Fernando Bruno da Silva

Atual discente de Doutorado do Programa de Pós-Graduação em Biofísica Molecular na UNESP/IBILCE (2017-). Mestre em Biofísica Molecular pelo Programa de Pós-Graduação em Biofísica Molecular na UNESP/IBILCE (2015-2017). Bacharel em Física Biológica pela UNESP/IBILCE (2010-2015). Atualmente trabalha no estudo do enovelamento de proteínas e dos efeitos cooperativos não-nativos no enovelamento.

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Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em andamento em Biofísica Molecular

2017 - Atual

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho
Vitor Barbanti Pereira Leite. Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.

Mestrado em Biofísica Molecular

2015 - 2017

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho
Título: Compreendendo a Cinética de Enovelamento da alfa-Espectrina por meio de Interações Não Nativas,Ano de Obtenção: 2017
Vitor Barbanti Pereira Leite.Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: Modelo Baseado em Estrutura; Atrito Interno; Interações Eletrostáticas; Interações Hidrofóbicas.Grande área: Ciências Biológicas

Graduação em Física Biológica

2010 - 2015

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho
Título: Dinâmica de defeitos topológicos em cristais coloidais bidimensionais.
Orientador: Prof. Dr Vitor Barbanti Pereira Leite
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.

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Formação complementar

2019 - 2019

IV Advanced School on Biomolecular Simulation: Rosetta. (Carga horária: 40h). , Fundação Oswaldo Cruz - Pernambuco, FIOCRUZ - PE, Brasil.

2016 - 2016

Introductory School on Parallel Programming and Parallel Architecture. (Carga horária: 80h). , International Centre For Theoretical Physics, ICTP, Itália.

2016 - 2016

Cálculo de Modos Normais em Proteínas. (Carga horária: 6h). , Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.

2016 - 2016

Cálculos híbridos (QM/MM). (Carga horária: 3h). , Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.

2016 - 2016

Métodos de Aprendizagem de Máquina: Teoria e Prática. (Carga horária: 6h). , Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.

2015 - 2015

Biophysics Course of the Sociedade Brasileira de Biofísica. (Carga horária: 20h). , Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ, Brasil.

2014 - 2014

Extensão universitária em Introdução à RMN de Biomoléculas em Solução - Bio. Estrut. - Estrut. Prot.. (Carga horária: 30h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

2013 - 2013

Introdução à Bioinformática.. (Carga horária: 8h). , Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária, EMBRAPA, Brasil.

2011 - 2011

Extensão universitária em Curso de Verão em Biofísica Molecular. (Carga horária: 38h). , Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

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Idiomas

Bandeira representando o idioma Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Bandeira representando o idioma Espanhol

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Bandeira representando o idioma Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

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Organização de eventos

Chahine, J. ; LEITE, V. B. P. ; SILVA, F. B. ; Marques, L.C. ; Cardoso, B. ; Fonseca, G. ; Pezzotti, M. ; DIAS, R. V. R. . VI Semana da Física. 2017. (Outro).

de ARAUJO, A. S. ; SILVA, F. B. ; RUIZ, W. D. ; SILVA, I. O. ; MARTINS, I. B. ; OLIVEIRA JUNIOR, A. B. . VIII Semana da Física Biológica. 2011. (Outro).

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Participação em eventos

2nd Symposium on Current Topics in Molecular Biophysics.Cooperative Effects in the R15, R16, and R17 α-Spectrin Domains. 2018. (Simpósio).

XLIII Congresso da Sociedade Brasileira de Biofísica. Speeding Up Protein Folding by Non-Native Cooperative Effects. 2018. (Congresso).

III Escola de Biofísica Molecular - Uma abordagem interdisciplinar do sistema biológico. The Internal Friction in the R15, R16, and R17 Domains of alpha-Spectrin May be Explain by Non-Native Interactions.. 2017. (Congresso).

IV Escola Brasileira de Modelagem Molecular. The Internal Friction in the R15, R16, and R17 Domains of alpha-Spectrin May be Explain by Non-Native Interactions.. 2017. (Congresso).

Physics and Biology of Proteins.May Non-native Interactions Explain the Folding Rate Differences in the R15, R16, and R17 Domains?. 2017. (Encontro).

VIII Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. How Well Do Structure-Based Models May Explain the Folding of R15, R16, and R17 Spectrin Domains?. 2016. (Congresso).

XL Annual Meeting of the Sociedade Brasileira de Biofísica. Analysis of internal friction effect in the R15, R16 and R17 domains of the chicken brain alpha spectrin. 2015. (Congresso).

2° Escola de Biofísica Molecular: Ressonância Magnética Nuclear aplicada à Biofísica das Moléculas da Vida: Uma abordagem experimental, teórica e computacional.. 2014. (Outra).

XXVI Congresso de Iniciação Científica da UNESP. Estudo de defeitos em cristais bidimensionais por simulações computacionais.. 2014. (Congresso).

4º Encontro da rede nBioNet: Film and Sensors. 2013. (Congresso).

XXV Congresso de Iniciação Científica da UNESP. 2013. (Congresso).

3º Encontro da rede nBioNet: Film and Sensors. 2012. (Congresso).

Dia da Graduação "Profa. Dra. Maria Antonia Granville". 2012. (Outra).

II Conferência USP em Nanotecnologia. 2012. (Congresso).

Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática. 2011. (Simpósio).

II Encontro do CICC sobre Ciência, Divulgação e Alfabetização Científica. 2010. (Outra).

VII Semana da Física Biológica. 2010. (Outra).

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Participação em bancas

LEITE, V. B. P.; MELO, F.A.;BRUNO DA SILVA, FERNANDO. Exame de ingresso no Mestrado (P.P.G. Biofísica Molecular - IBILCE). 2018. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

de ARAUJO, A. S.; SOUZA, F. P.;BRUNO DA SILVA, FERNANDO. Exame de ingresso no Doutorado (P.P.G. Biofísica Molecular - IBILCE). 2018. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

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Comissão julgadora das bancas

Alexandre Suman de Araujo

de ARAUJO, A. S.. Topologia de Dinâmicas de Defeitos em Cristais Coloidais Bidimensionais. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Jorge Chahine

Leite, Vitor  CARVALHO, S. J.;CHAHINE, J.. Estudo do Enovelamento da espectrina utilizando o modelo baseado em estrutura. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Leandro Cristante de Oliveira

LEITE, Vitor Barbanti Pereira; ARAUJO, A. F. P.;Oliveira, Leandro C.. Compreendendo a cinética de enovelamento da alfa-esprectrina por meio de interações não nativas. 2017. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Sidney Jurado de Carvalho

LEITE, V. B. P.;de Carvalho, S. J.; CHAHINE, J.. Estudo do Enovelamento da Espectrina Utilizando Modelos Baseados em Estrutura. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Biofísica Molecular) - IBILCE-UNESP.

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Foi orientado por

Sidney Jurado de Carvalho

Aplicações do Cálculo Diferencial e Integral em Física Básica; 2010; Orientação de outra natureza; (Física Biológica) - IBILCE-UNESP, Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas - UNESP; Orientador: Sidney Jurado de Carvalho;

Vitor Barbanti Pereira Leite

Estudo dos estados meta-estáveis protéicos por simulações computacionais utilizando modelos simplificados; Início: 2017; Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Vitor Barbanti Pereira Leite

Compreendendo a Cinética de Enovelamento da alfa-Espectrina por meio de Interações Não Nativas; 2017; Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Vitor Barbanti Pereira Leite;

Vitor Barbanti Pereira Leite

Dinâmica de defeitos topológicos em cristais coloidais bidimensionais; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Vitor Barbanti Pereira Leite;

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Produções bibliográficas

  • DE OLIVEIRA, VINÍCIUS M. ; CAETANO, DANIEL L. Z. ; DA SILVA, FERNANDO B. ; MOURO, PAULO R. ; DE OLIVEIRA, ANTONIO B. ; DE CARVALHO, SIDNEY J. ; LEITE, VITOR B. P. . pH and Charged Mutations Modulate Cold Shock Protein Folding and Stability: A Constant pH Monte Carlo Study. Journal of Chemical Theory and Computation , v. 16, p. 765-772, 2019.

  • MARTINS DE OLIVEIRA, VINÍCIUS ; GODOI CONTESSOTO, VINÍCIUS DE ; BRUNO DA SILVA, FERNANDO ; ZAGO CAETANO, DANIEL LUCAS ; JURADO DE CARVALHO, SIDNEY ; PEREIRA LEITE, VITOR BARBANTI . Effects of pH and Salt Concentration on Stability of a Protein G Variant Using Coarse-Grained Models. BIOPHYSICAL JOURNAL , v. 114, p. 65-75, 2018.

  • B. DA SILVA, FERNANDO ; CONTESSOTO, VINÍCIUS G. ; MARTINS DE OLIVEIRA, VINÍCIUS M. ; CLARKE, JANE ; LEITE, VITOR B.P. . Non-Native Cooperative Interactions Modulate Protein Folding Rates. JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B , v. 122, p. 10817-10824, 2018.

  • SILVA, F. B. ; CONTESSOTO, V. G. ; LEITE, V. B. P. . Analysis of internal friction effect in the R15, R16 and R17 domains of the chicken brain alpha spectrin.. In: XL Annual Meeting of the Sociedade Brasileira de Biofísica, 2015, Rio de Janeiro. Revista do XL Annual Meeting of the Sociedade Brasileira de Biofísica., 2015.

  • SILVA, F. B. ; CARVALHO, S. J. ; LEITE, V. B. P. . Estudo de defeitos em cristais bidimensionais por simulações computacionais.. In: XXVI Congresso de Iniciação Científica da UNESP, 2014, São José do Rio Preto. Trabalhos Apresentados na 1ª Fase do XXVI CIC, 2014. p. 1-219.

  • SILVA, F. B. ; CARVALHO, S. J. ; LEITE, V. B. P. . Topologia de dinânamica de defeitos em cristais coloidais bidimensionais.. In: WORKSHOP DA REDE NBIONET 2013, 2013, São Pedro/SP. 4º Encontro da rede nBionet: Films and Sensors, 2013. p. 1-60.

  • BRUNO DA SILVA, FERNANDO ; LEITE, V. B. P. . Studying Protein Metastable States Using Coarse-Grained Computational Models. 2019. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SILVA, F. B. ; CONTESSOTO, V. G. ; MARTINS DE OLIVEIRA, VINÍCIUS ; Clarke, J. ; LEITE, V. B. P. . Cooperative Effects in the R15, R16, and R17 α-Spectrin Domains. 2018. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

  • CONTESSOTO, V. G. ; OLIVEIRA, V. M. ; SILVA, F. B. ; CAETANO, D. L. Z. ; CARVALHO, S. J. ; LEITE, V. B. P. . Protein Folding at Constant pH: Salt concentration and pH changing protein stability. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • SILVA, F. B. ; GODOI CONTESSOTO, VINÍCIUS DE ; MARTINS DE OLIVEIRA, VINÍCIUS ; CAMPOS, L. A. ; Clarke, J. ; MUNOZ, V. ; LEITE, V. B. P. . Speeding Up Protein Folding by Non-Native Cooperative Effects. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • BRUNO DA SILVA, FERNANDO ; GODOI CONTESSOTO, VINÍCIUS DE ; MARTINS DE OLIVEIRA, VINÍCIUS ; Clarke, J. ; PEREIRA LEITE, VITOR BARBANTI . May Non-native Interactions Explain the Folding Rate Differences in the R15, R16, and R17 Domains?. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • BRUNO DA SILVA, FERNANDO ; GODOI CONTESSOTO, VINÍCIUS DE ; MARTINS DE OLIVEIRA, VINÍCIUS ; Clarke, J. ; PEREIRA LEITE, VITOR BARBANTI . The Internal Friction in the R15, R16, and R17 Domains of alpha-Spectrin May be Explain by Non-Native Interactions. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • SILVA, F. B. ; CONTESSOTO, V. G. ; LEITE, V. B. P. . How Well Do Structure-Based Models May Explain the Folding of R15, R16, and R17 Spectrin Domains?. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • SILVA, F. B. ; CONTESSOTO, V. G. ; LEITE, V. B. P. . Analysis of internal friction effect in the R15, R16 and R17 domains of the chicken brain alpha spectrin. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • SILVA, F. B. ; CARVALHO, S. J. ; LEITE, V. B. P. . Estudo de Defeitos em Cristais Bidimensionais por Simulações Computacionais.. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • SILVA, F. B. ; CARVALHO, S. J. ; LEITE, V. B. P. . Estudo de Defeitos em Cristais Coloidais Bidimensionais com Emprego do Método de Monte Carlo. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

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Outras produções

SILVA, F. B. . Parecerista de Apresentação de Trabalhos no XXIX Congresso de Iniciação Coentífica da UNESP. 2017.

SILVA, F. B. . Membro do Comitê Científico e Avaliador dos Trabalhos Apresentados na 1ª Fase do XXIX Congresso de Iniciação Científica da Unesp. 2017.

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Projetos de pesquisa

  • 2017 - Atual

    Estudo dos estados metaestáveis de proteínas usando modelos computacionais simplificados, Descrição: Durante o processo de enovelamento, a proteína pode assumir diferentes rotas de enovelamento, compostas por sucessivos estados intermediários, até atingir seu estado nativo. Para algumas proteínas, os estados intermediários são bem caracterizados, enquanto que para outras, esses estados não são observados. No caso da proteína Im7, seu estado intermediário é altamente populado, enquanto que sua homologa, Im9, apresenta somente dois estados: o estado desenovelado e o nativo. Este projeto tem como objetivo explorar e caracterizar os estados intermediários em diferentes pHs e concentrações de sal. Este estudo será realizado por meio de simulações computacionais utilizando modelos minimalistas baseados em estrutura, em que potenciais eletrostáticos e potenciais que mimetizam os efeitos hidrofóbicos poderão ser adicionados separadamente. As análises serão feitas por meio do método WHAM. Para obtenção de variáveis termodinâmicas, onde, posteriormente, serão calculados os valores-Φ, a rota de enovelamento e por fim, a visualização bidimensional das rotas.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . , Integrantes: Fernando Bruno da Silva - Integrante / LEITE, VITOR B.P. - Coordenador.

  • 2015 - 2017

    Compreendendo a Cinética de Enovelamento da Φ-Espectrina por meio de Interações Não Nativas, Descrição: O objetivo deste trabalho foi caracterizar o atrito interno que são evidenciados nos domínios R15, R16 e R17 da chicken brain Φ-Espectrina. A Espectrina é uma proteína que faz parte do citoesqueleto e foi descoberta primeiramente em eritrócitos, sendo importante para manter a estabilidade, estrutura e forma da membrana celular. Esta proteína é composta de duas subunidades, Φ e β, sendo que cada um dos domínios presentes nestas subunidades apresentam 106 aminoácidos. Além disso, estes domínios apresentam alta similaridade estrutural (RMSD < 1 A) e os resultados experimentais indicam que o domínio R15 apresenta um tempo de enovelamento que é três ordens de grandeza menor que seus homólogos (R16 e R17), esta observação foi atribuída aos efeitos do atrito interno na taxa de enovelamento. Portanto, neste trabalho foi estudado o enovelamento do R15, R16 e R17 utilizando o modelo baseado em estrutura Φ. Em nossas simulações, além das interações homogêneas para os contatos nativos (conhecido como modelo vanilla), foi adicionado um potencial atrativo para as interações não nativas hidrofóbicas (conhecido como modelo flavored) utilizando a tabela do potencial de interação Miyazawa-Jernigan, bem como simulações com carga fixa e a pH constante, onde foram analisadas as interações eletrostáticas no processo de enovelamento. Por fim, realizaram-se simulações com o acoplamento para melhor descrever o sistema estudado.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . , Integrantes: Fernando Bruno da Silva - Integrante / Vitor Barbanti Pereira Leite - Coordenador / Vinícius G. Contessoto - Integrante / Jane Clarke - Integrante / Vinicius Martins de Oliveira - Integrante.

  • 2011 - 2014

    Topologia de Dinâmicas de Defeitos em Cristais Coloidais Bidimensionais, Descrição: Sistemas coloidais favorecem sistemas experimentais para o estudo de muitos problemas em diversas áreas da ciência. Devido a certas condições, as partículas nestes sistemas podem se auto-organizar em um cristal, com as mesmas propriedades, passando a ser denominado, cristal coloidal. Neste trabalho apresentam-se resultados relacionados `a sistemas com defeitos pontuais e sistemas sem defeitos. A comparação desses resultados, energias e estruturas, tem como objetivo verificar quais energias caracterizam esses defeitos, vacâncias e interstícios e quais topologias eles apresentam nas devidas condições aos quais estiveram submetidos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Fernando Bruno da Silva - Integrante / Vitor Barbanti Pereira Leite - Coordenador / Sidney Jurado de Carvalho - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.

  • 2011 - 2011

    Estudo Inicial de Métodos Computacionais Aplicados à Solução de Problemas Físicos, Descrição: Os seguintes tópicos foram estudados: Métodos dos trapézios e de Simpson, Métodos de Euler e de Runge - Kutta. A seguir descreve-se como eles foram utilizados: O Método de Euler foi utilizado para resolução do movimento balístico considerando resistência do ar. Os Métodos dos trapézios e de Simpson foram utilizados para resolução de integrais, que foram resolvidas tanto analiticamente como computacionalmente. O Método de Runge - Kutta foi utilizado para a resolução de equações diferencias, tanto para o método de primeira, segunda, terceira e quarta ordem.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Fernando Bruno da Silva - Integrante / Sidney Jurado de Carvalho - Coordenador., Financiador(es): Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho - Bolsa.

  • 2010 - 2011

    Aplicações do Cálculo Diferencial e Integral em Física Básica, Descrição: Foram estudados métodos relacionados ao cálculo diferencial e integral para a resolução de problemas em física básica.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Fernando Bruno da Silva - Integrante / Sidney Jurado de Carvalho - Coordenador., Financiador(es): Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho - Bolsa.

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Prêmios

2014

Segundo melhor poster dentre os trabalhos de Graduação, III Semana da Física Biológica do Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas - IBILCE/UNESP.

Histórico profissional

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Endereço profissional

  • Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto. , Rua Cristóvão Colombo - de 1897/1898 ao fim, Jardim Nazareth, 15054000 - São José do Rio Preto, SP - Brasil, Telefone: (017) 32212240, URL da Homepage:

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Experiência profissional

2013 - 2014

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 4, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

  • 12/2017 - 12/2018

    Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, .,Cargo ou função, Representante discente titular junto ao Conselho de Pós-Graduação em Biofísica Molecular..

  • 01/2010 - 12/2010

    Extensão universitária , Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, .,Atividade de extensão realizada, Aulas de Física ministradas no curso pré-vestibular Vitoriano.