Vinícius Rosa Seus

Formação complementar

Idiomas

Áreas de atuação

Participação em eventos

Participação em bancas

Produções bibliográficas

• SEUS, VINICIUS ROSA ; MACHADO, K. S. ; Borges, Eduardo N. ; Maciel, Thales V. . Mineração de dados em triagem de risco de saúde. Revista Brasileira de Computação Aplicada , v. 7, p. 26/2-40, 2015.

• SEUS, VINICIUS ROSA ; PERAZZO, GIOVANNI XAVIER ; WINCK, ANA T. ; WERHLI, ADRIANO V. ; MACHADO, KARINA S. . An Infrastructure to Mine Molecular Descriptors for Ligand Selection on Virtual Screening. BIOMED RES INT , v. 2014, p. 1-9, 2014.

• SEUS, VINICIUS ROSA ; SILVA JR., L. V. ; GOMES, J. ; SILVA, P. E. A. ; WERHLI, A. V. ; MACHADO, K. S. ; PRATES, NUBIA ; ZANATA, NILO . A Framework for Virtual Screening. In: Symposium on Applied Computing (SAC), 2016, Pisa. A Framework for Virtual Screening, 2016. p. 31-36.

• Maciel, Thales V. ; SEUS, VINICIUS ROSA ; MACHADO, KARINA S. ; Borges, Eduardo N. . Mineração de dados em triagem de risco de saúde. In: MCsul, 2014, Rio Grande. Mineração de dados em triagem de risco de saúde. Rio Grande, 2014. p. 106-111.

• Vinicius Rosa Seus ; MACHADO, KARINA S. ; GOMES, J. . Applying a Novel Web-Tool for Performing Virtual Screening Experiments (MOL2NET). In: MOL2NET, 2015. Applying a Novel Web-Tool for Performing Virtual Screening Experiments, 2015. v. 1.

• Vinicius Rosa Seus ; MACHADO, KARINA S. ; WERHLI, ADRIANO V. . A Proposal Tool for Manipulation of a Set of Protein Structures from PDB (MOL2NET). In: MOL2NET, 2015. A Proposal Tool for Manipulation of a Set of Protein Structures from PDB, 2015. v. 1.

• SEUS, VINICIUS ROSA ; MACHADO, KARINA S. ; WERHLI, A. V. . A proposal to the manipulation of a set of protein structures from PDB. In: Escola Gaúcha de Bioinformática, 2015, Porto Alegre. A proposal to the manipulation of a set of protein structures from PDB, 2015. v. 1.

• Vinicius Rosa Seus ; MACHADO, K. S. . A Framework for Virtual Screening. In: Xmeeting & BSB, 2013, Recife. A Framework for Virtual Screening, 2013. v. 1. p. 199-199.

• Vinicius Rosa Seus ; MACHADO, K. S. ; WERHLI, A. V. . A proposal to the manipulation of a set of protein structures from PDB. 2015. (Apresentação de Trabalho/Outra).

• Vinicius Rosa Seus ; MACHADO, K. S. . A Framework for Virtual Screening. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

Projetos de pesquisa

• 2013 - Atual

  Um Framework para triagem virtual, Descrição: Entre as muitas áreas de pesquisa de Bioinformática, uma das mais importantes é o Desenho Racional de Fármacos (Rational Drug Design - RDD). Os grandes desafios dessa área abrangem o entendimento sobre o comportamento das macromoléculas biológicas receptoras como proteínas e como as mesmas interagem com diferentes pequenas moléculas ou ligantes, uma estratégia bastante difundida chamada de Triagem Virtual (Virtual Screening, VS). VS emprega métodos de docagem molecular para a análise dessa interação receptor-ligante testando in-silico diferentes possíveis inibidores para uma proteína-alvo. Atualmente, cada vez mais, há a necessidade de aproximar os experimentos in-silico dos experimentos in-vitro, tornando as ferramentas computacionais empregadas cada vez mais próximas do que acontece na realidade. Nesse sentido, no processo de RDD é preciso considerar que em condições fisiológicas, as biomoléculas experimentam vários tipos de movimentos e de mudanças conformacionais muitas vezes cruciais para suas funções. Para a execução de um experimento de VS é necessário, além do receptor-alvo (rígido ou flexível), um conjunto de compostos que pode ser obtido de diferentes bases de dados públicas. Entretanto, também é necessária a seleção desses compostos, de forma que nem todos sejam utilizados na triagem virtual para determinado alvo. Além do problema de consideração da flexibilidade dos receptores e da seleção de compostos, em alguns estudos pode acontecer de não se conhecer exatamente o sítio de ligação do alvo, ou seja, não se sabe a melhor região de ligação para realizar o teste com os compostos candidatos a inibidores. Neste caso, é necessário também investigar todo o espaço conformacional do alvo, aumentando a complexidade desse tipo de experimento. Há atualmente diferentes ferramentas de VS, entretanto essas ferramentas executam localmente e os pesquisadores não conseguem facilmente modificar os parâmetros de execução de um experimento de VS nem selecionar um conjunto de conformações do receptor ou um conjunto de ligantes. Propõem-se neste projeto o desenvolvimento de um framework Web para a configuração de experimentos de triagem virtual que sejam apropriados para diferentes objetivos e que permitam que novas funcionalidades sejam adicionadas conforme a necessidade dos pesquisadores... , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . , Integrantes: Vinicius Rosa Seus - Integrante / PERAZZO, GIOVANNI XAVIER - Integrante / MACHADO, KARINA S. - Coordenador / Adriano V. Werhli - Integrante / Ana T. Winck - Integrante / Jorge Gomes - Integrante / Lande Vieira da Silva Jr. - Integrante / Pedro Eduardo Almeida da Silva - Integrante.

• 2012 - 2013

  APLICAÇÃO DE MINERAÇÃO DE DADOS EM TRIAGEM VIRTUAL COM RECEPTOR FLEXÍVEL, Descrição: Entre as muitas áreas de pesquisa de Bioinformática, uma das mais importantes é o Desenho Racional de Fármacos (Rational Drug Design - RDD), um processo onde os custos e o tempo envolvidos são altos. Os grandes desafios dessa área abrangem o entendimento sobre o comportamento das macromoléculas biológicas receptoras como proteínas e como as mesmas interagem com diferentes pequenas moléculas ou ligantes, uma estratégia bastante difundida chamada de Triagem Virtual (Virtual Screening, VS). VS emprega métodos de docagem molecular para a análise dessa interação receptor-ligante testando in-silico diferentes possíveis inibidores para uma proteína-alvo. Há atualmente inúmeros bancos de dados de possíveis candidatos a inibidores da proteína-alvo de estudo. Um dos Bancos de Dados mais populares é o ZINC, que disponibiliza atualmente mais de 20 milhões de moléculas em um formato apropriado para VS. Entretanto, o grande desafio desse tipo de abordagem é o tempo necessário para executá-lo, uma vez que analisar a interação in-silico de 20 milhões de compostos com cada proteína-alvo tem um alto custo computacional. Sendo assim, neste projeto são estudados métodos de seleção de compostos químicos mais promissores utilizando para isso diferentes técnicas de mineração de dados... , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) . , Integrantes: Vinicius Rosa Seus - Integrante / PERAZZO, GIOVANNI XAVIER - Integrante / MACHADO, KARINA S. - Coordenador.