James Shiniti Nagai

Bacharel em Ciência e Tecnologia pelo Instituto de Ciência e Tecnologia da Universidade Federal de São Paulo. Atualmente aluno do curso de Ciência da Computação e integrante Grupo de Bioinformática e Biologia Computacional da Unifesp.

Informações coletadas do Lattes em 20/10/2019

Acadêmico

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Formação acadêmica

Mestrado em andamento em Ciência da Computação

2017 - Atual

Universidade Federal de São Paulo
Orientador:Reginaldo Massanobu Kuroshu.Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.

Graduação em andamento em Ciência da Computação

2017 - Atual

Universidade Federal de São Paulo

Graduação em Ciência e Tecnologia

2013 - 2016

Universidade Federal de São Paulo

Ensino Médio (2º grau)

2010 - 2012

Colégio Raízes

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Formação complementar

2018 - 2018

Curso de Verão em Bioinformática. (Carga horária: 40h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2016 - 2016

Identification of diffrentially methylated regions using DiMmeR. (Carga horária: 1h). , Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.

2016 - 2016

Intensivo de Inverno para Maratona de Programação. (Carga horária: 40h). , Universidade Federal de São Paulo, UNIFESP, Brasil.

2016 - 2016

Differential time-dependent pathway expression using ticone. (Carga horária: 1h). , Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.

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Idiomas

Inglês

Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.

Espanhol

Compreende Pouco, Fala Pouco, Lê Pouco, Escreve Pouco.

Japonês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

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Organização de eventos

COSTA, E. A. ; RODY, H. V. S. ; AONO, A. H. ; NAGAI, J. S. ; FRANCHI, B. O. ; SOUSA, H. ; KUROSHU, R. M. . II Curso de Inverno em Bioinformática do ICT-UNIFESP. 2018. (Outro).

FERREIRA, M. V. A. L. ; CONCEICAO, K. ; NAGAI, J. S. ; AONO, A. H. . Exposição "Matemática + Zebrafish" e "Plataforma Zebrafish - A construção de uma rede".. 2017. (Exposição).

AONO, A. H. ; COSTA, E. A. ; RODY, H. V. S. ; NAGAI, J. S. ; KUROSHU, R. M. . Curso de Inverno em Bioinformática Unifesp.. 2017. (Outro).

NAGAI, J. S. . SEMaComp - Semana de Matemática, Estatística e Computação. 2016. (Congresso).

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Participação em eventos

7th Brazilian Conference on Intelligent Systems (BRACIS). Gene Essentiality Prediction Using Topological Features From Metabolic Networks. 2018. (Congresso).

Workshop do curso de Verão em Bioinformática,. 2018. (Outra).

62ª Reunião Anual da RBras e o 17º SEAGRO. Ferramenta Web para Análise Estatística de Genética de Populações. 2017. (Congresso).

X-meeting 2017 - 13th International Conference of the AB3C. CINDEX: a software for protein ranking through network modeling based on graph theory. 2017. (Congresso).

XXXVII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. 2017. (Congresso).

12th International Conference of the AB3C. GBS data from a population of modern sugarcane variety reveals duplicate genes retained by breeding process. 2016. (Congresso).

RGS Brazil - 1st Student Council Symposium. 2016. (Simpósio).

SEMaComp - Semana de Estatística, Matemática e Computação. Introdução ao R/Shiny. 2016. (Congresso).

I CONGRESSO ACADÊMICO UNIFESP. Estudo e implementação de métodos computacionais para estimativa de taxas de evolução molecular. 2015. (Congresso).

SEMaComp - Semana da Estatística, Matemática e Computação. 2015. (Congresso).

SeMaComp - Semana da Matemática e Computação. 2014. (Congresso).

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Comissão julgadora das bancas

André Zelanis Palitot Pereira

Zelanis, André; BERTON, L.; KUROSHU, R. M.. Modelagem e análise de vias metabólicas baseadas em teoria dos grafos. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo.

LILIAN BERTON

KUROSHU, R. M.; HASHIMOTO, R.;BERTON, L.; QUILES, M. G.. Avaliação de métodos de alinhamento global em dados metagenômicos sobre obesidade. 2019. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo.

LILIAN BERTON

KUROSHU, R.; ZELANIS, A.;BERTON, L.. Modelagem e Análise de Vias Metabólicas Baseadas em Teoria dos Grafos. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo.

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Foi orientado por

Camila Bertini Martins

Perfil Cultural do ICT/UNIFESP; 2016; Orientação de outra natureza; (Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal de São Paulo, Pró-Reitoria de Extensão e Cultura da Universidade Federal de São Paulo; Orientador: Camila Bertini Martins;

Reginaldo Massanobu Kuroshu

Avaliação de métodos de alinhamento global em dados metagenômicos sobre obesidade; 2017; Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Reginaldo Massanobu Kuroshu

Modelagem e Análise de Vias Metabólicas Baseadas em Teoria dos Grafos; 2017; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Reginaldo Massanobu Kuroshu

Construção de sequências a partir de dados de genotipagem por sequenciamento de uma população de cana-de-açúcar utilizando a ferramenta Stacks; 2016; Iniciação Científica; (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal de São Paulo; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

Reginaldo Massanobu Kuroshu

Estudo e implementação de métodos computacionais para estimativa de taxas de evolução molecular; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Reginaldo Massanobu Kuroshu;

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Produções bibliográficas

  • NAGAI, J. S. . Numa parceria com Cemaden, estudantes desenvolvem site com dados sobre chuvas. Sala de Imprensa - Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações.

  • NAGAI, J. S. . Projeto de site permite ampliar participação da comunidade no monitoramento de chuvas. Notícias do Centro Nacional de Monitoramento e Alertas de Desastres Naturais (Cemaden).

  • NAGAI, J. S. . Estudantes criam site com dados sobre chuvas. ornal A União - Superintendência da Imprensa e Editora A União.

  • NAGAI, J. S. . uma parceria com Cemaden, estudantes desenvolvem site com dados sobre chuvas.. Plantão News.

  • NAGAI, J. S. ; SOUSA, H. ; AONO, A. H. ; LORENA, A. C. ; KUROSHU, R. M. . Gene Essentiality Prediction Using Topological Features From Metabolic Networks. In: 7th Brazilian Conference on Intelligent Systems (BRACIS), 2018, São Paulo. IEEE Proceedings of the Brazilian Conference on Intelligent Systems (BRACIS 2018), 2018. v. 1. p. 1-6.

  • AONO, A. H. ; OLIVEIRA, R. ; FRANCHI, B. O. ; NAGAI, J. S. ; SOUSA, H. ; CHAVES, A. A. ; BERTINI, C. . A Biased Random-key Genetic Algorithm with Local Search Applied to Unsupervised Clustering of Cultural Data. In: 6th SYMPOSIUM ON KNOWLEDGE DISCOVERY, MINING AND LEARNING, 2018, São Paulo. PROCEEDINGS OF THE 6TH SYMPOSIUM ON KNOWLEDGE DISCOVERY, MINING AND LEARNING, 2018. v. 1. p. 147-154.

  • AONO, A. H. ; NAGAI, J. S. ; SILVA, L. F. ; CESPEDES, J. G. . PluviApp: Ferramenta Web para análise e visualização de dados pluviométricos. In: XIV Encontro Nacional de Engenharia e Desenvolvimento Social. In: XIV Encontro Nacional de Engenharia e Desenvolvimento Social, 2017, Itajubá. Anais do XIV ENEDS, 2017.

  • AONO, A. H. ; COSTA, E. A. ; RODY, H. V. S. ; NAGAI, J. S. ; SOUZA, A. P. ; KUROSHU, R. M. . Identificação e Caracterização Funcional de SNPs em uma População de Mapeamento de Cana-de-açúcar.. In: XIV Curso de Inverno de Genética, 2018, Jaboticabal. Ciência e Tecnologia, 2018.

  • AONO, A. H. ; COSTA, E. A. ; NAGAI, J. S. ; SOUSA, H. ; ISHIMOTO, C. K. ; SOUZA, A. P. ; KUROSHU, R. M. . Multivariate and clustering allelic expression analyses reveal putative molecular markers associated with sugarcane sucrose metabolism using GBS data. In: X-meeting 2018 - 14th International Conference of the AB3C,, 2018. Proceedings X-Meeting 2018, 2018.

  • AONO, A. H. ; SOUSA, H. ; NAGAI, J. S. ; ISHIMOTO, C. K. ; OKIMOTO, L. C. ; COSTA, E. A. ; LORENA, A. C. ; KUROSHU, R. M. . A novel approach based on complex networks and machine learning techniques for a deeper biological insight into Parkinson?s gut metagenomics. In: X-meeting 2018 - 14th International Conference of the AB3C, 2018, São Pedro. Proceedings X-Meeting 2018, 2018.

  • ISHIMOTO, C. K. ; AONO, A. H. ; NAGAI, J. S. ; SOUSA, H. ; MIRANDA, A. R. L. ; ARAUJO, A. ; KUROSHU, R. M. ; ESPOSITO, E. . Network topology and multivariate analyses for identification of highly connected microbial genera within Fluviosol soil. In: X-meeting 2018 - 14th International Conference of the AB3C, 2018, São Pedro. Proceedings X-Meeting 2018, 2018.

  • AONO, A. H. ; NAGAI, J. S. ; RODY, H. V. S. ; COSTA, E. A. ; CESPEDES, J. G. . Ferramenta Web para Análise Estatística de Genética de Populações. In: 62a RBras e 17º SEAGRO, 2017, Lavras. Desafios Recorrentes da Estatística Aplicada: a Informação em Tempo Big Data?, 2017.

  • NAGAI, J. S. ; RODY, H. V. S. ; AONO, A. H. ; COSTA, E. A. ; KUROSHU, R. M. . CINDEX: a software for protein ranking through network modeling based on graph theory. In: Proceedings X-Meeting 2017, 2017, São Pedro. Proceedings X-Meeting 2017, 2017.

  • COSTA, E. A. ; AONO, A. H. ; RODY, H. V. S. ; NAGAI, J. S. ; SOUZA, A. P. ; KUROSHU, R. M. . Ploidy level analysis of functional SNPs from GBS data in a sugarcane map population. In: Proceedings X-Meeting 2017, 2017, São Pedro. Proceedings X-Meeting 2017, 2017.

  • AONO, A. H. ; NAGAI, J. S. ; COSTA, E. A. ; RODY, H. V. S. ; SANTOS, F. R. C. ; PINTO, L. R. ; SOUZA, A. P. ; KUROSHU, R. M. . Preliminary association of putative GBS-based SNPs with brown rust resistance phenotypes in a sugarcane map population using GWAS and machine learning methods. In: X-meeting 2017 - 13th International Conference of the AB3C, 2017, São Pedro. Proceedings X-Meeting 2017, 2017.

  • AONO, A. H. ; COSTA, E. A. ; RODY, H. V. S. ; NAGAI, J. S. ; SOUZA, A. P. ; KUROSHU, R. M. . Identification of putative GBS-based SNPs in a sugarcane map population associated with functional genes. In: Brazilian-International Congress of Genetics, 2017, Águas de Lindoia. Genética 2017, 2017.

  • AONO, A. H. ; COSTA, E. A. ; RODY, H. V. S. ; NAGAI, J. S. ; SOUZA, A. P. ; KUROSHU, R. M. . Preliminary analysis of functional SNPs mining from GBS data using GATK in a sugarcane map population.. In: X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the AB3C, 2016, Belo Horizonte. roceedings X-Meeting 2016. AB3C, 2016.

  • NAGAI, J. S. ; RODY, H. V. S. ; COSTA, E. A. ; AONO, A. H. ; KUROSHU, R. M. . GBS data from a population of modern sugarcane variety reveals duplicate genes retained by breeding process.. In: X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the AB3C, 2016, Belo Horizonte. Proceedings X-Meeting 2016., 2016.

  • AONO, A. H. ; NAGAI, J. S. . Introdução ao R.. 2018. (Apresentação de Trabalho/Outra).

  • NAGAI, J. S. ; SOUSA, H. ; AONO, A. H. ; LORENA, A. C. ; KUROSHU, R. M. . Gene Essentiality Prediction Using Topological Features From Metabolic Networks. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • NAGAI, J. S. ; RODY, H. V. S. ; AONO, A. H. ; COSTA, E. A. ; KUROSHU, R. M. . CINDEX: a software for protein ranking through network modeling based on graph theory. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • AONO, A. H. ; NAGAI, J. S. ; SILVA, L. C. ; OLIVEIRA, L. B. L. ; ROCHA, Y. S. . Costumes e Práticas de Lazer dos Alunos de Graduação do ICT-UNIFESP. 2016.. 2016. (Apresentação de Trabalho/Outra).

  • AONO, A. H. ; COSTA, E. A. ; NAGAI, J. S. ; RODY, H. V. S. ; SOUZA, A. P. ; KUROSHU, R. M. . Preliminary analysis of functional SNPs mining from GBS data using GATK in a sugarcane map population. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • NAGAI, J. S. ; RODY, H. V. S. ; COSTA, E. A. ; AONO, A. H. ; SOUZA, A. P. ; KUROSHU, R. M. . GBS data from a population of modern sugarcane variety reveals duplicate genes retained by breeding process.. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • NAGAI, J. S. ; KUROSHU, R. M. . Estudo e implementação de métodos computacionais para estimativa de taxas de evolução molecular. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

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Outras produções

FERREIRA, M. V. A. L. ; CONCEICAO, K. ; NAGAI, J. S. ; AONO, A. H. . Aplicativo 'A Matemática do Zebrafish'.. 2017.

AONO, A. H. ; NAGAI, J. S. ; CESPEDES, J. G. . PluviApp - Aplicativo para análise de dados pluviométricos e identificação de vulnerabilidade ambiental. 2016.

AONO, A. H. ; NAGAI, J. S. ; CARMONIA, B. M. ; SOUSA, H. ; COSTA, E. A. ; RODY, H. V. S. ; KUROSHU, R. M. . II Curso de Inverno em Bioinformática do ICT-UNIFESP. 2018. 2018. (Minicurso).

AONO, A. H. ; NAGAI, J. S. ; SOUSA, K. K. W. ; MORENO, C. C. ; PASSOS, L. G. ; PASSOS, L. O. ; MUSA, D. L. . Algoritmos e Estruturas de Dados para Crianças. 2018. (Minicurso).

AONO, A. H. ; NAGAI, J. S. . Curso de Programação R. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

AONO, A. H. ; NAGAI, J. S. ; SATO, T. A. ; RODY, H. V. S. ; KUROSHU, R. M. . Introdução à Utilização da Linha de Comando em Linux e Ferramentas para Análise de Dados de Sequenciamento Genômico. 2017. (Minicurso).

SAVII, R. M. ; FRANCHI, B. O. ; AONO, A. H. ; NAGAI, J. S. . Introdução ao R/Shiny. 2016. (Minicurso).

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Projetos de pesquisa

  • 2016 - 2017

    Construção de sequências a partir de dados de genotipagem por sequenciamento de uma população de cana-de-açúcar utilizando a ferramenta Stacks., Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: James Shiniti Nagai - Integrante / Reginaldo Massanobu Kuroshu - Coordenador / Hugo Rody Vianna Silva - Integrante.

  • 2014 - 2015

    Estudo e implementação de métodos computacionais para estimativa de taxas de evolução molecular, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: James Shiniti Nagai - Integrante / Reginaldo Massanobu Kuroshu - Coordenador.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.

Histórico profissional

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Experiência profissional