Felipe ten Caten

Possui Doutorado em Bioinformática pela Universidade de São Paulo e graduação em Ciências Biológicas pela Universidade Federal de Santa Maria. Tem experiência na geração e análise de dados de expressão gênica em larga escala através de metodologias NGS. Durante seu doutorado trabalhou na análise de transcritomas de microorganismos através de abordagens computacionais e experimentais, realizando a integração de dados de mapeamento de inícios de transcrição, sítios de interação a fatores de transcrição e análise de expressão diferencial em busca de novos transcritos. Atualmente trabalha na análise da resposta transcricional em pacientes com casos severos de Dengue e Chikungunya, identificando biomarcadores que permitam a classificação precoce desses casos.

Informações coletadas do Lattes em 24/06/2020

Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em Bioinformática

2011 - 2017

Universidade de São Paulo
Título: A transcrição pervasiva na archaea Halobacterium salinarum NRC-1 e a identificação de novos transcritos
Tie Koide. Coorientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio. Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioquímica dos Microorganismos. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.

Graduação em Ciências Biológicas

2007 - 2010

Universidade Federal de Santa Maria
Título: Ensaios de mobilização do elemento de transposição relic hobo-va
Orientador: Elgion Lucio da Silva Loreto
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.

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Formação complementar

2011 - 2011

VII Curso de Verão em Bioinformática. (Carga horária: 70h). , Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

2008 - 2008

Do tubo de ensaio ao computador. (Carga horária: 8h). , Universidade Federal de Santa Maria, UFSM, Brasil.

2008 - 2008

A Redação Científica e a Publicação. (Carga horária: 40h). , Universidade Federal de Santa Maria, UFSM, Brasil.

2007 - 2007

Introdução à Bioinformática. (Carga horária: 8h). , Universidade Federal de Santa Maria, UFSM, Brasil.

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Idiomas

Bandeira representando o idioma Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

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Áreas de atuação

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioquímica dos Microorganismos.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular/Especialidade: Bioinformática.

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Organização de eventos

TEN-CATEN, F. . XVII Encontro de Geneticistas do Rio Grande do Sul. 2010. (Outro).

TEN-CATEN, F. . II Simpósio de Biodiversidade. 2009. (Congresso).

TEN-CATEN, F. . I Simpósio de Biodiversidade. 2007. (Congresso).

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Participação em eventos

Biology of bacterial non-coding RNAs.RNA-seq signal processing to improve ncRNAs detection. 2014. (Simpósio).

Computational RNA Biology.Transcription Start Site (TSS) annotation in the extremophyle archaeon Halobacterium salinarum NRC-1. 2014. (Outra).

X-meeting/BSB 2013 Conference.Automated detection of transcript start site (TSS) in dRNA-seq data. 2013. (Simpósio).

8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-Meeting.RNA-seq signal processing to find new regulatory elements in transcriptomes.. 2012. (Simpósio).

56 Congresso Brasileiro de Genética. 2010. (Congresso).

UNITIG 2010 - Novas tecnologias em análise e sequenciamento de ácidos nucléicos. 2010. (Encontro).

VI Simpósio de Ecologia, Genética e Evolução de Drosophila. 2009. (Simpósio).

XXI Semana Acadêmica de Biologia. 2008. (Outra).

XXVII Congresso Brasileiro de Zoologia. 2008. (Congresso).

I Simpósio Regional de Atualização em Terapia Regenerativa com Células-Tronco. 2007. (Simpósio).

XX Semana Acadêmica do Curso de Ciências Biológicas. 2007. (Outra).

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Comissão julgadora das bancas

Helder Takashi Imoto Nakaya

KOIDE, T.; CRUZ, A. K.; MARQUES, M. V.;NAKAYA, HELDERI.; PINHEIRO, D. G.. A transcrição pervasiva na archaea Halobacterium salinarum NRC-1 e a identificação de novos transcritos. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Daniel Guariz Pinheiro

KOIDE, T.; NAKAYA, H. T. I.;CRUZ, A. K.; MARQUES, M. V.;PINHEIRO, D. G.. A transcrição pervasiva na archaea Halobacterium salinarum NRC-1 e a identificação de novos transcritos. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

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Foi orientado por

Tie Koide

A transcrição pervasiva na archaea Halobacteriu salinarum NRC-1 e a identificação de novos transcritos; 2011; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Tie Koide;

Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio

A transcrição pervasiva na archaea Halobacterium salinarum NRC-1 e a identificação de novos transcritos; 2017; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Coorientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio;

Helder Takashi Imoto Nakaya

Início: 2019; Universidade de São Paulo, Fundação da Medicina USP;

ELGION LUCIO DA SILVA LORETO

Ensaios de mobilização do elemento de transposição relic hobova; 2011; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Santa Maria, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Elgion Lucio da Silva Loreto;

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Produções bibliográficas

  • DE ALMEIDA, JOÃO PAULO PEREIRA ; VÊNCIO, RICARDO Z. N. ; LORENZETTI, ALAN P. R. ; CATEN, FELIPE TEN- ; GOMES-FILHO, JOSÉ VICENTE ; KOIDE, TIE . The Primary Antisense Transcriptome of Halobacterium salinarum NRC-1. Genes , v. 10, p. 280, 2019.

  • DINIZ, AUGUSTO L. ; FERREIRA, SÁVIO S. ; TEN-CATEN, FELIPE ; MARGARIDO, GABRIEL R.A. ; DOS SANTOS, JOÃO M. ; BARBOSA, GERALDO V. DE S. ; CARNEIRO, MONALISA S. ; SOUZA, GLAUCIA M. . Genomic resources for energy cane breeding in the post genomics era. COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL , v. 17, p. 1404-1414, 2019.

  • SOUZA, GLAUCIA MENDES VANSLUYS, MARIE-ANNE LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI LEE, HAYAN MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES HOTTA, CARLOS TAKESHI GAIARSA, JONAS WEISSMANN DINIZ, AUGUSTO LIMA OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS FERREIRA, SÁVIO DE SIQUEIRA NISHIYAMA, MILTON YUTAKA TEN-CATEN, FELIPE RAGAGNIN, GEOVANI TOLFO ANDRADE, PABLO DE MORAIS DESOUZA, ROBSON FRANCISCO NICASTRO, GIANLUCCA GONÇALVES PANDYA, RAVI KIM, CHANGSOO GUO, HUI DURHAM, ALAN MITCHELL CARNEIRO, MONALISA SAMPAIO ZHANG, JISEN ZHANG, XINGTAN ZHANG, QING MING, RAY , et al. SCHATZ, MICHAEL C DAVIDSON, BOB PATERSON, ANDREW H HECKERMAN, DAVID ; Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GigaScience , v. 8, p. 1?18, 2019.

  • TEN-CATEN, FELIPE ; VÊNCIO, RICARDO Z. N. ; LORENZETTI, ALAN PÉRICLES R. ; ZARAMELA, LIVIA SOARES ; SANTANA, ANA CAROLINA ; KOIDE, TIE . Internal RNAs overlapping coding sequences can drive the production of alternative proteins in archaea. RNA Biology , v. 15, p. 1-14, 2018.

  • ZARAMELA, LIVIA S. ; VÊNCIO, RICARDO Z. N. ; TEN-CATEN, FELIPE ; BALIGA, NITIN S. ; KOIDE, TIE . Transcription Start Site Associated RNAs (TSSaRNAs) Are Ubiquitous in All Domains of Life. Plos One , v. 9, p. e107680, 2014.

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Projetos de pesquisa

  • 2009 - 2010

    Elementos transponíveis em populações naturais de Drosophila simulans, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Felipe ten Caten - Integrante / Élgion Lúcio da SIlva Loreto - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

  • 2008 - 2009

    Elementos P relics nos genomas de espécies neotropicais de Drosophila, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Felipe ten Caten - Integrante / Élgion Lúcio da SIlva Loreto - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

Histórico profissional

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Endereço profissional

  • Universidade de São Paulo, Reitoria, Centro de Inovação - INOVA USP. , Avenida Professor Lúcio Martins Rodrigues, 370 - Bloco C - 4º Andar - CSBL, Butantã, 05508020 - São Paulo, SP - Brasil, Telefone: (11) 26481130, URL da Homepage: