Fabricio de Almeida Silva
Graduado em Ciências Biológicas (Habilitação Licenciatura) pela Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro (UENF), mestre em Biotecnologia Vegetal pela mesma universidade. Atualmente, é doutorando em Bioinformática pela Universiteit Gent. Foi aluno de Iniciação Científica (PIBIC-UENF) no Laboratório de Química e Função de Proteínas e Peptídeos (LQFPP), onde trabalhou com redes de coexpressão gênica em soja (Glycine max) a fim de compreender a dinâmica da regulação transcricional em larga escala e os efeitos de duplicações gênicas no genoma da planta. Tem interesse no uso e desenvolvimento de ferramentas computacionais para o estudo de redes biológicas e evolução de plantas.
Informações coletadas do Lattes em 27/08/2024
Acadêmico
Formação acadêmica
Mestrado em Biotecnologia Vegetal
2020 - 2022
Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro
Título: Identificação e priorização de genes de resistência a estresses bióticos em soja (Glycine max L. Merr.) a partir da integração de associação genômica ampla e redes de coexpressão gênica, Ano de Obtenção: 2022
Thiago Motta Venancio.Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Graduação em Ciências Biológicas
2016 - 2019
Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro
Título: Análise da regulação transcricional em soja (Glycine max (L.) Merr.) a partir de redes de coexpressão gênica
Orientador: Thiago Motta Venancio
Bolsista do(a): Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, UENF, Brasil.
Curso técnico/profissionalizante em Técnico em Meio Ambiente
2013 - 2016
Formação complementar
2020 - 2020
Getting and cleaning data. (Carga horária: 40h). , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.
2020 - 2020
Introduction to Systems Biology. (Carga horária: 40h). , Icahn School of Medicine at Mount Sinai - New York City, ICAHN, Estados Unidos.
2020 - 2020
Statistics for Genomic Data Science. (Carga horária: 40h). , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.
2020 - 2020
Statistical Inference. (Carga horária: 40h). , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.
2020 - 2020
The Data Scientist's Toolbox. (Carga horária: 40h). , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.
2020 - 2020
Exploratory Data Analysis. (Carga horária: 40h). , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.
2020 - 2020
Reproducible research. (Carga horária: 40h). , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.
2020 - 2020
The Unix Workbench. (Carga horária: 40h). , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.
2020 - 2020
Bioconductor for Genomic Data Science. (Carga horária: 40h). , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.
2020 - 2020
Dynamical Modeling Methods for Systems Biology. (Carga horária: 40h). , Icahn School of Medicine at Mount Sinai - New York City, ICAHN, Estados Unidos.
2020 - 2020
Integrated Analysis in Systems Biology. (Carga horária: 40h). , Icahn School of Medicine at Mount Sinai - New York City, ICAHN, Estados Unidos.
2020 - 2020
Network Analysis in Systems Biology. (Carga horária: 40h). , Icahn School of Medicine at Mount Sinai - New York City, ICAHN, Estados Unidos.
2020 - 2020
Developing Data Products. (Carga horária: 40h). , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.
2020 - 2020
Regression Models. (Carga horária: 40h). , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.
2020 - 2020
Python for Genomic Data Science. (Carga horária: 20h). , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.
2020 - 2020
Advanced R programming. (Carga horária: 40h). , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.
2020 - 2020
Experimental Methods in Systems Biology. (Carga horária: 40h). , Icahn School of Medicine at Mount Sinai - New York City, ICAHN, Estados Unidos.
2020 - 2020
Algorithms for DNA sequencing. (Carga horária: 40h). , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.
2020 - 2020
Introduction to Genomic Technologies. (Carga horária: 20h). , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.
2020 - 2020
Command Line Tools for Genomic Data Science. (Carga horária: 40h). , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.
2020 - 2020
Advanced Linear Models for Data Science: Least Squares. (Carga horária: 40h). , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.
2020 - 2020
Practical Machine Learning. (Carga horária: 40h). , Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.
2019 - 2019
Bioinformatic Methods II. (Carga horária: 20h). , University of Toronto, UTORONTO, Canadá.
2019 - 2019
Plant Bioinformatics. (Carga horária: 20h). , University of Toronto, UTORONTO, Canadá.
2017 - 2017
Bioestatística. (Carga horária: 8h). , Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, UENF, Brasil.
2017 - 2017
Effects of Global Change on Photosynthesis and Plant Respiration. (Carga horária: 8h). , Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, UENF, Brasil.
2017 - 2017
Bioinformatic methods. (Carga horária: 40h). , University of Toronto, UTORONTO, Canadá.
2017 - 2017
Identificação de insetos. (Carga horária: 4h). , Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, UENF, Brasil.
2016 - 2016
Tratamento de resíduos de laboratórios. (Carga horária: 4h). , Instituto Federal Fluminense, IFF, Brasil.
Idiomas
Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Pouco.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Áreas de atuação
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
Grande área: Outros / Área: Ciências Ambientais.
Participação em eventos
II Congresso de Ensino, Pesquisa e Extensão. Sala temática: Amazônia. 2015. (Congresso).
XIII Semana da Biologia. 2015. (Simpósio).
I Congresso de Ensino, Pesquisa e Extensão. 2014. (Congresso).
VI Semana de Meio Ambiente. 2013. (Simpósio).
Produções bibliográficas
-
IRINEU, LUIZ EDUARDO SOUZA DA SILVA ; SOARES, CLEITON DE PAULA ; SOARES, TATIANE SANCHES ; ALMEIDA, FELIPE ASTOLPHO DE ; ALMEIDA-SILVA, FABRÍCIO ; GAZARA, RAJESH KUMAR ; MENESES, CARLOS HENRIQUE SALVINO GADELHA ; CANELLAS, LUCIANO PASQUALOTO ; SILVEIRA, VANILDO ; VENANCIO, THIAGO MOTTA ; OLIVARES, FABIO LOPES . Multiomic Approaches Reveal Hormonal Modulation and Nitrogen Uptake and Assimilation in the Initial Growth of Maize Inoculated with Herbaspirillum seropedicae. PLANTS , v. 12, p. 48, 2023.
-
ALMEIDA-SILVA, FABRICIO ; VENANCIO, THIAGO M. . Discovering and prioritizing candidate resistance genes against soybean pests by integrating GWAS and gene coexpression networks. GENE , v. 860, p. 147231, 2023.
-
ALMEIDA-SILVA, FABRICIO ; ZHAO, TAO ; ULLRICH, KRISTIAN K ; SCHRANZ, M ERIC ; VAN DE PEER, YVES . syntenet: an R/Bioconductor package for the inference and analysis of synteny networks. BIOINFORMATICS (OXFORD. ONLINE) , v. 39, p. 1, 2023.
-
ALMEIDA-SILVA, FABRICIO ; VENANCIO, THIAGO M . cageminer : an R/Bioconductor package to prioritize candidate genes by integrating genome-wide association studies and gene coexpression networks. In Silico Plants , v. 4, p. 1, 2022.
-
SANGI, SARA ; ARAÚJO, PAULA M. ; COELHO, FERNANDA S. ; GAZARA, RAJESH K. ; ALMEIDA-SILVA, FABRÍCIO ; VENANCIO, THIAGO M. ; GRATIVOL, CLICIA . Genome-Wide Analysis of the COBRA-Like Gene Family Supports Gene Expansion through Whole-Genome Duplication in Soybean (Glycine max). PLANTS , v. 10, p. 167, 2021.
-
ALMEIDA-SILVA, FABRICIO ; MOHARANA, KANHU C ; VENANCIO, THIAGO M . The state of the art in soybean transcriptomics resources and gene coexpression networks. in silico Plants , v. 3, p. x, 2021.
-
TURQUETTI-MORAES, DAYANA K. ; MOHARANA, KANHU C. ; ALMEIDA-SILVA, FABRICIO ; PEDROSA-SILVA, FRANCISNEI ; VENANCIO, THIAGO M. . Integrating omics approaches to discover and prioritize candidate genes involved in oil biosynthesis in soybean. GENE , v. 808, p. 145976, 2021.
-
ALMEIDA-SILVA, FABRICIO ; VENANCIO, THIAGO M. . Pathogenesis-related protein 1 (PR-1) genes in soybean: genome-wide identification, structural analysis and expression profiling under multiple biotic and abiotic stresses. GENE , v. 809, p. 146013, 2021.
-
ALMEIDA-SILVA, FABRICIO ; VENANCIO, THIAGO M. . BioNERO: an all-in-one R/Bioconductor package for comprehensive and easy biological network reconstruction. Functional & Integrative Genomics , v. x, p. 1, 2021.
-
ALMEIDA-SILVA, FABRICIO ; VENANCIO, THIAGO M. . Integration of genome-wide association studies and gene coexpression networks unveils promising soybean resistance genes against five common fungal pathogens. Scientific Reports , v. 11, p. 24453, 2021.
-
MACHADO, FABRICIO B. ; MOHARANA, KANHU C. ; ALMEIDA'SILVA, FABRICIO ; GAZARA, RAJESH K. ; PEDROSA'SILVA, FRANCISNEI ; COELHO, FERNANDA S. ; GRATIVOL, CLÍCIA ; VENANCIO, THIAGO M. . Systematic analysis of 1298 RNA-Seq samples and construction of a comprehensive soybean ( Glycine max ) expression atlas. The Plant Journal , v. 103, p. 1894-1909, 2020.
-
ALMEIDA-SILVA, FABRICIO ; MOHARANA, KANHU C. ; MACHADO, FABRICIO B. ; VENANCIO, THIAGO M. . Exploring the complexity of soybean (Glycine max) transcriptional regulation using global gene co-expression networks. Planta , v. 252, p. 1-12, 2020.
-
ALMEIDA-SILVA, FABRICIO ; MORAES, D. K. T. ; VENANCIO, THIAGO M. . Prioritizing biotic stress-related genes in soybean by integrating GWAS and coexpression network analysis. 2020. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
-
ALMEIDA-SILVA, FABRICIO ; MORAES, D. K. T. ; VENANCIO, THIAGO M. . Integrating GWAS and gene coexpression networks to identify biotic stress resistance genes in soybean (Glycine max). 2020. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
-
ALMEIDA-SILVA, FABRICIO ; MORAES, D. K. T. ; VENANCIO, THIAGO M . Identificação de genes de resistência a estresse biótico em soja (Glycine max) a partir da integração de GWAS e redes de coexpressão gênica. 2020. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
-
ALMEIDA-SILVA, FABRICIO ; MORAES, D. K. T. ; VENANCIO, THIAGO M . Identificação de genes de resistência a estresse biótico em soja (Glycine max) por meio da integração de GWAS e redes de coexpressão gênica. 2020. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
-
MORAES, D. K. T. ; MOHARANA, K. C. ; BRUM-MACHADO, F. ; Almeida-Silva, F. ; VENANCIO, T. M. . Integração de dados de transcriptoma e associação genômica ampla na priorização de genes para biossíntese de óleo em soja (Glycine max). 2019. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
-
Almeida-Silva, F. ; MOHARANA, K. C. ; BRUM-MACHADO, F. ; GAZARA, R. K. ; VENANCIO, T. M. . Global co-expression network analysis unveils important aspects of evolution and transcriptional regulation in soybean (Glycine max). 2019. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
-
Almeida-Silva, F. ; BRUM-MACHADO, F. ; GAZARA, R. K. ; MOHARANA, K. C. ; VENANCIO, T. M. . Análise da complexidade regulatória e evolutiva de genes de soja (Glycine max) a partir de redes de co-expressão gênica. 2019. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
-
MORAES, D. K. T. ; MOHARANA, K. C. ; BRUM-MACHADO, F. ; Almeida-Silva, F. . Integração de dados de transcriptoma e Associação Genômica Ampla na priorização de genes para biossíntese de óleo em soja (Glycine max). 2019. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
-
Almeida-Silva, F. ; BRUM-MACHADO, F. ; MOHARANA, K. C. ; VENANCIO, T. M. . GENE CO-EXPRESSION NETWORKS UNCOVER TRANSCRIPTION FACTORS THAT PROBABLY SHAPE THE TRANSCRIPTIONAL LANDSCAPE DURING SOYBEAN GERMINATION. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
-
Almeida-Silva, F. ; BRUM-MACHADO, F. ; MOHARANA, K. C. ; VENANCIO, T. M. . Estudo da regulação transcricional durante a germinação em soja (Glycine max) a partir de redes de co-expressão gênica. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
-
Almeida-Silva, F. ; BRUM-MACHADO, F. ; MOHARANA, K. C. ; VENANCIO, T. M. . CONSTRUÇÃO DE REDES DE CO-EXPRESSÃO GÊNICA PARA O ESTUDO DA COMPLEXIDADE REGULATÓRIA TRANSCRICIONAL EM SOJA (Glycine max). 2016. (Apresentação de Trabalho/Outra).
Outras produções
PEDROSA-SILVA, F. ; Almeida-Silva, F. ; MORAES, D. K. T. . Introdução à Bioinformática. 2019. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
Prêmios
2020
Melhor trabalho na categoria banner, V Congresso Fluminense de Pós-Graduação.
2020
Menção honrosa na área Biologia Integrativa: Genômica, Proteômica, Metabolômica e Bioinformática, III Simpósio de Biotecnologia Vegetal.
2020
Menção honrosa na categoria oral: aluna Dayana Kelly Turquetti de Moraes, V Congresso Fluminense de Pós-Graduação.
2020
Melhor apresentação oral na área Biologia Integrativa: Genômica, Proteômica, Metabolômica e Bioinformática - Aluna Dayana Kelly Turquetti de Moraes, III Simpósio de Biotecnologia Vegetal.
2015
Menção Honrosa na 11ª Olimpíada Brasileira de Matemática das Escolas Públicas (OBMEP), Sociedade Brasileira de Matemática.
Histórico profissional
Experiência profissional
2018 - Atual
Fundação Centro de Ciências e Educação Superior à Distância do Estado do RJVínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Tutor de Biologia - Pré-Vestibular Social, Carga horária: 8
2020 - Atual
Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy RibeiroVínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Aluno de mestrado (CAPES), Carga horária: 44, Regime: Dedicação exclusiva.
Criando um monitoramento
Nossos robôs irão buscar nos nossos bancos de dados todos os processos de Fabricio de Almeida Silva e sempre que o nome aparecer em publicações dos Diários Oficiais, avisaremos por e-mail e pelo painel do usuário
Criando um monitoramento
Nossos robôs irão buscar nos nossos bancos de dados todas as movimentações desse processo e sempre que o processo aparecer em publicações dos Diários Oficiais e nos Tribunais, avisaremos por e-mail e pelo painel do usuário
Confirma a exclusão?