Lulu Wu

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Produções bibliográficas

• WU, L. ; Costa-Filho, R.C.L ; Ruiz, E.E.S . Estudo e aplicação de medidas de similaridade semântica como auxiliares na visualização das interações gênicas na Esquizofrenia. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• WU, L. ; Costa-Filho, R.C.L ; Ruiz, E.E.S . Estudo e aplicação de medidas de similaridade semântica como auxiliares na visualização das interações gênicas na Esquizofrenia. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

Projetos de pesquisa

• 2013 - Atual

  Um método para modificar vias de sinalização molecular por meio de análise de banco de dados de interatomas, Descrição: A capacidade das células para responder corretamente a sinais externos e perceber mudanças no seu microambiente é a base do desenvolvimento, reparação de tecidos e de imunidade, bem como a homeostase do tecido normal. Transdução de sinal é o principal meio pelo qual as células respondem a sinais externos de seu ambiente e coordenam alterações celulares complexas. O estudo das vias de sinalização molecular permite-nos tentar compreender o funcionamento dessas transduções de sinais e, consequentemente, as respostas celulares a estímulos externos. Uma abordagem adequada para tais estudos é o uso de modelos matemáticos para simular a cinética das reações químicas que descrevem uma dada via de sinalização, o que nos permite gerar predições testáveis de processos celulares. Construir modelos cinéticos preditivos de vias de sinalização molecular através de dados de alto rendimento produzidos utilizando técnicas ômicas (i.e., genômica, transcriptômica, (fosfo-)proteômica) constitui um dos atuais desafios enfrentados pelos pesquisadores na área de Biologia Molecular. Recentemente, para lidar com este desafio, o arcabouço de e-Science SigNetSim foi introduzido pelo Grupo de Biologia Computacional e de Bioinformática do Instituto Butantan. Esse arcabouço permite fazer a descrição de vias de sinalização molecular através da descrição da estrutura de um modelo através de um conjunto de reações químicas, que por sua vez é mapeado para um sistema de Equações Diferencias Ordinárias (EDOs), numericamente simuladas e avaliadas. Todavia, modificações na estrutura das vias precisam ser feitas manualmente, o qual restringe severamente o número de estruturas da via que precisam ser testadas, especialmente no caso de modelos grandes. Portanto, diante desse panorama, este trabalho propõe o desenvolvimento de um método para modificar vias de sinalização molecular. Esse método se baseia no uso de bancos de dados de interatomas para fornecer um conjunto de espécies químicas candidatas para serem incluídas na via de sinalização. Ao mesmo tempo, intencionamos produzir resultados experimentais, nos quais usaremos como estudo de caso real a via de sinalização molecular SOS/Ras/MAPK da linhagem de células adrenais tumorais Y1 de camundongo.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Lulu Wu - Integrante / Junior Barrera - Coordenador / Marcelo Reis - Integrante.

• 2011 - 2012

  Estudo e aplicação de medidas de similaridade semântica como auxiliares na visualização das interações gênicas na Esquizofrenia, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Evandro Eduardo Seron Ruiz em 12/10/2012., Descrição: Atualmente são muito estudadas as possíveis causas genéticas de doenças crônicas de causas complexas como a Esquizofrenia (EZ). Recuperamos listas de genes indicados como responsáveis pelas manifestações de sinais e sintomas de EZ. Medidas de Similaridade Semântica (SS) foram utilizadas como medidas de relacionamento entre genes. A SS avalia como dois genes são relacionadas, fazendo a comparação dos termos anotados usando a Gene Ontology (GO). Elaboramos uma metodologia de visualização de agrupamentos gênicos utilizando duas abordagens de SS. Utilizamos da técnica de Multidimensional Scaling (MDS) para a projeção bidimensional das medidas de similaridade entre genes, e assim podemos visualizar a distância semântica entre os genes da EZ. Acreditamos que esta metodologia pode auxiliar a avaliação entre causa e efeito dos genes em relação a doenças como a EZ. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Lulu Wu - Integrante / Roberto Carlos Lopez Costa-Filho - Integrante / Evandro Eduardo Seron Ruiz - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa., Número de produções C, T & A: 1