Jorge Enrique Hernandez Gonzalez

Pós-doutorado

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Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

• GISMENE, CAROLINA ; GONZÁLEZ, JORGE ENRIQUE HERNÁNDEZ ; DE FREITAS CALMON, MARÍLIA ; NASCIMENTO, ANDREY FABRICIO ZIEM ; SANTISTEBAN, ANGELA ROCIO NIO ; CALIL, FELIPE ANTUNES ; DA SILVA, ALANA DELLA TORRE ; RAHAL, PAULA ; GÓES, REJANE MAIRA ; ARNI, RAGHUVIR KRISHNASWAMY ; MARIUTTI, RICARDO BARROS . Necrotic activity of ExhC from Mammaliicoccus sciuri is mediated by specific amino acid residues. INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES , v. 254, p. 127741, 2024.

• PALMACCI, VINCENZO ; HIRTE, STEFFEN ; Gonzalez, Jorge Enrique Hernandez ; MONTANARI, FLORIANE ; KIRCHMAIR, JOHANNES . Statistical approaches enabling technology-specific assay interference prediction from large screening data sets. Artificial Intelligence in the Life Sciences , v. X, p. 100099, 2024.

• CHAVES-MOREIRA, DANIELE ; GREMSKI, LUIZA HELENA ; DE MORAES, FÁBIO ROGÉRIO ; VUITIKA, LARISSA ; WILLE, ANA CAROLINA MARTINS ; HERNÁNDEZ GONZÁLEZ, JORGE ENRIQUE ; CHAIM, OLGA MEIRI ; SENFF-RIBEIRO, ANDREA ; ARNI, RAGHUVIR KRISHNASWAMY ; VEIGA, SILVIO SANCHES . Brown Spider Venom Phospholipase-D Activity upon Different Lipid Substrates. Toxins , v. 15, p. 109, 2023.

• FREIRE, RENAN PASSOS ; HERNANDEZ-GONZALEZ, JORGE ENRIQUE ; LIMA, ELIANA ROSA ; SUZUKI, MIRIAM FUSSAE ; OLIVEIRA, JOÃO EZEQUIEL DE ; TORAI, LUCAS SIMON ; BARTOLINI, PAOLO ; SOARES, CARLOS ROBERTO JORGE . Molecular Cloning and AlphaFold Modeling of Thyrotropin (ag-TSH) From the Amazonian Fish Pirarucu ( ). BIOINFORMATICS AND BIOLOGY INSIGHTS , v. 17, p. 117793222311541, 2023.

• DA JUSTA, HANNA CÂMARA ; HERNÁNDEZ GONZÁLEZ, JORGE ENRIQUE ; VUITIKA, LARISSA ; MARIUTTI, RICARDO BARROS ; MAGNAGO, PEDRO AUGUSTO MARTINHO ; DE MORAES, FÁBIO ROGÉRIO ; SENFF-RIBEIRO, ANDREA ; GREMSKI, LUIZA HELENA ; ARNI, RAGHUVIR KRISHNASWAMY ; VEIGA, SILVIO SANCHES . Comparative Biochemical, Structural, and Functional Analysis of Recombinant Phospholipases D from Three Loxosceles Spider Venoms. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES , v. 24, p. 12006, 2023.

• HERNÁNDEZ GONZÁLEZ, JORGE ENRIQUE ; DE ARAUJO, ALEXANDRE SUMAN . Alchemical Calculation of Relative Free Energies for Charge-Changing Mutations at Protein-Protein Interfaces Considering Fixed and Variable Protonation States. Journal of Chemical Information and Modeling , v. 63, p. 6807-6822, 2023.

• HERNÁNDEZ GONZÁLEZ, JORGE ENRIQUE ; SALAS-SARDUY, EMIR ; ALVAREZ, LILIAN HERNÁNDEZ ; VALIENTE, PEDRO A ; ARNI, RAGHUVIR K ; PASCUTTI, PEDRO G . Three decades targeting falcipains to develop antiplasmodial agents: what have we learned and what can be done next?. CURRENT MEDICINAL CHEMISTRY , v. 31, p. 2234-2263, 2023.

• HERNÁNDEZ GONZÁLEZ, JORGE E. ; EBERLE, RAPHAEL J. ; WILLBOLD, DIETER ; CORONADO, MÔNIKA A. . A Computer-Aided Approach for the Discovery of D-Peptides as Inhibitors of SARS-CoV-2 Main Protease. FRONTIERS IN MOLECULAR BIOSCIENCES , v. 8, p. 816166, 2022.

• HERNÁNDEZ GONZÁLEZ, JORGE ENRIQUE ; ALBERCA, LUCAS N. ; MASFORROL GONZÁLEZ, YORDANKA ; REYES ACOSTA, OSVALDO ; TALEVI, ALAN ; SALAS-SARDUY, EMIR . Tetracycline Derivatives Inhibit Plasmodial Cysteine Protease Falcipain-2 through Binding to a Distal Allosteric Site. Journal of Chemical Information and Modeling , v. 62, p. 159-175, 2022.

• GISMENE, CAROLINA ; HERNÁNDEZ GONZÁLEZ, JORGE ENRIQUE ; SANTISTEBAN, ANGELA ROCIO NIO ; ZIEM NASCIMENTO, ANDREY FABRICIO ; DOS SANTOS CUNHA, LUCAS ; DE MORAES, FÁBIO ROGÉRIO ; DE OLIVEIRA, CRISTIANO LUIS PINTO ; OLIVEIRA, CAIO C. ; JOCELAN SCARIN PROVAZZI, PAOLA ; PASCUTTI, PEDRO GERALDO ; ARNI, RAGHUVIR KRISHNASWAMY ; BARROS MARIUTTI, RICARDO . Staphylococcus aureus Exfoliative Toxin E, Oligomeric State and Flip of P186: Implications for Its Action Mechanism. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES , v. 23, p. 9857, 2022.

• RODRIGUES, CAIO ; HERNÁNDEZ-GONZÁLEZ, JORGE ; PEDRINA, NATALIA ; LEITE, VITOR ; BRUNI, ALINE . In silico Evaluation of Cucurbit[6]uril as a Potential Detector for Cocaine and Its Adulterants Lidocaine, Caffeine, and Procaine. JOURNAL OF THE BRAZILIAN CHEMICAL SOCIETY , v. 00, p. 1-11, 2021.

• HERNÁNDEZ GONZÁLEZ, JORGE ENRIQUE ; SALAS-SARDUY, EMIR ; HERNÁNDEZ ALVAREZ, LILIAN ; BARRETO GOMES, DIEGO ENRY ; PASCUTTI, PEDRO GERALDO ; OOSTENBRINK, CHRIS ; LEITE, VITOR B. P. . In silico identification of noncompetitive inhibitors targeting an uncharacterized allosteric site of falcipain-2. JOURNAL OF COMPUTER-AIDED MOLECULAR DESIGN , v. 35, p. 1067-1079, 2021.

• HERNÁNDEZ-ALVAREZ, LILIAN ; OLIVEIRA JR, ANTONIO B ; HERNÁNDEZ-GONZÁLEZ, JORGE ENRIQUE ; CHAHINE, JORGE ; PASCUTTI, PEDRO GERALDO ; DE ARAUJO, ALEXANDRE SUMAN ; DE SOUZA, FÁTIMA PEREIRA . Computational study on the allosteric mechanism of Leishmania major IF4E-1 by 4E-interacting protein-1: Unravelling the determinants of m7GTP cap recognition. COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL , v. 19, p. 2027-2044, 2021.

• MARIUTTI, RICARDO B. ; HERNÁNDEZ-GONZÁLEZ, JORGE E. ; NASCIMENTO, ANDREY F.Z. ; DE MORAIS, MARIANA A.B. ; MURAKAMI, MARIO T. ; CARARETO, CLAUDIA M.A. ; ARNI, RAGHUVIR K. . A single P115Q mutation modulates specificity in the Corynebacterium pseudotuberculosis arginine repressor. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENERAL SUBJECTS , v. 1864, p. 129597, 2020.

• HERNÁNDEZ GONZÁLEZ, JORGE ENRIQUE ; HERNÁNDEZ ALVAREZ, LILIAN ; LEITE, VITOR B. P. ; PASCUTTI, PEDRO GERALDO . Water Bridges Play a Key Role in Affinity and Selectivity for Malarial Protease Falcipain-2. Journal of Chemical Information and Modeling , v. 60, p. 5499-5512, 2020.

• HERNANDEZ GONZALEZ, JORGE ENRIQUE ; HERNANDEZ ALVAREZ, LILIAN ; PASCUTTI, PEDRO GERALDO ; LEITE, VITOR B.P. . Prediction of Non-Competitive Inhibitor Binding Mode Reveals Promising Site for Allosteric Modulation of Falcipain-2. JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B , v. 123, p. 7327, 2019.

• HERNÁNDEZ ALVAREZ, LILIAN ; BARRETO GOMES, DIEGO ENRY ; HERNÁNDEZ GONZÁLEZ, JORGE ENRIQUE ; PASCUTTI, PEDRO GERALDO . Dissecting a novel allosteric mechanism of cruzain: A computer-aided approach. PLoS One , v. 14, p. e0211227, 2019.

• HERNÁNDEZ-GONZÁLEZ, JORGE E. ; SALAS-SARDUY, EMIR ; HERNÁNDEZ RAMÍREZ, LUISA F. ; PASCUAL, MARÍA J. ; ÁLVAREZ, DIEGO E. ; PABÓN, ADRIANA ; LEITE, VITOR B.P. ; PASCUTTI, PEDRO G. ; VALIENTE, PEDRO A. . Identification of (4-(9H-fluoren-9-yl) piperazin-1-yl) methanone derivatives as falcipain 2 inhibitors active against Plasmodium falciparum cultures. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENERAL SUBJECTS , v. 1862, p. 2911-2923, 2018.

• HERNÁNDEZ GONZÁLEZ, JORGE ENRIQUE ; HERNÁNDEZ ALVAREZ, LILIAN ; PASCUTTI, PEDRO GERALDO ; VALIENTE, PEDRO A. . Predicting binding modes of reversible peptide-based inhibitors of falcipain-2 consistent with structure-activity relationships. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS , v. 85, p. 1666-1683, 2017.

• MESA-GALLOSO, HAYDEÉ ; DELGADO-MAGNERO, KARELIA H. ; CABEZAS, SHEILA ; LÓPEZ-CASTILLA, ARACELYS ; HERNÁNDEZ-GONZÁLEZ, JORGE E ; PEDRERA, LOHANS ; ALVAREZ, CARLOS ; TIELEMAN, D. PETER ; GARCÍA-SAEZ, ANA J. ; LANIO, MARIA E. ; ROS, URIS ; VALIENTE, PEDRO A. . Disrupting a key hydrophobic pair in the oligomerization interface of the actinoporins impairs their pore-forming activity. PROTEIN SCIENCE , v. 26, p. 550, 2016.

• HERNÁNDEZ ALVAREZ, LILIAN ; NARANJO FELICIANO, DANY ; HERNÁNDEZ GONZÁLEZ, JORGE ENRIQUE ; DE OLIVEIRA SOARES, ROSEMBERG ; BARRETO GOMES, DIEGO ENRY ; PASCUTTI, PEDRO GERALDO . Insights into the Interactions of Fasciola hepatica Cathepsin L3 with a Substrate and Potential Novel Inhibitors through In Silico Approaches. PLoS Neglected Tropical Diseases (Online) , v. 9, p. e0003759, 2015.

• HERNÁNDEZ GONZÁLEZ, JORGE ENRIQUE ; GARCÍA-FERNÁNDEZ, ROSSANA ; VALIENTE, PEDRO ALBERTO . Polar Desolvation and Position 226 of Pancreatic and Neutrophil Elastases Are Crucial to their Affinity for the Kunitz-Type Inhibitors ShPI-1 and ShPI-1/K13L. Plos One , v. 10, p. e0137787, 2015.

• Polli N ; Baldissera A ; Leite I ; HERNANDEZ GONZALEZ, JORGE ENRIQUE ; GISMENE, CAROLINA ; Mariutti RB ; Matsubara F ; Senff-Ribeiro A ; ARNI, RAGHUVIR K. ; VEIGA, SILVIO SANCHES ; GREMSKI, LUIZA HELENA . Brown spider venom phospholipases D: From molecular biology and structural analyses to potential vaccine and serum therapy applications. Phospholipases in Physiology and Pathology. 1ed.: , 2023, v. , p. 263-286.

• HERNÁNDEZ-GONZÁLEZ, JORGE E ; ARNI, RAGHUVIR K . Computational strategies to inhibit the activity of staphylococcal exfoliative toxins targeting orthosteric and allosteric sites. 2022. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• HERNÁNDEZ-GONZÁLEZ JORGE E ; HERNANDEZ ALVAREZ, LILIAN ; PASCUTTI, PEDRO G. ; Leite VBP . Role of Water-Mediated Interactions in the Affinity and Specificity of Peptidomimetic Nitrile Inhibitors for Falcipain-2. 2019. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• Hernandez Gonzalez JE ; Salas-Sarduy E ; Hernández Ramírez LF ; Pascual MJ, ; Álvarez DE ; Pabón A ; Leite VBP ; PASCUTTI, PEDRO GERALDO ; VALIENTE, PEDRO A. . Identification of (4-(9H-fluoren-9-yl) piperazin-1-yl) methanone derivatives as falcipain 2 inhibitors active against Plasmodium falciparum cultures.. 2018. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• Hernandez Gonzalez JE ; HERNÁNDEZ ALVAREZ, LILIAN ; PASCUTTI, PEDRO GERALDO ; Leite VBP . In silico study on the allosteric inhibition against falcipain-2 exerted by a chalcone-like compound. 2018. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• Hernandez Gonzalez JE ; Oostenbrink C ; Leite VBP ; PASCUTTI, PEDRO GERALDO . In silico identification of allosteric inhibitors of falcipains 2 and 3. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• HERNÁNDEZ-GONZÁLEZ, JORGE ENRIQUE ; ALVAREZ, LILIAN HERNÁNDEZ ; PASCUTTI, P. G. ; VALIENTE, PEDRO ALBERTO . Predicting Binding Modes of Reversible Peptide-Based Inhibitors of Falcipain-2 Consistent with Structure-Activity Relationships. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• HERNÁNDEZ-GONZÁLEZ JORGE E ; Oostenbrink C ; PASCUTTI, PEDRO G. . Prediction of allosteric binding sites of falcipain 2. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• Hernández González, Jorge Enrique ; GARCÍA-FERNÁNDEZ, ROSSANA ; VALIENTE, PEDRO A. . Polar Desolvation and Position 226 of Pancreatic and Neutrophil Elastases Are Crucial to their Affinity for the Kunitz-Type Inhibitors ShPI-1 and ShPI-1/K13L. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• HERNÁNDEZ-GONZÁLEZ, JORGE E ; GARCÍA-FERNÁNDEZ, ROSSANA ; VALIENTE, PEDRO A . Comparative energetic analysis of the interaction interfaces of ShPI-1 and its mutant K13L with human neutrophil elastase and pancreatic porcine elastase. 2013. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

• HERNÁNDEZ-GONZÁLEZ, JORGE E ; GARCÍA-FERNÁNDEZ, ROSSANA ; VALIENTE, PEDRO ALBERTO . Comparative energetic analysis of the interaction interfaces of ShPI-1 and its mutant K13L with human neutrophil elastase and pancreatic porcine elastase. 2013. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• HERNÁNDEZ-GONZÁLEZ, JORGE E ; GROENHOFF, G. ; VALIENTE, PEDRO A . ShPI-1 and serine proteases: towards a better understanding of structural and dynamic properties of their interaction. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2024 - Atual

  Síntese e avaliação da atividade de novos potenciais inibidores da 4-hidroxifenilpiruvato desidrogenase obtidos a partir de matérias-primas de fonte renovável, Descrição: O presente projeto tem o potencial de ser uma ponte entre a Química Verde e a Agroquímica, já que propõe soluções sustentáveis para problemas recorrentes na agricultura, isto é, a recorrência de ervas daninhas resistentes aos herbicidas comerciais.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jorge Enrique Hernández González - Coordenador / Pedro Geraldo Pascutti - Integrante / Antônio Luiz Braga - Integrante / Carolina Guimarães de Souza Lima - Integrante / Thiago de Melo Lima - Integrante / Marcela Cristina de Moraes - Integrante / Cristina Moll Huether - Integrante / Maria Isabel Ribeiro Alves - Integrante / Márcio Weber Paixão - Integrante.

• 2024 - Atual

  Síntese e avaliação da atividade de novos potenciais inibidores da 4-hidroxifenilpiruvato desidrogenase obtidos a partir de matérias-primas de fonte renovável, Descrição: O presente projeto tem o potencial de ser uma ponte entre a Química Verde e a Agroquímica, já que propõe soluções sustentáveis para problemas recorrentes na agricultura, isto é, a recorrência de ervas daninhas resistentes aos herbicidas comerciais.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jorge Enrique Hernández González - Coordenador / Pedro Geraldo Pascutti - Integrante / Antônio Luiz Braga - Integrante / Carolina Guimarães de Souza Lima - Integrante / Thiago de Melo Lima - Integrante / Marcela Cristina de Moraes - Integrante / Cristina Moll Huether - Integrante / Maria Isabel Ribeiro Alves - Integrante / Márcio Weber Paixão - Integrante.

• 2023 - Atual

  Inibidores da poligalacturonase de fungos fitopatogênicos: uma forma de controle da monilíase e da vassoura-de-bruxa e em cacau e cupuaçu, Descrição: Os fungos Moniliophthora perniciosa e Moniliophthora roreri são os patógenos responsáveis pelas doenças mais devastadoras da cultura do cacau e do cupuaçu. A vassoura-de-bruxa, causada por M. perniciosa, é a principal doença que afeta o cacaueiro no Brasil, podendo causar perdas na produção da ordem de 90. Encontrado na região Amazônica e no sul da Bahia, a primeira ocorrência de M. perniciosa foi relatada na década de 1970 no estado de Rondônia e em 1989 chegou na Bahia, principal região produtora do país. A chegada da doença no estado ocasionou uma queda drástica da produção brasileira, que passou de 450 mil toneladas na década de 1980, para cerca de 250 mil toneladas em 2019, de acordo com dados do IBGE. A desestruturação da cadeia produtiva ocasionou impactos econômicos, sociais e ambientais, e o Brasil, de segundo maior exportador mundial de cacau, passou para a condição de importador. M. roreri é o agente causador da moniliase (ou monilia), considerada a doença prevalente e mais severa da cultura do cacau nas plantações da América Latina, causando perdas em proporções variáveis, que podem chegar a 100 da produção. Considerada praga quarentenária A1, em meados de 2021, o fungo foi detectado em cacaueiros e cupuaçuzeiros em um pomar urbano na cidade de Cruzeiro do Sul, no Acre, sendo o estado declarado como área sob quarentena para a praga. Assim como M. perniciosa, o patógeno afeta também a cultura do cupuaçu, com danos consideráveis. Comum a esses fungos, tem-se o mecanismo de fitopatogenicidade, do qual participam enzimas poligalacturonases (PG), através de sua capacidade hidrolítica da parede celular vegetal. Nesse contexto, inibidores das PG poderiam ser adotados como estratégias para o controle de fungos fitopatogênicos e das doenças por eles causadas. Por meio de um método computacional baseado em computer-aided drug design (CADD) e técnicas de structure-based drug design, seguidas por ensaios de interações com a PG em sua região alvo (molecular docking), um conjunto de compostos inibidores foi obtido pela equipe do presente projeto. Os compostos foram ainda analisados em relação ao potencial de risco de produção de efeitos indesejáveis em humanos e animais, por meio da predição de parâmetros moleculares que influenciam na Absorção, Distribuição, Metabolismo, Excreção e Toxicidade (ADMET) e os parâmetros druglikeness e drugscore foram estimados. Diante deste contexto, por meio de uma abordagem interdisciplinar, o presente projeto tem por objetivo avaliar os compostos validados in silico como inibidores seletivos da PG dos fungos fitopatogênicos Moniliophthora roreri e M. perniciosa, sendo o primeiro considerado praga quarentenário ausente, de acordo com a legislação vigente. Pretende-se, ao final do projeto, ofertar ao setor produtivo alternativas eficazes, seguras e sustentáveis para o controle da vassoura-de-bruxa e da monilíase nas culturas do cacau e cupuaçu.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jorge Enrique Hernández González - Integrante / POLIANA FERNANDA GIACHETTO - Coordenador., Financiador(es): Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Auxílio financeiro.

• 2022 - 2023

  Computer-guided identification of inhibitors against staphylococcal exfoliative toxins, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Raghuvir Krishnaswamy Arni em 01/03/2024., Descrição: Várias espécies de Staphylococcus expressam toxinas esfoliativas (ETs), que atuam como fatores-chave de virulência facilitando a invasão e infecção do hospedeiro. S. aureus é um patógeno notório que pode produzir diferentes ETs (ETA a ETE) causando doenças graves em humanos e animais de valor econômico, como a síndrome da pele escaldada estafilocócica (SSSS) e mastite. Outras espécies, por exemplo, S. sciuri e S. hyicus, podem produzir uma toxina denominada ExhC, que causa epidermite exsudativa (EE) em porcos recém-nascidos e necrose celular in vitro. As ETs mais conhecidos são as glutamil endopeptidases (GEPs) que clivam a desmogleína-1(Dsg-1), uma proteína da pele crítica para a adesão célula-célula. Em geral, as ETs possuem uma especificidade bem afinada pelo substrato e muito e provavelmente requerem ativação para atingir a atividade catalítica total após a interação por meio de um exossítio com uma região específica da Dsg-1. Nesta proposta pretendemos descobrir novos inibidores de ETA, ETE e ExhC empregando abordagens in silico de última geração. Mais especificamente, utilizaremos técnicas baseadas em modelos farmacofóricos e de ancoramento molecular, a fim de fazer a triagem de grandes coleções de compostos semelhantes a drogas comercialmente disponíveis e desobrir substâncias com o potencial de se ligar aos sítios ativos e associados à necrose das ETs estudadas. Portanto, as moléculas identificadas poderão inibir as atividades esfoliativas e necróticas dessas enzimas. Simulações de dinâmica molecular (MD) serão conduzidas para abordar a flexibilidade dos sítios de ligação selecionados. Além disso, usaremos ferramentas in silico para modificar substratos peptídicos conhecidos das ETs a fim de transformá-los em inibidores potentes. As melhores substâncias candidatas serão adquiridas e avaliadas in vitro em relação à sua atividade inibitória contra os alvos selecionados.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jorge Enrique Hernández González - Integrante / ARNI, RAGHUVIR K - Coordenador / Johannes Kirchmair - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

• 2022 - Atual

  Target identification and efficacy enhancement of proven MDR overcoming Piper spp derived compounds towards candidate drug development against WHO priority 1 (critical) MDR pathogens: P. aeruginosa, E. coli, K. pneumonie, and M. Tuberculosis, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jorge Enrique Hernández González - Integrante / Raghuvir K Arni - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2022 - Atual

  Exosítios de proteínas, sítios crípticos e moonlighting: identificação, mapeamento funcional e efeitos de alteração estrutural., Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Raghuvir Krishnaswamy Arni em 01/03/2024., Descrição: O interior dos organismos constitui ambientes complexos e dinâmicos, com pouca semelhança com os experimentos realizados com proteínas isoladas. Dados sobre as possíveis interações nas quais proteínas específicas podem participar, dentro desses ambientes fisiológicos repletos de biomoléculas, são fundamentais para entender os múltiplos papéis que muitas vezes são desempenhados pelas proteínas. Dados estruturais de alta resolução foram fundamentais para caracterizar e definir os parâmetros estereoquímicos que promovem e definem a ligação de peptídeos, inibidores de proteínas e substratos aos locais ativos das enzimas, a ponto de agora termos uma compreensão muito abrangente de interações específicas e catalíticas, mecanismos que facilitam o projeto e o desenvolvimento de inibidores sintéticos e drogas altamente seletivas. Em um nível mais sutil, as superfícies das proteínas geralmente contém os locais de ligação secundários (exosítios), que desempenham papéis-chave na regulação e modulação de diversas atividades, que vão desde a expressão gênica, estabilização conformacional, transporte, inibição e, por extensão, modulação e exibição de funções distintas ou multitarefas da mesma enzima em resposta a mudanças que nas condições físico-químicas são pouco compreendidas. Esta proposta combina técnicas de alto rendimento / alta resolução, como exibição de fagos, metabolômica, biologia estrutural, biologia computacional, juntamente com métodos computacionais baseados em fragmentos para mapear, selecionar e avaliar superfícies de proteínas e sítios de ligação criptográficos que interagem especificamente com peptídeos e proteínas e identificar as interações proteína-proteína dinâmicas subjacentes que ocorrem sob diferentes condições fisiológicas. O núcleo desta proposta está centrado em proteínas de relevância biológica, que estão sendo estudadas atualmente em nosso grupo de pesquisa, para entender suas interações com peptídeos e com outras proteínas para discernir seus possíveis papéis múltiplos. A equipe envolvida nesta proposta é formada por pesquisadores que já estabelecem colaborações por anos, as quais renderam diversos artigos científicos e patentes.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jorge Enrique Hernández González - Integrante / PASCUTTI, PEDRO GERALDO - Integrante / VEIGA, SILVIO SANCHES - Integrante / Carolina Gismene - Integrante / ARNI, RAGHUVIR K - Coordenador / Ricardo Barros Mariutti - Integrante / Geraldo Francisco Donega Zafalon - Integrante / Ljubica Tasic - Integrante / Goran Nesic - Integrante / Ivan Mazoni - Integrante / Marilia de Freitas Calmon - Integrante / Pedro Geraldo Pascutti - Integrante / Vasco Ariston de Carvalho Azevedo - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de SP - Outra.

• 2022 - Atual

  Christian Doppler Laboratory for Molecular Informatics in the Biosciences, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jorge Enrique Hernández González - Integrante / Johannes Kirchmair - Coordenador / Chriss Oostenbrink - Integrante.

• 2021 - Atual

  Estratégias computacionais e experimentais integradas para a inibição das toxinas exfoliativas de Staphylococcus aureus, Descrição: O Staphylococcus aureus é uma bactéria responsável por diversas doenças, sendo a síndrome da pele escaldada estafilocócica (SSSS) uma das mais graves. As lesões cutâneas do SSSS são causadas pelas toxinas esfoliativas de S. aureus (ETs), serino-proteases do tipo quimotripsina (CLSPs) que clivam a caderina desmogleina-1 (Dsg-1). Até hoje, quatro ETs da famíla das CLSPs têm sido identificadas em cepas de S. aureus. Os sorotipos mais comuns, ETA e ETB, estão associados ao SSSS em humanos. A ETD está relacionada a furúnculos e abscessos cutâneos, e a ETE foi encontrada em isolados de mastite de ovelha. Notavelmente, as ETs possuem uma cavidade oxianiônica inativa devido à conformação atípica do resíduo 192, de forma que não degradam diversos substratos peptídicos e não são afetadas por inibidores clássicos das CLSPs. Resultados prévios sugerem a ativação da cavidade oxianiônica antes da clivagem da Dsg-1, através de uma mudança conformacional do resíduo 192 após a interação das ETs com o substrato. O isolamento de cepas de S. aureus codificadoras das ETs com resistência a antibióticos torna necessária a busca de inibidores destas proteases como alternativa aos antibióticos tradicionais. Neste trabalho, combinaremos técnicas computacionais e experimentais para estudar características estruturais e mecanísticas das ETs cruciais para a descoberta de inibidores. Pretendemos construir modelos estruturais da Dsg-1 complexada com as ETs para entender detalhadamente o mecanismo de ativação destas enzimas em nível atômico. A mutagênese sítio-dirigida será usada para validar experimentalmente nossas predições. Ademais, realizaremos triagens virtuais de bibliotecas de oligopeptídeos e compostos no sítio ativo e potenciais cavidades alostéricas das ETs. Os melhores candidatos serão testados para identificar inibidores da degradação da Dsg-1 in vitro, e empregaremos a difração de raios X para obter informação estrutural sobre a interação das ETs com as moléculas mais promissoras. Enfim, esperamos responder questões não resolvidas sobre a atividade das ETs e identificar moléculas que previnam os efeitos prejudiciais dessas toxinas na saúde animal e humana.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jorge Enrique Hernández González - Integrante / ARNI, RAGHUVIR KRISHNASWAMY - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de SP - Bolsa.

• 2020 - 2021

  Rede multidisciplinar para o estudo de viroses emergentes (COVID-19): dos aspectos básicos e ambientais do agente à prevenção, resposta imune, diagnóstico e estratégias terapêuticas, Descrição: Identificação de novos inibidores alostéricos e ortostéricos contra a protease principal (3CLpro) do SARS-CoV-2.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jorge Enrique Hernández González - Integrante / PASCUTTI, PEDRO G - Coordenador., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.

• 2017 - 2019

  Identificação in silico de novos inibidores competitivos e alostéricos das falcipaínas 2 e 3, Descrição: A malária é uma doença infecciosa devastadora causada por parasitas do gênero Plasmodia. Quase metade da população mundial vive em áreas onde a malária é endêmica e cerca de um milhão de mortes de crianças são relatadas a cada ano. Durante a primeira década deste século aproximadamente uma dúzia de novas drogas entrou no desenvolvimento clínico e também surgiram novas formas de acelerar a descoberta de antimaláricos. No entanto, a emergente resistência aos medicamentos representa um tremendo desafio para a erradicação da malária. Na situação atual, o desenvolvimento de novos antimaláricos é urgentemente necessário, bem como a busca concomitante de novos alvos de drogas. Neste sentido, as proteases de vacúolos alimentares envolvidas na degradação da hemoglobina durante o estágio intraeritrocitário do ciclo de vida do parasita foram descritas como alvos de fármacos promissores. Entre este grupo de proteases, as cisteína-proteases falcipaína 2 (FP-2) e falcipaína 3 (FP-3), consideradas como hemoglobinases chave, têm sido amplamente utilizadas para o desenvolvimento de novos antipalúdicos. Porém, até hoje, a maioria dos trabalhos tem-se centrado na identificação de inibidores competitivos contra ambas as enzimas e nenhum deles tem explorado a inibição alostérica, que foi demonstrada para FP-2 nos últimos anos. Nosso projeto será dedicado, então, à identificação de inibidores competitivos e alostéricos de FP-2 e FP-3 através de uma abordagem integrada in silico e experimental. Vamos combinar ferramentas de modelagem molecular de ponta, como docking, simulações MD, energia livre e análise de correlação cruzada para fornecer informações estruturais sobre os modos de ligação dos inibidores identificados em nosso trabalho, bem como uma explicação estrutural e energética da modulação alostérica de FP-2 e, presumivelmente, de FP-3. Esperamos fornecer uma metodologia para explorar a modulação alostérica das FPs 2 e 3 e seu potencial para o desenho de medicamentos mais específicos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . , Integrantes: Jorge Enrique Hernández González - Integrante / Vitor Barbanti Pereira Leite - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de SP - Bolsa.

• 2015 - 2017

  Desenvolvimento e Avaliação de Agentes para Defesa Contra Armas Químicas e Biológicas, Descrição: Identificação e planejamento de inibidores das Enzimas Falcipainas 2 and 3 para Combate à Malária. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jorge Enrique Hernández González - Integrante / PASCUTTI, PEDRO G - Coordenador., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.

• 2013 - 2015

  Identification of functional residues and novel conformational states in Plasmepsin II: Implications for designing more potent and selective antimalarial drugs, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jorge Enrique Hernández González - Integrante / VALIENTE, PEDRO A - Coordenador., Financiador(es): International Foundation for Science - Auxílio financeiro.

Prêmios