Marcelo da Silva Reis

Doutor em Ciência da Computação pela Universidade de São Paulo (2012), pós-graduado em Bioinformática pela Universität zu Köln (2005) e bacharel em Ciência da Computação pela Universidade Estadual de Campinas (2004). Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Aprendizado de Máquina, Otimização Combinatória e Biologia Computacional. Atualmente é Pesquisador Associado ao Laboratório Especial de Ciclo Celular do Instituto Butantan, onde atua principalmente na modelagem matemática e simulação computacional de sistemas biológicos (celulares e/ou moleculares).

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Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em Ciências da Computação

2007 - 2012

Universidade de São Paulo
Título: Minimização de funções decomponíveis em curvas em U definidas sobre cadeias de posets -- algoritmos e aplicações
Junior Barrera. Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. Palavras-chave: Otimização Combinatória; Processos Estocásticos; Seleção de características; Reconhecimento de Padrões.Grande área: Ciências Exatas e da Terra

Especialização em Bioinformática

2004 - 2005

Universitat Zu Koln
Título: Integration of trancriptional regulation information into the evaluation of gene expression experiments
Orientador: Alexander Schönhuth
Bolsista do(a): Bundesministerium für Bildung und Forschung, BMBF, Alemanha.

Graduação em Ciência da Computação

2000 - 2003

Universidade Estadual de Campinas
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.

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Pós-doutorado

2013 - 2013

Pós-Doutorado. , Instituto de Matemática e Estatística, IME-USP, Brasil. , Grande área: Ciências Exatas e da Terra, Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Otimização Combinatória. , Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.

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Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Alemão

Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.

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Áreas de atuação

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Projeto e Análise de Algoritmos.

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Otimização Combinatória.

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Biologia Computacional.

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Processamento de Imagens.

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Morfologia Matemática.

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Organização de eventos

REIS, M. S. ; et al. . Computação e Mercado 2001. 2001. (Congresso).

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Participação em eventos

17th International Conference on Systems Biology (ICSB 2016). Mathematical modeling of the K-Ras switch in the K-Ras-driven mouse Y1 adrenocortical tumor cells provides insights into molecular mechanisms of FGF2-induced cell cycle arrest. 2016. (Congresso).

Symmetry and Dynamics in Biology: From experimental analysis to mathematical modeling. Design and analysis of dynamical models of biochemical reaction networks. 2015. (Congresso).

X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics. A method to modify molecular signaling networks through examination of interactome databases. 2015. (Congresso).

18th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology. Mathematical modeling of Ras/MAPK signaling network kinetics provides insights into mechanisms of FGF2-induced cell cycle arrest in the K-Ras-driven mouse Y1 adrenocortical tumor cells. 2014. (Congresso).

Challenges and Solutions in Cancer Research and Treatment (CSC 2014). Modeling the kinetics of Ras/MAPK and PI3K/AKT signaling pathways in the K-Ras-driven mouse Y1 adrenocortical tumor cells: novel insights into the mechanisms of FGF2-driven cell cycle arrest. 2014. (Congresso).

FAPESP workshop at the Interface between Physics and Biology. 2014. (Seminário).

The 15th International Conference on Systems Biology (ICSB 2014). Mathematical modeling of the crosstalk between Ras/MAPK and PI3K/Akt signaling pathways in the K-Ras-driven mouse Y1 adrenocortical tumor cells provides insights into the mechanisms of FGF2-driven cell cycle arrest. 2014. (Congresso).

XLIII Reunião Anual da SBBq. Mathematical modeling of the Ras/MAPK and PI3K/Akt signaling networks in the K-Ras-driven mouse Y1 adrenocortical tumor cells. 2014. (Congresso).

11th International Symposium on Mathematical Morphology. Solving Problems in Mathematical Morphology through Reductions to the U-curve Problem. 2013. (Congresso).

Latin American eScience workshop "Turning Data into Insight". 2013. (Seminário).

WBA 2012 - Workshop in Bioinformatics and Algorithms. 2012. (Seminário).

Workshop de Bioinformática -- Centro de Genômica Funcional Aplicado à Agropecuária e Agroenergia.Modeling cell cycle signaling networks. 2012. (Seminário).

6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. Estimation of Probabilistic Gene Networks using the UCS feature selection algorithm. 2010. (Congresso).

BioCombP: A Workshop on Bioinformatics, Combinatorics, and Probability. 2009. (Seminário).

3rd Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. Integration between the Citrus unigene editor and a digital Northern tool, using XML. 2007. (Congresso).

14th Annual International Conference On Intelligent Systems For Molecular Biology. A Digital Northern tool for assessment of Citrus differentially expressed genes. 2006. (Congresso).

2nd Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. 2006. (Congresso).

The First Workshop On Comparative Microbial Genomics & Taxonomy. 2006. (Seminário).

1st Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. 2005. (Congresso).

Universidade de Portas Abertas (UPA).Atividades do Laboratório de Bioinformática (LBI) do Instituto de Computação da UNICAMP. 2003. (Encontro).

WCAP'03 - Workshop on Cryptographic Algorithms and Protocols. 2003. (Seminário).

WOB 2003 - II Brazilian Workshop on Bioinformatics. 2003. (Congresso).

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Participação em bancas

Aluno: Diogo Mattioli

GUBITOSO, M. D.; BRAGHETTO, K. R.;REIS, M. S.. Aplicação de banco de dados de grafos no armazenamento de dados ômicos heterogêneos para o tratamento em bioinformática. 2017. Dissertação (Mestrado em Engenharia da Computação) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo.

Aluno: Willian Wagner Lautenschlager

RAMOS, A. F.; FERREIRA, F. F.; CHAMMAS, R.;REIS, M. S.. Um modelo estocástico de simulação da dinâmica dos queratinócitos, melanócitos e melanomas no desenvolvimento dos tumores. 2017. Dissertação (Mestrado em MODELAGEM DE SISTEMAS COMPLEXOS) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Amanda Sayuri Guimarães

BARRERA, J.; BARROS, S. R. M.;REIS, M. S.. Um algoritmo para simplificar sistemas de equações diferenciais que descrevem a cinética de reações químicas. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Lulu Wu

BARRERA, J.; SOUZA, S. J.;REIS, M. S.. Um método para modificar vias de sinalização molecular por meio de análise de banco de dados de interatomas. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Gabriel Francisco Zaniboni

REIS, E. M. R.; NAKAYA, H. T. I.;REIS, M. S.. Implementação de abordagens computacionais para identificação de RNAs longos não codificadores envolvidos na diferenciação neural. 2015. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Alexandre Sarmento Queiroga

RAMOS, A. F.; STRAUSS, B. E.; GUARDIA, G. G. L.; ANDRADE, L. N. S.;REIS, M. S.. Um modelo espacial estocástico do crescimento e tratamento de metástase em fase avascular. 2017. Tese (Doutorado em Oncologia) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Joel Edu Sánchez Castro

HASHIMOTO, R. F.; BRAGA NETO, U. M.;REIS, M. S.. Projeto de W -operadores por multirresolução usando abordagem U-curve. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Gustavo Estrela de Matos

Reis, M. S.; FUJITA, A.; RAMOS, A. F.. Identification of cell signaling pathways based on biochemical reaction kinetics repositories. 2019. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: André Thomaz Gandolpho de Mello

BARRERA, J.Reis, M. S.; MASCARENHAS, W. F.. Novo método para estimação de parâmetros da cinética química na presença de dados de baixa resolução. 2018.

Aluno: Diogo Mattioli

GUBITOSO, M. D.; BRAGHETTO, K. R.;REIS, M. S.. Aplicação de graph database no armazenamento de redes genômicas para o tratamento de dados em bioinformática. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Engenharia da Computação) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo.

Aluno: Lulu Wu

BARRERA, J.REIS, M. S.; FUJITA, A.. Um método para modificar vias de sinalização molecular por meio de análise de banco de dados de interatomas. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Amanda Sayuri Guimarães

BARRERA, J.; BARROS, S. R. M.;REIS, M. S.. Um algoritmo para simplificar sistemas de equações diferenciais que descrevem a cinética de reações químicas. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

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Comissão julgadora das bancas

David Corrêa Martins Junior

BARRERA, Junior; LAGO, A. P.; FERREIRA, Carlos Eduardo; YANASSE, Horacio Hideki;MARTINS JR, David Corrêa. Minimização de funções decomponíveis em curvas em U definidas sobre cadeias de posets - algoritmos e aplicações. 2012. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística -USP.

Carlos Eduardo Ferreira

BARRERA, J.; LAGO, A. P.;FERREIRA, C. E.; H.H. Yanasse; MARTINS JUNIOR, D. C.. Minimização de funções decomponíveis em curvas em U definidas sobre cadeias de posets - algoritmos e aplicações. 2012. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Carlos Eduardo Ferreira

FERREIRA, C. E.BARRERA, J.; Hirata, N.. Minimização de funções decomponíveis em curvas em U definidas sobre cadeias de posets - algoritmos e aplicações. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

Horacio Hideki Yanasse

BARRERA, J.LAGO, A. P.FERREIRA, C. E.YANASSE, H. H.MARTINS JUNIOR, D. C.. Minimização de funções decomponíveis em curvas U definidas sobre cadeias de posets - algoritmos e aplicações. 2012.

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Orientou

Gustavo Estrela de Matos

Identificação de vias de sinalização celular baseada em repositórios de cinética de reações bioquímicas; Início: 2018; Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; (Orientador);

Ciro Ferreira de Oliveira

Projeto de classificadores multi-resolução para identificação de proteínas nucleares; Início: 2019; Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Abi - Matemática Aplicada) - Universidade de São Paulo; (Orientador);

Gustavo Mendes Maciel

Um método baseado em multi-resolução para análise filoproteômica de venenos de serpentes; Início: 2019; Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo; (Orientador);

Bruno Boaventura Scholl

Desenvolvimento de um sistema de informação para coleta e análise de relatórios de produtividade cientı́fica; Início: 2019; Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; (Orientador);

Rosimar Fantone Lopes

Atualização e desenvolvimento de documentação para a plataforma CeTICSdb; Início: 2019; Orientação de outra natureza; Universidade Federal de São João Del-Rei; (Orientador);

Victor Wichmann Raposo

Análise filogenética de serpentes do gênero Bothrops a partir de proteomas de venenos; 2018; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Marcelo da Silva Reis;

Gustavo Rodrigues Cayres Silva

Desenho e simulação de modelos computacionais da dinâmica de replicação de DNA em kinetoplastı́deos; 2017; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Marcelo da Silva Reis;

Gustavo Estrela de Matos

Projeto de algoritmos baseados em florestas de posets para o problema de otimização U-curve; 2017; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Marcelo da Silva Reis;

Daniel Francisco Reverbel

Avaliação de parâmetros de modelos cinéticos de redes de sinalização molecular; 2015; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo; Orientador: Marcelo da Silva Reis;

Bruno Boaventura Scholl

Modelos multiescalas da dinâmica do ciclo celular em trypanossomatídeos; 2018; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo; Orientador: Marcelo da Silva Reis;

Gustavo Rodrigues Cayres Silva

Desenho e simulação de modelos computacionais da dinâmica de replicação de DNA em kinetoplastı́deos; 2016; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo; Orientador: Marcelo da Silva Reis;

Daniel Ferreira Silva

Incorporação de dados proteômicos de alto rendimento na modelagem matemática da cinética de redes moleculares de sinalização; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Engenharia Elétrica) - Instituto Butantan, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Marcelo da Silva Reis;

Gustavo Estrela de Matos

Estudos de estruturas de dados eficientes para abordar o problema de otimização U-curve; 2015; Iniciação Científica; (Graduando em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Marcelo da Silva Reis;

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Foi orientado por

Junior Barrera

Minimização de funções decomponíveis em curvas em U definidas sobre cadeias de posets - algoritmos e aplicações; 2012; Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística da USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Junior Barrera;

Marcos Antonio Machado

Bioinformatics for the Citrus EST project (CitEST); ; 2007; Orientação de outra natureza - Instituto Agronômico de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Marcos Antonio Machado;

Marcos Antonio Machado

Desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para o genoma expresso de citros; ; 2005; Orientação de outra natureza - Instituto Agronômico de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Marcos Antonio Machado;

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Produções bibliográficas

  • ANDRADE-SILVA, DÉBORA ; ASHLINE, DAVID ; TRAN, THUY ; LOPES, ALINE S. ; CARDOSO, SILVIA REGINA TRAVAGLIA ; Reis, Marcelo S. ; ZELANIS, ANDRÉ ; SERRANO, SOLANGE M T ; REINHOLD, VERNON N. . Structures of N-Glycans of Bothrops venoms revealed as molecular signatures that contribute to venom phenotype in viperid snakes.. MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS , v. 17, p. 1261-1284, 2018.

  • VITORINO, FRANCISCA NATHALIA DE LUNA ; MONTONI, FABIO ; MORENO, JAQUELINE NEVES ; DE SOUZA, BRUNO FERREIRA ; LOPES, MARIANA DE CAMARGO ; CORDEIRO, BARBARA ; FONSECA, CECILIA SELLA ; GILMORE, JOSHUA M ; SARDIU, MIHAELA I ; REIS, MARCELO SILVA ; FLORENS, LAURENCE A ; WASHBURN, MICHAEL P ; ARMELIN, HUGO AGUIRRE ; DA CUNHA, JULIA PINHEIRO CHAGAS . FGF-2 Antiproliferative Stimulation Induces Proteomic Dynamic Changes and High Expression of fosB and junB in K-Ras-Driven Mouse Tumor Cells. PROTEOMICS , v. 18, p. 1800203, 2018.

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  • Dias, Matheus H. ; FONSECA, CECÍLIA S. ; ZEIDLER, JULIANNA D. ; Albuquerque, Layra L. ; DA SILVA, MARCELO S. ; LOPES-CARARO, EDUARDO ; Reis, Marcelo S. ; NOËL, VINCENT ; DOS SANTOS, EDMILSON O. ; PRIOR, IAN A. ; Armelin, Hugo A. . Fibroblast Growth Factor 2 lethally sensitizes cancer cells to stress-targeted therapeutic inhibitors. Molecular Oncology , v. 13, p. 290-306, 2018.

  • DE JESUS, TERESA CRISTINA LEANDRO ; CALDERANO, SIMONE GUEDES ; VITORINO, FRANCISCA NATHALIA DE LUNA ; LLANOS, RICARDO PARIONA ; LOPES, MARIANA DE CAMARGO ; DE ARAÚJO, CHRISTIANE BEZERRA ; THIEMANN, OTAVIO HENRIQUE ; REIS, MARCELO DA SILVA ; ELIAS, MARIA CAROLINA ; DA CUNHA, JULIA PINHEIRO CHAGAS . Quantitative proteomic analysis of replicative and non-replicative forms reveals important insights into chromatin biology of Trypanosoma cruzi . Molecular & Cellular Proteomics , v. 16, p. mcp.M116.061200, 2017.

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  • NASCIMENTO, A. L. T. O. KO, A. I. MARTINS, E. A. L. MONTEIRO-VITORELLO, C. B. HO, P. L. Haake, D. A. VERJOVSKI-ALMEIDA, S. HARTSKEERL, R. A. MARQUES, M. V. OLIVEIRA, M. C. MENCK, C. F. M. LEITE, L. C. C. CARRER, H. COUTINHO, L. L. DEGRAVE, W. M. DELLAGOSTIN, O. A. EL-DORRY, H. FERRO, E. S. FERRO, M. I. T. FURLAN, L. R. GAMBERINI, M. GIGLIOTI, E. A. GOES-NETO, A. GOLDMAN, G. H. GOLDMAN, M. H. S. , et al. HARAKAVA, R. Jeronimo, S. M. B Junqueira-de-Azevedo, I. L. M. Kimura, E. T. Kuramae, E. E. Lemos, E. G. M. Lemos, M. V. F. Marino, C. L. Nunes, L. R. de Oliveira, R. C. Pereira, G. G. REIS, M. S. Schriefer, A. Siqueira, W. J. Sommer, P. ; Comparative Genomics of Two Leptospira interrogans Serovars Reveals Novel Insights into Physiology and Pathogenesis. Journal of Bacteriology (Print) , v. 186, n.7, p. 2164-2172, 2004.

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  • REIS, M. S. ; DIAS, M. H. S. ; Nakano, F. ; BARRERA, J. ; ARMELIN, H. A. . Mathematical modeling of Ras/MAPK signaling network kinetics provides insights into mechanisms of FGF2-induced cell cycle arrest in the K-Ras-driven mouse Y1 adrenocortical tumor cells. In: 18th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, 2014, Pittsburgh. RECOMB 2014 Book of Abstracts. p. 126-126.

  • REIS, M. S. ; DIAS, M. H. S. ; Nakano, F. ; NOEL, V. ; BARRERA, J. ; Armelin, H.A. . Modeling the kinetics of Ras/MAPK and PI3K/AKT signaling pathways in the K-Ras-driven mouse Y1 adrenocortical tumor cells: novel insights into the mechanisms of FGF2-driven cell cycle arrest. In: Challenges and Solutions in Cancer Research and Treatment (CSC 2014), 2014, Mangaratiba, RJ. CSC 2014, 2014. p. SIG-09.

  • Reis, M. S. ; DIAS, M. H. S. ; ALBUQUERQUE, L. L. ; NOEL, V. ; Nakano, F. ; BARRERA, J. ; Armelin, H.A. . Mathematical modeling of the Ras/MAPK and PI3K/Akt signaling networks in the K-Ras-driven mouse Y1 adrenocortical tumor cells. In: XLIII Reunião Anual da SBBq, 2014, Foz do Iguaçu. Resumos da XLIII Reunião Anual da SBBq, 2014. p. P-C35.

  • Reis, Marcelo S. ; NOEL, V. ; DIAS, M. H. S. ; ALBUQUERQUE, L. L. ; Nakano, F. ; BARRERA, J. ; Armelin, H.A. . Mathematical modeling of the crosstalk between Ras/MAPK and PI3K/Akt signaling pathways in the K-Ras-driven mouse Y1 adrenocortical tumor cells provides insights into the mechanisms of FGF2-driven cell cycle arrest. In: The 15th International Conference on Systems Biology (ICSB 2014), 2014, Melbourne. Proceedings of the ICSB 2014, 2014.

  • REIS, M. S. ; FERREIRA, C. E. ; BARRERA, J. . Estimation of Probabilistic Gene Networks using the UCS feature selection algorithm. In: X-Meeting, 2010, Ouro Preto. Proceedings of the 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010. p. SBN15.

  • REIS, M. S. ; BARRERA, J. . Assessment of prediction methods for the estimation of Probabilistic Gene Networks. In: X-Meeting, 2009, Angra dos Reis. Proceedings of the 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009. p. P68.

  • SCHEICHER, R.B. ; REIS, M. S. ; TAKITA, M. A. ; MACHADO, M. A. . Integration between the Citrus unigene editor and a digital Northern tool, using XML. In: X-Meeting 2007, 2007, São Paulo. Proceedings of the 3rd Conference of Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. São Paulo: AB3C, 2007. p. XP36.

  • REIS, M. S. ; TAKITA, M. A. ; SOUZA, A. A. ; BERGER, I. J. ; FREITAS-ASTUA, J. ; MACHADO, M. A. . A Digital Northern tool for assessment of Citrus differentially expressed genes. In: 14th Annual International Conference On Intelligent Systems For Molecular Biology, 2006, Fortaleza. 14th Annual International Conference On Intelligent Systems For Molecular Biology, H91, 2006.

  • GREN, ERIC C.K. ; KITANO, EDUARDO S. ; ANDRADE-SILVA, DEBORA ; IWAI, LEO KEI ; Reis, Marcelo S. ; MENEZES, MILENE C. ; SERRANO, SOLANGE M.T. . Comparative analysis of the high molecular mass subproteomes of eight Bothrops snake venoms. Comparative Biochemistry and Physiology D-Genomics & Proteomics , 2019.

  • REIS, M. S. ; FERREIRA, C. E. ; BARRERA, J. . The U-curve optimization problem: improvements on the original algorithm and time complexity analysis 2014 (Boletim Técnico).

  • AMARAL, A. M. ; REIS, M. S. ; SILVA, F. R. . O programa BLAST: guia prático de utilização. Brasília: Embrapa, 2007 (Boletim Técnico).

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Outras produções

ANDRADE, T. P. ; BONIS, G. ; MARTINS, A. ; MONTAGNER, I. S. ; REIS, M. S. ; SANTOS, M. V. ; SUCA, E. G. . The Dojo Online: an open-source, web coding dojo. 2010.

Reis, M. S. . Rotas: um planejador simples de rotas de trânsito. 2009.

Reis, M. S. . sPGN: a simulator of the dynamics of Probabilistic Gene Networks. 2007.

Reis, M. S. ; SETUBAL, J. C. . SpLip: Spirochaetal Lipoprotein Identification Tool. 2004.

Machado, Marcos A. ; Takita, Marco A. ; Amaral, Alexandre M. ; REIS, M. S. ; et al. . Global analysis of Citrus Expression. 2008.

Reis, Marcelo S. . Introdução a conceitos básicos de programação. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

Reis, Marcelo S. . Introdução à Proteômica Computacional. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

Reis, Marcelo S. . Modelagem Matemática e Simulação de Cinéticas Enzimáticas. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

Reis, M. S. . Bioinformática para o projeto Citrus EST (CitEST). 2009. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Reis, M. S. . Introdução à Bioinformática Aplicada. 2007. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

REIS, M. S. ; SETUBAL, J. C. . Bioinformática para Projetos do Grupo AEG. 2004 (Treinamento Técnico) .

REIS, M. S. ; SETUBAL, J. C. . Identificação Computacional de Lipoproteínas em Espiroquetas. 2003 (Iniciação Científica) .

REIS, M. S. ; KITAJIMA, J. P. . Sistemas de Informação para Projetos Genoma e Transcriptoma. 2002 (Iniciação Científica) .

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Projetos de pesquisa

  • 2016 - Atual

    Armazenagem, Modelagem e Análise de Sistemas Dinâmicos para Aplicações, Descrição: A surpreendente e rápida evolução da tecnologia deu origem a uma nova era de descoberta de conhecimento científico. Essa nova era da ciência, conhecida como e-Science é descrita como uma nova ciência computacional e composta por uma equipe multidisciplinar que exige novas metodologias para o armazenamento, modelagem e análise de dados. Em particular, o desenvolvimento de sistemas de software transacionais e analíticos para aplicações e-Science visto como sistemas dinâmicos apresenta novos desafios computacionais. Entre eles, destacam-se os desafios dos processos de descoberta de conhecimento científico que, na maioria das vezes, envolvem mudanças frequentes de requisitos para armazenagem, modelagem e análise de dados. A necessidade de abordar sistemas dinâmicos científicos para tratar complexas aplicações de e-Science despertou a comunidade científica para a necessidade de sistemas de software robustos e evolutivos para atender a esses novos desafios. Sistema dinâmico é um arcabouço matemático clássico para representar fenômenos que evoluem no tempo e que são de grande interesse na ciência. Neste Projeto Temático, nosso principal objetivo é desenvolver modelos computacionais e metodologias para apoiar as aplicações e-Science. Nossa pesquisa fundamental cobre três principais áreas: armazenagem, modelagem e análise de sistemas dinâmicos. Essas áreas de pesquisa são importantes e relevantes para o Programa e-Science FAPESP já que muitos dos desafios atuais de e-Science estão relacionadas ao tratamento adequado dos sistemas dinâmicos. Assim, pretendemos desenvolver e aplicar metodologias computacionais que irão facilitar o desenvolvimento de aplicações e-Science contribuindo assim para a melhoria do conhecimento científico mundial, respeitando as restrições legais e éticas na gestão de dados.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Marcelo da Silva Reis - Integrante / João Eduardo Ferreira - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2013 - Atual

    CeTICS - Centro de Toxinas, Imuno-Resposta e Sinalização Celular, Descrição: No Instituto Butantan toxinologia e regulação da resposta imune são, tradicionalmente, áreas conexas de pesquisa científica e desenvolvimento biotecnológico, através das quais o Instituto, historicamente, construiu sua reputação internacional de excelência. Na cultura do Instituto, venenos são misturas complexas de toxinas, selecionadas ao longo da evolução para sinergicamente exercerem efeitos biológicos sistêmicos, através de mecanismos bioquímicos, moleculares e celulares altamente específicos. Portanto, a análise química de venenos tem boas chances de levar à descoberta de novas moléculas de toxinas com potencial terapêutico. Essas premissas foram seguidas com sucesso por pesquisadores do Centro de Toxinologia Aplicada (CAT CEPID-FAPESP), projeto iniciado há 10 anos, que isolaram, caracterizaram quimicamente e patentearam diversas toxinas de natureza proteica, que se tornaram pontos de partida para desenvolvimento de inovação farmacêutica em parceria com indústrias locais. A ênfase em proteínas e peptídeos levou o CAT CEPID a instalar laboratórios no estado da arte para transcriptômica, proteômica, biologia molecular do DNA recombinante e síntese de peptídeos. Mais recentemente, estudos dos mecanismos de ação, bioquímicas, moleculares e celulares, dessas promissoras moléculas foram iniciados com o objetivo de estabelecer provas de conceito. Assim, o CAT estabeleceu, no Instituto Butantan, as condições iniciais para a criação de um centro de toxinas e resposta imune fundamentado nas abordagens atuais da biologia sistêmica. Por conseguinte, 10 pesquisadores, entre os mais competitivos do Instituto Butantan, propõem a criação do novo Centro de Toxinas, Resposta-imune e Sinalização Celular, com aspirações a centro de excelência de classe mundial, aproveitando a histórica reputação internacional do Butantan e o sucesso recente do CAT CEPID. O Plano de pesquisa do Centro Integra subprojetos voltados para a pesquisa científica com subprojetos de vocação para a inovação tecnológica. Um grande grupo de cientistas seniores do Instituto Butantan, de outras instituições brasileiras e de renomadas instituições estrangeiras serão colaboradores do Centro proposto.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Marcelo da Silva Reis - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador.

  • 2012 - 2013

    Otimização em modelos matemáticos da cinética de redes moleculares de sinalização, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Junior Barrera em 05/02/2014., Descrição: O objetivo deste projeto de pós-doutorado foi o desenvolvimento de modelos matemáticos que expliquem a cinética de redes de sinalização, isto é, de sistemas de interação entre espécies químicas que governam as atividades celulares. Estudamos principalmente redes de sinalização que são caracterizadas por reações enzimáticas sequenciais. Abordamos problemas de otimização inerentes à modelagem da cinética de redes de sinalização, como o que surge durante a estimação das constantes de velocidade de reações químicas. Para possibilitar o desenvolvimento desses modelos matemáticos, um fluxo de trabalho foi projetado e implementado. O fluxo de trabalho será utilizado para o desenho de um modelo robusto que explique de forma adequada a dinâmica de redes de sinalização, iniciando por um estudo de caso, a rede de sinalização FGF2/RasGTP/MAPKs em células da linhagem tumoral Y1. As atividades iniciadas neste projeto passaram a fazer parte da linha de pesquisa "Modelagem matemática e simulação computacional da cinética de redes de sinalização", que atualmente é desenvolvida no LETA, Instituto Butantan.. , Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Marcelo da Silva Reis - Integrante / Junior Barrera - Coordenador / Hugo Aguirre Armelin - Integrante / Fábio Nakano - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

  • 2009 - 2012

    Minimização de funções decomponíveis em curvas em U definidas sobre cadeias de posets, Descrição: O objetivo deste projeto foi o estudo do problema de otimização U-curve, um problema combinatório NP-difícil que serve para modelar o problema de seleção de características, no contexto de Reconhecimento de Padrões. Ademais, este projeto também visou o desenvolvimento de algoritmos eficientes para resolver o problema U-curve. Os algoritmos desenvolvidos foram testados com dados simulados e também com aplicações práticas no contexto de Processamento de Imagens (projeto de W-operadores) e de Modelagem de Sistemas Biológicos (estimação de Redes Gênicas Probabilísticas).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Marcelo da Silva Reis - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Junior Barrera - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.

  • 2006 - 2007

    Bioinformática para projetos de metagenoma da bactéria Candidatus Liberibacter, agente do Huanglongbing (ex-greening) e transcriptoma e shotgun do ácaro da leprose dos citros (Brevipalpus phoenicis), Descrição: O objetivo principal deste projeto de Treinamento Técnico V foi realizar análises de Bioinformática no contexto do projeto metagenoma de C. Liberibacter, o patógeno responsável pelo Huanglongbing (HLB, ex-greening), uma das mais devastadoras doenças de citros. Dentre as atribuições, estão a eliminação de contaminantes; montagem, identificação e anotação de genes; genômica comparativa e análises filogenéticas. Este trabalho foi vinculado ao Projeto Temático da FAPESP ?Estudos da bactéria Candidatus Liberibacter spp., agente causal do huanglongbing (ex­-greening) dos citros: diagnóstico, biologia e manejo? (processo 2005/00718­2). Ademais, o projeto visava prover os trabalhos de Bioinformática para os projetos transcriptoma e de sequenciamento parcial de Brevipalpus phoenicis, o ácaro causador da leprose de citros. Dentre as atividades realizadas estão a preparação de um sistema de submissão de sequências, eliminação de contaminantes, montagem, genômica comparativa e análises filogenéticas. Este último trabalho foi vinculado ao Projeto Jovem­ Pesquisador da FAPESP ?Leprose dos citros: abordagem molecular e funcional da planta, vírus, vetor e suas interações? (processo 2004/10511­3).. , Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Marcelo da Silva Reis - Integrante / Marcos Antonio Machado - Coordenador / Freitas-Astúa, Juliana - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

  • 2004 - 2005

    Integration of transcriptional regulation information into the evaluation of gene expression experiments, Descrição: Este projeto teve como objetivo validar resultados de aglomerações de padrões de expressão gênica, para isso utilizando informação extraída de fatores de transcrição. As aglomerações foram realizadas utilizando Modelos de Markov para Estados Ocultos (Hidden Markov Models -- HMM). Para avaliação do modelo proposto foi utilizado dados de expressão gênica de Saccharomyces cerevisiae.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Marcelo da Silva Reis - Integrante / Alexander Schönhuth - Coordenador / Hiwot Woldmichael - Integrante., Financiador(es): Bundesministerium für Bildung und Forschung - Bolsa.

  • 2003 - 2004

    Bioinformática para projetos do grupo AEG, Descrição: Este projeto teve como objetivo as análises de Bioinformática aos projetos do "Agronomical and Environmental Genomes" (AEG), particularmente para o Projeto Genoma de Leifsonia xyli.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Marcelo da Silva Reis - Integrante / Setubal, João C. - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

  • 2002 - 2003

    Identificação computacional de lipoproteínas em espiroquetas, Descrição: o objetivo deste projeto foi o desenvolvimento de uma nova metodologia para identificação computacional de genes que codificam lipoproteínas em espiroquetas (um tipo de bactéria gram-negativa). A nova metodologia leva em consideração 2 tipos distintos de informação: i) motivos de resíduos na região do peptídeo sinal (verificados através de uma matriz de peso, construída a partir de um conjunto de treinamento); ii) comparação entre as sequências putativas e famílias de genes parálogos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Marcelo da Silva Reis - Integrante / Setubal, João C. - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa., Número de produções C, T & A: 1

  • 2001 - 2002

    Sistemas de informação para projetos genoma e transcriptoma de pequeno porte, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Joao Paulo Fumio Whitaker Kitajima em 15/11/2013., Descrição: este projeto teve por objetivo realizar análises de Bioinformática para o projeto EST de Gracilaria tenuistipitata, Entre as atividades desenvolvidas estavam a eliminação de contaminantes e de redundância, montagem de sequências, a anotação de genes putativos e algumas análises quantitativas e qualitativas (codon usage, etc.). Ademais, este projeto também prestou suporte ao projeto genoma do cloroplasto dessa mesma espécie de alga vermelha, com o desenvolvimento de tarefas tais como: identificação computacional de open reading frames (ORFs); anotação de genes putativos; análises filogenéticas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Marcelo da Silva Reis - Integrante / João Paulo Kitajima - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa., Número de produções C, T & A: 2

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Prêmios

2004

Bolsa de pós-graduação para alunos altamente qualificados (Graduiertenförderung), Bundesministerium für Bildung und Forschung, Alemanha.

Histórico profissional

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Endereço profissional

  • Instituto Butantan, Laboratório Especial de Ciclo Celular (LECC). , Avenida Vital Brasil, 1500, Butantã, 05503900 - São Paulo, SP - Brasil, Telefone: (11) 26279731, Fax: (11) 26279731, URL da Homepage:

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Experiência profissional

  • 2016 - Atual

    Universidade de São Paulo

    Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador Associado

    Outras informações:
    Colaboração no subprojeto "Categorical Dynamical Systems and U-curve Optimizations", dentro do projeto Temático "Armazenagem, Modelagem e Análise de Sistemas Dinâmicos para Aplicações" (processo FAPESP: 2015/01587-0),

  • 2013 - Atual

    Instituto Butantan

    Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Pesquisador associado, Carga horária: 40

    Atividades

    • 01/2014

      Outras atividades técnico-científicas , Laboratório Especial de Ciclo Celular (LECC), Laboratório Especial de Ciclo Celular (LECC).,Atividade realizada, Coordenador dos seminários (journal club) do LECC..

    • 08/2013

      Pesquisa e desenvolvimento , Laboratório Especial de Ciclo Celular (LECC), .,Linhas de pesquisa

  • 2013 - 2013

    Instituto de Matemática e Estatística

    Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Monitor de graduação, Carga horária: 6

    Outras informações:
    Monitor de MAC329 -- Álgebra Booleana e Aplicações. MAC329 é uma disciplina obrigatória do programa de Bacharelado em Ciência da Computação do IME-USP. A ementa do curso inclui funções e expressões Booleanas, minimização de funções e expressões Booleanas, circuitos combinatórios (comparadores, multiplexadores, somadores, etc.), circuitos seqüenciais (flip-flops, registradores, etc.) e análise de circuitos lógicos. Durante essa disciplina fui o responsável pela elaboração de Exercícios-Programa (EPs) visando a implementação de uma arquitetura computacional em um simulador lógico. Docente responsável: Junior Barrera.

  • 2012 - 2013

    Instituto de Matemática e Estatística

    Vínculo: Pós-doutorado, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40

    Outras informações:
    Parte das atividades deste pós-doutorado foi realizada no Laboratório Especial de Toxinologia Aplicada (LETA) do Instituto Butantan. Uma bolsa de pós-doutorado foi concedida pela FAPESP (processo 2012/24084-6), porém a mesma não chegou a ser implementada. As atividades iniciadas neste pós-doutorado passaram a fazer parte da linha de pesquisa "Modelagem matemática e simulação computacional da cinética de redes de sinalização", que atualmente é desenvolvida no LETA.

  • 2012 - 2012

    Instituto de Matemática e Estatística

    Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Professor de Laboratório, Monitor, Carga horária: 6

    Outras informações:
    Professor de Laboratório e Monitor do Curso de Extensão de Verão 2012, na disciplina PROG02 -- Tópicos de Programação. Professora de aulas teóricas: Catalina Maria Rua Alvarez.

  • 2011 - 2012

    Instituto de Matemática e Estatística

    Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Engenheiro de Software, Carga horária: 20

    Outras informações:
    Este trabalho consistiu principalmente no desenvolvimento e suporte ao usuário do InteGrade middleware. InteGrade é uma grade oportunista, desenvolvida pelos pesquisadores do Laboratório de Computação Paralela e Distribuída do IME-USP. Neste trabalho foi desenvolvido e implementado um web service para o InteGrade, chamado de ASCT-WS. Também desenvolvemos um exemplo de aplicação: um portal web que realiza execuções de BLAST no InteGrade, via web service.

  • 2010 - 2010

    Instituto de Matemática e Estatística

    Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Monitor de graduação, Carga horária: 6

    Outras informações:
    Monitor de MAC211 -- Laboratório de Programação I. MAC211 é uma disciplina obrigatória do programa de Bacharelado em Ciência da Computação do IME-USP. A ementa do curso inclui uma introdução à linguagem de montagem e o desenvolvimento de um projeto de médio porte utilizando linguagem C. Docente responsável: Fabio Kon.

  • 2010 - 2010

    Instituto de Matemática e Estatística

    Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Monitor de pós-graduação, Carga horária: 6

    Outras informações:
    Monitor de MAC5711 -- Análise de Algoritmos. A ementa desta disciplina inclui: notação assintótica, técnicas de provas de correção e de análise de complexidade de tempo de algoritmos, algoritmos de ordenação, programação dinâmica, algoritmos gulosos, algoritmos para grafos e introdução aos problemas NP-completos. Docente responsável: Alair Pereira do Lago.

  • 2009 - 2009

    Instituto de Matemática e Estatística

    Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Monitor de graduação (PAE), Carga horária: 6

    Outras informações:
    Monitor PAE de MAC211 -- Laboratório de Programação I. MAC211 é uma disciplina obrigatória do programa de Bacharelado em Ciência da Computação do IME-USP. A ementa do curso inclui uma introdução à linguagem de montagem e o desenvolvimento de um projeto de médio porte utilizando linguagem C. Docente responsável: Fabio Kon. Esta monitoria fez parte da etapa prática do Programa de Aperfeiçoamento de Ensino (PAE).

    Atividades

    • 07/2009

      Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Matemática e Estatística, .,Linhas de pesquisa

  • 2005 - 2007

    Instituto Agronômico de Campinas

    Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bioinformata, Engenheiro de Software, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

    Outras informações:
    Responsável pelas análises de Bioinformática necessárias em diversas linhas de pesquisa conduzidas no Centro APTA Citros "Sylvio Moreira". Este trabalho incluiu também o desenvolvimento de sistemas para a realização de análises automatizadas de expressão gênica diferencial, ambiente de anotação de genes putativos, etc. A partir de abril de 2006, este trabalho foi remunerado através de uma bolsa de Treinamento Técnico V da FAPESP.

  • 2004 - 2005

    Universitat Zu Koln

    Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Estudante de Pós-graduação, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

    Outras informações:
    O programa de pós-graduação em Bioinformática do Cologne University Bioinformatics Center (CUBIC) foi constituído de três módulos: (i) curso de Biologia Molecular e de Bioquímica; (ii) curso de Bioinformática; (iii) projeto de pesquisa supervisionado. O projeto de pesquisa, intitulado "Integration of transcriptional regulation information into the evaluation of gene expression experiments", foi desenvolvido no Institut für Biochemie e no ZAIK (Zentrum für Angewandte Informatik), sob a orientação de Alexander Schönhuth.

  • 2003 - 2004

    Universidade Estadual de Campinas

    Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsista de Treinamento Técnico, Carga horária: 20, Regime: Dedicação exclusiva.

    Outras informações:
    Projeto "Bioinformática para projetos do grupo AEG", financiado pela FAPESP. Orientador: João Carlos Setubal.

  • 2002 - 2003

    Universidade Estadual de Campinas

    Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Estudante de Iniciação Científica, Carga horária: 20, Regime: Dedicação exclusiva.

    Outras informações:
    Projeto "Identificação computacional de lipoproteínas em espiroquetas", financiado pela FAPESP. Orientador: João Carlos Setubal.

  • 2001 - 2002

    Universidade Estadual de Campinas

    Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Estudante de Iniciação Científica, Carga horária: 20, Regime: Dedicação exclusiva.

    Outras informações:
    Projeto "Sistemas de informação para projetos genoma e transcriptoma de pequeno porte", financiado pela FAPESP. Orientador: João Paulo Kitajima.