Luiz Carlos Irber Júnior

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Produções bibliográficas

• CASTELAO, GUILHERME P. ; IRBER, LUIZ . Gibbs Sea Water Oceanographic Toolbox of TEOS-10implemented in Rust. Journal of Open Source Software , v. 9, p. 5988, 2024.

• LUMIAN, JESSICA ; SUMNER, DAWN Y. ; GRETTENBERGER, CHRISTEN L. ; JUNGBLUT, ANNE D. ; IRBER, LUIZ ; PIERCE-WARD, N. TESSA ; BROWN, C. TITUS . Biogeographic distribution of five Antarctic cyanobacteria using large-scale k-mer searching with sourmash branchwater. Frontiers in Microbiology , v. 15, p. 1, 2024.

• IRBER, LUIZ ; PIERCE-WARD, N. TESSA ; ABUELANIN, MOHAMED ; ALEXANDER, HARRIET ; ANANT, ABHISHEK ; BARVE, KEYA ; BAUMLER, COLTON ; BOTVINNIK, OLGA ; BROOKS, PHILLIP ; DSOUZA, DANIEL ; GAUTIER, LAURENT ; HERA, MAHMUDUR RAHMAN ; HOUTS, HANNAH EVE ; JOHNSON, LISA K. ; KLÖTZL, FABIAN ; KOSLICKI, DAVID ; LIM, MARISA ; LIM, RICKY ; NELSON, BRADLEY ; OGASAWARA, IVAN ; et.al . sourmash v4: A multitool to quickly search, compare,and analyze genomic and metagenomic data sets. Journal of Open Source Software , v. 9, p. 6830, 2024.

• MEYER, FERNANDO ; FRITZ, ADRIAN ; DENG, ZHI-LUO ; KOSLICKI, DAVID ; LESKER, TILL ROBIN ; GUREVICH, ALEXEY ; ROBERTSON, GARY ; ALSER, MOHAMMED ; ANTIPOV, DMITRY ; BEGHINI, FRANCESCO ; BERTRAND, DENIS ; BRITO, JAQUELINE J. ; BROWN, C. TITUS ; BUCHMANN, JAN ; BULUÇ, AYDIN ; CHEN, BO ; CHIKHI, RAYAN ; CLAUSEN, PHILIP T. L. C. ; CRISTIAN, ALEXANDRU ; IRBER JR, L. C. ; et.al . Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges. NATURE METHODS , v. 19, p. 429-440, 2022.

• PRITCHARD, LEIGHTON ; SHARMA, PARUL ; MAZLOOM, REZA ; PIERCE, TESSA ; IRBER, LUIZ ; HARRINGTON, BAILEY ; HEATH, LENWOOD ; BROWN, C TITUS ; VINATZER, BORIS . genomeRxiv: a microbial whole-genome database and diagnostic marker design resource for classification, identification, and data sharing. Access Microbiology , v. 4, p. 1, 2022.

• REITER, TAYLOR ; BROOKS', PHILLIP T ; IRBER', LUIZ ; JOSLIN', SHANNON E K ; REID', CHARLES M ; SCOTT', CAMILLE ; BROWN, C TITUS ; PIERCE-WARD, N TESSA . Streamlining data-intensive biology with workflow systems. GigaScience , v. 10, p. giaa140, 2021.

• VIEHWEGER, ADRIAN ; BLUMENSCHEIT, CHRISTIAN ; LIPPMANN, NORMAN ; WYRES, KELLY L. ; BRANDT, CHRISTIAN ; HANS, JÖRG B. ; HÖLZER, MARTIN ; IRBER, LUIZ ; GATERMANN, SÖREN ; LÜBBERT, CHRISTOPH ; PLETZ, MATHIAS W. ; HOLT, KATHRYN E. ; KÖNIG, BRIGITTE . Context-aware genomic surveillance reveals hidden transmission of a carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae. Microbial Genomics , v. 7, p. 741, 2021.

• PIERCE, N. TESSA ; IRBER, LUIZ ; REITER, TAYLOR ; BROOKS, PHILLIP ; BROWN, C. TITUS . Large-scale sequence comparisons with sourmash. F1000RESEARCH , v. 8, p. 1006, 2019.

• STANDAGE, DANIEL ; YARI, ALI ; J. COHEN, LISA ; R. CRUSOE, MICHAEL ; HEAD, TIM ; IRBER, LUIZ ; EK JOSLIN, SHANNON ; B. KINGSLEY, N. ; D. MURRAY, KEVIN ; NECHES, RUSSELL ; SCOTT, CAMILLE ; SHEAN, RYAN ; STEINBISS, SASCHA ; SYDNEY, CAIT ; TITUS BROWN, C. . khmer release v2.1: software for biological sequence analysis. The Journal of Open Source Software , v. 2, p. 272, 2017.

• STAPLETON, JAMES A. ; KIM, JEONGWOON ; HAMILTON, JOHN P. ; WU, MING ; IRBER, LUIZ C. ; MADDAMSETTI, ROHAN ; BRINEY, BRYAN ; NEWTON, LINSEY ; BURTON, DENNIS R. ; BROWN, C. TITUS ; CHAN, CHRISTINA ; BUELL, C. ROBIN ; WHITEHEAD, TIMOTHY A. . Haplotype-Phased Synthetic Long Reads from Short-Read Sequencing. PLoS One , v. 11, p. e0147229, 2016.

• TITUS BROWN, C. ; IRBER, LUIZ . sourmash: a library for MinHash sketching of DNA. The Journal of Open Source Software , v. 1, p. 27, 2016.

• CRUSOE, MICHAEL R. ; ALAMELDIN, HUSSIEN F. ; AWAD, SHERINE ; BOUCHER, ELMAR ; CALDWELL, ADAM ; CARTWRIGHT, REED ; CHARBONNEAU, AMANDA ; CONSTANTINIDES, BEDE ; EDVENSON, GREG ; FAY, SCOTT ; FENTON, JACOB ; FENZL, THOMAS ; FISH, JORDAN ; GARCIA-GUTIERREZ, LEONOR ; GARLAND, PHILLIP ; GLUCK, JONATHAN ; GONZÁLEZ, IVÁN ; GUERMOND, SARAH ; GUO, JIARONG ; IRBER JR, L. C. ; et.al . The khmer software package: enabling efficient nucleotide sequence analysis. F1000RESEARCH , v. 4, p. 900, 2015.

• DE FARIAS, EDUARDO G. G. ; NOBRE, PAULO ; LORENZZETTI, JOÃO A. ; DE ALMEIDA, ROBERTO A. F. ; JÚNIOR, LUIZ C. I. . Variability of Air-Sea CO2 Fluxes and Dissolved Inorganic Carbon Distribution in the Atlantic Basin: A Coupled Model Analysis. INTERNATIONAL JOURNAL OF GEOSCIENCES , v. 04, p. 249-258, 2013.

• NOBRE, PAULO ; SIQUEIRA, LEO S. P. ; DE ALMEIDA, ROBERTO A. F. ; MALAGUTTI, MARTA ; GIAROLLA, EMANUEL ; CASTELÃO, GUILHERME P. ; BOTTINO, MARCUS J. ; KUBOTA, PAULO ; FIGUEROA, SILVIO N. ; COSTA, MABEL C. ; BAPTISTA, MANOEL ; IRBER, LUIZ ; MARCONDES, GABRIEL G. . Climate Simulation and Change in the Brazilian Climate Model. JOURNAL OF CLIMATE , v. 26, p. 6716-6732, 2013.

• CASTELÃO, GUILHERME P. ; IRBER, LUIZ C. ; VILLAS BOAS, ANA B.M. . An objective reference system for studying rings in the ocean. COMPUTERS & GEOSCIENCES , v. 61, p. 43-49, 2013.

• IRBER JR, L. C. ; JORGE, Lucio Andre de Castro . Melhorando a performance de aplicações científicas escritas na linguagem Python. In: Fórum Internacional do Software Livre, 2007, Porto Alegre. WORKSHOP SOBRE SOFTWARE LIVRE, 2007. p. 83-88.

• JORGE, Lucio Andre de Castro ; RODA, Valentim Obac ; MORAES, M C B ; LAUMANN, R ; BORGES, M ; IRBER JR, L. C. ; MILARE, B N . Sistema para análise comportamental de insetos baseado na fusão de sensores: Som e imagem - Primeiros Resultados. In: Workshop de Visão Computacional - WVC'2006, 2006, São Carlos - SP. Anais. São Carlos: EESC/USP, 2006. p. 178-183.

• LUMIAN, J. ; SUMNER, D. Y. ; GRETTENBERGER, C. ; BROWN, T. ; IRBER, LUIZ . Circadian Rhythm and Biogeography of Five Novel Antarctic Cyanobacteria. In: The Astrobiology Science Conference (AbSciCon), 2022, Atlanta. The Astrobiology Science Conference (AbSciCon), 2022.

• IRBER, LUIZ . Petabase-Scale Search and Containment Analysis with Fractional Sketches. 2022. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• IRBER, LUIZ . How to manage biological data and use computational methods to power life science research. 2022. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• BROWN, T. ; IRBER, LUIZ . Creating, building, testing, and documenting a Python project - a hands-on HOWTO. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• IRBER, LUIZ C. ; BROOKS, P. T. ; REITER, T. ; PIERCE-WARD, N. T. ; HERA, M. R. ; KOSLICKI, D. ; BROWN, C. TITUS . Lightweight compositional analysis of metagenomes with FracMinHash and minimum metagenome covers. bioRxiv, 2022 (Preprint).

• REITER, T. E. ; PIERCE-WARD, N. T. ; IRBER, LUIZ C. ; BOTVINNIK, O. B. ; BROWN, C. TITUS . Protein k-mers enable assembly-free microbial metapangenomics. bioRxiv, 2022 (Preprint).

• IRBER, LUIZ C. ; PIERCE-WARD, N. TESSA ; BROWN, C. TITUS . Sourmash Branchwater Enables Lightweight Petabyte-Scale Sequence Search. bioRxiv, 2022 (Preprint).

• REITER, T. E. ; IRBER, LUIZ C. ; GINGRICH, A. A. ; HAYNES, D. ; PIERCE-WARD, N. T. ; BROOKS, P. T. ; MIZUTANI, Y. ; MORITZ, D. ; REIDL, F. ; WILLIS, A. D. ; SULLIVAN, B. D. ; BROWN, C. TITUS . Meta-analysis of metagenomes via machine learning and assembly graphs reveals strain switches in Crohn?s disease. bioRxiv, 2022 (Preprint).

• AWAD, SHERINE ; IRBER, LUIZ C. ; BROWN, C. TITUS . Evaluating Metagenome Assembly on a Simple Defined Community with Many Strain Variants. bioRxiv, 2017 (Preprint).

• IRBER, LUIZ C. ; BROWN, C. TITUS . Efficient cardinality estimation for k-mers in large DNA sequencing data sets. bioRxiv, 2016 (Preprint).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2021 - 2022

  Cell Ranger, Descrição: Integrante do time responsável pelo desenvolvimento de pipelines computacionais para PD de produtos para single cell sequencing. Atuação com cientistas de desenvolvimento de ensaios para análise computacional de resultados, gerentes de produto e projeto, suporte, e engenharia na integração, manutenção e suporte dos mesmos pipelines para consumidores depois de o produto seguir o ciclo de desenvolvimento e estar disponível no mercado.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Luiz Carlos Irber Júnior - Coordenador.

• 2021 - Atual

  Branchwater Metagenome Query, Descrição: Prosseguimento da pesquisa do doutorado (sourmash) enquanto na indústria. Escalabilidade dos métodos básicos do sourmash para milhões de metagenomas, permitindo busca em tempo real de organismos por conteúdo genômico. Utilizado pelo MGnify (EBI Reino Unido), Robert Kock Institute (Alemanha), Joint Genome Institute (EUA) para disponibilização de busca aos recursos de cada instituto.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Luiz Carlos Irber Júnior - Coordenador / Titus Brown - Integrante / Tessa Pierce-Ward - Integrante / Suzanne Fleishmann - Integrante / Adam Rivers - Integrante.

• 2016 - Atual

  sourmash.bio, Descrição: Software para análise de similaridade de conjuntos de dados (meta)genômicos usando recursos frugais comparados a outros métodos. Autor e membro do núcleo que coordena colaborações de código via GitHub, suporte, manutenção, e lançamento de novas versões. Análises incluem: perfil taxonômico de metagenomas (método gather), detecção de contaminação (charcoal), construção de matrizes de similaridade, entre outros.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Luiz Carlos Irber Júnior - Coordenador / Titus Brown - Integrante / Tessa Pierce-Ward - Integrante.

Projetos de desenvolvimento

• 2021 - Atual

  Branchwater Metagenome Query, Descrição: Prosseguimento da pesquisa do doutorado (sourmash) enquanto na indústria. Escalabilidade dos métodos básicos do sourmash para milhões de metagenomas, permitindo busca em tempo real de organismos por conteúdo genômico. Utilizado pelo MGnify (EBI Reino Unido), Robert Kock Institute (Alemanha), Joint Genome Institute (EUA) para disponibilização de busca aos recursos de cada instituto.. , Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. , Integrantes: Luiz Carlos Irber Júnior - Coordenador / Titus Brown - Integrante / Tessa Pierce-Ward - Integrante / Suzanne Fleishmann - Integrante / Adam Rivers - Integrante.

Prêmios