Francisco Pereira Lobo

Pós-doutorado

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Organização de eventos

Participação em eventos

Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

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• CINTRA, L. C. ; Hongo, J. A. ; LOBO, F.P. . Development of a Computational Pipeline to Detect Positive Selection. In: PAG - Plant & Animal Genome XX, 2012, San Diego. PAG abstract book, 2012.

• MENDES, T. A. O. ; LOBO, F.P. ; RODRIGUES, T. S. ; LUIZ, G. F. R. ; ROCHA, W. D. ; Fujiwara, R. T. ; TEIXEIRA, S. M. R. ; Bartholomeu, D. C. . Enrichnment of repeats in proteins of protozoan parasites relates to the ability to invade host cells and evade host immune response. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012, Campinas. X-meeting abstract book, 2012.

• SANTOS, E. M. ; FRANCO, G. R. ; STAMBUK, B. J. C. U. ; ROSA, C. A. ; LOBO, F. P. . Draft genome sequencing of the Yeast Spathaspora arborariae sp.. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012, Campinas. X-meeting abstract book, 2012.

• GEHART, I. R. ; GIACHETTO, P. F. ; YAMAGISHI, M. E. B. ; LOBO, F. P. ; PENCHEL, R. M. ; MISSIAGGIA, A. A. ; ZERLOTINI, A. ; SILVA, F. R. . RNA-seq analysis of Eucalyptus genotypes that differ in carbon allocation. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012, Campinas. X-meeting abstract book, 2012.

• LIMA, R. S. ; LOBO, F. P. ; CARAZZOLLE, M. F. ; COSTA, G. G. L. ; RODRIGUES, E. L. C. ; ALVES, A. A. ; YAMAGISHI, M. E. B. ; SOUZA JUNIOR, M. T. ; FORMIGHIERI, E. F. . Elaeis oleifera genome draft - genomics of american oil palm. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012, Campinas. X-meeting abstract book, 2012.

• KUSER-FALCAO, P. R. ; YAMAGISHI, M. E. B. ; GIACHETTO, P. F. ; SILVA, F. R. ; LOBO, F.P. ; CINTRA, L. C. ; ZERLOTINI, A. ; HIGA, R. ; VIEIRA, F. . Embrapa Bioinformatics Multi-Users Laboratory. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012, Campinas. X-meeting abstract book, 2012.

• Hongo, J. A. ; CASTRO, G. M. ; SILVA, F. R. ; CINTRA, L. C. ; ZERLOTINI, A. ; LOBO, F. P. . POTION: a massive parallel program for identification of homologous genes under positive selection on genomic scale datasets. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012, Campinas. X-meeting abstract book, 2012.

• VELOZZO, A. ; LOBO, F. P. ; YAMAGISHI, M. E. B. . A new BLAST-based Gbrowse plugin. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012, Campinas. X-meeting abstract book, 2012.

• AGUIAR, E. ; LOBO, F. P. ; OLMO, R. ; FERREIRA, F. ; OLIVEIRA, G. C. ; HULTMAN, K. ; JAFARI, N. ; CARTHEW, R. ; MARQUES J . Understanding innate immune responses to DNA viruses using the Drosophila melanogaster model. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012, Campinas. X-meeting abstract book, 2012.

• CASTRO, G. M. ; Hongo, J. A. ; LOBO, F. P. . Positive selection in homologous genes of Alphaherpesviruses. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012, Campinas. X-meeting abstract book, 2012.

• Silva R ; LOBO, F.P. . Use of an enrichment analysis strategy to detect potential new drug targets in fungal genomes. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2011, Florianópolis. X-meeting abstract book, 2011.

• MOURAO, M. M. ; BITAR, M. ; LOBO, F. P. ; GRYNBERG, P. ; BORONI, M. ; WAISBERG, M. ; MACEDO, A. M. ; MACHADO, C. R. ; FRANCO, G. R. . Revealing new perspectives on the regulation of gene expression by the trans-splicing mechanism in Shistosoma mansoni. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting 2011, 2011, Florianópolis. X-meeting abstract book, 2011.

• MENDES TMG ; LOBO F.P. ; Bartholomeu, D. C. . Comparative proteome analysis of protozoan parasites: tandem repeat proteins and epitope predictions. In: ISCB Latin America, 2010, Montevidéu. Livro de resumos do ISCB Latin America, 2010.

• LOBO F.P. ; Bartholomeu, D. C. . Development and validation of an epitope prediction pipeline. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Ouro Preto. Livro de resumos do 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010.

• LUIZ, G ; LOBO F.P. ; Bartholomeu, D. C. . Identification of specie specific microsatellites in three species of Leishmania. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Ouro Preto. Livro de resumos do 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010.

• MENDES TMG ; LOBO F.P. ; Bartholomeu, D. C. . In silico identification and experimental validation of conserved and polymorphic epitopes in distinct Trypanosoma cruzi strains. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Ouro Preto. Livro de resumos do 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010.

• Silva R ; LOBO F.P. . The nitrogen metabolism under a system biology perspective: the usage of enrichment analysis to detect its conserved and lineage-specific modules in Cyanobacteria, Rhyzobiales and Burkholderiales. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Ouro Preto. Livro de resumos do 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010.

• HILARIO, H. O. ; LOBO F.P. ; FRANCO, G. R. . Análise genômica comparativa de especializações metabólicas em Enterobacteriaceae. In: 56o Congresso Brasileiro de Genética, 2010, Guarujá. Livro de resumos do 56o Congresso Brasileiro de Genética, 2010.

• MAFRA, T. ; LOBO F.P. ; MARQUES J . In silico analysis of genes involved in small RNA pathways in Schistosoma mansoni. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Ouro Preto. Livro de resumos do 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010.

• BITAR, M. ; FRANCO, G. R. ; LOBO F.P. . Structural analysis of the zinc finger protein SMZF1 from Schistosoma mansoni. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Ouro Preto. Livro de resumos do 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010.

• MENDES, T. A. O. ; LOBO, F.P. ; FREITAS, L. M. ; RODRIGUES, T. S. ; Bartholomeu, D. C. . Comparação do conteúdo repetitivo e de epítopos de célula B nos proteomas de protozoários parasitos intra e extracelulares. In: I Encontro de Pesquisa do Programa de Pós-Graduação em Parasitologia, 2010, Belo Horizonte. Livro de resumos do I Encontro de Pesquisa do Programa de Pós-Graduação em Parasitologia, 2010.

• LOBO F.P. . Evaluating adaptative patterns in metabolic pathways: using Kegg Orthology to reveal metabolic strategies in monophyletic groups of prokaryote genomes. In: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009, Angra dos Reis. Livro de resumos do 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009.

• LOBO, F. P. ; MOTA, B. E. F. ; MACEDO, AM ; PENA, SD ; MACHADO, CR ; FRANCO, G. R. . Interações entre o genoma de hospedeiros e dos vírus que os infectam: evidências de adaptação de uso de códons em famílias de vírus e sua relação com o uso de códons em seus hospedeiros. In: 54 congresso brasileiro de genética, 2008, Salvador. Livro de resumos do 54 congresso brasileiro de genética, 2008.

• LOBO, F. P. ; FRANCO, G. R. . Virus-host genome interaction: evidence of codon usage adaptation in Flaviviridae family. In: X meeting 2007, 2007, São Paulo. Livro de resumos do X meeting, 2007.

• MUDADO, M. A. ; LOBO F.P. ; WAISBERG, M. ; FRANCO, G. R. ; ORTEGA, J. M. . Virtual and Nominal Estimative of Expression Using EST, KOG Proteins and Microarray Data. In: First Conference of the Brazilian Association of Computational Biology, 2005, Caxambú. Proceedings of the First International Conference of the Brazilian Association of Computational Biology, 2005.

• WAISBERG, M. ; LOBO F.P. ; SILVEIRA, C. H. ; SANTORO, M. M. . Classification of Globins based on amino acid content: An exploratory data analysis approach. In: First International Conference of the Brazilian Association of Computational Biology, 2005, Caxambu. Proceedings of the First International Conference of the Brazilian Society of Computational Biology, 2005.

• LOBO F.P. ; FRANCO, G. R. . The Schistosoma mansoni samll GTPase SMRHO1 - Characterizing the complementation of yeast knockout strain by two hybrid assay. In: XXXIII Reunião Anual da SBBq, 2004, Caxambú. Livro de resumos da XXXIII Reunião Anual da SBBq, 2004.

• LOBO F.P. . Interferência da utilização de cloro durante o abate de tilápias consorciadas a suínos referente à presença de Edwardsiella spp. In: V Congresso Latino-americano de Microbiologia e Higiene de Alimentos/VI Simpósio Brasileiro de Microbiologia de Alimentos, 1998, Águas de Lindóia. Livro de Resumos do V Congresso Latino-americano de Microbiologia e Higiene de Alimentos/VI Simpósio Brasileiro de Microbiologia de Alimentos. Águas de Lindóia - SP, 1998.

• LOBO F.P. . Comparação entre metolodogia padrão e o método Simplate para enumeração de coliformes em peixes de água doce. In: V Congresso Latino-americano de Microbiologia e Higiene de Alimentos/VI Simpósio Brasileiro de Microbiologia de Alimentos, 1998, Águas de Lindóia. Livro de Resumos do V Congresso Latino-americano de Microbiologia e Higiene de Alimentos/VI Simpósio Brasileiro de Microbiologia de Alimentos. Águas de Lindóia, 1998.

• LOBO F.P. . Edwardsiella spp em peixes consorciados a suínos. In: V Congresso Latino-americano de Microbiologia e Higiene de Alimentos/VI Simpósio Brasileiro de Microbiologia de Alimentos, 1998, Águas de Lindóia. Livro de Resumos do V Congresso Latino-americano de Microbiologia e Higiene de Alimentos/VI Simpósio Brasileiro de Microbiologia de Alimentos. Águas de Lindóia, 1998.

• LOBO F.P. . Variação sazonal no isolamento de Edwardsiella spp em tilápias consorciadas a suínos. In: V Congresso Latino-americano de Microbiologia e Higiene de Alimentos/VI Simpósio Brasileiro de Microbiologia de Alimentos, 1998, Águas de Lindóia. Livro de Resumos do V Congresso Latino-americano de Microbiologia e Higiene de Alimentos/VI Simpósio Brasileiro de Microbiologia de Alimentos. Águas de LIndóia, 1998.

• LOBO, F. P. . Coevolução molecular no sistema vírus-hospedeiro. 2018. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• LOBO, F. P. . Biological functions associated with the distribution of prophages in pathogenic and commensal bacteria. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• LOBO, F. P. . O genoma como um palimpsesto: decifrando as suas diferentes camadas. 2018. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• SILVA, L. V. D. ; Silva, TTM ; LOBO, F. P. . POTION2: a computational pipeline for genomic- scale search of positive selection in protein- coding genes in user-defined taxa. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• Silva, TTM ; SILVA, L. V. D. ; LOBO, F. P. . Patterns of positive selection in primate protein coding genes. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• Silva, TTM ; LOBO, F. P. . POTION2: UM AMBIENTE COMPUTACIONAL COMPLETO PARA A BUSCA POR GENES ADAPTATIVOS EM ESCALA GENÔMICA. 2018. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• Silva, TTM ; SILVA, L. V. D. ; LOBO, F. P. . POTION2: a complete computational environment to search for adaptive genes in genomic scale. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• LOBO, F. P. . POTION: An End-to-End Pipeline for Positive Darwinian Selection Detection in Genomic Scale Data through Phylogenetic Comparison of Protein-Coding Genes. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• LOBO, F. P. . KOMODO2: Large-scale genomic inference. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• LOBO, F.P. . Genômica Comparativa Inferencial. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• LOBO, F. P. . Reverse vaccinology - History and perspectives. 2013. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• LOBO, F. P. . Draft genome and annotation of Elaeis oleifera. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• LOBO, F. P. . Expanding Enrichment Analysis to the Evolutionary Space: Development and Validation of Kegg Orthology enrichMent - Online DetectiOn (KOMODO) to Detect Biased Distribution of Enzymatic Activities in Monophyletic Taxa. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• LOBO, F. P. . O que faz um bioinformata?. 2011. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• LOBO, F. P. . Instalação e uso da plataforma GBrowse para visualização de dados genômicos. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• LOBO, F. P. . Detecção e análise de convergências evolutivas no sistema parasito-hospedeiro através de ferramentas de bioinformática. 2010. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• LOBO, F. P. ; Rodrigues, M. R. ; HILARIO, H. O. ; RODRIGUES, G. O. L. ; FRANCO, G. R. . Evaluating adaptive patterns in metabolic pathways using KEGG Orthology to reveal metabolic strategies in monophyletic groups of prokaryotic genomes. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• LOBO, F. P. . Análise comparativa do conteúdo de repetições e de epítopos de linfócito B no proteoma completo de parasitas protozoários intra e extracelulares. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• LOBO, F. P. ; BUENO, L. L. ; LUIZ, G. F. R. ; MENDES, T. A. O. ; AVILA, R. A. M. ; Miranda, R. R. C. ; FREITAS, L. ; BRAGA, E. M. ; Fujiwara, R. T. ; Bartholomeu, D. C. . Development and validation of an epitope prediction pipeline. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• LOBO, F. P. ; HILARIO, H. O. ; FRANCO, G. R. . Evaluating adaptative patterns in metabolic pathways: using Kegg Orthology to reveal metabolic strategies in monophyletic groups of prokaryote genomes. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• LOBO . Interações entre o genoma de hospedeiros e dos vírus que os infectam: adaptações genômicas induzidas por hospedeiros vertebrados e invertebrados na família Flaviviridae. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• LOBO . Interações entre o genoma de hospedeiros e dos vírus que os infectam: adaptações genômicas induzidas por hospedeiros vertebrados e invertebrados na família Flaviviridae. 2008. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• LOBO . Influência dos genomas dos hospedeiros sobre o genoma dos vírus que os infectam: evidência de adaptação do uso de códons. 2008. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• LOBO ; MOTA, B. E. F. ; MACEDO, AM ; PENA, SD ; MACHADO, CR ; FRANCO, G. R. . Interações entre o genoma de hospedeiros e dos vírus que os infectam: evidências de adaptação de uso de códons em famílias de vírus e sua relação com o uso de códons em seus hospedeiros. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• LOBO, F. P. . Análise comparativa quantitativa de múltiplos genomas versus um dado background genômico. 2008. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• LOBO ; FRANCO, G. R. . Virus-host genome interaction: evidence of codon usage adaptation in Flaviviridae family. 2007. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• LOBO, F. P. . Os homens e outros animais: polêmicas sobre-vidas. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• LOBO . Funcionamento das Redes Neurais Artificiais. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• LOBO ; FRANCO, G. R. . The Schistosoma mansoni small GTPase SMRho1 - Characterizing the complementarion of a yeast knockout strain by two hibrid assay. 2004. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• LOBO . Redes Neurais e Modelos Cognitivos. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• LOBO ; FRANCO, G. R. ; VALADAO, AF . A utilização de Saccharomyces cerevisae como um sistema heterólogo para a caracterização funcional de SMYB1 de Schistosoma mansoni. 2002. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• LOBO, F. P. . Evolucionismo e Criacionismo. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• LOBO, F. P. . Exposição interativa - o mundo dos aracnídeos. 2000. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• LOBO, F. P. . O escorpião e suas relações com o homem e o ambiente. 2000. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• MURATORI, M. C. S. ; SILVA, M. C. C. ; OLIVEIRA, A. L. ; LOBO, F. P. . Comparação entre metodologia padrão e o método simplate para enumeraçã ode coliformes em peixes de água doce. 1998. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2016 - Atual

  Detecção de domínios protéicos associados ao aumento do número de neurônios em Primatas, Descrição: Os primatas possuem variação de três ordens de magnitude no número de neurônios corticais (NNC). Diversos estudos demonstram que os valores do NNC são bons estimadores indiretos (proxies) do grau de inteligência de vertebrados. Domínios protéicos podem ser considerados as menores unidades evolutivas e funcionais das proteínas eucarióticas, os quais apresentam diversos perfis de expansão e contração em genomas de diferentes espécies. Nesse projeto, utilizamos metodologias estatísticas e filogenéticas para buscar por domínios protéicos cuja ocorrência esteja significativamente associada aos valores de NNC em primatas. Detectamos diversos casos de expansão de domínios protéicos em primatas com os maiores valores de NCC. Alguns destes domínios atuam no desenvolvimento do sistema nervoso em primatas e na linhagem humana, enquanto outros compreendem alvos interessantes para validação funcional futura.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Francisco Pereira Lobo - Coordenador.

• 2016 - Atual

  POTION2 - busca computacional por genes adaptativos em escala genômica, Descrição: Programa para a busca computacional de seleção positiva em escala genômica. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Francisco Pereira Lobo - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 1

• 2011 - Atual

  Detecção e análise das propriedades biológicas de grupos de genes homólogos sob evidência de seleção positiva em genomas completos de parasitas, Descrição: A relação ecológica de parasitismo é uma constante corrida armamentista entre os organismos parasitas e seus hospedeiros. A infecção por parasitas diminui a aptidão evolutiva dos hospedeiros e, conseqüentemente, mecanismos anti-parasitismo são positivamente selecionados continuamente dentre o conjunto de genes que compõem o genoma do organismo hospedeiro. Entretanto, a seleção positiva de mecanismos anti-parasitismo por parte dos hospedeiros impõe novas pressões seletivas aos organismos parasitas. Dessa maneira, genes de parasitas que permitam o escape dos mecanismos anti-parasitismo do hospedeiro aumentam a aptidão evolutiva do organismo parasita, sendo também selecionados positivamente. Esse fenômeno acaba por causar uma espiral de eventos coevolutivos ao longo do tempo em ambos os genomas no que se refere aos genes envolvidos na relação molecular parasito-hospedeiro. Genes evoluindo sob esse tipo de pressão seletiva no sistema parasita-hospedeiro muitas vezes apresentam uma freqüência de mutações não-sinônimas e sinônimas mais elevada do que a da vasta maioria dos outros genes destes genomas, fenômeno este denominado seleção positiva. Assim, dentre todos os genes observados no genoma de hospedeiros e parasitas, genes sob evidência de seleção positiva são ótimos candidatos a genes envolvidos no relação ecológica de parasitismo. Nesse cenário, o presente trabalho visa desenvolver procedimentos computacionais automatizados para a detecção de genes sob evidência de seleção positiva em genomas de parasitas de modo a priorizar alvos para futuras intervenções (desenvolvimento de vacinas e fármacos), bem como para permitir um maior conhecimento da relação ecológica de parasitismo em nível molecular.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Francisco Pereira Lobo - Coordenador / Leandro Carrijo Cintra - Integrante / Adhemar zerlotini - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 8

• 2010 - Atual

  Análise comparativa do conteúdo de repetições e de epítopos de linfócito B no proteoma completo de parasitas protozoários intra e extracelulares, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Francisco Pereira Lobo - Integrante / Daniella Castanheira Bartholomeu - Coordenador / Tiago Antônio de Oliveira Mendes - Integrante., Número de produções C, T & A: 6

• 2009 - Atual

  Desenvolvimento de uma pipeline automatizada para a predição de proteínas imunogênicas, Descrição: Uma fração considerável dos genes codificadores de proteínas não possui homólogos conhecidos em outras espécies. Esses genes são, em teoria, uma importante fonte de novos alvos terapêuticos quando advindos de genomas de organismos parasitas. O presente projeto visa caracterizar o proteoma de organismos parasitas através de metodologias homologia-independentes para a localização de possíveis alvos terapêuticos. Diversas propriedades biológicas são indicativos do potencial antigênico de uma dada sequência protéica e não necessitam de similaridade prévia com nenhuma sequência, tais como grau de entropia da sequência, presença de epítopos de linfócitos T e B e localização celular, dentre outras. Através da integração da informação dessas diferentes fontes pretendemos utilizar técnicas de inteligência artificial, tais como SVM e redes neurais, para treinar classificadores para a detecção de possíveis produtos gênicos de natureza antigênica previamente desconhecidos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Francisco Pereira Lobo - Integrante / Daniella Castanheira Bartholomeu - Coordenador., Número de produções C, T & A: 4

• 2008 - 2009

  Desenvolvimento de novas metodologias para o agrupamento de sequências biológicas, Descrição: Trabalho que visava desenvolver e validar novas metodologias capazes de agrupar eficientemente grupos de proteínas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Francisco Pereira Lobo - Integrante / Wittkop T - Integrante / Bambach J - Coordenador / Tauch, Andreas - Integrante., Número de produções C, T & A: 1

• 2008 - Atual

  Análise genômica comparativa de especializações metabólicas em grupos de genomas procarióticos, Descrição: Organismos procarióticos são encontrados ocupando diversos nichos distintos na natureza. Tal fato se dá em parte devido à grande variabilidade metabólica observada nesses organismos, os quais possuem a vasta maioria das vias metabólicas conhecidas e são, consequentemente, capazes de utilizar diversos compostos como fonte de energia e nutrientes. Uma vez que diversos genomas encontram-se sequenciados, diversos tipos de análise genômica comparativa podem ser feito para evidenciar as características genômicas específicas de um daod táxon, acrescentando, assim, mais conhecimentos a esse grupo biológico em questão. Nesse contexto esse trabalho se propões a desenvolver uma metodologia para evidenciar a variabilidade metabólica presente em um dado grupo de genomas relacionados quando comparada à um outro grupo de genomas quaisquer de forma a se estudar como a diversidade metabólica desse táxon se correlaciona com o seu modo de vida. Para tal, desenvolveu-se uma metodologia para a busca por grupos de homólogos significativamente mais (ou menos) representados em um dado táxon quando comparados a um outro táxon qualquer. Para a obtenção dos grupos de genomas anotados em grupos de genes homólogos compartilhados (ou não) entre táxons, utilizou-se o banco de dados KEGG (Kioto Encyclopedia of Genes and Genomes), o qual fornece um dicionário comum de grupos de genes homólogos por curadoria manual. Para se avaliar um dado grupo de homólogos como diferencialmente super (ou sub) representado em um táxon A quando comparado a um táxon B, quatro números são definidos: T (total de genomas em A), t (total de genomas em B), N (total de genomas em A que possui o grupo em questão) e n (total de genomas em B que possui o grupo em questão). De posse desses quatro números, um teste qui-quadrado é realizado para determinar se as razões p0 (x/(n-x)) e p1 (X/(N-X)) derivam da mesma distribuição verificando-se a probabilidade das hipóteses nula (H0, p0 = p1) e alternativa (H1, p0 p1).. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Francisco Pereira Lobo - Coordenador / Glória Regina Franco - Integrante / Heron Oliveira Hilário - Integrante., Número de produções C, T & A: 4

• 2008 - Atual

  KOMODO: uma ferramenta web para a busca de grupos de genes homólogos de distribuição taxonômica restrita, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Francisco Pereira Lobo - Coordenador / Jorge Augusto Hongo - Integrante., Número de produções C, T & A: 9

• 2007 - Atual

  Estudos de coevolução de genomas de vírus e hospedeiros, Descrição: A família Flaviviridae é composta por diversos vírus de RNA de grande interesse médico e veterinário tais como Dengue, Febre Amarela, Hepatite C e Peste Suína, dentre outros. Nesse grupo ocorrem também vírus insetoespecíficos incapazes de causar doença em mamíferos. A existência de grupos-irmão de vírus que infectam hospedeiros tão distintos gera um cenário onde se pode estudar a adaptação de patógenos de um mesmo táxon (Flaviviridae) a sistemas imunes distintos (insetos e mamíferos). Nesse contexto esse estudo comparou a assinatura genômica (um grupo de parâmetros estatísticos que descrevem e correlacionam genomas) entre seqüências de RNA de Flaviviridae inseto e mamífero-específicos e de vertebrados e insetos. Observamos que as seqüências dos hospedeiros são significativamente distintas entre si e, surpreendentemente, diversos vírus também foram significativamente mais semelhantes aos seus hospedeiros do que a qualquer outro grupo viral. Dessa maneira demonstramos a ocorrência de mimetismo molecular em Flaviviridae, um evento de seleção natural no qual os genomas virais mais semelhantes aos de seus hospedeiros são positivamente selecionados e aumentam sua progênie através da tradução mais eficiente de seu genoma e do escape da detecção imune de genomas invasores. Esse trabalho acrescenta uma surpreendente nova camada de informações na complexa rede de interações do sistema vírus-hospedeiro ao evidenciar importantes mecanismos de escape virais desconhecidos previamente. Mecanismos semelhantes possivelmente existem em outros sistemas vírus-hospedeiros que tenham evoluído da mesma maneira.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Francisco Pereira Lobo - Coordenador / Glória Regina Franco - Integrante / Tarcísio José Domingos Coutinho - Integrante., Número de produções C, T & A: 7

• 2006 - 2011

  Seqüenciamento do genoma da bactéria Corynebacterium pseudotuberculosis e identificação de genes diferencialmente expressos nas raízes de linhagens contrastantes de milho em resposta ao déficit hídrico, Descrição: Corynebacterium pseudotuberculosis biovar ovis 1002 - The genus Corynebacterium belongs to a suprageneric group of actinomycetes, which also includes the genera Mycobacterium, Nocardia and Rhodococcus. These gram-positive bacteria (termed the CMN group) constitute a very heterogeneous group; however the various species share particular characteristics, such as: (i) mycolic acid-containing cell walls; and (ii) high G+C content (50-72%). The genomes of several species of this group have already been completely sequenced; this fact reflects the considerable medical, veterinary and biotechnological importance of these organisms. C. pseudotuberculosis, an important animal pathogen, is the etiological agent of a disease that is commonly called caseous lymphadenitis (CLA) or cheesy gland. This disease is found in all the world s major sheep and goat production areas, causing significant economic losses worldwide, mainly due to the reduction of wool, meat and milk yields, decreased reproductive efficiencies of affected animals and condemnation of carcasses and skins in abattoirs. In some cases, the infection produces few obvious clinical signs in the animal, remaining unrecognized until a post-mortem examination has been carried out and, making it difficult to obtain definitive data about prevalence of the disease. Noteworthy, despite its importance for animal health, this bacterium is poorly characterized. Only three virulence factors have been identified in C. pseudotuberculosis: (i) cell wall toxic lipids, related to abscess formation; (ii) phospholipase D, a sphingomyelin-degrading exotoxin; and (iii) 40-kDa serine protease, an immunogenic protein. Furthermore, few genes involved on the mechanisms employed by C.pseudotuberculosis during infection are currently known. Once its complete genome sequence becomes available, it will be possible to better understand the molecular and genetic basis of virulence of this bacterium.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Francisco Pereira Lobo - Integrante / Glória Regina Franco - Integrante / Vasco - Integrante / Guilherme Corrêa de Oliveira - Coordenador.

Prêmios