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Sou graduada em Farmácia pela Universidade de São Paulo (1983), obtive título de Doutora em Bioquímica na Universidade de São Paulo (1987) sob orientação da Profa. Maria Helena Juliani. Realizei estágio de Pós-Doutorado (2 anos) na Saint Louis University, EUA (1987-1989) sob supervisão da Profa. Claudette Klein. Fui pesquisadora no Centro de Biotecnologia do Instituto Butantan (1987-1990). Desde 1991 sou docente no Departamento de Bioquímica do Instituto de Química da Universidade de São Paulo. Em 1999 obtive o título de Livre-Docência em Bioquímica e desde 2008 sou Professora Titular. Em 2011, fui pesquisadora visitante (6 meses) na Universidade da California, Berkeley, no laboratorio do Prof. Steve Lindow. Em 2017, fui nomeada como membro da Academia de Ciências do Estado de São Paulo. Minha área de pesquisa é bioquímica, biologia molecular e genômica de microrganismos. O grupo de pesquisa que lidero investiga os mecanismos de virulência e adaptação da bactéria Xylella fastidiosa que coloniza e causa doenças em diversas plantas tais como laranjeiras, videiras e oliveiras. Em outra frente de trabalho, investigamos a diversidade e a dinâmica de comunidades microbianas em ambientes naturais e engenheirados através de abordagens da metagenômica. Mais recentemente, o escopo da pesquisa em nosso grupo foi ampliado para a descoberta de novos bacteriófagos com potencial de aplicação em fagoterapia e para o estudo de mecanismos envolvidos na interação fago-bactéria.
Informações coletadas do Lattes em 01/07/2022
Acadêmico
Formação acadêmica
Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)
1983 - 1987
Universidade de São Paulo
Título: Expressão gênica diferencial durante o desenvolvimento e na resposta ao choque térmico em Blastocladiella emersonii
Orientador: Maria Helena Juliani
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Palavras-chave: Blastocladiella emersonii; Choque térmico; Expressão gênica diferencial; fungo aquático; Regulação pós-transcricional.Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular. Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.
Pós-doutorado
1999
Livre-docência. , Universidade de São Paulo, USP, Brasil. , Título: Aspectos regulatórios e funcionais da fosforilação reversível de proteínas em microorganismos, Ano de obtenção: 1999., Palavras-chave: Fosforilação de Proteínas; Inibidor de fosfatases; Proteina Fosfatase; Expressão Gênica; Proteina recombinante., Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular. , Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.
1987 - 1989
Pós-Doutorado. , Saint Louis University School Of Medicine, SLUSM, Estados Unidos. , Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas
Idiomas
Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Áreas de atuação
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Genômica.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioquímica dos Microorganismos.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular/Especialidade: Analise de Genomas.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Genômica/Especialidade: Metagenômica.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioinformatica.
Organização de eventos
DA SILVA, A. M. ; SETUBAL, J. C. ; Farah, C.S. ; Ferreira, H. . 2nd São Paulo XanthoMeeting. 2018. (Congresso).
DA SILVA, A. M. ; Farah, C.S. ; Ferreira, H. ; SETUBAL, J. C. . 1st XanthoMeeting. 2015. (Congresso).
ALMEIDA, Maria Lucia Cardoso de ; PREVIATO, Lucia Mendonça ; PINTO, Francisco Juarez Ramalho ; DA SILVA, A. M. ; TRAVASSOS, Luiz Rodolpho . GPI Membrane Anchors Structure and Function 1994 Meeting. 1994. (Congresso).
Participação em eventos
50th Annual SBBq Meeting and 20th IUPAB Congress. 2021. (Congresso).
6th Brazilian Student Council Symposium.OMICS and DATA SCIENCE. 2021. (Simpósio).
World Microbe Forum 2021. 2021. (Congresso).
ASM Conference on Rapid Applied Microbial Next-Generation Sequencing and Bioinformatic Pipelines. 2020. (Congresso).
III Simpósio de Biotecnologia Vegetal: Inovação, Sustentabilidade e Impactos para a Sociedade.Abordagens da genômica no estudo da virulência de Xylella fastidiosa: um fitopatógeno de relevância global. 2020. (Simpósio).
Série de simpósios online SBBq ? Covid-19. 2020. (Simpósio).
Virtual Symposium on Phylogenomics and Comparative Genomics. 2020. (Simpósio).
Viruses of Microbes 2020 Webinar Series. 2020. (Seminário).
23rd Biennial Evergreen International Phage Meeting. Genomic Analysis of Pseudomonas aeruginosa Phages Isolated from Composting Pinpoints Proteins Involved in Host Specificity. 2019. (Congresso).
48a Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. 2019. (Congresso).
47a Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. 2018. (Congresso).
EMBO VIRUSES OF MICROBES V Biodiversity and future applications s. Thermophilic composting virome assessed by metagenomics and by isolation of phages targeting Pseudomonas aeruginosa. 2018. (Congresso).
Microbes 2018 - American Society for Microbiology. 2018. (Congresso).
SPCell - São Paulo School For Advanced Science In Cell Biology.Outer membrane vesicles: biogenesis and functions in bacteria-host interactions. 2018. (Encontro).
46a Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. 2017. (Congresso).
Functional Metagenomics 2016. Functional Metagenomics for enzyme discovery. 2016. (Congresso).
XLV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq). Mini-curso: Abordagens transcritômicas para o estudo da expressão de genomas e metagenomas. 2016. (Congresso).
XXXV ENEQUI.Minicurso: Microbiologia do Processo de Compostagem. Minicurso. 2016. (Encontro).
115th General Meeting, American Society for Microbiology. A Semi-Static Composting Process Viewed Through Metagenomics and Metatranscriptomics Temporal Series Samples. 2015. (Congresso).
23rd Congress of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) and 44th Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology ? SBBq. Adhesion strategies of the phytopathogen Xylella fastidiosa. 2015. (Congresso).
Evolution 2015. Insights into Xylella fastidiosa host-plant specialization through phylogenomics. 2015. (Congresso).
XLIII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq). 2014. (Congresso).
2013 Pierce?s Disease Research Symposium.Trimeric autotransporter adhesins of Xylella fastidiosa: role in virulence and insect transmission. 2013. (Simpósio).
XLII Reunião Anual da SBBq. Microbial communities succession, gene and functional diversity in a composting operation at the São Paulo Zoo Park. 2013. (Congresso).
XLII Reunião Anual da SBBq. Plant-Pathogen Interactions: Molecular Events and Signaling. 2013. (Congresso).
15a. Semana Temática da Biologia USP.Sinalização Celular. 2012. (Oficina).
4th ASM Conference on Beneficial Microbes, American Society for Microbiology. Microbial communities succession in a composting operation at the São Paulo Zoo Park, Brazil. 2012. (Congresso).
Congresso Latino Americano de Microbiologia. Genética de Micro-organismos e Bioinformática. 2012. (Congresso).
Second Generation Bioethanol 2012: Enzymatic Hydrolysis.Microbial community composition dynamics and gene diversity from São Paulo Zoo composting operation assessed by shotgun pyrosequencing. 2012. (Simpósio).
XLI Reunião Anual da SBBq. Prediction of bacteriocin-encoding genes in Xylella fastidiosa and analysis of their transcript levels. 2012. (Congresso).
Microbial Genomics & Metagenomics Workshop, Joint Genome Institute, Walnut Creek, California. 2011. (Oficina).
56o. Congresso Brasileiro de Genética. Pirossequenciamento, genômica comparativa e filogenia de cepas de Xylella fastidiosa. 2010. (Congresso).
56o. Congresso Brasileiro de Genética. Sequenciamento e comparação do genoma de uma cepa não-virulenta de Xylella fastidiosa. 2010. (Congresso).
Pierces Disease Research Symposium.Comparative Genomics of Xylella fastidiosa south american strains. 2010. (Simpósio).
XVIII Conference of the International Organization of Citrus Virologists. Microfluidic technology to study citrus pathogens. 2010. (Congresso).
XXXIX Reunião Anual da SBBq. Characterization of a Novel Protein that Interacts with Type 1 Serine/Threonine Phosphatase Catalytic Subunit of Dictyostelium discoideum. 2010. (Congresso).
Annual International Dictyostelium Conference. Serine/threonine phosphatases in Dictyostelium discoideum: expression profile during development and heat, osmotic and oxidative stresses.. 2009. (Congresso).
The Fourth Workshop Comparative Microbial Genomics and Taxonomy. 2009. (Oficina).
XIV International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions. Gomesin, a -hairpin antimicrobial peptide, induces Xylella fastidiosa biofilm formation at a sublethal concentration. 2009. (Congresso).
XXXVIII Reunião Anual da SBBq. Characterization of Proteins that Interact with the Catalytic Subunit of Serine/Threonine Phosphatase of Type 1 (PP1) of Dictyostelium discoideum. 2009. (Congresso).
10th Biennial FASEB Summer Research Conference on Protein Phosphatases. Gene Expression Analyses of Dictyostelium discoideum Serine/Threonine Phosphatases. 2008. (Congresso).
XXXVIII Reunião Anual da SBBq. Serine/Threonine Phosphatases in the social amoebae Dictyostelium discoideum: expression analysis of catalytic and regulatory subunits. 2008. (Congresso).
Internacional Workshop on Xylella fastidiosa.The iron stimulon of Xylella fastidiosa. Internacional Workshop on Xylella fastidiosa.. 2007. (Simpósio).
XIII International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions. The iron regulon of Xylella fastidiosa includes genes for type-IV pilus and colicin V-like bacteriocins. 2007. (Congresso).
XXXVI Reunião Anual da SBBq. Serine/threonine phosphatases in the social amoebae Dictyostelium discoideum: annotation and expression analysis of catalytic and regulatory subunits.. 2007. (Congresso).
XXXVI Reunião Anual da SBBq. Effect of sublethal concentration of streptomycin in Xylella fastidiosa. 2007. (Congresso).
Annual International Dictyostelium Conference. The P450 oxidoreductase, RedA, controls development beyond the mound stage in Dictyostelium discoideum. 2006. (Congresso).
Summer Research Conference on Protein Phosphatases. Identification and characterization of Dictyostelium discoideum serine/threonine phosphatases. 2006. (Congresso).
XII Congreso Venezolano de Bioanálisis. Genomic Techonologies applied to cancer studies. 2006. (Congresso).
XII Congreso Venezolano de Bioanálisis. Intronic noncoding RNA as a molecular makers in prostate tumor. 2006. (Congresso).
XXXV Reunião Anual da SBBq. RNA PolI-independent transcription of noncoding RNAs in human cells. 2006. (Congresso).
XXXV Reunião da SBBq. Prospecting the iron regulon of Xylella fastidiosa. 2006. (Congresso).
XII International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions. Genome-wide analysis of the iron starvation stimulon and the Fur regulon of Xylella fastidiosa. 2005. (Congresso).
XXXIV Reunião Anual da SBBq. Molecular characterization of inhibitor-2 like proteins from Dictyostelium discoideum and Neurospora crassa: analysis of interaction domains with protein phosphatase 1 catalytic subunit. 2005. (Congresso).
First Latin American Protein Society Meeting. Molecular characterization of inhibitor-2 like proteins from Dictyostelium discoideum and Neurospora crassa: analysis of interaction domains with protein phosphatase 1 catalytic subunit. 2004. (Congresso).
XXXII Reuniao Anual da SBBq. Proteínas: Expressão, Estrutura, Interações e Função na Escala do Genoma.. 2003. (Congresso).
XXXII Reuniao Anual da SBBq. Identification and characterization of a putative inhibitor-2(DdI-2): A protein that interacts with Dictyostelium discoideum type-1 protein phosphatase (PP1). 2003. (Congresso).
XXXII Reunião Anual da SBBq. Molecular Classification of Prostate Cancer using cDNA microarrays. 2003. (Congresso).
XXXII Reunião Anual da SBBq. Cloning and characterization of an specific inhibitor for type-1 serine/threonine phosphatase of Neurospora crassa. 2003. (Congresso).
XXXII Reunião Anual da SBBq. Characterization of redA: a Dictyostelium discoideum developmental mutant.. 2003. (Congresso).
XXXI Reunião Anual da SBBq. Using DNA microarrays to prospect heat shock response in Xylella fastidiosa and to investigate genomic variations in distinct strains. 2002. (Congresso).
XXXI Reunião Anual da SBBq. Differential Gene Expression In Prostate Cancer Using cDNA Microarrays.. 2002. (Congresso).
XXXI Reunião Anual da SBBq. Recombinant expression purification and characterization of Neurospora crassa neutral trehalase. 2002. (Congresso).
XXXI Reunião Anual da SBBq. Identification and characterization of sugarcane transcription factors. 2002. (Congresso).
47o Congresso Nacional de Genética/SBG. Gene expression patterns of Xylella fastidiosa: a DNA microarray analysis. 2001. (Congresso).
XLIV Reunion Anual de La Sociedad de Biologia Chile. Gene expression patterns of Xylella fastidiosa: a DNA microarray analysis. 2001. (Congresso).
XXX Reunião Anual da SBBq. Characterization of redA: a Dictyostelium discoideum developmental mutant. 2001. (Congresso).
XXIX Reunião Anual da SBBq. Expression and Partial Characterization of recombinant neutral trehalase. 2000. (Congresso).
XXIX Reunião Anual da SBBq. Molecular characterization of Dictyostelium discoideum type-1 protein phosphatase (PP1). 2000. (Congresso).
Participação em bancas
DA SILVA, A. M.; DE SOUZA, ALESSANDRA A.; SILVA NETO, J. F.. Mecanismos de captação de heme em Chromobacterium violaceum. 2020. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.
Alves, M.J.M.; Winter, L.M.F.; GADELHA, F. R.;DA SILVA, A. M.. Modificações pós-traducionais durante o processo de amastigogênese do Trypanosoma cruzi. 2019. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
DA SILVA, A. M.SOUZA, Glaucia Mendes. Expressão alélica no genoma poliploide de cana-de-açúcar de genes relacionados a características de interesse. 2019. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
DA SILVA, A. M.; Baldini, R.L.; SPERANCA, M. A.;ANDRIOLI, Luiz Paulo M.. Interação entre o fator de transcrição CG9571 e módulos reguladores do gene pair-rule even-skipped da cascata de segmentação de Drosophila. 2019. Dissertação (Mestrado em BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR) - Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular.
DA SILVA, A. M.; Oliveira, C.C.; ZANELLI, C. F.; Barros, M.H.. Caracterização da interação entre a subunidade do R2TP, Nop17, e da proteína de transferência de clusters de Fe/S, Dre2, em Saccharomyces cerevisiae. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Marques MVDA SILVA, A. M.; BALAN, A.; MARTINEZ, C. E. A.. Papel da proteína CspD na fase estacionária de Caulobacter crescentus.. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo.
DA SILVA, A. M.; Spira, B.; GALHARDO, R. S.; SATO, M. I. Z.. Análise temporal do perfil de RpoS em isolados de Escherichia coli de águas residuárias. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo.
DA SILVA, A. M.; Oliveira, C.C.;Marques MV. Estudo das interações de Utp25 com outros componentes do complexo SSU processomo. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciencias Biológicas (Bioquímica)) - Instituto de Química/USP.
Baldini, R.L.; SILVA NETO, J. F.;DA SILVA, A. M.. Caracterização de fatores sigma ECF de Pseudomonas aeruginosa PA14. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
DA SILVA, A. M.. Análises da expressão de genes do sistema de secreção na interação Methylobacterium mesophilicum sr 1.6/6 com a planta hospedeira. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo.
DA SILVA, A. M.; MOHAMED, M. E.; MOUSSA, T. A. A.. Enviromental clean-up of oil residue using microbial surfactants. 2013. Dissertação (Mestrado em Biochemistry) - Cairo University.
DA SILVA, A. M.; Zingales, B.S.; Yoshida, N.. Similaridades entre as sequências de proteínas de invasão celular de Trypanosoma cruzi e bactérias intracelulares: transferência horizontal de genes ou convergência evolutiva?. 2013. Dissertação (Mestrado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo.
Giordano, R.J.; CAMARA, N. O. S.;DA SILVA, A. M.. Construção de uma biblioteca de anticorpos ScFv dirigidos contra o fator de crescimento vascular (VEGF). 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Spira, B.; Baldini, R.L.;DA SILVA, A. M.. Acúmulo de polifosfato e o papel do gene phoU em Pseudomonas aeruginosa. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo.
Marques MVMARTINS, Elizabeth A. L.DA SILVA, A. M.. Papel de duas ferritinas no metabolismo de ferro de Caulobacter crescentus e sua regulação. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo.
Marques MVDA SILVA, A. M.MARTINS, Elizabeth A. L.. Estudo de fatores de transcrição e sinais celulares que regulam a expressão do gene cspC em Caulobacter crescentus. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo.
Gueiros Filho, F.J.;DA SILVA, A. M.Marques MV. Caracterização de novos componentes da maquinária de divisão em Bacillus subtilis. 2011. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
GARCIA, C.R.S.DA SILVA, A. M.; SCHECHTMAN, D.. Papel das quinases PfPK7, PfNEK2, PfNEK3, PfMAP1 e PfelK1 na transdução de sinal de melatonina no desenvolvimento do ciclo celular intraeritrocítico de Plasmodium falciparum. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo.
AZEVEDO, I. L. M. J.; LEE HO, P.;DA SILVA, A. M.. Identificação de toxinas da família Colubridae por meio da caracterização transcriptômicas das glândulas de Duvernoy das serpentes Philodryas olfersii e Waglerophis merremii. 2007. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo.
REIS, L. F. L.;DA SILVA, A. M.. Identificação de novos transcritos humanos através da exploração racional do banco de dados do Projeto Genoma do Câncer Humano (HCGP). 2007. Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente.
CAMARGO, B.;DA SILVA, A. M.. Caracterização molecular dos componentes dos tumores de Wilms. 2005. Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente.
Oliveira, C.C.; Van Sluys, M.A.;DA SILVA, A. M.. Estudo de interações entre subunidades do exossomo e com outras proteínas celulares em Saccharomyces cerevisiae. 2001. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
EL-DORRY, H. F.;DA SILVA, A. M.MARTINS, Elizabeth A. L.. Sequenciamento de parte do genoma de Xylella fastidiosa e análise do metabolismo de carboidratos no genoma anotado. 2000. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Araujo, P.S.;Jorge, J.A.DA SILVA, A. M.. Isolamento do transportador de trealose de Saccharomyces cerevisae. 1999. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Marques MVDA SILVA, A. M.GOMES, Suely Lopes. Análise da expressão do fator TacA e investigação dos promotores dependentes de TacA em Caulobacter crescentus. 1999. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo.
Alves, M.J.M.;DA SILVA, A. M.; Silveira-Filho, J.F.. Purificação de uma glicoproteína de Tripanosoma cruzi: Estudos de Condições e obtenção de peptídeos. 1996. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Brentani, R.R.;DA SILVA, A. M.; Sampaio, L.O.. Celula-matriz extracelular. Outros proteoglicanos mediando novas interações. 1996. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
ARMELIN, Hugo Aguirre; NOBREGA, Francisco G.;DA SILVA, A. M.. Revendo o mecanismo de ação de ACTH-PKC: A outra via. 1995. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Zingales, B.S.;DA SILVA, A. M.; Silveira-Filho, J.F.. Isolamento e caracterização de sequencias que codificam antigenos de 80-90 KA de Trypanosoma cruzi. 1993. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Zingales, B.S.;DA SILVA, A. M.; TRAVASSOS, Luiz Rodolpho. Antigenicidade de LLPG e galactofuranose e distribuição em cepas e estágios do Trypanosoma cruzi. 1992. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
SOGAYAR, Mari CDA SILVA, A. M.; Reinach FC. Oncogene Fos: Transformação celular e modulação da resposta de células BALB-3T3 a reguladores de crescimento. 1990. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
BALCAO, V. M. C. F.;Da Silva, Aline Maria; ALMEIDA, M. A. P.; PEREIRA, C. S. G.; OLIVEIRA-JUNIOR, J. M.. Pneumophagesensing Desenvolvimento de um biossensor para Pseudomonas aeruginosa com base em partículas bacteriofágicas estritamente líticas. 2021. Tese (Doutorado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade de Sorocaba.
SILVA NETO, J. F.;da Silva, Aline M; MONESI, N.;KOIDE, Tie. Fatores de transcrição da família Fur e a resposta a ferro e zinco em Chromobacterium violaceum. 2021. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.
DA SILVA, A. M.; Farah, C.S.; Benedetti, C.E.; NAVARRO, M. V. A. S.. Estudo funcional e estrutural dos reguladores da biossíntese do Pilus Tipo IV de Xanthomonas citri subsp. citri. 2019. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
DA SILVA, A. M.; Terra, W.R.; OLIVEIRA, P. L.; SIVIERO, F.. Bases moleculares da absorção de nutrientes, tamponamento e fluxos de fluídos no intestino médio de Musca domestica. 2019. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
DA SILVA, A. M.; Spira, B.. O Regulon PHO e evolução dirigida em Pseudomonas aeruginosa. 2019. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo.
DA SILVA, A. M.VIANA-NIERO, C.; VARANI, A. M.; DIGIAMPETRI, L. A.. Um arcabouço computacional focado em genômica comparativa de bactérias de mesmo ramo evolutivo. 2018. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
DA SILVA, A. M.; Benedetti, C.E.; FLOH, E. I. S.; WINCK, F.; Hotta, C.T.. Vias de sinalização por auxinas e sua interação com o relógio biológico de cana-de-açúcar. 2018. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
DA SILVA, A. M.; Farah, C.S.;KOIDE, Tie; MEIRELES, D. A.; SCHECHTMAN, D.. Novos reguladores de resposta envolvidos na virulência de Pseudomonas aeruginosa. 2018. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
DA SILVA, A. M.; Malnic, B.; Verjovski-Almeida, S.; YAN, C. Y. I.; PAPES, F.. Identificação de RNAs não codificadores expressos no epitélio olfatório. 2018. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
DA SILVA, A. M.; Ferreira, H.; Farah, C.S.; Benedetti, C.E.; GUEIROS-FILHO, F.. Estudos funcionais e bioquímicos sobre o reconhecimento e inibição de efetores de um sistema de secreção tipo IV de Xanthomonas citri subsp. citri.. 2017. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
DA SILVA, A. M.; PELLIZARI, V. H.; Van Sluys, M.A.; GOMEZ, J. G. C.; HOFFMANN, C.. Ecologia microbiana de riachos influenciados pela exploração de petróleo no Brasil. 2017. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo.
Briones, M.R.S.;DA SILVA, A. M.; COLOMBO, A.; BARROS, M. H.; JANINI, L. M.. Adaptação de Candida albicans a condições físicas que mimetizam o hospedeiro - hipóxia e choque térmico na presença e ausência de bactérias comensais. 2017. Tese (Doutorado em Micro-Imuno-Parasitologia) - Universidade Federal de São Paulo.
POLIKARPOV, I.;DA SILVA, A. M.; BOSSOLAN, N. R. S.; NAGEM, R. A. P.; SOUSA, C. P.. Identificação e caracterização da primeira exoxilanase da família 11 de hidrolase de glicosídeo a partir do estudo do metatranscriptoma de um consórcio derivado da compostagem. 2017. Tese (Doutorado em Doutorado em Fisica Aplicada - Instituto de Física de São Carlos/USP/SÃO CA) - Universidade de São Paulo.
VENCIO, Ricardo Z. N.DA SILVA, A. M.; Cruz, AK. Identificação in silico de ncRNAs no organismo modelo Halobacterium salinarum. 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
Chubatsu, L.S.;DA SILVA, A. M.. Regulação dos genes relacionados ao metabolismo de nitrato em Herbaspirilum seropedicae. 2016. Tese (Doutorado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná.
VERJOVSKI-ALMEIDA, SergioDA SILVA, A. M.. Regulação epigenética da expressão gênica de Schistosoma mansoni induzida por inibidor de histona deacetilase. 2016. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Briones MR; Gorab E;DA SILVA, A. M.; Alves JMP; Janini LM. Dinâmica mutacional e epigenética do genoma de Candida albicans durante evolução in vitro sob hipóxia e choque térmico. 2016. Tese (Doutorado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo.
Terra, W.R.; ALMEIDA, S. V.;DA SILVA, A. M.; de Oliveira PL; Tanaka, A.S.. Estudos funcionais e moleculares relativo às membranas apicais intestinais de Dysdercus peruvianus. 2016. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
LEÃO, SYLVIA CARDOSO;DA SILVA, A. M.; DUARTE, R. S.; MARTIN, A.; CALLENS, S.. Taxonomic classification of mycobacteria of the Mycobacterium chelonae-Mycobacterium abscessus group without conclusive species identification. 2016. Tese (Doutorado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo.
Araujo, W.L.;DA SILVA, A. M.. Prospecção de genes de Burkholderia seminalis TC3.4.2R3 com potencial para o biocontrole. 2015. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo.
Goldman, G.H.;DA SILVA, A. M.. Análise funcional dos genes que codificam as proteínas quinases pkcA e ypkA de Aspergillus nidulans. 2014. Tese (Doutorado em Bioquimica) - Universidade de Sao Paulo-RP.
Baldini, R.L.;GOMES, Suely LopesDA SILVA, A. M.; Spira, B.; GALHARDO, R. S.. Um novo gene de Pseudomonas aeruginosa envolvido em percepção de quórum. 2014. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
ISAAC, L.; LOPES-FERREIRA, M.;DA SILVA, A. M.. Identificação de proteases de Leptospira envolvidas com mecanismos de escape do sistema complemento humano. 2014. Tese (Doutorado em Imunologia) - Universidade de São Paulo.
Oliveira, C.C.;DA SILVA, A. M.; Farah, C.S.. Caracterização do papel de Nop17p na montagem de snoRNPs de box C/D. 2014. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
GOMES, Suely LopesDA SILVA, A. M.. Estudo da Sinalização por GMP cíclico em Blastocladiella emersonii. 2014. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Baldini, R.L.;de Souza, A. A.; Spira, B.; Farah, C.S.;DA SILVA, A. M.. Busca por alvos de regulação pelo segundo mensageiro c-diGMP em Pseudomonas aeruginosa. 2013. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
de Souza, E.M.; Hemerly, A.S.; de Souza, F.A.; STEFFENS, M. B. R.;DA SILVA, A. M.. Análise do transcritoma total de raízes de plântulas de arroz (Oryza sativa L.) colonizadas por Herbaspirilum seropedicae SmR1. 2013. Tese (Doutorado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná.
Baldini, R.L.; SILVA NETO, J. F.; Gueiros Filho, F.J.; BROCCHI, M.;DA SILVA, A. M.. Caracterização da superexpressão do fator sigma ECF sigma x em Pseudomonas aeruginosa PA14. 2013. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
GARCIA, C.R.S.; SCHECHTMAN, D.;DA SILVA, A. M.; Marinho, C.R.F.; Lima, M.R.I.. Screening de ligantes para candidatos a receptores de sete domínios transmembrânicos no parasita Plasmodium falciparum. 2013. Tese (Doutorado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo.
Rossi Filho, A.;DA SILVA, A. M.; UYEMURA, S. A.; BRAGA, G. U. L.; SILVA, R. N.. Mecanismos moleculares envolvidos no sensoriamento de nutrientes e a possível relevância destes na patogenicidade de Trichophyton rubrum. 2013. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de Sao Paulo-RP.
SOUZA, Glaucia MendesDA SILVA, A. M.; Figueira, A.V.O.;Setubal, J.C.MENOSSI, Marcelo. Estudo do transcriptoma de genótipos ancestrais de cana-de-açúcar com enfoque em genes do metabolismo de parede celular. 2013. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
SOUZA, Glaucia Mendes; SCHECHTMAN, D.;DA SILVA, A. M.; PEREIRA, Gonçalo G; Figueira, A.V.O.. Regulação do acúmulo de sacarose em Cana-de-açúcar e análise funcional de uma proteína quinase relacionada com o conteúdo de sacarose. 2012. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
REIS, Eduardo Moraes R.DA SILVA, A. M.; Brentani, H.P.; Rainho, C.A.; Giordano, R.J.. Expressão de RNAs não codificadores intrônicos longos em linhagens celulares humanas e o seu controle epigenético por metilação do DNA. 2012. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
REIS, Eduardo Moraes R.DA SILVA, A. M.; Briones, M.R.S.; Giordano, R.J.;DIAS-NETO, Emmanuel. Biogênese, estabilidade e localização sub-celular de RNAs não-codificadores longos expressos em regiões intrônicas do genoma humano. 2012. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
GARCIA, C.R.S.DA SILVA, A. M.; Malnic, B.; Uliana, S.R.B.; Wunderlich, G.. Caracterização de putativo receptor serpentino e estudos sobre a implicação do sistema de ubiquitina/proteossomo na modulação do ciclo celular de Plasmodium falciparum. 2012. Tese (Doutorado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo.
BERTOLINI, M. C.;DA SILVA, A. M.; Goldman, G.H.; THIEMANN, O. H.. Análise funcional e estrutural de fatores de transcrição envolvidos no controle do metabolismo do glicogênio em Neurospora crassa. 2012. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio; Zingales, B.S.;DA SILVA, A. M.; Oliveira, G.C.; Oliveira, M.F.. Efeitos do pareamento no perfil da expressão gênica do parasita Schistosoma mansoni. 2010. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Farah, C.S.; Machini, M.T.;DA SILVA, A. M.; Benedetti, C.E.; FERREIRA, R. C. C.. Identificação e análise funcional de interações proteína-proteína do sistema de secreção do tipo III de Xanthomonas axonopodis pv citri. 2010. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Gueiros Filho, F.J.;DA SILVA, A. M.; Forti, F.L.; FERREIRA, R. C. C.; Lins, U.G.C.. Estudo do processo de divisão em Bacillus subtilis por microscopia de fluorescencia vital. 2010. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
GOMES, Suely Lopes; Rossi Filho, A.; Puccia, R.;DA SILVA, A. M.VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Regulação da expressão gênica por oxigênio no fungo aquático Blastocladiella emersonii. 2009. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Gueiros Filho, F.J.; Ferreira, L.C.S.;DA SILVA, A. M.Marques MV; Baldini, R.L.. Identificação e caracterização de novos moduladores da divisão em Bacillus subtilis. 2009. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
ARMELIN, Hugo Aguirre;DA SILVA, A. M.; Curi, R.; Ulrich, A.H.; Viola, J.P.B.. Mecanismos moleculares e celulares de citotoxicidade de FGF2 parácrino em células tumorais dependentes de Ras. 2009. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Colepicolo Neto, P.; Yokoya, N.S.; Pinto, N.C.S.;DA SILVA, A. M.; Gomes, L.F.. Adaptação celular e molecular de Gracilaria tenuistipitata exposta ao cádmio e cobre. 2009. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Zanchin, N.I.T.; KOBARG, J.; SCHENKMAN, S.; Franchini, K.G.;DA SILVA, A. M.. Caracterização das proteinas TIPRL e alpha4, reguladores de fosfatases 2A. 2009. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.
Nascimento, A.L.T.O.;DA SILVA, A. M.; Martinez, M.B.; Piazza, R.M.F.; CHUDZINSKI-TAVASSI, A. M.. Expressão, purificação e caracterização de proteínas de superfície de Leptospira interrogans. 2009. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo.
DA SILVA, A. M.SOGAYAR, Mari C; Hirata Junior, R.;BRENTANI, H.; da Silva Junior, W.A.. Planejamento, gerenciamento e análise de dados de microarrays de DNA para identificação de biomarcadores de diagnóstico e prognóstico em cânceres humanos. 2009. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
Terra, W.R.;DA SILVA, A. M.GOMES, Suely Lopes; Tanaka, A.S.; Oliveira, P.L.. Fisiologia molecular intestinal de Dysdercus peruvianus (Hemiptera). 2008. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Sogayar, M.C.; Zingales, B.S.;DA SILVA, A. M.; Carramaschi, L.V.; Krieger, J.E.. Identificação de genes diferencialmente expressos durante diferenciação de células-tronco e caracterização de células progenitoras mesenquimais. 2008. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Malnic, B.;DA SILVA, A. M.; Brentani, H.P.; Farah, C.S.; Briones, M.R.S.. Uso de técnicas computacionais no estudo da transcrição e regulação gênica em Homo sapiens e Mus musculus. 2008. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Villa, L.L.; Chammas, R.; ARMELIN, Hugo Aguirre;DA SILVA, A. M.; Valentini, S.R.. Efeito da rapamicina em culturas organotípicas de queratinócitos que expressam oncoproteínas de papiloma vírus humano tipo 16. 2007. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
REIS, Eduardo Moraes R.DURHAM, Alan MitchellDA SILVA, A. M.SOGAYAR, Mari C; Silva, I.D.C.. Análise da expressão de RNAs intrônicos não-codificadores em carcinomas de célula renal. 2007. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
SOGAYAR, Mari CDA SILVA, A. M.; Ferreira, C.E.;REIS, Eduardo Moraes R.; Galler, R.. Busca e identificação de genes regulados pelo antígeno MT do vírus polioma na transformação maligna de células Balb-3T3. 2007. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
SOUZA, S. J.; POLIKARPOV, I.; CARRARO, D. M.;DA SILVA, A. M.; BISCH, P. M.. Bioinformática estrutural de proteínas modificadas por eventos de splicing alternativo. 2007. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
Zanchin, N.I.T.;DA SILVA, A. M.; KOBARG, J.; YUNES, J. A.; ARMELIN, Hugo Aguirre. Analises estruturais de GTPases da familia RAB e mecanismo de regulção de MAFB pela proteina TIPRL. 2007. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade Estadual de Campinas.
BENELLI, E. M.;TERENZI, H. F.DA SILVA, A. M.. Caracterização in vitro da modificação pós-traducional das proteínas GlnB e GlnK de Herbaspirillum seropedicae. 2007. Tese (Doutorado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná.
Farah, C.S.;DA SILVA, A. M.; FERREIRA, R. C. C.; Oliveira, C.C.; Ferreira, H.. Identificação das interações envolvendo proteínas relacionadas aos sistemas de dois componentes e aos sistema de secreção do tipo III e IV do fitopatógeno Xanthomonas axonopodis pv citri. 2006. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
GOMES, Suely Lopes; Colepicolo Neto, P.;DA SILVA, A. M.; Goldman, G.H.;MENOSSI, Marcelo. Regulação da resposta transcricional a estresses ambientais em fungos: Análise de microarrays de cDNAs de Trichoderma reesei. 2006. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Spira, B.;DA SILVA, A. M.; Baldini, R.L.;Marques MV; Menck, C.F.. A regulação da Fosfatase Alcalina pelo fator sigma S da RNA polimerase de Escherichia coli. 2006. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo.
CHUDZINSKI-TAVASSI, A. M.;DA SILVA, A. M.. Caracterização Funcional do ativador de fator X purificado do extrato bruto das cerdas de Lonomia obliqua: Ação sobre células endoteliais (HUVECs) e clonagem. 2006. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Molecular)) - Universidade Federal de São Paulo.
GOMES, Suely LopesDA SILVA, A. M.; Chubatsu, L.S.; Spira, B.; Marval, M.G.. Análise funcional das proteínas HrcA, GroEs/GroEL e DnaK/DnaJ em Caulobacter crecentus. 2005. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Leite, L.C.C.;DA SILVA, A. M.. Expressão em BCG Recombinante do antígemo Sm14 de Schistosoma mansoni a partir dos Genes Nativo e Sintético. 2005. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo.
COSTA, P. I.;DA SILVA, A. M.. Caracterização molecular e detecção por PCR de uma nova espécie de Liberibacter associada ao Huanglongbing (greening) no Estado de São Paulo, Brasil: Candidatus Liberibacter americanus. 2005. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Marques MVDA SILVA, A. M.GOMES, Suely Lopes; Menck, C.F.; GOMEZ, J. G. C.. Estudo dos genes envolvidos na resposta ao estresse osmótico em Caulobacter crescentus. 2005. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo.
Zingales, B.S.; Cano, M.I.N.; Colli, W.;DA SILVA, A. M.; Silveira-Filho, J.F.. Expressão diferencial de genes em cepas de Trypanosoma cruzi pela técnica de microarranjos de DNA. 2004. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Castilho, B.A.; Zanchin, N.I.T.;DA SILVA, A. M.; Castilho, R.F.. Fosforilação de elF2alfa e a resposta integrada de estresse no status epilepticus induzido por pilocarpina. 2004. Tese (Doutorado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo.
Ferro, E.S.;DA SILVA, A. M.. Análise molecular e ultraestrutural da via de secreção não convencional das endooligopeptidases neurolisina (ec3.4.24.16) e "thimet oligopeptidase" (EC3.4.24.15). 2004. Tese (Doutorado em BIOLOGIA DE SISTEMAS) - Universidade de São Paulo.
BRIONES, M. R.; SOUZA, S. J.;DA SILVA, A. M.. Filogenias moleculares de sequências genômicas: aplicação na análise de receptores acoplados à proteína-G. 2004. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Molecular)) - Universidade Federal de São Paulo.
BERTOLINI, M. C.;DA SILVA, A. M.; Goldman, G.H.. Metabolismo do glicogênio em Neurospora crassa. Um estudo molecular e bioquímica e análise de interação proteína-proteína. 2004. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
GOMES, Suely Lopes; Santelli, R.V.;DA SILVA, A. M.; Ramos, C.H.I.; Netto, L.E.S.. Estudo da expressão dos genes de choque térmico hsp90, hsp60 e hsp10 do fungo aquático Blastocladiella emersonii. 2003. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Castilho, B.A.; Zanchin, N.I.T.;DA SILVA, A. M.. INTERAÇÕES PROTÉICAS NO FATOR DE INÍCIO DE TRADUÇÃO E lF2. 2003. Tese (Doutorado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo.
TERENZI, H. F.DA SILVA, A. M.. Expressão e caracterizão da trealase neutra recombinante de Neurospora crassa. 2003. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.
El Dorry, H.F.A.; VENTURA, A. M.; NOBREGA, Francisco G.; Zingales, B.S.;DA SILVA, A. M.. Elucidação do destino metabólico de glicose no fungo filamentoso Tricoderma reesei por análise EST (expressed sequence tags) e microarrays de cDNA. 2002. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Pueyo, M.T.; Terra, W.R.;DA SILVA, A. M.; Winter, L.M.F.; Silveira-Filho, J.F.. Estudos sobre a expressão dos genes de alfa amilase de B. stearothermophilus e de A. merus em células de bactéria, levedura e inseto. 2001. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
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SCHENKMAN, S.;DA SILVA, A. M.. Estrutura da cromatina e a fosforilaçäo da histona H1 durante o ciclo de vida e a diferenciaçäo do Trypanosoma cruzi. 2001. Tese (Doutorado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo.
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EL-DORRY, H. F.;DA SILVA, A. M.; Farah, C.S.;Marques MV; Terenzi, H.F.. Isolamento e análise funcional do gene que codifica para uma proteína serina-treonina quinase que modula a expressão de genes regulados por carboidratos em Tricchoderma reesei. 2000. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Junqueira, V.B.C.; Campa, A.;DA SILVA, A. M.; Curi, R.; Di Mascio, P.. Efeitos do alfa-tocoferol nas vias de sinalização associadas ao burst oxidativo de neutrófilos humano. 2000. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Reinach FC; Larson, R.E.;DA SILVA, A. M.VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio; Nakaie, C.R.. Mapeamento e caracterização do dominio ativatório da troponina T. 2000. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
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Castilho, B.A.;DA SILVA, A. M.. ANÁLISE MUTACIONAL DA REGIÃO AMINO-TERMINAL DA SUBUNIDADE BETA DO FATOR 2 DE INÍCIO DE TRADUÇÃO (eIF2). 1998. Tese (Doutorado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo.
TERENZI, H. F.DA SILVA, A. M.. Caracterização bioquímica de mutantes osmossensíveis de Neurospora crassa. 1998. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.
EL-DORRY, H. F.;DA SILVA, A. M.; Oliva, G.; Winter, L.M.F.;ARRUDA, Paulo. Região cis-atuante reguladora da transcrição do gene que codifica celobiohidrolase I em Trichoderma reesei- expressão basal e induzida. 1996. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
TERENZI, H. F.; Marin, J.M.; Goldman, G.H.; Rossi Filho, A.;DA SILVA, A. M.. Isolamento e caracterização de mutantes de Neurospora crassa deficiente no acumulo de glicogênio. 1996. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo.
GOMES, Suely Lopes; Santelli, R.V.; NOBREGA, Francisco G.; Larson, M.L.P.;DA SILVA, A. M.. Clonagem do gene da subunidade catalítica e caracterização dos promotores dos genes R e C da proteína quinase dependente de cAMP em Blastocladiella emersonii. 1995. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
Alves, M.J.M.; Brentani, R.R.;DA SILVA, A. M.; Winter, L.M.F.; Yoshida, N.. Estudos envolvendo uma família de glicoproteínas (TC-85) da superfície do protozoário flagelado Tripanosoma cruzi. 1995. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
ALMEIDA, Maria Lucia Cardoso de;DA SILVA, A. M.. Âncoras glicosilfosfatidilinositol em Trypanosoma cruzi e sua biossíntese. 1995. Tese (Doutorado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo.
Zingales, B.S.; El Dorry, H.F.A.;DA SILVA, A. M.; Winter, L.M.F.; Degrave, W.. Caracterização de dois genes contíguos de Tripanosoma cruzi que codificam antigenos com repetições de epitopos imunodominantes. 1994. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
SCHENKMAN, S.;DA SILVA, A. M.. Caracterizacao, expressao genica e evolucao da trans-sialidase de formas epimastigotas de Trypanosoma cruzi. 1994. Tese (Doutorado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo.
Larson, R.E.;DA SILVA, A. M.; Farah, C.S.. Miosina-V é Alvo de Duas Enzimas Mediadoraa de Íons Cálciio: Calpaína e Cam Quinase I. 1994. Tese (Doutorado em Bioquimica) - Universidade de Sao Paulo-RP.
SOGAYAR, Mari CDA SILVA, A. M.GOMES, Suely Lopes; Bianco, A.C.; Winter, L.M.F.. Bases moleculares da reversão fenotípica induzida por hormonios glicocorticoides nas células C6 de glioma de rato. 1993. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.
DA SILVA, A. M.; PIZAURO-JUNIOR, J. M.; ANGNES, L.; TEDESCO, A. C.; TICIANELLI, E.. Concurso para cargo de Professor Titular na FFCLRP-USP. 2017. Universidade de Sao Paulo-RP.
DA SILVA, A. M.; OLIVEIRA, H. C. F.; CIPOLLA NETO, J.; CAMARGO, A. C. M.. Comissão Especial de Avaliação para promoção à classe de Professor Titular. 2015. Universidade Federal de São Paulo.
DA SILVA, A. M.; PEREIRA, Gonçalo G; Di Mascio, P.; Gombert, AK; Kato, M.J.. Concurso para 01 cargo de Professor Doutor junto ao Departamento de Bioquímica do IQ-USP. 2015. Universidade de São Paulo.
DA SILVA, A. M.; SCHENKMAN, S.; Zingales, B.S.; SILVA, J. R. L. E.; DANIEL-RIBEIRO, C. T.. Concurso para 01 vaga professor adjunto no InstitutodeBiofisicaCarlosChagasFilho. 2015. Universidade Federal do Rio de Janeiro.
Winter, C.E.;DA SILVA, A. M.; Barros, M.H.; Dini-Andreote, F.; Jorge, S.A.C.. Concurso para 02 cargos de Professor Doutor junto ao Departamento de Microbiologia/ICB-USP. 2014. Universidade de São Paulo.
MAZZACORATTI, M. G. N.; BECHARA, E. J. H.; CAMARGO-MATHIAS, M. I.;DA SILVA, A. M.; MERCURI, L. P.. Concurso para 01 cargo de Professor Adjunto no Departamento de Biofisica/UNIFESP. 2013. Universidade Federal de São Paulo.
DA SILVA, A. M.; FERREIRA, S. T.; Marana, S.R.; MENDES, J. G. P. A.; BLOCH JUNIOR, C.. Concurso para 02 cargos de Professor Doutor no Departamento de Bioquímica/IQUSP. 2013. Universidade de São Paulo.
DA SILVA, A. M.; MALAVAZI, I.; GUEIROS-FILHO, F.; KOBARG, J.; FUENTES, A. S. C.. Concurso para Professor Adjunto no Departamento de Genética e Evolução/UFSCAR. 2012. Universidade Federal de São Carlos.
DA SILVA, A. M.; VENTURA, A. M.; SILVA, L. B.; POLANCZYK, G. V.; OLIVEIRA, A. C.. Concurso para Provimento de 1 cargo de Prof. Doutor do Departamento de Farmacologia/Farmacologia com Enfoque em Genômica. 2012. Universidade de São Paulo.
DA SILVA, A. M.; MAIA, I. G.; ZERBINI-JR, F. M.; BARROS, M. H.; BRAGA, G. U. L.. Concurso para Provimento de 1 cargo de Pesquisador II no Departamento de Genética/Unesp-Botucatu. 2012. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
DA SILVA, A. M.. Concurso para Professor Doutor no Departamento de Bioquímica do IQUSP. 2011. Universidade de São Paulo.
DA SILVA, A. M.; BERTOLLO, L. A. C.; BERTOLINI, M. C.; BACCI, M.; MORAES, G.. Concurso para Professor Adjunto no Departamento de Genética e Evolução/UFSCAR. 2011. Universidade Federal de São Carlos.
DA SILVA, A. M.. Concurso para Professor Doutor no Departamento de Bioquímica e Imunologia da FMUSP-RP. 2010. Universidade de Sao Paulo-RP.
DA SILVA, A. M.. Concurso para Professor Doutor no Departamento de Quimica da FFCLRP. 2010. Universidade de Sao Paulo-RP.
DA SILVA, A. M.. Concurso para Professor Adjunto no Departamento de Genética e Evolução/UFSCAR. 2008. Universidade Federal de São Carlos.
DA SILVA, A. M.. Concurso para Professor Doutor no Departamento de Bioquímica do IQUSP. 2008. Instituto de Química/USP.
DA SILVA, A. M.. Processo seletivo para contratação de Professor Doutor em regime de tempo parcial no Departamento de Bioquímica do IQUSP. 2002. Universidade de São Paulo.
DA SILVA, A. M.. Processo Seletivo para Contratação de Professor Doutor no Departamento de Farmacologia/ICB-USP. 2000. Universidade de São Paulo.
DA SILVA, A. M.. Processo Seletivo para contratação de Professor Doutor no Departamento de Farmacologia ICB-USP. 1995. Universidade de São Paulo.
DA SILVA, A. M.. Provimento de Cargos de Pesquisador Científico I. 1992. Instituto Butantan.
ZAMBONI, D. S.; GOMES, M. D.;DA SILVA, A. M.; Gueiros Filho, F.J.; BROCCHI, M.. Concurso de Provas e Titulos de Livre-Docencia da FMRP-USP. 2021. Universidade de Sao Paulo-RP.
Menck, C.F.; VASCONCELOS, D. M.; ZAMBONI, D. S.;DA SILVA, A. M.; NEGRO, S. J.. Concurso de Provas e Titulos de Livre-Docencia do ICB-USP. 2021. Universidade de São Paulo.
DA SILVA, A. M.; POLIZELI, M. L. T. M.; GOLDMAN, Maria Helena de Souza; HARTFELDER, K. H.; CAIRASCO, N. G.. Concurso de Provas e Titulos de Livre-Docencia da FFCLRP-USP. 2020. Universidade de Sao Paulo-RP.
DA SILVA, A. M.; KETTELHUT, I. C.; COSTA NETO, C. M.; Ribeiro, BM; BON, E. P. S.. Concurso de Provas e Titulos de Livre-Docencia da FMRP-USP. 2016. Universidade de Sao Paulo-RP.
DA SILVA, A. M.; BERTOLINI, M. C.; SILVA, F. H.; TABAK, M.; CARRILHO, E.. Concurso de Provas e Titulos de Livre-Docencia do IQSC-USP. 2015. Universidade de São Paulo.
KETTELHUT, I. C.; COSTA NETO, C. M.; THIEMANN, O. H.;DA SILVA, A. M.; SILVA, F.H.. Concurso de Títulos e Provas de Livre-Docente da FMRP-USP. 2013. Universidade de Sao Paulo-RP.
DA SILVA, A. M.; AUGUSTO, O.; SCHREIER, S.. Concurso para obtenção do Título de Livre-Docente no Departamento de Bioquímica do IQ-USP. 2006. Instituto de Química/USP.
Orientou
Elaboração do catálogo de genomas de bacteriófagos recuperados de metagenomas da compostagem e predição de seus hospedeiros; Início: 2020; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo; (Orientador);
Estudo e comparação de genomas recuperados de metagenomas; Início: 2020; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo; (Coorientador);
Análise de genomas montados a partir de metagenomas; Início: 2021; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo; (Coorientador);
Caracterização molecular de bacteriófagos de Pseudomonas aeruginosa e dos determinantes de interação fago-bactéria; Início: 2020; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo; (Orientador);
Genômica comparativa de bacteriófagos visando uso em fagoterapia; Início: 2020; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);
Dinâmica e co-ocorrência de genes de resistência a antibióticos e elementos genéticos móveis no microbioma da compostagem; Início: 2019; Tese (Doutorado em Bioinformatica) - Universidade de São Paulo; (Orientador);
Desenvolvimento de uma ferramenta computacional para predição de sistemas de defesa anti-fagos em genomas e metagenomas; Início: 2019; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);
Busca de determinantes de especificidade de bacteriófagos de Pseudomonas aeruginosa; Início: 2019; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);
Análise de dados genômicos e metagenômicos da microbiota de fezes de macacos bugio de vida livre e de cativeiro; Início: 2015; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);
Composição microbiana do inóculo e do composto maduro no processo de compostagem do Zoológico de São Paulo avaliada por meio de metagenômica; 2021; Dissertação (Mestrado em Bioinformatica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Aline Maria da Silva;
Caracterização dos bacteriófagos ZC01 e ZC03 e avaliação de seu potencial para fagoterapia em infecções por Pseudomonas aeruginosa; 2020; Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Aline Maria da Silva;
Análise comparativa do genoma de bacteriófagos isolados da compostagem e estudo dos determinantes de sua interação com Pseudomonas aeruginosa; 2019; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Aline Maria da Silva;
Genômica comparativa e filogenômica de Xylella fastidiosa; 2019; Dissertação (Mestrado em Bioinformatica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Aline Maria da Silva;
Análise da diversidade de bacteriófagos associada à comunidade microbiana durante o processo de compostagem; 2016; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Coorientador: Aline Maria da Silva;
Análise in silico de regiões promotoras de genes de Xylella fastidiosa; 2013; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Predição in silico e caracterização parcial das bacteriocinas de Xylella fastidiosa; 2013; Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Aline Maria da Silva;
Pirossequenciamento e análise comparativa de genomas do fitopatógeno Xylella fastidiosa; 2012; Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Captação de ferro e efeito desse metal para crescimento e morfologia de Xylella fastidiosa; 2012; Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Análise de interações da subunidade catalítica da fosfatase do tipo 1 (PP1c) de Dictyostelium discoideum identificadas através do sistema de duplo-híbrido em leveduras; 2010; Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Estudo da biossíntese e regulação de RNA não-codificadores intrônicos em células humanas; 2006; Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Aline Maria da Silva;
Caracterização molecular de INc-1, um inibidor da proteína serina/treonina fosfatase do tipo 1 de Neurospora crassa; ; 2004; 98 f; Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Caracterização do mutante de desenvolvimento redA de Dictyostelium discoideum; ; 2002; 110 f; Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Purificação e caracterização da subunidade catalítica da proteína fosfatase do tipo 2A de Dictyostelium discoideum; ; 1996; Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Aline Maria da Silva;
Predição em sequências de vírus de procariotos através da aplicação de técnicas de aprendizado de máquina em dados metagenômicos; 2022; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo,; Coorientador: Aline Maria da Silva;
Caracterização bioquímica e funcional da adesina XadA3 de Xylella fastidiosa; ; 2018; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Transcritômica comparativa de cepas de Xylella fastidiosa; 2017; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Caracterização do secretoma de cepas Xylella fastidiosa; 2017; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Aline Maria da Silva;
Metagenômica e Metatranscritômica da Microbiota da Compostagem do Parque Zoológico de São Paulo; 2016; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Análise computacional da variação do potencial metabólico microbiano em metagenomas; 2015; Tese (Doutorado em Bioinformatica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Aline Maria da Silva;
Genômica comparativa de Xylella fastidiosa: diversidade do pangenoma e análise de genes de patogenicidade; 2013; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Aline Maria da Silva;
Identificação de genes com expressão modulada por estreptomicina e de genes associados à virulência e patogenicidade em Xylella fastidiosa; 2010; 0 f; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Análise do perfil de expressão de serina/treonina fosfatases e prospecção da função biológica para algumas dessas enzimas em Dictyostelium discoideum; 2010; 0 f; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Planejamento, gerenciamento e análise de dados de microarranjos de DNA para identificação de biomarcadores de diagnóstico e prognóstico de cânceres humanos; 2009; Tese (Doutorado em Bioinformatica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
O stimulon de ferro em Xylella fastidiosa; 2007; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Identificação e caracterização de subunidades catalíticas e reguladoras de proteínas fosfatases de Dictyostelium discoideum; 2007; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Aline Maria da Silva;
Análise estrutural e funcional do genoma de Xanthomonas axonopodis pv; citri; 2006; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Caracterização molecular da proteína DdI-2 e mapeamento de seus domínios de interação com a proteína fosfatase 1 de Dictyostelium discoideum; ; 2005; 154 f; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Identificação de gene codificadores de serina/treonina fosfatases em Dictyostelium discoideum e caracterização funcional da proteína fosfatase do tipo 4 (PP4); ; 2003; 112 f; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Caracterização de alguns componentes envolvidos na desfosforilção de proteínas fosforiladas em resíduos de serina e treonina em Neurospora crassa; 2001; 175 f; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Clonagem e sequenciamento do gene da L-glutamina:D-frutose-6-fosfato amidotransferase de Blastocladiella emersonii; ; 1999; 93 f; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Aline Maria da Silva;
Clonagem e Caracterização da Serina/treonina Fosfatase Tipo 1 (PP1) de Dictyostelium discoideum; 1999; 124 f; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Aline Maria da Silva;
Mapeamento da sequência sinal responsável pela adição da âncora glicolípidica na molécula de adesão celular gp80 de Dictyostelium discoideum; ; 1998; 126 f; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Purificação da proteína fosfatase dependente de Mg2+ e estudo de seu envolvimento na regulação da biossíntese da parede de quitina de Blastocladiella emersonii; ; 1997; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Estudo dos mecanismos envolvidos no controle por cAMP da expressão do gene para uma molécula de adesão celular em Dictyostelium discoideum; ; 1993; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
2019; Instituto de Química/USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Aline Maria da Silva;
2019; Instituto de Química/USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Aline Maria da Silva;
2019; Instituto de Química/USP,; Aline Maria da Silva;
2018; Instituto de Química/USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Aline Maria da Silva;
2018; Instituto de Química/USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Aline Maria da Silva;
2018; Instituto de Química/USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Aline Maria da Silva;
2016; Instituto de Química/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Aline Maria da Silva;
2014; Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Aline Maria da Silva;
2006; Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Aline Maria da Silva;
1998; Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Aline Maria da Silva;
1998; Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Aline Maria da Silva;
Etchebehere; 1997; Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Aline Maria da Silva;
Progressos nas aplicações terapêuticas de bacteriófagos: uma revisão sistemática; 2021; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Cidade de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Progressos nas aplicações terapêuticas de bacteriófagos: uma revisão sistemática; 2021; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Cidade de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Caracterização de bacteriófagos de Pseudomonas aeruginosa; 2017; Iniciação Científica - Instituto de Química/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Análise Computacional da Diversidade Microbiana em Inóculos de Compostagem Termofílica; 2016; Iniciação Científica; (Graduando em Bacharelado em Química) - Instituto de Química/USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Aline Maria da Silva;
Caracterização Química e Microbiologica de Inóculos de Compostagem; 2016; Iniciação Científica; (Graduando em Bacharelado em Química) - Instituto de Química/USP; Orientador: Aline Maria da Silva;
Estudos de metagenômica da comunidade microbiana da compostagem do Zoológico de São Paulo; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Aline Maria da Silva;
Análise da expressão da poligalacturonase em diferentes cepas de Xylella fastidiosa; 2010; Iniciação Científica; (Graduando em Farmacia e Bioquimica) - Universidade Católica de Santos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Clonagem e expressão recombinante de pilQ de Xylella fastidiosa; 2010; Iniciação Científica; (Graduando em Farmacia e Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Aline Maria da Silva;
Análise de proteínas relacionadas a adesão em Xylella fastidiosa; 2010; Iniciação Científica; (Graduando em Farmacia) - Universidade Santa Cecília, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Aline Maria da Silva;
Caracterização de componentes responsáveis pela patogenicidade em Xylella fastidiosa; 2007; Iniciação Científica; (Graduando em Quimica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Aline Maria da Silva;
G; Lupo; Purificação e caracterização funcional da proteína recombinante Fur de Xylella fastidiosa; 2006; 0 f; Iniciação Científica; (Graduando em Farmacia e Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Caracterização funcional de proteínas que interagem com a subunidade catalítica da serina/treonina fosfatase do tipo 1 (PP1) de Dictyostelium discoideum; 2006; 0 f; Iniciação Científica; (Graduando em Quimica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Aline Maria da Silva;
Caracterização bioquímica de proteínas que interagem com a subunidade catalítica da serina/treonina fosfatase do tipo 1 (PP1) de Dictyostelium discoideum; 2006; Iniciação Científica; (Graduando em Farmacia e Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Expressão recombinante e caracterização de uma bacteriocina de Xylella fastidiosa; 2006; Iniciação Científica; (Graduando em Quimica) - Universidade de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Data mining nos projetos Genoma do Câncer e da Cana de Açúcar; 2002; Iniciação Científica; (Graduando em Farmacia e Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Egidio; Implantação de microarrays de DNA para análise da expressão gênica no câncer de próstata; 2002; Iniciação Científica; (Graduando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Mutagênese sítio-dirigida no sítio catalítico da PP1 de Dictyostelium discoideum; Análise de seus efeitos na atividade da enzima recombinante; 2001; Iniciação Científica - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Obtenção e purificação da trealase neutra de N; crassa recombinante; 2001; Iniciação Científica; (Graduando em Quimica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Aline Maria da Silva;
Clonagem do gene da NADPH citocromo P450 redutase de Dictyostelium discoideum; 2000; Iniciação Científica; (Graduando em Quimica) - Universidade de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Purificação da proteína gp80 para análise de seus oligossacarídeos O-ligados; 1998; Iniciação Científica; (Graduando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Aline Maria da Silva;
Clonagem de genes de fosfatases em Blastocladiella emersonii; 1993; Iniciação Científica; (Graduando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Aline Maria da Silva;
Obtenção de linhagens de D; discoideum que expressam a proteína gp80 constitutivamente; 1993; Iniciação Científica; (Graduando em Farmacia e Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Descoberta de genes e bactérias para degradação de biomassa lignocelulósica; 2018; Orientação de outra natureza; (Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
Expressão e caracterização bioquímica da trealase neutra recombinante de Neurospora crassa; ; 2003; 110 f; Orientação de outra natureza - Universidade de Sao Paulo-RP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Aline Maria da Silva;
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Outras produções
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2016 - Atual
Isolamento e caracterização molecular de bacteriófagos visando aplicação em fagoterapia., Descrição: Bacteriófagos ou fagos são vírus que infectam bactérias e vastamente abundantes na natureza. Desde sua descoberta, no início do século XX, os fagos têm sido ferramentas valiosas no desenvolvimento da biologia molecular e da biotecnologia, além de agentes antimicrobianos, na chamada fagoterapia. Nos últimos anos o interesse no uso de fagos como agentes terapêuticos ressurgiu como uma alternativa para o tratamento de infecções por bactérias multirresistentes a antibióticos. Temos como objetivo nesse projeto o isolamento e caracterização de fagos utilizando-se Pseudomonas aeruginosa como hospedeira. Os fagos isolados serão caracterizados quanto a sua morfologia e abrangência de hospedeiros em nível de espécie e cepas. Os genomas dos fagos serão sequenciados e anotados. Os mecanismos moleculares envolvidos na interação fago-bactéria serão investigados. Os fagos e suas despolimerases serão avaliados quanto a eficácia na dissolução do biofilme bacteriano. O potencial de utilização dos fagos no tratamento de infecções por P. aeruginosa será avaliado em larvas de Galleria mellonella como modelo experimental.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (3) . , Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Layla Farage Martins - Integrante / João C. Setubal - Integrante / Ronaldo Bento Quaggio - Integrante / Deyvid Amgarten - Integrante / Lucas Palma Braga - Integrante / Ariosvaldo Pereira dos Santos Junior - Integrante / Fernando Pacheco Nobre Rossi - Integrante / Guillermo Uceda Campos - Integrante / Vinicius Sousa Flores - Integrante / Maria Joana Nunes de Azevedo - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 9
2012 - Atual
Aspectos moleculares da interação de Xylella fastidiosa com seu hospedeiro vegetal, Descrição: Este projeto tem como objetivo investigar aspectos moleculares da interação de Xylella fastidiosa com seu hospedeiro vegetal através da análise comparativa do genoma e do transcritoma completo de diferentes linhagens deste fitopatógeno. As diferenças detectadas serão associadas aos distintos fenótipos das linhagens, em particular aqueles potencialmente associados à adaptação ao hospedeiro vegetal e a virulência desta bactéria. Esta investigação envolverá: sequenciamento completo do genoma de novas linhagens de X. fastidiosa, anotação e comparação de genomas completos já conhecidos, reconstrução da filogenia das linhagens de X. fastidiosa através de uma abordagem de filogenômica, sequenciamento do transcritoma de linhagens selecionadas crescidas em meio de cultivo que mimetiza o xilema, mapeamento dos transcritos no genoma, identificação de regiões regulatórias, identificação e caracterização funcional pequenos RNAs não-codificantes. Análises proteomicas e metabolomicas também serão realizadas.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (4) . , Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Paulo Adriano Zaini - Integrante / Andrea Cristina Fogaça - Integrante / Patrícia Isabela Pessoa da Silva - Integrante / Paulo Marques Pierry - Integrante / João C. Setubal - Integrante / Steve E Lindow - Integrante / Michael Ionescu - Integrante / Joaquim Martins-Junior - Integrante / Oseias Feitosa Junior - Integrante / Ana Paula Silva de Souza - Integrante / Guillermo Uceda Campos - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 12
2011 - Atual
Estudos de metagenômica da comunidade microbiana da compostagem do Zoológico de São Paulo, Descrição: Este projeto visa o estudo da diversidade microbiana envolvida na degradação de biomassa durante o processo de compostagem. Através de um projeto colaborativo com a Fundação Parque Zoológico de São Paulo e a UNIFESP, estamos gerando dados metagenômicos de amostras coletadas da unidade de compostagem instalada no Parque Zoológico de São Paulo. Nossos objetivos são investigar bactérias cultiváveis e não-cultiváveis nestas comunidades microbianas complexas e buscar, nestes metagenomas, por novas enzimas com potencial para aplicação industrial.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (4) . , Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Layla Farage Martins - Integrante / Julio C. F. de Oliveira - Integrante / João C. Setubal - Coordenador / Luciana Antunes Principal - Integrante / Luiz Juliano Neto - Integrante / João Batista da Cruz - Integrante / Luciano A. Digiampietri - Integrante / Cristina Viana-Niero - Integrante / Renata C. Pascon - Integrante / Deibs Barbosa - Integrante / Karen Cristina Lombardi - Integrante / QUAGGIO, RONALDO B. - Integrante / Roberta Verciano Pereira - Integrante / Suzana Eiko Sato Guima - Integrante / Remigio Cenepo Escobar Rodrigues - Integrante / Raquel Riyuzo de Almeida Franco - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 11 / Número de orientações: 3
2009 - 2012
Estabelecimento de um laboratório de Microbiologia Aplicada no Zoológico de São Paulo: Identificação e isolamento de microrganismos que produzam enzimas e seus inibidores de aplicação nas áreas médica, veterinária e industrial, Descrição: A Fundação Parque Zoológico de São Paulo (FPZSP) possui uma unidade de produção de composto orgânico (UPCO) que aproveita a matéria orgânica de várias origens como: excremento de aproximadamente 3.500 animais, oriundos de varias partes do mundo, carcaças, sedimentos e coluna de água do lago, restos de cama de animais, resíduos de poda dos jardins do Parque, restos vegetais da Mata Atlântica e resíduos alimentares. O composto final, cerca de 600 toneladas/ano é utilizado como fertilizante orgânico na fazenda do Zoológico, para produção de cerca de 70% dos alimentos consumidos pelos animais do Parque, fechando assim um ciclo virtuoso de sustentabilidade. Além disso, a compostagem evita que a matéria orgânica seja depositada em aterros sanitários, aumentando o volume de lixo. A riqueza microbiológica deste material é incalculável, visto que ali poderão ser encontradas inúmeras espécies que ainda não foram descritas e/ou cultivadas. Baseado nisso, foi estabelecida uma parceria entre a UNIFESP e FPZSP para nuclear um programa de microbiologia aplicada com o objetivo de prospectar esta diversidade microbiana e aplicá-la em processos biotecnológicos. O objetivo geral deste projeto é isolar conhecer, preservar e caracterizar microrganismos da compostagem e das águas do parque. Nossos dados preliminares demonstram que os métodos tradicionais de isolamento e preservação podem ser utilizados na prospecção dos microrganismos cultiváveis da compostagem, no entanto, estima-se que a maior parte dos microrganismos que habitam este material não seja passível de cultivo. Os microrganismos isolados serão identificados por espectrometria de massa (MALDI/TOF-MS), uma metodologia que está sendo implementada no laboratório de Biofísica do INFAR/UNIFESP. As identificações serão validadas pelo sequenciamento da subunidade menor do ribossomo (SSU rDNA). Os microrganismos isolados da compostagem serão testados para produção de enzimas de grande interesse industrial, como as celulases, xilanas. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Layla Farage Martins - Integrante / Julio C. F. de Oliveira - Integrante / João C. Setubal - Integrante / Luciana Antunes Principal - Integrante / Luiz Juliano Neto - Coordenador / João Batista da Cruz - Integrante / Marcelo Vallim - Integrante / Cristina Viana-Niero - Integrante / Renata C. Pascon - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 4
2008 - 2020
Identificação e análise funcional de genes associados à adaptação, evolução e virulência de Xylella fastidiosa, Descrição: Xylella fastidiosa é uma bactéria que coloniza o xilema de uma diversidade de plantas cultivadas e silvestres em várias partes do mundo, sendo o agente causador de uma série de doenças em plantas economicamente importantes como citros, videiras e café. Diferentes cepas ou patovares de X. fastidiosa foram identificados, sendo que destes, quatro já tiveram seus genomas completa ou parcialmente elucidados: (i) X. fastidiosa cepa 9a5c, isolada de citros e agente etiológico da Clorose Variegada dos Citros; (ii) X. fastidiosa cepa Temecula-1, isolada de videiras e agente etiológico da doença de Pierce; (iii) X. fastidiosa pv. almond cepa Dixon, agente causal da escaldadura da amendoeira e (iv) X. fastidiosa pv. oleander cepa Ann-1 agente causal escaldadura da espirradeira. Desde o seqüenciamento completo destes genomas, muito se avançou na compreensão de processos envolvidos na colonização dos hospedeiros de X. fastidiosa, seja ele planta ou inseto vetor, e alguns dos mecanismos de virulência foram elucidados. Entretanto, presume-se a existência de mecanismos e fatores adicionais importantes para colonização de plantas e insetos por este fitopatógeno. É importante ressaltar que hoje se verifica a ausência da estirpe 9a5c nos pomares citrícolas com CVC em São Paulo em detrimento de outras estirpes virulentas, mesmo que em condições experimentais a cepa 9a5c ainda se mantenha virulenta. Aparentemente esta cepa está geneticamente mais relacionada a estirpes de café e a um isolado de citros da Argentina do que a outros isolados hoje encontrados nos pomares de citros de São Paulo. Portanto, a origem da X. fastidiosa da CVC ainda é controversa. Assim, neste projeto temos como objetivo a identificação de novos genes potencialmente associados aos aspectos evolutivos e de adaptação e virulência de X. fastidiosa. Para tal será realizado o sequenciamento completo do genoma de quatro cepas de X. fastidiosa (3 de citros e 1 de cafeeiro), suas anotações e comparação com genomas já conh. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Paulo Marques Pierry - Integrante / Wesley Oliveira Santana - Integrante / Alessandra Alves de Souza - Integrante / Helvécio Della Coletta Filho - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Marcos Antonio Machado - Integrante / João Paulo Kitajima - Integrante / Paulo Adriano Zaini - Integrante / Joaquim Martins-Junior - Integrante / Luiz Gonzaga - Integrante / Gustavo Antonio Teixeira Chaves - Integrante / Rodrigo Roberto Rafagnin Duarte - Integrante / Fernando Domingues Kümmel Tria - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 12
2004 - 2013
Análise do transcritoma e caracterização molecular dos componentes responsáveis pela patogenicidade de Xylella fastidiosa, Descrição: O objetivo principal deste projeto é a identificação e caracterização funcional de genes de Xylella fastidiosa com expressão regulada por ferro ou por concentrações subinibitórias de agentes antimicrobianos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Paulo Adriano Zaini - Integrante / Andrea Cristina Fogaça - Integrante / Patrícia Isabela Pessoa da Silva - Integrante / Gustavo Antonio Teixeira Chaves - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa., Número de produções C, T & A: 16
2003 - 2013
Estrutura e função de serina/treonina fosfatases na ameba social Dictyostelium discoideum, Descrição: As serina/treonina fosfatases (PPs) são enzimas que catalisam a desfosforilação específica de resíduos de fosfoserina e fosfotreonina. Considerando-se especialmente a identidade entre as sequências de aminoácidos de suas subunidades ou domínios catalíticos, as PPs foram agrupadas em duas famílias: PPP (PhosPhoprotein Phosphatase) e PPM (Phosphoprotein Phosphatase Magnesium-dependent). A família PPP compreende enzimas classificadas em cinco subfamílias denominadas PP1, PP2A, PP2B, PP5 e PP7 enquanto a família PPM engloba enzimas denominadas PP2C. Algumas subfamílias das PPPs compreendem holoenzimas onde uma subunidade catalítica interage com uma ou mais subunidades reguladoras variáveis, o que confere uma extraordinária diversidade funcional às serina/treonina fosfatases. Nos últimos anos nosso grupo tem investigado os papéis desempenhados pelas serina/treonina fosfatases nas vias de sinalização envolvidas no crescimento e desenvolvimento de D. discoideum, um microorganismo eucariótico que tem sido utilizado há mais de 50 anos como sistema experimental em estudos de diversos processos celulares. Estudos recentes que realizamos resultaram na identificação de algumas proteínas que interagem e possivelmente modulam a atividade da PP1 de D. discoideum (DdPP1c). Para estes estudos foram utilizadas tanto buscas por similaridades na sequência genômica deste microorganismo como ensaios utilizando o sistema de duplo-híbrido em leveduras, utilizando-se a DdPP1c como isca. Com essa abordagem, foram selecionados clones de cDNA que codificam proteínas (presas) que interagiram com a DdPP1c. Dando continuidade a estes estudos, propomos, nesse projeto, aprofundar a caracterização funcional de duas novas proteínas que potencialmente interagem com a DdPP1c as quais foram selecionadas após os ensaios confirmatórios de sua interação com a DdPP1c.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (3) . , Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Leonardo Costa Fiorini - Integrante / Luiz Paulo M. Andrioli - Integrante / Daniela Beton - Integrante / Juliana Moreira Sousa - Integrante / Renato Astolfi Raposo - Integrante / Daniela Carvalho Gonzalez-Kristeller - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa., Número de produções C, T & A: 17
2003 - 2008
Identificação de marcadores moleculares para diagnóstico e prognóstico em câncer utilizando microarrays de DNA, Descrição: Projeto Temático - FAPESP- (02/13283-6). 06/2004-06/2008. Sergio Verjovski-Almeida (Coordenador), Aline M. da Silva, Eduardo Moraes Reis, L.H. Câmara Lopes, Fernando Ferreira Costa. Projeto: Identificação de marcadores moleculares para diagnóstico e prognóstico em câncer utilizando microarrays de DNA.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Coordenador / Ana Carolina Quirino Simões - Integrante / Katia R Leite - Integrante / Luiz H Camara Lopes - Integrante / Eduardo Moraes Reis - Integrante / Fernando Costa - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 10
2001 - 2005
Cooperação para análise de expressão gênica (CAGE), Descrição: Projeto Temático - FAPESP (99/07390-0) - 2001-2005. Hugo A. Armelin (Coordenador), Suely L. Gomes, Sergio Verjovski-Almeida, Aline M. da Silva, Glaucia M. Souza, Mari C. Sogayar, Hamza El-Dorry, Ana Claudia R. da Silva, Bianca Zingales, Eduardo J. Neves e Junior Barreira. Projeto: Cooperação para análise de expressão gênica (CAGE)/Implantação da tecnologia de microarrays de DN no IQ-USP.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (5) . , Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Suely Lopes Gomes - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Integrante / Ana Claudia Rasera da Silva - Integrante / Hamza F. El-Dorry - Integrante / Mari C Sogayar - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador / Bianca Zingales - Integrante / Eduardo Jordão Neves - Integrante / Junior Barreira - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 3
2001 - 2004
Data mining no Projeto Genoma Cana-de-açúcar, Descrição: Auxílio à Pesquisa - FAPESP (00/07425-7) - 2000-2004. Gláucia M. Souza (Coordenadora) e Aline M. da Silva. Projeto: Data mining no Projeto Genoma Cana-de-açúcar.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Leonardo Costa Fiorini - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador / Ana Carolina Quirino Simões - Integrante / Milton Yutaka Nishiyama-Junior - Integrante / Flavia Papini-Terzi - Integrante / Flavia R. Rocha - Integrante / Katia Cristina P Oliveira - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 2
2000 - 2002
Laboratório Associado de Bioinformática - Projeto Genoma Humano do Câncer, Descrição: Auxílio à Pesquisa FAPESP (99/03653-6). 2000-2002. Laboratório Associado de Bioinformática - Projeto Genoma Humano do Câncer. Responsáveis: Aline M. da Silva e Sergio Verjovski-Almeida.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Eduardo Moraes Reis - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 2
1999 - 2002
Laboratórios de Sequenciamento - Projeto Genoma cana-de-açúcar, Descrição: Auxílio à Pesquisa FAPESP (99/02878-4). 1999-2002. Laboratórios de Sequenciamento - Projeto Genoma cana-de-açúcar. Responsáveis: Suely L. Gomes e Aline M. da Silva.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Suely Lopes Gomes - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 2
1997 - 2001
Laboratórios de Sequenciamento - Projeto Genoma Xylella fastidiosa, Descrição: Auxílio à Pesquisa FAPESP (97/13479-8). 1997-2001. Laboratórios de Sequenciamento - Projeto Genoma Xylella fastidiosa. Responsáveis: Suely L. Gomes, Aline M. da Silva e Marilis V. Marques.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Suely Lopes Gomes - Coordenador / Marilis do Valle Marques - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 1
1996 - 1999
Proteínas Fosfatases de Dictyostelium discoideum e Neurospora crassa: Caracterização Bioquímica, Funcional e Clonagem de seus Genes, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Hector F. Terenzi - Integrante / Lilian C. Etchebehere - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 5
1995 - 1998
Fosforilação reversível em eucariotos unicelulares: aspectos regulatórios e funcionais, Descrição: Projeto PADCT II/ SBIO/CNPq. Fosforilação reversível em eucariotos unicelulares: aspectos regulatórios e funcionais. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Hector F. Terenzi - Integrante / Lilian C. Etchebehere - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 6
1993 - 1995
Biologia do desenvolvimento de microrganismos: aspectos celulares e moleculares, Descrição: Auxílio Integrado de Pesquisa CNPq Biologia do desenvolvimento de microrganismos: aspectos celulares e moleculares. Responsáveis: José Carlos da Costa Maia (coordenador) e Aline Maria da Silva.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / José Carlos da Costa Maia - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
1991 - 1998
Estudos dos mecanismos de adesão celular e do sinal para adição de âncoras glicolipídicas em Dictyostelium discoideum, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Claudette klein - Integrante / Mara Lucia Z Silvestri - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 6
1991 - 1995
Biologia do desenvolvimento de microrganismos: aspectos celulares e moleculares, Descrição: Projeto temático de equipe FAPESP (90/3875-4). Biologia do desenvolvimento de microrganismos: aspectos celulares e moleculares. Responsáveis: José Carlos C. Maia (Coordenador), Héctor F. Terenzi, Suely L. Gomes e Aline Maria da Silva.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Suely Lopes Gomes - Integrante / Hector F. Terenzi - Integrante / José Carlos da Costa Maia - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 2
1990 - 1991
Aproveitamento biotecnológico de placentas humanas. Purificação de Fosfatase alcalina placentária, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Joaquim Cabrera-Crespo - Integrante / Isaias Raw - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 1
Projetos de desenvolvimento
2018 - Atual
Caracterização do microbioma de solos, rizosfera e plantas de soja e milho em regiões de plantio dessas culturas, Projeto certificado pela empresa INDIGO BRAZIL AGRICULTURA LTDA. em 30/01/2019., Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / João C. Setubal - Coordenador / Maike Rossmann - Integrante.
2018 - Atual
Caracterização do microbioma de solos, rizosfera e plantas de soja e milho em regiões de plantio dessas culturas, Projeto certificado pela empresa INDIGO BRAZIL AGRICULTURA LTDA. em 30/01/2019., Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / João C. Setubal - Coordenador / Maike Rossmann - Integrante.
2018 - Atual
Caracterização do microbioma de solos, rizosfera e plantas de soja e milho em regiões de plantio dessas culturas, Projeto certificado pela empresa INDIGO BRAZIL AGRICULTURA LTDA. em 30/01/2019., Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / João C. Setubal - Coordenador / Maike Rossmann - Integrante.
2018 - Atual
Caracterização do microbioma de solos, rizosfera e plantas de soja e milho em regiões de plantio dessas culturas, Projeto certificado pela empresa INDIGO BRAZIL AGRICULTURA LTDA. em 30/01/2019., Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / João C. Setubal - Coordenador / Maike Rossmann - Integrante / Layla Farage Martins - Integrante.
2018 - 2020
Caracterização do microbioma de solos, rizosfera e plantas de soja e milho em regiões de plantio dessas culturas, Projeto certificado pela empresa INDIGO BRAZIL AGRICULTURA LTDA. em 30/01/2019., Descrição: Projeto em parceria e financiado pela empresa Indigo Brazil Agricultura LTDA.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / João C. Setubal - Coordenador / Maike Rossmann - Integrante / Layla Farage Martins - Integrante.
2018 - 2020
Caracterização do microbioma de solos, rizosfera e plantas de soja e milho em regiões de plantio dessas culturas, Projeto certificado pela empresa INDIGO BRAZIL AGRICULTURA LTDA. em 30/01/2019., Descrição: Projeto em parceria e financiado pela empresa Indigo Brazil Agricultura LTDA.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / João C. Setubal - Coordenador / Maike Rossmann - Integrante / Layla Farage Martins - Integrante.
Prêmios
2017
Membro Titular, Academia de Ciências do Estado de São Paulo (ACIESP).
2000
Medalha do Mérito Científico, Governo do Estado de São Paulo.
2000
Medalha pela participação no Projeto de Sequenciamento do Genoma da bactéria Xylella fastidiosa., Reitoria da Universidade de São Paulo.
Histórico profissional
Endereço profissional
Universidade de São Paulo, Instituto de Química, Departamento de Bioquímica. , Av. Prof.Lineu Prestes 748, Butantan, 05508000 - São Paulo, SP - Brasil, Telefone: (11) 30912182, URL da Homepage:
Experiência profissional
2008 - Atual
Universidade de São PauloVínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: PROFESSOR TITULAR MS-6, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
2000 - 2008
Universidade de São PauloVínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: PROFESSOR ASSOCIADO MS-5, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
1991 - 2000
Universidade de São PauloVínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: PROFESSOR DOUTOR MS-3, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Atividades
Direção e administração, USP.,Cargo ou função, Vice presidente da Comissão de Pós-Graduação do Programa Interunidades em Bioinformática.
Conselhos, Comissões e Consultoria, USP.,Cargo ou função, Membro titular da Comissão de Pós-Graduação do Programa Interunidades de Bioinformática da USP.
Pesquisa e desenvolvimento, Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.,Linhas de pesquisa
Ensino, Ciências Moleculares, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Biologia II - Biologia Molecular
Pesquisa e desenvolvimento, Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.,Linhas de pesquisa
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Química.,Cargo ou função, Membro titular do Conselho do Departamento de Bioquimica.
Pesquisa e desenvolvimento, Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.,Linhas de pesquisa
Ensino, Farmacia e Bioquimica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Biologia Molecular
Conselhos, Comissões e Consultoria, USP.,Cargo ou função, Representante (Suplente) da Congregação do IQ-USP no Conselho Universitário da USP.
Direção e administração, Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.,Cargo ou função, Vice-chefe do Departamento de Bioquimica.
Ensino, Química Com Atribuições em Biotecnologia, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Tecnologia do DNA Recombinante
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Química.,Cargo ou função, Conselho Deliberativo do Núcleo de Apoio à Pesquisa em Biologia Computacional e Genômica (NUBIC).
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Química.,Cargo ou função, Membro da Comissão de Ética e Direitos Humanos do IQ-USP.
Direção e administração, Instituto de Química.,Cargo ou função, Chefe Suplente do Departamento de Bioquímica.
Ensino, Química Com Ênfase em Bioquímica e Biologia Molecular, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Bioquímica Experimental Avançada
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Química.,Cargo ou função, Membro (Suplente) da Comissão Coordenadora do Programa de Ciências Biológicas (Bioquímica).
Ensino, Ciências Biológicas (Bioquímica), Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Metodologias em Bioquímica e Biologia Molecular - Conceitos e Aplicações
Ensino, Medicina, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Biologia Molecular do Gene
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Química.,Cargo ou função, Membro titular da Comissão de Pesquisa do IQUSP.
Direção e administração, Pró-Reitoria de Pós-Graduação - USP.,Cargo ou função, Assessora da Pró-Reitoria de Pós-Graduação.
Conselhos, Comissões e Consultoria, Pró-Reitoria de Pós-Graduação - USP.,Cargo ou função, Membro da Comissão de Avaliação da Pós-Graduação da USP.
Ensino, Bioinformatica, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Fundamentos Básicos em Bioquímica e Biologia Molecular
Ensino, Bioquímica, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, A gênese da Descoberta, Biologia Molecular do Gene, Significado Biológico das Modificações Co-Tradução e Pós-Tradução de Proteínas
Direção e administração, Instituto de Química.,Cargo ou função, Vice-Coordenador do Programa de Pós-Graduação em Bioquímica.
Direção e administração, Instituto de Química.,Cargo ou função, Presidente da Comissão de Pós-Graduação do IQUSP.
Direção e administração, Instituto de Química.,Cargo ou função, Coordenadora da Comissão do Programa de Aperfeiçoamento de Ensino (PAE).
Conselhos, Comissões e Consultoria, Universidade de São Paulo.,Cargo ou função, Membro titular da Congregação do IQUSP.
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Química.,Cargo ou função, Membro titular da Comissão de Pós-Graduação.
Ensino, Medicina Veterinária, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Bioquímica: Estrutura de Biomoléculas e Metabolismo
Direção e administração, Instituto de Química.,Cargo ou função, Coordenador do Programa de Pós-Graduação em Bioquimica.
Ensino, Ciências Biológicas (Bioquímica), Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Bioinformática
Ensino, Medicina Veterinária, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Biologia Molecular do Gene
2011 - 2011
University of California at Berkeley, BerkeleyVínculo: Pesquisador visitante, Enquadramento Funcional: Bolsista pesquisador senior/ FAPESP, Carga horária: 40
Outras informações:
Pesquisador visitante no laboratório do Prof. Steve E. Lindow com bolsa da FAPESP.
Atividades
Estágios , Department of Plant and Microbial Biology.,Estágio realizado, Aspectos moleculares da interação de Xylella fastidiosa com seus hospedeiros vegetais.
1987 - 1990
Instituto ButantanVínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Pesquisador Científico, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
2015 - Atual
Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia MolecularVínculo: Tesoureira, Enquadramento Funcional: Membro da Diretoria da SBBq, Carga horária: 1
Outras informações:
Primeira Tesoureira
2019 - Atual
Academia de Ciências do Estado de Sâo PauloVínculo: Membro do Conselho, Enquadramento Funcional: Membro eleito do Conselho, Carga horária: 1
Outras informações:
Membro eleito, pela área de Biologia
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