Paulo Eduardo Pinto Burke

Bacharel em Ciência e Tecnologia pela Universidade Federal de São Paulo. Mestre em Ciência da Computação pela Universidade Federal de São Paulo com ênfase em Biologia Computacional. Doutorando em Bioinformática pela Universidade de São Paulo. Estuda redes biológicas e métodos de simulação de sistemas bioquímicos. Atual representante discente do Programa Interunirades de Pós-Graduação em Bioinformática (IME-USP).

Informações coletadas do Lattes em 05/07/2019

Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em andamento em Bioinformática

2017 - Atual

Universidade de São Paulo
Luciano da Fontoura Costa. Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.

Mestrado em Ciência da Computação

2014 - 2016

Universidade Federal de São Paulo
Título: Representação de Células Completas Utilizando Redes Complexas,Ano de Obtenção: 2016
Marcos Gonçalves Quiles.Coorientador: Claudia Campos. Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: Complex Networks; Biochemical Networks; Whole-cell; Mycoplasma genitalium.Grande área: Ciências Exatas e da TerraGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia de Sistemas. Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.

Graduação em Bacharelado em Ciência e Tecnologia

2012 - 2014

Universidade Federal de São Paulo

Curso técnico/profissionalizante

2007 - 2010

ETEP Faculdades

Ensino Médio (2º grau)

2007 - 2009

ETEP Faculdades

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Formação complementar

2019 - 2019

Cloud Fondations. (Carga horária: 20h). , AWS Academy, AWS, Brasil.

2018 - 2018

Nonlinear Time Series Analysis and Complex Networks in the Big Data Era. (Carga horária: 80h). , Instituto de Física Teórica - Unesp, IFT - UNESP, Brasil.

2014 - 2014

Ritimicidade Cicardiana. (Carga horária: 4h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2013 - 2013

Alg. e téc. computacionais para montagem de genoma. (Carga horária: 24h). , Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.

2013 - 2013

Biomolecular model. across spatial & temp. scales. (Carga horária: 10h). , Universidade Federal do ABC, UFABC, Brasil.

2013 - 2013

Modelling eletronic energy transfer. (Carga horária: 10h). , Universidade Federal do ABC, UFABC, Brasil.

2012 - 2012

Laboratório de Biologia Molecular. (Carga horária: 200h). , Universidade Federal de São Paulo, UNIFESP, Brasil.

2011 - 2011

Introduction to Artificial Intelligence. (Carga horária: 48h). , Stanford University, STANFORD, Estados Unidos.

2011 - 2011

Computação Evolutiva. (Carga horária: 48h). , Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais, INPE, Brasil.

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Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Espanhol

Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente.

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Áreas de atuação

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Redes Complexas.

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Biologia de Sistemas.

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Organização de eventos

BURKE, P. E. P. ; ROSSI, F. P. N. ; MIRANDA, R. P. ; MIRANDA, M. M. ; KAWASHIMA, I. Y. ; MACIEL, L. F. ; CAMPOS, G. U. ; MALVEZZI, J. V. M. ; PEREIRA, M. A. ; BERTOLDI, E. R. M. ; FORTIRER, J. S. ; SILVA, J. V. ; PIUCO, R. . Curso de Verão em Bioinformática. 2019. (Outro).

BURKE, P. E. P. . Curso de Verão em Bioinformática. 2018. (Outro).

BURKE, P. E. P. . 3rd Brazilian Student Council Symposium. 2018. (Congresso).

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Participação em eventos

Workshop Anual do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática da USP.Simulation of Biochemical Systems Using Constraint-Based Methods and Complex Networks. 2019. (Simpósio).

Conference on Complex Systems. Simulation of Biochemical Systems Using Constraint-Based Methods and Complex Networks. 2018. (Congresso).

Workshop Anual do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática da USP.Dynamic Constraint-Based Methods on Complex Networks. 2018. (Simpósio).

X-meeting 2017. Group-Directed Biasing Effects on Topological Properties of PPI Networks. 2017. (Congresso).

COMBINE 2015.The Whole-Cell Network of Mycoplasma Genitalium. 2015. (Oficina).

Semana de Ciência e Tecnologia.Representação e Simulação de Células. 2015. (Simpósio).

Whole Cell Meting.Integration Team. 2015. (Oficina).

Whole-Cell Modeling Summer School.Whole-Cell Model Integration. 2015. (Oficina).

1º Workshop de Biotecnologia - Unifesp.Whole-Cell Representation and Analysis of Mycoplasma genitalium Organism Using Complex Networks. 2014. (Simpósio).

Fase Nacional da Maratona de Programação SBC. Equipe Unifesp. 2014. (Olimpíada).

Fase Regional Maratona de Programação SBC. Classificado para fase brasileira. 2014. (Olimpíada).

III Workshop and School on Dynamics, Transport and Control in Complex Networks - ComplexNet.Whole-Cell Representation and Analysis of Mycoplasma genitalium Organism Using Complex Networks. 2014. (Seminário).

II Escola Brasileira de Modelagem Molecular. 2013. (Congresso).

SICINPE.ANÁLISE E SIMULAÇÃO DE REENTRADA ATMOSFÉRICA. 2012. (Seminário).

Workshop em Engenharia e Tecnologia Espaciais. 2012. (Seminário).

DINCON. Modularidade e Desempenho Computacional de Algoritmos Genéticos. 2011. (Congresso).

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Comissão julgadora das bancas

Reginaldo Massanobu Kuroshu

QUILES, M. G.; CAMPOS, C.;KUROSHU, Reginaldo Massanobu; BASGALUPP, M.; RIBEIRO, C. H. C.. Representação de Células Completas Utilizando Redes Complexas. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo.

Carlos Henrique Costa Ribeiro

QUILES, M. G.;RIBEIRO, C. H. C.; KUROSHU, R. M.; BASGALUPP, M. P.. Representação de células completas utilizando redes complexas. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo.

Mariá Cristina Vasconcelos Nascimento Rosset

KUROSHU, R. M.;QUILES, MARCOS G.NASCIMENTO, M. C. V.. Representação e Simulação de Células Completas Utilizando Redes Complexas. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo.

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Foi orientado por

Marcos Gonçalves Quiles

Representacão de células completas utilizando redes complexas; 2016; Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Marcos Gonçalves Quiles;

Marcos Gonçalves Quiles

Ferramenta para Visualização de Redes Complexas; 2013; Iniciação Científica; (Graduando em Bacharelado em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Marcos Gonçalves Quiles;

Luciano da Fontoura Costa

Simulation of biochemical systems using constraint-based methods and complex networks; Início: 2017; Tese (Doutorado em Programa Interunidades em Bioinformática) - Insituto de Fisica de Sao Carlos, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

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Produções bibliográficas

  • BURKE, PAULO EDUARDO PINTO ; COMIN, CESAR HENRIQUE ; NASCIMENTO, FILIPI ; COSTA, LUCIANO DA FONTOURA . Biological Networks Border Detection. Integrative Biology , v. 9, p. 947-955, 2017.

  • WALTEMATH, DAGMAR KARR, JONATHAN BERGMANN, FRANK CHELLIAH, VIJAYALAKSHMI HUCKA, MICHAEL KRANTZ, MARCUS LIEBERMEISTER, WOLFRAM MENDES, PEDRO MYERS, CHRIS PIR, PINAR ALAYBEYOGLU, BEGUM ARANGANATHAN, NAVEEN BAGHALIAN, KAMBIZ BITTIG, ARNE BURKE, PAULO CANTARELLI, MATTEO CHEW, YIN COSTA, RAFAEL CURSONS, JOSEPH CZAUDERNA, TOBIAS GOLDBERG, ARTHUR GOMEZ, HAROLD HAHN, JENS HAMERI, TUURE GARDIOL, DANIEL , et al. KAZAKIEWICZ, DENIS KISELEV, ILYA KNIGHT-SCHRIJVER, VINCENT KNUPFER, CHRISTIAN KONIG, MATTHIAS LEE, DAEWON LLORET-VILLAS, AUDALD MANDRIK, NIKITA MEDLEY, J MOREAU, BERTRAND NADERI-MESHKIN, HOJJAT PALANIAPPAN, SUCHEENDRA PRIEGO-ESPINOSA, DANIEL SCHARM, MARTIN SHARMA, MAHESH SMALLBONE, KIERAN STANFORD, NATALIE SONG, JE-HOON THEILE, TOM TOKIC, MILENKO TOMAR, NAMRATA TOURE, VASUNDRA UHLENDORF, JANNIS VARUSAI, THAWFEEK WATANABE, LEANDRO WENDLAND, FLORIAN WOLFIEN, MARKUS YURKOVICH, JAMES ZHU, YAN ZARDILIS, ARGYRIS ZHUKOVA, ANNA SCHREIBER, FALK ; Toward community standards and software for whole-cell modeling. IEEE Transactions on Biomedical Engineering (Print) , v. PP, p. 1-1, 2016.

  • CARVALHO, LUIZ MAX F. ; SANTOS, LEONARDO BACELAR LIMA ; BURKE, PAULO E. P. ; QUILES, MARCOS ; SILVEIRA, WALDEMIR DE CASTRO . A geographically-aware complex network approach for foot-and-mouth disease phylodynamics. In: 6th International Conference on Nonlinear Science and Complexity, 2016, São José dos Campos - SP, 2016.

  • BURKE, PAULO E. P. ; PEREIRA, ALISSON RAMOS ; SANTOS, DENILSON PAULO SOUZA DOS . MODULARIDADE E DESEMPENHO COMPUTACIONAL DE ALGORITMOS GENÉTICOS. In: Conferência Brasileira de Dinâmica, Controle e Aplicações, 2011. org.crossref.xschema._1.Title@25841f95. p. 266.

  • BURKE, P. E. P. . Análise e Simulação de Reentrada Atmosférica. In: SICINPE, 2012, São José dos Campos. SICINPE, 2012.

  • BURKE, P. E. P. ; CAMPOS, C. B. L. ; Quiles, M. G. . Whole-Cell Representation and Analysis of Mycoplasma Genitalium Organism Using Complex Networks. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

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Outras produções

BURKE, P. E. P. . Introdução à Biologia Molecular. 2019. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

BURKE, P. E. P. . Redes Complexas em Sistemas Biológicos. 2018. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

BURKE, P. E. P. . Introdução a Linux. 2018. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

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Prêmios

2019

Melhor Apresentação Oral, Workshop do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática.

Histórico profissional

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Endereço profissional

  • Universidade de São Paulo, Instituto de Física de São Carlos. , Avenida Trabalhador Sancarlense, 400, Departamento de Computação Interdisciplinar, sala 13, Parque Arnold Schimidt, 13566590 - São Carlos, SP - Brasil, Telefone: (16) 00000000

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Experiência profissional

  • 2014 - 2014

    Universidade Federal de São Paulo

    Vínculo: Monitor, Enquadramento Funcional: Monitoria em Bioinformática - Pós Graduação, Carga horária: 3

  • 2013 - 2014

    Universidade Federal de São Paulo

    Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Iniciação Científica, Carga horária: 30, Regime: Dedicação exclusiva.

    Outras informações:
    Projeto: Ferramenta Gráfica para Visualização de Redes Complexas

  • 2012 - 2013

    Universidade Federal de São Paulo

    Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Iniciação Científica, Carga horária: 30, Regime: Dedicação exclusiva.

    Outras informações:
    Projeto: Desenho Racional de Inibidores de Proteínas Processadoras de Ácidos Nucleicos

  • 2012 - 2012

    Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais

    Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Iniciação Científica, Carga horária: 30, Regime: Dedicação exclusiva.

  • 2010 - 2012

    ETEP Faculdades

    Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Designer Educacional, Carga horária: 40