Gustavo Pagotto Borin

Aluno de Doutorado pelo programa de Genética e Biologia Molecular da UNICAMP sob orientação da Drª. Juliana Velasco de Castro Oliveira (CTBE/UNICAMP). Realiza seu projeto no Laboratório Nacional de Ciência e Tecnologia do Bioetanol (CTBE-CNPEM). Foi estagiário e concluiu seu projeto de mestrado no mesmo laboratório, trabalhando com o projeto "Estudos genômicos comparativos da expressão gênica global de fungos filamentosos crescidos em bagaço e colmo de cana-de-açúcar" (FAPESP) sob orientação da mesma pesquisadora e do Profº. Drº. Gustavo Henrique Goldman (USP/CTBE). Atualmente trabalha com a transcriptômica, proteômica e genômica de fungo filamentoso.

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Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em Genética e Biologia Molecular

2015 - 2019

Universidade Estadual de Campinas
Título: Análise da co-regulação transcricional e identificação de genes de interesse biotecnológico em Trichoderma reesei
Orientador: em Vienna Technology University ( Astrid Mach-Aigner)
com Juliana Velasco de Castro Oliveira. Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Palavras-chave: Trichoderma reesei; biomassa vegetal; mutantes; co-regulação gênica; metabolômica.Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.

Mestrado em Genética e Biologia Molecular

2013 - 2015

Universidade Estadual de Campinas
Título: Estudos genômicos da expressão gênica global do fungo filamentoso Trichoderma reesei crescido em bagaço e colmo de cana-de-açúcar,Ano de Obtenção: 2015
Gustavo Henrique Goldman.Coorientador: Juliana Velasco de Castro Oliveira. Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Palavras-chave: Trichoderma reesei; RNA-Seq; qPCR; glicosil hidrolases; biomassa vegetal.Grande área: Ciências Biológicas

Graduação em Ciências Biológicas

2009 - 2012

Universidade Estadual de Campinas

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Formação complementar

2018 - 2018

Deutsch als Fremdsprache Stufe A1.1. (Carga horária: 45h). , Internationales Kulturinstitut, IKI, Austria.

2018 - 2018

Englisch-Abendkurs Konversation. (Carga horária: 12h). , ABC bildungszentrum, ABC, Austria.

2017 - 2017

Tutorial - Industrial Production of Biofuels: Learning Through Experience. (Carga horária: 4h). , Brazilian BioEnergy Science and Technology Conference, BBEST2017, Brasil.

2016 - 2016

XI Curso de Bioinformática ?Montagem e análise de genomas". (Carga horária: 25h). , Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.

2015 - 2015

X Curso de Bioinformática. (Carga horária: 25h). , Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.

2015 - 2015

Syncrotron Radiation Circular Dichroism Applied to Biological Systems. (Carga horária: 8h). , Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, CNPEM, Brasil.

2015 - 2015

Workshop de Metabolômica. (Carga horária: 24h). , Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, CNPEM, Brasil.

2013 - 2013

"Método Lógico para Redação Científica". (Carga horária: 8h). , Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.

2011 - 2011

O Futuro da Neurociência. (Carga horária: 8h). , Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.

2011 - 2011

Diversidade Vegetal: Extrativismo e Biotecnologia. (Carga horária: 8h). , Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.

2010 - 2010

Curso de Verão de Biotecnologia. (Carga horária: 40h). , Universidade de Sorocaba, UNISO, Brasil.

2010 - 2010

Monitoria em Histologia - Ciências Biológicas. (Carga horária: 12h). , Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.

2009 - 2009

Genética e Entomologia Forense. (Carga horária: 8h). , Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.

2009 - 2009

Células-tronco. (Carga horária: 8h). , Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.

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Idiomas

Inglês

Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Bem.

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Áreas de atuação

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia.

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética de Microorganismos.

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Participação em eventos

GBMeeting 2019.Gene co-expression network analysis and identification of new targets with biotechnological interest in the hypercellulolytic fungus Trichoderma reesei. 2019. (Encontro).

Sustainable chemicals and fuels through synthetic biology. 2019. (Outra).

Desafios e Perspectivas para a Valorização da Hemicelulose - CTBE. 2018. (Encontro).

III Workshop de Resultados do Projeto SUCRE - CTBE. 2018. (Outra).

BBEST - Brazilian Bioenergy Science and Technology Conference. Identifying potential new genes related to lignocellulose degradation using transcriptome and gene co-expression network analysis in Trichoderma reesei RUT-C30. 2017. (Congresso).

Workshop on Second Generation Bioethanol 2016. 2016. (Outra).

XI Bioinformatics Course "Assembly and analysis of genomes?.. 2016. (Oficina).

Metabolomics Workshop - LNBR. 2015. (Seminário).

Synchrotron Radiation Circular Dichroism Applied to Biological Systems: Present Applications and Future Perspectives. 2015. (Outra).

X Curso de Bioinformática "Identificação, anotação e análise da expressão de transcritos utilizando RNA-seq". 2015. (Outra).

Workshop on Second Generation Bioethanol 2014. 2014. (Outra).

Second Generation Bioethanol 2013: Enzymatic Hydrolysis. 2013. (Outra).

XI Congresso Aberto aos Estudantes de Biologia (CAEB). "Análise da expressão gênica global do fungo Trichoderma reesei crescido em bagaço e colmo de cana-de-açúcar". 2013. (Congresso).

Second Generation Bioethanol 2012 - Enzymatic Hydrolysis. 2012. (Outra).

X Congresso Aberto aos Estudantes de Biologia (CAEB). 2011. (Congresso).

13ª Semana de Engenharia Química da UNICAMP. 2010. (Simpósio).

IX Congresso Aberto aos Estudantes de Biologia (CAEB). 2009. (Congresso).

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Comissão julgadora das bancas

Cristiane Akemi Uchima

PEREIRA, G. A.;UCHIMA, C. A.; DAMASIO, A. R. L.. Estudos genômicos da expressão gênica global de Trichoderma reesei crescido em bagaço e colmo de cana-de-açúcar. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Renato Vicentini dos Santos

VICENTINI, R; CARAZZOLLE, M. F.;DELABONA, PRISCILA DA SILVA. Análise da co-regulação transcricional e identificação de genes de interesse biotecnológico em Trichoderma reesei. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Fábio Márcio Squina

SQUINA F. M.. Estudos genômicos da expressão gênica global do fungo filamentoso Trichoderma reesei crescido em bagaço de cana-de-açúcar. 2014.

Marcelo Falsarella Carazzolle

Delabona P S; Santos R. V.;FALSARELLA CARAZZOLLE, MARCELO. Análise da co-regulação transcricional e identificação de genes de interesse biotecnológico em Trichoderma reesei. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Juliana Velasco de Castro Oliveira

OLIVEIRA, J. V. C.; SOUZA, A. P.; ROCHA, R. S.; WARD, R. J.; BRANDAO, M. M.. Análise da co-regulação transcricional e identificação de genes de interesse biotecnológico em Trichoderma reesei. 2019. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

André Ricardo de Lima Damásio

GOLDMAN, G. H.;SEGATO, F.Damásio, A.R.L.. Estudos genômicos da expressão gênica global do fungo filamentosos Trichoderma reesei crescido em bagaço e colmo de cana-de-açucar. 2015. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

André Ricardo de Lima Damásio

PEREIRA, G. A. G.;Damásio, A.R.L.; UCHIMA, C. A.. Estudos genômicos da expressão gênica global de Trichoderma reesei crescido em bagaço e colmo de cana-de-açúcar. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

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Foi orientado por

Gustavo Henrique Goldman

Estudos genômicos da expressão gênica global do fungo filamentoso Trichoderma reesei crescido em bagaço e colmo de cana-de-açúcar; Início: 2013; Dissertação (Mestrado em Biologia Funcional e Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; (Orientador);

Juliana Velasco de Castro Oliveira

Estudos genômicos da expressão gênica global do fungo filamentoso Trichoderma reesei crescido em bagaço e colmo de cana-de-açúcar; 2015; Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas,; Coorientador: Juliana Velasco de Castro Oliveira;

Juliana Velasco de Castro Oliveira

Análise da co-regulação transcricional e identificação de genes de interesse biotecnológico em Trichoderma reesei; 2019; Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Juliana Velasco de Castro Oliveira;

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Produções bibliográficas

  • BORIN, GUSTAVO PAGOTTO ; CARAZZOLLE, MARCELO FALSARELLA ; DOS SANTOS, RENATO AUGUSTO CORRÊA ; RIAÑO-PACHÓN, DIEGO MAURICIO ; OLIVEIRA, JULIANA VELASCO DE CASTRO . Gene Co-expression Network Reveals Potential New Genes Related to Sugarcane Bagasse Degradation in Trichoderma reesei RUT-30. FRONTIERS IN BIOENGINEERING AND BIOTECHNOLOGY , v. 6, p. 151, 2018.

  • BORIN, GUSTAVO PAGOTTO ; SANCHEZ, CAMILA CRISTINA ; DE SANTANA, ELIANE SILVA ; ZANINI, GUILHERME KEPPE ; DOS SANTOS, RENATO AUGUSTO CORR?A ; DE OLIVEIRA PONTES, ANG?LICA ; DE SOUZA, ALINE TIEPPO ; DAL?MAS, ROBERTA MARIA MENEGALDO TAVARES SOA ; RIA?O-PACH?N, DIEGO MAURICIO ; GOLDMAN, GUSTAVO HENRIQUE ; OLIVEIRA, JULIANA VELASCO DE CASTRO . Comparative transcriptome analysis reveals different strategies for degradation of steam-exploded sugarcane bagasse by Aspergillus niger and Trichoderma reesei. BMC GENOMICS , v. 18, p. 501, 2017.

  • NETO, ANTONIO ADALBERTO KAUPERT ; BORIN, GUSTAVO PAGOTTO ; GOLDMAN, GUSTAVO HENRIQUE ; DAMÁSIO, ANDRÉ RICARDO DE LIMA ; OLIVEIRA, JULIANA VELASCO DE CASTRO . Insights into the plant polysaccharide degradation potential of the xylanolytic yeast Pseudozyma brasiliensis . FEMS YEAST RESEARCH (ONLINE) , v. 16, p. fov117, 2016.

  • BORIN, GUSTAVO PAGOTTO ; SANCHEZ, CAMILA CRISTINA ; DE SOUZA, AMANDA PEREIRA ; DE SANTANA, ELIANE SILVA ; DE SOUZA, ALINE TIEPPO ; LEME, ADRIANA FRANCO PAES ; SQUINA, FABIO MARCIO ; BUCKERIDGE, MARCOS ; GOLDMAN, GUSTAVO HENRIQUE ; OLIVEIRA, JULIANA VELASCO DE CASTRO . Comparative Secretome Analysis of Trichoderma reesei and Aspergillus niger during Growth on Sugarcane Biomass. PLoS One , v. 10, p. e0129275, 2015.

  • BORIN, G. P. ; ALVES, R. F. ; FERRAZ JUNIOR, A. D. N. . Current status of biotechnological processes in the biofuel industries. In: Gustavo Molina; Vijai Kumar Gupta; Brahma N. Singh; Nicholas Gathergood. (Org.). Bioprocessing for Biomolecules Production. 1ed.Chichester: John Wiley & Sons, Ltd, 2019, v. , p. 47-70.

  • Molina, Gustavo ; de Lima, Evandro A. ; Borin, Gustavo P. ; de Barcelos, Mayara C.S. ; Pastore, Gláucia M. . Beta-Glucosidase From Penicillium. In: Vijai G. Gupta; Susana Rodriguez-Couto. (Org.). New and Future Developments in Microbial Biotechnology and Bioengineering. 1ed.: Elsevier, 2018, v. , p. 137-151.

  • Contesini, Fabiano Jares ; de Lima, Evandro A. ; Mandelli, Fernanda ; Borin, Gustavo P. ; Alves, Rafael F. ; Terrasan, César Rafael F. . Carbohydrate Active Enzymes Applied in the Production of Functional Oligosaccharides. In: Geoffrey Smithers. (Org.). Reference Module in Food Science. 1ed.: Elsevier, 2018, v. , p. 1-.

  • Molina, Gustavo ; Pagotto Borin, Gustavo ; Pelissari, Franciele Maria ; Contesini, Fabiano Jares . Nanotechnology Applied for Cellulase Improvements. In: Neha Srivastava; Manish Srivastava; Himanshu Pandey; P.K. Mishra; Pramod W. Ramteke. (Org.). Biofuel and Biorefinery Technologies. 5ed.: Springer International Publishing, 2018, v. , p. 93-114.

  • BORIN, GUSTAVO PAGOTTO ; de Melo, Ricardo Rodrigues ; Crespim, Elaine ; Sato, Helia Harumi ; Contesini, Fabiano Jares . An Overview on Polymer Gels Applied to Enzyme and Cell Immobilization. Gels Horizons: From Science to Smart Materials. 1ed.: Springer Singapore, 2018, v. , p. 63-86.

  • MELO, R. R. ; BORIN, G. P. ; ZANINI, G. K. ; KAUPERT NETO, A. A. ; FERNANDES, B. S. ; CONTESINI, F. J. . An Overview on Vegetable Oils and Biocatalysis. In: Brittany Holt. (Org.). Vegetable Oil: Properties, Uses and Benefits. 1ed.: Nova Science Publishers, 2016, v. 1, p. 1-23.

  • BORIN, G. P. ; PAIXAO, D. A. A. . Métodos Laboratoriais em Biologia Molecular. In: Ricardo Freitas Dias. (Org.). Fundamentos da Biologia Molecular Aplicada ao Exercício Físico - Uma nova abordagem integrativa. 1ed.Campinas: NA, 2015, v. 1, p. 228-270.

  • BORIN, G. P. ; CARAZZOLLE, M. F. ; RIANO-PACHON, D. M. ; OLIVEIRA, J. V. C. . Identifying potential new genes related to lignocellulose degradation using transcriptome and gene co-expression network analysis in Trichoderma reesei RUT-C30. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • SANTOS, R. A. C. ; BORGES, T. A. ; BORIN, G. P. ; SIMAS, P. V. M. ; COSTA, C. A. ; OLIVEIRA, J. V. C. ; GOLDMAN, G. H. ; RIANO-PACHON, D. M. . Understanding the metabolism of hemicellulosic sugars from Omics of the yeast-like fungus Kalmanozyma brasiliensis GHG001 and the Comparative Genomics with Ustilaginaceae (Basidiomycetes). 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • DALY, P. ; KOKOLSKI, M. ; OLIVEIRA, J. V. C. ; BORIN, G. P. ; GOLDMAN, G. H. ; ARCHER, D. . Comparisons of the responses of fungi to lignocellulosic substrates using single and mixed species cultures. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • BORIN, G. P. ; OLIVEIRA, J. V. C. ; GOLDMAN, G. H. . Análise do transcriptoma e secretoma do fungo Trichoderma reesei crescido em bagaço e colmo de cana-de-açúcar. 2012. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

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Projetos de pesquisa

  • 2015 - Atual

    Análise da co-regulação transcricional e identificação de genes de interesse biotecnológico em Trichoderma reesei, Descrição: A parede celular vegetal é uma estrutura recalcitrante, composta por polissacarídeos complexos que podem ser quebrados em açúcares fermentáveis, para a produção do que é denominado de etanol de segunda geração. A desconstrução desse material complexo pode ser feita por diversos tipos de enzimas hidrolíticas, que são produzidas naturalmente por uma variedade de microrganismos. Entre eles, o fungo Trichoderma reesei se destaca pela capacidade de produzir e secretar estas enzimas em grandes quantidades. Embora este fungo seja muito estudado como organismo modelo na desconstrução de lignocelulose, apenas recentemente abordagens de transcriptômica e proteômica com T. reesei RUT C30 crescido em duas biomassas vegetais de cana-de-açúcar foram realizados. Em um projeto de mestrado recentemente concluído pelo candidato foi avaliado o perfil de expressão e secreção de proteínas envolvidas na desconstrução da parede vegetal. O resultado do transcriptoma de T. reesei permitiu a identificação de uma série de genes diferencialmente expressos em colmo e bagaço de cana, os quais podem estar relacionados, direta ou indiretamente, à desconstrução e ao crescimento do fungo nesses substratos lignocelulósicos. Assim, este projeto de doutorado pretende dar continuidade a este projeto e estudar em mais detalhes os resultados obtidos. O objetivo da presente proposta é analisar a co-regulação de genes diferencialmente expressos no transcriptoma de T. reesei pela análise de uma rede de co-regulação gênica, bem como construir e validar cepas mutantes deste fungo para identificação de genes, até então de função desconhecida, que possam ser de interesse biotecnológico, como novas enzimas lignocelulolíticas. Serão construídos mutantes knockout e superexpressando os genes selecionados para verificar seus perfis lignocelulolíticos, através de testes de crescimento em meios contendo diferentes fontes de carbono complexas, medindo a atividade enzimática contra diversos substratos, verificando a quantidade de açúcar liberado durante a sacarificação, entre outros. Como objetivos adicionais, pretende-se clonar, expressar, purificar e caracterizar uma ou algumas proteínas codificadas pelos genes candidatos que apresentarem perfis mais interessantes nos mutantes, e também realizar e analisar a metabolômica de T. reesei quando crescido em biomassa de cana-de-açúcar para identificar as principais vias metabólicas utilizadas pelo fungo. Ao fim deste projeto, espera-se identificar genes com potencial para aumento da sacarificação da biomassa vegetal de cana e da produção do etanol 2G.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gustavo Pagotto Borin - Integrante / Juliana Velasco de Castro Oliveira - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

  • 2012 - 2014

    Estudos genômicos comparativos da expressão gênica global de fungos filamentosos crescidos em bagaço e colmo de cana-de-açúcar, Descrição: A dependência de fontes de combustíveis fósseis bem como a preocupação com o meio ambiente tem gerado mundialmente um grande interesse no desenvolvimento de outras fontes de combustível e energia. Neste sentido, o uso de etanol como combustível é vantajoso por se tratar de uma fonte inesgotável de energia, sendo considerada de baixo impacto ambiental. Atualmente, através da fermentação do caldo da cana-de-açúcar, o Brasil é o segundo maior produtor de bioetanol. Entretanto, estudos sugerem que se forem utilizados o bagaço e a palha da cana, o Brasil pode dobrar sua produção, sem a necessidade do aumento de áreas cultiváveis. No entanto, o uso dessa biomassa apresenta como desafio a degradação da estrutura da parede celular vegetal formada por açúcares complexos, como celulose e hemicelulose, em açúcares mais simples, fermentáveis. Para isso, são necessários diversos tipos de enzimas hidrolíticas, que sabidamente são produzidas por uma variedade de microorganismos; dentre eles destacam-se os fungos filamentosos Aspergillus niger e Trichoderma reesei, capazes de produzi-las e secretá-las em grandes quantidades. Embora diversos estudos sejam realizados com estes microorganismos, ainda não são conhecidos exatamente os mecanismos de degradação destes substratos; assim, este projeto tem como objetivo analisar a expressão global por RNA-seq dos genes de A. niger e T. reesei, em meio com bagaço e colmo de cana-de-açúcar. Além de contribuir com o entendimento básico do processo de degradação destas biomassas, todo o conhecimento em âmbito molecular resultante deste trabalho refletirá em novas perspectivas para o desenvolvimento de coquetéis enzimáticos, possibilitando a produção de etanol de segunda geração em escala industrial.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Gustavo Pagotto Borin - Integrante / Juliana Velasco de Castro Oliveira - Coordenador / Gustavo Henrique Goldman - Integrante.

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Prêmios

2017

2º lugar na Apresentação de Pôster (categoria Doutorado), BBEST2017 - Brazilian Bioenergy Science and Technology Conference.

2013

2º lugar na Apresentação de Painéis da Categoria Molecular, Congresso Aberto aos Estudantes de Biologia - XI CAEB.

2012

1º lugar no Exame de Seleção do Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular (mestrado), Universidade Estadual de Campinas.

Histórico profissional

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Endereço profissional

  • Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, Laboratório Nacional de Ciência e Tecnologia do Bioetanol. , CIdade Universitária Zeferino Vaz, Distrito de Barão Geraldo, 13083862 - Campinas, SP - Brasil, Telefone: (19) 35121010, URL da Homepage:

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Experiência profissional

  • 2012 - 2012

    Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais

    Vínculo: Estagiário, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 30

    Atividades

    • 01/2012 - 12/2012

      Estágios , Laboratório Nacional de Ciência e Tecnologia do Bioetanol, .,Estágio realizado, Estudos genômicos comparativos da expressão gênica global de fungos filamentosos crescidos em bagaço e colmo de cana-de-açúcar.

  • 2010 - 2011

    AlphaBio

    Vínculo: Serviço voluntário, Enquadramento Funcional: Diretor de ADMFJ

  • 2009 - 2009

    AlphaBio

    Vínculo: Serviço voluntário, Enquadramento Funcional: Gerente de ADMFJ

  • 2010 - 2010

    Universidade Estadual de Campinas

    Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsista PAD, Carga horária: 6

    Outras informações:
    Monitoria da disciplina BH282 ? Fundamentos da Biologia Tecidual do Instituto de Biologia da UNICAMP. Como monitor e bolsista do Programa de Apoio Didático (PAD), realizava a preparação das aulas práticas da disciplina, esclarecia dúvidas dos alunos e acompanhava as aulas teórico-práticas sob supervisão do Profº. Drº. Áureo Tatsumi Yamada do Departamento de Histologia e Embriologia.