Francisco Pereira Lobo

Francisco Pereira Lobo é Bacharel em Biologia, com ênfase em Bioquímica e Imunologia, formado pela Universidade Federal de Minas Gerais (2002). Obteve seu Mestrado em Bioquímica e Imunologia (2005) e seu Doutorado em Bioinformática com um ano de sanduíche na Alemanha (2009) pela mesma universidade. Em seu doutorado, estudou eventos de coevolução e mimetismo molecular em genomas de vírus de RNA e moléculas de RNA mensageiro de seus hospedeiros. Fez seu pós-doutorado no Laboratório de Genômica de Parasitos pela mesma universidade (2009-2010) estudando genômica comparativa de protozoários e predição automática de proteínas imunogênicas. De 2010 a 2016, foi pesquisador A na Embrapa Informática Agropecuária, Campinas, SP, trabalhando no Laboratório Multiusuário de Bioinformática. É professor Adjunto A no Departamento de Biologia Geral, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais. Em sua pesquisa, utiliza biologia computacional para analisar dados ômicos e os metadados associados de modo a obter conhecimento biologicamente relevante e estatisticamente válido sobre sistemas biológicos complexos. Participa do grupo de pesquisa "Biologia de Sistemas" do CNPq.

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Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em Bioinformática

2006 - 2009

Universidade Federal de Minas Gerais
Título: O uso de metodologias homologia-independentes para o estudo da coevolução de genomas: a família Flaviviridae e seus hospedeiros
Orientador: em Bielefeld University ( Andreas Tauch)
com Glória Regina Franco. Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: comparative genomics; virus-host coevolution; bioinformatics; codon usage; genomic signature; CpG. Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.

Mestrado em Mestrado em Bioquímica e Imunologia

2003 - 2005

Universidade Federal de Minas Gerais
Título: A utilização de Saccharomyces cerevisae para a caracterização funcional da proteína SmRho1 de Schistosoma mansoni,Ano de Obtenção: 2005
Glória Regina Franco.Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: Rho Gtpase; Schistosoma mansoni; Duplo híbrido.Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.

Graduação em Biologia

1999 - 2002

Universidade Federal de Minas Gerais
Título: A utilização de Saccharomyces cerevisiae como um sistema heterólogo para a caracterização funcional da proteína SMRho1 de Schistosoma mansoni
Orientador: Glória Regina Franco

Curso técnico/profissionalizante em Especialização em microbiologia de alimentos

1998 - 1998

Fundação Ezequiel Dias
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.

Curso técnico/profissionalizante em Curso Técnico de Patologia Clínica

1995 - 1998

Universidade Federal de Minas Gerais

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Pós-doutorado

2010

Pós-Doutorado. , Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil. , Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Parasitologia / Subárea: Protozoologia de Parasitos.

2016 - 2017

Pós-Doutorado. , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.

2009 - 2009

Pós-Doutorado. , Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil. , Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais, FAPEMIG, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Parasitologia / Subárea: Protozoologia de Parasitos.

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Formação complementar

2015 - 2015

Train the trainer. (Carga horária: 40h). , European Bioinformatics Institute, EMBL, Inglaterra.

2015 - 2015

Introduction to Integrative Omics. (Carga horária: 40h). , European Bioinformatics Institute, EMBL, Inglaterra.

2014 - 2014

Exploring variation in animal genomes. (Carga horária: 28h). , Biotechnology and Biological Sciences Research Council, BBSRC, Inglaterra.

2013 - 2013

Metadata: organizing and discovering information. , University of North Carolina System, UNC, Estados Unidos.

2013 - 2013

CIPA - Comissão Interna de Prevenção de Acidentes. (Carga horária: 20h). , SENAI - Departamento Regional de São Paulo, SENAI/DR/SP, Brasil.

2013 - 2013

Data analysis. , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.

2013 - 2013

Astrobiology and Search for Extraterrestrial Life. , University of Edinburgh, EDINBURGH, Escócia.

2013 - 2013

Computational Molecular Evolution. , Technical University of Denmark, DTU, Dinamarca.

2013 - 2013

Modelos computacionais aplicados à bioinformática e biologia computacional. (Carga horária: 10h). , Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária, EMBRAPA, Brasil.

2012 - 2012

Computing for Data Analysis. , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.

2005 - 2005

Tecnologia de Microarrays de DNA. (Carga horária: 47h). , Perkin Elmer, P, Estados Unidos.

2001 - 2001

Técnicas para o estudo de Genoma e Proteoma. (Carga horária: 12h). , Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.

2000 - 2000

Biologia de Aranhas. , Sociedade Brasileira de Zoologia, SBZ, Brasil.

1996 - 1996

Curso de Biologia Marinha. (Carga horária: 35h). , Fundação ecossistemas do Espírito Santo, FEES, Brasil.

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Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Espanhol

Compreende Bem, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.

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Áreas de atuação

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular/Especialidade: Bioinformática.

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica.

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Evolução Molecular.

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Biologia Molecular.

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.

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Organização de eventos

LOBO F.P. . ISMB - Travel Fellowship Committee. 2013. (Congresso).

LOBO F.P. . X-meeting 2012. 2012. (Congresso).

LOBO F.P. . SB-meeting 2010 - First Brasil-Deutschland Systems Biology Meeting. 2010. (Congresso).

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Participação em eventos

11th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biologyogy. POTION: An End-to-End Pipeline for Positive Darwinian Selection Detection in Genomic Scale Data through Phylogenetic Comparison of Protein-Coding Genes. 2015. (Congresso).

ISCB Latin America / X-Meeting / BSB / SolBio 2014. Como. 2014. (Congresso).

9th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biologyogy / BSB 2013. Reverse vaccinology. 2013. (Congresso).

III Workshop da Rede Genômica Animal / I Simpósio de Modelagem Computacional em Bioinformática.Como. 2013. (Simpósio).

International Symposium on Tick control and Tick-borne diseases.Reverse vaccinology - History and perspectives. 2013. (Simpósio).

8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biologyogy. POTION: a massive parallel program for identification of homologous genes under positive selection on genomic scale datasets. 2012. (Congresso).

Plant and Animal Genomes - PAG XX. Expanding Enrichment Analysis to the Evolutionary Space: Development and Validation of Kegg Orthology enrichMent - Online DetectiOn (KOMODO) to Detect Biased Distribution of Enzymatic Activities in Monophyletic Taxa. 2012. (Congresso).

7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. Use of an enrichment analysis strategy to detect potential new drug targets in fungal genomes. 2011. (Congresso).

Simpósio de Egressos do Programa de Pós-graduação em Bioinformática.Como. 2011. (Simpósio).

6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. Development and validation of an epitope prediction pipeline. 2010. (Congresso).

ISCB Latin America 2010. 2010. (Congresso).

SB-meeting 2010 - First Brasil-Deutschland Systems Biology Meeting. Evaluating adaptive patterns in metabolic pathways using KEGG Orthology to reveal metabolic strategies in monophyletic groups of prokaryotic genomes. 2010. (Congresso).

5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. Evaluating adaptative patterns in metabolic pathways: using Kegg Orthology to reveal metabolic strategies in monophyletic groups of prokaryote genomes. 2009. (Congresso).

54 congresso brasileiro de genética. Interações entre o genoma de hospedeiros e dos vírus que os infectam: evidências de adaptação de uso de códons em famílias de vírus e sua relação com o uso de códons em seus hospedeiros. 2008. (Congresso).

3rd international conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Compational Biology. Virus-host genome interaction: evidence of codon usage adaptation in Flaviviridae family. 2007. (Congresso).

ISMB 2006 - 14th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology. Bioinformatics analyses of Schistosoma mansoni ESTs generated from trans-spliced enriched cDNA libraries. 2006. (Congresso).

First International Conference of the Brazilian Association of Computational Biology. Classification of Globins based on amino acid content: An exploratory data analysis approach. 2005. (Congresso).

Biowork VI - Biotecnologia e saúde. 2004. (Congresso).

XXXIII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. The Schistosoma mansoni small GTPase SMRho1 - Characterizing the complementarion of a yeast knockout strain by two hibrid assay. 2004. (Congresso).

8th International Symposium on Schistosomiasis. 2001. (Congresso).

III semana do conhecimento - II Reunião Anual da UFMG Jovem.Exposição interativa - o mundo dos aracnídeos. 2000. (Encontro).

III semana do conhecimento - XI semana de iniciação científica. Exposição interativa - o mundo dos aracnídeos. 2000. (Congresso).

XXIII Congresso Brasileiro de Zoologia. 2000. (Congresso).

V Congresso Latinoamericano de Microbiologia e Higiene de Alimentos - VI Simpósio Brasileiro de Microbiologia de Alimentos. Comparação entre metodologia padrão e o método simplate para enumeraçã ode coliformes em peixes de água doce. 1998. (Congresso).

5ª SBPC Jovem. 1997. (Encontro).

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Participação em bancas

Aluno: Cássia do Carmo Vieira

LOBO F.P.. Siglasearch - arcabouço de consulta de dados flexibilizada para workflows de múltiplos laboratórios de pesquisa. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Lucas Miguel de Carvalho

LOBO F.P.. Avaliação de montadores de novo de RNA-Seq para análise de expressão diferencial de transcritos. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Tiago Tambonis

LOBO F.P.. Análise do método Suvrel na expressão diferencial a partir da matriz de contagens gerada com dados de RNA-Seq. 2015. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Renata Cristina Fleith

LOBO F.P.. Implicações na infectividade de um peptídeo altamente conservado da proteína E do Dengue virus. 2014. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Federal de Santa Catarina.

Aluno: Soraia Fernanda Costa Inácio Pereira

LOBO F.P.. Estudo evolutivo dos grandes vírus nucleocitoplasmáticos de DNA da família Mimiviridae. 2014. Dissertação (Mestrado em BIOLOGIA CELULAR E MOLECULAR) - Universidade Federal da Paraíba.

Aluno: Ricardo de Souza Ribeiro

LOBO F.P.. Desenvolvimento de uma estratégia automática para busca de potenciais antígenos em proteomas preditos de Plasmodium spp.. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: André Bittencourt Lorusso

LOBO F.P.. Desenvolvimento de um sistema semi-automatizado para nocautes gênicos em Trypanosoma cruzi. 2013. Dissertação (Mestrado em BIOCIÊNCIAS E BIOTECNOLOGIA) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Elisa Rennó Donnard Moreira

LOBO F.P.FRANCO, G. R.. Desenvolvimento e aplicação de métodos bioquímicos e bioinformáticos para buscar interações regulatórias: Tead4 como modelo. 2010. Dissertação (Mestrado em Bioquímica e Imunologia) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Raony Guimaraes Correa Do Carmo Lisboa Cardenas

LOBO F.P.. Mendel,MD: um software online para análise de exomas humanos e investigação de doenças Mendelianas. 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Eric Roberto Guimarães Rocha Aguiar

LOBO F.P.. Caracterização do viroma de animais e plantas através da análise do padrão e sequência de pequenos RNAs produzidos pela resposta do hospedeiro. 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Izinara Rosse da Cruz

LOBO F.P.. Identificação e análises funcionais de polimorfismos nos principais genes envolvidos no metabolismo de lipídios da glândula mamária de zebuínos. 2015. Tese (Doutorado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Robson da Silva Lopes

LOBO F.P.. Desenvolvimento de ferramentas para a identificação de marcadores moleculares e imunológicos a partir de dados genômicos como alvo para o diagneostico de doenças parasitárias. 2015. Tese (Doutorado em Parasitologia) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Henrique Velloso Ferreira Melo

LOBO F.P.. Ferramentas e serviçoes online para a análise da origem cladística de genes e vias metabólicas. 2014. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Rodrigo de Paula Baptista

LOBO F.P.. Aplicação de abordagens bioinformáticas no estudo da estrutura populacional de Trypanosoma cruzi. 2014. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: César Gómez Hernández

LOBO F.P.. Variabilidade intra DTU de cepas de Trypanosoma cruzi I procedentes de Argentina, Brasil e México. 2014. Tese (Doutorado em Medicina Tropical e Infectologia) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro.

Aluno: Amjad Ali

LOBO F.P.. Comparative Microbial Genomics: Pangenomics and Pathogenomics of Corynebacterium, Campylobacter and Helicobacter. 2013. Tese (Doutorado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Rafael Lucas Muniz Guedes

LOBO F.P.. Desenvolvimento das ferramentas SeedServer, para agrupamento de sequências protéicas homólogas e U-MAGE, para propagação de ontologia funcional. 2013. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Larissa Lopes Silva

LOBO F.P.. Genômica Comparativa de Schistosoma mansoni: Biodiversidade Molecular à Luz da Evolução. 2013. Tese (Doutorado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Rondon Pessoa de Mendonça Neto

LOBO F.P.. Genômica Comparativa para Identificação de Fatores de Virulê ncia no Trypanosoma cruzi. 2013. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Anderson Rodrigues dos Santos

LOBO F.P.. A genômica como ferramenta para seleção de alvos contra a linfadenite caseosa. 2012. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Armando de Menezes Neto

LOBO F.P.. Identificação de erros de anotação N-terminal em proteínas do plasmodium através da predição de peptídeo sinal em ortólogos e desenvolvimentos de uma ferramenta computacional automatizada. 2012. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciências da Saúde) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Ricardo Andrez machado de àvila

LOBO F.P.. Predição de epitopos descontínuos ou conformacionais em proteínas atraves da bioinformática estrutural. 2011. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Vagner Katsumi Okura

LOBO F.P.. Sintenia genômica entre sorgo e cana-de-açucar inferida a partir do sequenciamento de um "pool" de BACs. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Leandro Costa do Nascimento

LOBO F.P.. Montagem de genomas poliplides usando reads curtos. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Eudes Guilherme Vieira Barbosa

LOBO F.P.. On the limits of computational functional genomics for bacterial lifestyle prediction. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Thiago Mafra Batista

LOBO F.P.. Sequenciamento de novo, montagem e análise dos genomas da Cepa probiótica Saccharomyces boulardii e da cepa Saccharomyces cerevisiae UFMG A-905, uma possível levedura probiótica. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: MELLINE FONTES NORONHA

LOBO F.P.. Metagenomica de Saccharum spp. para desenvolvimento da Cana Energia. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Gabriela Flavia Rodrigues Luiz

LOBO F.P.. Desenvolvimento de uma ferramenta web para identificação de primers táxon-específicos. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Eric Roberto Guimarães Rocha Aguiar

LOBO F.P.. Caracterização da interação vírus-hospedeiro utilizando o método de RNAseq como ferramenta. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Ítalo do Valle

LOBO F.P.. Análise do genoma do maxicírculo do DNA mitocondrial da cepa 231 de Trypanosoma cruzi. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Patrícia Keyth Lins Rocha

LOBO F.P.PROSDOCIMI, F.. Análises de metodologias homologia-independentes para a detecção de ilhas genômicas em procariotos. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Federal da Paraíba.

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Comissão julgadora das bancas

Anderson Miyoshi

Miyoshi, Anderson. Genômica comparativa de actinobactérias do grupo CMN. 2008. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica e Imunologia) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Sávio Torres de Farias

FARIAS, Sávio Torres de. O uso de metodologias homologia-independentes para o estudo de co-evolução de genomas. 2009. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Élida Mara Leite Rabelo

RABELO, E. M. L.; ORTEGA, J. M.; FRANCO, G. R.. A utilização de Saccharomyces cerevisiae para a caracterização funcional da proteína SmRho1 de Schistosoma mansoni. 2005. Dissertação (Mestrado em Bioquímica e Imunologia) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Roney Santos Coimbra

COIMBRA, R. S.. O uso de metodologias homologia-independentes para o estudo da co-evolução de genomas: aplicação na relação entre vírus e hospedeiros. 2009. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Erna Geessien Kroon

KROON, E. G.;FRANCO, G. R.; AZEVEDO, V. A.; Ortega, JM; de Farias, ST. O uso de metodologias homologia-independentes para o estudo da co-evolução de genomas:aplicação na relação entre vírus e hospedeiros. 2009. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

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Orientou

Jussara Miranda

Determinação e contextualização biológica dos padrões de recombinação em procariotos; Início: 2018; Dissertação (Mestrado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais; (Orientador);

Leonardo Vinicius

POTION2 - um software para a busca computacional por seleção positiva; Início: 2017; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais; (Orientador);

Dalbert Benjamim

Evolução da complexidade; Início: 2017; Dissertação (Mestrado profissional em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Alison Menezes

Estudo dos padrões adaptativos genômicos em grupos monofiléticos de plantas; Início: 2018; Tese (Doutorado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; (Orientador);

Giovanni Marques de Castro

Desenvolvimento e validação de métodos para detecção de transferência gênica horizontal e análise da importância biológica do mobiloma na evolução de procariotos em diferentes contextos ecológicos; Início: 2016; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Tarcisio José Domingos Coutinho

Utilização de metodologias homologia-independentes para a detecção e análise de casos de coevolução no sistema vírus-hospedeiro; Início: 2014; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Anderson Vieira Chaves

Início: 2018; Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior;

Raphael Tavares da Silva

Início: 2017; Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior;

Zandora Hastenreiter

Estudo de correlações entre propriedades genômicas e complexidade do sistema nervoso central; Início: 2018; Iniciação científica (Graduando em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais; (Orientador);

Thieres Tayroni

Estudo de genes adaptativos em artrópodes; Início: 2017; Iniciação científica (Graduando em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais; (Orientador);

Agnello Picorelli

Módulos biológicos associados à presença de profagos em Mycobacterium; Início: 2017; Iniciação científica (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais, Pró-reitoria de Pesquisa da UFMG; (Orientador);

Jorge Augusto Hongo

KOMODO 2 - Large-scale genomic inference; 2015; Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária; Coorientador: Francisco Pereira Lobo;

Giovanni Marques de Castro

Identificação da quasispecies Papaya ringspot vírus em uma biblioteca de cDNA de Fevillea cordifolia; 2015; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas,; Coorientador: Francisco Pereira Lobo;

Jorge Augusto Hongo

Detecção e análise das propriedades biológicas de grupos de genes homólogos sob evidência de seleção positiva em genomas completos de parasitas; 2012; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária; Orientador: Francisco Pereira Lobo;

Giovanni Marques de Castro

Busca computacional por genes sob evidência de seleção positiva em Orthopoxvirus; 2012; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal de São Carlos, Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária; Orientador: Francisco Pereira Lobo;

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Foi orientado por

Daniella Castanheira Bartholomeu

2009; Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Daniella Castanheira Bartholomeu;

Gloria Regina Franco

A utilização de Saccharomyces cerevisiae para a caracterização funcional da proteína SmRho1 de Schistosoma mansoni; 2005; 89 f; Dissertação (Mestrado em Mestrado em bioquímica) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Gloria Regina Franco;

Gloria Regina Franco

O uso de metodologias homologias-independentes para o estudo da coevolução de genomas: a família Flaviviridae e seus hospedeiros; 2009; 0 f; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Gloria Regina Franco;

Gloria Regina Franco

Estudos funcionais da proteína RHO1 de Schistosoma mansoni através da técnica de duplo híbrido; 2003; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Bacharelado Bioquímica/Imunologia) - Universidade Federal de Minas Gerais; Orientador: Gloria Regina Franco;

Gloria Regina Franco

A ultilização de Saccharomyces cerevisae como um sistema heterólogo para a caracterização funcional da proteína SMYB1 de Schistosoma mansoni; 2003; Iniciação Científica; (Graduando em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais; Orientador: Gloria Regina Franco;

Teofania Heloisa Dutra Amorim Vidigal

Estudo da variabilidade genética de populações de B; straminea do Brasil Argentina e Uruguai através da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR); 2000; 0 f; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Teofania Heloisa Dutra Amorim Vidigal;

Ricardo toshio Fujiwara

2010; Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Ricardo Toshio Fujiwara;

Vasco Ariston de Carvalho Azevedo

Montagem e anotação do genoma de Corynebacterium pseudotuperculosis, causadora de linfoadenite caseosa em caprinos e ovinos; 2009; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Vasco Ariston de Carvalho Azevedo;

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Produções bibliográficas

  • MENEZES, ALISON P. A. ; RESENDE-MOREIRA, LUCIANA C. ; BUZATTI, RENATA S. O. ; NAZARENO, ALISON G. ; CARLSEN, MONICA ; Lobo, Francisco P. ; KALAPOTHAKIS, EVANGUEDES ; LOVATO, MARIA BERNADETE . Chloroplast genomes of Byrsonima species (Malpighiaceae): comparative analysis and screening of high divergence sequences. Scientific Reports , v. 8, p. 1-12, 2018.

  • CARRIERO, MATEUS M. ; HENRIQUE-SILVA, FLÁVIO ; CAETANO, ALEXANDRE RODRIGUES ; Lobo, Francisco Pereira ; ALVES, ANDERSON LUIS ; VARELA, EDUARDO SOUSA ; DEL COLLADO, MAITE ; MOREIRA, GABRIEL S.A. ; MAIA, ANTONIO A.M. . Characterization and gene expression analysis of pacu ( Piaractus mesopotamicus ) inducible nitric oxide synthase (iNOS) following Aeromonas dhakensis infection. FISH & SHELLFISH IMMUNOLOGY , v. 74, p. 94-100, 2018.

  • STAFUZZA, NEDENIA BONVINO ; Zerlotini, Adhemar ; Lobo, Francisco Pereira ; YAMAGISHI, MICHEL EDUARDO BELEZA ; CHUD, TATIANE CRISTINA SELEGUIM ; CAETANO, ALEXANDRE RODRIGUES ; MUNARI, DANÍSIO PRADO ; GARRICK, DORIAN J. ; MACHADO, MARCO ANTONIO ; MARTINS, MARTA FONSECA ; CARVALHO, MARIA RAQUEL ; COLE, JOHN BRUCE ; BARBOSA DA SILVA, MARCOS VINICIUS GUALBERTO . Single nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds. Plos One , v. 12, p. e0173954, 2017.

  • ROJAS, THAÍS CABRERA GALVÃO ; Lobo, Francisco Pereira ; HONGO, JORGE AUGUSTO ; VICENTINI, RENATO ; VERMA, RENU ; MALUTA, RENATO PARIZ ; DIAS DA SILVEIRA, WANDERLEY . Genome-Wide Survey of Genes Under Positive Selection in Avian Pathogenic Escherichia coli Strains. Foodborne Pathogens and Disease , v. 14, p. 1, 2017.

  • AGUIRRE, ANDRÉ DE ABREU RANGEL ; Lobo, Francisco Pereira ; CUNHA, RODRIGO CASQUERO ; GARCIA, MARCOS VALÉRIO ; ANDREOTTI, RENATO . Design of the ATAQ peptide and its evaluation as an immunogen to develop a Rhipicephalus vaccine. Veterinary Parasitology (Print) , v. 221, p. 30-38, 2016.

  • DE CASTRO, GIOVANNI MARQUES ; LIMA, MIRTES FREITAS ; FONSECA, MARIA ESTHER N. ; BOITEUX, LEONARDO SILVA ; Lobo, Francisco Pereira ; DA SILVA, FELIPE RODRIGUES ; RECH, ELIBIO L. . First Report of Papaya ringspot virus-type W Infecting Fevillea species (Cucurbitaceae) in South America. Plant Disease , v. 1, p. PDIS-05-16-0662-PDN, 2016.

  • FLEITH, RENATA C. ; Lobo, Francisco P. ; DOS SANTOS, PAULA F. ; ROCHA, MARIANA M. ; BORDIGNON, JULIANO ; STROTTMANN, DAISY M. ; PATRICIO, DANIEL O. ; PAVANELLI, WANDER R. ; LO SARZI, MARIA ; SANTOS, CLAUDIA N. D. ; FERGUSON, BRIAN J. ; MANSUR, DANIEL S. . Genome-wide analyses reveal a highly conserved Dengue virus envelope peptide which is critical for virus viability and antigenic in humans. Scientific Reports , v. 6, p. 36339, 2016.

  • VELAZQUEZ-SALINAS, LAURO ; ZARATE, SELENE ; ESCHBAUMER, MICHAEL ; PEREIRA LOBO, FRANCISCO ; GLADUE, DOUGLAS P. ; ARZT, JONATHAN ; NOVELLA, ISABEL S. ; RODRIGUEZ, LUIS L. . Selective Factors Associated with the Evolution of Codon Usage in Natural Populations of Arboviruses. Plos One , v. 11, p. e0159943, 2016.

  • COUTINHO, TARCISIO JOSÉ DOMINGOS ; FRANCO, GLÓRIA REGINA ; Lobo, Francisco Pereira . Homology-Independent Metrics for Comparative Genomics. Computational and Structural Biotechnology Journal , v. 13, p. 1, 2015.

  • AGUIAR, E. R. G. R. ; OLMO, R. P. ; PARO, S. ; FERREIRA, F. V. ; DE FARIA, I. J. D. S. ; TODJRO, Y. M. H. ; LOBO, F. P. ; KROON, E. G. ; MEIGNIN, C. ; GATHERER, D. ; IMLER, J.-L. ; MARQUES, J. T. . Sequence-independent characterization of viruses based on the pattern of viral small RNAs produced by the host. Nucleic Acids Research , v. 1, p. 1-2, 2015.

  • RODRIGUES, FABIANA APARECIDA ; FUGANTI-PAGLIARINI, RENATA ; MARCOLINO-GOMES, JULIANA ; NAKAYAMA, THIAGO JONAS ; MOLINARI, HUGO BRUNO CORREA ; Lobo, Francisco Pereira ; HARMON, FRANK G ; NEPOMUCENO, ALEXANDRE LIMA . Daytime soybean transcriptome fluctuations during water deficit stress. BMC Genomics , v. 16, p. 1, 2015.

  • HONGO, JORGE A. ; DE CASTRO, GIOVANNI M. ; CINTRA, LEANDRO C. ; Zerlotini, Adhemar ; Lobo, Francisco P. . POTION: an end-to-end pipeline for positive Darwinian selection detection in genome-scale data through phylogenetic comparison of protein-coding genes. BMC Genomics , v. 16, p. 1-16, 2015.

  • LOBO, F. P. ; GONCALVES, D. L. ; ALVES, S. L. ; GERBER, A. L. ; DE VASCONCELOS, A. T. R. ; BASSO, L. C. ; FRANCO, G. R. ; SOARES, M. A. ; CADETE, R. M. ; ROSA, C. A. ; STAMBUK, B. U. . Draft Genome Sequence of the D-Xylose-Fermenting Yeast Spathaspora arborariae UFMG-HM19.1AT. Genome Announcements , v. 2, p. e01163-13-e01163-13, 2014.

  • MOURAO, M. M. ; BITAR, M. ; LOBO, F.P. ; PECONICK, A. P. ; GRYNBERG, P. ; PROSDOCIMI, F. ; WAISBERG, M. ; CERQUEIRA, G. C. ; MACEDO, A. M. ; MACHADO, C. R. ; YOSHINO, T. ; FRANCO, G. R. . A directed approach for the identification of transcripts harbouring the spliced leader sequence and the effect of trans-splicing knockdown in Schistosoma mansoni. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Impresso) , v. 108, p. 707-717, 2013.

  • MENDES, T. A. O. ; LOBO, F. P. ; RODRIGUES, T. S. ; RODRIGUES-LUIZ, G. F. ; DAROCHA, W. D. ; Fujiwara, R. T. ; TEIXEIRA, S. M. R. ; Bartholomeu, D. C. . Repeat-Enriched Proteins Are Related to Host Cell Invasion and Immune Evasion in Parasitic Protozoa. Molecular Biology and Evolution , v. 30, p. 951-963, 2013.

  • LOBO, F. P. ; Rodrigues, M. R. ; Rodrigues, G. O. L. ; HILARIO, H. O. ; Souza, R. A. ; Tauch, A. ; MIYOSHI, A. ; Franco, G. C. ; Azevedo, V. ; FRANCO, G. R. . KOMODO: a web tool for detecting and visualizing biased distribution of groups of homologous genes in monophyletic taxa. Nucleic Acids Research , v. 40, p. 1010100-1010100, 2012.

  • BITAR, MAINÁ ; DRUMMOND, MARCELA GONÇALVES ; COSTA, MAURICIO GARCIA SOUZA ; Lobo, Francisco Pereira ; CALZAVARA-SILVA, CARLOS EDUARDO ; BISCH, PAULO MASCARELLO ; MACHADO, CARLOS RENATO ; MACEDO, ANDRÉA MARA ; PIERCE, RAYMOND J. ; FRANCO, GLÓRIA REGINA . Modeling the zing finger protein SmZF1 from Schistosoma mansoni: insights into DNA binding and gene regulation. Journal of Molecular Graphics & Modelling , v. 39, p. 29-38, 2012.

  • dos Santos, Sara Lopes ; Freitas, Leandro Martins ; Lobo, Francisco Pereira ; Rodrigues-Luiz, Gabriela Flávia ; Mendes, Tiago Antônio de Oliveira ; Oliveira, Anny Carolline Silva ; Andrade, Luciana Oliveira ; Chiari, Égler ; Gazzinelli, Ricardo Tostes ; Teixeira, Santuza Maria Ribeiro ; Fujiwara, Ricardo Toshio ; Bartholomeu, Daniella Castanheira ; Dumonteil, Eric . The MASP Family of Trypanosoma cruzi: Changes in Gene Expression and Antigenic Profile during the Acute Phase of Experimental Infection. PLoS Neglected Tropical Diseases (Online) , v. 6, p. e1779, 2012.

  • Ruiz, Jerônimo C. D'Afonseca, Vívian Silva, Artur Ali, Amjad Pinto, Anne C. Santos, Anderson R. Rocha, Aryanne A. M. C. Lopes, Débora O. Dorella, Fernanda A. Pacheco, Luis G. C. Costa, Marcília P. Turk, Meritxell Z. Seyffert, Núbia Moraes, Pablo M. R. O. Soares, Siomar C. Almeida, Sintia S. Castro, Thiago L. P. Abreu, Vinicius A. C. Trost, Eva Baumbach, Jan Tauch, Andreas Schneider, Maria Paula C. McCulloch, John Cerdeira, Louise T. Ramos, Rommel T. J. , et al. Zerlotini, Adhemar Dominitini, Anderson Resende, Daniela M. Coser, Elisângela M. Oliveira, Luciana M. Pedrosa, André L. Vieira, Carlos U. Guimarães, Cláudia T. Bartholomeu, Daniela C. Oliveira, Diana M. Santos, Fabrício R. Rabelo, Élida Mara LOBO F.P. Franco, Glória R. Costa, Ana Flávia ; Evidence for Reductive Genome Evolution and Lateral Acquisition of Virulence Functions in Two Corynebacterium pseudotuberculosis Strains. Plos One , v. 6, p. e18551, 2011.

  • Bueno, Lilian Lacerda ; LOBO F.P. ; Morais, Cristiane Guimarães ; Mourão, Luíza Carvalho ; de Ávila, Ricardo Andrez Machado ; Soares, Irene Silva ; Fontes, Cor Jesus ; Lacerda, Marcus Vinícius ; Olórtegui, Carlos Chavez ; Bartholomeu, Daniella Castanheira ; Fujiwara, Ricardo Toshio ; Braga, Érika Martins . Identification of a Highly Antigenic Linear B Cell Epitope within Plasmodium vivax Apical Membrane Antigen 1 (AMA-1). Plos One , v. 6, p. e21289, 2011.

  • Lobo, Francisco P. ; Mota, Bruno E. F. ; Pena, Sérgio D. J. ; Azevedo, Vasco ; Macedo, Andréa M. ; Tauch, Andreas ; Machado, Carlos R. ; Franco, Glória R. . Virus-Host Coevolution: Common Patterns of Nucleotide Motif Usage in Flaviviridae and Their Hosts. PloS one (San Francisco, CA) , v. 4, p. e6282, 2009.

  • Tauch A ; Trost E ; Tilker A ; Ludewig U ; Schneiker S ; Goesmann A ; Arnold W ; Bekel T ; Brinkrolf K ; Brune I ; Götker S ; Kalinowski J ; Kamp PB ; LOBO F.P. ; Viehoever P ; WEISSHAA, B. ; SORIANO, F. ; PUHLE, A. . The lifestyle of Corynebacterium urealyticum derived from its complete genome sequence established by pyrosequencing. Journal of Biotechnology , v. 136, p. 11-21, 2008.

  • WAISBERG, M. ; LOBO ; CERQUEIRA, G. C. ; Passos LK ; Carvalho OS ; El-Sayed NM ; FRANCO, G. R. . Schistosoma mansoni: Microarray analysis of gene expression induced by host sex. Experimental Parasitology , v. 120, p. 357-363, 2008.

  • SANTOS, DN ; PEDRO, HF ; LOBO F.P. ; MOURAO, MM ; Tambor, JH ; VALADAO, AF ; VILAS-BOAS, A ; NOBREGA, FG ; LOVERDE, PT ; MACEDO, AM ; PENA, SD ; MACHADO, CR ; FRANCO, G. R. . Schistosoma mansoni: Heterologous complementation of a yeast null mutant by SmRbx, a protein similar to a RING box protein involved in ubiquitination. Experimental Parasitology , v. 116, p. 440-449, 2007.

  • WAISBERG, M. ; LOBO F.P. ; CERQUEIRA, G. C. ; Passos LK ; Carvalho OS ; FRANCO, G. R. ; El-Sayed NM . Microarray analysis of gene expression induced by sexual contact in Schistosoma mansoni. BMC Genomics , v. 20, p. 181, 2007.

  • Wittkop T ; Bambach J ; LOBO F.P. ; Rahmann S . Large scale clustering of protein sequences with FORCE -A layout based heuristic for weighted cluster editing. BMC Bioinformatics , v. 8, p. 396, 2007.

  • PEDRO, HF ; SANTOS, DN ; LOBO F.P. ; SANTOS, TM ; MACEDO, AM ; PENA, SD ; MACHADO, CR ; FRANCO, G. R. . Functional complementation of a yeast knockout strain by Schistosoma mansoni Rho1 GTPase in the presence of caffeine, an agent that affects mutants defective in the protein kinase C signal transduction pathway. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz , v. 101, p. 323-326, 2006.

  • HIGA, R. H. ; MORKRY, F. B. ; MUDADU, M. A. ; LOBO, F. P. ; REGITANO, L. C. A. . Estudo de associação genômica ampla utilizando Random Forest: estudo de caso em bovinos de corte. In: Wagner Arbex, Natália Florêncio Martins, Marta Fonseca Martins. (Org.). Talking About Computing and Genomics (TACG). 1ed.Brasília: Editora da Embrapa, 2014, v. 1, p. 71-99.

  • DORELLA, FA. ; PACHECO, L. G. C. ; COELHO, K. S. ; ROCHA, C. ; LOBO F.P. ; FRANCO, G. R. ; MEYER, R. ; MIYOSHI, A. ; AZEVEDO, V . Seqüenciamento do genoma de Coryenbacteruium pseudotuberculosis pela rede genoma de Minas Gerais: impactos esperados na ovino e caprinocultura nacional. In: Márcia Rogéria de Almeida; Mauro Pires Moraes, Joaquín H. Patarroyo S.; Pedro Marcus p. Vidigal; Aluízio Borém. (Org.). Biotecnologia e Saúde Animal. 1ed.Viçosa: Folha de Viçosa, 2007, v. 1, p. 111-150.

  • MOURAO, M. M. ; LOBO, F. P. ; PROSDOCIMI, F. ; FRANCO, G. R. . Bioinformatics analyses of Schistosoma mansoni ESTs generated from trans-spliced enriched cDNA libraries. In: ISMB 2006 / 2nd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformaticatics and Computational Biology - X-Meeting, 2006, Fortaleza. ISMB abstract book, 2006.

  • RIBEIRO, C. ; LOBO, F. P. ; SANTORO, M. M. ; NESHICH, G. . Serine Proteases analysis based on phylogenetics trees constructed from the sequence and structure alignments. In: ISMB 2006 / 2nd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformaticatics and Computational Biology - X-Meeting, 2006, Fortaleza. ISMB abstract book, 2006.

  • QUEIROZ, M. ; PROSDOCIMI, F. ; GOERTZEL, I. F. ; LOBO, F.P. ; PENNACHIN, C. ; GOERTZEL, B. . Inferring Gene Ontology category membership via gene expression and sequence similarity data analysis. In: KR-MED 2006, 2006, Baltimore. KR-MED 2006 abstract book, 2006.

  • GOERTZEL, B. ; COELHO, L. ; PENNACHIN, C. ; GOERTZEL, I. F. ; QUEIROZ, M. ; PROSDOCIMI, F. ; LOBO, F. P. . Learning Comprehensible Classification Rules from Gene Expression Data. In: THIRD INTERNATIONAL MEETING ON COMPUTATIONAL INTELLIGENCE METHODS FOR BIOINFORMATICS AND BIOSTATISTICS, 2006, Genova. CIBB abstract book, 2006.

  • FARIA, K. C. ; SOUSA, T. P. ; SILVA, J. M. ; LOBO, F.P. ; VENERE, P. C. . DNA Barcoding of Bats from Brazilian Midwest. In: PAG - Plant & Animal Genome XXIII, 2015, San Diego. PAG abstract book, 2015.

  • LOBO, F.P. ; CINTRA, L. C. ; VARELA, E. S. ; ALVES, A. L. ; VILLELA, L. C. V. ; SILVA, N. M. A. ; PAIVA, S. R. ; CAETANO, A. . de novo Genome Assembly of the South American Freshwater Fish Tambaqui (Colossoma macropomum). In: PAG - Plant & Animal Genome XXIII, 2015, San Diego. PAG abstract book, 2015.

  • Hongo, J. A. ; LOBO, F.P. . POTION: An End-to-End Pipeline for Positive Darwinian Selection Detection in Genomic Scale Data through Phylogenetic Comparison of Protein-Coding Genes. In: PAG - Plant & Animal Genome XXIII, 2015, San Diego. PAG abstract book, 2015.

  • FILHO, J. A. F. ; LOBO, F.P. ; SOUZA JUNIOR, M. T. ; ALVES, A. A. ; FORMIGHIERI, E. F. . Genome Assembly of an Amazonian Elaeis oleifera Genotype and Comparative Analysis with Other Oil Palm Genomes. In: PAG - Plant & Animal Genome XXIII, 2015, San Diego. PAG abstract book, 2015.

  • RODRIGUES, G. O. L. ; CAMPOS, L. ; ZENATTI, P. ; NORONHA, E. ; POMBO-DE-OLIVEIRA, M. ; BRANDALISE, S. ; LOBO, F. P. ; YUNES, A. . A broad overview of somatic variants in childhood leukemia: Prospection and validation of colla borative mutation with the mutant IL7r in genome-scale data. In: 11th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformaticatics and Computational Biology - X-Meeting / BSB, 2015, São Paulo. X-meeting abstract book, 2015.

  • AGUIRRE, A. A. R. ; LOBO, F. P. ; GARCIA, M. V. ; OSHIRO, L. M. ; CUNHA, R. C. ; RODRIGUES, V. S. ; ANDREOTTI, R. . Caracterização de resposta imune a um peptídeo sintético da proteína ATAQ de Rhipicephalus microplus desenvolvido por vacinologia reversa e ligação cruzada de anticorpos com extrato protéico de instestino de Rhipicephalus sanguineus. In: 51 Congresso da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical, 2015, Fortaleza. Livro de resumos do Congresso da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical, 2015.

  • DE CASTRO, GIOVANNI M. ; BOITEUX, L. S. ; FONSECA, M. E. N. ; LOBO, F.P. ; RECH, E. ; SILVA, F. R. . Serendipitomics: A New Virus Found on an RNA-Seq Library. In: PAG - Plant & Animal Genome XXII, 2014, San Diego. PAG abstract book, 2014.

  • ALVES, A. A. ; FORMIGHIERI, E. F. ; LEAO, A. P. ; LOBO, F.P. ; RIOS, S. A. ; CAPDEVILLE, G. ; SOUZA JUNIOR, M. T. . Exploring American Oil Palm (Elaeis oleifera) Genetic Resources in Brazil through a Combination of Genetic and Genomic Approaches. In: PAG - Plant & Animal Genome XXII, 2014, San Diego. PAG abstract book, 2014.

  • CAETANO, A. ; ALVES, A. L. ; VARELA, E. S. ; VILLELA, L. C. V. ; SILVA, N. M. A. ; LOBO, F.P. ; YAMAGISHI, M. E. B. ; GIACHETTO, P. F. ; HIGA, R. H. ; PAIVA, S. R. . Melhoramento genético de peixes nativos do Brasil. In: III Congresso Brasileiro de Recursos Genéticos, 2014, Santos. Livro de resumos do III Congresso Brasileiro de Recursos Genéticos, 2014.

  • Hongo, J. A. ; LOBO, F. P. . KOMODO2 ? Large-scale genomic inference. In: 11th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformaticatics and Computational Biology - X-Meeting / BSB, 2014, Belo Horizonte. X-meeting abstract book, 2014.

  • COUTINHO, T. J. D. ; LOBO, F. P. . Using genomic signature to detect cases of coevolution in viral/host systems - The Poxviridae Family. In: 11th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformaticatics and Computational Biology - X-Meeting / BSB, 2014, Belo Horizonte. X-meeting abstract book, 2014.

  • CINTRA, L. C. ; Zerlotini, Adhemar ; LOBO, F.P. ; SILVA, F. R. ; GIACHETTO, P. F. ; KUSER-FALCAO, P. R. ; SILVA, L. O. C. ; EGITO, A. A. ; SIQUEIRA, F. ; SILVA, N. M. A. ; PAIVA, S. R. ; YAMAGISHI, M. E. B. ; CAETANO, A. . De Novo Assembly of a Nelore (Bos indicus) Bull Genome Based on Short Read Sequences. In: PAG - Plant & Animal Genome XXII, 2014, San Diego. PAG abstract book, 2014.

  • CINTRA, L. C. ; Zerlotini, Adhemar ; SILVA, F. R. ; LOBO, F.P. ; YAMAGISHI, M. E. B. ; KUSER-FALCAO, P. R. ; GIACHETTO, P. F. . Embrapa Bioinformatic Multi-user Laboratory. In: PAG - Plant & Animal Genome XXI, 2013, San Diego. PAG abstract book, 2013.

  • LOBO, F.P. ; YAMAGISHI, M. E. B. ; CAETANO, A. ; MCMANUS, C. M. ; CARNEIRO, P. L. ; FACO, O. ; SOUZA, C. J. H. ; PAIVA, S. R. . Genetic Origin of Brazilian Local Adapted Sheep (Ovis aries) Breeds by Complete Mitochondrial Genome Data Analysis. In: PAG - Plant & Animal Genome XXI, 2013, San Diego. PAG abstract book, 2013.

  • CINTRA, L. C. ; Zerlotini, Adhemar ; LOBO, F.P. ; SILVA, F. R. ; GIACHETTO, P. F. ; KUSER-FALCAO, P. R. ; SILVA, L. O. C. ; EGITO, A. A. ; SIQUEIRA, F. ; SILVA, N. M. A. ; PAIVA, S. R. ; YAMAGISHI, M. E. B. ; CAETANO, A. . Sequencing and de novo Genome Assembly of a Nelore (Bos indicus) Bull. In: PAG - Plant & Animal Genome XXI, 2013, San Diego. PAG abstract book, 2013.

  • NODA, R. W. ; LAAT, D. ; GUIMARAES, C. T. ; LOBO, F.P. ; CARNEIRO, N. P. . GO enrichment of microarray data from maize root under drough. In: ISCB 2013, 2013, Berlim. ISCB 2013 abstracts book, 2013.

  • LOBO, F.P. . Expanding Enrichment Analysis to the Evolutionary Space: Development and Validation of Kegg Orthology enrichMent - Online DetectiOn (KOMODO) to Detect Biased Distribution of Enzymatic Activities in Monophyletic Taxa. In: PAG - Plant & Animal Genome XX, 2012, San Diego. PAG abstract book, 2012.

  • GERHARDT, I. R. ; GIACHETTO, P. F. ; YAMAGISHI, M. E. B. ; LOBO, F.P. ; TEIXEIRA, J. ; PENCHEL, R. M. ; MISSIAGGIA, A. . Comparative Transcriptome Analysis of Eucalyptus Genotypes That Differ in Carbon Allocation. In: PAG - Plant & Animal Genome XX, 2012, San Diego. PAG abstract book, 2012.

  • CINTRA, L. C. ; Hongo, J. A. ; LOBO, F.P. . Development of a Computational Pipeline to Detect Positive Selection. In: PAG - Plant & Animal Genome XX, 2012, San Diego. PAG abstract book, 2012.

  • MENDES, T. A. O. ; LOBO, F.P. ; RODRIGUES, T. S. ; LUIZ, G. F. R. ; ROCHA, W. D. ; Fujiwara, R. T. ; TEIXEIRA, S. M. R. ; Bartholomeu, D. C. . Enrichnment of repeats in proteins of protozoan parasites relates to the ability to invade host cells and evade host immune response. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012, Campinas. X-meeting abstract book, 2012.

  • SANTOS, E. M. ; FRANCO, G. R. ; STAMBUK, B. J. C. U. ; ROSA, C. A. ; LOBO, F. P. . Draft genome sequencing of the Yeast Spathaspora arborariae sp.. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012, Campinas. X-meeting abstract book, 2012.

  • GEHART, I. R. ; GIACHETTO, P. F. ; YAMAGISHI, M. E. B. ; LOBO, F. P. ; PENCHEL, R. M. ; MISSIAGGIA, A. A. ; ZERLOTINI, A. ; SILVA, F. R. . RNA-­seq analysis of Eucalyptus genotypes that differ in carbon allocation. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012, Campinas. X-meeting abstract book, 2012.

  • LIMA, R. S. ; LOBO, F. P. ; CARAZZOLLE, M. F. ; COSTA, G. G. L. ; RODRIGUES, E. L. C. ; ALVES, A. A. ; YAMAGISHI, M. E. B. ; SOUZA JUNIOR, M. T. ; FORMIGHIERI, E. F. . Elaeis oleifera genome draft - genomics of american oil palm. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012, Campinas. X-meeting abstract book, 2012.

  • KUSER-FALCAO, P. R. ; YAMAGISHI, M. E. B. ; GIACHETTO, P. F. ; SILVA, F. R. ; LOBO, F.P. ; CINTRA, L. C. ; ZERLOTINI, A. ; HIGA, R. ; VIEIRA, F. . Embrapa Bioinformatics Multi-Users Laboratory. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012, Campinas. X-meeting abstract book, 2012.

  • Hongo, J. A. ; CASTRO, G. M. ; SILVA, F. R. ; CINTRA, L. C. ; ZERLOTINI, A. ; LOBO, F. P. . POTION: a massive parallel program for identification of homologous genes under positive selection on genomic scale datasets. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012, Campinas. X-meeting abstract book, 2012.

  • VELOZZO, A. ; LOBO, F. P. ; YAMAGISHI, M. E. B. . A new BLAST-based Gbrowse plugin. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012, Campinas. X-meeting abstract book, 2012.

  • AGUIAR, E. ; LOBO, F. P. ; OLMO, R. ; FERREIRA, F. ; OLIVEIRA, G. C. ; HULTMAN, K. ; JAFARI, N. ; CARTHEW, R. ; MARQUES J . Understanding innate immune responses to DNA viruses using the Drosophila melanogaster model. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012, Campinas. X-meeting abstract book, 2012.

  • CASTRO, G. M. ; Hongo, J. A. ; LOBO, F. P. . Positive selection in homologous genes of Alphaherpesviruses. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012, Campinas. X-meeting abstract book, 2012.

  • Silva R ; LOBO, F.P. . Use of an enrichment analysis strategy to detect potential new drug targets in fungal genomes. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2011, Florianópolis. X-meeting abstract book, 2011.

  • MOURAO, M. M. ; BITAR, M. ; LOBO, F. P. ; GRYNBERG, P. ; BORONI, M. ; WAISBERG, M. ; MACEDO, A. M. ; MACHADO, C. R. ; FRANCO, G. R. . Revealing new perspectives on the regulation of gene expression by the trans-splicing mechanism in Shistosoma mansoni. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting 2011, 2011, Florianópolis. X-meeting abstract book, 2011.

  • MENDES TMG ; LOBO F.P. ; Bartholomeu, D. C. . Comparative proteome analysis of protozoan parasites: tandem repeat proteins and epitope predictions. In: ISCB Latin America, 2010, Montevidéu. Livro de resumos do ISCB Latin America, 2010.

  • LOBO F.P. ; Bartholomeu, D. C. . Development and validation of an epitope prediction pipeline. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Ouro Preto. Livro de resumos do 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010.

  • LUIZ, G ; LOBO F.P. ; Bartholomeu, D. C. . Identification of specie specific microsatellites in three species of Leishmania. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Ouro Preto. Livro de resumos do 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010.

  • MENDES TMG ; LOBO F.P. ; Bartholomeu, D. C. . In silico identification and experimental validation of conserved and polymorphic epitopes in distinct Trypanosoma cruzi strains. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Ouro Preto. Livro de resumos do 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010.

  • Silva R ; LOBO F.P. . The nitrogen metabolism under a system biology perspective: the usage of enrichment analysis to detect its conserved and lineage-specific modules in Cyanobacteria, Rhyzobiales and Burkholderiales. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Ouro Preto. Livro de resumos do 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010.

  • HILARIO, H. O. ; LOBO F.P. ; FRANCO, G. R. . Análise genômica comparativa de especializações metabólicas em Enterobacteriaceae. In: 56o Congresso Brasileiro de Genética, 2010, Guarujá. Livro de resumos do 56o Congresso Brasileiro de Genética, 2010.

  • MAFRA, T. ; LOBO F.P. ; MARQUES J . In silico analysis of genes involved in small RNA pathways in Schistosoma mansoni. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Ouro Preto. Livro de resumos do 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010.

  • BITAR, M. ; FRANCO, G. R. ; LOBO F.P. . Structural analysis of the zinc finger protein SMZF1 from Schistosoma mansoni. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Ouro Preto. Livro de resumos do 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010.

  • MENDES, T. A. O. ; LOBO, F.P. ; FREITAS, L. M. ; RODRIGUES, T. S. ; Bartholomeu, D. C. . Comparação do conteúdo repetitivo e de epítopos de célula B nos proteomas de protozoários parasitos intra e extracelulares. In: I Encontro de Pesquisa do Programa de Pós-Graduação em Parasitologia, 2010, Belo Horizonte. Livro de resumos do I Encontro de Pesquisa do Programa de Pós-Graduação em Parasitologia, 2010.

  • LOBO F.P. . Evaluating adaptative patterns in metabolic pathways: using Kegg Orthology to reveal metabolic strategies in monophyletic groups of prokaryote genomes. In: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009, Angra dos Reis. Livro de resumos do 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009.

  • LOBO, F. P. ; MOTA, B. E. F. ; MACEDO, AM ; PENA, SD ; MACHADO, CR ; FRANCO, G. R. . Interações entre o genoma de hospedeiros e dos vírus que os infectam: evidências de adaptação de uso de códons em famílias de vírus e sua relação com o uso de códons em seus hospedeiros. In: 54 congresso brasileiro de genética, 2008, Salvador. Livro de resumos do 54 congresso brasileiro de genética, 2008.

  • LOBO, F. P. ; FRANCO, G. R. . Virus-host genome interaction: evidence of codon usage adaptation in Flaviviridae family. In: X meeting 2007, 2007, São Paulo. Livro de resumos do X meeting, 2007.

  • WAISBERG, M. ; LOBO F.P. ; SILVEIRA, C. H. ; SANTORO, M. M. . Classification of Globins based on amino acid content: An exploratory data analysis approach. In: First International Conference of the Brazilian Association of Computational Biology, 2005, Caxambu. Proceedings of the First International Conference of the Brazilian Society of Computational Biology, 2005.

  • MUDADO, M. A. ; LOBO F.P. ; WAISBERG, M. ; FRANCO, G. R. ; ORTEGA, J. M. . Virtual and Nominal Estimative of Expression Using EST, KOG Proteins and Microarray Data. In: First Conference of the Brazilian Association of Computational Biology, 2005, Caxambú. Proceedings of the First International Conference of the Brazilian Association of Computational Biology, 2005.

  • LOBO F.P. ; FRANCO, G. R. . The Schistosoma mansoni samll GTPase SMRHO1 - Characterizing the complementation of yeast knockout strain by two hybrid assay. In: XXXIII Reunião Anual da SBBq, 2004, Caxambú. Livro de resumos da XXXIII Reunião Anual da SBBq, 2004.

  • LOBO F.P. . Interferência da utilização de cloro durante o abate de tilápias consorciadas a suínos referente à presença de Edwardsiella spp. In: V Congresso Latino-americano de Microbiologia e Higiene de Alimentos/VI Simpósio Brasileiro de Microbiologia de Alimentos, 1998, Águas de Lindóia. Livro de Resumos do V Congresso Latino-americano de Microbiologia e Higiene de Alimentos/VI Simpósio Brasileiro de Microbiologia de Alimentos. Águas de Lindóia - SP, 1998.

  • LOBO F.P. . Comparação entre metolodogia padrão e o método Simplate para enumeração de coliformes em peixes de água doce. In: V Congresso Latino-americano de Microbiologia e Higiene de Alimentos/VI Simpósio Brasileiro de Microbiologia de Alimentos, 1998, Águas de Lindóia. Livro de Resumos do V Congresso Latino-americano de Microbiologia e Higiene de Alimentos/VI Simpósio Brasileiro de Microbiologia de Alimentos. Águas de Lindóia, 1998.

  • LOBO F.P. . Edwardsiella spp em peixes consorciados a suínos. In: V Congresso Latino-americano de Microbiologia e Higiene de Alimentos/VI Simpósio Brasileiro de Microbiologia de Alimentos, 1998, Águas de Lindóia. Livro de Resumos do V Congresso Latino-americano de Microbiologia e Higiene de Alimentos/VI Simpósio Brasileiro de Microbiologia de Alimentos. Águas de Lindóia, 1998.

  • LOBO F.P. . Variação sazonal no isolamento de Edwardsiella spp em tilápias consorciadas a suínos. In: V Congresso Latino-americano de Microbiologia e Higiene de Alimentos/VI Simpósio Brasileiro de Microbiologia de Alimentos, 1998, Águas de Lindóia. Livro de Resumos do V Congresso Latino-americano de Microbiologia e Higiene de Alimentos/VI Simpósio Brasileiro de Microbiologia de Alimentos. Águas de LIndóia, 1998.

  • LOBO, F. P. . POTION: An End-to-End Pipeline for Positive Darwinian Selection Detection in Genomic Scale Data through Phylogenetic Comparison of Protein-Coding Genes. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • LOBO, F. P. . KOMODO2: Large-scale genomic inference. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • LOBO, F. P. . Reverse vaccinology - History and perspectives. 2013. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

  • LOBO, F. P. . Draft genome and annotation of Elaeis oleifera. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • LOBO, F.P. . Genômica Comparativa Inferencial. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • LOBO, F. P. . Expanding Enrichment Analysis to the Evolutionary Space: Development and Validation of Kegg Orthology enrichMent - Online DetectiOn (KOMODO) to Detect Biased Distribution of Enzymatic Activities in Monophyletic Taxa. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • LOBO, F. P. . O que faz um bioinformata?. 2011. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

  • LOBO, F. P. . Instalação e uso da plataforma GBrowse para visualização de dados genômicos. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • LOBO, F. P. . Detecção e análise de convergências evolutivas no sistema parasito-hospedeiro através de ferramentas de bioinformática. 2010. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • LOBO, F. P. ; Rodrigues, M. R. ; HILARIO, H. O. ; RODRIGUES, G. O. L. ; FRANCO, G. R. . Evaluating adaptive patterns in metabolic pathways using KEGG Orthology to reveal metabolic strategies in monophyletic groups of prokaryotic genomes. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • LOBO, F. P. . Análise comparativa do conteúdo de repetições e de epítopos de linfócito B no proteoma completo de parasitas protozoários intra e extracelulares. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • LOBO, F. P. ; BUENO, L. L. ; LUIZ, G. F. R. ; MENDES, T. A. O. ; AVILA, R. A. M. ; Miranda, R. R. C. ; FREITAS, L. ; BRAGA, E. M. ; Fujiwara, R. T. ; Bartholomeu, D. C. . Development and validation of an epitope prediction pipeline. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • LOBO, F. P. ; HILARIO, H. O. ; FRANCO, G. R. . Evaluating adaptative patterns in metabolic pathways: using Kegg Orthology to reveal metabolic strategies in monophyletic groups of prokaryote genomes. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • LOBO . Interações entre o genoma de hospedeiros e dos vírus que os infectam: adaptações genômicas induzidas por hospedeiros vertebrados e invertebrados na família Flaviviridae. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • LOBO . Interações entre o genoma de hospedeiros e dos vírus que os infectam: adaptações genômicas induzidas por hospedeiros vertebrados e invertebrados na família Flaviviridae. 2008. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • LOBO . Influência dos genomas dos hospedeiros sobre o genoma dos vírus que os infectam: evidência de adaptação do uso de códons. 2008. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • LOBO ; MOTA, B. E. F. ; MACEDO, AM ; PENA, SD ; MACHADO, CR ; FRANCO, G. R. . Interações entre o genoma de hospedeiros e dos vírus que os infectam: evidências de adaptação de uso de códons em famílias de vírus e sua relação com o uso de códons em seus hospedeiros. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • LOBO, F. P. . Análise comparativa quantitativa de múltiplos genomas versus um dado background genômico. 2008. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • LOBO ; FRANCO, G. R. . Virus-host genome interaction: evidence of codon usage adaptation in Flaviviridae family. 2007. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • LOBO, F. P. . Os homens e outros animais: polêmicas sobre-vidas. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • LOBO . Funcionamento das Redes Neurais Artificiais. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • LOBO ; FRANCO, G. R. . The Schistosoma mansoni small GTPase SMRho1 - Characterizing the complementarion of a yeast knockout strain by two hibrid assay. 2004. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • LOBO . Redes Neurais e Modelos Cognitivos. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • LOBO ; FRANCO, G. R. ; VALADAO, AF . A utilização de Saccharomyces cerevisae como um sistema heterólogo para a caracterização funcional de SMYB1 de Schistosoma mansoni. 2002. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • LOBO, F. P. . Evolucionismo e Criacionismo. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • LOBO, F. P. . Exposição interativa - o mundo dos aracnídeos. 2000. (Apresentação de Trabalho/Outra).

  • LOBO, F. P. . O escorpião e suas relações com o homem e o ambiente. 2000. (Apresentação de Trabalho/Outra).

  • MURATORI, M. C. S. ; SILVA, M. C. C. ; OLIVEIRA, A. L. ; LOBO, F. P. . Comparação entre metodologia padrão e o método simplate para enumeraçã ode coliformes em peixes de água doce. 1998. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

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Outras produções

LOBO F.P. . KOMODO (Kegg Orthology enrichMent - Online DetectiOn). 2012.

LOBO, F. P. . SIGNATURE. 2009.

FUJITA, A. ; LOBO, F. P. ; OLIVEIRA, G. C. ; RIBEIRO, S. S. . Bioinformática - a Profissão do Futuro: Desafios e Perspectivas. 2015. (Programa de rádio ou TV/Mesa redonda).

LOBO, F. P. . Palpitômica. 2014; Tema: O palpitômica (http://palpitomica.blogspot.com.br/) é um blogue de ciência de minha autoria, tratando principalmente sobre os impactos da revolução genômica na vida das pessoas.. (Blog).

LOBO, F. P. . Detecção de variantes em genomas de vertebrados. 2015. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

LOBO, F. P. . Identificação, anotação e análise da expressão de transcritos utilizando o RNA-Seq. 2015. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

LOBO, F. P. . Introdução à Bioinformática e à genômica comparativa. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

LOBO, F.P. . VI Curso de Bioinformática: Algoritmos e técnicas computacionais para montagem e análise de genomas. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

LOBO, F. P. . Introdução à Bioinformática. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

LOBO, F. P. . Montagem de genomas da rede genômica animal. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

LOBO, F. P. . Análise de dados de RNA-Seq utilizando o Galaxy. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

LOBO, F. P. . Reverse vaccinology. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

LOBO, F. P. . Algoritmos e técnicas computacionais para montagem e análise de genomas. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

LOBO, F.P. . Introduction to Perl for Bioinformatics. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

LOBO, F.P. . V Curso de Bioinformática: Algoritmos e técnicas computacionais para montagem e análise de genomas. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

LOBO, F. P. . Análise de dados de RNA-Seq utilizando o Galaxy. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

LOBO, F. P. . Using the Galaxy platform for RNA- Seq data analysis. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

LOBO, F. P. . Algoritmos e técnicas computacionais para montagem e análise de genomas. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

LOBO, F. P. . Instalação e configuração da plataforma Chado / GBrowse. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

LOBO, F. P. . III Curso de Campo Professor Mário de Maria. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

LOBO F.P. . Mini curso de introdução à Bioinformática. 2008. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

LOBO, F. P. . Bioinformática: estudando a biologia em larga escala. 2008. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

LOBO, F. P. ; FRANCO, G. R. . Bioinformática molecular computacional. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

LOBO, F. P. . Mini curso de introdução à Bioinformática. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

LOBO F.P. . Mini curso de introdução à Bioinformática. 2005. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

LOBO, F. P. . ArtEmbrapa - eventos artísticos em comemoração aos 40 anos da Embrapa. 2014 (Apresentação musical).

LOBO, F. P. . ArtEmbrapa - eventos artísticos em comemoração aos 40 anos da Embrapa. 2014 (Apresentação musical).

LOBO F.P. . Homepage do Simpósio de Ecologia teórica. 2004 (Simpósio) .

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Projetos de pesquisa

  • 2016 - Atual

    POTION2, Descrição: Programa para a busca computacional de seleção positiva em escala genômica. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Francisco Pereira Lobo - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

  • 2011 - Atual

    Detecção e análise das propriedades biológicas de grupos de genes homólogos sob evidência de seleção positiva em genomas completos de parasitas, Descrição: A relação ecológica de parasitismo é uma constante corrida armamentista entre os organismos parasitas e seus hospedeiros. A infecção por parasitas diminui a aptidão evolutiva dos hospedeiros e, conseqüentemente, mecanismos anti-parasitismo são positivamente selecionados continuamente dentre o conjunto de genes que compõem o genoma do organismo hospedeiro. Entretanto, a seleção positiva de mecanismos anti-parasitismo por parte dos hospedeiros impõe novas pressões seletivas aos organismos parasitas. Dessa maneira, genes de parasitas que permitam o escape dos mecanismos anti-parasitismo do hospedeiro aumentam a aptidão evolutiva do organismo parasita, sendo também selecionados positivamente. Esse fenômeno acaba por causar uma espiral de eventos coevolutivos ao longo do tempo em ambos os genomas no que se refere aos genes envolvidos na relação molecular parasito-hospedeiro. Genes evoluindo sob esse tipo de pressão seletiva no sistema parasita-hospedeiro muitas vezes apresentam uma freqüência de mutações não-sinônimas e sinônimas mais elevada do que a da vasta maioria dos outros genes destes genomas, fenômeno este denominado seleção positiva. Assim, dentre todos os genes observados no genoma de hospedeiros e parasitas, genes sob evidência de seleção positiva são ótimos candidatos a genes envolvidos no relação ecológica de parasitismo. Nesse cenário, o presente trabalho visa desenvolver procedimentos computacionais automatizados para a detecção de genes sob evidência de seleção positiva em genomas de parasitas de modo a priorizar alvos para futuras intervenções (desenvolvimento de vacinas e fármacos), bem como para permitir um maior conhecimento da relação ecológica de parasitismo em nível molecular.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Francisco Pereira Lobo - Coordenador / Leandro Carrijo Cintra - Integrante / Adhemar zerlotini - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 6 / Número de orientações: 2

  • 2010 - Atual

    Análise comparativa do conteúdo de repetições e de epítopos de linfócito B no proteoma completo de parasitas protozoários intra e extracelulares, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Francisco Pereira Lobo - Integrante / Daniella Castanheira Bartholomeu - Coordenador / Tiago Antônio de Oliveira Mendes - Integrante., Número de produções C, T & A: 6

  • 2009 - Atual

    Desenvolvimento de uma pipeline automatizada para a predição de proteínas imunogênicas, Descrição: Uma fração considerável dos genes codificadores de proteínas não possui homólogos conhecidos em outras espécies. Esses genes são, em teoria, uma importante fonte de novos alvos terapêuticos quando advindos de genomas de organismos parasitas. O presente projeto visa caracterizar o proteoma de organismos parasitas através de metodologias homologia-independentes para a localização de possíveis alvos terapêuticos. Diversas propriedades biológicas são indicativos do potencial antigênico de uma dada sequência protéica e não necessitam de similaridade prévia com nenhuma sequência, tais como grau de entropia da sequência, presença de epítopos de linfócitos T e B e localização celular, dentre outras. Através da integração da informação dessas diferentes fontes pretendemos utilizar técnicas de inteligência artificial, tais como SVM e redes neurais, para treinar classificadores para a detecção de possíveis produtos gênicos de natureza antigênica previamente desconhecidos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Francisco Pereira Lobo - Integrante / Daniella Castanheira Bartholomeu - Coordenador., Número de produções C, T & A: 4

  • 2008 - 2009

    Desenvolvimento de novas metodologias para o agrupamento de sequências biológicas, Descrição: Trabalho que visava desenvolver e validar novas metodologias capazes de agrupar eficientemente grupos de proteínas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Francisco Pereira Lobo - Integrante / Wittkop T - Integrante / Bambach J - Coordenador / Tauch, Andreas - Integrante., Número de produções C, T & A: 1

  • 2008 - Atual

    Análise genômica comparativa de especializações metabólicas em grupos de genomas procarióticos, Descrição: Organismos procarióticos são encontrados ocupando diversos nichos distintos na natureza. Tal fato se dá em parte devido à grande variabilidade metabólica observada nesses organismos, os quais possuem a vasta maioria das vias metabólicas conhecidas e são, consequentemente, capazes de utilizar diversos compostos como fonte de energia e nutrientes. Uma vez que diversos genomas encontram-se sequenciados, diversos tipos de análise genômica comparativa podem ser feito para evidenciar as características genômicas específicas de um daod táxon, acrescentando, assim, mais conhecimentos a esse grupo biológico em questão. Nesse contexto esse trabalho se propões a desenvolver uma metodologia para evidenciar a variabilidade metabólica presente em um dado grupo de genomas relacionados quando comparada à um outro grupo de genomas quaisquer de forma a se estudar como a diversidade metabólica desse táxon se correlaciona com o seu modo de vida. Para tal, desenvolveu-se uma metodologia para a busca por grupos de homólogos significativamente mais (ou menos) representados em um dado táxon quando comparados a um outro táxon qualquer. Para a obtenção dos grupos de genomas anotados em grupos de genes homólogos compartilhados (ou não) entre táxons, utilizou-se o banco de dados KEGG (Kioto Encyclopedia of Genes and Genomes), o qual fornece um dicionário comum de grupos de genes homólogos por curadoria manual. Para se avaliar um dado grupo de homólogos como diferencialmente super (ou sub) representado em um táxon A quando comparado a um táxon B, quatro números são definidos: T (total de genomas em A), t (total de genomas em B), N (total de genomas em A que possui o grupo em questão) e n (total de genomas em B que possui o grupo em questão). De posse desses quatro números, um teste qui-quadrado é realizado para determinar se as razões p0 (x/(n-x)) e p1 (X/(N-X)) derivam da mesma distribuição verificando-se a probabilidade das hipóteses nula (H0, p0 = p1) e alternativa (H1, p0 ≠ p1).. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Francisco Pereira Lobo - Coordenador / Glória Regina Franco - Integrante / Heron Oliveira Hilário - Integrante., Número de produções C, T & A: 4

  • 2008 - Atual

    KOMODO: uma ferramenta web para a busca de grupos de genes homólogos de distribuição taxonômica restrita, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Francisco Pereira Lobo - Coordenador / Jorge Augusto Hongo - Integrante., Número de produções C, T & A: 8 / Número de orientações: 1

  • 2007 - Atual

    Estudos de coevolução de genomas de vírus e hospedeiros, Descrição: A família Flaviviridae é composta por diversos vírus de RNA de grande interesse médico e veterinário tais como Dengue, Febre Amarela, Hepatite C e Peste Suína, dentre outros. Nesse grupo ocorrem também vírus inseto‐específicos incapazes de causar doença em mamíferos. A existência de grupos-irmão de vírus que infectam hospedeiros tão distintos gera um cenário onde se pode estudar a adaptação de patógenos de um mesmo táxon (Flaviviridae) a sistemas imunes distintos (insetos e mamíferos). Nesse contexto esse estudo comparou a assinatura genômica (um grupo de parâmetros estatísticos que descrevem e correlacionam genomas) entre seqüências de RNA de Flaviviridae inseto e mamífero-específicos e de vertebrados e insetos. Observamos que as seqüências dos hospedeiros são significativamente distintas entre si e, surpreendentemente, diversos vírus também foram significativamente mais semelhantes aos seus hospedeiros do que a qualquer outro grupo viral. Dessa maneira demonstramos a ocorrência de mimetismo molecular em Flaviviridae, um evento de seleção natural no qual os genomas virais mais semelhantes aos de seus hospedeiros são positivamente selecionados e aumentam sua progênie através da tradução mais eficiente de seu genoma e do escape da detecção imune de genomas invasores. Esse trabalho acrescenta uma surpreendente nova camada de informações na complexa rede de interações do sistema vírus-hospedeiro ao evidenciar importantes mecanismos de escape virais desconhecidos previamente. Mecanismos semelhantes possivelmente existem em outros sistemas vírus-hospedeiros que tenham evoluído da mesma maneira.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Francisco Pereira Lobo - Coordenador / Glória Regina Franco - Integrante / Tarcísio José Domingos Coutinho - Integrante., Número de produções C, T & A: 7 / Número de orientações: 1

  • 2006 - 2011

    Seqüenciamento do genoma da bactéria Corynebacterium pseudotuberculosis e identificação de genes diferencialmente expressos nas raízes de linhagens contrastantes de milho em resposta ao déficit hídrico, Descrição: Corynebacterium pseudotuberculosis biovar ovis 1002 - The genus Corynebacterium belongs to a suprageneric group of actinomycetes, which also includes the genera Mycobacterium, Nocardia and Rhodococcus. These gram-positive bacteria (termed the CMN group) constitute a very heterogeneous group; however the various species share particular characteristics, such as: (i) mycolic acid-containing cell walls; and (ii) high G+C content (50-72%). The genomes of several species of this group have already been completely sequenced; this fact reflects the considerable medical, veterinary and biotechnological importance of these organisms. C. pseudotuberculosis, an important animal pathogen, is the etiological agent of a disease that is commonly called caseous lymphadenitis (CLA) or cheesy gland. This disease is found in all the world s major sheep and goat production areas, causing significant economic losses worldwide, mainly due to the reduction of wool, meat and milk yields, decreased reproductive efficiencies of affected animals and condemnation of carcasses and skins in abattoirs. In some cases, the infection produces few obvious clinical signs in the animal, remaining unrecognized until a post-mortem examination has been carried out and, making it difficult to obtain definitive data about prevalence of the disease. Noteworthy, despite its importance for animal health, this bacterium is poorly characterized. Only three virulence factors have been identified in C. pseudotuberculosis: (i) cell wall toxic lipids, related to abscess formation; (ii) phospholipase D, a sphingomyelin-degrading exotoxin; and (iii) 40-kDa serine protease, an immunogenic protein. Furthermore, few genes involved on the mechanisms employed by C.pseudotuberculosis during infection are currently known. Once its complete genome sequence becomes available, it will be possible to better understand the molecular and genetic basis of virulence of this bacterium.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Francisco Pereira Lobo - Integrante / Glória Regina Franco - Integrante / Vasco - Integrante / Guilherme Corrêa de Oliveira - Coordenador.

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Prêmios

2013

Ação Gerencial - Melhor equipe do ano de 2012 - Laboratório Multiusuário de Bioinformática, Embrapa.

2012

Menção honrosa no "13o International Symposium on Schistosomiasis", Fiocruz.

2010

Melhor tese do Programa de Pós-graduação em Bioinformática de 2009, Programa de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG.

2010

Melhor pôster no X-meeting 2010 - 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and and Computational Biology, AB3C.

2009

Melhor pôster na área de Genomics, Evolution and Phylogeny, AB3C.

2009

Tese de Doutorado defendida com distinção e louvor, UFMG.

2008

Menção honrosa - Prêmio Pós-Graduação na área de genética de microorganismos, Sociedade Brasileira de Genética.

2003

Trabalho de iniciação científica premiado como um dos melhores trabalhos da Área de Ciências Biológicas na XI Semana de Iniciação Científica da UFMG, Universidade Federal de Minas Gerais.

Histórico profissional

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Endereço profissional

  • Universidade Federal de Minas Gerais, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Geral. , Avenida Presidente Antônio Carlos - de 4201 a 6499 - lado ímpar, Campus UFMG, 31270010 - Belo Horizonte, MG - Brasil, Telefone: (31) 34092501, URL da Homepage:

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Experiência profissional

  • 2010 - 2016

    Embrapa Informática Agropecuária

    Vínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Pesquisador A, Carga horária: 40

    Atividades

    • 12/2014

      Pesquisa e desenvolvimento , Laboratório Multiusuário de Bioinformática, .,Linhas de pesquisa

    • 01/2014

      Pesquisa e desenvolvimento , Laboratório Multiusuário de Bioinformática, .,Linhas de pesquisa

    • 12/2013

      Pesquisa e desenvolvimento , Laboratório Multiusuário de Bioinformática, .,Linhas de pesquisa

    • 03/2013

      Pesquisa e desenvolvimento , Laboratório Multiusuário de Bioinformática, .,Linhas de pesquisa

    • 01/2012

      Pesquisa e desenvolvimento , Laboratório Multiusuário de Bioinformática, .,Linhas de pesquisa

    • 09/2011

      Pesquisa e desenvolvimento , Laboratório Multiusuário de Bioinformática, .,Linhas de pesquisa

    • 10/2010

      Pesquisa e desenvolvimento , Laboratório Multiusuário de Bioinformática, .,Linhas de pesquisa

    • 10/2010

      Pesquisa e desenvolvimento , Laboratório Multiusuário de Bioinformática, .,Linhas de pesquisa

    • 04/2013 - 04/2014

      Direção e administração, Embrapa Informática Agropecuária, .,Cargo ou função, Presidente da Comissão Interna de Prevenção de Acidentes (CIPA).

    • 01/2012 - 12/2013

      Pesquisa e desenvolvimento , Laboratório Multiusuário de Bioinformática, .,Linhas de pesquisa

  • 2013 - 2014

    Universidade Estadual de Campinas

    Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador Colaborador Voluntario, Carga horária: 4

    Atividades

    • 01/2013 - 07/2013

      Ensino, Ciências Biológicas (Genética), Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, NG110 - Métodos Computacionais em Bioinformática

  • 2016 - Atual

    Universidade Federal de Minas Gerais

    Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto A, Regime: Dedicação exclusiva.

  • 2009 - 2011

    Universidade Federal de Minas Gerais

    Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Bolsista de pós-doutorado, Carga horária: 40

    Atividades

    • 02/2017

      Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Geral.,Linhas de pesquisa

    • 02/2017

      Ensino, Abi - Ciências Biológicas, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Genética I, Genética II, Evolução II

    • 09/2010 - 10/2010

      Ensino, Abi - Ciências Biológicas, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Tópicos de Imunologia II - Análise Genômica Funcional (ministrei a aula: "sequenciamento de nucleotídeos: a próxima geração")

  • 2008 - 2008

    Bielefeld University

    Vínculo: bolsa de doutorado-sanduíche, Enquadramento Funcional: Bolsista de doutorado sanduíche, Regime: Dedicação exclusiva.