Alan Mitchell Durham

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Organização de eventos

Participação em eventos

Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

• NACHTIGALL, PEDRO G ; DURHAM, ALAN M ; ROKYTA, DARIN R ; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, INÁCIO L M . ToxCodAn-Genome: an automated pipeline for toxin-gene annotation in genome assembly of venomous lineages. GigaScience , v. 13, p. giad116, 2024.

• DE MEDEIROS OLIVEIRA, MAURO ; BONADIO, IGOR ; LIE DE MELO, ALICIA ; MENDES SOUZA, GLAUCIA ; Durham, Alan Mitchell . TSSFinder-fast and accurate ab initio prediction of the core promoter in eukaryotic genomes. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS , v. 22, p. 1-12, 2021.

• NACHTIGALL, PEDRO G ; KASHIWABARA, ANDRE Y ; DURHAM, ALAN M . CodAn: predictive models for precise identification of coding regions in eukaryotic transcripts. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS , v. 22, p. 1-11, 2021.

• SOUZA, GLAUCIA MENDES ; VAN SLUYS, MARIE-ANNE ; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI ; LEE, HAYAN ; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES ; HOTTA, CARLOS TAKESHI ; GAIARSA, JONAS WEISSMANN ; DINIZ, AUGUSTO LIMA ; OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS ; FERREIRA, SÁVIO DE SIQUEIRA ; NISHIYAMA, MILTON YUTAKA ; TEN-CATEN, FELIPE ; RAGAGNIN, GEOVANI TOLFO ; ANDRADE, PABLO DE MORAIS ; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO ; NICASTRO, GIANLUCCA GONÇALVES ; PANDYA, RAVI ; KIM, CHANGSOO ; GUO, HUI ; Durham, Alan Mitchell . Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GigaScience , v. 8, p. 1, 2019.

• REYES, ALEJANDRO ; P. ALVES, JOÃO MARCELO ; Durham, Alan Mitchell ; Gruber, Arthur . Use of profile hidden Markov models in viral discovery: current insights. Advances in Genomics and Genetics , v. Volume 7, p. 29-45, 2017.

• ALVES, JOÃO M. P. ; DE OLIVEIRA, ANDRÉ L. ; SANDBERG, TATIANA O. M. ; MORENO-GALLEGO, JAIME L. ; DE TOLEDO, MARCELO A. F. ; DE MOURA, ELISABETH M. M. ; OLIVEIRA, LILIANE S. ; Durham, Alan M. ; MEHNERT, DOLORES U. ; ZANOTTO, PAOLO M. DE A. ; REYES, ALEJANDRO ; Gruber, Arthur . GenSeed-HMM: A Tool for Progressive Assembly Using Profile HMMs as Seeds and its Application in Alpavirinae Viral Discovery from Metagenomic Data. Frontiers in Microbiology (Online) , v. 7, p. 00269, 2016.

• SEVERINO, PATRICIA ; OLIVEIRA, LILIANE SANTANA ; ANDREGHETTO, FLÁVIA MAZIERO ; TORRES, NATALIA ; CURIONI, OTÁVIO ; CURY, PATRICIA MALUF ; TOPORCOV, TATIANA NATASHA ; Paschoal, Alexandre Rossi ; Durham, Alan Mitchell . Small RNAs in metastatic and non-metastatic oral squamous cell carcinoma. BMC Medical Genomics , v. 8, p. 1-15, 2015.

• SEVERINO, PATRICIA ; OLIVEIRA, LILIANE SANTANA ; ANDREGHETTO, FLAVIA MAZIERO ; TORRES, NATALIA ; CURIONI, OTAVIO ; CURY, P. M. ; TOPORCOV, TATIANA NATASHA ; PASCHOAL, ALEXANDRE ROSSI ; DURHAM, A. M. . Abstract 3983: MicroRNAs and other small RNA molecules expressed in metastatic and non-metastatic oral squamous cell carcinoma. CANCER RESEARCH , v. 75, p. 3983-3983, 2015.

• RANGEL, L. T. ; Novaes, J. ; DURHAM, A. M. ; MADEIRA, A. M. B. N. ; GRUBER, A. . The Eimeria Transcript DB: an integrated resource for annotated transcripts of protozoan parasites of the genus Eimeria. DATABASE-OXFORD , v. 2013, p. bat006-bat006, 2013.

• KASHIWABARA, ANDRÉ YOSHIAKI ; BONADIO, ÍGOR ; ONUCHIC, VITOR ; AMADO, FELIPE ; MATHIAS, RAFAEL ; Durham, Alan Mitchell . ToPS: A Framework to Manipulate Probabilistic Models of Sequence Data. PLOS Computational Biology (Online) , v. 9, p. e1003234, 2013.

• SEVERINO, PATRICIA ; OLIVEIRA, LILIANE ; TORRES, NATALIA ; ANDREGHETTO, FLAVIA ; DE FATIMA GUARIZO KLINGBEIL, MARIA ; MOYSES, RAQUEL ; WÜNSCH-FILHO, VICTOR ; NUNES, FABIO ; MATHOR, MONICA ; PASCHOAL, ALEXANDRE ; DURHAM, ALAN . High-throughput sequencing of small RNA transcriptomes reveals critical biological features targeted by microRNAs in cell models used for squamous cell cancer research. BMC Genomics , v. 14, p. 735, 2013.

• Paschoal, Alexandre Rossi ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; Setubal, João Carlos ; Simões, Zilá Luz Paulino ; Verjovski-Almeida, Sergio ; Durham, Alan Mitchell . Non-coding transcription characterization and annotation: A guide and web resource for non-coding RNA databases. RNA BIOL , v. 9, p. 274-282, 2012.

• Novaes, Jeniffer ; RANGEL, L. T. L. D. ; FERRO, M. ; Abe, Ricardo Y. ; Manha, Alessandra P.S. ; de Mello, Joana C.M. ; Varuzza, Leonardo ; DURHAM, A. M. ; Madeira, Alda Maria B.N. ; Gruber, Arthur . A comparative transcriptome analysis reveals expression profiles conserved across three Eimeria spp. of domestic fowl and associated with multiple developmental stages. International Journal for Parasitology , v. 42, p. 39-48, 2012.

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• DURHAM, A. M. ; Chimara, E. ; FERRAZOLI, L. ; UEKY, S. Y. M. ; MARTINS, M. C. ; ARBEIT, R. D. ; LEAO, S. C. . Reliable identification of mycobacterial species by PCR-restriction enzyme analysis (PRA)-hsp65 in a reference laboratory and elaboration of a sequence-based extended algorithm of PRA-hsp65 patterns. BMC Microbiology (Online) , v. 8, p. 48, 2008.

• KASHIWABARA, A. Y. ; VIEIRA, D. ; LIMA, A. M. ; DURHAM, A. M. . Splice site prediction using stochastic regular grammars. GENETICS AND MOLECULAR RESEARCH , v. 6, p. 105-115, 2007.

• DURHAM, A. M. ; Ling KH ; MA, R. ; RIVAILLER, P. ; IVENS, A. ; MADEIRA, A. M. ; Mungall K. ; Novaes, J. ; Sobreira, T.J. ; GRUBER, A. ; BERRIMAN, M. ; Tomley, F. ; DEAR, P. H. ; WAN, K. L. . Sequencing and analysis of chromosome 1 of Eimeria tenella reveals a unique segmental organization. Genome Research , v. 17, p. 311-319, 2007.

• DURHAM, A. M. ; MACHADO-LIMA, A. ; Hernando A. del Portillo . Computational methods in noncoding RNA research. Journal of Mathematical Biology (Print) , v. 56, p. 15-49, 2007.

• DURHAM, A. M. ; Sobreira, T.J. ; GRUBER, A. . TRAP: automated classification, quantification and annotation of tandemly repeated sequences. BIOINFORMATICS , Oxford, Inglaterra, v. 22, n.3, p. 361-362, 2006.

• DURHAM, A. M. ; HOFFMANN, E. H. ; MALAFRONTE, R. S. ; MORAES-AVILA, S. L. ; OSAKABE, A. L. ; WUNDERLICH, G. ; RIBOLLA, P. E. ; Hernando A. del Portillo ; URBANO, M. . Origins of sequence diversity in the malaria vaccine candidate merozoite surface protein-2 (MSP-2) in Amazonian isolates of Plasmodium falciparum. Gene (Amsterdam) , v. 376, p. 224-230, 2006.

• DURHAM, A. M. ; Emilio F. Merino ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; FERREIRA, J. E. ; TUMILASCI, V. F. ; DARC-NEVES, J. ; SILVA-NUNES, M. ; URBANO, M. ; WICKRAMARACHI, T. ; Hernando A. del Portillo . Multi-character population study of the vir subtelomeric multigene superfamily of Plasmodium vivax, a major human malaria parasite. Molecular and Biochemical Parasitology (Print) , v. 149, p. 10-16, 2006.

• DURHAM, A. M. ; ALBRECHT, L. ; Emilio F. Merino ; HOFFMANN, E. H. ; URBANO, M. ; de Mattos Ferreira, R.G. ; OSAKABE, A. L. ; Dalla Martha, R.C. ; Ramharter, M. ; FERREIRA, J. E. ; Hernando A. del Portillo ; WUNDERLICH, G. . Extense variant gene family repertoire overlap in Western Amazon Plasmodium falciparum isolates. Molecular and Biochemical Parasitology (Print) , v. 150, p. 157-165, 2006.

• FEITOSA, FABIANA M. ; CALVO, ERIC ; MERINO, EMILIO F. ; Durham, Alan M. ; JAMES, ANTHONY A. ; DE BIANCHI, ANTONIO G. ; MARINOTTI, OSVALDO ; CAPURRO, MARGARETH L. . A transcriptome analysis of the Aedes aegypti vitellogenic fat body. Journal of Insect Science (Online) , v. 6, p. 1-26, 2006.

• DURHAM, A. M. ; KASHIWABARA, A. Y. ; MATSUNAGA, F. ; AHAGON, P. ; RAINONE, F. ; VARUZZA, L. ; GRUBER, A. . EGene: a configurable pipeline generation system for automated sequence analysis. BIOINFORMATICS , Bioinformatics Advance Access, v. 21, p. 2812-2813, 2005.

• DURHAM, A. M. ; FUJITA, A. ; MASSIRER, K. B. ; FERREIRA, C. E. ; SOGAYAR, M. C. . The GATO gene annotation tool for research laboratories. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (Impresso) , v. 38, n.38, p. 1571-1574, 2005.

• FERNANDEZ, S. ; KATSUYAMA, A. M. ; KASHIWABARA, A. Y. ; MADEIRA, A. M. B. N. ; DURHAM, A. M. ; GRUBER, A. . Characterization of SCAR markers of spp. of domestic fowl and construction of a public relational database (The SCARdb). FEMS MICROBIOLOGY LETTERS , Estados Unidos, v. 238, n.1, p. 183-188, 2004.

• KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; MOREIRA, L. M. ; VENCIO, R. Z. N. ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; EL-DORRY, H. ; MONTEIRO, P. B. ; DA SILVA, A. C. R. ; Verjovski-Almeida, S. ; da SILVA, A. M. ; GOMES, S. L. . DNA Microarray-Based Genome Comparison of a Pathogenic and a Nonpathogenic Strain of Xylella fastidiosa Delineates Genes Important for Bacterial Virulence. Journal of Bacteriology (Print) , v. 186, p. 5442-5449, 2004.

• DURHAM, A. M. ; Emilio F. Merino ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; MADEIA, A. M. B. N. ; LIMA, A. M. ; GRUBER, A. ; Hernando A. del Portillo . Pilot survey of expressed sequence tags (ESTs) from the asexual blood stages of Plasmodium vivax in human patients. Malaria Journal (Online) , Internet, v. 2, n.21, p. 21, 2003.

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• OLIVEIRA, L. S. ; PATERA, A. C. ; DOMINGUES, D. ; SANCHES, D. S. ; LOPES, F. M. ; BUGATTI, P. H. ; SAITO, P. T. M. ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; DURHAM, A. M. ; PASCHOAL, A. R. . Computational Analysis of Transposable Elements and CircRNAs in Plants. In: Jungnam Cho. (Org.). Circular RNA in Plants. Methods in Molecular Biology series.. 1ed.New York, EUA: Humana (Springer), 2021, v. 2362, p. 147-172.

• Maracaja-Coutinho, Vinicius ; PASCHOAL, ALEXANDRE ROSSI ; Caris-Maldonado, José Carlos ; Borges, Pedro Vinícius ; Ferreira, Almir José ; Durham, Alan Mitchell . Noncoding RNAs Databases: Current Status and Trends. In: Xin Lai; Shailendra K., Gupta,, Julio Vera,. (Org.). Methods in Molecular Biology. 1ed.New York: Springer New York, 2019, v. , p. 251-285.

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• VIEIRA, D. ; KASHIWABARA, A. Y. ; DURHAM, A. M. . Splice Site Prediction using Grammar Inference. In: II ICOBICOBI: International Conference On Bionformatics and Molecular Biology, 2004, Angra dos Reis. II Icobicobi, 2004.

• LIMA, A. M. ; Hernando A. del Portillo ; DURHAM, A. M. . RNA Modeling with Stochastic Context Free Grammars. In: II ICOBICOBI: International Conference On Bionformatics and Molecular Biology, 2004, Angra dos Reis. Icobicobi, 2004.

• Emilio F. Merino ; DURHAM, A. M. ; TUMILASCI, V. F. ; LIMA, A. M. ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; DARC-NEVES, J. ; OIKAWA, M. ; FERREIRA, J. E. ; Hernando A. del Portillo . Plasmodium vivax: towards a global study of virulence in natural infections. In: II ICOBICOBI: International Conference On Bionformatics and Molecular Biology, 2004, Angra dos Reis. II Icobicobi, 2004.

• ALBRECHT, L. ; OSAKABE, A. L. ; DURHAM, A. M. ; Hernando A. del Portillo ; WUNDERLICH, G. . Determining the var gene repertoire size in Amazonian Plasmodium falciparum isolates. In: XXXIII Reunião anual da SBBq, 2004, Caxambu. Anais da XXXIII SBBq. , 2004, 2004.

• DURHAM, A. M. ; MATSUNAGA, F. ; AHAGON, P. ; GRUBER, A. . A primer and chimera identification tool for PCR-based cDNA clones. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto. Annals of the I International Conference on Bioinformatics and Computational Bioloogy, 2003.

• Emilio F. Merino ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; LIMA, A. M. ; DURHAM, A. M. ; GRUBER, A. ; HALL, N. ; Hernando A. del Portillo . Pilot survey of expressed sequence tags (ESTs)from the asexual blood stages of Plasmodium vivax in human patients. In: I International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto. Proceedings of the I International Conference on Bionformatics and Computational Biology, 2003.

• KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; VENCIO, R. Z. ; MOREIRA, L. M. ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. ; da SILVA, A. C. ; GOMES, S. L. . DNA MICROARRAY-BASED COMPARISON OF TWO XYLELLA FASTIDIOSA STRAINS. In: XXXII SBBq, 2003, 2003, Caxambu. Anais da XXXII SBBq. , 2004, 2003.

• MATSUNAGA, F. ; DURHAM, A. M. ; SAKATA, H. ; AHAGON, P. ; FERNANDEZ, S. ; MADEIA, A. M. B. N. ; GRUBER, A. . Gene survey of Eimeria spp. of domestic fowl using open reading frame ESTs (ORESTES) and development of an automatic pipeline for sequence analysis. In: Biotecnologia Habana 2002 - Agro-Biotech in the New Millenium, 2002, Havana. Biotecnologia Habana 2002 - Agro-Biotech in the New Millenium - Abstracts. Havana: Elfos Scientiae, 2002. p. 225-225.

• DURHAM, A. M. . Alinhamento de Sequências. 2023. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• A. M. Durham . Alinhamento de Sequências. 2022. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• DURHAM, A. M. . Alinhamento de Sequências. 2021. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• DURHAM, A. M. . Alinhamento de Sequências. 2020. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• DURHAM, A. M. . Alinhamento de Sequências. 2019. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• OLIVEIRA, L. S. ; GRUBER, A. ; DURHAM, A. M. . Development of integrated environment for analysis and annotation of DNA sequences.. 2013. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• OLIVEIRA, L. S. ; GRUBER, A. ; DURHAM, A. M. . Development of integrated for analysis and annotation of DNA sequences. 2012. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• ONUCHIC, V. ; Durham, Alan Mitchell . Using gene prediction models in order to improve the quality of multiple sequence alignments of homologous genes. 2011. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• OLIVEIRA, L. S. ; PASCHOAL, A. R. ; Durham, Alan Mitchell . Identification of non-coding RNA from Mycobacterium pathogenic strains. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• ONUCHIC, V. ; MACHADO-LIMA, A. ; Durham, Alan Mitchell . Procura de Padrões Estruturais em RNAs Utilizando Grafos. 2010. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

• DURHAM, A. M. ; LIMA, A. M. ; TEGLIA, J. ; SANTOS, M. B. . O Desenvolvimento de um Interpretador Orientado a Objetos para Ensino de Linguagens 2002 (Relatório Técnico).

• DURHAM, A. M. ; LIMA, A. M. . A conecionless protocol for mobile agents 2002 (Relatório Técnico).

• DURHAM, A. M. . Sistemas Operacionais. São Paulo: Makron Books, 1996. (Tradução/Livro).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2014 - 2019

  Biologia Computacional-REDE DE COOPERAÇÃO ACADÊMICA PARA O ESTUDO E DESENVOLVIMENTO DE FERRAMENTAS PARA A GENÔMICA ESTRUTURAL E FUNCIONAL, Descrição: Descrição: Fortalecer e ampliar o intercâmbio acadêmico entre os programas inter-unidades de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG (CAPES 6) e da USP (5), o de Biotecnologia da UFPA (CAPES 5) e o de Bioinformática da UFPR (CAPES 3) com a criação de uma rede voltada a aumentar a formação de recursos humanos em Biologia Computacional, em resposta à presente chamada... , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (2) . , Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / Arthur Gruber - Integrante / André Fujita - Integrante / Robson Francisco de Souza - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.

• 2014 - Atual

  Redes regulatórias e sinalização associadas à Cana Energia, Descrição: Muito já se conhece sobre a biologia e manejo da cana-de-açúcar, porém ainda existem lacunas no conhecimento bioquímico e genético dessa planta que se exploradas podem indicar o caminho para o melhor manejo da cultura, aumento do seu potencial industrial e diminuição do impacto ambiental do seu cultivo. Devido à complexidade do sistema e dos inúmeros fatores que interagem para a definição das características de interesse agronômico (genes, seus produtos, suas interações no organismo e com o ambiente), um conhecimento robusto do metabolismo de açúcares necessita de abordagens experimentais múltiplas em combinação com análises computacionais de grandes volumes de dados. Nós pretendemos acrescentar conhecimento ao sistema cana-de-açúcar usando abordagens de análise da fisiologia, de análise de elementos regulatórios, do transcriptoma e do metaboloma em variedades comerciais e em cruzamentos com espécies ancestrais em plantios que se assemelham ao realizado nas indústrias sucroalcooleiras e também em experimentos em casa de vegetação. O estudo das redes regulatórias de cana-de-açúcar será feito com auxílio da técnica de Chip-Seq e de RNAseq com as quais poderemos identificar possíveis regiões regulatórias e promotoras no genoma referência de cana-de-açúcar sequenciado e parcialmente montado pelo grupo e colaboradores. Através da utilização de abordagens da Biologia de Sistemas e biologia sintética, iremos definir os principais alvos ou redes de genes para o melhoramento da cana-de-açúcar com o aumento de sua produtividade, alteração do conteúdo de sacarose, fibra e lignina e assim desenvolver a Cana-Energia. O grande volume de dados gerado será armazenado no banco de dados SUCEST-FUN (http://sucest-fun.org) onde é possível avaliar e interrogar os dados com foco em diferentes aspectos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Helaine Carrer - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador / LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI - Integrante / DINIZ, AUGUSTO LIMA - Integrante / NISHIYAMA, MILTON YUTAKA - Integrante.

• 2014 - Atual

  Redes Regulatórias e seinlaizção associadas à cana energia, Descrição: uito já se conhece sobre a biologia e manejo da cana-de-açúcar, porém ainda existem lacunas no conhecimento bioquímico e genético dessa planta que se exploradas podem indicar o caminho para o melhor manejo da cultura, aumento do seu potencial industrial e diminuição do impacto ambiental do seu cultivo. Devido à complexidade do sistema e dos inúmeros fatores que interagem para a definição das características de interesse agronômico (genes, seus produtos, suas interações no organismo e com o ambiente), um conhecimento robusto do metabolismo de açúcares necessita de abordagens experimentais múltiplas em combinação com análises computacionais de grandes volumes de dados. Nós pretendemos acrescentar conhecimento ao sistema cana-de-açúcar usando abordagens de análise da fisiologia, de análise de elementos regulatórios, do transcriptoma e do metaboloma em variedades comerciais e em cruzamentos com espécies ancestrais em plantios que se assemelham ao realizado nas indústrias sucroalcooleiras e também em experimentos em casa de vegetação. O estudo das redes regulatórias de cana-de-açúcar será feito com auxílio da técnica de Chip-Seq e de RNAseq com as quais poderemos identificar possíveis regiões regulatórias e promotoras no genoma referência de cana-de-açúcar sequenciado e parcialmente montado pelo grupo e colaboradores. Através da utilização de abordagens da Biologia de Sistemas e biologia sintética, iremos definir os principais alvos ou redes de genes para o melhoramento da cana-de-açúcar com o aumento de sua produtividade, alteração do conteúdo de sacarose, fibra e lignina e assim desenvolver a Cana-Energia. O grande volume de dados gerado será armazenado no banco de dados SUCEST-FUN (http://sucest-fun.org) onde é possível avaliar e interrogar os dados com foco em diferentes aspectos.. S.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2010 - Atual

  Sistemas de Caracterização Probabilística de Sequências, Descrição: As moléculas de RNA podem ser divididas em duas grandes categorias: codificantes e não codificante. Nosso projeto visa o estudo de predição de genes, tanto de proteínas, quanto de RNAs não codificantes. Os RNAs codificantes, também conhecidos como RNAs mensageiros (mRNAs), são aqueles cuja função é servir de molde para síntese de proteínas. Os RNAs não codificantes (ncRNAs) não são traduzidos em proteína, sendo funcionais como RNAs. Devido as suas características, temos duas áreas distintas em predição de genes: predição de genes que codificam proteínas (RNAs codificantes) e predição de genes de RNA (RNAs não codificantes). Pretendemos abordar problemas das duas áreas. O objetivo deste projeto é o desenvolvimento de uma plataforma para implementação de caracterizadores probabilísticos de sequências e seu uso em predição de genes e caracterização de famílias de ncRNAs.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (5) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / André Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Paschoal, Alexandre Rossi - Integrante / Igor Bonadio - Integrante / Vitor Onuchic - Integrante / Rafael Mathias Ferreira - Integrante / Laecio Freitas Chaves - Integrante.

• 2010 - Atual

  PATO, Descrição: Este projeto visa o desenvolvmento de um sistema interativo e modular para anotação e curagem in silico de sequências. O sistema estará acoplado ao EGene e a um sistema de banco de dados. A integração com o banco de dados possibilitará modos interativos de seleção de conjuntos de sequêcias baseada no processamento anterior, visando processos incrementais de anotação.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / Arthur Gruber - Integrante / Liliane Santana - Integrante.

• 2007 - 2009

  Sistemas de predição de genes, Descrição: Este projeto visa o estudo de predição de genes, tanto de proteínas, como de RNAs não codificantes. O estudo concomitante destas duas áreas, em geral abordadas separadamente, visa tirar proveito de técnicas comuns na produção de melhores preditores de genes. Ambas as abordagens utilizarão o sistema MYOP, um arcabouço para construção de preditores de genes desenvolvido por nosso grupo. Predição de genes ainda é um problema em aberto, em particular a predição de genes de RNAs não codificantes. Porém, mesmo a predição de genes de RNAs codificantes ainda não é um problema resolvido, em particular se considerarmos a baixa taxa de sucesso na predição ab-initio dos genes completos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . , Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / Arthur Gruber - Integrante / Zilá Paulino Simões - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 5

• 2003 - 2005

  Maldb, Genomic And Post Genomic Approaches To Study Human Malaria in the Brazilian Amazon: Projeto Temático Fapesp No. 01/09401-0, Descrição: Investigação da diversidade genética de plasmodium na amazônia brasileira. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Hernando A del Portillo - Coordenador / Junior Barrera - Integrante / Joao Eduardo Ferreira - Integrante / Gerhard Wunderlich - Integrante / Marcelo Urbano - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Não informado.

• 2003 - Atual

  EGene2, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Arthur Gruber em 01/08/2013., Descrição: : A plataforma EGene (Durham et al., 2005) foi desenvolvida pelo nosso grupo e se caracteriza por ser um sistema integrado e customizável para a construção de pipelines. O sistema EGene permite encadear uma série de componentes diferentes de processamento, em uma ordem e composição totalmente definidas pelo usuário. Pretendemos oferecer na versão 2 do sistema EGene uma ampla gama de componentes de anotação que inclui um programa para a determinação de ORFs com tradutor das sequências protéicas, módulos para sete preditores de genes (Genscan, GlimmerM, GlimmerHMM, Twinscan, Phat, ESTscan e SNAP) , três programas de busca de repetições seriadas (TRF, String e MREPs), tRNAscan-SE, mapeamento de cDNAs (Sim4 e Exonerate), busca de similaridade (Blast), busca de motivos protéicos (HMMER/Pfam, RPS-Blast, InterProScan), busca de domínios transmembranares (TMHMM) e de peptídeo sinal (SignalP) ou ambos (Phobius), busca de sítios de ancoragem GPI (DGPI), mapeamento de termos GO, e geradores de anotação no padrão feature table (FT) e GFF3. Além disso, serão desenvolvidos componentes para a análise global de ortologia com as bases COG/KOG e eggNOG, mapeamento de vias metabólicas com a base KEGG e integração com o visualizador Genome Browser... , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) . , Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Arthur Gruber - Coordenador / Rangel, Luiz Thibério L.D. - Integrante / Ferro, Milene - Integrante / Deyvid Emanuel Amgarten - Integrante / Rafael Moreira Neves - Integrante.

• 2000 - 2002

  Projeto CAGE: Cooperative Analisys of Gene Expression, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Joao Eduardo Ferreira - Integrante / Sérgio Verjovski-Almeida - Integrante / Aline Maria da Silva - Integrante / Hugo Armelin - Coordenador / Eduardo Jordao Neves - Integrante / Carlos Humes Junior - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 1998 - 2000

  Projeto Sidam - Projeto Temático Fapesp num 98/06138-2, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Marco Dimas Gubitoso - Integrante / Siang Wun Song - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

Projetos de desenvolvimento

• 2008 - Atual

  Redes Regulatórias e de Sinalizaçã de Cana de Açúcar, Descrição: Este projeto foca estudos de regulação gênica e visa a geração de ferramentas que permitam abordagens da Biologia Sistêmica em cana-de-açúcar e a identificação de redes regulatórias. Como ponto de partida escolhemos caracterizar dois tratos agronômicos de interesse desta cultura: o teor de sacarose e a resposta à seca. Pretendemos estudar categorias gênicas com conhecido papel regulatório (Fatores de Transcrição, Proteínas Quinases e Fosfatases), aprofundar estudos do Transcriptoma, produzir plantas transgênicas para genes de interesse e desenvolver ferramentas de bioinformática e bancos de dados integrando os vários níveis de informação. Identificaremos os alvos de TFs utilizando a técnica de ChIP-HTS e clonando promotores. Os resultados terão consequëncias diretas múltiplas nos programas de melhoramento que frequentemente selecionam mudanças nos CREs e TFs na busca de genótipos mais adaptados ao ambiente e com maior performance agronômica. As Proteínas Quinases atuam em cascatas de sinalização de respostas a estímulos ambientais e nossos dados apontam para um papel predominante das PKs na regulação do teor de sacarose e resposta à seca. Para identificar novos genes associados a brix e seca caracterizaremos o transcriptoma de genótipos e cultivares contrastantes para estes tratos utilizando chips de oligonucleotídeos. Genes de interesse serão então avaliados quanto à sua função pela geração e análise de plantas transgênicas. Para integrar o grande conjunto de dados públicos e gerados pelo projeto uma infra-estrutura computacional robusta será desenvolvida. O banco de dados SUCEST-FUN integrará dados do SUCEST, promotores, CREs, dados de expressão e a caracterização agronômica, fisiológica e bioquímica de cultivares da cana. Em paralelo também desenvolveremos o banco de dado GRASSIUS para o estabelecimento das redes regulatórias de cana, arroz, milho e sorgo. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador.

• 2008 - Atual

  Redes Regulatórias e de Sinalizaçã de Cana de Açúcar, Descrição: Este projeto foca estudos de regulação gênica e visa a geração de ferramentas que permitam abordagens da Biologia Sistêmica em cana-de-açúcar e a identificação de redes regulatórias. Como ponto de partida escolhemos caracterizar dois tratos agronômicos de interesse desta cultura: o teor de sacarose e a resposta à seca. Pretendemos estudar categorias gênicas com conhecido papel regulatório (Fatores de Transcrição, Proteínas Quinases e Fosfatases), aprofundar estudos do Transcriptoma, produzir plantas transgênicas para genes de interesse e desenvolver ferramentas de bioinformática e bancos de dados integrando os vários níveis de informação. Identificaremos os alvos de TFs utilizando a técnica de ChIP-HTS e clonando promotores. Os resultados terão consequëncias diretas múltiplas nos programas de melhoramento que frequentemente selecionam mudanças nos CREs e TFs na busca de genótipos mais adaptados ao ambiente e com maior performance agronômica. As Proteínas Quinases atuam em cascatas de sinalização de respostas a estímulos ambientais e nossos dados apontam para um papel predominante das PKs na regulação do teor de sacarose e resposta à seca. Para identificar novos genes associados a brix e seca caracterizaremos o transcriptoma de genótipos e cultivares contrastantes para estes tratos utilizando chips de oligonucleotídeos. Genes de interesse serão então avaliados quanto à sua função pela geração e análise de plantas transgênicas. Para integrar o grande conjunto de dados públicos e gerados pelo projeto uma infra-estrutura computacional robusta será desenvolvida. O banco de dados SUCEST-FUN integrará dados do SUCEST, promotores, CREs, dados de expressão e a caracterização agronômica, fisiológica e bioquímica de cultivares da cana. Em paralelo também desenvolveremos o banco de dado GRASSIUS para o estabelecimento das redes regulatórias de cana, arroz, milho e sorgo. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador.

• 2008 - Atual

  Redes Regulatórias e de Sinalizaçã de Cana de Açúcar, Descrição: Este projeto foca estudos de regulação gênica e visa a geração de ferramentas que permitam abordagens da Biologia Sistêmica em cana-de-açúcar e a identificação de redes regulatórias. Como ponto de partida escolhemos caracterizar dois tratos agronômicos de interesse desta cultura: o teor de sacarose e a resposta à seca. Pretendemos estudar categorias gênicas com conhecido papel regulatório (Fatores de Transcrição, Proteínas Quinases e Fosfatases), aprofundar estudos do Transcriptoma, produzir plantas transgênicas para genes de interesse e desenvolver ferramentas de bioinformática e bancos de dados integrando os vários níveis de informação. Identificaremos os alvos de TFs utilizando a técnica de ChIP-HTS e clonando promotores. Os resultados terão consequëncias diretas múltiplas nos programas de melhoramento que frequentemente selecionam mudanças nos CREs e TFs na busca de genótipos mais adaptados ao ambiente e com maior performance agronômica. As Proteínas Quinases atuam em cascatas de sinalização de respostas a estímulos ambientais e nossos dados apontam para um papel predominante das PKs na regulação do teor de sacarose e resposta à seca. Para identificar novos genes associados a brix e seca caracterizaremos o transcriptoma de genótipos e cultivares contrastantes para estes tratos utilizando chips de oligonucleotídeos. Genes de interesse serão então avaliados quanto à sua função pela geração e análise de plantas transgênicas. Para integrar o grande conjunto de dados públicos e gerados pelo projeto uma infra-estrutura computacional robusta será desenvolvida. O banco de dados SUCEST-FUN integrará dados do SUCEST, promotores, CREs, dados de expressão e a caracterização agronômica, fisiológica e bioquímica de cultivares da cana. Em paralelo também desenvolveremos o banco de dado GRASSIUS para o estabelecimento das redes regulatórias de cana, arroz, milho e sorgo. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador.

• 2008 - Atual

  Redes Regulatórias e de Sinalizaçã de Cana de Açúcar, Descrição: Este projeto foca estudos de regulação gênica e visa a geração de ferramentas que permitam abordagens da Biologia Sistêmica em cana-de-açúcar e a identificação de redes regulatórias. Como ponto de partida escolhemos caracterizar dois tratos agronômicos de interesse desta cultura: o teor de sacarose e a resposta à seca. Pretendemos estudar categorias gênicas com conhecido papel regulatório (Fatores de Transcrição, Proteínas Quinases e Fosfatases), aprofundar estudos do Transcriptoma, produzir plantas transgênicas para genes de interesse e desenvolver ferramentas de bioinformática e bancos de dados integrando os vários níveis de informação. Identificaremos os alvos de TFs utilizando a técnica de ChIP-HTS e clonando promotores. Os resultados terão consequëncias diretas múltiplas nos programas de melhoramento que frequentemente selecionam mudanças nos CREs e TFs na busca de genótipos mais adaptados ao ambiente e com maior performance agronômica. As Proteínas Quinases atuam em cascatas de sinalização de respostas a estímulos ambientais e nossos dados apontam para um papel predominante das PKs na regulação do teor de sacarose e resposta à seca. Para identificar novos genes associados a brix e seca caracterizaremos o transcriptoma de genótipos e cultivares contrastantes para estes tratos utilizando chips de oligonucleotídeos. Genes de interesse serão então avaliados quanto à sua função pela geração e análise de plantas transgênicas. Para integrar o grande conjunto de dados públicos e gerados pelo projeto uma infra-estrutura computacional robusta será desenvolvida. O banco de dados SUCEST-FUN integrará dados do SUCEST, promotores, CREs, dados de expressão e a caracterização agronômica, fisiológica e bioquímica de cultivares da cana. Em paralelo também desenvolveremos o banco de dado GRASSIUS para o estabelecimento das redes regulatórias de cana, arroz, milho e sorgo. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador.

• 2008 - Atual

  Redes Regulatórias e de Sinalizaçã de Cana de Açúcar, Descrição: Este projeto foca estudos de regulação gênica e visa a geração de ferramentas que permitam abordagens da Biologia Sistêmica em cana-de-açúcar e a identificação de redes regulatórias. Como ponto de partida escolhemos caracterizar dois tratos agronômicos de interesse desta cultura: o teor de sacarose e a resposta à seca. Pretendemos estudar categorias gênicas com conhecido papel regulatório (Fatores de Transcrição, Proteínas Quinases e Fosfatases), aprofundar estudos do Transcriptoma, produzir plantas transgênicas para genes de interesse e desenvolver ferramentas de bioinformática e bancos de dados integrando os vários níveis de informação. Identificaremos os alvos de TFs utilizando a técnica de ChIP-HTS e clonando promotores. Os resultados terão consequëncias diretas múltiplas nos programas de melhoramento que frequentemente selecionam mudanças nos CREs e TFs na busca de genótipos mais adaptados ao ambiente e com maior performance agronômica. As Proteínas Quinases atuam em cascatas de sinalização de respostas a estímulos ambientais e nossos dados apontam para um papel predominante das PKs na regulação do teor de sacarose e resposta à seca. Para identificar novos genes associados a brix e seca caracterizaremos o transcriptoma de genótipos e cultivares contrastantes para estes tratos utilizando chips de oligonucleotídeos. Genes de interesse serão então avaliados quanto à sua função pela geração e análise de plantas transgênicas. Para integrar o grande conjunto de dados públicos e gerados pelo projeto uma infra-estrutura computacional robusta será desenvolvida. O banco de dados SUCEST-FUN integrará dados do SUCEST, promotores, CREs, dados de expressão e a caracterização agronômica, fisiológica e bioquímica de cultivares da cana. Em paralelo também desenvolveremos o banco de dado GRASSIUS para o estabelecimento das redes regulatórias de cana, arroz, milho e sorgo. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador.

• 2008 - Atual

  Redes Regulatórias e de Sinalizaçã de Cana de Açúcar, Descrição: Este projeto foca estudos de regulação gênica e visa a geração de ferramentas que permitam abordagens da Biologia Sistêmica em cana-de-açúcar e a identificação de redes regulatórias. Como ponto de partida escolhemos caracterizar dois tratos agronômicos de interesse desta cultura: o teor de sacarose e a resposta à seca. Pretendemos estudar categorias gênicas com conhecido papel regulatório (Fatores de Transcrição, Proteínas Quinases e Fosfatases), aprofundar estudos do Transcriptoma, produzir plantas transgênicas para genes de interesse e desenvolver ferramentas de bioinformática e bancos de dados integrando os vários níveis de informação. Identificaremos os alvos de TFs utilizando a técnica de ChIP-HTS e clonando promotores. Os resultados terão consequëncias diretas múltiplas nos programas de melhoramento que frequentemente selecionam mudanças nos CREs e TFs na busca de genótipos mais adaptados ao ambiente e com maior performance agronômica. As Proteínas Quinases atuam em cascatas de sinalização de respostas a estímulos ambientais e nossos dados apontam para um papel predominante das PKs na regulação do teor de sacarose e resposta à seca. Para identificar novos genes associados a brix e seca caracterizaremos o transcriptoma de genótipos e cultivares contrastantes para estes tratos utilizando chips de oligonucleotídeos. Genes de interesse serão então avaliados quanto à sua função pela geração e análise de plantas transgênicas. Para integrar o grande conjunto de dados públicos e gerados pelo projeto uma infra-estrutura computacional robusta será desenvolvida. O banco de dados SUCEST-FUN integrará dados do SUCEST, promotores, CREs, dados de expressão e a caracterização agronômica, fisiológica e bioquímica de cultivares da cana. Em paralelo também desenvolveremos o banco de dado GRASSIUS para o estabelecimento das redes regulatórias de cana, arroz, milho e sorgo. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador.

• 2008 - Atual

  Redes Regulatórias e de Sinalizaçã de Cana de Açúcar, Descrição: Este projeto foca estudos de regulação gênica e visa a geração de ferramentas que permitam abordagens da Biologia Sistêmica em cana-de-açúcar e a identificação de redes regulatórias. Como ponto de partida escolhemos caracterizar dois tratos agronômicos de interesse desta cultura: o teor de sacarose e a resposta à seca. Pretendemos estudar categorias gênicas com conhecido papel regulatório (Fatores de Transcrição, Proteínas Quinases e Fosfatases), aprofundar estudos do Transcriptoma, produzir plantas transgênicas para genes de interesse e desenvolver ferramentas de bioinformática e bancos de dados integrando os vários níveis de informação. Identificaremos os alvos de TFs utilizando a técnica de ChIP-HTS e clonando promotores. Os resultados terão consequëncias diretas múltiplas nos programas de melhoramento que frequentemente selecionam mudanças nos CREs e TFs na busca de genótipos mais adaptados ao ambiente e com maior performance agronômica. As Proteínas Quinases atuam em cascatas de sinalização de respostas a estímulos ambientais e nossos dados apontam para um papel predominante das PKs na regulação do teor de sacarose e resposta à seca. Para identificar novos genes associados a brix e seca caracterizaremos o transcriptoma de genótipos e cultivares contrastantes para estes tratos utilizando chips de oligonucleotídeos. Genes de interesse serão então avaliados quanto à sua função pela geração e análise de plantas transgênicas. Para integrar o grande conjunto de dados públicos e gerados pelo projeto uma infra-estrutura computacional robusta será desenvolvida. O banco de dados SUCEST-FUN integrará dados do SUCEST, promotores, CREs, dados de expressão e a caracterização agronômica, fisiológica e bioquímica de cultivares da cana. Em paralelo também desenvolveremos o banco de dado GRASSIUS para o estabelecimento das redes regulatórias de cana, arroz, milho e sorgo. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador.

• 2008 - Atual

  Redes Regulatórias e de Sinalizaçã de Cana de Açúcar, Descrição: Este projeto foca estudos de regulação gênica e visa a geração de ferramentas que permitam abordagens da Biologia Sistêmica em cana-de-açúcar e a identificação de redes regulatórias. Como ponto de partida escolhemos caracterizar dois tratos agronômicos de interesse desta cultura: o teor de sacarose e a resposta à seca. Pretendemos estudar categorias gênicas com conhecido papel regulatório (Fatores de Transcrição, Proteínas Quinases e Fosfatases), aprofundar estudos do Transcriptoma, produzir plantas transgênicas para genes de interesse e desenvolver ferramentas de bioinformática e bancos de dados integrando os vários níveis de informação. Identificaremos os alvos de TFs utilizando a técnica de ChIP-HTS e clonando promotores. Os resultados terão consequëncias diretas múltiplas nos programas de melhoramento que frequentemente selecionam mudanças nos CREs e TFs na busca de genótipos mais adaptados ao ambiente e com maior performance agronômica. As Proteínas Quinases atuam em cascatas de sinalização de respostas a estímulos ambientais e nossos dados apontam para um papel predominante das PKs na regulação do teor de sacarose e resposta à seca. Para identificar novos genes associados a brix e seca caracterizaremos o transcriptoma de genótipos e cultivares contrastantes para estes tratos utilizando chips de oligonucleotídeos. Genes de interesse serão então avaliados quanto à sua função pela geração e análise de plantas transgênicas. Para integrar o grande conjunto de dados públicos e gerados pelo projeto uma infra-estrutura computacional robusta será desenvolvida. O banco de dados SUCEST-FUN integrará dados do SUCEST, promotores, CREs, dados de expressão e a caracterização agronômica, fisiológica e bioquímica de cultivares da cana. Em paralelo também desenvolveremos o banco de dado GRASSIUS para o estabelecimento das redes regulatórias de cana, arroz, milho e sorgo. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento.

• 2008 - Atual

  Redes Regulatórias e de Sinalizaçã de Cana de Açúcar, Descrição: Este projeto foca estudos de regulação gênica e visa a geração de ferramentas que permitam abordagens da Biologia Sistêmica em cana-de-açúcar e a identificação de redes regulatórias. Como ponto de partida escolhemos caracterizar dois tratos agronômicos de interesse desta cultura: o teor de sacarose e a resposta à seca. Pretendemos estudar categorias gênicas com conhecido papel regulatório (Fatores de Transcrição, Proteínas Quinases e Fosfatases), aprofundar estudos do Transcriptoma, produzir plantas transgênicas para genes de interesse e desenvolver ferramentas de bioinformática e bancos de dados integrando os vários níveis de informação. Identificaremos os alvos de TFs utilizando a técnica de ChIP-HTS e clonando promotores. Os resultados terão consequëncias diretas múltiplas nos programas de melhoramento que frequentemente selecionam mudanças nos CREs e TFs na busca de genótipos mais adaptados ao ambiente e com maior performance agronômica. As Proteínas Quinases atuam em cascatas de sinalização de respostas a estímulos ambientais e nossos dados apontam para um papel predominante das PKs na regulação do teor de sacarose e resposta à seca. Para identificar novos genes associados a brix e seca caracterizaremos o transcriptoma de genótipos e cultivares contrastantes para estes tratos utilizando chips de oligonucleotídeos. Genes de interesse serão então avaliados quanto à sua função pela geração e análise de plantas transgênicas. Para integrar o grande conjunto de dados públicos e gerados pelo projeto uma infra-estrutura computacional robusta será desenvolvida. O banco de dados SUCEST-FUN integrará dados do SUCEST, promotores, CREs, dados de expressão e a caracterização agronômica, fisiológica e bioquímica de cultivares da cana. Em paralelo também desenvolveremos o banco de dado GRASSIUS para o estabelecimento das redes regulatórias de cana, arroz, milho e sorgo. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador.

• 2008 - Atual

  Redes Regulatórias e de Sinalizaçã de Cana de Açúcar, Descrição: Este projeto foca estudos de regulação gênica e visa a geração de ferramentas que permitam abordagens da Biologia Sistêmica em cana-de-açúcar e a identificação de redes regulatórias. Como ponto de partida escolhemos caracterizar dois tratos agronômicos de interesse desta cultura: o teor de sacarose e a resposta à seca. Pretendemos estudar categorias gênicas com conhecido papel regulatório (Fatores de Transcrição, Proteínas Quinases e Fosfatases), aprofundar estudos do Transcriptoma, produzir plantas transgênicas para genes de interesse e desenvolver ferramentas de bioinformática e bancos de dados integrando os vários níveis de informação. Identificaremos os alvos de TFs utilizando a técnica de ChIP-HTS e clonando promotores. Os resultados terão consequëncias diretas múltiplas nos programas de melhoramento que frequentemente selecionam mudanças nos CREs e TFs na busca de genótipos mais adaptados ao ambiente e com maior performance agronômica. As Proteínas Quinases atuam em cascatas de sinalização de respostas a estímulos ambientais e nossos dados apontam para um papel predominante das PKs na regulação do teor de sacarose e resposta à seca. Para identificar novos genes associados a brix e seca caracterizaremos o transcriptoma de genótipos e cultivares contrastantes para estes tratos utilizando chips de oligonucleotídeos. Genes de interesse serão então avaliados quanto à sua função pela geração e análise de plantas transgênicas. Para integrar o grande conjunto de dados públicos e gerados pelo projeto uma infra-estrutura computacional robusta será desenvolvida. O banco de dados SUCEST-FUN integrará dados do SUCEST, promotores, CREs, dados de expressão e a caracterização agronômica, fisiológica e bioquímica de cultivares da cana. Em paralelo também desenvolveremos o banco de dado GRASSIUS para o estabelecimento das redes regulatórias de cana, arroz, milho e sorgo. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador.

• 2008 - Atual

  Redes Regulatórias e de Sinalizaçã de Cana de Açúcar, Descrição: Este projeto foca estudos de regulação gênica e visa a geração de ferramentas que permitam abordagens da Biologia Sistêmica em cana-de-açúcar e a identificação de redes regulatórias. Como ponto de partida escolhemos caracterizar dois tratos agronômicos de interesse desta cultura: o teor de sacarose e a resposta à seca. Pretendemos estudar categorias gênicas com conhecido papel regulatório (Fatores de Transcrição, Proteínas Quinases e Fosfatases), aprofundar estudos do Transcriptoma, produzir plantas transgênicas para genes de interesse e desenvolver ferramentas de bioinformática e bancos de dados integrando os vários níveis de informação. Identificaremos os alvos de TFs utilizando a técnica de ChIP-HTS e clonando promotores. Os resultados terão consequëncias diretas múltiplas nos programas de melhoramento que frequentemente selecionam mudanças nos CREs e TFs na busca de genótipos mais adaptados ao ambiente e com maior performance agronômica. As Proteínas Quinases atuam em cascatas de sinalização de respostas a estímulos ambientais e nossos dados apontam para um papel predominante das PKs na regulação do teor de sacarose e resposta à seca. Para identificar novos genes associados a brix e seca caracterizaremos o transcriptoma de genótipos e cultivares contrastantes para estes tratos utilizando chips de oligonucleotídeos. Genes de interesse serão então avaliados quanto à sua função pela geração e análise de plantas transgênicas. Para integrar o grande conjunto de dados públicos e gerados pelo projeto uma infra-estrutura computacional robusta será desenvolvida. O banco de dados SUCEST-FUN integrará dados do SUCEST, promotores, CREs, dados de expressão e a caracterização agronômica, fisiológica e bioquímica de cultivares da cana. Em paralelo também desenvolveremos o banco de dado GRASSIUS para o estabelecimento das redes regulatórias de cana, arroz, milho e sorgo. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador.

• 2008 - Atual

  Redes Regulatórias e de Sinalizaçã de Cana de Açúcar, Descrição: Este projeto foca estudos de regulação gênica e visa a geração de ferramentas que permitam abordagens da Biologia Sistêmica em cana-de-açúcar e a identificação de redes regulatórias. Como ponto de partida escolhemos caracterizar dois tratos agronômicos de interesse desta cultura: o teor de sacarose e a resposta à seca. Pretendemos estudar categorias gênicas com conhecido papel regulatório (Fatores de Transcrição, Proteínas Quinases e Fosfatases), aprofundar estudos do Transcriptoma, produzir plantas transgênicas para genes de interesse e desenvolver ferramentas de bioinformática e bancos de dados integrando os vários níveis de informação. Identificaremos os alvos de TFs utilizando a técnica de ChIP-HTS e clonando promotores. Os resultados terão consequëncias diretas múltiplas nos programas de melhoramento que frequentemente selecionam mudanças nos CREs e TFs na busca de genótipos mais adaptados ao ambiente e com maior performance agronômica. As Proteínas Quinases atuam em cascatas de sinalização de respostas a estímulos ambientais e nossos dados apontam para um papel predominante das PKs na regulação do teor de sacarose e resposta à seca. Para identificar novos genes associados a brix e seca caracterizaremos o transcriptoma de genótipos e cultivares contrastantes para estes tratos utilizando chips de oligonucleotídeos. Genes de interesse serão então avaliados quanto à sua função pela geração e análise de plantas transgênicas. Para integrar o grande conjunto de dados públicos e gerados pelo projeto uma infra-estrutura computacional robusta será desenvolvida. O banco de dados SUCEST-FUN integrará dados do SUCEST, promotores, CREs, dados de expressão e a caracterização agronômica, fisiológica e bioquímica de cultivares da cana. Em paralelo também desenvolveremos o banco de dado GRASSIUS para o estabelecimento das redes regulatórias de cana, arroz, milho e sorgo. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador.

• 2008 - Atual

  Redes Regulatórias e de Sinalizaçã de Cana de Açúcar, Descrição: Este projeto foca estudos de regulação gênica e visa a geração de ferramentas que permitam abordagens da Biologia Sistêmica em cana-de-açúcar e a identificação de redes regulatórias. Como ponto de partida escolhemos caracterizar dois tratos agronômicos de interesse desta cultura: o teor de sacarose e a resposta à seca. Pretendemos estudar categorias gênicas com conhecido papel regulatório (Fatores de Transcrição, Proteínas Quinases e Fosfatases), aprofundar estudos do Transcriptoma, produzir plantas transgênicas para genes de interesse e desenvolver ferramentas de bioinformática e bancos de dados integrando os vários níveis de informação. Identificaremos os alvos de TFs utilizando a técnica de ChIP-HTS e clonando promotores. Os resultados terão consequëncias diretas múltiplas nos programas de melhoramento que frequentemente selecionam mudanças nos CREs e TFs na busca de genótipos mais adaptados ao ambiente e com maior performance agronômica. As Proteínas Quinases atuam em cascatas de sinalização de respostas a estímulos ambientais e nossos dados apontam para um papel predominante das PKs na regulação do teor de sacarose e resposta à seca. Para identificar novos genes associados a brix e seca caracterizaremos o transcriptoma de genótipos e cultivares contrastantes para estes tratos utilizando chips de oligonucleotídeos. Genes de interesse serão então avaliados quanto à sua função pela geração e análise de plantas transgênicas. Para integrar o grande conjunto de dados públicos e gerados pelo projeto uma infra-estrutura computacional robusta será desenvolvida. O banco de dados SUCEST-FUN integrará dados do SUCEST, promotores, CREs, dados de expressão e a caracterização agronômica, fisiológica e bioquímica de cultivares da cana. Em paralelo também desenvolveremos o banco de dado GRASSIUS para o estabelecimento das redes regulatórias de cana, arroz, milho e sorgo. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador.

Prêmios