Alexandre Paulo Yague Lopes

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Produções bibliográficas

• AZEVEDO, BRUNA OLIVEIRA PIGATTO ; DAMIANO, DEBORAH KOHN ; TEIXEIRA, ALINE FLORENCIO ; NASCIMENTO, ANA LUCIA TABET OLLER ; FERNANDES, LUIS GUILHERME VIRGILIO ; LOPES, ALEXANDRE PAULO YAGUE . The VapBC-4 Characterization Indicates It Is a Bona Fide Toxin-Antitoxin Module of Leptospira interrogans: Initial Evidence for a Role in Bacterial Adaptation. Microorganisms , v. 13, p. 879, 2025.

• DAMIANO, DEBORAH K. ; AZEVEDO, BRUNA O. P. ; FERNANDES, GEORGE S. C. ; TEIXEIRA, ALINE F. ; GONÇALVES, VIVIANE M. ; NASCIMENTO, ANA L. T. O. ; LOPES, ALEXANDRE P. Y. . The Toxin of VapBC-1 Toxin-Antitoxin Module from Leptospira interrogans Is a Ribonuclease That Does Not Arrest Bacterial Growth but Affects Cell Viability. Microorganisms , v. 12, p. 1660, 2024.

• FUSCO, FILIPE ; PIRES, MANUELLA CAZELATO ; LOPES, ALEXANDRE PAULO YAGUE ; ALVES, VÍTOR DOS SANTOS ; GONÇALVES, VIVIANE MAIMONI . Influence of the mRNA initial region on protein production: a case study using recombinant detoxified pneumolysin as a model. FRONTIERS IN BIOENGINEERING AND BIOTECHNOLOGY , v. 11, p. 01-13, 2024.

• BARAZZONE, GIOVANA C. ; TEIXEIRA, ALINE F. ; AZEVEDO, BRUNA O. P. ; DAMIANO, DEBORAH K. ; OLIVEIRA, MARCOS P. ; NASCIMENTO, ANA L. T. O. ; LOPES, ALEXANDRE P. Y. . Revisiting the Development of Vaccines Against Pathogenic Leptospira: Innovative Approaches, Present Challenges, and Future Perspectives. Frontiers in Immunology , v. 12, p. 760291, 2022.

• GRABARZ, FELIPE ; LOPES, ALEXANDRE PAULO YAGUE ; BARBOSA, FLÁVIA FERREIRA ; BARAZZONE, GIOVANA CAPPIO ; SANTOS, JADEMILSON CELESTINO ; BOTOSSO, VIVIANE FONGARO ; JORGE, SORAIA ATTIE CALIL ; NASCIMENTO, ANA LUCIA TABET OLLER ; ASTRAY, RENATO MANCINI ; GONÇALVES, VIVIANE MAIMONI . Strategies for the Production of Soluble Interferon-Alpha Consensus and Potential Application in Arboviruses and SARS-CoV-2. Life-Basel , v. 11, p. 460, 2021.

• LOPES, ALEXANDRE ; AZEVEDO, BRUNA ; EMÍDIO, REBECA ; DAMIANO, DEBORAH ; NASCIMENTO, ANA ; BARAZZONE, GIOVANA . In Silico Analysis of Genetic VapC Profiles from the Toxin-Antitoxin Type II VapBC Modules among Pathogenic, Intermediate, and Non-Pathogenic Leptospira. Microorganisms , v. 7, p. 56, 2019.

• VERINAUD, CLAUDIA IWASHITA ; FELICIANO, GABRIEL PINNA ; DE CARVALHO, ROBERTA RODRIGUES ; LOPES, ALEXANDRE PAULO YAGUE ; RAW, ISAÍAS ; MARTINS, ELIZABETH ANGÉLICA LEME ; CHENG, ELISABETH . Purification of Plasma-Derived Coagulation Factor VIII by Immobilized-Zn2+ and -Co2+ Affinity Chromatography. CHROMATOGRAPHIA , v. 80, p. 1319-1327, 2017.

• RODRIGUES, ESTELA S. ; VERINAUD, CLAUDIA I. ; OLIVEIRA, DOUGLAS S. ; RAW, ISAÍAS ; LOPES, ALEXANDRE P. Y. ; MARTINS, ELIZABETH A. L. ; CHENG, ELISABETH . Purification of coagulation factor VIII by immobilized metal affinity chromatography. BIOTECHNOLOGY AND APPLIED BIOCHEMISTRY , v. 62, p. 343-348, 2015.

• LOPES, ALEXANDRE P. Y. ; LOPES, LUANA M. ; FRAGA, TATIANA R. ; CHURA-CHAMBI, ROSA M. ; SANSON, ANDRÉ L. ; CHENG, ELISABETH ; NAKAJIMA, ERIKA ; MORGANTI, LIGIA ; MARTINS, ELIZABETH A. L. . VapC from the Leptospiral VapBC Toxin-Antitoxin Module Displays Ribonuclease Activity on the Initiator tRNA. PLoS One , v. 9, p. e101678, 2014.

• Cabrera-Crespo, J. ; Martins, E.A. ; Gonçalves, V.M. ; Grellet, S. ; LOPES, A. P. Y. ; Raw, I . Albumin purification from human placenta. Biotechnology and Applied Biochemistry , Grã Bretanha, v. 31, p. 101-106, 2010.

• DARRIEUX, M. ; Moreno, A. T. ; Ferreira, D. M. ; Pimenta, F. C. ; de Andrade, A. L. S. S. ; Lopes, A. P. Y. ; Leite, L. C. C. ; Miyaji, E. N. . Recognition of pneumococcal isolates by antisera raised against PspA fragments from different clades. Journal of Medical Microbiology , v. 57, p. 273-278, 2008.

• Cainelli Gebara, V.C.B. ; Risoleo, L. ; LOPES, A. P. Y. ; FERREIRA, R.V. F. ; QUINTILHO, W. ; LEPINE, F. ; SILVA, W. D. ; Raw, I . Adjuvant and immunogenic activities of the 73kDa N-terminal α-domain of BrkA autotransporter and Cpn60/60kDa chaperonin of Bordetella pertussis. VACCINE , v. 25, p. 621-629, 2007.

• Silva, M. ; Cabrera-Crespo, J. ; SBROGIO-Alemeida, M. E. ; MIYAGI, E.N. ; Ho, P.L. ; Leite, L.C.C. ; LOPES, A. P. Y. . Optimizing Expression of Streptococcus pneumoniae Surface Protein a, PspA: Serocross-Reactivity within Families of Antisera Induced Against Clades 1 and 3. MOLECULAR BIOTECHNOLOGY , v. 37, p. 146-154, 2007.

• DARRIEUX, M. ; MIYAGI, E.N. ; Ferreira, D. M. ; LOPES, L.M. ; LOPES, A. P. Y. ; BRILES, D. E. ; HOLLINGSHEAD, S. K ; Leite, L. C. C. . Fusion Proteins Containing Family 1 and Family 2 PspA Fragments Elicit Protection against Streptococcus pneumoniae That Correlates with Antibody-Mediated Enhancement of Complement Deposition. INFECTION AND IMMUNITY , v. 75, p. 5930-5938, 2007.

• Cainelli Gebara, V.C.B. ; Risoleo, L. ; LOPES, A. P. Y. ; Dias, W.O. ; FERREIRA, R.V. F. ; QUINTILHO, W. ; SILVA, W. D. ; Raw, I . Adjuvant activity of two isolated proteins from Bordetella pertussis. Immunology (Oxford) , v. 2004, p. 317-320, 2004.

• MIYAGI, E.N. ; FERREIRA, D. ; LOPES, A. P. Y. ; BRANDILEONE, M. C. C. ; Dias, W.O. ; Leite, L.C.C. . Analysis of Serum Cross-Reactivity and Cross-Protection Elicited by Immunization with DNA Vaccines against Streptococcus pneumoniae Expressing PspA Fragments from Different Clades. INFECTION AND IMMUNITY , v. 70, p. 5086-5090, 2002.

• Rester, U ; Bode W. ; Sampaio, C.A.M. ; LOPES, A. P. Y. ; Auerswald, E.A. . Cloning, purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of the antistasin-type inhibitor ghilanten (domain I) from Haementeria ghilianii in complex with porcine β-trypsin. ACTA CRYSTALLOGRAPHICA. SECTION D, BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY , Estados Unidos, v. 57, p. 1038-1041, 2001.

• Grellet, S. ; Martins, E.A. ; Gonçalves, V.M. ; LOPES, A. P. Y. ; Raw, I ; Cabrera-Crespo, J. . An associated process for the purification of immunoglobulin G, catalase, superoxide dismutase and albumin from haemolysed human placenta blood. BIOTECHNOLOGY AND APPLIED BIOCHEMISTRY , Grã Bretanha, v. 34, p. 135-142, 2001.

• Tanaka A.M. ; Tanaka, A.M. ; LOPES, A. P. Y. ; Takagi M. ; Cabrera-Crespo, J. ; Raw, I . Purification o f porcine factor VIII using chromatographic methods. BIOTECHNOLOGY LETTERS , Grã Bretanha, v. 22, p. 257-260, 2000.

• CHENG, ELISABETH ; LOPES, A. P. Y. . Environments: technoscience and its relation to sustainability, ethics, aesthetics, health and the human future. 1. ed. São Carlos: EdUFSCar, 2018. v. 1. 276p .

• Tanaka A.M. ; LOPES, A. P. Y. ; Tanaka, A.M. ; Cabrera-Crespo, J. ; Raw, I . Purification of Factor VIII from Porcine Plasma. In: ACIESP - Academia de Ciências, 1995, Campos do Jordão. Biotecnologia, 1995. v. 96. p. 208-2013.

• Cabrera-Crespo, J. ; Gonçalves, V.M. ; LOPES, A. P. Y. ; Tanaka A.M. ; Raw, I . Production of Hemoderivatives at Instituto Butantan. In: ACIESP - Academia de Ciências, 1995, Campos do Jordão. Biotecnologia, 1995. v. 96. p. 133-138.

• LOPES, A. P. Y. ; NAKAJIMA, E. ; MARIANO, I. R. ; FRAGA, T. ; CHURA-CHAMBI, ROSA M. ; CHENG, E. ; MORGANTI, L. ; Martins, E.A. . VAPC FROM THE LEPTOSPIRAL VAPBC TOXIN-ANTITOXIN MODULE DISPLAYS SPECIFIC RIBONUCLEASE ACTIVITY ON THE INITIATOR TRNA. VAPC HIGH PRESSURE REFOLDING AND IN SILICO STRUCTURAL 3D STUDIES.. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

Projetos de pesquisa

• 2018 - Atual

  ?Estudo dos Sistemas Toxina-Antitoxina VapBC de Leptospira interrogans: Bioquímica, Função e Participação na Fisiologia do Estresse Bacteriano?, Descrição: Leptospira interrogans é um dos agentes causadores da leptospirose humana. Os operons Toxina-Antitoxina (TA) são amplamente distribuídos entre bactérias e codificam uma toxina estável e uma antitoxina instável. Sua função geral permanece controversa, mas a ação fisiológica do sistema TA é a suspensão reversível do crescimento celular sob condições de estresse. Integrantes destes sistemas têm sido relacionados à virulência de diversas bactérias durante a infecção, inclusive em L. interrogans (Komi et al., 2015). Os sistemas TA são classificados em tipos e famílias sendo que as Proteínas Associadas à Virulência B e C (VapBC) constituem a principal família TA, agrupada devido à homologia de um domínio PIN da toxina que atua como ribonuclease. O banco de dados ?TA Data Base? (TADB) mostra que a L. interrogans serovar Copenhageni possui quatro loci vapBC, todos no cromossomo I. Previamente publicamos a caracterização bioquímica e funcional do primeiro membro descrito da família VapBC em leptospira que corresponde ao locus vapBC-3 (Lopes et al., 2014). Este projeto prevê a caracterização dos demais módulos VapBC com a clonagem e expressão dos operons vapBC 1, 2 e 4 em E. coli; purificação das proteínas recombinantes; caracterização da funcionalidade dos operons através da determinação da atividade tóxica e antitóxica sobre o crescimento de E.coli; reconhecimento (Western blotting) em diferentes linhagens de leptospira; avaliação de reatividade imunológica cruzada entre as toxinas e antitoxinas; teste de afinidade in vitro entre toxina e antitoxina (?ligand affinity blotting?) e detecção diferencial de VapB e C (Western blotting) em leptospiras sob condições de estresse. Finalmente, este trabalho pretende elucidar se os módulos VapBC são funcionais e contribuir no estudo do seu papel na fisiologia do estresse bacteriano e levar a estudos futuros de sua função na patogenicidade da bactéria.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . , Integrantes: Alexandre Paulo Yague Lopes - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2016 - Atual

  PRODUÇÃO DE INTERFERON-ALFA CONSENSUS RECOMBINANTE EM Escherichia coli: AVALIAÇÃO DE ESTRATÉGIAS PARA OBTENÇÃO DA PROTEÍNA E POTENCIAL TERAPÊUTICO NO CONTEXTO DE INFECÇÃO POR ZIKA VÍRUS, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Viviane Maimoni Gonçalves em 22/02/2019., Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Alexandre Paulo Yague Lopes - Integrante / Viviane Maiomoni Gonçalves - Coordenador / Felipe Grabarz - Integrante.

• 2014 - Atual

  Estudo dos Sistemas Toxina-Antitoxina VapBC de Leptospira interrogans: Bioquímica, Função e Participação na Fisiologia do Estresse Bacteriano, Descrição: Leptospira interrogans é um dos agentes causadores da leptospirose humana. Os operons Toxina-Antitoxina (TA) são amplamente distribuídos entre bactérias e codificam uma toxina estável e uma antitoxina instável. Sua função geral permanece controversa, mas a ação fisiológica do sistema TA é a suspensão reversível do crescimento celular sob condições de estresse. Integrantes destes sistemas têm sido relacionados à virulência de diversas bactérias durante a infecção, inclusive em L. interrogans (Komi et al., 2015). Os sistemas TA são classificados em tipos e famílias sendo que as Proteínas Associadas à Virulência B e C (VapBC) constituem a principal família TA, agrupada devido à homologia de um domínio PIN da toxina que atua como ribonuclease. Este projeto prevê a caracterização dos módulos VapBC entre outros; produção das proteínas recombinantes; caracterização da funcionalidade dos operons ; reconhecimento (Western blotting) em diferentes linhagens de leptospira e avaliação da expressão em leptospiras sob condições de estresse. Finalmente, este trabalho pretende elucidar se os módulos VapBC são funcionais e contribuir no estudo do seu papel na fisiologia do estresse bacteriano e levar a estudos futuros de sua função na patogenicidade da bactéria.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (2) . , Integrantes: Alexandre Paulo Yague Lopes - Coordenador.

• 2005 - 2008

  CLONAGEM E EXPRESSÃO DE PROTEÍNAS COM POTENCIAL USO VACINAL E EM DIAGNÓSTICO IDENTIFICADAS DO GENOMA DA BACTÉRIA Leptospira interrogans SOROVAR COPENHAGENI, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Alexandre Paulo Yague Lopes - Integrante / Paulo Lee Ho - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2002 - 2006

  Clonagem, expressão, purificação e avaliação imunológica de híbridos e formas truncadas da Proteína de Superfície A (PspA) de Streptococcus pneumoniae, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Especialização: (1) Doutorado: (1) . , Integrantes: Alexandre Paulo Yague Lopes - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2001 - 2005

  Desenvolvimento de vacinas recombinantes contra Streptococcus penumoniae, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Alexandre Paulo Yague Lopes - Integrante / Luciana Cezar Cerqueira Leite - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Não informado.