Camila Silva de Magalhães

Pós-doutorado

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Participação em eventos

Participação em bancas

Orientou

Produções bibliográficas

• PACHECO, GABRIEL CAVALCANTE ; RIBEIRO, MICHELE DE SÁ ; DE MAGALHÃES, CAMILA SILVA ; CARNEIRO, FABIANA AVILA . The Interaction Between Orientin and the Spike of SARS-CoV-2: An In Silico and Experimental Approach. Viruses-Basel , v. 18, p. 61, 2026.

• SANTOS, M. P. ; MARTINS, K. C. ; GAMA, A. C. S. ; VENTURA, P. S. ; LUZARDO, J. M. ; SILVA, A. M. ; DE MAGALHAES, C S ; LIONE, V. O. F. ; ARAUJO, J. R. . Flexible Polymeric Films from Starch Reinforced with Graphene Oxide with Microbiological Barrier Properties. Nanotechnology & Applications , v. 9, p. 1-10, 2026.

• GUEDES, ISABELLA ALVIM ; PEREIRA DA SILVA, MATHEUS MÜLLER ; GALHEIGO, MARCELO ; KREMPSER, EDUARDO ; DE MAGALHÃES, CAMILA SILVA ; CORREA BARBOSA, HELIO JOSÉ ; DARDENNE, LAURENT EMMANUEL . DockThor-VS: A Free Platform for Receptor-Ligand Virtual Screening. JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY , v. 1, p. 168548, 2024.

• DE MAGALHAES, C S ; ALMEIDA, D. M. ; BARBOSA, H. J. C. ; DARDENNE, L. E. . A dynamic niching genetic algorithm strategy for docking highly flexible ligands. Information Sciences , p. 206-224, 2014.

• DE MAGALHAES, C S ; GUEDES, I. A. ; DARDENNE, L. E. . Receptor-ligand molecular docking. Biophysical Reviews , v. 6, p. 75-87, 2014.

• DE MAGALHAES, C S ; BARBOSA, C. H. S. ; ALMEIDA, D. M. ; DARDENNE, L. E. . Improving Differential Evolution Accuracy for Flexible Ligand Docking Using a Multi-solution Strategy. Lecture Notes in Computer Science , v. 7435, p. 688-698, 2012.

• Duarte, D.F. ; DE MAGALHAES, C S ; MOL, A. C. A. ; CAFFARENA, E. R. . Estudo de Representações em Redes Neurais para Análise da Afinidade de Ligação de Compostos Ati-HIV. Learning and Nonlinear Models , v. 8, p. 52-62, 2010.

• Cunico, Wilson ; Gomes, Claudia R.B. ; Facchinetti, Victor ; Moreth, Marcele ; Penido, Carmen ; Henriques, Maria G.M.O. ; Varotti, Fernando P. ; Krettli, Luisa G. ; Krettli, Antoniana U. ; da Silva, Franklin S. ; DE MAGALHAES, C S . Synthesis, antimalarial evaluation and molecular modeling studies of hydroxyethylpiperazines, potential aspartyl protease inhibitors, Part 2. European Journal of Medicinal Chemistry , v. 44, p. 3816-3820, 2009.

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• DE MAGALHAES, C S ; BARBOSA, H. J. C. ; DARDENNE, L. E. . Selection-Insertion Schemes in Genetic Algorithms for the Flexible Ligand Docking Problem. Lecture Notes in Computer Science , v. 3102, p. 368-379, 2004.

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• DE MAGALHAES, C S ; BARBOSA, H. J. C. ; DARDENNE, L. E. . Métodos de Docking Receptor-Ligante para o Desenho Racional de Compostos Bioativos. In: Nelson H. Morgon; Kaline Coutinho. (Org.). MÉTODOS DE QUÍMICA TEÓRICA E MODELAGEM MOLECULAR. 1aed.São Paulo: Editora Livraria da Física, 2007, v. , p. 489-531.

• CONCEICAO, G. R. S. ; DE MAGALHAES, C S . Programação Genética para Classificação de Dados de Pacientes Infectados com COVID-19. In: IX Escola Regional de Computação Aplicada à Saúde - ERCAS 2024, 2024, Ouro Preto - MG. Anais da IX Escola Regional de Computação Aplicada à Saúde, 2024.

• FARIAS, RAQUEL GOMES G. ; DE MAGALHAES, CAMILA S. . Parent Selection Strategies in Niching Genetic Algorithms. In: 2018 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), 2018, Rio de Janeiro. 2018 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), 2018. p. 1.

• PEREIRA DA SILVA, MATHEUS M. ; DE MAGALHAES, CAMILA S. . Can Simple GAs Solve Beehive Hidato Logic Puzzles? The Influence of Diversity Preservation and Genetic Operators. In: 2018 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), 2018, Rio de Janeiro. 2018 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), 2018. p. 1.

• SILVA, M. M. P. ; DE MAGALHAES, C S . A Genetic Algorithm for Solving Beehive Hidato Puzzles. In: XIII Congresso Brasileiro de Inteligência Computacional, 2017, Niterói. Anais do XIII Congresso Brasileiro de Inteligência Computacional, 2017.

• DE MAGALHAES, CAMILA SILVA ; DIAS, VANESSA ; DARDENNE, LAURENT EMMANUEL . Comparison of differential evolution variants for the molecular ligand-receptor docking problem. In: 2015 Latin America Congress on Computational Intelligence (LACCI), 2015, Curitiba. 2015 Latin America Congress on Computational Intelligence (LA-CCI), 2015. p. 1.

• Duarte, D.F. ; DE MAGALHAES, C S ; MOL, A. C. A. ; CAFFARENA, E. R. . Redes Neurais para Análise da Afinidade de Ligação de Compostos Anti-HIV. In: IX Congresso Brasileiro de Redes Neurais, 2009, Ouro Preto. Anais do IX Congresso Brasileiro de Redes Neurais, 2009.

• DE MAGALHAES, C S ; FEITAL JUNIOR, C. R. ; BAPTISTA, A. M. ; ANTUNES, S. R. S. ; PEREIRA, C. M. N. A. ; MOL, A. C. A. . Redes Neurais para o Reconhecimento Automático de Impressões Digitais Através de Dactiloscopia. In: V Congresso Brasileiro de Redes Neurais, 2001, Rio de Janeiro. Anais do V Congresso Brasileiro de Redes Neurais, 2001. p. 553-558.

• PORTELLA, A. R. ; SILVA, C. O. ; DE MAGALHAES, C S . Algoritmos Genéticos de Múltiplas Soluções para Análise Conformacional de Monossacarídeos. In: 37ª Reunião Anual da SBQ, 2014, Natal. Anais da 37ª Reunião Anual da SBQ, 2014.

• ALMEIDA, D. M. ; DE MAGALHAES, C S ; DARDENNE, L. E. . DockThor: Software for Ligand Flexible Docking Using a Genetic Algorithm and the MMFF94 Force Field. In: 5th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2010, Ouro Preto. eBook of abstracts, 2010.

• HAMMES, A. S. O. ; DE MAGALHAES, C S ; GOMES, C.R.B. ; CAFFARENA, E. R. . Molecular Docking Studies of New Potential Antimalarial Inhibitors. In: 5th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2010, Ouro Preto. eBook of abstracts, 2010.

• GAUDÊNCIO, T.R. ; BELLINI, R.G. ; DE MAGALHAES, C S ; BARBOSA, H. J. C. ; DARDENNE, L. E. . Development of a Docking Methodology Using a Multi-Solution Genetic Algorithm and a Neural Network. In: 4th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2008, Porto de Galinhas. Proceedings of the 4th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2008.

• CAFFARENA, E. R. ; DE MAGALHAES, C S ; SILVA, F. S. ; MORETH, M. ; CUNICO, W. ; GOMES, C.R.B. ; FACCHINETTI,V. . Hydroxyethylpiperazines as Potential Aspartyl Protease Inhibitors: A molecular modeling study. In: 4th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2008, Porto de Galinhas. Proceedings of the 4th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2008.

• CUNICO, W. ; MORETH, M. ; CLAUDIA, ; FACCHINETTI,V. ; Varotti, F. ; Kretlli, A. U. ; SILVA, F. S. ; DE MAGALHAES, C S ; CAFFARENA, E. R. . Synthesis and Antimalarial Evaluation of Hydroxyethylpiperazines, Potential Aspartyl Protease Inhibitors. In: 4th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2008, Porto de Galinhas. Proocedings of the 4th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2008.

• IGNACIO, G. ; DE MAGALHAES, CAMILA SILVA . Estratégias de Autoadaptação em Algoritmos Genéticos para Otimização Multimodal. In: 14a. Semana de Integração Acadêmica da UFRJ, 2025, Rio de janeiro. Anais da 14a. Semana de Integração Acadêmica da UFRJ, 2025. v. 1.

• RIBEIRO, I. G. ; DE MAGALHAES, CAMILA SILVA . Algoritmos Genéticos e Grandes Modelos de Linguagem para Otimização de Funções Reais. In: 14a. Semana de Integração Acadêmica da UFRJ, 2025. Anais da 14a. Semana de Integração Acadêmica da UFRJ, 2025.

• SILVA, M. M. P. ; VIDAL, L. O. ; GUEDES, I. A. ; DE MAGALHAES, C S ; CUSTODIO, F. L. ; DARDENNE, LAURENT EMMANUEL . The Impact of Different Rotation Strategies on Deep Convolutional Neural Networks for Protein-Ligand Binding Affinity Prediction. In: II Workshop of Molecular Modelling in Drug Discovery and Design - 2022, 2022, São Paulo. Proceendings of the II Workshop of Molecular Modelling in Drug Discovery and Design - 2022, 2022.

• SILVA, M. M. P. ; VIDAL, L. O. ; GUEDES, ISABELLA ALVIM ; DE MAGALHAES, C S ; CUSTODIO, F. L. ; DARDENNE, LAURENT EMMANUEL . Development of protein-ligand scoring functions using 3D Convolutional Neural Networks. In: BrazMedChem 2022, 2022, Poços de Caldas, MG. Proceendings of the BrazMedChem2022, 2022.

• PINHO, D. S. G. ; SANT?ANNA, C. M. R. ; DE MAGALHAES, C S . Desenvolvimento de uma Função Empírica de Pontuação para Predição da Afinidade de Ligação de Inibidores de Acetilcolinesterase. In: 37ª Reunião Anual da SBQ, 2014, Natal. Anais da 37ª Reunião Anual da SBQ, 2014.

• BARBOSA, C. H. S. ; Branco, LMC ; DE MAGALHAES, C S . Paralelização do Programa de Docking por Algoritmos Genéticos ?Dockthor?. In: XXI Jornada de Iniciação Científica da UFRRJ, 2011, Seropédica. Resumos da XXI Jornada de Iniciação Científica da UFRRJ, 2011.

• ALMEIDA, D. M. ; DE MAGALHAES, C S ; BARBOSA, H. J. C. ; DARDENNE, L. E. . Dockthor: Development and Validation of a new Docking Program using a Diverse Set of Ligands and Molecular Targets. In: XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica ? SBQT 2011, 2011, Ouro Preto. Livro de Resumos do XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2011.

• BARBOSA, C. H. S. ; Branco, LMC ; DE MAGALHAES, C S . Estudos Visando a Paralelização do Programa de Docking ?Dockthor?. In: XX Jornada de Iniciação Científica da UFRRJ, 2010, Seropédica. Resumos da XX Jornada de Iniciação Científica da UFRRJ, 2010.

• DE MAGALHAES, C S ; MORETH, M. ; GOMES, C.R.B. ; CUNICO, W. ; CAFFARENA, E. R. . Molecular Docking for Design of New Plasmepsin II Compounds. In: VII Ibero american congress of Biophysics, 2009, Búzios. Livro de Resumos, 2009.

• DE MAGALHAES, C S ; BARBOSA, H. J. C. ; DARDENNE, L. E. ; FRECER, V. ; MIERTUS, S. . Genetic Algorithms for Molecular Docking Studies of HIV-1 Protease Inhibitors. In: International Conference Drug Design and Discovery for Developing Countries, 2008, Trieste. Book of Abstracts of the International Conference Drug Design and Discovery for Developing Countries, 2008. p. 133.

• DE MAGALHAES, C S ; SILVA, F. S. ; CUNICO, W. ; GOMES, C.R.B. ; MORETH, M. ; FACCHINETTI,V. ; CAFFARENA, E. R. . Estudos de Modelagem Molecular de Novos Inibidores Antimalariais. In: VI Bienal de Pesquisa, 2008, Rio de Janeiro. VI Bienal de Pesquisa, 2008.

• Duarte, D.F. ; DE MAGALHAES, C S ; CAFFARENA, E. R. . Redes Neurais para a Predição da Afinidade de Ligação de Compostos Anti-HIV. In: XVI Reunião Anual de Iniciação Científica da Fiocruz, 2008, Rio de Janeiro. Anais da XVI Reunião Anual de Iniciação Científica da Fiocruz, 2008.

• DE MAGALHAES, C S ; SILVA, F. S. ; CUNICO, W. ; CLAUDIA, ; WARDELL, S. ; CAFFARENA, E. R. . Molecular Docking Studies of New HIV-1 Protease Inhibitors Using a Multi-Solution Genetic Algorithm Strategy. In: 3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (x-meeting), 2007, São Paulo. Proceedings of the 3rd nternational Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (x-meeting), 2007. p. 157-157.

• DE MAGALHAES, C S ; BARBOSA, H. J. C. ; DARDENNE, L. E. . Cross-Docking of Highly Flexible Ligands Using a Multi-Solution Genetic Algorithm Strategy. In: 3º Simpósio Brasileiro em Quimica Medicinal - BrazMedChem, 2006, São Pedro. Anais do 3º Simposio Brasileiro em Quimica Medicinal, 2006.

• DE MAGALHAES, C S ; BARBOSA, H. J. C. ; DARDENNE, L. E. . Flexible Ligand Docking Using Multiple Solution Strategies in Genetic Algorithms. In: 2 Simpósio Brasileiro em Química Medicinal - Tendências Atuais na Descoberta e Desenvolvimento de Novos Fármacos, 2004, Rio de Janeiro. Anais do 2 Simpósio Brasileiro em Química Medicinal, 2004.

• DE MAGALHAES, C S ; BARBOSA, H. J. C. ; DARDENNE, L. E. . A Genetic Algorithm for the Ligand-Receptor Docking Problem. In: XXVI CNMAC, 2003, São José do Rio Preto. Anais do XXVI CNMAC, 2003.

• DE MAGALHAES, C S ; BARBOSA, H. J. C. ; DARDENNE, L. E. . Rigid and Flexible Ligand Docking Using a Steady-State Genetic Algorithm and a Grid-Based Methodology. In: V Congresso Ibero-Americano de Biofísica, 2003, Rio de Janeiro. Anais do V Congresso Ibero-Americano de Biofísica, 2003.

• SILVA, M. M. P. ; VIDAL, L. O. ; CUSTODIO, F. L. ; GUEDES, I. A. ; DE MAGALHAES, CAMILA S. ; DARDENNE, L. E. . Mitigation of Ligand Biases and Improvement of Spatial Invariance of Convolutional Neural Networks for a Reliable Receptor-Ligand Binding Affinity Prediction. 2023. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• GUEDES, I. A. ; SILVA, M. M. P. ; DE MAGALHAES, CAMILA S. ; DARDENNE, L. E. . DockThor-VS: a Free Brazilian Platform for Protein-Ligand Virtual Screening Using the Supercomputer Santos Dumont. 2023. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• SILVA, M. M. P. ; VIDAL, L. O. ; GUEDES, I. A. ; DE MAGALHAES, C S ; CUSTODIO, F. L. ; DARDENNE, L. E. . The Impact of Different Rotation Strategies on Deep Convolutional Neural Networks for Protein-Ligand Binding Affinity Prediction. 2022. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• DE MAGALHAES, C S . Algoritmos Evolucionistas para Otimização Multimodal. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• DE MAGALHAES, CAMILA S. . Desenvolvimento e Aplicação Biotecnológica de Algoritmos Evolucionistas para Planejamento de Novos Fármacosa. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• DE MAGALHAES, C S ; BARBOSA, C. H. S. ; ALMEIDA, D. M. ; DARDENNE, L. E. . Improving Differential Evolution Accuracy for Flexible Ligand Docking Using a Multi-solution Strategy. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• DE MAGALHAES, C S ; ALMEIDA, D. M. ; DARDENNE, L. E. . Dockthor: Desenvolvimento e Validação de um Novo Programa de Docking Molecular. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• DE MAGALHAES, C S . Métodos de Docking Receptor-Ligante. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• DE MAGALHAES, C S . Introdução a Programação de Computadores com Robocode. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

• DE MAGALHAES, C S . Introdução a Programação de Computadores com Robocode. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

• DE MAGALHAES, C S ; ALMEIDA, D. M. ; GUEDES, I. A. ; DARDENNE, L. E. . Métodos de Docking Receptor-Ligante (Programa DockThor). 2012. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

• DE MAGALHAES, C S ; ALVIM, I. G. ; MARINHO, D. ; DARDENNE, L. E. . Métodos de Docking Receptor-Ligante. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

Projetos de pesquisa

• 2022 - Atual

  Desenvolvimento de Ferramentas e Ambientes Computacionais para o Planejamento de Novos Fármacos contra Patógenos Clínicos Suportados por Técnicas de Inteligência Artificial, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Camila Silva de Magalhães - Integrante / DARDENNE, LAURENT EMMANUEL - Coordenador.

• 2019 - 2024

  Algoritmos e Sistemas Computacionais em Plataformas de Alto Desempenho para Predição de Estrutura de Proteínas e Desenho Racional de Fármacos, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Helio José Corrêa Barbosa em 19/05/2016., Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Camila Silva de Magalhães - Integrante / Hélio José Correia Barbosa - Coordenador / Laurent Emmanuel Dardenne - Integrante.

• 2010 - 2013

  LAPIMC- Laboratório de Paralelização de Inteligência e Matemática Computacionais, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Camila Silva de Magalhães - Integrante / Priscila Machado Vieira Lima - Coordenador., Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.

• 2008 - 2024

  INCT-INOFAR: Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fármacos e Medicamentos, Descrição: O Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fármacos e Medicamentos (INCT-INOFAR), coordenado pelo Professor Dr Eliezer J.Barreiro, LASSBio, UFRJ, se enquadra na área da Saúde, atendendo à indução do Edital de concorrência nesta área prioritária e se situa,especificamente, na especialidade de Fármacos e Medicamentos tendo como metas principais articular, organizadamente, ascompetências nacionais existentes no País e situadas nos diferentes estágios desta intrincada cadeia de inovação, a exemplo do Institutodo Milênio Inovação e Desenvolvimento em Fármacos e Medicamentos (IM-INOFAR, Proc. CNPq 420.015/05-1), projeto inspirador destaproposta e em vias de conclusão no início de 2009, que alcançou expressivos resultados. O INCT-INOFAR pretende dar continuidade aosesforços de pesquisa realizados no IM-INOFAR e avançar na cadeia de inovação em fármacos e medicamentos os expressivos resultadosobtidos no IM-INOFAR que lograram a descoberta de novos compostos-protótipos, candidatos a novos fármacos antiinflamatórios eantiasmáticos, completando seus estudos até os ensaios pré-clínicos. No âmbito do INCT-INOFAR também serão estudados outroscompostos promissores descobertos nas áreas do sistema cardiovascular (SCV); sistema nervoso central (SNC), da quimioterapia dedoenças negligenciadas, da inflamação e da dor, logrando-se a identificação de protótipos cardioativos, antipsicóticos, leishmanicidas,antiinflamatórios e analgésicos não opióides que serão objeto de estudos visando atingir a fase pré-clínica. O INCT-INOFAR conta aparticipação de empresa farmacêutica associada que é responsável pelas etapas de desenvolvimento farmacotécnico dos eventuaiscompostos-protótipos que atingirem este estágio da cadeia de inovação. A equipe participante do INCT-INOFAR inclui especialistas,líderes dos grupos de pesquisa associados, que atuam nas diversas fases hierárquicas da cadeia de inovação em fármacos emedicamentos lotados em institutos de pesquisa e instit. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Camila Silva de Magalhães - Integrante / Eliezer J. Barreiro - Coordenador.

• 2007 - 2009

  Estratégias Racionais para a Identificação de Alvos Terapêuticos e o Desenvolvimento de uma Quimioterapia Antiparasitária, Descrição: Coordenador: Wanderley de Souza IBCCF/UFRJ. N. Processo CNPq 410544/2006-0. Instituições Participantes: IBCCF/UFRJ, Instituto de Bioquímica Médica/UFRJ, Hospital Universitário Clementino Fraga Filho/UFRJ, FIOCRUZ/MG, LPSF/UFPE, LQTM/UFPE, CPqAM-FIOCRUZ, DBBM/FIOCRUZ, PROCC/FIOCRUZ, LabECoM-Fac. Farmácia/UFRJ, Faculdadee de Medicina/UERJ, LASSBio/Fac. Farmácia/UFRJ, LNCC. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Camila Silva de Magalhães - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2005 - 2008

  Inovação e Desenvolvimento de Fármacos e Medicamentos (Instituto do Milênio), Descrição: Lider do Projeto: Prof. Eliezer J. Barreiro (Fac. de Farmacia - UFRJ) Este projeto pretende agregar competências acadêmico-científicas do País (cerca de 25 Instituições), através a participação dos pesquisadores seniores, produtivos, e colaboradores, nas diversas áreas e sub-áreas da cadeia do fármaco/medicamento, desde a identificação/valiadação de novos alvos-terapêuticos empregando técnicas clássicas e inovadoras, experimentais e teóricas, passando por aquelas necessárias a obtenção/síntese de quantidades adequadas à formulação dos novos medicamentos, atingindo a etapa de ensaios pré-clínicos e clínicos de fase 1, de novas moléculas candidatas a protótipos de fármacos. Incluir nesta trajetória novas moléculas patenteadas que sejam promissoras face a resultados já disponíveis, bem como proteger aquelas por ventura descobertas com nível de originalidade inventiva que motive sua proteção. Ademais, pretende-se ainda dentre os objetivos suplementares do Instituto, estudar, identificar e desenvolver rotinas de síntese total, partindo de intermediários de menor custo possível, de fármacos de comprovado interesse terapêutico com patentes vencidas, que representem candidatos a futuros fármacos genéricos. Complementarmente, pretende-se associar a expertise acadêmico-científica dos grupos de pesquisa envolvidos, compondo as diversas etapas da cadeia do fármaco, com participantes do setor farmoquímico e farmacêutico nacional visando o desenvolvimento de novo produto farmacêutico com diferentes níveis de inovação, contribuindo para sanar eventuais lacunas históricas na cadeia produtiva do medicamento no Brasil.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Camila Silva de Magalhães - Integrante / Eliezer J. Barreiro - Coordenador.

• 2004 - 2006

  Desenvolvimento de Métodos Computacionais Aplicados ao Desenho Racional de Fármacos e Predição de Estrutura de Proteínas, Descrição: Lider do Projeto: Prof. Laurent Emmanuel Dardenne Este projeto tem como objetivo o desenvolvimento de metodologias computacionais e algoritmos na área de modelagem molecular nas seguintes linhas de pesquisa: (I) Descrever e quantificar o modo de interação entre uma proteína e uma molécula ligante; (II) Predição de estruturas tridimensionais de proteínas; (III) Cálculo de propriedades eletrostáticas de roteínas; Dentre os objetivos específicos deste projeto estão: (1) Desenvolvimento de metodologias de "docking" utilizando o algoritmo "Generalized simulated annealing" e variantes de algoritmos genéticos, orientados para encontrar múltiplas soluções, que possam ser robustos e precisos e que incorporem diferentes níveis de sofisticação com relação aos seguintes tópicos:flexibilidade do receptor e do ligante; inclusão ou não de moléculas de água dentro do sítio ativo; forma de avaliação da energia de interação receptor/ligante; (2) Desenvolvimento e testes de diversas variantes de algoritmos genéticos para a predição de estruturas de proteínas, dentro do modelo HP (Hidrofóbico-Polar), visando a posterior aplicação dos mesmos em modelos de proteínas mais sofisticados; (3) Cálculo de propriedades eletrostáticas de proteínas utilizando a metodologia de expansões multipolares multicentradas derivadas de cálculos quânticos de estrutura eletrônica.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Camila Silva de Magalhães - Coordenador.

• 2002 - 2005

  Desenvolvimento de Metodologias de Docking Acopladas à Computação de Alto Desempenho Visando o desenho racional de Compostos Bioativos, Descrição: Líder do Projeto: Prof. Laurent Emmanuel Dardenne. Este projeto tem os seguintes objetivos: (1) Desenvolvimento de metodologias de docking (tendo como base os algoritmos de otimização estocástica Generalized Simulated Annealing e Algoritmo Genético e também algoritmos modificados de Dinâmica Molecular) que possam ser robustos, rápidos e precisos e que incorporem diferentes níveis de sofisticação com relação à flexibilidade do receptor e do ligante, à inclusão ou não de moléculas de água dentro do sítio ativo e também à forma de avaliação da energia de interação receptor/ligante; (2) Construção de uma biblioteca in silicon de compostos candidatos a fármacos e de um banco in silicon de alvos moleculares orientado para estudos de docking;. (3) Implementação das metodologias desenvolvidas em um ambiente de computação paralela baseado em cluster de PC's; (4) Validação experimental dos resultados computacionais e em caso positivo a realização da síntese de novos compostos e respectivos testes farmacológicos tendo como referência os resultados in silicon. Atualmente o Brasil está bastante avançado na área genômica, investindo consideravelmente em projetos de seqüenciamento de genomas completos. Muitos destes projetos visam o descobrimento de alvos moleculares que possam ser utilizados no desenvolvimento de terapias contra doenças tropicais que afetam milhões de pessoas no Brasil e no mundo. A implementação de um projeto na área de desenho racional de fármacos, que integre desenvolvimento metodológico próprio, computação de alto desempenho em conjunto com a parte experimental da química medicinal possui uma importância estratégica bastante relevante em uma área de grande impacto científico e tecnológico no decorrer dos próximos anos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Camila Silva de Magalhães - Coordenador.

Prêmios