZAMBONI, D. . São Paulo School of Advanced Science on Molecular Basis of Inflammatory Diseases. 2019. (Congresso).
NAKAYA, H. I. ; SILVA, T. . Systems Immunology and Bioinformatics workshop (Gâmbia, África). 2018. (Outro).
Nakaya, Helder I ; SOARES, I. ; GAZZINELLI, R. ; BARGIERI, D. ; BOSCARDIN, S. ; SILVEIRA, E. . FAPESP School of Advanced Sciences on Vaccines. 2018. (Outro).
NAKAYA, H. I. . StartingUP Biotecnologia. 2017. (Outro).
MACHADO, R. ; MINOPRIO, P. ; FERREIRA, L. C. ; ZANOTTO, P. ; SILVA JUNIOR, W. ; NAKAYA, H. I. . Beyond Zika. 2016. (Outro).
GAZZINELLI, R. ; GOLENBOCK, D. ; MENEZES, G. ; Nakaya, Helder I . Innate Immunity of Infectious and Degenerative Diseases: From Interleukin-1 to Systems Biology. 2015. (Congresso).
NAKAYA, HELDER ; RODRIGUES, M. . CBAB: Uso da bioinformática para o estudo de vacinas. 2015. (Outro).
Participação em eventos
Fourth International Symposium on Inflammatory Diseases.Nao se aplica. 2018. (Simpósio).
Forum Área Básica.Pescando ? ?Pescando ?Pescando Boas Ideias Nesse Mar de Dados de Dados Biológicos. 2017. (Simpósio).
Museu do Amanhã - SBI.Inovações na Saúde: O que o Brasil tem a ver com isso?. 2017. (Simpósio).
Nex Biomed USP.Renascença farmacológica: avanços e desafios no desenvolvimento de remédios. 2017. (Encontro).
StartingUP Biotecnologia.StartingUP Biotecnologia. 2017. (Oficina).
10ª Feira de Profissões. Não se aplica. 2016. (Feira).
24o Simpósio de Iniciação Científica e Tecnológica da USP.Avaliador. 2016. (Simpósio).
Comunicação científica "Programa Researcher Connect" British Council. 2016. (Oficina).
Congresso da Sociedade Brasileira de Imunologia. 2016. (Congresso).
Encontro de cientistas brasileiros sobre Zika vírus @ Butantan. 2016. (Simpósio).
Keystone Systems Immunology: From Molecular Networks to Human Biology. 2016. (Simpósio).
Nagoya University - Intercontinental Academia.Um dos 13 jovens selecionados. 2016. (Oficina).
Second International Symposium on Inflammatory Diseases-INFLAMMA II.Infection triggering inflammatory diseases. 2016. (Simpósio).
VSV EBOVAC Annual Meeting.Systems Biology of Ebola Vaccine. 2016. (Encontro).
Workshop Medicina Translacional ICB USP.Systems Biology of Inflammatory Processes. 2016. (Oficina).
26a Semana do ICB da Universidade Federal de Goiás. Palestra. 2015. (Congresso).
Innate Immunity of Infectious and Degenerative Diseases: From Interleukin-1 to Systems Biology.Systems biology of innate immunity. 2015. (Oficina).
Intercontinental Academia.Intercontinental Academia. 2015. (Oficina).
Memorial Event for the 20 Years of the XX Seminário Laveran & Deane so.Assessing the molecular mechanisms of malaria infection through Systems Biology. 2015. (Simpósio).
Munich Workshop ICA.Intercontinental Academia. 2015. (Oficina).
Symmetry and Dynamics in Biology: From experimental analysis to mathematical modeling. Systems vaccinology: learning to compute the behavior of vaccine induced immunity. 2015. (Congresso).
University Global Partnership Network (UGPN).Systems Biology. 2015. (Oficina).
XX Seminário Laveran & Deane sobre Malária.Invited Professor. 2015. (Seminário).
British Society for Immunology Annual Congress. Systems vaccinology: its promise and challenge for vaccine design. 2014. (Congresso).
Human Immunology Project Consortium Nov2014.Systems Biology of influenza vaccination in children, adults and the elderly. 2014. (Simpósio).
Human Immunology Project Consortium semi-annual meeting.Systems analysis of immunity to influenza vaccine in the young and the elderly. 2014. (Simpósio).
ICAAC Interscience Conference on Antimicrobial Agents and Chemotherapy. The Impact of Influenza Vaccines on Functional Genomics in Children and Adults. 2014. (Congresso).
International Conference on Genome Architecture and Cell Fate Regulation. Computation systems biology in immunology: From genes to cells. 2014. (Congresso).
I Simposio en Bioinformática Integrativa. Systems biology of infectious diseases and vaccines. 2014. (Congresso).
XI Encontro de Pós-Graduação da Disciplina de Reumatologia.Biologia de Sistemas de Doenças Infecciosas e Vacinas. 2014. (Simpósio).
XXXIX Congress of The Brazilian Society of Immunology. Systems analysis of immunity to influenza vaccine in the young and the elderly. 2014. (Congresso).
Advanced Immunization Technologies (ADITEC).System Biology Approaches in Vaccinology. 2013. (Simpósio).
CROI 20th Conference on Retroviruses and Opportunistic Infections. Systems Vaccinology: Its Promise and Challenge for HIV Vaccine Development. 2013. (Congresso).
International Alliance for Biological Standardization.Systems Biology to Predict Immunogenicity and Safety of Adjuvants. 2013. (Simpósio).
Keystone Advancing Vaccines in the Genomics Era. Network modeling applied to systems vaccinology: comparative study of 5 human vaccines. 2013. (Congresso).
Osong Symposium on Infectious Diseases. System Vaccinology: It s Promise and Challenge for HIV Vaccine Development. 2013. (Congresso).
International Conference of the American Thoracic Society. Influenza and Systems Biology. 2012. (Congresso).
Human Immunology Project Consortium.MicroRNA signatures of vaccination in humans. 2011. (Simpósio).
XIII Reunião Científica Annual.Systems Vaccinology: Learning to compute the behavior of vaccine induced immunity. 2011. (Simpósio).
NIAID COOPERATIVE CENTERS ON HUMAN IMMUNOLOGY.Systems Biology of Flu Vaccines. 2010. (Simpósio).
Participação em bancas
Nakaya, H.; SILVA, I. T.; FUJITA, A.; SILVEIRA, E.. Detecção de populações em dados de sequenciamento de RNA de células individuais por meio de módulos de coexpressão. 2020. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, H. I.; ROZANTE, L.; BRAGA, P. C. B. B.; FUJITA, A.. Papel do colágeno na síndrome congênita de Zika: uma abordagem de Biologia de Sistemas. 2019. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
BUCKERIDGE, M. S.;NAKAYA, H. I.; VICENTINI, R.; CARVALHO, A. C. P. L. F.. BioNetStat: Uma ferramenta para análise diferencial de redes biológicas. 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, HELDER; VICENTINI, R.; MARTINS, D.; VENCIO, R.. Halobacterium salinarum NRC-1: Rede de Regulação Gênica e sua análise probabilística. 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, HELDER; MORAES, M. O.; LERY, L. M. S.; ANTUNES, L. C. M.. Integração de dados de expressão gênica em larga escala na hanseníase. 2018. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Fundação Oswaldo Cruz.
Nakaya, Helder Imoto; ROCHA, R. S.; MASSIRER, K. B.; KOHLSDORF, T.. Uma abordagem multi-escala para o estudo de sistemas transcricionais bacterianos. 2018. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder Imoto; HILDEBRAND, H. R.; VEGA, I. S.. Ant Colony Optimization para problemas de Human Routing Problem. 2018. Dissertação (Mestrado em Tecnologias da Inteligência e Design Digital) - Pontifícia Universidade Católica de São Paulo.
Nakaya, Helder Imoto; CHIVEGATTO FILHO, A.; EPIPHANIO, S.; SOUZA, R. P.. Mapeamento de hotspots de transmissão de malária utilizando geolocalização de pacientes. 2018. Dissertação (Mestrado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder Imoto; VIEIRA GERALDO, MURILO; SILVEIRA, E. L. V.; IAMBARTSEV, A.. Usando Biologia de Sistemas para entender a Imunossenescência. 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, HELDERI.; CHAMMAS, R.; CAMARGO, M. M.; SAITO, R. F.. Analysis of effect of chemical chaperones on expression of BiP and immunoglobulin folding in human B cells. 2017. Dissertação (Mestrado em convênio ? USP/Sorbone) - Université Paris-Sorbonne.
NAKAYA, H. I.; BUENO, M. R. S. P.; TAHIRA, A. C.; Brentani, HP. Determinação pré-natal não invasiva de paternidade utilizando micro-haplótipos. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, H. I.; HASHIMOTO, R. F.; SILVEIRA, E. L. V.. Análise Transcricional de RNAs Não Codificadores Longos em Pacientes com Dengue. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder I; TROSSINI, G.; HONORIO, K. M.; SCOTT, L. P. 8.. Triagem virtual de inibidores da enzima di-hidrofclato redutase de Schistosoma mansoni (SmDHFR). 2017. Dissertação (Mestrado em Fármacos e Medicamentos) - Universidade de São Paulo.
HIRATA, R. D. C.;NAKAYA, H. I.; GALANTE, N.; FELIPE, C.. Polimorfismos em genes envolvidos na farmacodinâmica de tacrolimo e everolimo e sua relação com a resposta ao tratamento imunossupressor, em receptores de transplante renal. 2017. Dissertação (Mestrado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo.
PONTILLO, A.;NAKAYA, H. I.; LEPIQUE, A. P.. dos Reis. PERFIL GENÔMICO DA RESPOSTA AO HIV-1 E IMPLICAÇÕES PARA A VACINA TERAPÊUTICA COM CÉLULAS DENDRÍTICAS CONTRA O HIV-1. 2015. Dissertação (Mestrado em Imunologia) - Universidade de São Paulo.
REIS, E. M. R.;Nakaya, Helder I; REIS, M. S.. Implementação de abordagens computacionais para identificação de RNAs longos não codificadores envolvidos na diferenciação neural. 2015. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, H.; VIEIRA GERALDO, MURILO; BARGIERI, D.;Verjovski-Alemida, S.. Biologia de Sistemas de RNAs Não-Codificadores Longos na Vacinação. 2020. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, HELDER TAKASHI IMOTO; VENCIO, R. Z. N.; GIULIATTI, S.; SILVA JUNIOR, W. A.; PASCHOAL, A. R.. Function Prediction of Transcription Start Site Associated RNAs (TSSaRNAs) in Halobacterium salinarum NRC-1. 2019. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder I; NASCIMENTO, J. R. O.; FONSECA, F. L. A.; CASTRO, F. F. M.. Clonagem, expressão recombinante e validação por microarray de proteínas alimentares potencialmente alergênicas. 2019. Tese (Doutorado em Faculdade de Farmácia/USP/SP - Departamento de Alimentos e Nutrição Experim) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, H. I.; SETUBAL, J. C.; LIMA, J. P. S. N.; COSTA JUNIOR, W. L.; SILVA, I. T.. ANÁLISE DE ASSINATURAS MUTACIONAIS NO PROGNÓSTICO DE PACIENTES COM ADENOCARCINOMA GÁSTRICO E INFECÇÃO POR EBV. 2019. Tese (Doutorado em Pós-Graduação e Residência) - Hospital AC Camargo.
PEREIRA, G. A. G.;NAKAYA, H. I.; SANTOS, R. V.; BRANDAO, M. M.; YAMAGISHI, M. E. B.. DESENVOLVIMENTO DE MÉTODOS DE ANÁLISES E INTEGRAÇÃO DE DADOS DE ÔMICAS APLICADOS À CONSTRUÇÃO DE LEVEDURAS INDUSTRIAIS PARA PRODUÇÃO DE BIOETANOL DE SEGUNDA GERAÇÃO. 2019. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Estrutural) - Universidade Estadual de Campinas.
NAKAYA, H. I.; RIANO, D. M.; SIMOES, A. C. Q.; REIS, E. M. R.. Desenvolvimento de uma Ferramenta Computacional para Análise de Co-Expressão Gênica e sua Aplicação na Biologia de Sistemas. 2019. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
SALOMAO, R.;NAKAYA, H. I.. Assinatura gênica relacionada ao metabolismo de heme e hemoglobina na sepse secundária à pneumonia. 2019. Tese (Doutorado em MEDICINA TRANSLACIONAL) - Universidade Federal de São Paulo.
BEIGNON, A.;NAKAYA, H. I.; QUINTIN, J.; MANTEL, N.; SCHWARTZ-CORNIL, I.; DALOD, M.. Characterization of the innate immunity elicited by vaccination and its interactions with adaptive immunity, depending on the delay between prime and boost. 2019 - Université Paris-Sud 11.
NAKAYA, HELDER TAKASHI IMOTO; FERNANDES, P. A. C. M.; LOTUFO, L. V. C.; MEDINA, T. S.. Causas e consequências da heterogeneidade celular intratumoral e o papel do sistema melatonérgico em tumores cerebrais. 2019. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Farmacologia)) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder Imoto; BUENO, M. R. S. E. P.; MEYER, D.; OTTO, P. A.; Brentani, HP. Diagnóstico molecular do transtorno do espectro autista através do sequenciamento completo de exoma. 2018. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder Imoto; BONATTO, D.. Análise de redes de coexpressão de amostras do sangue periférico de pacientes com leucemia mieloide aguda. 2018. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.
BOZZA, F. A.;Nakaya, Helder Imoto; MORAES, M. O.; JAPIASSU, A. M.. Análise do Fenótipo Imunometabólico de Monócitos na Sepse. 2018. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Faculdades Oswaldo Cruz.
KOIDE, T.; CRUZ, A. K.; MARQUES, M. V.;NAKAYA, HELDERI.; PINHEIRO, D. G.. A transcrição pervasiva na archaea Halobacterium salinarum NRC-1 e a identificação de novos transcritos. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
VERJOVSKI-ALMEIDA, S.;NAKAYA, H. I.; FUJITA, A.; PROSDOCIMI, F.; CARDOSO, A.. LincRNAs fisicamente associados ao receptor de andrógeno modificam o perfil de marcas da cromatina vizinha e alteram a expressão gênica local. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder I. Systems Vaccinology studies on the biomolecular basis of physical adjuvantation in skin when vaccinated with a high density microprojection array. 2017. Tese (Doutorado em PHD in Biology) - The University of Queensland.
BONAMINO, M. H.;Nakaya, Helder I; BOZZA, M. T.; PEREIRA, R. M.; VIOLA, J. P. B.. Estudo dos mecanismos moleculares de diferenciação das células T CD8. 2017. Tese (Doutorado em Oncologia) - Instituto Nacional de Câncer.
NAKAYA, H. I.; BUENO, M. R. S. E. P.; BERTOLA, D. R.; GOLLOP, T. R.; KULIKOWSKI, L. D.. Teste pré-natal não invasivo para detecção de doenças genéticas utilizando sequenciamento de nova geração. 2017. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, H. I.; MUTIS, M. C. S.; BARCELLOS NETO, C. C.; REIS, I. C.; SANTOS, R. S.. Determinantes da malária no estado do Rio de Janeiro com ênfase numa área com endemicidade pretérita: vigilância epidemiológica e entomológica para avaliação do risco de reemergência de focos e da reintrodução da doença. 2017. Tese (Doutorado em Epidemiologia em Saúde Pública) - Fundação Oswaldo Cruz.
COSTA, L. F.;NAKAYA, H. I.; REIS, S. F.; LEON, A. C. P.; SAITO, J. H.. Estruturas de Redes em Ossos ao longo do desenvolvimento. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
Mario H Hirata;NAKAYA, H. I.; HIRABARA, S.; SHINOHARA, E.; RODRIGUES, A.. Análise transcriptômica de miRNAs em pacientes sob dupla terapia de antiagregação. 2016. Tese (Doutorado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade de São Paulo.
OLIVEIRA, C. I.; ANDRADE, B.;NAKAYA, H. I.; BOAVENTURA, V.; CARVALHO, L.; RISTOW, P. L.. Avaliação da carga de patógenos e da resposta imune em crianças portadoras de infecção respiratória aguda. 2016. Tese (Doutorado em Ciências da Saúde) - Universidade Federal da Bahia.
OLIVEIRA, C. C.;NAKAYA, H. I.; JASIULIONIS, M.; BASSERES, D.;Verjovski-Alemida, S.. Estudo da regulação por microRNAs do RNA longo não codificador de proteínas TUG1 envolvido em processos tumorigênicos. 2016. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, H. I.; FUJIWARA, R. T.; Trindade, JM; SANTIAGO, H. C.; PROBST, C.. Implementação de estratégias para análise de dados de sequenciamento de RNA em larga escala aplicáveis à diferentes modelos biológicos. 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.
VERJOVSKI-ALMEIDA, SergioNAKAYA, HELDERI.; KASHIWABARA, A.. Análise exploratória de genes compostos predominantemente por microexons arranjados em tandem em uma coleção de anotações de genomas. 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
BARTHOLOMEU, D. C.;NAKAYA, H. I.; FRANCO, G. R.; NAHUM, L. A.; COELHO, E. A. F.. Genômica evolutiva e o estudo de mecanismos de adaptação do metabolismo de Leishmania ao parasitismo intracelular. 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.
HASHIMOTO, R. F.; CESAR JUNIOR, R. M.;Nakaya, Helder I; MASCHIETTO, M.; SATO, J. R.. Uma abordagem de integração de dados de redes PPI e expressão gênica para priorizar genes relacionados a doenças complexas. 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
SHINOHARA, E. M. G.; PAGNANO, K. B. B.; RODRIGUES, A. C.;Nakaya, Helder I; GIORDANO, R. J.. Efeito de SMADs e de microRNAs na expressão gênica de TGF-1 e seu papel na angiogênese em pacientes com mielofibrose e trombocitemia essencial. 2015. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo.
Trindade, JM; ABRAHAO, J. S.; SILVA, A. M.;Nakaya, Helder I; LOBO, F. P.. Caracterização do viroma de animais e plantas através da análise do padrão e sequência de pequenos RNAs produzidos pela resposta do hospedeiro. 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.
Nakaya, Helder I; OLIVEIRA, S. C.; AZAVEDO, V. A. C.; NUNES, A. C.; MIYOSHI, A.; MACEDO, G. C.. Estudo do papel da IL-10 endógena e da expressão de pequenos RNAs na modulação da resposta imune durante a infecção pela bactéria intracelular Brucella abortus. 2015. Tese (Doutorado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais.
CAMARGO, A. A.; SETUBAL, J. C.;REIS, E. M.; MEYER, D.;Nakaya, Helder I. Estudos sobre a organização genômica, evolução e expressão de microRNAs. 2015. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.
ANTONELI JUNIOR, F. M.; PAIVA, P. B.; COLOMBO, A.; DURHAM, A.;Nakaya, Helder I. DIFERENCIAÇÃO DE ESPÉCIES ATRAVÉS DE ALGORITMOS DE ANÁLISE DE INFORMAÇÃO MÚTUA UTILIZANDO DADOS DE SEQUÊNCIAS NUCLEOTÍDICAS. 2015. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciências) - Universidade Federal de São Paulo.
Nakaya, Helder I; CASSEB, J.; ARARIPE, M. C.; JANINI, L. R.; OLIVEIRA, R. M.. Caracterização molecular da gp120 do HIV-1 e suas implicações sobre o tropismo pelos correceptores CCR5 e CXCR4. 2014. Tese (Doutorado em Medicina Tropical) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder I; Mario H Hirata; CARDOSO, R.; PIGNATARI, A. C.; SATO, D.. Perfil transcriptômico comparativo de macrófagos em cultura, infectados com isolados clínicos de Mycobacterium tuberculosis com diferentes perfis de resistência a quimioterápicos. 2014. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder I; Forti, F. L.; Bruni-Cardoso, A.; Schechtman, D.; Pereira, L. V.. Caracterização da Proteína Quinase C Beta I nuclear em células tronco embrionárias. 2014. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, H.; HASHIMOTO, R. F.; SOUZA, R. F.. Aplicação de Ferramentas Genômicas para o Estudo de Bases de Dados Epidemiológicos. 2020. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, HELDER; GIRARDI, A. C.; ONUCHIC, L. F.. Identificação de genes envolvidos na regulação da pressão arterial utilizando a tecnologia ENU. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências Médicas) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, HELDER; MARTINS JUNIOR, D. C.; KIHARA, A. H.; SATO, J. R.. Integração de dados biológicos para associação de fenótipos presentes no transtorno do espectro autista (TEA). 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Neurociência e Cognição) - Universidade Federal do ABC.
Nakaya, Helder Imoto; ROJAS, P. L.; TAPIA, M. J.; MARACAJA-COUTINHO, V.. Contribución de comunidades bacterianas de la microbiota intestinal y de RNAs bacterianos circulantes al desarrollo de Hipercolesterolemia en Individuos Chilenos. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Celular y Molecular Aplicada) - Universidad de La Frontera.
Nakaya, Helder Imoto; TAHIRA, A. C.; FUJITA, A.. Cancer Immunology of Cutaneous Melanoma: A Systems Biology Approach. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder Imoto; MARTINS, D.; HASHIMOTO, R. F.. Priorização de SNPs para classificação de transtornos complexos. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder Imoto; SOUZA, H. P.; DALLAN, L. A.. Identificação e caracterização de genes relevantes à biologia vascular: análise integrada de dados ômicos para investigar novos mecanismos moleculares associados à função endotelial. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências Médicas) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, H. I.; PASSARELLI, M.; RODRIGUES, A. C.. Análise farmacogenômica e farmacoepigenômica em indivíduos com hipercolesterolemia familial. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, HELDERI.; Mario H Hirata. ULTRASSEQUENCIAMENTO EXÔMICO DOS PRINCIPAIS GENES RELACIONADOS COM A HIPERCOLESTEROLEMIA FAMILIAL. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo.
HASHIMOTO, R. F.;NAKAYA, HELDERI.; FRANCISCO, R. P. V.. Análise da conservação de redes de co-expressão do imprintoma da placenta e cérebro entre os sexos e sua contribuição para o Transtorno do Espectro Autista. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder I; THIESEN, F. V.; RIEGEL, M.; BUFFON, A.. Avaliação de potenciais efeitos sobre a saúde de expostos ocupacionais à poluição atmosférica e seus mecanismos. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências Farmacêuticas) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.
NAKAYA, H. I.; CHADI, D. R. F.; FERRARI, M. F. R.. Relevância fisiopatológica do sistema melatonérgico de gliomas humanos. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo.
CUEVAS, N. S.;NAKAYA, H. I.; NAVARRETE, L. S.; ROJAS, P. L.; TAPIA, M. J.; MARACAJA-COUTINHO, V.. Contribution of bacterial communities from the intestinal microbiota and host-circulating bacterial RNAs to Hypercholesterolemia in Chilean Individuals. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Celular y Molecular Aplicada) - Universidad de La Frontera.
NAKAYA, H. I.; BATISTA, W. L.; BRITO, C. A.. Caracterização e avaliação da capacidade protetora dos peptídeos imunogênicos de Sporothrix brasiliensis. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências Farmacêuticas) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, H. I.; PASSARELLI, M.; DOREA, E. L.. Análise de miRNoma em sangue periférico de indivíduos com obesidade e resistência à insulina. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, HELDERI.; NASCIMENTO, J.. Clonagem, expressão recombinante e validação por microarray de proteínas alimentares potencialmente alergênicas. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Faculdade de Farmácia/USP/SP - Departamento de Alimentos e Nutrição Experim) - Universidade de São Paulo.
REIS, E. M. R.; FUJITA, A.;Nakaya, Helder I. Transcritomica da formacao de vasos sanguineos. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder I; HASHIMOTO, R. F.; REIS, E. M. R.. Identificação de RNAs longos não codificadores de proteína ativados por andrógeno com potencial de regulação da arquitetura cromossômica e da composição epigenética local. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, H.; PERON, J. P. S.; DURIGON, E.. Investigação do papel da Microglia derivada de iPSC no Transtorno do Espectro do Autismo. 2020. Exame de qualificação (Mestrando em Imunologia) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, H. I.; PERON, J. P. S.; FUJITA, A.. Development of a framework based on information-theory for prioritizing genes in single-cell transcriptomics. 2019. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
SANTOS, A. L. S.; HASHIMOTO, R. F.;NAKAYA, HELDER TAKASHI IMOTO. Transcriptômica de autismo e deficiências intelectuais: uma abordagem de biologia de sistemas para identificar especificidades e convergências. 2019. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, HELDER; VEGA, I. S.. ACO (Ant Colony Optimization) para problemas HRP (Human Routing Problem) a partir do PRV (Vehicle Routing Problem). 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Tecnologias da Inteligência e Design Digital) - Pontifícia Universidade Católica de São Paulo.
Nakaya, Helder Imoto; Brentani, HP. Construção de pipeline para identificação de características de variantes genéticas ligadas ao Transtorno do Espectro Autista. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Psiquiatria) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder Imoto; PERON, J. P. S.; HASHIMOTO, R. F.. Análise transcriptômica de RNAs longos não codificadores em amostras de mamíferos infectados por Zika Vírus. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder Imoto; IAMBARTSEV, A.; ROSA, D. S.. Análise Sistêmica de amostras humanas naturalmente infectadas por Chikungunya Virus. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder ImotoVerjovski-Alemida, S.; GIORDANO, R. J.. Identificação por phage display de candidatos vacinais para esquistossomose mansônica baseada na auto-cura de macacos rhesus. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder Imoto; TEIXEIRA, M. M. G.; MIRANDA, P. A. V.. Análise e reconhecimento da forma tripomastigota de Trypanosoma cruzi para parasitemia automatizada em imagens com baixa densidade de pontos. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, HELDER; BOSCARDIN, S.; SATO, M. N.. Influência da Hidroquinona nas Respostas Imune Humoral e Celular Induzidas por Vacinas Virais. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, H. I.; REIS, E. M. R.; IAMBARTSEV, A.. CEMiTool: Uma ferramenta para a obtenção de módulos de coexpressão gênica. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, H. I.; VENCIO, R.; HASHIMOTO, R. F.. Modelos gráficos probabilísticos aplicados em Halobacterium salinarum. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
MARCO, R.; BARRERA, J.;Nakaya, Helder I. Estudo dos genes de microexons de Schistosoma mansoni. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, H. I.; SAMPAIO, M. F.; RODRIGUES, A. C.. Pesquisa de microRNAs circulantes biomarcadores de aterosclerose subclínica em pacientes pré-diabéticos. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo.
KIMURA, E. T.; LOPES, M. H.;Nakaya, Helder I. Paiva. miR18 and miR19 recruit specific proteins for splicing in cancer cells. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Biologia Celular e Tecidual) - Universidade de São Paulo.
Brentani, HP;Vencio, Ricardo ZNAKAYA, HELDER TAKASHI IMOTO. Implementação de abordagens computacionais para identificação de RNAs longos não codificadores envolvidos na diferenciação neuronal. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, HELDER TAKASHI IMOTO; OLIVEIRA, R. P. S.; FABI, J. P.. Desenvolvimento de modelo de machine learning para detecção de relatos de evento adverso em mídias sociais. 2019. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, HELDER TAKASHI IMOTO; FABI, J. P.; OLIVEIRA, R. P. S.. Hormônio de crescimento ? o que é e suas funções no organismo. 2019. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, HELDER TAKASHI IMOTO; TROSSINI, G. H. G.. Aplicação de Métodos Quimiogenômicos na Identificação de candidatos à Fármacos para o Tratamento de Dengue. 2019. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, HELDER; ALMEIDA, S. R.; BARGIERI, D. Y.. Imunomodulação por vermes como alternativa de tratamento de doenças inflamatórias auto-imunes. 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, HELDER; VERJOVSKI-ALMEIDA, S.; SILVA, A. M.. Validação por PCR quantitativo da variação do nível de expressão de RNAs longos não-codificadores de proteínas entre os diferentes estágios do ciclo de vida do parasita Schistosoma mansoni. 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder Imoto; GARCIA, C.; KATZIN, A. M.. Análise Comparativa das Vias de Sinalização Envolvidas na Infecção por Malária. 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder I. Novos Metodos de tratamento e profilaxia de infecções fúngicas. 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder I; Mario H Hirata. ASSOCIAÇÃO ENTRE AS VARIANTES GENÉTICAS NOS GENES MYH7, MYBPC3 E TNNT2 E AS CARACTERÍSTICAS CLÍNICAS QUE CONFEREM MAIOR RISCO DE MORTE SÚBITA CARDÍACA EM PACIENTES COM CARDIOMIOPATIA HIPERTRÓFICA. 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder I. Anticorpo humanizado contra TNF- (golimumabe) e sua aplicação no tratamento de artrite reumatoide, artrite psoriásica e espondilite anquilosante. 2017.
NAKAYA, H. I.; CASTRO, I.; ABDALLA, D. S. P.. Propriedades Imunomodulatórias de Peptídeos Miméticos da LDL Eletronegativa. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder I; PERON, J. P. S.. Psoríase e Novos Cenários Terapêuticos Envolvendo a IL-17. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo.
NAKAYA, H. I.; TROSSINI, G.. Estudo de QSAR aplicado a inibidores de PLK-2 (Polo-Like Kinase-2) candidatos a antiparksonianos. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder I; CAMPA, A.; Mario H Hirata. IDENTIFICAÇÃO DE MÓDULOS GÊNICOS DE COEXPRESSÃO EM PROCESSOS INFLAMATÓRIOS. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Farmácia) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder I; Cunha, F. M.; Romanatto, T.. Restrição Calórica em Saccharomyces cerevisiae: Efeito do pH. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Farmácia) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder I; Giarolla, J.; Rangel-Yagui, C. O.. Construção de farmacóforo para o receptor AT1 baseado em agonistas enviesados, um estudo de modelagem molecular. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Farmácia) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder I; Albuquerque, C. N.; Bacchi, E. M.. Atividades curriculares e extra-curriculares na FCF/USP: impactos na escolha e no sucesso profissional. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Farmácia) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder I; NEVES, C. T. C.; LANDGRAF, M.. Comissão de Ingresso no Doutorado Direto FBA. 2018. Universidade de São Paulo.
LANDGRAF, M.;NAKAYA, HELDERI.; NEVES, C. T. C.. Ingresso para mestrado na área de Ciência dos Alimentos. 2017. Universidade de São Paulo.
EPIPHANIO, S.;NAKAYA, H. I.; HEBEDA, C. B.. Processo Seletivo Doutorado FBC - FCF - USP. 2016. Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder I. Avaliação de poster da Semana Farmacêutica. 2015. Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder I; JUNIOR, E.; ALMEIDA, S. R.. Seleção para o Programa de Pós-graduação em Toxicologia e Análises Toxicológicas (Nível mestrado). 2014. Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder I. Seleção para o Programa de Pós-graduação em Farmácia (Área de Análises Clínicas, nível doutorado). 2014. Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder I. Seleção para o Programa de Pós-graduação em Toxicologia e Análises Toxicológicas (Nível doutorado). 2014. Universidade de São Paulo.
Nakaya, Helder I. Seleção para o Programa de Pós-graduação em Farmácia (Área de Análises Clínicas, nível pós-doutorado). 2014. Universidade de São Paulo.
Comissão julgadora das bancas
DE LUCCA, F L. Identificação e análise de expressão de RNAs intrônicos não codificadores humanos. 2007. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Nakaya, HTI; ALMEIDA, S. V.;OLIVEIRA, C. C.. Identificação e análise de expressão de RNAs intrônicos não codificadores humanos. 2007. Tese (Doutorado em Bioquímica Sp) - Universidade de São Paulo.
ULRICH, H.; HO, P. L.;GOMES, S. L.. Estudo de expressão de transcritos intrônicos não codificantes. 2006. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Ulrich, H.; Ho PL;GOMES, S. L.. Estudo de expressão de transcritos intrônicos não codificantes. 2006. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Instituto de Química-USP.
Orientou
Single cell epigenetics of tumor-infiltrating immune cells; Início: 2019; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; (Orientador);
Análise e reconhecimento da forma tripomastigota de Trypanosoma cruzi para parasitemia automatizada em imagens com baixa densidade de pontos; Início: 2017; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação Instituto Pesquisa Farmaceutica; (Orientador);
Biologia de Sistemas do autismo e deficiência intelectual; Início: 2017; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação Instituto Pesquisa Farmaceutica; (Orientador);
Meta-análise de redes gênicas associadas às infecções virais humanas; Início: 2019; Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; (Orientador);
A network medicine approach reveals genetic mechanisms and drug candidates for Psychiatric Diseases; Início: 2019; Tese (Doutorado em Bioquímica e Imunologia) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Coorientador);
Study of Transmission of Diseases Using Cell Phone from Infected People; Início: 2019; Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; (Orientador);
de Araújo; Análise de bancos de dados epidemiológicos usando ferramentas genômicas; Início: 2018; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, FIPFARMA; (Orientador);
Vacinologia de Sistemas Aplicada à Vacina VSV-ZEBOV contra Ebola; Início: 2017; Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; (Orientador);
Expression profile of lncRNAs in prostate cancer cell lines; Início: 2015; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);
Início: 2019; Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior;
Biologia de Sistemas Aplicada a Análise Transcriptômica de Doenças Inflamatórias; Início: 2019; Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo;
Início: 2019; Universidade de São Paulo, Fundação da Medicina USP;
Início: 2019; Universidade de São Paulo;
Início: 2018; Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior;
Início: 2018; Universidade de São Paulo;
Início: 2018; Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior;
Analise de single cell transcriptomics; Início: 2019 - Universidade de São Paulo; (Orientador);
O dimorfismo sexual como fator determinante para a diversidade da resposta imunológica e da expressão gênica induzida por vacinação; Início: 2019 - Universidade de São Paulo; (Orientador);
Análise da patologia molecular compartilhada e reposicionamento de drogas para doenças inflamatórias crônicas sob a abordagem da Medicina de Rede; Início: 2019 - Universidade de São Paulo; (Orientador);
Doutorado sanduíche; Início: 2019; Orientação de outra natureza; University of Washington; (Orientador);
Neuroimmune molecular networks in neurodegenerative e infectious diseases; 2020; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;
RNAs não codificadores longos associados a diferenciação neuronal; 2019; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;
Análise Sistêmica de amostras humanas naturalmente infectadas por Chikungunya Virus; 2019; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação Instituto Pesquisa Farmaceutica; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;
Análise de Transcriptoma de RNAs longos não codificadores em amostras de mamíferos infectados por ZIKV; 2019; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;
Biologia de Sistemas da Imunossenescência; 2018; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo,; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;
Identificação de hotspots de transmissão de doenças infecciosas; 2018; Dissertação (Mestrado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;
A SYK-dependent activation of STAT1-IRF1 amplifies the IFN signaling in HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis (HAM/TSP); 2018; Dissertação (Mestrado em Pharmaceutical Modeling) - Uppsala University, Swedish Institute; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;
Análise Transcricional de RNAs Não Codificadores Longos em Pacientes com Dengue; 2017; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;
Determinação pré-natal não invasiva de paternidade utilizando micro-haplótipos; 2017; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Nube - Estagiários e Aprendizes; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;
Biologia de Sistemas de RNAs Não Codificadores Longos na Vacinação; 2020; Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo,; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;
Análise dos Mecanismos Regulatórios Transcricionais Mediados por microRNAs na Síndrome Metabólica; 2019; Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo,; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;
Desenvolvimento de uma Ferramenta Computacional para Análise de Co-Expressão Gênica e sua Aplicação na Biologia de Sistemas; 2019; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo,; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;
Studying Juvenile Idiopathic Arthritis through a Network Medicine Approach; 2019; Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;
2017; Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Helder Takashi Imoto Nakaya;
2016; Universidade de São Paulo,; Helder Takashi Imoto Nakaya;
Imunomodulação por vermes como alternativa de tratamento de doenças inflamatórias auto-imunes; 2018; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;
Análise Comparativa das Vias de Sinalização Envolvidas na Infecção por Malária; 2018; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;
Avaliação de expressão gênica nos tecidos ao longo do envelhecimento por meio de análise computacional de sequenciamento de RNA de célula única; 2018; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;
Análise do Transcriptoma de Camundongos Vacinados com Cercárias Atenuadas de Schistosoma mansoni; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;
Investigação de genes; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Farmácia) - Universidade de São Paulo; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;
Desenvolvimento de módulos gênicos de inflamação com uso de bancos de dados de acesso livre; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Farmácia) - Universidade de São Paulo; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;
RNAs Não-Codificadores Longos como Potenciais Biomarcadores para Artrite; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;
Biologia de Sistemas da Vacina de Cercária Atenuada de Schistosoma mansoni; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;
Utilizando o Banco de Dados GEO para Estudos de Meta-Análise; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;
Análise Metagenômica de Micro-organismos Endofíticos com Ação sobre Óleos Vegetais de Frutos da Região Amazônica; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;
Biologia de sistemas da vacina de cercária atenuada de Schistosoma mansoni; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;
Doutorado Sanduiche; 2018; Orientação de outra natureza - Università degli Studi di Siena; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;
Foi orientado por
Identificação e Análise de Expressão de RNAs Intrônicos Não Codificadores Humanos; 2007; Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Sergio Verjovski Almeida;
Produções bibliográficas
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Querec, Troy D ; Akondy, Rama S ; Lee, Eva K ; Cao, Weiping ; Nakaya, Helder I ; Teuwen, Dirk ; Pirani, Ali ; Gernert, Kim ; Deng, Jiusheng ; Marzolf, Bruz ; Kennedy, Kathleen ; Wu, Haiyan ; Bennouna, Soumaya ; Oluoch, Herold ; Miller, Joseph ; Vencio, Ricardo Z ; Mulligan, Mark ; Aderem, Alan ; Ahmed, Rafi ; Pulendran, Bali . Systems biology approach predicts immunogenicity of the yellow fever vaccine in humans. Nature Immunology , v. 10, p. 116-125, 2008.
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NAKAYA, H. I. ; AMARAL, P. P. ; LOURO, R. ; Lopes A ; FACHEL, A. A. ; Moreira, YB ; El-Jundi, TA ; SILVA, Aline M da ; REIS, E. M. ; Verjovski-Alemida, S. . Genome mapping and expression analyses of human intronic noncoding RNAs reveal tissue-specific patterns and enrichment in genes related to regulation of transcription. Genome Biology , v. 8, p. R43, 2007.
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Reis, Eduardo M Nakaya, Helder I Louro, Rodrigo CANAVEZ, Flavio C Flatschart, Áurea V F ALMEIDA, Giulliana T EGIDIO, Camila M Paquola, Apuã C MACHADO, Abimael A FESTA, Fernanda YAMAMOTO, Denise ALVARENGA, Renato da Silva, Camille C BRITO, Glauber C Simon, Sérgio D MOREIRA-FILHO, Carlos A LEITE, Katia R CAMARA-LOPES, Luiz H CAMPOS, Franz S GIMBA, Etel VIGNAL, Giselle M EL-DORRY, Hamza SOGAYAR, Mari C BARCINSKI, Marcello A da Silva, Aline M , et al. VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; Antisense intronic non-coding RNA levels correlate to the degree of tumor differentiation in prostate cancer. Oncogene (Basingstoke) , v. 23, n.39, p. 6684-6692, 2004.
LOURO, R. ; NAKAYA, H. I. ; PAQUOLA, Apua C M ; MARTINS, Elizabeth A L ; SILVA, Aline M da ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, E. M. . RASL11A, member of a novel small monomeric GTPase gene family, is down-regulated in prostate tumors. Biochemical and Biophysical Research Communications , Estados Unidos, v. 316, n.3, p. 618-627, 2004.
Outras produções
NAKAYA, HELDER TAKASHI IMOTO ; GONCALVES, A. N. A. ; LEVER, M. . Molecular Degree of Perturbation. 2019.
RUSSO, PEDRO ; CARDOZO, LUCAS ESTEVES ; NAKAYA, H. I. . Co-Expression Modules identification Tool (CEMiTool). 2018.
Nakaya, Helder Imoto ; SETUBAL, J. C. ; CHIVEGATTO FILHO, A. ; AGUIAR, M. . Inteligência Artificial no Evento Conexão Saúde [Folha-Dasa]. 2018. (Programa de rádio ou TV/Mesa redonda).
NAKAYA, HELDERI. . Jornal da USP. 2017. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).
NAKAYA, HELDERI. . Radio USP. 2017. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).
BEUTLER, B. ; ZATZ, M. ; CHAMMAS, R. ; FERREIRA, L. C. S. ; KALLAS, E. ; Nakaya, Helder I . Prof. Bruce Beutler - Nobel em fisiologia ou medicina em 2011. 2015. (Programa de rádio ou TV/Mesa redonda).
NAKAYA, HELDERI. . Blog da Sociedade Brasileira de Imunologia. 2015; Tema: Imunologia. (Blog).
Nakaya, H. . Curso de Verão em Bioinformática UFMG. 2020. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
NAKAYA, HELDER TAKASHI IMOTO . VI Curso de Férias em Imunologia USP. 2019. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
NAKAYA, HELDER TAKASHI IMOTO . III Curso de Verão em Bioinformática da UFMG. 2019. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
NAKAYA, H. I. . I ESCOLA LATINO-AMERICANA DE BIOINFORMÁTICA PARA AS CIÊNCIAS ÔMICAS. 2019. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
NAKAYA, HELDER TAKASHI IMOTO . Bioinformática: Introdução à Análise de Redes Biológicas. 2019. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
NAKAYA, HELDER TAKASHI IMOTO . Divulgadores da Ciência na Terceira Idade. 2019. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
NAKAYA, H. I. ; NG, L. ; HISCOX, J. . EMBO Workshop - Modelling infectious diseases in the cell and host. 2018. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
NAKAYA, H. I. . Systems Immunology and Bioinformatics workshop - Gâmbia, MRC (Medical Research Council Unit). 2018. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
NAKAYA, HELDER . BIOLOGIA COMPUTACIONAL NO ESTUDO DO SISTEMA IMUNE. 2018. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
NAKAYA, HELDER . ICB 5747 - CIÊNCIAS ÔMICAS EM DOENÇAS INFECCIOSAS. 2018. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
NAKAYA, HELDER . Bioinformática para o Curso do CT Vacinas (Belo Horizonte). 2018. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
Nakaya, Helder I . Bioinformatics (Córdoba @ Argentina) The Advanced Course on Mucosal Immunology (ACMI). 2018. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
NAKAYA, HELDERI. . Curso de Bioinformatica para o CRID. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
NAKAYA, H. I. . International Course on Theoretical and Applied Aspects of Systems Biology. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
NAKAYA, H. I. . II Workshop de Jovens Pesquisadores em Planejamento e Desenvolvimento de Fármacos. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
NAKAYA, H. I. ; AMINO, R. ; SNOUNOU, G. ; RIBEIRO, C. ; GOMES, F. ; EPIPHANIO, S. ; BARGIERI, D. ; LIMA JUNIOR, J. ; CARVALHO, L. ; COSTA, F. T. M. . International Course Experimental Models in Malaria: biology, vaccines and pathogenesis (FioCruz - RJ). 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
NAKAYA, H. I. ; CUNHA-NETO, EDECIO ; KALIL, JORGE ; RAPPUOLI, R. ; GRAHAM, B. . IUIS-Brazil Advanced Course of Vaccines. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
NAKAYA, H. I. . (curso pré-congresso da SBBq) Abordagens transcritomicas para o estudo da expressão de genomas e metagenomas. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
NAKAYA, H. I. . Curso de Verão 2015 - Bioinformática - USP - Palestra: Introdução à Biologia de Sistemas e à Teoria de Grafos. 2015. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
Nakaya, Helder I . Curso Internacional de Biologia de Sistemas. 2015. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
RODRIGUES, M. ; Nakaya, Helder I . CBAB: Uso da bioinformática para o estudo de vacinas. 2015. .
Bozza, M ; Trindade, JM ; Bartholomeu, D ; NAKAYA, HELDER ; CERQUEIRA, G. . UFRJ-Curso de RNA-seq. 2015. .
Nakaya, Helder I. . UGPN: University Global Partnership Network (Surrey - UK). 2015. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
Nakaya, Helder I . UFMG - Curso de Imunologia Avançado. 2015. .
Nakaya, Helder I ; Luchessi, A. . Bioinformatics Workshop da Brazilian Association of Pharmaceutical Sciences. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
NAKAYA, H. I. . I CURSO DE INVERNO EM ANÁLISES CLÍNICAS - Palestra: Medicina personalizada utilizando tecnologias genômicas. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
Nakaya, Helder I ; de Mello Varani, Alessandro ; DARINI, A. L. . Bioinformática para Microbiologistas. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
Nakaya, Helder I . Immunology Course @ Brazilian Society of Immunology. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
Nakaya, Helder I . Disciplina Biologia de Sistemas FioCruz-RJ. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
Nakaya, Helder I ; RATO, G. F. . Epidemiologia digital. 2015 (Vídeo para projeto "Divulgando Ciência com Animação").
Nakaya, Helder I ; RATO, G. F. . DNA não-codificador: Lixo ou Ouro?. 2015 (Vídeo para projeto "Divulgando Ciência com Animação").
2020 - Atual
Systems immunology approach for resolving the mechanisms of vaccine-induced classical swine fever protection, Descrição: Classical Swine Fever (CSF) is a contagious, haemorrhagic and often fatal disease of Suidae, such as pigs and wild boar, caused by the classical swine fever virus (CSFV). CSFV is an enveloped, single stranded RNA virus that belongs to the Flaviviridae family (Moennig, 2000), distantly related for example to Zika and Yellow Fever virus. CSFV can be controlled by vaccination particularly using the C strain vaccine. The vaccine provides a rapid and complete protection of pigs against infection and also prevents viral transmission within 5 days of vaccination. The immunological signalling cascades behind the early protection afforded by C Strain are poorly understood, but precede the adaptive response, where IFN+ CD8+ cells arrive before the detection of a virus neutralising antibody response. Interferon is a key component of how the innate immune system responds to challenge with CSFV. System Immunology approaches have been carried out in humans for example on the highly efficacious Yellow Fever vaccine. Deciphering the immune signalling pathways underpinning the effectiveness of the C strain vaccine can shape and optimise the next generation of marker and subunit vaccines well beyond CSFV as access to material including post-mortem tissues where required is not limited. Previous work has indicated a key role of the interferon system if stimulated prior to challenge. The team at UoS has already carried out studies further to the one mentioned above to characterise the action of CSFV C strain vaccine upon vaccination. In particular we have carried out one study sampling tonsils at various time points in the first 90 hours, comparing C-strain and a virulent challenge virus to baseline. Samples have been stored for subsequent analysis by deep sequencing, which will be carried out in 2019. For early 2020 another such study is planned into the design of which the team at USP will provide input. The project is specifically designed to foster the collaboration between Prof Nakaya's team at USP and Prof Steinbach's team in Surrey through collaborative visits in particular. The aim is to generate data in collaboration from which publications and further grant applications will be generated in the course of the project.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Falko Steinbach - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2020 - Atual
Development of SARS-CoV-2 low-cost diagnostic platform based on reverse-transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP)., Descrição: To provide a solution for a rapid response of high laboratory diagnostic demand in virus outbreaks in PINA (RIIP).. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Integrante / edison Durigon - Coordenador / lucas blanes - Integrante., Financiador(es): Institut Pasteur - Auxílio financeiro.
2019 - Atual
Integrative Biology Applied to Human Health, Descrição: Data related to human health, from clinical and epidemiological information to medical images and omics data, are being generated and accumulated in an unprecedented amount in history. The analysis and integration of such information is critical to improve our understanding of the pathophysiology of diseases, their transmission, as well as their diagnosis and treatment. This project proposes innovative approaches for: analyzing large epidemiological databases; mapping hotspots of disease transmission; integrating transcriptome data with clinical and immunological data; and using machine learning for interpretation and analysis of microscopic images. State-of-the-art techniques or systems analyses and machine learning will be used and even developed for each approach, taking into account the foundations of integrative biology. We hope that the results of the project can clarify several problems related to human health, from the automatic analysis of microscopic slides to the molecular mechanisms of infectious and inflammatory diseases. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Mario Hiroyuki Hirata - Integrante / Luís Carlos de Souza Ferreira - Integrante / Luciano da Fontoura Costa - Integrante / Fernando Augusto Bozza - Integrante / Patricia Cristina Baleeiro Beltrao Braga - Integrante / Esper Georges Kallás - Integrante / Frederico Moraes Ferreira - Integrante / Paola Marcella Camargo Minoprio - Integrante / Ricardo Tostes Gazzinelli - Integrante / Sergio Schenkman - Integrante / Vanderson de Souza Sampaio - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2019 - Atual
Integrated strategy for the study of infectious agents causing emerging and / or neglected diseases transmitted by vectors of global impact, Descrição: This new Pasteur / USP partnership is particularly focused on vector-borne emergent and neglected diseases that may cause very complex immune responses and serious anomalies and / or disturbances in the nervous system, consequently impacting animal and public health. These partners will join their forces in a new Scientific Platform, in the recent "Innovation Center InovaUSP", in spaces strategically designed to implement a novel model for performing scientific research in proximity to the academy. The technological objective of this Platform is to strengthen the development of joint initiatives with a high degree of infrastructures and state-of-the-art equipment, sharing expertise, technologies and know-how, in view of joint and innovative discoveries of products and processes. This project is structured around complementary research programs of 3 groups of researchers from the two institutions that, in concert through this task force, intend to strengthen their scientific ties by answering questions of medical and veterinary interest in this unique strategic environment. The project aims to achieve the following main scientific objectives: (i) Generate luminous and fluorescent microorganisms to allow the real-time and detailed analysis of the interaction of these microorganisms with their hosts; (ii) To decipher immune, inflammatory and pathogenetic mechanisms triggered by these infectious agents, notably in the brain; (iii). Build a database from the integration of results generated by Omics, molecular biology and immunology and; (iv). Identify new targets for the development of preventive, diagnostic / prognostic and therapeutic methods.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Patricia Cristina Baleeiro Beltrao Braga - Integrante / Paola Marcella Camargo Minoprio - Integrante / Edison Luiz Durigon - Integrante / Eduardo Massad - Integrante / Paolo Marinho de Andrade Zanotto - Integrante / Pedro Cesar Teixeira Silva - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2019 - Atual
Network statistics: theory, methods, and applications, Descrição: The importance of statistics in natural sciences is unquestionable. Statistics is essential to analyze data appropriately and to reach reliable conclusions. However, little is known about formal statistical methods on graphs and their theoretical properties even with an increasing number of reports on the analysis of real world networks (e.g. functional brain networks, protein-protein interaction networks, and social interaction networks). Networks are usually analyzed using computational algorithms based on graph theory, such as calculation of centrality measures (relative importance of vertices and edges) or identification of structural patterns (motifs). The main drawback of this approach is the fact that real world networks present intrinsic fluctuations (random noise) that are not taken into account by these "classical" algorithms. Therefore, methods with statistical perspective may aid and complement these analyses. The main goals of this proposal is the development of both theory and computational statistics methods and apply them to real world data, such as networks from molecular biology, neuroimaging, and cardiac data. The development of this project will be essential to obtain novel insights, solidify the cooperation among PIs, and improve the research quality of all involved groups. In the long term, we will consolidate the field of Network Statistics, form groups of highly qualified researchers, and ultimately build a Center for Network Statistics in Brazil. This center will develop novel theoretical frameworks, methodological tools and also apply the latter to solve health sciences problems.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Integrante / André Fujita - Coordenador / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / João Ricardo Sato - Integrante / José Carlos Farias Alves Filho - Integrante / Thiago Mattar Cunha - Integrante / David Corrêa Martins Júnior - Integrante / Abner Cardoso Rodrigues Neto - Integrante / Alexandre Alarcon Steiner - Integrante / Alexandre Galvão Patriota - Integrante / Andrea Parolin Jackowski - Integrante / Carlos Alberto Moreira Filho - Integrante / Claudinei Eduardo Biazoli Junior - Integrante / Daniel Yasumasa Takahashi - Integrante / Elisa Harumi Kozasa - Integrante / Fabricio Martins Lopes - Integrante / Itamar de Souza Santos - Integrante / Joana Bisol Balardin - Integrante / João Paulo Papa - Integrante / MARI CLEIDE SOGAYAR - Integrante / Rodrigo Affonseca Bressan - Integrante / Silvia Yumi Bando Takahara - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2017 - 2018
Zoetis LLC - Systems Biology Approaches to Understand Bovine Respiratory Disease, Descrição: We will apply cutting-edge systems biology approaches to decipher cattle response to BRD. Through network analyses, our goal is to combine in depth cattle immune, transcriptomic and metabolomics profiling to identify key targets for disease intervention or therapeutics.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador.
2017 - Atual
Long noncoding RNA interplay with the host microbiome may determine mucosal influenza vaccine immunogenicity, Descrição: To apply systems biology methods to integrate nasopharyngeal microbiome, mucosal and blood transcriptome, immunological and clinical data following intranasal live attenuated influenza vaccine in children, and to identify and investigate the putative role of long noncoding RNAs (lncRNAs) in vaccine-induced mucosal immunity.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . , Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Thushan de Silva - Integrante / Beate Kampmann - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Cooperação.
2017 - Atual
Bill & Melinda Gates Foundation: "Mapping Hotspots for Mosquito-Human Malaria Transmission", Descrição: GRAND CHALLENGES EXPLORATIONS da Bill & Melinda Gates Foundation Helder Nakaya of the University of Sao Paulo in Brazil will identify hotspots of malaria transmission using the GPS data from mobile phones of infected individuals in order to find asymptomatic cases and help elimination efforts. Malaria is a major public health concern in many countries including Brazil. Eliminating the disease is difficult due in part to the existence of asymptomatic individuals who can still spread the disease but are difficult to detect. Relying on a patient remembering where they have been to identify asymptomatic individuals has not been adequate. Instead, they will test their online tool, which can extract the location history of an individual that has been recorded on their mobile phone, using patients with malaria in a reference hospital in Manaus, Brazil. The tool will be used to identify potential hotspots of transmission, which will be verified by taking blood samples from residents to identify those elusive asymptomatic patients. They will also develop an application for health care workers that displays the hotspots on a map.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Daniel Bargieri - Integrante / Marcus Lacerda - Integrante., Financiador(es): Bill & Melinda Gates Foundation - Auxílio financeiro.
2016 - Atual
Systems analysis of adult and pediatric responses to the VSV-ZEBOV Ebola vaccine, Descrição: The VSV-EBOPLUS collaborative research project is aimed to decipher the immune and molecular signatures of adult and pediatric responses elicited by the rVSVrG-ZEBOV-GP vaccine, the only Ebola vaccine with demonstrated 100% protective efficacy in humans. VSV-EBOPLUS will apply advanced cutting-edge technologies and systems vaccinology approaches to characterize the signatures of the responses to rVSVrG-ZEBOV-GP vaccination in clinical studies conducted in three different continents (Europe, Africa, US), in almost 1?000 adults, adolescents and children. VSV-EBOPLUS is a public-private consortium of 11 partners from 8 different countries involving experts from academic and research institutions, clinical sites (Switzerland, Gabon, USA) and the rVSVrG-ZEBOV-GP vaccine manufacturer. The project, of the duration of 5 years, has a total budget of more than ?15 million, and it is funded by the Innovative Medicines Initiative 2 (IMI 2) Joint Undertaking.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Donata Medaglini - Integrante / Claire-Anne Siegrist - Integrante / Selidji Agnandji - Integrante / Michael Eichberg - Integrante / Ali Harandi - Integrante / Tom Ottenhoff - Integrante., Financiador(es): Innovative Medicines Initiative - Auxílio financeiro.
2015 - 2017
Systems biology of typhoid fever: Unravelling regulation of human host-responses to infection with Salmonella Typhi and live oral vaccination, Descrição: Systems biology of typhoid fever: Unravelling regulation of human host-responses to infection with Salmonella Typhi and live oral vaccination. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Andrew Pollard - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Cooperação.
2014 - 2018
Improving treatment strategies for chronic alphaviral arthritic diseases, Descrição: Chikungunya virus (CHIKV) and Ross River virus (RRV) cause (occasionally very large) outbreaks of polyarthritis/polyarthralgia, which is often debilitating, lasts from weeks to months (occasionally longer), and is generally poorly managed with current treatments. Aim: To use RNA-Seq analysis to characterise the inflammatory signatures and viral genomes associated with chronic arthritis.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Integrante / Andreas Suhrbier - Coordenador.
2014 - 2016
Meta-análise transcricional de RNAs não codificadores longos de posições genômicas conservadas, Descrição: It is estimated that thousands of long non-coding RNAs (lncRNAs) are transcribed in the genome of several organisms. Dr. Kouzarides? group at Cambridge University re-analyzed a vast amount of RNA-sequencing data, and identified ~600 lncRNAs that were ?positionally conserved? (pcRNAs) in human and mouse genomes. Among the genes associated with these pcRNAs, a striking enrichment was observed for loci related to embryonic and tissue development. They also demonstrated that pcRNA expression is highly tissue-specific and directly correlates with the associated coding genes, supporting the idea that pcRNAs are context-specific regulators of developmental genes. Our group at University of São Paulo is utilizing publicly available high-throughput data to investigate the expression of lncRNAs under hundreds of different perturbations and conditions, and studying the implication of lncRNAs in the regulation of candidate target genes. We compared the genomic regions of these ~600 pcRNAs with the genomic regions of probes from different microarray platforms and found that most of these pcRNAs are represented by one or more probes. Here we propose to analyse the expression patterns of these pcRNAs, and how their expression correlates with the expression of coding genes, in a large panel of human cancer cell lines, primary tumours and disease conditions. The functions of a number of selected pcRNAs will be validated by Dr. Kouzarides' group. By assessing the transcription of pcRNAs and their associated coding genes in thousands of microarray studies, we expect to identify the biological conditions that affect the most the expression of pcRNAs and to reveal interesting mechanisms of gene regulation.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Paulo Paiva Amaral - Integrante / Tony Kouzarides - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2014 - 2016
Biologia de Sistemas de Processos Inflamatórios, Descrição: As redes gênicas que coordenam os diferentes processos inflamatórios são extremamente complexas e podem envolver centenas de genes. Entender precisamente quais componentes e as interações entre eles relevantes em uma determinada condição inflamatória pode fornecer importantes candidatos a alvos de fármacos, mais específicos e com menos efeitos adversos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (1) . , Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / sandro rogerio de Almeida - Integrante / Dario Simões Zamboni - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2014 - Atual
Systems biological analyses of innate and adaptive responses to vaccination, Descrição: The ability to predict vaccine immunity offers a solution to a major challenge in vaccinology: to prospectively determine vaccine efficacy. This ability is of considerable public health importance in identifying ?non-responders? in special populations in which a vaccine may induce suboptimal immunity. In addition, it would be great value in clinical trials of novel vaccines, to provide a rapid means to assess vaccine efficacy, without the need to identify the incidence of the target disease in vaccinated versus unvaccinated populations. In this context, this ?systems vaccinology? approach is beginning to be used to define signatures of vaccine efficacy in clinical trials. Importantly, this approach is yielding new insights about the fundamental mechanisms of immunity. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Integrante / Pulendran, Bali - Coordenador., Financiador(es): NIH - Auxílio financeiro.
2013 - 2018
Biologia de Sistemas de Longos RNAs não-codificadores, Descrição: Estima-se que milhares de longos RNAs não-codificadores (lncRNAs) sejam gerados à partir da transcrição do genoma de diversos organismos. No entanto, apenas uma fração muito pequena destes foi caracterizada funcionalmente. Um dos maiores motivos para isso está em nossa falta de conhecimento sobre os tecidos e condições biológicas nos quais esses lncRNAs são transcritos e como eles interagem com o DNA ou outros RNAs. A maioria dos estudos que utilizam técnicas de larga-escala como microarrays e sequenciamento de nova geração (RNA-seq) tem como objetivo principal monitorar a expressão dos genes codificadores de proteína. Porém, muitos destes dados, não explorados nas publicações originais, são provenientes de lncRNAs. Neste projeto, nós propomos utilizar os milhares de estudos de microarrays disponíveis em um banco de dados público para estudar a biologia de sistema dos lncRNAs frente a diferentes perturbações e suas possíveis implicações na regulação de genes alvos. Uma re-anotação que fizemos da plataforma da Affymetrix mais usada, na qual mais de 2.300 estudos foram publicados, revelou a existência de 10.248 sondas que medem a expressão de possíveis lncRNAs. Estudar o perfil de expressão de lncRNAs e como estes se correlacionam com os perfis de genes codificadores de proteína em tantos tecidos e condições irá revelar mecanismos de regulação interessantes. Estas análises irão envolver a identificação de módulos de co-expressão, a predição dos fatores de transcrição envolvidos e a associação de lncRNAs com doenças e infecções. Propomos também validar o papel regulatório de lncRNAs em alguns desses achados.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Marina Baquerizo Martinez - Integrante / Mario Hiroyuki Hirata - Integrante / Vinicius Ramos Henriques Maracaja Coutinho - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2013 - 2015
Investigação dos mecanismos efetores da vacina atenuada de Schistosoma mansoni utilizando, Descrição: A vacinação é um dos grandes triunfos da medicina moderna, porém ainda desconhecemos muitos dos mecanismos pelos quais as vacinas estimulam a imunidade protetora. Um dos grandes desafios da biologia e da medicina no século 21 é compreender a complexidade biológica que emerge das interações entre o nosso sistema imunológico e o meio ambiente (por exemplo, os patógenos). Para tanto, uma abordagem sistêmica, ao invés de uma abordagem reducionista deve ser empregada, de forma a obter dados preditivos, ao invés de dados descritivos. Este novo enfoque se tornou possível graças ao desenvolvimento de novas plataformas tecnológicas que permitem medir e visualizar o comportamento de largos conjuntos de genes, utilizando ferramentas computacionais e matemáticas para lidar com dados complexos. Neste contexto, surgiu a vacinologia sistêmica como uma área interdisciplinar que combina a medida de múltiplos parâmetros e sua análise em redes de interação e modelagem preditiva aplicada a vacinas. Esta abordagem já foi utilizada para as vacinas virais da febre amarela e gripe (atenuadas / inativadas) e foi capaz de predizer a futura imunogenicidade destas vacinas após a imunização, através da identificação de redes de genes ativados. A esquistossomose é uma importante doença causada por vermes trematódeos do gênero Schistosoma, que afeta mais de 200 milhões de indivíduos em 74 países. Essa doença parasitária é um sério problema de saúde pública, onde várias medidas de controle são propostas, dentre as quais se destaca o tratamento com a droga anti-helmíntica, o praziquantel e o desenvolvimento de uma vacina. Uma das principais dificuldades no desenvolvimento de uma vacina contra a esquistossomose relaciona-se ao pouco entendimento dos mecanismos moleculares protetores. Neste contexto, este projeto visa analisar o modelo de vacinação com cercária atenuada, através da comparação das redes de genes ativados/reprimidos no PBMC (células polimorfonucleares do sangue periférico) e sdLN (linfonodos drenantes da pele) de camundongos imunizados com uma dose (Th1), três doses (Th2) e em uma infecção natural (Th0). Para tanto, pretendemos utilizar a plataforma de microarrays, juntamente com análises multiplex de citocinas, e citometria de fluxo multiparamétrica. Essa proposta de trabalho auxiliará na busca de correlatos de proteção, ou mais apropriadamente, de assinaturas da imunidade inata e adaptativa necessária para ativação da resposta imune protetora. Desta forma, novos mecanismos de ação e previsão de imunogenicidade e eficácia vacinal poderão ser desvendados, permitindo assim o futuro desenho de novos sistemas de apresentação e adjuvantes para vacinas recombinantes de subunidades.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Integrante / Leonardo Paiva Farias - Coordenador / Luciana Cezar de Cerqueira Leite - Integrante / Patricia Aoki Miyasato - Integrante / Paulo Lee Ho - Integrante / Robert Alan Wilson - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Tereza Cristina Barbosa - Integrante / Juliana Vitoriano de Souza - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2013 - Atual
CRID - Center for research in inflammatory diseases, Descrição: Inflammatory diseases are a complex and heterogeneous group of diseases that affect more than 10% of the word population. The current options for the treatment of these diseases are still limited and in some cases, inefficient due to limited understanding of the mechanisms underlying these diseases. The development of translational research by a center that can generate scientific knowledge and also identify new therapeutic targets of inflammatory diseases is imperative. The Center for research in inflammatory diseases (CPDI) will be created with this goal. The general objective of the CPDI will be to perform integrative and translational research to identify, validate and target known and novel biological pathways involved with the induction and resolution of inflammation. As a result, we expect the development of innovative therapeutic strategies and drugs that effectively target inflammatory diseases. The project will involve high-throughput genetic screenings, in vivo and in vitro models of diseases, modeling and chemical synthesis, as well as the discovery of new natural molecules from plants and saliva from arthropods. After selecting the potential drugs and bio-drugs, CPDI will protect the intellectual property and, after partnerships with private companies, coordinate pre-clinical toxicological studies and early clinical trials. The CPDI will also dedicate intense efforts to disseminate knowledge to the general public, in order to fulfill the societal objective of spreading education and generating an enthusiasm for science.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Fernando de Queiroz Cunha - Integrante / Carlos Henrique Tomich de Paula da Silva - Integrante / José Carlos Farias Alves Filho - Integrante / João Santana da Silva - Integrante / Paulo Louzada Junior - Integrante / Rita de Cassia Aleixo Tostes Passaglia - Integrante / Thiago Mattar Cunha - Integrante / Ana Maria Ferreira Roselino - Integrante / Ana Paula de Carvalho Panzeri Carlotti - Integrante / Anibal Basile Filho - Integrante / Antônio Pazin Filho - Integrante / Beatriz Rossetti Ferreira - Integrante / Cacilda da Silva Souza - Integrante / Claudio Miguel da Costa Neto - Integrante / Dario Simoes Zamboni - Integrante / Doralina Guimarães Brum Souza - Integrante / Eduardo Antônio Donadi - Integrante / Eduardo Barbosa Coelho - Integrante / Elcio dos Santos Oliveira Vianna - Integrante / Flavio da Silva Emery - Integrante / Francisco José Albuquerque de Paula - Integrante / Geraldo Aleixo da Silva Passos Júnior - Integrante / Jose Marcos Chaves Ribeiro - Integrante / MARCELLO HENRIQUE NOGUEIRA-BARBOSA - Integrante / Marcos Antonio Rossi - Integrante / Marcos de Carvalho Borges - Integrante / Renê Donizeti Ribeiro de Oliveira - Integrante / Ronaldo de Albuquerque Ribeiro - Integrante / Roque Pacheco de Almeida - Integrante / Sandra Yasuyo Fukada Alves - Integrante / Sergio Henrique Ferreira - Integrante / Vanessa Carregaro Pereira - Integrante / Virginia Paes Leme Ferriani - Integrante / Vânia Luiza Deperon Bonato - Integrante / Waldiceu Aparecido Verri Junior - Integrante / Mateus Simões Flória - Integrante / Juan Dyego Marcelo Azevedo - Integrante / Selma Midori Yamada Shibuya - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Prêmios
2015
Treze Jovens Cientistas selecionados para participar da Academia Intercontinental, University-Based Institutes for Advanced Study.
2015
Wagner Prize for Matching Vaccines & Genes to Optimize Vaccine Effectiveness, Institute for Operations Research and the Management Sciences (INFORMS).
2011
Artigo selecionado como "Paper of the year" pela International Society for Vaccines, ISV.
2010
ACVD-EVC Training Fellowship Award, Australian Centre for Vaccine Development e Emory Vaccine Center.
2007
Melhor tese do ano de 2007 do programa de pós-graduação em Bioquímica, IQ-USP (São Paulo).
2004
Prêmio de Melhor Painel do 50o Congresso de Genética, Sociedade Brasileira de Genética.
1999
Menção Honrosa, Universidade de São Paulo.
Histórico profissional
Endereço profissional
Universidade de São Paulo, Faculdade de Ciências Farmacêuticas. , Av. Lineu Prestes, 580. Bl17, Butantã, 05508900 - São Paulo, SP - Brasil, Telefone: (11) 30913636, URL da Homepage:
Experiência profissional
2014 - 2014
QIMR Berghofer Medical Research InstituteVínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Visitante
2011 - 2013
Emory UniversityVínculo: Professor assistente, Enquadramento Funcional: Professor assistente, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
2008 - 2011
Emory UniversityVínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Pesquisador (pós-doutorando), Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
2013 - Atual
Universidade de São PauloVínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
2007 - 2008
Universidade de São PauloVínculo: Pós-doutorado, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
2002 - 2007
Universidade de São PauloVínculo: Doutorado, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações:
Caracterização de transcritos intrônicos não-codificantes.
2004 - 2004
Universidade de São PauloVínculo: Monitoria, Enquadramento Funcional: Monitoria, Carga horária: 12
Outras informações:
Monitoria de Bioquímica para o curso de graduação em Esportes da Universidade de São Paulo.
2003 - 2003
Universidade de São PauloVínculo: Monitoria, Enquadramento Funcional: Monitoria, Carga horária: 20
Outras informações:
Monitoria de Bioquímica para alunos da Medicina USP, nível graduação.
1998 - 2000
Universidade de São PauloVínculo: Estagiário, Enquadramento Funcional: Bolsista da Pró-Reitoria de Pesquisa da USP, Carga horária: 40
Outras informações:
Fiz um estágio no Instituto de Biociências da USP, no Departamento de Fisiologia, sob a orientação da Dra. Regina P. Markus. Neste estágio trabalhei com a modulação do hormônio melatonina em receptores nicotínicos de músculo esquelético. Usei como modelos ratos e células musculares em cultura.
1997 - 1998
Universidade de São PauloVínculo: Técnico, Enquadramento Funcional: Monitor de Informática, Carga horária: 12
Outras informações:
Monitor de informática da Sala Pró-Aluno do Instituto de Biociências da USP.
Atividades
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Ciências Farmacêuticas, .,Cargo ou função, Membro da Comissão de Estágios.
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Ciências Farmacêuticas, .,Cargo ou função, Membro do conselho do Departamento e da Comissão Coordenadora do Programa de Farmácia.
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Ciências Farmacêuticas, .,Cargo ou função, Presidente da Comissão de Relações Internacionais.
Ensino, Farmácia e Bioquímica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Fisiopatologia I e II, Imunodiagnóstico, Informação Científica, Bioinformatics for Health Sciences
Ensino, Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia), Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Trabalhos Científicos: da Elaboração à Publicação, Systems Biology for Health Sciences
Pesquisa e desenvolvimento , Faculdade de Ciências Farmacêuticas, .,Linhas de pesquisa
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Ciências Farmacêuticas, .,Cargo ou função, Representante dos professores doutores na Congregação.
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Ciências Farmacêuticas, .,Cargo ou função, Membro da Comissão de Relações Internacionais.
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.,Linhas de pesquisa
Estágios , Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.,Estágio realizado, Análise de expressão gênica de Xylella fastidiosa..
Estágios , Instituto de Biociências, Departamento de Fisiologia Geral.,Estágio realizado, Experimentos de microfisiologia, ensaios de ligação, cultura de células.
2016 - Atual
Sclavo Vaccines AssociationVínculo: Scientific Advisory Board, Enquadramento Funcional: Scientific Advisory Board, Carga horária: 1
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Depois do processo concluído, quem acessar essa página será redirecionado para seu cantinho no Escavador, seunome.escavador.com. Onde você poderá fazer a sua reputação, conhecer gente antenada, se informar e até mesmo ganhar clientes. Tudo isso de graça!
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Nossos robôs irão buscar nos nossos bancos de dados todos os processos de Helder Takashi Imoto Nakaya e sempre que o nome aparecer em publicações dos Diários Oficiais, avisaremos por e-mail e pelo painel do usuário
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