Laurent Emmanuel Dardenne

Possui graduação em Física pela Universidade de Brasília (1992), mestrado em Física pela Universidade de Brasília (1995) e doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica) pelo Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho da Universidade Federal do Rio de Janeiro (2000). Atualmente é pesquisador do Laboratório Nacional de Computação Científica. Tem experiência na área de Biofísica, com ênfase em Modelagem Molecular, atuando principalmente nos seguintes temas: desenvolvimento de metodologias de docking e predição ab initio/de novo de estruturas de proteínas, drug design, dinâmica molecular, algorítmos genéticos e cálculos quânticos de estrutura eletrônica.

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Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)

1995 - 2000

Universidade Federal do Rio de Janeiro
Título: Propriedades Eletrostáticas do Sítio Ativo de Cisteíno Proteinases da Família da Papaína
Paulo Mascarello Bisch. Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. Palavras-chave: Propriedades Eletrostáticas; Cisteíno Proteinases; Calculos ab initio; Expansões Multipolares Multicentradas; Catálise Enzimática; Papaína. Grande área: Ciências BiológicasGrande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular / Especialidade: Reações Enzimáticas. Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos.

Mestrado em Física

1992 - 1995

Universidade de Brasília, UnB
Título: Estudo de Instabilidades e Problemas de Convergência de Soluções Hartree-Fock,Ano de Obtenção: 1995
Nilo Makiuchi.Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. Palavras-chave: Instabildades; Multiplicidade; Soluções Hartree-Fock; Método Algébrico.Grande área: Ciências Exatas e da TerraSetores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos.

Graduação em Física

1986 - 1992

Universidade de Brasília, UnB
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.

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Pós-doutorado

2000 - 2001

Pós-Doutorado. , Laboratório de Avaliação e Síntese de Substâncias Bioativas Faculdade de Fa, LASSBIO/UFRJ, Brasil. , Grande área: Ciências Biológicas, Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Farmacologia / Subárea: Farmacologia Bioquímica e Molecular / Especialidade: Modelagem Molecular. , Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Farmacologia / Subárea: Farmacologia Bioquímica e Molecular / Especialidade: Desenvovlviemnto Metodológico.

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Formação complementar

1997 - 1997

Exploitation de Sequences de Proteines. (Carga horária: 80h). , Centre National de la Recherche Scientifique, CNRS, França.

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Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Francês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

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Áreas de atuação

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular/Especialidade: Modelagem Molecular.

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Farmacologia / Subárea: Farmacologia Bioquímica e Molecular/Especialidade: Desenho Racional de Compostos Protótipos Fármacos.

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Química de Macromoléculas/Especialidade: Propriedades Eletrostáticas de Proteínas.

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Atômica e Molecular/Especialidade: Estrutura Eletrônica de Átomos e Moléculas; Teoria.

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biologia Computacional/Especialidade: Biofisica Molecular.

    Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biologia Computacional/Especialidade: Predição ab initio de estruturas de proteínas.

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Organização de eventos

DARDENNE, LAURENT E. ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; Guedes, I.A. ; DE MAGALHAES, C S ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; GOMES, Diego Henry Barreto ; Batista, PR ; CUSTÓDIO, Fábio Lima . IX ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2018. (Congresso).

DARDENNE, L. E. ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; CAFFARENA, Ernesto Raul . VIII ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2016. (Congresso).

DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . VII ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2014. (Congresso).

DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . VI ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2012. (Congresso).

DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . V ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLOGICOS. 2010. (Congresso).

DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . IV ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2008. (Congresso).

DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . III ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2006. (Congresso).

DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . II ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2004. (Congresso).

DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . I ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLOGICOS. 2002. (Congresso).

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Participação em eventos

13 CASP. GAPF_LNCC: an automated method for protein structure prediction with a multiple minima genetic algorithm. 2018. (Congresso).

Workshop Physics and Biology of Proteins.Strategies for Template-Free Protein Structure Prediction. 2017. (Simpósio).

12 CASP. GAPF_LNCC_SERVER: a fully automated server for template-free protein structure prediction with a multiple minima genetic algorithm. 2016. (Congresso).

Brazilian Symposium in Medicinal Chemistry.Approaches to Evaluation and Improvement Empirical Affinity Prediction Functions for Virtual Screening. 2016. (Simpósio).

XLVI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq). Development of Empirical Scoring Functions for Predicting Protein-Ligand Binding Affinity. 2016. (Congresso).

XVIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica.DockThor: A Brazilian Receptor-Ligand Docking Program. 2015. (Simpósio).

43 SBBq.Ab Initio Protein Structure Prediction: Assessing Components for the Energy Function. 2014. (Simpósio).

III Simpósio Interdisciplinar Física + Bioinformática.Avaliação de diversos protocolos automáticos de preparação da proteína e do ligante em experimentos de docking molecular. 2014. (Simpósio).

XXIII International Symposium on Medicinal Chemistry (EFMC-ISMC 2014).DockThor: A Free Protein-Ligand Docking Web Server. 2014. (Simpósio).

65 Reunião Anual da SBPC. Projeto Dockthor: Um Programa Brasileiro para o Desenho Racional de Fármacos. 2013. (Congresso).

II Escola Brasileira de Modelagem Molecular.Strategies for Ab Initio Protein Structure Prediction. 2013. (Simpósio).

XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular ? SBBq. The DockThor Portal: a Free Protein-Ligand Docking Server. 2013. (Congresso).

Critical Assessment of Protein Structure Prediction - CASP10. none. 2012. (Congresso).

II Latin American Federation of Biophysical Societies Congress/XXXVII Brazilian Biophysical Society Congress. Development and Validation of a New Multi-Solution Receptor-Ligand Docking Program. 2012. (Congresso).

VI Workshop de Avaliação e Acompanhamento do Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fármacos e Medicamentos.Structural and Ligand Binding Properties Studies of the IKK2 Molecular Target. 2012. (Simpósio).

XLI Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq). Dockthor: Development and Validation of a New Docking Program. 2012. (Congresso).

XXII International Symposium on Medicinal Chemsitry EFMC/ISMC. MOLECULAR MODELING OF IKK2 TARGET: STRUCTURAL AND LIGAND BINDING PROPERTIES STUDIES. 2012. (Congresso).

Encontro de Física - Integração da Física na América Latina - SBF. Ab Iniito Protein Structure Prediction using All-Atom and Coarse Grained Models. 2011. (Congresso).

I Escola Brasileira de Modelagem Molecular.Metodologias de Docking Receptor-Ligante. 2011. (Outra).

II Reunião Anual de Avaliação do Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fármacos e Medicamentos.Virtual Screening utilizando o programa Dockthor. 2011. (Outra).

Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática 2011. Dockthor: Development and Validation of a Ligand-Receptor Docking Program. 2011. (Congresso).

XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica. Dockthor: Development and Validation of a Ligand-Receptor Docking Program using a Diverse Set of Ligands. 2011. (Congresso).

V BrazMedChem. DockThor: Software for Ligand Flexible Docking Using a Genetic Algorithm and the MMFF94 Force Field. 2010. (Congresso).

Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática.Ab Iniito Structure Prediction With Genetic Algorithms. 2009. (Simpósio).

VII Iberoamerican Congress of Biophysics. AB INITIO PROTEIN STRUCTURE PREDICTION WITH GENETIC ALGORITHMS. 2009. (Congresso).

XII Encontro Regional da Sociedade Brasileira de Química.Métodos Computacionais Aplicados ao Planejamento de Compostos Bioativos. 2009. (Encontro).

XVIII International Network of Protein Engineering Centers. GAPF, a Multiple Minima Genetic Algorithm for Ab Initio Protein Structure Prediction. 2009. (Congresso).

XVI Semana Científica Farmacêutica.Metodologias de Docking Receptor-Ligante. 2009. (Outra).

XV Simpósio Brasileiro de Química Teórica.Algoritmos Genéticos para predição ab initio de estrutura de proteínas. 2009. (Simpósio).

4th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry. Development of a Docking Methodology Using a Multi_Solution Genetic Algorithm and a Neural Network. 2008. (Congresso).

4th Internacional Conference of the International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-Meeting. Molecular Dynamics Simulations of Calmodulin: A Comparative Study of Reaction Field and Particle-Mesh Ewald Electrostatic Treatments. 2008. (Congresso).

III Workshop Instituto do Milênio em Inovação e Desenvolvimento de Fármacos e Medicamentos.LLDB - LASSBio Ligand Data Bank. 2008. (Encontro).

Second Brazilian Symposium on Bioinformatics - BSB2007.Molecular Dynamics Simulations of Cruzipains 1 and 2 at Different Temperatures. 2007. (Simpósio).

Structural Bioinformatics Workshop.Cross-Docking oh Highly Flexible Ligands Using a Multi-Solution Algorithm Strategy. 2007. (Simpósio).

XIV Simpósio Brasileiro de Química Teórica.Resolução de Estruturas de Proteínas Utilizando-se Dados de RMN a Parteir de um Algorítmo Genético de Múltiplos Mínimos. 2007. (Simpósio).

3rd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry.Cross-Docking of Highly Flexible Ligands Using a Multi-Solution Genetic Algorithm Strategy. 2006. (Simpósio).

II Workshop Instituto do Milênio em Inovação e Desenvolvimento de Fármacos e Medicamentos.LASSBio Ligand Data Bank. 2006. (Encontro).

XXXV SBBq- Reunião Anual da Sociedade Barsileira de Bioquímica e Biologia Molecular. Designing New Bioactive Compounds by using Molecular Modeles Techniques. 2006. (Congresso).

15th International Biophysics Congress. 15th International Biophysics Congress. 2005. (Congresso).

Biomolecular Simulations. Biomolecular Simulations. 2005. (Congresso).

XIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica.Cross-Docking of Highly Flexible Ligands using a Multisolution-GSA Docking Method. 2005. (Simpósio).

1st Latin American Protein Society Meeting. 1st Latin American Protein Society Meeting. 2004. (Congresso).

2nd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry.2nd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry. 2004. (Simpósio).

IV Encontro Regional de Matemática Aplicada e Computacional.IV Encontro Regional De Matemática Aplicada e Computacional / Workshop sobre Simulação e Análise de Sistemas Complexos. 2004. (Encontro).

IX Escola Brasileira de Estrutura Eletrônica.IX Escola Brasileira de Estrutura Eletrônica. 2004. (Encontro).

1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2003. (Congresso).

V Ibero-American Congress of Biophysics. V Ibero-American Congress of Biophysics. 2003. (Congresso).

Workshop on Molecular Modeling in Biophysics.Workshop on Molecular Modeling in Biophysics. 2002. (Oficina).

XI Simpósio Brasileiro de Química Teórica.XI Simpósio Brasileiro de Química Teórica. 2001. (Simpósio).

IV Biophysics Congress of the Southern Cone. IV Biophysics Congress of the Southern Cone. 2000. (Congresso).

Symposium Understanding Protein Electrostatics.Symposium Understanding Protein Electrostatics. 2000. (Simpósio).

XXIII Encontro de Física da Matéria Condensada. XXIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. 2000. (Congresso).

XIII International Biophysics Congress. XIII International Biophysics Congress. 1999. (Congresso).

X Simpósio Brasileiro de Química Teórica.X Simpósio Brasileiro de Química Teórica. 1999. (Simpósio).

XXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. XXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. 1998. (Congresso).

International Symposium on Protein Condensation.International Symposium on Protein Condensation. 1997. (Simpósio).

XX Encontro nacional de Física da Matéria Condensada. XX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. 1997. (Congresso).

XIX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. XIX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. 1996. (Congresso).

VIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica.VIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica. 1995. (Simpósio).

XVII Encontro nacional de Física da Matéria Condensada. XVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. 1994. (Congresso).

XVI Encontro nacional de Física da Matéria Condensada. XVI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. 1993. (Congresso).

XV Encontro nacional de Física da Matéria Condensada. XV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. 1992. (Congresso).

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Participação em bancas

Aluno: Lauro Ribeiro de Souza Neto

DARDENNE, LAURENT E.CAFFARENA, Ernesto Raul; NOEL, F. G.. DESCOBERTA DE NOVOS LIGANTES DE TIOREDOXINA GLUTATIONA REDUTASE DE Schistosoma mansoni (SmTGR) ATRAVÉS DE TRIAGEM DE FRAGMENTOS POR CRISTALOGRAFIA DE RAIOS X. 2018. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Farmacologia e Química Medicinal)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Artur Duque Rossi

DARDENNE, L. E.CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala; BARBOSA, C. B.. Refinamento Manual e Automático de Modelos Tridimensionais de Proteía ınas para o Workflow Cient ́ ıfico MHOLline. 2017. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

Aluno: Thayssa Tavares da Silva Cunha Ferreira

DARDENNE, L. E.; FRAGA, Carlos Alberto Manssour; ROMEIRO, N. C.; MORCILLO, L. S. L.. Identificação de Novos Inibidores Seletivos da Enzima Aldeído Desidrogenase 2 (ALDH-2) para o Tratamento da Dependência à Cocaína. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Farmacologia e Química Medicinal)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Thiago Tavares Magalhães

DARDENNE, L. E.BARBOSA, Hélio José Correa; FONSECA, L. G.; BERNARDINO, H. S.. Estudo de configurações de modelos híbridos de ilhas para obtenção de uma ou mais soluções em otimização via meta-heurísticas. 2016. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Marcelo Depólo Polêto

DARDENNE, L. E.; NETZ, P. A.; FETT NETO, A. G.. Parametrização de anéis aromáticos comumente usados no desenvolvimento de fármacos e química medicinal. 2016. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular - UFRGS) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Marcelo Depólo Polêto

DARDENNE, L. E.; FETT NETO, A. G.; NETZ, P. A.; BRAUN, R. L.. Parametrização de anéis aromáticos comumente usados no desenvolvimento de fármacos e química medicinal. 2016. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular - UFRGS) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Vitor Lima Coelho

SAMMETH, M. A. M. T.; STOYE, J.;DARDENNE, L. E.. Análise Funcional de Eventos de Splicing Alternativo. 2015. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Rafael Ferreira Soares

DARDENNE, L. E.; ALVES, C. R.; SILVA, R. C.. Caracterização Estrutural e Funcional do Modelo In Silico da Proteína de membrana P2X7 Humana. 2015. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Amanda Souza Câmara

DARDENNE, L. E.; REBOREDO, E. H.; MONTALVAO, R. W.. Uma transição assimétrica entre estados simétrico: o alosterismo da Glucosamina 6-fosfato Desaminase. 2013. Dissertação (Mestrado em Fisica (Sc)) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Laura Joana Silva Lopes

DARDENNE, L. E.; NASCIMENTO, M. A. C.; ALENCASTRO, R. B.; TAVARES, F. W.. SpeciFFic: Desenvolvimento e Aplicação de um Programa para a Construção de Campos de Força Específicos. 2013. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Antonio Bento de Oliveira

DARDENNE, L. E.; LEITE, V. B. P.; CARVALHO, S. J.. Visualização do Funil de Enovelamento de Proteínas. 2013. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Helen Nathalia Thompson

DARDENNE, L. E.; SEGALA, M.; LIVOTTO, P. R.. Mudanças Estruturais na Proteína Príon Celular Induzidas por Alteração de pH. 2012. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Luciana da Silva Almendra Gomes

DARDENNE, L. E.; Matoso, M.L.Q.; Lifschitz, S.. Proveniência de dados para Workflows de Bioinformática. 2011. Dissertação (Mestrado em Informática) - Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro.

Aluno: Edson Fauth Vargas Filho

NETZ, P. A.; Termignoni C.;DARDENNE, L. E.. Caracterização Estrutural e Conformacional de Toxinas da Família das Actinoporinas. 2010. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Eduardo Krempser da Silva

BARBOSA, Hélio José Correa; EBECKEN, N. F. F.;DARDENNE, L. E.. Evolução Diferencial para Problemas de Otimização Restrita. 2009. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: José Geraldo Rocha Júnior

DARDENNE, L. E.; COSTA, J. B. N.; SANT?ANNA, Carlos Maurício R. de. Desenvolvimento de um Modelo Empírico de Predição da Atividade de Inibidores da Esterol 14-alfa Desmetilase (CYP51) Utilizando o Método Semi-Empírico PM6. 2009. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro.

Aluno: Elen Gomes Pereira

DARDENNE, L. E.; BISCH, Paulo Mascarelo; Abdelhay ESFW. Estudo Estrutural e Termodinâmico de Mutantes da Proteína c-ABL resistentes ao Imatinib. 2009. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Maurício Garcia de Souza Costa

DARDENNE, L. E.; LIMA, A. P. C. A.; LEAL, K. Z.. Estudo Computacional de Interações entre a Heparina e Proteínas envolvidas na angiogênese tumoral. 2009. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Luciana Rocha Pedro

DARDENNE, L. E.BARBOSA, Hélio José Correa; RAUPP, Fernanda; TAKAHASHI, R. H. C.; EBECKEN, N. F. F.. Uma Nova Representação para o Problema de Predição de Estrutura de Proteínas em Grades. 2008. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Guilherme Barroso Langoni de Freitas

FRAGA, Carlos Alberto Manssour; SANT?ANNA, Carlos Maurício R. de;DARDENNE, L. E.; Alencastro , R.B.. Desenvolvimento de Modelos COMFA e COMSIA de Afinidade e Seletividade para Ligantes Indólicos dos Receptores Canabinóides CB1 e CB2. 2008. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Samuel Belini Defilippo

BARBOSA, Hélio José Correa; BORGES, C. C. H.;DARDENNE, L. E.. Ferramenta Computacional para Apoio à Análise de Regressão de Dados. 2008. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

Aluno: Jaqueline da Silva Angelo

BARBOSA, Hélio José CorreaDARDENNE, L. E.; RAUPP, Fernanda Maria Pereira; TAKAHASHI, R. H. C.. Algoritmos Baseados em Colônia de Formigas para Otimização Multiobjetivo. 2008. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Camila Franco Becker

DARDENNE, L. E.; Termignoni C.; Schroeder E.. Caracterização do Reconhecimento Molecular de Polissacarídeos de Ouriço-do-Mar pela Antitrombina Utilizando Técnicas de Modelagem Molecular. 2007. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Cristiano de Lima Hackmann

DARDENNE, L. E.; Quilfedt J.A.; Idiart M.A.P.; Monteiro A.V.. Modelos Matemáticos para o Transporte de Íons por Canais em membranas de Axônios. 2007. Dissertação (Mestrado em Matemática Aplicada) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Raquel da Silva Leviski

DARDENNE, L. E.; LIVOTTO, Paolo Roberto; SILVEIRA, Nadya Pesce da. Estudo Computacional da Interação Entre Bicamada Lipídica Aniônica e Moricina. 2006. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Cláudia Elizabeth Thompson

DARDENNE, L. E.; RUSSO, Claúdia A M; MARGIS, Márcia. Divergência Funcional da Família gênica da álcooldesidrogenase em plantas. 2006. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Diego Enry Barreto Gomes

DARDENNE, L. E.; VILLAR, José Daniel Figueroa; WEISSMULLER, G.. Estudo da falcipaína-2 em complexo com ligantes por modelagem e dinâmica molecular como suporte ao desenvolvimento racional de novos fármacos. 2006 - Instituto de biofísica Carlos Chagas Filho.

Aluno: Joao Hermínio Martins da Silva

DARDENNE, L. E.; FERNADEZ, J. H.; SILVA, R. C.. Análise Estrutural da integrina alfa4beta1 e ligantes específicos: estudo por modelagem molecular. 2006 - Instituto de biofísica Carlos Chagas Filho.

Aluno: Paulo Ricardo Batista

DARDENNE, L. E.PASCUTTI, Pedro Geraldo; BISCH, Paulo Mascarelo; ALMEIDA, Fabio Ceneviva Lacerda. Estudos Computacionais da Protease do HIV-1: Abertura das alças e diferenças entre subtipos. 2005. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Fernanda Guedes Oliveira

DARDENNE, L. E.; BARREIRO, Eliezer de Jesus; VILLAR, José Daniel Figueroa; SANT?ANNA, Carlos Maurício R. de;CAFFARENA, Ernesto Raul; ESTEVES, Pierre Motte. Estudo do Perfil de Interação de Fosfodiesterase 4 com seus Inibidores. 2005. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Jean Faber Ferreira de Abreu

DARDENNE, L. E.; PORTUGAL, Renato; ROSA, Luiz Pinguelli; OLIVEIRA JÚNIOR, Ivan dos Santos; GALEÃO, Augusto César Nogueira Rodrigues. Computação Quântica em Sistemas Abertos e uma Aplicação ao Modelo Biológico de FRÖHLICH. 2004. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Monique Araújo de Brito

DARDENNE, L. E.; BARREIRO, Eliezerj; SANTANNA, Carlos Maurício R; VILLAR, José Daniel Figueroa; LIMA, Lídia Moreira; MACHADO, Sérgio de Paula. Modelos de COMFA e COMSIA de Antagonistas Alfa-1 Adrenérgicos N-Fenilpiperazínicos. 2004. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Henrique Musseli Cezar

COUTINHO, K. R.; OLIVEIRA, M. J.; ROCHA, W. R.; BRAGA, A. A. C.;DARDENNE, LAURENT. Implementação e desenvolvimento de algoritmo eficiente para deformação intramolecular com o Método de Monte Carlo. 2018. Tese (Doutorado em Fisica (Sc)) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Thiago Lipinski Paes

Dardenne, Laurent E; Souza, O.N.; Ruiz, D.D.A.; WERHLI, A. V.; CACERES, R. A.. Cut-remd: Um Novo Método para Predição de Estruturas Terciárias de Proteínas Baseado em Raio de Corte Incremental. 2017. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

Aluno: Janaina Cruz Pereira

Dardenne, Laurent E; COELHO, F. C.; BASTOS, L. S.. MELHORAMENTO DE DOCKING-BASED VIRTUAL SCREENING USANDO ABORDAGEM DE DEEP LEARNING.. 2017. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Antônio Bento de Oliveira Júnior

DARDENNE, L. E.; ARAUJO, A. F. P.;PASCUTTI, Pedro Geraldo; CHAHINE, J.; LEITE, V. B. P.. Métodos para visualização de superfície de enrgia do enovelamento de proteínas. 2017. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Christian Vahl Quevedo

DARDENNE, L. E.; Ruiz, D.D.A.; Souza, O.N.; MENEGUZZI, F. R.; BASGALUPP, M. P.. Triagem Virtual em Bancos de Dados de Ligantes Considerando Propriedades Físico-Químicas de um Modelo de Receptor Totalmente Flexível. 2016. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

Aluno: Pablo Ivan Pereira Ramos

DARDENNE, L. E.; BISCH, Paulo Mascarelo; VASCONCELOS, A. T. R.; GOES NETO, A.; NICOLAS, M. F.. Transcritoma da resposta de Klebisiella pneumoniae à polimixina B e abordagem computacional para priorização de alvos moleculares. 2016. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: William Kelbert Nitschke

DARDENNE, L. E.; NETZ, P. A.; CARLINI, C. R. R. S.; CANTO, L. F.; STASSEN, H.. Dinâmica Molecular de Jaburetox e Peptídeos Derivados em Bicamada Fosfolipídica. 2016. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Renata De Paris

DARDENNE, L. E.; Ruiz, D.D.A.; Souza, O.N.; FERRETO, T. C.; CARVALHO, A. C. P. L. F.. An Effective Method to Optimize Docking- Based Virtual Screening in a Clustered Fully-Flexible Receptor Model Deployed on Cloud Platforms. 2016. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

Aluno: Sandro Carvalho Isidoro

DARDENNE, L. E.; PAPPA, G. L.; SILVEIRA, C. H.; BLEICHER, L.; FERREIRA, R. S.. Algoritmos Genéticos para Identificação de Sítios Ativos em Enzimas. 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Karine Damásio Guimarães

DARDENNE, L. E.; MADUREIRA, A. L.; SILVA FILHO, A. C. R.; MADUREIRA, D. Q. M.; WEDEMANN, R. S.. Influência da Nicotina no Foco de Atenção: Um Modelo Neurocomputacional para os Circuitos da Recompensa e Tálamo-Cortical. 2015. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Priscila da Silva Figueiredo Celestino Gomes

TCHERTANOV, L.;DARDENNE, L. E.; SILVA, C. O.; VILLAR, J. D. F.; TODESCHINE, A.. Oncogenic Mechanisms of Activation and Resistance of the type III Receptor Tyrosine Kinase family. 2015. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Pedro Victor Renault de Barros

DARDENNE, L. E.; BISCH, Paulo Mascarelo; LIMA, A. P. C. A.; ALMEIDA, Fabio Ceneviva Lacerda; FOLLMER, C.. Estudos Computacionais sobre a Dinâmica Conformacional e a Modulação Alostérica em Cisteíno-Proteases. 2015. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Rodrigo Vargas Honorato

OLIVEIRA, P. S. L.;DARDENNE, L. E.; DELBEM, A. C. B.; TINOS, R.; AMBROSIO, A. L. B.. Implementação de uma abordagem híbrida utilizando modelagem comparativa e ab initio para predição de estrtuturas tridimensionais de proteínas contendo múltiplos domínios com conectores flexíveis. 2015. Tese (Doutorado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Vinicius Schmitz Nunes

CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala; BORGES, C. C. H.;DARDENNE, L. E.CAFFARENA, Ernesto Raul; FARIA-PINTO, P.; SANTOS, H. F.; FONSECA, L. G.. Análise comparativa das Ecto-NTPDase 1 de Homo sapiens e Schistosoma mansoni por meio de modelagem tridimensional, dinâmica molecular e docking receptor-ligante. 2015. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

Aluno: Tácio Vinício Amorim Fernandes

DARDENNE, L. E.; ALMEIDA, Fabio Ceneviva Lacerda; CALIRI, A.; BISCH, Paulo Mascarelo;PASCUTTI, Pedro Geraldo. Desenvolvimento e Aplicação de Métodos Computacionais para Predição de Estrutura de Proteínas. 2014. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Eduardo Krempser da Silva

DARDENNE, L. E.BARBOSA, Hélio José Correa; EBECKEN, N. F. F.; TAKAHASHI, R. H. C.; EVSUKOFF, A. G.. Uso de Metamodelos na Evolução Diferencial para Problemas Envolvendo Simulações de Alto Custo Computacional. 2014. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Eduardo Thomaz Vasconcelos Trevisol

DARDENNE, L. E.; MESQUITA, J. F.; ALMEIDA, R. V.; SANTOS, A. L. S.; LOMELI, M. M.. Regulação da Via de Síntese de Trealose em Saccharomyces cerevisiae e sua Potencial Utilização como Alvo para Novas Drogas. 2014. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Jaqueline da Silva Angelo

BARBOSA, Hélio José CorreaDARDENNE, L. E.; EBECKEN, N. F. F.; TAKAHASHI, R. H. C.; RAUPP, Fernanda Maria Pereira; EVSUKOFF, A. G.. Metaheurísticas para Problemas de Otimização em Dois Níveis. 2014. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Evandro Pizeta Semighini

DARDENNE, L. E.; MONTANARI, C. A.; COSTA, F. B.; EMERY, F. S.; SILVA, C. H. T. P.. Planejamento Racional de Inibidores da Beta-secretase em Mal de Alzheimer. 2013. Tese (Doutorado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Marx Gomes van der Lnden

DARDENNE, L. E.; ARAUJO, A. F. P.; OLIVEIRA, L. C.; BARBOSA, M. A. A.; TREPTOW, W. L.. Simulação do Enovelamento de Proteínas com Potenciais de Enterramentos Atômicos Dependentes da Sequência. 2013. Tese (Doutorado em Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular) - Universidade de Brasília.

Aluno: Amanda de Moraes Maia

DARDENNE, L. E.; ABREU, H. N. S.; PINTO, L. F. R.; SILVA, R.. Estudo da Estrutura e Função do Marcador de Agressividade Tumoral TWIST1 em Câncer de Mama. 2012. Tese (Doutorado em Oncologia) - Instituto Nacional de Câncer.

Aluno: Márcia Mártyres Bezerra

DARDENNE, L. E.; DAVILA, A. M. R.; SEIBEL, L. F. B.. Modelagem Conceitual de Bancos de Dados Biológicos. 2012. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Karina dos Santos Machado

DARDENNE, L. E.; Souza, O.N.; Ruiz, D.D.A.; Amorim, H.L.N.A.; Werhli, A.V.. Seleção Eficiente de Conformações de Receptor Flexível em Simulações de Docagem Molecular. 2011. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

Aluno: Manuela Leal da Silva

BISCH, Paulo Mascarelo;DARDENNE, L. E.; VonKruger, W.M.A; Braz, G.R.C.;PASCUTTI, Pedro Geraldo. Modelagem molecular de proteínas da bactéria endofítica Gluconacetobacter diazotrophicus: Análise em larga escala e de proteínas potencialmente envolvidas na associação planta-bactéria. 2011. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Adão Lincon Bezerra Montel

MUNDIM, Kléber CarlosDARDENNE, L. E.; Mundim, M. S. P.;WERNECK, A. S.; Martins, J. B. L.. Estudo do Mecanismo de Ação e Desenvolvimento de Medicamentos Tripanocidas. 2011. Tese (Doutorado em Química) - Universidade de Brasília.

Aluno: Teobaldo Ricardo Cuya Guizado

Anteneodo, C.;DARDENNE, L. E.CAFFARENA, Ernesto Raul; Pimentel, A.S.; Mattos, M.O.M.. Abordagem Computacional da Estrtutura da Albumina Sérica Humana: Efeitos do Heme. 2011. Tese (Doutorado em Física) - Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro.

Aluno: Alessandro Silva de Nascimento

POLIKARPOV, I.;DARDENNE, L. E.; SKAF, M. S.; GARRAT, R. C.; ANTONINI, S. R. R.. Estudos Estruturais do Receptor de Hormônio Tireoidiano, do Receptor de Mineralocorticóide e do Receptor Ativado por Proliferadores Peroxissomais. 2009. Tese (Doutorado em Doutorado em Fisica Aplicada - Instituto de Física de São Carlos/USP/SÃO CA) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Leonardo Goliatt da Fonseca

DARDENNE, L. E.BARBOSA, Hélio José Correa; EBECKEN, N. F. F.; COUTINHO, A. L. G. A.. Algoritmos Genéticos Asssitidos por Metamodelos Baseados em Similaridade. 2009. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Sidney Jurado de Carvalho

DARDENNE, L. E.; SILVA, F. L. B.; SILVA, M. A. A.; RUGGIERO, J. R.; TIERA, M. J.. Estudo dos Aspectos Eletrostáticos da Interação entre Polieletrólitos e Macroíons. 2008. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Aluno: Flávia Paiva Agostini

DARDENNE, L. E.PASCUTTI, Pedro GeraldoCAFFARENA, Ernesto RaulSILVA, Renato Simões; CALIRI, A.. Mapeamento de Parâmetros do Simulated Annealing Generalizado para o problema do Enovelamento de Proteínas.. 2008. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Amanda Castro Oliveira

DARDENNE, L. E.; PORTUGAL, Renato; FRAGOSO, Marcelo; Lavor C.C.; Abal G.. Simulação de Caminhos Quânticos em Redes Bidimensionais. 2007. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Sidarta Araújo de Lima

DARDENNE, L. E.; Murad M.A.; Moyne C.; Stemmelen D.; GALEÃO, Augusto César Nogueira Rodrigues; Lomba R.F.T.; GUIMARAES, L.; Azevedo R.F.. Multiescala do Acoplamento Eletro-Químico em um Meio Poroso Argiloso com Dependência do PH. 2007. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Jean Faber Ferreira de Abreu

DARDENNE, L. E.; PORTUGAL, Renato; ROSA, Luiz Pingueli; BEVILACQUA, Luiz; FRAGOSO, Marcelo Dutra; DONANGELO, Raul Jose; OLIVEIRA JUNIOR, Ivan dos Santos. Jogos Quânticos a Partir de Hamiltonianos Biofísicos e um Critério de Otimozação Sub-Neural da Informação. 2005. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Luciano Bedin

DARDENNE, L. E.; THOMPSON, Mark; MIRANDA, Manoel Antolino Mila; ZINGANO, Pauo R Avila. Movimento de Partículas Carregadas em Fluidos Ionizados: Fundamentos Matemáticos da Teoria de Eletroforese Capilar. 2005. Tese (Doutorado em Matemática Aplicada) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Rafael Ferreira Soares

DARDENNE, LAURENT E.; SANT?ANNA, Carlos Maurício Rabello de. 
Análise da interação intermolecular entre inibidores e a enzima Ribose-5-fostato isomerase de Trypanosoma cruzi.. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Vanessa dos Santos Silva

Dardenne, L.E.; SANT?ANNA, Carlos Maurício Rabello de. 
Estudo conformacional e modulação da proteína NF-κB na via de sinalização de processos inflamatórios produzidos pelo complexo Mycobacterium tuberculosis (MTC). 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Vinícius Schmitz Pereira Nunes

DARDENNE, L. E.; FARIA-PINTO, P.; SANTOS, R. W.. Modelagem Comparativa e Dinâmica Molecular da Isoforma 1 da ATP difosfohidrolase de Schistosoma mansoni. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

Aluno: Jaqueline da Silva Angelo

DARDENNE, L. E.; Loula , A.; NISSAN, J.. Algoritmos de Colônia de Formigas para Problemas de Otimização em Dois Níveis. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Jorge Luís Soares de Pina

DARDENNE, L. E.; BLEICHER, L.. Desenvolvimento de novos Algoritmos bio-inspirados para docagem molecular de ligantes peptídicos. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Eduardo Krempser da Silva

BARBOSA, Hélio José Correa; NISSAN, J.; Loula , A.;DARDENNE, L. E.. Uso de Metamodelos na Evolução Diferencial para Problemas de Grande Porte. 2011. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Aline Rossi da Silveira

CAFFARENA, Ernesto RaulDARDENNE, L. E.. Estudo computacional da interação entre inibidores derivados de naftoquinonas e a enzima topoisomerase humana. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

Aluno: Leonardo Golliat da Fonseca

DARDENNE, L. E.; RAUPP, Fernanda; KRITZ, Maurício; TOLEDO, Elson Magalhães. Meta-Modelos em Algorítmos Genéticos para Otimização Estrutural. 2006. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Pedro Loureiro

DARDENNE, L. E.; VALENTE, Ana Paula; BISCH, Paulo Mascarelo. RMN e Estruturas de Proteínas. 2006 - Instituto de biofísica Carlos Chagas Filho.

Aluno: Eduardo Henrique da Rocha Coppoli

DARDENNE, L. E.; KARAM FILHO, José; MURAD, Marcio; NISSAN, J.. O Método de Elementos Finitos (MEF) Aplicados ao Eletromagnetismo e Considerações e Motivações do Uso de um Método sem malha (MESHLESS) para Problemas desta Natureza. 2006. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Flavio Pietrobon Costa

DARDENNE, L. E.; MURAD, Marcio;SILVA, Renato Simões; KARAM, Jose. Acoplamento de escoamento em rede fluvial e subsuperficial: um modelo de elementos finitos estabilizados. 2005. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Jean Felix de Oliveira

DARDENNE, L. E.; GALEÃO, Augusto César Nogueira Rodrigues; SOUZA, Carlos Emanuel de; RAUPP, Fernanda Maria Pereira. Assimilação de Dados em Oceanografia e Meterologia. 2005. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Sidarta Araújo de Lima

DARDENNE, L. E.; GALEÃO, Augusto César Nogueira Rodrigues; VALENTIM, Frederic Gerard C; ALMEIDA, Regina Celia Cerqueira de. Modelagem em duas Escalas do Transporte de Solutos Iônicos em Meios Porosos Argilosos. 2005. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Anderson Fernandes Pereira dos santos

DARDENNE, L. E.; GALEÃO, Augusto César Rodrigues; OLIVEIRA, Fabiano Saldanha Gomes de; RAUPP, Fernanda. Modelagem Numérica de Desempenho do Método de Krilov. 2004. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Rosa Luz Medina Aguilar

DARDENNE, L. E.; KARAM FILHO, José; FRAGOSO, Marcelo; MALTA, Sandra Mc. Escoamentos Saturados em Meios Porosos Elásticos Heterogêneos. 2004. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Flávia Paiva Agosuini

DARDENNE, L. E.SILVA, Renato SimõesBARBOSA, Hélio José Correa; GIRALDI, Gilson. Folding de Proteinas Aplicado a uma Plataforma de Computação em Grid. 2003. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Cleverson A

DARDENNE, L. E.; RAUPP, Fernanda Maria Pereira;SILVA, Renato Simões; GALEÃO, Augusto. veronez. Estudo da Interação de Mutantes da Proteasee HIV-1 com Drogas Anti-Virais através de Dinâmica Molecular Aplicada em uma Plataforma de Computação em GRID. 2003. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Aluno: Lincon Onório Vidal

DE MAGALHAES, C S;DARDENNE, LAURENT E.; KREMPSER, E.; LIMA, P. M. V.. Um Algoritmo de Seleção Clonal Adaptativo para Problemas de Otimização. 2018.

KRIEGER, M. A.;DARDENNE, L. E.; SOUTO, F.. Dinâmica Estrutural Aplicada à Proteínas Virais de Interesse para a Saúde Públic - FIOCRUZ/PE. 2014. Fundação de Assistência ao Trabalhador da Fiocruz.

Degrave W; SENGER, H.;DARDENNE, L. E.. Computação Científica em Modelagem Molecular. 2014. Fundação Oswaldo Cruz.

DARDENNE, L. E.; BERNARDINO, A. M. R.; GONCALVES, J. C. S.. Professor Auxiliar 40 horas/DE - Setor Estágio, Iniciação Científica, Introdução à Pesquisa Científica e Modelagem Molecular - FIOCRUZ/CE. 2013. Faculdade de Farmaçia UFRJ.

DARDENNE, L. E.; STRUCHINER, Cláudio; Franco, G.R.. Concurso Público para provimento de vaga de Especialista em Ciência, Tecnologia, Produção e Inovação em Saúde Pública - Perfil Bioinformática. 2011. Fundação Oswaldo Cruz.

DARDENNE, L. E.; SANT?ANNA, Carlos Maurício R. de. Concurso Público para provimento de vaga com pefril em Bioinformática com Ênfase em Proteômica. 2011. Fundação Oswaldo Cruz.

DARDENNE, L. E.; SANTANNA, Carlos Maurício R; FRAGA, Carlos Alberto Manssour; Rodrigues, CR; Sa Silva, THA. Concurso Público para provimento de vaga de professor adjunto 40 horas / DE - Bioinformática Aplicada ao Planejamento de Fármacos. 2010. Faculdade de Farmaçia UFRJ.

DARDENNE, L. E.. Participação no Comitê de Seleção de Pesquisadores Visitantes - FIOCRUZ/RJ. 2007. Fundação Oswaldo Cruz.

DARDENNE, L. E.. Participação no Comitê de Seleção de Pesquisadores Visitantes - FIOCRUZ/RJ. 2006. Fundação Oswaldo Cruz.

DARDENNE, L. E.. Avaliação anual dos trabalhos e linhas de pesquisa do Laboratório de Avaliação e Síntese de Substâncias Bioativas/LASSBio. 2001. Laboratório de Avaliação e Síntese de Substâncias Bioativas Faculdade de Fa.

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Comissão julgadora das bancas

Aida Hassón Voloch

HASSÓN VOLOCH, A.. Exame de Qualificação.. 1999. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Jose David Mangueira Vianna

DARDENNE, L. E.;VIANNA, Jose David Mangueira; NASCIMENTO, M. A. C.;MAKIUCHI, N.. Estudo de Instabilidade e Problemas de Convergência de Soluções Hartree-Fock. 1996. Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade de Brasília.

Eliezer Jesus de Lacerda Barreiro

BARREIRO, E. J.. Curso de Pós-Graduação em Ciências Biológicas (Biofisica), Instituto de Biofísica CarlosChagas Filho, Universidade Federal do Rio de Janeiro, agosto de 2000. 2000. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Gilberto Weissmuller

WEISSMULLER, G.. Propriedades Eletrostáticas do Sítio Ativo de Cisteíno Proteínase da Família da Papaína. 2000. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Ana Paula Cabral de Araújo Lima

LIMA, A. P. C. A.; BARREIRO, E.. Propriedades eletrostáticas do síto ativo de cisteíno proteases da família da papaína. 2000. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

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Orientou

Matheus Müller Pereira da Silva

Desenvolvimento de funções scoring para triagem virtual em larga esca utilizando deep learning; Início: 2018; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Lincon Onório Vidal

Desenvolvimento de Funções Empíricas para Predição de Afinidade de Ligação Receptor-Ligante; Início: 2018; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; (Orientador);

Ronniery Ilario Pereira

Identificação de compostos Protótipos para Tratamento da Doença de Chagas; Início: 2017; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica; (Orientador);

Nicolau Gonçalves Borsato

Desenvolvimento de métodos de atracamento receptor-ligante; Início: 2016; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; (Orientador);

Ana Luiza Martins Karl

Atracamento Molecular Receptor-Ligante Utilizando A Metiodologia de Ensemble Docking; Início: 2016; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; (Orientador);

Emerson Correia Lima

Identificação de Templates para Predição de Estrutura de Proteínas; Início: 2018; Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; (Orientador);

Felipe Siconha Souza Pereira

Predição de Afinidade de Ligação Receptor-Ligante Utilizando Mapas de Solvente; Início: 2017; Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Aaron Bruno Leão

Desenvolvimento de técnicas de programção de alto desempenho aplicadas modelagem molecular; Início: 2016; Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Paulo Roberto Teixeira Werdt

Algoritmos Evolutivos Paralelos para Predicao de Estruturas de Proteinas; Início: 2015; Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Karina Baptista dos Santos

Início: 2018; Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico;

Isabella Alvim Guedes

Início: 2016; Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico;

Emerson Correia Lima

Estimação de Qualidade de Modelos de Proteínas por Métodos de Aprendizagem Profunda; 2018; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Coorientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Felipe Siconha

Validação de Funções empíricas para Predição da Afinidade de Ligação Proteína-Ligante em Estudos de Triagem Virtual em Larga Escala; 2017; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Paulo Roberto Teixeira Werdt

Predição de Estruturas de Proteínas Utilizando Restrições de RMN e um Modelo Coarse Grained; 2014; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Karina Baptista dos Santos

Predição de Estrutura de Proteínas Utilizando Restrições de Ângulos Diedrais; 2014; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Diogo Marinho Almeida

Dockthor: Implementação Aprimoramento e Validação de um Programa de Docking Receptor-Ligante; 2011; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Raphael Trevizani

Biblioteca de Fragmentos para a Predição de Estruturas de Proteínas; 2011; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Luiz Phillippe Ribeiro Baptista

Modelagem Molecular da Ribose-5-Fosfato Isomerase de Leishmania Major e de Homo sapiens: Predição de Estruturas e Estudos de Atracamento Molecular; 2011; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Isabella Alvim Guedes

Estudo Estrutural e de Propriedades de Reconhecimento Receptor-Ligante dos Alvos IKK-1, IKK-2 e MAPKp38 Utilizando Técnicas de Modelagem Molecular; 2011; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Gregório Kappaun Rocha

Implementação e Análise de Modelos de Solvatação para a Predição Ab Initio de Estruturas de Proteínas; 2011; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Marx Gomes Van der Linden

Resolução de Estruturas de Proteínas Utilizando-se Dados de RMN a partir de um Algorítmo Genético de Múltiplos Mínimos; 2009; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Reinaldo Bellini Gonçalves

Desenvolvimento e Validação de novos Métodos de distribuição da População Inicial em Algoritmos Genéticos para o Problema de Docking Proteína-Ligante; 2008; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Rosemberg de Oliveira Soares

Análise do Impacto do Polimorfismo Genético do Subtipo C do HIV-1 na Interação da Protease Viral com o Inibidor Nelfinavir por Modelagem e Dinâmica Molecular; 2008; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Thaís Gaudencio do Rêgo

Construção de Funções Empíricas Utilizando Rede Neural para Determinação de Constamtes de Afinidade Receptor-Ligante; 2008; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Priscila Vanessa Zabala Capriles Goliatt

Técnicas de Bioinformática e Modelagem Computacional Aplicadas ao Estudo do Genoma de Trypanosoma cruzi e de Enzimas Consideradas de Interesse no Tratamento da Doença de Chagas; 2007; Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Fernanda Guedes Oliveira

Estudo do Perfil de Interação de Fosfodiesterase 4 com seus Inibidores; 2005; 120 f; Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ; Coorientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Karina Baptista dos Santos

Desenvolvimento de Estratégias para uso de Mapas de Contato em Problemas de Predição de Estruturas de Proteínas; 2018; Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Isabella Alvim Guedes

Development of Empirical Scoring Functions For Predicting Protein-Ligand Binding Affinity; 2016; Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Gregório Kappaun Rocha

Desenvolvimento de Metodologias para Predição de Estruturas de Proteínas Independente de Moldes; 2015; Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Raphael Trevizani Roque de Oliveira

Desenvolvimento de Metodologias De Novo para Predição de Estruturas de Proteínas; 2014; Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Priscila Vanessa Zabala Capriles Goliatt

Desenvolvimento e Implementação de um Modelo Coarse-Grained para Predição de Estruturas de Proteínas; 2011; Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Fábio Lima Custódio

Algorítmos Genéticos para Predição Ab Inito de Estrutura de Proteínas; 2008; Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Camila Silva de Magalhães

Agorítmos Genéticos para o Problema de Docking Proteína-Ligante; 2006; 202 f; Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Gregório Kappaun Rocha

2015; Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Laurent Emmanuel Dardenne;

Camila Silva de Magalhães

2009; Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Laurent Emmanuel Dardenne;

Aldo Patrick Assumpção Corrêa

Construção dos Bancos de Ligantes e Alvos Moleculares para o Portal de Triagem Virtual DockThor-VS; 2018; Iniciação Científica; (Graduando em modelagem computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Ana Luiza Martins Karl

Modelagem Molecular de Inibidores Potentes e Seletivos para a Enzima Acetilcolinesterase; 2016; Iniciação Científica; (Graduando em modelagem computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Victor Crisóstomo Cruz Reis

MHOLline 2; 0; 2016; Iniciação Científica; (Graduando em modelagem computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Frederico Carlos

DESENVOLVIMENTO DE UM PORTAL PARA O PROGRAMA DE PREDIÇÃO DE ESTRUTURAS DE PROTEÍNAS GAPF; 2012; Iniciação Científica; (Graduando em modelagem computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Karina Baptista dos Santos

CONSTRUÇÃO DE BIBLIOTECAS DE FRAGMENTOS PARA A PREDIÇÃO DE ESTRUTURAS DE PROTEÍNAS; 2011; Iniciação Científica - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Lucas de Azevedo Vizani

ANÁLISE COMPARATIVA DE PROGRAMAS DE ATRACAMENTO MOLECULAR; 2011; Iniciação Científica - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Cezar Taniguchi Dias Tamer

Metodologias de Superposição de Estruturas de Proteínas; 2008; Iniciação Científica - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Damasio Antonio Alves Ferreira

DESENVOLVIMENTO DO PORTAL MHOLline: SISTEMA COMPUTACIONAL PARA MODELAGEM COMPARATIVA EM GENÔMICA ESTRUTURAL; 2006; Iniciação Científica - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Lucas de Azevedo Vizani

Análise de Desempenho do Programa DockThor e Estudos de Triagem Virtual de Fármacos na Enzima MAPKp38; 2015; Orientação de outra natureza - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

Diogo Marinho Almeida

Desenvolvimento de um Ambiente |Computacional para Triagem Virtual de Ligantes em Larga Escala; 2011; Orientação de outra natureza - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne;

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Foi orientado por

Nilo Makiuchi

Estudo de Instabilidade e Problemas de Convergência de Soluções Hartree-Fock; 1995; 0 f; Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade de Brasília, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Nilo Makiuchi;

Nilo Makiuchi

Paralelismo e Vetorização em Programas de Cálculo de Estrutura Eletrônica de Átomos e Moléculas; 1993; 0 f; Iniciação Científica; (Graduando em Bacharelado Em Física) - Universidade de Brasília, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Nilo Makiuchi;

Paulo Mascarello Bisch

Propriedades Eletrostáticas do Sítio Ativo de Cisteíno Proteínase da Família da Papaína; 2000; Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Paulo Mascarello Bisch;

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Produções bibliográficas

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  • MORET, M. G. ; DARDENNE, L. E. ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; BISCH, Paulo Mascarelo . Análise Conformacional Estocástica de Inibidores usando Generalized Simulated Annealing - GSA. In: XX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1997, Caxambú/MG. Anais do XX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1997.

  • DARDENNE, L. E. ; MAKIUCHI, N. ; MALBOOUISSON, L. A. ; VIANNA, J. D. M. . Instabilidades e Problemas de Convergência de Soluções Hartree-Fock. In: XIX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1996, Águas de Lindóia/MG. Anais do XIX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1996.

  • DARDENNE, L. E. ; MAKIUCHI, N. ; MALBOOUISSON, L. A. ; VIANNA, J. D. M. . Multiplicidade e Instabilidades de Soluções Hartree-Fock. In: VIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 1995, Caxambú/MG. Anais do VIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 1995.

  • DARDENNE, L. E. ; WERNECK, A. S. ; MAKIUCHI, N. ; VIANNA, J. D. M. ; MOREIRA, S. ; MALBOOUISSON, L. A. . Curvas de dissociação utilizando o Método Algébrico. In: XVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1994, Caxambú/MG. Anais do XVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1994.

  • MAKIUCHI, N. ; WERNECK, A. S. ; DARDENNE, L. E. ; VIANNA, J. D. M. ; MOREIRA, S. ; MALBOOUISSON, L. A. . Um Método CI não ortogonal usando múltiplas soluções Hartree-Fock. In: XVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1994, Caxambú/MG. Anais do XVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1994.

  • DARDENNE, L. E. ; MAKIUCHI, N. . Estrutura Eletrônica de Moléculas Biológicas. In: XVI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1993, Caxambú/MG - Brasil. Anais do XVI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1993.

  • DARDENNE, L. E. ; MAKIUCHI, N. . Estudo de Transferência de carga no Modelo Transdução Visual. In: XV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada., 1992, Caxambú/MG - Brasil. Anais do XV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada., 1992.

  • Dardenne, L.E. . Receptor-Ligand Molecular Docking. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . A Modelagem Molecular no LNCC: uma história multidisciplinar de sucesso. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Desenvolvimento de Métodos e Programas para a Predição de Complexos Moleculares. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Dardenne, Laurent E . Protein-Ligand Docking: Posing and Binding Affinity Prediction. 2017. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • Dardenne, L.E. . Strategies for Template-Free Protein Structure Prediction. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Dardenne, L.E. . Protein-Ligand Docking: Pose and Binding Affinity Prediction. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Dardenne, L.E. . Portal DockThor Uma Ferramenta para o Desenho Racional de Fármacos Acoplada ao Supercomputador Santos Dumont. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Dardenne, L.E. . Projeto DockThor Desenvolvimentos Recentes e Perspectivas para Triagem Virtual de Compostos em Larga Escala. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Dardenne, L.E. . Modelagem Computacional de Macromoléculas Biológicas. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Dardenne, L.E. . Portal DockThor uma ferramenta para o desenho racional de Fármacos acoplada ao supercomputador Santos Dumont. 2017. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • Dardenne, L.E. . Projeto DockThor: Um Programa Brasileiro para o Planejamento Racional de Novos Fármacos. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, LAURENT E. . Projeto DockThor: Um programa Brasileiro para o Planejamento Racional de Novos Fármacos. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, LAURENT E. . Projeto DockThor: Um Programa Brasileiro de Atracamento Molecular para Prospecção de Novos Fármacos. 2016. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • Dardenne, Laurent E . Atracamento Molecular Receptor-Ligante: Predição de Modos e Afinidades de Ligação. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Dardenne, L.E. . Docking Receptor-Ligante. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Projeto DockThor: Um Programa Brasileiro de Atracamento Molecular Receptor-Ligante. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Template Free Protein Structure Prediction using the GAPF Program. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Projeto DockThor: Um Programa Brasileiro de Atracamento Molecular para Prospecção de Novos Fármacos. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Dardenne, L.E. . DockThor: A Brazilian Receptor-Ligand Docking Program. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Dardenne, L.E. . Metodologias de Docking Receptor-Ligante. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Dardenne, L.E. . Aplicação de Algoritmos Evolutivos em Problemas de Atracamento Molecular e Predição de Estruturas de Proteínas. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Dardenne, L.E. . DockThor: A Brazilian Receptor-lIgand Docking Program. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Dardenne, L.E. . Strategies for Ab Initio Protein Structure Prediction. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Dardenne, L.E. . Projeto Dockthor: Um Programa Brasileiro para o Desenho Racional de Fármacos. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Dardenne, Laurent E . O Portal Dockthor para Docking Receptor-Ligante. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Dardenne, L.E. . Dockthor: Development and Validation of a New Docking Program. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Dardenne, L.E. . Predição de Estruturas de Proteínas: Desenvolvimento de Métodos, Algoritmos e Programas. 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • Dardenne, L.E. . Programa Dockthor: Docking Receptor-Ligante. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Dardenne, L.E. . Development and Validation of a New Multi-Solution Receptor-Ligand Docking Program. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Dardenne, L.E. . Moléculas da Vida (DNA e Proteínas). 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • DARDENNE, L. E. . Ab Iniito Protein Structure Prediction using All-Atom and Coarse Grained Models. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Metodologias de Docking Receptor-Ligante. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Metodologias De Docking Receptor-Ligante: Desenvolvimento e Aplicações. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • DARDENNE, L. E. . Dockthor: Development and Validation of a Ligand-Receptor Docking Program. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Predição de Estruturas de Proteínas por Primeiros Princípios. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . First Principles protein structure prediction using genetic algorithms. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Desenvolvimento de Aplicações em Ciências Biológicas Utilizando Computação de Alto Desempenho. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Recozimento Simulado. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Algoritmos Genéticos Aplicados ao Problema de Docking Receptor-Ligante e à Predição de Estruturas de Proteínas. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Predição de Estruturas de Proteínas e de Complexos Receptor-Ligante: Desenvolvimento de Métodos, Algorítmos e Programas. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Ab Iniito Structure Prediction With Genetic Algorithms. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Metodologias de Docking Receptor-Ligante. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Métodos e Algorítmos para a Determinação e Avaliação de Estruturas Biomoleculares. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; DARDENNE, L. E. . Temperature Effects on Structural Properties of Active Sites: Molecular Dynamics Simulations of Cruzipain Isoforms. 2008. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

  • DARDENNE, L. E. . Cross-docking of highly flexible ligands using a multi-solution algorithm strategy. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. ; BARBOSA, Hélio José Correa ; CUSTÓDIO, Fábio Lima . Genetic Algorithms for Ab Initio Protein Structure Prediction. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Molecular Moeling Methodologies for the Identification and Investigation of Molecular Targets and Bioactive Compounds. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Metodologias de Docking Receptor-Ligante. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Metodologias de Modelagem Molecular Aplicada a Identificação e Estudo de Alvos Moleculares e Compostos Bioativos. 2006. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • DARDENNE, L. E. . Modelagem Molecular: Teoria e Aplicações em Sistemas de Interesse Biológico. 2006. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

  • DARDENNE, L. E. . Cross-docking of highly flexible ligands using a multisolution-GSA. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Simulação de Macromoléculas Biológicas: Aplicações na Área de Desenho Racional de Fármacos. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Metodologias de Docking para o Desenho Racional de Fármacos. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Metodologias de Docking Receptor-Ligante. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Modelagem Molecular de Macromoléculas Biológicas. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Simulação de Macromoléculas Biológicas: Aplicações na Área de Desenho Racional de Fármacos. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Física Molecular, Ciências de Materiais e Biofísica: Estado da Arte e Perspectivas. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Metodologias de Docking Recepto-Ligante visando o Desenho Racional de Fármacos. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Cálculo de Propriedades Eletrostáticas em Sítios Catalíticos de Enzimas utilizando a Equação Linearizada de Poisson-Boltzmann acoplada ao uso de Expansões Multipolares Multicentradas derivadas de Cálculos Quânticos ab initio. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Campos de Força Clássicos. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Docking Molecular Receptor-Ligante. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Propriedades Eletrostáticas do Sítio Ativo de Cisteíno Proteinases da Família da Papaína. 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Propriedades Eletrostáticas do Sítio Ativo de Cisteíno Proteinases da Família da Papaína. 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. . Propriedades Eletrostáticas da Papaína: Um Estudo Quantum-Mecânico Ab Initio do Sítio de Interação. 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • DARDENNE, L. E. ; WERNECK, A. S. ; OLIVEIRA NETO, M. ; BISCH, Paulo Mascarelo . Propriedades Eletrostáticas do Sítio Ativo de Cisteíno Proteases Pertencentes à Superfamília da Papaína. 2000. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

  • DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; BISCH, Paulo Mascarelo . Interpolation Methods Adapted to Stochastic Molecular Dynamics for Simulating Complex Biological Systems. 2000. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

  • DARDENNE, L. E. ; WERNECK, A. S. ; OLIVEIRA NETO, M. ; BISCH, Paulo Mascarelo . A Theoretical Study on the Electrostatic Properties in the Active Site of Papain. 1999. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

  • DARDENNE, L. E. ; WERNECK, A. S. ; MAKIUCHI, N. ; VIANNA, J. D. M. ; MALBOOUISSON, L. A. ; MOREIRA, S. . Um Método CI não ortogonal usando múltiplas soluções Hartree-Fock. 1994. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

  • DARDENNE, L. E. ; MAKIUCHI, N. . Estudo de Transferência de Carga no Modelo Transdução Visual. 1992. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

  • CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; ROCHA, G. K. ; Trevizani R ; Dardenne, Laurent Emmanuel ; CUSTÓDIO, Fábio Lima . Modelos Tridimensionais 2014 (Cap[itulo de Livro).

  • Guedes, I.A. ; DE MAGALHAES, C S ; Dardenne, L.E. . Atracamento 2014 (Cap[itulo de Livro).

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Outras produções

Dardenne, L.E. ; DE MAGALHAES, C S ; ALMEIDA, D. M. ; BARBOSA, Hélio José Correa ; Guedes, I.A. ; KREMPSER, E. . Portal Dockthor. 2013.

DARDENNE, L. E. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; DOSSANTOS, K. B. . Portal ProFrager. 2012.

SANTOS, K. B. ; CUSTODIO, Fausto Lima ; Dardenne, L.E. . Portal Profrager. 2012.

DARDENNE, L. E. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; BARBOSA, Hélio José Correa . GAPF 2.0. 2011.

DARDENNE, L. E. ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; ROSSLE, Shaila Cíntia Sykora ; BISCH, Paulo Mascarelo . Portal MHOLline. 2009.

DARDENNE, L. E. ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; FRAGA, Carlos Alberto Manssour ; BARREIRO, Eliezer de Jesus . LLDB - LASSBio Ligand Data Bank. 2009.

DARDENNE, L. E. ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; SILVA, Alan Wilter da ; BARROS, Carla Osthoff Ferreira de ; GOMES, Diego Henry Barreto ; OLIVEIRA, Cristiane ; HILL, Eduardo ; LOUREIRO, Pedro A A G ; BARROS, Patricia . Portal BIOPAUA. 2005.

DARDENNE, L. E. ; WERNECK, A. S. . OME-LPB. 2000.

DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; ORTMANS, I. ; LOOS, M. . PDBTHORBOX. 1999.

DARDENNE, L. E. . Desenvolvimento de metodologias de docking acopladas à utilização de computação de alto desempenho visando o desenho racional de compostos bioativos. 2001.

Dardenne, Laurent E ; SANT?ANNA, Carlos Maurício Rabello de . Modelagem Molecular. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

DARDENNE, L. E. ; MARTINS, N. F. . Biologia Estrutural. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

DARDENNE, L. E. . Receptor-Ligand Molecular Docking. 2015. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

DARDENNE, L. E. . Métodos Computacionais Aplicados ao Planejamento de Compostos Bioativos. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

DARDENNE, L. E. ; BISCH, Paulo Mascarelo ; SILVA, Alan Wilter da ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; ROSSLE, Shaila Cíntia Sykora ; SOUZA, Elias Ramos de . Modelagem Computacional de Sistemas Biológicos. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

DARDENNE, L. E. . Modelagem Molecular de Macromoléculas Biológicas. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . Modelagem Molecular de Sistemas Biológicos. 2003. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

DARDENNE, L. E. . Modelagem Molecular de Macromoléculas Biológicas. 2003. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

DARDENNE, L. E. . Cálculos de Estrutura Eletrônica em Moléculas. 1996. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

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Projetos de pesquisa

  • 2009 - Atual

    Predição de Estruturas de Proteínas e de Complexos Receptor-Ligante: Desenvolvimento de Métodos, Algorítmos e Programas, Descrição: Os objetivos científicos deste projeto estão associados com o desenvolvimento de metodologias computacionais em áreas atualmente consideradas estratégicas da biologia molecular computacional. Mais especificamente, visa o desenvolvimento e o aprimoramento das seguintes metodologias e programas baseados em um algoritmo genético específico para encontrar múltiplas conformações de baixa energia: (i) programa para predição de estruturas de proteínas por primeiros princípios utilizando um campo de força molecular clássico, bibliotecas de fragmentos e distintas funções empíricas para incluir o termo de solvatação; (ii) predição de estruturas de proteínas utilizando dados experimentais advindos de experimentos de ressonância magnética nuclear; (iii) programa de ?docking? receptor-ligante incluindo a flexibilidade do receptor, utilizando um campo de força molecular específico para pequenas moléculas ligantes e com uma função empírica de energia livre de ligação baseado em uma metodologia de reconhecimento de padrões. O objetivo é contribuir, tanto através da ampliação da capacidade preditiva destes programas através da incorporação e testes de novas abordagens metodológicas, quanto do ponto de vista computacional ao otimizá-las e adaptá-las para uma plataforma computacional de alto desempenho (máquinas multi-cores e clusters). É também objetivo deste projeto procurar contribuir para a comunidade acadêmica nacional através da disponibilização dos programas desenvolvidos e através da formação de recursos humanos de alto nível na área de desenvolvimento metodológico em modelagem molecular.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Coordenador., Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Bolsa.

  • 2005 - 2008

    Inovação e Desenvolvimento de Fármacos e Medicamentos (Instituto do Milênio), Descrição: Lider do Projeto: Prof. Eliezer J. Barreiro (Fac. de Farmacia - UFRJ) Este projeto pretende agregar competências acadêmico-científicas do País (cerca de 25 Instituições), através a participação dos pesquisadores seniores, produtivos, e colaboradores, nas diversas áreas e sub-áreas da cadeia do fármaco/medicamento, desde a identificação/valiadação de novos alvos-terapêuticos empregando técnicas clássicas e inovadoras, experimentais e teóricas, passando por aquelas necessárias a obtenção/síntese de quantidades adequadas à formulação dos novos medicamentos, atingindo a etapa de ensaios pré-clínicos e clínicos de fase 1, de novas moléculas candidatas a protótipos de fármacos. Incluir nesta trajetória novas moléculas patenteadas que sejam promissoras face a resultados já disponíveis, bem como proteger aquelas por ventura descobertas com nível de originalidade inventiva que motive sua proteção. Ademais, pretende-se ainda dentre os objetivos suplementares do Instituto, estudar, identificar e desenvolver rotinas de síntese total, partindo de intermediários de menor custo possível, de fármacos de comprovado interesse terapêutico com patentes vencidas, que representem candidatos a futuros fármacos genéricos. Complementarmente, pretende-se associar a expertise acadêmico-científica dos grupos de pesquisa envolvidos, compondo as diversas etapas da cadeia do fármaco, com participantes do setor farmoquímico e farmacêutico nacional visando o desenvolvimento de novo produto farmacêutico com diferentes níveis de inovação, contribuindo para sanar eventuais lacunas históricas na cadeia produtiva do medicamento no Brasil.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

  • 2004 - 2009

    Desenvolvimento de Métodos Computacionais Aplicados ao Desenho Racional de Fármacos e Predição de Estrutura de Proteínas, Descrição: Lider do Projeto: Prof. Laurent Emmanuel Dardenne Este projeto tem como objetivo o desenvolvimento de metodologias computacionais e algoritmos na área de modelagem molecular nas seguintes linhas de pesquisa: (I) Descrever e quantificar o modo de interação entre uma proteína e uma molécula ligante; (II) Predição de estruturas tridimensionais de proteínas; (III) Cálculo de propriedades eletrostáticas de roteínas; Dentre os objetivos específicos deste projeto estão: (1) Desenvolvimento de metodologias de "docking" utilizando o algoritmo "Generalized simulated annealing" e variantes de algoritmos genéticos, orientados para encontrar múltiplas soluções, que possam ser robustos e precisos e que incorporem diferentes níveis de sofisticação com relação aos seguintes tópicos:flexibilidade do receptor e do ligante; inclusão ou não de moléculas de água dentro do sítio ativo; forma de avaliação da energia de interação receptor/ligante; (2) Desenvolvimento e testes de diversas variantes de algoritmos genéticos para a predição de estruturas de proteínas, dentro do modelo HP (Hidrofóbico-Polar), visando a posterior aplicação dos mesmos em modelos de proteínas mais sofisticados; (3) Cálculo de propriedades eletrostáticas de proteínas utilizando a metodologia de expansões multipolares multicentradas derivadas de cálculos quânticos de estrutura eletrônica.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Coordenador., Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.

  • 2002 - 2005

    Desenvolvimento de Metodologias de Docking Acopladas à Computação de Alto Desempenho Visando o desenho racional de Compostos Bioativos, Descrição: Este projeto tem os seguintes objetivos: (1) Desenvolvimento de metodologias de docking (tendo como base os algoritmos de otimização estocástica ?Generalized Simulated Annealing? e Algoritmo Genético e também algoritmos modificados de Dinâmica Molecular) que possam ser robustos, rápidos e precisos e que incorporem diferentes níveis de sofisticação com relação à flexibilidade do receptor e do ligante, à inclusão ou não de moléculas de água dentro do sítio ativo e também à forma de avaliação da energia de interação receptor/ligante; (2) Construção de uma biblioteca in silicon de compostos candidatos a fármacos e de um banco in silicon de alvos moleculares orientado para estudos de docking;. (3) Implementação das metodologias desenvolvidas em um ambiente de computação paralela baseado em cluster de PC's; (4) Validação experimental dos resultados computacionais e em caso positivo a realização da síntese de novos compostos e respectivos testes farmacológicos tendo como referência os resultados in silicon. Atualmente o Brasil está bastante avançado na área genômica, investindo consideravelmente em projetos de seqüenciamento de genomas completos. Muitos destes projetos visam o descobrimento de alvos moleculares que possam ser utilizados no desenvolvimento de terapias contra doenças tropicais que afetam milhões de pessoas no Brasil e no mundo. A implementação de um projeto na área de desenho racional de fármacos, que integre desenvolvimento metodológico próprio, computação de alto desempenho em conjunto com a parte experimental da química medicinal possui uma importância estratégica bastante relevante em uma área de grande impacto científico e tecnológico no decorrer dos próximos anos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Integrante / Araken dos santos Werneck - Integrante / Paulo Mascarelo Bisch - Integrante / Pedro geraldo Pascutti - Integrante / Shaila Cíntia Sykora Rossle - Integrante / Ernesto Raul Caffarena - Integrante / Luiz Bevilacqua - Coordenador / Camila Silva de Magalhães - Integrante / Alcino Dall'Igna Júnior - Integrante / Renato Simões Silva - Integrante / Hélio José Correa Barbosa - Integrante / Fernanda Maria Pereira Raupp - Integrante / Carlos Cristiano - Integrante / Ricardo Amorim Abreu - Integrante / Alan Wilter da Silva - Integrante / Mônica da Luz Carvalho - Integrante / Diego Henry Barreto Gomes - Integrante / Eliezer de Jesus Barreiro - Integrante / Carlos Alberto Manssour Fraga - Integrante / Ana Luisa P. de Miranda - Integrante / Carlos Maurício R. de Sant?anna - Integrante / Hugo Verli - Integrante / Cláudio Struchiner - Integrante / Kléber Carlos Mundim - Integrante / Lídia Moreira Lima - Integrante., Financiador(es): Instituto Virtual de Bioinformática e Modelagem de Biosistemas - Outra / Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.

  • 2002 - 2005

    Desenvolvimento de Modelos QSAR-3D Acoplados a Métodos de Docking Visando o Desenho Racional de Protótipos de Fármacos, Descrição: O objetivo principal deste projeto é a aplicação de metodologias de simulação computacional visando a obtenção de modelos de QSAR-3D que auxiliem no planejamento racional de compostos bioativos, visando a obtenção de novos protótipos de fármacos. Este projeto se coloca dentro de uma perspectiva interdisciplinar onde métodos de modelagem molecular, como a utilização de programas docking e de técnicas de QSAR (2D/3D), serão aplicados no planejamento de novos candidatos a compostos protótipos, os quais serão posteriormente sintetizados e avaliados nos alvos terapêuticos específicos. Esta abordagem caracteriza-se por uma integração de diferentes áreas do conhecimento como química computacional, química orgânica medicinal e farmacologia. Este projeto envolve a colaboração entre pesquisadores com experiência comprovada em áreas chaves do conhecimento e ligados a importantes instituições de pesquisa do estado do Rio de Janeiro (Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC/Petrópolis; Laboratório de Física Biológica - Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho/IBCCF/UFRJ; Departamento de Química, UFRRJ; Laboratório de Avaliação e Síntese de Substâncias Bioativas - LASSBio/Faculdade Farmácia/UFRJ, Departamento de Farmacologia Básica e Clínica do Instituto de Ciências Biomédicas/UFRJ e o Departamento de Química/UFRJ).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Integrante / Paulo Mascarelo Bisch - Integrante / Pedro geraldo Pascutti - Integrante / Luiz Bevilacqua - Integrante / Eliezer de Jesus Barreiro - Coordenador / Carlos Alberto Manssour Fraga - Integrante / Ana Luisa P. de Miranda - Integrante / Carlos Maurício Rabello de Sant?anna - Integrante / Lídia Moreira Lima - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

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Projetos de desenvolvimento

  • 2004 - 2005

    Projeto BIOPAUA, Descrição: O objetivo do Portal BioPAUÁ consiste na disponibilização de um ambiente Web para facilitar o desenvolvimento de pesquisas na área de Dinâmica Molecular, em particular, aplicações para investigar complexos proteína/ligantes por meio de uma plataforma de grade computacional. Foi nosso desejo introduzir as técnicas de DM, por meio do programa GROMACS, de uma forma mais amigável e eficiente, utilizando a infra-estrutura de grade computacional do Projeto PAUÁ, baseado no middleware de Grade Computacional OURGRID, numa rede espalhada pelo Brasil, do Nordeste ao Sul, a partir do LNCC/MCT, numa colaboração do IBCCF/UFRJ (Laboratório de Modelagem e Dinâmica Molecular) e apoio da HP do Brasil P&D. O Portal oferece o serviço de submissão de jobs, cujas simulações poderão ser feitas utilizando-se apenas um arquivo do tipo PDB como entrada, ou a partir de um arquivo tipo TPR, para usuários já experientes no GROMACS. . , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Coordenador., Financiador(es): Hewlett-Packard Brasil - Matriz - Auxílio financeiro.

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    Projeto BIOPAUA, Descrição: O objetivo do Portal BioPAUÁ consiste na disponibilização de um ambiente Web para facilitar o desenvolvimento de pesquisas na área de Dinâmica Molecular, em particular, aplicações para investigar complexos proteína/ligantes por meio de uma plataforma de grade computacional. Foi nosso desejo introduzir as técnicas de DM, por meio do programa GROMACS, de uma forma mais amigável e eficiente, utilizando a infra-estrutura de grade computacional do Projeto PAUÁ, baseado no middleware de Grade Computacional OURGRID, numa rede espalhada pelo Brasil, do Nordeste ao Sul, a partir do LNCC/MCT, numa colaboração do IBCCF/UFRJ (Laboratório de Modelagem e Dinâmica Molecular) e apoio da HP do Brasil P&D. O Portal oferece o serviço de submissão de jobs, cujas simulações poderão ser feitas utilizando-se apenas um arquivo do tipo PDB como entrada, ou a partir de um arquivo tipo TPR, para usuários já experientes no GROMACS. . , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Coordenador., Financiador(es): Hewlett-Packard Brasil - Matriz - Auxílio financeiro.

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    Projeto BIOPAUA, Descrição: O objetivo do Portal BioPAUÁ consiste na disponibilização de um ambiente Web para facilitar o desenvolvimento de pesquisas na área de Dinâmica Molecular, em particular, aplicações para investigar complexos proteína/ligantes por meio de uma plataforma de grade computacional. Foi nosso desejo introduzir as técnicas de DM, por meio do programa GROMACS, de uma forma mais amigável e eficiente, utilizando a infra-estrutura de grade computacional do Projeto PAUÁ, baseado no middleware de Grade Computacional OURGRID, numa rede espalhada pelo Brasil, do Nordeste ao Sul, a partir do LNCC/MCT, numa colaboração do IBCCF/UFRJ (Laboratório de Modelagem e Dinâmica Molecular) e apoio da HP do Brasil P&D. O Portal oferece o serviço de submissão de jobs, cujas simulações poderão ser feitas utilizando-se apenas um arquivo do tipo PDB como entrada, ou a partir de um arquivo tipo TPR, para usuários já experientes no GROMACS. . , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Coordenador., Financiador(es): Hewlett-Packard Brasil - Matriz - Auxílio financeiro.

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    Projeto BIOPAUA, Descrição: O objetivo do Portal BioPAUÁ consiste na disponibilização de um ambiente Web para facilitar o desenvolvimento de pesquisas na área de Dinâmica Molecular, em particular, aplicações para investigar complexos proteína/ligantes por meio de uma plataforma de grade computacional. Foi nosso desejo introduzir as técnicas de DM, por meio do programa GROMACS, de uma forma mais amigável e eficiente, utilizando a infra-estrutura de grade computacional do Projeto PAUÁ, baseado no middleware de Grade Computacional OURGRID, numa rede espalhada pelo Brasil, do Nordeste ao Sul, a partir do LNCC/MCT, numa colaboração do IBCCF/UFRJ (Laboratório de Modelagem e Dinâmica Molecular) e apoio da HP do Brasil P&D. O Portal oferece o serviço de submissão de jobs, cujas simulações poderão ser feitas utilizando-se apenas um arquivo do tipo PDB como entrada, ou a partir de um arquivo tipo TPR, para usuários já experientes no GROMACS.. , Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Coordenador., Financiador(es): Hewlett-Packard Brasil - Matriz - Auxílio financeiro.

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  • 2004 - 2005

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  • 2004 - 2005

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Prêmios

2017

14 Prêmio Destaque na Iniciação Científica e Tecnológica do CNPq, na área de Ciências da Vida, CNPq.

2015

Best Paper Award, CIBCB 2015 IEEE Computational Inteligence Society.

2009

Pesquisador Cientista Jovem do Nosso Estado, FAPERJ.

2008

Melhor poster BRAZMEDCHEM2008 - sessão Drug Design: Tools in Cheminformatics and Bioinformatics, Divisão de Química Medicinal da SBQ.

Histórico profissional

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Endereço profissional

  • Laboratório Nacional de Computação Científica, Pós Graduação, Departamento de Mecânica Computacional. , Avenida Getúlio Vargas 333, Quitandinha, 25651070 - Petrópolis, RJ - Brasil, Telefone: (24) 22336009, Ramal: 6009, Fax: (24) 22336167, URL da Homepage:

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Experiência profissional

  • 2002 - Atual

    Laboratório Nacional de Computação Científica

    Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Tecnologista, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

  • 2000 - 2002

    Laboratório Nacional de Computação Científica

    Vínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: , Carga horária: 0, Regime: Dedicação exclusiva.

    Outras informações:
    Bolsista DTI (Desenvolvimento tecnológico e Industrial) - nível 7B - CNPq/MCT

    Atividades

    • 05/2009

      Direção e administração, LNCC, .,Cargo ou função, Coordenador do Programa de Capacitação Institucional do LNCC.

    • 04/2009

      Direção e administração, Coordenação de Mecânica Computacional, .,Cargo ou função, Chefe de Departamento.

    • 10/2000

      Pesquisa e desenvolvimento , Pós Graduação, Departamento de Mecânica Computacional.,Linhas de pesquisa

    • 07/2008 - 03/2009

      Direção e administração, Coordenação de Mecânica Computacional, .,Cargo ou função, Vice-chefe.

    • 06/2006 - 09/2006

      Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Estruturas de Proteínas e Simulação Computacional de Macromoléculas Biológicas

    • 01/2006 - 02/2006

      Ensino, Nivelamento em Modelagem Computacional, Nível: Aperfeiçoamento,Disciplinas ministradas, Introdução a Biologia Molecular e Buioquímica

    • 06/2005 - 09/2005

      Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Estrutura de Proteínas e Modelagem Computacional de Macromoléculas Biológicas

    • 06/2004 - 09/2004

      Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Estrutura de Proteínas e Modelagem Computacional de Macromoléculas Biológicas

    • 09/2002 - 12/2002

      Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Estrutura de Proteínas e Simulação Computacional de Macromoléculas Biológicas - GB185

    • 09/2001 - 12/2001

      Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Estrutura de Proteínas e Simulação Computacional de Macromoléculas Biológicas - GB185