Flavia Vischi Winck

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Produções bibliográficas

• GIRALDI, LAIS ALBUQUERQUE ; VARGAS, SARAH REGINA ; SANTOS, PAULO VAGNER ; TONIETTO, ALESSANDRA EMANUELE ; Winck, Flavia Vischi ; CALIJURI, MARIA DO CARMO . Growth and saxitoxin production responses to copper (CuCl2) exposure by the cyanobacterium Raphidiopsis raciborskii. JOURNAL OF APPLIED PHYCOLOGY , v. 1, p. 1, 2021.

• BUSSO-LOPES, ARIANE FIDELIS ; CARNIELLI, CAROLINA MORETTO ; Winck, Flavia Vischi ; PATRONI, FÁBIO MALTA DE SÁ ; OLIVEIRA, ANA KARINA ; GRANATO, DANIELA CAMPOS ; E COSTA, RUTE ALVES PEREIRA ; DOMINGUES, ROMÊNIA RAMOS ; PAULETTI, BIANCA ALVES ; RIAO-PACHÓN, DIEGO MAURICIO ; ARICETTI, JULIANA ; CALDANA, CAMILA ; GRANER, EDGARD ; COLETTA, RICARDO DELLA ; DRYDEN, KELLY ; FOX, JAY WILLIAM ; PAES LEME, ADRIANA FRANCO . A Reductionist Approach Using Primary and Metastatic Cell-Derived Extracellular Vesicles Reveals Hub Proteins Associated with Oral Cancer Prognosis. MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS , v. 20, p. 100118, 2021.

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• ZUVANOV, LUÍZA ; BASSO GARCIA, ANA LETYCIA ; CORRER, FERNANDO HENRIQUE ; BIZARRIA, RODOLFO ; FILHO, AILTON PEREIRA DA COSTA ; DA COSTA, ALISSON HAYASI ; THOMAZ, ANDRÉA T. ; PINHEIRO, ANA LUCIA MENDES ; Riano-Pachon, DM ; WINCK, F. V. ; ESTEVES, FRANCIELE GREGO ; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES ; CASAGRANDE, GIOVANNA MARIA STANFOCA ; FRAJACOMO, HENRIQUE CORDEIRO ; MARTINS, LEONARDO ; CAVALHEIRO, MARIANA FEITOSA ; GRACHET, NATHALIA GRAF ; DA SILVA, RANIERE GAIA COSTA ; CERRI, RICARDO ; RAMOS, ROMMEL THIAGO JUCA ; MEDEIROS, SIMONE DANIELA SARTORIO DE ; TAVARES, THAYANA VIEIRA ; CORRÊA DOS SANTOS, RENATO AUGUSTO . The experience of teaching introductory programming skills to bioscientists in Brazil. PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY (ONLINE) , v. 17, p. e1009534, 2021.

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• WINCK, F. V. ; Martins,D. ; NOVELLO, J. C. ; MARANGONI, S. . Analysis of Xylella fastidiosa Proteome Using Narrow pI Range 2D Maps. In: XXX REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR, 2001, caxambu. XXX REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR, 2001.

• Martins,D. ; SMOLKA, M. ; WINCK, F. V. ; MARANGONI, S. ; NOVELLO, J. C. . DATABASE CONSTRAIN TOOL FOR PROTEIN IDENTIFICATION BASED ON PI AND MW PREDICTION FROM GENOME SEQUENCE.. In: XXX REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR, 2001, caxambu. XXX REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR, 2001.

• Winck, F. V. ; VIDOTTI, A.D.S. ; RIANO-PACHON, D. M. ; Matiello, L. ; Giraldi, L.A. ; FRANCO, T. M. T. . ACTIVATION OF CYCLIN ELECTRON FLOW AND REARRANGEMENTS OF REDOXRESPONSES AND ITS RELATION TO HIGH GROWTH RATE IN THE MICROALGAE CHLORELLAVULGARIS IN MIXOTROPHY. 2020. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Winck, F. V. ; VIDOTTI, A.D.S. ; Riao-Pachón, D.M. ; Matiello, L. ; Giraldi, L.A. ; FRANCO, T. T. . Proteomics and transcriptomics analysis of time-series response of the microalgae Chlorella vulgaris in autotrophy, mixotrophy and heterotrophy. 2019. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• Winck, F. V. . Insights into lipids accumulation in microalgae through multi-omics approach. 2019. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Winck, F. V. . Multi-omics insights into microalgae biomass and lipids accumulation. 2019. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Giraldi, L.A. ; Winck, F. V. . Proteomics and metabolomics analysis of Chlamydomonas reinhardtii response under nitrogen starvation. 2019. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• Winck, Flavia Vischi ; Riao-Pachón, D.M. ; Giraldi, L.A. . Integrative systems approach for the study of regulatory networks in microalgae. 2018. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• LOBATO, G. M. ; Winck, Flavia Vischi ; CATALANI, L. H. . Extracellular matrix digestion products for tissue engineering. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• GOITIA, R. R. D. ; Riao-Pachón, D.M. ; Winck, Flavia Vischi . Phycomine: An integrative resource for ?omics? data types of microalgae. 2018. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• SANTOS, R. P. S. ; Winck, Flavia Vischi . Desenvolvimento de Método de Quantificação de Carboidratos Totais em Microescala com Uso de Resinas Fortes de Troca Iônica. 2018. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• Winck, F. V. . Genetic engineering. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Winck, F. V. . Integrative systems biology approach for uncovering genetic devices. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Winck, F. V. . Abordagens ômicas integrativas em uma perspectiva de biologia de sistemas. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Winck FV . Algae production and its importance for Bioenergy. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Winck, F. V. . Integrative systems approach for the study of regulatory networks related to biomass production in microalgae. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Winck, F. V. ; MEOTTI, F. C. . Produção de vídeos por estudantes da Nutrição como ferramenta para a construção de conhecimento em Bioquímica e desenvolvimento de competências de comunicação. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Winck, F. V. . A biologia de sistemas e os caminhos para a compreensão de fenômenos biológicos complexos. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Winck, F. V. . A revolução da biologia na era da biologia de sistemas. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Winck, F. V. . Integrando a Biologia de sistemas e a biologia sintética. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Winck, F.V. . Algae production and its importance for Bioenergy. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Winck, F.V. . Abordagemdebiologiadesistemas para a identificaçãoderedes biológicas em microalgas. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Winck, F. V. . Estudo do acúmulo de biomassa em microalgas através da análise de redes biológicas. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Winck, F. V. . Integrative systems approach for the study of biomass production in microalgae. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Winck, F. V. . Metabolic & gene regulatory networks related to carbon dioxide accumulation in microalgae. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Winck, F.V. . Analysis of protein-protein interactions using Mass spectrometry. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Winck, F.V. . Integrative ?omics? approaches in a systems biology framework. 2015. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• Winck, F.V. . Proteome and sub-proteome approaches for understanding oral cancer biology. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WINCK, F. V. . Deciphering the gene regulatory network of the Green algae Chlamydomonas reinhardtii under carbon deprivation. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WINCK, F. V. . Nuclear proteome analysis of the microalgae Chlamydomonas and identification of DNA-binding proteins through FAIRE-proteome approach. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Winck, Flavia V. . Systems biology applied to plant studies. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WINCK, F. V. . Systems biology applied to plant studies: photosynthesis and growth. 2009. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• Winck, Flavia V. . Systems biology applied to plant studies: photosynthesis and growth. 2009. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• WINCK, F. V. . Exploring the nuclear proteome of the green alga Chlamydomonas reinhardtii. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WINCK, F. V. . Nuclear proteome of Chlamydomonas reinhardtii. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• WINCK, F. V. . Proteomics: Technologies and potentials. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2021 - Atual

  Target modulation of microalgae biomass composition by nanoparticle-based remote photothermal gene silencing for generating bionanofertilizers applied to sustainable agriculture, Descrição: The current climate change scenario requires urgent actions to mitigate its impacts. One sustainable alternative is the use of microalgae biomass as a source for biotechnologies and bioproducts. Therefore, we will develop microalgal non-transgenic strains with optimized biomass composition towards agriculture application as bionanofertilizer. The effects of the bionanofertilizer will be analyzed in Arabidopsis and soybean plants towards partial substitution of conventional fertilizers in agriculture. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Flavia Vischi Winck - Coordenador / Lucas Carvalho Veloso Rodrigues - Integrante / Diego Mauricio Riao-Pachon - Integrante / jose lavres junior - Integrante., Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2018 - Atual

  Materiais fotônicos ativos no vermelho-infravermelho para conversão e armazenamento de energia, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Flavia Vischi Winck - Coordenador / Lucas Carvalho Veloso Rodrigues - Integrante / Andre luiz veiga gimenes - Integrante / Raphael Bertrand Heideier - Integrante / Verônica de Carvalho Teixeira - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2018 - Atual

  Arcabouços sintéticos e naturais aplicados à medicina regenerativa, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Flavia Vischi Winck - Coordenador / Luiz Henrique Catalani - Integrante / Denise Freitas Siqueira Petri - Integrante / Susana Inés Córdoba de Torresi - Integrante / Alexander Henning Ulrich - Integrante / Alexandre Bruni Cardoso - Integrante / Daniel Reinaldo Cornejo - Integrante / Jose Eduardo Krieger - Integrante / MARI CLEIDE SOGAYAR - Integrante / Mauricio da Silva Baptista - Integrante / Roberto Manuel Torresi - Integrante / Silvya Stuchi Maria-Engler - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2017 - Atual

  PRODUÇÃO DE BIOGÁS EM BIORREFINARIAS DE CANA-DE-AÇÚCARINTEGRADAS DE 1ª E 2ª GERAÇÃO: ASPECTOS FUNDAMENTAIS E OPERACIONAIS DO PROCESSO, Descrição: O aumento da produtividade do etanol e a geração de bioenergia nas biorrefinarias de cana-de-açúcar são algumas das alternativas para aliviar a crise do setor sucroalcooleiro frente ao atual cenário político-econômico do país. Neste cenário, esforços em P&D vêm sendo concentrados para a produção de etanol de 2ª geração (2G), obtido a partir do bagaço proveniente da moenda da cana utilizada para o tradicional etanol de 1ª geração (1G). A integração da produção de etanol de 1ª e 2ª geração (1G2G) eleva a produtividade do biocombustível por hectare de cana plantada, assim como o volume das correntes líquidas residuais, notadamente vinhaça (proveniente da destilação do etanol) e licor de pentoses (proveniente do pré-tratamento do bagaço para a produção de etanol 2G). Como forma sustentável de dispor tais resíduos, tem-se a produção de biogás a partir da biodigestão dessas correntes, que além de promover sua adequação ambiental, possibilita a geração de energia através do uso do biogás, que deve ser previamente purificado. Esta abordagem estimula a produção de etanol 2G, já que o aproveitamento energético do biogás possibilita a liberação de parte do bagaço da cogeração. Embora existam pesquisas acerca da biodigestão anaeróbia da tradicional vinhaça da cana-de-açúcar, o mesmo não ocorre para a vinhaça gerada no processo 2G e para o licor de pentoses, havendo lacunas consideráveis na literatura a respeito. Dessa forma, esta pesquisa propõe a investigação da biodigestão anaeróbia da vinhaça 1G2G e licor de pentoses, sob aspectos fundamentais e operacionais, com vistas a contribuir para a aplicação e expansão desta tecnologia sustentável. Uma nova proposta para purificação do biogás, integrada ao cultivo de microalgas, também será explorada, com vistas a expandir a possibilidades de obtenção de produtos de valor agregado no conceito de biorrefinarias de cana-de-açúcar. O desenvolvimento do presente projeto deverá se constituir em uma das primeiras fontes de conhecimento para a produção brasileira de bioetanol 1G2G aliada à responsabilidade ambiental.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Flavia Vischi Winck - Integrante / Telma Teixeira Franco - Integrante / Bruna de Souza Moraes - Coordenador.

• 2016 - Atual

  An integrated approach to explore a novel paradigm for biofuel production from lignocellulosic feedstocks, Descrição: Neste projeto de pesquisa as leveduras serão modificadas para adquirir capacidade de converter diretamente açúcares oligoméricos em bioprodutos. Uma outra classe de organismos, Geobacillus extensivamente estudada pelo grupo da Universidade de Bath, possui habilidade de transportar e utilizar estes açúcares oligoméricos. Assim, neste projeto de pesquisa iremos utilizar uma cepa de Geobacillus para comparar o desempenho com as leveduras recombinantes, otimizadas para a mesma função. Três matérias-primas (MP) lignocelulósicas diferentes, todas com potencial para serem usadas na obtenção de biocombustíveis e de produtos químicos: sustentáveis serão estudadas: a palha de cana (geralmente deixada no campo após a colheita), o Miscanthus - cultivado no Reino Unido para co-incineração e geração de energia e os resíduos de florestas de eucaliptos, muito abundantes no Brasil. O uso das 3 MP lignocelulósicas representa uma nova e original oportunidade para se avaliar os mesmos. Parte da equipe dos dois países deverá trabalhar no desenvolvimento de métodos para converter as matérias primas em oligossacarídeos para utilização pelas novas cepas desenhadas de leveduras. Pré-tratamento menos drásticos, seletivos e específicos bem como o uso de enzimas escolhidas para a geração dos oligossacarídeos serão desenvolvidos no grupo de trabalho 1. Outro grupo de trabalho irá se concentrar na produção das enzimas necessárias para a geração dos oligossacarídeos derivados das MPs. Um terceiro grupo irá projetar as cepas de leveduras para utilizarem os oligossacarídeos derivado da lignocelulose. Visando aumentar ainda mais a eficiência energética das MPs nas novas usinas de conversão de lignocelulose, pretende se obter ainda novos produtos químicos e biogás a partir dos efluentes, de vinhaça e da hemicelulose hidrolisados. Assim, será desenvolvido a integração da digestão anaeróbica (AD) para o processo integrado de Biorrefinaria de LC. AD e fermentação com culturas mistas podem melhorar a relação energética do bioprocesso com a produção de biogás e fertilizantes como produtos secundários. Além disso, serão necessários estudos de sustentabilidade e analises técnico econômicas para garantir que os resultados deste trabalho alcancem relevante impacto para os setores industriais aonde as MP se originam. Assim, o quarto grupo de trabalho, especializado nestes dois amplos temas de pesquisa e em LCA deverá garantir a escolha das matérias-primas, as quantidades a serem coletadas, a localização das coletas bem como as rotas industriais de obtenção dos produtos. Otimização das rotas de obtenção propostas pelo projeto deverá refletir positivamente no projeto bem como identificar os pontos para serem alterados/modificados.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Flavia Vischi Winck - Integrante / Telma Teixeira Franco - Coordenador.

• 2016 - Atual

  Análise integrativa de sistemas para o estudo de redes de regulação da expressão gênica relacionadas a produção de biomassa em microalgas, Descrição: Os desafios sócio-econômicos e ambientais associados com o uso de combustíveis fósseis, com o aumento na demanda energética global e com os elevados níveis de poluentes do ar e da água podem ser enfrentados através do desenvolvimento da produção sustentável de energia limpa e químicos. A integração da biorremediação e produção de biomassa renovável baseado no uso de microalgas aparece como um caminho sustentável promissor para a produção de bioenergia e químicos. Mesmo com os avanços no cultivo de microalgas, a geração de biomassa para produção massiva de combustíveis e químicos é ainda limitante. Portanto, uma melhor compreensão é necessária sobre como as mudanças nos fatores ambientais, tais como fonte de carbono, nutrientes e luz afetam a composição e acumulação de biomassa microalgal. Estímulos externos abióticos (ex., temperatura, luminosidade, CO2) podem induzir alterações fenotípicas que são controladas por mudanças nas redes de regulação gênica (ex., ajustes nos perfis transcricionais, reajuste de redes). A identificação de componentes das redes de regulação gênica (GRNs), incluindo elementos regulatórios cis e trans, e a concomitante quantificação de transcritos gênicos, proteínas e metabólitos com resolução temporal é de crucial importância para compreendermos as reais estruturas das redes regulatórias e seu comportamento dinâmico. Dessa forma, na presente proposta iremos gerar e integrar dados multi-ômicos para elucidar GRNs, sua estrutura e componentes em microalgas, objetivando desvendar as subredes responsáveis pelo controle da produção de biomassa e pelo acúmulo de químicos de interesse biotecnológico. Os dados gerados serão úteis para o modelamento teórico e simulações e servirão como uma base para o desenvolvimento de aplicações de engenharia metabólica e biologia sintética em microalgas, com possibilidades de extensão a linhagens de plantas terrestres e leveduras no futuro.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Flavia Vischi Winck - Coordenador / Diego Mauricio Riano Pachon - Integrante / Camila Caldana - Integrante / Lais albuquerque giraldi - Integrante / Telma Teixeira Franco - Integrante / Thiago Ollitta Basso - Integrante.

• 2012 - 2013

  Analysis of the effects of varying carbon dioxide concentrations on Chlamydomonas reinhardtii growth: towards algal-based bioremediation and biomass production, Descrição: According to previous reports, the carbon emissions has contributed to the development of the greenhouse effect. The accumulation of air emissions derived from the burning of fossil fuels and industrial activities may affect the biodiversity, geographical distribution of species, seasonal timing and overall climate change. It is then important to contribute in finding and optimize the use of alternative sources of energy with a lower net gas emission and to accelerate the development of technologies for the bioremediation of the air and sustainable generation of bioproducts. Algae-based technologies of bioremediation coupled to biomass production are alternative strategies for reducing levels of air contaminants and creating new sources of renewable biomass which can be used for energy production, or for the accumulation of other by-products. However, there are still limitations in the efficiency of biomass production. The biomass accumulation in micro-algae is influenced, among other factors, by the availability of carbon dioxide and cultivation conditions. Changes on these parameters may result in more or less biomass yield. In the present project we analysed the effects of varying concentrations of carbon dioxide in the Chlamydomonas growth and metabolic network, searching for the optimal conditions for biomass production with high carbon dioxide fixation. Furthermore, the abundance of gene transcripts of enzymes involved in the plant primary metabolism were quantified. A modelling-based approach was performed to identify target metabolic pathways which can be further engineered for the improvement of biomass production.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Flavia Vischi Winck - Integrante / Melo, David Orlando Páez - Integrante / Barrios, Andrés Fernando González - Coordenador.

• 2007 - 2011

  GoFORSYS-FORschungseinheiten zur SYSstembiologie- Nuclear proteomics and transcription factor profiling in Chlamydomonas reinhardtii, Descrição: The transcriptional regulation of the cellular mechanisms involves many different components and different levels of control which together contribute to fine tune the response of cells to different environmental stimuli. In some responses, diverse signaling pathways can be controlled simultaneously. One of the most important cellular processes that seem to possess multiple levels of regulation is photosynthesis. A model organism for studying photosynthesis-related processes is the unicellular green algae Chlamydomonas reinhardtii, due to advantages related to culturing, genetic manipulation and availability of genome sequence. In the present study, we were interested in understanding the regulatory mechanisms underlying photosynthesis-related processes. To achieve this goal different molecular approaches were followed. In order to indentify protein transcriptional regulators we optimized a method for isolation of nuclei and performed nuclear proteome analysis using shotgun proteomics. This analysis permitted us to improve the genome annotation previously published and to discover conserved and enriched protein motifs among the nuclear proteins. In another approach, a quantitative RT-PCR platform was established for the analysis of gene expression of predicted transcription factor (TF) and other transcriptional regulator (TR) coding genes by transcript profiling. The gene expression profiles for more than one hundred genes were monitored in time series experiments under conditions of changes in light intensity (200 E m-2 s-1 to 700 E m-2 s-1), and changes in concentration of carbon dioxide (5% CO2 to 0.04% CO2). The results indicate that many TF and TR genes are regulated in both environmental conditions and groups of co-regulated genes were found. Our findings also suggest that some genes can be common intermediates of light and carbon responsive regulatory pathways. These approaches together gave us new insights about the regulation of photosynthesis and revealed new candidate regulatory genes, helping to decipher the gene regulatory networks in Chlamydomonas. Further experimental studies are necessary to clarify the function of the candidate regulatory genes and to elucidate how cells coordinately regulate the assimilation of carbon and light responses.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (21) . , Integrantes: Flavia Vischi Winck - Integrante / Mueller-Roeber, Bernd - Coordenador / Diego Mauricio Riao-Pachón - Integrante., Financiador(es): Deutsche Forschungsgemeinschaft - Auxílio financeiro.

• 2005 - 2007

  Análise de interações proteína-proteína de Xanthomonas axonopodis pv citri utilizando tecnologia His-tag, Descrição: A bactéria Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac) é o agente causador do cancro cítrico, doença que leva a severas perdas econômicas devido à contaminação e à erradicação de plantas de citros. Com o seqüenciamento completo do genoma de Xac, vários genes supostamente envolvidos com a patogenicidade de Xac foram identificados. Os genes ligados à resposta de hipersensibilidade (hrp) e avirulência (avr) em geral estão relacionados à patogenicidade de Xanthomonas, entretanto, poucos estudos funcionais destes genes de Xac foram feitos. Foram construídas linhagens mutantes de Xac para a perda de função dos genes hrpF e avrXacE2 e, nas análises in vivo, foi verificado que hrpF está envolvido na patogenicidade de Xac e é essencial para a manifestação dos sintomas primários da doença. A mutação de avrXacE2 não provocou alterações na capacidade de Xac em provocar os sintomas do cancro, portanto, este gene não parece ser essencial para a patogenicidade da bactéria, podendo não estar envolvido diretamente na patogenicidade de Xac. Os genes hrpF e avrXacE2 foram clonados em vetores de expressão e foram realizados testes de indução da expressão destas proteínas em sistemas heterólogos. A proteína AvrXacE2 foi expressa, purificada e submetida a teste de interação com as proteínas citoplasmáticas da linhagem mutante de Xac para o gene avrXacE2. Os testes de interações não confirmaram a identificação de proteínas com afinidade específica pela proteína recombinante AvrXacE2. Nas análises de proteoma comparativo da linhagem de Xac selvagem versus linhagem mutante para o gene hrpF, foram detectadas alterações na expressão de proteínas citoplasmáticas e "pericelulares". Com base nas observações pode-se supor que HrpF possa influenciar processos celulares relacionados à respostas à situações de estresse e não somente atuar na translocação de moléculas efetoras via T3SS. A partir do que foi exposto neste trabalho, sugere-se que as técnicas de estudos funcionais de genes e análises proteômicas podem conjuntamente permitir que novos mecanismos relacionados a patogenicidade de Xac sejam interpretados. Com os mutantes produzidos neste estudo, espera-se criar condições para novos ensaios funcionais visando a melhor compreensão da patogenicidade de Xac e buscar novas formas de combate ao cancro cítrico.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Flavia Vischi Winck - Integrante / Marcos Antonio Machado - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

• 2002 - 2004

  Identificação de proteínas potencialmente relacionadas a patogenicidade do fitopatógeno Xanthomonas axonopodis pv citri., Descrição: A Xanthomonas axonopodis pv citri (Xac) é uma bactéria gram negativa causadora do cancro cítrico, uma séria doença que afeta muitos pomares de citros com significante impacto econômico na produção mundial destas frutas. O estudo do processo de patogênese e desenvolvimento da patogenicidade nos hospedeiros de Xac é de grande interesse para conhecermos os mecanismos pelos quais a bactéria consegue promover o cancro nas plantas de citros. A identificação de proteínas envolvidas com os mecanismos de patogenicidade torna-se uma interessante ferramenta para a compreensão dos processos desencadeados pela bactéria na planta hospedeira. Para isto foram estudadas proteínas super expressas por Xac em um meio de cultura supostamente indutor de patogenicidade (XVM2) através da análise proteômica comparativa. Utilizando a técnica de Eletroforese Bidimensional para estudo comparativo dos mapas 2DE de proteínas de Xac e posterior digestão das proteínas, as proteínas diferencialmente expressas foram identificadas por Espectrometria de massas (MALDI-ToF) e ?peptide mass fingerprint?, revelando potenciais alvos moleculares envolvidos com o desenvolvimento da doença em citrus.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Flavia Vischi Winck - Integrante / Marcos Antonio Machado - Coordenador., Número de produções C, T & A: 1

• 2001 - 2002

  Pré-enriquecimento de amostras protéicas com uso de cromatografias para estudo de proteínas de baixa abundância., Descrição: O fracionamento do Proteoma utilizando métodos de cromatografia líquida é uma interessante forma para melhorar a análise de misturas complexas de proteínas, seguido da identificação de proteínas de baixa abundância que não podem ser visualizadas utilizando somente a eletroforese bidimensional de extratos protéicos ou espectrometria de massas. Diferentes métodos cromatográficos foram testados e as frações ligantes e não ligantes de proteínas obtidas dos fracionamentos cromatográficos foram identificadas por espectrometria de massas tipo MALDI-ToF. O método que apresentou maior rendimento foi com a utilização da coluna C18, onde as frações foram eluídas com aproximadamente 54% e 60% de acetonitrila, mostrando perfis bastante distintos. O método de separação de proteínas utilizado permitiu o enriquecimento da amostra com proteínas de baixa abundância e conseqüentemente possibilitou a análise de cada fração obtida através de géis 2D. Esta metodologia poderá foi posteriormente utilizada para utilização da plateforma ICAT de quantificação e identificação de proteínas por espectrometria de massas.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Flavia Vischi Winck - Integrante / José Camillo Novello - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa., Número de produções C, T & A: 3

• 2000 - 2001

  Análise do proteoma da Xylella fastidiosa utilizando mapas 2D de faixas estreitas de pH, Descrição: Proteoma é a análise global das proteínas expressas por um organismo ou tecido. O projeto Proteoma busca a identificação do maior número de proteínas possível através da tecnologia de Eletroforese Bidimensional (2D), onde as proteínas são separadas de acordo com seu ponto isoelétrico (pI) e de acordo com seu peso molecular (Mw), gerando um perfil de pontos. No mapa 2D de referência com gradiente de pH de 3 a 10, foram detectadas 816 proteínas ou ?spots? (disponível no site www.proteome.ibi.unicamp.br). Devido às limitações decorrentes da escala de separação por pI e máxima quantidade de proteína possível de ser aplicada no gel pH 3 a 10, foram feitos géis de faixas estreitas de gradiente de pH 4.5 a 5.5, 5.5 a 6.7 e 4 a 7. A otimização dos géis foi feita testando-se diferentes concentrações de anfólitos no tampão de amostra, aumento da quantidade de proteína aplicada e tempo/voltagem da corrida de isoeletrofocalização. Os resultados mostraram um aumento do número de proteínas não visualizadas anteriormente na mesma região de pH do mapa de referência e possibilidade de aplicação de maior quantidade de proteína (~1mg), o que é muito útil para realização de sequenciamento N-terminal.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Flavia Vischi Winck - Integrante / José Camillo Novello - Coordenador / Daniel Martins de Souza - Integrante / Marcus Smolka - Integrante / Marangoni, Sergio - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa., Número de produções C, T & A: 2

Projetos de desenvolvimento

• 2017 - Atual

  Desenvolvimento de método de quantificação de carboidratos totais em microescala com uso de resinas fortes de troca catiônica, Descrição: Dentre as diversas metodologias analíticas e semi-analíticas usadas para a caracterização de biomassa vegetal pela quantificação de macromoléculas encontra-se a metodologia de quantificação de carboidratos totais, que aparece como de essencial relevância tanto para a área de pesquisa científica como a área de bioprocessos (ex., produção de bioetanol). Entretanto, a metodologia mais utilizada para a quantificação de carboidratos totais em biomassa vegetal faz uso de quantidades significativas de ácidos sulfúrico líquido (H2SO4) e fenol. Este método se baseia na hidrólise ácida de polissacarídeos para a liberação de mono e dissacarídeos, que são convertidos a furfurais ou hidroxifurfurais. Estes últimos sendo detectáveis por reações colorimétricas analisadas por espectrofotometria. Os excedentes de ácido forte utilizados nestas reações de hidrólise podem ser altamente prejudiciais ao meio ambiente se descartados inadequadamente e exigem o uso de grandes quantidades de agentes neutralizadores do pH para seu adequado descarte, aumentando assim o uso de agentes químicos no tratamento destes resíduos. Portanto, para reduzir o impacto ambiental do uso de tais metodologias, propomos o aprimoramento e modernização da técnica de quantificação de carboidratos totais hoje mais utilizada entre os laboratórios de biotecnologia e biomassa. O foco do trabalho será dado na redução do uso de ácidos fortes nesta metodologia, aperfeiçoando a técnica para uso em microescala com a implementação e testes de uso de resina de troca catiônica forte para a realização da hidrólise dos polissacarídeos presentes na biomassa microalgal. Este desenvolvimento contribuirá para permitir a quantificação de carboidratos totais em biomassa microalgal de forma mais ambientalmente sustentável e possivelmente mais inovadora através da modernização de sua metodologia e redução de quantidades necessárias de compostos químicos para seu uso e descarte.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Flavia Vischi Winck - Coordenador / Rafael Pinho da Silva Santos - Integrante.

• 2017 - Atual

  Desenvolvimento de método de quantificação de carboidratos totais em microescala com uso de resinas fortes de troca catiônica, Descrição: Dentre as diversas metodologias analíticas e semi-analíticas usadas para a caracterização de biomassa vegetal pela quantificação de macromoléculas encontra-se a metodologia de quantificação de carboidratos totais, que aparece como de essencial relevância tanto para a área de pesquisa científica como a área de bioprocessos (ex., produção de bioetanol). Entretanto, a metodologia mais utilizada para a quantificação de carboidratos totais em biomassa vegetal faz uso de quantidades significativas de ácidos sulfúrico líquido (H2SO4) e fenol. Este método se baseia na hidrólise ácida de polissacarídeos para a liberação de mono e dissacarídeos, que são convertidos a furfurais ou hidroxifurfurais. Estes últimos sendo detectáveis por reações colorimétricas analisadas por espectrofotometria. Os excedentes de ácido forte utilizados nestas reações de hidrólise podem ser altamente prejudiciais ao meio ambiente se descartados inadequadamente e exigem o uso de grandes quantidades de agentes neutralizadores do pH para seu adequado descarte, aumentando assim o uso de agentes químicos no tratamento destes resíduos. Portanto, para reduzir o impacto ambiental do uso de tais metodologias, propomos o aprimoramento e modernização da técnica de quantificação de carboidratos totais hoje mais utilizada entre os laboratórios de biotecnologia e biomassa. O foco do trabalho será dado na redução do uso de ácidos fortes nesta metodologia, aperfeiçoando a técnica para uso em microescala com a implementação e testes de uso de resina de troca catiônica forte para a realização da hidrólise dos polissacarídeos presentes na biomassa microalgal. Este desenvolvimento contribuirá para permitir a quantificação de carboidratos totais em biomassa microalgal de forma mais ambientalmente sustentável e possivelmente mais inovadora através da modernização de sua metodologia e redução de quantidades necessárias de compostos químicos para seu uso e descarte.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Flavia Vischi Winck - Coordenador / Rafael Pinho da Silva Santos - Integrante.

• 2017 - Atual

  Desenvolvimento de método de quantificação de carboidratos totais em microescala com uso de resinas fortes de troca catiônica, Descrição: Dentre as diversas metodologias analíticas e semi-analíticas usadas para a caracterização de biomassa vegetal pela quantificação de macromoléculas encontra-se a metodologia de quantificação de carboidratos totais, que aparece como de essencial relevância tanto para a área de pesquisa científica como a área de bioprocessos (ex., produção de bioetanol). Entretanto, a metodologia mais utilizada para a quantificação de carboidratos totais em biomassa vegetal faz uso de quantidades significativas de ácidos sulfúrico líquido (H2SO4) e fenol. Este método se baseia na hidrólise ácida de polissacarídeos para a liberação de mono e dissacarídeos, que são convertidos a furfurais ou hidroxifurfurais. Estes últimos sendo detectáveis por reações colorimétricas analisadas por espectrofotometria. Os excedentes de ácido forte utilizados nestas reações de hidrólise podem ser altamente prejudiciais ao meio ambiente se descartados inadequadamente e exigem o uso de grandes quantidades de agentes neutralizadores do pH para seu adequado descarte, aumentando assim o uso de agentes químicos no tratamento destes resíduos. Portanto, para reduzir o impacto ambiental do uso de tais metodologias, propomos o aprimoramento e modernização da técnica de quantificação de carboidratos totais hoje mais utilizada entre os laboratórios de biotecnologia e biomassa. O foco do trabalho será dado na redução do uso de ácidos fortes nesta metodologia, aperfeiçoando a técnica para uso em microescala com a implementação e testes de uso de resina de troca catiônica forte para a realização da hidrólise dos polissacarídeos presentes na biomassa microalgal. Este desenvolvimento contribuirá para permitir a quantificação de carboidratos totais em biomassa microalgal de forma mais ambientalmente sustentável e possivelmente mais inovadora através da modernização de sua metodologia e redução de quantidades necessárias de compostos químicos para seu uso e descarte.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Flavia Vischi Winck - Coordenador / Rafael Pinho da Silva Santos - Integrante.

• 2017 - 2018

  Estudo de viabilidade do cultivo de microalgas em efluentes industriais para efeito de biorremediação, Descrição: Caracterizar viabilidade e características do crescimento celular de uma linhagem de duas espécies de microalgas em material efluente industrial. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Técnico de nível médio: (1) Graduação: (3) . , Integrantes: Flavia Vischi Winck - Coordenador.

• 2017 - Atual

  Desenvolvimento de método de quantificação de carboidratos totais em microescala com uso de resinas fortes de troca catiônica, Descrição: Dentre as diversas metodologias analíticas e semi-analíticas usadas para a caracterização de biomassa vegetal pela quantificação de macromoléculas encontra-se a metodologia de quantificação de carboidratos totais, que aparece como de essencial relevância tanto para a área de pesquisa científica como a área de bioprocessos (ex., produção de bioetanol). Entretanto, a metodologia mais utilizada para a quantificação de carboidratos totais em biomassa vegetal faz uso de quantidades significativas de ácidos sulfúrico líquido (H2SO4) e fenol. Este método se baseia na hidrólise ácida de polissacarídeos para a liberação de mono e dissacarídeos, que são convertidos a furfurais ou hidroxifurfurais. Estes últimos sendo detectáveis por reações colorimétricas analisadas por espectrofotometria. Os excedentes de ácido forte utilizados nestas reações de hidrólise podem ser altamente prejudiciais ao meio ambiente se descartados inadequadamente e exigem o uso de grandes quantidades de agentes neutralizadores do pH para seu adequado descarte, aumentando assim o uso de agentes químicos no tratamento destes resíduos. Portanto, para reduzir o impacto ambiental do uso de tais metodologias, propomos o aprimoramento e modernização da técnica de quantificação de carboidratos totais hoje mais utilizada entre os laboratórios de biotecnologia e biomassa. O foco do trabalho será dado na redução do uso de ácidos fortes nesta metodologia, aperfeiçoando a técnica para uso em microescala com a implementação e testes de uso de resina de troca catiônica forte para a realização da hidrólise dos polissacarídeos presentes na biomassa microalgal. Este desenvolvimento contribuirá para permitir a quantificação de carboidratos totais em biomassa microalgal de forma mais ambientalmente sustentável e possivelmente mais inovadora através da modernização de sua metodologia e redução de quantidades necessárias de compostos químicos para seu uso e descarte.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Flavia Vischi Winck - Coordenador / Rafael Pinho da Silva Santos - Integrante.

• 2017 - 2020

  Desenvolvimento de método de quantificação de carboidratos totais em microescala com uso de resinas fortes de troca catiônica, Descrição: Dentre as diversas metodologias analíticas e semi-analíticas usadas para a caracterização de biomassa vegetal pela quantificação de macromoléculas encontra-se a metodologia de quantificação de carboidratos totais, que aparece como de essencial relevância tanto para a área de pesquisa científica como a área de bioprocessos (ex., produção de bioetanol). Entretanto, a metodologia mais utilizada para a quantificação de carboidratos totais em biomassa vegetal faz uso de quantidades significativas de ácidos sulfúrico líquido (H2SO4) e fenol. Este método se baseia na hidrólise ácida de polissacarídeos para a liberação de mono e dissacarídeos, que são convertidos a furfurais ou hidroxifurfurais. Estes últimos sendo detectáveis por reações colorimétricas analisadas por espectrofotometria. Os excedentes de ácido forte utilizados nestas reações de hidrólise podem ser altamente prejudiciais ao meio ambiente se descartados inadequadamente e exigem o uso de grandes quantidades de agentes neutralizadores do pH para seu adequado descarte, aumentando assim o uso de agentes químicos no tratamento destes resíduos. Portanto, para reduzir o impacto ambiental do uso de tais metodologias, propomos o aprimoramento e modernização da técnica de quantificação de carboidratos totais hoje mais utilizada entre os laboratórios de biotecnologia e biomassa. O foco do trabalho será dado na redução do uso de ácidos fortes nesta metodologia, aperfeiçoando a técnica para uso em microescala com a implementação e testes de uso de resina de troca catiônica forte para a realização da hidrólise dos polissacarídeos presentes na biomassa microalgal. Este desenvolvimento contribuirá para permitir a quantificação de carboidratos totais em biomassa microalgal de forma mais ambientalmente sustentável e possivelmente mais inovadora através da modernização de sua metodologia e redução de quantidades necessárias de compostos químicos para seu uso e descarte.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) . , Integrantes: Flavia Vischi Winck - Coordenador / Rafael Pinho da Silva Santos - Integrante., Número de produções C, T & A: 1

• 2017 - 2018

  Estudo de viabilidade do cultivo de microalgas em efluentes industriais para efeito de biorremediação, Descrição: Caracterizar viabilidade e características do crescimento celular de uma linhagem de duas espécies de microalgas em material efluente industrial. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Técnico de nível médio: (1) Graduação: (3) . , Integrantes: Flavia Vischi Winck - Coordenador., Número de produções C, T & A: 1

Prêmios