Gabriel Yves Langlois Renaud

possui graduação em Bacharelado em Ciências, com ênfase em Teoria da Ciência da Computacão, pela Universidade de Montreal, Canadá (2003) e mestrado em Matemática pela Universidade de Waterloo, Canadá, (2005). Qualificações: desenvolvimento de novas soluções e adaptar software existentes para responder às necessidades do campo da bioinformática; conhecimento avançado das ferramentas e bases de dados atuais de bioinformática, com 8 anos de experiência no desenvolvimento de algoritmos e software 5 anos de experiência nos campos da bioinformática e da biologia computacional; e domínio dos fundamentos da bioquímica e biologia molecular. Atua principalmente nos seguintes temas: estatística (teste de hipóteses, regressão e apresentaçãode dados), linguagens de programação (C++, Java, Perl, Bash, MatLab e R), Sistemas Operacionais (UNIX/Linux, MacOS e Windows), Bases de dados relacionais (Oracle e MySQL), Internet (PHP, CGI, HTML e CSS), Documentação de Software (JavaDoc, POD, Doxygen, UML e LaTeX), Computação Paralela (MPI e Beowulf clusters) e outros (XML, OpenGL, RMI, Corba e CVS). Em termos de ferramentas de Bioinformática, podem ser citadas: BLAST, BLAT, Genome Browsers (UCSC), rRNA analysis (ARB), NCBI, bases de dados (NCBI, Ensembl, KEGG/Reactome, Protein Data Bank, GO e Pfam), Sequenciamento, montagem e deteção de SNP (PHRED, PHRAP, CROSS_MATCH, POLYPHRED, CONSED). Possui também experiência com sequenciamento Sanger (ABI) e Métodos modernos (454 e Solexa/Illumina).

Informações coletadas do Lattes em 16/06/2022

Acadêmico

Formação acadêmica

Mestrado em M.Math

2003 - 2005

University of Waterloo
Orientador: Brendan McConkey
Bolsista do(a): Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada. Palavras-chave: bioinformatica; Inteligência artificial; proteomica; aprendizagem bayesiana; estructura proteína; predição estructura 2D. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação / Especialidade: Análise de Algoritmos e Complexidade de Computação. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Química de Macromoléculas / Especialidade: Proteínas. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular.

Graduação em B.Sc

2000 - 2003

Universidade de Montreal, UdeM
Orientador: Jian-Yun Nie

Formação complementar

2003 - 2003

Extensão universitária em Bioquímica. (Carga horária: 10h). , University Of Massachusetts At Boston.

Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Espanhol

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

Italiano

Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Bem, Escreve Pouco.

Francês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Humana e Médica.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioquímica dos Microorganismos.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Química de Macromoléculas.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação/Especialidade: Análise de Algoritmos e Complexidade de Computação.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Estatística.

Produções bibliográficas

Loftus, Stacie K. ; Antonellis, Anthony ; Matera, Ivana ; Renaud, Gabriel ; Baxter, Laura L. ; Reid, Duncan ; Wolfsberg, Tyra G. ; Chen, Yidong ; Wang, ChenWei ; Prasad, Megana K. ; Bessling, Seneca L. ; McCallion, Andrew S. ; Green, Eric D. ; Bennett, Dorothy C. ; Pavan, William J. . is a melanoblast-expressed, MITF-dependent gene, v. 22, p. 99-110, 2009.
Llorens, Carlos ; Futami, Ricardo ; Renaud, Gabriel ; Moya, Andres . Bioinformatic flowchart and database to investigate the origins and diversity of Clan AA peptidases, v. 4, p. 3, 2009.
Pike, B L ; Greiner, T C ; Wang, X ; Weisenburger, D D ; Hsu, Y-H ; Renaud, G ; Wolfsberg, T G ; Kim, M ; Weisenberger, D J ; Siegmund, K D ; Ye, W ; Groshen, S ; Mehrian-Shai, R ; Delabie, J ; Chan, W C ; Laird, P W ; Hacia, J G . DNA methylation profiles in diffuse large B-cell lymphoma and their relationship to gene expression status. Leukemia , v. 22, p. 1035-1043, 2008.
Grice, E. A. ; Kong, H. H. ; RENAUD, G. ; Young, A. C. ; Bouffard, G. G. ; Blakesley, R. W. ; Wolfsberg, T. G. ; Turner, M. L. ; Segre, J. A. . A diversity profile of the human skin microbiota. Genome Research , v. 18, p. 1043-1050, 2008.
Hu, Jingqiong ; Renaud, Gabriel ; Golmes, Theotonius ; Ferris, Andrea ; Hendrie, Paul C ; Donahue, Robert E ; Hughes, Stephen H ; Wolfsberg, Tyra G ; Russell, David W ; Dunbar, Cynthia E . Reduced Genotoxicity of Avian Sarcoma Leukosis Virus Vectors in Rhesus Long-term Repopulating Cells Compared to Standard Murine Retrovirus Vectors. Molecular Therapy , v. 16, p. 1617-1623, 2008.
Antonellis, Anthony ; Huynh, Jimmy L. ; Lee-Lin, Shih-Queen ; Vinton, Ryan M. ; Renaud, Gabriel ; Loftus, Stacie K. ; Elliot, Gene ; Wolfsberg, Tyra G. ; Green, Eric D. ; McCallion, Andrew S. ; Pavan, William J. ; Barsh, Gregory S. . Identification of Neural Crest and Glial Enhancers at the Mouse Sox10 Locus through Transgenesis in Zebrafish, v. 4, p. e1000174, 2008.
Crawford, Gregory E ; Davis, Sean ; Scacheri, Peter C ; RENAUD, G. ; Halawi, Mohamad J ; Erdos, Michael R ; Green, Roland ; Meltzer, Paul S ; Wolfsberg, Tyra G ; Collins, Francis S . DNase-chip: a high-resolution method to identify DNase I hypersensitive sites using tiled microarrays. Nature Methods , v. 3, p. 503-509, 2006.
J. Liang ; Renaud, Gabriel ; Wolfsberg, Tyra G. ; POPPER, A. N. ; S.M Burgess . Transcriptional Profiling of Genes Involved in Inner Ear Hair Cell Regeneration in the Adult Zebrafish (Danio rerio). 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Antonellis, Anthony ; Huynh, Jimmy L. ; Renaud, Gabriel ; Wolfsberg, Tyra G. ; Elliot, Gene ; McCallion, Andrew S. ; Green, Eric D. ; Pavan, William J. . Comprehensive Genomic and Functional Analysis of the SRY-BOX 10 (SOX10) Locus: Implications for Genome-Wide Predictions of SOX10 Target Genes. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
J. Liang ; Renaud, Gabriel ; POPPER, A. N. ; S.M Burgess . Gene Expression Profiling of the Inner Ear in the Adult Zebrafish with Massively Parallel Signature Sequencing. NIH 4th Graduate Student Research Symposium, 2008 (Poster).
Renaud, Gabriel ; Wolfsberg, Tyra G. . Computational tools for Illumina data and putative TFBS prediction. NHGRI Scientific Retreat 2008, 2008 (Poster).
Renaud, Gabriel ; Wolfsberg, Tyra G. . Aligning and Annotating High-Throughtput Genomic Sequence Data. NHGRI Scientific Retreat 2007, 2007 (poster).
Renaud, Gabriel ; I. Holt ; J. Malley ; Wolfsberg, Tyra G. . Computational pipeline for the analysis of genome-wide experimental data.. Computational Systems Bioinformatics Conference 2006, 2006 (Poster).
Renaud, Gabriel ; B.J. McConkey . Ab-initio secondary structure prediction using inter-residue contacts. Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) 2005, 2005 (Poster).

Prêmios

2008

National Human Genome Research Institute (NHGRI) Merit Award, NHGRI.

2004

National Science and Engineering Research Council Graduate Scholarship, NSERC.

2003

University of Waterloo Graduate Scholarship, University of Waterloo.

2003

Dean's Honor List and Mention of Excellence, University of Montreal.

2003

Computer Science Games at McGill University, McGill University.

Histórico profissional

Endereço profissional

Instituto Nacional de Câncer, Coordenação de Pesquisa, Divisão de Pesquisa Clínica Aplicada. , Rua André Cavalcanti 37, Centro, 20231-050 - Rio de Janeiro, RJ - Brasil, Telefone: (21) 32331343, Fax: (21) 32331411

Experiência profissional

2009 - Atual

Instituto Nacional de Câncer

Vínculo: Bolsista CNPq DTI-1, Enquadramento Funcional: Bioinformata, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

2008 - 2009

Biotechvana

Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
No Parque Científico da Universidade de Valencia (Espanha) foi responsável por desenvolver os seguintes serviços de bioinformática aos projetos de pesquisa: Implementar em PHP uma base de dados editável em MySQL de retrotransposons e retrovírus usando Mediawiki; Anotação manual do genoma do Afídio usando dados proteômicos e a ferramenta Apollo Genome Annotation e Caracterização de expressão gênica em Cítrus usando leituras de cDNA de 454 alinhados a bases de dados de EST.

2005 - 2008

National Institute Of Health

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Scientific Programmer, Carga horária: 45, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
No Núcleo de Bioinformática do NHGRI do NIH (Estados Unidos), foi responsável pelo suporte de bioinformática aos projetos de biologia e pesquisa médica com desenho de ferramentas de programação. Desenvolveu novos algoritmos para responder às necessidades particulares dos pesquisadores, podendo ser citados: Projetou e implementou em C++ dois novos algoritmos para o mapeamento genômico de sequências curtas de Solexa/Illumina utilizando algumas restrições; Projetou e implementou um novo algoritmo heurístico em C++ para construir grupos de sequências similares com dados brutos de Solexa/Illumina usando a Boost Graph Library; e Desenvolveu um pipeline de bioinformática para mapear integrações de retrovírus sequenciados usando dados de Solexa/Illumina e 454. Criou e modificou software em Perl e C/C++ para muitos projetos de pesquisa, podendo ser citados: Mapeamento e anotação de sítios de integração de retrovírus e geração de dados aleatórios para validar estatisticamente conclusões biológicas; Análise de dados de DNAse-chip e geração de dados estocásticos para calcular valores-p.; Mapeamento de sítios de ligação de proteínas sobre genomas inteiros de muitas espécies.; Montagem e corte de iniciadores de cromatogramas de RNA 16s bacteriano usando Phred/Phrap, corte de qualidade, classificação e análises filogenéticas usando ARB; Deteção e análises de SNPs nas mostras de tumores usando Polyphred/Consed Interação, atualização e manutenção de bases de dados biológicos (Oracle), podendo ser citados: Manuenção e atualização de ENCODEdb, um portal para aceso a dados genômicos e de microarranjos. Implementou um wiki para documentar projetos existentes e facilitar futuras manutenções. Desenvolveu uma interface web usando CGI para permitir accesso a dados de pesquisa Analise estatistica usando R Apresentou palestras a biólogos e apresentou posters em conferências e congressos Auxilou no processo de contratação e treinamento de novos programadores.

2003 - 2005

University of Waterloo

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Teaching Assistant, Carga horária: 15

Outras informações:
Atuou como monitor em: Introdução a Java (1 semestre), Teoria da Computação (1 semestre) e Algoritmos (3 semestres, sendo 1 semestre como chefe dos monitores). : Explicou o material aos alunos para facilitar o processo de aprendizagem ; Manteve o website do curso para permitir aos alunos baixar material e recuperar suas notas da base de dados, implementado em PHP; Vigiou exames e tarefas para fins de avaliação fazendo correção dos exames (180 alunos) e Supervisou uma equipe de alunos graduados para planejar e organizar logística de ensino.

2002 - 2002

Universidade de Montreal, UdeM

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Undergrad Research Assistant, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Estágio de verão no Laboratório de Linguística Computacional, com financiamento contemplado pelo National Science and Engineering Research Council (NSERC) do Canadá.: Atualizou e aperfeiçoou um agente-web em Java para procurar automaticamente por textos paralelos para construir um corpora paralelo (ex. Inglês-Espanhol) para treinar motores de tradução estatísticos; Implementou computação distribuída usando RMI para explorar a rede existente a fim de aumentar a eficiência; Produziu documentação usando JavaDoc para facilitar o uso e extensões futuras; Projetou um GUI usando AWT para permitir aos usuários monitorarem o processo; Desenvolveu e implementou um novo algoritmo para reconhecer pares de documentos paralelos.

2000 - 2000

College Ahuntsic

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Chemistry Tutor, Carga horária: 15

Outras informações:
Foi tutor semanal com um aluno de primeiro ano para lhe ajudar com as aulas de química Ajudou um aluno reprovado no curso a conseguir uma nota acima de 80%