Vinícius de Lima

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Participação em eventos

Produções bibliográficas

• ASTUA-MONGE, G. ; PALMIERI, D A. ; LIMA, V. ; MAIA, L. ; MACHADO, M. A. . MarkerXplorer: A pipeline for in silico identification of polymorphic microssatellite markers in plants.. Bioinformatics (Oxford) , 2005.

• ASTUA-MONGE, G. ; FREITAS-ASTUA, J. ; PALMIERI, D A. ; BASÍLIO, A C. ; LIMA, V. ; MACHADO, M. A. . Identification and characterization of WRKY-like proteins In Citrus spp. and Poncirus trifoliata.. In: Plant & Animal Genomes XIII Conference, 2005, San Diego, CA, USA.. Proceedings of the XIII Plant & Animal Genome Meeting, 2005. v. 13. p. 82.

• ASTUA-MONGE, G. ; PALMIERI, D A. ; LIMA, V. ; MACHADO, M. A. . CitEST: A Portal for the Integration of Genetic Breeding, Functional and Comparative Genomics of Citrus.. In: Plant & Animal Genomes XIII Conference, 2005, San Diego, CA.. Proceedings of the XIII Plant & Animal Genome Meeting, 2005. v. 13.

• PALMIERI, D A. ; ASTUA-MONGE, G. ; BASÍLIO, A C. ; LIMA, V. ; BACOCINA, G. ; RONCOLETTA, J. G. T. ; MACHADO, M. A. . In silico identification and characterization of SSRs from Citrus ESTs.. In: Plant & Animal Genomes XIII Conference, 2005, San Diego, CA.. Proceedings of the XIII Plant & Animal Genome Meeting, 2005. v. 13.

• LIMA, V. ; MELARI, L. F. ; MOLINA, L. F. ; OLIVEIRA, H. C. . Estudo e avaliação de sistemas para definição de grupos de trabalhos Virtuais, com ênfase em segurança de serviços e acessos.. In: XIV Congresso de Iniciação Ciêntifica, 2002, Presidente Prudente. Anais do XIV Congresso de Iniciação Ciêntifica, 2002.

• ASTUA-MONGE, G. ; FREITAS-ASTUA, J. ; PALMIERI, D A. ; BASÍLIO, A C. ; LIMA, V. ; MACHADO, M. A. . Citrus Genomics: Candidate approaches to control plant diseases (p. 82).. 2005. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2009 - 2012

  Giga 2, Descrição: Descrição: As metas 13 e 14 da segunda fase da projeto GIGA foram concebidas para produzir serviços e aplicações para Teleducação, Telemedicina e TV Experimental. Em relação à Teleducação e Telemedicina, resumidamente, a idéia é criar um sistema para web-conferência com suporte à exibição de vários tipos de mídias e moderação, ou seja, um dos participantes da web-conferência, assume o papel de moderador da reunião. No caso específico de Telemedicina, será necessário integrar do serviço de web-conferência com o serviços do InCor (Instituto do Coração) para acesso ao PEP (Prontuário Eletrônico de Paciente). O PEP integra dados financeiros, administrativos, sinais vitais e imagens médicas num sistema denominado SI3. Em relação a TV experimental a idéia é criar uma plataforma de TV experimental para armazenamento, catalogação, distribuição e usufruto de conteúdos digitais interativos. O projeto foi escrito no final de 2007 e, por esta razão, há necessidade de de revisar seu escopo e abordagem à luz das mudanças tecnológicas e desenvolvimentos ocorridos desde então. Procurou-se não alterar os resultados compromissados anteriormente, mas dar mais importância para aspectos de arquitetura e convergência, em especial quanto ao emprego de IMS (IP Multimedia Subsystem), e sinergia entre as atividades das metas 13 e 14, no que se refere a reuso de componentes comuns e padrões de mídia. No caso de aplicações baseadas em rede, o desempenho do sistema é fortemente dependente da comunicação, especialmente se esta comunicação envolve grandes fluxos de dados. Sendo assim a rede GIGA é uma peça fundamental para exploração de serviços hipermídia distribuídos, como é o caso dos serviços a serem desenvolvidos no escopo deste projeto. Contudo a utilização da rede GIGA pode ser ainda mais abrangente se considerarmos todas as possibilidades de inter-funcionamento com outras redes. Estaremos, desta forma, utilizando a rede GIGA de forma mais intensa e criando um ambiente de desenvolvimento e. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Vinicius de Lima - Coordenador.

• 2008 - 2011

  SMTVI - Serviços Multiplataforma de TV Interativa, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Vinicius de Lima - Coordenador.

• 2006 - 2008

  Giga, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Vinicius de Lima - Coordenador.

• 2005 - 2006

  Qualidade da fruta e tolerância à seca em citros: genoma funcional e mapeamento com base no CitEST, Descrição: O presente projeto visa principalmente a encontrar alternativas para o desenvolvimento de frutas cítricas de melhor qualidade ("genomica nutricional") e plantas mais adaptadas às condições de deficit hídrico do Estado de São Paulo.. . , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Vinicius de Lima - Integrante / Marcos Antônio Machado - Coordenador / Dario Abel Palmieri - Integrante / Gustavo Astua Monge - Integrante.

• 2005 - 2006

  Genómica Integrada de Citros: Marcadores SSR e SNP na saturação e integração dos mapas genético e físico de laranja doce (Citrus sinensis Osbeck)., Descrição: A citricultura é uma das atividades mais competitivas do agronegócio brasileiro, respondendo pelo faturamento de cerca de 1,5 bilhão de US$/ano. O Brasil é o maior produtor de fruta e o maior exportador de suco concentrado do mundo. Embora competitiva, a citricultura brasileira apresenta baixa produtividade associada, principalmente, a problemas de ordem fitossanitária e horticulturais, como doenças e pragas, que se tornam tão mais graves quão mais extensos se tornam os plantios. Dificuldades de ordem botânica e genética desse grupo fazem com que ganhos por melhoramento tradicional sejam pequenos e de longo alcance. O uso de marcadores moleculares na construção de mapas genéticos e na identificação de genes de importância agronômica tem permitido obter avanços consideráveis nos programas de melhoramento genético de diferentes culturas. Bases de dados de seqüências oferecem uma excelente oportunidade para a obtenção desses marcadores em grande escala... , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Vinicius de Lima - Integrante / Dario Abel Palmieri - Coordenador.

• 2005 - 2006

  Desenvolvimento de um pipeline para a análise de sequências de variantes do CTV associadas à Morte Súbita dos Citros, Descrição: A morte súbita dos citros (MSC) é uma das doenças mais importantes na citricultura brasileira. A etiologia da doença e seu controle são ainda desconhecidos, fazendo com que o seu potencial destrutivo se torne cada vez maior. Porém, suspeita-se uma associação constante entre o vírus da tristeza dos citrus (CTV) e esta nova doença. Com o propósito de identificar variantes específicos do CTV associados à MSC, iniciou-se um levantamento detalhado de todas as possíveis variantes do vírus em plantas com MSC. Para facilitar a caracterização e manipulação de seqüências das diferentes estirpes de CTV presentes em plantas com MSC, o presente projeto visa o desenvolvimento de um sistema de analise e processamento de seqüências junto com uma interface amigável para o usuário que permita a exploração dos dados. . , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Vinicius de Lima - Integrante / Marcos Antonio Machado - Coordenador.

• 2004 - 2005

  Integração de Melhoramento Genético, Genoma Funcional e Comparativo de Citros., Descrição: A PRIMEIRA PARTE dessa proposta representa a continuidade dos projetos de MAPEAMENTO GENÉTICO avaliando-se, em condições de campo, as características fenotípicas para resistência a CVC, leprose, tristeza e gomose, ao mesmo tempo que inicia os trabalhos de mapeamento para estudo de herança ao cancro cítrico e à mancha-preta. Na SEGUNDA PARTE da proposta está incluído o estudo do genoma comparativo e funcional de citros, baseado na expressão de genes diferencialmente expressos (ESTs) em condições de ´stress´ biótico e abiótico. Uma das formas de abordagem sobre o ESTUDO DE GENOMA COMPARATIVO E FUNCIONAL é a comparação extensiva de ESTs (expressed sequence tags) de laranja doce, tangerina e Poncirus trifoliata em diferentes combinações de fatores limitantes (bióticos e abióticos), condições fisiológicas (adulto x juvenil) ou de desenvolvimento (fruto). Tal comparação deverá fornecer tanto informações sobre o genoma das três espécies (laranja, tangerina e trifoliata), quanto informações de genes diferencialmente expressos nas condições avaliadas. A partir dos dados acumulados de ESTs nas condições experimentais, as informações serão comparadas quanto a clusterização dos genes obtidos e quanto a expressão e seqüência dos ESTs. O número de seqüências e de cobertura para gerar os ESTs dependerá da eficiência de cada biblioteca, porém nunca menos que 5000 em cada situação. A utilização de dados dessa natureza convertidos em marcadores PCR ou SNPs (single nucleotide polymorphism) ampliará em muito o número de marcadores co-dominantes que auxiliarão no mapeamento. . Estudo do genoma funcional e comparativo de citros com o propósito de identificar gebes diferencialmente expressos em condições de estresse biótico e abiótico, gerando assim inúmeras sequências ESTs (expressed sequence tag).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Vinicius de Lima - Integrante / Marcos Antônio Machado - Coordenador / Dario Abel Palmieri - Integrante / Gustavo Astua Monge - Integrante.

• 2004 - 2005

  Desenvolvimento e automatização de análise e identificação de SNPs, Descrição: SNP ou polimorfismo de nucleotídeo simples são geralmente encontrados em sequências de DNA, causando variações que podem provocar doenças, alterações fenotípicas ou mutações. Existem diversas estratégias experimentais para localizar e identificar SNPs, além de análises "in silico", existindo vários programas para análise. Devido a enorme quantidade de dados gerados do projeto CITEST e dos diversos programas a serem utilizados, há a necessidade de se desenvolver um "pipeline" (conjunto de programas) para assim poder identificar e caracterizar SNPs, agilizando e facilitando as etapas de análise.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Vinicius de Lima - Integrante / Marcos Antônio Machado - Coordenador / Dario Abel Palmieri - Integrante / Gustavo Astua Monge - Integrante.

• 2004 - 2004

  Utilização de SSRs e SNPs para o desenvolvimento de marcadores moleculares a partir de ESTs., Descrição: Utilização de SSRs e SNPs para o desenvolvimento de marcadores moleculares a partir de ESTs em citros.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (4) . , Integrantes: Vinicius de Lima - Integrante / Dario Abel Palmieri - Integrante / Gustavo Astua Monge - Integrante / Marcos Antonio Machado - Coordenador.