Joao Sollari Allegro Machado Lopes

Graduei-me em Biologia Geral em 2005 pela Universidade de Lisboa com uma especialização em Desenvolvimento de Software e na utilização de Modelos Matemáticos Determinísticos. Em 2010, obtive um Ph. D em Genética Populacional pela University of Reading. Durante o doutoramento apliquei métodos de Inferência Bayesiana nas áreas de Genética da Conservação, Filogeografia e Epidemiologia. Mais tarde, completei um pós-doutoramento de um ano em Taxonomia e Sistemática Vegetal no Centro de Ciencias do Mar, onde desenvolvi um banco de dados em SQL de genomas completos aos quais apliquei ferramentas Estatísticas Bayesianas usando Modelos Evolucionários de Composição Heterogénea. Actualmente estou a fazer um pós-doutoramento em Doenças Infecciosas estudando dinâmicas na Imunidade-Cruzada e na Heterogeneidade em hospedeiros e em agentes patogénicos. Para tal, utilizo técnicas de manipulação Matemática Algébrica e ferramentas Estatísticas Computacionais para capturar as dinâmicas em modelos compartimentais envolvendo várias características: interação entre diferentes sepas, sistemas vector-hospedeiro, e alternância entre estados latentes e activos. Durante este pós-doutoramento tenho estudado doenças infecciosas com características muito distintas (ex. VIH, Dengue e Tuberculose), mas todas representando um grande custo para a sociedade.

Informações coletadas do Lattes em 10/11/2022

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Ph. D in Biology, School of Biological Sciences

2006 - 2010

University of Reading
Título: Software development in population genetics
Orientador: Mark Beaumont
Bolsista do(a): Engineering and Physical Sciences Research Council, EPSRC, Grã-Bretanha. Palavras-chave: Modelos Populacionais; Genética Populacional; Engenharia de Software; Probabilidade e Estatística.Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral. Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Engenharia de Software. Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Probabilidade e Estatística Aplicadas. Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.

Graduação em Biologia

1999 - 2005

Universidade de Lisboa
Orientador: Manuel do Carmo Gomes

Ensino Médio (2º grau)

1996 - 1999

ESCOLA SECUNDARIA DE ODIVELAS

Pós-doutorado

2011 - 0000

Pós-Doutorado. , Instituto Gulbenkian de Ciência, IGC, Portugal. , Bolsista do(a): Fundação para a Ciência e a Tecnologia, FCT, Portugal. , Grande área: Ciências da Saúde / Área: Saúde Coletiva / Subárea: Epidemiologia. , Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Matemática / Subárea: Análise / Especialidade: Equações Diferenciais Ordinárias. , Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Estatística / Especialidade: Análise de Dados.

2010 - 2011

Pós-Doutorado. , Centro de Ciências do Mar. , Bolsista do(a): Fundação para a Ciência e a Tecnologia, FCT, Portugal. , Grande área: Ciências Biológicas / Área: Botânica / Subárea: Taxonomia Vegetal. , Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Banco de Dados. , Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Linguagens de Programação.

Formação complementar

2012 - 2012

Bioinformatics using Python for Biologists. (Carga horária: 30h). , Instituto Gulbenkian de Ciência, IGC, Portugal.

2012 - 2012

Automated and reproducible analysis of NGS data. (Carga horária: 24h). , Instituto Gulbenkian de Ciência, IGC, Portugal.

2011 - 2011

Extensão universitária em Modelos biomatemáticos. (Carga horária: 67h). , Faculdade de Ciências de Lisboa.

2011 - 2011

A Matemática das Epidemias. (Carga horária: 9h). , Fundação Oswaldo Cruz.

2011 - 2011

Building Bioinformatics Web Applications. (Carga horária: 24h). , Instituto Gulbenkian de Ciência, IGC, Portugal.

2008 - 2008

Extensão universitária em Statistics Made Simple (online course). (Carga horária: 40h). , University of Reading, UR, Inglaterra.

2008 - 2008

Molecular Systematic. (Carga horária: 8h). , University of Reading, UR, Inglaterra.

2007 - 2007

Extensão universitária em Academic Writing. (Carga horária: 14h). , University of Reading, UR, Inglaterra.

2007 - 2007

Extensão universitária em Stochastic Methods. (Carga horária: 15h). , University of Reading, UR, Inglaterra.

2007 - 2007

Statistical modelling and graphics using R. (Carga horária: 14h). , University of Reading, UR, Inglaterra.

2006 - 2006

Extensão universitária em Statistical Genetics. (Carga horária: 16h). , University of Reading, UR, Inglaterra.

2006 - 2006

Extensão universitária em International postgraduate course in genomics. (Carga horária: 40h). , Universitat Autònoma de Barcelona - UAB.

2006 - 2006

Extensão universitária em History and Phylosophy of Science. (Carga horária: 8h). , University of Reading, UR, Inglaterra.

2006 - 2006

Extensão universitária em Operating Systems & Programming in C. (Carga horária: 40h). , University of Reading, UR, Inglaterra.

2006 - 2006

Grid Computing and the National Grid Service. (Carga horária: 16h). , University of Reading, UR, Inglaterra.

Idiomas

Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Espanhol

Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.

Italiano

Compreende Pouco, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.

Francês

Compreende Pouco, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística.

Participação em eventos

ICTMM 2012. SNP typing reveals similarity in Mycobacterium tuberculosis genetic diversity in Portugal and Northeast Brazil. 2012. (Congresso).

Postdoc seminars.Tuberculosis reinfection patterns reveal host heterogeneity. 2012. (Seminário).

Workshop at Fiocruz September 2012.ABC Basics. 2012. (Oficina).

Molecular mechanisms, Pathways and resistance in TB Research. 2012. (Oficina).

2º Encontro de Bolseiros da Fundaçãoo Calouste Gulbenkian nas areas das Doencas Tropicais Negligenciadas e das Ciencias da Saude.MTBC gentic diversity in Portugal and Northeast Brazil. 2012. (Encontro).

Next Generation Sequencing (NGS) Meeting. 2012. (Encontro).

IGC's 50-years. 2012. (Encontro).

Tuberculosis Meeting.MTBC strains identification. 2012. (Encontro).

IGC Seminar.Coestimation of Recombination and Molecular Adaptation by approximate Bayesian computation. 2011. (Seminário).

Seminar EAO.Hidden heterogeneity in interventions. 2011. (Seminário).

RAPIDD Phylodynamics Workshop. 2011. (Oficina).

Expand meeting.Multi-strain SIR models with cross-immunity. 2011. (Encontro).

Post-doc Retreat 2011.Infectious diseases dynamics. 2011. (Encontro).

Evolution - The experience. ABC: estimating historic demographic parameters. 2009. (Congresso).

ConGen: Integrating Population Genetics and Conservation Biology meeting. ABC: estimating historic demographic parameters. 2009. (Congresso).

ConGen: Evolutionary and physiological adaptation to climate induced environmental changes. ABC: studying historical demographic parameters. 2009. (Congresso).

MMEE 2009. ABC: learning populations history. 2009. (Congresso).

11th ICZEGAR. ABC: learning populations history. 2009. (Congresso).

Environmental Forum.ABC: estimating historic demographic parameters. 2009. (Seminário).

PopGroup 2008. Business LT 2 - day 1 10.00 to 11.00. 2008. (Congresso).

SMBE 2008. ABC: studying demographic historic parameters. 2008. (Congresso).

MIEP 2008. ABC: studying demographic historic parameters. 2008. (Congresso).

MEEGID IX. ABC: general applications. 2008. (Congresso).

PopGroup 2008. ABC: estimating historic demographic parameters. 2008. (Congresso).

Environmental forum.ABC: simple short somewhat happy ending research story. 2008. (Seminário).

Biological School EB 2008.Group2 Environmental Biology/QBAS - day 2 11.30 to 13.00. 2008. (Simpósio).

Biological School EB 2008.ABC: studying demogarphic historic parameters. 2008. (Simpósio).

LERN 2008.Studying demographic parameters using ABC. 2008. (Simpósio).

Biosciences Post Graduate 2008.Studying demographic parameters using ABC. 2008. (Simpósio).

Statistical and computational challenges in molecular phylogenetics and evolution. 2008. (Encontro).

PopGroup 2006. ABC: simplified overview. 2007. (Congresso).

ConGen: Population genetics modelling and habitat fragmentation. ABC: adding summary statistics. 2007. (Congresso).

Evolutionary Genomics: CNRS. ABC: determining suitable summary statistics. 2007. (Congresso).

European Society of Evolutionary Biology XI. ABC: determining suitable summary statistics. 2007. (Congresso).

MCM2007.ABC: acet. 2007. (Simpósio).

Biological School EB 2007.Group1 Environmental Biology/QBAS - day 2 14.00 to 15.30. 2007. (Simpósio).

Biological School EB 2007.ABC: method details & space for improvements. 2007. (Simpósio).

SBS: Away day.ABC: determining suitable summary statistics. 2007. (Simpósio).

Estimating demographic parameters from genetic data.ABC: uncertainties. 2007. (Oficina).

III ENBE 2007.ABC: determining suitable summary statistics. 2007. (Encontro).

Recent Advances in Statistical Genetics and Bioinformatics. ABC: Practical overview. 2006. (Congresso).

Stochastic Complex Systems. Approximate Bayesian Computation vs. MCMC. 2006. (Congresso).

Experimental Metapopulations. Approximate Bayesian Computation vs. MCMC. 2006. (Congresso).

Biological School EB 2006.ABC presentation. 2006. (Simpósio).

Half-day meeting on advanced MCMC methods. 2006. (Simpósio).

Computational Biology and Bioinformatics workshop. 2006. (Oficina).

II ENBE 2006.ABC: simplified overview. 2006. (Encontro).

Orientou

Patrícia Soares

Factores de risco associados a pacientes infectados com tuberculose; Início: 2012; Dissertação (Mestrado em Mestrado em Bioestatística) - Universidade de Lisboa; (Coorientador);

Produções bibliográficas

GOMES, M. G. M. ; AGUAS, R. ; LOPES, J. S. ; NUNES, M. C. ; REBELO, C. ; RODRIGUES, P. ; STRUCHINER, C. J. . How host heterogeneity governs tuberculosis reinfection?. Proceedings - Royal Society. Biological Sciences (Print) , v. 279, p. 2473-2478, 2012.
BATINI, C. ; LOPES, J. ; BEHAR, D. M. ; CALAFELL, F. ; JORDE, L. B. ; VAN DER VEEN, L. ; QUINTANA-MURCI, L. ; SPEDINI, G. ; DESTRO-BISOL, G. ; COMAS, D. . Insights into the Demographic History of African Pygmies from Complete Mitochondrial Genomes. Molecular Biology and Evolution , v. 28, p. 1099-1110, 2011.
LOPES, JOAO S. ; BOESSENKOOL, SANNE . The use of approximate Bayesian computation in conservation genetics and its application in a case study on yellow-eyed penguins. Conservation Genetics (Dordrecht. Online) , v. 11, p. 421-433, 2010.
LOPES, J.S. ; BEAUMONT, M.A. . ABC: A useful Bayesian tool for the analysis of population data. Infection, Genetics and Evolution (Print) , v. 10, p. 825-832, 2010.
; ABELLÓ, PERE ; MACPHERSON, ENRIQUE ; PASCUAL, MARTA ; BEAUMONT, MARK A . Rapid radiation in spiny lobsters (Palinurus spp) as revealed by classic and ABC methods using mtDNA and microsatellite data. BMC Evolutionary Biology (Online) , v. 9, p. 263, 2009.
LOPES, J. S. ; BALDING, D. ; BEAUMONT, M. A. . PopABC: a program to infer historical demographic parameters. Bioinformatics (Oxford. Print) , v. 25, p. 2747-2749, 2009.
LOPES, JOAO S. . 10 years of Software development for approximate Bayesian computation. In: MASTORAKIS, N. E.. (Org.). New Developments in Computer Research. 1ed.Nova Iorque: Nova Science Publishers Inc., 2012, v. , p. 151-171.
PARISI, A. ; LOPES, J. ; NUNES, A. ; GOMES, G. . Heterogeneity in antibody range and the antigenic drift of influenza A viruses. Ecological Complexity (Print) , 2013.
LOPES, J. . Tuberculosis reinfection patterns reveal host heterogeneity. 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
LOPES, J. . ABC Basics. 2012. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
LOPES, J. . MTBC gentic diversity in Portugal and Northeast Brazil. 2012. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
LOPES, J. . SNP typing reveals similarity in Mycobacterium tuberculosis genetic diversity in Portugal and Northeast Brazil. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
LOPES, J. . MTBC strains identification. 2012. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
LOPES, J. . Coestimation of Recombination and Molecular Adaptation by approximate Bayesian computation. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
LOPES, J. . Multi-strain SIR models with cross-immunity. 2011. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
LOPES, J. . Hidden heterogeneity in interventions. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
LOPES, J. . Infectious diseases dynamics. 2011. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
LOPES, J. . ABC: estimating historic demographic parameters. 2009. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
LOPES, J. . ABC: estimating historic demographic parameters. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
LOPES, J. . ABC: studying historical demographic parameters. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
LOPES, J. . ABC: studying historical demographic parameters. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
LOPES, J. . ABC: learning populations history. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
LOPES, J. . ABC: learning populations history. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
LOPES, J. . ABC: simple short somewhat happy ending research story. 2008. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
LOPES, J. . ABC: studying demographic historic parameters. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
LOPES, J. . ABC: studying demographic historic parameters. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
LOPES, J. . ABC: studying demogarphic historic parameters. 2008. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
LOPES, J. . ABC: general applications. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
LOPES, J. . ABC: estimating historic demographic parameters. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
LOPES, J. ; BEAUMONT, M. A. . Studying demographic parameters using ABC. 2008. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
LOPES, J. ; BEAUMONT, M. A. . Studying demographic parameters using ABC. 2008. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
LOPES, J. . ABC: simplified overview. 2007. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
LOPES, J. . ABC: uncertainties. 2007. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
LOPES, J. . ABC: acet. 2007. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
LOPES, J. . ABC: method details & space for improvements. 2007. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
LOPES, J. . ABC: adding summary statistics. 2007. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
LOPES, J. ; BEAUMONT, M. A. . ABC: determining suitable summary statistics. 2007. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
LOPES, J. ; BEAUMONT, M. A. . ABC: determining suitable summary statistics. 2007. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
LOPES, J. ; BEAUMONT, M. A. . ABC: determining suitable summary statistics. 2007. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
LOPES, J. ; BEAUMONT, M. A. . ABC: determining suitable summary statistics. 2007. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
LOPES, J. . ABC presentation. 2006. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
LOPES, J. . ABC: Practical overview. 2006. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
LOPES, J. . ABC: simplified overview. 2006. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
LOPES, J. ; BEAUMONT, M. A. . Approximate Bayesian Computation vs. MCMC. 2006. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
LOPES, J. ; BEAUMONT, M. A. . Approximate Bayesian Computation vs. MCMC. 2006. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

Outras produções

LOPES, JOAO S. ; BALDING, D. ; BEAUMONT, MARK A . popABC. 2009.

LOPES, JOAO . Aqua 1.1. 2005.

LOPES, J. . Approximate Bayesian Computation: Introductory course. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Projetos de pesquisa

2011 - Atual

Exploring pathogen diversity in disease epidemiology and vaccine research, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Joao Sollari Allegro Machado Lopes - Integrante / Gabriela Gomes - Coordenador / Ana Abecasis - Integrante / Carlos Penha-Gonçalves - Integrante / Diogo Pinheiro - Integrante / Raquel Sá-Leão da Silva - Integrante / Lounès Chikhi - Integrante / Jaime Combadão - Integrante / Susana Pinheiro - Integrante / Claúdia Codeço - Integrante / Ana Franco - Integrante / Bruno Cena - Integrante / Caetano Mendes - Integrante / Cátia Bandeiras - Integrante., Financiador(es): Fundação para a Ciência e a Tecnologia - Bolsa., Número de produções C, T & A: 15 / Número de orientações: 1
2010 - Atual

The origin and early diversification of plants: a phylogenomic approach employing novel composition-heterogeneous methods, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Joao Sollari Allegro Machado Lopes - Integrante / Cymon Cox - Coordenador / Blaise Li - Integrante., Financiador(es): Fundação para a Ciência e a Tecnologia - Bolsa., Número de produções C, T & A: 3
2006 - 2008

Computational Statistical Methods for Population Genomics, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . , Integrantes: Joao Sollari Allegro Machado Lopes - Integrante / Mark Beaumont - Coordenador., Financiador(es): Engineering and Physical Sciences Research Council - Bolsa., Número de produções C, T & A: 54

Prêmios

2009

Arthur Hosier/Meyer Sassoon Travel Award, University of Reading.

2008

winner Biotechnology Young Entrepreneurs Scientists, Biotechnology and Biological Sciences Research Council, BBSRC.

Histórico profissional

Endereço profissional

Instituto Gulbenkian de Ciência, Collective Dynamics. , Rua da Quinta Grande N6, Oeiras, 2780-156 - Oeiras, - Portugal, Telefone: (00351) 214464518, URL da Homepage:

Experiência profissional

2011 - Atual

Instituto Gulbenkian de Ciência

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pos-doutorado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

04/2011
Pesquisa e desenvolvimento , Collective Dynamics, .,Linhas de pesquisa

2010 - 2011

Centro de Ciências do Mar

Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pos-doutorado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

04/2010 - 03/2011
Pesquisa e desenvolvimento , Sistemática Vegetal e Bioinformática, .,Linhas de pesquisa

2007 - 2007

University of Reading

Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Tutor, Carga horária: 4

Atividades

01/2006 - 05/2010
Extensão universitária , School of Biological Sciences, .,Atividade de extensão realizada, Estatística e Probabilidade Aplicadas.
10/2007 - 03/2008
Ensino, Biology, Nível: Graduação,Disciplinas ministradas, Macroevolution, Animal Behaviour, Microevolution, Genes and Chromossomes

2005 - 2005

Swansea University

Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

08/2005 - 09/2005
Estágios , Aquaculture Wales, .,Estágio realizado, Aquicultura.

2004 - 2005

Universidade de Lisboa

Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

09/2004 - 08/2005
Estágios , Faculdade de Ciências, Instituto de Ciência Aplicada e Tecnologia.,Estágio realizado, Biologia Geral.

2002 - 2004

Instituto Superior de Economia e Gestão

Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Monitor de Informática, Carga horária: 20

Atividades

10/2002 - 08/2004
Serviços técnicos especializados , Centro de Informática, .,Serviço realizado, Monitor de Informática.