Alessandro Silva Nascimento

possui graduação em Ciências Farmacêuticas pela Universidade de Brasília (2005) e doutorado em Física Aplicada (Biomolecular) pela Universidade de São Paulo (USP). Tem experiência na área de Biofísica, com ênfase em Cristalografia de Proteínas e métodos de modelagem biomolecular, atuando principalmente nos seguintes temas: receptores nucleares, farmacologia molecular e estrutural. Atualmente é professor doutor junto ao Instituto de Física de São Carlos.

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Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em Curso de Pós-Graduação em Física Aplicada - Opção Biomolecular

2005 - 2009

Universidade de São Paulo
Título: Interação dos Receptores Nucleares com Seus Ligantes: Estudos Estruturais do Receptor de Hormônio Tireoidiano, do Receptor de Mineralocorticóide e do Receptor Ativado por Proliferadores Peroxissomais
Orientador: em University of California San Francisco ( Brian Shoichet / Paul Webb)
com Igor Polikarpov. Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Palavras-chave: Cristalografia de proteínas; Receptores Nucleares.Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Farmacologia / Subárea: Farmacologia Bioquímica e Molecular.

Graduação em Bacharelado Em Ciências Farmacêuticas

2000 - 2005

Universidade de Brasília, UnB
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.

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Pós-doutorado

2009

Pós-Doutorado. , Universidade de São Paulo, USP, Brasil. , Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular / Especialidade: Cristalografia de Proteínas. , Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular / Especialidade: Modelagem Molecular.

2009

Pós-Doutorado. , Universidade de São Paulo, USP, Brasil. , Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas

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Formação complementar

2006 - 2006

Validação de Estruturas Cristalográficas. (Carga horária: 8h). , Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária, EMBRAPA, Brasil.

2006 - 2006

RapiData - Data collection and strucuture solving. (Carga horária: 40h). , Brookhaven National Laboratory, BNL, Estados Unidos.

2003 - 2003

Extensão universitária em Química Medicinal: Fundamentos do Planejamento de. (Carga horária: 6h). , Sociedade Brasileira de Química, SBQ, Brasil.

2002 - 2002

Extensão universitária em Espectroscopia Molecular na Região Infravermelho. (Carga horária: 6h). , Sociedade Brasileira de Química, SBQ, Brasil.

2001 - 2001

Minicurso de Química Forense. (Carga horária: 6h). , Sociedade Brasileira de Química, SBQ, Brasil.

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Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

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Áreas de atuação

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular/Especialidade: Cristalografia de Proteínas.

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Farmacologia / Subárea: Farmacologia Bioquímica e Molecular.

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular/Especialidade: Modelagem Molecular.

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Participação em eventos

BrazMedChem - Simpósio Brasileiro em Química Medicinal.Monte Carlo Applications in a Docking Algorithm for Creation of New Ensembles and Free Energy Calculation. 2014. (Simpósio).

Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecuular. Structure-Based PPAR gamma Agonist Design and Free-Energ Halogen Scanning. 2012. (Congresso).

XVIII International Network Protein Engineering Centers.Electrostatic requirements for PPARg binding. 2009. (Encontro).

Protein Structure Initiative Meeting. 2008. (Encontro).

III Semana do Químico.Desenvolvimento de Fármacos Usando a Técnica de Cristalografia. 2007. (Seminário).

Simpósio Latino Americano de Polimorfismo e Cristalização em Fármacos e Medicamentos.Diferenças em Energias de Solvatação entre Ligantes Agonistas do Receptor de Hormônio Tireoideano Humano. 2007. (Simpósio).

XI Workshop da Pós-Graduação em Física.Estudos Estruturais do Receptor de Mineralocorticóide Humano. 2007. (Outra).

Workshop da pós-graduação do IFSC.Estudos estruturais do receptor de mineralocorticóide humano. 2006. (Oficina).

IX Workshop da Pós-Graduação em Física.Estudos Estruturais do Receptor de Mineralocorticóide Humano. 2005. (Oficina).

XXXIV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquiímica e Biologia Molecular.Hinge of Thyroid Hormone Receptor Can Mediate a Regulatory Dimerization. 2005. (Encontro).

26ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química. 26ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química. 2003. (Congresso).

IX Congresso Interno de Iniciação Científica da UnB. IX Congresso Interno de Iniciação Científica da UnB. 2003. (Congresso).

25ª Reunião Anual. 25ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química. 2002. (Congresso).

VIII Congresso Interno de Iniciação Científica da UnB. VIII Congresso Interno de Iniciação Científica da UnB. 2002. (Congresso).

24ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química. Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química. 2001. (Congresso).

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Participação em bancas

Aluno: Danielle Karoline Silva do Vale Castro

Garrat, R.C.; ARAUJO, A. P. U.;Garcia, WaniusNASCIMENTO, A. S.. Reconhecimento molecular de septinas: Estudos da interface entre SEPT7 e SEPT12. 2018. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Ana Elisa Tognoli Leite

NASCIMENTO, A. S.; MURAKAMI, MARIO TYAGO; TRIVELLA, D. B. B.. Bioprospecção, estudos bioquímicos de enzimas oxidativas e seu sinergismo com celulases na hidrólise de biopolímeros. 2017. Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Letícia Sayuri Nishimura

NASCIMENTO, A. S.; BORGES, J. C.; LEITAO, A.;Neto, M.O. Expressão e caracterização estrutural de chaperona Hsp70 mitocondrial de Leishmania braziliensis. 2017. Dissertação (Mestrado em Química (Físico-Química)) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Marina Pereira de Olveira

NASCIMENTO, A. S.; SILVA, A. B. F.; ALBUQUERQUE, R. Q.. Efeito do macrodipolo sobre a estabilidade térmica de derivados de 1,3,5-tricarboxamida-ciclo-hexano. 2016. Dissertação (Mestrado em Química (Físico-Química)) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Glessler Silva Almeida

BORGES, J. C.; ARAUJO, H. S. S.;NASCIMENTO, A. S.. Estudo Funcional Comparativo das Co-Chaperonas Moleculares p23A e p23B da HSP90 de Leishmania braziliensis. 2014. Dissertação (Mestrado em Genética e Evolução) - Universidade Federal de São Carlos.

Aluno: Daniele Trevizan Pera

Nascimento, Alessandro S.; MELO, D. G.; RIZZATTI, F. P. G.. Efeitos de hormônios tireoidianos, nanoencapsulados ou não, na pele íntegra e atrofiada, em modelo experimental. 2013. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Federal de São Carlos.

Aluno: Melina Mottin

Skaf, Munir S.; Vazquez, P.A.M.;NASCIMENTO, A. S.. Simulações de Dinâmica Molecular do Receptor Ativador da Proliferação de Peroxissomos gama com o Agonista Parcial GQ16. 2012. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Caio Vinicius dos Reis

Neto, M.O; ITRI, R.;NASCIMENTO, A. S.. Estudos Biofísicos e Estruturais de Xilose Isomerases para a Produção de Etanol de Segunda Geração. 2012. Dissertação (Mestrado em Mestrado / Doutorado) - Universidade Federal de São Paulo.

Aluno: Karine Minari

BORGES, J. C.; FUENTES, A. S. C.; TEIXEIRA, F. R.; ARAUJO, A. P. U.;NASCIMENTO, A. S.. Estudos Funcionais Comparativos de HSP90 de Diferentes Organismos. 2018. Tese (Doutorado em Genética e Evolução) - Universidade Federal de São Carlos.

Aluno: Alexandre de Lima Oliveira

CAMARGO, I. L. B. C.; LACAVA, P. T.; CUNHA, A. F.; ARAUJO, A. P. U.;NASCIMENTO, A. S.. Caracterização fenotípica e molecular de um par clonal de Staphylococcus aureus resistente a meticilina (MRSA) com perfil de sensibilidade reduzida a daptomicina. 2018. Tese (Doutorado em Genética e Evolução) - Universidade Federal de São Carlos.

Aluno: Karina Silvia Matos

ANDRICOPULO, A. D.; SILVA, A. B. F.; EMERY, F. S.;NASCIMENTO, A. S.; GAMBOA, I. C.. Estudos Computacionais e Experimentais da Permeabilidade Celular de Candidatos a Fármacos. 2017. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Caio Vinicius dos Reis

Polikarpov, I.; SQUINA, F. M.; ARAUJO, A. P. U.; MURAKAMI, MARIO TYAGO;NASCIMENTO, A. S.. Produção Heteróloga, Caracterização Biofísica e Estrutural de Xilose Isomerases Visando Potenciais Aplicações na Fermentação de Pentoses. 2017. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Mariana Laureano de Souza

ANDRICOPULO, A. D.;NASCIMENTO, A. S.; CILLI, E. M.; FERREIRA, R. S.; CRUZ, F. C.. Planejamento de inibidores da enzima cruzaína de Trypanosoma cruzi candidatos a fármacos contra a doença de Chagas. 2017. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Thales Kronenberger

WRENGER, C.;NASCIMENTO, A. S.; SAIRRE, M. I.. Sítios de Interacao Alternativos em Receptores nucleares e sua viabilidade como alvos terapeuticos usando triagem computacional e experimental. 2017. Tese (Doutorado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)pgbmp@icb.usp.br) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Ivan Pires de Oliveira

NASCIMENTO, A. S.; ARAUJO, A. S.; BERTRAN, C. A.; Vazquez, P.A.M.; Martínez, Leandro. "Dinâmica Molecular da Enzima BCL (Burkholderia cepacia lipase): Aspectos da Solvatação e Abertura do Sítio Catalítico na Presença de Osmólitos e em Interfaces. 2017. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Vitor Hugo Balasco Serrão

THIEMANN, O. H.;Figueira, A.C.M.; COSTA FILHO, A. J.;NASCIMENTO, A. S.Neto, M.O. Caracterização das interações macromoleculares das proteínas envolvidas na síntese de selenocisteínas em Escherichia coli. 2017. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Camila Cristina Pascoal

Ambrósio, A.L.B.; SMETANA, J. H. C.; CORDEIRO, A. T.; NAVARRO, M. V. A. S.;NASCIMENTO, A. S.. "ANÁLISES EVOLUTIVA, ESTRUTURAL E MECANÍSTICA DA ARQUITETURA MULTIDONÍNIO DAS GLUTAMINASES HUMANAS E ESTUDO DA INTERAÇÃO ENTRE GLUTAMINASES E O RECEPTOR ATIVADO POR PROLIFERADORES DE PEROXISSOMO GAMA. 2017. Tese (Doutorado em BIOCIÊNCIAS E TECNOLOGIA DE PRODUTOS BIOATIVOS) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Amanda Souza Câmara

NASCIMENTO, A. S.; MAGRO, A. J.; ARANTES, G. M.; Garrat, R.C.; LEITAO, A.. Movimentos coletivos harmônicos, suas frequências ecombinações lineares, na regulação de três proteínas:natransição alostérica da DEA, na ativição por redução da MosR ena ligação da ElrR ao DNA. 2017. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Melina Mottin

SKAF, M. S.Bleicher, L.Martinez, L.; MORGON, N. H.;NASCIMENTO, A. S.. Dinâmica Molecular do Receptor Ativador da Proliferação de Peroxissomos gama: Associação com Ligantes e Proteínas Corregulatórias. 2015. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Raoni Almeida de Souza

NASCIMENTO, A. S.; FERREIRA, R. S.; SANCHEZ, E.; CAFFARENA, E. R.;Bleicher, L.; LIMA, L. F.. Identificação de inibidores das metaloproteases de veneno de serpente atroxlisina-I e leucurolisina-a através de triagem virtual, dinâmica molecular e avaliação experimental. 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Daiana Evelin Martil

THIEMANN, O. H.; ABREGO, J. R. B.;MASCARENHAS, YVONNE P.; SCOTT, L. P. B.;NASCIMENTO, A. S.. Estudos Estruturais da Seril-tRNA Sintetase Nativa e em Interação com tRNAs Cognatos de Trypanosoma brucei. 2014. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Wanessa Fernanda Alltei

ANDRICOPULO, A. D.; LIMA, M. E. F.; FERREIRA, R. S.; COMINETTI, M. R.;NASCIMENTO, A. S.. Triagem biológica, identificação e planejamento de novos candidatos a agentes anticâncer a partir de produtos naturais e compostos sintéticos. 2014. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Kelli Cristina Micocci

ARAUJO, H. S. S.; COMINETTI, M. R.; COLETTA, R. D.; IEMMA, M. R. C.;NASCIMENTO, A. S.. Estudo do papel da ADAM9 na disseminação tumoral via sistema linfático: Possível alvo farmacológico. 2014. Tese (Doutorado em Ciências Fisiológicas) - Universidade Federal de São Carlos.

Aluno: Karina Silvia Matos

NASCIMENTO, A. S.; SILVA, A. B. F.; EMERY, F. S.. Estudos in silico da permeabilidade em células Caco-2. 2014. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Érica Teixeira Prates

SKAFF, M. S.; NETZ, P. A.; SILVA, R. A. N.;Aparício, R.NASCIMENTO, A. S.. Dinâmica Molecular de Hidrolases Para Sacarificação de Celulose e Proteínas Correlatas. 2013. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Leonardo Luiz Gomes Ferreira

ANDRICOPULO, A. D.; FERREIRA, E. I.; ALBUQUERQUE, H. B. V.; LIMA, M. E. F.;NASCIMENTO, A. S.. Identificação de Novos Inibidores da Enzima Aldolase de Trypanosoma brucei. 2013. Tese (Doutorado em Doutorado em Fisica Aplicada) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Livia Regina Manzine

NASCIMENTO, A. S.FERREIRA JUNIOR, J. R.; NAVARRO, M. V. A. S.; CRUZ, A. K.; THIEMANN, O. H.. Identificação de Elementos Estruturais no tRNAsec Determinantes da Ligação com Proteínas. 2012. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Sandro Renato Dias

NAGEM, R. A. P.; FALCAO, P. R. K.; CAMPOS, S. V. A.;Bleicher, L.NASCIMENTO, A. S.. Residue Interaction Database - Proposição de Mutações Sítio-Dirigidas com Base em Interações Observadas em Proteínas de Estrutura Tridimensional Conhecida. 2012. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Laís Ribovski

NASCIMENTO, A. S.; GUIMARAES, F. E. G.; PAULA, E.. Desenvolvimento de nanocarreadores poliméricos multialvo para entrega controlada de fármacos em células de câncer de pulmão não pequenas. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Física) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Anacleto Silva de Souza

NASCIMENTO, A. S.; NASCIMENTO JUNIOR, N. M.; TROSSINI, G. H. G.. Estudos de modelagem molecular aplicados ao planejamento de candidatos a novos fármacos antichagásicos. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Física) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Thales Kronenberger

NASCIMENTO, A. S.; EMERY, F. S.; ULIANA, S. R. B.. Targeting Alternative Ligand-Binding Sites in Nuclear Receptors Using Computational and Experimental Screening. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)pgbmp@icb.usp.br) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Gustavo Machado Alvares de Lima

NASCIMENTO, A. S.MUNIZ, JOAO RENATO C.Ambrósio, A.L.B.. Estudos estruturais e cinéticos de enzimas alvo de Xanthomonas albilineans para o desenvolvimento de novos candidatos a agroquímicos para a cultura de cana-de-açúcar. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Física) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Éverton Edésio Dinis Silva

NASCIMENTO, A. S.; KOIDE, T.; FARAH, S. C.. Estudos estruturais, bioquímicos e fenotípicos sobre os receptores CHASE bacterianos associados a domínios GGDEF/EAL. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Física) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Nathalya Cristina Moraes Roso Mesquita

NASCIMENTO, A. S.; GUEIROS FILHO, F. J.; COSTA, M. C. N.. Estudo estrutural, bioquímico e biofísico da di-adenilato ciclase responsável pela síntese de c-di-AMP em Staphylococcus aures. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Física) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Daiana Evelin Martil

ABREGO, J. R. B.; CANDURI, F.;NASCIMENTO, A. S.. Estudos Estruturais e de SAXS de Proteínas do Complexo SHU de Levedura. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Doutorado em Fisica Aplicada) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Lis Schwartz Miotto

MANSUR, M. T. M. N.; MOREIRA, F. M. A.;NASCIMENTO, A. S.. Nanomedicina: Conceitos, Aplicações e Inovações no Campo da Liberação Controlada de Fármacos. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Biotecnologia) - Universidade Federal de São Carlos.

Aluno: Fernando Vasconcelos Maluf

CORDEIRO, A. T.; CANDURI, F.;NASCIMENTO, A. S.. Planejamento de novos inibidores candidatos a fármacos antiparasitários: biologia estrutural e química medicinal. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Física) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Wanessa Fernada Altei

MARCO, R.; SILVA, D. H. S.;NASCIMENTO, A. S.. Triagem Biológica, Identificação e Planejamento de Novos Candidatos a Agentes Anticâncer a Partir de Produtos Naturais e Compostos Sintéticos. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Doutorado em Fisica Aplicada) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Dayane Eliara Bertolino Reis

BORGES, J. C.; TABAK, M.;Nascimento, Alessandro Silva. Caracterização Estrutural e Funcional da HSP70/HSP90 organizing protein (HOP) de Plasmodium falciparum. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Química) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Letícia Sayuri Nishimura

NASCIMENTO, A. S.; BORGES, J. C.; FUENTES, A. S. C.. Expressão e caracterização estrutural de chaperona Hsp70 mitocondrial de Leishmania braziliensis. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Química) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Diogo Stelle

NASCIMENTO, A. S.; SCOTT, L. P. B.; NASCIMENTO, M. Z.. Usando Técnicas de Data Mining Para Descobrir Padrões de Seqüência e Padrões Hidrofóbicos em Banco de Dados Proteicos. 2010. Exame de qualificação (Mestrando em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Sergio Luiz Ramos Junior

BORGES, J. C.; LEITAO, A.;Nascimento, Alessandro Silva. Identificação de Compostos Moduladores da Proteína HSP90 de Leishmania braziliensis. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Química) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Vanessa Miranda

HONORIO, K. M.; CUNHA, F.;NASCIMENTO, A. S.. Características Estruturais de Substâncias Bioativas para o Tratamento da Hipertensão. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências da Natureza) - Universidade de São Paulo.

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Comissão julgadora das bancas

Maria Cristina Nonato

ANDRICOPULO, Adriano Defini;NONATO, M. C.GARRATT, R. C.. Structural snapshots along the reation pathway of ferredoxin-thioredoxin reductase. 2008. Exame de qualificação (Doutorando em Física Biomolecular) - Instituto de Física de São Carlos.

Sonir Roberto Rauber Antonini

ANTONINI, S R.. Interações dos receptores nucleares com seus ligantes: Estudos estruturais do receptor de hormônio tireoidiano, do receptor de mineralocorticóide e do receptor ativado por proliferadores peroxissomais. 2009. Tese (Doutorado em Fisica (Sc)) - Universidade de São Paulo.

Igor Polikarpov

Polikarpov, I; Skaf, M.S.; Antonini, S.R.R.; Dardenne, L.E.;GARRATT, R C. Interações dos receptores nucleares com seus ligantes: Estudos estruturais do receptor de hormônio tireoidiano, do receptor de mineralocorticóide e do receptor ativado por proliferadores peroxissomais. 2009. Tese (Doutorado em Física Aplicada) - Instituto de Física de São Carlos.

Richard Charles Garratt

POLIKARPOV, I; NEVES, F A R; DARDENNE, L. E.;GARRATT, R C; ANTONINI, S. R. R.. Interação dos receptores nucleares com seus ligantes: estudos estruturais do receptor de hormônio tireoidiano, do receptor de mineralocorticóide e do receptor ativado por proliferadores peroxissomais. 2009 - Instituto de Física de São Carlos.

Richard Charles Garratt

ANDRICOPULO, A D; COSTA, M C Nonato;GARRATT, R C. Structural snapshots along the reaction pathway of ferredoxin-thioredoxin reductase. 2008 - Instituto de Física de São Carlos.

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Orientou

Angélica Luana Carrillo Barra

Estudos estruturais das proteínas Pdx1 e Pdx2 da via de biossíntese da vitamina B6, de Staphylococcus aureus, como possíveis alvos para novos antibióticos; Início: 2019; Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; (Orientador);

Lívia Oliveira Dantas Clementino

Estudos Estruturais para a Prospecção de Agentes Contra Doenças Infecciosas Humanas; Início: 2018; Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; (Orientador);

Raissa Ferreira Gutierrez

Estudos estruturais das proteínas ThiD, TPK, ThiE da via de biossíntese da vitamina B1, de Staphylococcus aureus, como possíveis alvos para novos antibióticos; Início: 2018; Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Érika Chang de Azevedo

Estudo Estrutural das Enzimas Glicosil Transferases na Aquisição de Resistência Bacteriana; Início: 2015; Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Maria Luiza Ferreira Vicente

Estudo da Localização das Transferases de Glicosídeos epaI e epaOX de Enterococcus faecalis por Microscopia Confocal; Início: 2019; Iniciação científica (Graduando em Ciências Físicas e Biomoleculares) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; (Orientador);

Victor Henrique Rabesquine Nogueira

Validação de Métodos de Monte Carlo para Avaliação de Energia de Interação Proteína-Ligante; 2017; Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Alessandro Silva Nascimento;

Erick Giancarlo Sucuple Farro

Busca de Moldes Estruturais para a Engenharia de Funções Catalíticas; 2014; Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Alessandro Silva Nascimento;

João Victor Cunha

Aplicação de Monte Carlo Para a Geração de Ensembles e Análise Termodinâmica da Interação Biomolecular; 2014; Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Alessandro Silva Nascimento;

Rodrigo Ferreira Prata

Desenvolvimento de novas intervenções farmacoterápicas para obesidade; 2010; Dissertação (Mestrado em Biossistemas) - Universidade Federal do ABC,; Coorientador: Alessandro Silva Nascimento;

Heloisa dos Santos Muniz

Métodos híbridos em docagem molecular: implementação, validação e aplicação; 2013; Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Alessandro Silva Nascimento;

Karina de Paula

Estudos estruturais de novos ligantes sintéticos do receptor PPARγ; 2013; Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Alessandro Silva Nascimento;

Geraldo Rodrigues Sartori

2017; Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Alessandro Silva Nascimento;

Luis Antonio Carvalho Vaz de Lima

Aplicação de Descritores Tridimensionais na Identificação de Interações Cruzadas em Receptores Biológicos; 2011; Iniciação Científica; (Graduando em Bacharelado em Ciências e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC; Orientador: Alessandro Silva Nascimento;

João Manuel Mascarenhas Coutinho

Análise Energética da Interação Proteína-Ligante: Uma Visão de Superfícies de Energia; 2010; Iniciação Científica; (Graduando em Bacharelado em Ciências e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Alessandro Silva Nascimento;

Flávia Marinho Correia da Silva

Utilização de docking molecular para a modulação metabólica com receptor PPARγ e sua interação com outros ligantes: uma nova alternativa para o tratamento de diabetes melito do tipo 2; 2010; Iniciação Científica; (Graduando em Bacharelado em Ciências e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Alessandro Silva Nascimento;

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Foi orientado por

Marcello Moreira Santos

Análise de Gasolina por CG/DIC e Métodos Quimiometricos; 2003; Iniciação Científica; (Graduando em Bacharelado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade de Brasília; Orientador: Marcello Moreira Santos;

Marcello Moreira Santos

Análise de Metais em Cocaína através de Espectroscopia de Absorção no Infravermelho; 2003; Iniciação Científica; (Graduando em Bacharelado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade de Brasília, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Marcello Moreira Santos;

Marcello Moreira Santos

Análise de Amostras Reais de Cocaína por Espectroscopia de Absorção Atômica; 2002; Iniciação Científica; (Graduando em Bacharelado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade de Brasília, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Marcello Moreira Santos;

Otávio de Toledo Nóbrega

Comparação de preços de medicamentos essenciais entre 2002 e 2003; 2003; 12 f; Orientação de outra natureza - Universidade de Brasília; Orientador: Otávio de Toledo Nóbrega;

Mariana de Souza Castro

Introdução à química de proteínas; 2003; Orientação de outra natureza - Universidade de Brasília; Orientador: Mariana de Souza Castro;

Igor Polikarpov

Interações dos receptores nucleares com seus ligantes: Estudos estruturais do receptor de hormônio tireoidiano, do receptor de mineralocorticóide e do receptor ativado por proliferadores peroxissomais; 2009; 0 f; Tese (Doutorado em Física Biomolecular) - Instituto de Física de São Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Igor Polikarpov;

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Produções bibliográficas

  • MINARI, KARINE ; DE AZEVEDO, ÉRIKA CHANG ; KIRALY, VANESSA THOMAZ RODRIGUES ; BATISTA, FERNANDA APARECIDA HELENO ; DE MORAES, FÁBIO ROGÉRIO ; DE MELO, FERNANDO ALVES ; Nascimento, Alessandro Silva ; GAVA, LISANDRA MARQUES ; RAMOS, CARLOS HENRIQUE INÁCIO ; BORGES, JÚLIO CÉSAR . Thermodynamic analysis of interactions of the Hsp90 with adenosine nucleotides: A comparative perspective. INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES , v. 130, p. 125-138, 2019.

  • SONODA, MILTON T. ; GODOY, ANDRE S. ; PELLEGRINI, VANESSA O.A. ; KADOWAKI, MARCO A.S. ; Nascimento, Alessandro S. ; Polikarpov, Igor . Structure and dynamics of Trichoderma harzianum Cel7B suggest molecular architecture adaptations required for a wide spectrum of activities on plant cell wall polysaccharides. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENERAL SUBJECTS , v. 1863, p. 1015-1026, 2019.

  • DE AZEVEDO, ERIKA CHANG ; Nascimento, Alessandro S. . Energy landscape of the domain movement in Staphylococcus aureus UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase. JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY , p. 158-168, 2019.

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  • NASCIMENTO, A. S. . Biotecnologia Molecular Estrutural: Fundamentos, Aplicações e Oportunidades. 2017. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

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Outras produções

NASCIMENTO, A. S. ; Muniz, Heloisa S. ; CUNHA, J. V. S. . LiBELa - Ligand Binding Energy Landscape. 2015.

DOS SANTOS MUNIZ, HELOISA ; CUNHA, J. V. S. ; NASCIMENTO, A. S. . LiBELa - Ligand Binding Energy Landscape. 2015.

NASCIMENTO, A. S. . SPCA. 2009.

NASCIMENTO, A. S. . AMBERENERGY. 2008.

NASCIMENTO, A. S. . DDS - DSC Data Simulator. 2007.

NASCIMENTO, A. S. ; Dias, SMG ; Nunes, F.M. ; Aparício, R. ; Polikarpov, I. ; Baxter, J.D. ; Webb, P. . Crystal Structure of T3-Bound Thyroid Hormone Receptor. 2009. (Estrutura Cristalográfica).

NASCIMENTO, A. S. ; Dias, SMG ; Nunes, F.M. ; Aparício, R. . Crystal Structure of TR-alfa bound to the selective thyromimetic TRIAC. 2009. (Estrutura Cristalográfica).

NASCIMENTO, A. S. ; Dias, SMG ; Nunes, F.M. ; Aparício, R. . Crystal Structure of TR-beta bound to the selective thyromimetic TRIAC. 2009. (Estrutura Cristalográfica).

NASCIMENTO, A. S. ; CATALANO-DUPUY, D. L. ; Ceccarelli, E.A. ; Polikarpov, I. . Refined structure of FNR from Leptospira interrogans bound to NADP+. 2008. (Estrutura Cristalográfica).

NASCIMENTO, A. S. ; KRAUCHENCO, S ; Golubev, Alexander M. ; GUSTCHINA, A ; WLODAWER, A ; Polikarpov, I. . Crystal structure of Trichoderma reesei aspartic proteinase. 2008. (Estrutura Cristalográfica).

NASCIMENTO, A. S. ; KRAUCHENCO, S ; GOLUBEV, A ; GUSTCHINA, A ; WLODAWER, A ; Polikarpov, I. . Crystal structure of Trichoderma reesei aspartic proteinase complexed with pepstatin A. 2008. (Estrutura Cristalográfica).

NASCIMENTO, A. S. ; LIBERATO, M. V. ; Polikarpov, I. . Sulfur-SAD phased HEWL Crystal. 2008. (Estrutura Cristalográfica).

NASCIMENTO, A. S. ; CATALANO-DUPUY, D. L. ; Polikarpov, I. ; Ceccarelli, E.A. . Refined structure of FNR from Leptospira interrogans. 2008. (Estrutura Cristalográfica).

NASCIMENTO, A. S. ; Dias, SMG ; Nunes, F.M. ; Aparício, R. ; Bleicher, L. ; Ambrósio, A.L.B. ; Figueira, A.C.M. ; Santos, M.A.M ; Neto, M.O ; Fischer, H. ; Togashi, M. ; Craievich, A.F. ; Garrat, R.C. ; Baxter, J.D. ; Webb, P. ; Polikarpov, I. . Crystal structure of human TR alpha bound T3 in monoclinic space group. 2006. (Estrutura cristalográfica).

NASCIMENTO, A. S. ; Dias, SMG ; Nunes, F.M. ; Aparício, R. ; Bleicher, L. ; Ambrósio, A.L.B. ; Figueira, A.C.M. ; Santos, M.A.M ; Neto, M.O ; Fischer, H. ; Togashi, M. ; Craievich, A.F. ; Garrat, R.C. ; Baxter, J.D. ; Webb, P. ; Polikarpov, I. . Crystal Structure of human TR alpha bound T3 in orthorhombic space group. 2006. (Estrutura Cristalográfica).

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Projetos de pesquisa

  • 2014 - Atual

    Estendendo as Fronteiras em Interações Biomoleculares: Docking e Avaliação da Energia Livre, Descrição: Estima-se em 3051 o número de genes presentes no genoma humano cuja função é passível de regulação por agentes externos (druggable genome). No entanto, apenas 266 proteínas são atualmente empregadas para regulação farmacológica. Com os rápidos avanços da biologia estrutural torna-se cada vez mais atraente o uso da informação estrutural disponível para a proposição de novas ?sondas químicas? com vistas à modulação de funções biológicas. Dois desafios neste contexto são a seleção de compostos capazes de interagir com uma macromolécula biológica e a avaliação da afinidade deste complexo receptor-ligante. Neste projeto propomos o desenvolvimento de uma ferramenta computacional que combina estratégias baseadas na estrutura do receptor com aquelas baseadas na estrutura de um ligante bioativo conhecido para a proposição de novas moléculas candidatas a ligante. A mesma ferramenta é empregada para a geração de ensembles visando a avaliação da energia livre de interação. Aplicaremos este modelo em um sistema modelo (lisozima do fago T4), bem como em receptores nucleares envolvidos na regulação do metabolismo humano.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) . , Integrantes: Alessandro Silva Nascimento - Coordenador., Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2013 - Atual

    Desenvolvimento de uma Ferramenta de Docking Molecular Combinando Estratégias Baseadas em Ligante com Estratégias Baseadas no Rece, Descrição: O crescimento do PDB nos últimos 15 anos possibilita o uso de ferramentas computacionais que permitam estudos da relação estrutura-função de proteínas. Uma ferramenta computacional que permite avaliar a função de macromoléculas é o docking molecular. Neste projeto propomos o desenvolvimento de uma ferramenta de docking molecular que combina a similaridade de ligantes com a avaliação da energia de interação proteína-ligante. Propomos ainda a aplicação da ferramenta a ser desenvolvida empregando o receptor de hormônio tireoidiano como alvo molecular.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Alessandro Silva Nascimento - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

  • 2011 - 2013

    Estudo Prospectivo de Ligantes do Receptor PPAR gama, Descrição: O receptor PPAR gama é um fator de transcrição regulado por ligante que desempenha um papel importante na regulação de genes associados ao metabolismo de lipídeos e regulação da glicemia, com importantes conseqüências para o manejo do diabetes melito do tipo II. Dado o número de estruturas cristalográficas já determinadas para este receptor, propomos, neste projeto, o uso desta informação estrutural para a modelagem de ligantes agonistas deste receptor. Dentre os desafios a serem vencidos, visionamos a prospecção de ligantes através de docking molecular e a avaliação dos modelos para o tratamento do solvente em cálculo de docking, cálculos de variação da energia livre através do método da integração termodinâmica para a otimização de ligantes e, finalmente, medidas experimentais da interação entre ligante e receptor através de espectroscopia de fluorescência e ensaios celulares. Ao final do projeto, esperamos ser capazes de identificar ao menos um novo ligante agonista do receptor PPAR gama, bem como promover avanços na área de modelagem da interação ligante-receptor.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Alessandro Silva Nascimento - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2010 - 2011

    Estudo da Biologia Química de Sistemas com Descritores Tridimensionais Aplicados à Identificação de Interações Cruzadas em Sistemas Biológicos, Descrição: Trabalhos recentes têm apontado que as interações cruzadas entre fármaco e receptor são mais comuns do que antes se estimava. Os números levantados em 2009 apontam que aproximadamente 35% dos fármacos no mercado reconhecem duas ou mais macromoléculas biológicas, exercendo, muitas vezes, efeitos adversos associados ao uso do medicamento. Um desafio importante tem sido o desenvolvimento de ferramentas que auxiliem na predição destas interações. Neste projeto, propomos o desenvolvimento de um software dedicado ao mapeamento da similaridade molecular quanto à possibilidade de reconhecimento do seu receptor a partir de descritores tridimensionais, como o potencial eletrostático molecular. Como aplicação primeira desta metodologia, propomos o estudo das interações cruzadas na família de receptores nucleares, alvos terapêuticos conhecidos por sua promiscuidade. Acreditamos que metodologias baseadas em descritores 3D possam trazer mais realismo na comparação intermolecular quanto à capacidade de reconhecimento molecular ligante-receptor.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Alessandro Silva Nascimento - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

  • 2009 - 2011

    Mecanismo molecular da ação de drogas na modulação da função de isoformas alfa e beta de receptores nucleares - contribuições para o desenvolvimento de fármacos específicos, Descrição: Mecanismo molecular da ação de drogas na modulação da função de isoformas alfa e beta de receptores nucleares - contribuições para o desenvolvimento de fármacos específicos. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Alessandro Silva Nascimento - Integrante / Marie Togashi - Coordenador / Fábio Pittella Silva - Integrante / Andrea Barretto Motoyama - Integrante., Financiador(es): Fundação de Apoio à Pesquisa do Distrito Federal - Auxílio financeiro.

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Prêmios

2014

Pesquisador Jovem Talento, 7.o Simpósio Brasileiro em Química Medicinal.

2009

Artigo destacado como capa do jornal da UNICAMP, Jornal da UNICAMP, N.o 449.

Histórico profissional

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Endereço profissional

  • Universidade de São Paulo, Instituto de Física de São Carlos. , Av. Trabalhador saocarlense, 400, Centro, 13566590 - São Carlos, SP - Brasil, Telefone: (16) 33738709, Ramal: 8709, URL da Homepage:

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Experiência profissional

  • 2012 - Atual

    Universidade de São Paulo

    Vínculo: , Enquadramento Funcional: Professor Doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

  • 2009 - 2009

    Universidade de São Paulo

    Vínculo: Pós Doutorando, Enquadramento Funcional: Pós Doutorando em Atividade Docente, Carga horária: 2

    Outras informações:
    Partipante do programa PDAD (Pós Doutorando em Atividade Docente) junto ao Instituto de Física da Universidade de São Paulo em São Carlos, ministrando a disciplina de Modelagem Molecular de Proteínas.

    Atividades

    • 11/2016

      Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Física de São Carlos, Departamento de Física e Ciência Interdisciplinar.,Cargo ou função, Membro suplente da Comissão de Pós-Graduação.

    • 06/2016

      Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Física de São Carlos, .,Cargo ou função, Membro da Comissão de Acompanhamento do Desenvolvimento Acadêmico dos Alunos de Graduação.

    • 06/2015

      Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Física de São Carlos, .,Cargo ou função, Membro da Comissão Coordenadora de Curso (COC) - Bacharelado em Ciências Físicas e Biomoleculares.

    • 08/2013

      Ensino, Ciências Físicas e Biomoleculares, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Introdução a Biologia Molecular Estrutural

    • 03/2013

      Ensino, Engenharia Elétrica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Laboratório de Física Geral I

    • 07/2009

      Ensino, Ciências Físicas e Biomoleculares, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Modelagem Molecular de Proteínas

    • 09/2014 - 09/2016

      Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Física de São Carlos, .,Cargo ou função, Presidente da Comissão GesPública de Gestão da Qualidade e Produtividade.

  • 2009 - 2012

    Universidade Federal do ABC

    Vínculo: , Enquadramento Funcional: Professor Adjunto, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

    Atividades

    • 09/2009

      Ensino, Bacharelado em Ciências e Tecnologia, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Bases Computacionais da Ciência, Bioestatística, Processamento da Informação

  • 2008 - 2008

    University Of California San Francisco

    Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Junior Specialist, Carga horária: 40

    Outras informações:
    UCSF Mission Bay Campus, Pharmaceutical Chemistry

  • 2008 - 2008

    The Methodist Hospital Research Institute

    Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Research Fellow, Carga horária: 40

    Outras informações:
    Diabetes Research Center