Elvismary Molina de Armas

Possui graduação em Engineering in Computer Science - Universidad de Ciéncias Informáticas (2008) e mestrado em Informatica Aplicada - Universidad de Ciéncias Informáticas (2011). Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Bioinformática e Gerenciamento de Dados. Doutorado em Ciências da Computação na PUC-Rio, 2019

Informações coletadas do Lattes em 04/11/2022

Acadêmico

Formação acadêmica

Doutorado em Informática

2014 - 2019

Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro, PUC-Rio
Título: A novel approach for de Bruijn Graph construction for denovo genome assembly
Orientador: Sérgio Lifschitz
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil. Palavras-chave: de Bruin graph; genome assembling; k-mers.Grande área: Ciências Exatas e da TerraGrande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Banco de Dados. Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Análise de Algoritmos e Complexidade de Computação.

Mestrado em Master of Science in Applied Informatics

2009 - 2011

University of Informatics Sciences
Título: Informatic application to integrate process of generation, evaluation and use of Bayesian Classifiers for Bioinformatics and Medical domains., Ano de Obtenção: 2011
Orientador: MSc. Mario Pupo Meriño, Dr. Maikel Yelandi Leyva Vázquez

Graduação em Engineering in computer science

2003 - 2008

University of Informatics Sciences
Título: Architecture for the Computer System of Medical Genetics
Orientador: Yusdenis Sánchez Perodín

Idiomas

Inglês

Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

Espanhol

Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Português

Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

Áreas de atuação

Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.

Participação em eventos

The 3rd International Workshop on High Performance Computing on Bioinformatics (HPCB 2016) in the IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2016).. K-mer Mapping and De Bruijn Graphs: the case for Velvet Fragment Assembly. 2016. (Congresso).

XXX Brazilian Databases Symposium (SBBD 2015).. 2015. (Simpósio).

IX International Congress of Informatics in Health. 15th International Convention and Fair Informática. Experience of a custom software development for classification in biological and biomedical domains using Weka.. 2013. (Congresso).

UCIENCIA 2012. VII Bioinformatics Workshop..alasMEDIGEN 1.2. Medical Genetics Information System. Implementation of the Web Service Orientation.. 2012. (Simpósio).

VIII International Congress of Informatics in Health. 14th International Convention and Fair Informática 20. Software for models generation and data classification based in Bayesian Network. 2011. (Congresso).

XVI Science and Technique Forum.Web Services Orientation approach for alasMEDIGEN. Medical Genetics Information System. 2011. (Simpósio).

Stand Cuba 13th International Convention and Fair Informática 20. System for Medical Genetics. 2009. (Congresso).

VI Scientific Workshop Hospital Polyclinic "Ernesto Che Guevara".alasMEDIGEN. Medical Genetics Information System. 2009. (Simpósio).

1st Computer Products Fair UCI. alasMedigen v1.0. Medical Genetics Information System. 2008. (Feira).

XVI Forum of Science and Technology. UCI. 2008.Medical Genetics Information System. 2008. (Simpósio).

Orientou

Elvismary Molina

SEEGEN-R: Statistical System of Genetic Epidemiology - based on R; ; 2013; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engineering in computer science) - University of Informatics Sciences; Orientador: Elvismary Molina de Armas;

Elvismary Molina

alasMEDIGEN; Medical Genetics Information System; Reports of disability; ; 2013; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engineering in computer science) - University of Informatics Sciences; Orientador: Elvismary Molina de Armas;

Elvismary Molina

Extension of CellDesigner for the access to disease information in the Semantic Web; ; 2012; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engineering in computer science) - University of Informatics Sciences; Orientador: Elvismary Molina de Armas;

Elvismary Molina

Service Oriented Architecture approach for the Information System of Medical Genetics; ; 2010; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engineering in computer science) - University of Informatics Sciences; Orientador: Elvismary Molina de Armas;

Irina Collazo

Development of a tool for the generation and integration of databases; ; 2009; Trabalho de Conclusão de Curso; (Graduação em Engineering in computer science) - University of Informatics Sciences; Orientador: Elvismary Molina de Armas;

Produções bibliográficas

SANTA BRIGIDA, AILTON B. ; ROJAS, CRISTIAN A. ; GRATIVOL, CLÍCIA ; DE ARMAS, ELVISMARY M. ; ENTENZA, JÚLIO O. P. ; THIEBAUT, FLÁVIA ; LIMA, MARCELO DE F. ; FARRINELLI, LAURENT ; HEMERLY, ADRIANA S. ; LIFSCHITZ, SÉRGIO ; FERREIRA, PAULO C. G. . Sugarcane transcriptome analysis in response to infection caused by Acidovorax avenae subsp. avenae. PLoS One , v. 11, p. e0166473-e0166473, 2016.
DE ARMAS, ELVISMARY MOLINA ; FERREIRA, PAULO CAVALCANTI GOMES ; HAEUSLER, EDWARD HERMANN ; DE HOLANDA, MARISTELA TERTO ; LIFSCHITZ, SÉRGIO . K-mer Mapping and RDBMS Indexes. Lecture Notes in Computer Science. 12ed.: Springer International Publishing, 2020, v. , p. 70-82.
Neumann, Guilherme Borba ; DE ARMAS, ELVISMARY MOLINA ; Baiao, Fernanda Araujo ; Milidiu, Ruy Luiz ; LIFSCHITZ, SERGIO . A Domain Framework Approach for Quality Feature Analysis of Genome Assemblies. Lecture Notes in Computer Science. 12ed.: Springer International Publishing, 2020, v. , p. 116-122.
DE ARMAS, ELVISMARY MOLINA ; CASTRO, LIESTER CRUZ ; HOLANDA, MARISTELA ; LIFSCHITZ, SERGIO . A New Approach for De Bruijn Graph Construction in De Novo Genome Assembling. In: 2019 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2019, San Diego. 2019 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2019. p. 1842.
DE ARMAS, ELVISMARY MOLINA ; HAEUSLER, EDWARD HERMANN ; LIFSCHITZ, SERGIO ; DE HOLANDA, MARISTELA TERTO ; DA SILVA, WALDEYR MENDES CORDEIRO ; FERREIRA, PAULO CAVALCANTI GOMES . K-mer Mapping and de Bruijn graphs: The case for velvet fragment assembly. In: 2016 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2016, Shenzhen. 2016 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2016. v. 1. p. 882-889.

Projetos de pesquisa

2019 - Atual

Bio-SGBD: proveniência, montagem de fragmentos, persistência e transações para dados biológicos, Descrição: Projetar e desenvolver um sistema de gerenciamento eficaz e eficiente de bancos de dados aplicados à biologia molecular. A ideia básica consiste na construção de ferramentas computacionais, inspiradas em problemas e respectivas soluções para SGBDs relacionais e não-relacionais, que atendam aos requisitos de aplicações não convencionais, como é o caso de sistemas da biologia molecular, celular e biomédicos. Em particular, o objetivo é oferecer estruturas de armazenamento e persistência de dados apropriadas aos tipos de dados biológicos, como grandes sequências de caracteres representando aminoácidos. Há muitos requisitos de dados e funcionais não atendidos nos sistemas e protótipos existentes e adaptações para aplicações da biologia se mostram inadequadas. Há ainda o aspecto de gerência de grandes volumes de dados, resultado de anos de sequenciamento e novas tecnologias. Finalmente, um outro tema pouco explorado na literatura especializada e ausente nas soluções tecnológicas diz respeito ao conceito de transação para bancos de dados biológicos, motivado pelos múltiplos usuários que acessam simultaneamente dados em processo constante de atualização... , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Elvismary Molina de Armas - Integrante / Sérgio Lifschitz - Coordenador / Mariana Lima Boroni Martins - Integrante / Nicole Scherer - Integrante.
2015 - Atual

Evaluation and Execution of Biological Sequence Fragment Assembling Programs., Descrição: Research project aimed at developing viable computational solutions for the execution of genomic sequences fragment assembly programs. Roles involved: researcher and software developer.. , Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. , Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) . , Integrantes: Elvismary Molina de Armas - Integrante / Sérgio Lifschitz - Coordenador / Julio O. Prieto Entenza - Integrante / Alejandro Musterlier Menes - Integrante., Número de produções C, T & A: 2
2010 - 2011

Generation, evaluation and use of Bayesian Classifiers for Bioinformatics and Medical domains, Descrição: Develop project to integrate the generation, evaluation and use of Bayesian Classifiers for bioinformatics and medical domains. Roles involved: researcher and software developer.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Elvismary Molina de Armas - Coordenador / Isis Bonet Cruz - Integrante / Mario Pupo Merio - Integrante / Ricardo Grau Abalo - Integrante., Número de produções C, T & A: 2
2008 - 2013

alasMedigen.Medical Genetics Information System., Descrição: Management of biomedical information systems. Objective: Develop solutions to process and manage information for epidemiologic studies to detect and prevent genetic diseases and congenic defects. Roles involved: development team leader (2009-2010), software analyst and research advisor in some thesis projects.. , Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. , Integrantes: Elvismary Molina de Armas - Coordenador / Yudiel la Rosa - Integrante / Reynaldo Rosado Rosello - Integrante / Roberto Lardoueyt - Integrante / Dayana Joseph Smart - Integrante., Número de produções C, T & A: 9 / Número de orientações: 5

Prêmios

2012

Award of the Rector of the University of Informatics Sciences 2012, Category: Results that Reflect the Advancement of Science, Technology and Innovative of Major Significance and Originality, Rector of the University of Informatics Sciences.

2011

Award of the Academy of Sciences of Cuba 2011, titled New models for the prediction of mutations and drug resistance of viruses such as HIV and influenza, as part group of other authors, Academy of Sciences of Cuba.

Histórico profissional

Endereço profissional

Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro, Instituto Tecgraf. , Rua Marquês de São Vicente 225, Gávea, 22451900 - Rio de Janeiro, RJ - Brasil, Telefone: (21) 35204000, URL da Homepage:

Experiência profissional

2015 - Atual

Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro, PUC-Rio

Vínculo: , Enquadramento Funcional:

2008 - 2011

University of Informatics Sciences

Vínculo: , Enquadramento Funcional:

2019 - Atual

Instituto Tecgraf

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Consultor I do Instituto Tecgraf, Carga horária: 20