Ariane Machado Lima

possui graduação em Ciência da Computação pela Universidade de São Paulo (1998), mestrado em Ciências da Computação pela Universidade de São Paulo (2002) e doutorado em Bioinformatica pela Universidade de São Paulo (2006), pós-doutorado pela Universidade de São Paulo. Atualmente é Professora do Curso de Sistemas de Informação da Universidade de São Paulo e orientadora nos seguintes programas de Pós-Graduação: Sistemas de Informação e Interunidades em Bioinformática. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Ciência da Computação, atuando principalmente nos seguintes temas: linguagens formais, reconhecimento de padrões, bioinformática, RNAs não codificantes, análise de sequências.

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Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em Bioinformática

2002 - 2006

Universidade de São Paulo
Título: Predição de RNAs não codificantes e sua aplicação na busca do componente RNA da telomerase
Orientador: em Washington University School Of Medicine ( Sean R Eddy)
com Alan Mitchell Durham. Coorientador: Hernando Antonio del Portillo. Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil. Palavras-chave: Gramáticas livres de contexto estocásticas; estrutura secundária de RNAs; RNAs não codificantes; Plasmodium falciparum; telomerase.Grande área: Ciências Exatas e da TerraGrande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação. Setores de atividade: Desenvolvimento de Programas (Software).

Mestrado em Ciências da Computação

1999 - 2002

Universidade de São Paulo
Título: Laboratório de Geração de Classificadores de Seqüências,Ano de Obtenção: 2002
Alan Mitchell Durham.Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. Palavras-chave: Arcabouço; classificadores; Gramáticas livres de contexto estocásticas; Inferência gramatical; RNA.Grande área: Ciências Exatas e da TerraSetores de atividade: Desenvolvimento de Programas (Software).

Graduação em Ciência da Computação

1994 - 1998

Universidade de São Paulo

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Pós-doutorado

2007 - 2009

Pós-Doutorado. , Universidade de São Paulo, USP, Brasil. , Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil. , Grande área: Ciências Exatas e da Terra, Grande Área: Ciências da Saúde / Área: Medicina / Subárea: Psiquiatria.

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Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Português

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

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Áreas de atuação

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.

    Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.

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Organização de eventos

MACHADO, A. L. . Comitê de Programa do 39 CTIC - Concurso de Trabalhos de Iniciação Científica (CSBC 2020). 2020. (Congresso).

PEREIRA, C. A. B. ; ARMELIN, H. A. ; CESAR JR., R. M. ; REIS, E. M. R. ; MACHADO-LIMA, A. ; Nakano, F. ; OLIVEIRA, G. C. ; SANTOS, R. M. Z. ; SOUZA, O. N. ; BRANDAO, M. M. ; DURHAM, A.M. ; MENOSSI, M. ; BARRERA, J. ; FALCAO, P. R. K. . X-meeting 2007 - terceira reunião da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional. 2007. (Congresso).

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Participação em eventos

Congresso Iberoamericano de Reconhecimento de Padrões. 2010. (Congresso).

I Escola Brasileira de Bioinformática.RNAs não codificantes em transtornos neuropsiquiátricos e envelhecimento cerebral. 2008. (Outra).

III Brazilian Symposium on Bioinformatics. 2008. (Simpósio).

IX Simpósio Nacional de Biologia Molecular Aplicada à Medicina. 2008. (Simpósio).

Bayesianismo: Fundamentos e Aplicações. 2007. (Oficina).

VII CTOC - Consórcio Brasileiro de Pesquisas sobre Transtorno Obsessivo-Compulsivo.Bioinformática em Psiquiatria. 2007. (Encontro).

X-meeting. Molecular Markers Identified by Statistical Methods Using Serial Analysis of Gene Expression and Public Microarray Data. 2007. (Congresso).

X-meeting. TERP: TElomerase RNA Predictor. 2007. (Congresso).

Intelligent Systems for Molecular Biology. Telomerase RNA searching using an Infernal-based pipeline. 2006. (Congresso).

II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. RNA Modeling with Stochastic Context Free Grammars. 2004. (Congresso).

II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. Plasmodium vivax: towards a global study of virulence in natural infections. 2004. (Congresso).

II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. Splice site prediction using grammar inference. 2004. (Congresso).

I International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. A Framework for Generation of Sequence Classifiers. 2003. (Congresso).

6th Brazilian School of Probability.Laboratory for automatic generation of classifiers for sequences. 2002. (Outra).

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Participação em bancas

Aluno: Rafaela Molina de Angelo

HONORIO, K. M.; ALMEIDA, F. N.; SALINAS, R. K.;MACHADO-LIMA, A.. Aplicação de ontologias em estudos de química medicinal computacional e relações entre estrutura química e atividade biológica. 2020. Dissertação (Mestrado em Bioquímica e Biologia Molecular) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Bárbara Barbosa Claudino da Silva

PARABONI, I.;MACHADO-LIMA, A.; FERREIRA, F. F.; CARVALHO, A. M. B. R.. Reconhecimento de traços de personalidade com base em textos. 2018. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Bruno Sanchez de Araújo

MACHADO-LIMA, A.; MARTINS JR., D. C.; SALVINI, R. L.; PARABONI, I.. Caracterização de etnias, sexos e faixas etárias em imagens faciais.. 2018. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Gabriel Lucas Cantanhede

FANTINATO, M.; GOUVEA, M. A.; AZEVEDO, L. G.;MACHADO-LIMA, A.. Aplicação de algoritmos genéticos em mineração de processos não estruturados. 2018. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Priscilla Koch Wagner

DIGIAMPIETRI, L.A.MACHADO-LIMA, A.; FUJITA, A.; OIKAWA, M. K.. Uma nova abordagem para identificação da provável origem de genes exclusivos de bactérias. 2018. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Clebiano da Costa Sá

MACHADO-LIMA, A.; TAHIRA, A. C.; CERRI, R.. Métodos de validação tradicional e temporal aplicados à avaliação de classificadores de RNAs codificantes e não codificantes. 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Tuany Dias Pinheiro

MACHADO-LIMA, A.; MONTEIRO, C. B. M.; HIRATA, R. Jr; OLIVEIRA, L. L. G.. Classificação de imagens faciais para o auxílio ao diagnóstico do transtorno do espectro autista. 2018. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Rodolfo da Silva Simões

OLIVEIRA, P. R.; FRANCA, F. O.; FERREIRA, F. F.;MACHADO-LIMA, A.. Técnicas de transferência de aprendizagem aplicadas a modelos QSAR para regressão. 2018. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Samara Mireza Correia de Lemos

DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P.;MACHADO-LIMA, A.. Análise Bioinformática de RNAs não codificantes no genoma de Coffea canephora. 2018. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Aluno: Maria Eduarda de Araujo Cardoso

BERNARDES, J. L.;MACHADO-LIMA, A.; BOSCARIOLI, C.; SILVA, L. A.. Segmentação automática de expressões faciais gramaticais com multilayer perceptrons e misturas de especialistas. 2018. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Gilmar Pereira dos Santos

MACHADO-LIMA, A.; LAURETTO, M. S.; ROZANTE, L. C. S.; CASTRO JUNIOR, A. A.. Analisador sintático de Earley para gramáticas livres de contexto adaptativas e sua aplicação na caracterização de famílias de RNAs com pseudonós. 2018. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Vivian Mayumi Yamassaki Pereira

DIGIAMPIETRI, L.A.MACHADO, Ariane L; FUJITA, A.; OIKAWA, M.. Reconstrução filogenética de procariotos com base em famílias de genes homólogos. 2017. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Rafael Siqueira Torres

NUNES, F. L. S.Machado-Lima, Ariane; NAKAMURA, R.; FERREIRA, D. J.. Segmentação semiautomática de conjuntos completos de imagens do ventrículo esquerdo. 2017. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Antonio Ferrão Neto

MACHADO-LIMA, A.DIGIAMPIETRI, L.A.; TORRES, T. T.. Predição computacional de sítios de ligação de fatores de transcrição baseada em gramáticas regulares estocásticas. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Melina Brilhadori Alvez

FAVERO, P. B.; GAZZIRO, M. A.;MACHADO-LIMA, A.. Estudo comparativo entre algoritmos de árvores de decisão baseados em ensembles de classificadores aplicados a Big Data. 2017. Dissertação (Mestrado em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC.

Aluno: Caio Cesar Trucolo

MENA-CHALCO, J. P.;MACHADO-LIMA, A.DIGIAMPIETRI, L.A.. Análise de tendências em redes sociais acadêmicas. 2015. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Liseth Urpy Segundo Carpio

MACHADO-LIMA, A.; PEDRINI, H.;DIGIAMPIETRI, L.A.; HASHIMOTO, R. F.. Geração de caricaturas para representação de emoções usando processamento de imagens faciasi e grafos And-Or. 2015. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Jadson Castro Gertrudes

HONORIO, K. M.; LORENA, A. C.;MACHADO-LIMA, A.. Emprego de técnicas de análise exploratória de dados utilizados em Química Medicinal. 2013. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Amanda Rusiska Piovezani

MACHADO-LIMA, A.; REIS, E. M. R.;DIGIAMPIETRI, L.A.. SIMTar: uma ferramenta para predição de SNPs interferindo em sítios alvos de microRNAs. 2013. Dissertação (Mestrado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Ricardo Wandré Dias Pedro

BISCARO, H. H.; JOSE NETO, J.;MACHADO-LIMA, A.. Inferência de Gramáticas Estocásticas para Reconhecimento de Padrões em Imagens Utilizando Quadtrees. 2013. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Viviane Neri de Souza Reis

BRENTANI, H. P.; FACHEL, A. A.;MACHADO-LIMA, A.; VALLADA FILHO, H. P.. Estudo de componentes de vulnerabilidade genética no transtorno do espectro autista. 2019. Tese (Doutorado em Psiquiatria) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Paula Prieto Oliveira

MACHADO-LIMA, A.NUNES, F. L. S.; MASCHIETTO, M.; SILVA, I. T.; GIORDANO, R.. Incorporação de evidências biológicas para a identificação de SNPs interferindo em sítios alvos de miRNAs. 2018. Tese (Doutorado em Programa Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho

VERJOVSKI-ALMEIDA, S.; VASQUES, L. R.; PASSETTI, F.;MACHADO-LIMA, A.; LOPES, F. M.. Caracterização in silico e análise de expressão de RNAs não codificadores longos no genoma de eucariotos. 2013. Tese (Doutorado em Programa Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: José Eduardo Kroll

SOUZA, S. J.; MALNIC, B.;MACHADO-LIMA, A.BRENTANI, H.; PAPPAS GJ Jr. Explorando a Complexidade do Transcriptoma Humano. 2013. Tese (Doutorado em Programa Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Suzana Andreoli Marques Ezquina

SOUZA, S. J.; OLIVEIRA, C. C.;MACHADO-LIMA, A.; NETO, E. D.;DURHAM, A.M.. Estudo da poliadenilação alternativa: Efeito dos polimorfismos nos elementos em cis no RNA e de transcritos em antissenso. 2012. Tese (Doutorado em Programa Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Barbara Pereira de Mello

MACHADO-LIMA, A.CARRARO, D. M.; NETO, E. D.; VERJOVSKI-ALMEIDA, S.;BRENTANI, H. P.. Busca de marcadores moleculares tecido-associados em regiões transcritas não caracterizadas do genoma huma. 2009. Tese (Doutorado em Oncologia) - Hospital A. C. Camargo.

Aluno: Jorge Estefano Santana de Souza

SOUZA, S. J.; SILVA, A. M.; MEYER, D.;CARRARO, D. M.MACHADO-LIMA, A.. Identificação in-silico de genes humanos submetidos à expressão alélica diferencial. 2008. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Viviane Neri de Souza Reis

MACHADO-LIMA, A.; MOUREIRA-FILHO, C. A.; HOEXTER, M. Q.. Estudo da dosagem gênica na contribuição em fenótipos de transtornos do espectro do autismo. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Psiquiatria) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Yagoub Ali Ibrahim Adam

PEREIRA, C. A. B.; NAKAYA, H.;MACHADO-LIMA, A.. Function Prediction of Transcription Start Site Associated RNAs (TSSaRNAs) in Halobacterium salinarum NRC-1. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Ricardo Piuco

GALANTE, P. A. F.;MACHADO-LIMA, A.; REIS, E. M. R.. Estudo dos Piwi-interacting RNAs (piRNAs) em primatas e roedores. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Caio Rafael do Nascimento Santiago

DIGIAMPIETRI, L.A.MACHADO-LIMA, A.; SILVA, A. M.. Um arcabouço focado em genômica comparativa de bactérias semelhantes. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Programa Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: José Eduardo Kroll

REIS, E. M. R.; NETO, E. D.;MACHADO-LIMA, A.. Um novo método baseado em expressões regulares para a análise de eventos de splicing alternativo. 2011. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Alexandre Rossi Paschoal

MACHADO-LIMA, A.; HIRATA, R. Jr;SEVERINO, P.. Caracterização de RNA não codificante em Apis mellifera (abelha) e Nasonia Vitripennis (vespa). 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Vinicius Ramos Henrique Maracajá Coutinho

CARRER, H.;MACHADO-LIMA, A.; VASQUES, L. R.. Caracterização in silico e análise de expressão de transcritos intrônicos não-codificadores expressos no genoma humano. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Suzana Andreoli Marques Ezquina

SILVA, A. M.; OLIVEIRA, P. S. L.;MACHADO-LIMA, A.. Estudo da poliadenilação alternativa: Efeito dos polimorfismos nos elementos em cis no RNA e de transcritos em antisense. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Vitor Garcia dos Santos

PARABONI, I.; DELGADO, K. V.;MACHADO-LIMA, A.. Classificacao de personalidade a partir de textos segundo a Tipologia de Myers-Briggs. 2020. Exame de qualificação (Mestrando em SISTEMAS DE INFORMAÇÃO) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Thiago Victor Cardoso

NUNES, F. L. S.; ARAUJO, L. V.;MACHADO-LIMA, A.. Classificador para auxílio ao diagnóstico do TEA baseado em rastreamento de trajetória visual. 2019. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Jhonatan Silva da Silva

CORDEIRO, D. A.;MACHADO-LIMA, A.; Nakano, F.. Predição de estruturas tridimensionais para moléculas de RNA utilizando teoria do jogos. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Rômulo Vitor Leão Lemos

ARAUJO, L. V.; COUTINHO, F. L.;MACHADO-LIMA, A.. Arquitetura para coleta e an alise de dados em larga escala relacionado ao sono.. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Guillermo Uceda Campos

SILVA, A. M.; MATIOLI, S. R.;MACHADO-LIMA, A.. Genômica comparativa de Xylella fastidiosa. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Mayra Satiko Hosokawa

CHAIM, M. L.;Machado-Lima, Ariane; ELER, M. M.. Localização de defeitos baseada em cobertura de controle e de dados: Uma Avaliação com Usuários. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Gilmar Pereira dos Santos

Machado-Lima, Ariane; CASTRO JUNIOR, A. A.; ROZANTE, L. C. S.. Métodos adaptativos para reconhecimento de padrões sintáticos e sua aplicação na caracterização de RNAs com estrutura secundária. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Ricelli Moreira Silva Ramos

PARABONI, I.; CARVALHO, A. M. B. R.;MACHADO-LIMA, A.. Determinação de conteúdo para geração de língua natural baseada em personalidade. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Maria Eduarda de Araujo Cardoso

PERES, S. M.;Machado-Lima, Ariane; BOSCARIOLI, C.. Reconhecimento de padões aplicado a análise de expressões faciais gramaticais da língua brasileira de sinais: uma abordagem usando mistura de especialistas. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Bruno Sanchez de Araújo

MACHADO-LIMA, A.; SALVINI, R. L.; MARTINS JR., D. C.. Representação de emoções faciais em diferentes etnias, gêneros e faixas etárias. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: ANDERSON CARVALHO MORAIS

WINTER, C. E.; WUNDERLICH, G.;MACHADO-LIMA, A.. Genômica comparativa de tripanossomatídeos portadores de endossimbiontes e sua impicação no genoma de Angomonas ambiguus. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Tuany Dias Pinheiro

Machado-Lima, Ariane; HIRATA, R. Jr; MONTEIRO, C. B. M.. Classificação de imagens faciais para o auxlio ao diagnóstico de Autismo. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Vivian Mayumi Yamassaki Pereira

DIGIAMPIETRI, L.A.MACHADO-LIMA, A.; DELGADO, K. V.. Comparação de genomas de bactérias para identificação de características mais representativas para a classificação filogenética. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: João Carlos Silva de Souza

OLIVEIRA, P. R.;MACHADO-LIMA, A.; LIMA, C. A. M.. Aprendizado de dados positivos e não rotulados para o tratamento de incerteza na rotulação de dados de química medicinal. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Eric Sandro Silva Kureck

ARAUJO, L. V.; PISA, I. T.;MACHADO-LIMA, A.. Análise automática de dados abertos utilizando meta-aprendizado. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Liseth Urpy Segundo Carpio

HASHIMOTO, R. F.; SILVA, V. F.;MACHADO-LIMA, A.. Estimação dos Parâmetros de um grafo And-Or para caracterização de emoções faciais. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Davi Toshio Inada

MACHADO-LIMA, A.; TEIXEIRA, M. M.; VALENTE, G. T.. ANÁLISE DO TRANSCRIPTOMA DE CANA-DE-AÇÚCAR E DE ALTERAÇÕES METABÓLICAS AO LONGO DO CICLO DE MATURAÇÃO DA PLANTA. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Mariana Yuri Sasazaki

SILVA JR., W. A.;MACHADO-LIMA, A.; LOPES, F. M.. Infraestrutura computacional para avaliação da similaridade funcional composta entre microRNAs baseada em ontologias. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Rafael Mathias Ferreira

DURHAM, A.M.; FUJITA, A.;MACHADO-LIMA, A.. Predição de estrutura secundária de sequências de RNA e caracterização de famílias de RNA utilizando modelos de Markov de estados ocultos sensível ao contexto. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Caio César de Melo Freire

MATIOLI, S. R.; GRUBER, A;MACHADO-LIMA, A.. Caracterização filodinâmica dos virus da Grande Fenda Africana e da Floresta de Zika: diversidade, demografia e migração. 2012. Exame de qualificação (Mestrando em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Ricardo Wandré Dias Pedro

CESAR JR., R. M.; JOSE NETO, J.;MACHADO-LIMA, A.. Inferência de Gramáticas Estocásticas para Reconhecimento de Padrões em Imagens Utilizando Quadtrees. 2012. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Aluno: Antonio Ferrão Neto

MACHADO-LIMA, A.; PARDONO, E.; MELO, N. K. G.. Estudo comparativo de validações cruzadas para a predição de sítios de ligação de fatores de transcrição. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Faculdade de Ciências da Saúde de São Paulo.

TANAKA, H.;MACHADO-LIMA, A.; SIMOES, A. C. Q.. Processo seletivo para Professor Adjunto na área de Engenharia Biomédica, subária Informática Biomédica. 2016. Universidade Federal do ABC.

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Comissão julgadora das bancas

Eduardo Gorab

GORAB, E.. Predição de RNAs não codificantes e sua aplicação na busca do componente de RNA da telomerase. 2006 - Instituto de Ciencias Biomédicas da USP.

Paulo José da Silva e Silva

A. M. Durham; JOSE NETO, J.;SILVA, P. J. S.. Laboratório de geração de classificadores de seqüências. 2002. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos

VASCONCELOS, A. T. R.; Durnham, A. M.; de Almeida, S. V.; Cruz, A. K.. Predição de RNAs não codificantes e sua aplicação na busca do componente RNA da telomorase. 2006. Tese (Doutorado em Programa Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

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Orientou

Henrique da Silva Bortoletti

Identificação de características adequadas da imagem facial em dispositivos móveis visando auxílio ao diagnóstico; Início: 2020; Dissertação (Mestrado em SISTEMAS DE INFORMAÇÃO) - Universidade de São Paulo; (Coorientador);

Guilherme Miura Lavezzo

lataforma computacional de seleção de modelos para predição in silico de sítios de ligação de fatores de transcrição e o estudo da interação entre os fatores: um estudo de caso em Drosophila melanogaster; Início: 2020; Dissertação (Mestrado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Orientador);

Hermon Faria de Araujo

Reconhecimento de padrões para o auxílio a análises de sessões de psicoterapia; Início: 2020; Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo; (Orientador);

Rayssa Maria de Melo Wanderley Feitosa

Comparação de redes de microRNAs de Primigestas Submetidas a Intervenção Psicossocial; Início: 2020; Dissertação (Mestrado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; (Coorientador);

Fábio Rosindo Daher de Barros

Classificação multirrótulo; Início: 2019; Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo; (Orientador);

Thiago Victor Cardoso

Identificação de características de trajetórias em rastreamento de olhar para auxílio ao diagnóstico em autismo; Início: 2018; Dissertação (Mestrado profissional em SISTEMAS DE INFORMAÇÃO) - Universidade de São Paulo; (Coorientador);

Rafael Luiz Testa

Síntese de expressões faciais com diferentes intensidades para representação de emoções; Início: 2019; Tese (Doutorado em SISTEMAS DE INFORMAÇÃO) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; (Coorientador);

Gabriel Brandão de Carvalho Moreira

Comparação prática e teórica entre técnicas de caracterização de estruturas secundárias de RNAs e o arcabouço GrammarLab; Início: 2020; Iniciação científica (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo; (Orientador);

Gabriel de Castro Michelassi

Sistema inteligente de classificação de transtornos psiquiátricos baseada em medidas antropométricas faciais; Início: 2019; Iniciação científica (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de São Paulo; (Orientador);

Clebiano da Costa Sá

Métodos de validação tradicional e temporal aplicados à avaliação de classificadores de RNAs codificantes e não codificantes; 2018; Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Ariane Machado Lima;

Bruno Sanchez de Araújo

Caracterização de etnias, sexos e faixas etárias em imagens faciais; ; 2018; Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo,; Orientador: Ariane Machado Lima;

Tuany Dias Pinheiro

Classificação de imagens faciais para o auxílio ao diagnóstico do transtorno do espectro autista; 2018; Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo,; Orientador: Ariane Machado Lima;

Gilmar Pereira dos Santos

Analisador sintático de Earley para gramáticas livres de contexto adaptativas e sua aplicação na caracterização de famílias de RNAs com pseudonós; 2018; Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo,; Orientador: Ariane Machado Lima;

Rafael Luiz Testa

Síntese de expressões faciais em fotografias para representação de emoções; 2018; Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Ariane Machado Lima;

Antonio Ferrão Neto

Predição computacional de sítios de ligação de fatores de transcrição baseada em gramáticas regulares estocásticas; 2017; Dissertação (Mestrado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Ariane Machado Lima;

Liseth Urpy Segundo Carpio

Geração de caricaturas para representação de emoções usando processamento de imagens faciais e grafos And-Or; 2015; Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Ariane Machado Lima;

Amanda Rusiska Piovezani

SIMTar: uma ferramenta para predição de SNPs interferindo em sítios alvos de microRNAs; 2013; Dissertação (Mestrado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Ariane Machado Lima;

Ricardo Wandré Dias Pedro

Inferência de gramáticas estocásticas para reconhecimento de padrões em imagens utilizando quadtrees; 2013; Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo,; Orientador: Ariane Machado Lima;

Paula Prieto Oliveira

Incorporação de evidências biológicas para a identificação de SNPs interferindo em sítios alvos de miRNAs; 2018; Tese (Doutorado em Programa Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Orientador: Ariane Machado Lima;

Marcelo Ris

2015; Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Ariane Machado Lima;

Antonio Ferrão Neto

Estudo comparativo de validações cruzadas para a predição de sítios de ligação de fatores de transcrição; 2016; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciências Biológicas) - Faculdade de Ciências da Saúde de São Paulo; Orientador: Ariane Machado Lima;

Marilia Gabriela Pires Matos

Teste e refatoração de um arcabouço para geração de classificadores de sequências; 2016; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo; Orientador: Ariane Machado Lima;

Arthur Felipe Batista Moraes

Geração de expressões faciais utilizando grafos AND-OR em jogos psiquiátricos; 2015; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo; Orientador: Ariane Machado Lima;

Bruno de Santana Monteiro

Gramáticas regulares estocásticas na caracterização de sítios de ligação de fatores de transcrição; 2013; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo; Orientador: Ariane Machado Lima;

Isaias Florencio da Silva

Avaliação de ferramentas de identificação computacional de alvos de miRNAs; 2013; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo; Orientador: Ariane Machado Lima;

Rodrigo Müller de Carvalho

Implementação de um Framework de Banco de Dados para Apoio ao Projeto e Aplicação de Questionários Complexos em Entrevistas Dinâmicas; 2013; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo; Orientador: Ariane Machado Lima;

Rodrigo Conde

Comparação de métodos de seleção de características no problema de classificação de RNAs; 2011; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo; Orientador: Ariane Machado Lima;

Marcelo Godoy Alves Lima

Inserção de conhecimento a priori em modelos de covariância para análise de RNAs; 2009; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo; Orientador: Ariane Machado Lima;

Raphael Alves da Silva

CLASSIFICAÇÃO DE RNAS: MÓDULO DE EXTRAÇÃO DE CARACTERÍSTICAS; 2009; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo; Orientador: Ariane Machado Lima;

Marcelo Godoy Alves Lima

Inserção de conhecimento a priori em modelos de covariância para análise de RNAs ? Parte 2; 2009; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo; Orientador: Ariane Machado Lima;

Raphael Alves da Silva

Classificação de rnas: expansão do módulo de extração de características; 2009; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo; Orientador: Ariane Machado Lima;

Felipe Alves de Sousa

Sistema de Instanciação de Questionários Eletrônicos; 2009; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo; Orientador: Ariane Machado Lima;

Felipe Gonçalves Marchione

Um arcabouço para a identificação de características associadas a erros de classificadores; 2009; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo; Orientador: Ariane Machado Lima;

Thiago Nobayashi

Sistema de armazenamento e recuperação de dados de pesquisa para o diagnóstico precoce de autismo; 2018; Iniciação Científica; (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo; Orientador: Ariane Machado Lima;

Lucas de Sá Pereira

Modelagem e Implementação de um Banco de Dados de Bioinformática Para Identificação de SNPs Interferindo em Sítios Alvos de MicroRNAs; 2018; Iniciação Científica; (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo; Orientador: Ariane Machado Lima;

Nataly Leopoldina Patti da Silva

Implementação e avaliação de métodos de seleção de características em classificadores de RNAs baseados em Random Forests; 2018; Iniciação Científica; (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, Universidade de São Paulo (Programa Ensinar Com Pesquisa); Orientador: Ariane Machado Lima;

Jana Asako Onodera Paradiso

Identificação de subconjuntos de microRNAs com grande intersecção de genes alvos; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Ariane Machado Lima;

Antônio Henrique Nunes Muniz

Utilização de gramáticas para geração de imagens de face em serious games; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Ariane Machado Lima;

Mateus Lourenção Dias

Análise comparativa de ferramentas computacionais de predição de alvos de microRNAs; 2014; Iniciação Científica; (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, Programa de Educação Tutorial - Sistemas de Informação - USP; Orientador: Ariane Machado Lima;

Jônatas Correia Araújo

UTILIZAÇÃO DE FERRAMENTAS DE BIOINFORMÁTICA PARA A IDENTIFICAÇÃO DE GENES REGULADORES NA REGIÃO ANTERIOR DO EMBRIÃO DE DROSOPHILA; 2011; Iniciação Científica; (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, Universidade de São Paulo (Programa Ensinar Com Pesquisa); Orientador: Ariane Machado Lima;

Natasha Andressa Nogueira Jorge

Identificação de regiões regulatórias do genoma humano potencialmente envolvidas em câncer; 2010; Iniciação Científica - Instituto Nacional de Câncer, Ministério da Saúde; Orientador: Ariane Machado Lima;

Adriana Miyazaki de Moura

Identificação computacional de alvos de miRNAs; 2010; Iniciação Científica; (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, Universidade de São Paulo (Programa Ensinar Com Pesquisa); Orientador: Ariane Machado Lima;

Gisele da Silva Barros

BENCHMARKING DE CLASSIFICADORES DE SEQUÊNCIAS DE RNAS; 2010; Iniciação Científica; (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, Universidade de São Paulo (Programa Ensinar Com Pesquisa); Orientador: Ariane Machado Lima;

Marcelo Augusto Bezerra Paparelli

Busca de sítios de ligação de microRNAs diferencialmente expressos em câncer de cabeça e pescoço em regiões promotoras de genes humanos; 2010; Iniciação Científica; (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Ariane Machado Lima;

Elaine Nogueira

Busca de sítios de ligação de microRNAs diferencialmente expressos em câncer de cabeça e pescoço em regiões promotoras de genes humanos - Parte 2; 2010; Iniciação Científica; (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico; Orientador: Ariane Machado Lima;

Gustavo Luiz Duarte

BD-PROTOC - Módulo de Instanciação de Meta-Questionários; 2010; Orientação de outra natureza; (Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Ariane Machado Lima;

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Foi orientado por

Hernando Antonio del Portillo Obando

Gramaticas estoc[asticas livres de contexto em Plasmodium; 2007; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Coorientador: Hernando Antonio del Portillo Obando;

Helena Paula Brentani

Caracterização fenotípica, genética e neurobiológica do transtorno obsessivo-compulsivo e suas implicações para o tratamento; 2009; Universidade de São Paulo,; Helena Paula Brentani;

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Produções bibliográficas

  • PEREIRA, M. F. ; OLIVEIRA, J. S. ; MACHADO-LIMA, A. ; NUNES, F. L. S. ; FORLEZA, O. . Visual Search Efficiency in Mild Cognitive Impairment and Alzheimer?s Disease: An Eye Movement Study. JOURNAL OF ALZHEIMER'S DISEASE , v. 75, p. 261-275, 2020.

  • DIAS PEDRO, RICARDO WANDRÉ ; Machado-Lima, Ariane ; NUNES, FÁTIMA L. S. . Towards an approach using grammars for automatic classification of masses in mammograms. COMPUTATIONAL INTELLIGENCE , v. 1, p. 1-30, 2020.

  • TESTA, R. L. ; CORREA, C. G. ; MACHADO-LIMA, A. ; NUNES, F. L. S. . Synthesis of Facial Expressions in Photographs. ACM COMPUTING SURVEYS , v. 51, p. 1-35, 2019.

  • PEDRO, RICARDO WANDRÉ DIAS ; MACHADO-LIMA, A. ; NUNES, F. L. S. . Is mass classification in mammograms a solved problem? - A critical review over the last 20 years. EXPERT SYSTEMS WITH APPLICATIONS , v. 119, p. 90-103, 2019.

  • CORNEJO, J. ; PREDINI, H. ; MACHADO-LIMA, A. ; NUNES, F. L. S. . Down syndrome detection based on facial features using a geometric descriptor. JOURNAL OF MEDICAL IMAGING , v. 4, p. 1-6, 2017.

  • CARVALHO, S. P. ; BRENTANI, H. P. ; FOCK, R. A. ; BRUNONI, D. ; MACHADO-LIMA, A. ; NUNES, F. L. S. . Uma contribuição ao auxí-lio do diagnóstico do autismo a partir do processamento de imagens para extração de medidas antropométricas. REVISTA DE INFORMÁTICA TEÓRICA E APLICADA: RITA , v. 23, p. 100-123, 2016.

  • BASTOS, ELEN PEREIRA ; Brentani, Helena ; PASINI, FATIMA SOLANGE ; SILVA, ADERBAL RUY T. ; TORRES, CESAR HENRIQUE ; PUGA, RENATO DAVID ; OLIVIERI, ELOISA HELENA RIBEIRO ; PIOVEZANI, AMANDA RUSISKA ; PEREIRA, CARLOS ALBERTO DE BRAGANÇA ; Machado-Lima, Ariane ; CARRARO, DIRCE MARIA ; BRENTANI, MARIA MITZI . MicroRNAs Discriminate Familial from Sporadic Non-BRCA1/2 Breast Carcinoma Arising in Patients 35 Years. PLoS One , v. 9, p. e101656, 2014.

  • PEDRO, RICARDO WANDRÉ DIAS ; NUNES, FÁTIMA L. S. ; Machado-Lima, Ariane . Using grammars for pattern recognition in images. ACM Computing Surveys , v. 46, p. 1-34, 2013.

  • de OLIVEIRA, K. C. ; NERY, F. G. ; FERRETI, R. E. L. ; LIMA, M. C. ; CAPPI, C. ; MACHADO-LIMA, A. ; POLICHISO, L. ; CARREIRA, L. L. ; AVILA, C. ; ALHO, A. T. D. L. ; BRENTANI, H. P. ; MIGUEL, E. C. ; HEISEN, H. ; JACOB FILHO, W. ; PASQUALUCCI, C. A. ; LAFER, B. ; GRINBERG, L. T. . Brazilian psychiatric brain bank: a new contribution tool to network studies. Cell and Tissue Banking , v. 13, p. 315-326, 2012.

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  • MACHADO-LIMA, A. ; KASHIWABARA, A. Y. ; DURHAM, A.M. . Decreasing the number of false positives in sequence classification. BMC Genomics , v. 11, p. S10, 2010.

  • RIBEIRO, T. C. ; VENTRICE, G. ; MACHADO-LIMA, A. ; ANDRIOLI, L. P. . Investigating Giant (Gt) Repression in the Formation of Partially Overlapping Pair-Rule Stripes. Developmental Dynamics , v. 239, p. 2989-2999, 2010.

  • Mello, B. P. ; Abrantes, E. F. ; Torres, C. H. ; MACHADO-LIMA, A. ; Fonseca, R. d. S. ; CARRARO, D. M. ; BRENTANI, R. R. ; Reis, L. F. L. ; Brentani, H. . No-match ORESTES explored as tumor markers. Nucleic Acids Research , v. 37, p. 2607-2617, 2009.

  • Araújo, F. M. G. ; MACHADO-LIMA, A. ; DURHAM, A.M. ; TEIXEIRA, R. ; OLIVEIRA, G. C. . Sequence and structural analysis of the 5- noncoding region of hepatitis C virus in patients with chronic infection. Journal of Medical Virology , v. 81, p. 1212-1219, 2009.

  • Orjuela-Sanchez, P. ; de Santana Filho, F. S. ; MACHADO-LIMA, A. ; CHECHUAN, Y. ; Costa, M. R. F. ; Alecrim, M. d. G. C. ; del Portillo, H.A. . Analysis of single-nucleotide polymorphisms in the crt-o and mdr1 genes of Plasmodium vivax among chloroquine resistant isolates from the Brazilian Amazon region. Antimicrobial Agents and Chemotherapy , v. 53, p. 3561-3564, 2009.

  • MACHADO-LIMA, A. ; del Portillo, H.A. ; DURHAM, A.M. . Computational methods in noncoding RNA research. Journal of Mathematical Biology , v. 56, p. 15-49, 2008.

  • HOUNIE, A ; CAPPI, C ; CORDEIRO, Q ; SAMPAIO, A ; MORAES, I ; ROSARIO, M ; PALACIOS, S ; GOLDBERG, A ; VALLADA, H ; MACHADO-LIMA, A. ; NAKANO, E. ; KALIL, J. ; PAULS, D. ; PEREIRA, C. A. B. ; GUILHERME, L. ; MIGUEL, E. C. . TNF-alpha polymorphisms are associated with obsessive-compulsive disorder. Neuroscience Letters , v. 442, p. 86-90, 2008.

  • SILVEIRA, N. J. F. ; VARUZZA, L. ; MACHADO-LIMA, A. ; LAURETTO, M. ; PINHEIRO, D. G. ; RODRIGUES, R. V. ; SEVERINO, P. ; NOBREGA, F. G. ; Head and Neck Genome Project ; SILVA JR., W. A. ; de B Pereira, Carlos A ; Tajara, Eloiza H . Searching for molecular markers in head and neck squamous cell carcinomas (HNSCC) by statistical and bioinformatic analysis of larynx-derived SAGE libraries. BMC Medical Genomics , v. 1, p. 1-17, 2008.

  • KASHIWABARA, A. Y. ; VIEIRA, D. C. G. ; MACHADO-LIMA, A. ; DURHAM, A.M. . Splice site prediction using stochastic regular grammars. GENETICS AND MOLECULAR RESEARCH , v. 6, p. 105-115, 2007.

  • Merino, Emilio F ; Fernandez-Becerra, Carmen ; Madeira, Alda MBN ; MACHADO, Ariane L ; Durham, Alan ; Gruber, Arthur ; Hall, Neil ; del Portillo, Hernando A . Pilot survey of expressed sequence tags (ESTs) from the asexual blood stages of Plasmodium vivax in human patients. Malaria Journal (Online) , v. 2, p. 21, 2003.

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Outras produções

MACHADO-LIMA, A. . Bioinformática no Estudo de RNAs não Codificantes e microRNAs. 2015. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Machado-Lima, Ariane . Bioinformática no Estudo de RNAs não Codificantes e microRNAs. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

MACHADO-LIMA, A. . Bioinformática no Estudo de RNA não Codificantes e microRNAs. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

MACHADO-LIMA, A. . Alinhamentos e Busca de Similaridade. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

MACHADO-LIMA, A. . Alinhamentos e Busca de Similaridade. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

MACHADO-LIMA, A. . Alinhamento e Busca de Similaridade. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

MACHADO-LIMA, A. . Alinhamento e Busca de Similaridade. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

MACHADO-LIMA, A. . Alinhamento e Busca de Similaridade. 2008. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

MACHADO-LIMA, A. . Alinhamento e Blast. 2007. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

SIMOES, A. C. ; MACHADO-LIMA, A. ; CARRER, H. . Introdução à Bioinformática. 2007. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

MACHADO-LIMA, A. . Introdução a Biologia Molecular. 2007. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

FALCAO, P. R. K. ; BARRERA, J. ; MACHADO-LIMA, A. . Proceedings do X-meeting 2007 - terceira reunião da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional. 2007. (Editoração/Anais).

MACHADO-LIMA, A. . Introdução à Programação Perl. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

MACHADO-LIMA, A. . Cursos de Java 1, 2 e 3. 2002. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

MACHADO-LIMA, A. . Cursos de Java 1, 2 e 3. 2001. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

MACHADO-LIMA, A. . Cursos de Java 1, 2 e 3. 2001. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

MACHADO-LIMA, A. . Access básico. 2001. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

MACHADO-LIMA, A. . Access avançado. 2001. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

MACHADO-LIMA, A. ; COLOMBO, J, . Java I - Uma Introdução à Linguagem. 2001. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Material didático).

MACHADO-LIMA, A. . Java II. 2001. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Material didático).

MACHADO-LIMA, A. . Java III. 2001. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Material didático).

MACHADO-LIMA, A. . Word e Excel. 1998. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

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Projetos de pesquisa

  • 2019 - Atual

    Sistema inteligente de classificação de transtornos psiquiátricos baseada em medidas antropométricas faciais, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Ariane Machado Lima - Coordenador / Fátima de Lourdes dos Santos Nunes - Integrante / Helena Brentani - Integrante / Hélio Pedrini - Integrante., Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2

  • 2016 - Atual

    Armazenagem, Modelagem e Análise de Sistemas Dinâmicos para Aplicações de e-Science, Descrição: A surpreendente e rápida evolução da tecnologia deu origem a uma nova era de descoberta de conhecimento científico. Essa nova era da ciência, conhecida como e-Science é descrita como uma nova ciência computacional e composta por uma equipe multidisciplinar que exige novas metodologias para o armazenamento, modelagem e análise de dados. Em particular, o desenvolvimento de sistemas de software transacionais e analíticos para aplicações e-Science visto como sistemas dinâmicos apresenta novos desafios computacionais. Entre eles, destacam-se os desafios dos processos de descoberta de conhecimento científico que, na maioria das vezes, envolvem mudanças frequentes de requisitos para armazenagem, modelagem e análise de dados. A necessidade de abordar sistemas dinâmicos científicos para tratar complexas aplicações de eScience despertou a comunidade científica para a necessidade de sistemas de software robustos e evolutivos para atender a esses novos desafios. Sistema dinâmico é um arcabouço matemático clássico para representar fenômenos que evoluem no tempo e que são de grande interesse na ciência. Neste projeto, nosso principal objetivo é desenvolver modelos computacionais e metodologias para apoiar as aplicações e-Science. Nossa pesquisa fundamental cobre três principais áreas: armazenagem, modelagem e análise de sistemas dinâmicos. Essas áreas de pesquisa são importantes e relevantes para o Programa e-Science FAPESP já que muitos dos desafios atuais de e-Science estão relacionadas ao tratamento adequado dos sistemas dinâmicos. Assim, pretendemos desenvolver e aplicar metodologias computacionais que irão facilitar o desenvolvimento de aplicações e-Science contribuindo assim para a melhoria do conhecimento científico mundial, respeitando as restrições legais e éticas na gestão de dados.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Ariane Machado Lima - Integrante / João Eduardo Ferreira - Coordenador.

  • 2014 - 2017

    Interações gênicas na região anterior da blastoderme sincicial de Drosophila melanogaster e do sciarídeo Trichosia pubescens, Descrição: No projeto propomos estudar a regulação da expressão gênica e sondar mecanismos evolutivos envolvidos na segmentação dos dípteros. Nosso principal objetivo é investigar a regulação transcricional dos genes gap da cascata de segmentação de Drosophila melanogaster. Focamos a porção anterior da blastoderme sincicial de Drosophila onde os genes gap têm domínios de expressão parcialmente sobrepostos. Investigamos a hipótese de que esse padrão de expressão é responsável por um mecanismo combinado de atividades repressoras da transcrição que delimitam faixas pair-rule mais anteriores, bem como limites dos domínios de expressão entre os genes gap. Dados da literatura e principalmente dados genéticos não publicados do nosso laboratório sustentam essa hipótese. Propomos experimentos genéticos, bioquímicos e a utilização de recursos da área da computação e bioinformática para verificar o papel dos genes gap CG9571 e Tll nesse sistema combinatorial e também, para elaborar um modelo de regulação da expressão gênica envolvida na segmentação da parte anterior da futura cabeça. Paralelamente, nosso objetivo é a identificação de ortólogos da segmentação no díptero Trichosia pubescenes, e mapear o padrão de expressão destes genes. Esses resultados poderão revelar uma situação mais típica para os dípteros, pois a Drosophila parece não ser o modelo mais representativo para o grupo, de acordo com a literatura e dados preliminares do laboratório.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ariane Machado Lima - Integrante / Lauretto, Marcelo S - Integrante / Luiz Paulo Andrioli - Coordenador / Luciano A. Digiampietri - Integrante., Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

  • 2012 - Atual

    NAP-USP eScience, Descrição: Modern science is interdisciplinary and data-intensive. For instance, in the 1000 Genomes Project (www.1000genomes.org), the comparative study of 629 individuals has already generated 7.3 TB of data. Analogous situations exist in fields such as astronomy, agriculture, social sciences, etc. Ten years ago, the problem was how to obtain data. Today, the bottleneck is the need for new computational strategies and tools so that scientists can manage these massive volumes of heterogeneous, distributed, data, so that they can generate new knowledge from the processing, analysis and visualization of the data. This launched the basis of the so-called eScience: the combination of advanced research in computer science and mathematical modeling to allow and accelerate research in other knowledge domains. National programs in eScience have been created in the US, GB, Australia and other countries, that recognized the importance of this theme for the advancement of science. The main goal of this project is the design and construction of a collaborative network for research in eScience, in a partnership that involves computer science, mathematical modeling and specific domains in the exact, life, agricultural sciences and social sciences.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Ariane Machado Lima - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr. - Coordenador.

  • 2011 - 2013

    Investigações da cascata de segmentação na região anterior do embrião de Drosophila melanogastere do sciarídeo Trichosia pubescens, Descrição: A cascata de segmentação na região anterior do embrião da Drosophila melanogaster, correspondente a futura cabeça, foi pouco estudada e seu funcionamento é pouco conhecido em relação à outras partes. Dados recentes da literatura indicam a existência de uma rede gênica complexa regulando esta parte do embrião. Nossa hipótese é de que desta rede façam parte atividades repressoras necessárias para posicionar corretamente faixas de expressão pair-rule, e impedir que estas faixas sejam formadas na região anterior da cabeça onde elas normalmente não ocorrem. Nosso objetivo é investigar a regulação transcricional dos promotores modulares dos genes pair-rule com a finalidade de identificar os fatores trans-reguladores e os mecanismos moleculares de repressão atuando nos alvos cis-reguladores. Para isto propomos experimentos genéticos e de expressão ectópica para analisar in vivo, por meio de hibridações in situ de todo embrião, os efeitos desencadeados por candidatos reguladores dos genes pair-rule. Paralelamente, propomos estudar a segmentação do sciarídeo Trichosia pubescens. Aspectos moleculares da segmentação foram investigados em poucas espécies, contudo, as evidências já obtidas indicam diferenças fundamentais entre o funcionamento da cascata na região anterior do embrião de Drosophila e de outros insetos e mesmo de outros dípteros. A Drosophila é uma espécie derivada entre os dípteros, portanto, somente estudos com outras espécies revelariam formas da cascata de segmentação mais comuns dentro do grupo, e possibilitariam um entendimento do processo evolutivo da segmentação nos dípteros e em insetos de uma forma geral. Nossa opção pela Trichosia reside no fato de que esta é uma espécie da base do grupo, diferentemente da Drosophila. Além disso, a Trichosia reúne características favoráveis para estudos de embriogênese que pretendemos explorar. Para esta solicitação propomos a clonagem e determinação de padrões de expressão de ortólogos de genes gap da cabeça, que fornec. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) . , Integrantes: Ariane Machado Lima - Integrante / Luiz Paulo Andrioli - Coordenador., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 2 / Número de orientações: 1

  • 2010 - Atual

    Utilização de gramáticas em reconhecimento de padrões em imagens, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Ariane Machado Lima - Coordenador / Fátima de Lourdes dos Santos Nunes - Integrante., Número de orientações: 2

  • 2010 - Atual

    Predição computacional de alvos de microRNAs, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Ariane Machado Lima - Coordenador / Helena P. Brentani - Integrante / Patrícia Severino - Integrante., Número de orientações: 6

  • 2009 - Atual

    Classificação multiclasse de RNAs codificantes e não codificantes, Descrição: Até os anos 80 apenas três classes de RNAs eram conhecidas: mensageiros (mRNAs), transportadores (tRNAs) e ribossomais (rRNAs). Os mRNAs codi cam proteí nas, então chamados RNAs codi cantes. Por sua vez, os dois últimos são considerados RNAs não codi cantes (ncRNAs). Desde então, in úmeros outros ncRNAs foram identi cados, e acredita-se que ainda muitos outros estão por serem descobertos. De fato, enquanto 2% do genoma humano e anotado como sendo genes codi cantes, estudos recentes demonstram que na verdade grande parte do genoma humano e transcrito. Os RNAs não codi cantes conhecidos at é o momento desempenham diversas atividades importantes e muitos deles estão associados a diversas doen ças. A descoberta de novos ncRNAs e de seus pap éis moleculares não s ó traz avan ços no conhecimento da biologia molecular como tamb ém pode auxiliar no desenvolvimento de novas terapias de doenças associadas. No entanto, identifi car genes de RNAs não codi cantes nos genomas é um problema em aberto. Uma alternativa é j á partir de sequências transcritas e então classifi c á-las em RNAs codi cantes ou não codi cantes. Essa alternativa tem se tornado ainda mais atraente agora com as novas técnicas de sequenciamento usadas por sequenciadores como o 454 e Solid. Mas mesmo esse processo não e trivial, pois h á fatores confundidores que prejudicam essa classi fica ção. Este projeto visa ao desenvolvimento de um classi ficador de RNAs que não apenas lide com esses problemas mas tamb ém que realize uma classifi ca ção multiclasse que auxilie o pesquisador na caracteriza ção do transcrito.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (5) . , Integrantes: Ariane Machado Lima - Coordenador / Lauretto, Marcelo S - Integrante., Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 6

  • 2007 - 2011

    Identificação de RNAs não codificantes em transtornos psiquiátricos e envelhecimento cerebral, Descrição: RNAs não codificantes (ncRNAs) são RNAs funcionais que, ao invés de serem traduzidos para proteínas, desempenham eles mesmos diversas atividades importantes. Muitos deles exercem um papel regulatório do mecanismo de expressão gênica, controlando a atividade de diversos genes, codificantes ou não. Mutações ou a má regulação desses ncRNAs estão relacionadas com diversas doenças como enfarto, câncer e transtornos neurológicos e transtornos neuropsiquiátricos (TNPs). Um transtorno neuropsiquiátrico de relevância mundial é conhecido como Transtorno Obsessivo-Compulsivo (TOC). O TOC é um transtorno que causa acentuado sofrimento e/ou prejuízo funcional e que afeta aproximadamente 1 a 3\% da população mundial. A exemplo de outros TNPs, ainda não foi identificado nenhum ncRNA associado ao TOC. No entanto, recentes e constantes descobertas têm revelado o envolvimento dessas moléculas em muitos TNPs. Dentre esses TNPs estão Alzheimer, epilepsia, X frágil, Parkinson, ataxia espinocerebelar, doenças de príons, esquizofrenia, síndrome de Tourette e de Prader-Willi, sendo que as três últimas apresentam comorbidade com TOC. Além de associação com transtornos, vários ncRNAs exercem importantes papéis no desenvolvimento normal do sistema nervoso central e de várias outras atividades celulares. É esperado que muitos ncRNAs ainda não tenham sido identificados. Desta forma, novos ncRNAs envolvidos em TNPs podem estar ocultos nas regiões ``intergênicas'' e intrônicas. Considerando essas evidências, acreditamos que devam existir ncRNAs envolvidos não só em TOC como também em um amplo espectro de TNPs. A descoberta desses ncRNAs e de seus envolvimentos com os vários TNPs pode auxiliar no desenvolvimento de novas terapias. A fim de iniciar esse processo de descoberta, este projeto propõe a realização de uma seleção de ncRNAs já conhecidos e de uma busca por novos ncRNAs, ambos potencialmente relacionados com TNPs, incluindo TOC. O projeto também inclui uma validação inicial de candida. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . , Integrantes: Ariane Machado Lima - Coordenador / Carlos Alberto de Bragança Pereira - Integrante / Helena P. Brentani - Integrante / Eurípedes Constantino Miguel Filho - Integrante / Ana G. Hounie - Integrante / Carolina Cappi - Integrante / Lea Grindberg - Integrante / Wilson Jacob Filho - Integrante / Kátia Oliveira - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro., Número de produções C, T & A: 1

  • 2007 - 2011

    Banco de Dados para as pesquisas do programa Transtornos do Espectro Obsessivo-Compulsivo do Instituto de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, Descrição: A articulação e o cruzamento das informações geradas a partir dos diversos módulos do projeto temático FAPESP "CARACTERIZAÇÃO FENOTÍPICA, GENÉTICA E NEUROBIOLÓGICA DO TRANSTORNO OBSESSIVO-COMPULSIVO E SUAS IMPLICAÇÕES PARA O TRATAMENTO" requerem uma infra-estrutura eficiente de armazenamento e recuperação de informação. Este projeto tem o objeivo de desenvolver um banco de dados para apoiar às necessidades de busca e recuperação de informações geradas neste projeto temático, atendendo os desafios computacionais nele envolvidos. Coordenadores: João Eduardo Ferreira e Ariane Machado Lima. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Ariane Machado Lima - Coordenador / João Eduardo Ferreira - Integrante / Eurípedes Constantino Miguel Filho - Integrante / Beny Lafer - Integrante / Rodrigo da Silva Dias - Integrante / Rodrigo Müller de Carvalho - Integrante / Mina Cintho - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2

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Prêmios

2018

Menção honrosa do Prêmio Mercosul de Ciência e Tecnologia 2017 (pesquisador sênior), com o trabalho "Classificação multiclasse de transtornos psiquiátricos baseada em medidas antropométricas faciais", Reunião Especializada em Ciência e Tecnologia do Mercosul (RECyT),.

2010

Melhor pôster da VII Jornada de Iniciação Científica, com o título "Desenvolvimento de uma metodologia de Bioinformática para busca de riboswitches de tiamina pirofosfato no genoma humano"., Instituto Nacional do Câncer.

2009

Melhor pôster de transcriptômica e proteômica, entitulado "The Development of a Bioinformatics Methodology to Search for Riboswitches in the Human Transcriptome", Associação de Bioinformática e Biologia Computacional.

2009

Menção Honrosa ao Pôster "Desenvolvimento de uma metodologia de bioinformática para a busca de eventos de riboswitch de TPP no transcriptoma humano" na VI Jornada de Iniciação Científica, Instituto Nacional do Câncer (INCA).

Histórico profissional

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Endereço profissional

  • Universidade de São Paulo, USP Leste, Escola de Artes, Ciências e Humanidades. , Rua Arlindo Béttio, 1000, Ermelino Matarazzo, 03828-000 - Sao Paulo, SP - Brasil, URL da Homepage:

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Experiência profissional

  • 2009 - Atual

    Universidade de São Paulo

    Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

  • 2007 - 2009

    Universidade de São Paulo

    Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: pós-doc, Regime: Dedicação exclusiva.

    Atividades

    • 06/2018

      Conselhos, Comissões e Consultoria, USP Leste, Escola de Artes, Ciências e Humanidades.,Cargo ou função, Suplente na Comissão Coordenadora de Programa de Pós-Graduação (CCP) do PPGSI-EACH/USP.

    • 09/2010

      Ensino, SISTEMAS DE INFORMAÇÃO, Nível: Pós-Graduação,Disciplinas ministradas, Introdução á Computação para Bioinformática (IBI5011) - anos 2016, Reconhecimento de Padrões (SIN5007) - anos 2010, 2013, 2014, 2015, 2017, Preparação Pedagógica para Computação (SIN5002) - ano 2017

    • 05/2009

      Outras atividades técnico-científicas , USP Leste, USP Leste.,Atividade realizada, Fundadora e líder do Grupo de Pesquisas "Bioinformática e Informática Médica", cadastrado no CNPq..

    • 03/2009

      Pesquisa e desenvolvimento , USP Leste, Escola de Artes, Ciências e Humanidades.,Linhas de pesquisa

    • 02/2009

      Ensino, Sistemas de Informação, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Algoritmos e Estruturas de Dados I (ACH2023) - anos 2013, Algoritmos e Estruturas de Dados II (ACH2024) - anos 2016, 2017, Construção de Compiladores (ACH2087) - anos 2015, Introdução à Ciência da Computação (ACH2001) - anos 2009, 2010, 2014, Introdução a Teoria da Computação (ACH2043) - anos 2012, 2015, Projeto Supervisionado ou de Graduação (ACH2017 e ACH2018) - anos 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2015, 2016, 2017, Resolução de Problemas I (ACH2041) - anos 2011, 2012

    • 04/2015 - 04/2018

      Direção e administração, USP Leste, Escola de Artes, Ciências e Humanidades.,Cargo ou função, Membro suplente da Comissão de Organização do Curso de Sistemas de Informação (CoC-SI).

    • 06/2014 - 05/2016

      Conselhos, Comissões e Consultoria, USP Leste, Escola de Artes, Ciências e Humanidades.,Cargo ou função, Membro titular na Comissão Coordenadora de Programa (CCP) do Programa de Pós-Graduação em Sistemas de Informação.

    • 06/2012 - 06/2014

      Conselhos, Comissões e Consultoria, USP Leste, .,Cargo ou função, Membro suplente na Comissão Coordenadora de Programa (CCP) do Programa de Pós-Graduação em Sistemas de Informação.

    • 05/2011 - 06/2012

      Conselhos, Comissões e Consultoria, USP Leste, Escola de Artes, Ciências e Humanidades.,Cargo ou função, Membro titular na Comissão Coordenadora de Programa (CCP) do Programa de Pós-Graduação em Sistemas de Informação.

    • 10/2010 - 05/2012

      Conselhos, Comissões e Consultoria, USP Leste, Escola de Artes, Ciências e Humanidades.,Cargo ou função, Participante da Comissão de Seleção do Programa de Pós-Graduação em Sistemas de Informação..

    • 10/2010 - 05/2012

      Conselhos, Comissões e Consultoria, USP Leste, Escola de Artes, Ciências e Humanidades.,Cargo ou função, Membro da Comissão de Bolsas do Programa de Pós-Graduação em Sistemas de Informação.

    • 06/2010 - 05/2011

      Conselhos, Comissões e Consultoria, USP Leste, Escola de Artes, Ciências e Humanidades.,Cargo ou função, Suplente na Comissão Coordenadora de Programa (CCP) do Programa de Pós-Graduação em Sistemas de Informação.

    • 08/2007 - 02/2009

      Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Matemática e Estatística, .,Linhas de pesquisa

    • 10/2002 - 12/2003

      Outras atividades técnico-científicas , Instituto de Matemática e Estatística, Instituto de Matemática e Estatística.,Atividade realizada, Representante Discente junto à Comissão de Pós Graduação Interunidades em Bioinformática.

  • 2004 - 2007

    Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional

    Vínculo: Membro do Conselho Consultivo, Enquadramento Funcional: Representante Discente

  • 1996 - 1998

    Itautec-Philco

    Vínculo: estágio, Enquadramento Funcional: analista de sistemas, Carga horária: 20

  • 1996 - 1996

    Baan Company

    Vínculo: estágio, Enquadramento Funcional: suporte funcional de software, Carga horária: 20