David Corrêa Martins Junior

Possui Bacharelado (2001), Mestrado (2004) e Doutorado com menção honrosa pela CAPES (2008) em Ciência da Computação pelo Instituto de Matemática e Estatística - Universidade de São Paulo (IME-USP), tendo feito em 2007 um estágio de doutorado (sandwich) de 1 ano no Genomic Signal Processing Laboratory - Texas A&M University - EUA. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Metodologia e Técnicas da Computação, atuando principalmente em reconhecimento de padrões com foco em aplicações de visão computacional, redes complexas e biologia sistêmica, incluindo modelagem, identificação e simulação de redes de interação gênica. Atualmente é professor associado do Centro de Matemática, Computação e Cognição da Universidade Federal do ABC.

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Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em Ciências da Computação

2004 - 2008

Universidade de São Paulo
Título: Seleção de características e predição intrinsecamente multivariada em identificação de redes de regulação gênica
Orientador: em The Texas A&M University ( Edward Russell Dougherty)
com Roberto Marcondes Cesar Junior. Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Palavras-chave: seleção de características; redes gênicas probabilísticas; predição intrinsecamente multivariada; redes de regulação gênica; entropia condicional; coeficiente de determinação. Grande área: Ciências Exatas e da TerraGrande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Bioinformática.

Mestrado em Ciências da Computação

2002 - 2004

Universidade de São Paulo
Título: Redução de dimensionalidade utilizando entropia condicional média aplicada a problemas de bioinformática e processamento de imagens,Ano de Obtenção: 2004
Roberto Marcondes Cesar Junior.Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Palavras-chave: Redução de dimensionalidade; seleção de características; entropia; informação mútua.Grande área: Ciências Exatas e da TerraGrande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Reconhecimento de Padrões.

Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação

1998 - 2001

Universidade de São Paulo
Título: Ambiente Gráfico para o Projeto CAGE
Orientador: João Eduardo Ferreira

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Idiomas

Inglês

Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Bem.

Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

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Áreas de atuação

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Reconhecimento de Padrões.

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Bioinformática.

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Visão Computacional.

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Aprendizado Computacional.

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Organização de eventos

BOTELHO, W. T. ; MARTINS-JR, DAVID CORREA . I Workshop Interdisciplinar dos Laboratórios de Computação de São Bernardo do Campo. 2018. (Congresso).

MARTINS-JR, DAVID CORREA ; GOIS, J. P. ; HORITA, F. E. A. . I Workshop André Balan de Pós-Graduação em Ciência da Computação. 2018. (Congresso).

MARTINS-JR, DAVID CORREA ; SANTOS, Carlos S. ; GONCALVES, B. N. . Workshop de eScience. 2017. (Congresso).

MARTINS-JR, DAVID CORREA . Brazil-China Workshop of Computational Modeling and Simulation. 2017. (Congresso).

MARTINS-JR, DAVID CORREA . III Congresso de Matemática Aplicada do Sudeste (CMAC-SE). 2015. (Congresso).

MARTINS-JR, DAVID CORREA . 10th IEEE International Conference on e-Science. 2014. (Congresso).

MARTINS JR, David Corrêa . 15th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (CIARP). 2010. (Congresso).

MARTINS JR, David Corrêa . ICoBiCoBi - International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2003. (Congresso).

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Participação em eventos

Forum da Pós-Graduação em Ciência da Computação - CSBC. 2019. (Encontro).

Seminário de Meio Termo CAPES.Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação da UFABC. 2019. (Seminário).

2º Encontro Paulista de Pós-Graduandos em Computação (EPPC). 2018. (Encontro).

AB3C X-Meeting. Gene interaction networks inference and search for complex disease biomarkers by complex networks analysis and data integration. 2018. (Congresso).

Forum da Pós-Graduação em Ciência da Computação - CSBC. 2018. (Congresso).

1º Encontro Paulista de Pós-Graduandos em Computação. 2017. (Encontro).

2nd Brazilian Computer Science Graduate Seminar. 2017. (Encontro).

AB3C X-Meeting. GeNICE: A Novel Framework for Gene Network Inference by Clustering, Exhaustive Search, and Multivariate Analysis. 2017. (Congresso).

AB3C X-Meeting. Evaluation of WGCNA and NERI methods for prioritization of pathways associated to schizophrenia spectrum disorders. 2017. (Congresso).

Forum da Pós-Graduação em Ciência da Computação - CSBC. 2017. (Congresso).

Workshop de Bioinformática da UTFPR.Inferência de redes de interação gênica e busca por biomarcadores de doenças complexas via análise de redes complexas e integração de dados. 2017. (Oficina).

Workshop de eScience.Gene interaction networks inference and search for complex disease biomarkers by complex networks analysis and data integration. 2017. (Oficina).

WSCAD.A Hybrid CPU-GPU-MIC Algorithm for the Hitting Set Problem. 2017. (Simpósio).

XVII Semana Acadêmica da Biomedicina Metodista.Bioinformática. 2017. (Simpósio).

25th International Joint Conference on Artificial Intelligence - Advances in Bioinformatics and Artificial Intelligence: Bridiging the Gap.A Framework for Scalable Inference of Temporal Gene Regulatory Networks based on Clustering and Multivariate Analysis. 2016. (Oficina).

FAPESP Week Michigan-Ohio.Gene interaction networks inference and search for complex disease biomarkers by complex networks analysis and data integration. 2016. (Simpósio).

4th China-Brazil Conference on Scientific Computing. Gene regulatory networks inference by feature selection. 2015. (Congresso).

14th IEEE International Conference of Bioinformatics and Bioengineering (BIBE 2014). Gene networks inference through one genetic algorithm per gene. 2014. (Congresso).

Genomics in the Clinic Conference Series. 2013. (Congresso).

Intercâmbio Indo-Brasileiro com o Indian Institute of Technology.Inference of gene regulatory networks by feature selection. 2013. (Encontro).

I Simpósio da Pós-Graduação da Universidade Federal do ABC.Inferência de redes gênicas por métodos de seleção de características. 2013. (Simpósio).

Latin American eScience Workshop "Turning Data into Insight". 2013. (Oficina).

2nd IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and Medical Sciences (ICCABS). Accelerating Gene Regulatory Networks Inference through GPU/CUDA Programming. 2012. (Congresso).

Bioinformática e as Perspectivas para a Próxima Década.Integração de conhecimento biológico em métodos computacionais para inferência de redes regulatórias de expressão gênica (GRN). 2011. (Seminário).

Bioinformatics to understand studies in genomics course. 2011. (Outra).

Microsoft Research Faculty Summit - Latin American Faculty Summit. 2011. (Oficina).

Microsoft Research-FAPESP Institute Workshop: Revisiting the Past and Planning the Future. 2011. (Oficina).

MidSouth Computational Biology and Bioinformatics Society Conference (MCBIOS). 2011. (Congresso).

15th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (CIARP). 2010. (Congresso).

5th IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics. SFFS-MR: A Floating Search Strategy for GRNs Inference. 2010. (Congresso).

BIOEN FAPESP Workshop on Synthetic Biology. 2010. (Oficina).

II Seminários Avançados em Tecnologia de Microarrays e Next Generation Sequencing - Hospital Israelita Albert Einstein. 2010. (Seminário).

Intercâmbio Indo-Brasileiro com o Indian Statistical Institute.Gene Regulatory Networks Inference. 2010. (Encontro).

Latin American Faculty Summit 2010 - Microsoft Research. 2010. (Encontro).

Workshop in Bioinformatics and Algorithms. 2010. (Oficina).

II Mostra de Projetos Computacionais da UFABC.II Mostra de Projetos Computacionais da UFABC. 2009. (Oficina).

Workshop STIC AmSud.Intrinsically Multivariate Predictive Genes. 2009. (Oficina).

Workshop STIC-AmSud.Gene regulatory networks inference. 2009. (Oficina).

IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics - GENSIPS. Network properties of intrinsically multivariate predictive genes. 2008. (Congresso).

14th International Conference on Inteligent Systems for Molecular Biology (ISMB). Probabilistic Genetic Networks Analysis of Three Plasmodium Falciparum Strains from Dynamical Expression Signals. 2006. (Congresso).

Aplicação Interdisciplinar das Entropias da Informação. 2006. (Seminário).

II Simpósio de Iniciação Científica e Pós-Graduação do IME-USP.Projeto de W-operadores para Classificação de Imagens Coloridas. 2006. (Simpósio).

XIX Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing (SIBGRAPI). W-operator Window Design for Color Texture Classification. 2006. (Congresso).

First International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. {Estimation of Probabilistic Genetic Networks of Plasmodium falciparum from Dynamical Expression Signals. 2005. (Congresso).

I Simpósio de Iniciação Científica e Pós-Graduação do IME-USP.Redução de Dimensionalidade Utilizando Entropia Condicional Média Aplicada a Problemas de Bioinformática e Processamento de Imagens. 2005. (Simpósio).

XVIII Brazilian Conference on Computer Graphics and Image Processing (SIBGRAPI). Redução de Dimensionalidade Utilizando Entropia Condicional Média: Aplicações em Filtragem de Imagens e em Reconhecimento de Texturas. 2005. (Congresso).

XVII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing (SIBGRAPI). W-operator window design by maximization of training data information. 2004. (Congresso).

International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICoBiCoBi). Dimensionality Reduction for SAGE-based gene identification. 2003. (Congresso).

International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICoBiCoBi). Genetic Network Architecture Identification by Conditional Entropy Analysis. 2003. (Congresso).

Second Brazilian Symposium on Mathematical and Computational Biology.From Microarray Images to Biological Knowledge. 2002. (Simpósio).

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Participação em bancas

Aluno: Eduardo Pinhata

MENESES, C. N.;MARTINS-JR, DAVID CORREAS. W. Song. Algoritmos para o problema de entrega de pacotes auxiliada por drone. 2019. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Ricardo Okada Kobayashi

FAVERO, P. B.;MARTINS-JR, DAVID CORREA; SAMPAIO, M.. Oportunidade de uso de mineração de dados no gerenciamento de portfólio de restaurantes de atendimento rápido: uma abordagem usando BCG e árvores de decisão. 2019. Dissertação (Mestrado em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Fabio Rezende de Souza

ZAMPIROLLI, F. A.;MARTINS-JR, DAVID CORREA; GONZALEZ, J. A. Q.. Semântica Distribucional Aplicada à Avaliação Didática. 2019.

Aluno: Mirian de Cesaro Revers Biasão

BRENTANI, H.;MARTINS-JR., DAVID CORREA; VALENTE, K. D. R.; BOGGIO, P. S.. Classificação da gravidade do transtorno do espectro autista baseada no padrão de rastreamento do olhar. 2019. Dissertação (Mestrado em Psiquiatria) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Eduardo Alves de Jesus Anacleto

MENESES, C. N.;S. W. SongMARTINS-JR., DAVID CORREA; LONGO, H. J.. Reavaliação rápida em problemas de otimização quadrática binária. 2018. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Bruno Sanchez de Araújo

LIMA, A. M.;MARTINS-JR., DAVID CORREA; SALVINI, R. L.; PARABONI, I.. Caracterização de etnias, sexos e faixas etárias em imagens faciais. 2018. Dissertação (Mestrado em SISTEMAS DE INFORMAÇÃO) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Guilherme Martins Crocetti

VICENTINI, R.; NAKAYA, H.;MARTINS-JR, DAVID CORREA. Halobacterium salinarum NRC-1: Rede de Regulação Gênica e sua análise probabilística. 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Christian Reis Meneguin

MARTINS-JR, DAVID CORREA; SIMOES, A. C. Q.; TAHIRA, A. C.. Seleção de características a partir da integração de dados por meio da análise de variação do número de cópias (CNVs) para associação genótipo-fenótipo de doenças complexas. 2018. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Marcel Oliveira Alves

DANTAS, D. O.; FREIRE, E. O.; MACEDO, H. T.;MARTINS-JR, DAVID CORREA. ARNeuro: mobile augmented reality for craniotomy planning. 2018. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Sergipe.

Aluno: Rafael Guimarães Sakurai

FRANCA, F. O.;MARTINS-JR, DAVID CORREA; PERES, S. M.. Neuroevolução aplicada no treinamento de redes neurais convolucionais para aprender estratégias específicas do jogo Go. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Carlos Eduardo Marchi

MARTINS-JR, DAVID CORREA; SIMOES, A. C. Q.; MARCHI, Fabio. Análise meta-dimensional em inferência de redes gênicas e priorização gênica associada a doenças complexas. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: André Vinícius Lopes

HIRATA JR, R.;SANTOS, Carlos S.MARTINS-JR, DAVID CORREA. Redes neurais convolucionais aplicadas ao projeto de operadores de imagens. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Charles Henrique Porto Ferreira

MEDEIROS, D. M. R.;MARTINS-JR, David Corrêa; CARVALHO, A. C. P. L. F.. Seleção de atributos para classificação de textos usando técnicas baseadas em agrupamento, pos-tagging e algoritmos evolutivos. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Arthur Sant'Anna Feltrin

MARTINS-JR, David Corrêa; SALUM, C. O. R.; TAHIRA, A. C.. Comparação de métodos de priorização de genes associados a transtornos do neurodesenvolvimento. 2016. Dissertação (Mestrado em Neurociência e Cognição) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Leandro Takeshi Hattori

LOPES, Fabrício MartinsMARTINS-JR, David Corrêa; BENITEZ, C. M. V.. Inferência de redes de regulação gênica utilizando métodos de busca e otimização. 2016. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica e Informática Industrial) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: João Oscar Mesquita Silva Oda

DUARTE, M.; SORIANO, D. C.;MARTINS-JR, David Corrêa. Classificação e agrupamento de atividades motoras a partir da sequência de ativações articulares monotônicas. 2016. Dissertação (Mestrado em Engenharia Biomédica) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Nelson Gonçalves de Oliveira

MENESES, C. N.;MARTINS-JR, DAVID CORREA; SANTOS, M. O.. O problema da confecção da escala de trabalho para os profissionais da enfermagem no Brasil. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Erick Skorupa Parolin

MENESES, C. N.;MARTINS-JR, DAVID CORREA; TOLEDO, F. M. B.. Asynchronous teams for solving the loading and routing auto-carrier problem. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Victor Alexandre Padilha

CAMPELLO, R. J. G. B.; FACELI, K.; MOREIRA, D. A.;MARTINS-JR, DAVID CORREA. Avaliação sistemática de técnicas de bi-agrupamento de dados. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação e Matemática Computacional) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Alan Rafael Fachini

MARTINS, DAVID CORREAHASHIMOTO, Ronaldo F.; SATO, J. R.. Avaliação de métodos de inferência de redes de regulação gênica. 2016. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Fabio Alexandre Campos Tisovec

BARROS, L. N.;HASHIMOTO, Ronaldo F.MARTINS-JR, DAVID CORREA. Intervenção em redes de regulação gênica modelada como um processo de decisão markoviano fatorado e impreciso. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Felipe Leno da Silva

COSTA, A. H. R.; KIM, H. Y.;MARTINS JR, David Corrêa. Automated bee species identification through wing images. 2015. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Suzana de Siqueira Santos

FUJITA, André;MARTINS JR, David Corrêa; SATO, J. R.. Análise de redes biológicas: estudo comparativo de medidas de dependência e uma ferramenta computacional para discriminar grafos. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Danilo Carastan dos Santos

L. C. S. RozanteR. Y. Camargo; ADI, S. S.;S. W. SongMARTINS JR, David Corrêa. Um algoritmo exato em clusters de GPUs para o Hitting Set aplicado à inferência de redes de regulação gênica. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Luis Felipe Sant'Ana

R. Y. CamargoMARTINS-JR, David Corrêa; FAZENDA, A. L.. Balanceamento de carga dinâmico em aglomerados de GPUs. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Eduardo Cocca Padovani

FUJITA, André; TAKAHASHI, D. Y.;MARTINS-JR, David Corrêa. Caracterização da estrutura e dinâmica das redes funcionais neurais durante um processo de indução anestésica. 2015. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Ray Duenas Jimenez

MARTINS-JR, DAVID CORREA; A C Lorena;SANTOS, Carlos S.. Algoritmos genéticos em inferência de redes gênicas. 2014. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Carlos Fernando Montoya Cubas

MARTINS-JR, DAVID CORREABARRERA, JuniorSANTOS, Carlos S.. Seleção de características em inferência de redes de interação gênica a partir de conjuntos reduzidos de amostras. 2014. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Renato Stoffalette João

MARTINS JR, David Corrêa; HIRATA JR, R.;SANTOS, Carlos S.. Projeto de operadores de imagens binárias usando combinação de classificadores. 2014. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: MARCEL JESUS DIAS

MARTINS-JR, DAVID CORREA; THOMAZ, Carlos Eduardo; ZANA, Yossi. Sistema de detecção remota de sonolência em motoristas: uma solução móvel. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Bruna Renata Silva Corrêa

VÊNCIO, Ricardo Z. N.; REIS, Eduardo Morais Rego;MARTINS JR, David Corrêa. Análise computacional do genoma e transcritoma de Plasmodium vivax: contribuições da bioinformática para o estudo da malária. 2012. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto.

Aluno: Gabriela Eleutério Soares

FUJITA, André;MARTINS-JR, DAVID CORREA; IAMBARTSEV, A.; RODRIGUES-NETO, A. C.; SILVA, T. H.. Testes estatísticos semi paramétricos para discriminação de grafos. 2018. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Igor Bonadio

DURHAM, A. M.; FUMIO HASHIMOTO, RONALDO;MARTINS-JR, DAVID CORREA; KASHIWABARA, A. Y.; PAPPAS-JR, G. J.. Algoritmos eficientes para análise de campos aleatórios condicionais semi-markovianos e sua aplicação em sequências genômicas. 2018. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Joel Edu Sánchez Castro

HASHIMOTO, Ronaldo F.BARRERA, JuniorRIS, MarceloMARTINS-JR, DAVID CORREA; BRAGA-NETO, ULISSES M.. Seleção de modelos para o aprendizado de hipóteses booleanas. 2018. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Andrew Maltez Thomas

HOFFMANN, C.;MARTINS-JR, DAVID CORREA; BOCCARDO, E.; SETUBAL, J. C.; SEGATA, N.. Microbial community profiling of human cancers. 2018. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Gustavo Pinto Vilela

FUJITA, André;HASHIMOTO, Ronaldo F.R. Y. CamargoMARTINS-JR, DAVID CORREASIMÕES, Sérgio Nery. Causalidade de Granger entre grafos no domínio da frequência. 2017. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Ricardo de Souza Jacomini

MARTINS-JR, DAVID CORREA; LOPES, T. T.;LOPES, Fabrício MartinsHASHIMOTO, Ronaldo F.L. C. S. Rozante. Inferência de redes gênicas por agrupamento, busca exaustiva e análise de predição intrinsecamente multivariada. 2017. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: RODRIGO CARLINI FERNANDO

COLLEONI, G. W. B.; MAIOLINO, A.; AZEVEDO, H. F. Z.; JASIULIONIS, M. G.;MARTINS-JR., DAVID CORREA. Caracterização imunofenotípica, do perfil de expressão gênica e funcional de células-tronco mesenquimais derivadas de medula óssea de pacientes com mieloma múltiplo. 2017. Tese (Doutorado em Medicina (Hematologia)) - Universidade Federal de São Paulo.

Aluno: Cesar Henrique Comin

COSTA, L. F.; MORANDIN-JR, O.;MARTINS-JR, David Corrêa; LOTUFO, R. A.; RUGGIERO, C. A.. Estudo da relação estrutura-dinâmica em redes modulares. 2016. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Fábio Fernandes da Rocha Vicente

LOPES, Fabrício Martins; CRISTINO, A. S.; ARMELIN, H. A.;BARRERA, JuniorMARTINS-JR, David Corrêa. Integração de dados na inferência de redes gênicas: avaliação de informações biológicas e características topológicas. 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Celso Denis Gallão

RODRIGUES, P. S. S.; THOMAZ, Carlos Eduardo; TONIDANDEL, F.;MARTINS JR, David Corrêa; GIRALDI, G. A.. Definição da função q-gaussiana bidimensional com aplicações em processamento digital de imagens. 2016. Tese (Doutorado em Doutorado em Engenharia Elétrica) - Faculdade de Engenharia Industrial.

Aluno: [Nome removido após solicitação do usuário]

CARRETTIERO, D. C.;MARTINS JR, David Corrêa; ECHEVERRY, M. B.; FERRARI, M. F. R.; MUNHOZ, C. D.. BAG2 is repressed by NF-kB signaling, and its overexpression is sufficient to shift AB 1-42 from neurotrophic to neurotoxic undifferentiated SH-SY5Y neuroblastoma. 2015. Tese (Doutorado em Neurociência e Cognição) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Filipi Nascimento Silva

COSTA, L. F.; AGUIAR, M. A. M.; LOPES, A. A.; FERREIRA, C. P.;MARTINS-JR, DAVID CORREA. Dimensão e simetria em redes complexas: uma abordagem multiescala. 2015. Tese (Doutorado em Fisica (Sc)) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Fábio Albuquerque Marchi

ROGATTO, Silvia; Reis, P. P.;HASHIMOTO, Ronaldo F.; REIS, Eduardo Morais Rego;MARTINS JR, David Corrêa. Metodologia para integração de dados genômicos, transcriptômicos e epigenéticos de câncer de pênis. 2014. Tese (Doutorado em Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística -USP.

Aluno: Carlos Henrique Aguena Higa

HASHIMOTO, Ronaldo F.; FUJITA, André; MONTE, Júlio C. M.;MARTINS JR, David CorrêaLOPES, Fabrício Martins. Inferência de redes de regulação gênica utilizando o paradigma de crescimento de sementes. 2012. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística -USP.

Aluno: Marcelo da Silva Reis

BARRERA, Junior; LAGO, A. P.; FERREIRA, Carlos Eduardo; YANASSE, Horacio Hideki;MARTINS JR, David Corrêa. Minimização de funções decomponíveis em curvas em U definidas sobre cadeias de posets - algoritmos e aplicações. 2012. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística -USP.

Aluno: Fabrício Martins Lopes

CESAR JR, Roberto MarcondesMARTINS JR, David Corrêa; REIS, Eduardo Morais Rego; BRENTANI, H.;BARRERA, Junior. Redes complexas de expressão gênica: síntese, identificação, análise e aplicações. 2011. Tese (Doutorado em Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística -USP.

Aluno: Eduardo Alves de Jesus Anacleto

MENESES, C. N.;MARTINS-JR, DAVID CORREAS. W. Song. Métodos para Resolução de Problemas de Otimização Pseudo-Booleana. 2019. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Éric Tadeu Camacho de Oliveira

LOPES, Fabrício Martins; MENA-CHALCO, J. P.;MARTINS-JR, DAVID CORREA. Enriquecendo informação de Redes para Detecção de Comunidades. 2019. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Muhsen Hammoud

GOIS, J. P.; CARRIJO, T. F.;MARTINS-JR, DAVID CORREA. Visual Analytics for the Exploration of Phylogenetic and Topographic-Units Supertrees. 2019. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Antonio de Abreu Batista Junior

MENA-CHALCO, J. P.;MARTINS-JR., DAVID CORREA; MARTIN, D. M.. Identificação de acadêmicos de sucesso científico futuro usando indicadores bibliométricos. 2019. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Alan Claudius Maciel

MENESES, C. N.;MARTINS-JR., DAVID CORREASONG, SIANG WUN. Resolução exata do problema de formação de times em um projeto via programação quadrática binária. 2019. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Jhonatas Sirino Monteiro

SETUBAL, J. C.; REIS, Eduardo Morais Rego;MARTINS-JR., DAVID CORREA. Investigação sobre o papel de RNAs não codificadores e de isoformas de RNAs codificadores em angiogênese num modelo murino. 2019. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Carlos Fernando Montoya Cubas

MARTINS-JR., DAVID CORREABARRERA, Junior; SANTOS, CARLOS SILVA. Agrupamento de instâncias em classes de equivalência para lidar com o problema da dimensionalidade em inferência de redes gênicas. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Lívia de Moraes Bomediano

SILVA, M. C. C.;MARTINS-JR, DAVID CORREA; COSTA, N. S.. Estudo da interação da terapia a laser de baixa intensidade com o foto aceptor citocromo e oxidase e estudo evolutivo e estrutural da subunidade COX5B. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Biossistemas) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Raphael Naves

HASHIMOTO, Ronaldo F.MARTINS-JR, DAVID CORREA; NAKAYA, H.. Priorização de SNPs para classificação de transtornos complexos. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Bianca Cristina Garcia Lisbôa

MARTINS-JR, David Corrêa; ASBAHR, F. R.; LOTUFO-NETO, F.. Estudos de redes de co-expressão gênica do cortico-estriatal (estudo post-mortem) de indivíduos portadores de TOC e controles. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Psiquiatria) - Universidade de São Paulo.

Aluno: RODRIGO CARLINI FERNANDO

MARTINS-JR, DAVID CORREA; RIZATTI, E. G.; PORCIONATO, M.. Caracterização imunofenotípica do perfil de expressão gênica e funcional de células tronco mesenquimais derivadas de medula óssea de pacientes com mieloma múltiplo. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Medicina (Hematologia)) - Universidade Federal de São Paulo.

Aluno: Walter Hugo Lopez Pinaya

R. Y. CamargoMARTINS JR, David Corrêa; BIAZOLI JR, C. E.. Desenvolvimento de Deep Belief Networks voltadas para o suporte ao diagnóstico de transtornos psiquiátricos. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Neurociência e Cognição) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Leandro Araújo de Lima

FUJITA, André; MARIE, S. K. N.;MARTINS-JR, David Corrêa. Uma abordagem integrativa usando dados de interação proteína-proteína e estudos genéticos para priorizar genes e funções biológicas em transtorno de déficit de atenção e hiperatividade. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística -USP.

Aluno: [Nome removido após solicitação do usuário]

ECHEVERRY, M. B.;MARTINS JR, David Corrêa; GALVAO, A. C. S. S.. A novel mechanism of Alzheimer's disease neurodegeneration: BAG2, AB1-42 toxicity and NF-kB signaling. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Neurociência e Cognição) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Carlos Henrique Aguena Higa

HASHIMOTO, Ronaldo F.MARTINS JR, David CorrêaVÊNCIO, Ricardo Z. N.. Inferência de Redes de Regulação Gênica utilizando o paradigma de crescimento de semente. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística -USP.

Aluno: Fabrício Martins Lopes

HASHIMOTO, Ronaldo F.; BRENTANI, H.;MARTINS JR, David Corrêa. Redes complexas de expressão gênica: síntese, identificação, análise e aplicações. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística -USP.

Aluno: Wiliam Hiromitsu Kudaka

HASHIMOTO, Ronaldo F.Martins-Jr, David C.de Oliveira E. A.. Inferência de Redes Booleanas Probabilísticas a partir de conjuntos de sequências temporais. 2019. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Fabio Rezende de Souza

ZAMPIROLLI, F. A.;MARTINS-JR, DAVID CORREA; SANTOS, CARLOS SILVA. Módulo linguístico de sistemas de síntese de fala baseados em arquiteturas de redes neurais. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Leandro Marega Ferreira Otani

SANTANA, V. F.;MARTINS-JR, DAVID CORREA; BRAGA, J. C.. Indoor mobile marketing recommendation based on interaction log analysis. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Guilherme Garcia Horta

SILVA, F. J. F.; PANAZIO, A. O. N.;MARTINS-JR, DAVID CORREA. Aprendizado de máquina na classificação automática entre controles saudáveis, pacientes com trauma cranioencefálico e doença de Alzheimer. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Clarissa Simoyama David

MEDEIROS, D. M. R.;MARTINS-JR, DAVID CORREA; MENA-CHALCO, J. P.. Utilização de agrupamento fuzzy para detecção de termos que revelem estruturas implícitas em bases de dados textuais. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Eduardo Alves de Jesus Anacleto

MENESES, C. N.;S. W. SongMARTINS-JR, DAVID CORREA. Avaliação rápida em problemas de otimização binária. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Ricardo Okada Kobayashi

FAVERO, P. B.; SAMPAIO, M.;MARTINS-JR, DAVID CORREA. Uso de técnicas de mineração de dados para melhorar critérios de escolhas na tomada de decisão em problemas de localização no varejo. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Christian Reis Meneguin

Martins-Jr, David C.L. C. S. Rozante; TAHIRA, A. C.. Seleção de características a partir da integração de dados por meio da análise de variação do número de cópias (CNVs) para associação genótipo-fenótipo de doenças complexas. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Carlos Eduardo Marchi

MARTINS-JR, David Corrêa; SIMOES, A. C. Q.;L. C. S. Rozante. Análise Metadimensional em inferência de redes gênicas e priorização gênica associada a doenças complexas. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Cássia de Souza Carvalho

FRANCA, F. O.; MEDEIROS, D. M. R.;MARTINS-JR, DAVID CORREA. Criação de um modelo explícito para sistemas de recomendação. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Bruno Sanchez de Araújo

LIMA, A. M.; SALVINI, R. L.;MARTINS, DAVID CORREA. Representação de emoções faciais em diferentes etnias, gêneros e faixas etárias. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em SISTEMAS DE INFORMAÇÃO) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Alan Rafael Fachini

COSTA, A. H. R.;MARTINS JR, David Corrêa; ARIAS, M. C.. Avaliação de métodos de inferência de redes de regulação gênica. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Victor Alexandre Padilha

MARTINS JR, David Corrêa; FACELI, K.; CAMPELLO, R. J. G. B.. Avaliação Sistemática de Técnicas de Bi-Agrupamento de Dados. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação e Matemática Computacional) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Erick Skorupa Parolin

MENESES, C. N.; BALAN, A. G. R.;MARTINS-JR, David Corrêa. Times assíncronos para resolução do problema de carga e roteamento de caminhões-cegonha. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Nelson Gonçalves de Oliveira

MENESES, C. N.; BALAN, A. G. R.;MARTINS-JR, David Corrêa. O problema da confecção da escala de trabalho para os profissionais de enfermagem no Brasil. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Charles Henrique Porto Ferreira

MEDEIROS, D. M. R.; FRANCA, F. O.;MARTINS-JR, David Corrêa. Seleção de Atributos para Classificação de Textos usando Técnicas Baseadas em Agrupamento, PoS Tagging e Algoritmos Evolutivos. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Walkíria Karla Resende

PEREIRA, A. C.;HASHIMOTO, Ronaldo F.MARTINS JR, David Corrêa. Aprendizado de máquina aplicado à classificação de doenças psiquiátricas na infância. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Saeed Shariati

M. B. Reyes;S. W. SongMARTINS-JR, DAVID CORREA. A solver for sets of linear system for neural network simulations in CUDA. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Neurociência e Cognição) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Luis Felipe Sant'Ana

R. Y. CamargoMARTINS JR, David CorrêaS. W. Song. Balanceamento de carga dinâmico em aglomerados de GPUs. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Ray Duenas Jimenez

MARTINS-JR, DAVID CORREA; FRANCA, F. O.;L. C. S. Rozante. Algoritmos genéticos em inferência de redes gênicas. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Carlos Fernando Montoya Cubas

MARTINS-JR, DAVID CORREA; SIMOES, A. C. Q.;L. C. S. Rozante. Seleção de características em inferência de redes de interação gênica a partir de conjuntos reduzidos de amostras. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Renato Stoffalette João

SANTOS, Carlos S.MARTINS-JR, DAVID CORREA; ZAMPIROLLI, F. A.. Projeto de Operadores de Imagens Binárias com Aprendizado de Máquina. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Cleber Silva Ferreira da Luz

MARTINS JR, David CorrêaL. C. S. RozanteS. W. Song. Uma solução paralela para o problema da subsequência máxima em GPU. 2012. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: MARCEL JESUS DIAS

ZANA, Yossi; NOMA, Alexandre;MARTINS JR, David Corrêa. Sistema de detecção remota de sonolência em motoristas: Uma solução portátil. 2012. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Davy Oliveira Barros Sousa

DANTAS, D. O.; MONTESCO, C. A. E.;MARTINS JR, David Corrêa. Rastreamento de células em imagens de microscopia confocal. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Sergipe.

Aluno: Esaú Sirius Ventura Pupo

MARTINS JR, David Corrêa; SIMOES, A. C. Q.; TIBA, P. A.. Um banco de dados da história da neurociência. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Caue Rodergas Alvarez

ITALIANO, Isabel C.;MARTINS JR, David Corrêa; ARAUJO, Luciano V.. Utilização de Indicadores para o Gerenciamento de um Ambiente de Data Warehouse. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado em Matemática Aplicada e Computacional) - Instituto de Matemática e Estatística -USP.

Aluno: Fabio Filocomo

VÊNCIO, Ricardo Z. N.; BRENTANI, H.;MARTINS JR, David Corrêa. Seleção de atributos para detecção de status tumoral em pacientes do Hospital A.C. Camargo. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP.

MARTINS-JR, DAVID CORREA; SCHULZE, B. R.; MIYAZAWA, F. K.; QUILES, M. G.; CAMPELLO, R. J. G. B.; CONCEICAO, A. F.. Concurso de Professor Adjunto A da Área de Ciência da Computação. 2014. Universidade Federal de São Paulo.

MARTINS, Wellington Santos; LEE, Orlando;MARTINS JR, David Corrêa. Carreira de Magistério Superior na Classe de Professor Assistente, Ciência da Computação / Teoria da Computação / Análise de Algoritmos e Complexidades de Computação - FACOM. 2012. Universidade Federal de Mato Grosso do Sul.

MARTINS-JR, DAVID CORREA. PIPE FAPESP 2018 - 1º Ciclo. 2018. Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.

MARTINS-JR, DAVID CORREA. PIPE FAPESP 2018 - 3º Ciclo. 2018. Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.

MARTINS-JR, DAVID CORREA. PIPE FAPESP 2016 - 2º Ciclo. 2016. Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.

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Comissão julgadora das bancas

Maria Carolina Monard

MONARD, M. C.; CESAR JR., Roberto Marcondes; BARRERA, Junior. Seleção de Características através da Minimização da Entropia Condicional Média. 2004. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Roberto Marcondes César Junior

CESAR JUNIOR, R. M.. Qualificação. 2006. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio

CESAR JUNIOR, R. M.; BARRERA, J.; ARMELIN, H. A.; SOUZA, S. J.;VENCIO, R. Seleção de características e predição intrinsecamente multivariada em identificação de redes de regulação gênica. 2008. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Sandro José de Souza

DE SOUZA, S.J.BARRERA, Junior; Junior, R.M.C.; Hugo Aguirre Armelin. Seleção de características e predição intrinsecamente multivariada em identificação de redes de regulação gênica. 2009. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

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Orientou

Ewerton Carlos de Araujo Assis

Inferência de redes Booleanas probabilísticas sensíveis ao contexto; Início: 2018; Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC; (Orientador);

Leonardo Andrade Castro

Integração de variações em número de cópias a um método baseado nas hipóteses da medicina de redes para a priorização de genes do transtorno do espectro autista; Início: 2018; Dissertação (Mestrado em Neurociência e Cognição) - Universidade Federal do ABC; (Orientador);

Rodrigo Cesar Bonini

Aprendizado por reforço e transferência de aprendizado em inferência de redes gênicas; Início: 2019; Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC; (Orientador);

Gustavo Torres Custódio

A definir; Início: 2019; Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; (Coorientador);

Anderson Gonçalves Marco

Inferência de redes gênicas e análise de suas dinâmicas via arquiteturas computacionais de alto desempenho; Início: 2018; Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC; (Orientador);

Arthur Sant'Anna Feltrin

Integração de dados biológicos para associação a fenótipos presentes em transtornos do espectro autista (TEA); Início: 2016; Tese (Doutorado em Neurociência e Cognição) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Danilo Carastan Santos

Escalonamento Dinâmico de Múltiplos Pipelines Científicos em Aglomerados Heterogêneos; Início: 2015; Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Coorientador);

Carlos Fernando Montoya Cubas

Agrupamento de instâncias em classes de equivalência para lidar com o problema da dimensionalidade em inferência de redes gênicas; Início: 2015; Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

[Nome removido após solicitação do usuário]

Técnicas de Análise Diferencial e Validação estatística para algoritmos de priorização gênica baseados em integração de dados de expressão, metilação e microRNA; Início: 2017; Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC; (Orientador);

Vitor Gustavo Ramos Alves Ferreira

Orientação de estágio na Roche; Início: 2016; Orientação de outra natureza; Universidade Federal do ABC; (Orientador);

Marcelo Zlotnik

Orientação de estágio na Mendelics; Início: 2016; Orientação de outra natureza; Universidade Federal do ABC; (Orientador);

Luiz Victor Castro de Miranda Portasio

Orientação de estágio; Início: 2016; Orientação de outra natureza; Universidade Federal do ABC; (Orientador);

Filipe do Carmo Baradelli

Desenvolvimento, elaboração e implantação de projetos de informatização na Atec Comércio Importação e Representação Ltda; Início: 2016; Orientação de outra natureza; Universidade Federal do ABC; (Orientador);

Anna Beatriz de Oliveira Costa

Orientação de estágio na IBM; Início: 2016; Orientação de outra natureza; Universidade Federal do ABC; (Orientador);

Christian Reis Meneguin

Seleção de características a partir da integração de dados por meio da análise de variação do número de cópias (CNVs) para associação genótipo-fenótipo de doenças complexas; 2018; Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: David Corrêa Martins Junior;

Carlos Eduardo Marchi

Análise meta-dimensional em inferência de redes gênicas e priorização gênica associada a doenças complexas; 2017; Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: David Corrêa Martins Junior;

Arthur Sant'Anna Feltrin

Comparação de métodos de priorização de genes associados a transtornos do neurodesenvolvimento; 2016; Dissertação (Mestrado em Neurociência e Cognição) - Universidade Federal do ABC, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: David Corrêa Martins Junior;

Alan Rafael Fachini

Avaliação de métodos de inferência de redes de regulação gênica; 2016; Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo,; Coorientador: David Corrêa Martins Junior;

Carlos Fernando Montoya Cubas

Seleção de características em inferência de redes de interação gênica a partir de conjuntos reduzidos de amostras; 2014; Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: David Corrêa Martins Junior;

Ray Duenas Jimenez

Algoritmos genéticos em inferência de redes gênicas; 2014; Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: David Corrêa Martins Junior;

Ricardo de Souza Jacomini

Inferência de redes gênicas por agrupamento, busca exaustiva e análise de predição intrinsecamente multivariada; 2017; Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: David Corrêa Martins Junior;

Ivan Assolant Vencato

Integração de dados em biologia sistêmica; 2016; Iniciação Científica; (Graduando em Bacharelado em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC; Orientador: David Corrêa Martins Junior;

Miguel Mira Fonseca

Orientação de estágio na 2M Comunicações LTDA; e Epp; ; 2017; Orientação de outra natureza; (Bacharelado em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC; Orientador: David Corrêa Martins Junior;

Bruno Oshiro Kobashigawa

Estágio na empresa Itaú Unibanco S; A; ; 2015; Orientação de outra natureza - Universidade Federal do ABC; Orientador: David Corrêa Martins Junior;

Rodrigo da Silva Ferreira

Estágio no Banco Barclays S/A; 2012; Orientação de outra natureza - Universidade Federal do ABC; Orientador: David Corrêa Martins Junior;

Fernando Henrique da Silva

Estágio na empresa Mauricio Morettini; 2011; Orientação de outra natureza - Universidade Federal do ABC; Orientador: David Corrêa Martins Junior;

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Foi orientado por

Roberto Marcondes César Junior

Redução de dimensionalidade utilizando entropia condicional média aplicada a problemas de bioinformática e de processamento de imagens; 2004; 120 f; Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior;

Roberto Marcondes César Junior

Seleção de características e predição intrinsecamente multivariada em identificação de redes de regulação gênica; 2008; 0 f; Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior;

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Produções bibliográficas

  • 2019 FELTRIN, ARTHUR SANT?ANNA ; TAHIRA, ANA CAROLINA ; SIMÕES, Sérgio Nery ; Brentani, Helena ; MARTINS, DAVID CORRÊA . Assessment of complementarity of WGCNA and NERI results for identification of modules associated to schizophrenia spectrum disorders. PLoS One , v. 14, p. e0210431, 2019.

  • 2019 FERNANDO, RODRIGO CARLINI ; MAZZOTTI, DIEGO ROBLES ; AZEVEDO, HATYLAS ; SANDES, ALEX FREIRE ; RIZZATTI, EDGAR GIL ; DE OLIVEIRA, MARIANA BLEKER ; ALVES, VERUSKA LIA FOOK ; EUGÊNIO, ANGELA ISABEL PEREIRA ; DE CARVALHO, FABRÍCIO ; DALBONI, MARIA APARECIDA ; MARTINS, DAVID CORREA ; COLLEONI, GISELE WALLY BRAGA . Transcriptome Analysis of Mesenchymal Stem Cells from Multiple Myeloma Patients Reveals Downregulation of Genes Involved in Cell Cycle Progression, Immune Response, and Bone Metabolism. Scientific Reports , v. 9, p. 1056, 2019.

  • 2019 LISBOA, BIANCA C. G. ; OLIVEIRA, KATIA C. ; TAHIRA, ANA CAROLINA ; BARBOSA, ANDRÉ ROCHA ; FELTRIN, ARTHUR SANT?ANNA ; GOUVEIA, GISELE ; LIMA, LUZIA ; FEIO DOS SANTOS, ANA CECÍLIA ; MARTINS, DAVID CORREA ; PUGA, RENATO DAVID ; MORETTO, ARIANE CRISTINE ; DE BRAGANÇA PEREIRA, CARLOS ALBERTO ; LAFER, BENY ; LEITE, RENATA ELAINE PARAIZO ; FERRETTI-REBUSTINI, RENATA ELOAH DE LUCENA ; FARFEL, JOSE MARCELO ; GRINBERG, LEA TENENHOLZ ; JACOB-FILHO, WILSON ; MIGUEL, EURIPEDES CONSTANTINO ; HOEXTER, MARCELO QUEIROZ ; Brentani, Helena . Initial findings of striatum tripartite model in OCD brain samples based on transcriptome analysis. Scientific Reports , v. 9, p. -, 2019.

  • 2018 CARASTAN-SANTOS, DANILO ; Martins-Jr, David C. ; SONG, SIANG W. ; ROZANTE, LUIZ C.S. ; DE CAMARGO, RAPHAEL Y. . A hybrid CPU-GPU-MIC algorithm for minimal hitting set enumeration. CONCURRENCY AND COMPUTATION-PRACTICE & EXPERIENCE , v. ., p. e5087, 2018.

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  • 2017 MARCHI, FABIO ALBUQUERQUE ; MARTINS, DAVID CORREA ; BARROS-FILHO, MATEUS CAMARGO ; KUASNE, Hellen ; BUSSO LOPES, ARIANE FIDELIS ; Brentani, Helena ; TRINDADE FILHO, JOSE CARLOS SOUZA ; GUIMARÃES, GUSTAVO CARDOSO ; FARIA, ELINEY F. ; SCAPULATEMPO-NETO, CRISTOVAM ; LOPES, ADEMAR ; ROGATTO, SILVIA REGINA . Multidimensional integrative analysis uncovers driver candidates and biomarkers in penile carcinoma. Scientific Reports , v. 7, p. 1-11, 2017.

  • 2017 REZENDE LIMA, WÂNIA ; CORREA MARTINS, DAVID ; SIMÔNIO PARREIRA, KLEBER ; SCARPELLI, PEDRO ; SANTOS DE MORAES, MIRIAM ; TOPALIS, PANTELIS ; FUMIO HASHIMOTO, RONALDO ; R. S. GARCIA, CÉLIA . Genome-wide analysis of the human malaria parasite Plasmodium falciparum transcription factor PfNF-YB shows interaction with a CCAAT motif. Oncotarget , v. 8, p. 113987-114001, 2017.

  • 2017 LIMA, M. R. ; MARTINS-JR, DAVID CORREA . Os Vírus e a Rede Evolutiva. Interciente , v. 3, p. 67-80, 2017.

  • 2016 GELALETI, R. ; DAMASCENO, D. ; SALVADORI, D. ; CALDERON, I. ; COSTA, R. ; PICULO, F. ; MARTINS-JR, DAVID CORREA ; RUDGE, M. . Gene expression profile of whole blood cells differs in pregnant women with positive screening and negative diagnosis for gestational diabetes. BMJ Open Diabetes Research & Care , v. 4, p. e000273, 2016.

  • 2016 LIMA, W. R. ; TESSARIN-ALMEIDA, G. ; ROZANSKI, A. ; PARREIRA, K. S. ; MORAES, M. ; MARTINS-JR, DAVID CORREA ; HASHIMOTO, Ronaldo F. ; GALANTE, P. A. F. ; GARCIA, C. R. S. . Signaling transcript profile of the asexual intraerythrocytic development cycle of Plasmodium falciparum induced by melatonin and cAMP. Genes & Cancer , p. 323-339, 2016.

  • 2016 CARASTAN-SANTOS, DANILO ; DE CAMARGO, RAPHAEL Y. ; Martins, David C. ; SONG, SIANG W. ; ROZANTE, LUIZ C.S. . Finding exact hitting set solutions for systems biology applications using heterogeneous GPU clusters. Future Generation Computer Systems , v. 67, p. 418-429, 2016.

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  • 2015 SWARNKAR, TRIPTI ; SIMÕES, SERGIO NERY ; ANURA, ANJI ; Brentani, Helena ; CHATTERJEE, JYOTIRMOY ; HASHIMOTO, RONALDO FUMIO ; MARTINS, DAVID CORREA ; MITRA, PABITRA . Identifying dense subgraphs in protein-protein interaction network for gene selection from microarray data. Network Modeling Analysis in Health Informatics and Bioinformatics , v. 4, p. 33, 2015.

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  • 2013 Martins, David C. ; DE OLIVEIRA, EVALDO A. ; Braga-Neto, Ulisses M. ; HASHIMOTO, Ronaldo F. ; Cesar, Roberto M. . Signal propagation in Bayesian networks and its relationship with intrinsically multivariate predictive variables. Information Sciences , v. 225, p. 18-34, 2013.

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  • MARTINS-JR, DAVID CORREA . Gene interaction networks inference and search for complex disease biomarkers by complex networks analysis and data integration. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • MARTINS-JR, DAVID CORREA . Gene interaction networks inference and search for complex disease biomarkers by complex networks analysis and data integration. 2017. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

  • MARTINS-JR, DAVID CORREA . Bioinformática. 2017. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

  • MARTINS-JR, DAVID CORREA . Inferência de redes de interação gênica e busca por biomarcadores de doenças complexas via análise de redes complexas e integração de dados. 2017. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

  • MARTINS-JR, DAVID CORREA . A Hybrid CPU-GPU-MIC Algorithm for the Hitting Set Problem. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • MARTINS-JR, DAVID CORREA . GeNICE: A Novel Framework for Gene Network Inference by Clustering, Exhaustive Search, and Multivariate Analysis. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • MARTINS-JR, DAVID CORREA . A Framework for Scalable Inference of Temporal Gene Regulatory Networks based on Clustering and Multivariate Analysis. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • MARTINS-JR, DAVID CORREA . Gene interaction networks inference and search for complex disease biomarkers by complex networks analysis and data integration. 2016. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

  • MARTINS-JR, DAVID CORREA . Gene interaction networks inference and search for complex disease biomarkers by complex networks analysis and data integration. 2016. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

  • JIMENEZ, R. D. ; MARTINS-JR, David Corrêa ; SANTOS, Carlos S. . Gene networks inference through one genetic algorithm per gene. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • MARTINS-JR, DAVID CORREA . Inference of gene regulatory networks by feature selection. 2013. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • MARTINS-JR, DAVID CORREA . Inferência de redes gênicas por métodos de seleção de características. 2013. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • MARTINS JR, David Corrêa . Inferência de redes gênicas por métodos de seleção de características. 2013. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

  • F. F. Borelli ; R. Y. Camargo ; MARTINS JR, David Corrêa ; B. Stransky ; L. C. S. Rozante . Accelerating Gene Regulatory Networks Inference through GPU/CUDA Programming. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • MARTINS JR, David Corrêa . Inferência de Redes de Regulação Gênica por Métodos de Seleção de Características. 2011. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

  • MARTINS JR, David Corrêa . Inference of Gene Regulatory Networks by Feature Selection. 2011. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

  • MARTINS JR, David Corrêa . Integração de conhecimento biológico em métodos computacionais para inferência de redes regulatórias de expressão gênica (GRN). 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • MARTINS JR, David Corrêa . SFFS-MR: A Floating Search Strategy for GRNs Inference. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • MARTINS JR, David Corrêa . Gene Regulatory Networks Inference. 2010. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

  • MARTINS JR, David Corrêa . Genes de Predição Intrinsecamente Multivariada. 2009. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • MARTINS JR, David Corrêa . Intrisically Multivariate Predictive Genes. 2009. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

  • MARTINS JR, David Corrêa . Network properties of intrinsically multivariate predictive genes. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • MARTINS JR, David Corrêa . W-operator Window Design for Color Texture Classification. 2006. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • MARTINS JR, David Corrêa . Probabilistic Genetic Networks analysis of three Plasmodium falciparum strains from Dynamical Expression Signals. 2006. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • MARTINS JR, David Corrêa . Projeto de W-operadores para Classificação de Imagens Coloridas. 2006. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

  • MARTINS JR, David Corrêa . Redução de Dimensionalidade Utilizando Entropia Condicional Média: Aplicações em Filtragem de Imagens e em Reconhecimento de Texturas. 2005. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • MARTINS JR, David Corrêa . Estimation of Probabilistic Genetic Networks of Plasmodium falciparum from Dynamical Expression Signals. 2005. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • MARTINS JR, David Corrêa . Redução de dimensionalidade utilizando entropia condicional média aplicada a problemas debioinformática e de processamento de imagens. 2005. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

  • MARTINS JR, David Corrêa . W-operator window design by maximization of training data information. 2004. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • MARTINS JR, David Corrêa . Genetic network architecture identification by conditional entropy analysis. 2003. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • MARTINS JR, David Corrêa . Dimensionality Reduction for SAGE-based gene identification. 2003. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • BARRERA, Junior ; CESAR JR, Roberto Marcondes ; DANTAS, D. O. ; MARTINS JR, David Corrêa ; TREPODE, N. W. . From Microarray Images to Biological Knowledge. 2002. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

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Outras produções

LOPES, Fabrício Martins ; MARTINS JR, David Corrêa ; CESAR JR, Roberto Marcondes . DimReduction: Interactive Graphic Environment for Dimensionality Reduction. 2006.

MARTINS-JR, DAVID CORREA . CBSF - V Congresso Brasileiro de Sistemas Fuzzy (Comitê de Programa). 2018.

MARTINS-JR, DAVID CORREA . BRACIS - 7th Brazilian Conference on Intelligent Systems (Comitê de Programa). 2018.

MARTINS-JR, DAVID CORREA . ENIAC - Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional (Comitê de Programa). 2018.

MARTINS-JR, DAVID CORREA . CTDIAC - Concurso de Teses e Dissertações de Inteligência Artificial e Computacional (Comitê de programa). 2018.

MARTINS-JR, DAVID CORREA . MIPR - 1st International Workshop on Multimedia Pragmatics (Comitê de Programa). 2018.

MARTINS-JR, DAVID CORREA . ICACIE - 3rd International Conference on Advanced Computing and Intelligent Engineering (Revisor de trabalhos). 2018.

MARTINS-JR, DAVID CORREA . WPGEC - V Workshop de Pós-Graduação em Engenharia da Computação (Comitê de Programa). 2018.

MARTINS-JR, DAVID CORREA . CNMAC - XXXVII Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional (Revisor de trabalhos). 2017.

MARTINS-JR, DAVID CORREA . BRACIS - 6th Brazilian Conference on Intelligent Systems (Comitê de Programa). 2017.

MARTINS-JR, DAVID CORREA . ENIAC - Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional (Comitê de Programa). 2017.

MARTINS-JR, DAVID CORREA . Workshop de Bioinformática da UTFPR (Revisor de trabalhos). 2017.

MARTINS-JR, DAVID CORREA . WPGEC - V Workshop de Pós-Graduação em Engenharia da Computação (Comitê de Programa). 2017.

MARTINS-JR, DAVID CORREA . SIBGRAPI - XXIX Conference on Graphics, Patterns and Images (Revisor de trabalhos). 2016.

MARTINS-JR, DAVID CORREA . CBSF - IV Congresso Brasileiro de Sistemas Fuzzy (Comitê de programa). 2016.

MARTINS-JR, DAVID CORREA . ENIAC - Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional (Comitê de programa). 2016.

MARTINS-JR, DAVID CORREA . CTDIAC - Concurso de Teses e Dissertações de Inteligência Artificial e Computacional (Comitê de programa). 2016.

MARTINS, DAVID CORREA . WPGEC - IV Workshop de Pós-Graduação em Engenharia da Computação (Comitê de Programa). 2016.

MARTINS-JR, DAVID CORREA . IX Simpósio de Iniciação Científica da UFABC (Revisor de trabalhos). 2016.

MARTINS-JR, David Corrêa . Brazilian Conference on Intelligent Systems (BRACIS) and Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional (ENIAC) (Comitê de programa(. 2015.

MARTINS-JR, David Corrêa . III Congresso Brasileiro de Sistemas Fuzzy (Comitê de programa). 2014.

MARTINS-JR, David Corrêa . Brazilian Conference on Intelligent Systems (BRACIS) and Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional (ENIAC) (Comitê de programa). 2014.

MARTINS-JR, David Corrêa . 1st BRICS Countries Congress (BRICS-CCI) and 11th Brazilian Congress (CBIC) on Computational Intelligence (Revisor de trabalhos). 2013.

MARTINS-JR, David Corrêa . SEMISH - 40th Seminar on Hardware and Software (Revisor de trabalhos). 2013.

MARTINS-JR, David Corrêa . X Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional (ENIAC) (Comitê de programa). 2013.

MARTINS-JR, David Corrêa . VI Simpósio de Iniciação Científica da UFABC (Avaliador do evento). 2013.

MARTINS-JR, David Corrêa . II Congresso Brasileiro de Sistemas Fuzzy (Comitê de programa). 2012.

MARTINS-JR, David Corrêa . ENIA - IX Encontro Nacional de Inteligência Artificial (Comitê de programa). 2012.

MARTINS-JR, David Corrêa . Brazilian Symposium on Neural Networks (Comitê de programa). 2012.

MARTINS-JR, David Corrêa . Brazilian Symposium on Bioinformatics (Revisor de trabalhos). 2011.

MARTINS-JR, David Corrêa . ENIA - VIII Encontro Nacional de Inteligência Artificial (Comitê de programa). 2011.

MARTINS-JR, David Corrêa . AB3C X-meeting (Revisor de trabalhos). 2010.

MARTINS-JR, David Corrêa . CIARP - 15th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (Comitê de programa). 2010.

MARTINS-JR, David Corrêa . SIBGRAPI - XXII Brazilian Symposium on Computar Graphics and Image Processing (Revisor de trabalhos). 2009.

MARTINS-JR, David Corrêa . ICIP - IEEE International Conference on Image Processing (Revisor de trabalhos). 2009.

MARTINS-JR, David Corrêa . CNMAC - 32º Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional (Revisor de trabalhos). 2009.

MARTINS-JR, David Corrêa . AB3C X-meeting (Revisor de trabalhos). 2008.

MARTINS-JR, David Corrêa . SIBGRAPI - XIX Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing (Revisor de trabalhos). 2006.

MARTINS-JR, David Corrêa . British Machine Vision Computing (Revisor de trabalhos). 2006.

MARTINS-JR, David Corrêa . SIBGRAPI - XVIII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing (Revisor de trabalhos). 2005.

MARTINS-JR, DAVID CORREA . Bioinformática como aliada no estudo de doenças complexas. 2019. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

MARTINS-JR, David Corrêa . The use of bioinformatics in the study of complex diseases. 2016. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

MARTINS-JR., DAVID CORREA . Como a bioinformática está ajudando no tratamento do câncer. 2016. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

MARTINS JR, David Corrêa ; CESAR JR, Roberto Marcondes . Genes escolhidos. 2010. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

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Projetos de pesquisa

  • 2019 - Atual

    Estatística de redes: teoria, métodos e aplicações, Descrição: A importância da Estatística nas ciências naturais é inquestionável. A Estatística é essencial para analisar dados de forma apropriada e também obter conclusões confiáveis. No entanto, pouco se é conhecido sobre métodos estatísticos formais em grafos e suas propriedades teóricas mesmo com o aumento no número de artigos relacionados com redes do mundo real (por ex., redes funcionais de cérebro, redes de interação proteína-proteína, redes de interação social). Redes são geralmente analisadas usando algoritmos computacionais baseados na teoria do grafos, como cálculo de medidas de centralidades (importância relativa dos vértices e/ou arestas) ou identificação de padrões estruturais (motivos). O principal problema com esta abordagem é o fato de redes do mundo real apresentarem flutuações intrínsecas (ruído aleatório) que os algoritmos tradicionais não levam em consideração. Portanto, métodos com perspectiva estatística podem auxiliar e complementar essas análises. A proposta deste projeto é de desenvolver desde a teoria e métodos estatístico-computacionais para grafos como também aplica-los em dados do mundo real, como as advindas da biologia molecular, neuroimagem e dados cardíacos. O desenvolvimento deste projeto será essencial para obter novos insights, solidificar a cooperação entre os pesquisadores e melhorar a qualidade na pesquisa dos grupos envolvidos. A longo prazo, pretendemos consolidar a área de Estatística de Redes, formar grupos de pesquisadores altamente qualificados, e finalmente, construir um Centro de Estatística de Redes no Brasil. Este centro atuará tanto no desenvolvimento teórico e de novas metodologias quanto nas aplicações em problemas das ciências da saúde.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / André Fujita - Coordenador / Claudinei Eduardo Biazoli Jr - Integrante / João Ricardo Sato - Integrante / Daniel Yasumasa Takahashi - Integrante / Helder Nakaya - Integrante / Abner Cardoso Rodrigues Neto - Integrante / Alexandre Alarcon Steiner - Integrante / Alexandre Galvão Patriota - Integrante / Andrea Parolin Jackowski - Integrante / Carlos Alberto Moreira-Filho - Integrante / Elisa Harumi Kozasa - Integrante / Itamar de Souza Santos - Integrante / Joana Bisol Balardin - Integrante / João Paulo Papa - Integrante / José Carlos Farias Alves-Filho - Integrante / Mari Cleide Sogayar - Integrante / Rodrigo Affonseca Bressan - Integrante / Silvia Yumi Bando Takahara - Integrante / Thiago Mattar Cunha - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2018 - Atual

    [CAPES-Print UFABC] Data Science, Descrição: Data science is an interdisciplinary research field that comprises scientific methods, systems, and processes used to gain insights and to understand a phenomenon of interest using data in distinct formats, i.e., structured, semi-structured, or unstructured. This research area emerged as a consequence of the advancements in information technologies (e.g., GPS, wearable equipment, and hard sensors) leading to an increase in the volume of available data, the so-called Big Data. The data processing and analysis are supported by techniques and theories from different domains like mathematics, computer science, statistics, information science, and, in particular, machine learning, pattern recognition, data mining, graph theory, and data visualization. Nevertheless, several challenges remain, from the use of existing methodologies in new domain contexts (e.g., social media analysis for weather forecasting) to the development of new approaches for dealing with existing problems (e.g., text mining using deep learning). This project aims to establish an interdisciplinary research network of international collaboration to address some challenges in the following stages of data science cycle: 1) Pre-processing and representation, including data integration, multidimensional databases, complex networks, text and multimedia mining, interoperability of different information systems and Internet-of-things; 2) Features engineering, in order to extract the relationship among the features through the neural network and symbolic regression; 3) Creation of regression and classification models through semi and supervised learning; 4) Combinatory and numerical optimization for feature selection; 5) Model validation through the interpretability of the generated model and applications to real world scenarios; 6) Challenges associated with the use of a large amount of data, as well as the use of parallel and distributed computing for high-performance systems. These studies will be applied to political science and sentiment analysis in social networks, text and multimedia mining, educational data mining, smart cities and agriculture, urban resilience against natural disasters, scientometrics, systems biology, Neurocomputing, brain-computer interface, neuromorphic computing, aided image and video segmentation, and robotics.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Coordenador / Fabricio Olivetti de França - Integrante / MOTA, GUILHERME O. - Integrante / CAMARGO, RAPHAEL YOKOINGAWA DE - Integrante / Wagner Tanaka Botelho - Integrante / Jesus Pascual Mena-Chalco - Integrante / João Paulo Gois - Integrante / Flavio Eduardo Aoki Horita - Integrante / Carlos Alberto Kamienski - Integrante / Harlen Costa Batagelo - Integrante / Ronaldo Cristiano Prati - Integrante / Denise Hideko Goya - Integrante / Edson Pinheiro Pimentel - Integrante / Francisco Javier Ropero Pelaez - Integrante / Thiago Ferreira Covões - Integrante / Itana Stiubiener - Integrante / Saul de Castro Leite - Integrante / Denis Gustavo Fantinato - Integrante / Paulo Henrique Pisani - Integrante / Rodrigo Moreira Bacurau - Integrante / Emilio de Camargo Francesquini - Integrante / Vladimir Moreira Rocha - Integrante / Valerio Ramos Batista - Integrante / Fabio Marques Simões de Souza - Integrante / Marina Sparvoli de Medeiros - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.

  • 2018 - Atual

    Teoria de Ramsey, Teoria Estrutural de Grafos e aplicações em Bioinformática, Descrição: Projeto de pesquisa de auxílio Jovens Pesquisadores em Centro Emergente desenvolvido no Centro de Matemática, Computação e Cognição (CMCC) da Universidade Federal do ABC (UFABC). A Ciência da Computação está presente em diversas áreas do conhecimento, de modo que a necessidade de lidar com problemas cada vez mais complexos exige o desenvolvimento de novas tecnologias. Tal fenômeno tem gerado uma demanda por novas técnicas e avanços em Ciência da Computação. Importantes avanços tecnológicos não são possíveis sem resultados teóricos consistentes que sirvam de base para eles. Por exemplo, áreas como a Bioinformática tem se beneficiado da aplicação de técnicas combinatórias e da investigação de propriedades estruturais de grafos. Este projeto tem dois objetivos principais: (i) Investigar características estruturais e algorítmicas de grafos e estruturas relacionadas; (ii) Aplicar a Teoria dos Grafos em problemas na área de Bioinformática através de uma abordagem interdisciplinar. Progressos no primeiro dos objetivos devem fornecer novas estratégias para problemas relacionados, bem como disponibilizar novas técnicas para problemas em diversas áreas do conhecimento. Um estudo de variadas técnicas combinatórias e um bom entendimento de propriedades estruturais de grafos são os pilares deste projeto. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / MOTA, GUILHERME O. - Coordenador / Roberto Freitas Parente - Integrante / Mathias Schacht - Integrante / Fabricio Siqueira Benevides - Integrante / Cristiane Maria Sato - Integrante / Fabio Botler - Integrante / Carla Negri Lintzmeyer - Integrante / Yoshiharu Kashiwabara - Integrante / Jie Han - Integrante / Daniel Morgato Martin - Integrante / Robert Morris - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2018 - Atual

    Análise e modelagem de genes mestres e/ou canalizadores em sistemas biológicos robustos modelados como redes sensíveis a contexto, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ronaldo Fumio Hashimoto em 16/12/2018., Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

  • 2016 - Atual

    Storage, Modeling and Analysis of Dynamical Systems for e-Science Applications, Descrição: The astonishing fast rate of technology evolution has given rise to a new era of scientific knowledge discovery. This new age of science, known as e-Science, is described as the new great computational and multidisciplinary team science requiring novel methodologies for data storage, modeling and analysis. In particular, the development of transactional and analytical software systems for e-Science applications when viewed from a dynamic systems perspective, presents a number of new computational challenges. Among them are the scientific knowledge discovery processes, which involve frequent changes of requirements for data storage, modeling and analysis. The need to address scientific dynamic systems in order to cope with complex applications of e-Science has woken up the scientific community for the development of robust and evolutionary software systems to meet these new challenges. Dynamical system is the classical mathematical formalism to represent phenomena that evolute with time, which are of great interest in science. In this project, our main goal is to develop computational models and methodologies to support e-Science applications viewed as dynamic systems. Our fundamental research covers three key research areas, namely storage, modeling, and analysis of dynamic systems. These research areas are significant and relevant to the FAPESP e-Science Program since many of the present e-Science challenges are related to the proper treatment of dynamic systems. Hence, we plan to develop and apply computational methodologies that will ease the development of e-Science applications, thereby contributing to the improvement of worldwide scientific knowledge, while respecting legal and ethical restrictions in data management.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / João Eduardo Ferreira - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2014 - 2016

    Análise do transciptoma de Leptospira biflexa obtido por RNA-seq em séries temporais sob estresse induzido por danos no DNA, Descrição: O presente projeto tem o objetivo de estabelecer um grupo de pesquisa interdisciplinar que atue na produção e análise de dados de genômica e transcriptômica de larga escala. Para isto, propomos estudar o padrão de resposta transcricional do organismo modelo Leptospira biflexa ao estresse induzido por alterações no DNA. O projeto visa (i) identificar os genes diferencialmente expressos entre as condições controle, estresse oxidativo por presença de ferro e efeito de UV em diferentes tempos, (ii) caracterizar a evolução temporal das redes de genes relacionados ao reparo de DNA, (iii) reconstruir as redes de transcritos envolvidos na ativação por UV, e (iv) comparar os resultados obtidos para L. biflexa com L. interrogans.O projeto possui também a meta de qualificar recursos humanos para as análises de dados de RNA-seq, o que é um desafio de bioinformática e de otimização computacional.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Coordenador / Ana Carolina Quirino Simões - Integrante / Renata Maria Augusto da Costa - Integrante.

  • 2014 - 2016

    Modelos de Programação e Algoritmos para a Execução Eficiente de Aplicações Paralelas em Aglomerados Heterogêneos, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Raphael Yokoingawa de Camargo em 16/07/2014., Descrição: Com o advento de diferentes classes de aceleradores, como as GPUs (Graphical Processing Units) e os Intel MICs (Many Integrated Cores), aglomerados heterogêneos, formados por diferentes tipos de aceleradores e processadores, se tornaram realidade. Estes aglomerados podem ser dedicados ou simplesmente um conjunto de estações de trabalho, distribuídas em diferentes laboratórios e que ficam ociosas durante a maior parte do tempo. As diferenças arquiteturais entre processadores e os diversos tipos de aceleradores tornam difícil o desenvolvimento de aplicações que utilizem estes aglomerados de modo eficiente.A proposta deste projeto consiste em avaliar modelos de programação que facilitem o desenvolvimento e a previsão do desempenho de aplicações para aglomerados heterogêneos. Também será desenvolvido um mecanismo de distribuição dinâmica de carga para estes aglomerados, que serão implementados em uma biblioteca já existente. O objetivo é facilitar tanto a implementação quanto a execução de aplicações para estes aglomerados. Na área de aplicações, serão desenvolvidos algoritmos de bioinformática para a inferência de redes de regulação gênica (Gene Regulatory Networks - GRNs), onde é preciso avaliar um vasto número de combinações de genes candidatos a preditores. Na área de neurociência computacional, será implementado o suporte a aceleradores em simuladores neuronais, como o MOOSE, de modo a permitir a simulação de redes neuronais compostas por milhares de neurônios. Para tal, serão desenvolvidos algoritmos para a solução eficiente de conjuntos de sistemas lineares, que são a base para a simulação de neurônios. Para ambas as áreas, o foco dos esforços será o suporte à execução eficiente em aglomerados heterogêneos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Luiz Carlos da Silva Rozante - Integrante / Raphael Yokoingawa de Camargo - Coordenador / Alfredo Goldman - Integrante / Daniel Cordeiro - Integrante., Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2013 - 2016

    Redes Gênicas Modeladas como Redes Booleanas Probabilísticas Sensíveis a Contexto, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ronaldo Fumio Hashimoto em 29/07/2014., Descrição: As reações químicas que resultam na expressão de genes no nível molecular são complexas e ainda não totalmente compreendidas. Um aspecto importante nesse contexto é a interação entre os genes. Sabe-se que os genes enviam, recebem e processam informações formando uma complexa rede de comunicação. Entretanto pesquisas na arquitetura e na dinâmica destas redes não são completamente conhecidas, mesmo para os organismos mais simples. Assim, os objetivos dessa proposta são: (i) estudar métodos para encontrar genes mestres e/ou canalizadores em processos biológicos de interesse a partir de dados de expressão gênica; (ii) fazer um estudo teórico estendendo resultados sobre a caracterização das condições necessárias e suficientes para produzir fenômenos como predição intrinsecamente multivariada e genes mestres e/ou canalizadores em redes de regulação gênica modeladas por redes Booleanas sensíveis ao contexto; e (iii) identificar dependências entre os genes mestres e/ou canalizadores e seus escravos (quem depende de quem) e como são estas dependências em termos de funções Booleanas de forma a possibilitar propostas de redes modeladas por redes Booleanas sensíveis ao contexto.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / DE OLIVEIRA, EVALDO A. - Integrante / BRAGA-NETO, ULISSES M. - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante., Financiador(es): (CNPq) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

  • 2013 - Atual

    NAP-USP - NUSCEP Núcleo de Pesquisa em Sinalização Celular na Interação Patógeno-Hospedeiro, Descrição: O estudo da biologia de parasitas, vírus e príons e de sua interação com o hospedeiro é fundamental para o desenvolvimento de novas estratégias que resultem em avanços nas áreas da saúde pública, agricultura e economia. Embora atualmente ocorra um crescente progresso na elucidação de mecanismos pelos quais os patógenos desenvolvem-se, nosso completo entendimento sobre as bases moleculares e celulares do processo de patogenicidade ainda é escasso. Portanto, o objetivo de se formar o NUSCEP é promover a integração de esforços em três abordagens: 1) caracterização das vias de sinalização e validação de sua relevância no ciclo infeccioso de patógenos a fim de identificar novas estratégias de controle; 2) investigação dos mecanismos pelos quais a resposta imune é modulada pelo patógeno; 3) uso da bioinformática para integração funcional de redes de sinalização dos processos biológicos. A proposta engloba pesquisadores de diferentes áreas, tais como, bioquímica, biologia celular e molecular, imunologia e bioinformática. A integração dessas áreas em torno de questões relevantes aos diversos aspectos da patogenicidade é chave na identificação dos componentes envolvidos em vias de sinalização que regulam interação e desenvolvimento dos patógenos. Nesse sentido nossas pesquisas incluirão estudos com Plasmodium falciparum e Plasmodium vivax, agentes etiológicos da malária humana, HPV, vírus responsável pela progressão do câncer de colo uterino em 99% dos casos relatados e príon, que desempenha papel crucial em encefalopatias espongiformes transmissíveis. Outro aspecto abordado incluirá a modulação da resposta imune na infecção. Tendo-se em vista a complexidade dos problemas, o uso de modelos computacionais será uma ferramenta complementar importante na integração e formação de redes de sinalização. Portanto, o apoio ao NUSCEP trará enormes frutos na formação de recursos humanos, geração de novas ideias e integração de áreas distintas, porém complementares.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Celia Regina S Garcia - Coordenador.

  • 2012 - 2016

    Temático-Pronex: Modelos e métodos de e-Science para ciências da vida e agrárias, Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados, mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa - eScience - que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo "dilúvio de dados". Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadas questões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperalidade permeiam todo o projeto.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2012 - Atual

    Bolsa Produtividade - Pesquisa e desenvolvimento de algoritmos em biologia sistêmica, Descrição: A biologia sistêmica aborda o estudo sistêmico e interações complexas verificadas em organismos vivos, visando um melhor entendimento dos processos que ocorrem em sistemas biológicos. As tecnologias recentes de extração de dados de expressões gênicas tornaram viável o estudo das funções biológicas e sua associação a algum fenômeno de interesse. No entanto, a análise desse tipo de dado é desafiadora devido à sua alta dimensionalidade: há um número grande de variáveis (genes) associadas a um número pequeno de amostras. Descobrir os inter-relacionamentos entre essas variáveis requer o desenvolvimento de técnicas computacionais e estatísticas inovadoras, que reduzam o erro de estimação intrínseco decorrente da alta dimensionalidade e ao mesmo tempo sejam viáveis do ponto de vista computacional. Em decorrência disso, a tarefa de recuperar, analisar e comparar com precisão o inter-relacionamento entre os genes, formando uma rede de regulação gênica (do inglês: Gene Regulatory Networks - GRN), continua um problema em aberto. Este projeto propõe o desenvolvimento de técnicas de análise e caracterização de redes de regulação por meio da integração de medidas relativas à topologia da rede estudada bem como de informações sobre a dinâmica temporal do sistema. Além disso, pretende-se usar a tecnologia emergente de GPUs para resolver problemas importantes em modelagem e simulação de sistemas biológicos, os quais demandam um alto poder computacional. Espera-se que as técnicas desenvolvidas tenham aplicação futura em diversas áreas que se beneficiam do conhecimento de processos em sistemas biológicos, tais como criação de biocombustíveis e combate a doenças tropicais.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

  • 2011 - 2013

    Simulação de Sistemas Biológicos Utilizando GPUs, Descrição: A área de biologia de sistemas é um campo de pesquisa interdisciplinar que foca no estudo sistêmico de interações complexas verificadas em organismos vivos. Um dos principais objetivos das pesquisas nessa área é descobrir propriedades novas que podem surgir da visão sistêmica para um melhor entendimento dos processos que ocorrem em sistemas biológicos. Em particular, este projeto foca em três aspectos importantes em biologia de sistemas: i) a investigação das interações entre neurônios em redes neuronais de grande escala; ii) o estudo e desenvolvimento de métodos de inferência de redes de regulação gênica e iii) o estudo e desenvolvimento de métodos de análise do comportamento dinâmico de redes de regulação gênica. O estudo de tais aspectos normalmente envolve um poder computacional significativo devido ao elevado número de elementos interagentes nesses sistemas. Para amenizar esse problema, uma possibilidade é o emprego de aglomerados de processadores gráficos (do inglês: Graphics processing unit - GPU). As GPUs geralmente são bastante eficientes em aplicações que envolvem exaustivas operações de ponto flutuante. A idéia central deste projeto é a obtenção e desenvolvimento de conhecimento e técnicas que permitam a exploração do poder computacional das GPUs para fins de desenvolvimento de soluções relativamente baratas e eficientes para problemas críticos colocados no contexto dos três aspectos mencionados acima. O escopo deste projeto está diretamente relacionado com dois dos cinco grandes desa fios identificados pela Sociedade Brasileira de Computação: Modelagem Computacional de Sistemas Complexos e Impactos para a Área de Computação da Transição do Silício para Novas Tecnologias. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Coordenador / Luiz Carlos da Silva Rozante - Integrante / Raphael Yokoingawa de Camargo - Integrante / Siang Wun Song - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

  • 2011 - 2013

    Integração de dados na biologia sistêmica: caracterização de fenômenos biológicos a partir de informações estruturais e funcionais, Descrição: Um problema importante na pesquisa em bioinformática é a inferência de redes de regulação gênica (GRNs) a partir de seus per fis de expressão. Em geral, as principais limitações encontradas estão relacionadas ao pequeno número de amostras disponíveis com alta dimensionalidade e ao ruído intrínseco das medidas de expressão. Em face a essas limitações, se torna evidente a necessidade do desenvolvimento de métodos alternativos para recuperar as redes gênicas de forma mais adequada e com mais precisão. Nesse contexto, este projeto de pesquisa aborda essa questão propondo a integraçãao de dados biológicos provenientes de diversas naturezas. Mais especi camente, é proposto neste projeto a formalização e desenvolvimento de metodologias para integração dessa variedade de dados biológicos disponíveis e a utilização desses dados integrados para a inferência de GRNs. A primeira etapa concentra-se na integração de informações de anotação gênica, proteoma, metaboloma, transcriptoma, estrutura e dinâmica das redes, dentre outras informações biológicas conhecidas. Em seguida, com base nas informações biológicas, desenvolver um modelo matemático para geração de um vetor de características que represente a sumarização desses dados. Outra fonte de informação a ser considerada é a estrurura topológica das redes biológicas conhecidas, as quais a princípio serão caracterizadas utilizando-se as medidas vindas da teoria de redes complexas. O escopo deste projeto está diretamente relacionado com um dos cinco grandes desa fios identificados pela Sociedade Brasileira de Computação: Modelagem Computacional de Sistemas Complexos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Integrante / Helena Brentani - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Marie-Anne Van Sluys - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Microsoft Research - Auxílio financeiro.

  • 2002 - 2008

    Redução de dimensionalidade em identificação de redes de regulação gênica e projeto de W-operadores, Descrição: Estudo e desenvolvimento de técnicas de redução de dimensionalidade genéricas que possam tratar problemas de bioinformática com foco em identificação de redes de regulação gênica e problemas de análise e processamento de imagens com foco no projeto de operadores de janela (W-operadores) para realização de determinadas operações ou análises sobre imagens.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Coordenador / Junior Barrera - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa., Número de produções C, T & A: 29

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Projetos de desenvolvimento

  • 2009 - 2009

    Zip Code, Descrição: Desenvolvimento de um sistema de resolução de imagens do tipo CAPTCHA (Completely Automated Public Turing test to tell Computers and Humans Apart) com o objetivo de automatizar buscas cadastrais. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Coordenador., Financiador(es): Aramax - Auxílio financeiro.

  • 2009 - 2009

    Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático, Descrição: Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático FAPESP "Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações". , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

  • 2009 - 2009

    Zip Code, Descrição: Desenvolvimento de um sistema de resolução de imagens do tipo CAPTCHA (Completely Automated Public Turing test to tell Computers and Humans Apart) com o objetivo de automatizar buscas cadastrais. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Coordenador., Financiador(es): Aramax - Auxílio financeiro.

  • 2009 - 2009

    Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático, Descrição: Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático FAPESP "Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações". , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

  • 2009 - 2009

    Zip Code, Descrição: Desenvolvimento de um sistema de resolução de imagens do tipo CAPTCHA (Completely Automated Public Turing test to tell Computers and Humans Apart) com o objetivo de automatizar buscas cadastrais. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Coordenador., Financiador(es): Aramax - Auxílio financeiro.

  • 2009 - 2009

    Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático, Descrição: Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático FAPESP "Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações". , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

  • 2009 - 2009

    Zip Code, Descrição: Desenvolvimento de um sistema de resolução de imagens do tipo CAPTCHA (Completely Automated Public Turing test to tell Computers and Humans Apart) com o objetivo de automatizar buscas cadastrais. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Coordenador., Financiador(es): Aramax - Auxílio financeiro.

  • 2009 - 2009

    Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático, Descrição: Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático FAPESP "Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações". , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

  • 2009 - 2009

    Zip Code, Descrição: Desenvolvimento de um sistema de resolução de imagens do tipo CAPTCHA (Completely Automated Public Turing test to tell Computers and Humans Apart) com o objetivo de automatizar buscas cadastrais. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Coordenador., Financiador(es): Aramax - Auxílio financeiro.

  • 2009 - 2009

    Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático, Descrição: Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático FAPESP "Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações". , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

  • 2009 - 2009

    Zip Code, Descrição: Desenvolvimento de um sistema de resolução de imagens do tipo CAPTCHA (Completely Automated Public Turing test to tell Computers and Humans Apart) com o objetivo de automatizar buscas cadastrais. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Coordenador., Financiador(es): Aramax - Auxílio financeiro.

  • 2009 - 2009

    Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático, Descrição: Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático FAPESP "Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações". , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

  • 2009 - 2009

    Zip Code, Descrição: Desenvolvimento de um sistema de resolução de imagens do tipo CAPTCHA (Completely Automated Public Turing test to tell Computers and Humans Apart) com o objetivo de automatizar buscas cadastrais. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Coordenador., Financiador(es): Aramax - Auxílio financeiro.

  • 2009 - 2009

    Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático, Descrição: Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático FAPESP "Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações". , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

  • 2009 - 2009

    Zip Code, Descrição: Desenvolvimento de um sistema de resolução de imagens do tipo CAPTCHA (Completely Automated Public Turing test to tell Computers and Humans Apart) com o objetivo de automatizar buscas cadastrais. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Coordenador., Financiador(es): Aramax - Auxílio financeiro.

  • 2009 - 2009

    Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático, Descrição: Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático FAPESP "Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações". , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

  • 2009 - 2009

    Zip Code, Descrição: Desenvolvimento de um sistema de resolução de imagens do tipo CAPTCHA (Completely Automated Public Turing test to tell Computers and Humans Apart) com o objetivo de automatizar buscas cadastrais. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Coordenador., Financiador(es): Aramax - Auxílio financeiro.

  • 2009 - 2009

    Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático, Descrição: Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático FAPESP "Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações". , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

  • 2009 - 2009

    Zip Code, Descrição: Desenvolvimento de um sistema de resolução de imagens do tipo CAPTCHA (Completely Automated Public Turing test to tell Computers and Humans Apart) com o objetivo de automatizar buscas cadastrais. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Coordenador., Financiador(es): Aramax - Auxílio financeiro.

  • 2009 - 2009

    Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático, Descrição: Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático FAPESP "Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações". , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

  • 2009 - 2009

    Zip Code, Descrição: Desenvolvimento de um sistema de resolução de imagens do tipo CAPTCHA (Completely Automated Public Turing test to tell Computers and Humans Apart) com o objetivo de automatizar buscas cadastrais. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Coordenador., Financiador(es): Aramax - Auxílio financeiro.

  • 2009 - 2009

    Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático, Descrição: Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático FAPESP "Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações". , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

  • 2009 - 2009

    Zip Code, Descrição: Desenvolvimento de um sistema de resolução de imagens do tipo CAPTCHA (Completely Automated Public Turing test to tell Computers and Humans Apart) com o objetivo de automatizar buscas cadastrais. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Coordenador., Financiador(es): Aramax - Auxílio financeiro.

  • 2009 - 2009

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  • 2009 - 2009

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  • 2009 - 2009

    Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático, Descrição: Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático FAPESP "Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações". , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

  • 2009 - 2009

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  • 2009 - 2009

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  • 2009 - 2009

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  • 2009 - 2009

    Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático, Descrição: Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático FAPESP "Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações". , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

  • 2009 - 2009

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  • 2009 - 2009

    Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático, Descrição: Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático FAPESP "Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações". , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento.

  • 2009 - 2009

    Zip Code, Descrição: Desenvolvimento de um sistema de resolução de imagens do tipo CAPTCHA (Completely Automated Public Turing test to tell Computers and Humans Apart) com o objetivo de automatizar buscas cadastrais. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Coordenador., Financiador(es): Aramax - Auxílio financeiro.

  • 2009 - 2009

    Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático, Descrição: Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático FAPESP "Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações". , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

  • 2009 - 2009

    Zip Code, Descrição: Desenvolvimento de um sistema de resolução de imagens do tipo CAPTCHA (Completely Automated Public Turing test to tell Computers and Humans Apart) com o objetivo de automatizar buscas cadastrais. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Coordenador., Financiador(es): Aramax - Auxílio financeiro.

  • 2009 - 2009

    Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático, Descrição: Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático FAPESP "Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações". , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

  • 2009 - 2009

    Zip Code, Descrição: Desenvolvimento de um sistema de resolução de imagens do tipo CAPTCHA (Completely Automated Public Turing test to tell Computers and Humans Apart) com o objetivo de automatizar buscas cadastrais. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Coordenador., Financiador(es): Aramax - Auxílio financeiro.

  • 2009 - 2009

    Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático, Descrição: Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático FAPESP "Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações". , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

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Prêmios

2017

Prêmio de Excelência Acadêmica da UFABC, Pró-Reitoria de Pesquisa da UFABC.

2016

Best Oral Presentation Award, X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the AB3C X-Meeting.

2015

Prêmio Excelência Acadêmica da UFABC, Pró-Reitoria de Pesquisa da UFABC.

2012

Best Pôster Award, ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine.

2010

Prêmio CAPES de Tese 2009 - Menção Honrosa, CAPES.

2004

Best presentation award - Fifth International Conference for the Critical Assessment of Microarray Data Analysis (CAMDA 2004), Duke University, http://www.camda.duke.edu/camda04.

Histórico profissional

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Endereço profissional

  • Universidade Federal do ABC, Centro de Matemática, Computação e Cognição. , Rua Arcturus, 03, Jardim Antares, 09606070 - São Bernardo do Campo, SP - Brasil, Telefone: (11) 23206279

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Experiência profissional

  • 2017 - Atual

    Universidade Federal do ABC

    Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor associado, Regime: Dedicação exclusiva.

  • 2009 - Atual

    Universidade Federal do ABC

    Vínculo: , Enquadramento Funcional: Professor adjunto, Regime: Dedicação exclusiva.

    Atividades

    • 04/2017

      Direção e administração, Centro de Matemática, Computação e Cognição, .,Cargo ou função, Coordenador do Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação.

    • 03/2017

      Conselhos, Comissões e Consultoria, Centro de Matemática, Computação e Cognição, .,Cargo ou função, Representante docente suplente do Conselho Universitário.

    • 12/2015

      Conselhos, Comissões e Consultoria, Centro de Matemática, Computação e Cognição, .,Cargo ou função, Representante docente suplente do Colegiado do Programa de Pós-Graduação em Neurociência e Cognição.

    • 08/2015

      Conselhos, Comissões e Consultoria, Centro de Matemática, Computação e Cognição, .,Cargo ou função, Membro do Conselho do Escritório de Integridade em Pesquisa.

    • 08/2015

      Conselhos, Comissões e Consultoria, Centro de Matemática, Computação e Cognição, .,Cargo ou função, Representante docente suplente do Colegiado do Bacharelado em Ciência da Computação.

    • 05/2017 - 08/2017

      Ensino, Bacharelado em Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Bases Computacionais da Ciência

    • 05/2017 - 08/2017

      Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Mineração de Dados

    • 04/2013 - 03/2017

      Conselhos, Comissões e Consultoria, Centro de Matemática, Computação e Cognição, .,Cargo ou função, Representante docente do Colegiado do Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação.

    • 09/2016 - 12/2016

      Ensino, Bacharelado em Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Bases Computacionais da Ciência, Natureza da Informação

    • 06/2016 - 08/2016

      Ensino, Bacharelado em Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Comunicação e Redes, Bases Computacionais

    • 06/2016 - 08/2016

      Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Seminários em Computação

    • 09/2015 - 12/2015

      Ensino, Neurociência e Cognição, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Neuroinformática

    • 09/2015 - 12/2015

      Ensino, Bacharelado em Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Natureza da Informação

    • 05/2015 - 08/2015

      Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Seminários em Computação

    • 05/2015 - 08/2015

      Ensino, Bacharelado em Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Bases Computacionais da Ciência, Comunicação e Redes

    • 09/2014 - 12/2014

      Ensino, Bacharelado em Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Natureza da Informação

    • 06/2014 - 09/2014

      Ensino, Bacharelado em Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Bases Computacionais da Ciência

    • 06/2014 - 09/2014

      Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Mineração de Dados

    • 11/2013 - 02/2014

      Ensino, Bacharelado em Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Natureza da Informação

    • 09/2013 - 12/2013

      Ensino, Neurociência e Cognição, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Neuroinformática

    • 07/2013 - 10/2013

      Ensino, Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Bases Computacionais da Ciência

    • 01/2013 - 04/2013

      Ensino, Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Natureza da Informação

    • 09/2012 - 12/2012

      Ensino, Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Natureza da Informação

    • 09/2012 - 12/2012

      Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Algoritmos e Estruturas de Dados II

    • 09/2011 - 12/2011

      Ensino, Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Natureza da Informação

    • 09/2011 - 12/2011

      Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Visão Computacional e Processamento de Imagens

    • 05/2011 - 08/2011

      Ensino, Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Comunicação e Redes

    • 09/2010 - 12/2010

      Ensino, Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Natureza da Informação

    • 05/2010 - 08/2010

      Ensino, Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Bases Computacionais da Ciência

    • 05/2010 - 08/2010

      Extensão universitária , Centro de Matemática, Computação e Cognição, .,Atividade de extensão realizada, Tutoria no Projeto de Ensino-Aprendizagem Tutorial (PEAT).

    • 09/2009 - 12/2009

      Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Paradigmas de Programação, Projeto Interdisciplinar I, Projeto Interdisciplinar II

  • 2012 - Atual

    Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq

    Vínculo: Bolsista de Produtividade, Enquadramento Funcional: Bolsista de Produtividade

    Outras informações:
    Bolsa de Produtividade em Pesquisa Nível 2

    Atividades

    • 03/2012

      Pesquisa e desenvolvimento , Bolsa de Produtividade, .,Linhas de pesquisa

    • 03/2012

      Conselhos, Comissões e Consultoria, Bolsa de Produtividade, .,Cargo ou função, Consultor Ad Hoc.

  • 2009 - 2009

    Instituto de Matemática e Estatística -USP

    Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Treinamento Técnico V (Bolsista FAPESP), Regime: Dedicação exclusiva.

    Outras informações:
    Gerenciamento dos projetos de software livre ligados ao projeto temático FAPESP "Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações"

  • 2009 - 2009

    Aramax

    Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisa e desenvolvimento