Alexandra Lehmkuhl Gerber

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Participação em eventos

Participação em bancas

Produções bibliográficas

• RAMUNDO, MARIANA SEVERO ; DA FONSECA, GUILHERME CORDENONSI ; TEN-CATEN, FELIPE ; Gerber, Alexandra L. ; GUIMARÃES, ANA PAULA ; MANULI, ERIKA REGINA ; CÔRTES, MARINA FARREL ; PEREIRA, GEOVANA MARIA ; BRUSTOLINI, OTAVIO ; CABRAL, MILENA GOMES ; DOS SANTOS LÁZARI, CAROLINA ; BRASIL, PATRÍCIA ; DA SILVEIRA BRESSAN, CLARISSE ; NAKAYA, HELDER I. ; PARANHOS-BACCALÀ, GLÁUCIA ; VASCONCELOS, ANA TEREZA R. ; SABINO, ESTER CERDEIRA . Transcriptomic insights into early mechanisms underlying post-chikungunya chronic inflammatory joint disease. Scientific Reports , v. 15, p. 6745, 2025.

• COTRIN, JULIANA CORDOVIL ; PIERGIORGE, RAFAEL MINA ; GONÇALVES, ANDRESSA PEREIRA ; SPITZ, MARIANA ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; GUIMARÃES, ANA PAULA DE CAMPOS ; VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; SANTOS-REBOUÇAS, CÍNTIA BARROS . Early-onset Parkinson's disease in a patient with a rare homozygous pathogenic GBA1 variant and no Gaucher disease symptoms. Neurogenetics , v. 26, p. 1-10, 2025.

• FAM, BIBIANA S. DE OLIVEIRA ; CADORE, NATHAN ARAUJO ; SBRUZZI, RENAN ; FEIRA, MARILEA FURTADO ; GIUDICELLI, GIOVANNA CÂMARA ; DE ALMEIDA, LUIZ G. P. ; Gerber, Alexandra L. ; GUIMARÃES, ANA PAULA DE C. ; VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; PEREIRA, ALEXANDRE C. ; PEREIRA, LYGIA V. ; HÜNEMEIER, TÁBITA ; CAMEY, SUZI ALVES ; VIANNA, FERNANDA S. LUIZ . SARS-CoV-2 strains and clinical profiles of COVID-19 patients in a Southern Brazil hospital. Frontiers in Immunology , v. 15, p. 2024, 2024.

• LIMA, NICHOLAS COSTA BARROSO ; DE ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA ; BAINY, AFONSO CELSO DIAS ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; DE CAMPOS GUIMARÃES, ANA PAULA ; SOLÉ-CAVA, ANTONIO MATEO ; DE MELO, CLAUDIO MANOEL RODRIGUES ; LAZOSKI, CRISTIANO ; ZACCHI, FLÁVIA LUCENA ; HENNING, FREDERICO ; SOARES, LETICIA MARIA MONTEIRO ; SOARES, RAFAELA GUILHERME ; RIBEIRO VASCONCELOS, ANA TEREZA . The draft genomes of Crassostrea gasar and Crassostrea rhizophorae: key resources for leveraging oyster cultivation in the Southwest Atlantic. Bmc Genomic Data , v. 25, p. 1, 2024.

• LAUX, MARCELE ; CIAPINA, LUCIANE PRIOLI ; DE CARVALHO, FABÍOLA MARQUES ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; GUIMARÃES, ANA PAULA C. ; APOLINÁRIO, MOACIR ; PAES, JORGE EDUARDO SANTOS ; JONCK, CÉLIO ROBERTO ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R. . Living in mangroves: a syntrophic scenario unveiling a resourceful microbiome. BMC MICROBIOLOGY , v. 24, p. 228, 2024.

• COTRIN, JULIANA CORDOVIL ; PIERGIORGE, RAFAEL MINA ; GONÇALVES, ANDRESSA PEREIRA ; PEREIRA, JOÃO SANTOS ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; DE CAMPOS GUIMARÃES, ANA PAULA ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; SANTOS-REBOUÇAS, CÍNTIA BARROS . Co-occurrence of PRKN and SYNJ1 variants in Early-Onset Parkinson's disease. Metabolic Brain Disease , v. 39, p. 915-928, 2024.

• REY, LAISA MARINA ROSA ; DELAI, ROBSON MICHAEL ; BATISTA, ALINE CRISTIANE CECHINEL ASSING ; FERREIRA, LEONARDO ; SANTOS, ISABELA CARVALHO DOS ; DEL VECCHIO, MARCO AURÉLIO CUNHA ; ANDRADE, ANA CLÁUDIA SOUZA ; TELES, PEDRO ; PEREIRA, ULISSES DE PÁDUA ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; GUIMARÃES, ANA PAULA DE CAMPOS ; ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA DE ; LAMARCA, ALESSANDRA PAVAN ; VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO DE ; GONÇALVES, DANIELA DIB . SARS-CoV-2 Research in Dogs (Canis lupus familiaris) and Felines (Felis silvestris catus) Domiciled in an International Border Region (Paraguay and Brazil). VECTOR-BORNE AND ZOONOTIC DISEASES , v. 24, p. 625-631, 2024.

• SANTOS-REBOUÇAS, CÍNTIA BARROS ; FERREIRA, CRISTINA DOS SANTOS ; NOGUEIRA, JEANE DE SOUZA ; BRUSTOLINI, OTÁVIO JOSÉ ; DE ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; GUIMARÃES, ANA PAULA DE CAMPOS ; PIERGIORGE, RAFAEL MINA ; STRUCHINER, CLÁUDIO JOSÉ ; PORTO, LUÍS CRISTÓVÃO ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO . Immune response stability to the SARS-CoV-2 mRNA vaccine booster is influenced by differential splicing of HLA genes. Scientific Reports , v. 14, p. 8982, 2024.

• DE CARVALHO, FABÍOLA MARQUES ; LAUX, MARCELE ; CIAPINA, LUCIANE PRIOLI ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; GUIMARÃES, ANA PAULA C. ; KLOH, VINÍCIUS PRATA ; APOLINÁRIO, MOACIR ; PAES, JORGE EDUARDO SANTOS ; JONCK, CÉLIO ROBERTO ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R. . Finding microbial composition and biological processes as predictive signature to access the ongoing status of mangrove preservation. International Microbiology , v. 27, p. 1-10, 2024.

• SANTOS-REBOUÇAS, CÍNTIA BARROS ; PIERGIORGE, RAFAEL MINA ; DOS SANTOS FERREIRA, CRISTINA ; SEIXAS ZEITEL, RAQUEL DE ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; RODRIGUES, MARTA CRISTINE FELIX ; GUIMARÃES, ANA PAULA DE CAMPOS ; SILVA, RODRIGO MOULIN ; FONSECA, ADRIANA RODRIGUES ; SOUZA, RANGEL CELSO ; DE SOUZA, ANA TEREZA ANTUNES MONTEIRO ; ROSSI, ÁTILA DUQUE ; PORTO, LUÍS CRISTÓVÃO DE MORAES SOBRINO ; CARDOSO, CYNTHIA CHESTER ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO . Host genetic susceptibility underlying SARS-CoV-2-associated Multisystem Inflammatory Syndrome in Brazilian Children. Molecular Medicine , v. 28, p. 153, 2023.

• LÁZARI, CAROLINA DOS SANTOS ; RAMUNDO, MARIANA SEVERO ; TEN-CATEN, FELIPE ; BRESSAN, CLARISSE S. ; DE FILIPPIS, ANA MARIA BISPO ; MANULI, ERIKA REGINA ; DE MORAES, ISABELLA ; PEREIRA, GEOVANA MARIA ; CÔRTES, MARINA FARREL ; CANDIDO, DARLAN DA SILVA ; Gerber, Alexandra L. ; GUIMARÃES, ANA PAULA ; FARIA, NUNO RODRIGUES ; NAKAYA, HELDER I. ; VASCONCELOS, ANA TEREZA R. ; BRASIL, PATRÍCIA ; PARANHOS-BACCALÀ, GLÁUCIA ; SABINO, ESTER CERDEIRA . Clinical markers of post-Chikungunya chronic inflammatory joint disease: A Brazilian cohort. PLoS Neglected Tropical Diseases , v. 17, p. e0011037, 2023.

• LAMARCA, ALESSANDRA P. ; SOUZA, UERIC JOSÉ BORGES DE ; MOREIRA, FILIPE ROMERO REBELLO ; ALMEIDA, LUIZ G. P. DE ; MENEZES, MARIANE TALON DE ; SOUZA, ADRIELI BARBOZA DE ; FERREIRA, ALESSANDRO CLAYTON DE SOUZA ; Gerber, Alexandra L. ; LIMA, ALINE B. DE ; GUIMARÃES, ANA PAULA DE C. ; CAVALCANTI, ANDRÉA CONY ; SILVA, ARYEL B. PAZ E ; LIMA, BRUNA ISRAEL ; LOBATO, CIRLEY ; SILVA, CRISTIANE GOMES DA ; MENDONÇA, CRISTIANE P. T. B. ; QUEIROZ, DANIEL COSTA ; ZAULI, DANIELLE ALVES GOMES ; MENEZES, DIEGO ; POSSEBON, FÁBIO SOSSAI ; et.al . The Omicron Lineages BA.1 and BA.2 (Betacoronavirus SARS-CoV-2) Have Repeatedly Entered Brazil through a Single Dispersal Hub. Viruses-Basel , v. 15, p. 888, 2023.

• FERREIRA, CRISTINA SANTOS ; DA SILVA FRANCISCO JUNIOR, RONALDO ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; GUIMARÃES, ANA PAULA DE CAMPOS ; AMENDOLA, FLÁVIA ANISIO ; PINTO-MARIZ, FERNANDA ; DE SOUZA, MONICA SOARES ; MIRANDA, PATRÍCIA CARVALHO BATISTA ; DE VASCONCELOS, ZILTON FARIAS MEIRA ; GOUDOURIS, EKATERINI SIMÕES ; VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO . Assessing whole-exome sequencing data from undiagnosed Brazilian patients to improve the diagnostic yield of inborn errors of immunity. Bmc Genomic Data , v. 24, p. 36, 2023.

• CAVALCANTE, LILIANE TAVARES DE FARIA ; DA FONSECA, GUILHERME CORDENONSI ; AMADO LEON, LUCIANE ALMEIDA ; SALVIO, ANDREZA LEMOS ; BRUSTOLINI, OTÁVIO JOSÉ ; GERBER, A. L. ; GUIMARÃES, ANA PAULA DE CAMPOS ; MARQUES, CARLA AUGUSTA BARRETO ; FERNANDES, RENAN AMPHILOPHIO ; RAMOS FILHO, CARLOS HENRIQUE FERREIRA ; KADER, RAFAEL LOPES ; PIMENTEL AMARO, MARISA ; DA COSTA GONÇALVES, JOÃO PAULO ; VIEIRA ALVES-LEON, SONIZA ; VASCONCELOS, A. T. R. . Buffy Coat Transcriptomic Analysis Reveals Alterations in Host Cell Protein Synthesis and Cell Cycle in Severe COVID-19 Patients. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES , v. 23, p. 13588, 2022.

• FRANCISCO JUNIOR, RONALDO DA SILVA ; DE MORAIS, GUILHERME LOSS ; DE CARVALHO, JOSEANE BISO ; DOS SANTOS FERREIRA, CRISTINA ; GERBER, A. L. ; DE C GUIMARÃES, ANA PAULA ; AMENDOLA, FLÁVIA ANISIO ; PINTO-MARIZ, FERNANDA ; DE VASCONCELOS, ZILTON FARIAS MEIRA ; GOUDOURIS, EKATERINI SIMÕES ; VASCONCELOS, A. T. R. . Clinical and genetic findings in two siblings with X-Linked agammaglobulinemia and bronchiolitis obliterans: a case report. BMC Pediatrics , v. 22, p. 181, 2022.

• DE CARVALHO, FABÍOLA MARQUES ; VALIATTI, TIAGO BARCELOS ; SANTOS, FERNANDA FERNANDES ; SILVEIRA, ALESSANDRO CONRADO DE OLIVEIRA ; GUIMARÃES, ANA PAULA C. ; GERBER, A. L. ; SOUZA, CINTYA DE OLIVEIRA ; CASSU CORSI, DANDARA ; BRASILIENSE, DANIELLE MURICI ; CASTELO-BRANCO, DÉBORA DE SOUZA COLLARES MAIA ; ANZAI, ELEINE KUROKI ; BESSA-NETO, FRANCISCO OZÓRIO ; GUEDES, GLAUCIA MORGANA DE MELO ; DE SOUZA, GLEYCE HELLEN DE ALMEIDA ; LEMOS, LEANDRO NASCIMENTO ; FERRAZ, LÚCIO FÁBIO CALDAS ; BAHIA, MÁRCIA DE NAZARÉ MIRANDA ; VAZ, MÁRCIA SOARES MATTOS ; DA SILVA, RAMON GIOVANI BRANDÃO ; VEIGA, RUANITA ; et.al . Exploring the Bacteriome and Resistome of Humans and Food-Producing Animals in Brazil. MICROBIOLOGY SPECTRUM , v. 10, p. 1, 2022.

• LEMOS, LEANDRO NASCIMENTO ; DE CARVALHO, FABÍOLA MARQUES ; SANTOS, FERNANDA FERNANDES ; VALIATTI, TIAGO BARCELOS ; CORSI, DANDARA CASSU ; DE OLIVEIRA SILVEIRA, ALESSANDRO CONRADO ; GERBER, A. L. ; GUIMARÃES, ANA PAULA C. ; DE OLIVEIRA SOUZA, CINTYA ; BRASILIENSE, DANIELLE MURICI ; MAIA CASTELO-BRANCO, DÉBORA DE SOUZA COLLARES ; ANZAI, ELEINE KUROKI ; BESSA-NETO, FRANCISCO OZÓRIO ; DE MELO, GLÁUCIA MORGANA ; DE SOUZA, GLEYCE HELLEN ; FERRAZ, LÚCIO FÁBIO CALDAS ; DE NAZARÉ MIRANDA BAHIA, MÁRCIA ; MATTOS, MÁRCIA SOARES ; DA SILVA, RAMON GIOVANI BRANDÃO ; VEIGA, RUANITA ; et.al . Large Scale Genome-Centric Metagenomic Data from the Gut Microbiome of Food-Producing Animals and Humans. Scientific Data , v. 9, p. 366, 2022.

• RIEDERER, INGO ; MENDES-DA-CRUZ, DANIELLA ARÊAS ; DA FONSECA, GUILHERME CORDENONSI ; GONZÁLEZ, MARIELA NATACHA ; BRUSTOLINI, OTAVIO ; ROCHA, CÁSSIA ; LOSS, GUILHERME ; DE CARVALHO, JOSEANE BISO ; MENEZES, MARIANE TALON ; RAPHAEL, LIDIANE MENEZES SOUZA ; GERBER, A. L. ; BONALDO, MYRNA CRISTINA ; BUTLER-BROWNE, GILLIAN ; Mouly, Vincent ; COTTA-DE-ALMEIDA, VINICIUS ; Savino, Wilson ; VASCONCELOS, A. T. R. . Zika virus disrupts gene expression in human myoblasts and myotubes: Relationship with susceptibility to infection. PLoS Neglected Tropical Diseases , v. 16, p. e0010166, 2022.

• FRANCISCO JUNIOR, RONALDO DA SILVA ; ALMEIDA, LUIZ G. P. DE ; LAMARCA, ALESSANDRA P. ; CAVALCANTE, LILIANE ; MARTINS, YASMMIN ; Gerber, Alexandra L. ; GUIMARÃES, ANA PAULA DE C. ; SALVIANO, RICARDO BARBOSA ; DOS SANTOS, FERNANDA LEITÃO ; DE OLIVEIRA, THIAGO HENRIQUE ; DE SOUZA, ISABELLE VASCONCELLOS ; DE CARVALHO, ERIKA MARTINS ; RIBEIRO, MARIO SERGIO ; CARVALHO, SILVIA ; DA SILVA, FLÁVIO DIAS ; GARCIA, MARCIO HENRIQUE DE OLIVEIRA ; DE SOUZA, LEANDRO MAGALHÃES ; DA SILVA, CRISTIANE GOMES ; RIBEIRO, CAIO LUIZ PEREIRA ; CAVALCANTI, ANDRÉA CONY ; et.al . Emergence of Within-Host SARS-CoV-2 Recombinant Genome After Coinfection by Gamma and Delta Variants: A Case Report. FRONTIERS IN PUBLIC HEALTH , v. 10, p. 1, 2022.

• LAMARCA, ALESSANDRA PAVAN ; DE ALMEIDA, LUIZ G. P. ; FRANCISCO, RONALDO DA SILVA ; CAVALCANTE, LILIANE ; BRUSTOLINI, OTÁVIO ; Gerber, Alexandra L. ; GUIMARÃES, ANA PAULA DE C. ; DE OLIVEIRA, THIAGO HENRIQUE ; DOS SANTOS NASCIMENTO, ÉRICA RAMOS ; POLICARPO, CINTIA ; DE SOUZA, ISABELLE VASCONCELLOS ; DE CARVALHO, ERIKA MARTINS ; RIBEIRO, MARIO SERGIO ; CARVALHO, SILVIA ; DIAS DA SILVA, FLÁVIO ; DE OLIVEIRA GARCIA, MARCIO HENRIQUE ; DE SOUZA, LEANDRO MAGALHÃES ; DA SILVA, CRISTIANE GOMES ; RIBEIRO, CAIO LUIZ PEREIRA ; CAVALCANTI, ANDRÉA CONY ; et.al . Phylodynamic analysis of SARS-CoV-2 spread in Rio de Janeiro, Brazil, highlights how metropolitan areas act as dispersal hubs for new variants. Microbial Genomics , v. 8, p. 1, 2022.

• SILVA, ANA VALESCA FERNANDES GILSON ; MENEZES, DIEGO ; MOREIRA, FILIPE ROMERO REBELLO ; TORRES, OCTÁVIO ALCÂNTARA ; FONSECA, PAULA LUIZE CAMARGOS ; MOREIRA, RENNAN GARCIAS ; ALVES, HUGO JOSÉ ; ALVES, VIVIAN RIBEIRO ; AMARAL, TÂNIA MARIA DE RESENDE ; COELHO, ADRIANO NEVES ; SARAIVA DUARTE, JÚLIA MARIA ; DA ROCHA, AUGUSTO VIANA ; DE ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA ; DE ARAÚJO, JOÃO LOCKE FERREIRA ; DE OLIVEIRA, HILTON SOARES ; DE OLIVEIRA, NOVA JERSEY CLÁUDIO ; ZOLINI, CAMILA ; DE SOUSA, JÔSY HUBNER ; DE SOUZA, ELIZÂNGELA GONÇALVES ; GERBER, A. L. ; et.al . Seroprevalence, Prevalence, and Genomic Surveillance: Monitoring the Initial Phases of the SARS-CoV-2 Pandemic in Betim, Brazil. Frontiers in Microbiology , v. 13, p. 1, 2022.

• FRANCISCO JR, RONALDO DA SILVA ; BENITES, L. FELIPE ; LAMARCA, ALESSANDRA P. ; DE ALMEIDA, LUIZ G.P. ; HANSEN, ALANA WITT ; GULARTE, JULIANA SCHONS ; DEMOLINER, MERIANE ; Gerber, Alexandra L. ; DE C GUIMARÃES, ANA PAULA ; ANTUNES, ANA KAROLINA EISEN ; HELDT, FAGNER HENRIQUE ; MALLMANN, LARISSA ; HERMANN, BRUNA ; ZIULKOSKI, ANA LUIZA ; GOES, VYCTORIA ; SCHALLENBERGER, KAROLINE ; FILLIPI, MICHELI ; PEREIRA, FRANCINI ; WEBER, MATHEUS NUNES ; DE ALMEIDA, PAULA RODRIGUES ; et.al . Pervasive transmission of E484K and emergence of VUI-NP13L with evidence of SARS-CoV-2 co-infection events by two different lineages in Rio Grande do Sul, Brazil. VIRUS RESEARCH , v. 296, p. 198345, 2021.

• DIEHL, CAMILA ; GARCIA, ANE WICHINE ACOSTA ; KINSKOVSKI, URIEL PERIN ; SBARAINI, NICOLAU ; SCHNEIDER, RAFAEL DE OLIVEIRA ; FERRAREZE, PATRICIA ALINE GRÖHS ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; KMETZSCH, LIVIA ; VAINSTEIN, MARILENE HENNING ; STAATS, CHARLEY CHRISTIAN . Zrg1, a cryptococcal protein associated with regulation of growth in nutrient deprivation conditions. GENOMICS , v. 113, p. 805-814, 2021.

• ALVES-LEON, SONIZA VIEIRA ; FERREIRA, CRISTINA DOS SANTOS ; HERLINGER, ALICE LASCHUK ; FONTES-DANTAS, FABRICIA LIMA ; RUEDA-LOPES, FERNANDA CRISTINA ; FRANCISCO, RONALDO DA SILVA ; GONÇALVES, JOÃO PAULO DA COSTA ; DE ARAÚJO, AMANDA DUTRA ; RÊGO, CLÁUDIA CECÍLIA DA SILVA ; HIGA, LUIZA MENDONÇA ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; GUIMARÃES, ANA PAULA DE CAMPOS ; DE MENEZES, MARIANE TALON ; DE PAULA TÔRRES, MARCELO CALADO ; MAIA, RICHARD ARAÚJO ; NOGUEIRA, BRUNO MICELI GONZALEZ ; FRANÇA, LAISE CAROLINA ; DA SILVA, MARCOS MARTINS ; NAURATH, CHRISTIAN ; CORREIA, ALINE SARAIVA DA SILVA ; et.al . Exome-Wide Search for Genes Associated With Central Nervous System Inflammatory Demyelinating Diseases Following CHIKV Infection: The Tip of the Iceberg. Frontiers in Genetics , v. 12, p. 1-10, 2021.

• GEDDES, VICTOR EMMANUEL VIANA ; BRUSTOLINI, OTÁVIO JOSÉ BERNARDES ; CAVALCANTE, LILIANE TAVARES DE FARIA ; MOREIRA, FILIPE ROMERO REBELLO ; DE CASTRO, FERNANDO LUZ ; GUIMARÃES, ANA PAULA DE CAMPOS ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; FIGUEIREDO, CAMILA MENEZES ; DINIZ, LUAN PEREIRA ; NETO, EURICO DE ARRUDA ; TANURI, AMILCAR ; SOUZA, RENAN PEDRA ; ASSUNÇÃO-MIRANDA, IRANAIA ; ALVES-LEON, SONIZA VIEIRA ; ROMÃO, LUCIANA FERREIRA ; DE SOUZA, JORGE PAES BARRETO MARCONDES ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; DE AGUIAR, RENATO SANTANA . Common Dysregulation of Innate Immunity Pathways in Human Primary Astrocytes Infected With Chikungunya, Mayaro, Oropouche, and Zika Viruses. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology , v. 11, p. 1-10, 2021.

• VOLOCH, CAROLINA M. ; DA SILVA FRANCISCO, RONALDO ; DE ALMEIDA, LUIZ G. P. ; CARDOSO, CYNTHIA C. ; BRUSTOLINI, OTAVIO J. ; Gerber, Alexandra L. ; GUIMARÃES, ANA PAULA DE C. ; MARIANI, DIANA ; DA COSTA, RAISSA MIRELLA ; FERREIRA, ORLANDO C. ; FRAUCHES, THIAGO SILVA ; DE MELLO, CLAUDIA MARIA BRAGA ; LEITÃO, ISABELA DE CARVALHO ; GALLIEZ, RAFAEL MELLO ; FAFFE, DÉBORA SOUZA ; CASTIÑEIRAS, TEREZINHA M. P. P. ; TANURI, AMILCAR ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R. . Genomic characterization of a novel SARS-CoV-2 lineage from Rio de Janeiro, Brazil. JOURNAL OF VIROLOGY , v. 1, p. 1-5, 2021.

• PIFFER, ALÍCIA C. ; SANTOS, FRANCINE M. DOS ; THOMÉ, MARCOS P. ; DIEHL, CAMILA ; GARCIA, ANE WICHINE ACOSTA ; KINSKOVSKI, URIEL PERIN ; SCHNEIDER, RAFAEL DE OLIVEIRA ; GERBER, ALEXANDRA ; FELTES, BRUNO CÉSAR ; SCHRANK, AUGUSTO ; VASCONCELOS, ANA TEREZA R. ; LENZ, GUIDO ; KMETZSCH, LÍVIA ; VAINSTEIN, MARILENE H. ; STAATS, CHARLEY C. . Transcriptomic analysis reveals that mTOR pathway can be modulated in macrophage cells by the presence of cryptococcal cells. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY (ONLINE VERSION) , v. 44, p. 1-10, 2021.

• LEMOS, LEANDRO NASCIMENTO ; DE CARVALHO, FABÍOLA MARQUES ; GERBER, A. L. ; GUIMARÃES, ANA PAULA C. ; JONCK, CELIO ROBERTO ; CIAPINA, LUCIANE PRIOLI ; VASCONCELOS, A. T. R. . Genome-centric metagenomics reveals insights into the evolution and metabolism of a new free-living group in Rhizobiales. BMC MICROBIOLOGY , v. 21, p. 294, 2021.

• VOLOCH, CAROLINA M ; DA SILVA FRANCISCO JR, RONALDO ; DE ALMEIDA, LUIZ G P ; BRUSTOLINI, OTAVIO J ; CARDOSO, CYNTHIA C ; GERBER, A. L. ; GUIMARÃES, ANA PAULA DE C ; LEITÃO, ISABELA DE CARVALHO ; MARIANI, DIANA ; OTA, VICTOR AKIRA ; LIMA, CRISTIANO X ; TEIXEIRA, MAURO M ; DIAS, ANA CAROLINA F ; GALLIEZ, RAFAEL MELLO ; FAFFE, DÉBORA SOUZA ; PÔRTO, LUÍS CRISTÓVÃO ; AGUIAR, RENATO S ; CASTIÑEIRA, TEREZINHA M P P ; FERREIRA, ORLANDO C ; TANURI, AMILCAR ; et.al . Intra-host evolution during SARS-CoV-2 prolonged infection. Virus Evolution , v. 7, p. 1-10, 2021.

• PARISOT, NICOLAS ; VARGAS-CHÁVEZ, CARLOS ; GOUBERT, CLÉMENT ; BAA-PUYOULET, PATRICE ; BALMAND, SÉVERINE ; BERANGER, LOUIS ; BLANC, CAROLINE ; BONNAMOUR, AYMERIC ; BOULESTEIX, MATTHIEU ; BURLET, NELLY ; CALEVRO, FEDERICA ; CALLAERTS, PATRICK ; CHANCY, THÉO ; CHARLES, HUBERT ; COLELLA, STEFANO ; DA SILVA BARBOSA, ANDRÉ ; DELL?AGLIO, ELISA ; DI GENOVA, ALEX ; FEBVAY, GÉRARD ; GERBER, A. L. ; et.al . The transposable element-rich genome of the cereal pest Sitophilus oryzae. BMC BIOLOGY , v. 19, p. 241, 2021.

• FRANCISCO JUNIOR, RONALDO DA SILVA ; LAMARCA, ALESSANDRA ; DE ALMEIDA, LUIZ G P ; CAVALCANTE, LILIANE ; MACHADO, DOUGLAS ; MARTINS, YASMMIN ; BRUSTOLINI, OTÁVIO ; GERBER, A. L. ; GUIMARÃES, ANA PAULA DE C ; GONÇALVES, REINALDO ; ALVES, CASSIA ; MARIANI, DIANA ; CRUZ, THAIS ; DE SOUZA, ISABELLE ; DE CARVALHO, ERIKA ; RIBEIRO, MARIO ; CARVALHO, SILVIA ; DA SILVA, FLÁVIO ; DE OLIVEIRA GARCIA, MÁRCIO ; DE SOUZA, LEANDRO ; et.al . Turnover of SARS-CoV-2 Lineages Shaped the Pandemic and Enabled the Emergence of New Variants in the State of Rio de Janeiro, Brazil. Viruses-Basel , v. 13, p. 2013, 2021.

• LIMA, ANDRESSA R O ; CARDOSO, CYNTHIA C ; BENTIM, PRISCILLA R B ; VOLOCH, CAROLINA M ; ROSSI, ÁTILA D ; DA COSTA, RAISSA MIRELLA M S C ; DA PAZ, JULIANA APARECIDA S ; AGOSTINHO, RAFAEL F ; FIGUEIREDO, VALÉRIA R F S ; JÚNIOR, JARBA S S ; DE ALMEIDA, LUIZ G P ; Gerber, Alexandra L ; ABUASSI, CLARISSA A ; RODRIGUES, NATALIA F ; TANURI, AMILCAR ; BOZZA, PATRICIA T ; BASTOS, CESAR S ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R ; KRUGER, STELLA BEATRIZ ; VALLIM, GIOVANNA GEÓRGIA P C A ; et.al . Maternal SARS-CoV-2 Infection Associated to Systemic Inflammatory Response and Pericardial Effusion in the Newborn: A Case Report. Journal of the Pediatric Infectious Diseases Society , v. 9, p. 1-9, 2020.

• CANDIDO, DARLAN S. ; CLARO, INGRA M. ; DE JESUS, JAQUELINE G. ; SOUZA, WILLIAM M. ; MOREIRA, FILIPE R. R. ; DELLICOUR, SIMON ; MELLAN, THOMAS A. ; DU PLESSIS, LOUIS ; PEREIRA, RAFAEL H. M. ; SALES, FLAVIA C. S. ; MANULI, ERIKA R. ; THÉZÉ, JULIEN ; ALMEIDA, LUIZ ; MENEZES, MARIANE T. ; VOLOCH, CAROLINA M. ; FUMAGALLI, MARCILIO J. ; COLETTI, THAÍS M. ; DA SILVA, CAMILA A. M. ; RAMUNDO, MARIANA S. ; GERBER, A. L. ; et.al . Evolution and epidemic spread of SARS-CoV-2 in Brazil. SCIENCE , v. 369, p. 1255-1260, 2020.

• DEBARBA, JOÃO ANTONIO ; SEHABIAGUE, MARTÍN PABLO CANCELA ; MONTEIRO, KARINA MARIANTE ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; FERREIRA, HENRIQUE BUNSELMEYER ; ZAHA, ARNALDO . Transcriptomic Analysis of the Early Strobilar Development of Echinococcus granulosus. PATHOGENS , v. 9, p. 465, 2020.

• AGUIAR, RENATO S. ; POHL, FABIO ; MORAIS, GUILHERME L. ; NOGUEIRA, FABIO C. S. ; CARVALHO, JOSEANE B. ; GUIDA, LETÍCIA ; ARGE, LUIS W. P. ; MELO, ADRIANA ; MOREIRA, MARIA E. L. ; CUNHA, DANIELA P. ; GOMES, LEONARDO ; PORTARI, ELYZABETH A. ; VELASQUEZ, ERIKA ; MELANI, RAFAEL D. ; PEZZUTO, PAULA ; DE CASTRO, FERNANDA L. ; GEDDES, VICTOR E. V. ; Gerber, Alexandra L. ; AZEVEDO, GIRLENE S. ; SCHAMBER-REIS, BRUNO L. ; et.al . Molecular alterations in the extracellular matrix in the brains of newborns with congenital Zika syndrome. Science Signaling , v. 13, p. eaay6736, 2020.

• MESSIAS, CAROLINA V. ; LOSS-MORAIS, GUILHERME ; CARVALHO, JOSEANE BISO DE ; GONZÁLEZ, MARIELA N. ; CUNHA, DANIELA P. ; VASCONCELOS, ZILTON ; ARGE, LUIS W. P. ; FARIAS-DE-OLIVEIRA, DÉSIO A. ; Gerber, Alexandra L. ; PORTARI, ELYZABETH A. ; FERREIRA, NILMA ; RAPHAEL, LIDIANE M. S. ; BONALDO, MYRNA C. ; RIEDERER, INGO ; LOPES MOREIRA, MARIA E. ; COTTA-DE-ALMEIDA, VINICIUS ; VASCONCELOS, ANA T. R. ; MENDES-DA-CRUZ, DANIELLA A. ; SAVINO, WILSON . Zika virus targets the human thymic epithelium. Scientific Reports , v. 10, p. 1378, 2020.

• MARTINS, EVELIN RODRIGUES ; BUENO, MARIA FERNANDA CAMPAGNARI ; FRANCISCO, GABRIELA RODRIGUES ; CASELLA, TIAGO ; DE OLIVEIRA GARCIA, DOROTI ; CERDEIRA, LOUISE TEIXEIRA ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; DE ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA ; LINCOPAN, NILTON ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; NOGUEIRA, MARA CORRÊA LELLES . Genome and plasmid context of two rmtG-carrying Enterobacter hormaechei isolated from urinary tract infections in Brazil. Journal of Global Antimicrobial Resistance , v. 1, p. 1-10, 2019.

• SBARAINI, NICOLAU ; BELLINI, REINALDO ; PENTERICHE, AUGUSTO BARTZ ; GUEDES, RAFAEL LUCAS MUNIZ ; GARCIA, ANE WICHINE ACOSTA ; GERBER, A. L. ; VAINSTEIN, MARILENE HENNING ; VASCONCELOS, A. T. R. ; SCHRANK, AUGUSTO ; STAATS, CHARLEY CHRISTIAN . Genome-wide DNA methylation analysis of Metarhizium anisopliae during tick mimicked infection condition. BMC GENOMICS , v. 20, p. 1-10, 2019.

• GUEDES, RAFAEL LUCAS MUNIZ ; RODRIGUES, CARLA MONADELI FILGUEIRA ; COATNOAN, NICOLAS ; COSSON, ALAIN ; CADIOLI, FABIANO ANTONIO ; GARCIA, HERAKLES ANTONIO ; GERBER, A. L. ; MACHADO, ROSANGELA ZACARIAS ; MINOPRIO, PAOLA MARCELLA CAMARGO ; TEIXEIRA, MARTA MARIA GERALDES ; VASCONCELOS, A. T. R. . A comparative in silico linear B-cell epitope prediction and characterization for South American and African Trypanosoma vivax strains. GENOMICS , v. 110, p. 1-12, 2018.

• SQUIZANI, EAMIM D. ; OLIVEIRA, NATÁLIA K. ; REUWSAAT, JÚLIA C.V. ; MARQUES, BÁRBARA M. ; LOPES, WILLIAM ; Gerber, Alexandra L. ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R. ; LEV, SOPHIE ; DJORDJEVIC, JULIANNE T. ; SCHRANK, AUGUSTO ; VAINSTEIN, MARILENE H. ; STAATS, CHARLEY C. ; KMETZSCH, LÍVIA . Cryptococcal dissemination to the central nervous system requires the vacuolar calcium transporter Pmc1. CELLULAR MICROBIOLOGY , v. 20, p. e12803, 2017.

• C. DE OLIVEIRA, THAIS ; RODRIGUES, PRISCILA T. ; MENEZES, MARIA JOSÉ ; GONÇALVES-LOPES, RAQUEL M. ; BASTOS, MELISSA S. ; LIMA, NATHÁLIA F. ; BARBOSA, SUSANA ; Gerber, Alexandra L. ; LOSS DE MORAIS, GUILHERME ; BERNÁ, LUISA ; PHELAN, JODY ; ROBELLO, CARLOS ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R. ; ALVES, JOÃO MARCELO P. ; FERREIRA, MARCELO U. . Genome-wide diversity and differentiation in New World populations of the human malaria parasite Plasmodium vivax. PLoS Neglected Tropical Diseases , v. 11, p. e0005824, 2017.

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• BONALDO, MYRNA C. ; RIBEIRO, IEDA P. ; LIMA, NOEMIA S. ; DOS SANTOS, ALEXANDRE A. C. ; MENEZES, LIDIANE S. R. ; DA CRUZ, STEPHANIE O. D. ; DE MELLO, IASMIM S. ; FURTADO, NATHÁLIA D. ; DE MOURA, ELAINE E. ; DAMASCENO, LUANA ; DA SILVA, KELY A. B. ; DE CASTRO, MARCIA G. ; Gerber, Alexandra L. ; DE ALMEIDA, LUIZ G. P. ; LOURENÇO-DE-OLIVEIRA, RICARDO ; VASCONCELOS, ANA TEREZA R. ; BRASIL, PATRÍCIA . Isolation of Infective Zika Virus from Urine and Saliva of Patients in Brazil. PLoS Neglected Tropical Diseases (Online) , v. 10, p. e0004816, 2016.

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• GRISARD, E. C. ; TEIXEIRA, S. M. R. ; DE ALMEIDA, L. G. P. ; STOCO, P. H. ; Gerber, A. L. ; TALAVERA-LOPEZ, C. ; LIMA, O. C. ; ANDERSSON, B. ; DE VASCONCELOS, A. T. R. . Trypanosoma cruzi Clone Dm28c Draft Genome Sequence. Genome Announcements , v. 2, p. e01114-13-e01114-13, 2014.

• SALGADO, LEONARDO RIPPEL ; KOOP, DANIELA MARTINS ; PINHEIRO, DANIEL GUARIZ ; RIVALLAN, RONAN ; LE GUEN, VINCENT ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; DE ALMEIDA, LUIZ GONZAGA ; ROCHA, VIVIANI RIBEIRO ; MAGALHÃES, MILENA ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; FIGUEIRA, ANTONIO ; CASCARDO, JÚLIO CÉZAR ; DE VASCONCELOS, ANATEREZA RIBEIRO ; SILVA, WILSON ARAÚJO ; COUTINHO, LUIZ LEHMANN ; GARCIA, DOMINIQUE . De novo transcriptome analysis of Hevea brasiliensis tissues by RNA-seq and screening for molecular markers. BMC Genomics , v. 15, p. 236, 2014.

• PACCHIONI, RALFO G. ; CARVALHO, FABÍOLA M. ; THOMPSON, CLAUDIA E. ; FAUSTINO, ANDRÉ L. F. ; NICOLINI, FERNANDA ; PEREIRA, TATIANA S. ; SILVA, RITA C. B. ; CANTÃO, MAURICIO E. ; GERBER, ALEXANDRA ; VASCONCELOS, ANA T. R. ; AGNEZ-LIMA, LUCYMARA F. . Taxonomic and functional profiles of soil samples from Atlantic forest and Caatinga biomes in northeastern Brazil. MicrobiologyOpen , v. 1, p. n/a-n/a, 2014.

• TEIXEIRA, MARCUS M ; DE ALMEIDA, LUIZ GP ; KUBITSCHEK-BARREIRA, PAULA ; ALVES, FERNANDA L ; KIOSHIMA, ÉRIKA S ; ABADIO, ANA KR ; FERNANDES, LARISSA ; DERENGOWSKI, LORENA S ; FERREIRA, KAREN S ; SOUZA, RANGEL C ; RUIZ, JERONIMO C ; DE ANDRADE, NATHALIA C ; PAES, HUGO C ; NICOLA, ANDRÉ M ; ALBUQUERQUE, PATRÍCIA ; Gerber, Alexandra L ; MARTINS, VICENTE P ; PECONICK, LUISA DF ; NETO, ALAN VIGGIANO ; CHAUCANEZ, CLAUDIA B ; et.al . Comparative genomics of the major fungal agents of human and animal Sporotrichosis: Sporothrix schenckii and Sporothrix brasiliensis. BMC Genomics , v. 15, p. 943, 2014.

• STAATS, CHARLEY CHRISTIAN ; JUNGES, ÂNGELA ; GUEDES, RAFAEL LUCAS ; THOMPSON, CLAUDIA ELIZABETH ; DE MORAIS, GUILHERME LOSS ; BOLDO, JULIANO TOMAZZONI ; DE ALMEIDA, LUIZ GONZAGA ; ANDREIS, FÁBIO CARRER ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; SBARAINI, NICOLAU ; DA PAIXÃO, RANA LOUISE ; BROETTO, LEONARDO ; LANDELL, MELISSA ; SANTI, LUCÉLIA ; DA SILVA, WALTER ORLANDO ; SILVEIRA, CAROLINA PEREIRA ; SERRANO, THAIANE RISPOLI ; DE OLIVEIRA, EDER SILVA ; KMETZSCH, LÍVIA ; VAINSTEIN, MARILENE HENNING ; et.al . Comparative genome analysis of entomopathogenic fungi reveals a complex set of secreted proteins. BMC Genomics , v. 15, p. 822, 2014.

• STOCO, PATRÍCIA HERMES ; WAGNER, GLAUBER ; TALAVERA-LOPEZ, CARLOS ; GERBER, ALEXANDRA ; ZAHA, ARNALDO ; THOMPSON, CLAUDIA ELIZABETH ; BARTHOLOMEU, DANIELLA CASTANHEIRA ; LÜCKEMEYER, DÉBORA DENARDIN ; BAHIA, DIANA ; LORETO, ELGION ; PRESTES, ELISA BEATRIZ ; LIMA, FÁBIO MITSUO ; RODRIGUES-LUIZ, GABRIELA ; VALLEJO, GUSTAVO ADOLFO ; FILHO, JOSÉ FRANCO DA SILVEIRA ; SCHENKMAN, SÉRGIO ; MONTEIRO, KARINA MARIANTE ; TYLER, KEVIN MORRIS ; ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA DE ; ORTIZ, MAURO FREITAS ; et.al . Genome of the Avirulent Human-Infective Trypanosome-Trypanosoma rangeli. PLoS Neglected Tropical Diseases (Online) , v. 8, p. e3176, 2014.

• SIQUEIRA, FRANCIELE MABONI ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; GUEDES, RAFAEL LUCAS MUNIZ ; ALMEIDA, LUIZ GONZAGA ; SCHRANK, IRENE SILVEIRA ; VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; ZAHA, ARNALDO . Unravelling the Transcriptome Profile of the Swine Respiratory Tract Mycoplasmas. Plos One , v. 9, p. e110327, 2014.

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• CARDOSO, ALEXANDER M. ; CAVALCANTE, JANAÍNA J. V. ; CANTÃO, MAURÍCIO E. ; THOMPSON, CLAUDIA E. ; FLATSCHART, ROBERTO B. ; GLOGAUER, ARNALDO ; SCAPIN, SANDRA M. N. ; SADE, YOUSSEF B. ; BELTRÃO, PAULO J. M. S. I. ; Gerber, Alexandra L. ; MARTINS, ORLANDO B. ; GARCIA, ELOI S. ; DE SOUZA, WANDERLEY ; VASCONCELOS, ANA TEREZA R. . Metagenomic Analysis of the Microbiota from the Crop of an Invasive Snail Reveals a Rich Reservoir of Novel Genes. Plos One , v. 7, p. e48505, 2012.

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• Neves, M. A. ; GERBER, A. L. ; Loguercio-Leite, C. . Fungos poróides degradadores de madeira (Basidiomycetes) na Ilha de Santa Catarina, SC, Brasil.. In: 5ª Reunião Especial da SBPC - Floresta Atlântica, diversidade Biológica e sócio-econômica,, 1997, Blumenau. Livro de resumos da 5ª Reunião Especial da SBPC, 1997. p. 318.

• GERBER, A. L. ; Loguercio-Leite, C. . Políporos xilófilos da Ilha de Santa Catarina, SC, Brasil: Espécies Poróides da Ilha de Santa Catarina, SC, Brasil.. In: II Congresso Latinoamericano de Micologia, 1996, Cuba. Anais do II Congresso Latinoamericano de Micologia, 1996.

• Neves, M. A. ; Loguercio-Leite, C. ; GERBER, A. L. . Políporos xilófilos da Ilha de Santa Catarina, SC, Brasil: Novas citações com estudos de cultura.. In: II Congresso Latinoamericano de Micologia, 1996, Havana. Anais do II Congresso Latinoamericano de Micologia, 1996. p. 54.

• Picão, Renata ; RAMOS, P. I. P. ; Vespero, Eliana ; PELISSON, M. ; Zuleta, Luiz Fernando ; Almeida, L. G. ; Gerber, A. L. ; THOMPSON, C. E. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; Gales, Ana ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . Pyrosequencing-based analysis reveals novel capsular gene cluster (cps) from a KPC-producing K. pneumoniae clinical isolate from Brazi. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• GARCIA, D. ; CASCARDO, J. C. M. ; Daniela Martins Koop ; MATTOS, C. R. R. ; Saulo Emilio Almeida Cardoso ; VASCONCELOS, A. T. R. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; DE PAULA, L. G. ; Viviani Ribeiro Rocha ; Milena Magalhães ; GERBER, A. L. ; Antonio Vargas de Oliveira Figueira ; Luiz Lehmann Coutinho ; Wilson Araújo da Silva Jr. . PIROSEQUENCIAMENTO DO TRANSCRIPTOMA DA SERINGUEIRA. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• NICOLÁS, Marisa Fabiana ; Dellamano M ; GERBER, A. L. ; Silveira R ; Souza, R. C. ; CIAPINA, L. P. ; BARCELLOS, F. G. ; DE PAULA, L. G. ; VASCONCELOS, A. T. R. . Progress on the High-Throughput Sequencing Projects at Brazilian Bioinformatics Laboratory.. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

Projetos de pesquisa

• 2016 - Atual

  Genômica Computacional do Vírus da Zika (ZIKV), Descrição: Este projeto pretende investigar a interação do microorganismo-hospedeiro (SAIZIKA) através do sequenciamento de cultivos (primários ou linhagens estabelecidas) de células humanas de diferentes tecidos considerados como alvos potenciais de infecção, incluindo neurônios/neuroblastos, células de Schwann, trofoblasto, queratinócitos, fibroblastos, epiteliais tímicas e células- tronco de sangue de cordão, seguidas por análises de bioinformática. Para isso, realizaremos uma análise comparativa do transcritoma humano em cultivos celulares de amostras sadias e infectadas pelo ZIKV. Nessa etapa, pretende-se identificar e caracterizar as funções biológicas e vias metabólicas dos genes humanos diferencialmente expressos e que estejam envolvidos na padronização do neuro-eixo e malformações encefálicas.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Alexandra Lehmkuhl Gerber - Integrante / VASCONCELOS, A. T. R. - Coordenador.

• 2012 - Atual

  Bases genômicas, imunológicas e ultraestruturais das diferenças patogênicas de distintas linhagens evolutivas do parasito Trypanosoma cruzi - Edital Faperj 03/2012 Doenças Negligenciadas, Descrição: A doença de Chagas, causada pelo protozoário Trypanosoma cruzi, continua sendo um grave problema de saúde pública. Atualmente, não há vacinas nem drogas efetivas para o tratamento da doença de Chagas crônica. Além disso, a ausência de métodos de diagnóstico eficientes dificulta a identificação de indivíduos infectados e, portanto, o tratamento. Mesmo na possibilidade de tratamento, sua eficácia raramente pode ser devidamente avaliada. A identificação de novos alvos de tratamento, diagnóstico, profilaxia e marcadores de cura pós-tratamento ainda são necessários para o controle da doença de Chagas. Um dos fatores que dificulta a identificação destes alvos é a grande variabilidade genética do parasito. Atualmente, seis linhagens evolutivas são reconhecidas, as quais apresentam características moleculares, imunológicas, epidemiológicas bastante distintas. Até o momento, entretanto, poucos são os estudos multidisciplinares e em larga escala visando a caracterização sistemática de distintas linhagens do parasito. Apenas os genomas das cepas CL Brener e Sylvio foram publicados e, além disto, os dados de expressão gênica são limitados e não há relatos na literatura sobre estudos ultraestruturas comparativos entre cepas do parasito. Pouco se sabe, portanto, sobre as importantes diferenças que devem existir no genoma, transcriptoma e na organização ultraestrutural das diferentes cepas de T. cruzi e que poderiam contribuir para as diferenças no comportamento biológico e nos dados de epidemiologia da doença de Chagas. Neste projeto propomos o uso de abordagens multidisciplinares envolvendo componentes de genômica, biologia molecular e celular e imunologia, visando contribuir para um melhor entendimento da patogênese diferencial causada por distintas linhagens evolutivas e cepas do T. cruzi. Este projeto objetiva ainda a identificação de novos alvos de diagnóstico que considerem a grande diversidade genética do parasito.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Alexandra Lehmkuhl Gerber - Integrante / NICOLÁS, Marisa Fabiana - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Luiz Gonzaga Paula Almeida - Integrante / Luciane Prioli Ciapina - Integrante / Milena Magalhães - Integrante / Rosane Silva - Integrante / Claudia Elizabeth Thompson - Integrante / Luiz Fernando Goda Zuleta - Integrante / Maria Cristina Machado Motta - Integrante / Aline Zuma - Integrante / Ana Paula Guimarães - Integrante / Francisco Prosdocimi - Integrante / Turan Peter Urmenyi - Integrante.

• 2012 - Atual

  Bioinformática aplicada ao sequenciamento usando tecnologia de pirosequenciamento e de semicondutores: desenvolvimento de novas ferramentas utilizando computação paralela e distribuída (Edital CNPq Universal 14/2011), Descrição: O Laboratório Nacional de Bioinformática - LABINFO, em função de seu extraordinário desenvolvimento técnico-científico, vem sendo responsável pelo recebimento, processamento, armazenamento e pela análise das seqüências de muitos dos genomas gerados no Brasil. Os softwares e banco de dados desenvolvidos pela equipe, utilizando métodos computacionais e matemáticos avançados, têm sido utilizados por vários grupos no exterior e no Brasil. Um exemplo é a ferramenta SABIA, totalmente desenvolvida no LABINFO. Desde 2008, foi criada a Unidade de Genômica Computacional Darcy Fontoura de Almeida (UGCDFA), sendo esta uma Unidade Multiusuário destinada a atender aos projetos genomas de todo o país. Assim, um ambiente de desenvolvimento de pesquisa em Genômica Computacional, associado ao LABINFO, utilizando a infra-estrutura de Computação de Alto desempenho do LNCC/MCT, foi instalado. Em um primeiro momento com financiamento do Ministério da Ciência e Tecnologia e do Ministério da Saúde foi possível adquirir um seqüenciador de segunda geração, o 454 da Roche Applied Science. No presente momento estamos adquirindo outro equipamento, o Ion Torrent Personal Genoma Machine (PGMTM), adquirido com verba do MCT, e que é um seqüenciador de última geração de alta acurácia, com a vantagem desta nova tecnologia de sequenciamento usar técnica de semicondutores e estar em pleno desenvolvimento, com um campo de aplicações mais amplo. Por se tratar de uma tecnologia diferente e complementar à já existente na UGCDFA, este equipamento poderá atender projetos de pesquisa antes inviabilizados, seja pelo alto custo e/ou limitação da tecnologia, dando um salto tecnológico importante. A presente proposta tem por objetivo desenvolver novas ferramentas de Bioinformática (montagem, anotação e comparação de genomas) usando computação de alto desempenho, assim como realizar sequenciamentos utilizando as duas plataformas disponíveis na UGCDFA.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Alexandra Lehmkuhl Gerber - Integrante / NICOLÁS, Marisa Fabiana - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Alex Sandro Mundstein - Integrante / Luciane Prioli Ciapina - Integrante / Milena Magalhães - Integrante / Claudia Elizabeth Thompson - Integrante / Luiz Fernando Goda Zuleta - Integrante / Oberdan de Lima Cunha - Integrante / Vicente de Araujo Calfo - Integrante.

• 2011 - Atual

  Plataforma de sequenciamento usando tecnologia de semicondutores: atualização da unidade multiusuário UGCDFA com aplicação direta em pesquisas nas áreas de saúde animal, vegetal e humana - Edital Faperj 09/2011 (Sediadas no RJ), Descrição: Modernização da Unidade de Geôomica Computacional Darcy Fontoura de Almeida (UGCDFA) com a instalação de um seqüenciador de última geração de alta acurácia, que permitirá desenvolver projetos cujos objetivos sejam a geração de sequências de miRNAs, amplicons, RNAseq, barcoding, além de melhorar a qualidade dos genomas já seqüenciados em outras plataformas, principalmente para solução de problemas, tais como, geração de homopolímeros e de regiões com alto conteúdo de GC... , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Alexandra Lehmkuhl Gerber - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Marisa Fabiana Nicolás - Integrante / Luiz Gonzaga Paula Almeida - Integrante / Luciane Prioli Ciapina - Integrante / Milena Magalhães - Integrante.

• 2011 - Atual

  Apoio à Rede de Bioinformática e de Genômica: geração, processamento e interpretação de dados genômicos e proteômicos - Edital DCTR 2010, Descrição: Adequar a Unidade de Genômica Computacional Darcy Fontoura de Almeida (UGCDFA) e o Laboratório de Bioinformática (LABINFO) do LNCC ao sequenciamento de alto desempenho, bem como melhorar os softwares desenvolvidos pelo LABINFO, para poder tratar a enorme quantidade de dados que estão sendo gerados. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Alexandra Lehmkuhl Gerber - Integrante / NICOLÁS, Marisa Fabiana - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Luiz Gonzaga Paula Almeida - Integrante / Luciane Prioli Ciapina - Integrante / Milena Magalhães - Integrante / Claudia Elizabeth Thompson - Integrante / Luiz Fernando Goda Zuleta - Integrante / Oberdan de Lima Cunha - Integrante / Vicente de Araujo Calfo - Integrante.

• 2009 - Atual

  Análise genômica de Klebsiella pneumoniae isolada de infecção hospitalar, Descrição: O tratamento de infecções microbianas graves na prática clínica é frequentemente complicada pela resistência a antimicrobianos que limita as possibilidades terapêuticas. Além das taxas de morbidade e letalidade, as infecções causadas por microrganismos promovem aumento nos custos do tratamento e controle das infecções hospitalares. Vários estudos têm relatado o aumento de infecções hospitalares por microrganismos como Staphylococcus aureus resistente a meticilina (MRSA), Staphylococcus spp. resistente a meticilina (MRSCN), Enterococcus spp. resistentes a vancomicina (VRE), Enterobactérias e Bacilos Gram-negativos não fermentadores portadores de beta-lactamases. Com a nova perspectiva na biologia oferecida pelas sequências de genomas foi possível elucidar o conteúdo de genes codificando a proteínas relacionadas com o estilo de vida dos principais microrganismos patogênicos humanos causadores de mortalidade em escala global. Múltiplos trabalhos em genômica foram descritos para Campylobacter jejuni, Haemophilus influenzae, Helicobacter pylori, Mycobacterium tuberculosis, Neisseria spp., Streptococcus pneumoniae, S. pyogenes, S. aureus, Enterococcus spp., Pseudomonas spp. e Kebsiella spp. Esses trabalhos contribuíram para o conhecimento atual de genes anotados para várias funções e o agrupamento de genes ortólogos entre os microrganismos patogênicos, em particular genes codificando para enzimas que participam em reparo de DNA, recombinação e transferência horizontal de genes, bem como aquelas que conferem a resistência aos agentes antimicrobianos. Contudo, o tráfego de genes e de elementos genéticos entre microrganismos comensais e resistentes entre diferentes nichos ecológicos e de hospedeiros é extremamente complexo, aumentando assim a probabilidade de variação genética, tanto pela evolução vertical como horizontal. Isolados da enterobactéria K. pneumoniae apresentando resistência a antimicrobianos vêm sendo frequentes nos casos de surtos de infecção hospital. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Alexandra Lehmkuhl Gerber - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Marisa Fabiana Nicolás - Coordenador / Luiz Gonzaga Paula Almeida - Integrante / Luiz Fernando Goda Zuleta - Integrante / Fernando Gomes Barcelos - Integrante / Mauricio Cantão - Integrante / Ana Cristina Gales - Integrante / Eliana Carolina Vespero - Integrante / Nicholas Costa - Integrante / Guadalupe del Rosario Quispe Saji - Integrante / Renata Cristina Picão - Integrante / Marsileni Pelisson - Integrante / Ana Carolina Polano - Integrante / Raquel Girardello - Integrante / Pablo Ivan Pereira Ramos - Integrante / Danilo Elias Xavier - Integrante.

• 2008 - 2010

  Rede Nacional de Sequenciamento de DNA - Projeto Genoma Brasileiro: Determinação de Genomas Relevantes para a Saúde Humana, Descrição: O Brasil vem contribuindo significativamente na área da genômica, com destaque no cenário internacional, graças à implantação de redes de seqüenciamento regionais e nacional. Face ao fato de estarmos em uma posição de destaque na área, principalmente para um país em desenvolvimento e possuirmos recursos humanos altamente qualificados é crucial que acompanhemos o desenvolvimento da tecnologia. A aquisição de um seqüenciador de nova geração será fundamental para a continuidade e atualização da Rede Nacional de Sequenciamento e permitirá a realização de estudos que irão contribuir de forma significativa para o avanço do conhecimento na área da genética da saúde humana. Os dois primeiros projetos serão na área de câncer e que poderão levar a identificação de novos marcadores tumorais e alvos terapêuticos para o câncer colorretal e a melhor caracterização e acompanhamento dos casos de câncer hereditário no Brasil. Devido ao grande potencial do equipamento e do conhecimento adquirido pela rede BRGENE outros projetos em áreas relevantes da saúde humana poderão ser realizados... , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Alexandra Lehmkuhl Gerber - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Marisa Fabiana Nicolás - Integrante / Luiz Gonzaga Paula Almeida - Integrante / Rangel Celso Souza - Integrante / Alex Sandro Mundstein - Integrante / German Alejandro Valenzuela Egas - Integrante / Daniel Beppler Meirelles - Integrante.

• 2008 - Atual

  Apoio para a manutenção e instalação da unidade multiusuário de Genômica Computacional (UGC), Descrição: O Brasil vem contribuindo significativamente na área da genômica, com destaque no cenário internacional, graças à implantação de redes de seqüenciamento regionais e à Rede Nacional. Face ao fato de estarmos em uma posição de destaque na área, principalmente para um país em desenvolvimento e de possuirmos recursos humanos altamente qualificados é crucial que acompanhemos o desenvolvimento tecnológico. A aquisição de um seqüenciador de nova geração tornou-se fundamental para a continuidade e atualização das Redes Genômicas do país. Ciente desse fato o Ministério da Saúde, por meio do Departamento de Ciência e Tecnologia - DECIT, adquiriu e doou para Rede Nacional de Sequenciamento (BRGENE) o Genome Sequencer FLX Instrument. Esse sequenciador, de última geração, vai ser instalado no Laboratório de Bioinformática (LABINFO) do Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC/MCT) e será o primeiro equipamento deste tipo na América do Sul. Desta forma o ESTADO DO RIO DE JANEIRO será o primeiro estado nacional a possuir um equipamento de alta tecnologia e poderá impulsionar a área de genômica no estado do Rio e no Brasil. Além da Rede Nacional de Sequenciamento (BRGENE), outras Redes, como a Rede Genoma do Estado do Rio de Janeiro (Riogene), Rede Sul de Análise de Genomas (Genesul) serão beneficiadas pela criação dessa unidade multiusuário. Essa unidade permitirá a realização de estudos que irão contribuir de forma significativa para o avanço do conhecimento na área da genética animal, vegetal, e da saúde humana, entre outros. Os primeiros projetos estão dirigidos para a área de câncer, e poderão levar à identificação de novos marcadores tumorais e alvos terapêuticos para o câncer colorretal e a melhor caracterização e acompanhamento dos casos de câncer hereditário no Brasil. Devido ao grande potencial do equipamento e do conhecimento adquirido pelas Redes Genômicas, outros projetos em áreas relevantes serão apoiados.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Alexandra Lehmkuhl Gerber - Integrante / NICOLÁS, Marisa Fabiana - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Luciane Prioli Ciapina - Integrante.

• 2008 - Atual

  Rede Brasileira de Pesquisas sobre o Câncer - RBPC, Descrição: A criação da Rede Brasileira de Pesquisas sobre o Câncer é um esforço conjunto do Governo Federal, envolvendo o Ministério da Ciência e Tecnologia e o Ministério da Saúde. Os resultados esperados com a criação da Rede são a implementação de uma estratégia de unificação de pesquisa básica, translacional e clínica sobre o câncer, de forma a permitir avanços no conhecimento, e fornecer subsídios para a tomada de decisões para as políticas de saúde, propiciando melhorias na qualidade de vida da população. A Unidade de Genômica Computacional Darcy Fontoura de Almeida e do Laboratório de Bioinformática LABINFO/LNCC, foi selecionada para coordenar os projetos da linha A1 do Edital.: Projeto para o sequenciamento do genoma completo de uma linhagem normal linfóide e outra de tumor de mama derivadas de uma mesma paciente (HCC1954).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Alexandra Lehmkuhl Gerber - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Marisa Fabiana Nicolás - Integrante / Almeida, Luiz Gonzaga P - Integrante / Alex Sandro Mundstein - Integrante / Luciane Prioli Ciapina - Integrante / Adalgisa Ribeiro Torres - Integrante.

Prêmios