Lulu Wu

Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em informática biomédica, atuando principalmente nos seguintes temas: mineração de texto, rede gênica e similaridade semântica.

Informações coletadas do Lattes em 23/10/2019

Acadêmico

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Formação acadêmica

Mestrado em Ciência da Computação

2013 - 2015

Instituto de Matemática e Estatística - USP
Título: Um método para modificar vias de sinalização molecular por meio de análise de banco de dados de interatomas,Ano de Obtenção: 2015
Junior Barrera.Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Palavras-chave: Otimização Combinatória; Teoria dos Grafos; Vias de Sinalização Molecular; Cinética Química.Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática. Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Ciência da Computação.

Graduação em Informática Biomédica

2009 - 2012

Universidade de São Paulo
Título: Desenvolvimento de Uma Ferramenta de Software para avaliação de Pacientes com Epilepsia de Lobo Temporal através de análise de Imagens de Ressonância Magnética.
Orientador: Luiz Otávio Murta Junior

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Idiomas

Inglês

Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.

Chinês

Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.

Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

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Áreas de atuação

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: informática biomédica.

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Comissão julgadora das bancas

Marcelo da Silva Reis

BARRERA, J.; SOUZA, S. J.;REIS, M. S.. Um método para modificar vias de sinalização molecular por meio de análise de banco de dados de interatomas. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Marcelo da Silva Reis

BARRERA, J.REIS, M. S.; FUJITA, A.. Um método para modificar vias de sinalização molecular por meio de análise de banco de dados de interatomas. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Sandro José de Souza

DE SOUZA, SANDRO JOSÉBARRERA, Junior; Reis MS. Um método para modificar vias de sinalização molecular por meio de análise de banco de dados de interatomas. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Andre Fujita

Fujita, André; BARRERA, J.; REIS, M. S.. Um método para modificar vias de sinalização molecular por meio de análise de banco de dados de interatomas. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

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Foi orientado por

Junior Barrera

Um método para modificar vias de sinalização molecular por meio de análise de banco de dados de interatomas; 2015; Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação e Matemática Computacional) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Junior Barrera;

EVANDRO EDUARDO SERON RUIZ

Estudo e aplicação de medidas de similaridade semântica como auxiliares na visualização das interações gênicas na Esquizofrenia; 2011; Iniciação Científica; (Graduando em Bacharelado em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Evandro Eduardo Seron Ruiz;

EVANDRO EDUARDO SERON RUIZ

Estudo e aplicação de medidas de similaridade semântica como auxiliares na visualização das interações gênicas na Esquizofrenia; 2011; Iniciação Científica; (Graduando em Informática Biomédica) - Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Ribeirão Preto, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Evandro Eduardo Seron Ruiz;

Luíz Otávio Murta Júnior

Desenvolvimento de uma ferramenta de software para avaliação de pacientes com epilepsia de lobo temporal atravez da análise de imagens de ressonância magnética; 2012; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo; Orientador: Luiz Otavio Murta Junior;

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Produções bibliográficas

  • WU, L. ; Costa-Filho, R.C.L ; Ruiz, E.E.S . Estudo e aplicação de medidas de similaridade semântica como auxiliares na visualização das interações gênicas na Esquizofrenia. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

  • WU, L. ; Costa-Filho, R.C.L ; Ruiz, E.E.S . Estudo e aplicação de medidas de similaridade semântica como auxiliares na visualização das interações gênicas na Esquizofrenia. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

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Projetos de pesquisa

  • 2013 - Atual

    Um método para modificar vias de sinalização molecular por meio de análise de banco de dados de interatomas, Descrição: A capacidade das células para responder corretamente a sinais externos e perceber mudanças no seu microambiente é a base do desenvolvimento, reparação de tecidos e de imunidade, bem como a homeostase do tecido normal. Transdução de sinal é o principal meio pelo qual as células respondem a sinais externos de seu ambiente e coordenam alterações celulares complexas. O estudo das vias de sinalização molecular permite-nos tentar compreender o funcionamento dessas transduções de sinais e, consequentemente, as respostas celulares a estímulos externos. Uma abordagem adequada para tais estudos é o uso de modelos matemáticos para simular a cinética das reações químicas que descrevem uma dada via de sinalização, o que nos permite gerar predições testáveis de processos celulares. Construir modelos cinéticos preditivos de vias de sinalização molecular através de dados de alto rendimento produzidos utilizando técnicas ômicas (i.e., genômica, transcriptômica, (fosfo-)proteômica) constitui um dos atuais desafios enfrentados pelos pesquisadores na área de Biologia Molecular. Recentemente, para lidar com este desafio, o arcabouço de e-Science SigNetSim foi introduzido pelo Grupo de Biologia Computacional e de Bioinformática do Instituto Butantan. Esse arcabouço permite fazer a descrição de vias de sinalização molecular através da descrição da estrutura de um modelo através de um conjunto de reações químicas, que por sua vez é mapeado para um sistema de Equações Diferencias Ordinárias (EDOs), numericamente simuladas e avaliadas. Todavia, modificações na estrutura das vias precisam ser feitas manualmente, o qual restringe severamente o número de estruturas da via que precisam ser testadas, especialmente no caso de modelos grandes. Portanto, diante desse panorama, este trabalho propõe o desenvolvimento de um método para modificar vias de sinalização molecular. Esse método se baseia no uso de bancos de dados de interatomas para fornecer um conjunto de espécies químicas candidatas para serem incluídas na via de sinalização. Ao mesmo tempo, intencionamos produzir resultados experimentais, nos quais usaremos como estudo de caso real a via de sinalização molecular SOS/Ras/MAPK da linhagem de células adrenais tumorais Y1 de camundongo.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Lulu Wu - Integrante / Junior Barrera - Coordenador / Marcelo Reis - Integrante.

  • 2011 - 2012

    Estudo e aplicação de medidas de similaridade semântica como auxiliares na visualização das interações gênicas na Esquizofrenia, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Evandro Eduardo Seron Ruiz em 12/10/2012., Descrição: Atualmente são muito estudadas as possíveis causas genéticas de doenças crônicas de causas complexas como a Esquizofrenia (EZ). Recuperamos listas de genes indicados como responsáveis pelas manifestações de sinais e sintomas de EZ. Medidas de Similaridade Semântica (SS) foram utilizadas como medidas de relacionamento entre genes. A SS avalia como dois genes são relacionadas, fazendo a comparação dos termos anotados usando a Gene Ontology (GO). Elaboramos uma metodologia de visualização de agrupamentos gênicos utilizando duas abordagens de SS. Utilizamos da técnica de Multidimensional Scaling (MDS) para a projeção bidimensional das medidas de similaridade entre genes, e assim podemos visualizar a distância semântica entre os genes da EZ. Acreditamos que esta metodologia pode auxiliar a avaliação entre causa e efeito dos genes em relação a doenças como a EZ. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Lulu Wu - Integrante / Roberto Carlos Lopez Costa-Filho - Integrante / Evandro Eduardo Seron Ruiz - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa., Número de produções C, T & A: 1

Histórico profissional

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Experiência profissional