Laurent Emmanuel Dardenne

Possui graduação em Física pela Universidade de Brasília (1992), mestrado em Física pela Universidade de Brasília (1995) e doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica) pelo Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho da Universidade Federal do Rio de Janeiro (2000). Atualmente é pesquisador do Laboratório Nacional de Computação Científica e lider do Grupo de Modelagem Molecular de Sistemas Biológicos. Tem experiência na área de Biofísica, com ênfase em Modelagem Molecular, atuando principalmente nas áreas de planejamento de fármacos e predição de estruturas de proteínas com ênfase no desenvolvimento de algorítmos, métodos computacionais e programas utilizando técnicas de de inteligência artificial e computacional. O seu grupo de pesquisa desenvolveu o programa DockThor e o web server DockThor-VS (https://www.dockthor.lncc.br) objetivando a realização de experimentos de triagem virtual de compostos.

Informações coletadas do Lattes em 09/06/2026

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)

1995 - 2000

Universidade Federal do Rio de Janeiro
Título: Propriedades Eletrostáticas do Sítio Ativo de Cisteíno Proteinases da Família da Papaína
, Ano de obtenção: 2000. Paulo Mascarello Bisch. Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. Palavras-chave: Propriedades Eletrostáticas; Cisteíno Proteinases; Calculos ab initio; Expansões Multipolares Multicentradas; Catálise Enzimática; Papaína. Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular / Especialidade: Reações Enzimáticas. Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos.

Mestrado em Física

1992 - 1995

Universidade de Brasília, UnB
Título: Estudo de Instabilidades e Problemas de Convergência de Soluções Hartree-Fock, Ano de Obtenção: 1995
Nilo Makiuchi.Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. Palavras-chave: Instabildades; Multiplicidade; Soluções Hartree-Fock; Método Algébrico.Grande área: Ciências Exatas e da TerraSetores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos.

Graduação em Física

1986 - 1992

Universidade de Brasília, UnB
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.

Pós-doutorado

2000 - 2001

Pós-Doutorado. , Laboratório de Avaliação e Síntese de Substâncias Bioativas Faculdade de Fa, LASSBIO/UFRJ, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Farmacologia / Subárea: Farmacologia Bioquímica e Molecular / Especialidade: Modelagem Molecular. , Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Farmacologia / Subárea: Farmacologia Bioquímica e Molecular / Especialidade: Desenvovlviemnto Metodológico.

Formação complementar

1997 - 1997

Exploitation de Sequences de Proteines. (Carga horária: 80h). , Centre National de la Recherche Scientifique, CNRS, França.

Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Francês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular/Especialidade: Modelagem Molecular.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Farmacologia / Subárea: Farmacologia Bioquímica e Molecular/Especialidade: Desenho Racional de Compostos Protótipos Fármacos.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Química de Macromoléculas/Especialidade: Propriedades Eletrostáticas de Proteínas.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Atômica e Molecular/Especialidade: Estrutura Eletrônica de Átomos e Moléculas; Teoria.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biologia Computacional/Especialidade: Biofisica Molecular.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biologia Computacional/Especialidade: Predição ab initio de estruturas de proteínas.

Organização de eventos

Dardenne, L.E. ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; Guedes, I.A. ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; MAGALHÃES, Camila Silva de ; LEAL, M. ; Costa, M.G.S. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; TORRES, P. H. M. ; COSTA, L. S. C. ; SILVA, M. M. P. . XI ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2024. (Congresso).

EMMANUEL DARDENNE, LAURENT ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; Guedes, I.A. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; MAGALHÃES, Camila Silva de ; FIGUEIREDO, P. ; FERNANDES, T. ; LEAL, M. ; Batista, PR . X ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2021. (Congresso).

DARDENNE, LAURENT E. ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; Guedes, I.A. ; DE MAGALHAES, C S ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; GOMES, Diego Henry Barreto ; Batista, PR ; CUSTÓDIO, Fábio Lima . IX ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2018. (Congresso).

DARDENNE, L. E. ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; CAFFARENA, Ernesto Raul . VIII ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2016. (Congresso).

DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . VII ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2014. (Congresso).

DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . VI ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2012. (Congresso).

DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . V ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLOGICOS. 2010. (Congresso).

DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . IV ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2008. (Congresso).

DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . III ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2006. (Congresso).

DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . II ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2004. (Congresso).

DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . I ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLOGICOS. 2002. (Congresso).

Participação em eventos

51st SBBq Annual Meeting and 46th SBBf Congress. Drug Design and Repurposing with DockThor-VS Web Server Focusing on SARS CoV-2 Therapeutic Targets and their Non Synonym Variants. 2022. (Congresso).

9 BrazMedChem. Protein-Ligand Docking: Pose and Binding Affinity Prediction. 2019. (Congresso).

SancaMedChem. Protein-Ligand Docking using DockThor: Pose and Binding Affinity Prediction. 2019. (Congresso).

13 CASP. GAPF_LNCC: an automated method for protein structure prediction with a multiple minima genetic algorithm. 2018. (Congresso).

Workshop Physics and Biology of Proteins.Strategies for Template-Free Protein Structure Prediction. 2017. (Simpósio).

12 CASP. GAPF_LNCC_SERVER: a fully automated server for template-free protein structure prediction with a multiple minima genetic algorithm. 2016. (Congresso).

Brazilian Symposium in Medicinal Chemistry.Approaches to Evaluation and Improvement Empirical Affinity Prediction Functions for Virtual Screening. 2016. (Simpósio).

XLVI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq). Development of Empirical Scoring Functions for Predicting Protein-Ligand Binding Affinity. 2016. (Congresso).

XVIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica.DockThor: A Brazilian Receptor-Ligand Docking Program. 2015. (Simpósio).

43 SBBq.Ab Initio Protein Structure Prediction: Assessing Components for the Energy Function. 2014. (Simpósio).

III Simpósio Interdisciplinar Física + Bioinformática.Avaliação de diversos protocolos automáticos de preparação da proteína e do ligante em experimentos de docking molecular. 2014. (Simpósio).

XXIII International Symposium on Medicinal Chemistry (EFMC-ISMC 2014).DockThor: A Free Protein-Ligand Docking Web Server. 2014. (Simpósio).

65 Reunião Anual da SBPC. Projeto Dockthor: Um Programa Brasileiro para o Desenho Racional de Fármacos. 2013. (Congresso).

II Escola Brasileira de Modelagem Molecular.Strategies for Ab Initio Protein Structure Prediction. 2013. (Simpósio).

XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular ? SBBq. The DockThor Portal: a Free Protein-Ligand Docking Server. 2013. (Congresso).

Critical Assessment of Protein Structure Prediction - CASP10. none. 2012. (Congresso).

II Latin American Federation of Biophysical Societies Congress/XXXVII Brazilian Biophysical Society Congress. Development and Validation of a New Multi-Solution Receptor-Ligand Docking Program. 2012. (Congresso).

VI Workshop de Avaliação e Acompanhamento do Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fármacos e Medicamentos.Structural and Ligand Binding Properties Studies of the IKK2 Molecular Target. 2012. (Simpósio).

XLI Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq). Dockthor: Development and Validation of a New Docking Program. 2012. (Congresso).

XXII International Symposium on Medicinal Chemsitry EFMC/ISMC. MOLECULAR MODELING OF IKK2 TARGET: STRUCTURAL AND LIGAND BINDING PROPERTIES STUDIES. 2012. (Congresso).

Encontro de Física - Integração da Física na América Latina - SBF. Ab Iniito Protein Structure Prediction using All-Atom and Coarse Grained Models. 2011. (Congresso).

I Escola Brasileira de Modelagem Molecular.Metodologias de Docking Receptor-Ligante. 2011. (Outra).

II Reunião Anual de Avaliação do Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fármacos e Medicamentos.Virtual Screening utilizando o programa Dockthor. 2011. (Outra).

Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática 2011. Dockthor: Development and Validation of a Ligand-Receptor Docking Program. 2011. (Congresso).

XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica. Dockthor: Development and Validation of a Ligand-Receptor Docking Program using a Diverse Set of Ligands. 2011. (Congresso).

V BrazMedChem. DockThor: Software for Ligand Flexible Docking Using a Genetic Algorithm and the MMFF94 Force Field. 2010. (Congresso).

Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática.Ab Iniito Structure Prediction With Genetic Algorithms. 2009. (Simpósio).

VII Iberoamerican Congress of Biophysics. AB INITIO PROTEIN STRUCTURE PREDICTION WITH GENETIC ALGORITHMS. 2009. (Congresso).

XII Encontro Regional da Sociedade Brasileira de Química.Métodos Computacionais Aplicados ao Planejamento de Compostos Bioativos. 2009. (Encontro).

XVIII International Network of Protein Engineering Centers. GAPF, a Multiple Minima Genetic Algorithm for Ab Initio Protein Structure Prediction. 2009. (Congresso).

XVI Semana Científica Farmacêutica.Metodologias de Docking Receptor-Ligante. 2009. (Outra).

XV Simpósio Brasileiro de Química Teórica.Algoritmos Genéticos para predição ab initio de estrutura de proteínas. 2009. (Simpósio).

4th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry. Development of a Docking Methodology Using a Multi_Solution Genetic Algorithm and a Neural Network. 2008. (Congresso).

4th Internacional Conference of the International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-Meeting. Molecular Dynamics Simulations of Calmodulin: A Comparative Study of Reaction Field and Particle-Mesh Ewald Electrostatic Treatments. 2008. (Congresso).

III Workshop Instituto do Milênio em Inovação e Desenvolvimento de Fármacos e Medicamentos.LLDB - LASSBio Ligand Data Bank. 2008. (Encontro).

Second Brazilian Symposium on Bioinformatics - BSB2007.Molecular Dynamics Simulations of Cruzipains 1 and 2 at Different Temperatures. 2007. (Simpósio).

Structural Bioinformatics Workshop.Cross-Docking oh Highly Flexible Ligands Using a Multi-Solution Algorithm Strategy. 2007. (Simpósio).

XIV Simpósio Brasileiro de Química Teórica.Resolução de Estruturas de Proteínas Utilizando-se Dados de RMN a Parteir de um Algorítmo Genético de Múltiplos Mínimos. 2007. (Simpósio).

3rd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry.Cross-Docking of Highly Flexible Ligands Using a Multi-Solution Genetic Algorithm Strategy. 2006. (Simpósio).

II Workshop Instituto do Milênio em Inovação e Desenvolvimento de Fármacos e Medicamentos.LASSBio Ligand Data Bank. 2006. (Encontro).

XXXV SBBq- Reunião Anual da Sociedade Barsileira de Bioquímica e Biologia Molecular. Designing New Bioactive Compounds by using Molecular Modeles Techniques. 2006. (Congresso).

15th International Biophysics Congress. 15th International Biophysics Congress. 2005. (Congresso).

Biomolecular Simulations. Biomolecular Simulations. 2005. (Congresso).

XIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica.Cross-Docking of Highly Flexible Ligands using a Multisolution-GSA Docking Method. 2005. (Simpósio).

1st Latin American Protein Society Meeting. 1st Latin American Protein Society Meeting. 2004. (Congresso).

2nd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry.2nd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry. 2004. (Simpósio).

IV Encontro Regional de Matemática Aplicada e Computacional.IV Encontro Regional De Matemática Aplicada e Computacional / Workshop sobre Simulação e Análise de Sistemas Complexos. 2004. (Encontro).

IX Escola Brasileira de Estrutura Eletrônica.IX Escola Brasileira de Estrutura Eletrônica. 2004. (Encontro).

1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2003. (Congresso).

V Ibero-American Congress of Biophysics. V Ibero-American Congress of Biophysics. 2003. (Congresso).

Workshop on Molecular Modeling in Biophysics.Workshop on Molecular Modeling in Biophysics. 2002. (Oficina).

XI Simpósio Brasileiro de Química Teórica.XI Simpósio Brasileiro de Química Teórica. 2001. (Simpósio).

IV Biophysics Congress of the Southern Cone. IV Biophysics Congress of the Southern Cone. 2000. (Congresso).

Symposium Understanding Protein Electrostatics.Symposium Understanding Protein Electrostatics. 2000. (Simpósio).

XXIII Encontro de Física da Matéria Condensada. XXIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. 2000. (Congresso).

XIII International Biophysics Congress. XIII International Biophysics Congress. 1999. (Congresso).

X Simpósio Brasileiro de Química Teórica.X Simpósio Brasileiro de Química Teórica. 1999. (Simpósio).

XXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. XXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. 1998. (Congresso).

International Symposium on Protein Condensation.International Symposium on Protein Condensation. 1997. (Simpósio).

XX Encontro nacional de Física da Matéria Condensada. XX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. 1997. (Congresso).

XIX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. XIX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. 1996. (Congresso).

VIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica.VIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica. 1995. (Simpósio).

XVII Encontro nacional de Física da Matéria Condensada. XVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. 1994. (Congresso).

XVI Encontro nacional de Física da Matéria Condensada. XVI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. 1993. (Congresso).

XV Encontro nacional de Física da Matéria Condensada. XV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. 1992. (Congresso).

Participação em bancas

Aluno: Larissa Maria Ferreira Adolfo

DARDENNE, LAURENT; TRAVASSO, R.; OLIVEIRA, L. C.. A Influência da escolha do mapa no estudo do enovelamento de proteínas utilizando modelos baseados em estrutura. 2023. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: MARIANA MONTEIRO GUILHERME MATTOS

SILVA, A. S.; PINHEIRO, A. S.; MORENO, D. S. A.;DARDENNE, L. E.. EXTRAÇÃO DE PROCIANIDINAS DA SEMENTE DE AÇAÍ (EUTERPE OLERACEA MART.) E SUA CONVERSÃO EM PRODUTOS DE MAIOR VALOR AGREGADO. 2022. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Paula Jofily de Lima Rangel

DARDENNE, L. E.; BISCH, Paulo Mascarelo; FERREIRA, R. S.. DESENVOLVIMENTO DE MÉTODOS DE DOCAGEM MOLECULAR E TRIAGEM VIRTUAL E APLICAÇÃO NA BUSCA DE AGENTES TERAPÊUTICOS CONTRA O VÍRUS ZIKA. 2021. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Aline Silva da Costa,

Dardenne, L.E.; CORDEIRO, Y. M. L.; GUEDES, H. L. M.. Predição e avaliação in silico de epítopos imunogênicos no vírus Zika: implicações no desenvolvimento de vacina peptidica. 2020. Dissertação (Mestrado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Mayk Caldas Ramos

DARDENNE, L. E.; ESTEVES, Pierre Motte; HORTA, B. A. C.. Validação do campo de força 2016H66 para a simulação de dendrímeros PAMAM e PPI. Um estudo sistemático dos efeitos da geração e do pH. 2019. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Lauro Ribeiro de Souza Neto

DARDENNE, LAURENT E.CAFFARENA, Ernesto Raul; NOEL, F. G.. DESCOBERTA DE NOVOS LIGANTES DE TIOREDOXINA GLUTATIONA REDUTASE DE Schistosoma mansoni (SmTGR) ATRAVÉS DE TRIAGEM DE FRAGMENTOS POR CRISTALOGRAFIA DE RAIOS X. 2018. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Farmacologia e Química Medicinal)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Artur Duque Rossi

DARDENNE, L. E.CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala; BARBOSA, C. B.. Refinamento Manual e Automático de Modelos Tridimensionais de Proteía ınas para o Workflow Cient ́ ıfico MHOLline. 2017. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

Aluno: Thiago Tavares Magalhães

DARDENNE, L. E.BARBOSA, Hélio José Correa; FONSECA, L. G.; BERNARDINO, H. S.. Estudo de configurações de modelos híbridos de ilhas para obtenção de uma ou mais soluções em otimização via meta-heurísticas. 2016. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Marcelo Depólo Polêto

DARDENNE, L. E.; NETZ, P. A.; FETT NETO, A. G.. Parametrização de anéis aromáticos comumente usados no desenvolvimento de fármacos e química medicinal. 2016. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular - UFRGS) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Marcelo Depólo Polêto

DARDENNE, L. E.; FETT NETO, A. G.; NETZ, P. A.; BRAUN, R. L.. Parametrização de anéis aromáticos comumente usados no desenvolvimento de fármacos e química medicinal. 2016. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular - UFRGS) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Thayssa Tavares da Silva Cunha Ferreira

DARDENNE, L. E.; FRAGA, Carlos Alberto Manssour; ROMEIRO, N. C.; MORCILLO, L. S. L.. Identificação de Novos Inibidores Seletivos da Enzima Aldeído Desidrogenase 2 (ALDH-2) para o Tratamento da Dependência à Cocaína. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Farmacologia e Química Medicinal)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Vitor Lima Coelho

SAMMETH, M. A. M. T.; STOYE, J.;DARDENNE, L. E.. Análise Funcional de Eventos de Splicing Alternativo. 2015. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Rafael Ferreira Soares

DARDENNE, L. E.; ALVES, C. R.; SILVA, R. C.. Caracterização Estrutural e Funcional do Modelo In Silico da Proteína de membrana P2X7 Humana. 2015. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Amanda Souza Câmara

DARDENNE, L. E.; REBOREDO, E. H.; MONTALVAO, R. W.. Uma transição assimétrica entre estados simétrico: o alosterismo da Glucosamina 6-fosfato Desaminase. 2013. Dissertação (Mestrado em Fisica (Sc)) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Laura Joana Silva Lopes

DARDENNE, L. E.; NASCIMENTO, M. A. C.; ALENCASTRO, R. B.; TAVARES, F. W.. SpeciFFic: Desenvolvimento e Aplicação de um Programa para a Construção de Campos de Força Específicos. 2013. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Antonio Bento de Oliveira

DARDENNE, L. E.; LEITE, V. B. P.; CARVALHO, S. J.. Visualização do Funil de Enovelamento de Proteínas. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências Biomoleculares e Farmacológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Helen Nathalia Thompson

DARDENNE, L. E.; SEGALA, M.; LIVOTTO, P. R.. Mudanças Estruturais na Proteína Príon Celular Induzidas por Alteração de pH. 2012. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Luciana da Silva Almendra Gomes

DARDENNE, L. E.; Matoso, M.L.Q.; Lifschitz, S.. Proveniência de dados para Workflows de Bioinformática. 2011. Dissertação (Mestrado em Informática) - Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro.

Aluno: Edson Fauth Vargas Filho

NETZ, P. A.; Termignoni C.;DARDENNE, L. E.. Caracterização Estrutural e Conformacional de Toxinas da Família das Actinoporinas. 2010. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Eduardo Krempser da Silva

BARBOSA, Hélio José Correa; EBECKEN, N. F. F.;DARDENNE, L. E.. Evolução Diferencial para Problemas de Otimização Restrita. 2009. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: José Geraldo Rocha Júnior

DARDENNE, L. E.; COSTA, J. B. N.; SANT?ANNA, Carlos Maurício R. de. Desenvolvimento de um Modelo Empírico de Predição da Atividade de Inibidores da Esterol 14-alfa Desmetilase (CYP51) Utilizando o Método Semi-Empírico PM6. 2009. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro.

Aluno: Elen Gomes Pereira

DARDENNE, L. E.; BISCH, Paulo Mascarelo; Abdelhay ESFW. Estudo Estrutural e Termodinâmico de Mutantes da Proteína c-ABL resistentes ao Imatinib. 2009. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Mauricio Garcia de Souza Costa

DARDENNE, L. E.; LIMA, A. P. C. A.; LEAL, K. Z.. Estudo Computacional de Interações entre a Heparina e Proteínas envolvidas na angiogênese tumoral. 2009. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Luciana Rocha Pedro

DARDENNE, L. E.BARBOSA, Hélio José Correa; RAUPP, Fernanda; TAKAHASHI, R. H. C.; EBECKEN, N. F. F.. Uma Nova Representação para o Problema de Predição de Estrutura de Proteínas em Grades. 2008. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Guilherme Barroso Langoni de Freitas

FRAGA, Carlos Alberto Manssour; SANT?ANNA, Carlos Maurício R. de;DARDENNE, L. E.; Alencastro , R.B.. Desenvolvimento de Modelos COMFA e COMSIA de Afinidade e Seletividade para Ligantes Indólicos dos Receptores Canabinóides CB1 e CB2. 2008. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Samuel Belini Defilippo

BARBOSA, Hélio José Correa; BORGES, C. C. H.;DARDENNE, L. E.. Ferramenta Computacional para Apoio à Análise de Regressão de Dados. 2008. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

Aluno: Jaqueline da Silva Angelo

BARBOSA, Hélio José CorreaDARDENNE, L. E.; RAUPP, Fernanda Maria Pereira; TAKAHASHI, R. H. C.. Algoritmos Baseados em Colônia de Formigas para Otimização Multiobjetivo. 2008. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Cristiano de Lima Hackmann

DARDENNE, L. E.; Quilfedt J.A.; Idiart M.A.P.; Monteiro A.V.. Modelos Matemáticos para o Transporte de Íons por Canais em membranas de Axônios. 2007. Dissertação (Mestrado em Matemática Aplicada) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Camila Franco Becker

DARDENNE, L. E.; Termignoni C.; Schroeder E.. Caracterização do Reconhecimento Molecular de Polissacarídeos de Ouriço-do-Mar pela Antitrombina Utilizando Técnicas de Modelagem Molecular. 2007. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Raquel da Silva Leviski

DARDENNE, L. E.; LIVOTTO, Paolo Roberto; SILVEIRA, Nadya Pesce da. Estudo Computacional da Interação Entre Bicamada Lipídica Aniônica e Moricina. 2006. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Claúdia Elizabeth Thompson

DARDENNE, L. E.; RUSSO, Claúdia A M; MARGIS, Márcia. Divergência Funcional da Família gênica da álcooldesidrogenase em plantas. 2006. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Diego Enry Barreto Gomes

DARDENNE, L. E.; VILLAR, José Daniel Figueroa; WEISSMULLER, G.. Estudo da falcipaína-2 em complexo com ligantes por modelagem e dinâmica molecular como suporte ao desenvolvimento racional de novos fármacos. 2006 - Instituto de biofísica Carlos Chagas Filho.

Aluno: João Hermínio Martins da Silva

DARDENNE, L. E.; FERNADEZ, J. H.; SILVA, R. C.. Análise Estrutural da integrina alfa4beta1 e ligantes específicos: estudo por modelagem molecular. 2006 - Instituto de biofísica Carlos Chagas Filho.

Aluno: Paulo Ricardo Batista

DARDENNE, L. E.PASCUTTI, Pedro Geraldo; BISCH, Paulo Mascarelo; ALMEIDA, Fabio Ceneviva Lacerda. Estudos Computacionais da Protease do HIV-1: Abertura das alças e diferenças entre subtipos. 2005. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Fernanda Guedes Oliveira

DARDENNE, L. E.; BARREIRO, Eliezer de Jesus; VILLAR, José Daniel Figueroa; SANT?ANNA, Carlos Maurício R. de;CAFFARENA, Ernesto Raul; ESTEVES, Pierre Motte. Estudo do Perfil de Interação de Fosfodiesterase 4 com seus Inibidores. 2005. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Jean Faber Ferreira de Abreu

DARDENNE, L. E.; PORTUGAL, Renato; ROSA, Luiz Pinguelli; OLIVEIRA JÚNIOR, Ivan dos Santos; GALEÃO, Augusto César Nogueira Rodrigues. Computação Quântica em Sistemas Abertos e uma Aplicação ao Modelo Biológico de FRÖHLICH. 2004. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Monique Araújo de Brito

DARDENNE, L. E.; BARREIRO, Eliezerj; SANTANNA, Carlos Maurício R; VILLAR, José Daniel Figueroa; LIMA, Lídia Moreira; MACHADO, Sérgio de Paula. Modelos de COMFA e COMSIA de Antagonistas Alfa-1 Adrenérgicos N-Fenilpiperazínicos. 2004. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Lucas Miguel Pereira de Souza

Dardenne, L.E.PASCUTTI, Pedro Geraldo; PIMENTEL, A. S.; TAVARES, F. W.; MORGADO, W. A. M.. Transposição de siRNA encapsulado com polímeros através de modelos de surfactante pulmonar na interface ar-água. 2024. Tese (Doutorado em Química) - Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro.

Aluno: Guilherme Zainotti Miguel Fahur Bottino

Dardenne, L.E.; MARTINEZ, L.; BREITKREITZ, M. C.; AVILA, S. E. F.; MOURA, A. F.. PREVISÃO DA ESTRUTURA SECUNDÁRIA DE PROTEÍNAS POR PROCESSAMENTO DE SEQUÊNCIAS EMPREGANDO UM MODELO DE LINGUAGEM ACESSÍVEL E ULTRA-PARALELIZADO. 2024. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Diego de Souza Lima

Dardenne, L.E.; SEIXAS, F. A. V.; VERLI, Hugo; GOMES, L. C.; OLIVEIRA, D. M. A. S.. Aplicação de modelos de aprendizado de máquina em ciências biológicas: classificação de RNAS não codificantes e descoberta de antimicobacterianos a partir de produtos naturais. 2024. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Celular)) - Universidade Estadual de Maringá.

Aluno: IGOR BARDEN GRILLO

EMMANUEL DARDENNE, LAURENT; ROCHA, G. B.; CARVALHO, G. A. U.; COUTINHO, K. R.; WEBER, K. C.; FAUSTINO, W. M.. PRIMoRDiA: Software para Cálculos de Reatividade e Análise de Estrutura Eletrônica para Biomoléculas. 2023. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal da Paraíba.

Aluno: Eduardo Ribeiro Almeida

Dardenne, Laurent Emmanuel; SANTOS, H. F.;CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala; SILVA, T. A. S.; COSTA, L. A. S.; SATO, F.. Molecular modeling of drug delivery systems based on carbon nanostructures: Structure, function, and potential applications for anticancer complexes of Pt(II). 2023. Tese (Doutorado em Programa de Pos Graduação em Quimica) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

Aluno: Igor Lucas de Souza Russo

Dardenne, Laurent Emmanuel; EBECKEN, N. F. F.; BERNARDINO, H. S.; TAKAHASHI, R. H. C.;BARBOSA, Hélio José Correa. Evolução Diferencial Baseada em Aprendizado por Transferência para Otimização em Dois Níveis. 2023. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Isaac de Araujo Matos

DARDENNE, L. E.; AUGUSTO, O.; QUEIROZ, R. F.; MEOTTI, F. C.. Design of Myeloperoxidase Inhibitors as New Anti-inflammatory Agents: An in silico, in vitro and in vivo Study. 2022. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Yan Marques Henriques Gonçalves

HORTA, B. A. C.;DARDENNE, L. E.; CARDOZO, T. M.; OLIVEIRA JUNIOR, R. R.; TAVARES, F. W.. Force-field Calibration as a Multi-objective Optimization Problem: Application to Torsional and Non-bonded Terms. 2022. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Mayk Caldas Ramos

Dardenne, L.E.; HORTA, B. A. C.; LIMA, C. H. S.; BITZER, R. S.; SILVEIRA, R. L.. Molecular dynamics study of drug complexation by dendrimers: Development of tools and a case study with quercetin.. 2022. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Celio Henrique Nogueira Larcher Jr

Dardenne, L.E.; EBECKEN, N. F. F.; BARRETO, A. M. S.;CUSTÓDIO, Fábio LimaBARBOSA, Hélio José Correa; PAPPA, G. L.. . Coevolução aplicada à construção de modelos de Aprendizado de Máquina. 2022. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Fernando Bruno da Silva

LEITE, V. B. P.; CHAHINE, J.; SCOTT, A. L. B.; MARTINEZ, L.;DARDENNE, L. E.. Estudo das Interações Não-Nativas, Eletrostáticas e Hidrofóbicas, no Processo de Enovelamento de Proteínas Utilizando Modelos Minimalistas. 2021. Tese (Doutorado em Ciências Biomoleculares e Farmacológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: ELTON JOSÉ FERREIRA CHAVES

DARDENNE, L. E.; ARAUJO, D. A. M.; ROCHA, G. B.; SCOTTI, M. T.;Pascutti, Pedro G.; SILVEIRA, C. H.. Obtenção de inibidores da subunidade catalítica da ricina, RTA, utilizando métodos de modelagem molecular. 2021. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade Federal da Paraíba.

Aluno: Vinicius Carius de Souza

Dardenne, Laurent ECAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala; FONSECA, L. G.; KREMPSER, E.; FARIA-PINTO, P.; BERNARDINO, H. S.. Estratégias de agrupamento combinadas com métodos de redução de dimensionalidade para a detecção automática de conformações moleculares preferenciais. 2020. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

Aluno: Diogo César Ferreira

DARDENNE, LAURENT; ARAUJO, A. F. P.. Enterramentos atômicos como possíveis intermediários informacionais no código do enovelamento proteico.. 2019. Tese (Doutorado em Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular) - Universidade de Brasília.

Aluno: Henrique Musseli Cezar

COUTINHO, K. R.; OLIVEIRA, M. J.; ROCHA, W. R.; BRAGA, A. A. C.;DARDENNE, LAURENT. Implementação e desenvolvimento de algoritmo eficiente para deformação intramolecular com o Método de Monte Carlo. 2018. Tese (Doutorado em Fisica (Sc)) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Thiago Lipinski Paes

Dardenne, Laurent E; Souza, O.N.; Ruiz, D.D.A.; WERHLI, A. V.; CACERES, R. A.. Cut-remd: Um Novo Método para Predição de Estruturas Terciárias de Proteínas Baseado em Raio de Corte Incremental. 2017. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

Aluno: Janaina Cruz Pereira

Dardenne, Laurent E; COELHO, F. C.; BASTOS, L. S.. MELHORAMENTO DE DOCKING-BASED VIRTUAL SCREENING USANDO ABORDAGEM DE DEEP LEARNING.. 2017. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Antônio Bento de Oliveira Júnior

DARDENNE, L. E.; ARAUJO, A. F. P.;PASCUTTI, Pedro Geraldo; CHAHINE, J.; LEITE, V. B. P.. Métodos para visualização de superfície de enrgia do enovelamento de proteínas. 2017. Tese (Doutorado em Ciências Biomoleculares e Farmacológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Christian Vahl Quevedo

DARDENNE, L. E.; Ruiz, D.D.A.; Souza, O.N.; MENEGUZZI, F. R.; BASGALUPP, M. P.. Triagem Virtual em Bancos de Dados de Ligantes Considerando Propriedades Físico-Químicas de um Modelo de Receptor Totalmente Flexível. 2016. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

Aluno: Pablo Ivan Pereira Ramos

DARDENNE, L. E.; BISCH, Paulo Mascarelo; VASCONCELOS, A. T. R.; GOES NETO, A.; NICOLAS, M. F.. Transcritoma da resposta de Klebisiella pneumoniae à polimixina B e abordagem computacional para priorização de alvos moleculares. 2016. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: William Kelbert Nitschke

DARDENNE, L. E.; NETZ, P. A.; CARLINI, C. R. R. S.; CANTO, L. F.; STASSEN, H.. Dinâmica Molecular de Jaburetox e Peptídeos Derivados em Bicamada Fosfolipídica. 2016. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Renata De Paris

DARDENNE, L. E.; Ruiz, D.D.A.; Souza, O.N.; FERRETO, T. C.; CARVALHO, A. C. P. L. F.. An Effective Method to Optimize Docking- Based Virtual Screening in a Clustered Fully-Flexible Receptor Model Deployed on Cloud Platforms. 2016. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

Aluno: Sandro Carvalho Isidoro

DARDENNE, L. E.; PAPPA, G. L.; SILVEIRA, C. H.; BLEICHER, L.; FERREIRA, R. S.. Algoritmos Genéticos para Identificação de Sítios Ativos em Enzimas. 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Karine Damásio Guimarães

DARDENNE, L. E.; MADUREIRA, A. L.; SILVA FILHO, A. C. R.; MADUREIRA, D. Q. M.; WEDEMANN, R. S.. Influência da Nicotina no Foco de Atenção: Um Modelo Neurocomputacional para os Circuitos da Recompensa e Tálamo-Cortical. 2015. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Priscila da Silva Figueiredo Celestino Gomes

TCHERTANOV, L.;DARDENNE, L. E.; SILVA, C. O.; VILLAR, J. D. F.; TODESCHINE, A.. Oncogenic Mechanisms of Activation and Resistance of the type III Receptor Tyrosine Kinase family. 2015. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Pedro Victor Renault de Barros

DARDENNE, L. E.; BISCH, Paulo Mascarelo; LIMA, A. P. C. A.; ALMEIDA, Fabio Ceneviva Lacerda; FOLLMER, C.. Estudos Computacionais sobre a Dinâmica Conformacional e a Modulação Alostérica em Cisteíno-Proteases. 2015. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Rodrigo Vargas Honorato

OLIVEIRA, P. S. L.;DARDENNE, L. E.; DELBEM, A. C. B.; TINOS, R.; AMBROSIO, A. L. B.. Implementação de uma abordagem híbrida utilizando modelagem comparativa e ab initio para predição de estrtuturas tridimensionais de proteínas contendo múltiplos domínios com conectores flexíveis. 2015. Tese (Doutorado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Vinicius Schmitz Nunes

CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala; BORGES, C. C. H.;DARDENNE, L. E.CAFFARENA, Ernesto Raul; FARIA-PINTO, P.; SANTOS, H. F.; FONSECA, L. G.. Análise comparativa das Ecto-NTPDase 1 de Homo sapiens e Schistosoma mansoni por meio de modelagem tridimensional, dinâmica molecular e docking receptor-ligante. 2015. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

Aluno: Tácio Vinício Amorim Fernandes

DARDENNE, L. E.; ALMEIDA, Fabio Ceneviva Lacerda; CALIRI, A.; BISCH, Paulo Mascarelo;PASCUTTI, Pedro Geraldo. Desenvolvimento e Aplicação de Métodos Computacionais para Predição de Estrutura de Proteínas. 2014. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Eduardo Krempser da Silva

DARDENNE, L. E.BARBOSA, Hélio José Correa; EBECKEN, N. F. F.; TAKAHASHI, R. H. C.; EVSUKOFF, A. G.. Uso de Metamodelos na Evolução Diferencial para Problemas Envolvendo Simulações de Alto Custo Computacional. 2014. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Eduardo Thomaz Vasconcelos Trevisol

DARDENNE, L. E.; MESQUITA, J. F.; ALMEIDA, R. V.; SANTOS, A. L. S.; LOMELI, M. M.. Regulação da Via de Síntese de Trealose em Saccharomyces cerevisiae e sua Potencial Utilização como Alvo para Novas Drogas. 2014. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Jaqueline da Silva Angelo

BARBOSA, Hélio José CorreaDARDENNE, L. E.; EBECKEN, N. F. F.; TAKAHASHI, R. H. C.; RAUPP, Fernanda Maria Pereira; EVSUKOFF, A. G.. Metaheurísticas para Problemas de Otimização em Dois Níveis. 2014. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Evandro Pizeta Semighini

DARDENNE, L. E.; MONTANARI, C. A.; COSTA, F. B.; EMERY, F. S.; SILVA, C. H. T. P.. Planejamento Racional de Inibidores da Beta-secretase em Mal de Alzheimer. 2013. Tese (Doutorado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Marx Gomes van der Lnden

DARDENNE, L. E.; ARAUJO, A. F. P.; OLIVEIRA, L. C.; BARBOSA, M. A. A.; TREPTOW, W. L.. Simulação do Enovelamento de Proteínas com Potenciais de Enterramentos Atômicos Dependentes da Sequência. 2013. Tese (Doutorado em Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular) - Universidade de Brasília.

Aluno: Amanda de Moraes Maia

DARDENNE, L. E.; ABREU, H. N. S.; PINTO, L. F. R.; SILVA, R.. Estudo da Estrutura e Função do Marcador de Agressividade Tumoral TWIST1 em Câncer de Mama. 2012. Tese (Doutorado em Oncologia) - Instituto Nacional de Câncer.

Aluno: Márcia Mártyres Bezerra

DARDENNE, L. E.; DAVILA, A. M. R.; SEIBEL, L. F. B.. Modelagem Conceitual de Bancos de Dados Biológicos. 2012. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Karina dos Santos Machado

DARDENNE, L. E.; Souza, O.N.; Ruiz, D.D.A.; Amorim, H.L.N.A.; Werhli, A.V.. Seleção Eficiente de Conformações de Receptor Flexível em Simulações de Docagem Molecular. 2011. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

Aluno: Manuela Leal da Silva

BISCH, Paulo Mascarelo;DARDENNE, L. E.; VonKruger, W.M.A; Braz, G.R.C.;PASCUTTI, Pedro Geraldo. Modelagem molecular de proteínas da bactéria endofítica Gluconacetobacter diazotrophicus: Análise em larga escala e de proteínas potencialmente envolvidas na associação planta-bactéria. 2011. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Adão Lincon Bezerra Montel

MUNDIM, Kléber CarlosDARDENNE, L. E.; Mundim, M. S. P.;WERNECK, A. S.; Martins, J. B. L.. Estudo do Mecanismo de Ação e Desenvolvimento de Medicamentos Tripanocidas. 2011. Tese (Doutorado em Química) - Universidade de Brasília.

Aluno: Teobaldo Ricardo Cuya Guizado

Anteneodo, C.;DARDENNE, L. E.CAFFARENA, Ernesto Raul; Pimentel, A.S.; Mattos, M.O.M.. Abordagem Computacional da Estrtutura da Albumina Sérica Humana: Efeitos do Heme. 2011. Tese (Doutorado em Física) - Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro.

Aluno: Alessandro Silva de Nascimento

POLIKARPOV, I.;DARDENNE, L. E.; SKAF, M. S.; GARRAT, R. C.; ANTONINI, S. R. R.. Estudos Estruturais do Receptor de Hormônio Tireoidiano, do Receptor de Mineralocorticóide e do Receptor Ativado por Proliferadores Peroxissomais. 2009. Tese (Doutorado em Doutorado em Fisica Aplicada - Instituto de Física de São Carlos/USP/SÃO CA) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Leonardo Goliatt da Fonseca

DARDENNE, L. E.BARBOSA, Hélio José Correa; EBECKEN, N. F. F.; COUTINHO, A. L. G. A.. Algoritmos Genéticos Asssitidos por Metamodelos Baseados em Similaridade. 2009. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Sidney Jurado de Carvalho

DARDENNE, L. E.; SILVA, F. L. B.; SILVA, M. A. A.; RUGGIERO, J. R.; TIERA, M. J.. Estudo dos Aspectos Eletrostáticos da Interação entre Polieletrólitos e Macroíons. 2008. Tese (Doutorado em Ciências Biomoleculares e Farmacológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Flávia Paiva Agostini

DARDENNE, L. E.PASCUTTI, Pedro GeraldoCAFFARENA, Ernesto RaulSILVA, Renato Simões; CALIRI, A.. Mapeamento de Parâmetros do Simulated Annealing Generalizado para o problema do Enovelamento de Proteínas.. 2008. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Amanda Castro Oliveira

DARDENNE, L. E.; PORTUGAL, Renato; FRAGOSO, Marcelo; Lavor C.C.; Abal G.. Simulação de Caminhos Quânticos em Redes Bidimensionais. 2007. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Sidarta Araújo de Lima

DARDENNE, L. E.; Murad M.A.; Moyne C.; Stemmelen D.; GALEÃO, Augusto César Nogueira Rodrigues; Lomba R.F.T.; GUIMARAES, L.; Azevedo R.F.. Multiescala do Acoplamento Eletro-Químico em um Meio Poroso Argiloso com Dependência do PH. 2007. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Jean Faber Ferreira de Abreu

DARDENNE, L. E.; PORTUGAL, Renato; ROSA, Luiz Pingueli; BEVILACQUA, Luiz; FRAGOSO, Marcelo Dutra; DONANGELO, Raul Jose; OLIVEIRA JUNIOR, Ivan dos Santos. Jogos Quânticos a Partir de Hamiltonianos Biofísicos e um Critério de Otimozação Sub-Neural da Informação. 2005. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Luciano Bedin

DARDENNE, L. E.; THOMPSON, Mark; MIRANDA, Manoel Antolino Mila; ZINGANO, Pauo R Avila. Movimento de Partículas Carregadas em Fluidos Ionizados: Fundamentos Matemáticos da Teoria de Eletroforese Capilar. 2005. Tese (Doutorado em Matemática Aplicada) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Emerson Gonçalves Moreira

DARDENNE, L. E.; COUTINHO, K. R.; ANJO, J. V.; LINS NETO, R. D.. ENGENHARIA COMPUTACIONAL DE POTENCIAIS INIBIDORES PROTEICOS CAPAZES DE BLOQUEAR O PROCESSO DE DIMERIZAÇÃO DA PROTEASE PRINCIPAL DO VÍRUS SARS-COV-2. 2022. Exame de qualificação (Doutorando em Programa de Pós-Graduação em Química) - Universidade Federal de Pernambuco.

Aluno: Crisciele Fontana

EMMANUEL DARDENNE, LAURENT; HORTA, B. A. C.. Conformational Description of Compounds with Antiviral, Antitumor and Anxiolityc Activities. 2020. Exame de qualificação (Doutorando em Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Rafael Ferreira Soares

DARDENNE, LAURENT E.; SANT?ANNA, Carlos Maurício Rabello de.  Análise da interação intermolecular entre inibidores e a enzima Ribose-5-fostato isomerase de Trypanosoma cruzi.. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: VANESSA DOS SANTOS SILVA

Dardenne, L.E.; SANT?ANNA, Carlos Maurício Rabello de.  Estudo conformacional e modulação da proteína NF-κB na via de sinalização de processos inflamatórios produzidos pelo complexo Mycobacterium tuberculosis (MTC). 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Vinicius Schmitz Pereira Nunes

DARDENNE, L. E.; FARIA-PINTO, P.; SANTOS, R. W.. Modelagem Comparativa e Dinâmica Molecular da Isoforma 1 da ATP difosfohidrolase de Schistosoma mansoni. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

Aluno: Jorge Luís Soares de Pina

DARDENNE, L. E.; BLEICHER, L.. Desenvolvimento de novos Algoritmos bio-inspirados para docagem molecular de ligantes peptídicos. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Jaqueline da Silva Angelo

DARDENNE, L. E.; Loula , A.; NISSAN, J.. Algoritmos de Colônia de Formigas para Problemas de Otimização em Dois Níveis. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Eduardo Krempser da Silva

BARBOSA, Hélio José Correa; NISSAN, J.; Loula , A.;DARDENNE, L. E.. Uso de Metamodelos na Evolução Diferencial para Problemas de Grande Porte. 2011. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Aline Rossi da Silveira

CAFFARENA, Ernesto RaulDARDENNE, L. E.. Estudo computacional da interação entre inibidores derivados de naftoquinonas e a enzima topoisomerase humana. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Leonardo Golliat da Fonseca

DARDENNE, L. E.; RAUPP, Fernanda; KRITZ, Maurício; TOLEDO, Elson Magalhães. Meta-Modelos em Algorítmos Genéticos para Otimização Estrutural. 2006. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Pedro Loureiro

DARDENNE, L. E.; VALENTE, Ana Paula; BISCH, Paulo Mascarelo. RMN e Estruturas de Proteínas. 2006 - Instituto de biofísica Carlos Chagas Filho.

Aluno: Eduardo Henrique da Rocha Coppoli

DARDENNE, L. E.; KARAM FILHO, José; MURAD, Marcio; NISSAN, J.. O Método de Elementos Finitos (MEF) Aplicados ao Eletromagnetismo e Considerações e Motivações do Uso de um Método sem malha (MESHLESS) para Problemas desta Natureza. 2006. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Flávio Pietrobon Costa

DARDENNE, L. E.; MURAD, Marcio;SILVA, Renato Simões; KARAM, Jose. Acoplamento de escoamento em rede fluvial e subsuperficial: um modelo de elementos finitos estabilizados. 2005. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Jean Felix de Oliveira

DARDENNE, L. E.; GALEÃO, Augusto César Nogueira Rodrigues; SOUZA, Carlos Emanuel de; RAUPP, Fernanda Maria Pereira. Assimilação de Dados em Oceanografia e Meterologia. 2005. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Sidarta Araújo de Lima

DARDENNE, L. E.; GALEÃO, Augusto César Nogueira Rodrigues; VALENTIM, Frederic Gerard C; ALMEIDA, Regina Celia Cerqueira de. Modelagem em duas Escalas do Transporte de Solutos Iônicos em Meios Porosos Argilosos. 2005. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Anderson Fernandes Pereira dos Santos

DARDENNE, L. E.; GALEÃO, Augusto César Rodrigues; OLIVEIRA, Fabiano Saldanha Gomes de; RAUPP, Fernanda. Modelagem Numérica de Desempenho do Método de Krilov. 2004. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Rosa Luz Medina Aguilar

DARDENNE, L. E.; KARAM FILHO, José; FRAGOSO, Marcelo; MALTA, Sandra Mc. Escoamentos Saturados em Meios Porosos Elásticos Heterogêneos. 2004. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Flávia Paiva Agosuini

DARDENNE, L. E.SILVA, Renato SimõesBARBOSA, Hélio José Correa; GIRALDI, Gilson. Folding de Proteinas Aplicado a uma Plataforma de Computação em Grid. 2003. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Cleverson A

DARDENNE, L. E.; RAUPP, Fernanda Maria Pereira;SILVA, Renato Simões; GALEÃO, Augusto. veronez. Estudo da Interação de Mutantes da Proteasee HIV-1 com Drogas Anti-Virais através de Dinâmica Molecular Aplicada em uma Plataforma de Computação em GRID. 2003. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Lucas Tricarico Barcellos

Dardenne, L.E.Guedes, I.A.; SINATTI, V. V. C.. Estudo do impacto funcional de mutações em NFKBIA descritas em pacientes com displasia ectodérmica anidrótica associada com imunodeficiência. 2019. Exame de qualificação (Mestrando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Pedro Ivo Neves de Almeida

DARDENNE, L. E.Guedes, I.A.; SINATTI, V. V. C.. Estudo computacional da estabilidade dos substratos da proteína ribose-5-fosfato isomerase de Trypanosoma cruzi e humana. 2019. Exame de qualificação (Mestrando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Lincon Onório Vidal

DE MAGALHAES, C S;DARDENNE, LAURENT E.; KREMPSER, E.; LIMA, P. M. V.. Um Algoritmo de Seleção Clonal Adaptativo para Problemas de Otimização. 2018.

Dardenne, L.E.; SETUBAL, J. C.; PORTUGAL, R.; RUEDAS, E. P.; RUSSO, C. A. M.. Professor Titular 1. 2024. Laboratório Nacional de Computação Científica.

Dardenne, L.E.; TINOCO, L. W.; REIS, E. M. R.; NAKAYA, H. T. I.; SETUBAL, J. C.. Biologia Celular e do Desenvolvimento: Bioinformática. 2025. Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Dardenne, L.E.; BARREIRO, Eliezer de Jesus; GARRAT, R. C.; Souza, O.N.; FERNANDES, J. R. M.. Biologia Estrutural. 2019. Universidade Federal do Rio de Janeiro.

KRIEGER, M. A.;DARDENNE, L. E.; SOUTO, F.. Dinâmica Estrutural Aplicada à Proteínas Virais de Interesse para a Saúde Públic - FIOCRUZ/PE. 2014. Fundação de Assistência ao Trabalhador da Fiocruz.

Degrave W; SENGER, H.;DARDENNE, L. E.. Computação Científica em Modelagem Molecular. 2014. Fundação Oswaldo Cruz.

DARDENNE, L. E.; BERNARDINO, A. M. R.; GONCALVES, J. C. S.. Professor Auxiliar 40 horas/DE - Setor Estágio, Iniciação Científica, Introdução à Pesquisa Científica e Modelagem Molecular - FIOCRUZ/CE. 2013. Faculdade de Farmaçia UFRJ.

DARDENNE, L. E.; STRUCHINER, Cláudio; Franco, G.R.. Concurso Público para provimento de vaga de Especialista em Ciência, Tecnologia, Produção e Inovação em Saúde Pública - Perfil Bioinformática. 2011. Fundação Oswaldo Cruz.

DARDENNE, L. E.; SANT?ANNA, Carlos Maurício R. de. Concurso Público para provimento de vaga com pefril em Bioinformática com Ênfase em Proteômica. 2011. Fundação Oswaldo Cruz.

DARDENNE, L. E.; SANTANNA, Carlos Maurício R; FRAGA, Carlos Alberto Manssour; Rodrigues, CR; Sa Silva, THA. Concurso Público para provimento de vaga de professor adjunto 40 horas / DE - Bioinformática Aplicada ao Planejamento de Fármacos. 2010. Faculdade de Farmaçia UFRJ.

DARDENNE, L. E.. Participação no Comitê de Seleção de Pesquisadores Visitantes - FIOCRUZ/RJ. 2007. Fundação Oswaldo Cruz.

DARDENNE, L. E.. Participação no Comitê de Seleção de Pesquisadores Visitantes - FIOCRUZ/RJ. 2006. Fundação Oswaldo Cruz.

DARDENNE, L. E.. Avaliação anual dos trabalhos e linhas de pesquisa do Laboratório de Avaliação e Síntese de Substâncias Bioativas/LASSBio. 2001. Laboratório de Avaliação e Síntese de Substâncias Bioativas Faculdade de Fa.

Orientou

José Renato Duarte Fajardo

Construção de Banco de Dados para Desenvolvimento de Funções Scoring Receptor-Ligante; Início: 2023; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

[Nome removido após solicitação do usuário]

Desenvolvimento de Metodologias de Docking Multiligantes; Início: 2022; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica; (Orientador);

Leon Sulfierry Corrêa Costa

Inteligência Artificial aplicada na Identificação de Alvos Moleculares; Início: 2022; Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica; (Orientador);

Ana Luiza Martins Karl

Atracamento Molecular Receptor-Ligante Utilizando A Metiodologia de Ensemble Docking; Início: 2019; Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; (Orientador);

Alex Fabricio Sanchez Yumbo

Prediction of antimicrobials combination activity through the use of chemBERTa pre-trained model representation; ; 2025; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ; Coorientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Francisco De Jesus Otalora Goicochea

"IMPACTO DAS PONTES SALINAS NA ESTRUTURA DA OLIGOPEPTIDASE B EM LEISHMANIA: UMA ANÁLISE COMPUTACIONAL?,; 2024; Dissertação (Mestrado em NANOBIOSSISTEMAS) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Coorientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Lincon Onório Vidal

Desenvolvimento de funções de pontuação para predição de afinidade proteína-ligante utilizando Redes Neurais Profundas; 2022; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Leon Sulfierry Corrêa Costa

Da sequência genômica ao inibidor: uma abordagem computacional no estudo das mutações críticas da proteína Spike em SARS-CoV-2; 2022; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Nicolau Gonçalves Borsato

Desenvolvimento de Funções Empíricas Quântico-Clássicas para a Predição da Afinidade Proteína-Ligante; 2020; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Matheus Muller Pereira da Silva

DockTDeep: Um Programa para Desenvolvimento de Funções Scoring para Triagem Virtual de Compostos usando Redes Neurais Profundas; 2020; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Ana Luiza Martins Karl

Inclusão da Flexibilidade do Receptor no Programa DockThor através da Abordagem de Soft Docking; 2019; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Ronniery Ilario Pereira

Busca de inibidores multialvo das enzimas CYP51 e DECR de Trypanosoma cruzi para o tratamento da doença de Chagas; 2019; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, ; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Emerson Correia Lima

Estimação de Qualidade de Modelos de Proteínas por Métodos de Aprendizagem Profunda; 2018; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Coorientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Felipe Siconha

Validação de Funções empíricas para Predição da Afinidade de Ligação Proteína-Ligante em Estudos de Triagem Virtual em Larga Escala; 2017; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Paulo Roberto Teixeira Werdt

Predição de Estruturas de Proteínas Utilizando Restrições de RMN e um Modelo Coarse Grained; 2014; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Karina Baptista dos Santos

Predição de Estrutura de Proteínas Utilizando Restrições de Ângulos Diedrais; 2014; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Diogo Marinho Almeida

Dockthor: Implementação Aprimoramento e Validação de um Programa de Docking Receptor-Ligante; 2011; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Raphael Trevizani

Biblioteca de Fragmentos para a Predição de Estruturas de Proteínas; 2011; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Luiz Phillippe Ribeiro Baptista

Modelagem Molecular da Ribose-5-Fosfato Isomerase de Leishmania Major e de Homo sapiens: Predição de Estruturas e Estudos de Atracamento Molecular; 2011; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Isabella Alvim Guedes

Estudo Estrutural e de Propriedades de Reconhecimento Receptor-Ligante dos Alvos IKK-1, IKK-2 e MAPKp38 Utilizando Técnicas de Modelagem Molecular; 2011; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Gregório Kappaun Rocha

Implementação e Análise de Modelos de Solvatação para a Predição Ab Initio de Estruturas de Proteínas; 2011; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Marx Gomes Van der Linden

Resolução de Estruturas de Proteínas Utilizando-se Dados de RMN a partir de um Algorítmo Genético de Múltiplos Mínimos; 2009; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Reinaldo Bellini Gonçalves

Desenvolvimento e Validação de novos Métodos de distribuição da População Inicial em Algoritmos Genéticos para o Problema de Docking Proteína-Ligante; 2008; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Thais Gaudencio do Rêgo

Construção de Funções Empíricas Utilizando Rede Neural para Determinação de Constamtes de Afinidade Receptor-Ligante; 2008; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Rosemberg de Oliveira Soares

Análise do Impacto do Polimorfismo Genético do Subtipo C do HIV-1 na Interação da Protease Viral com o Inibidor Nelfinavir por Modelagem e Dinâmica Molecular; 2008; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Priscila Vanessa Zabala Capriles Goliatt

Técnicas de Bioinformática e Modelagem Computacional Aplicadas ao Estudo do Genoma de Trypanosoma cruzi e de Enzimas Consideradas de Interesse no Tratamento da Doença de Chagas; 2007; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Fernanda Guedes Oliveira

Estudo do Perfil de Interação de Fosfodiesterase 4 com seus Inibidores; 2005; 120 f; Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ; Coorientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Matheus Muller Pereira da Silva

DockTDesign: Uma Plataforma de Inteligência Artificial Generativa para Predição de Afinidade e Desenho de Fármacos de novo; 2025; Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Aaron Bruno Leão

Estratégias de otimização e paralelização massiva do programa de atracamento molecular DockThor; 2022; Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Paulo Roberto Teixeira Werdt

Desenvolvimento de algoritmos evolucionistas para aprimorar a metodologia PSP de novo do programa Rosetta; 2021; Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Karina Baptista dos Santos

Desenvolvimento de Estratégias para uso de Mapas de Contato em Problemas de Predição de Estruturas de Proteínas; 2018; Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Isabella Alvim Guedes

Development of Empirical Scoring Functions For Predicting Protein-Ligand Binding Affinity; 2016; Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Gregório Kappaun Rocha

Desenvolvimento de Metodologias para Predição de Estruturas de Proteínas Independente de Moldes; 2015; Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Raphael Trevizani Roque de Oliveira

Desenvolvimento de Metodologias De Novo para Predição de Estruturas de Proteínas; 2014; Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Priscila Vanessa Zabala Capriles Goliatt

Desenvolvimento e Implementação de um Modelo Coarse-Grained para Predição de Estruturas de Proteínas; 2011; Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Fábio Lima Custódio

Algorítmos Genéticos para Predição Ab Inito de Estrutura de Proteínas; 2008; Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Camila Silva de Magalhães

Agorítmos Genéticos para o Problema de Docking Proteína-Ligante; 2006; 202 f; Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Isabella Alvim Guedes

2022; Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Laurent Emmanuel Dardenne;

Jaqueline Angelo

2022; Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Laurent Emmanuel Dardenne;

Karina Baptista dos Santos

2018; Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Laurent Emmanuel Dardenne;

Gregório Kappaun Rocha

2015; Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Laurent Emmanuel Dardenne;

Camila Silva de Magalhães

2009; Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Laurent Emmanuel Dardenne;

Juliana do Nascimento Amaral,

Desenvolvimento de um conjunto de teste para complexos de inclusão de ciclodextrinas; Otimização e validação por meio do DockThor; ; 2024; Iniciação Científica; (Graduando em modelagem computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, CNPq; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Julia Francisco dos Santos

Seleção de Conformações Representativas da Proteína Mpro do Vírus SARS-CoV-2 Visando a Descoberta de Novos Tratamentos para a COVID-19; 2024; Iniciação Científica; (Graduando em modelagem computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Ana Júlia Ferreira Fagundes

Análise computacional da dinâmica molecular da enzima N-Acetyl-L-glutamate kinase associada à super-resistência bacteriana em Klebsiella pneumoniae?; 2024; Iniciação Científica; (Graduando em modelagem computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Aldo Patrick Assumpção Corrêa

Construção dos Bancos de Ligantes e Alvos Moleculares para o Portal de Triagem Virtual DockThor-VS; 2018; Iniciação Científica; (Graduando em modelagem computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Ana Luiza Martins Karl

Modelagem Molecular de Inibidores Potentes e Seletivos para a Enzima Acetilcolinesterase; 2016; Iniciação Científica; (Graduando em modelagem computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Victor Crisóstomo Cruz Reis

MHOLline 2; 0; 2016; Iniciação Científica; (Graduando em modelagem computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Frederico Carlos

DESENVOLVIMENTO DE UM PORTAL PARA O PROGRAMA DE PREDIÇÃO DE ESTRUTURAS DE PROTEÍNAS GAPF; 2012; Iniciação Científica; (Graduando em modelagem computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Karina Baptista dos Santos

CONSTRUÇÃO DE BIBLIOTECAS DE FRAGMENTOS PARA A PREDIÇÃO DE ESTRUTURAS DE PROTEÍNAS; 2011; Iniciação Científica - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Lucas de Azevedo Vizani

ANÁLISE COMPARATIVA DE PROGRAMAS DE ATRACAMENTO MOLECULAR; 2011; Iniciação Científica - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Cezar Taniguchi Dias Tamer

Metodologias de Superposição de Estruturas de Proteínas; 2008; Iniciação Científica - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Damásio Antônio Alves Ferreira

DESENVOLVIMENTO DO PORTAL MHOLline: SISTEMA COMPUTACIONAL PARA MODELAGEM COMPARATIVA EM GENÔMICA ESTRUTURAL; 2006; Iniciação Científica - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Lucas de Azevedo Vizani

Análise de Desempenho do Programa DockThor e Estudos de Triagem Virtual de Fármacos na Enzima MAPKp38; 2015; Orientação de outra natureza - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Diogo Marinho Almeida

Desenvolvimento de um Ambiente |Computacional para Triagem Virtual de Ligantes em Larga Escala; 2011; Orientação de outra natureza - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Produções bibliográficas

DOS REIS, VITOR EDUARDO NARCISO ; FRANCO, GRAZIELLA DOS REIS ROSA ; DE SOUZA, MIKAELA LUCINDA ; DA SILVA, MATHEUS MÜLLER PEREIRA ; ALVIM GUEDES, ISABELLA ; Dardenne, Laurent Emmanuel ; VIEGAS JR, CLAUDIO ; CARDOSO, CARMEN LÚCIA . Evaluation of novel selective MAO-B inhibitors using immobilized enzymes on magnetic beads. JOURNAL OF PHARMACEUTICAL AND BIOMEDICAL ANALYSIS , v. 268, p. 117200, 2026.
CASTAÑEDA-VALENCIA, GLORIA ; GAMA, LUCAS F. ; PANNEERSELVAM, MURUGESAN ; VAISS, VIVIANE S. ; GUEDES, ISABELLA A. ; DARDENNE, LAURENT E. ; COSTA, LUCIANO T. . Methodological Approach Based on Structural Parameters, Vibrational Frequencies, and MMFF94 Bond Charge Increments for Platinum-Based Compounds. ACS Omega , v. 1, p. 1, 2025.
DE SOUZA, MIKAELA LUCINDA ; DE PAIVA, JOÃO PEDRO BARROS ; FRANCO, GRAZIELLA DOS REIS ROSA ; GONTIJO, VANESSA SILVA ; ALVES, MARINA AMARAL ; DE SOUZA, HYGOR MARCOS RIBEIRO ; LONTRA, ANNA CAROLINA PEREIRA ; DE OLIVEIRA, EDUARDO ARAÚJO ; GIORNO, THAÍS BIONDINO SARDELLA ; GUEDES, ISABELLA ALVIM ; Dardenne, Laurent Emmanuel ; FERNANDES, PATRÍCIA DIAS ; VIEGAS JR., CLAUDIO . Design, Synthesis, and Evaluation of Antinociceptive Properties of Novel CBD-Based Terpene-Cinnamoyl-Acyl-Hydrazone Analogues. PHARMACEUTICALS , v. 18, p. 755, 2025.
FRANCO, G. R. R. ; FERNANDES, I. M. ; SOUZA, M. L. ; GONTIJO, V. S. ; ALVES, M. A. ; SOUZA, H. M. R. ; INVENCIO, C. G. G. ; LONTRA, A. C. P. ; PAIVA, J. P. B. ; SANTOS, L. N. ; SILVA, A. C. M. ; GIORNO, T. B. S. ; Guedes, I.A. ; Dardenne, L.E. ; FERNANDES, P. D. ; VIEGAS JR, C. . New Cannabidiol Structure-Related Terpene N-Acyl-Hydrazones with Potent Antinociceptive and Anti-inflammatory Activity. Future Medicinal Chemistry , v. 1, p. 1-12, 2025.
FRANCO, GRAZIELLA DOS REIS ROSA ; GONTIJO, VANESSA SILVA ; VIEGAS, FLÁVIA PEREIRA DIAS ; SILVA, MATHEUS DE FREITAS ; ORTIZ, CINDY JULIET CRISTANCHO ; DAMÁSIO, CAIO MIRANDA ; SILVA, ISABELLA MARIE FERNANDES ; CAMPOS, THÂMARA GASPAR ; REIS, ERIK VINICIUS DE SOUSA ; CLARINDO, FELIPE ALVES ; MORAES, THAÍS DE FÁTIMA SILVA ; SILVA, MATHEUS MÜLLER PEREIRA DA ; FRANÇA, PATRÍCIA RIBEIRO DE CARVALHO ; GUEDES, ISABELLA ALVIM ; Dardenne, Laurent Emmanuel ; REIS, JORDANA GRAZZIELA ALVES COELHO DOS ; FERNANDES, PATRÍCIA DIAS ; VIEGAS, CLAUDIO . Novel Multifunctional Cannabidiol-Based Analogues with In Silico, In Vitro, and In Vivo Anti-SARS-CoV-2 Effect. PHARMACEUTICALS , v. 18, p. 1565-1585, 2025.
GUEDES, ISABELLA ALVIM ; PEREIRA DA SILVA, MATHEUS MÜLLER ; GALHEIGO, MARCELO ; KREMPSER, EDUARDO ; DE MAGALHÃES, CAMILA SILVA ; CORREA BARBOSA, HELIO JOSÉ ; Dardenne, Laurent Emmanuel . DockThor-VS: A Free Platform for Receptor-Ligand Virtual Screening. JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY , v. 1, p. 168548, 2024.
ANGELO, JAQUELINE S. ; GUEDES, ISABELLA A. ; BARBOSA, HELIO J. C. ; DARDENNE, LAURENT E. . Multi-and many-objective optimization: present and future in de novo drug design. Frontiers in Chemistry , v. 11, p. 1-19, 2023.
CRISTANCHO ORTIZ, CINDY JULIET ; DE FREITAS SILVA, MATHEUS ; PRUCCOLI, LETIZIA ; FONSECA NADUR, NATHÁLIA ; DE AZEVEDO, LUCIANA LUÍZA ; KÜMMERLE, ARTHUR EUGEN ; GUEDES, ISABELLA ALVIM ; Dardenne, Laurent Emmanuel ; LEOMIL COELHO, LUIZ FELIPE ; GUIMARÃES, MARCOS J. ; DA SILVA, FERNANDA M. R. ; CASTRO, NEWTON ; GONTIJO, VANESSA SILVA ; ROJAS, VIVIANA C. T. ; DE OLIVEIRA, MERELYM KETTERYM ; VILELA, FABIANA CARDOSO ; GIUSTI-PAIVA, ALEXANDRE ; BARBOSA, GISELE ; LIMA, Lídia Moreira ; PINHEIRO, GABRIELA BESERRA ; et.al . Design, synthesis, and biological evaluation of new thalidomide-donepezil hybrids as neuroprotective agents targeting cholinesterases and neuroinflammation. Rsc Medicinal Chemistry , v. 1, p. 1, 2022.
MACEDO VAZ, SARAH ; DE FREITAS SILVA, MATHEUS ; DOS REIS ROSA FRANCO, GRAZIELLA ; JORGE R. GUIMARÃES, MARCOS ; MOTTA R. DA SILVA, FERNANDA ; GONÇALVES CASTRO, NEWTON ; ALVIM GUEDES, ISABELLA ; DARDENNE, LAURENT E. ; AMARAL ALVES, MARINA ; GARRETT DA COSTA, RAFAEL ; BESERRA PINHEIRO, GABRIELA ; GERMINO VERAS, LETÍCIA ; RENATA MORTARI, MÁRCIA ; PRUCCOLI, LETIZIA ; TAROZZI, ANDREA ; VIEGAS, CLÁUDIO . Synthesis and biological evaluation of 4-hydroxy-methylpiperidinyl-N-benzyl-acylarylhydrazone hybrids designed as novel multifunctional drug candidates for Alzheimer?s disease. BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY , v. 71, p. 116952-11, 2022.
SILVA, DEBORAH NASCIMENTO SANTOS ; BELTRAME, CRISTIANA OSSAILLE ; BOTELHO, ANA MARIA NUNES ; MARTINI, CAROLINE LOPES ; ESTEVES, MATHEUS ASSIS CÔRTES ; GUEDES, ISABELLA ALVIM ; Dardenne, Laurent Emmanuel ; FIGUEIREDO, AGNES MARIE SÁ . Anti-Restriction Gene Homologs Are Highly Represented in Methicillin-Resistant and Multidrug-Resistant Staphylococcus aureus ST239 and ST398: Implications for Resistance Gene Acquisitions. ANTIBIOTICS-BASEL , v. 11, p. 1217, 2022.
GONÇALVES, Reinaldo Bellini ; Guedes, I.A. ; CIAPINA, L. P. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; DARDENNE, L. E. ; NICOLAS, M. F. . Analysis of a novel class A β-lactamase OKP-B-6 of Klebsiella quasipneumoniae: structural characterisation and interaction with commercially available drugs. MEMORIAS DO INSTITUTO OSWALDO CRUZ , v. 117, p. 1, 2022.
SILVA, KEILA DE CÁSSIA FERREIRA DE ALMEIDA ; TEIXEIRA, FELIPE LOPES ; PAIVA, DIANA LEGAL FERREIRA ; MARTINS, ISABELLE RUIZ ; Dardenne, Laurent Emmanuel ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; GUEDES, ISABELLA ALVIM ; PAULA, GERALDO RENATO DE ; TEIXEIRA, LENISE ARNEIRO . Carbapenem resistance in non-carbapenemase-producing Pseudomonas aeruginosa strains: the role importance of OprD and AmpC. RESEARCH, SOCIETY AND DEVELOPMENT , v. 11, p. e287111335164, 2022.
PIRES, DIEGO A.T. ; GUEDES, ISABELLA A. ; PEREIRA, WAGNER L. ; TEIXEIRA, RÓBSON R. ; DARDENNE, LAURENT E. ; NASCIMENTO, CLAUDIA J. ; FIGUEROA-VILLAR, JOSÉ D. . Isobenzofuran-1(3H)-ones as new tyrosinase inhibitors: Biological activity and interaction studies by molecular docking and NMR. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS , v. 1869, p. 140580-140590, 2021.
Guedes, I.A. ; BARRETO, A. M. S. ; ALMEIDA, D. M. ; KREMPSER, E. ; KUENEMANN, M. A. ; SPERANDIO, O. ; Dardenne, L.E. ; MITEVA, M. A. . New machine learning and physics‑based scoring functions for drug discovery. Scientific Reports , v. 11, p. 3198-3216, 2021.
CÂMARA, VIKTOR ; SOARES, ANA JULIA ; BISCUSSI, BRUNELLA ; MURRAY, ANA PAULA ; GUEDES, ISABELLA ; DARDENNE, LAURENT ; RUARO, THAÍS ; ZIMMER, ALINE ; CESCHI, MARCO . Expedient Microwave-Assisted Synthesis of Bis(n)-lophine Analogues as Selective Butyrylcholinesterase Inhibitors: Cytotoxicity Evaluation and Molecular Modelling. JOURNAL OF THE BRAZILIAN CHEMICAL SOCIETY , v. 1, p. 1-13, 2021.
GUEDES, ISABELLA A. ; COSTA, LEON S. C. ; DOS SANTOS, KARINA B. ; KARL, ANA L. M. ; ROCHA, GREGÓRIO K. ; TEIXEIRA, IURY M. ; GALHEIGO, MARCELO M. ; MEDEIROS, VIVIAN ; KREMPSER, EDUARDO ; CUSTÓDIO, FÁBIO L. ; BARBOSA, HELIO J. C. ; NICOLÁS, MARISA F. ; DARDENNE, LAURENT E. . Drug design and repurposing with DockThor-VS web server focusing on SARS-CoV-2 therapeutic targets and their non-synonym variants. Scientific Reports , v. 11, p. 5543-20, 2021.
TORRES, MARIA CELESTE ; MARTINS KARL, ANA LUIZA ; MÜLLER PEREIRA DA SILVA, MATHEUS ; Dardenne, Laurent Emmanuel ; BISPO DE FILIPPIS, ANA MARIA . In Silico Analysis of Dengue Virus Serotype 2 Mutations Detected at the Intrahost Level in Patients with Different Clinical Outcomes. MICROBIOLOGY SPECTRUM , v. 9, p. e00256-21, 2021.
SILVA, M. F. ; LIMA, E. T. ; PRUCCOLI, L. ; CASTRO, N. G. ; GUIMARAES, M. ; SILVA, F. M. R. ; NADUR, N. F. ; AZEVEDO, L. ; KUMMERLE, A. ; Guedes, I.A. ; Dardenne, L.E. ; GONTIJO, V. ; TAROZZI, A. ; VIEGAS JR, C. . Design, Synthesis and Biological Evaluation of Novel Triazole N-acylhydrazone Hybrids for Alzheimer?s Disease. MOLECULES , v. 25, p. 3165-3182, 2020.
SANTOS, KARINA B. ; GUEDES, ISABELLA A. ; KARL, ANA L. M. ; DARDENNE, LAURENT E. . Highly Flexible Ligand Docking: Benchmarking of the DockThor Program on the LEADS-PEP Protein-Peptide Data Set. Journal of Chemical Information and Modeling , v. 60, p. 667-683, 2020.
CESCHI, MARCO ; PILOTTI, RENAN ; LOPES, JOÃO ; DAPONT, HENRIQUE ; DA ROCHA, JOÃO ; AFOLABI, BLESSING ; GUEDES, ISABELLA ; DARDENNE, LAURENT . An Expedient Synthesis of Tacrine-Squaric Hybrids as Potent, Selective and Dual-Binding Cholinesterase Inhibitors. JOURNAL OF THE BRAZILIAN CHEMICAL SOCIETY , v. 31, p. 857-866, 2020.
ORTIZ, CINDY JULIET CRISTANCHO ; DAMASIO, CAIO MIRANDA ; PRUCCOLI, LETIZIA ; NADUR, NATHÁLIA FONSECA ; DE AZEVEDO, LUCIANA LUIZA ; GUEDES, ISABELLA ALVIM ; Dardenne, Laurent Emmanuel ; KÜMMERLE, ARTHUR EUGEN ; TAROZZI, ANDREA ; VIEGAS, CLAUDIO . Cinnamoyl-N-Acylhydrazone-Donepezil Hybrids: Synthesis and Evaluation of Novel Multifunctional Ligands Against Neurodegenerative Diseases. NEUROCHEMICAL RESEARCH , v. 45, p. 3003-3020, 2020.
ROSSI, ARTUR DUQUE ; OLIVEIRA, PEDRO HENRIQUE EVELING ; SIQUEIRA, DIMITRI GUGLINSKI ; REIS, VICTOR CRISÓSTOMO CRUZ ; Dardenne, Laurent Emmanuel ; GOLIATT, PRISCILA VANESSA ZABALA CAPRILES . MHOLline 2.0: Workflow for automatic large-scale modeling and analysis of proteins. REVISTA MUNDI ENGENHARIA, TECNOLOGIA E GESTÃO , v. 5, p. 283, 2020.
BAPTISTA, L. P. R. ; SINATTI, V. V. C. ; SILVA, João Hermínio Martins da ; DARDENNE, L. E. ; GUIMARAES, A. C. . Computational evaluation of natural compounds as potential inhibitors of human PEPCK-M: an alternative for lung cancer therapy. ADVANCES AND APPLICATIONS IN BIOINFORMATICS AND CHEMISTRY , v. 12, p. 15-32, 2019.
LOPES, JOÃO PAULO BIZARRO ; SILVA, LUANA ; CESCHI, MARCO ANTONIO ; LÜDTKE, DIOGO SEIBERT ; ZIMMER, ALINE RIGON ; RUARO, THAIS CARINE ; DANTAS, RAFAEL FERREIRA ; DE SALLES, CRISTIANE MARTINS CARDOSO ; SILVA-JR, FLORIANO PAES ; SENGER, MARIO ROBERTO ; BARBOSA, GISELE ; LIMA, Lídia Moreira ; GUEDES, ISABELLA ALVIM ; Dardenne, Laurent Emmanuel . Synthesis of new lophine-carbohydrate hybrids as cholinesterase inhibitors: cytotoxicity evaluation and molecular modeling. MedChemComm , v. 1, p. 1, 2019.
DIAS VIEGAS, FLÁVIA PEREIRA ; DE FREITAS SILVA, MATHEUS ; DIVINO DA ROCHA, MIGUEL ; CASTELLI, MAÍSA ROSA ; RIQUIEL, MARIANA MÁXIMO ; MACHADO, RAFAEL PEREIRA ; VAZ, SARAH MACEDO ; SIMÕES DE LIMA, LAÍS MEDEIROS ; MANCINI, KARLA CRISTINE ; MARQUES DE OLIVEIRA, PATRÍCIA CRUZ ; MORAIS, ÉLIDA PARREIRA ; GONTIJO, VANESSA SILVA ; DA SILVA, FERNANDA MOTTA R. ; D'ALINCOURT DA FONSECA PEÇANHA, DORA ; CASTRO, NEWTON GONÇALVES ; NEVES, GILDA A. ; GIUSTI-PAIVA, ALEXANDRE ; VILELA, FABIANA CARDOSO ; ORLANDI, LIDIANE ; DARDENNE, L. E. ; et.al . Design, synthesis and pharmacological evaluation of N -benzyl-piperidinyl-aryl-acylhydrazone derivatives as donepezil hybrids: Discovery of novel multi-target anti-alzheimer prototype drug candidates. EUROPEAN JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY , v. 147, p. 48-65, 2018.
FREITAS, ROSANA H. C. N. ; CORDEIRO, NATÁLIA M. ; CARVALHO, PATRÍCIA R. ; ALVES, MARINA A. ; GUEDES, ISABELLA A. ; VALERIO, TAYNA S. ; DARDENNE, LAURENT E. ; LIMA, LÍDIA M. ; BARREIRO, ELIEZER J. ; FERNANDES, PATRÍCIA D. ; FRAGA, CARLOS A. M. . Discovery of naphthyl- N -acylhydrazone p38α MAPK inhibitors with in vivo anti-inflammatory and anti-TNF-α activity. Chemical Biology & Drug Design , v. 91, p. 391-397, 2018.
GUEDES, ISABELLA A. ; PEREIRA, FELIPE S. S. ; DARDENNE, LAURENT E. . Empirical Scoring Functions for Structure-Based Virtual Screening: Applications, Critical Aspects, and Challenges. Frontiers in Pharmacology , v. 9, p. 1-18, 2018.
LOPES, JOÃO PAULO BIZARRO ; SILVA, LUANA ; DA COSTA FRANARIN, GABRIELA ; ANTONIO CESCHI, MARCO ; SEIBERT LÜDTKE, DIOGO ; FERREIRA DANTAS, RAFAEL ; DE SALLES, CRISTIANE MARTINS CARDOSO ; PAES SILVA-JR, FLORIANO ; ROBERTO SENGER, MARIO ; ALVIM GUEDES, ISABELLA ; EMMANUEL DARDENNE, LAURENT . Design, synthesis, cholinesterase inhibition and molecular modelling study of novel tacrine hybrids with carbohydrate derivatives. BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY , v. 1, p. 1-10, 2018.
THOMPSON, HELEN NATHALIA ; THOMPSON, CLAUDIA ELIZABETH ; ANDRADE CACERES, RAFAEL ; Dardenne, Laurent Emmanuel ; NETZ, PAULO AUGUSTO ; STASSEN, HUBERT . Prion protein conversion triggered by acidic condition: a molecular dynamics study through different force fields. JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY , v. 39, p. 2000-2011, 2018.
Trevizani R ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; DOSSANTOS, K. B. ; Dardenne, Laurent E . Critical Features of Fragment Libraries for Protein Structure Prediction. Plos One , v. 1, p. 1-22, 2017.
VIEGAS JR, C. ; DIAS, K. S. T. ; PAULA, C. T. ; SANTOS, T. ; SOUZA, I. O. ; BONI, M. S. ; GUIMARAES, M. R. ; SILVA, F. R. ; CASTRO, N. G. ; NEVES, G. A. ; VELOSO, C. C. ; COELHO, M. M. ; MELO, I. F. ; GIUSTI, F. V. ; GIUSTI-PAIVA, A. ; SILVA, M. L. ; Dardenne, L.E. ; Guedes, I.A. ; PRUCCOLI, L. ; MORRONI, F. ; et.al . Design, synthesis and evaluation of novel curcumin-donepezil hybrids as potential multitarget drugs for the treatment of Alzheimer's disease. European Journal of Medicinal Chemistry , v. 130, p. 440-457, 2017.
DE V.C. SINATTI, VANESSA ; BAPTISTA, LUIZ PHILLIPPE R. ; Alves-Ferreira, Marcelo ; DARDENNE, LAURENT ; DA SILVA, JOÃO HERMÍNIO MARTINS ; GUIMARÃES, ANA CAROLINA . In silico identification of inhibitors of ribose 5-phosphate isomerase from Trypanosoma cruzi using ligand and structure based approaches. JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING , v. 77, p. 168-180, 2017.
LOPES, JOÃO ; DA COSTA, JESSIE ; CESCHI, MARCO ; GONÇALVES, CARLOS ; KONRATH, EDUARDO ; KARL, ANA ; GUEDES, ISABELLA ; DARDENNE, LAURENT . Chiral Bistacrine Analogues: Synthesis, Cholinesterase Inhibitory Activity and a Molecular Modeling Approach. JOURNAL OF THE BRAZILIAN CHEMICAL SOCIETY , v. 28, p. 2218-2228, 2017.
GUEDES, ISABELLA A. ; FREITAS, ROSANA H. C. N. ; CORDEIRO, NATÁLIA M. ; NASCIMENTO, THAÍS S. DO ; VALERIO, TAYNA S. ; FERNANDES, PATRÍCIA D. ; DARDENNE, LAURENT E. ; FRAGA, CARLOS A. M. . LASSBio-1829 Hydrochloride: Development of a New Orally Active N -Acylhydrazone IKK2 Inhibitor with Anti-inflammatory Properties. Chemmedchem (Print) , v. 11, p. 234-244, 2016.
RAMUNDO, MARIANA SEVERO ; BELTRAME, CRISTIANA OSSAILLE ; BOTELHO, ANA MARIA NUNES ; COELHO, LEONARDO ROCCHETTO ; SILVA-CARVALHO, MARIA CICERA ; FERREIRA-CARVALHO, BERNADETE TEIXEIRA ; NICOLÁS, MARISA FABIANA ; GUEDES, ISABELLA ALVIM ; Dardenne, Laurent Emmanuel ; O?GARA, JAMES ; FIGUEIREDO, AGNES MARIE SÁ . A unique SaeS allele overrides cell-density dependent expression of saeR and lukSF-PV in the ST30-SCCmecIV lineage of CA-MRSA. International Journal of Medical Microbiology (Print) , v. 306, p. 367-380, 2016.
CESCHI, MARCO ANTONIO ; DA COSTA, JESSIE SOBIESKI ; LOPES, JOÃO PAULO BIZARRO ; CÂMARA, VIKTOR SARAIVA ; CAMPO, LEANDRA FRANCISCATO ; BORGES, ANTONIO CÉSAR DE AMORIM ; GONÇALVES, CARLOS ALBERTO SARAIVA ; DE SOUZA, DANIELA FRAGA ; KONRATH, EDUARDO LUIS ; KARL, ANA LUIZA MARTINS ; GUEDES, ISABELLA ALVIM ; Dardenne, Laurent Emmanuel . Novel series of tacrine-tianeptine hybrids: Synthesis, cholinesterase inhibitory activity, S100B secretion and a molecular modeling approach. European Journal of Medicinal Chemistry , v. 121, p. 758-772, 2016.
CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; BAPTISTA, L. P. ; Guedes, I.A. ; GUIMARAES, A. C. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; Marcelo Alves-Ferreira ; Dardenne, L.E. . Structural Modeling and Docking Studies of Ribose 5-Phosphate Isomerase from Leishmania major and Homo sapiens: A Comparative Analysis for Leishmaniasis Treatment. Journal of Molecular Graphics & Modelling , v. 55, p. 134-147, 2015.
DE MAGALHÃES, CAMILA SILVA ; ALMEIDA, DIOGO MARINHO ; BARBOSA, HELIO JOSÉ CORREA ; Dardenne, Laurent Emmanuel . A dynamic niching genetic algorithm strategy for docking highly flexible ligands. Information Sciences , v. 289, p. 206-224, 2014.
CUSTÓDIO, Fábio Lima ; BARBOSA, HELIO J.C. ; Dardenne, Laurent Emmanuel . A multiple minima genetic algorithm for protein structure prediction. Applied Soft Computing (Print) , v. 15, p. 88-99, 2014.
GUEDES, ISABELLA A. ; MAGALHÃES, CAMILA S. ; DARDENNE, LAURENT E. . Receptor-ligand molecular docking. Biophysical Reviews , v. 6, p. 75-87, 2014.
Belarmino, L.C. ; Capriles, P.V.S.Z. ; Crovella, S. ; Dardenne, L.E. ; Benko-Iseppon, A.M. . EST-Database Search of Plant Defensins - An Example Using Sugarcane, a Large and Complex Genome. Current Protein and Peptide Science , v. 11, p. 248-254, 2010.
SILVA, João Hermínio Martins da ; Dardenne, Laurent Emmanuel ; SAVINO, Wilson ; CAFFARENA, Ernesto Raul . Analysis of α4 β1integrin specific antagonists binding modes: structural insights by molecular docking, molecular dynamics and linear interaction energy method for free energy calculations. Journal of the Brazilian Chemical Society (Impresso) , v. 21, p. 546-555, 2010.
Soares, Rosemberg O. ; Batista, Paulo R. ; Costa, Mauricio G.S. ; Dardenne, Laurent E. ; Pascutti, Pedro G. ; Soares, Marcelo A. . Understanding the HIV-1 protease nelfinavir resistance mutation D30N in subtypes B and C through molecular dynamics simulations. Journal of Molecular Graphics & Modelling , p. 137-147, 2010.
Capriles, Priscila VSZ ; Guimaraes, Ana CR ; Otto, Thomas D ; Miranda, Antonio B ; Dardenne, Laurent E ; Degrave, Wim M . Structural Modelling and Comparative Analysis of Homologous, Analogous and Specific Proteins from Trypanosoma cruzi versus Homo sapiens: Putative Drug Targets for Chagas' Disease Treatment. BMC GENOMICS , v. 11, p. 610, 2010.
Alves-Ferreira, Marcelo ; Guimarães, Ana Carolina Ramos ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; DARDENNE, L. E. ; Degrave, Wim M . A new approach for potential drug target discovery through in silico metabolic pathway analysis using Trypanosoma cruzi genome information. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Impresso) , v. 104, p. 1100-1110, 2009.
WERNECK, A. S. ; R FILHO, Tarcísio M ; DARDENNE, L. E. . General Methodology to Optimize Damping Functions to Account for Charge Penetration Effects in Electrostatic Calculations Using Multicentered Multipolar Expansions. Journal of Physical Chemistry. A, Molecules, Spectroscopy, Kinetics, Environment, & General Theory , v. 112, p. 268-280, 2008.
CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; DARDENNE, L. E. . Molecular Dynamics Simulations of Cruzipains 1 and 2 at Different Temperatures. Lecture Notes in Computer Science , v. 4643, p. 158-162, 2007.
CUSTÓDIO, Fábio Lima ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . Genetic Algorithm for Finding Multiple Low Energy Conformations of Poly Alanine Sequences Under an Atomistic Protein Model. Lecture Notes in Computer Science , v. 4643, p. 163-166, 2007.
OLIVEIRA, Fernanda Guedes ; SANT?ANNA, Carlos Maurício Rabello de ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; DARDENNE, L. E. ; BARREIRO, Eliezerj . Molecular docking study and development of an empirical binding free energy model for phosphodiesterase 4 inhibitors. Bioorganic & Medicinal Chemistry (Print) , v. 14, p. 6001-6011, 2006.
SILVA, Alan Wilter da ; BARROS, Carla Osthoff Ferreira de ; OLIVEIRA, Cristiane ; GOMES, Diego Henry Barreto ; HILL, Eduardo ; DARDENNE, L. E. ; BARROS, Patricia ; LOUREIRO, Pedro A A G ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . The BioPAUÁ Project: A Portal for Molecular Dynamics Using Grid Environment. Lecture Notes in Computer Science (LNCS) , v. 3594, p. 214-217, 2005.
MAGALHÃES, Camila Silva de ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . Selection-Insertion Schemes in Genetic Algorithms for the Flexible Ligand Docking Problem. Lecture Notes in Computer Science , v. 3102, n.1, p. 368-379, 2004.
MAGALHÃES, Camila Silva de ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . A genetic algorithm for the ligand-protein docking problem. Genetics and Molecular Biology , v. 27, n.4, p. 605-610, 2004.
DALL'IGNA JÚNIOR, Alcino ; SILVA, Renato Simões ; MUNDIM, Kléber Carlos ; DARDENNE, L. E. . Performance and parametrization of the algorithm Simplified Generalized Simulated Annealing. Genetics and Molecular Biology , v. 27, n.4, p. 616-622, 2004.
CUSTÓDIO, Fábio Lima ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . Investigation of the three-dimensional HP protein folding model using a genetic algorithm. Genetics and Molecular Biology , v. 27, n.4, p. 611-615, 2004.
DARDENNE, L. E. ; WERNECK, A. S. ; OLIVEIRA NETO, M. ; BISCH, Paulo Mascarelo . Electrostatic Properties in the Catalytic Site of Papain: A Possible Regulatory Mechanism for the Reactivity of the Ion pair. Proteins , v. 52, n.2, p. 236-253, 2003.
DARDENNE, L. E. ; WERNECK, A. S. ; OLIVEIRA NETO, M. ; BISCH, Paulo Mascarelo . Reassociation of Fragments Using Multicentered Multipolar Expansions: Peptide Junction Treatments to Investigate Electrostatic Properties of Proteins. Journal of Computational Chemistry , v. 22, n.7, p. 689-701, 2001.
DARDENNE, L. E. ; MAKIUCHI, N. ; MALBOOUISSON, L. A. ; VIANNA, J. D. M. . Multiplicity, Instability and SCF Convergence Problems in Hartree-Fock Solutions. International Journal of Quantum Chemistry , v. 76, n.5, p. 600-610, 2000.
COSTA, L. S. C. ; Guedes, I.A. ; FANTICELLI, H. C. ; NICOLAS, M. F. ; Dardenne, L.E. . Integrating Computational Approaches from Non-synonymous Sequence Variations to Molecular Structure for Drug Repositioning Targeting the SARS-CoV-2 Spike Protein. Computer-Aided Drug Discovery and Design. 1ed.: Springer International Publishing, 2024, v. 2, p. 223-254.
MÜLLER PEREIRA DA SILVA, MATHEUS ; Guedes, I.A. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; KREMPSER, E. ; Dardenne, L.E. . Deep Learning Strategies for Enhanced Molecular Docking and Virtual Screening. Computer-Aided Drug Discovery and Design. 1ed.: Springer International Publishing, 2024, v. 1, p. 177-221.
CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; Trevizani R ; ROCHA, G. K. ; DARDENNE, L. E. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima . Modelos Tridimensionais. In: Hugo Verli. (Org.). Bioinformática da Biologia à Flexibilidade Molecular. 1ed.: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2014, v. 1, p. 148-181.
Guedes, I.A. ; DE MAGALHAES, C S ; DARDENNE, L. E. . Atracamento Molecular. In: Hugo Verli. (Org.). Bioinformática da Biologia à Flexibilidade Molecular. 1ed.: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2014, v. 1, p. 189-218.
Ana Carolina Ramos Guimarães ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; Miranda, Antonio B ; Degrave WM ; Dardenne, L.E. . High-Throughput Genome Analysis for Structure-Based Rational Drug Design: Comparative Genome Analysis and Protein Modeling.. Introduction to Sequence and Genome Analysis II. 1ed.: iConcept Press, 2012, v. 2, p. 1-17.
MAGALHÃES, Camila Silva de ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . Métodos de Docking Receptro-Ligantepara o Desenho Racional de Compostos Bioativos. In: Nelson H. Morgon; Kaline Coutinho. (Org.). Métodos de Química Teórica e Modelagem Molecular. 1ed.São Paulo: Editora Livraria da Física, SP., 2007, v. , p. 489-531.
DA SILVA, MATHEUS MULLER PEREIRA ; ANGELO, JAQUELINE SILVA ; GUEDES, ISABELLA ALVIM ; Dardenne, Laurent Emmanuel . A Generative Evolutionary Many-Objective Framework: A Case Study in Antimicrobial Agent Design. In: GECCO '24 Companion: Genetic and Evolutionary Computation Conference Companion, 2024, Melbourne VIC Australia. Proceedings of the Genetic and Evolutionary Computation Conference Companion, 2024. p. 1623.
ROCHA, GREGORIO K. ; DOS SANTOS, KARINA B. ; ANGELO, JAQUELINE S. ; CUSTODIO, FABIO L. ; BARBOSA, HELIO J.C. ; DARDENNE, LAURENT E. . Inserting Co-Evolution Information from Contact Maps into a Multiobjective Genetic Algorithm for Protein Structure Prediction. In: 2018 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), 2018, Rio de Janeiro. 2018 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), 2018. v. 1. p. 1-8.
LIMA, EMERSON CORREIA ; CUSTODIO, FABIO LIMA ; ROCHA, GREGORIO KAPPAUN ; DARDENNE, LAURENT E. . Estimating Protein Structure Prediction Models Quality Using Convolutional Neural Networks. In: 2018 International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN), 2018, Rio de Janeiro. 2018 International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN), 2018. v. 1. p. 1-6.
SANTOS, KARINA B. ; ROCHA, GREGORIO K. ; CUSTODIO, FABIO L. ; BARBOSA, HELIO J. C. ; DARDENNE, LAURENT E. . Improving de novo protein structure prediction using contact maps information. In: 2017 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB), 2017, Manchester. 2017 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB), 2017. p. 1.
ROCHA, GREGORIO K. ; ANGELO, JAQUELINE S. ; SANTOS, KARINA B. ; CUSTODIO, FABIO L. ; DARDENNE, LAURENT E. ; BARBOSA, HELIO J.C. . Using an aggregation tree to arrange energy function terms for protein structure prediction. In: 2017 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB), 2017, Manchester. 2017 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB), 2017. p. 1.
ROCHA, GREGÓRIO KAPPAUN ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; BARBOSA, HELIO J.C. ; Dardenne, Laurent Emmanuel . Using Crowding-Distance in a Multiobjective Genetic Algorithm for Protein Structure Prediction. In: the 2016, 2016, Denver. Proceedings of the 2016 on Genetic and Evolutionary Computation Conference Companion - GECCO '16 Companion, 2016. p. 1285.
ROCHA, GREGORIO KAPPAUN ; CUSTODIO, FABIO LIMA ; BARBOSA, HELIO JOSE CORREA ; Dardenne, Laurent Emmanuel . A multiobjective approach for protein structure prediction using a steady-state genetic algorithm with phenotypic crowding. In: 2015 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB), 2015, Niagara Falls. 2015 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB), 2015. p. 1.
SANTOS, KARINA B. ; CUSTODIO, FABIO L. ; BARBOSA, HELIO J. C. ; DARDENNE, LAURENT E. . Genetic operators based on backbone constraint angles for protein structure prediction. In: 2015 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB), 2015, Niagara Falls. 2015 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB), 2015. p. 1.
DOSSANTOS, K. B. ; Trevizani R ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; DARDENNE, L. E. . Profrager Web Server: Fragment Libraries Generation for Protein Structure Prediction. In: The 16th International Conference on Bioinformatics & Computational Biology - BIOCOMP'15, 2015, Las Vegas. Anais do 16th International Conference on Bioinformatics & Computational Biology - BIOCOMP'15, 2015. p. 1.
DE MAGALHAES, CAMILA SILVA ; DIAS, VANESSA ; Dardenne, Laurent Emmanuel . Comparison of differential evolution variants for the molecular ligand-receptor docking problem. In: 2015 Latin America Congress on Computational Intelligence (LACCI), 2015, Curitiba. 2015 Latin America Congress on Computational Intelligence (LA-CCI). p. 1.
MAGALHÃES, Camila Silva de ; BARBOSA, C. H. S. ; ALMEIDA, D. M. ; Dardenne, L.E. . Improving Differential Evolution Accuracy for Flexible Ligand Docking Using a Multi-solution Strategy. In: 13th International Conference on Intelligent Data Engineering and Automated Learning, 2012, Natal. Lecture Notes in Computer Science, 2012. v. 7435. p. 688-698.
CUSTÓDIO, Fábio Lima ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . Full-Atom Ab Initio Protein Structure Prediction with a Genetic Algorithm using a Similarity-based Surrogate Model. In: IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), 2010, 2010, Barcelona - Espanha. IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), 2010, 2010. p. 1-8.
ROSSLE, Shaila Cíntia Sykora ; CARVALHO, Paulo C ; DARDENNE, L. E. ; BISCH, Paulo Mascarelo . Development of A Computational Environment for Protein Structure Prediction and Functional Analysis. In: II Workshop Brasileiro de Bioinformática, 2003, Macaé - RJ. Anais do II Workshop Brasileiro de Bioinformática, 2003. p. 57-63.
CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; DARDENNE, L. E. . Ab initio Protein Structure Prediction via Genetic Algorithms using a Coarse-grained Model for Side Chains. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB2010), 2010, Búzios - RJ. Anais do Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB2010), 2010.
Gomes L.S.A ; Lifschitz, S. ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; DARDENNE, L. E. . A Provenance Model for Bioinformatics Workflows. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB2010), 2010, Búzios - RJ. Anais do Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB2010), 2010.
Belarmino LC ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; Barbosa-Silva, A. ; DARDENNE, L. E. . In Silico Screening and Comparative Modeling of Sugarcane Defensins. In: Sixth International Meeting on Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics, 2010, Genova - Itália. Proceedings of CIBB 2009, 2009.
Belarmino, L. C. ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; Barbosa-Silva, A. ; DARDENNE, L. E. ; Cabral, D. G. A. ; Crovella, S. ; Benko-Iseppon, A. M. . In Silico Screening and Comparative Modeling of Sugarcane Defensins. In: Sixth International Meeting on Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics, 2009, Genova - Italia. Proceedings of CIBB 2009, 2009.
GAUDENCIO, Thais ; GONÇALVES, Reinaldo Bellini ; MAGALHÃES, Camila Silva de ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . Development of a Docking Methodology Using a Multi_Solution Genetic Algorithm and a Neural Network. In: 4th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2008, Porto de Galinhas - PE. Anais do 4th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry - Drug Design, 2008.
CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; ROSSLE, Shaila Cíntia Sykora ; GUIMARÃES, Ana Carolina R ; CATANHO, Marcos ; BISCH, Paulo M ; DARDENNE, L. E. . A Trypanosoma cruzi Genome Study by Sequence-Structure HighThroughput Comparative Modelling: A First Step Towards the Identification of Potential Molecular Targets for Chagas Disease. In: 14th Internationl Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2006, Fortaleza, 2006.
DARDENNE, L. E. ; GAUDENCIO, Thais ; BARBOSA, Hélio José Correa . Construction of Scoring Functions Using a Neural Network for determination of Affinities Constants. In: 14th Internationl Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2006, Fortaleza, 2006.
WERNECK, A. S. ; R FILHO, Tarcísio M ; DARDENNE, L. E. . A General Methodology to Optimize Damping Functions to Account for Charge Penetration Effects in Electrostatic Calculations using Multicentered Multipolar Expansions. In: XII Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2003, Caxambú - MG. Anais do XII SBQT, 2003. p. 069-069.
MATTOS, M. ; MARTINS, G. ; Guedes, I.A. ; Dardenne, Laurent Emmanuel ; SILVA, A. S. . ENZYMATIC CONVERSION OF PROCYANIDINS FROM AÇAÍ SEEDS AND PROPOSED MECHANISM BY MOLECULAR DOCKING. In: XXIII Simpósio Nacional de Bioprocessos- SINAFERM, 2022, Búzios. Anais do XXIII Simpósio Nacional de Bioprocessos- SINAFERM,, 2022.
KARL, A. L. M. ; Guedes, I.A. ; Dardenne, L.E. . Inclusion of Receptor Flexibility in the DockThor Program through the Soft Docking Approach. In: ( BrazMedChem, 2019, Pirenópolis-GO. Anais do 9 BrazMedChem, 2019.
Guedes, I.A. ; BARRETO, A. M. S. ; KREMPSER, E. ; MAGALHÃES, Camila Silva de ; Dardenne, L.E. . DockThor-VS: A Free Docking Server For Protein-Ligand Virtual Screening using the Supercomputer SDumont. In: 9BrazMedChem, 2019, Pirenópolis-GO. Anais do 9 BrazMedChem, 2019.
CRISTANCHO, C. ; GONTIJO, V. ; FONSECA, N. N. ; AZEVEDO, L. ; KUMMERLE, A. ; GUIMERAES, M. J. R. ; SILVA, F. ; CASTRO, N. ; Guedes, I.A. ; DARDENNE, L. E. ; VIEGAS JR, C. . Design, synthesis and evaluation of novel thalidomide-donepezil hybrids as new inhibitors of AChE for the treatment of Alzheimer?s disease. In: ( BrazMedChem, 2019, Pirenópolis-GO. Anais do 9 BrazMedChem, 2019.
CUSTÓDIO, Fábio Lima ; DARDENNE, LAURENT . GAPF_LNCC: an automated method for protein structure prediction with a multiple minima genetic algorithm. In: CASP 13, 2018, Cancun - México. Anais CASP13, 2018.
PEREIRA, F. S. ; Guedes, I.A. ; DARDENNE, LAURENT E. . Evaluation of Empirical Scoring Functions for Virtual Screening Docking Experiments. In: 45a. Reunião Anual a Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2016, Natal - RN. Anais do 45a. Reunião Anual a Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2016.
VIZANI, L. A. ; Guedes, I.A. ; ALMEIDA, D. M. ; DE MAGALHAES, C S ; Dardenne, L.E. . Comparative Analysis of Docking Programs Using Distinct Protein-Ligand Test Sets. In: XVIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2015, Pirenópolis - GO. Anais do XVIII SBQT, 2015.
VIZANI, L. A. ; Guedes, I.A. ; ALMEIDA, D. M. ; DE MAGALHAES, C S ; Dardenne, L.E. . DockThor: Analysis of Protein-ligand docking performance using curated test sets. In: 40 Congresso da SBBF, 2015, Rio de Janeiro - RJ. Anais do 40 Congresso da SBBF, 2015.
Dardenne, Laurent E ; Guedes, I.A. ; KREMPSER, E. ; ALMEIDA, D. M. ; DE MAGALHAES, C S . DockThor: A Free Protein-Ligand Docking Web Server. In: XXIII International Symposium on Medicinal Chemistry (EFMC-ISMC 2014), 2014, Lisboa. Anais do XXIII International Symposium on Medicinal Chemistry (EFMC-ISMC 2014), 2014.
Guedes, I.A. ; KREMPSER, E. ; ALMEIDA, D. M. ; DE MAGALHAES, C S ; Dardenne, L.E. . The DockThor Portal: a Free Protein-Ligand Docking Server. In: XLII Annual Meeting of SBBq, 2013, Foz do Iguaçu - PR. Anais da XLii SBBq, 2013.
Trevizani R ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; Dardenne, L.E. . Genetic Algorithm for Fragment-Based Protein Structure Prediction. In: XLII Annual Meeting of SBBq, 2013, Foz do Iguaçu - PR. Anais da XLii SBBq, 2013.
ROCHA, G. K. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; Dardenne, L.E. . How do Implicit Solvation Models are Affected by Different SASA Calculation Models. In: XLII Annual Meeting of SBBq, 2013, Foz do Iguaçu - PR. Anais da XLii SBBq, 2013.
SANTOS, K. B. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; Dardenne, L.E. . Template Free Protein Structure Prediction Using Backbone Constraint Angles. In: XLII Annual Meeting of SBBq, 2013, Foz do Iguaçu - PR. Anais da XLii SBBq, 2013.
Guedes, I.A. ; FRAGA, Carlos Alberto Manssour ; Dardenne, L.E. . MOLECULAR MODELING OF IKK2 TARGET: STRUCTURAL AND LIGAND BINDING PROPERTIES STUDIES. In: XXII International Symposium on Medicinal Chemsitry, 2012, Berlim - Alemanha. Anais do XXII International Symposium on Medicinal Chemsitry, 2012.
Guedes, I.A. ; FRAGA, Carlos Alberto Manssour ; Dardenne, L.E. . Structural and Ligand Binding Properties Studies of the Target IKK2 by Molecular Modeling Techniques. In: XLI Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq), 2012, Foz do Iguaçu. Anais da XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2012.
FREITAS, R. H. C. N. ; Guedes, I.A. ; Dardenne, L.E. ; FRAGA, Carlos Alberto Manssour . Síntese de novos derivados N-acilidrazônicos planejados como inibidores de IkappaB quinase-β (IKKβ). In: 35 Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2012, Águas de Lindóia. Anais da 35 Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2012.
Trevizani R ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; Dardenne, L.E. . Fundamental Features of Protein Prediction Using Fragment Libraries. In: 11th European Conference on Computational Biology, 2012, Base - Suiça. Anals of the 11th European Conference on Computational Biology, 2012.
ROCHA, G. K. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; Dardenne, L.E. . Protein Structure Predcition and Solvation Models Evaluation. In: 11th European Conference on Computational Biology, 2012, Basel - Suiça. Anals of the 11th European Conference on Computational Biology, 2012.
Guedes, I.A. ; FRAGA, Carlos Alberto Manssour ; Dardenne, L.E. . Improving Molecular Docking of the Target p38alpha MAP Kinase Through an Ensemble Docking Strategy. In: 11th European Conference on Computational Biology, 2012, Basel - Suiça. Anals of the 11th European Conference on Computational Biology, 2012.
DE MAGALHAES, C S ; BARBOSA, C. H. S. ; ALMEIDA, D. M. ; Dardenne, L.E. . Comparison of Multi-Solution Evolutionary Algorithms for the Molecular Docking Problem. In: II Latin American Federation of Biophysical Societies Congress, 2012, Búzios - Brasil. Book of Abstracts of the II Latin American Federation of Biophysical Societies Congress, 2012.
ROCHA, G. K. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; Dardenne, L.E. . Analysis of Implicit Solvation Models in the Context of Ab Initio Protein Structure Prediction. In: II Latin American Federation of Biophysical Societies Congress/XXXVII Brazilian Biophysical Society Congress, 2012, Búzios - Brasil. Abstract Book of the II Latin American Federation of Biophysical Societies Congress, 2012.
VIZANI, L. A. ; Guedes, I.A. ; Dardenne, L.E. . Dockthor: Analysis of Docking Performance Through Comparative Study Using a Diverse and High Quality Test Set. In: XLI Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq), 2012, Foz do Iguaçu. Anais do XLI Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq), 2012.
ROCHA, G. K. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; Dardenne, L.E. . Evaluate Solvation Models Concerning their Capacity to Distinguish Correctly Folded Structures from Incorrectly Folded and Unfolded. ectly Folded and Unfolded. In: XLI Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq), 2012, Foz do Iguaçu. Anais da XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2012.
ROCHA, G. K. ; CUSTODIO, Fausto Lima ; Dardenne, L.E. . Analysis of Solvation Models During the Thermal Unfolding of Proteins. In: 5th LNCC Meeting on Computational Modeling, 2012, Petrópolis. Abstarct Bokk of the 5th LNCC Meeting on Computational Modeling, 2012.
Trevizani R ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; Soares, Rosemberg O. . Evaluation of the best Features of a Fragment Library for Fragment-based Method for Protein Structure Prediction. In: XLI Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq), 2012, Foz do Iguaçu. Anais da XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2012.
Guedes, I.A. ; FRAGA, Carlos Alberto Manssour ; Dardenne, L.E. . Structural and Ligand Binding Properties Studies of the IKK2 Molecular Target. In: 5th LNCC Meeting on Computational Modeling, 2012, Petrópolis. Book of Abstracts of the 5th LNCC Meeting on Computational Modeling, 2012.
VIZANI, L. A. ; Guedes, I.A. ; ALMEIDA, D. M. ; DE MAGALHAES, C S ; Dardenne, L.E. . Comparative Analysis of Receptor-Ligand Docking Programs. In: II Latin American Federation of Biophysical Societies Congress, 2012, Búzios - Brasil. Abnstract Book of the II Latin American Federation of Biophysical Societies Congress, 2012.
ALMEIDA, D. M. ; MAGALHÃES, Camila Silva de ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . Dockthor: Development and Validation of a New Docking Program using a Diverse Set of Ligands. In: XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2011, Ouro Preto - MG. Anais do XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2011.
Rocha, G.K. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; DARDENNE, L. E. . Implementation of a SASA calculation method and a comparative analysis of its impact on different implicit solvation models. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C) and 3rd International Conference of the IberoAmerican Society for Bioinformatics (SoIBio) - X-Meeting 2011, 2011, Florianópolis - SC. Anais do X - Meeting 2011, 2011.
Guedes, I.A. ; FRAGA, Carlos Alberto Manssour ; DARDENNE, L. E. . Molecular Modeling of IKKalpha; and IKKbeta: model generation and docking study. In: 5th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2010, Ouro Preto - MG. Anais do 5th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2010.
Guedes, I.A. ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; DARDENNE, L. E. . Comparative modeling of 2,4dienoyl CoA reductase from Trypanosoma cruzi and Homo sapiens: Insights for ligand docking studies. In: : 5th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2010, Ouro Preto - MG. Anais do : 5th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2010.
BAPTISTA, L. P. R. ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; DARDENNE, L. E. . Structure prediction and substrate docking of Leishmania major and Homo sapiens Ribose5phosphate isomerase. In: 5th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2010, Ouro Preto - 2010. Anais do 5th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2010.
Rocha, G.K. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; DARDENNE, L. E. . ANALYSIS OF SOLVATION MODELS DURING THE THERMAL UNFOLDING OF PROTEINS. In: X-MEETING 2010, 2010, Ouro Preto - MG. Anais do X-Meeting 2010, 2010.
ALMEIDA, D. M. ; MAGALHÃES, Camila Silva de ; DARDENNE, L. E. . DOCKTHOR: SOFTWARE FOR LIGAND FLEXIBLE DOCKING USING A GENETIC ALGORITHM AND MMFF94 FORCE FIELD. In: 5th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2010, Ouro Preto - MG. Anais do 5th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2010.
DOSSANTOS, K. B. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; DARDENNE, L. E. . PROFRAGER: AN INTERACTIVE WEB PORTAL FOR CREATING FRAGMENTS LIBRARIES OF PROTEIN STRUCTURES. In: X-Meeting 2010, 2010, Ouro Preto - MG. Anais do X-Meeting 2010, 2010.
FERREIRA, D. A. A. ; DARDENNE, L. E. ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala . MHOLline: Portal para Modelagem Comparativa em Grande Escala Usando Workflow. In: II Encontro Acadêmico de Modelagem Computacional do LNCC, 2009, Petrópolis - RJ. Anais do II Encontro Acadêmico de Modelagem Computacional do LNCC, 2009.
SOARES, Rosemberg de Oliveira ; Batista, PR ; DARDENNE, L. E. ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; SOARES, M. A. . Analise do Impacto da mutaçao D30N na lateraçao das caracteristicas estruturais das proteases dos subtipos B e C do HIV-1 por dinamica molecular. In: XV Simposio Barsileiro de Quimica Teorica, 2009, Poços de Caldas - MG. Anais do XV Simposio Barsileiro de Quimica Teorica, 2009. p. 131-131.
SANTOS, K. B. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; DARDENNE, L. E. . Construçao de Bibliotecas de Fragmentos para Prediçao Ab Initio de Estruturas de Proteinas. In: XV Simposio Barsileiro de Quimica Teorica, 2009, Poços de Caldas - MG. Anais do XV Simposio Barsileiro de Quimica Teorica, 2009. p. 259-259.
CUSTÓDIO, Fábio Lima ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . Algoritmos Genéticos para predição ab initio de estrutura de proteínas. In: XV Simposio Barsileiro de Quimica Teorica, 2009, Poços de Caldas - MG. Anais do XV Simposio Barsileiro de Quimica Teorica, 2009. p. 263-263.
CUSTÓDIO, Fábio Lima ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . GAPF, a Multiple Minima Genetic Algorithm for Ab Initio Protein Structure Prediction. In: XVIII International Network of Protein Engineering Centers, 2009, Ubatuba - SP. Anais do XVIII International Network of Protein Engineering Centers, 2009.
Trevizani R ; SANTOS, K. B. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; DARDENNE, L. E. . Construction and Accuracy of Fragment Libraries for Protein Structure Prediction. In: XVIII International Network of Protein Engineering Centers, 2009, Ubatuba - SP. Anais do XVIII International Network of Protein Engineering Centers, 2009.
CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; FERREIRA, D. A. A. ; BARROS, Patricia ; ROSSLE, Shaila Cíntia Sykora ; BISCH, Paulo M ; DARDENNE, L. E. . MHOLline: A Portal For Automatic Analysis and Prediction of Protein Structures. In: XVIII International Network of Protein Engineering Centers, 2009, Ubatuba - SP. Anais do XVIII International Network of Protein Engineering Centers, 2009.
CUSTÓDIO, Fábio Lima ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . AB INITIO PROTEIN STRUCTURE PREDICTION WITH GENETIC ALGORITHMS. In: VII Iberoamerican Congress of Biophysics, 2009, Buzios - RJ. Anais do VII Iberoamerican Congress of Biophysics, 2009.
BAPTISTA, L. P. R. ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; DARDENNE, L. E. . STRUCTURAL PREDICTION AND CATALYTIC SITE ANALYSIS OF Leishmania major RIBOSE-5-PHOSPHATE ISOMERASE TYPE B. In: VII Iberoamerican Congress of Biophysics, 2009, Buzios - RJ. Anais do VII Iberoamerican Congress of Biophysics, 2009.
SOARES, Rosemberg de Oliveira ; Batista, PR ; DARDENNE, L. E. ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; SOARES, M. A. . Analysis of the Impact of the Mutation D30N in the Characteristic Structure of Proteases of the Subtype B and C of HIV-1 By Molecular Dynamics. In: VII Iberoamerican Congress of Biophysics, 2009, Buzios - RJ. Anais do VII Iberoamerican Congress of Biophysics, 2009.
Trevizani R ; SANTOS, K. B. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; DARDENNE, L. E. . Fragment Libraries for Protein Structure Prediction. In: VII Iberoamerican Congress of Biophysics, 2009, Buzios - RJ. Anais do VII Iberoamerican Congress of Biophysics, 2009.
MAGALHÃES, Camila Silva de ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. ; Frecer, V. ; Miertus, S. . Genetic Algorithms for Molecular Docking Studies of HIV-1 Protease Inhibitors. In: International Conference on Drug Design and Discovery for Developing Countries, 2008, Trieste - Itália. Anais do International Conference on Drug Design and Discovery for Developing Countries.
CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; DARDENNE, L. E. . Temperature Effects on Structural Properties of Active Sites: Molecular Dynamics Simulations of Cruzipain Isoforms,. In: 52nd Biophysical Society Annual Meeting / 16th IUPAB International, 2008, Long Beach - Califórnia - USA. Anais do 52nd Biophysical Society Annual Meeting / 16th IUPAB International, 2008.
CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; DARDENNE, L. E. . Temperature Effects on Structural Properties of Active Sites: Molecular Dynamics Simulations of Cruzipain Isoforms. In: XXXVII Annual Meeting of SBBq and XI Congress of the PABMB, 2008, Águas de Lindóia. Anais do XXXVII Annual Meeting of SBBq and XI Congress of the PABMB, 2008.
CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; PEREIRA, E. G. ; SANTOS, K. B. ; DARDENNE, L. E. . Molecular Dynamics Simulations of Calmodulin: A Comparative Study of Reaction Field and Particle-Mesh Ewald Electreostatic Treatments. In: X-Meeting 2008- 4th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2008, Salvador - BA. Anais do 4th X- Meeting, 2008.
LINDEN, Marx Gomes Van Der ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . Resolução de Estruturas de Proteínas Utilizando-se Dados de RMN a Parteir de um Algorítmo Genético de Múltiplos Mínimos. In: XIV Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2007, Poços de Caldas - MG. XIV Simpósio Brasileiro de Química teórica, 2007. p. 265-265.
CUSTÓDIO, Fábio Lima ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . Algoritmo Genético para Encontrar Múltiplas Conformações de Proteínas por Primeiros Princípios: Estudo em Poli-Alaninas. In: XIV Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2007, Poços de Caldas - MG. XIV Simpósio Brasileiro de Química teórica, 2007. p. 263-263.
CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; DARDENNE, L. E. . Structural Analysis of the Catalytic Site of Cruzipain Isoforms by Molecular Dynamics Simulations at Different Temperatures. In: XIV Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2007, Poços de Caldas - MG. XIV Simpósio Brasileiro de Química teórica, 2007. p. 278-278.
SILVA, João Hermínio Martins da ; DARDENNE, L. E. ; SAVINO, Wilson ; CAFFARENA, Ernesto Raul . Interactions Between Extracellular Matrix Receptors VLA-1 and VLA-4 and Specific Inhibitors: Molecular Modeling Studies. In: IV International Symposium on Extra Cellular Matrix, 2006, Búzios - RJ. IV International Symposium on Extra Cellular Matrix - Abstract Book, 2006.
CAFFARENA, Ernesto Raul ; SANT'ANNA, Maurício R ; DARDENNE, L. E. . Computational Calculations of R, S Rolipram Affinities for The PDE4B Enzyme. In: Workshop on Biocalorimetry and Biological Thermodynamics, 2006, Rio de Janeiro. Workshop on Biocalorimetry and Biological Thermodynamics - Abstract Book, 2006.
CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; ROSSLE, Shaila Cíntia Sykora ; Otto T ; GUIMARÃES, Ana Carolina R ; CATANHO, Marcos ; BISCH, Paulo Mascarelo ; Degrave W ; DARDENNE, L. E. . A trypanosoma cruzi Genome Study by Sequence-Structure HighThroughput Comparative Modelling and Enzymatic/Evolutionary Approach: Steps to the Identification of Potential Molecular Targets for Chagas Disease. In: 3rd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2006, São Pedro-SP. 3rd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry - Abstract Book, 2006. p. S-195.
REGO, T. G. ; VTS, S. ; LIMA, Lídia Moreira ; BARBOSA, Hélio José Correa ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; SANT?ANNA, Carlos Maurício Rabello de ; DARDENNE, L. E. . Development of Empirical Free Energy Scoring Functions using a Neural Network for the Determination of Binding Affinities Constants for Phosphodiesterase-4. In: 3rd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2006, Sãso Pedro - SP. 3rd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry - Abstract Book, 2006. p. S3-194.
MAGALHÃES, Camila Silva de ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . Croos-Docking of Highly Flexible Ligands Using a Multi-Solution Genetic Algorithm Strategy. In: 3rd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2006, São Pedro - SP. 3rd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry - Abstract Book, 2006. p. S3 - 2007.
CAFFARENA, Ernesto Raul ; MARTINS, J. H. ; DARDENNE, L. E. ; SAVINO, Wilson . Molecular interactions between VLA-4 integrin and specific inhibitors. In: The first african structural biology conference - FASB 2006, 2006, The wilderness, South Africa. The first african structural biology conference - FASB 2006, 2006.
CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; ROSSLE, Shaila Cíntia Sykora ; Otto T ; GUIMARÃES, Ana Carolina R ; CATANHO, Marcos ; BISCH, Paulo Mascarelo ; Degrave W ; DARDENNE, L. E. . A Trypanosoma cruzi Genome Study by Sequence-Structure HighThroughput Comparative Modelling and Enzymatic/Evolutionary Approach: Steps to the Identification of Potential Molecular Targets for Chagas' Disease. In: XXII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology/ XXIII Annual Meeting on Basic Research in Chagas' Disease, 2006, Caxambú - MG. Anais do XXII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology/ XXII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology/ Anais do XXIII Annual Meeting on Basic Research in Chagas' Disease, 2006.
CUSTÓDIO, Fábio Lima ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . A Genetic Algorithm for Finding Multiple Low Energy Conformations under the 3D HP Protein Model. In: International Bio-physics Congress 2005, 2005, Montpellier - Franca. International Bio-physics Congress 2005, 2005.
DALL'IGNA JÚNIOR, Alcino ; DARDENNE, L. E. . Cross-Docking of Highly Flexible Ligands using a Multisolution-GSA Docking Method. In: International Bio-physics Congress 2005, 2005, Montpellier - Franca. International Bio-physics Congress 2005, 2005.
OLIVEIRA, Fernanda Guedes ; SANT?ANNA, Carlos Maurício R. de ; DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; BARREIRO, Eliezer de Jesus . Estudo de Docking do Perfil de Interação de Fosfodiesterase 4 com seus Inibidores. In: XXVI Congreso Latinoamericano de Química e 27a Reunião Anual da SociedadeBrasileira de Química - SBQ, 2004, Salvador - BA, 2004.
ROSSLE, Shaila Cíntia Sykora ; CARVALHO, Paulo C ; LERY, Lsm ; DARDENNE, L. E. ; BISCH, Paulo Mascarelo . Structural Analysis of Gluconacetobacter diazotrophicus Genome using MHOL3D.. In: XXXIII Reuniao Anual da Sociedade Brasileira de Bioquimica e Biologia Molecular, 2004, Caxambú - MG, 2004.
DARDENNE, L. E. ; DALL'IGNA JÚNIOR, Alcino ; SILVA, Alan Wilter da ; MUNDIM, Kléber Carlos ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . A Multisolution-GSA Docking Method to Predict Distinct Ligand-Receptor Binding Modes. In: 1st Latin American Protein Society Meeting, 2004, Angra dos Reis. Anais do 1st Latin American Protein Society Meeting, 2004. v. 1. p. 263-263.
OLIVEIRA, Fernanda Guedes ; SANT?ANNA, Carlos Maurício R. de ; DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; BARREIRO, Eliezer de Jesus . Molecular Modeling Study of the Interaction Profile of Phosphodiesterase 4 and its Inhibitors. In: 2nd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2004, Rio de Janeiro. Anais do 2nd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2004. v. 1. p. 81-81.
MAGALHÃES, Camila Silva de ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . Flexible Ligand Docking using Multiple Solution Strategies in Genetic Algorithms. In: 2nd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2004, Rio de Janeiro. Anais do 2nd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2004. v. 1. p. 82-82.
CAFFARENA, Ernesto Raul ; OLIVEIRA, Fernanda Guedes ; SANT?ANNA, Carlos Maurício R. de ; DARDENNE, L. E. ; BARREIRO, Eliezer de Jesus . Theoretical Determination of Rolipram Affinity for Phosophodiesterase 4 by Free Energy Perturbation Method. In: 2nd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2004, Rio de Janeiro. 2nd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2004. v. 1. p. 82-82.
DALL'IGNA JÚNIOR, Alcino ; SILVA, Renato Simões ; MUNDIM, Kléber Carlos ; DARDENNE, L. E. . Optimal Parameter Sets for the SGSA Algorithm. In: XXVII Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, 2004, Porto Alegre - RS. Anais do XXVII Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional.
OLIVEIRA, Fernanda Guedes ; SANT?ANNA, Carlos Maurício R. de ; DARDENNE, L. E. ; BARREIRO, Eliezer de Jesus . Interaction Model Way of Phosphodiesterase Inhibithors. In: 4th Congress of Pharmaceutical Sciences, 2003, Ribeirão Preto, 2003.
CUSTÓDIO, Fábio Lima ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . Investigation of the Three-Dimensional Lattice HP Protein Folding Model using a genetic Algorithm. In: 1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto, 2003.
DALL'IGNA JÚNIOR, Alcino ; SILVA, Renato Simões ; MUNDIM, Kléber Carlos ; DARDENNE, L. E. . Performance and parametrization of the algorithm Simplified Generalized Simulated Annealing. In: 1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto, 2003.
MAGALHÃES, Camila Silva de ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . A Genetic Algorithm for the Ligand-Protein Docking Problem. In: 1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto, 2003.
CUSTÓDIO, Fábio Lima ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . A Genetic Algorithm Approach to the 3D Hydrophobic-Polar Protein Model. In: V IberoAmerican Congress of Biophysics, 2003, Rio de Janeiro. Anais do V Congresso Ibero-Americano de Biofísica, 2003.
DALL'IGNA JÚNIOR, Alcino ; SILVA, Renato Simões ; MUNDIM, Kléber Carlos ; DARDENNE, L. E. . Parametrization of the Algorithm Simplified Generalized Simulated Annealing. In: V IberoAmerican Congress of Biophysics, 2003, Rio de Janeiro -RJ - Brasil. Anais do V Congresso ibero-Americano de Biofísica, 2003.
MAGALHÃES, Camila Silva de ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . Rigid and Flexible Ligand Docking using a Steady-State Genetic Algorithm and a Grid-Based Methodology. In: V IberoAmerican Congress of Biophysics, 2003, Rio de Janeiro - Brasil. Anais do V Congresso Ibero-Americano de Biofísica, 2003.
ROSSLE, Shaila Cíntia Sykora ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; DARDENNE, L. E. ; BISCH, Paulo Mascarelo . Study of T-Cell Receptor/Superantigen Interaction by Computational Analysis. In: V IberoAmerican Congress of Biophysics, 2003, Rio de Janeiro, 2003.
DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, Ernesto Raul . Evaluation of a Molecular Dynamics Flexible Docking. In: Workshop on Molecular Modeling in Biophysics, 2002, Rio de Janeiro, 2002.
DARDENNE, L. E. ; MUNDIM, Kléber Carlos ; WERNECK, A. S. . Optimization of Damping Functions to Correct Molecular Electrostatic Properties Calculated with the Multipolar Multicentered Expansions Method. In: XI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2001, Caxambú/MG, 2001.
DARDENNE, L. E. ; MUNDIM, Kléber Carlos ; SILVA, Alan Wilter da ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . A Grid-Based Docking Methodology Using the Generalized Simulated Annealing Optimization Method to Predict Ligand-Protein Conformations. In: XI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2001, Caxambú/MG, 2001.
ROSSLE, Shaila Cíntia Sykora ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; DARDENNE, L. E. ; BISCH, Paulo Mascarelo . Stochastic Molecular Dynamics Simulations of the Interaction between the T-Cell Receptor Cw3/1.1 and the Superantigen SEC2 in Aqueous Solution. In: IV Biophysics Congress of the Southern Cone, 2000, Campinas/SP. Anais do IV Biophysics Congress of the Southern Cone, 2000.
DARDENNE, L. E. ; WERNECK, A. S. ; OLIVEIRA NETO, M. ; BISCH, Paulo Mascarelo . Electrostatic Properties in the Catalytic Site of Papain. In: Symposium Understanding Protein Electrostatics, 2000, Stockholm. Anais do Symposium Understanding Protein Electrostatics, 2000.
DARDENNE, L. E. ; WERNECK, A. S. ; OLIVEIRA NETO, M. ; BISCH, Paulo Mascarelo . Propriedades Eletrostáticas do Sítio Ativo de Cisteíno Proteases Pertencentes à Superfamília da Papaína. In: XXIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2000, São Lourenço/MG. Anais do XXIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2000.
CAFFARENA, Ernesto Raul ; DARDENNE, L. E. ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; BISCH, Paulo Mascarelo . Interpolation Methods Adapted to Stochastic Molecular Dynamics for Simulating Complex Biological Systems. In: IV Biophysics Congress of the Southern Cone, 2000, Campinas/SP, 2000.
WERNECK, A. S. ; DARDENNE, L. E. . Estudo Comparativo de Propriedades de Sistemas Interagentes Utilizando Expansão Multipolar. In: X Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 1999, Caxambú/MG. Anais do X Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 1999.
DARDENNE, L. E. ; WERNECK, A. S. ; OLIVEIRA NETO, M. ; BISCH, Paulo Mascarelo . Cálculo de Propriedades Eletrostáticas de Proteínas através do Método de Reassociação de Fragmentos Utilizando Expansões Multipolares Multicentradas: Um Estudo do Tratamento da Junção Peptídica. In: X Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 1999, Caxambú/MG. Anais do X Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 1999.
DARDENNE, L. E. ; WERNECK, A. S. ; OLIVEIRA NETO, M. ; BISCH, Paulo Mascarelo . Electrostatic Properties in the Active Site of Homologous Proteins: A Comparative Study Involving Cisteine Proteinases of the Papain Superfamily. In: X Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 1999, Caxambú/MG. Anais do X Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 1999.
DARDENNE, L. E. ; WERNECK, A. S. ; OLIVEIRA NETO, M. ; BISCH, Paulo Mascarelo . A Theoretical Study on the Electrostatic Properties in the Active Site of Papain. In: XIII International Biophysics Congress, 1999, New Delhi. Journal of Biosciences, 1999. v. 24. p. 171-171.
DARDENNE, L. E. ; WERNECK, A. S. ; OLIVEIRA NETO, M. ; BISCH, Paulo Mascarelo . Investigação das Propriedades Eletrostáticas na região do Sítio Ativo do Complexo Papaína-Leupeptina. In: XXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1998, Caxambú/MG. Anais do XXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1998.
DARDENNE, L. E. ; MORET, M. G. ; BISCH, Paulo Mascarelo . Study of the Papain-Leupeptin Complex by Classical Molecular Dynamics, Quantum Mechanical and Stochastic Methods. In: International Symposium on Protein Condensation - In Honor of Gregorio Weber, 1997, Rio de Janeiro/RJ. Anais do International Symposium on Protein Condensation, 1997.
MORET, M. G. ; DARDENNE, L. E. ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; BISCH, Paulo Mascarelo . Análise Conformacional Estocástica de Inibidores usando Generalized Simulated Annealing - GSA. In: XX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1997, Caxambú/MG. Anais do XX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1997.
DARDENNE, L. E. ; MAKIUCHI, N. ; MALBOOUISSON, L. A. ; VIANNA, J. D. M. . Instabilidades e Problemas de Convergência de Soluções Hartree-Fock. In: XIX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1996, Águas de Lindóia/MG. Anais do XIX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1996.
DARDENNE, L. E. ; MAKIUCHI, N. ; MALBOOUISSON, L. A. ; VIANNA, J. D. M. . Multiplicidade e Instabilidades de Soluções Hartree-Fock. In: VIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 1995, Caxambú/MG. Anais do VIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 1995.
DARDENNE, L. E. ; WERNECK, A. S. ; MAKIUCHI, N. ; VIANNA, J. D. M. ; MOREIRA, S. ; MALBOOUISSON, L. A. . Curvas de dissociação utilizando o Método Algébrico. In: XVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1994, Caxambú/MG. Anais do XVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1994.
MAKIUCHI, N. ; WERNECK, A. S. ; DARDENNE, L. E. ; VIANNA, J. D. M. ; MOREIRA, S. ; MALBOOUISSON, L. A. . Um Método CI não ortogonal usando múltiplas soluções Hartree-Fock. In: XVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1994, Caxambú/MG. Anais do XVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1994.
DARDENNE, L. E. ; MAKIUCHI, N. . Estrutura Eletrônica de Moléculas Biológicas. In: XVI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1993, Caxambú/MG - Brasil. Anais do XVI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1993.
DARDENNE, L. E. ; MAKIUCHI, N. . Estudo de Transferência de carga no Modelo Transdução Visual. In: XV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada., 1992, Caxambú/MG - Brasil. Anais do XV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada., 1992.
DARDENNE, LAURENT . AI-Driven Drug Discovery at LNCC: Recent Advances, Challenges and Future Directions. 2025. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, Laurent E . Plataforma DockThor-VS: Planejamento de Fármacos utilizando Estratégias de IA. 2025. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, Laurent E . Driven Structure-Based Drug Discovery using DockThor-VS: Recent Advances, Challenges, and Future Directions. 2025. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, LAURENT . Using Generative AI for Many-Objective Small-Molecule Design. 2025. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, LAURENT . A Generative-Evolutionary Framework for Many-Objective De Novo Drug Design. 2025. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . The 2024 Chemistry Nobel Prize and the New Era of AI In Chemistry and Biology. 2025. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, LAURENT E. . Planejamento de Fármacos Assistido por Inteligência Artificial. 2025. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, LAURENT . AI-Driven Drug Discovery at LNCC. 2025. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, L.E. . New Drug Prospecting: Merging Computational Intelligence and AI Strategies through DockThor-VS. 2024. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, L.E. . New Drug Prospecting: Integrating Artificial and Computational Intelligences with the DockThor-VS Platform. 2024. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, L.E. . Receptor-Ligand Molecular Docking: Project DockThor-VS. 2024. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Structure-Based Drug Design: Merging Computational Intelligence and AI Strategies through DockThor-VS. 2024. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, L.E. . Planejamento de Fármacos e Priorização de Alvos Terapêuticos: Inteligências Computacional e Artificial com a Plataforma DockThor-VS. 2024. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, Laurent Emmanuel . Pesquisa no LNCC. 2023. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, LAURENT E. . Perspectivas e Avanços da Biologia Estrutural Computacional. 2023. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, Laurent Emmanuel . DockThor-VS Platform: Receptor-Ligand Docking and Virtual Screening. 2023. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, Laurent Emmanuel . DockThor-VS: Uma Plataforma Computacional para Triagem Virtual em Larga Escala Visando Alvos Moleculares de SARS-CoV-2 e suas Variantes Genômicas. 2023. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
EMMANUEL DARDENNE, LAURENT . DockThor-VS: Atracamento Molecular Receptor-Ligante e Triagem Virtual. 2023. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, L.E. . DockThor-VS Project: A Brazilian Platform for Virtual Screening and New Drug Prospecting. 2022. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
Dardenne, L.E. . Drug Design and Repurposing with DockThor-VS Web Server Focusing on SARS CoV-2 Therapeutic Targets and their Non Synonym Variants. 2022. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Projeto DockThor-VS: Uma Plataforma Brasileira para Triagem Virtual de Compostos e Prospecção de Novos Fármacos. 2021. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Drug design and repurposing with DockThor‑VS web server focusing on SARS‑CoV‑2 therapeutic targets and their non‑synonym variants. 2021. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . DockThor-VS: A high-throughput virtual screening molecular docking platform coupled to the Brazilian supercomputer Santos Dumont. 2021. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Drug Design and Repurposing with DockThor-VS Web Server Focusing on SARS-CoV-2 Therapeutics Targets and Their Non-Synonym Variants. 2021. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Docking Receptor-Ligante. 2021. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Desenvolvimento da Plataforma DockThor-VS: Inteligência Artificial na Busca de Novos Fármacos Contra COVID-19. 2020. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, L.E. . Modelagem Molecular no Planejamento de Fármacos. 2019. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, L.E. . Protein-Ligand Docking: Pose and Binding Affinity Prediction. 2019. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, L.E. . Protein-Ligand Docking using DockThor: Pose and Binding Affinity Prediction. 2019. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, L.E. . Receptor-Ligand Molecular Docking. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . A Modelagem Molecular no LNCC: uma história multidisciplinar de sucesso. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Desenvolvimento de Métodos e Programas para a Predição de Complexos Moleculares. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, Laurent E . Protein-Ligand Docking: Posing and Binding Affinity Prediction. 2017. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
Dardenne, L.E. . Strategies for Template-Free Protein Structure Prediction. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, L.E. . Protein-Ligand Docking: Pose and Binding Affinity Prediction. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, L.E. . Portal DockThor Uma Ferramenta para o Desenho Racional de Fármacos Acoplada ao Supercomputador Santos Dumont. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, L.E. . Projeto DockThor Desenvolvimentos Recentes e Perspectivas para Triagem Virtual de Compostos em Larga Escala. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, L.E. . Modelagem Computacional de Macromoléculas Biológicas. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, L.E. . Portal DockThor uma ferramenta para o desenho racional de Fármacos acoplada ao supercomputador Santos Dumont. 2017. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
Dardenne, L.E. . Projeto DockThor: Um Programa Brasileiro para o Planejamento Racional de Novos Fármacos. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, LAURENT E. . Projeto DockThor: Um programa Brasileiro para o Planejamento Racional de Novos Fármacos. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, LAURENT E. . Projeto DockThor: Um Programa Brasileiro de Atracamento Molecular para Prospecção de Novos Fármacos. 2016. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
Dardenne, L.E. . Docking Receptor-Ligante. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, Laurent E . Atracamento Molecular Receptor-Ligante: Predição de Modos e Afinidades de Ligação. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Projeto DockThor: Um Programa Brasileiro de Atracamento Molecular Receptor-Ligante. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Template Free Protein Structure Prediction using the GAPF Program. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Projeto DockThor: Um Programa Brasileiro de Atracamento Molecular para Prospecção de Novos Fármacos. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, L.E. . DockThor: A Brazilian Receptor-Ligand Docking Program. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, L.E. . Metodologias de Docking Receptor-Ligante. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, L.E. . Aplicação de Algoritmos Evolutivos em Problemas de Atracamento Molecular e Predição de Estruturas de Proteínas. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, L.E. . DockThor: A Brazilian Receptor-lIgand Docking Program. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, L.E. . Strategies for Ab Initio Protein Structure Prediction. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, L.E. . Projeto Dockthor: Um Programa Brasileiro para o Desenho Racional de Fármacos. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, Laurent E . O Portal Dockthor para Docking Receptor-Ligante. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, L.E. . Dockthor: Development and Validation of a New Docking Program. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, L.E. . Predição de Estruturas de Proteínas: Desenvolvimento de Métodos, Algoritmos e Programas. 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
Dardenne, L.E. . Programa Dockthor: Docking Receptor-Ligante. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, L.E. . Development and Validation of a New Multi-Solution Receptor-Ligand Docking Program. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Dardenne, L.E. . Moléculas da Vida (DNA e Proteínas). 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
DARDENNE, L. E. . Ab Iniito Protein Structure Prediction using All-Atom and Coarse Grained Models. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Metodologias de Docking Receptor-Ligante. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Metodologias De Docking Receptor-Ligante: Desenvolvimento e Aplicações. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
DARDENNE, L. E. . Dockthor: Development and Validation of a Ligand-Receptor Docking Program. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Predição de Estruturas de Proteínas por Primeiros Princípios. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . First Principles protein structure prediction using genetic algorithms. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Desenvolvimento de Aplicações em Ciências Biológicas Utilizando Computação de Alto Desempenho. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Recozimento Simulado. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Algoritmos Genéticos Aplicados ao Problema de Docking Receptor-Ligante e à Predição de Estruturas de Proteínas. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Predição de Estruturas de Proteínas e de Complexos Receptor-Ligante: Desenvolvimento de Métodos, Algorítmos e Programas. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Ab Iniito Structure Prediction With Genetic Algorithms. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Metodologias de Docking Receptor-Ligante. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Métodos e Algorítmos para a Determinação e Avaliação de Estruturas Biomoleculares. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; DARDENNE, L. E. . Temperature Effects on Structural Properties of Active Sites: Molecular Dynamics Simulations of Cruzipain Isoforms. 2008. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).
DARDENNE, L. E. . Cross-docking of highly flexible ligands using a multi-solution algorithm strategy. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. ; BARBOSA, Hélio José Correa ; CUSTÓDIO, Fábio Lima . Genetic Algorithms for Ab Initio Protein Structure Prediction. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Molecular Moeling Methodologies for the Identification and Investigation of Molecular Targets and Bioactive Compounds. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Metodologias de Docking Receptor-Ligante. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Metodologias de Modelagem Molecular Aplicada a Identificação e Estudo de Alvos Moleculares e Compostos Bioativos. 2006. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
DARDENNE, L. E. . Modelagem Molecular: Teoria e Aplicações em Sistemas de Interesse Biológico. 2006. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
DARDENNE, L. E. . Cross-docking of highly flexible ligands using a multisolution-GSA. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Simulação de Macromoléculas Biológicas: Aplicações na Área de Desenho Racional de Fármacos. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Metodologias de Docking para o Desenho Racional de Fármacos. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Metodologias de Docking Receptor-Ligante. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Modelagem Molecular de Macromoléculas Biológicas. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Simulação de Macromoléculas Biológicas: Aplicações na Área de Desenho Racional de Fármacos. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Física Molecular, Ciências de Materiais e Biofísica: Estado da Arte e Perspectivas. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Metodologias de Docking Recepto-Ligante visando o Desenho Racional de Fármacos. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Cálculo de Propriedades Eletrostáticas em Sítios Catalíticos de Enzimas utilizando a Equação Linearizada de Poisson-Boltzmann acoplada ao uso de Expansões Multipolares Multicentradas derivadas de Cálculos Quânticos ab initio. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Campos de Força Clássicos. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Docking Molecular Receptor-Ligante. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Propriedades Eletrostáticas do Sítio Ativo de Cisteíno Proteinases da Família da Papaína. 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Propriedades Eletrostáticas do Sítio Ativo de Cisteíno Proteinases da Família da Papaína. 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. . Propriedades Eletrostáticas da Papaína: Um Estudo Quantum-Mecânico Ab Initio do Sítio de Interação. 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
DARDENNE, L. E. ; WERNECK, A. S. ; OLIVEIRA NETO, M. ; BISCH, Paulo Mascarelo . Propriedades Eletrostáticas do Sítio Ativo de Cisteíno Proteases Pertencentes à Superfamília da Papaína. 2000. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).
DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; BISCH, Paulo Mascarelo . Interpolation Methods Adapted to Stochastic Molecular Dynamics for Simulating Complex Biological Systems. 2000. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).
DARDENNE, L. E. ; WERNECK, A. S. ; OLIVEIRA NETO, M. ; BISCH, Paulo Mascarelo . A Theoretical Study on the Electrostatic Properties in the Active Site of Papain. 1999. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).
DARDENNE, L. E. ; WERNECK, A. S. ; MAKIUCHI, N. ; VIANNA, J. D. M. ; MALBOOUISSON, L. A. ; MOREIRA, S. . Um Método CI não ortogonal usando múltiplas soluções Hartree-Fock. 1994. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).
DARDENNE, L. E. ; MAKIUCHI, N. . Estudo de Transferência de Carga no Modelo Transdução Visual. 1992. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).
COSTA, L. S. C. ; SILVA, M. M. P. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; FAJARDO, J. R. D. ; FAGUNDES, B. A. ; GALHEIGO, M. M. ; MEDEIROS, V. ; CARNEIRO, A. R. ; LEO, W. V. ; PORTO, F. A. M. ; OLIVEIRA, F. B. ; GOMES, A. T. A. ; Dardenne, L.E. . Efficient Deployment of a 685B-Parameter Open-Source LLM on the Brazilian Santos Dumont Supercomputer. Research Square, 2025 (Preprint).
SOUZA, L. C. ; DARDENNE, LAURENT ; PORTUGAL, R. . A Gate-Based Quantum Genetic Algorithm for Real-Valued Global Optimization. arXiv - Cornell University, 2025 (Preprint).
SILVA, M. M. P. ; VIDAL, L. ; Guedes, I.A. ; MAGALHÃES, Camila Silva de ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; DARDENNE, LAURENT . Data-centric training enables meaningful interaction learning in protein?ligand binding affinity prediction. ChemRxiv, 2025 (Preprint).
MÜLLER PEREIRA DA SILVA, MATHEUS ; Guedes, I.A. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; KREMPSER, E. ; EMMANUEL DARDENNE, LAURENT . Deep Learning Strategies for Enhanced Molecular Docking and Virtual Screening. ChemRxiv, 2023 (Preprint).
MÜLLER PEREIRA DA SILVA, MATHEUS ; Guedes, I.A. ; CUSTODIO, Fausto Lima ; Dardenne, Laurent Emmanuel . Deep Learning-Ready Voxel Representation of Protein-Ligand Complexes from an Enhanced PBDbind v.2020 Dataset. ChemRxiv, 2023 (Preprint).
Guedes, I.A. ; COSTA, L. S. C. ; SANTOS, K. B. ; KARL, ANA LUIZA MARTINS ; ROCHA, G. K. ; TEIXEIRA, I. M. ; GALHEIGO, M. M. ; MEDEIROS, V. ; KREMPSER, E. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; BARBOSA, Hélio José Correa ; NICOLAS, M. F. ; DARDENNE, LAURENT . Drug Design and Repurposing with DockThor-VS Web Server: Virtual Screening focusing on SARS-CoV-2 Therapeutic Targets and their Non-Synonym Variants. Research Square, 2020 (Preprint).
Guedes, I.A. ; DE MAGALHAES, C S ; Dardenne, L.E. . Atracamento 2014 (Cap[itulo de Livro).
CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; ROCHA, G. K. ; Trevizani R ; Dardenne, Laurent Emmanuel ; CUSTÓDIO, Fábio Lima . Modelos Tridimensionais 2014 (Cap[itulo de Livro).

Outras produções

COSTA, L. S. C. ; SILVA, M. M. P. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; FAJARDO, J. R. D. ; FAGUNDES, B. A. ; GALHEIGO, M. M. ; MEDEIROS, V. ; CARNEIRO, A. R. ; LEO, W. V. ; PORTO, F. A. M. ; OLIVEIRA, F. B. ; GOMES, A. T. A. ; Dardenne, L.E. . Carcará - Web Server for Open-Source LLM on the Brazilian Santos Dumont Supercompute. 2025.

DARDENNE, L. E. . DockTDesign. 2025.

SILVA, M. M. P. ; VIDAL, L. ; MAGALHÃES, Camila Silva de ; Dardenne, Laurent E . DockTDeep. 2020.

Dardenne, L.E. ; DE MAGALHAES, C S ; ALMEIDA, D. M. ; BARBOSA, Hélio José Correa ; Guedes, I.A. ; KREMPSER, E. . Portal Dockthor. 2013.

DARDENNE, L. E. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; DOSSANTOS, K. B. . Portal ProFrager. 2012.

SANTOS, K. B. ; CUSTODIO, Fausto Lima ; Dardenne, L.E. . Portal Profrager. 2012.

DARDENNE, L. E. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; BARBOSA, Hélio José Correa . GAPF 2.0. 2011.

DARDENNE, L. E. ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; ROSSLE, Shaila Cíntia Sykora ; BISCH, Paulo Mascarelo . Portal MHOLline. 2009.

DARDENNE, L. E. ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; FRAGA, Carlos Alberto Manssour ; BARREIRO, Eliezer de Jesus . LLDB - LASSBio Ligand Data Bank. 2009.

DARDENNE, L. E. ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; SILVA, Alan Wilter da ; BARROS, Carla Osthoff Ferreira de ; GOMES, Diego Henry Barreto ; OLIVEIRA, Cristiane ; HILL, Eduardo ; LOUREIRO, Pedro A A G ; BARROS, Patricia . Portal BIOPAUA. 2005.

DARDENNE, L. E. ; WERNECK, A. S. . OME-LPB. 2000.

DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; ORTMANS, I. ; LOOS, M. . PDBTHORBOX. 1999.

DARDENNE, L. E. . Desenvolvimento de metodologias de docking acopladas à utilização de computação de alto desempenho visando o desenho racional de compostos bioativos. 2001.

Dardenne, Laurent Emmanuel ; VALENTIM, Frederic Gerard C ; COUTINHO, A. ; ALFARO, R. ; FIALHO, L. . Inria Brasil Workshop. 2023. (Programa de rádio ou TV/Mesa redonda).

DARDENNE, L. E. ; MOLFETTA, F. A. . DockThor-VS: Uma Plataforma Computacional para Triagem Virtual em Larga Escala Visando Alvos Moleculares de SARS-CoV-2 e suas Variantes Genômic. 2021. (Programa de rádio ou TV/Mesa redonda).

EMMANUEL DARDENNE, LAURENT . Triagem Virtual em Larga Escala utilizando o programa DockThor. 2023. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

DARDENNE, L. E. ; Guedes, I.A. ; SANTOS, K. B. ; COSTA, L. S. C. . Docking molecular e triagem virtual em larga escala com o portal DockThor-VS. 2022. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

DARDENNE, L. E. . Curso Internacional: Estrategias bioinformáticas para el estudio de enfermedades tropicales desatendidas. 2021. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

DARDENNE, L. E. ; Guedes, I.A. ; MAGALHÃES, Camila Silva de ; GOMES, P. S. F. C. ; KARL, A. L. M. ; SANTOS, K. B. . Métodos de Docking Receptor-Ligante e Virtual Screening. 2021. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

Dardenne, L.E. . Programa DockThor de atracamento molecular receptor-ligante. 2019. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

Dardenne, Laurent E ; SANT?ANNA, Carlos Maurício Rabello de . Modelagem Molecular. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

DARDENNE, L. E. ; MARTINS, N. F. . Biologia Estrutural. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

DARDENNE, L. E. . Receptor-Ligand Molecular Docking. 2015. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

DARDENNE, L. E. . Métodos Computacionais Aplicados ao Planejamento de Compostos Bioativos. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

DARDENNE, L. E. ; BISCH, Paulo Mascarelo ; SILVA, Alan Wilter da ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; ROSSLE, Shaila Cíntia Sykora ; SOUZA, Elias Ramos de . Modelagem Computacional de Sistemas Biológicos. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

DARDENNE, L. E. . Modelagem Molecular de Macromoléculas Biológicas. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . Modelagem Molecular de Sistemas Biológicos. 2003. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

DARDENNE, L. E. . Modelagem Molecular de Macromoléculas Biológicas. 2003. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

DARDENNE, L. E. . Cálculos de Estrutura Eletrônica em Moléculas. 1996. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

Projetos de pesquisa

2025 - Atual

SABIAM-Alvo-Net: Rede Sul-Americana de Bioinformática, Inteligência Artificial e Modelagem de Alvos, Descrição: Este projeto visa integrar estratégias das áreas de Bioinformática, Inteligência Artificial (IA), ModelagemComputacional e Molecular, Biotecnologia e Microbiologia para a pesquisa de alvos moleculares empatógenos bacterianos e parasitas resistentes a múltiplas drogas (MDR), abordando de forma inovadora odesafio da resistência aos antimicrobianos (AMR). A principal motivação é consolidar uma redeinterdisciplinar e multicêntrica na América do Sul, que possibilite a combinação racional de dadosbiológicos, sequenciamento de transcritomas, experimentos microbiológicos e inovação biotecnológicacom ferramentas de modelagem computacional, molecular, matemática e IA, visando à exploração evalidação de alvos moleculares eficientemente.Neste contexto, a identificação de candidatos a alvos moleculares microbianos e o desenvolvimento deabordagens terapêuticas inovadoras, incluindo terapias antibióticas combinadas, são prioridadesestratégicas. A prospecção desses alvos em patógenos e parasitas de interesse considera diversos aspectosfundamentais, como a drogabilidade estrutural do proteoma, o contexto metabólico e regulatório, bemcomo padrões globais de expressão gênica, envolvendo fatores de transcrição e pequenos RNAsregulatórios, dentre outros.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Integrante / Isabella Alvim Guedes - Integrante / Marisa Fabiana Nicolás - Coordenador / Agnes Marie Sá Figueiredo - Integrante / Ana Tereza R. de Vasconcelos - Integrante / Camilo Henrique da Silva Lima - Integrante / Luciane Prioli Ciapina - Integrante / Ana Cristina Gales - Integrante / Marcelo Ferreira Marcondes Machado - Integrante / Fernanda Fernandes dos Santos - Integrante / Diogo Antonio Tschoeke - Integrante / Adrian Turjanski - Integrante / Dario Fernandez do Porto - Integrante / Elmer Andres Fernández - Integrante / Pablo Smircich - Integrante / José Roberto Sotelo Sosa - Integrante., Financiador(es): CAPES - Centro Anhanguera de Promoção e Educação Social - Auxílio financeiro.
2025 - Atual

Estratégias Integradas de Bioinformática e Biotecnologia na Exploração de Alvos Terapêuticos em Pseudomonas aeruginosa, Descrição: Este projeto tem como objetivo a integração de estratégias das áreas de Bioinformática e Biotecnologia paraa pesquisa de alvos moleculares em patógenos humanos resistentes a múltiplas drogas (MDR) da espéciePseudomonas aeruginosa e enfrentar a resistência bacteriana aos antimicrobianos (AMR). A principalmotivação é a fusão de dados bioinformáticos com experimentos microbiológicos e biotecnológicos paraviabilizar a exploração e validação de alvos moleculares de forma eficiente e rápida.Dentro deste contexto, a descoberta de alvos moleculares bacterianos candidatos e o desenvolvimento deabordagens terapêuticas inovadoras que envolvem terapias antibióticas combinadas podem ser alcançadospor meio da priorização de proteínas no proteoma dos patógenos. Isso leva em consideração diversosaspectos, como a drogabilidade estrutural, o contexto metabólico, regulatório e os padrões globais deexpressão gênica.Para atingir esse objetivo, nosso grupo consolidado interdisciplinar tem aplicado metodologias debioinformática combinadas a esforços experimentais integrativos desde 2013.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Integrante / Isabella Alvim Guedes - Integrante / Marisa Fabiana Nicolás - Coordenador / Ana Cristina Gales - Integrante / Marcelo Ferreira Marcondes Machado - Integrante / Adrian Turjanski - Integrante / Dario Fernandez do Porto - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Cooperação.
2025 - Atual

Translational Approach with AI for Klebsiella Drug Discovery, Descrição: Projeto selecionado para compor um consórcio internacional no Global Grand Challenges Gr-ADI (Gates/Wellcome/Novo Nordisk) integra IA, modelagem molecular, bioinformática e experimentação biológica para identificar, priorizar e validar alvos e compostos contra Klebsiella pneumoniae multirresistente ao longo de três anos. Estrutura-se em quatro fases articuladas por: (i) priorização de alvos, (ii) validação funcional e genética, (iii) descoberta de compostos e (iv) validação experimental dos hits nos alvos. Este projeto agrupa equipes do Brasil (LNCC, UNIFESP, UFRJ, Fiocruz-BA) e colaboradores do Canadá, da Argentina, do Uruguai, do Chile, do México e de Portugal. Coordenador: Marisa Nicolás ; Vice-Coordenador: Laurent Emmanuel Dardenne. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Doutorado: (8) . , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Integrante / Fábio Lima Custódio - Integrante / Isabella Alvim Guedes - Integrante / Marisa Fabiana Nicolás - Coordenador / Ana Cristina Gales - Integrante / Fernanda Fernandes dos Santos - Integrante / Dario Fernandez do Porto - Integrante / Pablo Smircich - Integrante / Pablo Ivan Pereira Ramos - Integrante / Adrian Gustavo Turjanski - Integrante / Marcelo F. M. Marcondes - Integrante / Ernesto Perez-Rueda - Integrante / André Borges Farias - Integrante / Maria Carolina Del Valle Sisco Zerpa - Integrante / José Sotelo - Integrante / Lidia Moreita Lima - Integrante / Silvia Cardona - Integrante / Jesus Eduardo Martinez-Hernandez - Integrante / Priscilla Capriles - Integrante / Pedro J. B. Pereira - Integrante., Financiador(es): Gates Fundation - Auxílio financeiro.
2023 - Atual

Planejamento de Novos Fármacos Suportado por Técnicas de Inteligência Artificial, Descrição: O desenvolvimento e uso de técnicas de Inteligência Artificial (IA) e Aprendizagem de Máquina (AM) no planejamento de fármacos tem crescido vertiginosamente nos últimos anos. O sucesso na aplicação de metodologias de redes neurais profundas (mais conhecidas na literatura como Deep Learning - DL) tem sido viabilizado principalmente pelos avanços no desenvolvimento de hardware e na disponibilização de grandes bancos de dados. Neste contexto, a triagem virtual em larga escala visando a identificação de compostos candidatos a fármacos tem tido o seu sucesso potencializado pela aplicação de técnicas sofisticadas de IA na investigação de bibliotecas contendo milhões a bilhões de compostos (estas conhecidas como ultra-large libraries). Este projeto visa o desenvolvimento de metodologias baseadas em técnicas de IA e a sua aplicação/adaptação no contexto estratégico do planejamento de novos fármacos. Dois importantes aspectos qualificam a presente proposta. O primeiro é que todas as técnicas desenvolvidas serão disponibilizadas de forma gratuita na Plataforma Computacional DockThor-VS (https://www.dockthor.lncc.br) desenvolvida pelo Grupo de Modelagem Molecular de Sistemas Biológicos (GMMSB) do LNCC. DockThor-VS é uma plataforma computacional para triagem virtual de compostos em larga escala, acoplada ao supercomputador brasileiro Santos Dumont (SD), que visa potencializar projetos de pesquisa da comunidade científica brasileira nas áreas da química medicinal e biotecnologia. O segundo aspecto é que o projeto visa a identificação e desenvolvimento in silico de moléculas candidatas a quimioterápicos contra patógenos clínicos (e.g., bactérias multirresistentes e o vírus SARS-CoV-2), e posterior síntese e validação experimental in vitro/in vivo com grupos colaboradores da área experimental. Cabe ressaltar que este aspecto cumpre o importante papel de validação experimental das metodologias desenvolvidas. É também objetivo deste projeto contribuir na formação de recursos humanos de alto nível na área de desenvolvimento metodológico em modelagem molecular e na área IA aplicada ao planejamento de fármacos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Coordenador / Fábio Lima Custódio - Integrante / Isabella Alvim Guedes - Integrante / Marisa Fabiana Nicolás - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
2023 - Atual

Desenvolvimento de Ferramentas e Ambientes Computacionais para o Planejamento de Novos Fármacos Suportado por Técnicas de Inteligência Artificial, Descrição: O desenvolvimento e uso de técnicas de Inteligência Artificial (IA) e Aprendizagem de Máquina (AM) no planejamento de fármacos têm crescido vertiginosamente nos últimos anos. O sucesso na aplicação de metodologias de redes neurais profundas tem sido viabilizado principalmente pelos avanços no desenvolvimento de hardware e na disponibilização de grandes bancos de dados. Neste contexto, a triagem virtual em larga escala visando a identificação de compostos candidatos a fármacos tem tido o seu sucesso potencializado pela aplicação de técnicas sofisticadas de IA na investigação de bibliotecas contendo milhões a bilhões de compostos (conhecidas como ultra-large virtual libraries). Este projeto visa o desenvolvimento de metodologias baseadas em técnicas de IA e a sua aplicação na área estratégica do planejamento de novos fármacos. Dois importantes aspectos qualificam a presente proposta. O primeiro é que todas as técnicas desenvolvidas serão disponibilizadas de forma gratuita na Plataforma Computacional DockThor-VS (https://www.dockthor.lncc.br) desenvolvida pelo Grupo de Modelagem Molecular de Sistemas Biológicos do LNCC. DockThor-VS é uma plataforma computacional para triagem virtual de compostos em larga escala, acoplada ao supercomputador brasileiro Santos Dumont, que visa potencializar projetos de pesquisa da comunidade científica brasileira nas áreas da química medicinal e biotecnologia. O segundo aspecto é que o projeto visa a identificação e desenvolvimento in silico de moléculas candidatas a quimioterápicos contra patógenos clínicos, e posterior síntese e validação experimental in vitro/in vivo com grupos colaboradores da área experimental. Cabe ressaltar que este aspecto cumpre o importante papel de validação experimental das metodologias desenvolvidas. É também objetivo deste projeto contribuir na formação de recursos humanos de alto nível na área de desenvolvimento metodológico em modelagem molecular e na área IA aplicada ao planejamento de fármacos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Coordenador / Fábio Lima Custódio - Integrante / Isabella Alvim Guedes - Integrante / Eduardo Krempser - Integrante / Marisa Fabiana Nicolás - Integrante / Marcelo Trindade dos Santos - Integrante / Douglas A Augusto - Integrante / Jaqueline S Ângelo - Integrante., Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Bolsa.
2023 - Atual

Novos candidatos a protótipos de fármacos obtidos de produtos naturais como estratégias terapêuticas para doenças crônicas e inflamatórias, Descrição: As doenças inflamatórias crônicas têm sido reconhecidas como a causa mais significativa de morte no mundo atual, com mais de 50 de todas as mortes atribuídas a doenças relacionadas à inflamação. Quase a totalidade é de difícil tratamento, pois o fenômeno inflamatório persiste sendo o tratamento somente paliativo, sem alvo específico. Os fármacos de escolha causam diversos efeitos adversos que limitam seu uso. Os de última geração, como p. ex. os antagonistas de receptor de TNF, apesar de eficazes são de custo extremamente elevado, também limitando seu uso.Assim, a busca por tratamentos mais direcionados a cada tipo de doença, com menor incidência de efeitos colaterais, menor toxicidade e menor custo, é uma estratégia importante para a busca de novos fármacos. Neste sentido, este projeto objetiva obter substâncias com padrão estrutural inovador e potencial farmacológico nos modelos propostos. Diferentes séries de substâncias serão sintetizadas incluindo análogos de N-alcanoil-5-hidroxitriptamina, híbridos capsaicina-curcumina, análogos de curcumina e do canabidiol. Seus efeitos na endometriose, inflamação pulmonar induzida por RNA viral, neuroinflamação por proteína beta amiloide, síndrome da fadiga crônica pós-COVID-19 serão avaliados em modelos já estabelecidos. Além disso, o potencial antitumoral será avaliado frente a linhagens de câncer de mama, pulmão e fígado. Química teórica e computacional (e.g., docking molecular e dinâmica molecular) serão utilizadas para elucidar os mecanismos de ação frente a alvos moleculares selecionados e guiar as etapas de otimização molecular para gerar novos compostos líderes. Os subprojetos apresentados consideram as equipes envolvidas e os estudos e resultados prévios de planejamento racional e síntese química já realizados e em andamento. A expectativa geral é que ao final, seja possível identificar substâncias inovadoras e com melhor perfil farmacoterapêutico adequado e diferenciado em relação terapêutica atual.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Integrante / Isabella Alvim Guedes - Integrante / Claudio Viegas Jr - Integrante / Claudia Moraes de Rezende - Coordenador / Patrícia D. Fernandes - Integrante / Anna Cláudia Cunha - Integrante / Antônio Palumbo Jr - Integrante / Thaís Biondino Sardella - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2022 - Atual

Desenvolvimento de ferramentas e ambientes computacionais para o planejamento de novos fármacos contra patógenos clínicos suportadospor técnicas de Inteligência Artificial, Descrição: O desenvolvimento e uso de técnicas de Inteligência Artificial (IA) e Aprendizagem de Máquina (AM) no planejamento de fármacos têm crescido vertiginosamente nos últimos anos. O sucesso na aplicação de técnicas baseadas em redes neurais profundas (mais conhecidas na literatura como Deep Learning - DL) tem sido viabilizado pelos avanços no desenvolvimento de hardware e na disponibilização de grandes bancos de dados. Neste contexto, este projeto visa o desenvolvimento de metodologias apoiadas por técnicas de IA e a sua aplicação/adaptação no contexto estratégico do planejamento de novos fármacos contra patógenos clínicos. Mais especificamente, serão realizados estudos focados no desenvolvimento de quimioterápicos contra bactérias multirresistentes e o vírus SARS-CoV-2. O projeto permitirá a disponibilização das técnicas desenvolvidas e os alvos terapêuticos identificados na Plataforma Computacional DockThor-VS (https://www.dockthor.lncc.br) desenvolvida pelo Grupo de Modelagem Molecular de Sistemas Biológicos (GMMSB) do LNCC. O DockThor-VS é uma plataforma computacional para triagem virtual de compostos em larga escala acoplada ao supercomputador Santos Dumont (SD), Os pesquisadores associados a este projeto constituem uma equipe multidisciplinar com experiência no desenvolvimento de algoritmos e metodologias computacionais abrangendo as áreas de inteligência computacional, inteligência artificial, bioinformática, química computacional e modelagem molecular aplicada no planejamento de fármacos. Estes pesquisadores possuem vínculo funcional com quatro instituições do Estado do Rio de Janeiro: o LNCC, a FIOCRUZ, a UFF e a UFRJ. Um dos principais objetivos do projeto é o desenvolvimento in silico de compostos protótipos e/ou candidatos a fármacos e posterior síntese e validação experimental in vitro/in vivo com grupos colaboradores da área experimental.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (3) . , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Coordenador / Fábio Lima Custódio - Integrante / Eduardo Krempser - Integrante / Marisa Fabiana Nicolás - Integrante / Marcelo Trindade dos Santos - Integrante / Douglas A Augusto - Integrante / Luciano T Costa - Integrante., Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
2022 - Atual

Desenvolvimento e Aplicação de Métodos de Inteligência Artificial para o Planejamento De Novo de Fármacos e de Nanocompostos, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Isabella Alvim Guedes em 28/12/2023., Descrição: O desenvolvimento e o uso de técnicas de Inteligência Artificial (IA) e Aprendizagem de Máquina (AM) em diversas áreas da saúde, como no planejamento de fármacos, têm crescido vertiginosamente nos últimos anos. O sucesso na aplicação de técnicas baseadas em redes neurais profundas tem sido viabilizado principalmente pelos avanços no aumento do poder computacional e na disponibilização de grandes bancos de dados. Neste contexto, este projeto visa o desenvolvimento de metodologias de novo suportadas por técnicas de IA e a sua aplicação/adaptação no contexto estratégico do planejamento de novos fármacos e nanocompostos de interesse terapêutico. Mais especificamente, serão desenvolvidas e aplicadas técnicas chamadas de novo para o planejamento de moléculas e nanocompostos inéditos e sinteticamente viáveis de acordo com determinadas características desejadas (e.g., atividade biológica contra determinado alvo, ausência de toxicidade, parâmetros farmacocinéticos adequados). Neste projeto, o planejamento in silico de compostos protótipos utilizando metodologias próprias de novo será realizado de forma colaborativa com grupos de pesquisa especializados em síntese orgânica e experimentos in vitro/in vivo para validar as metodologias desenvolvidas. A execução deste projeto será de grande relevância para aumentar as taxas de sucesso no desenvolvimento de moléculas de interesse na Química Medicinal e Nanotecnologia através das metodologias de novo. Com isso, esperamos aumentar o impacto e acelerar as pesquisas de toda a comunidade científica nacional e internacional que já possui livre acesso ao portal DockThor-VS, plataforma computacional para triagem virtual acoplada ao supercomputador Santos Dumont (SDumont).. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Integrante / Isabella Alvim Guedes - Coordenador / Marisa Fabiana Nicolás - Integrante / Leon S C Costa - Integrante / Matheus Müller Pereira da Silva - Integrante., Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
2019 - Atual

Algoritmos e Sistemas Computacionais em Plataforma de Alto Desempenho para Predição de Estrutura de Proteínas e Desenho Racional de Fármacos, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Helio José Corrêa Barbosa em 26/09/2019., Descrição: Desenvolvimentos metodológicos e computacionais que auxiliem pesquisas na área de desenho racional de fármacos e engenharia de proteínas têm uma importância estratégica bastante relevante e com o potencial de gerar resultados de grande impacto científico, econômico e tecnológico. Os objetivos científicos deste projeto estão associados ao desenvolvimento de sistemas computacionais disponibilizados na forma de portais web gratuitos construídos utilizando metodologias próprias, para triagem virtual em larga escala de compostos candidatos à fármacos e para predição de estruturas de proteínas utilizando metodologias template free. Estas ferramentas computacionais estarão acopladas à nova plataforma computacional de alto desempenho do LNCC/SINAPAD, recentemente adquirida pelo Brasil, com capacidade de processamento da ordem de petaflops. O desenvolvimento e disponibilização destes portais visam potencializar projetos de pesquisa nas áreas de desenho racional de fármacos e biologia estrutural/engenharia de proteínas desenvolvidos por grupos de pesquisa brasileiros. O desenvolvimento dos portais está também associado com a implementação de novas abordagens metodológicas e algoritmos visando a obtenção de uma maior capacidade preditiva dos programas envolvidos. A equipe envolvida neste projeto possui pesquisadores com excelente histórico de pesquisa multidisciplinar e experiência comprovada nos seguintes aspectos: (i) desenvolvimento de programas e portais para atracamento molecular receptor-ligante e predição de estruturas de proteínas; (ii) desenvolvimento de algoritmos utilizando metaheurísticas e uso de técnicas de aprendizagem de máquina; (iii) paralelização de programas utilizando arquiteturas multicore e placas GPUs (Graphic Processing Units). É também objetivo deste projeto procurar contribuir para a formação de recursos humanos de alto nível na área de desenvolvimento metodológico em modelagem molecular e computação de alto desempenho... , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Integrante / Hélio José Correa Barbosa - Coordenador / Fábio Lima Custódio - Integrante / Isabella Alvim Guedes - Integrante / Camila Silva de Magalhães - Integrante / Eduardo Krempser - Integrante., Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
2019 - Atual

Rede Fluminense para a Pesquisa e Desenvolvimento de Nanomateriais Nanobiosistemas, Descrição: Este projeto visa a criação de uma rede de pesquisa em nanotecnologia fortemente interligada entre seis instituições (UFRJ, UFF, Inmetro, PUC-RJ, Fiocruz e LNCC) reconhecidas pela alta qualidade na formação de seus pesquisadores e estudantes e de sua produção científica, assim como pela vocação para interação com o meio industrial. Diversas equipes interinstitucionais formadas nesta proposta aliarão suas expertises para o desenvolvimento, avaliação de inocuidade, e caracterização de nanomateriais e nanobiosistemas com grande potencial para a fabricação de nanodispositivos e nanoprodutos na área da saúde, para tecnologias de armazenamento e processamento de informação, para geração de energia limpas e preservação do meio ambiente. A sinergia entre pesquisadores atuantes em Ciência de Materiais, Ciências Biológicas e Farmacêuticas, Física, Química, Medicina, Modelagem Computacional e Bioinformática, de vários níveis de experiência (de pesquisadores consolidados à jovens cientistas promissores) permitirá sem dúvida a geração de pesquisas de fronteira e de alto nível científico-tecnológico. É importante enfatizar que, além da geração de conhecimento, nossa proposta possui forte vocação para a inovação, uma vez que, praticamente, todos os laboratórios envolvidos possuem programas oficiais de apoio a geração de empresas e produtos. A formação desta Rede de Nanotecnologia também contribuíra para consolidação da nova pós-graduação em Nanobiossistemas que envolve quatro das instituições (UFRJ, INMETRO, LNCC e FIOCRUZ) e que visa a formação de pesquisadores qualificados e aptos a proporem soluções sustentáveis, usando a nanociência e nanotecnologia, para os desafios atuais e futuros na área da saúde e do meio ambiente, as quais são fundamentais para o país.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Coordenador / Isabella Alvim Guedes - Integrante / Marisa Fabiana Nicolás - Integrante / Ana Tereza R. de Vasconcelos - Integrante / KARL, ANA - Integrante / Carlos Alberto Achete - Integrante / Luciane Prioli Ciapina - Integrante., Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
2015 - Atual

Identificação de Alvos por Docagem Reversa Aplicada ao Estudo e Otimização Estrutural de Compostos Leishmanicidas e Tripanocidas, Descrição: Projeto financiado pelo INCT-INOFAR (CNPq). , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Coordenador / Maurício R Sant'Anna - Integrante / Isabella Alvim Guedes - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2009 - Atual

Predição de Estruturas de Proteínas e de Complexos Receptor-Ligante: Desenvolvimento de Métodos, Algorítmos e Programas, Descrição: Os objetivos científicos deste projeto estão associados com o desenvolvimento de metodologias computacionais em áreas atualmente consideradas estratégicas da biologia molecular computacional. Mais especificamente, visa o desenvolvimento e o aprimoramento das seguintes metodologias e programas baseados em um algoritmo genético específico para encontrar múltiplas conformações de baixa energia: (i) programa para predição de estruturas de proteínas por primeiros princípios utilizando um campo de força molecular clássico, bibliotecas de fragmentos e distintas funções empíricas para incluir o termo de solvatação; (ii) predição de estruturas de proteínas utilizando dados experimentais advindos de experimentos de ressonância magnética nuclear; (iii) programa de ?docking? receptor-ligante incluindo a flexibilidade do receptor, utilizando um campo de força molecular específico para pequenas moléculas ligantes e com uma função empírica de energia livre de ligação baseado em uma metodologia de reconhecimento de padrões. O objetivo é contribuir, tanto através da ampliação da capacidade preditiva destes programas através da incorporação e testes de novas abordagens metodológicas, quanto do ponto de vista computacional ao otimizá-las e adaptá-las para uma plataforma computacional de alto desempenho (máquinas multi-cores e clusters). É também objetivo deste projeto procurar contribuir para a comunidade acadêmica nacional através da disponibilização dos programas desenvolvidos e através da formação de recursos humanos de alto nível na área de desenvolvimento metodológico em modelagem molecular.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Coordenador., Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Bolsa.
2005 - 2008

Inovação e Desenvolvimento de Fármacos e Medicamentos (Instituto do Milênio), Descrição: Lider do Projeto: Prof. Eliezer J. Barreiro (Fac. de Farmacia - UFRJ) Este projeto pretende agregar competências acadêmico-científicas do País (cerca de 25 Instituições), através a participação dos pesquisadores seniores, produtivos, e colaboradores, nas diversas áreas e sub-áreas da cadeia do fármaco/medicamento, desde a identificação/valiadação de novos alvos-terapêuticos empregando técnicas clássicas e inovadoras, experimentais e teóricas, passando por aquelas necessárias a obtenção/síntese de quantidades adequadas à formulação dos novos medicamentos, atingindo a etapa de ensaios pré-clínicos e clínicos de fase 1, de novas moléculas candidatas a protótipos de fármacos. Incluir nesta trajetória novas moléculas patenteadas que sejam promissoras face a resultados já disponíveis, bem como proteger aquelas por ventura descobertas com nível de originalidade inventiva que motive sua proteção. Ademais, pretende-se ainda dentre os objetivos suplementares do Instituto, estudar, identificar e desenvolver rotinas de síntese total, partindo de intermediários de menor custo possível, de fármacos de comprovado interesse terapêutico com patentes vencidas, que representem candidatos a futuros fármacos genéricos. Complementarmente, pretende-se associar a expertise acadêmico-científica dos grupos de pesquisa envolvidos, compondo as diversas etapas da cadeia do fármaco, com participantes do setor farmoquímico e farmacêutico nacional visando o desenvolvimento de novo produto farmacêutico com diferentes níveis de inovação, contribuindo para sanar eventuais lacunas históricas na cadeia produtiva do medicamento no Brasil.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2004 - 2009

Desenvolvimento de Métodos Computacionais Aplicados ao Desenho Racional de Fármacos e Predição de Estrutura de Proteínas, Descrição: Lider do Projeto: Prof. Laurent Emmanuel Dardenne Este projeto tem como objetivo o desenvolvimento de metodologias computacionais e algoritmos na área de modelagem molecular nas seguintes linhas de pesquisa: (I) Descrever e quantificar o modo de interação entre uma proteína e uma molécula ligante; (II) Predição de estruturas tridimensionais de proteínas; (III) Cálculo de propriedades eletrostáticas de roteínas; Dentre os objetivos específicos deste projeto estão: (1) Desenvolvimento de metodologias de "docking" utilizando o algoritmo "Generalized simulated annealing" e variantes de algoritmos genéticos, orientados para encontrar múltiplas soluções, que possam ser robustos e precisos e que incorporem diferentes níveis de sofisticação com relação aos seguintes tópicos:flexibilidade do receptor e do ligante; inclusão ou não de moléculas de água dentro do sítio ativo; forma de avaliação da energia de interação receptor/ligante; (2) Desenvolvimento e testes de diversas variantes de algoritmos genéticos para a predição de estruturas de proteínas, dentro do modelo HP (Hidrofóbico-Polar), visando a posterior aplicação dos mesmos em modelos de proteínas mais sofisticados; (3) Cálculo de propriedades eletrostáticas de proteínas utilizando a metodologia de expansões multipolares multicentradas derivadas de cálculos quânticos de estrutura eletrônica.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Coordenador., Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
2002 - 2005

Desenvolvimento de Modelos QSAR-3D Acoplados a Métodos de Docking Visando o Desenho Racional de Protótipos de Fármacos, Descrição: O objetivo principal deste projeto é a aplicação de metodologias de simulação computacional visando a obtenção de modelos de QSAR-3D que auxiliem no planejamento racional de compostos bioativos, visando a obtenção de novos protótipos de fármacos. Este projeto se coloca dentro de uma perspectiva interdisciplinar onde métodos de modelagem molecular, como a utilização de programas docking e de técnicas de QSAR (2D/3D), serão aplicados no planejamento de novos candidatos a compostos protótipos, os quais serão posteriormente sintetizados e avaliados nos alvos terapêuticos específicos. Esta abordagem caracteriza-se por uma integração de diferentes áreas do conhecimento como química computacional, química orgânica medicinal e farmacologia. Este projeto envolve a colaboração entre pesquisadores com experiência comprovada em áreas chaves do conhecimento e ligados a importantes instituições de pesquisa do estado do Rio de Janeiro (Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC/Petrópolis; Laboratório de Física Biológica - Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho/IBCCF/UFRJ; Departamento de Química, UFRRJ; Laboratório de Avaliação e Síntese de Substâncias Bioativas - LASSBio/Faculdade Farmácia/UFRJ, Departamento de Farmacologia Básica e Clínica do Instituto de Ciências Biomédicas/UFRJ e o Departamento de Química/UFRJ).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Integrante / Paulo Mascarelo Bisch - Integrante / Pedro geraldo Pascutti - Integrante / Luiz Bevilacqua - Integrante / Eliezer de Jesus Barreiro - Coordenador / Carlos Alberto Manssour Fraga - Integrante / Ana Luisa P. de Miranda - Integrante / Carlos Maurício Rabello de Sant?anna - Integrante / Lídia Moreira Lima - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2002 - 2005

Desenvolvimento de Metodologias de Docking Acopladas à Computação de Alto Desempenho Visando o desenho racional de Compostos Bioativos, Descrição: Este projeto tem os seguintes objetivos: (1) Desenvolvimento de metodologias de docking (tendo como base os algoritmos de otimização estocástica ?Generalized Simulated Annealing? e Algoritmo Genético e também algoritmos modificados de Dinâmica Molecular) que possam ser robustos, rápidos e precisos e que incorporem diferentes níveis de sofisticação com relação à flexibilidade do receptor e do ligante, à inclusão ou não de moléculas de água dentro do sítio ativo e também à forma de avaliação da energia de interação receptor/ligante; (2) Construção de uma biblioteca in silicon de compostos candidatos a fármacos e de um banco in silicon de alvos moleculares orientado para estudos de docking;. (3) Implementação das metodologias desenvolvidas em um ambiente de computação paralela baseado em cluster de PC's; (4) Validação experimental dos resultados computacionais e em caso positivo a realização da síntese de novos compostos e respectivos testes farmacológicos tendo como referência os resultados in silicon. Atualmente o Brasil está bastante avançado na área genômica, investindo consideravelmente em projetos de seqüenciamento de genomas completos. Muitos destes projetos visam o descobrimento de alvos moleculares que possam ser utilizados no desenvolvimento de terapias contra doenças tropicais que afetam milhões de pessoas no Brasil e no mundo. A implementação de um projeto na área de desenho racional de fármacos, que integre desenvolvimento metodológico próprio, computação de alto desempenho em conjunto com a parte experimental da química medicinal possui uma importância estratégica bastante relevante em uma área de grande impacto científico e tecnológico no decorrer dos próximos anos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Integrante / Araken dos santos Werneck - Integrante / Paulo Mascarelo Bisch - Integrante / Pedro geraldo Pascutti - Integrante / Shaila Cíntia Sykora Rossle - Integrante / Ernesto Raul Caffarena - Integrante / Luiz Bevilacqua - Coordenador / Camila Silva de Magalhães - Integrante / Alcino Dall'Igna Júnior - Integrante / Renato Simões Silva - Integrante / Hélio José Correa Barbosa - Integrante / Fernanda Maria Pereira Raupp - Integrante / Carlos Cristiano - Integrante / Ricardo Amorim Abreu - Integrante / Alan Wilter da Silva - Integrante / Mônica da Luz Carvalho - Integrante / Diego Henry Barreto Gomes - Integrante / Eliezer de Jesus Barreiro - Integrante / Carlos Alberto Manssour Fraga - Integrante / Ana Luisa P. de Miranda - Integrante / Carlos Maurício R. de Sant?anna - Integrante / Hugo Verli - Integrante / Cláudio Struchiner - Integrante / Kléber Carlos Mundim - Integrante / Lídia Moreira Lima - Integrante., Financiador(es): Instituto Virtual de Bioinformática e Modelagem de Biosistemas - Outra / Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.

Projetos de desenvolvimento

2004 - 2005

Projeto BIOPAUA, Descrição: O objetivo do Portal BioPAUÁ consiste na disponibilização de um ambiente Web para facilitar o desenvolvimento de pesquisas na área de Dinâmica Molecular, em particular, aplicações para investigar complexos proteína/ligantes por meio de uma plataforma de grade computacional. Foi nosso desejo introduzir as técnicas de DM, por meio do programa GROMACS, de uma forma mais amigável e eficiente, utilizando a infra-estrutura de grade computacional do Projeto PAUÁ, baseado no middleware de Grade Computacional OURGRID, numa rede espalhada pelo Brasil, do Nordeste ao Sul, a partir do LNCC/MCT, numa colaboração do IBCCF/UFRJ (Laboratório de Modelagem e Dinâmica Molecular) e apoio da HP do Brasil P&D. O Portal oferece o serviço de submissão de jobs, cujas simulações poderão ser feitas utilizando-se apenas um arquivo do tipo PDB como entrada, ou a partir de um arquivo tipo TPR, para usuários já experientes no GROMACS. . , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Coordenador., Financiador(es): Hewlett-Packard Brasil - Matriz - Auxílio financeiro.
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2004 - 2005

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2004 - 2005

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2004 - 2005

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Prêmios

2025

Prêmio melhor poster "Incorporating Receptor Flexibility into DockThor Using Ensemble Docking Approaches" no BrazMedChem 2025, 12th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry.

2025

Bolsista Cientista do Nosso Estado - FAPERJ, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro - FAPERJ..

2023

Prêmio melhor poster "Mitigation of Ligand Biases and Improvement of Spatial Invariance of CNNs for a Reliable Receptor-Ligand Binding Affinity Prediction" no BrazMedChem 2023, 11th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry.

2023

Bolsista Cientista do Nosso Estado - FAPERJ, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro - FAPERJ..

2022

Autor de um dos top-100 artigos mais acessados da revista Scientific Reports (Cell and Molecular Biology) publicados no ano de 2021 (DOI 10.1038/s41598-021-84700-0), Nature.

2022

MENÇÃO HONROSA para trabalho apresentado no XXIII Simpósio Nacional de Bioprocessos- SINAFERM, XVI - SHEB, XIV ENZITEC, ABEQ - Associação Brasileira de Engenharia Química.

2022

Melhor pôster para o trabalho "Exploring Cross-Docking on the DockThor Program" no II Workshop of Molecular Modelling in Drug Discovery and Design, Comissão Avaliadora do II Workshop of Molecular Modelling in Drug Discovery and Design.

2021

Autor de um dos quatro artigos mais citados da revista JCIM publicados no ano de 2020, JCIM.

2021

Pesquisador homenageado pela sua contribuição científica e na formação de recursos humanos na área de modelagem molecular de sistemas biológicos, XEMMSB.

2019

Trabalho "Design, synthesis and evaluation of novel thalidomide-donepezil hybrids as new inhibitors of AChE for the treatment of Alzheimer?s disease" premiado no 9th BRAZMEDCHEM 2019, BRAZMEDCHEM.

2017

14 Prêmio Destaque na Iniciação Científica e Tecnológica do CNPq, na área de Ciências da Vida, CNPq.

2017

Capa do periódico Journal of the Brazillian Chemical Society, associado ao artigo em 2017, 28 (11), 2218-2228, JBCS.

2015

Best Paper Award, CIBCB 2015 IEEE Computational Inteligence Society.

2009

Pesquisador Cientista Jovem do Nosso Estado, FAPERJ.

2008

Melhor poster BRAZMEDCHEM2008 - sessão Drug Design: Tools in Cheminformatics and Bioinformatics, Divisão de Química Medicinal da SBQ.

Histórico profissional

Endereço profissional

Laboratório Nacional de Computação Científica, Pós Graduação, Departamento de Mecânica Computacional. , Avenida Getúlio Vargas 333, Quitandinha, 25651075 - Petrópolis, RJ - Brasil, Telefone: (24) 22336009, Ramal: 6009, Fax: (24) 22336167, URL da Homepage:

Experiência profissional

2023 - Atual

Universidade Federal do Rio de Janeiro

Vínculo: , Enquadramento Funcional:

2019 - Atual

Instituto Nacional de Metrologia, Qualidade e Tecnologia

Vínculo: , Enquadramento Funcional:

2002 - Atual

Laboratório Nacional de Computação Científica

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Tecnologista, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

2000 - 2002

Laboratório Nacional de Computação Científica

Vínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: , Carga horária: 0, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações:
Bolsista DTI (Desenvolvimento tecnológico e Industrial) - nível 7B - CNPq/MCT

Atividades

08/2021
Direção e administração, Coordenação de Mecânica Computacional.Cargo ou função, Coordenador Coordenação de Modelagem Computacional - COMOD/LNCC.
10/2000
Pesquisa e desenvolvimento, Pós Graduação, Departamento de Mecânica Computacional.Linhas de pesquisa
06/2009 - 04/2012
Direção e administração, LNCC.Cargo ou função, Coordenador do Programa de Capacitação Institucional do LNCC.
04/2009 - 04/2011
Direção e administração, Coordenação de Mecânica Computacional.Cargo ou função, Chefe de Departamento.
07/2008 - 03/2009
Direção e administração, Coordenação de Mecânica Computacional.Cargo ou função, Vice-chefe.
06/2006 - 09/2006
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-GraduaçãoDisciplinas ministradas, Estruturas de Proteínas e Simulação Computacional de Macromoléculas Biológicas
01/2006 - 02/2006
Ensino, Nivelamento em Modelagem Computacional, Nível: AperfeiçoamentoDisciplinas ministradas, Introdução a Biologia Molecular e Buioquímica
06/2005 - 09/2005
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-GraduaçãoDisciplinas ministradas, Estrutura de Proteínas e Modelagem Computacional de Macromoléculas Biológicas
06/2004 - 09/2004
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-GraduaçãoDisciplinas ministradas, Estrutura de Proteínas e Modelagem Computacional de Macromoléculas Biológicas
09/2002 - 12/2002
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-GraduaçãoDisciplinas ministradas, Estrutura de Proteínas e Simulação Computacional de Macromoléculas Biológicas - GB185
09/2001 - 12/2001
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-GraduaçãoDisciplinas ministradas, Estrutura de Proteínas e Simulação Computacional de Macromoléculas Biológicas - GB185