Joao Carlos Setubal

Professor Titular do Departamento de Bioquímica do Instituto de Química da Universidade de São Paulo. É PhD em Ciência da Computação pela University of Washington (1992). Possui graduação em Engenharia Mecânica pela Universidade de São Paulo (1979) e mestrado em Ciência da Computação pela Universidade Estadual de Campinas (1987). Foi professor do Instituto de Computação da Unicamp de 1986 a 2005, professor/pesquisador do Virginia Bioinformatics Institute e do departamento de Computer Science da Virginia Tech (EUA) de 2004 a 2011, e professor colaborador do Biocomplexity Institute da Virginia Tech de 2011 a 2019. Foi coordenador do Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática da USP (2016-2020). Atualmente é membro do Comitê de Assessoramento do CNPq para Biofísica, Bioquímica, Farmacologia, Fisiologia e Neurociências (CA-BF). Principal área de atuação: bioinformática. Mais informações em http://www.iq.usp.br/setubal.

Informações coletadas do Lattes em 16/03/2022

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Computer Science

1987 - 1992

University of Washington
Título: Variations and implementations of a mximum flow algorithm
Orientador: Richard Anderson
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. Palavras-chave: combinatorial optimization; maximum flow; parallel algorithms.Grande área: Ciências Exatas e da Terra

Mestrado em Ciência da Computação

1986 - 1987

Universidade Estadual de Campinas
Título: FIG: uma linguagem para especificação de figuras,Ano de Obtenção: 1987
Tomasz Kowaltowski.Palavras-chave: linguagens de programação; programação gráfica.Grande área: Ciências Exatas e da TerraSetores de atividade: Informática.

Graduação em Engenharia Mecânica

1975 - 1979

Universidade de São Paulo

Pós-doutorado

1998

Livre-docência. , Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil. , Título: Conjunto da obra, Ano de obtenção: 1998., Palavras-chave: Bipartite Matching; maximum flow; parallel algorithms.

2000 - 2001

Pós-Doutorado. , University of Washington, UW, Estados Unidos. , Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.

Idiomas

Bandeira representando o idioma Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Bandeira representando o idioma Espanhol

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

Bandeira representando o idioma Italiano

Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Pouco, Escreve Pouco.

Bandeira representando o idioma Francês

Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Pouco.

Bandeira representando o idioma Alemão

Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação/Especialidade: Análise de Algoritmos e Complexidade de Computação.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular/Especialidade: Bioinformática.

Organização de eventos

Setubal, João C. ; SILVA, W. M. ; OLIVEIRA, D. C. M. . Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB2020. 2020. (Congresso).

Setubal, João C. ; MERZEL, V. M. ; JOLY, C. . 20 anos do programa BIOTA - Webinars sobre BIOTA - microorganismos. 2020. (Congresso).

Setubal, J.C. ; DA SILVA, ALINE MARIA ; Farah, S. C. ; FERREIRA, H. . XanthoMeeting 2018. 2018. (Congresso).

FARAH, C. S. ; da Silva, Aline M ; Setubal, João C. ; FERREIRA, H. . XanthoMeeting 2015. 2015. (Congresso).

PATANE, J. S. L. ; Setubal, Joao C. . Evolution 2015 - Symposium on Prokaryote Comparative Genomics, phylogenetics and evolution. 2015. (Congresso).

Setubal, João C. ; DIAS-NETO, Emmanuel ; Giordano, Ricardo J. ; Nunes, Diana N. . Bioinformática, Microbioma, Meio Ambiente e Saúde - BIMMAS. 2015. (Congresso).

Setubal, Joao C ; Almeida, Nalvo F . Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB2013. 2013. (Congresso).

Setubal, J.C. ; Sobral, B. . Ninth Annual Conference on Computational Genomics. 2006. (Congresso).

Setubal, J.C. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio . Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB2005. 2005. (Congresso).

Participação em eventos

Brazilian Symposium on Bioinformatics BSB2021. Microbial genome informatics in the microbiome era. 2021. (Congresso).

Industrial Biotechnology and Synthetic Biology (IBSB): Enzymes for Biorenewables,. The Composting Microbiome. 2021. (Congresso).

International Union for Pure and Applied Biophysics 2021. Metagenome-assembled genomes: what they are and how we can believe them. 2021. (Congresso).

Química é Vida.A revolução genômica e sua contribuição para o combate à pandemia do coronavirus. 2020. (Seminário).

Seminários da Sociedad Peruana de Bioinformatica.Bioinformatics, Genomics, and Coronavirus. 2020. (Seminário).

Seminários de pós-graduação do Instituto de Biociências da Unicamp.Metagenome-assembled genomes (MAGs). 2020. (Seminário).

Webinar em comemoração aos 20 anos do Genoma Humano.Genoma humano: a corrida do sequenciamento e consequências 20 anos depois. 2020. (Seminário).

Weekly seminars of the Arap-Pasqualini Research Group.Microbiomes and their analysis. 2020. (Seminário).

Weekly seminars of the Department of Plant and Soil Sciences, University of Delaware.Genome-resolved composting. 2020. (Seminário).

XXX Semana da Computação - SEMAC.Genômica e Bioinformática no combate à pandemia de COVID-19. 2020. (Seminário).

From Drug Discovery to Drug Delivery ? the 4D UHH and USP Match Making Workshop.The Microbiome in human health and in the environment: use cases and computational methods. 2019. (Oficina).

IX Proteomics Workshop.A transcriptomic signature of pathological angiogenesis predicts breast cancer patient survival. 2019. (Simpósio).

Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência.Biodiversidade e Bioinformática. 2019. (Simpósio).

Annual Meeting of the Metasub Consortium.Phylogeny and strain variation inference from metagenome assembled genomes. 2018. (Simpósio).

Colóquio do IMECC (Unicamp).Geração de dados em genômica: uma avalanche contínua e crescente. 2018. (Seminário).

Seminário sobre Pesquisa em Biologia Celular (Unifesp).Insights into composting through detailed analysis of recovered bacterial genomes from metagenome data. 2018. (Seminário).

V Escuela Regional de Microbiologia.Insights into composting through detailed analysis of recovered bacterial genomes from metagenome data. 2018. (Seminário).

Annual Meeting of the Society of Environmental Toxicology and Chemistry-Latin America. Bioinformatics. 2017. (Congresso).

Reunião anual da SBBq. A microbial-molecular view of what happens when organic waste from a Zoo is composted. 2017. (Congresso).

ISME 2016. Reconstruction and analysis of novel bacterial genomes from a thermophilic and cellulolytic compost-derived microbial consortium. 2016. (Congresso).

REGEM, SBG. Metagenomic Genome Recovery: yet another revolution. 2016. (Congresso).

Simpósio Internacional sobre Exercício Físico, Saúde e Microbiota Intestinal.Bioinformática e Microbiomas. 2016. (Simpósio).

Molecular and Biochemical Advances on Pathogens / SBBq. The citrus pathogen Xanthomonas citri and its reltives. 2015. (Congresso).

V Simpósio de Bioquímica e Biotecnologia.Bioinformática de dados metagenômicos. 2015. (Simpósio).

Reunião anual da Sociedade Chilena de Bioqímica y Biologia Molecular. Metagenomics of composting: bioinformatics and results. 2014. (Congresso).

Summer School on Primary Immunodeficiencies.Computational Analysis of RNAseq data. 2014. (Simpósio).

Congresso anual da Sociedade Brasileira de Microbiologia. Análise computacional de genomas bacterianos. 2013. (Congresso).

Symposium and Workshop on new methods for phylogenomics and metagenomics. 2013. (Simpósio).

First Brazilian Genome Conference. The Red Sea Metagenomics Project. 2012. (Congresso).

Workshop on Bioinformatics and Algorithms.SIM, a tool for scaffolds for prokaryotic genomes based on inversion signatures. 2012. (Oficina).

X-meeting. The Red Sea Metagenomics Project. 2012. (Congresso).

Participação em bancas

Aluno: William Ricardo Isidorio

HOFFMANN, C.;Setubal, Joao C.. Caracterização da microbiota de queijos artesanais provenientes da Serra da Canastra - MG e da cultura iniciadora natural utilizada em sua produção. 2019. Dissertação (Mestrado em Ciência e Tecnologia de Alimentos) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Thais Crippa de Oliveira

FERREIRA, M. U.;Setubal, João C.. Genômica populacional de Plasmodium vivax: níveis e mecanismos de diversidade genética na América. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Davi Toshio Inada

SOUZA, G.;Setubal, João C.. ANÁLISE DO METABOLOMA DA CANA-DE-AÇÚCAR AO LONGO DO CICLO DE MATURAÇÃO DA PLANTA. 2016. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Osama Said Ali

El-Dorry, Hamza A.;Setubal, Joao Carlos. De novo metagenomic assembly of microbial communities from the lower convective layer of the Red Sea Atlantis II brine environment. 2013. Dissertação (Mestrado em Biology) - The American University of Cairo.

Aluno: Andrew Matez Thomas

DIAS-NETO, EmmanuelSetubal, Joao C. Análise de populações bacterianas no câncer da cavidade oral por metagenômica. 2012. Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente.

Aluno: Vitor Ferreira Onuchic

DURHAM, A. M.Setubal, Joao C. Inovações em técnicas de alinhamentos múltiplos e predições de genes. 2012. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Janira Prichula

NICOLAS, M.; LIGABUE-BRAUN, R.;Setubal, Joao C.. Enterococcus spp. associados a animais marinhos selvagens: genômica comparativa, filogenômica e identificação de moléculas bioativas. 2020. Tese (Doutorado em BIOCIÊNCIAS) - Fundação Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre.

Aluno: Marielton Passos Cunha

ZANOTTO, P.;Setubal, Joao C.; DURIGON, E. L.; BOTOSSO, V. F.. Rastreando arbovírus em ambientes silvestre e urbano. 2019. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Irina Gueroldovna Bobrovnitchaia

SILVA, I. T.;Setubal, João C.. ANÁLISE DE ASSINATURAS MUTACIONAIS NO PROGNÓSTICO DE PACIENTES COM ADENOCARCINOMA GÁSTRICO E INFECÇÃO POR EBV. 2019. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente.

Aluno: Dany Alberto Mesa Fiagá

SOUZA, E. M.;Setubal, João C.. MICROBIOTA INTESTINAL EM FRANGOS DE CORTE. 2018. Tese (Doutorado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná.

Aluno: Denis Jacob Machado

GRANT, T.;Setubal, João C.. COMPARATIVE GENOMICS AND THE EVOLUTION OF AMPHIBIAN CHEMICAL DEFENSE. 2018. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Tiago Chedraoui Silva

Setubal, João C.; NUSHMEHR, H.. Bioinformatic tool to integrate and understand aberrant epigenomic and genomic changes associated with cancer. 2018. Tese (Doutorado em Curso de Pós-Graduação de Genética FMRP-USP) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Carlos Henrique Rodrigues Gomes

GIORDANO, R.;Setubal, João C.. Desenvolvimento de novos vetores para a produção de bibliotecas de anticorpos pelo sistema de phage display. 2018. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Cícero Alves Lima Júnior

HOTTA, C. T.;Setubal, João C.. Relógio circadiano em eucariotos fotossintetizantes (archaeplastida) e adaptação ao estresse. 2018. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Cintia Iha

OLIVEIRA, M. C.;Setubal, João C.. Estudo filogenômico e caracterização genômica organelar de algas gracilarioides (Gracilariaceae, Rhodophyta). 2018. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Zoologia)) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Patrícia de Cássia Ruy

CRUZ, A. K.;Setubal, João C.. Identificação e análise in silico de ncRNAs empregando dados de RNA-seq em Leishmania. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Pablo de Morais Andrade

PEREIRA, C. A. B.;Setubal, João C.. A META-ANALYSIS BAYESIAN MODEL FOR CHIP-SEQ DATA. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Lina Rocio Del Pilar Rada Martinez

ARAUJO, W.;Setubal, João C.. Microbioma da bacia do rio Tietê: diversidade funcional e taxonomia. 2017. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Ana Beatriz Canevari Castelão

ARAUJO, F. R.;Setubal, João C.. CONTRIBUIÇÕES DA ANÁLISE GENÔMICA PARA O CONTROLE DA TUBERCULOSE BOVINA. 2016. Tese (Doutorado em Ciência Animal) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul.

Aluno: Diego Trindade de Souza

MATIOLI, S.;Setubal, João C.. Origem de genes recentes, uma abordagem com PSSMs deterioradas e arquiteturas de domínio proteico. 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Priscila do Nascimento Biller

MEIDANIS, J.;Setubal, João C.. Análise estatística da evolução por rearranjo de genomas. 2016. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Bárbara Domingues Bitarello

MEYER, D.;Setubal, João C.. Seleção balanceadora no genoma humano: relevância biológica e consequencias deletérias. 2016. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Fabricio Edgar de Moraes

LABATE, C. A.;Setubal, João C.. Bioinformática aplicada à biologia sistêmica para a identificação dos fatores regulatórios do acúmulo de sacarose no colmo da cana-de-açúcar. 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Esteban Galeano Gómez

Setubal, João CCarrer, Helaine; FIGUEIRA, A.;Ferro, J. A.. Characterization of genes involved in lignina biosynthesis in Tectona grandis. 2015. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Carolina Torres-Gutierrez

SALLUM, M. A. M.;Setubal, João C.. The subgenus Melanoconion of Culex in South America. 2015. Tese (Doutorado em Saúde Pública) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Gustavo Starvaggi França

CAMARGO, A.;Setubal, João C.. Estudos sobre a organização genômica, evolução e expressão de microRNAs. 2015. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Clicia Grativol Gaspar de Matos

FEREIRA, P. C. G.;Setubal, João C. Efeitos de hibridização no genoma da cana de açúcar. 2014. Tese (Doutorado em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Aluno: Gisele Strieder Philippsen

MARCO, R.;Setubal, João CSLUYS, Marie Anne Van. Estudo da influência de elementos transponíveis nos genomas das algas C. reinhardtii e V. carteri. 2014. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Fábio Navarro

CAMARGO, A.;Setubal, João CVERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. A retrotransposição de mRNAs como fator de variablidade genética no genoma humano e de outros primatas. 2014. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Wesley Oliveira de Santana

da Silva, Aline MSetubal, Joao Carlos; HOTTA, C. T.;Ferro, Jesus A; BRIONES, M. R. S.. Novos genomas de Xylella fastidiosa. 2013. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Daniele Yumi Sunaga de Oliveira

BUENO, M. R. P.; HASHIMOTO, R. F.; Reis, Eduardo M; NIEVOLA, J. C.;Setubal, Joao Carlos. Biologia computacional aplicada a análise de dados em larga escala. 2013. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Siomar de Castro Soares

AZEVEDO, V.;Setubal, Joao C. The Pan-Genome of the Animal Pathogen Corynebacterium pseudotuberculosis Reveals Differences in Genome Plasticity between the Biovar ovis and equi Strains. 2013. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Aluno: Sávio de Siqueira Ferreira

SOUZA, G.;Setubal, João C. Estudo do transcriptoma de genótipos ancestrais de cana de açúcar com enfoque em genes do metabolismo de paree celular. 2013. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Aluno: André Kashiwabara

Setubal, Joao CarlosDURHAM, A. M.VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. MYOP/ToPS/SGEval: um ambiente computacional para estudo sistemático de predição de genes. 2012. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Luisa Abruzzi de Oliveira

Frazzon, J.; PASQUALI, G.;Setubal, Joao Carlos. Análise transcricional dos genes do sistema ISC em eucalyptus grandis e azotobacter vinelandii. 2012. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Aluno: Ulisses Martins Dias

Dias, ZanoniAlmeida, Nalvo FTELLES, G.; MEIDANIS, J.;Setubal, Joao C. Problemas de Comparação de Genomas. 2012. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciência da Computação - UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Nahla Belal

HEATH, L.; MURALI, T.; GRENE, R.; HAMID, A. A.;SETUBAL, J. C.. Two problems in Computational Genomics. 2011. Tese (Doutorado em Computer Science) - Virginia Polytech Institute and State University.

Aluno: Mihaela Corina Babiceanu

LAWRENCE, C. B.;Setubal, Joao C; BEVAN, D. R.; LI, L.. ANALYSIS OF THE ALLERGENIC POTENTIAL OF THE UBIQUITOUS AIRBORNE FUNGUS ALTERNARIA USING BIOINFORMATICS. 2011. Tese (Doutorado em Genetics, Bioinformatics and Computational Biology) - Virginia Polytechnic Institute and State Universit.

Aluno: Shuangchun Yan

Vinatzer, Boris A;Setubal, Joao C. Pathogenicity mechanisms of Pseudomonas syringae. 2010. Tese (Doutorado em Plant Pathology) - Virginia Polytech Institute and State University.

Aluno: Christian Baudet

DIAS, Z.SETUBAL, J. C.; ALMEIDA JR., Nalvo Franco de; MEIDANIS, J.;TELLES, G.. Enumeração de traces e identificação de breakpoints. 2010. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.

Aluno: Matt Dyer

Sobral, Bruno S.; TYLER, B.; MURALI, T.;Setubal, J.C.. PathoSystems Biology: computational prediction and analysis of host-pathogen protein interaction networks. 2008. Tese (Doutorado em Genetics, Bioinformatics, and Computational Biolog) - Virginia Tech.

Aluno: Amrita Pati

HEATH, L.;Setubal, Joao C. Genomic signatures and DNA barcoding. 2007. Tese (Doutorado em Computer Science) - Virginia Polytech Institute and State University.

Aluno: Fernanda Junqueira Salles

OLYMPIO, K. K.;Setubal, João C.. O impacto da exposição química sobre o transcriptoma de trabalhadores formais e informais. 2019. Exame de qualificação (Doutorando em Saúde Pública) - Universidade de São Paulo.

MENCK, Carlos F. M.; Rocha, R. P.; Machado, G.; SOLE-CAVA, A. M.;Setubal, J.C.. Instituto de Biociências da USP. 2019. Universidade de São Paulo.

Baptista, M.S.; MENCK, C.; VERCESE, A.; GALEMBECK, F.;Setubal, João C.. Professor Titular do Departamento de Bioquímica do IQ/USP. 2016. Universidade de São Paulo.

SONG, S. W.; RIBEIRO, C. C.; CACERES, E.;Setubal, Joao C. Concurso de Marcelo Henriques de Carvalho. 2014. Universidade Federal de Mato Grosso do Sul.

Setubal, J.C.; Weksler, M.; Freire, D. C. G. M. S.. Pesquisador em Saúde Pública, Biologia, Biodiversidade e Saúde. 2017. Fundação Oswaldo Cruz.

COLLI, W.; CAMARGO, A. M.; MENCK, C.; WARD, R. J.;Setubal, Joao C. Professor Doutor no depto. de Bioquímica do IQ-USP. 2015. Universidade de São Paulo.

TERADA, R.; FINGER, M.; BIGONHA, R. S.;Setubal, Joao C. Professor Doutor no depto. de Ciência da Computação do IME-USP. 2014. Universidade de São Paulo.

FOGACA, A.;Setubal, Joao C; SILBER, A. M.; AGUERO, F.; FUJITA, A.. Professor Doutor no depto. de Parasitologia do ICB-USP. 2014. Universidade de São Paulo.

VERJOVSKI-ALMEIDA, SergioSetubal, Joao C; KALUME, D. E.. Professor Adjunto - IBCCF/UFRJ. 2014. Universidade Federal do Rio de Janeiro.

RUIZ, J.;Setubal, Joao C; NICOLAS, M.. Pesquisador IOC/FIOCRUZ Biologia Computacional. 2014. Fundação Oswaldo Cruz.

MARTINEZ, M. B.; FARSKY, S. H.;Setubal, Joao Carlos; MOREIRA FILHO, C. A.; BRIONES, M. R. S.. Professor Doutor na Faculdade de Ciências Farmacêuticas da USP. 2013. Universidade de São Paulo.

VENCIO, R.;Setubal, Joao C. Professor Doutor no depto. de Genética da ESALQ-USP. 2013. Universidade de São Paulo.

FOGACA, A.; BARRERA, J.;Setubal, Joao C. Professor Doutor no depto. de Parasitologia do ICB-USP. 2013. Universidade de São Paulo.

FRAGOSO, S. P.; FREITAS, S. M.;Setubal, J.C.. Professor adjunto em biologia molecular e bioinformatica - UnB. 2012. Universidade de Brasília.

Ferro, Jesus ASetubal, Joao Carlos; VASCONCELOS, A. T. R.; SILVA, F. R.; ZERLOTINI NETO, A.. Pesquisador III na Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias - Unesp. 2012. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Setubal, Joao C; FOGEL, D.; RUMJANEK, F.; SOUZA, S.. Professor Adjunto no Instituto de Bioquímica Médica - UFRJ. 2010. Universidade Federal do Rio de Janeiro.

ROSSI, N. M. M.; COSTA, L. F.; MARQUES, P. M. A.; CARVALHO, A. C. P. L. F.;Setubal, João C.. Livre-docência da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP. 2018. Universidade de São Paulo.

ZAMBONI, D.; GOZZO, FÁBIO C.; CUCCOVIA, I. M.; COSTA FILHO, A. J.;Setubal, João C.. Livre-docência no departamento de Bioquímica do IQ/USP. 2016. Universidade de São Paulo.

Setubal, J.C.. Professor Livre docente do Instituto de Matemática e Estatística. 2016. Universidade de São Paulo.

PASCHOLATI, S. F.;Setubal, Joao C.; VENCIO, R.. Concurso de Livre Docência do departamento de Genética da ESALQ. 2015. Universidade de São Paulo.

Setubal, João C.; OTTO, P.. Concurso de Livre Docência do departamento de Genética e Evolução do Instituto de Biociências. 2015. Universidade de São Paulo.

Setubal, João C.; VINGRON, M.; KOVATS, D. E.. Awards Committee of the International Society for Computational Biology. 2020. International Society for Computational Biology.

Comissão julgadora das bancas

Tomasz Kowaltowski

Kowaltowski, T.. Dissertação de mestrado. 1987. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.

Orientou

Dannis Carhuaricra

Análise genômica de isolados bacterianos; Início: 2021; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo; (Orientador);

Robson Pontes de Oliveira

Análise global de MAGs; Início: 2021; Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa ao Desenvolv; Científico e Tecnológico - MA; (Orientador);

Ondina Palmeira

Evolução da microbiota de bebês; Início: 2018; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Natalia Nakamura Gouveia

Montagem e análise do genoma da alga vermelha Gracilaria domingensis; Início: 2017; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; (Orientador);

DIOGO MACIEL DUARTE DA MOTA

Análise Evolutiva e Estrutural de Genes Associados ao Diabetes Mellitus Tipo 2; Início: 2021; Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; (Orientador);

Suzana Eiko Guima

Anaise de dados metagenômicos; Início: 2021; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo; (Orientador);

Bruno Iha

Aprendizado de Máquina em Bioinformática; Início: 2019; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Ana Carolina Soares

Análise de microbiomas das esponjas do sistema recifal amazônico; Início: 2017; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Deyvid Emanuel Amgarten

Viromas em metagenomas; Início: 2017; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Jhonatas Sirino Monteiro

Expressão gênica em angiogênese; Início: 2017; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo; (Orientador);

Raquel Riyuzo Franco

Diversidade microbiana em amostras de fezes de macacos bugio por isolamento e sequências de rRNA 16S; Início: 2017; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Coorientador);

Lívia Maria da Silva Moura

Análise integrativa de dados para recuperação de genomas a partir de metagenomas; Início: 2015; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Suzana Eiko Guima

Microbial composition of inoculum and mature compost in the São Paulo Zoo Composting process assessed through metagenomics; 2021; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Fabio Beltrame Sanchez

MAGset: uma ferramenta para comparação de genomas recuperados de dados metagenômicos e sua aplicação para melhoria de suas montagens; 2021; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo,; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Fernando pacheco nobre rossi

Análise comparativa do genoma de bacteriófagos isolados da compostagem e estudo dos determinantes de sua interação com Pseudomonas aeruginosa; 2019; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Joao Carlos Setubal;

Guillermo Uceda Campos

Genomas de Xylella fastidiosa; 2018; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Joao Carlos Setubal;

Gianluca Major Machado da Silva

Caravela: um navegador de metagenomas; 2017; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Jhonatas Sirino Monteiro

Análise do transcritoma do mexilhão marrom (Perna perna) sob contaminação por antraceno; 2017; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Diogo de Oliveira Pessôa

Identificação de RNAs longos não codificadores associados a subtipos moleculares em tumores pancreáticos; 2017; Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Joao Carlos Setubal;

Leandro Nascimento Lemos

Reconstrução e análise de genomas de bactérias de compostagem a partir de dados metagenômicos; 2016; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Deyvid Amgarten

Analise computacional da diversidade viral presente na comunidade microbiana do processo de compostagem do Zoologico de Sao Paulo; 2016; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Bruno Souza

Desenvolvimento de um pipeline para identificar automaticamente os genes compostos predominantemente por microexons arranjados em tandem no genoma anotado de Schistosoma mansoni; 2016; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Joao Carlos Setubal;

Fernanda Orpinelli Rego

Modelagem computacional de famílias de proteínas microbianas relevantes para a produção de bioenergia; 2015; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo,; Orientador: Joao Carlos Setubal;

George William Condomitti Epamino

Montagem do genoma de Bothrops jararaca; 2013; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Wenjie Zheng

Genomic Islands in Agrobaterium vitis S4; 2005; Dissertação (Mestrado em Computer Science) - Virginia Tech, virginia bioinformatics institute; Orientador: Joao Carlos Setubal;

João Paulo Piazza

Uma metodologia para determinacao do organismo de origem de sequencias de DNA com aplicacao em projetos EST; 2004; 100 f; Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas,; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Vagner Katsumi Okura

Bioinformatica de projetos genoma de bacterias; 2002; Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Lidio Nunes de Abreu Jr

; O problema da designação e sua variante paramétrica; 2000; Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Arlindo Flávio da Conceição

Problemas combinatórios de congestionamento; 2000; Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Joao Carlos Setubal;

CARLOS FERNANDO BELLA CRUZ

Algoritmos Para Emparelhamento Em Grafos e Uma Implementacao Paralela; 1996; Dissertação - Universidade Estadual de Campinas,; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Ronaldo Menezes

Um Estudo Sobre Modelos de Computacao Paralela; 1995; Dissertação - Universidade Estadual de Campinas,; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Felipe Prata Lima

Classificação Taxonômica de Sequências obtidas com Meta-ômicas por meio de Integração de Dados; 2019; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo,; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Pedro Ivo Gomes de Faria

Ordenação evolutiva de genes; 2019; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo,; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Andrew Maltez Thomas

Investigação de perfis microbianos humanos e sua relação com câncer gástrico e coloretal; 2018; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Rodrigo Guarischi Mattos Amaral de Sousa

The transcriptome of oxygen-induced retinopathy and an angiogenesis-based prognostic gene signature for prediction of breast cancer relapse; 2017; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Lucas Ferreira da Silva

LincRNAs fisicamente associados ao receptor de andrógeno modificam o perfil de marcas da cromatina vizinha e alteram a expressão gênica local; 2017; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Joao Carlos Setubal;

Andrew Scott Warren

Methods for Analysis of Prokaryotic Genome Architecture; 2017; Tese (Doutorado em Computer Science) - Virginia Polytechnic Institute and State Universit,; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Luciana Principal Antunes

ESTUDOS DE METAGENÔMICA E METATRANSCRITÔMICA DA COMUNIDADE MICROBIANA DA COMPOSTAGEM DO ZOOLÓGICO DE SÃO PAULO; 2016; Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Coorientador: Joao Carlos Setubal;

Deibs Barbosa

Análise computacional da variação do potencial metabólico microbiano em metagenomas; 2015; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Omar Julio Sosa

Análise computacional de dados de RNAseq e exoma em câncer de pâncreas; 2014; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Coorientador: Joao Carlos Setubal;

Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho

Caracterização in silico e análise de expressão de RNAs não codificadores longos no genoma de eucariotos; 2013; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Coorientador: Joao Carlos Setubal;

Kuan Yang

Ancestral reconstruction of prokaryotic genomes; 2012; Tese (Doutorado em Genetics, Bioinformatics, and Computational Biolog) - Virginia Tech, virginia bioinformatics institute; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Luiz Thiberio Rangel

Redes de transferencia lateral de genes; 2012; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Luciano Antonio Digiampietri

Workflows cientificos em bioinformatica; 2007; Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Thiago Venâncio

Analise de expressao genica em Schistosoma mansoni; 2007; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Coorientador: Joao Carlos Setubal;

Nalvo Franco de Almeida Jr

; Ferramentas computacionais para comparacao de genomas; 2002; Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Roberta Verciano Pereira

2019; Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Joao Carlos Setubal;

Andrew Maltez Thomas

2019; Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Joao Carlos Setubal;

Deibs Barbosa

2019; Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Joao Carlos Setubal;

Gustavo Ribeiro Fernandes

2018; Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Joao Carlos Setubal;

Luiz Thiberio Rangel

2018; Universidade de São Paulo, Simons Foundation; Joao Carlos Setubal;

Joaquim Martins Jr

2016; Universidade de São Paulo,; Joao Carlos Setubal;

José Salvatore Leister Patané

2016; Universidade de São Paulo,; Joao Carlos Setubal;

Zanoni Dias

2010; Virginia Polytech Institute and State University, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Joao Carlos Setubal;

Tsai Tien Tseng

2008; Virginia Polytech Institute and State University, National Science Foundation; Joao Carlos Setubal;

Nalvo Franco de Almeida Jr

2008; Virginia Tech, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Joao Carlos Setubal;

Joao Paulo Kitajima

1999; Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Joao Carlos Setubal;

Elaine Dias Batista

Algoritmos para Analise de Metagenomas; 2010; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Bioinformatica) - Institut National des Sciences Appliquées de Lyon; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Eduardo Preusser de Mattos

Analise global do metabolismo de cofatores [Fe-S] em Azotobacter vinelandii; 2010; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Ismael Alves Lucena Gomes

Analise de sequencias de metagenomica; 2012; Iniciação Científica; (Graduando em Obstetrícia) - Universidade de São Paulo, Universidade de São Paulo; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Laura Obenauer

Métodos filogenéticos para dados metagenômicos; 2012; Iniciação Científica - Universität Heidelberg, Deutsche Akademische Austauch Dienst; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Aloisio José de Almeida Jr

; Montagem dos genomas de Xanthomonas aurantifolii cepas B e C; 2005; Iniciação Científica; (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundecitrus; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Daniel Machado de Faria

Monatagem, anotacao e analise dos genomas de Xanthomonas aurantifolii; 2005; Iniciação Científica; (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundecitrus; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Daniel Gasparotto

Montagem dos genomas de Xanthomonas aurantifolii cepas B e C; 2005; Iniciação Científica; (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundecitrus; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Julia Perdigueiro

Montagem dos genomas de Xanthomonas aurantifolii cepas B e C; 2005; Iniciação Científica; (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundecitrus; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Marcelo da Silva Reis

Identificação computacional de lipoproteínas em espiroquetas; 2003; Iniciação Científica; (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Patricia Farah Carrião

Analise de genes truncados e repetidos em Leifsonia xyli; 2003; Iniciação Científica; (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Marcelo Perez

Analise comparativa do genoma de Leifsonia xyli; 2003; Iniciação Científica; (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Alexandre Corrêa Barbosa

Montagem do genoma de Xanthomonas citri; 2000; Iniciação Científica; (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Fernanco Goncalves Urzedo

Suporte computacional para projetos genoma de EST; 2000; Iniciação Científica; (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Renato Werneck

Software Genscaff para criar um scaffold de montagem de genomas; 1999; Iniciação Científica; (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Cesar Scolar

Algoritmos e programas para auxilio na determinacao de estruturas em DNA genomico; 1999; Iniciação Científica; (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Claudia Cepukas

Algoritmos perpendiculares; 1998; Iniciação Científica; (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Paulo Fabiano Macedo

Implementacao de algoritmo distribuido para o problema do fluxo maximo; 1998; Iniciação Científica; (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Joao Rodolfo Suarez de Oliveira

Uma abordagem uniforme para problemas de comparacao de sequencias; 1997; Iniciação Científica; (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Felipe de Almeida Leme

algoritmos para Mapeamento Fisico de DNA; 1995; Iniciação Científica; (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas; Orientador: Joao Carlos Setubal;

Foi orientado por

Tomasz Kowaltowski

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  • SETUBAL, J. C. ; ALMEIDA JR., Nalvo Franco de ; VIANA, Carlos ; CARVALHO, Marcelo de . A method to determine homologous protein families based on graph cliques and profiles. In: III Brazilian Workshop on Bioinformatics, 2004, Brasilia, 2004.

  • SETUBAL, J. C. ; PEREZ, Marcelo ; CARRIÃO, Patricia Farah . A relational database for COG data. In: II Brazilian Workshop on Bioinformatics, 2003, Macaé. Anais do II WOB, 2003.

  • SETUBAL, J. C. ; ALMEIDA JR, Nalvo Franco de . Detection of related genes in prokaryotes using syntenic regions. In: DIMACS Workshop on whole genome comparison, 2001, Rutgers University, New Jersey. Abstracts of the DIMACS Workshop on whole genome comparison, 2001. p. 15-17.

  • WOOD, Derek W. ; SETUBAL, J. C. ; OKURA, V. K. ; CHEN, L. ; KITAJIMA, Joao Paulo ; NESTER, E. W. ; OLSON, M. V. . Sequencing and analysis of the Agrobacterium tumefaciens genome. In: 10th Int'l congress on Molecular plant-microbe interactions, 2001, Madison, WI, EUA. poster session, 2001.

  • SETUBAL, J. C. ; MEIDANIS, J. . The Bioinformatics Of The Xylella Fastidiosa Genome Project. In: II Annual Conference on Computational Genomics, 1998, Renton, Virginia. Abstract Book of the II Annual Conference on Computational Genomics. EUA: The Institute of Genomic Research, 1998.

  • SETUBAL, J. C. ; MACEDO, P. ; CACERES, E. . Solving The Maximum Flow Problem in Parallel, with Distributed Memory, and Asynchronously. In: Workshop em Paralelismo e Otimizacao Combinatoria, 1998, Búzios, RJ. Anais do Workshop em Paralelismo e Otimizacao Combinatoria. Buzios, RJ, 1998. p. 1-4.

  • SETUBAL, J. C. . New Experimental Results For Bipartite Matching. In: NETFLOW'93, 1993. Proceedings. San Miniato, Italia. p. 211-216.

  • Setubal, João C . Genome-resolved composting. 2020. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Setubal, João C . Microbiomes and their analysis. 2020. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Setubal, Joao C. . Genome-resolved composting. 2019. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • Setubal, João C . A microbial-molecular view of what happens when organic waste from a Zoo is composted. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

  • SETUBAL, J. C. ; WERNECK, R. . A program for building contig scaffolds in double-barrelled shotgun genome sequencing. Campinas: Instituto de Computacao, Unicamp, 2001 (Relatório Técnico).

  • SETUBAL, J. C. ; ALMEIDA JR, Nalvo Franco de ; TOMPA, M. . On the use of dont care regions in the alignment of protein sequences. Campinas: Instituto de Computação, UNICAMP, 1999 (Relatório Técnico).

  • SETUBAL, J. C. ; ALMEIDA JR, Nalvo Franco de . Um Modelo oculto de Markov para determinar promotores em seqüências de DNA. Campinas: IC-Unicamp, 1998 (Relatório Técnico).

  • SETUBAL, J. C. ; OLIVEIRA, J. R. S. . Uma abordagem uniforme para problemas de comparação de seqüências. Campinas: Instituto de Computação, UNICAMP, 1997 (Relatório Técnico).

  • SETUBAL, J. C. ; MENEZES, R. P. . Modelos de computação paralela e projeto de algoritmos. Campinas: Instituto de Computação, UNICAMP, 1995 (Relatório Técnico).

Outras produções

SETUBAL, J. C. ; MEIDANIS, J. . Software para projetos genoma. 1999.

Setubal, J.C. ; Monteiro, J. S. . Bioinformática de Transcritomas. 2018. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Setubal, J.C. ; Braga, L. P. P. ; Guima, S. . Bioinformática de metagenômica. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Projetos de pesquisa

  • 2018 - Atual

    Caracterização do microbioma de solos, rizosfera, e plantas de soja e milho em regiões de plantio dessas culturas, Projeto certificado pela empresa INDIGO BRAZIL AGRICULTURA LTDA. em 13/01/2021., Descrição: Levantamento do microbioma por meio de sequenciamento do gene rRNA de 16S de amostras de solos, rizosfera, e plantas de soja e milho em regiões de plantio dessas culturas. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . , Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / da Silva, Aline M - Integrante / Maltez Thomas, Andrew - Integrante / Suzana Guima - Integrante / Maike Rossmann - Integrante.

  • 2014 - 2020

    Bioinformática, Genômica, e Associados (BIGA), Descrição: O objetivo deste projeto é realizar avanços no estado da arte em biologia computacional1 por meio de trabalho interdisciplinar em projetos biológicos motivadores. Esses projetos têm em comum entre si necessidades sofisticadas de bioinformática; além disso, vários dos temas importantes da biologia computacional aparecem de forma recorrente em muitos desses projetos, permitindo assim uma sinergia na análise dos dados e no desenvolvimento de novas ferramentas. A área científica geral que permeia os projetos motivadores é a área de Ciências Genômicas. Usamos este termo para designar todas as investigações biológicas que dependem direta ou indiretamente do conhecimento do genoma dos organismos de interesse. Recaem portanto nesta definição várias das técnicas conhecidas como ?ômicas?, tais como a genômica, a transcritômica e a proteômica. O advento das tecnologias de sequenciamento de nova geração (NGS) barateou extraordinariamente os custos de sequenciamento, tanto para DNA quanto RNA. Isso abriu novos horizontes de pesquisa em variadas áreas, mas ao mesmo tempo trouxe demandas novas e intensas de processamento computacional, exigindo a adaptação de antigas técnicas e a formulação de novas. É neste contexto que se insere este projeto.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / Nalvo Franco de Almeida Jr - Integrante / Jesus Ferro - Integrante / Leandro Moreira - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.

  • 2012 - 2015

    PlantSimLab: A Simulation Laboratory for Plant Biology, Descrição: The goal of the project is to develop a network modeling tool, PlantSimLab, that enables plant biologists to build, validate, and use intuitive computer models, with a user interface that does not require mathematical or modeling expertise. No such tool is currently available.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Brett Tyler - Integrante / Reinhard Laubenbacher - Coordenador / John McDowell - Integrante., Financiador(es): National Science Foundation - Auxílio financeiro.

  • 2012 - 2014

    Modelos computacionais para familias de proteinas relevantes em bioenergia microbiana, Descrição: Criação de modelos ocultos de Markov que representem famílias de proteinas de processos microbianos relevantes para aplicações biotecnológicas em bioenergia. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / Claudia B. Monteiro-Vitorello - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2012 - Atual

    Estudos da diversidade microbiana do Parque Zoológico de São Paulo, Descrição: Este projeto tem por objetivo geral coletar, analisar e prospectar dados moleculares de três microbiomas existentes no Parque Zoológico do Estado de São Paulo: compostagem vegetal da mata atlântica, lago, e fezes de macacos bugio. O projeto fará uso de diversas metodologias, sendo as principais a metagenômica por pirossequenciamento, a identificação dos isolados microbianos por espectrofotometria de massa, e bioinformática. O projeto inclui pesquisadores da USP (campi Butantan e Zona Leste), da UNIFESP (campi Vila Clementino e Diadema), e da Fundação Parque Zoológico de São Paulo. O projeto trará novos resultados sobre a biodiversidade de microorganismos e de biomas específicos, com prospecção e o estabelecimento de coleções de linhagens microbianas; desenvolvimento de estratégias para a rápida identificação e transferência de linhagens com potencial de aplicação biotecnológica e industrial; e bioprospecção de produtos microbianos.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / Sergio verjovski-Almeida - Integrante / Luciano A. Digiampietri - Integrante / Julio Cezar de Oliveira - Integrante / da Silva, Aline M - Integrante / Renata Pascon - Integrante / Marcelo Vallim - Integrante / Luiz Juliano Neto - Integrante / João Batista da Cruz - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2011 - 2015

    The Oomycete-Soybean Coordinated Agricultural Project, Descrição: The Oomycete-Soybean Coordinated Agricultural Project (CAP) is a community, transdisciplinary effort of 28 co-project directors at 17 institutions. The Virginia Bioinformatics Institute at Virginia Tech is the lead institution. Brett Tyler is the lead PD. The project is funded by the the Agriculture and Food Research Initiative (AFRI) of the National Institute of Food and Agriculture (NIFA), an agency within the U.S. Department of Agriculture (USDA).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Brett Tyler - Coordenador / John McDowell - Integrante., Financiador(es): United States Department of Agriculture - Auxílio financeiro.

  • 2011 - 2014

    Commoditizing Data-Intensive Biocomputing in the Cloud, Descrição: Criação de infra-estrutura de sofware para utilização da Cloud Azure da Microsoft para problemas de larga escala em genômica. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . , Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Feng, Wu-chun - Coordenador.

  • 2010 - 2014

    Gene Ontology Terms for Microbial Energy Processes, Descrição: Novos termos da Gene Ontology sao criados para processos de bioenergia em micro-organismos. Esses termos sao usados na anotacao de genomas microbianos relevantes para bioenergia.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Brett Tyler - Integrante / T. Murali - Integrante / Biswarup Mukhopadhyay - Coordenador.

  • 2007 - 2010

    The Phylofacts Encyclopedia of Microbial Genes and Genomes, Descrição: Banco de dados, ferramentas computacionais de construcao e analise, e interface web para familias de proteinas em microorganismos. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Kimmen Sjolander - Coordenador., Financiador(es): National Science Foundation - Auxílio financeiro.

  • 2006 - 2009

    Genome sequencing and annotation of Azotobacter vinelandii, Descrição: Sequenciamento e anotacao/analise do genoma da bacteria A. vinelandii. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Wood, Derek - Coordenador / Dennis Dean - Integrante., Financiador(es): National Science Foundation - Auxílio financeiro.

  • 2005 - 2008

    Gene ontology terms for standardized annotation of plant-associated microbe genomes, Descrição: Geracao de novos termos da Gene Ontology para funcoes, processos e componentes relacionados com interacao microbio-plantas (e animais), e aplicacao desses novos termos na anotacao de genomas especificos. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Brett Tyler - Coordenador., Financiador(es): United State Department of Agriculture USDA - Auxílio financeiro / National Science Foundation - Auxílio financeiro.

  • 2004 - 2009

    Genome sequencing of agrobacterium biovar type strains, Descrição: sequenciamento e analise de a. vitis s4 e a. radiobacter k84. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Derek W. Wood - Coordenador., Financiador(es): National Science Foundation - Auxílio financeiro.

  • 2004 - 2009

    PathoSystems Resource Integration Center, Descrição: Banco de dados genomicos e correlatos para bacterias e virus constantes da lista de prioridades do NIAID/NIH. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Sobral, B. - Coordenador.

  • 2001 - 2004

    Projeto transcriptoma Schistosoma mansoni, Descrição: Projeto objetivou sequenciamento e analise de 180.000 sequencias de ESTs do parasita humano Schistosoma mansoni. O projeto é liderado pelo Prof. Sergio Verjovski-Almeida, do IQ-USP. Minha participacao se deu realizando a bioinformatica, em colaboracao com o grupo do prof. Verjovski-Almeida. Participa tambem meu aluno de mestrado Joao Paulo Piazza. O projeto já conseguiu uma publicação importante (Nature Genetics), mas há intenção de se prosseguir com as análises. Projeto financiado pela FAPESP e CNPq. Coube ao LBI/IC o valor de R$ 80 mil (FAPESP) e US$12500 (CNPq).. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / Joao Paulo Kitajima - Integrante / Joao Paulo Piazza - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 2

  • 2001 - 2004

    Projeto genoma Leifsonia xyli, Descrição: O projeto objetiva o sequenciamento completo e analise do genoma da bacteria Leifsonia xyli, que causa doencas em cana de açúcar. É um projeto realizado pela rede AEG/ONSA do estado de São Paulo. O Laboratório de Bioinformática do IC/Unicamp coordenado por mim realiza toda a bioinformática desse projeto.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / Joao Paulo Kitajima - Integrante / Luciano A. Digiampietri - Integrante / Marcelo Perez - Integrante / Patricia Farah Carrião - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa., Número de produções C, T & A: 2

  • 2001 - 2004

    Projeto genoma Leptospira interrogans, Descrição: O projeto objetivou o sequenciamento completo e análise do genoma da bactéria Leptospira interrogans serovar Copenhageni, causadora da leptospirose. O LBI/IC realizou toda a bioinformática desse projeto. O projeto já tem um manuscrito aceito para publicação, a qual deve ocorrer em 2004.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / Joao Paulo Kitajima - Integrante / Luciano A. Digiampietri - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2000 - 2002

    Projeto genoma Xanthomonas citri, Descrição: Sequenciamento, anotacao e analise dos genomas das bacterias Xanthomonas citri e campestris. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / Joao Paulo Kitajima - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 1997 - 2000

    Projeto genoma Xylella fastidiosa, Descrição: Sequenciamento, anotaco e analise do genoma da bacteria Xylella fastidiosa. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / João Meidanis - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

Prêmios

2020

Menção honrosa para tese de doutorado - aluno Andrew Thomas, Universidade de São Paulo.

2019

Prêmio CAPES de Tese, Área Ciências Biológicas I (orientador), CAPES.

2019

X Prêmio 2019 Octavio Frias de Oliveira, pesquisa em Oncologia (orientador), Instituto do Câncer do Estado de São Paulo.

2012

ACM Distinguished Speaker, Association for Computing Machinery (USA).

2009

Premio Distinguished Innovators Award, Business Software Alliance.

2005

Premio Zeferino Vaz, Unicamp.

2000

Merito Cientifico e Tecnologico, Governo do Estado de Sao Paulo.

Histórico profissional

Endereço profissional

  • Universidade de São Paulo, Instituto de Química, Departamento de Bioquímica. , Av. Prof. Lineu Prestes, 748, Cidade Universitaria, 05508000 - São Paulo, SP - Brasil, Telefone: (11) 30919804, URL da Homepage:

Experiência profissional

2011 - Atual

Universidade de São Paulo

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor titular, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

  • 09/2011

    Pesquisa e desenvolvimento, Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.,Linhas de pesquisa

  • 09/2011

    Ensino, Farmácia e Bioquímica, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, QBQ0107, QBQ2507, QBQ0102

  • 09/2011

    Ensino, Bioinformática, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, IBI5035

  • 12/2015 - 02/2020

    Direção e administração, Instituto de Química.,Cargo ou função, Coordenador do programa Internunidades de pós-graduação em Bioinformática.

  • 09/2012 - 09/2016

    Direção e administração, Instituto de Química.,Cargo ou função, Coordenador do Núcleo de Pesquisa em Biologia Computacional e Genômica.

2004 - 2011

Virginia Tech

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: professor associado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

  • 01/2004

    Pesquisa e desenvolvimento, Virginia Bioinformatics Institute.,Linhas de pesquisa

1986 - 2005

Universidade Estadual de Campinas

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor livre-docente, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

  • 03/1986 - 11/2005

    Pesquisa e desenvolvimento, Instituto de Computação.,Linhas de pesquisa

  • 10/1992 - 12/2003

    Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Projeto e Analise de Algoritmos

  • 03/1986 - 12/2003

    Ensino, Ciencia da Computacao, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Biologia Computacional, Projeto e Analise de Algoritmos

2002 - 2002

Alellyx Applied Genomics

Vínculo: diretor fundador, Enquadramento Funcional: CLT, Carga horária: 32

Atividades

  • 07/2002 - 12/2002

    Pesquisa e desenvolvimento, Bioinformatica.,Linhas de pesquisa

1982 - 1986

Itau Tecnologia S A

Vínculo: Servidor público ou celetista, Enquadramento Funcional: ANALISTA, Carga horária: 40

Atividades

  • 10/1982 - 02/1986

    Extensão universitária .,Atividade de extensão realizada, PROJETO DE SISTEMAS CAD -- PROJETO DE SISTEMAS GRAFICOS PARA PC.