Jose Pedro Fonseca

Pós-doutorado

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Produções bibliográficas

• FONSECA, JOSE PEDRO ; Dong, Xinnian . Functional Characterization of a Nudix Hydrolase AtNUDX8 upon Pathogen Attack Indicates a Positive Role in Plant Immune Responses. Plos One , v. 9, p. e114119, 2014.

• Pajerowska-Mukhtar, Karolina&nbsp ; Wang, Wei ; Tada, Yasuomi ; Oka, Nodoka ; Tucker, Chandra&nbsp ; FONSECA, JP ; Dong, Xinnian . The HSF-like Transcription Factor TBF1 Is a Major Molecular Switch for Plant Growth-to-Defense Transition. Current Biology , v. 22, p. 103-112, 2012.

• FONSECA, JP ; MENOSSI, M. ; Françoise Thibaud-Nissen ; TOWN, C. D. . Functional analysis of a TGA factor-binding site located in the promoter region controlling salicylic acid-induced NIMIN-1 expression in Arabidopsis. Genetics and Molecular Research , v. 9, p. 167-175, 2010.

• FONSECA, JP . Horizontal gene transfer in the pathogenic fungi Crinipellis perniciosa, the causal agent of Whiches´ Broom disease in cocoa. In: 50 congresso brasileiro de genética, 2004, Florianópolis. 50 congresso brasileiro de genética, 2004.

• FONSECA, JP ; Dong, Xinnian . AtNUDX8 has a role in plant immunity through regulation of thioredoxins TRX-h2, TRX-h3 and TRX-h5 involved in pathogen response in Arabidopsis. In: ICAR 2014, 2014, Vancouver. 25th International Conference on Arabidopsis Research UNIVERSITY OF BRITISH COLUMBIA VANCOUVER, CANADA July 28-August 1, 2014, 2014.

• FONSECA, JP . Using systems and synthetic biology to tailor plant cell walls for a better future. 2015. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• Hoffman, L ; FONSECA, JOSE PEDRO ; Catarina, B ; PENHA, L. ; MIRANDA, M. R. ; BASTOS, W. ; URMENYI, T. P. ; Silva, R. . METAGENOMIC ANALYSES OF RIZOSPHERE SOIL FROM A BRAZILIAN AMAZON RAINFOREST. 2014. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• FONSECA, JP ; Hoffman, L ; PENHA, L. ; MIRANDA, M. R. ; BASTOS, W. ; URMENYI, T. P. ; Silva, R. . Metagenomic analysis of the microbiome present in rhizosphere soil from the Amazon forest. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• FONSECA, JP ; Julia Redman ; Beverly Underwood ; Erin Monaghan ; Françoise Thibaud-Nissen ; Yongli Xiao ; christopher Town . Experimental verification of the functionality of TGA transcription factor binding sites identified by chromatin immunoprecipitation and expression profiling in Arabidopsis. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

Projetos de pesquisa

• 2014 - Atual

  Perfil de expressão de genes relacionados a biossíntese de lignina em cana-de-açúcar para produção de etanol de segunda geração, Descrição: Obtenção do perfil de expressão através de PCR quantitativo em tempo real de genes relacionados a biossíntese de lignina. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (1) . , Integrantes: Jose Pedro Fonseca - Coordenador / Jose Nicomedes - Integrante / Amanda Mangeon - Integrante / Gilberto Sachetto Martins - Integrante / Bruno Flausino - Integrante.

• 2013 - 2013

  Microbiome Metagenomics of rhizosphere samples, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jose Pedro Fonseca - Coordenador / Rosane Silva - Integrante / Marcio Rodrigues - Integrante.

• 2010 - 2012

  identification of novel elements involved in circadian-defense, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jose Pedro Fonseca - Integrante / Dong, Xinnian - Coordenador.

• 2007 - 2008

  TGA promoter project, Descrição: TGA factors play a key role in plant defense by binding to the promoter region of defense genes, inducing expression. Salicylic acid (SA) induces the expression of the gene encoding NIMIN-1, which interacts with NPR1/NIM1, a key regulator of systemic acquired resistance. We investigated whether the TGA2-binding motif TGACG located upstream of the NIMIN-1 gene is necessary for SA induction of NIMIN-1 expression. A mutated version of the NIMIN-1 promoter was created by site-directed mutagenesis. We generated T-DNA constructs in which native NIMIN-1 and mutated promoters were fused to green fluorescent protein and β-glucuronidase reporters. We produced transgenic Arabidopsis plants and observed NIMIN-1 promoter-driven green fluorescent protein expression in the roots, petiole and leaves. Constructs were agroinfiltrated into the leaves for transient quantitative assays of gene expression. Using quantitative real-time RT-PCR, we characterized the normal gene response to SA and compared it to the response of the mutant version of the NIMIN-1 promoter. Both the native NIMIN-1 construct and an endogenous copy of NIMIN-1 were induced by SA. However, the mutated promoter construct was much less sensitive to SA than the native NIMIN-1 promoter, indicating that this TGA2-binding motif is directly involved in the modulation of SA-induced NIMIN-1 expression in Arabidopsis.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Jose Pedro Fonseca - Coordenador.

• 2003 - 2005

  Transferência Horizontal de Genes no fitopatógeno Crinipellis perniciosa, agente causador da vassoura de bruxa em cacau, Descrição: Transferência horizontal de genes (HGT) pode ser definida como a transmissão de genes entre diferentes grupos taxonômicos no qual o gene incorporado ao genoma do organismo receptor pode ser mantido ao longo de sucessivas gerações pelo sistema reprodutivo tradicional do receptor. HGT é reconhecida como uma das principais forças atuantes na evolução de genomas de procariotos, que têm significantes percentagens adquiridas por esse processo (1.5% a 14.5%). Em eucariotos, entretanto, o papel de HGT começou apenas recentemente a ser avaliado e geralmente é relacionado com algum cenário evolutivo específico como, por exemplo, a relação hospedeiro-patógeno. Espécies de fungos são consideradas especialmente suscetíveis a HGT por seu modo íntimo de associação com hospedeiros. Em vista disso, no presente projeto foi elaborado um protocolo para identificação de potenciais candidatos a HGT no genoma de Crinipellis perniciosa, o fungo causador da vassoura de bruxa nos cacauais. Primeiramente foi criado um banco de dados contendo todas as seqüências putativas de proteínas (ORFs) de fungos disponíveis no banco de dados do NCBI nr (03/2004). Uma montagem-rascunho de seqüências genômicas shotgun de C. perniciosa, num total de 17.000 contigs, foi então comparada, através de BLASTX, com esse banco de ORFs de fungos. Cerca de 5000 contigs de C. perniciosa que apresentaram similaridade com o banco de ORFs de fungos (e-value Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Jose Pedro Fonseca - Coordenador.

Projetos de desenvolvimento

• 2008 - 2010

  Caracterização de uma proteína ScCBL1 envolvida em vias de sinalização em resposta a estresses abóticos em cana-se-açucar, Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Pedro Fonseca - Coordenador.

• 2008 - 2010

  Caracterização de uma proteína ScCBL1 envolvida em vias de sinalização em resposta a estresses abóticos em cana-se-açucar, Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Pedro Fonseca - Coordenador.

• 2008 - 2010

  Caracterização de uma proteína ScCBL1 envolvida em vias de sinalização em resposta a estresses abóticos em cana-se-açucar, Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Jose Pedro Fonseca - Coordenador.

Prêmios