Tiago Lubiana Alves

Me formei em Ciências Biomédicas pela Universidade de São Paulo (USP) em 2017 e concluí mestrado em bioinformática no laboratório de biologia de sistemas computacional da USP em 2020. Tive diversas experiências de pesquisa de bancada, trabalhando em projetos de doenças neurológicas, de plasticidade sináptica e de interações neuroimunes na UFRJ, na USP e no Instituto Weizmann (Israel). Participei de estágios de verão trabalhando com peixe-zebra na Universidade de Zurique, em 2015 e no Vienna BioCenter em 2017. Na área de microbiologia, participei como competidor (2 vezes) e jurado da competição iGEM de biologia sintética e fiz meu TCC com competição interbacteriana no gênero Xanthomonas (IQ-USP). Em meu mestrado, desenvolvi uma série de pacotes em R para análise de dados de células únicas. Hoje trabalho com Wikidata, grafos de conhecimento e a aplicação destas ferramentas para integração de conhecimento biomédico. No mais, me interesso muito por ciência aberta e liberdade do conhecimento. Dessa forma, muitos de meus trabalhos podem ser vistos em https://github.com/lubianat.

Informações coletadas do Lattes em 25/06/2020

Acadêmico

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Formação acadêmica

Mestrado em Bioinformática

2018 - 2020

Universidade de São Paulo
Título: Detection of populations in single-cell RNA sequencing data via coexpression modules.,Ano de Obtenção: 2020
Helder Takashi Imoto Nakaya.Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Palavras-chave: single-cell RNA sequencing; coexpression; cell type.

Graduação em Ciências Biomédicas

2014 - 2017

Universidade de São Paulo
Título: T4SS-dependent toxin/antitoxin mediated competition in Xanthomonas
Orientador: Shaker Chuck Farah

Ensino Médio (2º grau)

2011 - 2013

Colégio São Vicente de Paulo (RJ)

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Formação complementar

2013 - 2013

II Curso de Verão em Neurociências. (Carga horária: 15h). , Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ, Brasil.

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Idiomas

Bandeira representando o idioma Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Bandeira representando o idioma Espanhol

Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Pouco.

Bandeira representando o idioma Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Bandeira representando o idioma Alemão

Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

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Organização de eventos

LUBIANA, T. A. . Jamboré Brasuca - iGEM. 2017. (Congresso).

ICB/USP, C. C. E. E. ; LUBIANA, T. A. . IV Semana Nacional do Cérebro - ICB/USP. 2015. (Outro).

LUBIANA, T. A. . Jamboré Brasuca - iGEM. 2017. (Congresso).

ICB/USP, C. C. E. E. ; LUBIANA, T. A. . IV Semana Nacional do Cérebro - ICB/USP. 2015. (Outro).

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Participação em eventos

eLife Innovation Sprint.javascript:void(0). 2019. (Oficina).

Latin American Conference on Complex Networks. Fast Correlation-Based Filter algorithm and building of supervised co-expression networks. 2019. (Congresso).

Latin American Strategy Forum for Research Infrastructure. 2019. (Encontro).

Natal Bioinformatics Forum.Information Theory and scTranscriptomics: selection of relevant transcripts in single-cell datasets by FCBF. 2019. (Simpósio).

No-Budget Science Hackweek.NeuroWiki. 2019. (Oficina).

Vienna BioCenter Summer School 10-year Anniversary Symposium.Vienna BioCenter Summer School 10-year Anniversary Symposium. 2019. (Simpósio).

Workshop of USP Graduate Program in Bioinformatics.Information-Theory and scTranscriptomics: selection of novel, relevant transcripts in single-cell datasets by FCBF. 2019. (Simpósio).

X-meeting 2019 - 15th International Conference of the AB3C. Fcoex: an R package for detecting co-expression modules in single-cell RNA-Seq data. 2019. (Congresso).

International Genetically Engineered Machines Competition (iGEM).Judge. 2018. (Outra).

2nd Workshop on Systems Microbiology.T4SS-dependent toxin/antitoxin mediated competition in Xanthomonas (Orientation: Prof. Shaker Chuck Farah). 2017. (Simpósio).

International Genetically Engineered Machines Competition (iGEM). BioTrojan: Integrating Paratransgenesis and Synthetic Biology to eradicate vector-borne diseaseas. 2017. (Congresso).

Vienna BioCenter Summer School.Investigating the role of the Toddler peptide during zebrafish gastrulation (Orientation: Andrea Pauli). 2017. (Outra).

International Genetically Engineered Machines Competition (iGEM). AlgAranha. 2016. (Congresso).

Biomolecular Design Competition (BIOMOD). Expanded Nano Cages - Unwrapping Nano Black Boxes. 2015. (Congresso).

International Biology Undergraduate Summer School in Zurich.Assessing the role of Ca2+ channel 2-4 subunits in the zebrafish retina (Orientation: Prof. Stephan Neuhauss). 2015. (Outra).

Congresso do ICB - 45 anos. GM1 ganglioside promotes recovery in a rat model of Parkinson's disease (Orientation by Prof. Luiz Roberto Giorgetti de Britto). 2014. (Congresso).

Dr Bessie F. Lawrence Program - International Summer Science Ins Institute.Adaptive immunity at the choroid plexus shapes brain function throughout life (Orientation: Prof. Michal Schwartz). 2014. (Outra).

III International Symposium Frontiers in Neuroscience. 2014. (Simpósio).

II International Symposium Frontiers in Neuroscience. 2012. (Simpósio).

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Comissão julgadora das bancas

Helder Takashi Imoto Nakaya

Nakaya, H.; SILVA, I. T.; FUJITA, A.; SILVEIRA, E.. Detecção de populações em dados de sequenciamento de RNA de células individuais por meio de módulos de coexpressão. 2020. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Eduardo Lani Volpe da Silveira

FUJITA, A.; SILVA, I. T.;SILVEIRA, EDUARDO L. V.. Detecção de populações em dados de sequenciamento de RNA de células individuais por meio de módulos de coexpressão. 2020. Dissertação (Mestrado em PROGRAMA INTERUNIDADES DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOINFORMÁTICA) - Universidade de São Paulo.

Bruna Felício Milazzotto Maldonado Porchia

Porchia, Bruna F. M. M.; MENCK, C. F.; FERREIRA, L. C. S.. T4SS-dependent toxin/antitoxin mediated competition in Xanthomonas. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado em Ciências Biomédicas) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP.

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Foi orientado por

Roberto De Pasquale

Caracterização dos efeitos de NOe H2O2 na plasticidade a curto prazo e na resposta NMDA no córtex visual murino; 2015; Orientação de outra natureza; (Ciências Biomédicas) - Universidade de São Paulo; Orientador: Roberto De Pasquale;

Shaker Chuck Farah

T4SS-dependent toxin/antitoxin mediated competition in Xanthomonas; 2017; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências Biomédicas) - Universidade de São Paulo; Orientador: Shaker Chuck Farah;

Helder Takashi Imoto Nakaya

Neuroimmune molecular networks in neurodegenerative e infectious diseases; 2020; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya;

João Carlos Monteiro de Carvalho

Produção de proteína de teia de aranha recombinante em microalga; 2017; Iniciação Científica; (Graduando em Farmácia) - Universidade de SÃo Paulo; Orientador: João Carlos Monteiro de Carvalho;

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Produções bibliográficas

  • PROW, NATALIE A. ; HIRATA, THIAGO D. C. ; TANG, BING ; LARCHER, THIBAUT ; MUKHOPADHYAY, PAMELA ; ALVES, TIAGO LUBIANA ; LE, THUY T. ; GARDNER, JOY ; POO, YEE SUAN ; NAKAYAMA, ERI ; LUTZKY, VIVIANA P. ; NAKAYA, HELDER I. ; SUHRBIER, ANDREAS . Exacerbation of Chikungunya Virus Rheumatic Immunopathology by a High Fiber Diet and Butyrate. Frontiers in Immunology , v. 10, p. 2736, 2019.

  • BAYER-SANTOS, ETHEL ; CENENS, WILLIAM ; MATSUYAMA, BRUNO YASUI ; OKA, GABRIEL UMAJI ; DI SESSA, GIANCARLO ; MININEL, IZABEL DEL VALLE ; ALVES, TIAGO LUBIANA ; FARAH, CHUCK SHAKER . The opportunistic pathogen Stenotrophomonas maltophilia utilizes a type IV secretion system for interbacterial killing. PLoS Pathogens , v. 15, p. e1007651, 2019.

  • KAGUE, E. ; WITTEN, P.E. ; SOENENS, M. ; CAMPOS, CL. ; LUBIANA, T. ; FISHER, S. ; HAMMOND, C. ; BROWN, K. ROBSON ; PASSOS-BUENO, MR. ; HUYSSEUNE, A. . Zebrafish sp7 mutants show tooth cycling independent of attachment, eruption and poor differentiation of teeth. DEVELOPMENTAL BIOLOGY , v. 435, p. 176-184, 2018.

  • MOLINO, JOÃO VITOR ; LUBIANA ALVES, TIAGO ; FERREIRA-CAMARGO, LIVIA ; CROCE, MIGUEL ; TANAKA, ALLAN ; BUSON, FELIPE ; RIBEIRO, PEDRO ; CAMPOS-SALAZAR, ANTONY ; ANTONIO, EDUARDO ; MAIZEL, ANDRÉ ; SIRATUTI, VIVIANE ; COSTA, CLAUDIA ; WLODARCZYK, SAMARINA ; DE SOUZA LIMA, RAQUEL ; MELLO, FABIO ; MAYFIELD, STEPHEN ; CARVALHO, JOÃO . Chimeric spider silk production in microalgae: a modular bionanomaterial. Research Ideas and Outcomes , v. 2, p. e9342, 2016.

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Outras produções

LUBIANA, T. ; NAKAYA, H. I. . fcoex R/Bioconductor package. 2019.

LUBIANA, T. ; NAKAYA, H. I. . PubScore R/Bioconductor package. 2019.

LUBIANA, T. ; NAKAYA, H. I. . FCBF R/Bioconductor Package. 2018.

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Prêmios

2019

Best Poster Award at the session Systems Biology and Networks of the X-meeting 2019, AB3C.

2019

8th ISCB Wikipedia competition - 2nd place for the page "Multiomics", International Society for Computational Biology.

2017

Gold Medal at iGEM Competition 2017 (Team USP-Brazil), iGEM Foundation.

2016

Silver Medal at iGEM competition 2016 (Team USP-UNIFESP), iGEM Foundation.

2015

Bronze Medal (Team Protomatos) in BIOMOD, Wyss Institute for Biologically Inspired Engineering at Harvard University.

2014

Honorable Mention, ICB - 45 years Congress - ICB/USP.

2013

4th Place, International Brain Bee, Vienna.

2013

Gold Medal, 9th Brazilian Biology Olympiad.

2013

1st place, Brazilian Brain Bee.

2012

Bronze Medal, 23rd International Biology Olympiad, Singapore.

2012

Gold Medal, 8th Brazilian Biology Olympiad.