Jaire Alves Ferreira Filho

Graduado em Ciências Biológicas pela Universidade Federal do Acre - UFAC (2013), realizou Iniciação Científica na Embrapa (AC). Mestre em Biotecnologia Vegetal pela Universidade Federal de Lavras - UFLA (2015), realizou o projeto de dissertação na Embrapa Agroenergia (DF). Doutor em Genética e Biologia Molecular, na área de Genética de Microorganismos pela Universidade Estadual de Campinas - UNICAMP (2019), realizou o projeto de tese no Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética - CBMEG (SP). Trabalhou com suporte a pesquisa na área de bioinformática na Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto na Universidade de São Paulo - USP (FAPESP TT-V). Possui experiência na área de genética vegetal e de microrganismos, com ênfase em biologia molecular e bioinformática, atuando no seguintes temas: biotecnologia, marcadores moleculares (microssatélites e baseados em sequenciamento), ferramentas de bioinformática, análise de genomas e transcriptomas, filogenética molecular, redes de regulação, computação de alto desempenho em sistema GNU/linux e desenvolvimento de scripts em Perl. Atualmente é Professor nível III da educação básica de Ciências e Biologia pela Secretária de Educação do Estado de Goiás (SEDUC).

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Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em Genética e Biologia Molecular

2015 - 2019

Universidade Estadual de Campinas
Título: Identificação e caracterização de genes e regiões genômicas de Trichoderma harzianum IOC-3844 relacionadas à hidrólise de compostos lignocelulósicos
Anete Pereira de Souza. Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. Palavras-chave: Genômica; RNA-seq; CAZymes; Enzimas hidrolíticas; Celulases; Fungos celulolíticos. Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: bioinformática. Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.

Mestrado em Biotecnologia Vegetal

2013 - 2015

Universidade Federal de Lavras
Título: CARACTERIZAÇÃO DE SÍTIOS POLIMÓRFICOS E SEQUÊNCIAS REPETITIVAS, E ESTABELECIMENTO DE COLEÇÃO NUCLEAR DE CAIAUÉ [Elaeis oleifera (kunth) Cortés],Ano de Obtenção: 2015
Manoel Teixeira Silva Junior.Coorientador: Eduardo Fernandes Formighieri; Alexandre Alonso Alves. Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: Palma de óleo; biologia computacional; genotipagem por sequenciamento; conservação genética.Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Vegetal. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: bioinformática.

Graduação em Ciências Biologicas

2009 - 2013

Universidade Federal do Acre
Título: Identificação de hibridos de Amendoin forrageiro (Arachis pintoi) por meio de marcadores microssatélite
Orientador: Tatiana de Campos
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.

Graduação interrompida em 2011 em Serviço Social

2009 - Interrompido

Faculdade Barão do Rio Branco
Ano de interrupção: 2011

Curso técnico/profissionalizante em Redes de Computadores

2008 - 2009

SENAI - Departamento Regional do Acre

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Formação complementar

2017 - 2017

Análises de dados moleculares por biologia computacional: transcriptômica. (Carga horária: 54h). , Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.

2017 - 2017

Identificação, anotação e análise de expressão de transcritos. (Carga horária: 40h). , Laboratório Central de Tecnologias de Alto Desempenho em Ciências da Vida, LACTAD, Brasil.

2016 - 2016

Bioinformática na prática III - análises genômicas, programação para bioinf. (Carga horária: 40h). , Embrapa Agroenergia, CNAPAE, Brasil.

2016 - 2016

Análise da Expressão Gênica por PCR em Tempo Real. (Carga horária: 40h). , Universidade Federal de Lavras, UFLA, Brasil.

2016 - 2016

Introdução ao GNU/Linux. (Carga horária: 15h). , Centro Nacional de Processamento de Alto Desempenho em São Paulo, CENAPAD, Brasil.

2014 - 2014

Bioinformática. (Carga horária: 60h). , Portal Educação, PE, Brasil.

2014 - 2014

Lógica de Programação. (Carga horária: 20h). , Softblue, SB, Brasil.

2014 - 2014

A História Natural Visitada pela Genética. (Carga horária: 3h). , Sociedade Brasileira de Genética, SBG, Brasil.

2011 - 2011

Biodiversidade e Desenvlovimento Sustentável. (Carga horária: 1h). , Universidade Federal do Acre, UFAC, Brasil.

2011 - 2011

Técnicas básicas de cultura de tecido. (Carga horária: 12h). , Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria, EMBRAPA, Brasil.

2011 - 2011

Princípios de Biologia Molecular. (Carga horária: 16h). , Universidade Federal do Acre, UFAC, Brasil.

2010 - 2010

Extensão universitária em Citogenética de peixes. (Carga horária: 60h). , Universidade Federal do Acre, UFAC, Brasil.

2010 - 2010

Boas Praticas em Laboratorio. (Carga horária: 12h). , Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria, EMBRAPA, Brasil.

2010 - 2010

Prática em Ciências. (Carga horária: 3h). , Universidade Federal do Acre, UFAC, Brasil.

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Idiomas

Inglês

Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Bem.

Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

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Áreas de atuação

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética.

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Vegetal.

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.

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Participação em eventos

27º Simpósio Internacional de Iniciação Científica e Iniciação Tecnológica da USP.Avaliador dos trabalhos da FCFRP-USP. 2019. (Simpósio).

Fungal threats to animal, plant and ecosystem health. 2019. (Encontro).

GBmeeting.Genomics Insights into Decipher Molecular Mechanisms of Plant Biomass Degradation in Trichoderma harzianum IOC3844. 2019. (Encontro).

16º Feira Brasileira de Ciências e Engenharia da USP. Avaliador de projetos na área de ciências biológicas. 2018. (Feira).

XXIV Congreso Latinoamericano de Microbiologia. Genomics insights into decipher molecular mechanisms of plant biomass degradation in Trichoderma harzianum IOC3844. 2018. (Congresso).

Brazilian-International Congress of Genetics. TRICHODERMA HARZIANUM CAZYMES: IN SILICO ANALYSIS FOR THE BIOPROSPECTION OF KEY ENZYMES FOR THE BIOMASS DEGRADATION. 2017. (Congresso).

Curso de Inverno em Bioinformática. 2017. (Encontro).

Workshop on Second Generation Bioethanol and Biorefining 2017.Composition and Structure of the Genomic Regions Related to Plant Biomass Degradation in Trichoderma harzianum. 2017. (Outra).

Workshop on Second Generation Bioethanol 2016.Annotation of the Carbohydrate Active Enzymes (CAZy) proteins in Trichoderma harzianum. 2016. (Outra).

EMBL-EBI Bioinformatics Workshop. 2015. (Outra).

I Workshop Científico Interno do CBMEG.Identification and characterization genes and genomic regions of IOC-3844 Trichoderma harzianum related to hydrolysis of lignocellulosic compounds. 2015. (Outra).

XXIII Congresso de Iniciação Científica da Unicamp. 2015. (Congresso).

60 Congresso Brasileiro de Genética. Comparison of draft genome sequences of Elaeis oleifera generated using different platforms reveals that a cost-effective short-read approach can be used to effectively sample a large and complex plant genome. 2014. (Congresso).

I Encontro de Pesquisa e Inovação da Embrapa Agroenergia.Descoberta e caracterização genômica de marcadores PAVs e SNPs em Elaeis oleifera. 2014. (Encontro).

I International Workshop on Genetic Networks of Plant Reproductive Architecture. 2013. (Outra).

XVII Simpósio Internacional de Atualização em Genética e Melhoramento de Plantas. 2013. (Simpósio).

II Congresso Brasileiro de Recursos Genéticos. Caracterização da Diversidade Genética de Genitores de Amendoim Forrageiro Por Meio de Marcadores Microssatélites. 2012. (Congresso).

XXI SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E XI MOSTRA DE PESQUISA E PÓS-GRADUAÇÃO.IDENTIFICAÇÃO DE HÍBRIDOS DE AMENDOIM FORRAGEIRO (ARACHIS PINTOI) UTILIZANDO MARCADORES MICROSSATÉLITES.. 2012. (Seminário).

III Simpósio de Genética Molecular de Plantas.Molecular characterization of rubber tree clones (hevea brasiliensis) using microsatellite markers. 2011. (Simpósio).

Semana da Biologia UFAC-FAMETA 2011 "Desenvolvimento Sustentável."Identificação de Híbridos de Arachis pintoi por Meio de Marcadores SSRs". 2011. (Encontro).

IV Simposio de linguagens e identidades da Amazônia Ocidental. 2010. (Simpósio).

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Comissão julgadora das bancas

Eduardo Fernandes Formighieri

SOUZA JUNIOR, M. T.ALVES, A. A.LAVIOLA, BRUNO G.FORMIGHIERI, E. F.. Caracterização de sítios polimórficos e sequências repetitivas, e estabelecimento de coleção nuclear de cauaié (Elaeis oleifera (Kunth) Cortés). 2015. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia Vegetal) - Universidade Federal de Lavras.

Eduardo Fernandes Formighieri

SOUZA, A. P.; AZZONI, S. F.;FORMIGHIERI, E. F.; SOUZA JUNIOR, M. T.; MARSAIOLI, A. J.. Identificação e caracterização de genes e regiões genômicas de Trichoderma harzanium IOC3844 relacionados à degradação da biomassa vegetal. 2019. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Eduardo Fernandes Formighieri

ALVES, A. A.FORMIGHIERI, E. F.SOUZA JUNIOR, M. T.. Caracterização do draft do genoma de Manicoré (Elaeis oleifera Kunth). 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Biotecnologia Vegetal) - Universidade Federal de Lavras.

Bruno Galveas Laviola

TEIXEIRA JUNIOR, M. S.;ALVES, A. A.; FORMIGHIERI, E. F.;Laviola, Bruno G. Caracterização de sítios polimórficos e sequências repetitivas e estabelecimento de coleção nuclear de Caiué (Elaeis oleifera). 2015. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia Vegetal) - Universidade Federal de Lavras.

Manoel Teixeira Souza Júnior

SOUZA JUNIOR, MANOEL TEIXEIRA; ALVES, A. A.; LAVIOLA, B. G.; FORMIGHIERI, E. F.. CARACTERIZAÇÃO DE SÍTIOS POLIMÓRFICOS E SEQUÊNCIAS REPETITIVAS, E ESTABELECIMENTO DE COLEÇÃO NUCLEAR DE CAIAUÉ [Elaeis oleifera (Kunth) Cortés].. 2015. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia Vegetal) - Universidade Federal de Lavras.

Manoel Teixeira Souza Júnior

AZZONI, S. F.; MARSAIOLI, A. J.; FORMIGHIERI, E. F.;Souza Jr, M. T.; SOUZA, A. P.. Identificação e caracterização de genes e regiões genômicas de Trichoderma harzianum IOC3844 relacionados à degradação da biomassa vegetal.. 2019. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Alexandre Alonso Alves

SOUZA JUNIOR, M. T.;ALVES, A. A.LAVIOLA, B. G.FORMIGHIERI, E. F.. Caracterização de sítios polimórficos e sequências repetitivas, e estabelecimento de coleção nuclear de Caiaué [Elaeis oleifera (kunth) Cortés]. 2015. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia Vegetal) - Universidade Federal de Lavras.

Alexandre Alonso Alves

SOUZA JUNIOR, M. T.;FORMIGHIERI, E. F.ALVES, A. A.. Caracterização do draft do genoma de Manicoré (Elaeis oleifera Kunth) e estabelecimento de coleção nuclear.. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Biotecnologia Vegetal) - Universidade Federal de Lavras.

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Foi orientado por

Eduardo Fernandes Formighieri

Caracterização de sítios polimórficos e sequências repetitivas, e estabelecimento de coleção nuclear de caiaué [Elaeis oleifera (kunth) Cortés]; 2015; Dissertação (Mestrado em Biotecnologia Vegetal) - Universidade Federal de Lavras, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Eduardo Fernandes Formighieri;

Anete Pereira de Souza

Identificação e caracterização de genes e regiões genômicas relacionados à hidrólise de compostos lignocelulósicos em Trichoderma harzianum IOC-3844; 2019; Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Anete Pereira de Souza;

Manoel Teixeira Souza Júnior

CARACTERIZAÇÃO DE SÍTIOS POLIMÓRFICOS E SEQUÊNCIAS REPETITIVAS, E ESTABELECIMENTO DE COLEÇÃO NUCLEAR DE CAIAUÉ [Elaeis oleifera (Kunth) Cortés]; ; 2015; Dissertação (Mestrado em Biotecnologia Vegetal) - Universidade Federal de Lavras, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Manoel Teixeira Souza Junior;

Tatiana de Campos

Identificação de híbridos de amendoim forrageiro (Arachis pintoi) utilizando marcadores microssatélites; ; 2011; Iniciação Científica - Centro de Pesquisa Agroflorestal do Acre - Embrapa Acre, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Tatiana de Campos;

Alexandre Alonso Alves

Caracterização de sítios polimórficos e sequências repetitivas, e estabelecimento de coleção nuclear de Caiaué [Elaeis oleifera (kunth) Cortés]; 2015; Dissertação (Mestrado em Biotecnologia Vegetal) - Universidade Federal de Lavras, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Coorientador: Alexandre Alonso Alves;

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Produções bibliográficas

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  • SANTOS, CLELTON A. ; MORAIS, M. A. B. ; TERRETT, O. M. ; LYCZAKOWSKI, J. J. ; ZANPHORLIN, L. M. ; FERREIRA FILHO, JA ; TONOLI, C. C. C. ; MURAKAMI, M. T. ; DUPREE, P. ; SOUZA, A. P. . An engineered GH1 β-glucosidase displays enhanced glucose tolerance and increased sugar release from lignocellulosic materials.. Scientific Reports , v. 9, p. 4903, 2019.

  • BARNHILL, EMMALINE C. ; CRUCELLO, ALINE ; HOUSEROVA, DOMINIKA ; KING, VALERIA M. ; AMIN, SHIVAM V. ; ROBERTS, JUSTIN T. ; ZAMBRANO, MICHAEL E. ; DEMEIS, JEFFREY D. ; DAHMER, DONAVON J. ; IJAZ, ZARA ; BARCHIE, ADDISON A. ; WATTERS, BRIANNA C. ; PRUSAK, JAMES E. ; DEAN, MEGHAN A. ; HOLTON, NATHANIEL W. ; FERREIRA-FILHO, JAIRE A. ; SANT?ANA, ANDERSON S. ; SPECTOR, MICHAEL P. ; BORCHERT, GLEN M. . Characterization of novel small RNAs (sRNAs) contributing to the desiccation response of Salmonella enterica serovar Typhimurium. RNA Biology , v. 2019, p. 1, 2019.

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  • QUEIROZ, B. ; ALMEIDA, D. A. ; FERREIRA FILHO, JA ; MOTTA, M. L. L. ; SANTOS, C. A. ; SOUZA, A. P. . Identification and validation of endogenous genes for studies of gene expression in Trichoderma harzianum employing RT-qPCR.. In: 65º Congresso Brasileiro de Genética, 2019, Águas de Lindóia. Anais do 65º Congresso Brasileiro de Genética, 2019.

  • TANANDA, A. C. E. L. ; MOTTA, M. L. L. ; FERREIRA FILHO, JAIRE ALVES ; MELLO, R. R. ; ZANPHORLIN, L. M. ; SOUZA, A. P. ; SANTOS, C. A. . Identification and initial characterization of a hypothetical protein overexpressed by Trichoderma harzianum under biomass degradation.. In: 65º Congresso Brasileiro de Genética, 2019, Águas de Lindóia. Anais do 65º Congresso Brasileiro de Genética, 2019.

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  • FERREIRA FILHO, JA ; CRUCELLO, A. ; HORTA, M. A. C. ; SANTOS, C. A. ; SFORCA, D. A. ; SOUZA, A. P. . Identification and characterization genes and genomic regions of IOC-3844 Trichoderma harzianum related to hydrolysis of lignocellulosic compounds.. In: I Workshop Científico Interno do CBMEG, 2015, Campinas. Anais do I Workshop Científico Interno do CBMEG, 2015.

  • FORMIGHIERI, E. F. ; FERREIRA FILHO, JA ; SOUZA JUNIOR, M. T. ; RIOS, S. A. ; ALVES, A. A. . Designing of Elaeis oleifera core collections based in genome-wide SNP markers. In: 8º Congresso Brasileiro de Melhoramento de Plantas, 2015, Goiânia. Anais do 8º Congresso Brasileiro de Melhoramento de Plantas, 2015.

  • BRITO, L. S. ; FERREIRA FILHO, JA ; SOUZA, M. S. ; SOUZA JUNIOR, M. T. ; ALVES, A. A. ; FORMIGHIERI, E. F. . Towards the development and validation of high efficient pipeline to perform integrated analysis of repetitive regions in complex genomes. In: X-meeting - 11th International Conference, 2015, São Paulo. Anais do X-meeting - 11th International Conference, 2015.

  • SILVA, HSF ; FERREIRA FILHO, JA ; SOUZA, A. C. B. ; Assis, GML de ; CAMPOS, T. . Coleção nuclear de germoplasma de amendoin forrageiro. In: XXIV Seminário de Iniciação Científica da Universidade Federal do Acre, 2015, Rio Branco. Anais do XXIV Seminário de Iniciação Científica, 2015.

  • HORTA, M. A. C. ; CRUCELLO, A. ; SANTOS, C. A. ; FERREIRA FILHO, JA ; SOUZA, A. P. . Mechanism of genetic control at biomass hydrolisis reactions by Trichoderma harzianum degrading fungus. In: 6th European Conference on Prokaryotic and fungal genomics, 2015, Göttingen. Anais do 6th European Conference on Prokaryotic and fungal genomics, 2015.

  • ALVES, A. A. ; PEREIRA, V. M. ; FERREIRA FILHO, JA ; LEAO, A. P. ; FORMIGHIERI, E. F. ; SOUZA JUNIOR, M. T. ; RIOS, S. A. . Genetic Diversity Patterns and genetic structure among subpopulations of Elaeis oleifera based on genome wide SNP markers. In: 8º Congresso Brasileiro de Melhoramento de Plantas, 2015, Goiânia. Anais do 8º Congresso Brasileiro de Melhoramento de Plantas, 2015.

  • FERREIRA FILHO, JA ; SOUZA JUNIOR, M. T. ; ALVES, A. A. ; FORMIGHIERI, E. F. . Comparison of draft genome sequences of Elaeis oleifera generated using different platforms reveals that a cost-effective short-read approach can be used to effectively sample a large and complex plant genome. In: 60 Congresso Brasileiro de Genética, 2014, Guarujá. Anais de Eventos do 60 Congresso Brasileiro de Genética, 2014.

  • FERREIRA FILHO, JA ; SOUZA JUNIOR, M. T. ; ALVES, A. A. ; FORMIGHIERI, E. F. . Descoberta e caracterização genômica de marcadores PAVs e SNPs em Elaeis oleifera. In: I Encontro de Pesquisa e Inovação da Embrapa Agroenergia, 2014, Brasília. Anais do I Encontro de Pesquisa e Inovação da Embrapa Agroenergia, 2014.

  • Alves, JF ; OLIVEIRA, M. ; Oliveira, RS ; SILVA, HSF ; Teixeira, RB ; Lúcia Helena de Oliveira Wadt ; Assis, GML de ; CAMPOS, T. . Seleção de Híbridos de amendoim forrageiro (Arachis pintoi) utilizando marcadores microssatélite. In: IV Simpósio de Recursos Genéticos Vegetais da Bahia, 2012, Bahia. IV Simpósio de Recursos Genéticos Vegetais da Bahia, 2012.

  • CAMPOS, T. ; SILVA, HSF ; FERREIRA FILHO, JA ; OLIVEIRA, M. ; Teixeira, RB ; Assis, GML de . Molecular Diversity of Forage Peanut Using Microsatellite Markers. In: 58 Congresso Brasileiro de Genética, 2012, Foz do Iguaçu. Resumos do 58 Congresso Brasileiro de Genética, 2012.

  • Alves, JF ; BELTRAO, R. ; RAPOSO, A. ; OLIVEIRA, M. ; BARBOSA, E. ; CAMPOS, T. ; Gonçalves, RC . Molecular characterization of rubber tree clones (Hevea brasiliensis) using microsatellite markers. In: III Simpósio brasileiro de genética molecular de plantas, 2011, Bahia. Resumos do III Simpósio de Genética Molecular de Plantas, 2011.

  • BARBOSA, E. ; RAPOSO, A. ; BELTRAO, R. ; OLIVEIRA, M. ; CAMPOS, T. ; CABRAL, C. ; Alves, JF . Transferability of microsatellite markers of Theobroma cacao for Theobroma gladiflorum. In: III Simpósio de genética molecular de plantas, 2011, Ilhéus. III Simpósio de genética molecular de plantas, 2011.

  • Alves, JF ; Ana Áurea Almeida de Melo . Abordagem de grupos e interação social em sale de aula. In: V Simpósio Linguagens e Identidades na Amazônia Sul-Ocidental; IV Colóquio Internacional "As Amazônias, as Áfricas e as Áfricas na Pan-Amazônia" e XV Semana de Educação., 2011, Rio Branco. Caderno de Resumos do Simpósio Linguagens e Identidades, 2011.

  • Alves, JF ; OLIVEIRA, M. ; Oliveira, RS ; SILVA, HSF ; Teixeira, RB ; Assis, GML de ; CAMPOS, T. . Identificação de Híbridos de Arachis pintoi por Meio de Marcadores SSRs. In: Semana da Biologia UFAC- FAMETA, 2011, Rio Branco. Semana da Biologia UFAC-FAMETA 2011 "Desenvolvimento Sustentável", 2011.

  • FERREIRA FILHO, JA ; HORTA, M. A. C. ; ALMEIDA, D. A. ; MENDES, JULIANO SALES ; SOUZA, A. P. . Genomics Insights into Decipher Molecular Mechanisms of Plant Biomass Degradation in Trichoderma harzianum IOC3844. 2019. (Apresentação de Trabalho/Outra).

  • FERREIRA FILHO, JAIRE ALVES ; HORTA, M. A. C. ; SANTOS, C. A. ; ALMEIDA, D. A. ; MENDES, JULIANO SALES ; SOUZA, A. P. . Genomics insights into decipher molecular mechanisms of plant biomass degradation in Trichoderma harzianum IOC3844. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • FERREIRA FILHO, JA ; HORTA, M. A. C. ; BELOTI, L. L. ; SANTOS, C. A. ; SOUZA, A. P. . TRICHODERMA HARZIANUM CAZYMES: IN SILICO ANALYSIS FOR THE BIOPROSPECTION OF KEY ENZYMES FOR THE BIOMASS DEGRADATION. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • FERREIRA FILHO, JA ; HORTA, M. A. C. ; SANTOS, C. A. ; ALMEIDA, D. A. ; SOUZA, A. P. . Composition and Structure of the Genomic Regions Related to Plant Biomass Degradation in Trichoderma harzianum. 2017. (Apresentação de Trabalho/Outra).

  • FERREIRA FILHO, JA ; HORTA, M. A. C. ; BELOTI, L. L. ; SANTOS, C. A. ; SOUZA, A. P. . Annotation of the Carbohydrate Active Enzymes (CAZy) proteins in Trichoderma harzianum. 2016. (Apresentação de Trabalho/Outra).

  • FERREIRA FILHO, JA ; CRUCELLO, A. ; HORTA, M. A. C. ; SANTOS, C. A. ; SFORCA, D. A. ; SOUZA, A. P. . I Workshop Científico Interno do CBMEG. 2015. (Apresentação de Trabalho/Outra).

  • FERREIRA FILHO, JA ; SOUZA JUNIOR, M. T. ; ALVES, A. A. ; FORMIGHIERI, E. F. . Comparison of draft genome sequences of Elaeis oleifera generated using different platforms reveals that a cost-effective short-read approach can be used to effectively sample a large and complex plant genome. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • FERREIRA FILHO, JA ; SOUZA JUNIOR, M. T. ; ALVES, A. A. ; FORMIGHIERI, E. F. . Descoberta e caracterização genômica de marcadores PAVs e SNPs em Elaeis oleifera.. 2014. (Apresentação de Trabalho/Outra).

  • FERREIRA FILHO, JA ; SILVA, HSF ; Assis, GML de ; CAMPOS, T. . Caracterização da Diversidade Genética de Genitores de Amendoim Forrageiro Por Meio de Marcadores Microssatélites. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • FERREIRA FILHO, JA ; OLIVEIRA, M. ; Assis, GML de ; CAMPOS, T. . Certificação Molecular de Hibridação Intraespecífica em Amendoim Forrageiro por Meio de Marcadores SSRs. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • Alves, JF ; BELTRAO, R. ; RAPOSO, A. ; OLIVEIRA, M. ; BARBOSA, E. ; CAMPOS, T. . Molecular Characterization of Rubber Tree Clones (Hevea brasiliensis) Using Microsatellite Markers. 2011. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

  • Alves, JF ; OLIVEIRA, M. ; Oliveira, RS ; SILVA, HSF ; BELTRAO, R. ; Assis, GML de ; CAMPOS, T. . Identificação de Híbridos de Arachis pintoi por Meio de Marcadores SSRs. 2011. (Apresentação de Trabalho/Outra).

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Outras produções

CAMPOS, T. ; SILVA, HSF ; OLIVEIRA, J. C. ; FERREIRA FILHO, JA ; Teixeira, RB ; SILVA, L. M. . Protocolo para Identificação de Híbridos de Amendoim Forrageiro Utilizando Marcador Molecular Microssatélite. 2016.

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Projetos de pesquisa

  • 2019 - Atual

    Elucidação de mecanismos genéticos envolvidos na hidrólise de biomassa vegetal por meio de genômica funcional, Descrição: O gênero Trichoderma é de grande importância biotecnológica devido, à capacidade, que os fungos deste grupo apresentam na degradação de substratos celulósicos e geração de açúcares livres, que podem por sua vez ser explorados para a produção de biocombustível, com especial atenção para a bioetanol. Neste contexto o presente projeto tem como principal objetivo realizar um estudo sistemático focando no genoma funcional de diferentes espécies pertencentes ao gênero Trichoderma, incluindo: T. harzianum IOC-3844, T. harzianum CBMAI-0179, T. reesei CBMAI-0711 e T. atroviride CBMAI-0020, visando estabelecer as bases genéticas relacionadas com a eficácia do metabolismo de carboidratos. Para isso, dados de genômica estrutural gerados por meio da construção de bibliotecas de BACs especificas para cada linhagem serão correlacionados com dados de RNA-Seq dos fungos crescidos em condições de degradação de biomassa a fim de analisar o nível de expressão/regulação dos genes alvos. Com os resultados de expressão gênica, redes de co-regulação gênica serão construídas, uma vez que estas evidenciam quais as relações de regulação entre os diferentes genes. Uma vez obtidas essas redes, a busca por genes alvo será realizada a fim de identificar genes candidatos a ação de fatores de transcrição relacionados a vias de catabolismo de carboidratos, afim de buscar por mecanismos/genes comuns compartilhados entre as espécies. Ademais, pretende-se caracterizar bioquimicamente esses gene-alvos com estudos de expressão hieróloga de proteínas. Dessa forma, o presente estudo propõe adicionar novas informações quanto ao mecanismo genético relacionado ao processo de degradação de biomassa em Trichoderma spp., permitindo a identificação de genes chave para o desenvolvimento/melhoria de coquetéis enzimáticos destinados a produção de bioetanol.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jaire Alves Ferreira Filho - Integrante / SOUZA, ANETE P. - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2019 - Atual

    Organização e integração de dados de larga escala para estudo das dinâmicas de expressão de MAP quinases do fungo Aspergillus fumigatus em diversas condições genéticas e ambientais, Descrição: A bioinformática é um campo em expansão que requer ferramentas computacionais de alto desempenho para análise do imenso volume de dados gerados. De maneira a questionar o comportamento de diversos genes em condições ambientais e genéticas variadas, assim como entender suas relações com outros reguladores importantes, a integração, visualização e padronização destes dados se faz necessária. A. fumigatus apresenta um grande volume de dados de transcritômica, proteômica e genômica disponíveis tanto em bancos públicos como em nosso laboratório. Adicionalmente, diversos scripts precisam ser constantemente desenvolvidos para formatação e tratamento de dados provenientes dos estudos na bancada. Outro aspecto a ser abordado será o estabelecimento de relações filogenéticas entre isolados clínicos e linhagens selvagens, de maneira a destacar os componentes genéticos importantes para origem de virulência nos isolados clínicos. Deste modo, o candidato a bolsa de TT-5 será responsável pelo estabelecimento de pipelines de análise de dados de transcritoma, proteoma e genoma utilizando linguagens como R e Python, bem como ferramentas de bioinformática aplicadas às áreas de estudo. A visualização e integração dos dados já gerados pelo laboratório será realizada utilizando o software Gaggle Genome Browser ou, alternativamente, o Jbrowse, que pode ser usado no navegador. A coleta e processamento de dados públicos de transcritoma de A. fumigatus e A. nidulans serão realizados utilizando dados já depositados no banco de dados Sequencing Read Archive (SRA) do NCBI. Os pontos críticos da bioinformática serão a análise estatística coerente dos dados e a eficiência dos algoritmos desenvolvidos para execução dessas análises.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jaire Alves Ferreira Filho - Integrante / Gustavo Henrique Goldman - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2016 - 2018

    Estudo de regiões genômicas de Trichoderma harzianum associadas ao controle da expressão de enzimas envolvidas na degradação de biomassa, Descrição: O estudo da constituição do genoma e das atividades de regulação da expressão gênica do fungo Trichoderma harzianum fornecerá informações importantes sobre os mecanismos genéticos de degradação de biomassa que o fungo utiliza, informações estas que poderão ser utilizadas para outras espécies de fungos filamentosos com potencial para a biodegradação. Desta maneira propõe-se neste projeto a análise de regiões genômicas do Trichoderma harzianum envolvidas com a degradação de celulose e hemicelulose e o estudo de genes e sequencias genômicas relacionados com a regulação e expressão gênica das enzimas que promovem degradação de compostos lignocelulósicos. Estudos anteriores do nosso grupo determinaram o transcriptoma do fungo em condições de biodegradação, através de sequenciamento de nova geração, anotação dos genes e determinação dos níveis de expressão dos genes relacionados à degradação, em especial das frações celulósica e hemicelulósica. Resultados recentes do grupo obtidos pelo sequenciamento de clones BACs (Bacterial Artificial Chromosome) determinaram a existência de regiões genômicas que contém grupos de genes envolvidos na degradação da biomassa, bem como seus prováveis genes acessórios e as respectivas sequências responsáveis pela regulação de sua transcrição. A extensão dos estudos associados aos resultados recentemente obtidos pelo nosso grupo trará grande impacto nas descobertas da regulação e expressão dos genes responsáveis pela biodegradação em T. harzianum. Desta maneira, o próximo passo é a análise e determinação dos mecanismos de regulação da expressão gênica, proposto neste projeto. Para o estudo pretende-se proceder à fermentação de outras linhagens de T. harzianum (CBMAI 0020 e CBMAI 0179) e Trichoderma reesei, determinar o transcriptoma e o exoproteoma das fermentações. Em seguida, determinar os genes expressos potencialmente envolvidos nas reações de degradação por meio de análise da transcrição global e analisar a estrutura genômica (sequencias, genes e motifs) presente em regiões do genoma de T. harzianum IOC3844 comparativamente com as linhagens CBMAI 0020, CBMAI 0179 e T. reesei (CBMAI 711). Esta análise será realizada através da anotação das sequências de BACs previamente selecionadas a partir da biblioteca de BACs já existente no laboratório (para linhagem IOC3844) e de outras duas bibliotecas reduzidas a serem construídas para as linhagens CBMAI 0020 e CBMAI 0179. Desta forma, por meio da análise das diferenças na expressão entre os genes, proteínas presentes no exoproteoma e perfil do transcriptoma das diferentes linhagens, espera-se identificar elementos nas sequências de BACs das três diferentes linhagens que possam responder pela diferença na expressão gênica.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jaire Alves Ferreira Filho - Integrante / Maria Augusta Crivelente Horta - Integrante / Clelton Aparecido dos Santos - Integrante / Anete Pereira de Souza - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2014 - 2016

    DendePalm - Estratégias Genômicas e Agregação de Valor para a Cadeia Produtiva do Dendê., Descrição: O projeto DendePalm - Estratégias Genômicas e Agregação de Valor para a Cadeia Produtiva do Dendê tem como objetivo principal viabilizar o projeto de médio prazo (10 a 12 anos) de pesquisa, desenvolvimento e inovação (PD&I) do Programa de Produção Sustentável de Palma de Óleo na Embrapa e no SNPA. Este projeto foca no avanço da caracterização dos recursos genéticos disponíveis para o Programa de Melhoramento Genético de Palma de Óleo, com enfoque especial em genômica de Caiaué; no escalonamento dos protocolos de clonagem in vitro já desenvolvidos pela Embrapa, com vistas a atender em curto prazo (2 anos) as demandas do programa de melhoramento genético, e em médio prazo as demandas da iniciativa privada que desejar investir na produção de mudas in vitro de palma de óleo em larga escala; e em viabilizar economicamente a cadeia produtiva de dendê abordando questões relacionadas ao desenvolvimento de produtos de maior valor agregado, em especial ao aproveitamento de co-produtos e resíduos, contribuindo simultaneamente para minorar a geração de poluentes. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jaire Alves Ferreira Filho - Integrante / Manoel Teixeira Souza Júnior - Coordenador.

Histórico profissional

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Endereço profissional

  • Universidade de São Paulo, Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto. , Faculdade de Odontologia de Ribeirão Preto - USP, Vila Monte Alegre, 14040904 - Ribeirão Preto, SP - Brasil, Telefone: (16) 6024280

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Experiência profissional

  • 2019 - 2019

    Universidade de São Paulo

    Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Bolsita TT-V FAPESP, Carga horária: 40

  • 2015 - 2019

    Universidade Estadual de Campinas

    Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Aluno de Doutorado, Regime: Dedicação exclusiva.

    Outras informações:
    Aluno de Doutorado em Genética e Biologia Molecular

  • 2013 - 2015

    Universidade Federal de Lavras

    Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsista de Mestrado, Regime: Dedicação exclusiva.

    Outras informações:
    Aluno de Mestrado no Programa de Pós-graduação em Biotecnologia Vegetal.

  • 2012 - 2013

    Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior

    Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 20

    Outras informações:
    Esse projeto visa o desenvolvimento da docência no Brasil através da inserção de alunos de graduação em licenciatura em escolas públicas de modo a aprimorar a pratica docente em sala de aula.

  • 2011 - 2012

    Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária

    Vínculo: Bolsista PIBIC, Enquadramento Funcional: Estagiario, Carga horária: 20

    Outras informações:
    Identificação de hibridos em cruzamentos de amendoim forrageiro (Arachis pintoi) através de marcadores microssatélites sob orientação da Pesquisadora Tatiana de Campos.

  • 2010 - 2011

    Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária

    Vínculo: Estagiario, Enquadramento Funcional: Pesquisa, Carga horária: 20

    Outras informações:
    Estágio junto à área de Pesquisa e Desenvolvimento, Setor de Fitopatologia e Patologia Florestal, no periodo de 28.06.2012 a 23.12.2011, cumprindo carga horária total de 1064 (mil e sessenta e quatro) horas. Atividades desenvolvidas: Treinamento para uso de software para digitação e análise de dados de pesquisa; Treinamento para o acompanhamento dos processos de pesquisa em andamento no setor de Fitopatologia; Treinamento em uso de equipamentos, vidrarias, utensílios e EPIs em Laboratório de Fitopatologia; Treinamento teórico e prático em técnicas de Fitopatologia; Treinamento em coleta de dados de pesquisa em laboratório, casa de vegetação e campo.

  • 2019 - 2019

    Delinea

    Vínculo: Colaborador externo, Enquadramento Funcional: Professor conteudista, Carga horária: 4

  • 2019 - Atual

    Secretaria da Educação de Goiás

    Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Nível III, Carga horária: 40