Lucas William Mendes

Pós-doutorado

Formação complementar

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Produções bibliográficas

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• NAVARRETE, A. A. ; KURAMAE, E. E. ; MENDES, L. W. ; HOLLANDER, M. ; KOWALCHUK, G. A. ; PUTTEN, W. ; VAN VEEN, J. A. ; TSAI, S. M. . Amazonian deforestation simplifies soil bacterial interaction networks and alters verrucomicrobial communities. In: ISME14 - 14th International Symposium on Microbial Ecology, 2012, Copenhagen. Abstracts, 2012.

• BROSSI, M. J. ; GERMANO, M. G. ; MENDES, L. W. ; IWAI, S. ; TSAI, S. M. . Functional diversity and quantification of catabolic genes (BPH) in 'Amazonian dark earth' and its adjacent soils. In: ISME14 - 14th International Symposium on Microbial Ecology, 2012, Copenhagen. Abstracts, 2012.

• CANNAVAN, F. S. ; LIMA, A. B. ; BROSSI, M. J. ; NAVARRETE, A. A. ; MENDES, L. W. ; GERMANO, M. G. ; TSAI, S. M. . Archaeal community structure and diversity of Charcoal from Amazonian Dark Earth. In: ISME14 - 14th International Symposium on Microbial Ecology, 2012, Copenhagen. Abstracts, 2012.

• BORGES, C. D. ; MENDES, L. W. ; RODRIGUES, J. ; TSAI, S. M. . Bacterial community structure under different chronosequences of deforestation in Brazilian Amazonian. In: Ecology of Soil Microorganisms, 2011, Praga. Abstract Book, 2011.

• MENDES, L. W. ; NAVARRETE, A. A. ; BORGES, C. D. ; TSAI, S. M. . Bacterial and Archaeal community structure of soils from southeast Amazonia. In: Ecology of Soil Microorganisms, 2011, Praga. Abstract Book, 2011.

• PEDRINHO, E. ; MOREIRA, W. ; MACEDO, H. ; SOUZA, J. ; VAL-MORAES, S. ; MENDES, L. W. ; LEMOS, E. G. M. . Bacterial diversity from soils of sugarcane crop and native forest in Sao Paulo State - Brazil. In: Ecology of Soil Microorganisms, 2011, Praga. Abstract Book, 2011.

• WONG, L. C. ; FURLAN, B. ; MENDES, L. W. ; TSAI, S. M. . Genetic diversity of pyrrolnitrin (PRN) biosynthesis in bacteria isolated from Amazonian soils. In: Ecology of Soil Microorganisms, 2011, Praga. Abstract Book, 2011.

• CANNAVAN, F. S. ; GERMANO, M. G. ; MENDES, L. W. ; TIEDJE, J. M. ; TSAI, S. M. . Microbial community structure in the Amazonian Dark Earth soils by pyrosequencing analyses: the role of biochar in the N-cycling and sustainability of tropical soils. In: Ecology of Soil Microorganisms, 2011, Praga. Abstract Book, 2011.

• GERMANO, M. G. ; CANNAVAN, F. S. ; MENDES, L. W. ; LIMA, A. B. ; PELLIZARI, V. H. ; TSAI, S. M. . Functional gene diversity in Amazonian Dark Earth soils and their black carbon. In: Ecology of Soil Microorganisms, 2011, Praga. Abstract Book, 2011.

• PEDRINHO, E. ; MOREIRA, W. ; MACEDO, H. ; SOUZA, J. ; VAL-MORAES, S. ; MENDES, L. W. ; LEMOS, E. G. M. . Bacterial diversity from soils of sugarcane crop and native florest in São Paulo State - Brazil. In: 4th Congress of European Microbiologists FEMS 2011, 2011, Genebra. Annals of 4th Congress of European Microbiologists FEMS 2011, 2011.

• PEDRINHO, E. ; MACEDO, H. S. ; MOREIRA, W. ; SOUZA, J. A. M. ; MENDES, L. W. ; LEMOS, E. G. M. . Análise das Comunidades Bacterianas em solos de cana de açúcar e floresta nativa no estado de São Paulo. In: ENAP - VI Encontro Nacional de Estudantes de Pós- Graduação em Microbiologia Agrícola, 2011, Piracicaba-SP. Resumos do VI ENAP 2011, 2011.

• BORGES, C. D. ; REICHERT, M. H. ; YOSHIURA, CA ; MENDES, L. W. ; PORTILHO, I. R. ; MERCANTE, F. M. ; TSAI, S. M. . Analysis of bacterial community in soils under different land uses in biome Cerrado. In: 26o Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011, Foz do Iguaçu-PR. Anais do 26o Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011.

• VASCONCELLOS, R. L. F. ; BONFIM, J. A. ; MENDES, L. W. ; CARDOSO, E. J. B. N. . Development of microbial and physical-chemical properties in a riparian forest time. In: 26o Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011, Foz do Iguaçu - PR. Anais do 26o Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011.

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• GERMANO, M. G. ; CANNAVAN, F. S. ; MENDES, L. W. ; PELLIZARI, V. H. ; TSAI, S. M. . Functional Diversity of Alpha-ARHD Gene in Amazonian Dark Earth. In: 13th International Symposium of Microbial Ecology - ISME13, 2010, Seattle-USA. Annals of 13th International Symposium on Microbial Ecology ISME13, 2010.

• VON HERTWIG, AM ; MENDES, L. W. ; TSAI, S. M. . T-RFLP: Seleção de endonucleases de restrição para estudo do Domínio Archaea. In: 27a Reunião de Genética de Microrganismos, 2010, Guarujá-SP. Resumos da 27a Reunião de Genética de Microrganismos, 2010.

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• VON HERTWIG, AM ; MENDES, L. W. ; TSAI, S. M. . Otimização da técnica de T-RFLP para o estudo de comunidades de Archaea. In: 18o Simpósio Internacional de iniciação Científica da USP, 2010, Ribeirão Preto. Anais do 18o Simpósio Internacional de iniciação Científica da USP, 2010.

• MENDES, L. W. ; CANNAVAN, F. S. ; BORGES, C. D. ; TIEDJE, J. M. ; TSAI, S. M. . Piroseqüenciamento e T-RFLP revelam uma alta diversidade microbiana em manguezal. In: XII Encontro Nacional de Microbiologia Ambiental, 2010, Manaus. Resumos do 3o CDMicro e XII ENAMA 2010, 2010.

• CANNAVAN, F. S. ; GERMANO, M. G. ; MENDES, L. W. ; TIEDJE, J. M. ; TSAI, S. M. . Piroseqüenciamento e T-RFLP revelam extensa diversidade microbiana em solos antropogênicos da Amazônia. In: XII Encontro Nacional de Microbiologia Ambiental, 2010, Manaus. Resumos do 3o CDMicro e XII ENAMA 2010, 2010.

• VON HERTWING, AM ; MENDES, L. W. ; TSAI, S. M. . Escolha de Enzimas de Restrição no Estudo de Comunidades de Archaea por T-RFLP. In: 17o Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2009, ribeirão Preto. Anais do 17o Siicusp, 2009.

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• MENDES, L. W. ; TSAI, S. M. . Estrutura de Comunidades de Archaea em Solos de Manguezal da Ilha do Cardoso no Estado de São Paulo. In: 54o Congresso Brasileiro de Genética, 2008, Salvador-BA. Anais do 54o Congresso Brasileiro de Genética, 2008.

• MENDES, L. W. ; Gomes, J.E. ; NAVARRETE, A. A. ; TERCETI, M.S. ; TSAI, S. M. . Estruturas de Comunidades de Bacteria em Solos de Sambaqui do Litoral Sul do Estado de São Paulo. In: 26a Reunião de Genética de Microrganismos, 2008, Salvador-BA. Anais da 26a Reunião de Gene'tica de Microrganismos, 2008.

• OLIVEIRA, MPM ; TAKETANI, RG ; VON HERTWIG, AM ; MENDES, L. W. ; YOSHIURA, CA ; TSAI, S. M. . Diversidade de Archaea em Solos de Terra Preta de Índio da Amazônia Central. In: 16o Simpósio Internacional Iniciação Científica da USP, 2008, Ribeirão Preto. Resumos do 16o Siicusp, 2008.

• VON HERTWIG, AM ; MENDES, L. W. ; TAKETANI, RG ; TSAI, S. M. . Análise da Estrutura das Comunidades de Archaea em Solos de Terra Preta Antropogênica da Amazônia. In: 16o Simpósio Internacional Iniciação Científica da USP, 2008, Ribeirão Preto. Resumos do 16o Siicusp, 2008.

• MENDES, L. W. ; Chaud-Netto, J. ; BARBIERI, E. F. . Predação de vespas sociais pela aranha Nephilengys cruentata. In: XXVI Congresso Brasileiro de Zoologia, 2006, Londrina - PR. Anais do XXVI Congresso Brasileiro de Zoologia, Londrina - PR, 2006, 2006.

• MENDES, L. W. ; Togni, O.C. ; Freitas, D.V. ; Makuta, G.M. ; Meneguello, L. . Efeito e recuperação de Mus musculus após exposição ao éter dietílico. In: XXVI Congresso Brasileiro de Zoologia, 2006, Londrina - PR. Anais do XXVI Congresso Brasileiro de Zoologia, Londina - PR, 2006, 2006.

• MENDES, L. W. ; Chaud-Netto, J. ; BARBIERI, E. F. . Estratégias de Predação de Vespas Sociais Pela Aranha Nephilengys Cruentata. In: XXIV Encontro Anual de Etologia, 2006, Brasília - DF. Revista de Etologia, 2006. v. 08.

• MENDES, L. W. ; Chaud-Netto, J. ; BARBIERI, E. F. . Estudo do comportamento da aranha Nephilengys cruentata (Araneae: Tetragnathidae) na predação de diferentes espécies de vespas sociais. In: XVI Congresso de Iniciação Científica da UNESP, 2004, Ilha Solteira - SP. Anais do XVI Congresso de Iniciação Científica da UNESP, 2004.

• COSTA, L. S. A. S. ; FARIA, M. R. ; CHIARAMONTE, J. B. ; MENDES, L. W. ; SEPO, E. ; HOLLANDER, M. ; FERNANDES, J. M. C. ; CARRION, V. J. ; BETTIOL, W. ; MAUCHLINE, T. H. ; RAAIJMAKERS, J. M. ; MENDES, R. . Repeated exposure of wheat to the fungal root pathogen Bipolaris sorokiniana modulates rhizosphere microbiome assembly and disease suppressiveness. Environmental Microbiome , 2023.

• MENDES, L. W. . O microbioma da rizosfera e seu papel na saúde e proteção de plantas. 2023. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• MENDES, L. W. . Mudanças Climáticas: Floreta, Campo e Cidade. 2023. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• MENDES, L. W. . Microbioma do solo e plantas: importância para a agricultura sustentável. 2022. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• MENDES, L. W. . O microbiana da rizosfera e seu papel na supressão de doenças em plantas. 2022. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• MENDES, L. W. . The rhizosphere microbiome: how plant breeding shapes microbial traits for (a)biotic stresses. 2022. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• MENDES, L. W. . The role of the soil and plant microbiome for sustainable agriculture. 2022. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• MENDES, L. W. . O microbioma da rizosfera e seu papel na supressão de doenças em plantas. 2021. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• MENDES, L. W. . The rhizosphere microbiome as a tool for a sustainable agriculture. 2021. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• MENDES, L. W. . O microbioma e seu papel para uma agricultura mais sustentável. 2021. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• MENDES, L. W. . Desvendando o papel do microbioma: da bioinformática à aplicabilidade. 2019. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• MENDES, L. W. . The rhizosphere microbiome: how plant breeding can shape microbial traits for resistance against pathogens. 2019. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• MENDES, L. W. . Micróbios salvadores do mundo?. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• MENDES, L. W. . O microbioma da rizosfera e a arte da guerra. 2017. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• MENDES, L. W. . Microbioma da rizosfera e seu papel na supressão de doenças em plantas. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• MENDES, L.W. . O microbioma da rizosfera e a arte da guerra. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• MENDES, L. W. . A look into the microbial diversity of mangroves. 2016. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• MENDES, L. W. . Soil-Borne Microbiome: Linking Diversity to Function. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• MENDES, L. W. . Microbioma de solos da Amazônia: impacto das mudanças do uso do solo nas comunidades microbianas. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• MENDES, L. W. ; KURAMAE, E. E. ; NAVARRETE, A. A. ; HOLLANDER, M. ; VAN VEEN, J. A. ; TSAI, S. M. . Amazon soil microbiome: impact of land-use changes on the soil-borne microbial communities. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

• MENDES, L. W. ; KURAMAE, E. E. ; NAVARRETE, A. A. ; HOLLANDER, M. ; VAN VEEN, J. A. ; TSAI, S. M. . Mudanças do uso da terra na Amazônia: efeitos sobre as comunidades microbianas do solo. 2013. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• MENDES, L. W. ; KURAMAE, E. E. ; NAVARRETE, A. A. ; VAN VEEN, J. A. ; TSAI, S. M. . Taxonomical and functional microbial community selection in soybean rhizosphere. 2013. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• MENDES, L.W. . Ecologia Microbiana: os micro-organismos e suas funções. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• MENDES, L. W. ; TSAI, S. M. . Novas ferramentas moleculares para acessar e avaliar grupos funcionais de microrganimos de manguezais. 2010. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

• MENDES, L.W. . Estudo de Comunidades Microbianas em Manguezais por T-RFLP e Bibliotecas Genômicas. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• MENDES, L. W. ; TAKETANI, RG ; TSAI, S. M. . Análise da Diversidade de Archaeas como Indicadores da Ação Antrópica em Manguezais. 2009. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• MENDES, L. W. . Fragilidade ambiental associada ao ecossistema de manguezal. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

• MENDES, L. W. ; CANNAVAN, F. S. ; NAVARRETE, A. A. ; TERCETI, M.S. ; TSAI, S. M. . Carvão Pirogênico de Bambu na Ativação Microbiológica de Solos Degradados. 2008. (Apresentação de Trabalho/Outra).

Outras produções

Projetos de pesquisa

• 2022 - Atual

  Comunidade microbiana na rizosfera da soja e braquiaria e sua relação com a supressão de nematóides em sistema de integração lavoura-pecuária, Descrição: A proposição de sistemas agrícolas mais sustentáveis tem sido uma prioridade da agricultura brasileira, em vista do esgotamento do modelo convencional de cultivo, do aumento dos custos dos insumos químicos e da procura pela sociedade por alimentos mais saudáveis. Nesse contexto, a agricultura de base biológica tem avançado como modelo que cresce no meio rural e tem demandado novos estudos científicos. Em áreas agrícolas com predomínio de solos de textura arenosa, baixos teores de matéria orgânica e histórico de monocultivos como pastagens e cana de açúcar, tem-se a necessidade de estudos que busquem avaliar como novos sistemas de cultivo pode aumentar a sustentabilidade agrícola nessas condições. Neste sentido, o sistema de integração-lavoura-pecuária, com o cultivo da soja no verão e de pastagens na entressafra, tem alcançado destaque nos últimos anos como estratégia de manejo que alcança melhorias nas propriedades do solo, com maior sustentabilidade. Contudo, alguns desafios de ordem fitossanitária, tem merecido maiores cuidados, como o controle dos fitonematoides no cultivo da soja, bem como outros patógenos de solo. A investigação do microbioma, em solos de textura arenosa, em sistemas integração lavoura pecuária, pode revelar mudanças importantes na composição da comunidade microbiana nos solos. Isto pode subsidiar novas proposições para o manejo agrícola nas áreas de cultivo da soja, visando redução de custos com insumos químicos e aumento de rendimento das culturas, como também subsidiar estudos de riscos ambientais, como o aumento da resistência aos antibióticos, encontrada na comunidade bacteriana. Pressupõem-se que as pastagens possam abrigar uma comunidade microbiana diversa na sua rizosfera ou de forma endofítica, e em sistemas integrados esse microbioma possa interagir com outras culturas, como a soja, proporcionando benefícios, como o controle de fitonematoides. Nesse sentido, esse projeto se justifica pela necessidade de geração de resultados inéditos e importantes no tocante as mudanças no microbioma no solo dentro do sistema de integração lavoura pecuária, implantado em solos arenosos, que possam avaliar os impactos agrícolas e ambientais, pela adoção desse sistema. Estabelecendo-se, nesse contexto, o objetivo principal de: avaliar a composição, estrutura e diversidade da comunidade microbiana na rizosfera da soja e braquiaria, em sucessão no SILP e o potencial de supressão de fitonematoides.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Lucas William Mendes - Integrante / Fabio Fernando de Araujo - Coordenador / Claudia Regina Dias Arieira - Integrante / Eliana Guedes Stehling - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2022 - Atual

  FÊNIX: Do aproveitamento de resíduos á obtenção de bioinsumos à base de biochar para enfrentamento de desigualdade social e segurança alimentar, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Lucas William Mendes - Integrante / Ademir Sérgio Ferreira de Araújo - Integrante / Vania Maria Maciel Melo - Integrante / Arthur Prudêncio de Araujo Pereira - Integrante / Diogo Paes da Costa - Integrante / Érika Valente de Medeiros - Coordenador.

• 2020 - Atual

  Influência da exclusão do pastejo sobre a diversidade taxonômica e funcional da comunidade bacteriana em áreas degradadas da Caatinga, Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Lucas William Mendes - Integrante / Ademir Sérgio Ferreira de Araújo - Integrante / Vania Maria Maciel Melo - Integrante / Arthur Prudêncio de Araujo Pereira - Coordenador.

• 2019 - 2022

  Universal CNPq 408191/2018-0 - Microbioma associado ao sistema radicular de feijão resistente ao patógeno Fusarium oxysporum, Descrição: Os atuais avanços agrícolas têm se focado em metodologias mais sustentáveis, como a redução do uso de nutrientes minerais e pesticidas, além do desenvolvimento de cultivares e sistemas de cultivo mais produtivos e com baixos custos ambientais. Neste contexto, o papel dos micro-organismos em associação com plantas tem se tornado foco de recentes estudos. O microbioma da rizosfera desempenha um papel fundamental no funcionamento de plantas, influenciando sua fisiologia e desenvolvimento. Embora sua importância para o crescimento de plantas seja amplamente conhecida, para a vasta maioria dos micro-organismos da rizosfera ainda não há informações. Para melhorar a promoção do crescimento e saúde da planta, é essencial conhecer quais organismos estão presentes no microbioma da rizosfera e quais funções estão desempenhando. Assim, nesse estudo iremos avaliar a comunidade microbiana habitante da rizosfera de dois cultivares de feijão, um resistente e outro suscetível ao patógeno de solo Fusarium oxysporum. Considerando que os micro-organismos da rizosfera compreendem a primeira barreira contra a invasão de patógenos, este trabalho tem como objetivo avaliar a comunidade microbiana habitante da rizosfera e endosfera de feijão a fim de identificar potenciais grupos de micro-organismos que auxiliam a planta na proteção contra o patógeno. Para tanto, cultivares de feijão resistente e suscetível ao patógeno serão crescidos em experimentos de casa de vegetação na presença e ausência do fungo. A estrutura e composição das comunidades microbianas serão caracterizadas por meio de sequenciamento em larga escala e então comparadas para detectar as diferenças entre a comunidade da planta resistente e suscetível. Os dados obtidos serão analisados por ferramentas de bioinformática e análises estatísticas multivariadas, agregando informações sobre a estrutura e composição microbiana, com dados físico-químicos dos solos utilizados. Este projeto busca entender e detectar alterações no microbioma da rizosfera em decorrência da resistência da planta ao patógeno, e qual a relação dos micro-organismos neste processo. Os dados obtidos nessa pesquisa irão prover avanço do conhecimento científico fundamental relacionado a como plantas recrutam ativamente o microbioma na rizosfera e endosfera e como os membros deste microbioma suportam o crescimento, desenvolvimento e proteção do hospedeiro contra patógenos.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . , Integrantes: Lucas William Mendes - Coordenador / Siu Mui Tsai - Integrante / Rodrigo Mendes - Integrante / Jos M Raaijmakers - Integrante / Victor Carrión Bravo - Integrante / Izadora de Cássia Mesquita da Cunha - Integrante., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

• 2018 - Atual

  Valoracao das funções ecossistemicas relacionadas a biodiversidade do solo e plantas no Parque Nacional de Sete Cidades, Descrição: O Parque Nacional de Sete Cidades (PNSC) encontra-se inserido em uma região prioritária para a conservação da biodiversidade. O PNSC apresenta-se como um complexo gradiente de tipos vegetacionais que vão desde a Caatinga; passando pela área de transição (área ecotonal) e seguido por cerrados secos e úmidos. Estudos sobre a diversidade já foram realizados dentro do PNSC incluindo animais, plantas e microrganismos. Entretanto, há a necessidade de prospectar a diversidade taxonômica e funcional da comunidade microbiana molecular e, ao mesmo tempo, estimar as funções ecológicas ligadas aos microrganismos. Desta forma, a proposta visar estimar a valoração das funções ecossistêmicas relacionadas a biodiversidade de solo e plantas em áreas de Caatinga, transição Caatinga-Cerrado e Cerrado no PNSC. As funções ecossistêmicas serão avaliadas através da adaptação do ?Rapid Ecosystem Function Assessment? (REFA) incluindo as categorias de funções ligadas as áreas nativas: suporte (ciclagem de nutrientes, formação do solo, polinização); provisão (produção de alimentos, agua, energia) e regulação (regulação do clima). Além disso, a diversidade taxonômica e funcional da comunidade microbiana será estimada através da plataforma de sequenciamento de ultima geração. Os resultados vão auxiliar na valoração das funções do ecossistema dentro do PNSC como ferramenta para proteção do ambiente e seu uso sustentável. Além disso, o projeto vai permitir conhecer a biodiversidade do solo e das plantas possibilitando prospectar o potencial biotecnológico funcional e, ao mesmo tempo, compreender os possíveis grupos de organismos que apresentam maior fragilidade ao impacto ambiental. Finalmente, as informações obtidas auxiliarão como ferramentas na formação de educadores voltados a educação ambiental, além de permitir aos gestores e formadores de politicas publicas traçar mecanismos de reconhecimento para conservação da natureza.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Lucas William Mendes - Integrante / Ademir Sérgio Ferreira de Araújo - Coordenador / Luis Alfredo Pinheiro Leal Nunes - Integrante / Vania Maria Maciel Melo - Integrante / Jadson Emanuel Lopes Antunes - Integrante / Ângela Celis de Almeida Lopes - Integrante / Regina Lucia Ferreira Gomes - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Piauí - Auxílio financeiro.

• 2015 - 2019

  Going back to the roots: deciphering seed & root microbiomes of crop species and their wild relatives for beneficial consortia, Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Lucas William Mendes - Integrante / Jos M Raaijmakers - Coordenador.

• 2015 - 2016

  Analysis of the microbiome associated to the common bean root system, Descrição: The rhizosphere is considered one of the most dynamic interfaces of the world, constituting a hot spot of microbial activity. The rhizosphere microbiome plays a key role in the functioning of plant, influencing its physiology and development. Although the importance of rhizosphere microbiome for plant growth has been widely known, for the vast majority of rhizosphere microorganisms there is no information. To enhance plant growth and health, it is essential to know which organisms are present in the rhizosphere microbiome and what they are doing. Whereas examples of genetic plant resistance to soil diseases are rarer than resistance to pathogens of the shoots, it has been suggested that the plant uses mechanisms present in the rhizosphere microbiome to fend off infections and therefore do not need to develop genetic resistance. Thus, in this study it will be selected bean materials with a gradient of resistance to the pathogen Fusarium oxysporum, i.e. resistant, susceptible and intermediate materials, to understand how the host plant differentially shapes the structure of the rhizosphere microbiome. This proposal aims to assess the microbial community inhabitant of the rhizosphere of common bean in order to identify potential groups of microorganisms that support the plant to protect against the soil pathogen. For this, cultivars resistant and susceptible to the pathogen will be grown in greenhouse experiments using two soil types, one with high microbial diversity (Amazon Dark Earth) and an agricultural soil. The community assessment will be done through classical microbiology approaches and molecular biology. Initially, isolation and antagonism tests will be carried out to detect groups that promote protection of the plant against the fungus. After, with a molecular approach, the structure and diversity of microbial communities will be characterized by high-throughput sequencing and then compared to detect differences between the rhizosphere community of the resistant and susceptible plant. The data will be analyzed by bioinformatics tools and multivariate statistical analyzes, gathering information about the structure and composition of the communities, and soil physic-chemical data. This project seeks to understand and detect changes in the rhizosphere microbiome driven by the resistance of the plant to the pathogen, and what the relationship of microorganisms in this process. Considering the importance of soil microorganisms in biogeochemical cycles, as well as in plant-pathogen interaction, the approach of a study focused on microbial ecology is urgently needed for the development of new methods that promote the health and growth of plants. The data obtained in this study will be useful to increase our knowledge about the role of the rhizosphere microbiome and use this new information to build a more sustainable use of the ecosystem.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Lucas William Mendes - Coordenador / Siu Mui Tsai - Integrante / Jos M Raaijmakers - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

• 2014 - 2019

  Microbioma da rizosfera de feijão resistente ao patógeno de solo Fusarium oxysporum, Descrição: A rizosfera é considerada uma das interfaces mais dinâmicas da terra, constituindo um hot-spot de atividade microbiana. O microbioma da rizosfera desempenha um papel fundamental no funcionamento de plantas, influenciando sua fisiologia e desenvolvimento. Embora sua importância para o crescimento de plantas seja amplamente conhecida, para a vasta maioria dos micro-organismos da rizosfera ainda não há informações. Para melhorar a promoção do crescimento e saúde da planta, é essencial conhecer quais organismos estão presentes no microbioma da rizosfera e o que eles estão fazendo. Considerando que exemplos de resistência genética de plantas a doenças de solo são mais raros que resistência a patógenos da parte aérea, tem-se sugerido que a planta usa mecanismos presentes no microbioma de rizosfera para se defender de infecções e por isso não necessita desenvolver resistência genética. Assim, neste estudo iremos selecionar materiais de feijão com um gradiente de resistência ao patógeno Fusarium oxysporum, i.e. material resistente, susceptível e intermediários, para entender como a planta hospedeira molda diferencialmente a estrutura do microbioma da rizosfera. O objetivo deste projeto é avaliar a comunidade microbiana habitante da rizosfera de feijão, a fim de identificar potenciais grupos de micro-organismos que auxiliam a planta na proteção contra o patógeno. Para tanto, cultivares de feijão resistente e suscetível ao patógeno serão crescidos em experimentos de casa de vegetação utilizando dois tipos de solo, um com alta diversidade (Terra Preta de Índio) e um solo agrícola. A avaliação da comunidade será feita através de abordagens de microbiologia clássica e biologia molecular. Primeiramente serão realizados isolamentos e testes de antagonismo pata detectar grupos que promovam proteção da planta contra o fungo. Numa abordagem molecular, a estrutura e diversidade das comunidades microbianas serão caracterizadas por meio de sequenciamento em larga escala e então comparadas para detectar as diferenças entre a comunidade da planta resistente e suscetível. Os dados obtidos serão analisados por ferramentas de bioinformática e análises estatísticas multivariadas, agregando informações sobre a estrutura e composição microbiana, com dados físico-químicos dos solos utilizados. Este projeto busca entender e detectar alterações no microbioma da rizosfera em decorrência da resistência da planta ao patógeno, e qual a relação dos micro-organismos neste processo. Considerando a importância dos micro-organismos de solo nos ciclos biogeoquímicos, como também na interação planta-patógeno, a abordagem de um estudo focado na ecologia microbiana é urgentemente necessária para o desenvolvimento de novos métodos que promovam a saúde e crescimento de plantas. Os dados obtidos nessa pesquisa serão úteis para aumentar nosso conhecimento sobre o papel do microbioma da rizosfera e utilizar essas novas informações para um uso mais sustentável do ecossistema.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Lucas William Mendes - Coordenador / Siu Mui Tsai - Integrante / Rodrigo Mendes - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.

• 2013 - 2019

  Back to the Roots: assessing and accessing microbial diversity in the origin of plant species - Phaseolus vulgaris as the model plant, Descrição: Over the past decades, plant breeders have exploited genes from native relatives of modern crop species to improve plant growth and health. Similarly, entomologists have explored native habitats to identify natural enemies of insect pests. In the area of soil microbiology, however, relatively few efforts have been made to study the identity and diversity of beneficial microbial communities present in the native habitats of ancestors of modern agricultural crop species in spite of the enormous potential interest in such studies. Therefore, the overall goal of the proposed project is to conduct an in-depth study of the biodiversity of antagonistic and other beneficial microorganisms in the rhizosphere and root interior (endophytes) of modern agricultural bean crop plants and compare their rhizospheric/endophytic microbiome to their original progenitors from the past breeding programs at different intraespecific and interspecific levels. At CENA/USP, IAC/APTA and UDESC/SC, there are several core collections of bean which are available for the study of their progenitors at belowground level (rhizosphere) under controlled conditions. This approach is urgently needed for developing novel approaches to improve plant growth and health and because of the ongoing fragmentation and destruction of natural habitats of multiple plant species.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Lucas William Mendes - Integrante / Siu Mui Tsai - Integrante / Rodrigo Mendes - Coordenador / Jos M Raaijmakers - Integrante.

• 2009 - 2013

  Monitoring the microbial diversity and functional activities in response to land-use changes and deforestation under soybean and sugarcane cultivations, Descrição: A presente proposta deverá desenvolver ferramentas bioquímicas e moleculares para avaliar os impactos que as emissões dos gases de efeito estufa/sequestro de C devido ao uso da terra para cultivos de soja e cana-de-açúcar em três áreas localizadas em regiões de grande expansão agrícola dessas culturas, que incluem Mato Grosso (MT e MS) e São Paulo. Nossa proposta é integrar pesquisas de diferentes áreas da agronomia, química do solo e microbiologia, biologia molecular, bioinformática e geoprocessamento, em um esforço para detectar, quantificar e correlacionar os processos microbiológicos envolvidos nos processos de transformação envolvidos nos ciclos biogeoquímicos do C e N em solos sob cultivo de soja e cana-de-açúcar, tanto em áreas sob cultivo convencional como sob manejo conservacionista (plantio direto e uso de palhada), sempre em comparação com solos naturais, sem cultivo agrícola (floresta). Esta proposta recebeu apoio da FAPESP, dentro do Programa de Pesquisas sobre Mudanças Climáticas Globais (PFPMCG) para seu desenvolvimento ao longo dos próximos quatro anos (FAPESP 08/58114-3) e conta com apoio de pesquisadores do CENA/USP, FCAV/UNESP, FOP/UNICAMP (Site: http://www.fapesp.br/materia/5189) ... , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (3) . , Integrantes: Lucas William Mendes - Integrante / Acácio Aparecido Navarrete - Integrante / Siu Mui Tsai - Coordenador / Danielle G. G. Caldas - Integrante / Eliana Gertrudes de Macedo Lemos - Integrante / Daniel Saito - Integrante / Carlos Clemente Cerri - Integrante / Brigitte Josefine Feigl - Integrante / Lúcia Maria Carareto Alves - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2009 - 2013

  Monitoring microbial diversity and functional activities in former savanna and rainforest soils in response to land-use changes and deforestation under soybean and sugarcane cultivations, Descrição: The research project aims to use genomics and post genomics approaches to the systematic study of soil-borne microbial community structure and activity to assess the normal operating range of such systems and responses to key anthropogenic perturbations such as changes in land usage, forest and agricultural (soybean and sugarcane) at three sites of agricultural expansion areas in Brazil. High-throughput genomics technologies e.g. phylogenetic microarrays, 16S rRNA cloning library, functional microarrays, metatranscriptome, high throughput DNA pyrosequencing, will be used to highlight potential biological indicators of soil status associated with specific environmental factors. In total, the results of this research should provide a quantum advance in understanding the role of microbial diversity in driving terrestrial ecosystem functioning... , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Lucas William Mendes - Integrante / Acácio Aparecido Navarrete - Integrante / Siu Mui Tsai - Coordenador / MARLI DE FÁTIMA FIORI - Integrante / Eliana Gertrudes de Macedo Lemos - Integrante / Carlos Clemente Cerri - Integrante / Brigitte Josefine Feigl - Integrante / Eiko Eurya Kuramae - Integrante / Manoel Victor Lemos - Integrante / Win van der Putten - Integrante / Hans van Veen - Integrante / George Kowalchuck - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.

• 2008 - 2012

  Manejo sustentável, conservação da biodiversidade e produção agrícola em solos tropicais degradados: uma cooperação acadêmico-científica entre os programas de PG do CENA/USP, UFMT-MT e INPA-AM, Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Tsai Siu Mui em 22/04/2014., Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (6) . , Integrantes: Lucas William Mendes - Integrante / Siu Mui Tsai - Coordenador / MARLI DE FÁTIMA FIORI - Integrante / Takashi Muraoka - Integrante / Luiz Antônio de Oliveira - Integrante / Daniela Campos - Integrante / Marisa de Cássia Picollo - Integrante / Newton Paulo da Silva Falcão - Integrante / Charles Clement - Integrante / Sâmia Lúcia Camargos - Integrante., Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.

• 2006 - 2010

  Biodiversidade e atividades funcionais de microrganismos de manguezais do Estado de São Paulo, Descrição: O termo manguezal é freqüentemente usado para se referir às plantas e à comunidade associada. Esta última é composta de uma ampla gama de organismos pertencentes a diferentes grupos, incluindo bactérias, fungos, microalgas, invertebrados, pássaros e mamíferos. Eles cobrem, aproximadamente 60 a 70% da costa tropical e subtropical do planeta; tendo Brasil, Indonésia e Austrália a maior abundância de manguezais. O total de área de manguezais brasileiros é de 13.400 km2. Os manguezais contribuem para funções ecológicas complexas e a sua manutenção aparece, entretanto, como um desafio de importância econômica para a maioria dos países tropicais. Embora os manguezais sejam protegidos em muitos países, a destruição desses ecossistemas está sendo muito grande. Há ampla evidência para propor uma íntima relação entre microrganismos nutriente planta que funciona como um mecanismo para reciclar e conservar nutrientes nesse ecossistema. A comunidade microbiana diversa e altamente produtiva vivendo em manguezais tropicais transforma continuamente nutrientes de vegetação morta em fontes de nitrogênio, fósforo e outros nutrientes que podem ser usados pelas plantas. Em troca, exsudados de raízes servem com fonte de nutrientes para os microrganismos. Embora ecossistemas de manguezais sejam ricos em matéria orgânica eles são deficientes em nutrientes, especialmente nitrogênio e fósforo. A despeito desse fato, os manguezais são altamente produtivos. Em manguezais tropicais, bactérias e fungos constituem 91% da biomassa microbiana total, visto que algas e protozoários representam somente 7% e 2%, respectivamente . Muitos estudos apontam que as interações entre espécies de manguezais e bactérias são benéficas e podem suportar o uso desses organismos como inoculantes para reflorestamento de manguezais, parcialmente ou completamente destruídos. Bactérias solubilizadoras de fosfato, como potenciais supridoras de formas solúveis de fósforo teria grande vantagem para os mangues... , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Lucas William Mendes - Integrante / Siu Mui Tsai - Integrante / MARLI DE FÁTIMA FIORI - Integrante / Itamar Soares de Melo - Coordenador / João Lúcio de Azevedo - Integrante / Vivian Helena Pellizari - Integrante., Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.

• 2003 - 2006

  Caracterização Molecular e Bioquímica, Genética, Reprodução e Comportamento de Artrópodos, Descrição: As pesquisas envolvem a caracterização molecular, bioquímica, funcional e imunológica de enzimas e proteínas dos venenos de himenópteros e das secreções de carrapatos. Nos venenos, o estudo das formas naturais e recombinantes dos alérgenos de uma espécie possibilitará a melhoria dos diagnósticos e o entendimento dos padrões de especificidade e imunorreatividade cruzada entre os alérgenos desta espécie e de outras. As análises das secreções de carrapatos possibilitarão o desenvolvimento de métodos de controle (vacinas) destes ectoparasitas de importância médico-veterinária. Além disso, estudamos insetos relacionados à entomologia forense, buscando seqüências gênicas que possam ser utilizadas como marcadores moleculares de espécies da entomofauna cadavérica, aplicada à casuística criminal. Em abelhas, estuda-se a ação pleiotrópica de genes mutantes para a cor dos olhos e do corpo, causando alterações morfofisiológicas e comportamentais, bem como, o efeito de substâncias que afetam o desenvolvimento, a capacidade reprodutiva, o comportamento e a sobrevivência. Estão sendo investigadas as fontes polínicas exploradas por operárias de Apis mellifera, a participação das abelhas africanizadas como agente polinizador de plantas do Cerrado e a competição entre essas e as espécies sem ferrão neste ambiente. A análise de similaridade de castas entre abelhas eussociais tem sido realizada sob um contexto de auto-correlação filogenética, para testar a existência de padrões evolutivos relacionados à casta/sexo nas espécies estudadas. Em microhimenópteros está sendo estudada a relação parasitóide-hospedeiro para melhorar as condições de controle biológico de insetos-pragas sob diferentes condições de parasitismo e as alterações no perfil protéico do hospedeiro induzidas pelo parasitóide. Também estão sendo pesquisados aspectos da biologia, dinâmica populacional e comportamento de aranhas sociais e solitárias.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Lucas William Mendes - Integrante / José CHAUD-NETTO - Coordenador., Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.

Prêmios