Thiago Jonas Nakayama

Formação complementar

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Áreas de atuação

Participação em eventos

Participação em bancas

Produções bibliográficas

• NEPOMUCENO, ALEXANDRE L. ; MARCOLINO-GOMES, JULIANA ; Nakayama, Thiago J. ; MOLINARI, HUGO B. C. ; BASSO, MARCOS F. ; HENNING, LILIANE M. M. ; FUGANTI-PAGLIARINI, RENATA ; HARMON, FRANK G. . Functional Characterization of a Putative Glycine max ELF4 in Transgenic Arabidopsis and Its Role during Flowering Control. Frontiers in Plant Science , v. 8, p. 1-1, 2017.

• Nakayama, Thiago J. ; RODRIGUES, FABIANA A. ; NEUMAIER, NORMAN ; MARCOLINO-GOMES, JULIANA ; MOLINARI, HUGO B. C. ; SANTIAGO, THAÍS R. ; FORMIGHIERI, EDUARDO F. ; BASSO, MARCOS F. ; FARIAS, JOSÉ R. B. ; EMYGDIO, BEATRIZ M. ; DE OLIVEIRA, ANA C. B. ; CAMPOS, ÂNGELA D. ; Borém, Aluízio ; HARMON, FRANK G. ; MERTZ-HENNING, LILIANE M. ; NEPOMUCENO, ALEXANDRE L. . Insights into soybean transcriptome reconfiguration under hypoxic stress: Functional, regulatory, structural, and compositional characterization. PLoS One , v. 12, p. e0187920-1, 2017.

• Basso MF ; ANDRADE, B. B. D. ; RIBEIRO, A. P. ; MARTINS, P. K. ; DE SOUZA, WAGNER R. ; DE OLIVEIRA, NELSON GERALDO ; NAKAYAMA, T. J. ; CASARI, R. A. C. N. ; SANTIAGO, T. R. ; VINECKY, F. ; CANCADO, L. J. ; SOUSA, C. A. F. ; OLIVEIRA, P. A. ; SOUZA, S. A. C. D. ; CANCADO, G. M. A. ; KOBAYASHI, A. K. ; MOLINARI, H. B. C. . Improved Genetic Transformation of Sugarcane (Saccharum spp.) Embryogenic Callus Mediated by Agrobacterium tumefaciens. Current Protocols in Plant Biology , v. 2, p. 221-239, 2017.

• RODRIGUES, FABIANA APARECIDA ; FUGANTI-PAGLIARINI, RENATA ; MARCOLINO-GOMES, JULIANA ; NAKAYAMA, T. J. ; MOLINARI, HUGO BRUNO CORREA ; LOBO, FRANCISCO PEREIRA ; HARMON, FRANK G ; NEPOMUCENO, A. L. . Daytime soybean transcriptome fluctuations during water deficit stress. BMC Genomics , v. 16, p. 505, 2015.

• MARTINS, P. K. ; NAKAYAMA, T. J. ; RIBEIRO, ANA PAULA ; CUNHA, BÁRBARA ANDRADE DIAS BRITO DA ; NEPOMUCENO, A. L. ; HARMON, FRANK G. ; KOBAYASHI, ADILSON KENJI ; MOLINARI, HUGO BRUNO CORREA . Setaria viridis floral-dip: A simple and rapid Agrobacterium-mediated transformation method. Biotechnology Reports , v. 6, p. 61-63, 2015.

• MARCOLINO-GOMES, JULIANA ; RODRIGUES, FABIANA APARECIDA ; FUGANTI-PAGLIARINI, RENATA ; NAKAYAMA, T. J. ; RIBEIRO REIS, RAFAELA ; BOUÇAS FARIAS, JOSE RENATO ; HARMON, FRANK G. ; CORREA MOLINARI, HUGO BRUNO ; CORREA MOLINARI, MAYLA DAIANE ; NEPOMUCENO, A. L. . Transcriptome-Wide Identification of Reference Genes for Expression Analysis of Soybean Responses to Drought Stress along the Day. Plos One , v. 10, p. e0139051, 2015.

• MARCOLINO-GOMES, JULIANA ; RODRIGUES, FABIANA APARECIDA ; FUGANTI-PAGLIARINI, RENATA ; BENDIX, CLAIRE ; NAKAYAMA, THIAGO JONAS ; CELAYA, BRANDON ; MOLINARI, HUGO BRUNO CORREA ; DE OLIVEIRA, MARIA CRISTINA NEVES ; HARMON, FRANK G. ; NEPOMUCENO, ALEXANDRE . Diurnal Oscillations of Soybean Circadian Clock and Drought Responsive Genes. Plos One , v. 9, p. e86402, 2014.

• NAKAYAMA, T.J. ; RODRIGUES, F.A. ; NEUMAIER, N. ; MARCELINO-GUIMARÃES, F.C. ; FARIAS, J.R.B. ; DE OLIVEIRA, M.C.N. ; BORÉM, A. ; DE OLIVEIRA, A.C.B. ; EMYGDIO, B.M. ; NEPOMUCENO, A.L. . Reference genes for quantitative real-time polymerase chain reaction studies in soybean plants under hypoxic conditions. Genetics and Molecular Research , v. 13, p. 860-871, 2014.

• Ruas, Claudete F. ; Nakayama, Thiago J. ; Ortiz, M. Á. ; Kuroki, Mayra A. ; Stuessy, Tod F. ; Tremetsberger, Karin ; Ruas, Eduardo A. ; Oliveira Santos, Melissa ; Talavera, Salvador ; Ruas, Paulo M. . Isolation and characterization of eight microsatellite loci from the endangered plant species Hypochaeris salzmanniana (Asteraceae). Conservation Genetics , v. 10, p. 1413-1416, 2009.

• MERTZ-HENNING, LILIANE M. ; NEPOMUCENO, A. L. ; NAKAYAMA, THIAGO JONAS ; NEUMAIER, N. ; FARIAS, JOSÉ R. B. . Avanços biotecnológicos para o desenvolvimento da tolerância de soja e milho ao estresse de encharcamento do solo. Cultivo de soja e milho em terras baixas do Rio Grande do Sul. 1ed.: Embrapa, 2017, v. , p. 317-.

• Nakayama, Thiago J. ; Borém, Aluízio ; Chiari, Lucimara ; MOLINARI, HUGO BRUNO CORREA ; Nepomuceno, Alexandre Lima . Precision Genetic Engineering. Omics in Plant Breeding. 1ed.: John Wiley & Sons, Inc, 2014, v. , p. 187-205.

• CURTIN, S. J. ; VOYTAS, D. F. ; STUPAR, R. M. ; Nakayama, Thiago J. ; CHIARI, L. ; NEPOMUCENO, A. L. . Engenharia Genética de Precisão. Ômicas 360º : Aplicações e Estratégias para o Melhoramento de Plantas. 1ed.Viçosa: UFV, 2013, v. 200, p. 1-.

• MARCOLINO-GOMES, JULIANA ; NAKAYAMA, T.J. ; REIS, R. R. ; RODRIGUES, F. A. ; HENNING, L. M. ; HARMON, F. G. ; NEPOMUCENO, A. L. . Gene Expression and Functional Analysis of Soybean Genes with Diurnal Oscillation during Drought Stress. In: Plant and Animal Genome XXIII Conference, 2015, San Diego. Gene Expression and Functional Analysis of Soybean Genes with Diurnal Oscillation during Drought Stress, 2015.

• MARCOLINO-GOMES, JULIANA ; RODRIGUES, F. A. ; FUGANTI-PAGLIARINI, RENATA ; NAKAYAMA, T.J. ; MOLINARI, H. ; HARMON, F. G. ; NEPOMUCENO, A. L. . Gene expression networks and cis-elements combinatorial models in soybean: circadian clock and drought responses. In: Workshop on Biotic and Abiotic Stress Tolerance in Plants: the Challenge for the 21st Century, 2013, Ilhéus. Workshop on Biotic and Abiotic Stress Tolerance in Plants: the Challenge for the 21st Century, 2013.

• MARCOLINO-GOMES, JULIANA ; RODRIGUES, F. A. ; Amaral, L. C. ; NAKAYAMA, T.J. ; PEREIRA, RM ; NASCIMENTO, LC ; Binneck, E. ; DE OLIVEIRA, MARIA CRISTINA NEVES ; MARCELINO-GUIMARÃES, F.C. ; ABDELNOOR, R. V. ; NEUMAIER, N. ; FARIAS, J.R.B ; NEPOMUCENO, A. L. . Transcription factors expressed in soybean roots in response to water deficit. In: 3º Congresso Brasileiro de Biotecnologia. Sociedade Brasileira de Biotecnologia, 2010, Fortaleza. 3º Congresso Brasileiro de Biotecnologia, 2010.

• NAKAYAMA, T. J. ; RODRIGUES, F. A. ; MARCOLINO, J. ; MARCELINO, F. C. ; SILVA, FR ; OLIVEIRA, ACB ; EMYGDEO, BM ; NEPOMUCENO, A. L. ; NEUMAIER, N. . Transcriptome analysis of soybean (Glycine max L. Merril) root submited to hypoxic condition. In: 3º Congresso Brasileiro de Biotecnologia. Sociedade Brasileira de Biotecnologia, 2010, Fortaleza. Anais do 3º Congresso Brasileiro de Biotecnologia, 2010.

• RODRIGUES, F. A. ; MARCOLINO, J. ; NAKAYAMA, T. J. ; ENGELS, C. ; FUGANTI, R. ; MARIN, S. R. ; FARIAS, J.R.B ; NEUMAIER, N. ; MARCELINO, F. C. ; BENICIO, L. M. ; BINNECK, E. ; ABDELNOOR, R. V. ; NEPOMUCENO, A. L. . Prospecting soybean genes (Glycine max L. Merrill) expressed under drought conditions. In: Interdrought III, 2009, Shanghai. Interdrought III, 2009.

• RODRIGUES, L. A. ; RUAS, C. F. ; RECK, M. ; RUAS, P. M. ; RUAS, E. A. ; ORTIZ, M. A. ; TALAVERA, S. ; STUESSY, T. F. ; TREMETSBERGER, K. ; NAKAYAMA, T. J. ; CONSON, A. R. O. ; BENICIO, L. M. . Desenvolvimento e Caracterização de Bibliotecas Enriquecidas em Microssatélites em Hypochaeris angustifolia (Asteraceae). In: 54° Congresso Brasileiro de Genética, 2008, Salvador. Anais do 54° Congresso Brasileiro de Genética, 2008.

• RECK, M. ; RUAS, C. F. ; RODRIGUES, L. A. ; RUAS, P. M. ; RUAS, E. A. ; ORTIZ, M. A. ; TALAVERA, S. ; STUESSY, T. F. ; TREMETSBERGER, K. ; NAKAYAMA, T. J. ; CONSON, A. R. O. ; BENICIO, L. M. . Análise Genética de Populações de H. catharinensis (Asteraceae) utilizando a Técnica de AFLP Simplificado. In: 54°. Congresso Brasileiro de Genética, 2008, Salvador. Anais do 54° Congresso Brasileiro de Genética, 2008.

• NAKAYAMA, T. J. ; RUAS, C. F. ; KUROKI, M. A. ; ORTIZ, M. A. ; STUESSY, T. ; TALAVERA, S. ; TREMETSBERGER, K. ; RUAS, P. M. ; Rodrigues, L. A. ; RECK, M. . Desenvolvimento de Marcadores de Microssatélites em H. salzmanniana (Asteraceae). In: 53o. Congresso Brasileiro de Genética, 2007, Águas de Lindóia. Anais Sociedade Brasileira de Genética. Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2007.

• KUROKI, M. A. ; RUAS, C. F. ; NAKAYAMA, T. J. ; ORTIZ, M. A. ; STUESSY, T. ; TALAVERA, S. ; TREMETSBERGER, K. ; RUAS, P. M. ; RODRIGUES, L. A. ; RECK, M. . Amplificação cruzada de marcadores Microssatélites (SSRs) entre espécies de Hypopchaeris (Asteraceae).. In: 53o. Congresso Brasileiro de Genética, 2007, Águas de Lindóia. Anais da Sociedade Brasileira de Genética. Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2007.

• NAKAYAMA, T. J. ; RUAS, C. F. ; SAMUEL, R. ; STUESSY, T. ; FIORIN, F. ; RUAS, P. M. . Cytogenetic analysis of the genus Leontodon (Asteraceae, Cichorieae).. In: 52o. Congresso Brasileiro de Genética, 2006, Foz do Iguaçú, PR. Anais do Congresso Brasileiro de Genética. Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2006.

• Nakayama, Thiago J. . Transcriptome Analysis of Soybean Root Submitted to Hypoxic Condition. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• RUAS, C. F. ; RUAS, P. M. ; NAKAYAMA, T. J. ; FIORIN, F. ; Rodrigues, L. A. ; RECK, M. ; RUAS, E. A. ; KUROKI, M. A. . Development of Microsatellite-SSRs Libraries in Hypochaeris. 2007. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• NAKAYAMA, T. J. . Engenharia Genética de Plantas. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

• NAKAYAMA, T. J. ; PEREIRA, S. dos S. ; JANEGITZ, T. . Metabolismo e Resistência de Plantas a Estresse Biótico e Abiótico. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Projetos de pesquisa

• 2016 - 2018

  Desenvolvimento de Ferramentas Biotecnológicas para Aumento de Biomassa e Produção de Etanol 2G (BRPRO2G), Descrição: Em parceria com o Centro de Tecnologia Canavieira (CTC) e com o apoio do BNDES o projeto procura desenvolver novos cultivares de cana com maior capacidade de produção de biomassa e sacarose para a produção de etanol 2G, por meio de melhoramento genético. Pretende-se, ainda, desenvolver cultivares resistentes/tolerantes a estresses abióticos. Como modelo experimental, está sendo utilizada a planta de metabolismo C4 Setaria viridis... , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Thiago Jonas Nakayama - Integrante / MOLINARI, HUGO BRUNO CORREA - Coordenador.

• 2011 - 2013

  Plant Biotechnology: Abiotic Stress Tolerance, Descrição: The LABEX scientists and ARS counterparts concentrated efforts to strategically coordinate activities on prospecting the structure and understanding function and regulation of agriculturally important genes in model and in crop plants. Molecular mechanisms that confer tolerance to abiotic and biotic stresses and their interaction with environmental signals were scrutinized to identify relevant response steps. This knowledge would supported conventional breeding programs or/and genetic engineering strategies in important crop plants aiming to improve/stabilized/increase crop yields under stress and normal situations. Research networks built between Brazilian and American plant biotechnology scientists to develop short and long term period projects would provide to Embrapa and ARS research institutes long term mutually advantageous relationships on Plant Biotechnology. Participation of scientists from American/Brazilian universities would be also stimulated and integration with Private sector research institutes will be intensely sought... , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Thiago Jonas Nakayama - Integrante / Alexandre L Nepomuceno - Coordenador / Frank Harmon - Integrante.

• 2009 - 2016

  Prospecção de genes para tolerância ao encharcamento em soja, Descrição: A diversificação e ou incorporação de novas culturas às áreas de várzea (solos hidromórficos), geralmente destinadas à produção de arroz irrigado, é uma forma de aumentar a eficiência do sistema produtivo. Nas condições brasileiras, a cultura da soja, principal produtora de óleo vegetal, matéria prima para a produção de biodiesel, apresenta-se como alternativa extremamente interessante e potencialmente viável para ocupar esse segmento. Noventa por cento do óleo vegetal produzido no Brasil é de soja. Sendo assim, a razão pela qual outras oleaginosas não disputam com a soja a liderança nacional na produção de óleo vegetal, reside no fato de que não se produz soja para obter o óleo. O óleo de soja é conseqüência da demanda, sempre crescente, por mais farelo protéico, principal matéria prima da ração animal, cuja demanda não pára de aumentar, resultado do crescimento da economia e do aumento da renda per cápita. Além das razões mencionadas, a soja apresenta uma cadeia produtiva bem estruturada; oferece rápido retorno do investimento: ciclo de 4 a 5 meses; é um produto de fácil comercialização, porque existem poucos países produtores (EUA, Brasil, Argentina, China, Índia e Paraguai), pouquíssimos exportadores (EUA, Brasil, Argentina e Paraguai) e muitos compradores (todos os países); pode ser armazenada por longos períodos; o biodiesel feito com óleo de soja não apresenta qualquer restrição para consumo em climas quentes ou frios; é um dos óleos mais baratos; seu óleo pode ser utilizado tanto para o consumo humano, quanto para produção de biodiesel ou para uso na indústria química. Diante do exposto, mesmo que seja razoável acreditar na redução da dependência da soja como principal matéria prima do biodiesel brasileiro, a soja continuará sendo o carro chefe do biodiesel por muitos anos, se é que em algum momento será superada por outra cultura produtora de óleo vegetal. No entanto, a incorporação da cultura da soja em solos hidromórficos e ou facilmente inundáveis.... , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Thiago Jonas Nakayama - Integrante / Beatriz Marti Emygdio - Coordenador - Coordenador / NEPOMUCENO, A. L. - Integrante.

• 2009 - 2012

  GENOSOJA, Descrição: O projeto GENOSOJA propõe o estudo do genoma da soja sob diferentes níveis, desde sua organização em nível estrutural, buscando identificar e sequenciar regiões genômicas importantes, contribuindo assim com a construção do mapa físico de Glycine max, até a identificação em nível transcricional e protéico de genes envolvidos nas respostas a diferentes estresses bióticos e abióticos que acometem a cultura. Ainda, o projeto busca estudar não somente se um gene é expresso ou não, mas também determinar os níveis em que é expresso, as interações com outros genes, sua localização física e seus produtos. A obtenção destas informações, com foco em plantas de soja submetidas aos principais estresses que acometem a cultura no Brasil, permitirá a identificação de genes e de rotas metabólicas importantes, crucias para o desenvolvimento e estudo de plantas tolerantes a situações de desafio... , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Thiago Jonas Nakayama - Integrante / Alexandre L Nepomuceno - Coordenador.

• 2005 - 2008

  Investigação sobre a organização e evolução do genoma de espécies do gênero Hypochaeris, pela identificação e mapeamento de famílias de retrotransposons, Descrição: Os retrotransposons consistem de sequências terminais longas repetidas (LTR), representadas pelos grupos Ty1-cópia e Ty3-gypsy, e de non-LTR que correspondem a elementos longos interespersos (LINES) e elementos curtos interespersos (SINES). A distribuição e diversidade dos dos retrotransposons tem sido analizadas em diferentes organismos. Muitas sequências de DNA são evolutivamente conservadas em determinados grupos taxonômicos de vários grupos de plantas. Por outro lado, tem-se constatado que o conteúdo de DNA é altamente variável em plantas superiores e grande parte destas diferenças se deve ao acúmulo de sequências repetitivas de DNA dentre as quais, as famílias de retrotransposons. Dados de hibridação in situ mostram que retrotransposons apresentam distribuição variada em diferentes grupos de plantas. Em geral, Ty1-cópia, Ty3-gypsy, LINES e SINES apresentam-se altamente dispersos no genoma ou podem ainda, ocorrer em regiões específicas, como telômeros, centrômeros e regiões intersticiais. Hypochaeris mostra dois tipos distintos de cariótipos que separam as espécies Sul-americanas e Européias do gênero, o que torna o grupo atrativo para investigações que visam a análise comparativa dos genomas. Tendo em vista um melhor entendimento sobre a organização do genoma das espécies de Hypochaeris, o presente projeto comtempla os seguintes objetivos: a) Aplicar em ensaios de PCR, primers específicos para amplificação de retrotransposons do grupo Ty3-gypsy (LTR) e non-LTR (primers BEL1 e BEL2) nas espécies de Hypochaeris; b) clonar e sequenciar produtos de PCR; c) quantificar os retrotransposons através de ensaios de Southern blot; d) utilizar as sequências clonadas e sequenciadas para experimentos de FISH em cromossomos metafásicos de espécies de Hypochaeris, para identificar a localização física em cromossomos específicos e sua conservação entre as espécies do gênero; e) integrar o mapa físico destas sequências e modelos propostos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Thiago Jonas Nakayama - Integrante / Claudete de Fátima Ruas - Coordenador / Tod STUESSY - Integrante / Rosabelle SAMUEL - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Universidade Estadual de Londrina - Remuneração / Universität Wien - Cooperação / Universidad de Sevilla - Cooperação.