Nestor Walter Trepode

Possui graduação em Engenharia Eletrônica pela Universidad Nacional de Mar Del Plata (1999), mestrado em Ciências da Computação pela Universidade de São Paulo (2002) e Doutorado em Bioinformática pela Universidade de São Paulo (2007). Realizou estagio de pesquisa no "Genomic Signal Processing Laboratory" da "Texas A&M University" (como "Research Scholar Visitor" e "Engineering Research Technician") sob a supervisão do Prof. Dr. Edward Russell Dougherty. Tem experiência na modelagem, simulação e identificação computacional de redes de regulação gênica, particularmente do sistema de controle do ciclo celular eucarioto. Durante o Pós-Doutorado trabalhou na identificação de redes de regulação gênica e na construção de um ambiente web cooperativo para a análise de dados de expressão gênica (baseado na abstração dos processos envolvidos) dentro do projeto "Centro Nacional de Processamento em Bioinformática de Intenso Desempenho (CENABID)."

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Acadêmico

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Formação acadêmica

Doutorado em Bioinformática

2002 - 2007

Universidade de São Paulo
Título: Modelagem do Controle Gênico do Ciclo Celular por Redes Genéticas Probabilísticas.
Orientador: Junior Barrera e Hugo Aguirre Armelin
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Palavras-chave: Modelagem; Simulação; Sistemas Dinâmicos; Redes Genéticas Probabilísticas (PGN); Redes Gênicas; Ciclo Celular. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Matemática da Computação. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Quantitativa. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.

Mestrado em Ciências da Computação

2000 - 2002

Universidade de São Paulo
Junior Barrera.Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Palavras-chave: Identificação; Sistemas Dinâmicos; Redes Gênicas; Modelagem.Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Matemática da Computação. Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Sistemas de Informação. Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Quantitativa.

Graduação em Ingeniería Electrónica

1984 - 1999

Universidad Nacional de Mar del Plata
Orientador: Jorge Castiñeira Moreira

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Pós-doutorado

2008 - 2012

Pós-Doutorado. , Universidade de São Paulo, USP, Brasil. , Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.

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Idiomas

Bandeira representando o idioma Inglês

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Bandeira representando o idioma Espanhol

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Bandeira representando o idioma Italiano

Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

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Áreas de atuação

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Matemática da Computação.

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Sistemas de Informação.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Quantitativa.

Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.

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Participação em eventos

ISMM'2007, 8th. International Symposium on Mathematical Morphology. A Structural PGN Model for Control of Cell-Cycle Progression. 2007. (Congresso).

X-Meeting 2007, 3rd. International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C). Gene Regulation Network Identification from Time-Series Microarray Data. 2007. (Congresso).

GENSIPS 2006, IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics. 2006. (Congresso).

GENSIPS 2005, IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics. Modeling Cell-Cycle Regulation by Discrete Dynamical Systems. 2005. (Congresso).

X-Meeting, 1st. International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C). Cell-Cycle Control System Modeling and Simulation. 2005. (Congresso).

ICoBiCoBi II: 2nd. International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. Discrete Dynamical System Simulation for the Study of Genetic Networks. 2004. (Congresso).

ICoBiCoBi I: 1st. International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. Envelope and Multi-resolution Constraints in Genetic Network Identification. 2003. (Congresso).

II Simpósio Brasileiro de Biologia Matemática e Computacional. From Microarray Images to Biological Knowledge. 2002. (Congresso).

SIBGRAPI 2001 XIV Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing. Multi-resolution Classification Trees in OCR Design. 2001. (Congresso).

VIII RPIC Reunión de Trabajo en Procesamiento de la Información y Control. 1999. (Congresso).

IV Workshop Iberchip. 1998. (Congresso).

Analog Integrated Circuit Design. 1998. (Outra).

Escuela de Matemática Aplicada para la Industria 1998. 1998. (Outra).

Escuela de Matemática Aplicada para la Industria 1997. 1997. (Outra).

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Comissão julgadora das bancas

Nina Sumiko Tomita Hirata

BARRERA, J.; MARTIN, P. A.;HIRATA, N. S. T.. Identificação de Sistemas Dinâmicos Finitos: Aplicações para a Modelagem de Redes Genéticas. 2002. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Helena Paula Brentani

BRENTANI, H. P.. Modelagem do controle gênico do ciclo celular por redes genéticas probabilísticas. 2007. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Helena Paula Brentani

BRENTANI. HP. Modelagem do controle gênico do ciclo celular por redes genéticas probabilísticas. 2005. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Carla Columbano de Oliveira

OLIVEIRA, C. C.. Modelagem do controle gênico do ciclo celular por redes genéticas probabilísticas. 2007 - Instituto de Matemática e Estatística.

Marco Dimas Gubitoso

BARRERA, J.GUBITOSO, M. D.HIRATA, N. S. T.. Identificação de Sistemas Dinâmicos Finitos: Aplicações para a Modelagem de Redes Genéticas. 2002. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

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Foi orientado por

Hugo Aguirre Armelin

Modelagem do controle gênico do ciclo celular por redes genéticas probabilísticas; 2007; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Coorientador: Hugo Aguirre Armelin;

Junior Barrera

Identificação de sistemas dinâmicos finitos: aplicações para a modelagem de redes genéticas; 2002; 0 f; Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo,; Orientador: Junior Barrera;

Junior Barrera

Modelagem do controle gênico do ciclo celular por redes genéticas probabilísticas; 2007; Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo; Orientador: Junior Barrera;

Junior Barrera

2008; Faculdade de Flosofia Ciências e Letras da USP de Ribeirão Preto, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior; Junior Barrera;

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Produções bibliográficas

  • TREPODE, NESTOR W. ; DE FARIAS, CLÉVER R.G. ; BARRERA, JUNIOR . A pattern-oriented specification of gene network inference processes. Computers in Biology and Medicine , v. 43, p. 1415-1427, 2013.

  • TREPODE, Nestor W. ; ARMELIN, H. A. ; BITTNER, M. ; BARRERA, J. ; GUBITOSO, M. D. ; HASHIMOTO, R. F. . A Robust Structural PGN Model for Control of Cell-Cycle Progression Stabilized by Negative Feedbacks. EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology (Print) , v. 2007, p. 73109-11 pages, 2007.

  • BARRERA, J. ; Martin, Paulo A. ; Dougherty, Edward R. ; GUBITOSO, M. D. ; Hirata, Nina S. T. ; TREPODE, Nestor W. . Identification of Input-free Finite Lattice Dynamical Systems under Envelope Constraints. In: International Symposium on Mathematical Morphology VI, 2002, Sydney, Austrália. Mathematical Morphology, Proceedings of the VI th International Symposium. Sydney, Austrália: CSIRO Publishing, 2002. p. 337-345.

  • BARRERA, J. ; Cesar Jr, Roberto M. ; Dantas, Daniel ; Martins Jr., David C. ; TREPODE, Nestor W. . From Microarray Images to Biological Knowledge. In: II Simpósio Brasileiro de Biologia Matemática e Computacional, 2002, Rio de Janeiro. Anais do II Simpósio Brasileiro de Biologia Matemática e Computacional, 2002.

  • Brun, Marcel ; BARRERA, J. ; Hirata, Nina S. T. ; TREPODE, Nestor W. ; Dantas, Daniel ; Terada, Routo . Multi-resolution Classification Trees in OCR Design. In: SIBGRAPI 2001 XIV Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing, 2001, Florianópolis, SC. 14th Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing (SIBGRAPI 2001), 15-18 October 2001, Florianopolis, Brazil, 2001. p. 59-66.

  • TREPODE, Nestor W. ; ARMELIN, H. A. ; BITTNER, M. ; BARRERA, J. ; GUBITOSO, M. D. ; HASHIMOTO, R. F. . Modeling Cell-Cycle Regulation by Discrete Dynamical Systems. In: GENSIPS 2005, IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics, 2005, Newport, Rodhe Island. Proceedings of GENSIPS 2005, 2005.

Histórico profissional

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Experiência profissional

2008 - 2008

Universidade de São Paulo

Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40

Outras informações:
Bolsista do Programa Nacional de Pos-Doutorado - PNPD da CAPES, dentro do projeto: "Centro Nacional de Processamento em Bioinformatica de Intenso Desempenho (CENABID)" Supervisor: Prof. Dr. Junior Barrera - Coordinadora: Prof. Dra. Helaine Carrer